SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 16018 FitnessBrowser__Keio:16018 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 16 hits to proteins with known functional sites (download)

5abpA Substrate specificity and affinity of a protein modulated by bound water molecules (see paper)
100% identity, 93% coverage: 25:329/329 of query aligns to 1:305/305 of 5abpA

query
sites
5abpA
N
 
N
L
 
L
K
 
K
L
 
L
G
 
G
F
 
F
L
 
L
V
 
V
K
|
K
Q
 
Q
P
 
P
E
 
E
E
|
E
P
 
P
W
|
W
F
 
F
Q
 
Q
T
 
T
E
 
E
W
 
W
K
 
K
F
 
F
A
 
A
D
 
D
K
 
K
A
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
D
L
 
L
G
 
G
F
 
F
E
 
E
V
 
V
I
 
I
K
 
K
I
 
I
A
 
A
V
 
V
P
 
P
D
 
D
G
 
G
E
 
E
K
 
K
T
 
T
L
 
L
N
 
N
A
 
A
I
 
I
D
 
D
S
 
S
L
 
L
A
 
A
A
 
A
S
 
S
G
 
G
A
 
A
K
 
K
G
 
G
F
 
F
V
 
V
I
 
I
C
 
C
T
 
T
P
 
P
D
 
D
P
 
P
K
 
K
L
 
L
G
 
G
S
 
S
A
 
A
I
 
I
V
 
V
A
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
M
 
M
K
 
K
V
 
V
I
 
I
A
 
A
V
 
V
D
|
D
D
|
D
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
N
 
N
A
 
A
K
 
K
G
 
G
K
 
K
P
 
P
M
 
M
D
 
D
T
 
T
V
 
V
P
 
P
L
 
L
V
 
V
M
 
M
M
 
M
A
 
A
A
 
A
T
 
T
K
 
K
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
L
 
L
Y
 
Y
K
 
K
E
 
E
M
 
M
Q
 
Q
K
 
K
R
 
R
G
 
G
W
 
W
D
 
D
V
 
V
K
 
K
E
 
E
S
 
S
A
 
A
V
 
V
M
 
M
A
 
A
I
 
I
T
 
T
A
 
A
N
 
N
E
 
E
L
 
L
D
 
D
T
 
T
A
 
A
R
 
R
R
 
R
R
|
R
T
 
T
T
 
T
G
 
G
S
 
S
M
 
M
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
G
F
 
F
P
 
P
E
 
E
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
Y
 
Y
Q
 
Q
V
 
V
P
 
P
T
 
T
K
 
K
S
 
S
N
 
N
D
 
D
I
 
I
P
 
P
G
 
G
A
 
A
F
 
F
D
 
D
A
 
A
A
 
A
N
 
N
S
 
S
M
 
M
L
 
L
V
 
V
Q
 
Q
H
 
H
P
 
P
E
 
E
V
 
V
K
 
K
H
 
H
W
 
W
L
 
L
I
 
I
V
 
V
G
 
G
M
|
M
N
 
N
D
 
D
S
 
S
T
 
T
V
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
V
R
 
R
A
 
A
T
 
T
E
 
E
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
F
 
F
K
 
K
A
 
A
A
 
A
D
 
D
I
 
I
I
 
I
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
N
|
N
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
V
S
 
S
E
 
E
L
 
L
S
 
S
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
T
 
T
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
L
 
L
P
 
P
S
 
S
P
 
P
D
 
D
V
 
V
H
 
H
G
 
G
Y
 
Y
K
 
K
S
 
S
S
 
S
E
 
E
M
 
M
L
 
L
Y
 
Y
N
 
N
W
 
W
V
 
V
A
 
A
K
 
K
D
 
D
V
 
V
E
 
E
P
 
P
P
 
P
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
V
 
V
T
 
T
D
 
D
V
 
V
V
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
T
R
 
R
D
 
D
N
 
N
F
 
F
K
 
K
E
 
E
E
 
E
L
 
L
E
 
E
K
 
K
K
 
K
G
 
G
L
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K

1abfA Substrate specificity and affinity of a protein modulated by bound water molecules (see paper)
100% identity, 93% coverage: 25:329/329 of query aligns to 1:305/305 of 1abfA

query
sites
1abfA
N
 
N
L
 
L
K
 
K
L
 
L
G
 
G
F
 
F
L
 
L
V
 
V
K
|
K
Q
 
Q
P
 
P
E
 
E
E
|
E
P
 
P
W
|
W
F
 
F
Q
 
Q
T
 
T
E
 
E
W
 
W
K
 
K
F
 
F
A
 
A
D
 
D
K
 
K
A
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
D
L
 
L
G
 
G
F
 
F
E
 
E
V
 
V
I
 
I
K
 
K
I
 
I
A
 
A
V
 
V
P
 
P
D
 
D
G
 
G
E
 
E
K
 
K
T
 
T
L
 
L
N
 
N
A
 
A
I
 
I
D
 
D
S
 
S
L
 
L
A
 
A
A
 
A
S
 
S
G
 
G
A
 
A
K
 
K
G
 
G
F
 
F
V
 
V
I
 
I
C
 
C
T
 
T
P
 
P
D
 
D
P
 
P
K
 
K
L
 
L
G
 
G
S
 
S
A
 
A
I
 
I
V
 
V
A
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
M
 
M
K
 
K
V
 
V
I
 
I
A
 
A
V
 
V
D
 
D
D
|
D
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
N
 
N
A
 
A
K
 
K
G
 
G
K
 
K
P
 
P
M
 
M
D
 
D
T
 
T
V
 
V
P
 
P
L
 
L
V
 
V
M
 
M
M
 
M
A
 
A
A
 
A
T
 
T
K
 
K
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
L
 
L
Y
 
Y
K
 
K
E
 
E
M
 
M
Q
 
Q
K
 
K
R
 
R
G
 
G
W
 
W
D
 
D
V
 
V
K
 
K
E
 
E
S
 
S
A
 
A
V
 
V
M
 
M
A
 
A
I
 
I
T
 
T
A
 
A
N
 
N
E
 
E
L
 
L
D
 
D
T
 
T
A
 
A
R
 
R
R
 
R
R
|
R
T
 
T
T
 
T
G
 
G
S
 
S
M
 
M
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
G
F
 
F
P
 
P
E
 
E
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
Y
 
Y
Q
 
Q
V
 
V
P
 
P
T
 
T
K
 
K
S
 
S
N
 
N
D
 
D
I
 
I
P
 
P
G
 
G
A
 
A
F
 
F
D
 
D
A
 
A
A
 
A
N
 
N
S
 
S
M
 
M
L
 
L
V
 
V
Q
 
Q
H
 
H
P
 
P
E
 
E
V
 
V
K
 
K
H
 
H
W
 
W
L
 
L
I
 
I
V
 
V
G
 
G
M
|
M
N
|
N
D
 
D
S
 
S
T
 
T
V
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
V
R
 
R
A
 
A
T
 
T
E
 
E
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
F
 
F
K
 
K
A
 
A
A
 
A
D
 
D
I
 
I
I
 
I
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
N
|
N
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
V
S
 
S
E
 
E
L
 
L
S
 
S
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
T
 
T
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
L
 
L
P
 
P
S
 
S
P
 
P
D
 
D
V
 
V
H
 
H
G
 
G
Y
 
Y
K
 
K
S
 
S
S
 
S
E
 
E
M
 
M
L
 
L
Y
 
Y
N
 
N
W
 
W
V
 
V
A
 
A
K
 
K
D
 
D
V
 
V
E
 
E
P
 
P
P
 
P
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
V
 
V
T
 
T
D
 
D
V
 
V
V
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
T
R
 
R
D
 
D
N
 
N
F
 
F
K
 
K
E
 
E
E
 
E
L
 
L
E
 
E
K
 
K
K
 
K
G
 
G
L
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K

1abeA Novel stereospecificity of the l-arabinose-binding protein (see paper)
100% identity, 93% coverage: 25:329/329 of query aligns to 1:305/305 of 1abeA

query
sites
1abeA
N
 
N
L
 
L
K
 
K
L
 
L
G
 
G
F
 
F
L
 
L
V
 
V
K
|
K
Q
 
Q
P
 
P
E
 
E
E
|
E
P
 
P
W
|
W
F
 
F
Q
 
Q
T
 
T
E
 
E
W
 
W
K
 
K
F
 
F
A
 
A
D
 
D
K
 
K
A
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
D
L
 
L
G
 
G
F
 
F
E
 
E
V
 
V
I
 
I
K
 
K
I
 
I
A
 
A
V
 
V
P
 
P
D
 
D
G
 
G
E
 
E
K
 
K
T
 
T
L
 
L
N
 
N
A
 
A
I
 
I
D
 
D
S
 
S
L
 
L
A
 
A
A
 
A
S
 
S
G
 
G
A
 
A
K
 
K
G
 
G
F
 
F
V
 
V
I
 
I
C
 
C
T
 
T
P
 
P
D
 
D
P
 
P
K
 
K
L
 
L
G
 
G
S
 
S
A
 
A
I
 
I
V
 
V
A
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
M
 
M
K
 
K
V
 
V
I
 
I
A
 
A
V
 
V
D
 
D
D
|
D
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
N
 
N
A
 
A
K
 
K
G
 
G
K
 
K
P
 
P
M
 
M
D
 
D
T
 
T
V
 
V
P
 
P
L
 
L
V
 
V
M
 
M
M
 
M
A
 
A
A
 
A
T
 
T
K
 
K
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
L
 
L
Y
 
Y
K
 
K
E
 
E
M
 
M
Q
 
Q
K
 
K
R
 
R
G
 
G
W
 
W
D
 
D
V
 
V
K
 
K
E
 
E
S
 
S
A
 
A
V
 
V
M
 
M
A
 
A
I
 
I
T
 
T
A
 
A
N
 
N
E
 
E
L
 
L
D
 
D
T
 
T
A
 
A
R
 
R
R
 
R
R
|
R
T
 
T
T
 
T
G
 
G
S
 
S
M
 
M
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
G
F
 
F
P
 
P
E
 
E
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
Y
 
Y
Q
 
Q
V
 
V
P
 
P
T
 
T
K
 
K
S
 
S
N
 
N
D
 
D
I
 
I
P
 
P
G
 
G
A
 
A
F
 
F
D
 
D
A
 
A
A
 
A
N
 
N
S
 
S
M
 
M
L
 
L
V
 
V
Q
 
Q
H
 
H
P
 
P
E
 
E
V
 
V
K
 
K
H
 
H
W
 
W
L
 
L
I
 
I
V
 
V
G
 
G
M
|
M
N
 
N
D
 
D
S
 
S
T
 
T
V
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
V
R
 
R
A
 
A
T
 
T
E
 
E
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
F
 
F
K
 
K
A
 
A
A
 
A
D
 
D
I
 
I
I
 
I
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
N
|
N
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
V
S
 
S
E
 
E
L
 
L
S
 
S
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
T
 
T
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
L
 
L
P
 
P
S
 
S
P
 
P
D
 
D
V
 
V
H
 
H
G
 
G
Y
 
Y
K
 
K
S
 
S
S
 
S
E
 
E
M
 
M
L
 
L
Y
 
Y
N
 
N
W
 
W
V
 
V
A
 
A
K
 
K
D
 
D
V
 
V
E
 
E
P
 
P
P
 
P
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
V
 
V
T
 
T
D
 
D
V
 
V
V
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
T
R
 
R
D
 
D
N
 
N
F
 
F
K
 
K
E
 
E
E
 
E
L
 
L
E
 
E
K
 
K
K
 
K
G
 
G
L
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K

4kzkA The structure of the periplasmic l-arabinose binding protein from burkholderia thailandensis
46% identity, 91% coverage: 26:326/329 of query aligns to 1:301/301 of 4kzkA

query
sites
4kzkA
L
 
V
K
 
K
L
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
V
V
 
V
K
|
K
Q
 
Q
P
 
P
E
 
D
E
x
D
P
 
P
W
|
W
F
 
F
Q
 
Q
T
 
D
E
 
E
W
 
W
K
 
R
F
 
F
A
 
A
D
 
E
K
 
Q
A
 
A
G
 
A
K
 
K
D
 
D
L
 
K
G
 
H
F
 
F
E
 
T
V
 
L
I
 
V
K
 
K
I
 
I
A
 
A
V
 
A
P
 
P
D
 
S
G
 
G
E
 
E
K
 
K
T
 
V
L
 
S
N
 
T
A
 
A
I
 
L
D
 
D
S
 
S
L
 
L
A
 
A
A
 
A
S
 
Q
G
 
K
A
 
A
K
 
Q
G
 
G
F
 
V
V
 
I
I
 
I
C
 
C
T
 
A
P
 
P
D
 
D
P
 
V
K
 
K
L
 
L
G
 
G
S
 
P
A
 
G
I
 
I
V
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
K
G
 
R
Y
 
Y
D
 
G
M
 
M
K
 
K
V
 
L
I
 
M
A
 
S
V
 
V
D
|
D
D
|
D
Q
 
Q
F
 
L
V
 
V
N
 
D
A
 
G
K
 
R
G
 
G
K
 
A
P
 
P
M
 
L
D
 
A
T
 
D
V
 
V
P
 
P
L
 
H
V
 
M
M
 
G
M
 
I
A
 
S
A
 
A
T
 
Y
K
 
R
I
 
I
G
 
G
E
 
R
R
 
Q
Q
 
V
G
 
G
Q
 
D
E
 
A
L
 
I
Y
 
A
K
 
A
E
 
E
M
 
A
Q
 
K
K
 
R
R
 
R
G
 
G
W
 
W
D
 
N
V
 
P
K
 
A
E
 
E
S
 
V
A
 
G
V
 
V
M
 
L
A
 
R
I
 
L
T
 
A
A
 
Y
N
 
D
E
 
Q
L
 
L
D
 
P
T
 
T
A
 
A
R
 
R
R
 
E
R
|
R
T
 
T
T
 
T
G
 
G
S
 
A
M
 
V
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
G
F
 
F
P
 
A
E
 
A
K
 
A
Q
 
N
I
 
V
Y
 
V
Q
 
D
V
 
A
P
 
P
T
 
E
K
 
M
S
 
T
N
 
A
D
 
D
I
 
T
P
 
E
G
 
G
A
 
A
F
 
F
D
 
N
A
 
A
A
 
A
N
 
N
S
 
I
M
 
A
L
 
F
V
 
T
Q
 
K
H
 
H
P
 
R
E
 
N
V
 
F
K
 
R
H
 
H
W
 
W
L
 
V
I
 
A
V
 
F
G
 
G
M
 
S
N
|
N
D
 
D
S
 
D
T
 
T
V
 
T
L
 
V
G
 
G
G
 
A
V
 
V
R
 
R
A
 
A
T
 
G
E
 
E
G
 
G
Q
 
R
G
 
G
F
 
I
K
 
G
A
 
T
A
 
D
D
 
D
I
 
M
I
 
I
G
 
A
I
 
V
G
 
G
I
 
I
N
|
N
G
 
G
V
 
S
D
 
Q
-
 
V
A
 
A
V
 
L
S
 
N
E
 
E
L
 
F
S
 
A
K
 
K
A
 
P
Q
 
K
A
 
P
T
 
T
G
 
G
F
 
F
Y
 
F
G
 
G
S
 
S
L
 
I
L
 
L
P
 
L
S
 
N
P
 
P
D
 
R
V
 
L
H
 
H
G
 
G
Y
 
Y
K
 
D
S
 
T
S
 
S
E
 
V
M
 
N
L
 
M
Y
 
Y
N
 
D
W
 
W
V
 
I
A
 
T
K
 
Q
D
 
N
V
 
R
E
 
T
P
 
P
P
 
P
K
 
P
F
 
L
T
 
V
E
 
-
V
 
L
T
 
T
D
 
S
V
 
G
V
 
T
L
 
L
I
 
I
T
 
T
R
 
R
D
 
A
N
 
N
F
 
E
K
 
K
E
 
T
E
 
A
L
 
R
E
 
A
K
 
Q
K
 
L
G
 
G
L
 
L

5ibqA Crystal structure of an abc solute binding protein from rhizobium etli cfn 42 (rhe_pf00037,target efi-511357) in complex with alpha-d-apiose
22% identity, 88% coverage: 28:316/329 of query aligns to 5:277/287 of 5ibqA

query
sites
5ibqA
L
 
I
G
 
A
F
 
I
L
 
I
V
 
T
K
 
P
Q
 
A
P
 
H
E
 
D
E
x
N
P
 
P
W
x
F
F
 
F
Q
 
K
T
 
A
E
 
E
W
 
A
K
 
V
F
 
G
A
 
A
D
 
E
K
 
A
A
 
K
G
 
A
K
 
K
D
 
E
L
 
L
G
 
G
F
 
Y
E
 
E
V
 
T
I
 
L
K
 
V
I
 
M
A
 
T
V
 
H
-
 
D
P
 
D
D
 
D
G
 
A
E
 
N
K
 
K
T
 
Q
L
 
S
N
 
E
A
 
M
I
 
I
D
 
D
S
 
T
L
 
A
A
 
I
A
 
G
S
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
G
 
A
F
 
I
V
 
I
I
 
L
C
 
D
T
 
N
P
 
A
D
 
G
P
 
A
K
 
D
L
 
A
G
 
S
S
 
V
A
 
A
I
 
A
V
 
V
A
 
K
K
 
K
A
 
A
R
 
K
G
 
D
Y
 
A
D
 
G
M
 
I
K
 
P
V
 
S
I
 
F
A
 
L
V
 
I
D
|
D
D
x
R
Q
 
E
F
 
-
V
 
I
N
 
N
A
 
A
K
 
T
G
 
G
K
 
V
P
 
A
M
 
V
D
 
A
T
 
Q
V
 
I
P
 
V
L
 
S
V
 
N
M
 
N
M
 
Y
A
 
Q
A
 
G
T
 
A
K
 
Q
I
 
L
G
 
G
E
 
-
R
 
-
Q
 
-
G
 
A
Q
 
Q
E
 
E
L
 
F
Y
 
V
K
 
K
E
 
L
M
 
M
Q
 
G
K
 
E
R
 
K
G
 
G
W
 
N
D
 
Y
V
 
V
K
 
E
E
 
-
S
 
-
A
 
-
V
 
-
M
 
-
A
 
-
I
 
L
T
 
V
A
 
G
N
 
K
E
 
E
L
 
S
D
|
D
T
 
T
-
x
N
A
 
A
R
 
G
R
 
I
R
|
R
T
 
S
T
 
Q
G
 
G
S
 
Y
M
 
H
D
|
D
A
 
V
L
 
I
K
x
D
A
 
-
A
 
-
G
x
D
F
 
Y
P
 
P
E
 
E
K
 
M
Q
 
K
I
 
S
Y
 
V
Q
 
A
V
 
K
P
 
Q
T
 
S
K
 
A
S
 
N
N
x
W
D
 
S
I
 
Q
P
 
T
G
 
E
A
 
A
F
 
Y
D
 
S
A
 
K
A
 
M
N
 
E
S
 
T
M
 
I
L
 
L
V
 
Q
Q
 
A
H
 
N
P
 
P
E
 
D
V
 
I
K
 
K
H
 
G
W
 
-
L
 
-
I
 
V
V
 
I
G
 
S
M
 
G
N
|
N
D
 
D
S
 
T
T
 
M
V
 
A
L
 
M
G
 
G
G
 
A
V
 
I
R
 
A
A
 
A
T
 
L
E
 
Q
G
 
A
Q
 
A
G
 
G
F
 
R
K
 
K
A
 
-
A
 
-
D
 
D
I
 
V
I
 
I
G
 
V
I
 
V
G
 
G
I
 
F
N
x
D
G
 
G
V
 
S
D
 
N
A
 
D
V
 
V
S
 
R
E
 
D
L
 
S
S
 
I
K
 
K
A
 
-
Q
 
-
A
 
S
T
 
G
G
 
G
F
 
I
Y
 
K
G
 
A
S
 
T
L
 
V
L
 
L
P
 
Q
S
 
P
P
 
A
D
 
Y
V
 
A
H
 
Q
G
 
A
Y
 
Q
K
 
L
S
 
A
S
 
V
E
 
E
M
 
Q
L
 
A
Y
 
D
N
 
A
W
 
Y
V
 
I
A
 
K
K
 
N
D
 
K
V
 
T
E
 
T
P
 
P
P
 
K
K
 
E
F
 
E
T
 
K
E
 
Q
V
 
L
T
 
M
D
 
D
V
 
C
V
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
N
R
 
A
D
 
D
N
 
N

4ry0A Crystal structure of ribose transporter solute binding protein rhe_pf00037 from rhizobium etli cfn 42, target efi-511357, in complex with d-ribose
22% identity, 88% coverage: 28:316/329 of query aligns to 5:277/287 of 4ry0A

query
sites
4ry0A
L
 
I
G
 
A
F
 
I
L
 
I
V
 
T
K
 
P
Q
 
A
P
 
H
E
 
D
E
x
N
P
 
P
W
 
F
F
|
F
Q
 
K
T
 
A
E
 
E
W
 
A
K
 
V
F
 
G
A
 
A
D
 
E
K
 
A
A
 
K
G
 
A
K
 
K
D
 
E
L
 
L
G
 
G
F
 
Y
E
 
E
V
 
T
I
 
L
K
 
V
I
 
M
A
 
T
V
 
H
-
 
D
P
 
D
D
 
D
G
 
A
E
 
N
K
 
K
T
 
Q
L
 
S
N
 
E
A
 
M
I
 
I
D
 
D
S
 
T
L
 
A
A
 
I
A
 
G
S
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
G
 
A
F
 
I
V
 
I
I
 
L
C
 
D
T
 
N
P
 
A
D
 
G
P
 
A
K
 
D
L
 
A
G
 
S
S
 
V
A
 
A
I
 
A
V
 
V
A
 
K
K
 
K
A
 
A
R
 
K
G
 
D
Y
 
A
D
 
G
M
 
I
K
 
P
V
 
S
I
 
F
A
 
L
V
 
I
D
|
D
D
x
R
Q
 
E
F
 
-
V
 
I
N
 
N
A
 
A
K
 
T
G
 
G
K
 
V
P
 
A
M
 
V
D
 
A
T
 
Q
V
 
I
P
 
V
L
 
S
V
 
N
M
 
N
M
 
Y
A
 
Q
A
 
G
T
 
A
K
 
Q
I
 
L
G
 
G
E
 
-
R
 
-
Q
 
-
G
 
A
Q
 
Q
E
 
E
L
 
F
Y
 
V
K
 
K
E
 
L
M
 
M
Q
 
G
K
 
E
R
 
K
G
 
G
W
 
N
D
 
Y
V
 
V
K
 
E
E
 
-
S
 
-
A
 
-
V
 
-
M
 
-
A
 
-
I
 
L
T
 
V
A
 
G
N
 
K
E
 
E
L
 
S
D
|
D
T
 
T
-
 
N
A
 
A
R
 
G
R
 
I
R
|
R
T
 
S
T
 
Q
G
 
G
S
 
Y
M
 
H
D
|
D
A
 
V
L
 
I
K
x
D
A
 
-
A
 
-
G
x
D
F
 
Y
P
 
P
E
 
E
K
 
M
Q
 
K
I
 
S
Y
 
V
Q
 
A
V
 
K
P
 
Q
T
 
S
K
 
A
S
 
N
N
x
W
D
 
S
I
 
Q
P
 
T
G
 
E
A
 
A
F
 
Y
D
 
S
A
 
K
A
 
M
N
 
E
S
 
T
M
 
I
L
 
L
V
 
Q
Q
 
A
H
 
N
P
 
P
E
 
D
V
 
I
K
 
K
H
 
G
W
 
-
L
 
-
I
 
V
V
 
I
G
 
S
M
 
G
N
|
N
D
 
D
S
 
T
T
 
M
V
 
A
L
 
M
G
 
G
G
 
A
V
 
I
R
 
A
A
 
A
T
 
L
E
 
Q
G
 
A
Q
 
A
G
 
G
F
 
R
K
 
K
A
 
-
A
 
-
D
 
D
I
 
V
I
 
I
G
 
V
I
 
V
G
 
G
I
 
F
N
x
D
G
 
G
V
 
S
D
 
N
A
 
D
V
 
V
S
 
R
E
 
D
L
 
S
S
 
I
K
 
K
A
 
-
Q
 
-
A
 
S
T
 
G
G
 
G
F
 
I
Y
 
K
G
 
A
S
 
T
L
 
V
L
 
L
P
x
Q
S
 
P
P
 
A
D
 
Y
V
 
A
H
 
Q
G
 
A
Y
 
Q
K
 
L
S
 
A
S
 
V
E
 
E
M
 
Q
L
 
A
Y
 
D
N
 
A
W
 
Y
V
 
I
A
 
K
K
 
N
D
 
K
V
 
T
E
 
T
P
 
P
P
 
K
K
 
E
F
 
E
T
 
K
E
 
Q
V
 
L
T
 
M
D
 
D
V
 
C
V
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
N
R
 
A
D
 
D
N
 
N

P23905 D-galactose/methyl-galactoside binding periplasmic protein MglB; D-galactose-binding periplasmic protein; GBP; D-galactose/D-glucose-binding protein; GGBP from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 2 papers)
24% identity, 84% coverage: 1:276/329 of query aligns to 1:278/332 of P23905

query
sites
P23905
M
 
M
H
 
N
K
 
K
F
 
K
T
 
V
K
 
L
A
 
T
L
 
L
A
 
S
A
 
A
I
 
V
G
 
M
L
 
A
A
 
S
A
 
L
V
 
L
M
 
F
S
 
G
Q
 
A
S
 
H
A
 
A
M
 
H
A
 
A
E
 
A
N
 
D
L
 
T
K
 
R
L
 
I
G
 
G
F
 
V
L
 
T
V
 
I
K
 
Y
Q
 
K
P
 
Y
E
 
D
E
x
D
P
 
N
W
 
F
F
 
M
Q
 
S
T
 
V
E
 
V
W
 
R
K
 
K
F
 
A
A
 
I
D
 
E
K
 
K
A
 
D
G
 
G
K
 
K
-
 
S
-
 
A
-
 
P
D
 
D
L
 
V
G
 
Q
F
 
L
E
 
-
V
 
L
I
 
M
K
 
N
I
 
D
A
 
S
V
 
Q
P
 
N
D
 
D
G
 
Q
E
 
S
K
 
K
T
 
Q
L
 
N
N
 
D
A
 
Q
I
 
I
D
 
D
S
 
V
L
 
L
A
 
L
A
 
A
S
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
G
 
A
F
 
L
V
 
A
I
 
I
C
 
N
T
 
L
P
 
V
D
 
D
P
 
P
K
 
A
L
 
A
G
 
A
S
 
G
A
 
T
I
 
V
V
 
I
A
 
E
K
 
K
A
 
A
R
 
R
G
 
G
Y
 
Q
D
 
N
M
 
V
K
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
F
V
 
F
D
x
N
D
 
K
Q
 
E
F
 
P
V
 
S
N
 
R
A
 
K
K
 
A
G
 
L
K
 
D
P
 
S
M
 
Y
D
 
D
T
 
K
V
 
A
P
 
Y
L
 
Y
V
 
V
M
 
G
M
 
T
A
 
D
A
 
S
T
 
K
K
 
E
I
 
S
G
 
G
E
 
V
R
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
D
E
 
L
L
 
I
Y
 
A
K
 
K
E
 
H
M
 
W
Q
 
Q
-
 
A
K
 
N
R
 
Q
G
 
G
W
 
W
D
|
D
V
 
L
K
x
N
E
 
K
S
x
D
A
 
G
V
x
K
M
 
I
A
x
Q
I
 
Y
T
 
V
A
 
L
N
 
L
E
 
K
L
 
G
D
 
E
-
 
P
-
 
G
-
x
H
-
 
P
T
x
D
A
 
A
R
 
E
R
 
A
R
|
R
T
 
T
T
 
T
G
 
Y
S
 
V
M
 
V
D
 
K
A
 
E
L
 
L
K
 
N
A
 
D
A
 
K
G
 
G
F
 
I
P
 
Q
E
 
T
K
 
E
Q
 
Q
I
 
L
Y
 
-
Q
 
A
V
 
L
P
 
D
T
 
T
K
 
A
S
 
M
N
 
W
D
 
D
I
 
T
P
 
A
G
 
Q
A
 
A
F
 
K
D
 
D
A
 
K
A
 
M
N
 
D
S
 
A
M
 
W
L
 
L
V
 
S
Q
 
G
H
 
P
P
 
N
E
 
A
V
 
N
K
 
K
H
 
I
W
x
E
L
 
V
I
 
V
V
 
I
G
 
A
M
 
N
N
|
N
D
 
D
S
 
A
T
 
M
V
 
A
L
 
M
G
 
G
G
 
A
V
 
V
R
 
E
A
 
A
T
 
-
E
 
-
G
 
-
Q
 
-
G
 
-
F
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
H
D
 
N
I
 
K
I
 
S
G
 
S
I
 
I
G
 
P
I
 
V
N
 
F
G
 
G
V
 
V
D
|
D
A
 
A
V
 
L
S
 
P
E
 
E
-
 
A
L
 
L
S
 
A
K
 
L
A
 
V
Q
 
K
A
 
S
T
 
G
G
 
A
F
 
M
Y
 
A
G
 
G
S
 
T
L
 
V
L
 
L

Sites not aligning to the query:

5kwsA Crystal structure of galactose binding protein from yersinia pestis in the complex with beta d glucose
25% identity, 60% coverage: 65:262/329 of query aligns to 44:240/307 of 5kwsA

query
sites
5kwsA
D
 
D
G
 
Q
E
 
S
K
 
K
T
 
Q
L
 
N
N
 
D
A
 
Q
I
 
I
D
 
D
S
 
V
L
 
L
A
 
L
A
 
A
S
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
G
 
A
F
 
L
V
 
A
I
 
I
C
 
N
T
 
L
P
 
V
D
 
D
P
 
P
K
 
A
L
 
A
G
 
A
S
 
P
A
 
V
I
 
V
V
 
I
A
 
D
K
 
K
A
 
A
R
 
R
G
 
S
Y
 
N
D
 
D
M
 
I
K
 
P
V
 
I
I
 
V
A
 
F
V
 
Y
D
x
N
D
x
K
Q
 
E
F
 
P
V
 
S
N
 
R
A
 
K
K
 
A
G
 
L
K
 
D
P
 
S
M
 
Y
D
 
D
T
 
K
V
 
A
P
 
Y
L
 
Y
V
 
V
M
 
G
M
 
T
A
 
D
A
 
S
T
 
K
K
 
E
I
 
S
G
 
G
E
 
V
R
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
E
E
 
L
L
 
I
Y
 
A
K
 
K
E
 
H
M
 
W
Q
 
Q
K
 
A
R
 
N
-
 
P
G
 
E
W
 
W
D
|
D
V
 
L
K
x
N
E
 
K
S
x
D
A
 
G
V
x
K
M
 
I
A
x
Q
I
 
F
T
 
V
A
 
L
N
 
L
E
 
K
L
 
G
D
 
E
-
 
P
-
 
G
-
x
H
-
 
P
T
x
D
A
 
A
R
 
E
R
 
A
R
|
R
T
 
T
T
 
T
G
 
Y
S
 
V
M
 
I
D
 
K
A
 
T
L
 
L
K
 
N
A
 
E
A
 
K
G
 
G
F
 
L
P
 
P
E
 
T
K
 
Q
Q
 
Q
I
 
L
Y
 
-
Q
 
Q
V
 
L
P
 
D
T
 
T
K
 
A
S
 
M
N
x
W
D
 
D
I
 
T
P
 
A
G
 
Q
A
 
A
F
 
K
D
 
D
A
 
K
A
 
M
N
 
D
S
 
A
M
 
W
L
 
L
V
 
S
Q
 
G
H
 
P
P
 
N
E
 
A
V
 
N
K
 
K
H
 
I
W
x
E
L
 
V
I
 
V
V
 
I
G
 
A
M
 
N
N
|
N
D
 
D
S
 
A
T
 
M
V
 
A
L
 
M
G
 
G
G
 
A
V
 
V
R
 
E
A
 
A
T
 
-
E
 
-
G
 
-
Q
 
-
G
 
-
F
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
H
D
 
N
I
 
K
I
 
T
G
 
S
I
 
V
G
 
P
I
 
V
N
 
F
G
 
G
V
 
V
D
|
D
A
 
A
V
 
L
S
 
P
E
 
E

Sites not aligning to the query:

2fn8A Thermotoga maritima ribose binding protein ribose bound form (see paper)
23% identity, 88% coverage: 27:316/329 of query aligns to 3:282/292 of 2fn8A

query
sites
2fn8A
K
 
K
L
 
M
G
 
A
F
 
I
L
 
V
V
 
I
K
 
S
Q
 
T
P
 
L
E
 
N
E
x
N
P
 
P
W
|
W
F
|
F
Q
 
V
T
 
V
E
 
L
W
 
A
K
 
E
F
 
T
A
 
A
D
 
K
K
 
Q
A
 
R
G
 
A
K
 
E
D
 
Q
L
 
L
G
 
G
F
 
Y
E
 
E
-
 
A
V
 
T
I
 
I
K
 
F
I
 
D
A
 
S
V
 
Q
P
 
N
D
 
D
G
 
T
E
 
A
K
 
K
T
 
E
L
 
S
N
 
A
A
 
H
I
 
F
D
 
D
S
 
A
L
 
I
A
 
I
A
 
A
S
 
A
G
 
G
A
 
Y
K
 
D
G
 
A
F
 
I
V
 
I
I
 
F
C
 
N
T
 
P
P
 
T
D
 
D
P
 
A
K
 
D
L
 
G
G
 
S
S
 
I
A
 
A
I
 
N
V
 
V
A
 
K
K
 
R
A
 
A
R
 
K
G
 
E
Y
 
A
D
 
G
M
 
I
K
 
P
V
 
V
I
 
F
A
 
C
V
 
V
D
 
-
D
|
D
Q
x
R
F
 
G
V
 
I
N
 
N
A
 
A
K
 
R
G
 
G
K
 
L
P
 
-
M
 
-
D
 
-
T
 
A
V
 
V
P
 
A
L
 
Q
V
 
I
M
 
Y
M
 
S
A
 
D
A
 
N
T
 
Y
K
 
Y
I
 
G
G
 
G
E
 
V
R
 
L
Q
 
M
G
 
G
Q
 
E
E
 
Y
L
 
F
Y
 
V
K
 
K
E
 
F
M
 
L
Q
 
K
K
 
E
R
 
K
G
 
Y
W
 
P
D
 
D
V
 
A
K
 
K
E
 
E
-
 
I
-
 
P
-
 
Y
S
 
A
A
 
E
V
 
L
M
 
L
A
 
G
I
 
I
T
 
L
A
 
S
N
 
A
E
 
Q
L
 
-
D
 
-
T
 
P
A
 
T
R
 
W
R
 
D
R
|
R
T
 
S
T
 
N
G
 
G
S
 
F
M
 
H
D
 
S
A
 
V
L
 
V
K
 
D
A
 
Q
A
 
-
G
 
-
F
 
Y
P
 
P
E
 
E
K
 
F
Q
 
K
I
 
M
Y
 
V
Q
 
A
V
 
Q
P
 
Q
T
 
S
K
 
A
S
 
E
N
x
F
D
 
D
I
 
R
P
 
D
G
 
T
A
 
A
F
 
Y
D
 
K
A
 
V
A
 
T
N
 
E
S
 
Q
M
 
I
L
 
L
V
 
Q
Q
 
A
H
 
H
P
 
P
E
 
E
V
 
I
K
 
K
H
 
-
W
 
-
L
 
A
I
 
I
V
 
W
G
 
C
M
 
G
N
|
N
D
 
D
S
 
A
T
 
M
V
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
M
R
 
K
A
 
A
T
 
C
E
 
E
G
 
A
Q
 
A
G
 
G
F
 
-
K
 
-
A
 
R
A
 
T
D
 
D
I
 
I
I
 
Y
G
 
I
I
 
F
G
 
G
I
 
F
N
x
D
G
 
G
V
 
A
D
 
E
A
 
D
V
 
V
S
 
I
E
 
N
L
 
A
S
 
I
K
 
K
A
 
-
Q
 
E
A
 
G
T
 
K
G
 
Q
F
 
I
Y
 
V
G
 
A
S
 
T
L
 
I
L
 
M
P
x
Q
S
 
F
P
 
P
D
 
K
V
 
L
H
 
M
G
 
A
Y
 
R
K
 
L
S
 
A
S
 
V
E
 
E
M
 
W
L
 
A
Y
 
D
N
 
Q
W
 
Y
V
 
L
A
 
R
K
 
G
D
 
E
V
 
R
E
 
S
P
 
F
P
 
P
K
 
E
F
 
I
T
 
V
E
 
P
V
 
V
T
 
T
D
 
-
V
 
V
V
 
E
L
 
L
I
 
V
T
 
T
R
 
R
D
 
E
N
 
N

P0AEE5 D-galactose/methyl-galactoside binding periplasmic protein MglB; D-galactose-binding periplasmic protein; GBP; D-galactose/D-glucose-binding protein; GGBP from Escherichia coli (strain K12) (see 4 papers)
23% identity, 84% coverage: 1:276/329 of query aligns to 1:278/332 of P0AEE5

query
sites
P0AEE5
M
|
M
H
x
N
K
|
K
F
x
K
T
x
V
K
x
L
A
x
T
L
|
L
A
x
S
A
|
A
I
x
V
G
x
M
L
x
A
A
x
S
A
x
M
V
x
L
M
x
F
S
x
G
Q
x
A
S
x
A
A
|
A
M
x
H
A
|
A
E
 
A
N
 
D
L
 
T
K
 
R
L
 
I
G
 
G
F
 
V
L
 
T
V
 
I
K
 
Y
Q
 
K
P
 
Y
E
 
D
E
x
D
P
 
N
W
 
F
F
 
M
Q
 
S
T
 
V
E
 
V
W
 
R
K
 
K
F
 
A
A
 
I
D
 
E
-
 
Q
-
 
D
-
 
A
K
 
K
A
 
A
G
 
A
K
 
P
D
 
D
L
 
V
G
 
Q
F
 
L
E
 
-
V
 
L
I
 
M
K
 
N
I
 
D
A
 
S
V
 
Q
P
 
N
D
 
D
G
 
Q
E
 
S
K
 
K
T
 
Q
L
 
N
N
 
D
A
 
Q
I
 
I
D
 
D
S
 
V
L
 
L
A
 
L
A
 
A
S
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
G
 
A
F
 
L
V
 
A
I
 
I
C
 
N
T
 
L
P
 
V
D
 
D
P
 
P
K
 
A
L
 
A
G
 
A
S
 
G
A
 
T
I
 
V
V
 
I
A
 
E
K
 
K
A
 
A
R
 
R
G
 
G
Y
 
Q
D
 
N
M
 
V
K
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
F
V
 
F
D
x
N
D
 
K
Q
 
E
F
 
P
V
 
S
N
 
R
A
 
K
K
 
A
G
 
L
K
 
D
P
 
S
M
 
Y
D
 
D
T
 
K
V
 
A
P
 
Y
L
 
Y
V
 
V
M
 
G
M
 
T
A
 
D
A
 
S
T
 
K
K
 
E
I
 
S
G
 
G
E
 
I
R
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
D
E
 
L
L
 
I
Y
 
A
K
 
K
E
 
H
-
 
W
M
 
A
Q
 
A
K
 
N
R
 
Q
G
 
G
W
 
W
D
|
D
V
 
L
K
x
N
E
 
K
S
x
D
A
 
G
V
x
Q
M
 
I
A
x
Q
I
 
F
T
 
V
A
 
L
N
 
L
E
 
K
L
 
G
D
 
E
-
 
P
-
 
G
-
x
H
-
 
P
T
x
D
A
 
A
R
 
E
R
 
A
R
|
R
T
 
T
T
 
T
G
 
Y
S
 
V
M
 
I
D
 
K
A
 
E
L
 
L
K
 
N
A
 
D
A
 
K
G
 
G
F
 
I
P
 
K
E
 
T
K
 
E
Q
 
Q
I
 
L
Y
 
-
Q
 
Q
V
 
L
P
 
D
T
 
T
K
 
A
S
 
M
N
 
W
D
 
D
I
 
T
P
 
A
G
 
Q
A
 
A
F
 
K
D
 
D
A
 
K
A
 
M
N
 
D
S
 
A
M
 
W
L
 
L
V
 
S
Q
 
G
H
 
P
P
 
N
E
 
A
V
 
N
K
 
K
H
 
I
W
x
E
L
 
V
I
 
V
V
 
I
G
 
A
M
 
N
N
|
N
D
 
D
S
 
A
T
 
M
V
 
A
L
 
M
G
 
G
G
 
A
V
 
V
R
 
E
A
 
A
T
 
-
E
 
-
G
 
-
Q
 
-
G
 
-
F
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
H
D
 
N
I
 
K
I
 
S
G
 
S
I
 
I
G
 
P
I
 
V
N
 
F
G
 
G
V
 
V
D
|
D
A
 
A
V
 
L
S
 
P
E
 
E
-
 
A
L
 
L
S
 
A
K
 
L
A
 
V
Q
 
K
A
 
S
T
 
G
G
 
A
F
 
L
Y
 
A
G
 
G
S
 
T
L
 
V
L
 
L

Sites not aligning to the query:

8fxtA Escherichia coli periplasmic glucose-binding protein glucose complex: acrylodan conjugate attached at w183c (see paper)
25% identity, 64% coverage: 65:276/329 of query aligns to 43:254/305 of 8fxtA

query
sites
8fxtA
D
 
D
G
 
Q
E
 
S
K
 
K
T
 
Q
L
 
N
N
 
D
A
 
Q
I
 
I
D
 
D
S
 
V
L
 
L
A
 
L
A
 
A
S
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
G
 
A
F
 
L
V
 
A
I
 
I
C
 
N
T
 
L
P
 
V
D
 
D
P
 
P
K
 
A
L
 
A
G
 
A
S
 
G
A
 
T
I
 
V
V
 
I
A
 
E
K
 
K
A
 
A
R
 
R
G
 
G
Y
 
Q
D
 
N
M
 
V
K
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
F
V
 
F
D
x
N
D
 
K
Q
 
E
F
 
P
V
 
S
N
 
R
A
 
K
K
 
A
G
 
L
K
 
D
P
 
S
M
 
Y
D
 
D
T
 
K
V
 
A
P
 
Y
L
 
Y
V
 
V
M
 
G
M
 
T
A
 
D
A
 
S
T
 
K
K
 
E
I
 
S
G
 
G
E
 
I
R
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
x
D
E
 
L
L
 
I
Y
 
A
K
|
K
E
 
H
-
 
W
M
 
A
Q
 
A
K
 
N
R
 
Q
G
 
G
W
 
W
D
|
D
V
 
L
K
x
N
E
 
K
S
x
D
A
 
G
V
x
Q
M
 
I
A
x
Q
I
 
F
T
 
V
A
 
L
N
 
L
E
 
K
L
 
G
D
x
E
-
 
P
-
 
G
-
x
H
-
 
P
T
x
D
A
 
A
R
 
E
R
 
A
R
|
R
T
 
T
T
 
T
G
 
Y
S
 
V
M
 
I
D
 
K
A
 
E
L
 
L
K
 
N
A
 
D
A
 
K
G
 
G
F
 
I
P
 
K
E
 
T
K
 
E
Q
 
Q
I
 
L
Y
 
-
Q
 
Q
V
 
L
P
 
D
T
 
T
K
 
A
S
x
M
N
x
C
D
|
D
I
x
T
P
 
A
G
 
Q
A
 
A
F
x
K
D
|
D
A
 
K
A
 
M
N
 
D
S
 
A
M
 
W
L
 
L
V
 
S
Q
 
G
H
 
P
P
 
N
E
 
A
V
 
N
K
 
K
H
 
I
W
x
E
L
 
V
I
 
V
V
 
I
G
 
A
M
 
N
N
|
N
D
 
D
S
 
A
T
 
M
V
 
A
L
 
M
G
 
G
G
 
A
V
 
V
R
 
E
A
 
A
T
 
-
E
 
-
G
 
-
Q
 
-
G
 
-
F
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
H
D
 
N
I
 
K
I
 
S
G
 
S
I
 
I
G
 
P
I
 
V
N
 
F
G
 
G
V
 
V
D
|
D
A
 
A
V
 
L
S
 
P
E
 
E
-
 
A
L
 
L
S
 
A
K
 
L
A
 
V
Q
 
K
A
 
S
T
 
G
G
 
A
F
 
L
Y
 
A
G
 
G
S
 
T
L
 
V
L
 
L

Sites not aligning to the query:

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
23% identity, 88% coverage: 28:318/329 of query aligns to 3:274/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
L
 
I
G
 
G
F
 
L
L
 
V
V
 
I
K
 
S
Q
 
T
P
 
L
E
 
N
E
x
N
P
 
P
W
x
F
F
|
F
Q
 
V
T
 
T
E
 
L
W
 
K
K
 
N
F
 
G
A
 
A
D
 
E
K
 
E
A
 
K
G
 
A
K
 
K
D
 
E
L
 
L
G
 
G
F
 
Y
E
 
K
V
 
I
I
 
I
-
 
V
K
 
E
I
 
D
A
 
S
V
 
Q
P
 
N
D
 
D
G
 
S
E
 
S
K
 
K
T
 
E
L
 
L
N
 
S
A
 
N
I
 
V
D
 
E
S
 
D
L
 
L
A
 
I
A
 
Q
S
 
Q
G
 
K
A
 
V
K
 
D
G
 
V
F
 
L
V
 
L
I
 
I
C
 
N
T
 
P
P
 
V
D
 
D
P
 
S
K
 
D
L
 
A
G
 
V
S
 
V
A
 
T
I
 
A
V
 
I
A
 
K
K
 
E
A
 
A
R
 
N
G
 
S
Y
 
K
D
 
N
M
 
I
K
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
T
V
 
I
D
|
D
D
x
R
Q
 
-
F
 
-
V
 
-
N
 
S
A
 
A
K
 
N
G
 
G
K
 
G
P
 
-
M
 
-
D
 
D
T
 
V
V
 
V
P
 
C
L
 
H
V
 
I
M
 
A
M
 
S
A
 
D
A
 
N
T
 
V
K
 
K
I
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
M
Q
 
A
G
 
A
Q
 
E
E
 
F
L
 
I
Y
 
A
K
 
K
E
 
A
M
 
L
Q
 
K
K
 
G
R
 
K
G
 
G
W
 
N
D
 
V
V
 
V
K
 
E
E
 
L
S
 
E
A
 
G
V
 
I
M
 
P
A
 
G
I
 
A
T
 
S
A
|
A
N
 
-
E
 
-
L
 
-
D
 
-
T
 
-
A
 
A
R
 
R
R
 
D
R
|
R
T
 
G
T
 
K
G
 
G
S
 
F
M
 
D
D
 
E
A
 
A
L
 
I
K
 
-
A
 
-
A
 
A
G
 
K
F
 
Y
P
 
P
E
 
D
K
 
I
Q
 
K
I
 
I
Y
 
V
Q
 
A
V
 
K
P
 
Q
T
 
A
K
 
A
S
 
D
N
x
F
D
 
D
I
 
R
P
 
S
G
 
K
A
 
G
F
 
L
D
 
S
A
 
V
A
 
M
N
 
E
S
 
N
M
 
I
L
 
L
V
 
Q
Q
 
A
H
 
Q
P
 
P
E
 
K
V
 
I
K
 
D
H
 
A
W
 
-
L
 
-
I
 
V
V
 
F
G
 
A
M
 
Q
N
|
N
D
 
D
S
 
E
T
 
M
V
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
I
R
 
K
A
 
A
T
 
I
E
 
E
G
 
-
Q
 
-
G
 
-
F
 
-
K
 
-
A
 
A
A
 
A
D
 
N
I
 
R
I
 
Q
G
 
G
I
 
I
G
 
I
I
 
V
N
 
V
G
 
G
V
 
F
D
|
D
A
 
G
V
 
T
S
 
E
E
 
D
L
 
A
S
 
L
K
 
K
A
 
A
Q
 
I
A
 
K
T
 
E
G
 
G
-
 
K
F
 
M
Y
 
A
G
 
A
S
 
T
L
 
I
L
 
A
P
x
Q
S
 
Q
P
 
P
D
 
A
V
 
L
H
 
M
G
 
G
Y
 
S
K
 
L
S
 
G
S
 
V
E
 
E
M
 
M
L
 
A
Y
 
D
N
 
K
W
 
Y
V
 
L
A
 
-
K
 
K
D
 
G
V
 
E
E
 
K
P
 
I
P
 
P
K
 
N
F
 
F
T
 
I
E
 
P
V
 
-
T
 
A
D
 
E
V
 
L
V
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
R
 
K
D
 
E
N
 
N
F
 
V
K
 
Q

2qw1A Glucose/galactose binding protein bound to 3-o-methyl d-glucose (see paper)
25% identity, 64% coverage: 65:276/329 of query aligns to 43:254/305 of 2qw1A

query
sites
2qw1A
D
 
D
G
 
Q
E
 
S
K
 
K
T
 
Q
L
 
N
N
 
D
A
 
Q
I
 
I
D
 
D
S
 
V
L
 
L
A
 
L
A
 
A
S
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
G
 
A
F
 
L
V
 
A
I
 
I
C
 
N
T
 
L
P
 
V
D
 
D
P
 
P
K
 
A
L
 
A
G
 
A
S
 
G
A
 
T
I
 
V
V
 
I
A
 
E
K
 
K
A
 
A
R
 
R
G
 
G
Y
 
Q
D
 
N
M
 
V
K
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
F
V
 
F
D
 
N
D
 
K
Q
 
E
F
 
P
V
 
S
N
 
R
A
 
K
K
 
A
G
 
L
K
 
D
P
 
S
M
 
Y
D
 
D
T
 
K
V
 
A
P
 
Y
L
 
Y
V
 
V
M
 
G
M
 
T
A
 
D
A
 
S
T
 
K
K
 
E
I
 
S
G
 
G
E
 
I
R
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
D
E
 
L
L
 
I
Y
 
A
K
 
K
E
 
H
-
 
W
M
 
A
Q
 
A
K
 
N
R
 
Q
G
 
G
W
 
W
D
|
D
V
 
L
K
x
N
E
 
K
S
x
D
A
 
G
V
x
Q
M
 
I
A
x
Q
I
 
F
T
 
V
A
 
L
N
 
L
E
 
K
L
 
G
D
 
E
-
 
P
-
 
G
-
x
H
-
 
P
T
 
D
A
 
A
R
 
E
R
 
A
R
 
R
T
 
T
T
 
T
G
 
Y
S
 
V
M
 
I
D
 
K
A
 
E
L
 
L
K
 
N
A
 
D
A
 
K
G
 
G
F
 
I
P
 
K
E
 
T
K
 
E
Q
 
Q
I
 
L
Y
 
-
Q
 
Q
V
 
L
P
 
D
T
 
T
K
 
A
S
 
M
N
x
W
D
 
D
I
 
T
P
 
A
G
 
Q
A
 
A
F
 
K
D
 
D
A
 
K
A
 
M
N
 
D
S
 
A
M
 
W
L
 
L
V
 
S
Q
 
G
H
 
P
P
 
N
E
 
A
V
 
N
K
 
K
H
 
I
W
x
E
L
 
V
I
 
V
V
 
I
G
 
A
M
 
N
N
|
N
D
 
D
S
 
A
T
 
M
V
 
A
L
 
M
G
 
G
G
 
A
V
 
V
R
 
E
A
 
A
T
 
-
E
 
-
G
 
-
Q
 
-
G
 
-
F
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
H
D
 
N
I
 
K
I
 
S
G
 
S
I
 
I
G
 
P
I
 
V
N
 
F
G
 
G
V
 
V
D
|
D
A
 
A
V
 
L
S
 
P
E
 
E
-
 
A
L
 
L
S
 
A
K
 
L
A
 
V
Q
 
K
A
 
S
T
 
G
G
 
A
F
 
L
Y
 
A
G
 
G
S
 
T
L
 
V
L
 
L

2gbpA Sugar and signal-transducer binding sites of the escherichia coli galactose chemoreceptor protein (see paper)
25% identity, 64% coverage: 65:276/329 of query aligns to 44:255/309 of 2gbpA

query
sites
2gbpA
D
 
D
G
 
Q
E
 
S
K
 
K
T
 
Q
L
 
N
N
 
D
A
 
Q
I
 
I
D
 
D
S
 
V
L
 
L
A
 
L
A
 
A
S
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
G
 
A
F
 
L
V
 
A
I
 
I
C
 
N
T
 
L
P
 
V
D
 
D
P
 
P
K
 
A
L
 
A
G
 
A
S
 
G
A
 
T
I
 
V
V
 
I
A
 
E
K
 
K
A
 
A
R
 
R
G
 
G
Y
 
Q
D
 
N
M
 
V
K
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
F
V
 
F
D
x
N
D
x
K
Q
 
E
F
 
P
V
 
S
N
 
R
A
 
K
K
 
A
G
 
L
K
 
D
P
 
S
M
 
Y
D
 
D
T
 
K
V
 
A
P
 
Y
L
 
Y
V
 
V
M
 
G
M
 
T
A
 
D
A
 
S
T
 
K
K
 
E
I
 
S
G
 
G
E
 
I
R
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
D
E
 
L
L
 
I
Y
 
A
K
 
K
E
 
H
-
 
W
M
 
A
Q
 
A
K
 
N
R
 
Q
G
 
G
W
 
W
D
|
D
V
 
L
K
x
N
E
 
K
S
x
D
A
 
G
V
x
Q
M
 
I
A
x
Q
I
 
F
T
 
V
A
 
L
N
 
L
E
 
K
L
 
G
D
 
E
-
 
P
-
 
G
-
x
H
-
 
P
T
x
D
A
 
A
R
 
E
R
 
A
R
|
R
T
 
T
T
 
T
G
 
Y
S
 
V
M
 
I
D
 
K
A
 
E
L
 
L
K
 
N
A
 
D
A
 
K
G
 
G
F
 
I
P
 
K
E
 
T
K
 
E
Q
 
Q
I
 
L
Y
 
-
Q
 
Q
V
 
L
P
 
D
T
 
T
K
 
A
S
 
M
N
x
W
D
 
D
I
 
T
P
 
A
G
 
Q
A
 
A
F
 
K
D
 
D
A
 
K
A
 
M
N
 
D
S
 
A
M
 
W
L
 
L
V
 
S
Q
 
G
H
 
P
P
 
N
E
 
A
V
 
N
K
 
K
H
 
I
W
x
E
L
 
V
I
 
V
V
 
I
G
 
A
M
 
N
N
|
N
D
 
D
S
 
A
T
 
M
V
 
A
L
 
M
G
 
G
G
 
A
V
 
V
R
 
E
A
 
A
T
 
-
E
 
-
G
 
-
Q
 
-
G
 
-
F
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
H
D
 
N
I
 
K
I
 
S
G
 
S
I
 
I
G
 
P
I
 
V
N
 
F
G
 
G
V
 
V
D
|
D
A
 
A
V
 
L
S
 
P
E
 
E
-
 
A
L
 
L
S
 
A
K
 
L
A
 
V
Q
 
K
A
 
S
T
 
G
G
 
A
F
 
L
Y
 
A
G
 
G
S
 
T
L
 
V
L
 
L

Sites not aligning to the query:

3ga5A X-ray structure of glucose/galactose receptor from salmonella typhimurium in complex with (2r)-glyceryl-beta-d-galactopyranoside (see paper)
25% identity, 64% coverage: 65:276/329 of query aligns to 42:253/305 of 3ga5A

query
sites
3ga5A
D
 
D
G
 
Q
E
 
S
K
 
K
T
 
Q
L
 
N
N
 
D
A
 
Q
I
 
I
D
 
D
S
 
V
L
 
L
A
 
L
A
 
A
S
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
G
 
A
F
 
L
V
 
A
I
 
I
C
 
N
T
 
L
P
 
V
D
 
D
P
 
P
K
 
A
L
 
A
G
 
A
S
 
G
A
 
T
I
 
V
V
 
I
A
 
E
K
 
K
A
 
A
R
 
R
G
 
G
Y
 
Q
D
 
N
M
 
V
K
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
F
V
 
F
D
x
N
D
x
K
Q
 
E
F
 
P
V
 
S
N
 
R
A
 
K
K
 
A
G
 
L
K
 
D
P
 
S
M
 
Y
D
 
D
T
 
K
V
 
A
P
 
Y
L
 
Y
V
 
V
M
 
G
M
x
T
A
 
D
A
 
S
T
 
K
K
 
E
I
 
S
G
 
G
E
 
V
R
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
D
E
 
L
L
 
I
Y
 
A
K
 
K
E
 
H
M
 
W
Q
 
Q
-
 
A
K
 
N
R
 
Q
G
 
G
W
 
W
D
|
D
V
 
L
K
x
N
E
 
K
S
x
D
A
 
G
V
x
K
M
 
I
A
x
Q
I
 
Y
T
 
V
A
 
L
N
 
L
E
 
K
L
 
G
D
 
E
-
 
P
-
 
G
-
x
H
-
 
P
T
x
D
A
 
A
R
 
E
R
 
A
R
|
R
T
 
T
T
 
T
G
 
Y
S
 
V
M
 
V
D
 
K
A
 
E
L
 
L
K
 
N
A
 
D
A
 
K
G
 
G
F
 
I
P
 
Q
E
 
T
K
 
E
Q
 
Q
I
 
L
Y
 
-
Q
 
A
V
 
L
P
 
D
T
 
T
K
 
A
S
 
M
N
x
W
D
 
D
I
 
T
P
 
A
G
 
Q
A
 
A
F
 
K
D
 
D
A
 
K
A
 
M
N
 
D
S
 
A
M
 
W
L
 
L
V
 
S
Q
 
G
H
 
P
P
 
N
E
 
A
V
 
N
K
 
K
H
 
I
W
x
E
L
 
V
I
 
V
V
 
I
G
 
A
M
 
N
N
|
N
D
 
D
S
 
A
T
 
M
V
 
A
L
 
M
G
 
G
G
 
A
V
 
V
R
 
E
A
 
A
T
 
-
E
 
-
G
 
-
Q
 
-
G
 
-
F
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
H
D
 
N
I
 
K
I
 
S
G
 
S
I
 
I
G
 
P
I
 
V
N
 
F
G
 
G
V
 
V
D
|
D
A
 
A
V
 
L
S
 
P
E
 
E
-
 
A
L
 
L
S
 
A
K
 
L
A
 
V
Q
 
K
A
 
S
T
 
G
G
 
A
F
 
M
Y
 
A
G
 
G
S
 
T
L
 
V
L
 
L

Sites not aligning to the query:

1gcaA The 1.7 angstroms refined x-ray structure of the periplasmic glucose(slash)galactose receptor from salmonella typhimurium (see paper)
25% identity, 64% coverage: 65:276/329 of query aligns to 44:255/309 of 1gcaA

query
sites
1gcaA
D
 
D
G
 
Q
E
 
S
K
 
K
T
 
Q
L
 
N
N
 
D
A
 
Q
I
 
I
D
 
D
S
 
V
L
 
L
A
 
L
A
 
A
S
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
G
 
A
F
 
L
V
 
A
I
 
I
C
 
N
T
 
L
P
 
V
D
 
D
P
 
P
K
 
A
L
 
A
G
 
A
S
 
G
A
 
T
I
 
V
V
 
I
A
 
E
K
 
K
A
 
A
R
 
R
G
 
G
Y
 
Q
D
 
N
M
 
V
K
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
F
V
 
F
D
x
N
D
x
K
Q
 
E
F
 
P
V
 
S
N
 
R
A
 
K
K
 
A
G
 
L
K
 
D
P
 
S
M
 
Y
D
 
D
T
 
K
V
 
A
P
 
Y
L
 
Y
V
 
V
M
 
G
M
 
T
A
 
D
A
 
S
T
 
K
K
 
E
I
 
S
G
 
G
E
 
V
R
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
D
E
 
L
L
 
I
Y
 
A
K
 
K
E
 
H
M
 
W
Q
 
Q
-
 
A
K
 
N
R
 
Q
G
 
G
W
 
W
D
|
D
V
 
L
K
x
N
E
 
K
S
x
D
A
 
G
V
x
K
M
 
I
A
x
Q
I
 
Y
T
 
V
A
 
L
N
 
L
E
 
K
L
 
G
D
 
E
-
 
P
-
 
G
-
x
H
-
 
P
T
x
D
A
 
A
R
 
E
R
 
A
R
|
R
T
 
T
T
 
T
G
 
Y
S
 
V
M
 
V
D
 
K
A
 
E
L
 
L
K
 
N
A
 
D
A
 
K
G
 
G
F
 
I
P
 
Q
E
 
T
K
 
E
Q
 
Q
I
 
L
Y
 
-
Q
 
A
V
 
L
P
 
D
T
 
T
K
 
A
S
 
M
N
 
W
D
 
D
I
 
T
P
 
A
G
 
Q
A
 
A
F
 
K
D
 
D
A
 
K
A
 
M
N
 
D
S
 
A
M
 
W
L
 
L
V
 
S
Q
 
G
H
 
P
P
 
N
E
 
A
V
 
N
K
 
K
H
 
I
W
x
E
L
 
V
I
 
V
V
 
I
G
 
A
M
 
N
N
|
N
D
 
D
S
 
A
T
 
M
V
 
A
L
 
M
G
 
G
G
 
A
V
 
V
R
 
E
A
 
A
T
 
-
E
 
-
G
 
-
Q
 
-
G
 
-
F
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
H
D
 
N
I
 
K
I
 
S
G
 
S
I
 
I
G
 
P
I
 
V
N
 
F
G
 
G
V
 
V
D
|
D
A
 
A
V
 
L
S
 
P
E
 
E
-
 
A
L
 
L
S
 
A
K
 
L
A
 
V
Q
 
K
A
 
S
T
 
G
G
 
A
F
 
M
Y
 
A
G
 
G
S
 
T
L
 
V
L
 
L

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>16018 FitnessBrowser__Keio:16018
MHKFTKALAAIGLAAVMSQSAMAENLKLGFLVKQPEEPWFQTEWKFADKAGKDLGFEVIK
IAVPDGEKTLNAIDSLAASGAKGFVICTPDPKLGSAIVAKARGYDMKVIAVDDQFVNAKG
KPMDTVPLVMMAATKIGERQGQELYKEMQKRGWDVKESAVMAITANELDTARRRTTGSMD
ALKAAGFPEKQIYQVPTKSNDIPGAFDAANSMLVQHPEVKHWLIVGMNDSTVLGGVRATE
GQGFKAADIIGIGINGVDAVSELSKAQATGFYGSLLPSPDVHGYKSSEMLYNWVAKDVEP
PKFTEVTDVVLITRDNFKEELEKKGLGGK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory