PaperBLAST – Find papers about a protein or its homologs

 

Align SwissProt::A1C3L3 to PF04286 (DUF445)

SwissProt::A1C3L3 has 2587 amino acids

Query:       DUF445  [M=368]
Accession:   PF04286.16
Description: Protein of unknown function (DUF445)
Scores for complete sequences (score includes all domains):
   --- full sequence ---   --- best 1 domain ---    -#dom-
    E-value  score  bias    E-value  score  bias    exp  N  Sequence          Description
    ------- ------ -----    ------- ------ -----   ---- --  --------          -----------
    5.7e-63  200.0 189.9    4.1e-13   36.0  14.0    9.6  8  SwissProt::A1C3L3  


Domain annotation for each sequence (and alignments):
>> SwissProt::A1C3L3  
   #    score  bias  c-Evalue  i-Evalue hmmfrom  hmm to    alifrom  ali to    envfrom  env to     acc
 ---   ------ ----- --------- --------- ------- -------    ------- -------    ------- -------    ----
   1 !    2.1   3.1    0.0079    0.0079     226     323 ..     126     178 ..      81     269 .. 0.45
   2 !   31.0  19.2   1.3e-11   1.3e-11      78     337 ..     563     820 ..     529     824 .. 0.45
   3 !   31.2  18.4   1.1e-11   1.1e-11      77     328 ..     819    1063 ..     799    1079 .. 0.25
   4 !   13.8  41.3   2.3e-06   2.3e-06      95     175 ..    1284    1342 ..    1059    1578 .. 0.45
   5 !   23.0  30.9   3.5e-09   3.5e-09      88     255 ..    1597    1753 ..    1471    1880 .. 0.33
   6 !   31.1  18.7   1.2e-11   1.2e-11      71     333 ..    1785    2040 ..    1767    2047 .. 0.34
   7 !   30.8  20.0   1.5e-11   1.5e-11      79     329 ..    2044    2296 ..    2015    2314 .. 0.28
   8 !   36.0  14.0   4.1e-13   4.1e-13      81     324 ..    2290    2543 ..    2274    2578 .. 0.27

  Alignments for each domain:
  == domain 1  score: 2.1 bits;  conditional E-value: 0.0079
             DUF445 226 pelaeev.eelkqkllaeeavqkylke.lweslkellkkdlssedsalrkrisellaelgerlaedpelreklnehlekavekllekyrlei 315
                        +++ e+v e + +++ ++   ++ ++e ++es++e + +++s+                                               +i
  SwissProt::A1C3L3 126 ESASESVsESISESVSESVSTSESVSEsVSESVSESISESVSE-----------------------------------------------SI 170
                        1111111011111111111111111111222222222222222...............................................11 PP

             DUF445 316 telieetv 323
                        +e i+e v
  SwissProt::A1C3L3 171 SESISESV 178
                        11111111 PP

  == domain 2  score: 31.0 bits;  conditional E-value: 1.3e-11
             DUF445  78 epenaealakevakllaealeslddesvqrllkkalrkkleeidlapllgklLellleegrhqklldalldrlrdllkseeakeriaelide 169
                        +++ +e++++ v++ ++e +++  +esv++ +++++++ ++e + +++ +++ ++ ++e+  +++++++ + +++ ++++ ++  i+e ++e
  SwissProt::A1C3L3 563 SESVSESITESVSESVSESISESVSESVSESISESVSESVSESISESVSESV-SESISESVSESVSESISESISESVSESVSE-SISESVSE 652
                        2334444444444444444444444455555555555555555544444444.444444445555555555555544444433.55555555 PP

             DUF445 170 fleeelgklvllekiaekilrelssll.eevqadpehelrqefdkevreliddllndpelaeeveelkqkllaeeavqkylkelweslkell 260
                         ++e +   v +e+++e+i +++s+ + e++++   +++++++++ v+e +++  + +++ e+v e   + ++e   ++  ++++es++e +
  SwissProt::A1C3L3 653 SVSESISESV-SESVSESISESVSESVsESISESVSESVSESISESVSESVSESIS-ESVSESVSESISESVSESVSESISESVSESVSESI 742
                        5555555544.445555554444433213344444444444444444444444444.34444444444444444444444444444444444 PP

             DUF445 261 kkdlssedsalrkrisellaelgerlaed..pelreklnehlekav.ekllekyrleitelieetvekwdaeeleelIel 337
                         +++s++  + ++  +++ +++ e+++e+  +++ e+++e +++ v e++ e+ +++++e ++e v +  +e ++e I +
  SwissProt::A1C3L3 743 SESVSES--VSESISESVSESVSESISESvsESVSESVSESVSESVsESISESVSESVSESVSESVSESVSESVSESISE 820
                        4444442..33333333333344444444444444444444433331334444445555555555555555555555554 PP

  == domain 3  score: 31.2 bits;  conditional E-value: 1.1e-11
             DUF445   77 eepenaealakevakllaealeslddesvqrllkkalrkkleeidlapllgklLellleegrhqklldalldrlrdllkseeakeriael 166 
                         + ++ +e++++ +++ ++e +++ ++esv++ +++++++ ++e   +++ +++ ++ ++e+  +++++++ + +++ ++++ ++  i+e 
  SwissProt::A1C3L3  819 S-ESVSESVSESISESVSESVSESISESVSESVSESISESVSESVSESISESV-SESVSESISESVSESVSESISESVSESVSE-SISES 905 
                         1.122222222222222222222222222222222222222222222222222.222222222222222222222222222222.33333 PP

             DUF445  167 idefleeelgklvllekiaekilrelssll.eevqadpehelrqefdkevreliddllndpelaeeveelkqkllaeeavqkylkelwes 255 
                         ++e ++e +   v +e+++e+i +++s+ + e+v++   ++++++ ++ v+e i++  +     e+v e   + ++e   ++  ++++es
  SwissProt::A1C3L3  906 VSESVSESISESV-SESVSESISESVSESVsESVSESVSESVSESVSESVSESISESVS-----ESVSESISESVSESVSESISESVSES 989 
                         3333333333322.333333333332222202222222223333333333333332222.....22222222222222222222222222 PP

             DUF445  256 lkellkkdlss.ed.salrkrisellaelgerlaed..pelreklnehlekavekllekyrleitelieetvekwda 328 
                         ++e + +++s+  + s  ++  +++ +++ e+++e+  +++ e+++e +++ v+   e+ +++++e i+e v +  +
  SwissProt::A1C3L3  990 VSESISESVSEsVSeSISESVSESVSESVSESVSESvsESVSESVSESISESVS---ESVSESVSESISESVSESVS 1063
                         222222222221110111111111112222222222222222222222222222...22222333333333333333 PP

  == domain 4  score: 13.8 bits;  conditional E-value: 2.3e-06
             DUF445   95 ealeslddesvqrllkkalrkkleeidlapllgklLellleegrhqklldalldrlrdllkseeakeriaelidefleeel 175 
                         e +++ ++esv++ +++++++ ++e   +++ +++ ++ ++e+  +                      i+e ++e ++e +
  SwissProt::A1C3L3 1284 ESVSESISESVSESVSESVSESISESVSESVSESI-SESVSESVSE---------------------SISESVSESVSESI 1342
                         11111111111111111111000000000000000.0000000000.....................00000000000000 PP

  == domain 5  score: 23.0 bits;  conditional E-value: 3.5e-09
             DUF445   88 evakllaealeslddesvqrllkkalrkkleeidlapllgklLellleegrhqklldalldrlrdllkseeakeriaelidefleeelgk 177 
                          +++ ++e +++ ++esv++ +++++++ ++e   +++ +++ ++ ++e+  +++++++ + +++ ++++ ++  i+e ++e ++e +  
  SwissProt::A1C3L3 1597 SISESVSESVSESISESVSESVSESVSESVSESVSESVSESV-SESVSESISESVSESVSESVSESVSESVSE-SISESVSESVSESISE 1684
                         111111111111111111111111111111111111111111.111111111111111111111111111111.1111111111111111 PP

             DUF445  178 lvllekiaekilrelsslleevqadpehelrqefdkevreliddllndpelaeeveelkqkllaeeavqkylkelwes 255 
                          v +e+++e+i ++       v++   ++++++ ++ v+e i++  + +++ e++ e   + ++e   ++  ++++es
  SwissProt::A1C3L3 1685 SV-SESVSESISES-------VSESVSESISESVSESVSESISESVS-ESVSESISESVSESVSESISESVSESVSES 1753
                         11.11111111111.......11111111111111111111111111.011111111111111111111111111111 PP

  == domain 6  score: 31.1 bits;  conditional E-value: 1.2e-11
             DUF445   71 rlgewleepenaealakevakllaealeslddesvqrllkkalrkkleeidlapllgklLellleegrhqklldalldrlrdllkseeak 160 
                         ++ e ++ ++ +e++++ v++ ++e +++  +esv++ +++++++ ++e + +++ +++ ++ ++e+  +++++++ + +++ ++++ ++
  SwissProt::A1C3L3 1785 SISESVS-ESVSESISESVSESVSESVSESVSESVSESISESVSESVSESISESVSESV-SESISESVSESVSESISESVSESVSESVSE 1872
                         1222222.233333344444444444444444444444444444444444444444444.333444444444444444444444333333 PP

             DUF445  161 eriaelidefleeelgklvllekiaekilrelsslleevqadpehelrqefdkevreliddllndpelaeeveelkqkllaeeavqkylk 250 
                           i+e ++e ++e +   v +e+++e+i +++s+   +v++   ++++++ ++ ++e +++  + +++ e+v e   + ++e   ++  +
  SwissProt::A1C3L3 1873 -SISESVSESVSESISESV-SESVSESISESVSE---SVSESISESVSESVSESISESVSESVS-ESISESVSESVSESVSESVSESVSE 1956
                         .444444444444433333.33333333333322...222222222333333333332332222.2223444444444444444444444 PP

             DUF445  251 elweslkellkkdlssedsalrkrisellaelgerlaed..pelreklnehlekav.ekllekyrleitelieetvekwdaeelee 333 
                         +++es++e + +++s++  + ++  +++ +++ e+++e+  +++ e+++e +++ v e++ e+ +++++e i+e v +  +e ++e
  SwissProt::A1C3L3 1957 SISESVSESISESVSES--VSESISESVSESVSESISESvsESVSESISESVSESVsESISESVSESVSESISESVSESVSESISE 2040
                         44444444444444442..2222222222333333333333333333333333322022223333344444444444444444444 PP

  == domain 7  score: 30.8 bits;  conditional E-value: 1.5e-11
             DUF445   79 penaealakevakllaealeslddesvqrllkkalrkkleeidlapllgklLellleegrhqklldalldrlrdllkseeakeriaelid 168 
                         ++ +e++++ v++ ++e +++ ++esv++ +++++++ ++e   +++ +++ ++ ++e+  +++++++ + +++ ++++ ++  i+e ++
  SwissProt::A1C3L3 2044 ESVSESISESVSESVSESVSESISESVSESVSESISESVSESVSESISESV-SESVSESVSESVSESVSESVSESVSESVSE-SISESVS 2131
                         222222222222222222222222222222222222222222222222222.222222222222222222222222222222.3333333 PP

             DUF445  169 efleeelgklvllekiaekilrelssll.eevqadpehelrqefdkevreliddllndpelaeeveelkqkllaeeavqkylkelweslk 257 
                         e ++e +   v +e+++e+i +++s+ + e++++   +++++++++ v+e +++  + +++ e+v e   + ++e   ++  ++++es++
  SwissProt::A1C3L3 2132 ESVSESISESV-SESVSESISESVSESVsESISESVSESVSESISESVSESVSESIS-ESVSESVSESISESVSESVSESVSESVSESVS 2219
                         33333333322.222222222222221102222222233333333333333333332.22223333333333333333333333333333 PP

             DUF445  258 ellkkdlss.edsalrkrise.llaelgerlaed..pelreklnehlekave.kllekyrleitelieetvekwdae 329 
                         e + +++s+  +  + ++ise + +++ e+++e+  +++ e+++e +++ v+ ++ e+ +++++e i+e v +  +e
  SwissProt::A1C3L3 2220 ESISESVSEsVSESVSESISEsVSESVSESISESvsESVSESVSESVSESVSeSVSESVSESVSESISESVSESVSE 2296
                         33333333321111222222202222223333333333333333333222210222222223333333333333333 PP

  == domain 8  score: 36.0 bits;  conditional E-value: 4.1e-13
             DUF445   81 naealakevakllaealeslddesvqrllkkalrkkleeidlapllgklLellleegrhqklldalldrlrdllkseeakeriaelidef 170 
                          +e++++ v++ ++e +++ ++esv++ +++++++ ++e   +++ +++ ++ ++e+  +++++++ + +++ ++++ ++  i+e ++e 
  SwissProt::A1C3L3 2290 VSESVSESVSESVSESVSESISESVSESVSESISESVSESVSESISESV-SESVSESISESVSESVSESISESVSESVSE-SISESVSES 2377
                         2222223333333333333333333333333333222222222222222.222233333333333333333332222222.333333333 PP

             DUF445  171 leeelgklv...........llekiaekilrelssll.eevqadpehelrqefdkevreliddllndpelaeeveelkqkllaeeavqky 248 
                         ++e +   v           ++e+++e++ +++s+ + e+v++   ++++++ ++ ++e +++  + +++ e+v e   + ++e   ++ 
  SwissProt::A1C3L3 2378 VSESISESVsesvsesisesVSESVSESVSESISESVsESVSESISESVSESVSESISESVSESVS-ESISESVSESVSESVSESVSESV 2466
                         333333322111011101111222222222222211101122222222222222222222222222.12222222222222222222222 PP

             DUF445  249 lkelweslkellkkdlssedsalrkrisellaelgerlaed..pelreklnehlekav.ekllekyrleitelieetve 324 
                          ++++es++e + +++s++  + ++  +++ +++ e+++e+  +++ e+++e +++ + e++ e+ +++i+e ++e v 
  SwissProt::A1C3L3 2467 SESVSESVSESISESVSES--VSESISESVSESVSESVSESvsESVSESISESVSESIsESVSESVSESISESVSESVS 2543
                         2222222222222222221..1111111111112222222222222222222222111011222222233333333333 PP



Or compare SwissProt::A1C3L3 to CDD or PaperBLAST