SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 16885 b2801 L-fucose transporter (NCBI) to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 1 hits to proteins with known functional sites (download)

P11551 L-fucose-proton symporter; 6-deoxy-L-galactose permease; L-fucose permease; L-fucose-H(+) symport protein from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
100% identity, 100% coverage: 1:438/438 of query aligns to 1:438/438 of P11551

query
sites
P11551
M
|
M
G
 
G
N
 
N
T
 
T
S
 
S
I
 
I
Q
 
Q
T
 
T
Q
 
Q
S
 
S
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
V
 
V
D
 
D
K
 
K
D
 
D
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
R
 
R
S
 
S
Y
 
Y
I
 
I
I
 
I
P
 
P
F
 
F
A
 
A
L
 
L
L
 
L
C
 
C
S
 
S
L
 
L
F
 
F
F
 
F
L
 
L
W
|
W
A
 
A
V
 
V
A
 
A
N
 
N
N
 
N
L
 
L
N
 
N
D
|
D
I
 
I
L
 
L
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
F
 
F
Q
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
F
 
F
T
 
T
L
 
L
T
 
T
N
 
N
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
G
 
G
L
 
L
I
 
I
Q
 
Q
S
 
S
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
F
 
F
I
 
I
I
 
I
P
 
P
I
 
I
P
 
P
A
 
A
G
 
G
I
 
I
L
 
L
M
 
M
K
 
K
K
 
K
L
 
L
S
 
S
Y
 
Y
K
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
I
I
 
I
T
 
T
G
 
G
L
 
L
F
 
F
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
L
 
L
F
 
F
W
 
W
P
 
P
A
 
A
A
 
A
E
 
E
I
 
I
M
 
M
N
 
N
Y
 
Y
T
 
T
L
 
L
F
 
F
L
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
F
 
F
I
 
I
I
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
L
G
 
G
C
 
C
L
 
L
E
|
E
T
 
T
A
 
A
A
 
A
N
 
N
P
 
P
F
 
F
V
 
V
T
 
T
V
 
V
L
 
L
G
 
G
P
 
P
E
 
E
S
 
S
S
 
S
G
 
G
H
 
H
F
 
F
R
 
R
L
 
L
N
 
N
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
T
 
T
F
 
F
N
 
N
S
 
S
F
 
F
G
 
G
A
 
A
I
 
I
I
 
I
A
 
A
V
 
V
V
 
V
F
 
F
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
L
 
L
I
 
I
L
 
L
S
 
S
N
 
N
V
 
V
P
 
P
H
 
H
Q
 
Q
S
 
S
Q
 
Q
D
 
D
V
 
V
L
 
L
D
 
D
K
 
K
M
 
M
S
 
S
P
 
P
E
 
E
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
A
 
A
Y
 
Y
K
 
K
H
 
H
S
 
S
L
 
L
V
 
V
L
 
L
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
T
 
T
P
 
P
Y
 
Y
M
 
M
I
 
I
I
 
I
V
 
V
A
 
A
I
 
I
V
 
V
L
 
L
L
 
L
V
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
L
I
 
I
M
 
M
L
 
L
T
 
T
K
 
K
F
 
F
P
 
P
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
S
 
S
D
 
D
N
 
N
H
 
H
S
 
S
D
 
D
A
 
A
K
 
K
Q
 
Q
G
 
G
S
 
S
F
 
F
S
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
S
 
S
R
 
R
L
 
L
A
 
A
R
 
R
I
 
I
R
 
R
H
 
H
W
 
W
R
 
R
W
 
W
A
 
A
V
 
V
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
F
 
F
C
 
C
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
A
 
A
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
C
 
C
W
|
W
S
 
S
Y
 
Y
L
 
L
I
 
I
R
 
R
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
 
E
I
 
I
P
 
P
G
 
G
M
 
M
T
 
T
A
 
A
G
 
G
F
 
F
A
 
A
A
 
A
N
 
N
Y
 
Y
L
 
L
T
 
T
G
 
G
T
 
T
M
 
M
V
 
V
C
 
C
F
 
F
F
 
F
I
 
I
G
 
G
R
 
R
F
 
F
T
 
T
G
 
G
T
 
T
W
 
W
L
 
L
I
 
I
S
 
S
R
 
R
F
 
F
A
 
A
P
 
P
H
 
H
K
 
K
V
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
I
 
I
A
 
A
M
 
M
A
 
A
L
 
L
C
 
C
L
 
L
I
 
I
S
 
S
A
 
A
F
 
F
A
 
A
G
 
G
G
 
G
H
 
H
V
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
I
A
 
A
L
 
L
T
 
T
L
 
L
C
 
C
S
 
S
A
 
A
F
 
F
M
 
M
S
 
S
I
 
I
Q
 
Q
Y
 
Y
P
 
P
T
 
T
I
 
I
F
 
F
S
 
S
L
 
L
G
 
G
I
 
I
K
 
K
N
 
N
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
T
 
T
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
S
 
S
S
 
S
F
 
F
I
 
I
V
 
V
M
 
M
T
 
T
I
 
I
I
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
V
 
V
M
 
M
G
 
G
F
 
F
V
 
V
S
 
S
D
 
D
A
 
A
A
 
A
G
 
G
N
 
N
I
 
I
P
 
P
T
 
T
A
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
C
 
C
F
 
F
A
 
A
V
 
V
I
 
I
F
 
F
I
 
I
F
 
F
A
 
A
R
 
R
F
 
F
R
 
R
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
T
 
T
N
 
N

Query Sequence

>16885 b2801 L-fucose transporter (NCBI)
MGNTSIQTQSYRAVDKDAGQSRSYIIPFALLCSLFFLWAVANNLNDILLPQFQQAFTLTN
FQAGLIQSAFYFGYFIIPIPAGILMKKLSYKAGIITGLFLYALGAALFWPAAEIMNYTLF
LVGLFIIAAGLGCLETAANPFVTVLGPESSGHFRLNLAQTFNSFGAIIAVVFGQSLILSN
VPHQSQDVLDKMSPEQLSAYKHSLVLSVQTPYMIIVAIVLLVALLIMLTKFPALQSDNHS
DAKQGSFSASLSRLARIRHWRWAVLAQFCYVGAQTACWSYLIRYAVEEIPGMTAGFAANY
LTGTMVCFFIGRFTGTWLISRFAPHKVLAAYALIAMALCLISAFAGGHVGLIALTLCSAF
MSIQYPTIFSLGIKNLGQDTKYGSSFIVMTIIGGGIVTPVMGFVSDAAGNIPTAELIPAL
CFAVIFIFARFRSQTATN

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory