SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 16131 FitnessBrowser__Keio:16131 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 5 hits to proteins with known functional sites (download)

1ox5A Towards understanding the mechanism of the complex cyclization reaction catalyzed by imidazole glycerophosphate synthase (see paper)
35% identity, 98% coverage: 3:195/196 of query aligns to 7:213/532 of 1ox5A

query
sites
1ox5A
V
 
V
V
 
H
I
 
V
L
 
I
D
 
D
T
 
V
G
 
E
C
 
S
A
 
G
N
 
N
L
 
L
N
 
Q
S
 
S
V
 
L
K
 
T
S
 
N
A
 
A
I
 
I
A
 
E
R
 
H
H
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
E
P
 
V
K
 
Q
V
 
L
S
 
V
R
 
K
D
 
S
P
 
P
D
 
K
V
 
D
V
 
F
L
 
N
L
 
I
A
 
S
-
 
G
-
 
T
D
 
S
K
 
R
L
 
L
F
 
I
L
 
L
P
 
P
G
 
G
V
 
V
G
 
G
T
 
N
A
 
Y
Q
 
G
A
 
H
A
 
F
M
 
V
D
 
D
Q
 
N
V
 
L
R
 
F
E
 
N
R
 
R
E
 
G
L
 
F
F
 
E
D
 
K
L
 
P
I
 
I
K
 
R
A
 
E
-
 
Y
-
 
I
-
 
E
C
 
S
T
 
G
Q
 
K
P
 
P
V
 
I
L
 
M
G
 
G
I
 
I
C
 
C
L
 
V
G
 
G
M
 
L
Q
 
Q
L
 
A
L
 
L
G
 
F
R
 
A
R
 
G
S
 
S
E
 
V
E
 
E
S
 
S
N
 
P
G
 
K
V
 
S
D
 
T
L
 
G
L
 
L
G
 
N
I
 
Y
I
 
I
D
 
D
E
 
F
D
 
K
V
 
L
P
 
S
K
 
R
M
 
F
T
 
D
D
 
D
F
 
S
G
 
E
L
 
K
P
 
P
L
 
V
P
 
P
H
 
E
M
 
I
G
 
G
W
 
W
N
 
N
R
 
S
V
 
C
Y
 
I
P
 
P
Q
 
S
A
 
-
G
 
-
N
 
E
R
 
N
L
 
L
F
 
F
Q
 
F
G
 
G
I
 
L
E
 
D
D
 
P
G
 
Y
A
 
K
Y
 
R
F
 
Y
Y
 
Y
F
 
F
V
 
V
H
 
H
S
 
S
Y
 
F
A
 
A
M
 
A
P
 
I
V
 
L
N
 
N
P
 
S
-
 
E
-
 
K
-
 
K
-
 
K
-
 
N
-
 
L
-
 
E
-
 
N
-
 
D
-
 
G
W
 
W
T
 
K
I
 
I
A
 
A
Q
 
K
C
 
A
N
 
K
Y
 
Y
G
 
G
-
 
S
E
 
E
P
 
E
F
 
F
T
 
I
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
N
K
 
K
D
 
N
N
 
N
F
 
I
Y
 
F
G
 
A
V
 
T
Q
 
Q
F
 
F
H
 
H
P
 
P
E
 
E
R
 
K
S
 
S
G
 
G
A
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
L
K
 
N
L
 
V
L
 
I
K
 
E
N
 
N
F
 
F
L
 
L
E
 
K

Sites not aligning to the query:

P33734 Imidazole glycerol phosphate synthase hisHF; IGP synthase; IGPS; ImGP synthase; EC 4.3.2.10; EC 3.5.1.2 from Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (Baker's yeast) (see paper)
35% identity, 98% coverage: 3:195/196 of query aligns to 4:210/552 of P33734

query
sites
P33734
V
 
V
V
 
H
I
 
V
L
 
I
D
 
D
T
 
V
G
 
E
C
 
S
A
 
G
N
 
N
L
 
L
N
 
Q
S
 
S
V
 
L
K
 
T
S
 
N
A
 
A
I
 
I
A
 
E
R
 
H
H
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
E
P
 
V
K
 
Q
V
 
L
S
 
V
R
 
K
D
 
S
P
 
P
D
 
K
V
 
D
V
 
F
L
 
N
L
 
I
A
 
S
-
 
G
-
 
T
D
 
S
K
 
R
L
 
L
F
 
I
L
 
L
P
 
P
G
 
G
V
 
V
G
 
G
T
 
N
A
 
Y
Q
 
G
A
 
H
A
 
F
M
 
V
D
 
D
Q
 
N
V
 
L
R
 
F
E
 
N
R
 
R
E
 
G
L
 
F
F
 
E
D
 
K
L
 
P
I
 
I
K
 
R
A
 
E
-
 
Y
-
 
I
-
 
E
C
 
S
T
 
G
Q
 
K
P
 
P
V
 
I
L
 
M
G
 
G
I
 
I
C
 
C
L
 
V
G
 
G
M
 
L
Q
 
Q
L
 
A
L
 
L
G
 
F
R
 
A
R
 
G
S
 
S
E
 
V
E
 
E
S
 
S
N
 
P
G
 
K
V
 
S
D
 
T
L
 
G
L
 
L
G
 
N
I
 
Y
I
 
I
D
 
D
E
 
F
D
 
K
V
 
L
P
 
S
K
 
R
M
 
F
T
 
D
D
 
D
F
 
S
G
 
E
L
 
K
P
 
P
L
 
V
P
 
P
H
 
E
M
 
I
G
 
G
W
 
W
N
 
N
R
 
S
V
 
C
Y
 
I
P
 
P
Q
 
S
A
 
-
G
 
-
N
 
E
R
 
N
L
 
L
F
 
F
Q
 
F
G
 
G
I
 
L
E
 
D
D
 
P
G
 
Y
A
 
K
Y
 
R
F
 
Y
Y
 
Y
F
 
F
V
 
V
H
 
H
S
 
S
Y
 
F
A
 
A
M
 
A
P
 
I
V
 
L
N
 
N
P
 
S
-
 
E
-
 
K
-
 
K
-
 
K
-
 
N
-
 
L
-
 
E
-
 
N
-
 
D
-
 
G
W
 
W
T
 
K
I
 
I
A
 
A
Q
 
K
C
 
A
N
 
K
Y
 
Y
G
 
G
-
 
S
E
 
E
P
 
E
F
 
F
T
 
I
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
N
K
 
K
D
 
N
N
 
N
F
 
I
Y
 
F
G
 
A
V
 
T
Q
 
Q
F
 
F
H
 
H
P
 
P
E
 
E
R
 
K
S
 
S
G
 
G
A
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
L
K
 
N
L
 
V
L
 
I
K
 
E
N
 
N
F
 
F
L
 
L
E
 
K

Sites not aligning to the query:

1ox4B Towards understanding the mechanism of the complex cyclization reaction catalyzed by imidazole glycerophosphate synthase (see paper)
35% identity, 98% coverage: 3:195/196 of query aligns to 7:213/538 of 1ox4B

query
sites
1ox4B
V
 
V
V
 
H
I
 
V
L
 
I
D
 
D
T
 
V
G
 
E
C
 
S
A
 
G
N
 
N
L
 
L
N
 
Q
S
 
S
V
 
L
K
 
T
S
 
N
A
 
A
I
 
I
A
 
E
R
 
H
H
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
E
P
 
V
K
 
Q
V
 
L
S
 
V
R
 
K
D
 
S
P
 
P
D
 
K
V
 
D
V
 
F
L
 
N
L
 
I
A
 
S
-
 
G
-
 
T
D
 
S
K
 
R
L
 
L
F
 
I
L
 
L
P
 
P
G
 
G
V
 
V
G
 
G
T
 
N
A
 
Y
Q
 
G
A
 
H
A
 
F
M
 
V
D
 
D
Q
 
N
V
 
L
R
 
F
E
 
N
R
 
R
E
 
G
L
 
F
F
 
E
D
 
K
L
 
P
I
 
I
K
 
R
A
 
E
-
 
Y
-
 
I
-
 
E
C
 
S
T
 
G
Q
 
K
P
 
P
V
 
I
L
 
M
G
 
G
I
 
I
C
 
C
L
 
V
G
 
G
M
 
L
Q
 
Q
L
 
A
L
 
L
G
 
F
R
 
A
R
 
G
S
 
S
E
 
V
E
 
E
S
 
S
N
 
P
G
 
K
V
 
S
D
 
T
L
 
G
L
 
L
G
 
N
I
 
Y
I
 
I
D
 
D
E
 
F
D
 
K
V
 
L
P
 
S
K
 
R
M
 
F
T
 
D
D
 
D
F
 
S
G
 
E
L
 
K
P
 
P
L
 
V
P
 
P
H
 
E
M
 
I
G
 
G
W
 
W
N
 
N
R
 
S
V
 
C
Y
 
I
P
 
P
Q
 
S
A
 
-
G
 
-
N
 
E
R
 
N
L
 
L
F
 
F
Q
 
F
G
 
G
I
 
L
E
 
D
D
 
P
G
 
Y
A
 
K
Y
 
R
F
 
Y
Y
 
Y
F
 
F
V
 
V
H
 
H
S
 
S
Y
 
F
A
 
A
M
 
A
P
 
I
V
 
L
N
 
N
P
 
S
-
 
E
-
 
K
-
 
K
-
 
K
-
 
N
-
 
L
-
 
E
-
 
N
-
 
D
-
 
G
W
 
W
T
 
K
I
 
I
A
 
A
Q
 
K
C
 
A
N
 
K
Y
 
Y
G
 
G
-
 
S
E
 
E
P
 
E
F
 
F
T
 
I
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
N
K
 
K
D
 
N
N
 
N
F
 
I
Y
 
F
G
 
A
V
 
T
Q
 
Q
F
 
F
H
 
H
P
 
P
E
 
E
R
 
K
S
 
S
G
 
G
A
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
L
K
 
N
L
 
V
L
 
I
K
 
E
N
 
N
F
 
F
L
 
L
E
 
K

Sites not aligning to the query:

7ac8B Molecular basis for the unique allosteric activation mechanism of the heterodimeric imidazole glycerol phosphate synthase complex. (see paper)
40% identity, 81% coverage: 38:195/196 of query aligns to 44:197/202 of 7ac8B

query
sites
7ac8B
L
 
L
A
 
Y
D
 
D
K
 
L
L
 
L
F
 
F
L
 
I
P
 
P
G
 
G
V
 
V
G
|
G
T
 
H
A
 
F
Q
 
G
A
 
E
A
 
G
M
 
M
D
 
R
Q
 
R
V
 
L
R
 
R
E
 
E
R
 
N
E
 
D
L
 
L
F
 
I
D
 
D
L
 
F
I
 
V
K
 
R
A
 
K
C
 
H
T
 
V
Q
 
E
P
 
D
-
 
E
-
 
R
-
 
Y
V
 
V
L
 
V
G
 
G
I
 
V
C
 
A
L
 
L
G
 
G
M
 
M
Q
|
Q
L
 
L
L
 
L
G
 
F
R
 
E
R
 
E
S
 
S
E
 
E
E
|
E
S
 
A
N
 
P
G
 
G
V
 
V
D
 
K
L
 
G
L
 
L
G
 
S
I
 
L
I
 
I
D
 
E
E
 
G
D
 
N
V
 
V
P
 
V
K
 
K
M
 
L
T
 
R
D
 
S
F
 
-
G
 
-
L
 
R
P
 
R
L
 
L
P
 
P
H
 
H
M
 
M
G
 
G
W
 
W
N
 
N
R
 
E
V
 
V
Y
 
-
P
 
-
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
N
 
-
R
 
-
L
 
I
F
 
F
Q
 
K
G
 
D
I
 
T
E
 
F
D
 
P
G
 
N
A
 
G
Y
 
Y
F
 
Y
Y
 
Y
F
 
F
V
|
V
H
|
H
S
x
T
Y
|
Y
-
 
R
A
 
A
M
 
V
P
 
C
V
 
E
N
 
E
P
 
E
W
 
H
T
 
V
I
 
L
A
 
G
Q
 
T
C
 
T
N
 
E
Y
 
Y
-
 
D
G
 
G
E
 
E
P
 
I
F
 
F
T
 
P
A
 
S
A
 
A
V
 
V
Q
 
R
K
 
K
D
 
G
N
 
R
F
 
I
Y
 
L
G
 
G
V
 
F
Q
 
Q
F
 
F
H
 
H
P
 
P
E
 
E
R
 
K
S
 
S
G
 
S
A
 
K
A
 
I
G
 
G
A
 
R
K
 
K
L
 
L
L
 
L
K
 
E
N
 
K
F
 
V
L
 
I
E
 
E

2ywcA Crystal structure of gmp synthetase from thermus thermophilus in complex with xmp
31% identity, 64% coverage: 72:196/196 of query aligns to 73:183/475 of 2ywcA

query
sites
2ywcA
P
 
P
V
 
L
L
 
L
G
 
G
I
 
I
C
|
C
L
x
Y
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
G
 
A
R
 
Q
R
 
-
S
 
-
E
 
E
E
 
L
S
 
G
N
 
G
G
 
R
V
 
V
D
 
E
L
 
R
L
 
A
G
 
G
I
 
R
I
 
A
D
 
E
E
 
Y
D
 
G
V
 
K
P
 
A
K
 
L
M
 
L
T
 
T
D
 
R
F
 
H
G
 
E
L
 
G
P
 
P
L
 
-
P
 
-
H
 
-
M
 
-
G
 
-
W
 
-
N
 
-
R
 
-
V
 
-
Y
 
-
P
 
-
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
N
 
-
R
 
-
L
 
L
F
 
F
Q
 
R
G
 
G
I
 
L
E
 
E
D
 
G
G
 
E
A
 
V
Y
 
Q
F
 
V
Y
 
W
F
 
M
V
 
S
H
 
H
S
 
Q
Y
 
D
A
 
A
M
 
V
P
 
T
V
 
A
N
 
P
P
 
P
-
 
P
-
 
G
W
 
W
T
 
R
I
 
V
A
 
V
Q
 
A
C
 
E
N
 
T
Y
 
E
G
 
E
E
 
N
P
 
P
F
 
V
T
 
A
A
 
A
A
 
I
V
 
A
Q
 
S
K
 
P
D
 
D
-
 
G
N
 
R
F
 
A
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
F
 
F
H
|
H
P
 
P
E
|
E
R
 
V
S
 
A
G
 
H
A
 
T
-
 
P
A
 
K
G
 
G
A
 
M
K
 
Q
L
 
I
L
 
L
K
 
E
N
 
N
F
 
F
L
 
L
E
 
E
M
 
L

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>16131 FitnessBrowser__Keio:16131
MNVVILDTGCANLNSVKSAIARHGYEPKVSRDPDVVLLADKLFLPGVGTAQAAMDQVRER
ELFDLIKACTQPVLGICLGMQLLGRRSEESNGVDLLGIIDEDVPKMTDFGLPLPHMGWNR
VYPQAGNRLFQGIEDGAYFYFVHSYAMPVNPWTIAQCNYGEPFTAAVQKDNFYGVQFHPE
RSGAAGAKLLKNFLEM

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory