SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 16888 FitnessBrowser__Keio:16888 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 8 hits to proteins with known functional sites (download)

2wcvB Crystal structure of bacterial fucu (see paper)
100% identity, 100% coverage: 1:140/140 of query aligns to 1:140/140 of 2wcvB

query
sites
2wcvB
M
 
M
L
 
L
K
 
K
T
 
T
I
 
I
S
 
S
P
 
P
L
 
L
I
 
I
S
 
S
P
 
P
E
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
V
 
V
L
 
L
A
 
A
E
 
E
M
 
M
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
E
 
E
I
 
I
I
 
I
F
 
F
S
 
S
D
|
D
A
 
A
H
 
H
F
|
F
P
 
P
A
 
A
H
 
H
S
 
S
M
 
M
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
V
 
V
I
 
I
R
 
R
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
L
L
 
L
V
 
V
S
 
S
D
 
D
L
 
L
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
I
 
I
I
 
I
P
 
P
L
 
L
F
 
F
E
 
E
L
 
L
D
 
D
S
 
S
Y
 
Y
A
 
A
P
 
P
P
 
P
L
 
L
V
 
V
M
 
M
M
|
M
A
 
A
A
 
A
V
 
V
E
 
E
G
 
G
D
 
D
T
 
T
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
V
 
V
E
 
E
R
 
R
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
N
 
N
A
 
A
L
 
L
S
 
S
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
P
 
P
C
 
C
P
 
P
D
 
D
I
 
I
I
 
I
R
 
R
I
 
I
N
 
N
R
 
R
F
 
F
A
 
A
F
 
F
Y
|
Y
E
 
E
R
 
R
A
 
A
Q
 
Q
K
 
K
A
 
A
F
 
F
A
 
A
I
 
I
V
 
V
I
 
I
T
 
T
G
 
G
E
 
E
R
 
R
A
 
A
K
|
K
Y
|
Y
G
 
G
N
|
N
I
 
I
L
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
K
G
 
G
V
 
V
T
 
T
P
 
P

P0AEN8 L-fucose mutarotase; D-ribose pyranase; Fucose 1-epimerase; Type-2 mutarotase; EC 5.1.3.29; EC 5.4.99.62 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
100% identity, 100% coverage: 1:140/140 of query aligns to 1:140/140 of P0AEN8

query
sites
P0AEN8
M
 
M
L
 
L
K
 
K
T
 
T
I
 
I
S
 
S
P
 
P
L
 
L
I
 
I
S
 
S
P
 
P
E
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
V
 
V
L
 
L
A
 
A
E
 
E
M
 
M
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
E
 
E
I
 
I
I
 
I
F
 
F
S
 
S
D
|
D
A
 
A
H
 
H
F
 
F
P
 
P
A
 
A
H
 
H
S
 
S
M
 
M
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
V
 
V
I
 
I
R
 
R
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
L
L
 
L
V
 
V
S
 
S
D
 
D
L
 
L
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
I
 
I
I
 
I
P
 
P
L
 
L
F
 
F
E
 
E
L
 
L
D
|
D
S
 
S
Y
 
Y
A
 
A
P
 
P
P
 
P
L
 
L
V
 
V
M
 
M
M
|
M
A
 
A
A
 
A
V
 
V
E
 
E
G
 
G
D
 
D
T
 
T
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
V
 
V
E
 
E
R
 
R
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
N
 
N
A
 
A
L
 
L
S
 
S
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
P
 
P
C
 
C
P
 
P
D
 
D
I
 
I
I
 
I
R
 
R
I
 
I
N
 
N
R
 
R
F
 
F
A
 
A
F
 
F
Y
|
Y
E
 
E
R
 
R
A
 
A
Q
 
Q
K
 
K
A
 
A
F
 
F
A
 
A
I
 
I
V
 
V
I
 
I
T
 
T
G
 
G
E
 
E
R
 
R
A
 
A
K
 
K
Y
|
Y
G
 
G
N
|
N
I
 
I
L
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
K
G
 
G
V
 
V
T
 
T
P
 
P

2wcuA Crystal structure of mammalian fucu (see paper)
50% identity, 98% coverage: 2:138/140 of query aligns to 4:147/149 of 2wcuA

query
sites
2wcuA
L
 
L
K
 
K
T
 
G
I
 
I
S
 
P
P
 
K
L
 
V
I
 
L
S
 
S
P
 
P
E
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
F
V
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
R
M
 
M
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
E
 
E
I
 
I
I
 
V
F
 
L
S
 
A
D
|
D
A
 
A
H
 
N
F
|
F
P
 
P
A
 
T
H
 
S
S
 
S
M
 
I
-
 
C
-
 
Q
-
 
C
G
 
G
P
 
P
Q
 
V
V
 
E
I
 
I
R
 
R
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
L
L
 
D
V
 
I
S
 
P
D
 
Q
L
 
L
L
 
L
Q
 
E
A
 
A
I
 
V
I
 
L
P
 
R
L
 
L
F
 
L
E
 
P
L
 
L
D
 
D
S
 
T
Y
 
Y
A
 
V
-
 
E
P
 
S
P
 
P
L
 
A
V
 
A
M
 
V
M
|
M
A
 
D
A
 
L
V
 
V
E
 
P
G
 
S
D
 
D
T
 
K
-
 
E
-
 
K
-
 
G
L
 
L
D
 
Q
P
 
T
E
 
P
V
 
I
E
 
W
R
 
K
R
 
R
Y
 
Y
R
 
E
N
 
S
A
 
L
L
 
L
S
 
-
L
 
L
Q
 
E
A
 
A
P
 
D
C
 
C
P
 
K
D
 
K
-
 
T
I
 
L
I
 
M
R
 
K
I
 
L
N
 
E
R
 
R
F
 
F
A
 
E
F
 
F
Y
|
Y
E
 
E
R
 
R
A
 
A
Q
 
K
K
 
K
A
 
A
F
 
F
A
 
A
I
 
V
V
 
V
I
 
A
T
 
T
G
 
G
E
 
E
R
 
M
A
 
A
K
 
L
Y
|
Y
G
 
G
N
|
N
I
 
I
L
 
I
L
 
L
K
 
K
K
 
K
G
 
G
V
 
T

Q8R2K1 Fucose mutarotase; EC 5.1.3.29 from Mus musculus (Mouse) (see paper)
50% identity, 98% coverage: 2:138/140 of query aligns to 4:147/153 of Q8R2K1

query
sites
Q8R2K1
L
 
L
K
 
K
T
 
G
I
 
I
S
 
P
P
 
K
L
 
V
I
 
L
S
 
S
P
 
P
E
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
F
V
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
R
M
 
M
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
E
 
E
I
 
I
I
 
V
F
 
L
S
 
A
D
|
D
A
 
A
H
 
N
F
 
F
P
 
P
A
 
T
H
 
S
S
 
S
M
 
I
-
 
C
-
 
Q
-
 
C
G
 
G
P
 
P
Q
 
V
V
 
E
I
 
I
R
 
R
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
L
L
 
D
V
 
I
S
 
P
D
 
Q
L
 
L
L
 
L
Q
 
E
A
 
A
I
 
V
I
 
L
P
 
R
L
 
L
F
 
L
E
 
P
L
 
L
D
|
D
S
 
T
Y
 
Y
A
 
V
-
 
E
P
 
S
P
 
P
L
 
A
V
 
A
M
 
V
M
|
M
A
 
D
A
 
L
V
 
V
E
 
P
G
 
S
D
 
D
T
 
K
-
 
E
-
 
K
-
 
G
L
 
L
D
 
Q
P
 
T
E
 
P
V
 
I
E
 
W
R
 
K
R
 
R
Y
 
Y
R
 
E
N
 
S
A
 
L
L
 
L
S
 
-
L
 
L
Q
 
E
A
 
A
P
 
D
C
 
C
P
 
K
D
 
K
-
 
T
I
 
L
I
 
M
R
 
K
I
 
L
N
 
E
R
 
R
F
 
F
A
 
E
F
 
F
Y
|
Y
E
 
E
R
 
R
A
 
A
Q
 
K
K
 
K
A
 
A
F
 
F
A
 
A
I
 
V
V
 
V
I
 
A
T
 
T
G
 
G
E
 
E
R
 
M
A
 
A
K
 
L
Y
|
Y
G
 
G
N
|
N
I
 
I
L
 
I
L
 
L
K
 
K
K
 
K
G
 
G
V
 
T

4a34I Crystal structure of the fucose mutarotase in complex with l-fucose from streptococcus pneumoniae (see paper)
45% identity, 98% coverage: 2:138/140 of query aligns to 1:138/142 of 4a34I

query
sites
4a34I
L
 
L
K
 
K
T
 
H
I
 
I
S
 
P
P
 
K
L
 
N
I
 
I
S
 
S
P
 
P
E
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
K
V
 
T
L
 
L
A
 
M
E
 
E
M
 
M
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
E
 
E
I
 
I
I
 
V
F
 
L
S
 
A
D
|
D
A
 
A
H
 
N
F
x
Y
P
 
P
A
 
S
H
 
A
S
 
S
M
 
C
G
 
A
P
 
N
Q
 
K
V
 
L
I
 
I
R
 
R
A
 
C
D
 
D
G
 
G
L
 
V
L
 
N
V
 
I
S
 
P
D
 
E
L
 
L
L
 
L
Q
 
D
A
 
S
I
 
I
I
 
L
P
 
Y
L
 
L
F
 
M
E
 
P
L
 
L
D
 
D
S
 
S
Y
|
Y
A
 
V
P
 
D
P
 
S
L
 
S
V
 
I
-
 
Q
M
 
F
M
 
M
A
 
N
A
 
V
V
 
V
E
 
S
G
 
G
D
 
D
T
 
D
L
 
I
D
 
-
P
 
P
E
 
K
V
 
I
E
 
W
R
 
G
R
 
T
Y
 
Y
R
 
R
N
 
Q
A
 
M
L
 
I
S
 
E
L
 
G
Q
 
H
A
 
G
P
 
T
-
 
D
C
 
L
P
 
K
D
 
T
I
 
I
I
 
T
R
 
Y
I
 
L
N
 
R
R
 
R
F
 
E
A
 
D
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
R
 
R
A
 
S
Q
 
K
K
 
K
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
I
 
I
V
 
V
I
 
A
T
 
T
G
 
G
E
 
E
R
 
T
A
 
S
K
 
L
Y
|
Y
G
 
A
N
 
N
I
 
I
L
 
I
L
 
L
K
 
K
K
 
K
G
 
G
V
|
V

1ogeA The structure of bacillus subtilis rbsd complexed with ribose 5- phosphate (see paper)
28% identity, 94% coverage: 8:138/140 of query aligns to 6:129/131 of 1ogeA

query
sites
1ogeA
L
 
I
I
 
L
S
 
N
P
 
S
E
 
H
L
 
L
L
 
A
K
 
K
V
 
I
L
 
L
A
 
A
E
 
D
M
 
L
G
 
G
H
 
H
G
 
T
D
 
D
E
 
K
I
 
I
I
 
V
F
 
I
S
 
A
D
|
D
A
 
A
H
x
G
F
x
L
P
 
P
A
 
V
H
 
-
S
 
-
M
 
-
G
 
-
P
 
-
Q
 
-
V
 
-
I
 
-
R
 
-
A
 
P
D
 
D
G
 
G
L
 
V
L
 
L
V
 
K
S
 
I
D
 
D
L
 
L
-
 
S
L
 
L
Q
 
K
A
 
P
I
 
G
I
 
L
P
 
P
L
 
A
F
 
F
E
 
Q
-
 
D
-
 
T
-
 
A
-
 
A
-
 
V
L
 
L
D
 
A
S
 
E
Y
 
E
A
 
M
P
 
A
P
 
V
L
 
E
V
 
K
M
 
V
M
 
I
A
 
A
A
 
A
V
 
A
E
 
E
G
 
I
D
 
K
T
 
A
L
 
S
D
 
N
P
 
Q
E
 
E
V
 
N
E
 
A
R
 
K
R
 
F
Y
 
L
R
 
E
N
 
N
A
 
L
L
 
F
S
 
S
L
 
E
Q
 
Q
A
 
-
P
 
-
C
 
-
P
 
-
D
 
E
I
 
I
I
 
E
R
 
Y
I
 
L
N
 
S
R
x
H
F
 
E
A
 
E
F
 
F
Y
 
K
E
 
L
R
 
L
A
 
T
Q
 
K
K
 
D
A
 
A
F
 
K
A
 
A
I
 
V
V
 
I
I
 
R
T
 
T
G
 
G
E
 
E
R
 
F
A
 
T
K
 
P
Y
|
Y
G
 
A
N
 
N
I
 
C
L
 
I
L
 
L
K
 
Q
K
 
A
G
 
G
V
 
V

1ogdA The structure of bacillus subtilis rbsd complexed with d-ribose (see paper)
28% identity, 94% coverage: 8:138/140 of query aligns to 6:129/131 of 1ogdA

query
sites
1ogdA
L
 
I
I
 
L
S
 
N
P
 
S
E
 
H
L
 
L
L
 
A
K
 
K
V
 
I
L
 
L
A
 
A
E
 
D
M
 
L
G
 
G
H
 
H
G
 
T
D
 
D
E
 
K
I
 
I
I
 
V
F
 
I
S
 
A
D
|
D
A
 
A
H
x
G
F
x
L
P
 
P
A
 
V
H
 
-
S
 
-
M
 
-
G
 
-
P
 
-
Q
 
-
V
 
-
I
 
-
R
 
-
A
 
P
D
 
D
G
 
G
L
 
V
L
 
L
V
 
K
S
 
I
D
 
D
L
 
L
-
 
S
L
 
L
Q
 
K
A
 
P
I
 
G
I
 
L
P
 
P
L
 
A
F
 
F
E
 
Q
-
 
D
-
 
T
-
 
A
-
 
A
-
 
V
L
 
L
D
 
A
S
 
E
Y
 
E
A
 
M
P
 
A
P
 
V
L
 
E
V
 
K
M
 
V
M
 
I
A
 
A
A
 
A
V
 
A
E
 
E
G
 
I
D
 
K
T
 
A
L
 
S
D
 
N
P
 
Q
E
 
E
V
 
N
E
 
A
R
 
K
R
 
F
Y
 
L
R
 
E
N
 
N
A
 
L
L
 
F
S
 
S
L
 
E
Q
 
Q
A
 
-
P
 
-
C
 
-
P
 
-
D
 
E
I
 
I
I
 
E
R
 
Y
I
 
L
N
 
S
R
x
H
F
 
E
A
 
E
F
 
F
Y
 
K
E
 
L
R
 
L
A
 
T
Q
 
K
K
 
D
A
 
A
F
 
K
A
 
A
I
 
V
V
 
I
I
 
R
T
 
T
G
 
G
E
 
E
R
 
F
A
 
T
K
 
P
Y
|
Y
G
 
A
N
 
N
I
 
C
L
 
I
L
 
L
K
 
Q
K
 
A
G
 
G
V
 
V

P36946 D-ribose pyranase; EC 5.4.99.62 from Bacillus subtilis (strain 168) (see paper)
28% identity, 94% coverage: 8:138/140 of query aligns to 6:129/131 of P36946

query
sites
P36946
L
 
I
I
 
L
S
 
N
P
 
S
E
 
H
L
 
L
L
 
A
K
 
K
V
 
I
L
 
L
A
 
A
E
 
D
M
 
L
G
 
G
H
 
H
G
 
T
D
 
D
E
 
K
I
 
I
I
 
V
F
 
I
S
 
A
D
 
D
A
 
A
H
 
G
F
 
L
P
 
P
A
 
V
H
 
-
S
 
-
M
 
-
G
 
-
P
 
-
Q
 
-
V
 
-
I
 
-
R
 
-
A
 
P
D
 
D
G
 
G
L
 
V
L
 
L
V
 
K
S
 
I
D
 
D
L
 
L
-
 
S
L
 
L
Q
 
K
A
 
P
I
 
G
I
 
L
P
 
P
L
 
A
F
 
F
E
 
Q
-
 
D
-
 
T
-
 
A
-
 
A
-
 
V
L
 
L
D
 
A
S
 
E
Y
 
E
A
 
M
P
 
A
P
 
V
L
 
E
V
 
K
M
 
V
M
 
I
A
 
A
A
 
A
V
 
A
E
 
E
G
 
I
D
 
K
T
 
A
L
 
S
D
 
N
P
 
Q
E
 
E
V
 
N
E
 
A
R
 
K
R
 
F
Y
 
L
R
 
E
N
 
N
A
 
L
L
 
F
S
 
S
L
 
E
Q
 
Q
A
 
-
P
 
-
C
 
-
P
 
-
D
 
E
I
 
I
I
 
E
R
 
Y
I
 
L
N
 
S
R
x
H
F
 
E
A
 
E
F
 
F
Y
 
K
E
 
L
R
 
L
A
 
T
Q
 
K
K
 
D
A
 
A
F
 
K
A
 
A
I
 
V
V
 
I
I
 
R
T
 
T
G
 
G
E
 
E
R
 
F
A
 
T
K
 
P
Y
 
Y
G
 
A
N
 
N
I
 
C
L
 
I
L
 
L
K
 
Q
K
 
A
G
 
G
V
 
V

Query Sequence

>16888 FitnessBrowser__Keio:16888
MLKTISPLISPELLKVLAEMGHGDEIIFSDAHFPAHSMGPQVIRADGLLVSDLLQAIIPL
FELDSYAPPLVMMAAVEGDTLDPEVERRYRNALSLQAPCPDIIRINRFAFYERAQKAFAI
VITGERAKYGNILLKKGVTP

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory