SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 15502 FitnessBrowser__Keio:15502 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4cukA Structure of salmonella d-lactate dehydrogenase in complex with nadh
95% identity, 100% coverage: 1:328/329 of query aligns to 1:328/330 of 4cukA

query
sites
4cukA
M
 
M
K
 
K
L
 
L
A
 
A
V
 
V
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
K
 
K
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
K
 
K
Y
 
Y
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
Q
V
 
V
N
 
N
E
 
E
S
 
A
F
 
F
G
 
G
F
 
F
E
 
E
L
 
L
E
 
E
F
 
F
F
 
F
D
 
D
F
 
F
L
 
L
L
 
L
T
 
T
E
 
E
K
 
K
T
 
T
A
 
A
K
 
K
T
 
T
A
 
A
N
 
N
G
 
G
C
 
C
E
 
E
A
 
A
V
 
V
C
 
C
I
 
I
F
 
F
V
 
V
N
 
N
D
 
D
D
 
D
G
 
G
S
 
S
R
 
R
P
 
P
V
 
V
L
 
L
E
 
E
E
 
E
L
 
L
K
 
K
K
 
K
H
 
H
G
 
G
V
 
V
K
 
K
Y
 
Y
I
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
R
C
 
C
A
 
A
G
 
G
F
 
F
N
 
N
N
 
N
V
 
V
D
 
D
L
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
Q
V
 
V
V
 
V
R
 
R
V
 
V
P
 
P
A
 
A
Y
|
Y
D
x
S
P
 
P
E
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
H
A
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
M
M
 
M
M
 
M
T
 
T
L
 
L
N
 
N
R
 
R
R
 
R
I
 
I
H
 
H
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
Q
 
Q
R
 
R
T
 
T
R
 
R
D
 
D
A
 
A
N
 
N
F
 
F
S
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
L
 
L
T
 
T
G
 
G
F
 
F
T
 
T
M
 
M
Y
 
H
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
T
 
T
G
|
G
K
|
K
I
|
I
G
 
G
V
 
V
A
 
A
M
 
A
L
 
L
R
 
R
I
 
I
L
 
L
K
 
K
G
 
G
F
 
F
G
 
G
M
 
M
R
 
R
L
 
L
L
 
L
A
 
A
F
|
F
D
|
D
P
|
P
Y
 
Y
P
 
P
S
 
S
A
 
T
A
 
A
A
 
A
L
 
L
E
 
D
L
 
L
G
 
G
V
 
V
E
 
E
Y
 
Y
V
 
V
D
 
D
L
 
L
P
 
Q
T
 
T
L
 
L
F
 
F
S
 
A
E
 
E
S
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
L
H
|
H
C
|
C
P
|
P
L
 
L
T
 
T
P
 
P
E
 
E
N
|
N
Y
 
Y
H
 
H
L
 
L
L
 
L
N
 
N
E
 
H
A
 
A
A
 
A
F
 
F
E
 
D
Q
 
Q
M
 
M
K
 
K
N
 
N
G
 
G
V
 
V
M
 
M
I
 
I
V
 
I
N
 
N
T
|
T
S
 
S
R
|
R
G
 
G
A
 
A
L
 
L
I
 
I
D
 
D
S
 
S
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
I
 
I
E
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
K
N
 
N
Q
 
Q
K
 
K
I
 
I
G
 
G
S
 
S
L
 
L
G
 
G
M
 
M
D
|
D
V
 
V
Y
|
Y
E
 
E
N
 
N
E
|
E
R
 
R
D
 
D
L
 
L
F
 
F
F
 
F
E
 
E
D
 
D
K
 
K
S
 
S
N
 
V
D
 
D
V
 
V
I
 
I
Q
 
Q
D
 
D
D
 
D
V
 
V
F
 
F
R
 
R
R
 
R
L
 
L
S
 
S
A
 
A
C
 
C
H
 
H
N
 
N
V
 
V
L
 
L
F
 
F
T
 
T
G
 
G
H
|
H
Q
 
Q
A
|
A
F
 
F
L
 
L
T
 
T
A
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
L
T
 
I
S
 
S
I
 
I
S
 
S
Q
 
E
T
 
T
T
 
T
L
 
L
Q
 
Q
N
 
N
L
 
L
S
 
S
N
 
Q
L
 
L
E
 
E
K
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
A
C
 
C
P
 
P
N
 
N
E
 
A
L
 
L

5z20F The ternary structure of d-lactate dehydrogenase from pseudomonas aeruginosa with nadh and oxamate (see paper)
54% identity, 98% coverage: 1:321/329 of query aligns to 8:328/336 of 5z20F

query
sites
5z20F
M
 
M
K
 
R
L
 
I
A
 
L
V
 
F
Y
 
F
S
 
S
T
 
S
K
 
Q
Q
 
A
Y
 
Y
D
 
D
K
 
S
K
 
E
Y
 
S
L
 
F
Q
 
Q
Q
 
A
V
 
S
N
 
N
E
 
H
S
 
R
F
 
H
G
 
G
F
 
F
E
 
E
L
 
L
E
 
H
F
 
F
F
 
Q
D
 
Q
F
 
A
L
 
H
L
 
L
T
 
Q
E
 
A
K
 
D
T
 
T
A
 
A
K
 
V
T
 
L
A
 
A
N
 
Q
G
 
G
C
 
F
E
 
E
A
 
V
V
 
V
C
 
C
I
 
A
F
 
F
V
 
V
N
 
N
D
 
D
D
 
D
G
 
L
S
 
S
R
 
R
P
 
P
V
 
V
L
 
L
E
 
E
E
 
R
L
 
L
K
 
A
K
 
A
H
 
G
G
 
G
V
 
T
K
 
R
Y
 
L
I
 
V
A
 
A
L
 
L
R
 
R
C
 
S
A
 
A
G
 
G
F
 
Y
N
 
N
N
 
H
V
 
V
D
 
D
L
 
L
D
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
E
E
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
P
V
 
V
V
 
V
R
 
H
V
 
V
P
 
P
A
 
A
Y
|
Y
D
x
S
P
 
P
E
 
H
A
 
A
V
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
H
A
 
A
I
 
V
G
 
G
M
 
L
M
 
I
M
 
L
T
 
T
L
 
L
N
 
N
R
 
R
R
 
R
I
 
L
H
 
H
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
Q
 
N
R
 
R
T
 
T
R
 
R
D
 
E
A
 
G
N
 
D
F
 
F
S
 
S
L
 
L
E
 
H
G
 
G
L
 
L
T
 
T
G
 
G
F
 
F
T
 
D
M
 
L
Y
 
H
G
 
G
K
 
K
T
 
R
A
 
V
G
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
T
 
T
G
|
G
K
x
Q
I
|
I
G
 
G
V
 
E
A
 
T
M
 
F
L
 
A
R
 
R
I
 
I
L
 
M
K
 
A
G
 
G
F
 
F
G
 
G
M
 
C
R
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
A
F
x
Y
D
|
D
P
|
P
Y
 
Y
P
 
P
S
 
N
A
 
P
A
 
R
A
 
I
L
 
Q
E
 
A
L
 
L
G
 
G
V
 
G
E
 
R
Y
 
Y
V
 
L
D
 
A
L
 
L
P
 
D
T
 
A
L
 
L
F
 
L
S
 
A
E
 
E
S
 
S
D
 
D
V
 
I
I
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
H
C
|
C
P
|
P
L
 
L
T
 
T
P
 
A
E
 
D
N
x
T
Y
 
R
H
 
H
L
 
L
L
 
I
N
 
D
E
 
A
A
 
Q
A
 
R
F
 
L
E
 
A
Q
 
T
M
 
M
K
 
K
N
 
P
G
 
G
V
 
A
M
 
M
I
 
L
V
 
I
N
 
N
T
|
T
S
x
G
R
|
R
G
 
G
A
 
A
L
 
L
I
 
V
D
 
N
S
 
A
Q
 
A
A
 
A
A
 
L
I
 
I
E
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
K
N
 
S
Q
 
G
K
 
Q
I
 
L
G
 
G
S
 
Y
L
 
L
G
 
G
M
 
L
D
|
D
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
N
 
E
E
|
E
R
 
A
D
 
D
L
 
I
F
 
F
F
 
F
E
 
E
D
 
D
K
 
R
S
 
S
N
 
D
D
 
Q
V
 
P
I
 
L
Q
 
Q
D
 
D
D
 
D
V
 
V
F
 
L
R
 
A
R
 
R
L
 
L
S
 
L
A
 
S
C
 
F
H
 
P
N
 
N
V
 
V
L
 
V
F
 
V
T
 
T
G
 
A
H
|
H
Q
 
Q
A
|
A
F
 
F
L
 
L
T
 
T
A
 
R
E
 
E
A
 
A
L
 
L
T
 
A
S
 
A
I
 
I
S
 
A
Q
 
D
T
 
T
T
 
T
L
 
L
Q
 
D
N
 
N
L
 
I
S
 
A
N
 
A
L
 
W
E
 
Q
K
 
D
G
 
G

8grvA Dictyostelium discoideum lactate dehydrogenase (dicldha)with NAD
45% identity, 100% coverage: 1:329/329 of query aligns to 3:332/336 of 8grvA

query
sites
8grvA
M
 
M
K
 
K
L
 
I
A
 
T
V
 
L
Y
 
F
S
 
S
T
 
S
K
 
K
Q
 
P
Y
 
Y
D
 
W
K
 
V
K
 
K
Y
 
W
L
 
F
Q
 
N
Q
 
E
V
 
L
N
 
N
E
 
K
S
 
-
F
 
F
G
 
S
F
 
Y
E
 
E
L
 
I
E
 
N
F
 
Y
F
 
V
D
 
T
F
 
S
L
 
A
L
 
C
T
 
D
E
 
I
K
 
K
T
 
S
A
 
V
K
 
N
T
 
E
A
 
A
N
 
K
G
 
G
C
 
S
E
 
E
A
 
A
V
 
V
C
 
C
I
 
C
F
 
F
V
 
V
N
 
N
D
 
D
D
 
D
G
 
L
S
 
S
R
 
K
P
 
E
V
 
V
L
 
I
E
 
E
E
 
T
L
 
L
K
 
H
K
 
S
H
 
N
G
 
G
V
 
T
K
 
K
Y
 
V
I
 
I
A
 
L
L
 
M
R
 
R
C
 
C
A
 
A
G
 
G
F
 
F
N
 
N
N
 
K
V
 
V
D
 
D
L
 
L
D
 
D
A
 
T
A
 
A
K
 
N
E
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
L
R
 
R
V
 
V
P
 
P
A
 
A
Y
 
Y
D
 
S
P
 
P
E
 
N
A
 
A
V
|
V
A
 
S
E
 
E
H
 
Y
A
 
A
I
 
L
G
 
S
M
 
L
M
 
I
M
 
M
T
 
A
L
 
L
N
 
N
R
 
R
R
 
K
I
 
T
H
 
H
R
 
K
A
 
A
Y
 
H
Q
 
D
R
 
R
T
 
V
R
 
R
D
 
D
A
 
A
N
 
N
F
 
F
S
 
E
L
 
I
E
 
N
G
 
G
L
 
M
T
 
E
G
 
G
F
 
F
T
 
N
M
 
M
Y
 
V
G
 
S
K
 
K
T
 
V
A
 
Y
G
 
G
V
 
I
I
 
V
G
 
G
T
 
T
G
|
G
K
x
N
I
|
I
G
 
G
V
 
E
A
 
Q
M
 
L
L
 
C
R
 
R
I
 
V
L
 
L
K
 
K
-
 
L
G
 
G
F
 
F
G
 
G
M
 
A
R
 
K
L
 
V
L
 
I
A
 
A
F
 
Y
D
|
D
P
x
I
Y
x
I
P
 
E
S
 
N
A
 
K
A
 
A
A
 
V
L
 
T
E
 
D
L
 
I
G
 
G
V
 
I
E
 
E
Y
 
Y
V
 
V
D
 
K
-
 
T
L
 
L
P
 
D
T
 
E
L
 
I
F
 
W
S
 
K
E
 
Q
S
 
C
D
 
D
V
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
L
H
 
H
C
x
T
P
|
P
L
 
L
T
 
N
P
 
S
E
 
Q
N
x
T
Y
 
K
H
 
Y
L
 
M
L
 
V
N
 
N
E
 
S
A
 
E
A
 
S
F
 
I
E
 
E
Q
 
K
M
 
M
K
 
R
N
 
D
G
 
G
V
 
V
M
 
M
I
 
I
V
 
I
N
 
N
T
x
V
S
 
S
R
 
R
G
 
G
A
 
A
L
 
L
I
 
V
D
 
N
S
 
A
Q
 
S
A
 
D
A
 
A
I
 
I
E
 
V
A
 
G
L
 
L
K
 
K
N
 
S
Q
 
G
K
 
K
I
 
I
G
 
S
S
 
S
L
 
L
G
 
G
M
 
M
D
 
D
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
N
 
N
E
 
E
R
 
T
D
 
D
L
 
Y
F
 
F
F
 
Y
E
 
Q
D
 
D
K
 
H
S
 
N
N
 
G
D
 
S
V
 
I
I
 
I
Q
 
K
D
 
D
D
 
D
V
 
N
F
 
L
R
 
S
R
 
L
L
 
L
S
 
I
A
 
S
C
 
Y
H
 
P
N
 
N
V
 
V
L
 
M
F
 
I
T
 
T
G
 
S
H
|
H
Q
 
Q
A
|
A
F
x
W
L
 
Y
T
 
T
A
 
K
E
 
E
A
 
A
L
 
I
T
 
S
S
 
C
I
 
I
S
 
C
Q
 
G
T
 
T
T
 
S
L
 
L
Q
 
Q
N
 
N
L
 
F
S
 
V
N
 
D
L
 
F
E
 
R
K
 
S
G
 
N
E
 
Q
T
 
I
C
 
K
P
 
K
N
 
S
E
 
N
L
 
L
V
 
V

5z21B The ternary structure of d-lactate dehydrogenase from fusobacterium nucleatum with nadh and oxamate (see paper)
47% identity, 99% coverage: 2:328/329 of query aligns to 3:329/331 of 5z21B

query
sites
5z21B
K
 
K
L
 
I
A
 
I
V
 
F
Y
 
F
S
 
D
T
 
I
K
 
K
Q
 
D
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
K
 
E
Y
 
F
L
 
F
Q
 
K
Q
 
K
V
 
Y
N
 
G
E
 
A
S
 
D
F
 
Y
G
 
N
F
 
F
E
 
E
L
 
M
E
 
T
F
 
F
F
 
L
D
 
K
F
 
V
L
 
R
L
 
L
T
 
T
E
 
E
K
 
E
T
 
T
A
 
A
K
 
N
T
 
L
A
 
T
N
 
K
G
 
G
C
 
Y
E
 
D
A
 
V
V
 
V
C
 
C
I
 
G
F
 
F
V
 
A
N
 
N
D
 
D
D
 
N
G
 
I
S
 
N
R
 
K
P
 
E
V
 
T
L
 
I
E
 
D
E
 
I
L
 
M
K
 
A
K
 
E
H
 
N
G
 
G
V
 
I
K
 
K
Y
 
L
I
 
L
A
 
A
L
 
M
R
 
R
C
 
C
A
 
A
G
 
G
F
 
F
N
 
N
N
 
N
V
 
V
D
 
S
L
 
L
D
 
K
A
 
D
A
 
V
K
 
N
E
 
E
L
 
-
G
 
R
L
 
F
K
 
K
V
 
V
V
 
V
R
 
R
V
 
V
P
 
P
A
 
A
Y
|
Y
D
x
S
P
 
P
E
 
H
A
 
A
V
x
I
A
 
A
E
 
E
H
 
Y
A
 
T
I
 
V
G
 
G
M
 
L
M
 
I
M
 
L
T
 
A
L
 
V
N
 
N
R
 
R
R
 
K
I
 
I
H
 
N
R
 
K
A
 
A
Y
 
Y
Q
 
V
R
 
R
T
 
T
R
 
R
D
 
E
A
 
G
N
 
N
F
 
F
S
 
S
L
 
I
E
 
N
G
 
G
L
 
L
T
 
M
G
 
G
F
 
I
T
 
D
M
 
L
Y
 
Y
G
 
E
K
 
K
T
 
T
A
 
A
G
 
G
V
 
I
I
 
I
G
 
G
T
 
T
G
|
G
K
|
K
I
|
I
G
 
G
V
 
Q
A
 
I
M
 
L
L
 
I
R
 
K
I
 
I
L
 
L
K
 
R
G
 
G
F
 
F
G
 
D
M
 
M
R
 
K
L
 
V
L
 
I
A
 
A
F
 
Y
D
|
D
P
x
L
Y
 
F
P
 
P
S
 
N
-
 
Q
A
 
K
A
 
V
A
 
A
L
 
D
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
F
E
 
E
Y
 
Y
V
 
V
D
 
S
L
 
L
P
 
D
T
 
E
L
 
L
F
 
Y
S
 
A
E
 
N
S
 
S
D
 
D
V
 
I
I
 
I
S
 
S
L
 
L
H
 
N
C
 
C
P
|
P
L
 
L
T
 
T
P
 
K
E
 
D
N
x
T
Y
 
K
H
 
Y
L
 
M
L
 
I
N
 
N
E
 
R
A
 
R
A
 
S
F
 
M
E
 
L
Q
 
K
M
 
M
K
 
K
N
 
D
G
 
G
V
 
V
M
 
I
I
 
L
V
 
V
N
 
N
T
|
T
S
x
G
R
|
R
G
 
G
A
 
M
L
 
L
I
 
I
D
 
D
S
 
S
Q
 
A
A
 
D
A
 
L
I
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
K
N
 
D
Q
 
K
K
 
K
I
 
I
G
 
G
S
 
A
L
 
V
G
 
A
M
 
L
D
|
D
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
N
 
E
E
|
E
R
 
E
D
 
N
L
 
Y
F
 
F
F
 
F
E
 
E
D
 
D
K
 
K
S
 
S
N
 
T
D
 
Q
V
 
V
I
 
I
Q
 
E
D
 
D
D
 
D
V
 
I
F
 
L
R
 
G
R
 
R
L
 
L
S
 
L
A
 
S
C
 
F
H
 
Y
N
 
N
V
 
V
L
 
L
F
 
I
T
 
T
G
 
S
H
|
H
Q
 
Q
A
 
A
F
x
Y
L
 
F
T
 
T
A
 
K
E
 
E
A
 
A
L
 
V
T
 
G
S
 
A
I
 
I
S
 
T
Q
 
V
T
 
T
T
 
T
L
 
L
Q
 
N
N
 
N
L
 
I
S
 
K
N
 
D
L
 
F
E
 
V
K
 
E
G
 
G
E
 
R
T
 
P
C
 
L
P
 
V
N
 
N
E
 
E
L
 
V

4zgsA Identification of the pyruvate reductase of chlamydomonas reinhardtii (see paper)
47% identity, 95% coverage: 6:317/329 of query aligns to 16:333/346 of 4zgsA

query
sites
4zgsA
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
K
 
T
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
V
K
 
K
K
 
D
Y
 
F
L
 
L
Q
 
A
Q
 
G
V
 
P
N
 
M
E
 
Q
S
 
K
F
 
V
G
 
F
F
 
T
E
 
D
L
 
T
E
 
Y
F
 
F
F
 
V
D
 
E
F
 
P
L
 
P
L
 
L
T
 
D
E
 
K
K
 
D
T
 
T
A
 
A
K
 
Q
T
 
L
A
 
A
N
 
R
G
 
G
C
 
Y
E
 
D
A
 
V
V
 
A
C
 
V
I
 
L
F
 
F
V
 
V
N
 
N
D
 
D
D
 
R
G
 
A
S
 
D
R
 
A
P
 
S
V
 
V
L
 
I
E
 
K
E
 
E
L
 
L
K
 
A
K
 
K
H
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
K
Y
 
L
I
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
R
C
 
C
A
 
A
G
 
G
F
 
F
N
 
D
N
 
R
V
 
V
D
 
D
L
 
L
D
 
H
A
 
A
A
 
C
K
 
A
E
 
E
L
 
H
G
 
G
L
 
V
K
 
R
V
 
V
V
 
V
R
 
R
V
 
V
P
 
P
A
 
T
Y
|
Y
D
x
S
P
 
P
E
 
E
A
 
S
V
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
H
A
 
A
I
 
V
G
 
A
M
 
L
M
 
I
M
 
F
T
 
A
L
 
L
N
 
N
R
 
R
R
 
H
I
 
L
H
 
T
R
 
D
A
 
A
Y
 
Y
Q
 
I
R
 
R
T
 
V
R
 
R
D
 
M
A
 
G
N
 
N
F
 
Y
S
 
S
L
 
L
E
 
S
G
 
G
L
 
L
T
 
V
G
 
G
F
 
V
T
 
E
M
 
M
Y
 
R
G
 
H
K
 
K
T
 
V
A
 
V
G
 
G
V
 
V
I
 
V
G
 
G
T
 
T
G
|
G
K
x
A
I
|
I
G
 
G
V
 
Q
A
 
Q
M
 
A
L
 
A
R
 
R
I
 
I
L
 
L
K
 
K
G
 
G
F
 
I
G
 
G
M
 
C
R
 
K
L
 
V
L
 
F
A
 
A
F
 
Y
D
|
D
P
 
I
Y
 
K
P
 
P
S
 
N
A
 
P
A
 
A
A
 
V
L
 
E
E
 
A
L
 
M
G
 
G
V
 
I
E
 
P
Y
 
Y
V
 
V
D
 
S
L
 
L
P
 
D
T
 
E
L
 
L
F
 
L
S
 
A
E
 
M
S
 
S
D
 
D
V
 
I
I
 
V
S
 
T
L
 
L
H
 
H
C
|
C
P
|
P
L
 
L
T
x
L
P
 
P
E
x
S
N
x
T
Y
 
R
H
 
Q
L
 
L
L
 
I
N
 
N
E
 
K
A
 
E
A
 
S
F
 
I
E
 
Q
Q
 
K
M
 
M
K
 
K
N
 
K
G
 
G
V
 
V
M
 
M
I
 
L
V
 
I
N
 
N
T
 
V
S
|
S
R
|
R
G
 
G
A
 
G
L
 
L
I
 
I
D
 
D
S
 
S
Q
 
A
A
 
A
A
 
L
I
 
F
E
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
E
N
 
S
Q
 
G
K
 
Q
I
 
I
G
 
G
S
 
A
L
 
L
G
 
G
M
 
L
D
|
D
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
N
 
N
E
|
E
R
 
G
D
 
G
L
 
L
F
 
F
F
 
F
E
 
V
D
 
D
-
 
H
-
 
T
K
 
K
S
 
F
N
 
D
D
 
P
V
 
S
I
 
V
Q
 
R
-
 
M
-
 
Q
-
 
K
-
 
W
D
 
D
D
 
R
V
 
Q
F
 
F
R
 
R
R
 
T
L
 
L
S
 
L
A
 
S
C
 
Y
H
 
P
N
 
Q
V
 
V
L
 
L
F
 
V
T
 
T
G
 
P
H
|
H
Q
 
T
A
 
A
F
|
F
L
 
L
T
 
T
A
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
T
 
N
S
 
N
I
 
I
S
 
C
Q
 
T
T
 
T
T
 
T
L
 
I
Q
 
Q
N
 
N
L
 
I
S
 
A
N
 
D

2dldA D-lactate dehydrogenase complexed with nadh and oxamate
35% identity, 98% coverage: 2:322/329 of query aligns to 3:324/337 of 2dldA

query
sites
2dldA
K
 
K
L
 
V
A
 
F
V
 
A
Y
 
Y
S
 
A
T
 
I
K
 
R
Q
 
K
Y
 
D
D
 
E
K
 
E
K
 
P
Y
 
F
L
 
L
Q
 
N
Q
 
E
V
 
W
N
 
K
E
 
E
S
 
A
F
 
H
-
 
K
G
 
D
F
 
I
E
 
D
L
 
V
E
 
D
F
 
Y
F
 
T
D
 
D
F
 
K
L
 
L
L
 
L
T
 
T
E
 
P
K
 
E
T
 
T
A
 
A
K
 
K
T
 
L
A
 
A
N
 
K
G
 
G
C
 
A
E
 
D
A
 
G
V
 
V
C
 
V
I
 
V
F
 
Y
V
 
Q
N
 
Q
D
 
L
D
 
D
G
 
Y
S
 
T
R
 
A
P
 
D
V
 
T
L
 
L
E
 
Q
E
 
A
L
 
L
K
 
A
K
 
D
H
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
T
Y
 
K
I
 
M
A
 
S
L
 
L
R
 
R
C
 
N
A
 
V
G
 
G
F
 
V
N
 
D
N
 
N
V
 
I
D
 
D
L
 
M
D
 
D
A
 
K
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
F
K
 
Q
V
 
I
V
 
T
R
 
N
V
 
V
P
 
P
A
 
V
Y
 
Y
D
x
S
P
 
P
E
 
N
A
 
A
V
 
I
A
 
A
E
 
E
H
 
H
A
 
A
I
 
A
G
 
I
M
 
Q
M
 
A
M
 
A
T
 
R
L
 
V
N
 
L
R
 
R
R
 
Q
I
 
D
H
 
K
R
 
R
A
 
M
Y
 
D
Q
 
E
R
 
K
T
 
M
R
 
A
D
 
K
A
 
R
N
 
D
F
 
L
S
 
R
L
 
W
E
 
A
G
 
P
L
 
T
T
 
I
G
 
G
F
 
R
T
 
E
M
 
V
Y
 
R
G
 
D
K
 
Q
T
 
V
A
 
V
G
 
G
V
 
V
I
 
V
G
 
G
T
|
T
G
|
G
K
x
H
I
|
I
G
 
G
V
 
Q
A
 
V
M
 
F
L
 
M
R
 
R
I
 
I
L
 
M
K
 
E
G
 
G
F
 
F
G
 
G
M
 
A
R
 
K
L
 
V
L
 
I
A
 
A
F
 
Y
D
|
D
P
x
I
Y
 
F
P
 
K
S
 
N
A
 
-
A
 
P
A
 
E
L
 
L
E
 
E
L
 
K
G
 
K
V
 
G
E
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
D
 
D
-
 
S
L
 
L
P
 
D
T
 
D
L
 
L
F
 
Y
S
 
K
E
 
Q
S
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
L
H
 
H
C
x
V
P
|
P
L
 
D
T
 
V
P
 
P
E
 
A
N
|
N
Y
 
V
H
 
H
L
 
M
L
 
I
N
 
N
E
 
D
A
 
K
A
 
S
F
 
I
E
 
A
Q
 
E
M
 
M
K
 
K
N
 
D
G
 
G
V
 
V
M
 
V
I
 
I
V
 
V
N
 
N
T
x
C
S
|
S
R
|
R
G
 
G
A
 
R
L
 
L
I
 
V
D
 
D
S
 
T
Q
 
D
A
 
A
A
 
V
I
 
I
E
 
R
A
 
G
L
 
L
K
 
D
N
 
S
Q
 
G
K
 
K
I
 
I
G
 
F
S
 
G
L
 
F
G
 
V
M
 
M
D
|
D
V
 
T
Y
 
Y
E
 
E
N
 
D
E
|
E
R
 
V
D
 
G
L
 
V
F
 
F
F
 
N
E
 
K
D
 
D
K
 
W
S
 
E
N
 
G
D
 
K
V
 
E
I
 
F
Q
 
P
D
 
D
D
 
K
V
 
R
F
 
L
R
 
A
R
 
D
L
 
L
S
 
I
A
 
D
C
 
R
H
 
P
N
 
N
V
 
V
L
 
L
F
 
V
T
 
T
G
 
P
H
|
H
Q
 
T
A
 
A
F
 
F
L
 
Y
T
 
T
A
 
T
E
 
H
A
 
A
L
 
V
T
 
R
S
 
N
I
 
M
S
 
V
Q
 
V
T
 
K
T
 
A
L
 
F
Q
 
N
N
 
N
L
 
N
S
 
L
N
 
K
L
 
L
E
 
I
K
 
N
G
 
G
E
 
E

Sites not aligning to the query:

P30901 D-lactate dehydrogenase; D-LDH; D-specific 2-hydroxyacid dehydrogenase; EC 1.1.1.28 from Lactobacillus helveticus (Lactobacillus suntoryeus) (see paper)
35% identity, 98% coverage: 2:322/329 of query aligns to 3:324/337 of P30901

query
sites
P30901
K
 
K
L
 
V
A
 
F
V
 
A
Y
 
Y
S
 
A
T
 
I
K
 
R
Q
 
K
Y
 
D
D
 
E
K
 
E
K
 
P
Y
 
F
L
 
L
Q
 
N
Q
 
E
V
 
W
N
 
K
E
 
E
S
 
A
F
 
H
-
 
K
G
 
D
F
 
I
E
 
D
L
 
V
E
 
D
F
 
Y
F
 
T
D
 
D
F
 
K
L
 
L
L
 
L
T
 
T
E
 
P
K
 
E
T
 
T
A
 
A
K
 
K
T
 
L
A
 
A
N
 
K
G
 
G
C
 
A
E
 
D
A
 
G
V
 
V
C
 
V
I
 
V
F
 
Y
V
 
Q
N
 
Q
D
 
L
D
 
D
G
 
Y
S
 
T
R
 
A
P
 
D
V
 
T
L
 
L
E
 
Q
E
 
A
L
 
L
K
 
A
K
 
D
H
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
T
Y
 
K
I
 
M
A
 
S
L
 
L
R
 
R
C
 
N
A
 
V
G
 
G
F
 
V
N
 
D
N
 
N
V
 
I
D
 
D
L
 
M
D
 
D
A
 
K
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
F
K
 
Q
V
 
I
V
 
T
R
 
N
V
 
V
P
 
P
A
 
V
Y
 
Y
D
 
S
P
 
P
E
 
N
A
 
A
V
 
I
A
 
A
E
 
E
H
 
H
A
 
A
I
 
A
G
 
I
M
 
Q
M
 
A
M
 
A
T
 
R
L
 
V
N
 
L
R
 
R
R
 
Q
I
 
D
H
 
K
R
 
R
A
 
M
Y
 
D
Q
 
E
R
 
K
T
 
M
R
 
A
D
 
K
A
 
R
N
 
D
F
 
L
S
 
R
L
 
W
E
 
A
G
 
P
L
 
T
T
 
I
G
 
G
F
 
R
T
 
E
M
 
V
Y
 
R
G
 
D
K
 
Q
T
 
V
A
 
V
G
 
G
V
 
V
I
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
K
 
H
I
 
I
G
 
G
V
 
Q
A
 
V
M
 
F
L
 
M
R
 
R
I
 
I
L
 
M
K
 
E
G
 
G
F
 
F
G
 
G
M
 
A
R
 
K
L
 
V
L
 
I
A
 
A
F
 
Y
D
|
D
P
 
I
Y
 
F
P
 
K
S
 
N
A
 
-
A
 
P
A
 
E
L
 
L
E
 
E
L
 
K
G
 
K
V
 
G
E
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
D
 
D
-
 
S
L
 
L
P
 
D
T
 
D
L
 
L
F
 
Y
S
 
K
E
 
Q
S
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
L
H
 
H
C
x
V
P
|
P
L
 
D
T
 
V
P
 
P
E
 
A
N
|
N
Y
 
V
H
 
H
L
 
M
L
 
I
N
 
N
E
 
D
A
 
K
A
 
S
F
 
I
E
 
A
Q
 
E
M
 
M
K
 
K
N
 
D
G
 
G
V
 
V
M
 
V
I
 
I
V
 
V
N
 
N
T
 
C
S
 
S
R
 
R
G
 
G
A
 
R
L
 
L
I
 
V
D
 
D
S
 
T
Q
 
D
A
 
A
A
 
V
I
 
I
E
 
R
A
 
G
L
 
L
K
 
D
N
 
S
Q
 
G
K
 
K
I
 
I
G
 
F
S
 
G
L
 
F
G
 
V
M
 
M
D
|
D
V
 
T
Y
 
Y
E
 
E
N
 
D
E
 
E
R
 
V
D
 
G
L
 
V
F
 
F
F
 
N
E
 
K
D
 
D
K
 
W
S
 
E
N
 
G
D
 
K
V
 
E
I
 
F
Q
 
P
D
 
D
D
 
K
V
 
R
F
 
L
R
 
A
R
 
D
L
 
L
S
 
I
A
 
D
C
 
R
H
 
P
N
 
N
V
 
V
L
 
L
F
 
V
T
 
T
G
 
P
H
 
H
Q
 
T
A
 
A
F
 
F
L
 
Y
T
 
T
A
 
T
E
 
H
A
 
A
L
 
V
T
 
R
S
 
N
I
 
M
S
 
V
Q
 
V
T
 
K
T
 
A
L
 
F
Q
 
N
N
 
N
L
 
N
S
 
L
N
 
K
L
 
L
E
 
I
K
 
N
G
 
G
E
 
E

Sites not aligning to the query:

P17584 D-2-hydroxyacid dehydrogenase (NAD+); D-2-hydroxyisocaproate dehydrogenase; D-HicDH; EC 1.1.1.345 from Lacticaseibacillus paracasei (Lactobacillus paracasei) (see paper)
33% identity, 98% coverage: 1:324/329 of query aligns to 1:325/333 of P17584

query
sites
P17584
M
 
M
K
 
K
L
 
I
A
 
I
V
 
A
Y
 
Y
S
 
G
T
 
A
K
 
R
Q
 
V
Y
 
D
D
 
E
K
 
I
K
 
Q
Y
 
Y
L
 
F
Q
 
K
Q
 
Q
V
 
W
N
 
A
E
 
K
S
 
D
F
 
T
G
 
G
F
 
N
E
 
T
L
 
L
E
 
E
F
 
Y
F
 
H
D
 
T
F
 
E
L
 
F
L
 
L
T
 
D
E
 
E
K
 
N
T
 
T
A
 
V
K
 
E
T
 
W
A
 
A
N
 
K
G
 
G
C
 
F
E
 
D
A
 
G
V
 
I
C
 
N
I
 
S
F
 
L
V
 
Q
N
 
T
D
 
T
D
 
P
G
 
Y
S
 
A
R
 
A
P
 
G
V
 
V
L
 
F
E
 
E
E
 
K
L
 
M
K
 
H
K
 
A
H
 
Y
G
 
G
V
 
I
K
 
K
Y
 
F
I
 
L
A
 
T
L
 
I
R
 
R
C
 
N
A
 
V
G
 
G
F
 
T
N
 
D
N
 
N
V
 
I
D
 
D
L
 
M
D
 
T
A
 
A
A
 
M
K
 
K
E
 
Q
L
 
Y
G
 
G
L
 
I
K
 
R
V
 
L
V
 
S
R
 
N
V
 
V
P
 
P
A
 
A
Y
|
Y
D
 
S
P
 
P
E
 
A
A
 
A
V
 
I
A
 
A
E
 
E
H
 
F
A
 
A
I
 
L
G
 
T
M
 
D
M
 
T
M
 
L
T
 
Y
L
 
L
N
 
L
R
 
R
R
 
N
I
 
M
H
 
G
R
 
K
A
 
V
Y
 
Q
Q
 
A
R
 
Q
T
 
L
R
 
Q
D
 
A
A
 
G
N
 
D
F
 
Y
S
 
E
L
 
K
E
 
A
G
 
G
-
 
T
L
 
F
T
 
I
G
 
G
F
 
K
T
 
E
M
 
L
Y
 
G
G
 
Q
K
 
Q
T
 
T
A
 
V
G
 
G
V
 
V
I
 
M
G
 
G
T
 
T
G
 
G
K
x
H
I
|
I
G
 
G
V
 
Q
A
 
V
M
 
A
L
 
I
R
 
K
I
 
L
L
 
F
K
 
K
G
 
G
F
 
F
G
 
G
M
 
A
R
 
K
L
 
V
L
 
I
A
 
A
F
 
Y
D
|
D
P
 
P
Y
 
Y
P
 
P
S
 
M
A
 
K
A
 
G
A
 
D
L
 
-
E
 
H
L
 
P
G
 
D
V
 
F
E
 
D
Y
 
Y
V
 
V
D
 
S
L
 
L
P
 
E
T
 
D
L
 
L
F
 
F
S
 
K
E
 
Q
S
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
I
S
 
D
L
 
L
H
 
H
C
x
V
P
 
P
L
 
G
T
 
I
P
 
E
E
 
Q
N
|
N
Y
 
T
H
 
H
L
 
I
L
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
A
A
 
A
F
 
F
E
 
N
Q
 
L
M
 
M
K
 
K
N
 
P
G
 
G
V
 
A
M
 
I
I
 
V
V
 
I
N
 
N
T
|
T
S
 
A
R
|
R
G
 
P
A
 
N
L
 
L
I
 
I
D
 
D
S
 
T
Q
 
Q
A
 
A
A
 
M
I
 
L
E
 
S
A
 
N
L
 
L
K
 
K
N
 
S
Q
 
G
K
 
K
I
 
L
G
 
A
S
 
G
L
 
V
G
 
G
M
 
I
D
|
D
V
 
T
Y
 
Y
E
 
E
N
 
Y
E
 
E
R
 
T
D
 
E
L
 
D
F
 
L
F
 
L
E
 
N
D
 
L
K
 
A
S
 
K
N
 
H
D
 
G
V
 
S
I
 
F
Q
 
K
D
 
D
D
 
P
V
 
L
F
 
W
R
 
D
R
 
E
L
 
L
S
 
L
A
 
G
C
 
M
H
 
P
N
 
N
V
 
V
L
 
V
F
 
L
T
 
S
G
 
P
H
|
H
Q
 
I
A
 
A
F
 
Y
L
 
Y
T
 
T
A
 
E
E
 
T
A
 
A
L
 
V
T
 
H
S
 
N
I
 
M
S
 
V
Q
 
Y
T
 
F
T
 
S
L
 
L
Q
 
Q
N
 
H
L
 
L
S
 
V
N
 
D
-
 
F
L
 
L
E
 
T
K
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
T
C
 
S

1dxyA Structure of d-2-hydroxyisocaproate dehydrogenase (see paper)
33% identity, 98% coverage: 1:324/329 of query aligns to 1:325/330 of 1dxyA

query
sites
1dxyA
M
 
M
K
 
K
L
 
I
A
 
I
V
 
A
Y
 
Y
S
 
G
T
 
A
K
 
R
Q
 
V
Y
 
D
D
 
E
K
 
I
K
 
Q
Y
 
Y
L
 
F
Q
 
K
Q
 
Q
V
 
W
N
 
A
E
 
K
S
 
D
F
 
T
G
 
G
F
 
N
E
 
T
L
 
L
E
 
E
F
 
Y
F
 
H
D
 
T
F
 
E
L
 
F
L
 
L
T
 
D
E
 
E
K
 
N
T
 
T
A
 
V
K
 
E
T
 
W
A
 
A
N
 
K
G
 
G
C
 
F
E
 
D
A
 
G
V
 
I
C
 
N
I
 
S
F
 
L
V
 
Q
N
 
T
D
 
T
D
 
P
G
 
Y
S
 
A
R
 
A
P
 
G
V
 
V
L
 
F
E
 
E
E
 
K
L
 
M
K
 
H
K
 
A
H
 
Y
G
 
G
V
 
I
K
 
K
Y
 
F
I
 
L
A
 
T
L
 
I
R
 
R
C
 
N
A
x
V
G
 
G
F
 
T
N
 
D
N
 
N
V
 
I
D
 
D
L
 
M
D
 
T
A
 
A
A
 
M
K
 
K
E
 
Q
L
 
Y
G
 
G
L
 
I
K
 
R
V
 
L
V
 
S
R
 
N
V
 
V
P
 
P
A
 
A
Y
|
Y
D
x
S
P
 
P
E
 
A
A
 
A
V
 
I
A
 
A
E
 
E
H
 
F
A
 
A
I
 
L
G
 
T
M
 
D
M
 
T
M
 
L
T
 
Y
L
 
L
N
 
L
R
 
R
R
 
N
I
 
M
H
 
G
R
 
K
A
 
V
Y
 
Q
Q
 
A
R
 
Q
T
 
L
R
 
Q
D
 
A
A
 
G
N
 
D
F
 
Y
S
 
E
L
 
K
E
 
A
G
 
G
-
 
T
L
 
F
T
 
I
G
 
G
F
 
K
T
 
E
M
 
L
Y
 
G
G
 
Q
K
 
Q
T
 
T
A
 
V
G
 
G
V
 
V
I
 
M
G
|
G
T
 
T
G
|
G
K
x
H
I
|
I
G
 
G
V
 
Q
A
 
V
M
 
A
L
 
I
R
 
K
I
 
L
L
 
F
K
 
K
G
 
G
F
 
F
G
 
G
M
 
A
R
 
K
L
 
V
L
 
I
A
 
A
F
x
Y
D
|
D
P
|
P
Y
 
Y
P
 
P
S
 
M
A
 
K
A
 
G
A
 
D
L
 
-
E
 
H
L
 
P
G
 
D
V
 
F
E
 
D
Y
 
Y
V
 
V
D
 
S
L
 
L
P
 
E
T
 
D
L
 
L
F
 
F
S
 
K
E
 
Q
S
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
I
S
 
D
L
 
L
H
|
H
C
x
V
P
|
P
L
 
G
T
 
I
P
 
E
E
 
Q
N
|
N
Y
 
T
H
 
H
L
 
I
L
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
A
A
 
A
F
 
F
E
 
N
Q
 
L
M
 
M
K
 
K
N
 
P
G
 
G
V
 
A
M
 
I
I
 
V
V
 
I
N
 
N
T
|
T
S
x
A
R
|
R
G
 
P
A
 
N
L
 
L
I
 
I
D
 
D
S
 
T
Q
 
Q
A
 
A
A
 
M
I
 
L
E
 
S
A
 
N
L
 
L
K
 
K
N
 
S
Q
 
G
K
 
K
I
 
L
G
 
A
S
 
G
L
 
V
G
 
G
M
 
I
D
|
D
V
 
T
Y
 
Y
E
 
E
N
 
Y
E
|
E
R
 
T
D
 
E
L
 
D
F
 
L
F
 
L
E
 
N
D
 
L
K
 
A
S
 
K
N
 
H
D
 
G
V
 
S
I
 
F
Q
 
K
D
 
D
D
 
P
V
 
L
F
 
W
R
 
D
R
 
E
L
 
L
S
 
L
A
 
G
C
 
M
H
 
P
N
 
N
V
 
V
L
 
V
F
 
L
T
 
S
G
 
P
H
|
H
Q
 
I
A
 
A
F
x
Y
L
 
Y
T
 
T
A
 
E
E
 
T
A
 
A
L
 
V
T
 
H
S
 
N
I
 
M
S
 
V
Q
 
Y
T
 
F
T
 
S
L
 
L
Q
 
Q
N
 
H
L
 
L
S
 
V
N
 
D
-
 
F
L
 
L
E
 
T
K
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
T
C
 
S

P26297 D-lactate dehydrogenase; D-LDH; D-specific 2-hydroxyacid dehydrogenase; EC 1.1.1.28 from Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (strain ATCC 11842 / DSM 20081 / BCRC 10696 / JCM 1002 / NBRC 13953 / NCIMB 11778 / NCTC 12712 / WDCM 00102 / Lb 14) (see 2 papers)
35% identity, 97% coverage: 2:319/329 of query aligns to 3:319/333 of P26297

query
sites
P26297
K
 
K
L
 
I
A
 
F
V
 
A
Y
 
Y
S
 
A
T
 
I
K
 
R
Q
 
E
Y
 
D
D
 
E
K
 
K
K
 
P
Y
 
F
L
 
L
Q
 
K
Q
 
E
V
 
W
N
 
E
E
 
D
S
 
A
F
 
H
-
 
K
G
 
D
F
 
V
E
 
E
L
 
V
E
 
E
F
 
Y
F
 
T
D
 
D
F
 
K
L
 
L
L
 
L
T
 
T
E
 
P
K
 
E
T
 
T
A
 
V
K
 
A
T
 
L
A
 
A
N
 
K
G
 
G
C
 
A
E
 
D
A
 
G
V
 
V
C
 
V
I
 
V
F
 
Y
V
 
Q
N
 
Q
D
 
L
D
 
D
G
 
Y
S
 
T
R
 
A
P
 
E
V
 
T
L
 
L
E
 
Q
E
 
A
L
 
L
K
 
A
K
 
D
H
 
N
G
 
G
V
 
I
K
 
T
Y
 
K
I
 
M
A
 
S
L
 
L
R
 
R
C
 
N
A
 
V
G
 
G
F
 
V
N
 
D
N
 
N
V
 
I
D
 
D
L
 
M
D
 
A
A
 
K
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
F
K
 
Q
V
 
I
V
 
T
R
 
N
V
 
V
P
 
P
A
 
V
Y
 
Y
D
 
S
P
 
P
E
 
N
A
 
A
V
 
I
A
 
A
E
 
E
H
 
H
A
 
A
I
 
A
G
 
I
M
 
Q
M
 
A
M
 
A
T
 
R
L
 
I
N
 
L
R
 
R
R
 
Q
I
 
D
H
 
K
R
 
A
A
 
M
Y
 
D
Q
 
E
R
 
K
T
 
V
R
 
A
D
 
R
A
 
H
N
 
D
F
 
L
S
 
R
L
 
W
E
 
A
G
 
P
L
 
T
T
 
I
G
 
G
F
 
R
T
 
E
M
 
V
Y
 
R
G
 
D
K
 
Q
T
 
V
A
 
V
G
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
T
 
T
G
 
G
K
x
H
I
|
I
G
 
G
V
 
Q
A
 
V
M
 
F
L
 
M
R
 
Q
I
 
I
L
 
M
K
 
E
G
 
G
F
 
F
G
 
G
M
 
A
R
 
K
L
 
V
L
 
I
A
 
A
F
 
Y
D
|
D
P
 
I
Y
 
F
P
 
R
S
 
N
A
 
P
A
 
E
A
 
-
L
 
L
E
 
E
L
 
K
G
 
K
V
 
G
E
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
D
 
D
-
 
S
L
 
L
P
 
D
T
 
D
L
 
L
F
 
Y
S
 
K
E
 
Q
S
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
L
H
|
H
C
x
V
P
|
P
L
 
D
T
 
V
P
 
P
E
 
A
N
|
N
Y
 
V
H
 
H
L
 
M
L
 
I
N
 
N
E
 
D
A
 
E
A
 
S
F
 
I
E
 
A
Q
 
K
M
 
M
K
 
K
N
 
Q
G
 
D
V
 
V
M
 
V
I
 
I
V
 
V
N
 
N
T
 
V
S
 
S
R
|
R
G
 
G
A
 
P
L
 
L
I
 
V
D
 
D
S
 
T
Q
 
D
A
 
A
A
 
V
I
 
I
E
 
R
A
 
G
L
 
L
K
 
D
N
 
S
Q
 
G
K
 
K
I
 
I
G
 
F
S
 
G
L
 
Y
G
 
A
M
 
M
D
|
D
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
N
 
G
E
|
E
R
 
V
D
 
G
L
 
I
F
 
F
F
 
N
E
 
E
D
 
D
K
 
W
S
 
E
N
 
G
D
 
K
V
 
E
I
 
F
Q
 
P
D
 
D
D
 
A
V
 
R
F
 
L
R
 
A
R
 
D
L
 
L
S
 
I
A
 
A
C
 
R
H
 
P
N
 
N
V
 
V
L
 
L
F
 
V
T
 
T
G
 
P
H
|
H
Q
 
T
A
 
A
F
 
F
L
 
Y
T
 
T
A
 
T
E
 
H
A
 
A
L
 
V
T
 
R
S
 
N
I
 
M
S
 
V
Q
 
V
T
 
K
T
 
A
L
 
F
Q
 
D
N
 
N
L
 
-
S
 
-
N
 
N
L
 
L
E
 
E

1j49A Insights into domain closure, substrate specificity and catalysis of d-lactate dehydrogenase from lactobacillus bulgaricus (see paper)
34% identity, 97% coverage: 2:319/329 of query aligns to 3:319/332 of 1j49A

query
sites
1j49A
K
 
K
L
 
I
A
 
F
V
 
A
Y
 
Y
S
 
A
T
 
I
K
 
R
Q
 
E
Y
 
D
D
 
E
K
 
K
K
 
P
Y
 
F
L
 
L
Q
 
K
Q
 
E
V
 
W
N
 
E
E
 
D
S
 
A
F
 
H
-
 
K
G
 
D
F
 
V
E
 
E
L
 
V
E
 
E
F
 
Y
F
 
T
D
 
D
F
 
K
L
 
L
L
 
L
T
 
T
E
 
P
K
 
E
T
 
T
A
 
V
K
 
A
T
 
L
A
 
A
N
 
K
G
 
G
C
 
A
E
 
D
A
 
G
V
 
V
C
 
V
I
 
V
F
 
Y
V
 
Q
N
 
Q
D
 
L
D
 
D
G
 
Y
S
 
I
R
 
A
P
 
E
V
 
T
L
 
L
E
 
Q
E
 
A
L
 
L
K
 
A
K
 
D
H
 
N
G
 
G
V
 
I
K
 
T
Y
 
K
I
 
M
A
 
S
L
 
L
R
 
R
C
 
N
A
 
V
G
 
G
F
 
V
N
 
D
N
 
N
V
 
I
D
 
D
L
 
M
D
 
A
A
 
K
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
F
K
 
Q
V
 
I
V
 
T
R
 
N
V
 
V
P
 
P
A
 
V
Y
|
Y
D
x
S
P
 
P
E
 
N
A
 
A
V
x
I
A
 
A
E
 
E
H
 
H
A
 
A
I
 
A
G
 
I
M
 
Q
M
 
A
M
 
A
T
 
R
L
 
I
N
 
L
R
 
R
R
 
Q
I
 
D
H
 
K
R
 
A
A
 
M
Y
 
D
Q
 
E
R
 
K
T
 
V
R
 
A
D
 
R
A
 
H
N
 
D
F
 
L
S
 
R
L
 
W
E
 
A
G
 
P
L
 
T
T
 
I
G
 
G
F
 
R
T
 
E
M
 
V
Y
 
R
G
 
D
K
 
Q
T
 
V
A
 
V
G
 
G
V
 
V
I
 
V
G
|
G
T
 
T
G
|
G
K
 
H
I
|
I
G
 
G
V
 
Q
A
 
V
M
 
F
L
 
M
R
 
Q
I
 
I
L
 
M
K
 
E
G
 
G
F
 
F
G
 
G
M
 
A
R
 
K
L
 
V
L
 
I
A
 
T
F
x
Y
D
|
D
P
x
I
Y
 
F
P
 
R
S
 
N
A
 
P
A
 
E
A
 
-
L
 
L
E
 
E
L
 
K
G
 
K
V
 
G
E
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
D
 
D
-
 
S
L
 
L
P
 
D
T
 
D
L
 
L
F
 
Y
S
 
K
E
 
Q
S
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
L
H
 
H
C
x
V
P
|
P
L
 
D
T
 
V
P
 
P
E
 
A
N
|
N
Y
 
V
H
 
H
L
 
M
L
 
I
N
 
N
E
 
D
A
 
E
A
 
S
F
 
I
E
 
A
Q
 
K
M
 
M
K
 
K
N
 
Q
G
 
D
V
 
V
M
 
V
I
 
I
V
 
V
N
 
N
T
x
V
S
|
S
R
|
R
G
 
G
A
 
P
L
 
L
I
 
V
D
 
D
S
 
T
Q
 
D
A
 
A
A
 
V
I
 
I
E
 
R
A
 
G
L
 
L
K
 
D
N
 
S
Q
 
G
K
 
K
I
 
I
G
 
F
S
 
G
L
 
Y
G
 
A
M
 
M
D
|
D
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
N
 
G
E
|
E
R
 
V
D
 
G
L
 
I
F
 
F
F
 
N
E
 
E
D
 
D
K
 
W
S
 
E
N
 
G
D
 
K
V
 
E
I
 
F
Q
 
P
D
 
D
D
 
A
V
 
R
F
 
L
R
 
A
R
 
D
L
 
L
S
 
I
A
 
A
C
 
R
H
 
P
N
 
N
V
 
V
L
 
L
F
 
V
T
 
T
G
 
P
H
|
H
Q
 
T
A
|
A
F
|
F
L
 
Y
T
 
T
A
 
T
E
 
H
A
 
A
L
 
V
T
 
R
S
 
N
I
 
M
S
 
V
Q
 
V
T
 
K
T
 
A
L
 
F
Q
 
D
N
 
N
L
 
-
S
 
-
N
 
N
L
 
L
E
 
E

4prlA Crystal structure of d-lactate dehydrogenase with NAD+ from lactobacillus jensenii (see paper)
32% identity, 98% coverage: 1:322/329 of query aligns to 1:322/330 of 4prlA

query
sites
4prlA
M
 
M
K
 
K
L
 
I
A
 
A
V
 
V
Y
 
F
S
 
S
T
 
P
K
 
S
Q
 
E
Y
 
S
D
 
E
K
 
R
K
 
K
Y
 
L
L
 
V
Q
 
A
Q
 
A
V
 
T
N
 
E
E
 
K
S
 
K
F
 
F
G
 
G
F
 
C
E
 
E
L
 
L
E
 
K
F
 
L
F
 
I
D
 
D
F
 
E
L
 
S
L
 
L
T
 
S
E
 
A
K
 
E
T
 
N
A
 
V
K
 
D
T
 
Q
A
 
V
N
 
A
G
 
D
C
 
C
E
 
D
A
 
G
V
 
V
C
 
L
I
 
L
F
 
K
-
 
P
V
 
L
N
 
G
D
 
N
D
 
L
G
 
D
S
 
D
R
 
E
P
 
I
V
 
V
L
 
Y
E
 
K
E
 
K
L
 
L
K
 
A
K
 
D
H
 
Y
G
 
G
V
 
I
K
 
K
Y
 
S
I
 
I
A
 
G
L
 
L
R
 
R
C
 
I
A
 
V
G
 
G
F
 
T
N
 
N
N
 
T
V
 
I
D
 
D
L
 
F
D
 
D
A
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
K
L
 
Y
G
 
H
L
 
L
K
 
T
V
 
V
V
 
T
R
 
N
V
 
V
P
 
P
A
 
V
Y
|
Y
D
 
S
P
 
P
E
 
R
A
 
A
V
x
I
A
 
A
E
 
E
H
 
M
A
 
A
I
 
V
G
 
T
M
 
Q
M
 
A
M
 
M
T
 
Y
L
 
L
N
 
N
R
 
R
R
 
K
I
 
I
H
 
G
R
 
E
A
 
F
Y
 
K
Q
 
A
R
 
N
T
 
M
R
 
D
D
 
K
A
 
G
N
 
D
F
 
F
S
 
T
-
 
N
L
 
P
E
 
D
G
 
S
L
 
L
T
 
I
G
 
S
F
 
N
T
 
E
M
 
I
Y
 
Y
G
 
N
K
 
K
T
 
T
A
 
I
G
 
G
V
 
L
I
 
I
G
 
G
T
x
V
G
|
G
K
x
H
I
|
I
G
 
G
V
 
S
A
 
A
M
 
V
L
 
A
R
 
Q
I
 
I
L
 
F
K
 
S
G
 
A
F
 
M
G
 
G
M
 
A
R
 
K
L
 
V
L
 
L
A
 
A
F
x
Y
D
|
D
P
 
V
Y
 
I
P
 
Y
S
 
N
A
 
P
A
 
E
A
 
-
L
 
V
E
 
E
L
 
P
G
 
Y
V
 
L
E
 
T
Y
 
Y
V
 
A
D
 
D
L
 
F
P
 
D
T
 
T
L
 
V
F
 
L
S
 
K
E
 
E
S
 
A
D
 
D
V
 
I
I
 
I
S
 
S
L
 
L
H
|
H
C
x
T
P
|
P
L
 
L
T
 
L
P
 
K
E
 
S
N
 
T
Y
 
E
H
 
N
L
 
M
L
 
I
N
 
G
E
 
K
A
 
K
A
 
Q
F
 
F
E
 
A
Q
 
E
M
 
M
K
 
K
N
 
N
G
 
D
V
 
A
M
 
I
I
 
L
V
 
I
N
 
N
T
x
A
S
x
A
R
 
R
G
 
G
A
 
E
L
 
L
I
 
V
D
 
D
S
 
T
Q
 
A
A
 
A
A
 
L
I
 
I
E
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
E
N
 
K
Q
 
H
K
 
E
I
 
I
G
 
A
S
 
A
L
 
A
G
 
G
M
 
L
D
|
D
V
 
T
Y
 
L
E
 
A
N
 
H
E
 
E
R
 
S
D
 
S
L
 
Y
F
 
F
F
 
F
E
 
K
D
 
K
K
 
V
S
 
D
N
 
D
D
 
A
V
 
Q
I
 
I
Q
 
P
D
 
A
D
 
D
V
 
-
F
 
Y
R
 
K
R
 
K
L
 
L
S
 
A
A
 
A
C
 
M
H
 
P
N
 
N
V
 
V
L
 
I
F
 
V
T
 
T
G
 
P
H
|
H
Q
 
S
A
|
A
F
 
Y
L
 
F
T
 
T
A
 
K
E
 
T
A
 
S
L
 
V
T
 
R
S
 
N
I
 
M
S
 
I
Q
 
E
T
 
I
T
 
S
L
 
L
Q
 
R
N
 
D
L
 
T
S
 
I
N
 
A
L
 
L
E
 
A
K
 
N
G
 
G
E
 
E

3kb6B Crystal structure of d-lactate dehydrogenase from aquifex aeolicus complexed with NAD and lactic acid (see paper)
37% identity, 84% coverage: 45:322/329 of query aligns to 43:321/334 of 3kb6B

query
sites
3kb6B
C
 
A
E
 
E
A
 
L
V
 
I
C
 
S
I
 
V
F
|
F
V
 
V
N
 
Y
D
 
D
D
 
K
G
 
L
S
 
T
R
 
E
P
 
E
V
 
L
L
 
L
E
 
S
E
 
K
L
 
M
K
 
P
K
 
R
H
 
-
G
 
-
V
 
L
K
 
K
Y
 
L
I
 
I
A
 
H
L
 
T
R
 
R
C
x
S
A
x
V
G
|
G
F
 
F
N
 
D
N
 
H
V
 
I
D
 
D
L
 
L
D
 
D
A
 
Y
A
 
C
K
 
K
E
 
K
L
 
K
G
 
G
L
 
I
K
 
L
V
 
V
V
 
T
R
 
H
V
 
I
P
 
P
A
 
A
Y
|
Y
D
x
S
P
 
P
E
 
E
A
 
S
V
|
V
A
 
A
E
 
E
H
 
H
A
 
T
I
 
F
G
 
A
M
 
M
M
 
I
M
 
L
T
 
T
L
 
L
N
 
V
R
 
K
R
 
R
I
 
L
H
 
K
R
 
R
A
 
I
Y
 
E
Q
 
D
R
 
R
T
 
V
R
 
K
D
 
K
A
 
L
N
 
N
F
 
F
S
 
S
L
 
Q
E
 
D
G
 
S
-
 
E
L
 
I
T
 
L
G
 
A
F
 
R
T
 
E
M
 
L
Y
 
N
G
 
R
K
 
L
T
 
T
A
 
L
G
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
T
 
T
G
|
G
K
x
R
I
|
I
G
 
G
-
 
S
-
 
R
V
 
V
A
 
A
M
 
M
L
 
Y
R
 
G
I
 
L
L
 
-
K
 
-
G
 
A
F
 
F
G
 
G
M
 
M
R
 
K
L
 
V
L
 
L
A
 
C
F
 
Y
D
|
D
P
x
V
Y
 
V
P
 
K
S
 
R
A
 
E
A
 
D
A
 
L
L
 
K
E
 
E
L
 
K
G
 
G
V
 
C
E
 
V
Y
 
Y
V
 
T
D
 
S
L
 
L
P
 
D
T
 
E
L
 
L
F
 
L
S
 
K
E
 
E
S
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
I
S
 
S
L
 
L
H
 
H
C
 
V
P
|
P
L
 
Y
T
 
T
P
 
K
E
 
E
N
 
T
Y
 
H
H
 
H
L
 
M
L
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
E
A
 
R
F
 
I
E
 
S
Q
 
L
M
 
M
K
 
K
N
 
D
G
 
G
V
 
V
M
 
Y
I
 
L
V
 
I
N
 
N
T
|
T
S
x
A
R
|
R
G
 
G
A
 
K
L
 
V
I
 
V
D
 
D
S
 
T
Q
 
D
A
 
A
A
 
L
I
 
Y
E
 
R
A
 
A
L
 
Y
K
 
Q
N
 
R
Q
 
G
K
 
K
I
 
F
G
 
S
S
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
L
D
|
D
V
 
V
Y
 
F
E
 
E
N
 
D
E
|
E
R
 
E
D
 
I
L
 
L
F
 
I
F
 
L
E
 
K
D
 
K
K
 
Y
S
 
T
N
 
E
D
 
G
V
 
K
I
 
A
Q
 
T
D
 
D
D
 
K
V
 
N
F
 
L
R
 
K
R
 
I
L
 
L
S
 
E
-
 
L
A
 
A
C
 
C
H
 
K
-
 
D
N
 
N
V
 
V
L
 
I
F
 
I
T
 
T
G
 
P
H
|
H
Q
 
I
A
|
A
F
x
Y
L
 
Y
T
 
T
A
 
D
E
 
K
A
 
S
L
 
L
T
 
E
S
 
R
I
 
I
S
 
R
Q
 
E
T
 
E
T
 
T
L
 
V
Q
 
K
N
 
V
L
 
V
S
 
K
N
 
A
L
 
F
E
 
V
K
 
K
G
 
G
E
 
D

2yq5C Crystal structure of d-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase from lactobacillus delbrueckii ssp. Bulgaricus: NAD complexed form (see paper)
30% identity, 97% coverage: 2:321/329 of query aligns to 2:323/331 of 2yq5C

query
sites
2yq5C
K
 
K
L
 
I
A
 
A
V
 
M
Y
 
Y
S
 
N
T
 
V
K
 
S
Q
 
P
Y
 
I
D
 
E
K
 
V
K
 
P
Y
 
Y
L
 
I
Q
 
E
Q
 
D
V
 
W
N
 
A
E
 
K
S
 
K
F
 
N
G
 
D
F
 
V
E
 
E
L
 
I
E
 
K
F
 
T
F
 
T
D
 
D
F
 
Q
L
 
A
L
 
L
T
 
T
E
 
S
K
 
A
T
 
T
A
 
V
K
 
D
T
 
L
A
 
A
N
 
E
G
 
G
C
 
C
E
 
S
A
 
S
V
 
V
C
 
S
I
 
L
-
 
K
F
 
P
V
 
L
N
 
G
D
 
P
D
 
V
G
 
D
S
 
E
R
 
E
P
 
V
V
 
V
L
 
Y
E
 
Q
E
 
K
L
 
L
K
 
S
K
 
E
H
 
Y
G
 
G
V
 
V
K
 
K
Y
 
C
I
 
I
A
 
G
L
 
L
R
 
R
C
 
I
A
 
V
G
 
G
F
 
F
N
 
N
N
 
T
V
 
I
D
 
N
L
 
F
D
 
D
A
 
W
A
 
T
K
 
K
E
 
K
L
 
Y
G
 
N
L
 
L
K
 
L
V
 
V
V
 
T
R
 
N
V
 
V
P
 
P
A
 
V
Y
|
Y
D
x
S
P
 
P
E
 
R
A
 
A
V
x
I
A
 
A
E
 
E
H
 
M
A
 
T
I
 
V
G
 
T
M
 
Q
M
 
A
M
 
M
T
 
Y
L
 
L
N
 
L
R
 
R
R
 
K
I
 
I
H
 
G
R
 
E
-
 
F
A
 
R
Y
 
Y
Q
 
R
R
 
M
T
 
D
R
 
H
D
 
D
A
 
H
N
 
D
F
 
F
S
 
T
L
 
W
-
 
P
E
 
S
G
 
N
L
 
L
T
 
I
G
 
S
F
 
N
T
 
E
M
 
I
Y
 
Y
G
 
N
K
 
L
T
 
T
A
 
V
G
 
G
V
 
L
I
 
I
G
 
G
T
x
V
G
|
G
K
x
H
I
|
I
G
 
G
V
 
S
A
 
A
M
 
V
L
 
A
R
 
E
I
 
I
L
 
F
K
 
S
G
 
A
F
 
M
G
 
G
M
 
A
R
 
K
L
 
V
L
 
I
A
 
A
F
x
Y
D
|
D
P
 
-
Y
x
V
P
 
A
S
 
Y
A
 
N
A
 
P
A
 
E
L
 
F
E
 
E
L
 
P
G
 
F
V
 
L
E
 
T
Y
 
Y
V
 
T
D
 
D
L
 
F
P
 
D
T
 
T
L
 
V
F
 
L
S
 
K
E
 
E
S
 
A
D
 
D
V
 
I
I
 
V
S
 
S
L
 
L
H
|
H
C
x
T
P
|
P
L
 
L
T
 
F
P
 
P
E
 
S
N
 
T
Y
 
E
H
 
N
L
 
M
L
 
I
N
 
G
E
 
E
A
 
K
A
 
Q
F
 
L
E
 
K
Q
 
E
M
 
M
K
 
K
N
 
K
G
 
S
V
 
A
M
 
Y
I
 
L
V
 
I
N
 
N
T
 
C
S
x
A
R
|
R
G
 
G
A
 
E
L
 
L
I
 
V
D
 
D
S
 
T
Q
 
G
A
 
A
A
 
L
I
 
I
E
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
Q
N
 
D
Q
 
G
K
 
E
I
 
I
G
 
A
S
 
G
L
 
A
G
 
G
M
 
L
D
|
D
V
 
T
Y
 
L
E
 
A
N
 
G
E
|
E
R
 
S
D
 
S
L
 
Y
F
 
F
F
 
G
E
 
H
D
 
T
K
 
G
S
 
L
N
 
T
D
 
D
V
 
S
I
 
E
Q
 
I
D
 
P
D
 
E
V
 
D
F
 
Y
R
 
K
R
 
T
L
 
L
S
 
A
A
 
K
C
 
M
H
 
P
N
 
N
V
 
V
L
 
V
F
 
I
T
 
T
G
 
P
H
|
H
Q
 
S
A
 
A
F
|
F
L
 
Y
T
 
T
A
 
E
E
 
T
A
 
S
L
 
I
T
 
R
S
 
N
I
 
M
S
 
V
Q
 
Q
T
 
I
T
 
C
L
 
L
Q
 
T
N
 
D
L
 
Q
S
 
L
N
 
T
L
 
I
E
 
A
K
 
K
G
 
G

1wwkA Crystal structure of phosphoglycerate dehydrogenase from pyrococcus horikoshii ot3
34% identity, 87% coverage: 18:303/329 of query aligns to 15:286/304 of 1wwkA

query
sites
1wwkA
Q
 
Q
V
 
V
N
 
L
E
 
K
S
 
D
F
 
A
G
 
G
F
 
L
E
 
E
L
 
V
E
 
I
F
 
Y
F
 
E
D
 
E
F
 
Y
L
 
P
L
 
D
T
 
E
E
 
D
K
 
R
T
 
L
A
 
V
K
 
E
T
 
L
A
 
V
N
 
K
G
 
D
C
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
I
C
 
I
I
 
V
F
 
R
V
 
S
N
 
K
D
 
P
D
 
K
G
 
V
S
 
T
R
 
R
P
 
R
V
 
V
L
 
I
E
 
E
E
 
S
L
 
A
K
 
P
K
 
K
H
 
-
G
 
-
V
 
L
K
 
K
Y
 
V
I
 
I
A
 
A
L
 
R
R
 
A
C
 
G
A
 
V
G
 
G
F
 
L
N
 
D
N
 
N
V
 
I
D
 
D
L
 
V
D
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
K
G
 
G
L
 
I
K
 
E
V
 
V
V
 
V
R
 
N
V
 
A
P
 
P
A
 
A
Y
 
A
D
x
S
P
 
S
E
 
R
A
 
S
V
|
V
A
 
A
E
 
E
H
 
L
A
 
A
I
 
V
G
 
G
M
 
L
M
 
M
M
 
F
T
 
S
L
 
V
N
 
A
R
 
R
R
 
K
I
 
I
H
 
A
R
 
F
A
 
A
Y
 
D
Q
 
R
R
 
K
T
 
M
R
 
R
D
 
E
A
 
G
N
 
V
F
 
W
S
 
A
L
 
K
E
 
K
G
 
E
L
 
A
T
 
M
G
 
G
F
 
I
T
 
E
M
 
L
Y
 
E
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
I
G
 
G
V
 
I
I
 
I
G
|
G
T
x
F
G
|
G
K
x
R
I
|
I
G
 
G
V
 
Y
A
 
Q
M
 
V
L
 
A
R
 
K
I
 
I
L
 
A
K
 
N
G
 
A
F
 
L
G
 
G
M
 
M
R
 
N
L
 
I
L
 
L
A
 
L
F
x
Y
D
|
D
P
|
P
Y
 
Y
P
 
P
S
 
N
A
 
E
A
 
E
-
 
R
A
 
A
L
 
K
E
 
E
L
 
V
G
 
N
V
 
G
E
 
K
Y
 
F
V
 
V
D
 
D
L
 
L
P
 
E
T
 
T
L
 
L
F
 
L
S
 
K
E
 
E
S
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
V
S
 
T
L
 
I
H
 
H
C
x
V
P
|
P
L
 
L
T
 
V
P
 
E
E
 
S
N
x
T
Y
 
Y
H
 
H
L
 
L
L
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
E
A
 
R
F
 
L
E
 
K
Q
 
L
M
 
M
K
 
K
N
 
K
G
 
T
V
 
A
M
 
I
I
 
L
V
 
I
N
 
N
T
|
T
S
|
S
R
|
R
G
 
G
A
 
P
L
 
V
I
 
V
D
 
D
S
 
T
Q
 
N
A
 
A
A
 
L
I
 
V
E
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
K
N
 
E
Q
 
G
K
 
W
I
 
I
G
 
A
S
 
G
L
 
A
G
 
G
M
 
L
D
|
D
V
 
V
Y
 
F
E
 
E
N
 
E
E
|
E
R
 
P
D
 
-
L
 
-
F
 
L
F
 
P
E
 
K
D
 
D
K
 
H
S
 
P
N
 
-
D
 
-
V
 
-
I
 
-
Q
 
-
D
 
-
D
 
-
V
 
-
F
 
-
R
 
-
R
 
-
L
 
L
S
 
T
A
 
K
C
 
F
H
 
D
N
 
N
V
 
V
L
 
V
F
 
L
T
 
T
G
 
P
H
|
H
Q
 
I
A
x
G
F
 
A
L
 
S
T
 
T
A
 
V
E
 
E
A
 
A

4xkjA A novel d-lactate dehydrogenase from sporolactobacillus sp
29% identity, 100% coverage: 1:328/329 of query aligns to 1:328/332 of 4xkjA

query
sites
4xkjA
M
 
M
K
 
K
L
 
I
A
 
I
V
 
M
Y
 
F
S
 
S
T
 
V
K
 
R
Q
 
D
Y
 
D
D
 
E
K
 
E
K
 
A
Y
 
A
L
 
I
Q
 
R
Q
 
E
V
 
W
N
 
E
E
 
K
S
 
K
F
 
T
G
 
G
F
 
V
E
 
Q
L
 
V
E
 
D
F
 
I
F
 
N
D
 
R
F
 
L
L
 
E
L
 
L
T
 
D
E
 
A
K
 
E
T
 
T
A
 
A
K
 
Q
T
 
L
A
 
T
N
 
K
G
 
G
C
 
Y
E
 
D
A
 
G
V
 
I
C
 
V
I
 
I
F
 
Q
V
 
Q
N
 
R
D
 
S
D
 
H
G
 
I
S
 
S
R
 
N
P
 
P
-
 
A
V
 
V
L
 
Y
E
 
E
E
 
T
L
 
L
K
 
Q
K
 
K
H
 
N
G
 
G
V
 
L
K
 
R
Y
 
Q
I
 
L
A
 
T
L
 
S
R
 
R
C
 
T
A
 
A
G
 
G
F
 
Y
N
 
D
N
 
M
V
 
I
D
 
D
L
 
L
D
 
E
A
 
Q
A
 
A
K
 
S
E
 
E
L
 
R
G
 
G
L
 
L
K
 
V
V
 
V
V
 
T
R
 
N
V
 
V
P
 
P
A
 
A
Y
|
Y
D
x
S
P
 
P
E
 
N
A
 
S
V
|
V
A
 
A
E
 
E
H
 
L
A
 
A
I
 
L
G
 
T
M
 
Q
M
 
T
M
 
M
T
 
R
L
 
L
N
 
I
R
 
R
R
 
N
I
 
L
H
 
P
R
 
L
A
 
F
Y
 
D
Q
 
A
R
 
R
T
 
G
R
 
A
D
 
E
A
 
Q
N
 
D
F
 
F
S
 
R
L
 
W
E
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
M
G
 
A
F
 
R
T
 
E
M
 
I
Y
 
R
G
 
S
K
 
L
T
 
T
A
 
V
G
 
G
V
 
I
I
 
I
G
|
G
T
 
A
G
|
G
K
x
R
I
|
I
G
 
G
V
 
G
A
 
T
M
 
V
L
 
A
R
 
R
I
 
L
L
 
F
K
 
K
G
 
A
F
 
L
G
 
G
M
 
A
R
 
T
L
 
V
L
 
I
A
 
A
F
 
N
D
|
D
P
x
I
Y
 
V
P
 
E
S
x
R
A
 
V
A
 
E
A
 
L
L
 
K
E
 
D
L
 
I
G
 
-
V
 
V
E
 
T
Y
 
Y
V
 
V
D
 
S
L
 
K
P
 
E
T
 
E
L
 
L
F
 
L
S
 
Q
E
 
A
S
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
V
S
 
T
L
 
L
H
|
H
C
x
V
P
|
P
L
 
L
T
 
M
P
 
D
E
 
S
N
x
T
Y
 
T
H
 
Q
L
 
L
L
 
I
N
 
D
E
 
A
A
 
D
A
 
A
F
 
L
E
 
A
Q
 
L
M
 
M
K
 
K
N
 
N
G
 
D
V
 
A
M
 
V
I
 
L
V
 
I
N
 
N
T
x
A
S
 
S
R
|
R
G
 
G
A
 
P
L
 
V
I
 
V
D
 
D
S
 
T
Q
 
D
A
 
A
A
 
L
I
 
I
E
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
Q
N
 
N
Q
 
K
K
 
Q
I
 
I
G
 
A
S
 
G
L
 
A
G
 
A
M
 
L
D
|
D
V
 
T
Y
 
L
E
 
N
N
 
G
E
|
E
R
 
E
D
 
H
L
 
F
F
 
F
F
 
N
E
 
Q
D
 
D
K
 
L
S
 
C
N
 
G
D
 
K
V
 
E
I
 
L
Q
 
P
D
 
S
D
 
E
V
 
Q
F
 
L
R
 
K
R
 
V
L
 
L
S
 
R
A
 
T
C
 
L
H
 
P
N
 
N
V
 
V
L
 
L
F
 
I
T
 
T
G
 
P
H
|
H
Q
 
I
A
x
G
F
|
F
L
 
Y
T
 
T
A
 
N
E
 
K
A
 
A
L
 
V
T
 
Q
S
 
N
I
 
M
S
 
V
Q
 
E
T
 
I
T
 
S
L
 
L
Q
 
N
N
 
D
L
 
V
S
 
L
N
 
A
L
 
I
E
 
L
K
 
K
G
 
T
E
 
G
T
 
T
C
 
S
P
 
E
N
 
H
E
 
Q
L
 
L

5aovA Ternary crystal structure of pyrococcus furiosus glyoxylate hydroxypyruvate reductase in presence of glyoxylate (see paper)
29% identity, 88% coverage: 36:325/329 of query aligns to 37:318/334 of 5aovA

query
sites
5aovA
E
 
E
K
 
K
T
 
L
A
 
L
K
 
E
T
 
K
A
 
V
N
 
K
G
 
D
C
 
V
E
 
D
A
 
A
V
 
L
C
 
V
I
 
T
F
x
M
V
x
L
N
 
S
D
 
E
D
 
R
G
 
I
S
 
D
R
 
Q
P
 
E
V
 
V
L
 
F
E
 
E
E
 
N
L
 
A
K
 
P
K
 
R
H
 
-
G
 
-
V
 
L
K
 
R
Y
 
I
I
 
V
A
 
A
L
 
N
R
x
Y
C
x
A
A
x
V
G
|
G
F
 
Y
N
 
D
N
 
N
V
 
I
D
 
D
L
 
V
D
 
E
A
 
E
A
 
A
K
 
T
E
 
R
L
 
R
G
 
G
L
 
I
K
 
Y
V
 
V
V
 
T
R
 
N
V
 
T
P
 
P
A
 
D
Y
 
V
D
x
L
P
 
T
E
 
N
A
 
A
V
x
T
A
 
A
E
 
D
H
 
H
A
 
A
I
 
F
G
 
A
M
 
L
M
 
L
M
 
L
T
 
A
L
 
T
N
 
A
R
 
R
R
 
H
I
 
V
H
 
V
R
 
K
A
 
G
Y
 
D
Q
 
K
R
 
F
T
 
V
R
 
R
D
 
S
A
 
G
N
 
E
F
 
W
S
 
K
L
 
R
E
 
K
G
 
G
L
 
I
T
 
A
-
 
W
-
 
H
-
 
P
-
 
K
-
 
W
-
 
F
-
 
L
G
 
G
F
 
Y
T
 
E
M
 
L
Y
 
Y
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
I
G
 
G
V
 
I
I
 
V
G
 
G
T
x
F
G
|
G
K
x
R
I
|
I
G
 
G
V
 
Q
A
 
A
M
 
I
L
 
A
R
 
R
I
 
R
L
 
A
K
 
K
G
 
G
F
 
F
G
 
N
M
 
M
R
 
R
L
 
I
L
 
L
A
 
Y
F
 
Y
D
x
S
-
x
R
P
 
T
Y
 
R
P
 
K
S
 
S
A
 
Q
A
 
A
A
 
E
L
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
A
E
 
E
Y
 
Y
V
 
R
D
 
P
L
 
L
P
 
E
T
 
E
L
 
V
F
 
L
S
 
K
E
 
E
S
 
S
D
 
D
V
 
F
I
 
V
S
 
I
L
 
L
H
x
A
C
x
V
P
|
P
L
 
L
T
 
T
P
 
K
E
 
E
N
x
T
Y
 
M
H
 
Y
L
 
M
L
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
E
A
 
R
F
 
L
E
 
K
Q
 
L
M
 
M
K
 
K
N
 
P
G
 
T
V
 
A
M
 
I
I
 
L
V
 
V
N
 
N
T
x
I
S
x
A
R
|
R
G
 
G
A
 
K
L
 
V
I
 
V
D
 
D
S
 
T
Q
 
K
A
 
A
A
 
L
I
 
I
E
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
K
N
 
E
Q
 
G
K
 
W
I
 
I
G
 
A
S
 
G
L
 
A
G
 
G
M
 
L
D
|
D
V
 
V
Y
 
F
E
 
E
N
 
E
E
|
E
R
 
P
D
 
-
L
 
-
F
 
Y
F
 
Y
E
 
N
D
 
E
K
 
E
S
 
-
N
 
-
D
 
-
V
 
-
I
 
-
Q
 
-
D
 
-
D
 
-
V
 
-
F
 
-
R
 
-
R
 
-
L
 
L
S
 
F
A
 
S
C
 
L
H
 
D
N
 
N
V
 
V
L
 
V
F
 
L
T
 
T
G
 
P
H
|
H
Q
 
I
A
x
G
F
 
S
L
 
A
T
 
T
A
 
F
E
 
E
A
 
A
L
 
R
T
 
E
S
 
A
I
 
M
S
 
A
Q
 
E
T
 
L
T
 
V
L
 
A
Q
 
R
N
 
N
L
 
L
S
 
I
N
 
A
L
 
F
E
 
K
K
 
R
G
 
G
E
 
E
T
 
I
C
 
P
P
 
P

6biiA Crystal structure of pyrococcus yayanosii glyoxylate hydroxypyruvate reductase in complex with NADP and malonate (re-refinement of 5aow) (see paper)
31% identity, 78% coverage: 69:326/329 of query aligns to 67:318/332 of 6biiA

query
sites
6biiA
V
 
L
K
 
R
Y
 
I
I
 
V
A
 
A
L
 
N
R
 
Y
C
 
A
A
x
V
G
 
G
F
 
Y
N
 
D
N
 
N
V
 
I
D
 
D
L
 
I
D
 
E
A
 
E
A
 
A
K
 
T
E
 
K
L
 
R
G
 
G
L
 
I
K
 
Y
V
 
V
V
 
T
R
 
N
V
 
T
P
 
P
A
 
D
Y
 
V
D
x
L
P
 
T
E
 
D
A
 
A
V
x
T
A
 
A
E
 
D
H
 
L
A
 
A
I
 
W
G
 
A
M
 
L
M
 
L
M
 
L
T
 
A
L
 
A
N
 
A
R
 
R
R
 
H
I
 
V
H
 
V
R
 
K
A
 
G
Y
 
D
Q
 
K
R
 
F
T
 
V
R
 
R
D
 
S
A
 
G
N
 
E
F
 
W
S
 
K
L
 
R
E
 
R
G
 
G
L
 
I
T
 
A
-
 
W
-
 
H
-
 
P
-
 
K
-
 
M
-
 
F
-
 
L
G
 
G
F
 
Y
T
 
D
M
 
V
Y
 
Y
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
I
G
 
G
V
 
I
I
 
V
G
|
G
T
x
F
G
|
G
K
x
R
I
|
I
G
 
G
V
 
Q
A
 
A
M
 
I
L
 
A
R
 
K
I
 
R
L
 
A
K
 
K
G
 
G
F
 
F
G
 
G
M
 
M
R
 
R
L
 
I
L
 
L
-
 
Y
-
 
T
A
|
A
F
x
R
D
x
S
P
 
R
Y
x
K
P
 
P
S
 
E
A
 
A
A
 
E
A
 
K
L
 
-
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
A
E
 
E
Y
 
F
V
 
K
D
 
P
L
 
L
P
 
E
T
 
E
L
 
L
F
 
L
S
 
R
E
 
E
S
 
S
D
 
D
V
 
F
I
 
V
S
 
V
L
 
L
H
 
A
C
x
V
P
|
P
L
 
L
T
 
T
P
 
K
E
|
E
N
x
T
Y
 
Y
H
 
H
L
 
M
L
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
E
A
 
R
F
 
L
E
 
R
Q
 
L
M
 
M
K
 
K
N
 
P
G
 
T
V
 
A
M
 
V
I
 
L
V
 
V
N
 
N
T
x
V
S
x
A
R
|
R
G
 
G
A
 
K
L
 
V
I
 
V
D
 
D
S
 
T
Q
 
K
A
 
A
A
 
L
I
 
I
E
 
R
A
 
A
L
 
L
K
 
K
N
 
E
Q
 
G
K
 
W
I
 
I
G
 
A
S
 
A
L
 
A
G
 
G
M
 
L
D
|
D
V
 
V
Y
 
F
E
 
E
N
 
E
E
|
E
R
 
P
D
 
-
L
 
-
F
 
Y
F
 
Y
E
 
D
D
 
E
K
 
E
S
 
-
N
 
-
D
 
-
V
 
-
I
 
-
Q
 
-
D
 
-
D
 
-
V
 
-
F
 
-
R
 
-
R
 
-
L
 
L
S
 
F
A
 
A
C
 
L
H
 
D
N
 
N
V
 
V
L
 
V
F
 
L
T
 
T
G
 
P
H
|
H
Q
 
I
A
x
G
F
 
S
L
 
A
T
 
T
A
 
F
E
 
G
A
 
A
L
 
R
T
 
E
S
 
G
I
 
M
S
 
A
Q
 
E
T
 
L
T
 
V
L
 
A
Q
 
K
N
 
N
L
 
L
S
 
I
N
 
A
L
 
F
E
 
K
K
 
N
G
 
G
E
 
E
T
 
V
C
 
P
P
 
P
N
 
T

7ewhA Crystal structure of human phgdh in complex with homoharringtonine (see paper)
34% identity, 60% coverage: 78:273/329 of query aligns to 74:272/302 of 7ewhA

query
sites
7ewhA
G
 
G
F
 
V
N
 
D
N
 
N
V
 
V
D
 
D
L
 
L
D
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
T
E
 
R
L
 
K
G
 
G
L
 
I
K
 
L
V
 
V
V
 
M
R
 
N
V
 
T
P
 
P
A
 
N
Y
 
G
D
 
N
P
 
S
E
 
L
A
 
S
V
 
A
A
 
A
E
 
E
H
 
L
A
 
T
I
 
C
G
 
G
M
 
M
M
 
I
M
 
M
T
 
C
L
 
L
N
 
A
R
 
R
R
 
Q
I
 
I
H
 
P
R
 
Q
A
 
A
Y
 
T
Q
 
A
R
 
S
T
 
M
R
 
K
D
 
D
A
 
G
N
 
K
F
 
W
S
 
E
L
 
R
E
 
K
G
 
K
L
 
F
T
 
M
G
 
G
F
 
T
T
 
E
M
 
L
Y
 
N
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
L
G
 
G
V
 
I
I
x
L
G
|
G
T
x
L
G
|
G
K
x
R
I
|
I
G
|
G
V
 
R
A
 
E
M
 
V
L
 
A
R
 
T
I
 
R
L
 
M
K
 
Q
G
 
S
F
 
F
G
 
G
M
 
M
R
 
K
L
 
T
L
 
I
A
 
G
F
 
Y
D
|
D
P
 
P
Y
 
I
-
 
I
-
 
S
P
 
P
S
 
E
A
 
V
A
 
S
A
 
A
L
 
-
E
 
S
L
 
F
G
 
G
V
 
V
E
 
Q
Y
 
Q
V
 
L
D
 
P
L
 
L
P
 
E
T
 
E
L
 
I
F
 
W
S
 
P
E
 
L
S
 
C
D
 
D
V
 
F
I
 
I
S
 
T
L
 
V
H
|
H
C
x
T
P
|
P
L
 
L
T
 
L
P
 
P
E
 
S
N
 
T
Y
 
T
H
 
G
L
 
L
L
 
L
N
 
N
E
 
D
A
 
N
A
 
T
F
 
F
E
 
A
Q
 
Q
M
 
C
K
 
K
N
 
K
G
 
G
V
 
V
M
 
R
I
 
V
V
 
V
N
 
N
T
 
C
S
 
A
R
 
R
G
 
G
A
 
G
L
 
I
I
 
V
D
 
D
S
 
E
Q
 
G
A
 
A
A
 
L
I
 
L
E
 
R
A
 
A
L
 
L
K
 
Q
N
 
S
Q
 
G
K
 
Q
I
 
C
G
 
A
S
 
G
L
 
A
G
 
A
M
 
L
D
 
D
V
 
V
Y
 
F
E
 
T
N
 
E
E
 
E
-
 
P
-
 
P
R
 
R
D
 
D
L
 
R
F
 
A
F
 
L
E
 
V
D
 
D
K
 
H
S
 
E
N
 
N

6rj5A Crystal structure of phgdh in complex with compound 39 (see paper)
34% identity, 60% coverage: 78:273/329 of query aligns to 74:272/301 of 6rj5A

query
sites
6rj5A
G
 
G
F
 
V
N
 
D
N
 
N
V
 
V
D
 
D
L
 
L
D
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
T
E
 
R
L
 
K
G
 
G
L
 
I
K
 
L
V
 
V
V
 
M
R
 
N
V
 
T
P
 
P
A
 
N
Y
 
G
D
 
N
P
 
S
E
 
L
A
 
S
V
 
A
A
 
A
E
 
E
H
 
L
A
 
T
I
 
C
G
 
G
M
 
M
M
 
I
M
 
M
T
 
C
L
 
L
N
 
A
R
 
R
R
 
Q
I
 
I
H
 
P
R
 
Q
A
 
A
Y
 
T
Q
 
A
R
 
S
T
 
M
R
 
K
D
 
D
A
 
G
N
 
K
F
 
W
S
 
E
L
 
R
E
 
K
G
 
K
L
 
F
T
 
M
G
 
G
F
 
T
T
 
E
M
 
L
Y
 
N
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
L
G
 
G
V
 
I
I
x
L
G
 
G
T
 
L
G
 
G
K
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
R
A
 
E
M
 
V
L
 
A
R
 
T
I
 
R
L
 
M
K
 
Q
G
 
S
F
 
F
G
 
G
M
 
M
R
 
K
L
 
T
L
 
I
A
 
G
F
x
Y
D
|
D
P
|
P
Y
 
I
-
x
I
-
 
S
P
 
P
S
 
E
A
 
V
A
 
S
A
 
A
L
 
-
E
 
S
L
 
F
G
 
G
V
 
V
E
 
Q
Y
 
Q
V
 
L
D
 
P
L
 
L
P
 
E
T
 
E
L
 
I
F
 
W
S
 
P
E
 
L
S
 
C
D
 
D
V
 
F
I
 
I
S
 
T
L
 
V
H
|
H
C
x
T
P
|
P
L
 
L
T
 
L
P
 
P
E
 
S
N
 
T
Y
 
T
H
 
G
L
|
L
L
 
L
N
 
N
E
 
D
A
 
N
A
 
T
F
 
F
E
 
A
Q
 
Q
M
 
C
K
 
K
N
 
K
G
 
G
V
 
V
M
 
R
I
 
V
V
 
V
N
 
N
T
 
C
S
 
A
R
 
R
G
 
G
A
 
G
L
 
I
I
 
V
D
 
D
S
 
E
Q
 
G
A
 
A
A
 
L
I
 
L
E
 
R
A
 
A
L
 
L
K
 
Q
N
 
S
Q
 
G
K
 
Q
I
 
C
G
 
A
S
 
G
L
 
A
G
 
A
M
 
L
D
 
D
V
 
V
Y
 
F
E
 
T
N
 
E
E
 
E
-
 
P
-
 
P
R
 
R
D
 
D
L
 
R
F
 
A
F
 
L
E
 
V
D
 
D
K
 
H
S
 
E
N
 
N

Query Sequence

>15502 FitnessBrowser__Keio:15502
MKLAVYSTKQYDKKYLQQVNESFGFELEFFDFLLTEKTAKTANGCEAVCIFVNDDGSRPV
LEELKKHGVKYIALRCAGFNNVDLDAAKELGLKVVRVPAYDPEAVAEHAIGMMMTLNRRI
HRAYQRTRDANFSLEGLTGFTMYGKTAGVIGTGKIGVAMLRILKGFGMRLLAFDPYPSAA
ALELGVEYVDLPTLFSESDVISLHCPLTPENYHLLNEAAFEQMKNGVMIVNTSRGALIDS
QAAIEALKNQKIGSLGMDVYENERDLFFEDKSNDVIQDDVFRRLSACHNVLFTGHQAFLT
AEALTSISQTTLQNLSNLEKGETCPNELV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory