SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 15637 b1516 AI2 transporter (NCBI) to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1tjyA Crystal structure of salmonella typhimurium ai-2 receptor lsrb in complex with r-thmf (see paper)
88% identity, 93% coverage: 26:340/340 of query aligns to 2:316/316 of 1tjyA

query
sites
1tjyA
A
 
S
A
 
A
E
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
A
F
 
F
I
 
I
P
 
P
K
|
K
L
 
L
V
 
V
G
 
G
V
 
V
G
 
G
F
|
F
F
|
F
T
 
T
S
 
S
G
 
G
G
 
G
N
 
N
G
 
G
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
K
E
 
A
L
 
L
G
 
G
V
 
I
D
 
D
V
 
V
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
P
 
P
T
 
T
E
 
E
P
 
P
S
 
S
V
 
V
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
L
 
L
I
 
V
N
 
N
N
 
N
F
 
F
V
 
V
N
 
N
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
N
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
V
 
V
S
 
S
A
 
A
V
 
V
S
 
S
P
 
P
D
 
D
G
 
G
L
 
L
C
 
C
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
K
R
 
R
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
R
 
R
G
 
G
V
 
V
R
 
K
V
 
I
L
 
L
T
 
T
W
 
W
D
|
D
S
 
S
D
 
D
T
 
T
K
 
K
P
 
P
E
 
E
C
 
C
R
 
R
S
 
S
Y
 
Y
Y
 
Y
I
 
I
N
 
N
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
P
 
P
A
 
K
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
S
M
 
M
L
 
L
V
 
V
D
 
E
M
 
M
A
 
A
A
 
A
R
 
H
Q
 
Q
V
 
V
N
 
D
K
 
K
D
 
E
K
 
K
A
 
A
K
 
K
V
 
V
A
 
A
F
 
F
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
S
 
S
P
 
P
T
 
T
V
 
V
T
 
T
D
|
D
Q
|
Q
N
 
N
Q
 
Q
W
|
W
V
 
V
K
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
K
A
 
A
K
 
K
I
 
I
A
 
S
K
 
Q
E
 
E
H
 
H
P
 
P
G
 
G
W
 
W
E
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
T
T
 
T
Q
 
Q
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
D
 
D
A
 
A
T
 
T
K
 
K
S
 
S
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
E
 
E
G
 
G
I
 
I
L
 
I
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
S
 
P
D
 
D
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
A
 
A
P
|
P
D
|
D
A
|
A
N
 
N
A
 
A
L
 
L
P
 
P
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
L
K
 
K
N
 
R
D
 
N
K
 
N
V
 
L
A
 
A
I
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
F
S
 
S
T
 
T
P
 
P
N
 
N
V
 
V
M
 
M
R
 
R
P
 
P
Y
 
Y
V
 
V
E
 
Q
R
 
R
G
 
G
T
 
T
V
 
V
K
 
K
E
 
E
F
 
F
G
 
G
L
 
L
W
|
W
D
 
D
V
 
V
V
 
V
Q
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
I
 
I
S
 
S
V
 
V
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
D
 
N
A
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
N
G
 
M
S
 
P
M
 
M
K
 
N
T
 
V
G
 
G
D
 
D
K
 
S
L
 
L
D
 
D
I
 
I
K
 
P
G
 
G
V
 
I
G
 
G
Q
 
K
V
 
V
E
 
T
V
 
V
S
 
S
P
 
P
N
 
N
S
 
S
V
 
E
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
D
 
H
Y
 
Y
E
 
E
A
 
A
D
 
K
G
 
G
N
 
N
G
 
G
I
 
I
V
 
V
L
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
E
R
 
R
V
 
V
I
 
I
F
 
F
N
 
N
K
 
K
E
 
D
N
 
N
I
 
I
G
 
D
K
 
K
Y
 
Y
D
 
D
F
 
F

3t95A Crystal structure of lsrb from yersinia pestis complexed with autoinducer-2 (see paper)
87% identity, 92% coverage: 27:340/340 of query aligns to 1:314/314 of 3t95A

query
sites
3t95A
A
 
A
E
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
A
F
 
F
I
 
I
P
 
P
K
|
K
L
 
L
V
 
V
G
 
G
V
 
V
G
 
G
F
|
F
F
|
F
T
 
T
S
 
S
G
 
G
G
 
G
N
 
K
G
 
G
A
 
A
Q
 
V
Q
 
D
A
 
A
G
 
G
K
 
K
E
 
A
L
 
L
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
P
 
P
T
 
T
E
 
E
P
 
P
S
 
S
V
 
V
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
N
 
N
N
 
N
F
 
F
V
 
V
N
 
N
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
A
 
A
I
 
I
I
 
V
V
 
V
S
 
S
A
 
A
V
 
V
S
 
S
P
 
P
D
 
D
G
 
G
L
 
L
C
 
C
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
K
R
 
R
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
R
 
R
G
 
G
V
 
V
R
 
K
V
 
I
L
 
L
T
 
T
W
 
W
D
|
D
S
 
S
D
 
D
T
 
T
K
 
K
P
 
P
E
 
E
C
 
C
R
 
R
S
 
S
Y
 
V
Y
 
Y
I
 
I
N
 
N
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
P
 
P
A
 
N
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
S
M
 
M
L
 
L
V
 
V
D
 
D
M
 
M
A
 
A
A
 
A
R
 
N
Q
 
Q
V
 
V
N
 
K
K
 
K
D
 
E
K
 
Q
A
 
A
K
 
K
V
 
V
A
 
A
F
 
F
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
S
 
S
P
 
P
T
 
T
V
 
V
T
 
T
D
|
D
Q
|
Q
N
 
N
Q
 
Q
W
|
W
V
 
V
K
 
N
E
 
E
A
 
A
K
 
K
A
 
K
K
 
K
I
 
I
A
 
Q
K
 
Q
E
 
E
H
 
H
P
 
P
G
 
G
W
 
W
E
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
T
T
 
T
Q
 
Q
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
D
 
D
A
 
A
T
 
T
K
 
K
S
 
S
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
E
 
E
G
 
G
I
 
I
L
 
L
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
S
 
A
D
 
D
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
A
 
A
P
|
P
D
|
D
A
|
A
N
 
N
A
 
A
L
 
L
P
 
P
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
L
K
 
K
N
 
R
D
 
A
K
 
N
V
 
V
A
 
A
I
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
F
S
 
S
T
 
T
P
 
P
N
 
N
V
 
V
M
 
M
R
 
R
P
 
P
Y
 
Y
V
 
V
E
 
E
R
 
R
G
 
G
T
 
T
V
 
V
K
 
K
E
 
E
F
 
F
G
 
G
L
 
L
W
|
W
D
 
D
V
 
V
V
 
V
Q
 
N
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
I
 
I
S
 
S
V
 
V
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
D
 
N
A
 
E
L
 
M
L
 
L
K
 
K
K
 
K
G
 
G
S
 
D
M
 
L
K
 
N
T
 
V
G
 
G
D
 
D
K
 
K
L
 
I
D
 
D
I
 
I
K
 
P
G
 
N
V
 
I
G
 
G
Q
 
V
V
 
V
E
 
E
V
 
V
S
 
S
P
 
P
N
 
N
S
 
R
V
 
V
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
Y
 
Y
E
 
E
A
 
A
D
 
K
G
 
G
N
 
N
G
 
G
I
 
I
V
 
V
L
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
Q
R
 
R
V
 
V
I
 
I
F
 
F
N
 
T
K
 
K
E
 
E
N
 
N
I
 
I
G
 
S
K
 
K
Y
 
Y
D
 
D
F
 
F

3ejwA Crystal structure of the sinorhizobium meliloti ai-2 receptor, smlsrb (see paper)
81% identity, 92% coverage: 29:340/340 of query aligns to 3:315/315 of 3ejwA

query
sites
3ejwA
R
 
Q
I
 
I
A
 
A
F
 
F
I
 
I
P
 
P
K
|
K
L
 
L
V
 
V
G
 
G
V
 
V
G
 
G
F
|
F
F
|
F
T
 
T
S
 
S
G
 
G
G
 
G
N
 
A
G
 
G
A
 
A
Q
 
V
Q
 
K
A
 
A
G
 
G
K
 
E
E
 
E
L
 
V
G
 
G
V
 
A
D
 
K
V
 
V
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
P
 
P
T
 
T
E
 
E
P
 
P
S
 
S
V
 
V
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
L
 
F
I
 
I
N
 
N
N
 
N
F
 
F
V
 
V
N
 
N
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
A
 
A
I
 
L
I
 
I
V
 
V
S
 
S
A
 
S
V
 
V
S
 
S
P
 
P
D
 
D
G
 
G
L
 
L
C
 
C
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
K
R
 
R
A
 
A
M
 
M
Q
 
E
R
 
R
G
 
G
V
 
V
R
 
L
V
 
V
L
 
M
T
 
T
W
 
W
D
|
D
S
 
S
D
 
D
T
 
V
K
 
N
P
 
P
E
 
D
C
 
C
R
 
R
S
 
S
Y
 
Y
Y
 
Y
I
 
I
N
 
N
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
P
 
P
A
 
E
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
G
M
 
L
L
 
L
V
 
V
D
 
D
M
 
M
A
 
A
A
 
A
R
 
E
Q
 
G
V
 
V
N
 
K
K
 
K
D
 
E
K
 
K
A
 
A
K
 
K
V
 
V
A
 
A
F
 
F
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
S
 
S
P
 
P
T
 
T
V
 
V
T
 
T
D
|
D
Q
|
Q
N
 
N
Q
 
A
W
|
W
V
 
A
K
 
E
E
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
A
K
 
K
I
 
I
A
 
A
K
 
K
E
 
E
H
 
H
P
 
P
G
 
G
W
 
W
E
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
T
T
 
T
Q
 
Q
F
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
D
 
D
A
 
A
T
 
Q
K
 
K
S
 
S
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
E
 
E
G
 
S
I
 
I
L
 
L
K
 
Q
A
 
T
Y
 
Y
S
 
P
D
 
D
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
A
 
A
P
|
P
D
|
D
A
|
A
N
 
N
A
 
A
L
 
L
P
 
P
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
L
K
 
K
N
 
R
-
 
A
D
 
E
K
 
G
V
 
V
A
 
T
I
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
F
S
 
S
T
 
T
P
 
P
N
 
N
V
 
V
M
 
M
R
 
R
P
 
P
Y
 
Y
V
 
I
E
 
E
R
 
R
G
 
G
T
 
T
V
 
I
K
 
Q
E
 
R
F
 
F
G
 
G
L
 
L
W
|
W
D
 
D
V
 
V
V
 
T
Q
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
I
 
I
S
 
S
V
 
V
Y
 
F
V
 
V
A
 
A
D
 
D
A
 
H
L
 
V
L
 
L
K
 
K
K
 
N
G
 
G
S
 
P
M
 
M
K
 
K
T
 
V
G
 
G
D
 
E
K
 
K
L
 
L
D
 
E
I
 
I
K
 
P
G
 
G
V
 
V
G
 
G
Q
 
T
V
 
V
E
 
E
V
 
V
S
 
S
P
 
A
N
 
N
S
 
K
V
 
V
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
Y
 
Y
E
 
E
A
 
A
D
 
D
G
 
G
N
 
N
G
 
G
I
 
I
V
 
I
L
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
E
R
 
R
V
 
T
I
 
V
F
 
F
N
 
T
K
 
K
E
 
E
N
 
N
I
 
I
G
 
G
K
 
N
Y
 
F
D
 
D
F
 
F

4pz0A The crystal structure of a solute binding protein from bacillus anthracis str. Ames in complex with quorum-sensing signal autoinducer-2 (ai-2)
63% identity, 92% coverage: 29:340/340 of query aligns to 9:321/321 of 4pz0A

query
sites
4pz0A
R
 
K
I
 
F
A
 
A
F
 
F
I
 
I
P
 
P
K
|
K
L
 
L
V
 
T
G
 
G
V
 
V
G
 
G
F
|
F
F
 
F
T
 
T
S
 
S
G
 
G
G
 
G
N
 
E
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
Q
 
E
A
 
M
G
 
G
K
 
D
E
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
D
 
Q
V
 
V
T
 
K
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
P
 
P
T
 
S
E
 
E
P
 
A
S
 
S
V
 
V
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
K
L
 
Y
I
 
I
N
 
N
N
 
N
F
 
F
V
 
I
N
 
N
Q
 
Q
G
 
N
Y
 
Y
N
 
D
A
 
A
I
 
L
I
 
M
V
 
V
S
 
S
A
 
S
V
 
T
S
 
S
P
 
V
D
 
D
G
 
G
L
 
L
C
 
S
P
 
Q
A
 
S
L
 
L
K
 
Q
R
 
R
A
 
A
M
 
K
Q
 
K
R
 
K
G
 
G
V
 
M
R
 
T
V
 
V
L
 
L
T
 
T
W
 
W
D
|
D
S
 
S
D
 
D
T
 
V
K
 
N
P
 
P
E
 
K
C
 
D
R
 
R
S
 
S
Y
 
F
Y
 
Y
I
 
I
N
 
S
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
P
 
P
A
 
D
Q
 
Q
L
 
L
G
 
A
G
 
N
M
 
L
L
 
L
V
 
I
D
 
E
M
 
M
A
 
T
A
 
S
R
 
K
Q
 
Q
V
 
I
N
 
G
K
 
-
D
 
D
K
 
K
A
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
A
F
 
F
F
 
F
Y
 
Y
S
 
S
S
 
S
P
 
P
T
 
T
V
 
V
T
 
T
D
|
D
Q
|
Q
N
 
N
Q
 
Q
W
|
W
V
 
V
K
 
T
E
 
K
A
 
A
K
 
K
A
 
E
K
 
I
I
 
I
A
 
K
K
 
E
E
 
K
H
 
Y
P
 
P
G
 
N
W
 
W
E
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
T
T
 
T
Q
 
Q
F
 
Y
G
 
G
Y
 
E
N
 
N
D
 
N
A
 
A
T
 
Q
K
 
K
S
 
S
L
 
L
Q
 
S
T
 
V
A
 
G
E
 
E
G
 
N
I
 
I
L
 
L
K
 
K
A
 
T
Y
 
Y
S
 
P
D
 
D
L
 
I
D
 
N
A
 
A
I
 
V
I
 
I
A
 
C
P
|
P
D
|
D
A
|
A
N
 
T
A
 
A
L
 
L
P
 
P
A
 
A
A
 
M
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
L
K
 
K
N
 
M
D
 
D
-
 
K
K
 
K
V
 
V
A
 
V
I
 
V
V
 
T
G
 
G
F
 
F
S
 
S
T
 
T
P
 
P
N
 
N
V
 
V
M
 
M
R
 
R
P
 
D
Y
 
Y
V
 
V
E
 
K
R
 
R
G
 
G
T
 
T
V
 
V
K
 
Q
E
 
Q
F
 
F
G
 
G
L
 
L
W
|
W
D
 
D
V
 
V
V
 
K
Q
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
K
 
A
I
 
L
S
 
A
V
 
T
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
D
 
N
A
 
E
L
 
I
L
 
V
K
 
V
K
 
K
G
 
G
-
 
K
S
 
K
M
 
L
K
 
K
T
 
V
G
 
G
D
 
D
K
 
S
L
 
F
D
 
E
I
 
V
K
 
K
G
 
G
V
 
I
G
 
G
Q
 
K
V
 
V
E
 
K
V
 
V
S
 
E
P
 
P
N
 
N
S
 
S
V
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
Y
 
Y
E
 
E
A
 
A
D
 
E
G
 
G
N
 
N
G
 
G
I
 
I
V
 
I
L
 
V
L
 
L
P
 
P
E
 
E
R
 
R
V
 
V
I
 
V
F
 
F
N
 
T
K
 
K
E
 
D
N
 
N
I
 
I
G
 
D
K
 
K
Y
 
Y
D
 
N
F
 
F

6dspA Lsrb from clostridium saccharobutylicum in complex with ai-2 (see paper)
44% identity, 91% coverage: 30:340/340 of query aligns to 3:326/326 of 6dspA

query
sites
6dspA
I
 
V
A
 
T
F
 
F
I
 
I
P
 
P
K
|
K
L
 
L
V
 
T
G
 
G
V
 
N
G
 
A
F
|
F
F
|
F
T
 
E
S
 
S
G
 
A
G
 
N
N
 
K
G
 
G
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
K
A
 
Y
G
 
S
K
 
E
E
 
Q
L
 
W
G
 
G
V
 
F
D
 
K
V
 
V
T
 
D
Y
 
Y
D
 
E
G
 
G
P
 
D
T
 
A
E
 
N
P
 
A
S
 
S
V
 
A
S
 
A
G
 
S
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
S
L
 
V
I
 
I
N
 
N
N
 
K
F
 
A
V
 
V
N
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
T
N
 
N
A
 
A
I
 
I
I
 
C
V
 
L
S
 
S
A
 
S
V
 
V
S
 
D
P
 
A
D
 
A
G
 
G
L
 
V
C
 
K
P
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
K
R
 
A
A
 
A
M
 
A
Q
 
D
R
 
A
G
 
G
V
 
V
R
 
T
V
 
V
L
 
T
T
 
T
W
 
W
D
|
D
S
 
S
D
 
D
T
 
V
K
 
D
P
 
P
E
 
S
C
 
V
R
 
R
S
 
K
Y
 
V
Y
 
M
I
 
V
N
 
S
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
P
 
P
A
 
E
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
Q
M
 
M
L
 
L
V
 
V
D
 
Q
M
 
M
A
 
G
-
 
Y
-
 
D
-
 
S
-
 
L
-
 
K
-
 
E
-
 
R
A
 
G
R
 
K
Q
 
D
V
 
P
N
 
E
K
 
K
D
 
D
K
 
A
A
 
I
K
 
K
V
 
Y
A
 
C
F
 
W
F
 
H
Y
 
Y
S
 
S
S
 
N
P
 
A
T
 
T
V
 
V
T
 
T
D
|
D
Q
|
Q
N
 
N
Q
 
S
W
|
W
V
 
Q
K
 
V
E
 
E
A
 
G
K
 
E
A
 
K
K
 
Y
I
 
I
A
 
K
K
 
S
E
 
K
H
 
Y
P
 
P
G
 
N
W
 
W
E
 
Q
I
 
N
V
 
V
T
 
A
T
 
P
Q
 
D
F
 
N
G
 
Y
Y
 
Y
N
 
S
-
 
N
-
 
Q
D
 
D
A
 
A
T
 
E
K
 
Q
S
 
A
L
 
I
Q
 
S
T
 
V
A
 
G
E
 
E
G
 
S
I
 
I
L
 
L
K
 
S
A
 
A
Y
 
H
S
 
S
D
 
D
L
 
I
D
 
D
A
 
L
I
 
I
I
 
I
A
 
C
P
 
N
D
|
D
A
x
S
N
 
T
A
 
A
L
 
L
P
 
P
A
 
G
A
 
Q
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
N
 
N
-
 
K
-
 
G
L
 
L
K
 
T
N
 
A
D
 
K
K
 
N
V
 
V
A
 
T
I
 
I
V
 
T
G
 
G
F
 
F
S
 
A
T
 
S
P
 
P
N
 
N
V
 
S
M
 
M
R
 
K
P
 
Q
Y
 
Y
V
 
C
E
 
N
R
 
D
G
 
G
T
 
I
V
 
L
K
 
T
E
 
R
F
 
W
G
 
G
L
 
L
W
|
W
D
 
D
V
 
C
V
 
G
Q
 
I
Q
 
Q
G
 
G
K
 
A
I
 
M
S
 
G
V
 
C
Y
 
Y
V
 
M
A
 
A
D
 
Y
A
 
Y
L
 
I
L
 
A
K
 
S
K
 
G
G
 
N
S
 
S
M
 
V
K
 
K
T
 
V
G
 
G
D
 
D
K
 
K
L
 
I
D
 
E
I
 
I
K
 
P
G
 
T
V
 
V
G
 
G
Q
 
T
V
 
V
E
 
E
V
 
V
S
 
M
P
 
P
N
 
N
S
 
S
V
 
V
Q
 
-
G
 
-
Y
 
L
D
 
D
Y
 
P
E
 
K
A
 
A
D
 
D
-
 
D
-
 
S
-
 
D
-
 
T
G
 
S
N
 
S
G
 
G
I
 
V
V
 
V
L
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
E
R
 
R
V
 
T
I
 
I
F
 
F
N
 
T
K
 
K
E
 
D
N
 
N
I
 
M
G
 
N
K
 
N
Y
 
Y
D
 
D
F
 
F

2h3hA Crystal structure of the liganded form of thermotoga maritima glucose binding protein (see paper)
31% identity, 63% coverage: 48:261/340 of query aligns to 21:231/313 of 2h3hA

query
sites
2h3hA
G
 
G
A
 
V
Q
 
K
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
K
E
 
A
L
 
L
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
T
T
 
K
Y
 
F
D
 
F
G
 
V
P
 
P
T
 
Q
E
 
K
P
 
E
S
 
D
V
 
I
S
 
N
G
 
A
Q
 
Q
V
 
L
Q
 
Q
L
 
M
I
 
L
N
 
E
N
 
S
F
 
F
V
 
I
N
 
A
Q
 
E
G
 
G
Y
 
V
N
 
N
A
 
G
I
 
I
I
 
A
V
 
I
S
 
A
A
 
P
V
 
S
S
 
D
P
 
P
D
 
T
G
 
A
L
 
V
C
 
I
P
 
P
A
 
T
L
 
I
K
 
K
R
 
K
A
 
A
M
 
L
Q
 
E
R
 
M
G
 
G
V
 
I
R
 
P
V
 
V
L
 
V
T
 
T
W
 
L
D
|
D
S
 
T
D
 
D
T
 
S
K
 
P
P
 
D
E
 
S
C
 
G
R
 
R
S
 
Y
Y
 
V
Y
 
Y
I
 
I
N
 
-
Q
 
-
G
 
G
T
 
T
P
 
D
A
 
N
Q
 
Y
L
 
Q
G
 
A
G
 
G
M
 
Y
L
 
T
V
 
A
D
 
G
M
 
L
A
 
I
A
 
M
R
 
K
Q
 
E
V
 
L
N
 
L
K
 
G
D
 
G
K
 
K
A
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
V
F
 
I
F
 
G
Y
 
T
S
 
G
S
 
S
P
 
L
T
 
T
V
 
A
T
 
M
D
x
N
Q
 
S
N
 
L
Q
 
Q
W
x
R
V
 
I
K
 
Q
E
 
G
A
 
F
K
 
K
A
 
D
K
 
A
I
 
I
A
 
K
K
 
D
E
 
S
H
 
E
P
 
-
G
 
-
W
 
I
E
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
D
T
 
I
Q
 
L
F
 
N
G
 
D
Y
 
E
N
x
E
D
 
D
A
 
G
T
 
A
K
 
R
S
 
A
L
 
V
Q
 
S
T
 
L
A
 
A
E
 
E
G
 
A
I
 
A
L
 
L
K
 
N
A
 
A
Y
 
H
S
 
P
D
 
D
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
F
I
 
F
A
 
G
P
 
V
D
x
Y
A
|
A
N
 
Y
A
 
N
L
 
G
P
 
P
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
Q
 
L
A
 
V
A
 
V
E
 
K
N
 
N
L
 
A
-
 
G
K
 
K
N
 
V
D
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
K
I
 
I
V
 
V
G
 
C
F
 
F
-
x
D
S
 
T
T
 
T
P
 
P
N
 
D
V
 
I
M
 
L
R
 
Q
P
 
-
Y
 
Y
V
 
V
E
 
K
R
 
E
G
 
G
T
 
V
V
 
I
K
 
Q

Sites not aligning to the query:

3c6qC Apo and ligand-bound form of a thermophilic glucose/xylose binding protein
31% identity, 63% coverage: 48:261/340 of query aligns to 21:231/305 of 3c6qC

query
sites
3c6qC
G
 
G
A
 
V
Q
 
K
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
K
E
 
A
L
 
L
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
T
T
 
K
Y
 
F
D
 
F
G
 
V
P
 
P
T
 
Q
E
 
K
P
 
C
S
 
D
V
 
I
S
 
N
G
 
A
Q
 
Q
V
 
L
Q
 
Q
L
 
M
I
 
L
N
 
E
N
 
S
F
 
F
V
 
I
N
 
A
Q
 
E
G
 
G
Y
 
V
N
 
N
A
 
G
I
 
I
I
 
A
V
 
I
S
 
A
A
 
P
V
 
S
S
 
D
P
 
P
D
 
T
G
 
A
L
 
V
C
 
I
P
 
P
A
 
T
L
 
I
K
 
K
R
 
K
A
 
A
M
 
L
Q
 
E
R
 
M
G
 
G
V
 
I
R
 
P
V
 
V
L
 
V
T
 
T
W
 
L
D
|
D
S
 
T
D
 
D
T
 
S
K
 
P
P
 
D
E
 
S
C
 
G
R
 
R
S
 
Y
Y
 
V
Y
 
Y
I
 
I
N
 
-
Q
 
-
G
 
G
T
 
T
P
 
D
A
 
N
Q
 
Y
L
 
Q
G
 
A
G
 
G
M
 
Y
L
 
T
V
 
A
D
 
G
M
 
L
A
 
I
A
 
M
R
 
K
Q
 
E
V
 
L
N
 
L
K
 
G
D
 
G
K
 
K
A
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
V
F
 
I
F
 
G
Y
 
T
S
 
G
S
 
S
P
 
L
T
 
T
V
 
A
T
 
M
D
x
N
Q
 
S
N
 
L
Q
 
Q
W
x
R
V
 
I
K
 
Q
E
 
G
A
 
F
K
 
K
A
 
D
K
 
A
I
 
I
A
 
K
K
 
D
E
 
S
H
 
E
P
 
-
G
 
-
W
 
I
E
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
D
T
 
I
Q
 
L
F
 
N
G
 
D
Y
 
C
N
x
E
D
 
D
A
 
G
T
 
A
K
 
R
S
 
A
L
 
V
Q
 
S
T
 
L
A
 
A
E
 
E
G
 
A
I
 
A
L
 
L
K
 
N
A
 
A
Y
 
H
S
 
P
D
 
D
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
F
I
 
F
A
 
G
P
 
V
D
x
Y
A
|
A
N
 
Y
A
 
N
L
 
G
P
 
P
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
Q
 
L
A
 
V
A
 
V
E
 
K
N
 
N
L
 
A
-
 
G
K
 
K
N
 
V
D
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
K
I
 
I
V
 
V
G
 
C
F
 
F
-
x
D
S
 
T
T
 
T
P
 
P
N
 
D
V
 
I
M
 
L
R
 
Q
P
 
-
Y
 
Y
V
 
V
E
 
K
R
 
E
G
 
G
T
 
V
V
 
I
K
 
Q

Sites not aligning to the query:

4wzzA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from clostridium phytofermentas (cphy_0583, target efi- 511148) with bound l-rhamnose
26% identity, 74% coverage: 31:283/340 of query aligns to 8:264/321 of 4wzzA

query
sites
4wzzA
A
 
A
F
 
I
I
 
I
P
 
V
K
|
K
L
 
S
V
 
A
G
 
G
V
x
N
G
 
P
F
x
Y
F
 
N
T
 
Q
S
 
K
G
 
E
G
 
S
N
 
E
G
 
G
A
 
Y
Q
 
K
Q
 
Q
A
 
V
G
 
I
K
 
E
E
 
A
L
 
N
G
 
G
V
 
G
D
 
K
V
 
C
T
 
V
Y
 
I
D
 
Q
G
 
E
P
 
P
T
 
K
E
 
S
P
 
A
S
 
T
V
 
A
S
 
E
G
 
D
Q
 
Q
V
 
I
Q
 
T
L
 
C
I
 
I
N
 
N
N
 
N
F
 
A
V
 
I
N
 
S
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
V
N
 
D
A
 
C
I
 
I
I
 
A
V
 
I
S
 
A
A
 
A
V
 
N
S
 
D
P
 
T
D
 
D
G
 
A
L
 
L
C
 
E
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
T
R
 
E
A
 
A
M
 
K
Q
 
N
R
 
Q
G
 
G
V
 
I
R
 
H
V
 
V
L
 
L
T
 
S
W
 
L
D
|
D
S
 
S
D
 
A
T
 
T
K
 
N
P
 
A
E
 
N
C
 
S
R
 
R
S
 
K
Y
 
V
Y
 
F
I
 
V
N
 
N
Q
 
Q
G
 
A
T
 
G
P
 
T
A
 
T
Q
 
Q
L
 
I
G
 
A
G
 
Q
M
 
A
L
 
L
V
 
M
D
 
D
M
 
-
A
 
A
A
 
I
R
 
L
Q
 
D
V
 
I
N
 
S
K
 
G
D
 
G
K
 
S
A
 
G
K
 
D
V
 
W
A
 
A
F
 
V
F
 
L
Y
 
S
S
 
A
S
 
A
P
 
S
T
 
T
V
 
A
T
 
T
D
x
N
Q
 
Q
N
 
N
Q
 
A
W
 
W
V
 
I
K
 
D
E
 
G
A
 
M
K
 
K
A
 
T
K
 
V
I
 
M
A
 
Q
-
 
D
K
 
S
E
 
K
H
 
Y
P
 
S
G
 
K
W
 
L
E
 
N
I
 
L
V
 
I
T
 
G
T
 
V
Q
 
Y
F
 
Y
G
 
G
Y
 
D
N
x
D
D
 
E
A
 
Y
T
 
Q
K
 
A
S
 
S
L
 
C
Q
 
D
T
 
Q
A
 
T
E
 
E
G
 
A
I
 
I
L
 
L
K
 
A
A
 
A
Y
 
D
S
 
P
D
 
N
L
 
I
D
 
K
A
 
V
I
 
I
I
 
C
A
 
A
P
 
P
D
x
T
A
x
T
N
 
V
A
 
G
L
 
I
P
 
M
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
A
 
V
A
 
L
E
 
Q
N
 
D
L
 
K
K
 
G
-
 
L
N
 
S
D
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
K
I
 
L
V
 
T
G
 
G
F
 
L
S
 
G
T
 
L
P
 
P
N
 
S
V
 
E
M
 
M
R
 
A
P
 
D
Y
 
Y
V
 
I
-
 
G
-
 
D
-
 
D
E
 
D
R
 
Q
G
 
H
T
 
S
V
 
C
K
 
P
E
 
Y
F
 
M
G
 
F
L
 
L
W
|
W
D
 
N
V
 
P
V
 
I
Q
 
Q
Q
 
L
G
 
G
K
 
N
I
 
L
S
 
A
V
 
A
Y
 
Y
V
 
A
A
 
S
D
 
I
A
 
S
L
 
L
L
 
V

5hqjA Crystal structure of abc transporter solute binding protein b1g1h7 from burkholderia graminis c4d1m, target efi-511179, in complex with d-arabinose
30% identity, 59% coverage: 30:230/340 of query aligns to 9:205/289 of 5hqjA

query
sites
5hqjA
I
 
V
A
 
A
F
 
V
I
 
I
P
 
P
K
|
K
L
 
-
V
 
V
G
 
A
V
 
V
G
 
P
F
|
F
F
 
F
T
 
D
S
 
D
G
 
C
G
 
N
N
 
K
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
Q
 
T
A
 
A
G
 
A
K
 
D
E
 
K
L
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
K
V
 
Y
T
 
Q
Y
 
W
D
 
V
G
 
V
P
 
P
T
 
Q
E
 
N
P
 
T
S
 
Q
V
 
G
S
 
S
G
 
T
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
L
 
I
I
 
I
N
 
E
N
 
D
F
 
L
V
 
I
N
 
S
Q
 
R
G
 
H
Y
 
V
N
 
D
A
 
G
I
 
I
I
 
A
V
 
I
S
 
S
A
 
V
V
 
N
S
 
E
P
 
P
D
 
K
G
 
S
L
 
V
C
 
E
P
 
S
A
 
V
L
 
M
K
 
K
R
 
R
A
 
A
M
 
E
Q
 
Q
R
 
S
G
 
G
V
 
I
R
 
K
V
 
V
L
 
L
T
 
T
W
 
Y
D
|
D
S
 
S
D
 
D
T
 
S
K
 
P
P
 
K
E
 
S
C
 
G
R
 
R
S
 
S
Y
 
M
Y
 
Y
I
 
I
N
 
G
Q
 
T
G
 
N
T
 
N
P
 
-
A
 
E
Q
 
Q
L
 
A
G
 
G
G
 
A
M
 
T
L
 
M
V
 
A
D
 
E
M
 
T
A
 
M
A
 
G
R
 
K
Q
 
A
V
 
L
N
 
N
K
 
-
D
 
G
K
 
Q
A
 
G
K
 
E
V
 
V
A
 
A
F
 
I
F
 
I
Y
 
T
S
 
G
S
 
Q
P
 
L
T
 
G
V
 
A
T
 
V
D
x
N
Q
 
L
N
 
N
Q
 
E
W
x
R
V
 
I
K
 
A
E
 
G
A
 
I
K
 
K
A
 
K
K
 
G
I
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
-
H
 
Y
P
 
P
G
 
G
W
 
I
E
 
K
I
 
V
V
 
V
T
 
E
T
 
T
Q
 
Q
F
 
G
G
 
T
Y
 
D
N
 
D
D
 
D
A
 
L
T
 
A
K
 
R
S
 
G
L
 
V
Q
 
S
T
 
V
A
 
V
E
 
E
G
 
T
I
 
T
L
 
L
K
 
R
A
 
A
Y
 
H
S
 
P
D
 
N
L
 
L
D
 
K
A
 
G
I
 
I
I
 
F
A
 
G
P
 
V
D
x
S
A
x
Q
N
 
V
A
 
G
L
 
G
P
 
P
A
 
A
A
 
V
A
 
A
Q
 
K

Sites not aligning to the query:

6gt9A Crystal structure of ganp, a glucose-galactose binding protein from geobacillus stearothermophilus, in complex with galactose
25% identity, 70% coverage: 23:260/340 of query aligns to 2:237/283 of 6gt9A

query
sites
6gt9A
N
 
T
V
 
T
Q
 
K
A
 
E
A
 
A
E
 
Y
R
 
H
I
 
F
A
 
V
F
 
L
I
 
V
P
 
P
K
x
E
L
 
E
V
 
L
G
 
D
V
x
N
G
 
D
F
x
Y
F
x
W
T
 
R
S
 
L
G
 
V
G
 
E
N
 
K
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
Q
 
A
A
 
A
G
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
L
T
 
E
Y
 
Y
D
 
I
G
 
G
P
 
P
T
 
R
E
 
Q
P
 
A
S
 
N
V
 
I
S
 
D
G
 
E
Q
 
H
V
 
L
Q
 
R
L
 
I
I
 
L
N
 
K
N
 
K
F
 
A
V
 
A
N
 
A
Q
 
A
G
 
K
Y
 
V
N
 
D
A
 
G
I
 
I
I
 
I
V
 
T
S
 
Q
A
 
G
V
 
L
S
 
T
P
 
E
D
 
A
G
 
E
L
 
F
C
 
V
P
 
P
A
 
V
L
 
I
K
 
N
R
 
E
A
 
I
M
 
T
Q
 
D
R
 
K
G
 
N
V
 
I
R
 
P
V
 
V
L
 
V
T
 
T
W
 
I
D
|
D
S
 
T
D
 
D
T
 
A
K
 
P
P
 
T
E
 
S
C
 
R
R
 
R
S
 
V
Y
 
A
Y
 
Y
I
 
V
N
 
-
Q
 
-
G
 
G
T
 
T
P
 
D
A
 
N
Q
 
Y
L
 
Y
G
 
A
G
 
G
M
 
F
L
 
L
V
 
A
D
 
G
M
 
R
A
 
A
A
 
L
R
 
A
Q
 
E
V
 
D
N
 
T
K
 
K
D
 
G
K
 
K
A
 
A
K
 
T
V
 
V
A
 
A
F
 
I
F
 
I
Y
 
T
S
 
G
S
 
S
P
 
L
T
 
T
V
 
A
T
 
A
D
x
H
Q
 
Q
N
 
Q
Q
 
L
W
x
R
V
 
V
K
 
R
E
 
G
A
 
F
K
 
E
A
 
D
K
 
A
I
 
V
A
 
R
K
 
Q
E
 
E
H
 
K
P
 
-
G
 
G
W
 
I
E
 
R
I
 
I
V
 
V
T
 
A
T
 
I
Q
 
E
F
 
E
G
 
S
Y
 
H
N
x
I
D
 
T
A
 
R
T
 
V
K
 
Q
S
 
A
L
 
A
Q
 
E
T
 
K
A
 
A
E
 
Y
G
 
T
I
 
I
L
 
L
K
 
K
A
 
K
Y
 
H
S
 
P
D
 
D
L
 
V
D
 
N
A
 
A
I
 
F
I
 
Y
A
 
G
P
 
T
D
x
S
A
|
A
-
 
L
N
 
D
A
 
A
L
 
I
P
 
G
A
 
V
A
 
A
A
 
K
Q
 
V
A
 
V
A
 
E
E
 
Q
N
 
F
L
 
H
K
 
R
N
 
E
D
 
Q
K
 
K
V
 
T
A
 
Y
I
 
I
V
 
I
G
 
G
F
 
F
S
x
D
T
 
T
-
 
L
P
 
P
N
 
E
V
 
T
M
 
I
R
 
R
P
 
-
Y
 
Y
V
 
L
E
 
Q
R
 
K
G
 
G
T
 
T
V
 
I

Sites not aligning to the query:

6guqA Crystal structure of ganp, a glucose-galactose binding protein from geobacillus stearothermophilus, in complex with glucose
25% identity, 69% coverage: 27:260/340 of query aligns to 1:232/278 of 6guqA

query
sites
6guqA
A
 
A
E
 
Y
R
 
H
I
 
F
A
 
V
F
 
L
I
 
V
P
 
P
K
x
E
L
 
E
V
 
L
G
 
D
V
x
N
G
 
D
F
x
Y
F
 
W
T
 
R
S
 
L
G
 
V
G
 
E
N
 
K
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
Q
 
A
A
 
A
G
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
L
T
 
E
Y
 
Y
D
 
I
G
 
G
P
 
P
T
 
R
E
 
Q
P
 
A
S
 
N
V
 
I
S
 
D
G
 
E
Q
 
H
V
 
L
Q
 
R
L
 
I
I
 
L
N
 
K
N
 
K
F
 
A
V
 
A
N
 
A
Q
 
A
G
 
K
Y
 
V
N
 
D
A
 
G
I
 
I
I
 
I
V
 
T
S
 
Q
A
 
G
V
 
L
S
 
T
P
 
E
D
 
A
G
 
E
L
 
F
C
 
V
P
 
P
A
 
V
L
 
I
K
 
N
R
 
E
A
 
I
M
 
T
Q
 
D
R
 
K
G
 
N
V
 
I
R
 
P
V
 
V
L
 
V
T
 
T
W
 
I
D
|
D
S
 
T
D
 
D
T
 
A
K
 
P
P
 
T
E
 
S
C
 
R
R
 
R
S
 
V
Y
 
A
Y
 
Y
I
 
V
N
 
-
Q
 
-
G
 
G
T
 
T
P
 
D
A
 
N
Q
 
Y
L
 
Y
G
 
A
G
 
G
M
 
F
L
 
L
V
 
A
D
 
G
M
 
R
A
 
A
A
 
L
R
 
A
Q
 
E
V
 
D
N
 
T
K
 
K
D
 
G
K
 
K
A
 
A
K
 
T
V
 
V
A
 
A
F
 
I
F
 
I
Y
 
T
S
 
G
S
 
S
P
 
L
T
 
T
V
 
A
T
 
A
D
x
H
Q
 
Q
N
 
Q
Q
 
L
W
x
R
V
 
V
K
 
R
E
 
G
A
 
F
K
 
E
A
 
D
K
 
A
I
 
V
A
 
R
K
 
Q
E
 
E
H
 
-
P
 
K
G
 
G
W
 
I
E
 
R
I
 
I
V
 
V
T
 
A
T
 
I
Q
 
E
F
 
E
G
 
S
Y
 
H
N
x
I
D
 
T
A
 
R
T
 
V
K
 
Q
S
 
A
L
 
A
Q
 
E
T
 
K
A
 
A
E
 
Y
G
 
T
I
 
I
L
 
L
K
 
K
A
 
K
Y
 
H
S
 
P
D
 
D
L
 
V
D
 
N
A
 
A
I
 
F
I
 
Y
A
 
G
P
 
T
D
x
S
A
|
A
-
 
L
N
 
D
A
 
A
L
 
I
P
 
G
A
 
V
A
 
A
A
 
K
Q
 
V
A
 
V
A
 
E
E
 
Q
N
 
F
L
 
H
K
 
R
N
 
E
D
 
Q
K
 
K
V
 
T
A
 
Y
I
 
I
V
 
I
G
 
G
F
 
F
S
x
D
T
 
T
-
 
L
P
 
P
N
 
E
V
 
T
M
 
I
R
 
R
P
 
-
Y
 
Y
V
 
L
E
 
Q
R
 
K
G
 
G
T
 
T
V
 
I

Sites not aligning to the query:

4ry8B Crystal structure of 5-methylthioribose transporter solute binding protein tlet_1677 from thermotoga lettingae tmo target efi-511109 in complex with 5-methylthioribose
36% identity, 26% coverage: 29:116/340 of query aligns to 11:97/321 of 4ry8B

query
sites
4ry8B
R
 
R
I
 
I
A
 
A
F
 
L
I
 
V
P
 
R
K
 
E
L
 
V
V
 
G
G
 
E
V
 
G
G
 
S
F
|
F
F
 
F
T
 
E
S
 
R
G
 
Y
G
 
L
N
 
A
G
 
G
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
S
A
 
M
G
 
A
K
 
R
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
D
 
T
V
 
L
T
 
-
Y
 
L
D
 
E
G
 
A
P
 
T
T
 
A
E
 
H
P
 
G
S
 
D
V
 
M
S
 
A
G
 
R
Q
 
M
V
 
V
Q
 
T
L
 
M
I
 
I
N
 
E
N
 
N
F
 
F
V
 
I
N
 
T
Q
 
Q
G
 
R
Y
 
V
N
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
V
 
I
S
 
D
A
x
H
V
 
G
S
 
R
P
 
P
D
 
D
G
 
P
L
 
L
C
 
M
P
 
P
A
 
K
L
 
I
K
 
K
R
 
E
A
 
A
M
 
L
Q
 
D
R
 
R
G
 
G
V
 
I
R
 
R
V
 
V
L
 
V
T
 
T
W
 
F
D
|
D

Sites not aligning to the query:

4wutA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from agrobacterium vitis (avi_5133, target efi-511220) with bound d-fucose
26% identity, 80% coverage: 29:299/340 of query aligns to 2:272/290 of 4wutA

query
sites
4wutA
R
 
E
I
 
I
A
 
A
F
 
V
I
 
I
P
 
V
K
|
K
L
 
T
V
 
V
G
 
N
V
 
S
G
 
T
F
 
F
F
x
W
T
 
Q
S
 
N
G
 
V
G
 
Q
N
 
K
G
 
G
A
 
A
Q
 
D
Q
 
A
A
 
A
-
 
I
G
 
G
K
 
K
E
 
Q
L
 
K
G
 
A
V
 
H
D
 
T
V
 
I
T
 
T
Y
 
F
D
 
Q
G
 
G
P
 
P
T
 
A
-
 
A
E
|
E
P
 
S
S
 
A
V
 
I
S
 
A
G
 
D
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
N
L
 
M
I
 
V
N
 
E
N
 
N
F
 
A
V
 
V
N
 
N
Q
 
R
G
 
K
Y
 
V
N
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
L
V
 
L
S
 
A
A
 
P
V
 
S
S
 
D
P
 
P
D
 
D
G
 
A
L
 
L
C
 
V
P
 
P
A
 
A
L
 
V
K
 
K
R
 
K
A
 
A
M
 
W
Q
 
E
R
 
A
G
 
R
V
 
I
R
 
P
V
 
V
L
 
V
T
 
I
W
 
I
D
|
D
S
 
S
D
 
M
T
 
L
K
 
S
P
 
K
E
 
D
C
 
A
R
 
E
S
 
K
Y
 
Y
Y
 
Y
-
 
Q
I
 
A
N
 
F
Q
 
L
G
 
A
T
 
T
P
 
D
A
 
N
Q
 
K
L
 
A
G
 
A
G
 
G
M
 
E
L
 
L
V
 
A
D
 
A
M
 
K
A
 
A
A
 
M
R
 
I
Q
 
Q
V
 
K
N
 
V
K
 
G
D
 
T
K
 
E
A
 
G
K
 
K
V
 
I
A
 
A
F
 
V
F
 
M
Y
 
-
S
 
-
S
 
-
P
 
-
T
 
-
V
 
-
T
 
-
D
 
-
Q
 
-
N
 
-
Q
 
S
W
 
Y
V
 
V
K
 
A
E
 
G
A
 
A
K
 
G
A
 
S
K
 
E
I
 
I
A
 
G
-
x
R
-
 
V
-
 
G
-
 
G
-
 
F
-
 
T
-
 
D
-
 
Y
-
 
I
K
|
K
E
 
A
H
 
N
P
x
S
G
 
K
W
 
L
E
 
Q
I
 
I
V
 
V
T
 
G
T
 
P
Q
 
Y
F
 
Y
G
 
S
Y
 
Q
N
 
S
D
 
Q
A
 
M
T
 
A
K
 
T
S
 
A
L
 
L
Q
x
N
T
 
Q
A
 
T
E
 
T
G
x
D
I
 
V
L
 
L
K
 
A
A
 
A
Y
 
N
S
 
A
D
 
D
L
 
L
D
 
K
A
 
G
I
 
I
I
 
F
-
 
G
A
 
A
P
x
N
D
 
E
A
 
P
N
 
T
A
 
A
L
 
I
P
 
G
A
 
M
A
 
G
A
 
R
Q
 
A
A
 
I
A
 
K
E
 
Q
N
 
A
L
 
G
K
 
K
N
 
A
D
 
G
K
 
K
V
 
L
A
 
V
I
 
A
V
 
I
G
 
G
F
 
F
S
x
D
T
 
G
P
 
N
N
 
Q
V
 
D
M
 
L
R
 
Q
P
 
E
Y
 
F
V
 
V
E
 
K
R
 
D
G
 
G
T
 
T
V
 
L
K
 
E
E
 
A
F
 
T
G
 
V
L
 
V
W
x
Q
D
 
G
V
 
S
V
 
Y
Q
 
Q
Q
 
M
G
 
G
K
 
E
I
 
K
S
 
G
V
 
V
Y
 
-
V
 
-
A
 
-
D
 
D
A
 
T
L
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
L
G
 
L
S
 
S
M
 
K
K
 
E
T
 
K
G
 
V
D
 
E
K
 
K
L
 
F
D
 
I
I
 
D
K
 
T
G
 
G
V
 
V

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
24% identity, 72% coverage: 41:284/340 of query aligns to 14:253/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
F
|
F
F
|
F
T
 
V
S
 
T
G
 
L
G
 
K
N
 
N
G
 
G
A
 
A
Q
 
E
Q
 
E
A
 
K
G
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
Y
D
 
K
V
 
I
T
 
I
Y
 
V
D
 
E
G
 
D
P
 
S
T
 
Q
E
 
N
P
 
D
S
 
S
V
 
-
S
 
S
G
 
K
Q
 
E
V
 
L
Q
 
S
L
 
N
I
 
V
N
 
E
N
 
D
F
 
L
V
 
I
N
 
Q
Q
 
Q
G
 
K
Y
 
V
N
 
D
A
 
V
I
 
L
I
 
L
V
 
I
S
 
N
A
 
P
V
 
V
S
 
D
P
 
S
D
 
D
G
 
A
L
 
V
C
 
V
P
 
T
A
 
A
L
 
I
K
 
K
R
 
E
A
 
A
M
 
N
Q
 
S
R
 
K
G
 
N
V
 
I
R
 
P
V
 
V
L
 
I
T
 
T
W
 
I
D
|
D
S
x
R
D
 
S
T
 
A
K
 
N
P
 
G
E
 
G
C
 
D
R
 
V
S
 
V
Y
 
C
Y
 
H
I
 
I
N
 
A
Q
 
S
G
 
D
T
 
N
P
 
-
A
 
V
Q
 
K
L
 
G
G
 
G
G
 
E
M
 
M
L
 
A
V
 
A
D
 
E
M
 
F
A
 
I
A
 
A
R
 
K
Q
 
A
V
 
L
N
 
-
K
 
K
D
 
G
K
 
K
A
 
G
K
 
N
V
 
V
A
 
V
F
 
E
F
 
L
Y
 
E
S
 
G
S
 
I
P
 
P
T
 
G
V
 
A
T
 
S
-
x
A
-
 
A
-
 
R
D
 
D
Q
x
R
N
 
G
Q
 
K
W
 
G
V
 
F
K
 
D
E
 
E
A
 
A
K
 
I
A
 
A
K
 
K
I
 
-
A
 
-
K
 
-
E
 
-
H
 
Y
P
 
P
G
 
D
W
 
I
E
 
K
I
 
I
V
 
V
T
 
A
T
 
K
Q
 
Q
F
 
A
G
 
A
Y
 
D
N
x
F
D
 
D
A
 
R
T
 
S
K
 
K
S
 
G
L
 
L
Q
 
S
T
 
V
A
 
M
E
 
E
G
 
N
I
 
I
L
 
L
K
 
Q
A
 
A
Y
 
Q
S
 
P
D
 
K
L
 
I
D
 
D
A
 
A
I
 
V
I
 
F
A
 
A
P
 
Q
D
x
N
A
 
D
N
 
E
A
 
M
L
 
A
P
 
L
A
 
G
A
 
A
A
 
I
Q
 
K
A
 
A
A
 
I
E
 
E
N
 
A
L
 
A
K
 
N
N
 
R
D
 
Q
K
 
G
V
 
I
A
 
I
I
 
V
V
 
V
G
 
G
F
 
F
S
x
D
T
 
G
P
 
T
N
 
E
V
 
D
M
 
A
R
 
L
P
 
K
Y
 
A
V
 
I
E
 
K
R
 
E
G
 
G
T
 
K
V
 
M
K
 
A
E
 
A
F
 
T
G
 
I
L
 
A
W
x
Q
D
 
Q
V
 
P
V
 
A
Q
 
L
Q
 
M
G
 
G
K
 
S
I
 
L
S
 
G
V
 
V
Y
 
E
V
 
M
A
 
A
D
 
D
A
 
K
L
 
Y
L
 
L
K
 
K

Sites not aligning to the query:

7x0hA Crystal structure of sugar binding protein cbpa complexed wtih glucose from clostridium thermocellum (see paper)
31% identity, 37% coverage: 36:160/340 of query aligns to 16:138/287 of 7x0hA

query
sites
7x0hA
L
 
L
V
 
S
G
 
G
V
 
I
G
 
D
F
 
Y
F
x
W
T
 
K
S
 
Y
G
 
C
G
 
F
N
 
E
G
 
G
A
 
F
Q
 
E
Q
 
D
A
 
A
G
 
A
K
 
K
E
 
A
L
 
I
G
 
G
V
 
V
D
 
T
V
 
A
T
 
K
Y
 
Y
D
 
T
G
 
G
P
 
Q
T
 
T
E
 
D
P
 
T
S
 
D
V
 
V
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
A
L
 
V
I
 
L
N
 
E
N
 
Q
F
 
V
V
 
I
N
 
A
Q
 
Q
G
 
K
Y
 
P
N
 
K
A
 
G
I
 
I
I
 
A
V
 
V
S
 
T
A
 
A
V
 
V
S
 
N
P
 
S
D
 
T
G
 
A
L
 
L
C
 
A
P
 
D
A
 
T
L
 
I
K
 
N
R
 
S
A
 
A
M
 
I
Q
 
E
R
 
Q
G
 
G
V
 
I
R
 
S
V
 
V
L
 
V
T
 
C
W
 
F
D
|
D
S
 
S
D
 
D
T
 
S
K
 
P
P
 
T
E
 
S
C
 
N
R
 
R
S
 
S
Y
 
A
Y
 
Y
I
 
L
N
 
G
Q
 
T
G
 
G
T
 
N
P
 
Y
A
 
A
Q
 
A
L
 
-
G
 
G
G
 
Q
M
 
K
L
 
A
V
 
A
D
 
E
M
 
F
A
 
L
A
 
V
R
 
P
Q
 
L
V
 
V
N
 
N
K
 
Y
D
 
-
K
 
K
A
 
G
K
 
K
V
 
I
A
 
A
F
 
V
F
 
L
Y
 
Y
S
 
T

Sites not aligning to the query:

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
25% identity, 75% coverage: 29:282/340 of query aligns to 4:260/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
R
 
Q
I
 
I
A
 
A
F
 
L
I
 
L
P
 
M
K
|
K
L
 
T
V
 
L
G
 
S
V
x
N
G
 
E
F
x
Y
F
 
F
T
 
I
S
 
S
G
 
M
G
 
R
N
 
Q
G
 
G
A
 
A
Q
 
E
Q
 
E
A
 
T
G
 
A
K
 
K
E
 
Q
L
 
K
G
 
D
V
 
I
D
 
D
V
 
L
T
 
I
Y
 
V
D
 
Q
-
 
V
G
 
A
P
 
E
T
 
K
E
 
E
P
 
D
S
 
S
V
 
T
S
 
E
G
 
Q
Q
 
L
V
 
V
Q
 
G
L
 
L
I
 
V
N
 
E
N
 
N
F
 
M
V
 
I
N
 
A
Q
 
K
G
 
K
Y
 
V
N
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
V
 
V
S
 
T
A
 
P
V
 
N
S
 
D
P
 
S
D
 
I
G
 
A
L
 
F
C
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
F
K
 
Q
R
 
K
A
 
A
M
 
E
Q
 
K
R
 
A
G
 
G
V
 
I
R
 
P
V
 
I
L
 
I
T
 
D
W
 
L
D
|
D
S
 
V
-
 
R
-
 
L
D
 
D
T
 
A
K
 
K
-
 
A
P
 
A
E
 
E
C
 
A
R
 
A
S
 
G
Y
 
L
Y
 
K
I
 
F
N
 
N
Q
 
Y
-
 
V
G
 
G
T
 
V
P
 
D
A
 
N
Q
 
F
L
 
N
G
 
G
G
 
G
M
 
Y
L
 
L
V
 
E
D
 
A
M
 
K
A
 
N
A
 
L
R
 
A
Q
 
E
V
 
A
N
 
I
K
 
G
D
 
K
K
 
K
A
 
G
K
 
N
V
 
V
A
 
A
F
 
I
F
 
L
Y
 
E
S
 
G
S
 
I
P
 
P
T
 
G
V
 
V
T
 
-
D
 
D
Q
x
N
N
 
G
Q
 
E
W
 
Q
V
x
R
K
 
K
E
 
G
A
 
G
K
 
A
A
 
L
K
 
K
I
 
A
A
 
F
K
 
A
E
 
E
H
 
Y
P
 
P
G
 
D
W
 
I
E
 
K
I
 
I
V
 
V
T
 
A
T
 
S
Q
 
Q
F
 
S
G
 
A
Y
 
N
N
x
W
D
 
E
A
 
T
T
 
E
K
 
Q
S
 
A
L
 
L
Q
 
N
T
 
V
A
 
T
E
 
T
G
 
N
I
 
I
L
 
L
K
 
T
A
 
A
Y
 
N
S
 
P
D
 
N
L
 
I
D
 
N
A
 
G
I
 
I
I
 
F
A
 
A
P
 
A
D
 
N
A
 
D
N
 
N
A
 
M
L
 
A
P
 
I
A
 
G
A
 
A
A
 
V
Q
 
T
A
 
A
A
 
V
E
 
E
N
 
N
L
 
A
K
 
G
-
 
L
N
 
A
D
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
L
I
 
V
V
 
S
G
 
G
F
 
Y
S
x
D
T
 
G
P
 
I
N
 
P
V
 
L
M
 
A
R
 
I
P
 
E
Y
 
Y
V
 
V
E
 
K
R
 
Q
G
 
G
T
 
K
V
 
M
K
 
Q
E
 
-
F
 
-
G
 
N
L
 
T
W
 
I
D
 
D
V
x
Q
V
 
L
Q
 
P
Q
 
K
G
 
K
K
 
Q
I
 
V
S
 
A
V
 
I
Y
 
A
V
 
I
A
 
E
D
 
H
A
 
A
L
 
L

4rxtA Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein arad_9553 from agrobacterium radiobacter, target efi-511541, in complex with d-arabinose
24% identity, 70% coverage: 48:284/340 of query aligns to 25:265/295 of 4rxtA

query
sites
4rxtA
G
 
G
A
 
A
Q
 
R
Q
 
K
A
 
A
G
 
G
K
 
K
E
 
D
L
 
L
G
 
G
V
 
V
D
 
K
V
 
V
T
 
P
Y
 
E
D
 
L
G
 
G
P
 
A
-
 
Q
T
 
A
E
|
E
P
 
T
S
 
D
V
 
V
S
 
N
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
Q
 
S
L
 
I
I
 
L
N
 
E
N
 
N
F
 
A
V
 
V
N
 
A
Q
 
G
G
 
K
Y
 
P
N
 
A
A
 
A
I
 
I
I
 
V
V
 
I
S
 
S
A
 
P
V
 
T
S
 
E
P
 
F
D
 
K
G
 
A
L
 
L
C
 
G
P
 
K
A
 
P
L
 
V
K
 
D
R
 
E
A
 
A
M
 
-
Q
 
A
R
 
K
G
 
S
V
 
V
R
 
P
V
 
I
L
 
I
T
 
G
W
 
I
D
|
D
S
 
S
D
 
G
T
 
A
K
 
D
P
 
S
E
 
K
C
 
A
-
 
F
R
 
K
S
 
S
Y
 
F
Y
 
L
I
 
T
N
 
T
Q
 
D
G
 
N
T
 
T
P
 
-
A
 
-
Q
 
Q
L
 
G
G
 
G
G
 
R
M
 
I
L
 
A
V
 
A
D
 
D
M
 
G
A
 
L
A
 
A
R
 
A
Q
 
A
V
 
I
N
 
K
-
 
A
-
 
M
-
 
T
-
 
G
K
 
K
D
 
E
K
 
E
A
 
G
K
 
D
V
 
V
A
 
V
F
 
I
F
 
I
Y
 
T
S
 
N
S
 
T
P
 
P
T
 
G
V
 
A
T
 
G
D
x
S
Q
 
L
N
 
E
Q
 
Q
W
x
R
V
 
R
K
 
T
E
 
G
A
 
F
K
 
L
A
 
D
K
 
Q
I
 
V
A
 
K
K
 
T
E
 
K
H
 
Y
P
 
P
G
 
G
W
 
L
E
 
K
I
 
V
V
 
V
T
 
A
T
 
D
Q
 
K
F
 
Y
G
 
A
Y
 
D
N
 
G
D
 
Q
A
 
A
T
 
T
K
 
T
S
 
G
L
 
L
Q
 
N
T
 
I
A
 
M
E
 
T
G
 
D
I
 
L
L
 
I
K
 
T
A
 
A
Y
 
N
S
 
P
D
 
K
L
 
I
D
 
V
A
 
G
I
 
V
I
 
F
A
 
A
P
 
S
D
x
N
A
 
L
N
 
I
A
 
M
L
 
A
P
 
Q
A
 
G
A
 
V
A
 
G
Q
 
Q
A
 
A
-
 
I
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
K
K
 
L
N
 
S
D
 
D
K
 
K
V
 
V
A
 
K
I
 
V
V
 
I
G
 
G
F
 
F
S
x
D
T
 
S
P
 
D
N
 
D
V
 
K
M
 
T
R
 
L
P
 
G
Y
 
F
V
 
L
E
 
K
R
 
S
G
 
G
T
 
A
V
 
I
K
 
A
E
 
G
F
 
L
G
 
V
L
 
V
W
x
Q
D
 
D
V
 
P
V
 
Y
Q
 
R
Q
 
M
G
 
G
K
 
Y
I
 
D
S
 
G
V
 
I
Y
 
K
V
 
T
A
 
A
D
 
L
A
 
A
L
 
V
L
 
S
K
 
K

Sites not aligning to the query:

5ibqA Crystal structure of an abc solute binding protein from rhizobium etli cfn 42 (rhe_pf00037,target efi-511357) in complex with alpha-d-apiose
24% identity, 76% coverage: 27:284/340 of query aligns to 2:256/287 of 5ibqA

query
sites
5ibqA
A
 
A
E
 
D
R
 
L
I
 
I
A
 
A
F
 
I
I
 
I
P
 
T
K
 
P
L
 
A
V
 
H
G
 
D
V
x
N
G
 
P
F
|
F
F
 
F
T
 
K
S
 
A
G
 
E
G
 
A
N
 
V
G
 
G
A
 
A
Q
 
E
Q
 
A
A
 
K
G
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
Y
D
 
E
-
 
T
-
 
L
-
 
V
V
 
M
T
 
T
Y
 
H
D
 
D
G
 
-
P
 
-
T
 
-
E
 
-
P
 
D
S
 
D
V
 
A
S
 
N
G
 
K
Q
 
Q
V
 
S
Q
 
E
L
 
M
I
 
I
N
 
D
N
 
T
F
 
A
V
 
I
N
 
G
Q
 
R
G
 
G
Y
 
A
N
 
K
A
 
A
I
 
I
I
 
I
V
 
L
S
 
D
A
 
N
V
 
A
S
 
G
P
 
A
D
 
D
G
 
A
L
 
S
C
 
V
P
 
A
A
 
A
L
 
V
K
 
K
R
 
K
A
 
A
M
 
K
Q
 
D
R
 
A
G
 
G
V
 
I
R
 
P
V
 
S
L
 
F
T
 
L
W
 
I
D
|
D
S
x
R
D
 
E
-
 
I
-
 
N
-
 
A
T
 
T
K
 
G
P
 
V
E
 
A
C
 
V
R
 
A
S
 
Q
Y
 
I
Y
 
V
I
 
S
N
 
N
Q
 
N
G
 
Y
T
 
Q
P
 
G
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
A
M
 
Q
-
 
E
L
 
F
V
 
V
D
 
K
M
 
L
A
 
M
A
 
G
R
 
E
Q
 
K
V
 
G
N
 
N
K
 
-
D
 
-
K
 
-
A
 
-
K
 
-
V
 
-
A
 
-
F
 
Y
F
 
V
Y
 
E
S
 
L
S
 
V
P
 
G
T
 
K
V
 
E
T
 
S
D
|
D
Q
 
T
N
|
N
Q
 
A
W
 
G
V
 
I
K
x
R
-
 
S
E
 
Q
A
 
G
K
 
Y
A
 
H
K
x
D
I
 
V
A
 
I
K
x
D
E
x
D
H
 
Y
P
 
P
G
 
E
W
 
M
E
 
K
I
 
S
V
 
V
T
 
A
T
 
K
Q
 
Q
F
 
S
G
 
A
Y
 
N
N
x
W
D
 
S
A
 
Q
T
 
T
K
 
E
S
 
A
L
 
Y
Q
 
S
T
 
K
A
 
M
E
 
E
G
 
T
I
 
I
L
 
L
K
 
Q
A
 
A
Y
 
N
S
 
P
D
 
D
L
 
I
D
 
K
A
 
G
I
 
V
I
 
I
A
 
S
P
 
G
D
x
N
A
 
D
N
 
T
A
 
M
L
 
A
P
 
M
A
 
G
A
 
A
A
 
I
Q
 
A
A
 
A
A
 
L
E
 
Q
N
 
A
L
 
A
K
 
G
N
 
R
D
 
K
K
 
D
V
 
V
A
 
I
I
 
V
V
 
V
G
 
G
F
 
F
S
x
D
T
 
G
P
 
S
N
 
N
V
 
D
M
 
V
R
 
R
P
 
D
Y
 
S
V
 
I
E
 
K
R
 
S
G
 
G
T
 
G
V
 
I
K
 
K
E
 
A
F
 
T
G
 
V
L
 
L
W
 
Q
D
 
P
V
 
A
V
 
Y
Q
 
A
Q
 
Q
G
 
A
K
 
Q
I
 
L
S
 
A
V
 
V
Y
 
E
V
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
A
L
 
Y
L
 
I
K
 
K

4ry0A Crystal structure of ribose transporter solute binding protein rhe_pf00037 from rhizobium etli cfn 42, target efi-511357, in complex with d-ribose
24% identity, 76% coverage: 27:284/340 of query aligns to 2:256/287 of 4ry0A

query
sites
4ry0A
A
 
A
E
 
D
R
 
L
I
 
I
A
 
A
F
 
I
I
 
I
P
 
T
K
 
P
L
 
A
V
 
H
G
 
D
V
x
N
G
 
P
F
 
F
F
|
F
T
 
K
S
 
A
G
 
E
G
 
A
N
 
V
G
 
G
A
 
A
Q
 
E
Q
 
A
A
 
K
G
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
Y
D
 
E
-
 
T
-
 
L
-
 
V
V
 
M
T
 
T
Y
 
H
D
 
D
G
 
-
P
 
-
T
 
-
E
 
-
P
 
D
S
 
D
V
 
A
S
 
N
G
 
K
Q
 
Q
V
 
S
Q
 
E
L
 
M
I
 
I
N
 
D
N
 
T
F
 
A
V
 
I
N
 
G
Q
 
R
G
 
G
Y
 
A
N
 
K
A
 
A
I
 
I
I
 
I
V
 
L
S
 
D
A
 
N
V
 
A
S
 
G
P
 
A
D
 
D
G
 
A
L
 
S
C
 
V
P
 
A
A
 
A
L
 
V
K
 
K
R
 
K
A
 
A
M
 
K
Q
 
D
R
 
A
G
 
G
V
 
I
R
 
P
V
 
S
L
 
F
T
 
L
W
 
I
D
|
D
S
x
R
D
 
E
-
 
I
-
 
N
-
 
A
T
 
T
K
 
G
P
 
V
E
 
A
C
 
V
R
 
A
S
 
Q
Y
 
I
Y
 
V
I
 
S
N
 
N
Q
 
N
G
 
Y
T
 
Q
P
 
G
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
A
M
 
Q
-
 
E
L
 
F
V
 
V
D
 
K
M
 
L
A
 
M
A
 
G
R
 
E
Q
 
K
V
 
G
N
 
N
K
 
-
D
 
-
K
 
-
A
 
-
K
 
-
V
 
-
A
 
-
F
 
Y
F
 
V
Y
 
E
S
 
L
S
 
V
P
 
G
T
 
K
V
 
E
T
 
S
D
|
D
Q
 
T
N
 
N
Q
 
A
W
 
G
V
 
I
K
x
R
-
 
S
E
 
Q
A
 
G
K
 
Y
A
 
H
K
x
D
I
 
V
A
 
I
K
x
D
E
x
D
H
 
Y
P
 
P
G
 
E
W
 
M
E
 
K
I
 
S
V
 
V
T
 
A
T
 
K
Q
 
Q
F
 
S
G
 
A
Y
 
N
N
x
W
D
 
S
A
 
Q
T
 
T
K
 
E
S
 
A
L
 
Y
Q
 
S
T
 
K
A
 
M
E
 
E
G
 
T
I
 
I
L
 
L
K
 
Q
A
 
A
Y
 
N
S
 
P
D
 
D
L
 
I
D
 
K
A
 
G
I
 
V
I
 
I
A
 
S
P
 
G
D
x
N
A
 
D
N
 
T
A
 
M
L
 
A
P
 
M
A
 
G
A
 
A
A
 
I
Q
 
A
A
 
A
A
 
L
E
 
Q
N
 
A
L
 
A
K
 
G
N
 
R
D
 
K
K
 
D
V
 
V
A
 
I
I
 
V
V
 
V
G
 
G
F
 
F
S
x
D
T
 
G
P
 
S
N
 
N
V
 
D
M
 
V
R
 
R
P
 
D
Y
 
S
V
 
I
E
 
K
R
 
S
G
 
G
T
 
G
V
 
I
K
 
K
E
 
A
F
 
T
G
 
V
L
 
L
W
x
Q
D
 
P
V
 
A
V
 
Y
Q
 
A
Q
 
Q
G
 
A
K
 
Q
I
 
L
S
 
A
V
 
V
Y
 
E
V
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
A
L
 
Y
L
 
I
K
 
K

5dkvA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein from agrobacterium vitis(avis_5339, target efi-511225) bound with alpha-d- tagatopyranose
23% identity, 68% coverage: 29:260/340 of query aligns to 8:247/303 of 5dkvA

query
sites
5dkvA
R
 
R
I
 
I
A
 
A
F
 
L
I
 
I
P
 
P
K
 
G
L
 
L
V
 
T
G
 
T
V
x
D
G
 
A
F
|
F
F
 
Y
T
 
I
S
 
T
G
 
M
G
 
H
N
 
K
G
 
G
A
 
A
Q
 
E
Q
 
A
A
 
A
G
 
A
K
 
A
E
 
A
L
 
I
G
 
G
V
 
A
D
 
Q
V
 
I
T
 
I
Y
 
F
D
 
Q
G
 
G
P
 
A
T
 
P
E
 
D
P
 
F
S
 
N
V
 
P
S
 
V
G
 
T
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
P
L
 
V
I
 
L
N
 
D
N
 
A
F
 
V
V
 
I
N
 
A
Q
 
K
G
 
K
Y
 
P
N
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
L
V
 
I
S
 
A
A
 
P
V
 
T
S
 
D
P
 
T
D
 
T
G
 
Q
L
 
L
C
 
V
P
 
Q
A
 
P
L
 
L
K
 
K
R
 
K
A
 
A
M
 
A
Q
 
D
R
 
A
G
 
G
V
 
I
R
 
P
V
 
M
L
 
I
T
 
T
W
 
V
D
 
-
S
 
-
D
|
D
T
 
T
K
 
F
P
 
I
E
 
G
C
 
T
R
 
G
S
 
D
Y
 
Y
Y
 
Q
I
 
T
N
 
G
Q
 
A
G
 
G
-
 
D
-
 
G
-
 
D
-
 
F
-
 
P
-
 
L
-
 
S
-
 
Y
-
 
I
-
 
A
T
 
S
P
 
D
A
 
N
Q
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
M
 
E
L
 
I
V
 
A
D
 
A
M
 
R
A
 
S
A
 
L
R
 
A
Q
 
L
V
 
A
N
 
I
K
 
G
D
 
D
K
 
K
A
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
Y
F
 
V
F
 
S
Y
 
N
S
 
V
S
 
K
P
 
P
T
 
G
V
 
V
T
 
S
D
x
T
Q
 
T
N
 
D
Q
 
Q
W
x
R
V
 
E
K
 
Q
E
 
G
A
 
F
K
 
K
A
 
S
K
 
E
I
 
M
A
 
A
K
 
K
E
 
-
H
 
H
P
 
P
G
 
G
W
 
I
E
 
T
I
 
V
V
 
L
T
 
E
T
 
T
Q
 
Q
F
 
F
G
 
N
Y
 
D
N
 
N
D
 
D
A
 
A
T
 
N
K
 
K
S
 
A
L
 
A
Q
 
S
T
 
Q
A
 
L
E
 
Q
G
 
A
I
 
V
L
 
Y
K
 
A
A
 
R
Y
 
N
S
 
P
D
 
D
L
 
L
D
 
A
A
 
G
I
 
V
I
 
F
A
 
G
P
 
A
D
x
N
A
x
L
-
 
F
N
 
S
A
 
G
L
 
L
P
 
G
A
 
S
A
 
A
A
 
N
Q
 
G
A
 
V
A
 
Q
E
 
Q
N
 
A
L
 
G
K
 
Q
N
 
S
D
 
G
K
 
T
V
 
I
A
 
K
I
 
V
V
 
V
G
 
A
F
 
F
S
x
D
T
 
A
P
 
P
N
 
G
V
 
S
M
 
V
R
 
V
P
 
D
Y
 
N
V
 
L
E
 
K
R
 
S
G
 
G
T
 
L
V
 
I

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>15637 b1516 AI2 transporter (NCBI)
MTLHRFKKIALLSALGIAAISMNVQAAERIAFIPKLVGVGFFTSGGNGAQQAGKELGVDV
TYDGPTEPSVSGQVQLINNFVNQGYNAIIVSAVSPDGLCPALKRAMQRGVRVLTWDSDTK
PECRSYYINQGTPAQLGGMLVDMAARQVNKDKAKVAFFYSSPTVTDQNQWVKEAKAKIAK
EHPGWEIVTTQFGYNDATKSLQTAEGILKAYSDLDAIIAPDANALPAAAQAAENLKNDKV
AIVGFSTPNVMRPYVERGTVKEFGLWDVVQQGKISVYVADALLKKGSMKTGDKLDIKGVG
QVEVSPNSVQGYDYEADGNGIVLLPERVIFNKENIGKYDF

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory