SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 14986 b0861 arginine transporter subunit (NCBI) to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

4ymwC Crystal structure of an amino acid abc transporter with histidines (see paper)
26% identity, 96% coverage: 1:214/222 of query aligns to 8:213/214 of 4ymwC

query
sites
4ymwC
M
 
M
F
 
V
E
 
K
Y
 
Y
L
 
T
P
 
P
E
 
L
L
 
F
M
 
I
K
 
S
G
 
G
L
 
L
H
 
I
T
 
M
S
 
T
L
 
L
T
 
K
L
 
L
T
 
T
V
 
F
A
 
L
S
 
A
L
 
V
I
 
T
V
 
I
A
 
G
L
 
V
I
 
L
L
 
M
A
 
G
L
 
L
I
 
F
F
 
I
T
 
A
I
 
L
I
 
M
L
 
K
T
 
M
L
 
S
K
 
S
T
 
I
P
 
K
V
 
P
L
 
I
V
 
K
W
 
L
L
 
V
V
 
A
R
 
S
G
 
S
Y
 
Y
I
 
I
T
 
E
L
 
V
F
 
I
T
 
R
G
 
G
T
 
T
P
 
P
L
 
L
L
 
L
V
 
V
Q
 
Q
I
 
L
F
 
L
L
 
L
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
N
G
 
G
P
 
L
G
 
M
Q
 
Q
F
 
F
P
 
G
T
 
-
L
 
-
Q
 
M
E
 
N
Y
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
-
W
 
-
H
 
-
L
 
-
L
 
-
S
 
-
E
 
-
P
 
-
W
 
F
L
 
T
C
 
A
A
 
G
L
 
V
I
 
S
A
 
A
L
 
L
S
 
A
L
 
I
N
|
N
S
 
S
A
 
S
A
 
A
Y
|
Y
T
 
V
T
 
A
Q
 
E
L
 
I
F
 
I
Y
 
R
G
 
A
A
 
G
I
 
I
R
 
Q
A
 
A
I
 
V
P
 
D
E
 
P
G
 
G
Q
 
Q
W
 
N
Q
 
E
S
 
A
C
 
A
S
 
R
A
 
S
L
 
L
G
 
G
M
 
M
S
 
T
K
 
H
K
 
A
D
 
M
T
 
A
L
 
M
A
 
R
-
 
Y
I
 
V
L
 
I
L
 
I
P
 
P
Y
 
Q
A
 
A
F
 
I
K
 
K
R
 
N
S
 
I
L
 
L
S
 
P
S
 
A
Y
 
L
S
 
G
N
 
N
E
|
E
V
 
F
V
 
I
L
 
V
V
 
M
F
 
L
K
 
K
S
x
E
T
 
S
S
 
A
L
 
I
A
 
V
Y
 
S
T
 
V
I
 
I
T
 
G
L
 
F
M
 
A
E
 
D
V
 
L
M
 
T
G
 
R
Y
 
Q
S
 
A
Q
 
D
L
 
I
L
 
I
Y
 
Q
G
 
S
R
 
V
T
 
T
Y
 
Y
-
 
R
-
 
Y
-
 
F
D
 
E
V
 
P
M
 
Y
V
 
I
F
 
I
G
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
-
I
 
-
I
 
I
Y
 
Y
L
 
F
V
 
V
V
 
M
N
 
T
G
 
L
L
 
T
L
 
F
T
 
S
L
 
K
M
 
L
M
 
L
R
 
S
L
 
L
I
 
F
E
 
E
R
 
R
K
 
R

4ymtC Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines (see paper)
26% identity, 96% coverage: 1:214/222 of query aligns to 8:213/215 of 4ymtC

query
sites
4ymtC
M
 
M
F
 
V
E
 
K
Y
 
Y
L
 
T
P
 
P
E
 
L
L
 
F
M
 
I
K
 
S
G
 
G
L
 
L
H
 
I
T
 
M
S
 
T
L
 
L
T
 
K
L
 
L
T
 
T
V
 
F
A
 
L
S
 
A
L
 
V
I
 
T
V
 
I
A
 
G
L
 
V
I
 
L
L
 
M
A
 
G
L
 
L
I
 
F
F
 
I
T
 
A
I
 
L
I
 
M
L
 
K
T
 
M
L
 
S
K
 
S
T
 
I
P
 
K
V
 
P
L
 
I
V
 
K
W
 
L
L
 
V
V
 
A
R
 
S
G
 
S
Y
 
Y
I
 
I
T
 
E
L
 
V
F
 
I
T
 
R
G
 
G
T
 
T
P
|
P
L
|
L
L
 
L
V
 
V
Q
 
Q
I
 
L
F
 
L
L
 
L
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
N
G
 
G
P
 
L
G
 
M
Q
 
Q
F
 
F
P
 
G
T
 
-
L
 
-
Q
 
M
E
 
N
Y
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
-
W
 
-
H
 
-
L
 
-
L
 
-
S
 
-
E
 
-
P
 
-
W
 
F
L
 
T
C
 
A
A
 
G
L
 
V
I
 
S
A
 
A
L
 
L
S
 
A
L
 
I
N
|
N
S
 
S
A
 
S
A
 
A
Y
|
Y
T
 
V
T
 
A
Q
 
E
L
 
I
F
 
I
Y
 
R
G
 
A
A
 
G
I
 
I
R
 
Q
A
 
A
I
 
V
P
 
D
E
 
P
G
 
G
Q
 
Q
W
 
N
Q
 
E
S
 
A
C
 
A
S
 
R
A
 
S
L
 
L
G
 
G
M
 
M
S
 
T
K
 
H
K
 
A
D
 
M
T
 
A
L
 
M
A
 
R
-
 
Y
I
 
V
L
 
I
L
 
I
P
 
P
Y
 
Q
A
 
A
F
 
I
K
 
K
R
 
N
S
 
I
L
 
L
S
 
P
S
 
A
Y
 
L
S
 
G
N
 
N
E
|
E
V
 
F
V
 
I
L
 
V
V
x
M
F
 
L
K
|
K
S
x
E
T
 
S
S
 
A
L
 
I
A
 
V
Y
 
S
T
 
V
I
 
I
T
 
G
L
 
F
M
 
A
E
 
D
V
 
L
M
 
T
G
 
R
Y
 
Q
S
 
A
Q
 
D
L
 
I
L
 
I
Y
 
Q
G
 
S
R
 
V
T
 
T
Y
 
Y
-
 
R
-
 
Y
-
 
F
D
 
E
V
 
P
M
 
Y
V
 
I
F
 
I
G
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
-
I
 
-
I
 
I
Y
 
Y
L
 
F
V
 
V
V
 
M
N
 
T
G
 
L
L
 
T
L
 
F
T
 
S
L
 
K
M
 
L
M
 
L
R
 
S
L
 
L
I
 
F
E
 
E
R
 
R
K
 
R

Query Sequence

>14986 b0861 arginine transporter subunit (NCBI)
MFEYLPELMKGLHTSLTLTVASLIVALILALIFTIILTLKTPVLVWLVRGYITLFTGTPL
LVQIFLIYYGPGQFPTLQEYPALWHLLSEPWLCALIALSLNSAAYTTQLFYGAIRAIPEG
QWQSCSALGMSKKDTLAILLPYAFKRSLSSYSNEVVLVFKSTSLAYTITLMEVMGYSQLL
YGRTYDVMVFGAAGIIYLVVNGLLTLMMRLIERKALAFERRN

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory