SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 16919 FitnessBrowser__Keio:16919 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P00861 Diaminopimelate decarboxylase; DAP decarboxylase; DAPDC; EC 4.1.1.20 from Escherichia coli (strain K12)
100% identity, 100% coverage: 1:420/420 of query aligns to 1:420/420 of P00861

query
sites
P00861
M
 
M
P
 
P
H
 
H
S
 
S
L
 
L
F
 
F
S
 
S
T
 
T
D
 
D
T
 
T
D
 
D
L
 
L
T
 
T
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
L
L
 
L
R
 
R
L
 
L
P
 
P
A
 
A
E
 
E
F
 
F
G
 
G
C
 
C
P
 
P
V
 
V
W
 
W
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
I
 
I
R
 
R
R
 
R
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
K
Q
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
V
R
 
R
F
 
F
A
 
A
Q
 
Q
K
|
K
A
 
A
C
 
C
S
 
S
N
 
N
I
 
I
H
 
H
I
 
I
L
 
L
R
 
R
L
 
L
M
 
M
R
 
R
E
 
E
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
D
 
D
S
 
S
V
 
V
S
 
S
L
 
L
G
 
G
E
 
E
I
 
I
E
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
P
 
P
Q
 
Q
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
D
D
 
D
I
 
I
V
 
V
F
 
F
T
 
T
A
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
I
D
 
D
Q
 
Q
A
 
A
T
 
T
L
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
V
S
 
S
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
I
 
I
P
 
P
V
 
V
N
 
N
A
 
A
G
 
G
S
 
S
V
 
V
D
 
D
M
 
M
L
 
L
D
 
D
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
S
 
S
P
 
P
G
 
G
H
 
H
R
 
R
V
 
V
W
 
W
L
 
L
R
 
R
V
 
V
N
 
N
P
 
P
G
 
G
F
 
F
G
 
G
H
 
H
G
 
G
H
 
H
S
 
S
Q
 
Q
K
 
K
T
 
T
N
 
N
T
 
T
G
 
G
G
 
G
E
 
E
N
 
N
S
 
S
K
 
K
H
 
H
G
 
G
I
 
I
W
 
W
Y
 
Y
T
 
T
D
 
D
L
 
L
P
 
P
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
V
I
 
I
Q
 
Q
R
 
R
H
 
H
H
 
H
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
V
 
V
G
 
G
I
 
I
H
 
H
M
 
M
H
 
H
I
 
I
G
 
G
S
 
S
G
 
G
V
 
V
D
 
D
Y
 
Y
A
 
A
H
 
H
L
 
L
E
 
E
Q
 
Q
V
 
V
C
 
C
G
 
G
A
 
A
M
 
M
V
 
V
R
 
R
Q
 
Q
V
 
V
I
 
I
E
 
E
F
 
F
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
I
 
I
S
 
S
A
 
A
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
L
S
 
S
V
 
V
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
E
 
E
A
 
A
V
 
V
D
 
D
T
 
T
E
 
E
H
 
H
Y
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
W
 
W
N
 
N
A
 
A
A
 
A
R
 
R
E
 
E
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
R
 
R
H
 
H
L
 
L
G
 
G
H
 
H
P
 
P
V
 
V
K
 
K
L
 
L
E
 
E
I
 
I
E
|
E
P
|
P
G
|
G
R
|
R
F
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
A
Q
 
Q
S
 
S
G
 
G
V
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
V
 
V
R
 
R
S
 
S
V
 
V
K
 
K
Q
 
Q
M
 
M
G
 
G
S
 
S
R
 
R
H
 
H
F
 
F
V
 
V
L
 
L
V
 
V
D
 
D
A
 
A
G
 
G
F
 
F
N
 
N
D
 
D
L
 
L
M
 
M
R
 
R
P
 
P
A
 
A
M
 
M
Y
 
Y
G
 
G
S
 
S
Y
 
Y
H
 
H
H
 
H
I
 
I
S
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
D
 
D
G
 
G
R
 
R
S
 
S
L
 
L
E
 
E
H
 
H
A
 
A
P
 
P
T
 
T
V
 
V
E
 
E
T
 
T
V
 
V
V
 
V
A
 
A
G
 
G
P
 
P
L
 
L
C
 
C
E
 
E
S
 
S
G
 
G
D
 
D
V
 
V
F
 
F
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
G
 
G
N
 
N
V
 
V
E
 
E
T
 
T
R
 
R
A
 
A
L
 
L
P
 
P
E
 
E
V
 
V
K
 
K
A
 
A
G
 
G
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
L
 
L
H
 
H
D
 
D
T
 
T
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
A
 
A
S
 
S
M
 
M
S
 
S
S
 
S
N
 
N
Y
 
Y
N
 
N
S
 
S
R
 
R
P
 
P
L
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
E
V
 
V
L
 
L
F
 
F
D
 
D
N
 
N
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
R
 
R
L
 
L
I
 
I
R
 
R
R
 
R
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
I
 
I
E
 
E
E
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
L
 
L
L
 
L

1ko0A Crystal structure of a d,l-lysine complex of diaminopimelate decarboxylase
100% identity, 100% coverage: 2:420/420 of query aligns to 1:419/419 of 1ko0A

query
sites
1ko0A
P
 
P
H
 
H
S
 
S
L
 
L
F
 
F
S
 
S
T
 
T
D
 
D
T
 
T
D
 
D
L
 
L
T
 
T
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
L
L
 
L
R
 
R
L
 
L
P
 
P
A
 
A
E
 
E
F
 
F
G
 
G
C
 
C
P
 
P
V
 
V
W
 
W
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
I
 
I
R
 
R
R
 
R
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
K
Q
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
V
R
 
R
F
 
F
A
|
A
Q
 
Q
K
|
K
A
 
A
C
 
C
S
 
S
N
 
N
I
 
I
H
 
H
I
 
I
L
 
L
R
 
R
L
 
L
M
 
M
R
 
R
E
 
E
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
D
 
D
S
 
S
V
 
V
S
 
S
L
 
L
G
 
G
E
 
E
I
 
I
E
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
P
 
P
Q
 
Q
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
D
D
 
D
I
 
I
V
 
V
F
 
F
T
 
T
A
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
I
D
 
D
Q
 
Q
A
 
A
T
 
T
L
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
V
S
 
S
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
I
 
I
P
 
P
V
 
V
N
 
N
A
 
A
G
 
G
S
 
S
V
 
V
D
 
D
M
 
M
L
 
L
D
 
D
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
S
 
S
P
 
P
G
 
G
H
 
H
R
 
R
V
 
V
W
 
W
L
 
L
R
 
R
V
 
V
N
 
N
P
 
P
G
 
G
F
 
F
G
 
G
H
 
H
G
 
G
H
 
H
S
 
S
Q
 
Q
K
 
K
T
 
T
N
 
N
T
|
T
G
 
G
G
 
G
E
 
E
N
 
N
S
 
S
K
 
K
H
 
H
G
 
G
I
 
I
W
 
W
Y
 
Y
T
 
T
D
 
D
L
 
L
P
 
P
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
V
I
 
I
Q
 
Q
R
 
R
H
 
H
H
 
H
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
V
 
V
G
 
G
I
 
I
H
 
H
M
 
M
H
|
H
I
 
I
G
 
G
S
 
S
G
 
G
V
 
V
D
 
D
Y
 
Y
A
 
A
H
 
H
L
 
L
E
 
E
Q
 
Q
V
 
V
C
 
C
G
 
G
A
 
A
M
 
M
V
 
V
R
 
R
Q
 
Q
V
 
V
I
 
I
E
 
E
F
 
F
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
I
 
I
S
 
S
A
 
A
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
L
S
 
S
V
 
V
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
E
 
E
A
 
A
V
 
V
D
 
D
T
 
T
E
 
E
H
 
H
Y
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
W
 
W
N
 
N
A
 
A
A
 
A
R
 
R
E
 
E
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
R
 
R
H
 
H
L
 
L
G
 
G
H
 
H
P
 
P
V
 
V
K
 
K
L
 
L
E
 
E
I
 
I
E
|
E
P
|
P
G
|
G
R
|
R
F
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
A
Q
 
Q
S
 
S
G
 
G
V
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
V
 
V
R
 
R
S
 
S
V
 
V
K
 
K
Q
 
Q
M
 
M
G
 
G
S
 
S
R
 
R
H
 
H
F
 
F
V
 
V
L
 
L
V
 
V
D
 
D
A
 
A
G
 
G
F
 
F
N
 
N
D
 
D
L
 
L
M
 
M
R
|
R
P
 
P
A
 
A
M
 
M
Y
|
Y
G
 
G
S
 
S
Y
 
Y
H
 
H
H
 
H
I
 
I
S
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
D
 
D
G
 
G
R
 
R
S
 
S
L
 
L
E
 
E
H
 
H
A
 
A
P
 
P
T
 
T
V
 
V
E
 
E
T
 
T
V
 
V
V
 
V
A
 
A
G
 
G
P
 
P
L
 
L
C
 
C
E
 
E
S
 
S
G
 
G
D
 
D
V
 
V
F
 
F
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
G
 
G
N
 
N
V
 
V
E
 
E
T
 
T
R
 
R
A
 
A
L
 
L
P
 
P
E
 
E
V
 
V
K
 
K
A
 
A
G
 
G
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
L
 
L
H
 
H
D
 
D
T
 
T
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
A
 
A
S
 
S
M
 
M
S
 
S
S
 
S
N
 
N
Y
 
Y
N
 
N
S
 
S
R
 
R
P
 
P
L
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
E
V
 
V
L
 
L
F
 
F
D
 
D
N
 
N
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
R
 
R
L
 
L
I
 
I
R
 
R
R
 
R
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
I
 
I
E
 
E
E
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
L
 
L
L
 
L

1knwA Crystal structure of diaminopimelate decarboxylase
100% identity, 100% coverage: 2:420/420 of query aligns to 1:419/421 of 1knwA

query
sites
1knwA
P
 
P
H
 
H
S
 
S
L
 
L
F
 
F
S
 
S
T
 
T
D
 
D
T
 
T
D
 
D
L
 
L
T
 
T
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
L
L
 
L
R
 
R
L
 
L
P
 
P
A
 
A
E
 
E
F
 
F
G
 
G
C
 
C
P
 
P
V
 
V
W
 
W
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
I
 
I
R
 
R
R
 
R
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
K
Q
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
V
R
 
R
F
 
F
A
|
A
Q
 
Q
K
|
K
A
 
A
C
 
C
S
 
S
N
 
N
I
 
I
H
 
H
I
 
I
L
 
L
R
 
R
L
 
L
M
 
M
R
 
R
E
 
E
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
D
 
D
S
 
S
V
 
V
S
 
S
L
 
L
G
 
G
E
 
E
I
 
I
E
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
P
 
P
Q
 
Q
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
D
D
 
D
I
 
I
V
 
V
F
 
F
T
 
T
A
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
I
D
 
D
Q
 
Q
A
 
A
T
 
T
L
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
V
S
 
S
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
I
 
I
P
 
P
V
 
V
N
 
N
A
 
A
G
 
G
S
 
S
V
 
V
D
 
D
M
 
M
L
 
L
D
 
D
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
S
 
S
P
 
P
G
 
G
H
 
H
R
 
R
V
 
V
W
 
W
L
 
L
R
 
R
V
 
V
N
 
N
P
 
P
G
 
G
F
 
F
G
 
G
H
 
H
G
 
G
H
 
H
S
 
S
Q
 
Q
K
 
K
T
 
T
N
 
N
T
 
T
G
 
G
G
 
G
E
 
E
N
 
N
S
 
S
K
 
K
H
 
H
G
 
G
I
 
I
W
 
W
Y
 
Y
T
 
T
D
 
D
L
 
L
P
 
P
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
V
I
 
I
Q
 
Q
R
 
R
H
 
H
H
 
H
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
V
 
V
G
 
G
I
 
I
H
 
H
M
 
M
H
|
H
I
 
I
G
 
G
S
 
S
G
 
G
V
 
V
D
 
D
Y
 
Y
A
 
A
H
 
H
L
 
L
E
 
E
Q
 
Q
V
 
V
C
 
C
G
 
G
A
 
A
M
 
M
V
 
V
R
 
R
Q
 
Q
V
 
V
I
 
I
E
 
E
F
 
F
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
I
 
I
S
 
S
A
 
A
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
L
S
 
S
V
 
V
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
E
 
E
A
 
A
V
 
V
D
 
D
T
 
T
E
 
E
H
 
H
Y
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
W
 
W
N
 
N
A
 
A
A
 
A
R
 
R
E
 
E
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
R
 
R
H
 
H
L
 
L
G
 
G
H
 
H
P
 
P
V
 
V
K
 
K
L
 
L
E
 
E
I
 
I
E
|
E
P
 
P
G
|
G
R
|
R
F
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
A
Q
 
Q
S
 
S
G
 
G
V
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
V
 
V
R
 
R
S
 
S
V
 
V
K
 
K
Q
 
Q
M
 
M
G
 
G
S
 
S
R
 
R
H
 
H
F
 
F
V
 
V
L
 
L
V
 
V
D
 
D
A
 
A
G
 
G
F
 
F
N
 
N
D
 
D
L
 
L
M
 
M
R
 
R
P
 
P
A
 
A
M
 
M
Y
 
Y
G
 
G
S
 
S
Y
 
Y
H
 
H
H
 
H
I
 
I
S
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
D
 
D
G
 
G
R
 
R
S
 
S
L
 
L
E
 
E
H
 
H
A
 
A
P
 
P
T
 
T
V
 
V
E
 
E
T
 
T
V
 
V
V
 
V
A
 
A
G
 
G
P
 
P
L
 
L
C
 
C
E
 
E
S
 
S
G
 
G
D
 
D
V
 
V
F
 
F
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
G
 
G
N
 
N
V
 
V
E
 
E
T
 
T
R
 
R
A
 
A
L
 
L
P
 
P
E
 
E
V
 
V
K
 
K
A
 
A
G
 
G
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
L
 
L
H
 
H
D
 
D
T
 
T
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
A
 
A
S
 
S
M
 
M
S
 
S
S
 
S
N
 
N
Y
 
Y
N
 
N
S
 
S
R
 
R
P
 
P
L
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
E
V
 
V
L
 
L
F
 
F
D
 
D
N
 
N
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
R
 
R
L
 
L
I
 
I
R
 
R
R
 
R
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
I
 
I
E
 
E
E
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
L
 
L
L
 
L

B4XMC6 Diaminopimelate decarboxylase; DAP decarboxylase; DAPDC; EC 4.1.1.20 from Helicobacter pylori (Campylobacter pylori) (see paper)
31% identity, 93% coverage: 27:418/420 of query aligns to 14:398/405 of B4XMC6

query
sites
B4XMC6
P
 
P
V
 
F
W
 
Y
V
 
L
Y
 
Y
D
 
D
A
 
F
Q
 
D
I
 
K
I
 
I
R
 
K
R
 
Q
Q
 
A
I
 
F
A
 
L
A
 
N
L
 
Y
K
 
K
Q
 
E
F
 
A
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
R
-
 
K
D
 
S
V
 
L
V
 
I
R
 
C
F
 
Y
A
 
A
Q
 
L
K
|
K
A
 
A
C
 
N
S
 
S
N
 
N
I
 
L
H
 
S
I
 
I
L
 
L
R
 
S
L
 
L
M
 
L
R
 
A
E
 
H
Q
 
L
G
 
E
V
 
S
K
 
G
V
 
A
D
 
D
S
 
C
V
 
V
S
 
S
L
 
I
G
 
G
E
 
E
I
 
I
E
 
Q
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
K
A
 
A
G
 
G
Y
 
I
N
 
K
P
 
P
Q
 
Y
T
 
R
H
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
-
I
 
I
V
 
V
F
 
F
T
 
S
A
 
G
D
 
-
V
 
-
I
 
V
D
 
G
Q
 
K
A
 
S
T
 
A
L
 
F
E
 
E
R
 
I
V
 
E
S
 
Q
E
 
A
L
 
L
Q
 
K
I
 
L
P
 
N
V
 
I
N
 
L
A
 
F
G
 
L
S
 
N
V
 
V
D
 
E
M
 
S
L
 
F
D
 
M
Q
 
E
L
 
L
G
 
K
Q
 
T
V
 
I
S
 
E
P
 
T
-
 
I
-
 
A
-
 
Q
-
 
S
-
 
L
-
 
G
-
 
I
G
 
K
H
 
A
R
 
R
V
 
I
W
 
S
L
 
I
R
 
R
V
 
I
N
 
N
P
 
P
G
 
N
F
 
I
G
 
D
H
 
A
G
 
K
H
 
T
S
 
H
Q
 
P
K
 
Y
T
x
I
N
 
S
T
 
T
G
 
G
G
 
L
E
 
K
N
 
E
S
 
N
K
 
K
H
 
F
G
 
G
I
 
V
W
 
G
Y
 
E
T
 
K
D
 
E
-
 
A
L
 
L
P
 
E
A
 
M
A
 
F
L
 
L
D
 
W
V
 
A
I
 
K
Q
 
K
R
 
S
H
 
A
H
 
F
L
 
L
Q
 
E
L
 
P
V
 
V
G
 
S
I
 
V
H
 
H
M
 
F
H
 
H
I
 
I
G
 
G
S
 
S
G
 
Q
V
 
L
-
 
L
-
 
D
-
 
L
-
 
E
D
 
P
Y
 
I
A
 
I
H
 
E
L
 
A
E
 
S
Q
 
Q
V
 
K
C
 
V
G
 
A
A
 
K
M
 
I
V
 
A
R
 
K
Q
 
S
V
 
L
I
 
I
E
 
A
F
 
L
G
 
G
Q
 
I
D
 
D
L
 
L
Q
 
R
A
 
F
I
 
F
S
 
D
A
 
V
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
I
S
 
G
V
 
V
P
 
S
Y
 
Y
Q
 
E
Q
 
N
G
 
E
E
 
E
E
 
T
A
 
I
V
 
K
D
 
L
T
 
Y
E
 
D
H
 
Y
Y
 
A
Y
 
Q
G
 
G
L
 
I
W
 
L
N
 
N
A
 
A
A
 
L
R
 
Q
E
 
-
Q
 
-
I
 
-
A
 
-
R
 
-
H
 
-
L
 
-
G
 
G
H
 
L
P
 
D
V
 
L
K
 
T
L
 
I
E
 
I
I
 
C
E
|
E
P
|
P
G
|
G
R
|
R
F
 
S
L
 
I
V
 
V
A
 
A
Q
 
E
S
 
S
G
 
G
V
 
E
L
 
L
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
V
 
V
R
 
L
S
 
Y
V
 
E
K
 
K
Q
 
K
M
 
A
G
 
Q
S
 
N
R
 
K
H
 
R
F
 
F
V
 
V
L
 
I
V
 
V
D
 
D
A
 
A
G
 
G
F
 
M
N
 
N
D
 
D
L
 
F
M
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
S
M
 
L
Y
 
Y
G
 
H
S
 
A
Y
 
K
H
 
H
H
 
A
I
 
I
S
 
R
A
 
V
L
 
I
A
 
T
-
 
P
A
 
S
D
 
K
G
 
G
R
 
R
S
 
E
L
 
I
E
 
S
H
 
P
A
 
C
P
 
D
T
 
V
V
 
V
E
 
-
T
 
-
V
 
-
V
 
-
A
 
-
G
 
G
P
 
P
L
 
V
C
 
C
E
 
E
S
 
S
G
 
S
D
 
D
V
 
T
F
 
F
T
 
-
Q
 
-
Q
 
-
E
 
-
G
 
-
G
 
-
N
 
-
V
 
L
E
 
K
T
 
D
R
 
A
A
 
H
L
 
L
P
 
P
E
 
E
V
 
L
K
 
E
A
 
P
G
 
G
D
 
D
Y
 
K
L
 
I
V
 
A
L
 
I
H
 
E
D
 
K
T
 
V
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
A
 
S
S
 
S
M
 
M
S
 
A
S
 
S
N
 
Q
Y
 
Y
N
 
N
S
 
S
R
 
R
P
 
P
L
 
K
L
 
L
P
 
L
E
 
E
V
 
L
L
 
A
F
 
L
D
 
E
N
 
D
G
 
H
Q
 
K
A
 
I
R
 
R
L
 
V
I
 
I
R
 
R
R
 
K
R
 
R
Q
 
E
T
 
A
I
 
L
E
 
E
E
 
D
L
 
L
L
 
W
A
 
R
L
 
L
E
 
E

4xg1B Psychromonas ingrahamii diaminopimelate decarboxylase with llp
31% identity, 93% coverage: 25:414/420 of query aligns to 26:409/418 of 4xg1B

query
sites
4xg1B
G
 
G
C
 
T
P
 
P
V
 
A
W
 
Y
V
 
I
Y
 
Y
D
 
S
A
 
R
Q
x
A
I
 
T
I
 
I
R
x
E
R
 
R
-
 
H
-
 
W
-
 
Q
-
 
A
-
 
F
Q
 
D
I
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
G
K
 
K
Q
 
H
F
 
P
D
 
H
V
 
L
V
 
I
R
 
C
F
 
Y
A
 
A
Q
 
V
K
|
K
A
 
A
C
 
N
S
 
S
N
 
N
I
 
L
H
 
A
I
 
V
L
 
L
R
 
N
L
 
L
M
 
M
R
 
A
E
 
R
Q
 
M
G
 
G
V
 
S
K
 
G
V
 
F
D
|
D
S
 
I
V
 
V
S
 
S
L
 
V
G
 
G
E
 
E
I
 
L
E
 
M
R
 
R
A
 
V
L
 
I
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
Y
 
G
N
 
D
P
 
P
Q
 
K
T
 
K
H
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
-
I
 
I
V
 
V
F
 
F
T
 
S
A
 
G
D
 
-
V
 
-
I
 
V
D
 
G
Q
 
K
A
 
T
T
 
E
L
 
I
E
 
E
R
 
I
V
 
S
S
 
A
E
 
A
L
 
L
Q
 
Q
I
 
A
P
 
N
V
 
I
N
 
M
A
 
C
G
 
F
S
 
N
V
 
V
D
 
E
M
 
S
L
 
I
D
 
S
Q
 
E
L
 
L
G
 
Y
Q
 
R
V
 
I
S
 
N
P
 
S
G
 
V
H
 
A
R
 
K
-
 
A
-
 
L
-
 
N
-
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
P
V
 
I
W
 
S
L
 
I
R
 
R
V
 
I
N
 
N
P
 
P
G
 
N
F
 
I
G
 
D
H
 
A
G
 
G
H
 
T
S
 
H
Q
 
P
K
 
Y
T
 
I
N
 
S
T
 
T
G
 
G
G
 
L
E
 
K
N
 
E
S
 
N
K
 
K
H
 
F
G
 
G
I
 
I
W
 
-
Y
 
-
T
 
-
D
 
E
L
 
I
P
 
E
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
V
I
 
Y
Q
 
K
-
 
I
-
 
A
-
 
S
-
 
D
R
 
L
H
 
E
H
 
F
L
 
L
Q
 
E
L
 
I
V
 
K
G
 
G
I
 
V
H
 
D
M
 
C
H
|
H
I
 
I
G
 
G
S
|
S
G
 
Q
V
 
L
D
 
T
-
x
E
-
x
I
-
x
A
-
 
P
Y
 
F
A
 
I
H
 
E
L
 
A
E
 
L
Q
 
D
V
 
K
C
 
L
G
 
L
A
 
I
M
 
L
V
 
I
R
 
D
Q
 
L
V
 
L
I
 
A
E
 
E
F
 
K
G
 
G
Q
 
I
D
 
T
L
 
I
Q
 
S
A
 
H
I
 
L
S
 
D
A
 
L
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
L
S
 
G
V
 
V
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
D
Q
 
D
G
 
E
E
 
T
E
 
P
A
 
P
V
 
E
D
 
P
T
 
A
E
 
E
H
 
Y
Y
 
M
Y
 
T
G
 
A
L
 
I
W
 
I
N
 
N
A
 
-
A
 
-
R
 
-
E
 
-
Q
 
-
I
 
-
A
 
-
R
 
R
H
 
M
L
 
A
G
 
G
H
 
R
P
 
S
V
 
L
K
 
K
L
 
L
E
 
I
I
 
F
E
|
E
P
 
P
G
|
G
R
|
R
F
 
A
L
 
I
V
 
M
A
 
A
Q
 
N
S
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
L
I
 
V
T
 
T
Q
 
K
V
 
V
R
 
E
S
 
F
V
 
L
K
 
K
Q
 
L
M
 
-
G
 
-
S
 
N
R
 
K
H
 
N
F
 
F
V
 
A
L
 
I
V
 
V
D
 
D
A
 
A
G
 
A
F
 
M
N
 
N
D
 
D
L
 
L
M
 
I
R
|
R
P
 
P
A
 
A
M
 
L
Y
|
Y
G
 
S
S
 
A
Y
 
W
H
 
Q
H
 
N
I
 
I
S
 
I
A
 
P
L
 
L
A
 
N
A
 
T
D
 
D
G
 
Y
R
 
Q
S
 
D
L
 
G
E
 
Q
H
 
D
A
 
R
P
 
P
T
 
V
V
 
R
E
 
S
T
 
Y
V
 
D
V
 
I
A
 
V
G
 
G
P
 
P
L
 
I
C
|
C
E
|
E
S
 
T
G
 
G
D
 
D
V
 
F
F
 
L
T
 
-
Q
 
-
Q
 
-
E
 
-
G
 
-
G
 
G
N
 
K
V
 
E
E
 
R
T
 
Q
R
 
L
A
 
A
L
 
L
P
 
A
E
 
E
V
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
G
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
L
 
I
H
 
R
D
 
S
T
 
T
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
A
 
S
S
 
T
M
 
M
S
 
S
S
 
S
N
 
N
Y
 
Y
N
 
N
S
 
S
R
 
R
P
 
C
L
 
R
L
 
A
P
 
A
E
 
E
V
 
I
L
 
L
F
 
V
D
 
D
N
 
G
G
 
E
Q
 
K
A
 
A
R
 
F
L
 
I
I
 
V
R
 
R
R
 
E
R
 
R
Q
 
E
T
 
E
I
 
L
E
 
K
E
 
D
L
 
L

Q9X1K5 Diaminopimelate decarboxylase; DAP decarboxylase; DAPDC; EC 4.1.1.20 from Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8)
33% identity, 94% coverage: 16:410/420 of query aligns to 2:376/386 of Q9X1K5

query
sites
Q9X1K5
N
 
D
L
 
I
L
 
L
R
 
R
L
 
K
P
 
V
A
 
A
E
 
E
F
 
I
-
 
H
G
 
G
C
 
T
P
 
P
V
 
T
W
 
Y
V
 
V
Y
 
Y
D
 
F
A
 
E
Q
 
E
I
 
T
I
 
L
R
 
R
R
 
K
Q
 
R
I
 
S
A
 
R
A
 
L
L
 
V
K
 
K
Q
 
E
-
 
V
F
 
F
D
 
E
V
 
G
V
 
V
R
 
N
-
 
L
-
 
L
-
 
P
-
 
T
F
 
F
A
 
A
Q
 
V
K
 
K
A
 
A
C
 
N
S
 
N
N
 
N
I
 
P
H
 
V
I
 
L
L
 
L
R
 
K
L
 
I
M
 
L
R
 
R
E
 
E
Q
 
E
G
 
G
V
 
F
K
 
G
V
 
M
D
 
D
S
 
V
V
 
V
S
 
T
L
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
L
E
 
L
R
 
A
A
 
A
L
 
K
A
 
L
A
 
A
G
 
G
Y
 
V
N
 
P
P
 
S
Q
 
H
T
 
T
H
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
-
I
 
V
V
 
V
F
 
W
T
 
N
A
 
G
D
 
N
V
 
G
I
 
K
D
 
S
Q
 
R
A
 
D
T
 
Q
L
 
M
E
 
E
R
 
H
V
 
F
-
 
L
-
 
R
S
 
E
E
 
D
L
 
V
Q
 
R
I
 
I
P
 
-
V
 
V
N
 
N
A
 
V
G
 
D
S
 
S
V
 
F
D
 
E
M
 
E
L
 
M
D
 
E
Q
 
I
L
 
W
G
 
R
Q
 
E
V
 
L
S
 
N
P
 
P
-
 
E
G
 
G
H
 
V
R
 
E
V
 
Y
W
 
F
L
 
I
R
 
R
V
 
V
N
 
N
P
 
P
G
 
E
F
 
V
G
 
D
H
 
A
G
 
K
H
 
T
S
 
H
Q
 
P
K
 
H
T
 
I
N
 
S
T
 
T
G
 
G
G
 
L
E
 
K
N
 
K
S
 
H
K
 
K
H
 
F
G
 
G
I
 
I
W
 
P
Y
 
L
T
 
E
D
 
D
L
 
L
P
 
D
A
 
S
A
 
F
L
 
M
D
 
E
V
 
R
I
 
F
Q
 
R
R
 
S
H
 
M
H
 
N
L
 
I
Q
 
R
L
 
-
V
 
-
G
 
G
I
 
L
H
 
H
M
 
V
H
 
H
I
 
I
G
 
G
S
 
S
G
 
Q
V
 
I
D
 
T
Y
 
R
A
 
V
H
 
E
-
 
P
L
 
F
E
 
V
Q
 
E
V
 
A
C
 
F
G
 
S
A
 
K
M
 
V
V
 
V
R
 
R
Q
 
A
V
 
S
I
 
E
E
 
R
F
 
Y
G
 
G
Q
 
-
D
 
-
L
 
F
Q
 
E
A
 
E
I
 
I
S
 
N
A
 
I
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
W
S
 
G
V
 
I
P
 
N
Y
 
Y
Q
 
S
Q
 
-
G
 
G
E
 
E
E
 
E
A
 
-
V
 
L
D
 
D
T
 
L
E
 
S
H
 
S
Y
 
Y
Y
 
-
G
 
-
L
 
-
W
 
-
N
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
R
E
 
E
Q
 
K
I
 
V
A
 
V
R
 
P
H
 
D
L
 
L
G
 
K
H
 
R
P
 
F
V
 
K
K
 
R
L
 
V
E
 
I
I
 
V
E
|
E
P
x
I
G
|
G
R
|
R
F
 
Y
L
 
I
V
 
V
A
 
A
Q
 
P
S
 
S
G
 
G
V
 
Y
L
 
L
I
 
L
T
 
L
Q
 
R
V
 
V
R
 
V
S
 
L
V
 
V
K
 
K
Q
 
R
M
 
R
G
 
H
S
 
N
R
 
K
H
 
A
F
 
F
V
 
V
L
 
V
V
 
V
D
 
D
A
 
G
G
 
G
F
 
M
N
 
N
D
 
V
L
 
L
M
 
I
R
 
R
P
 
P
A
 
A
M
 
L
Y
 
Y
G
 
S
S
 
A
Y
 
Y
H
 
H
H
 
R
I
 
I
S
 
F
A
 
V
L
 
L
A
 
G
A
 
K
D
 
Q
G
 
G
R
 
K
S
 
E
L
 
M
E
 
R
H
 
A
A
 
D
P
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
-
T
 
-
V
 
-
V
 
V
A
 
V
G
 
G
P
 
P
L
 
L
C
 
C
E
 
E
S
 
S
G
 
G
D
 
D
V
 
V
F
 
I
T
 
A
Q
 
Y
Q
 
D
E
 
-
G
 
-
G
 
-
N
 
-
V
 
-
E
 
-
T
 
-
R
 
R
A
 
E
L
 
L
P
 
P
E
 
E
V
 
V
K
 
E
A
 
P
G
 
G
D
 
D
Y
 
I
L
 
I
V
 
A
L
 
V
H
 
E
D
 
N
T
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
A
 
Y
S
 
T
M
 
M
S
 
S
S
 
N
N
 
N
Y
 
Y
N
 
N
S
 
S
R
 
T
P
 
T
L
 
R
L
 
P
P
 
A
E
 
E
V
 
V
L
 
L
F
 
V
-
 
R
D
 
E
N
 
N
G
 
G
Q
 
R
A
 
I
R
 
S
L
 
L
I
 
I
R
 
R
R
 
R
R
 
R
Q
 
E
T
 
T

2yxxA Crystal structure analysis of diaminopimelate decarboxylate (lysa)
33% identity, 94% coverage: 16:410/420 of query aligns to 1:375/385 of 2yxxA

query
sites
2yxxA
N
 
D
L
 
I
L
 
L
R
 
R
L
 
K
P
 
V
A
 
A
E
 
E
F
 
I
-
 
H
G
 
G
C
 
T
P
 
P
V
 
T
W
 
Y
V
 
V
Y
 
Y
D
 
F
A
 
E
Q
 
E
I
 
T
I
 
L
R
 
R
R
 
K
Q
 
R
I
 
S
A
 
R
A
 
L
L
 
V
K
 
K
Q
 
E
-
 
V
F
 
F
D
 
E
V
 
G
V
 
V
R
 
N
-
 
L
-
 
L
-
 
P
-
 
T
F
 
F
A
 
A
Q
 
V
K
|
K
A
 
A
C
 
N
S
 
N
N
 
N
I
 
P
H
 
V
I
 
L
L
 
L
R
 
K
L
 
I
M
 
L
R
 
R
E
 
E
Q
 
E
G
 
G
V
 
F
K
 
G
V
 
M
D
|
D
S
 
V
V
 
V
S
 
T
L
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
L
E
 
L
R
 
A
A
 
A
L
 
K
A
 
L
A
 
A
G
 
G
Y
 
V
N
 
P
P
 
S
Q
 
H
T
 
T
H
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
-
I
 
V
V
 
V
F
 
W
T
 
N
A
 
G
D
 
N
V
 
G
I
 
K
D
 
S
Q
 
R
A
 
D
T
 
Q
L
 
M
E
 
E
R
 
H
V
 
F
-
 
L
-
 
R
S
 
E
E
 
D
L
 
V
Q
 
R
I
 
I
P
 
-
V
 
V
N
 
N
A
 
V
G
 
D
S
 
S
V
 
F
D
 
E
M
 
E
L
 
M
D
 
E
Q
 
I
L
 
W
G
 
R
Q
 
E
V
 
L
S
 
N
P
 
P
-
 
E
G
 
G
H
 
V
R
 
E
V
 
Y
W
 
F
L
 
I
R
 
R
V
 
V
N
 
N
P
 
P
G
 
E
F
 
V
G
 
D
H
 
A
G
 
K
H
 
T
S
 
H
Q
 
P
K
 
H
T
 
I
N
 
S
T
 
T
G
 
G
G
 
L
E
 
K
N
 
K
S
 
H
K
 
K
H
 
F
G
 
G
I
 
I
W
 
P
Y
 
L
T
 
E
D
 
D
L
 
L
P
 
D
A
 
S
A
 
F
L
 
M
D
 
E
V
 
R
I
 
F
Q
 
R
R
 
S
H
 
M
H
 
N
L
 
I
Q
 
R
L
 
-
V
 
-
G
 
G
I
 
L
H
 
H
M
 
V
H
|
H
I
 
I
G
 
G
S
|
S
G
 
Q
V
 
I
D
 
T
Y
 
R
A
 
V
H
 
E
-
 
P
L
 
F
E
 
V
Q
 
E
V
 
A
C
 
F
G
 
S
A
 
K
M
 
V
V
 
V
R
 
R
Q
 
A
V
 
S
I
 
E
E
 
R
F
 
Y
G
 
G
Q
 
-
D
 
-
L
 
F
Q
 
E
A
 
E
I
 
I
S
 
N
A
 
I
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
W
S
 
G
V
 
I
P
 
N
Y
 
Y
Q
 
S
Q
 
-
G
 
G
E
 
E
E
 
E
A
 
-
V
 
L
D
 
D
T
 
L
E
 
S
H
 
S
Y
 
Y
Y
 
-
G
 
-
L
 
-
W
 
-
N
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
R
E
 
E
Q
 
K
I
 
V
A
 
V
R
 
P
H
 
D
L
 
L
G
 
K
H
 
R
P
 
F
V
 
K
K
 
R
L
 
V
E
 
I
I
 
V
E
|
E
P
 
I
G
|
G
R
|
R
F
 
Y
L
 
I
V
 
V
A
 
A
Q
 
P
S
 
S
G
 
G
V
 
Y
L
 
L
I
 
L
T
 
L
Q
 
R
V
 
V
R
 
V
S
 
L
V
 
V
K
 
K
Q
 
R
M
 
R
G
 
H
S
 
N
R
 
K
H
 
A
F
 
F
V
 
V
L
 
V
V
 
V
D
 
D
A
 
G
G
 
G
F
 
M
N
 
N
D
 
V
L
 
L
M
 
I
R
 
R
P
 
P
A
 
A
M
 
L
Y
 
Y
G
 
S
S
 
A
Y
 
Y
H
 
H
H
 
R
I
 
I
S
 
F
A
 
V
L
 
L
A
 
G
A
 
K
D
 
Q
G
 
G
R
 
K
S
 
E
L
 
M
E
 
R
H
 
A
A
 
D
P
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
-
T
 
-
V
 
-
V
 
V
A
 
V
G
 
G
P
 
P
L
 
L
C
 
C
E
 
E
S
 
S
G
 
G
D
 
D
V
 
V
F
 
I
T
 
A
Q
 
Y
Q
 
D
E
 
-
G
 
-
G
 
-
N
 
-
V
 
-
E
 
-
T
 
-
R
 
R
A
 
E
L
 
L
P
 
P
E
 
E
V
 
V
K
 
E
A
 
P
G
 
G
D
 
D
Y
 
I
L
 
I
V
 
A
L
 
V
H
 
E
D
 
N
T
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
A
 
Y
S
 
T
M
 
M
S
 
S
S
 
N
N
 
N
Y
 
Y
N
 
N
S
 
S
R
 
T
P
 
T
L
 
R
L
 
P
P
 
A
E
 
E
V
 
V
L
 
L
F
 
V
-
 
R
D
 
E
N
 
N
G
 
G
Q
 
R
A
 
I
R
 
S
L
 
L
I
 
I
R
 
R
R
 
R
R
 
R
Q
 
E
T
 
T

3c5qA Crystal structure of diaminopimelate decarboxylase (i148l mutant) from helicobacter pylori complexed with l-lysine
32% identity, 93% coverage: 27:418/420 of query aligns to 12:390/394 of 3c5qA

query
sites
3c5qA
P
 
P
V
 
F
W
 
Y
V
 
L
Y
 
Y
D
 
D
A
 
F
Q
 
D
I
 
K
I
 
I
R
 
K
R
 
Q
Q
 
A
I
 
F
A
 
L
A
 
N
L
 
Y
K
 
K
Q
 
E
F
 
A
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
R
-
 
K
D
 
S
V
 
L
V
 
I
R
 
C
F
 
Y
A
 
A
Q
 
L
K
|
K
A
 
A
C
 
N
S
 
S
N
 
N
I
 
L
H
 
S
I
 
I
L
 
L
R
 
S
L
 
L
M
 
L
R
 
A
E
 
H
Q
 
L
G
 
E
V
 
S
K
 
G
V
 
A
D
|
D
S
 
C
V
 
V
S
 
S
L
 
I
G
 
G
E
 
E
I
 
I
E
 
Q
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
K
A
 
A
G
 
G
Y
 
I
N
 
K
P
 
P
Q
 
Y
T
 
R
H
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
-
I
 
I
V
 
V
F
 
F
T
 
S
A
 
G
D
 
V
V
 
G
I
 
K
D
 
S
Q
 
A
A
 
F
T
 
E
L
 
I
E
 
E
R
 
Q
V
 
A
S
 
L
E
 
K
L
 
L
Q
 
N
I
 
I
P
 
L
-
 
F
V
 
L
N
 
N
A
 
V
G
 
E
S
 
S
V
 
F
D
 
M
M
 
E
L
 
L
D
 
K
Q
 
T
L
 
I
G
 
E
Q
 
T
V
 
I
S
 
A
P
 
Q
G
 
S
-
 
L
-
 
G
-
 
I
-
 
K
H
 
A
R
 
R
V
 
I
W
 
S
L
 
I
R
 
R
V
 
I
N
 
N
P
 
P
G
 
N
F
 
I
G
 
D
H
 
A
G
 
K
H
 
T
S
 
H
Q
 
P
K
 
Y
T
x
L
N
 
S
T
 
T
G
 
G
G
 
L
E
 
K
N
 
E
S
 
N
K
 
K
H
 
F
G
 
G
I
 
V
W
 
G
Y
 
E
T
 
K
D
 
E
-
 
A
L
 
L
P
 
E
A
 
M
A
 
F
L
 
L
D
 
W
V
 
A
I
 
K
Q
 
K
R
 
S
H
 
A
H
 
F
L
 
L
Q
 
E
L
 
P
V
 
V
G
 
S
I
 
V
H
 
H
M
 
F
H
|
H
I
 
I
G
 
G
S
|
S
G
 
Q
V
 
L
-
 
L
-
 
D
-
 
L
-
 
E
D
 
P
Y
 
I
A
 
I
H
 
E
L
 
A
E
 
S
Q
 
Q
V
 
K
C
 
V
G
 
A
A
 
K
M
 
I
V
 
A
R
 
K
Q
 
S
V
 
L
I
 
I
E
 
A
F
 
L
G
 
G
Q
 
I
D
 
D
L
 
L
Q
 
R
A
 
F
I
 
F
S
 
D
A
 
V
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
I
S
 
G
V
 
V
P
 
S
Y
 
Y
Q
 
E
Q
 
N
G
 
E
E
 
E
E
 
T
A
 
I
V
 
K
D
 
L
T
 
Y
E
 
D
H
 
Y
Y
 
A
Y
 
Q
G
 
G
L
 
I
W
 
L
N
 
N
A
 
A
A
 
L
R
 
Q
E
 
-
Q
 
-
I
 
-
A
 
-
R
 
-
H
 
-
L
 
-
G
 
G
H
 
L
P
 
D
V
 
L
K
 
T
L
 
I
E
 
I
I
 
C
E
|
E
P
|
P
G
|
G
R
|
R
F
 
S
L
 
I
V
 
V
A
 
A
Q
 
E
S
 
S
G
 
G
V
 
E
L
 
L
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
V
 
V
R
 
L
S
 
Y
V
 
E
K
 
K
Q
 
K
M
 
-
G
 
-
S
 
N
R
 
K
H
 
R
F
 
F
V
 
V
L
 
I
V
 
V
D
 
D
A
 
A
G
 
G
F
 
M
N
 
N
D
 
D
L
 
F
M
 
L
R
|
R
P
 
P
A
 
S
M
 
L
Y
|
Y
G
 
H
S
 
A
Y
 
K
H
 
H
H
 
A
I
 
I
S
 
R
A
 
V
L
 
I
A
 
T
A
 
P
D
 
S
G
 
-
R
 
-
S
 
-
L
 
-
E
 
E
H
 
I
A
 
S
P
 
P
T
 
C
V
 
D
E
 
-
T
 
-
V
 
-
V
 
V
A
 
V
G
 
G
P
 
P
L
 
V
C
 
C
E
 
E
S
 
S
G
 
S
D
 
D
V
 
T
F
 
F
T
 
-
Q
 
-
Q
 
-
E
 
-
G
 
-
G
 
-
N
 
-
V
 
L
E
 
K
T
 
D
R
 
A
A
 
H
L
 
L
P
 
P
E
 
E
V
 
L
K
 
E
A
 
P
G
 
G
D
 
D
Y
 
K
L
 
I
V
 
A
L
 
I
H
 
E
D
 
K
T
 
V
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
A
 
S
S
 
S
M
 
M
S
 
A
S
 
S
N
 
Q
Y
 
Y
N
 
N
S
 
S
R
 
R
P
 
P
L
 
K
L
 
L
P
 
L
E
 
E
V
 
L
L
 
A
F
 
L
D
 
E
N
 
D
G
 
-
Q
 
K
A
 
I
R
 
R
L
 
V
I
 
I
R
 
R
R
 
K
R
 
R
Q
 
E
T
 
A
I
 
L
E
 
E
E
 
D
L
 
L
L
 
W
A
 
R
L
 
L
E
 
E

4xg1A Psychromonas ingrahamii diaminopimelate decarboxylase with llp
31% identity, 93% coverage: 25:414/420 of query aligns to 24:384/393 of 4xg1A

query
sites
4xg1A
G
 
G
C
 
T
P
 
P
V
 
A
W
 
Y
V
 
I
Y
 
Y
D
 
S
A
 
R
Q
 
A
I
 
T
I
 
I
R
 
E
R
 
R
Q
 
H
I
 
W
A
 
Q
A
 
A
L
 
F
-
 
D
-
 
S
K
 
K
Q
 
H
F
 
P
D
 
H
V
 
L
V
 
I
R
 
C
F
 
Y
A
 
A
Q
 
V
K
|
K
A
 
A
C
 
N
S
 
S
N
 
N
I
 
L
H
 
A
I
 
V
L
 
L
R
 
N
L
 
L
M
 
M
R
 
A
E
 
R
Q
 
M
G
 
G
V
 
S
K
 
G
V
 
F
D
|
D
S
 
I
V
 
V
S
 
S
L
 
V
G
 
G
E
 
E
I
 
L
E
 
M
R
 
R
A
 
V
L
 
I
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
Y
 
G
N
 
D
P
 
P
Q
 
K
T
 
K
H
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
-
I
 
I
V
 
V
F
 
F
T
x
S
A
 
G
D
 
-
V
 
-
I
 
V
D
 
G
Q
 
K
A
 
T
T
 
E
L
 
I
E
 
E
R
 
I
V
 
S
S
 
A
E
 
A
L
 
L
Q
 
Q
I
 
A
P
 
N
V
 
I
N
 
M
A
 
C
G
 
F
S
 
N
V
 
V
D
 
E
M
x
S
L
x
I
D
 
S
Q
 
E
L
 
L
G
 
Y
Q
 
R
V
 
I
S
 
N
P
 
S
G
 
V
H
 
A
R
 
K
-
 
A
-
 
L
-
 
N
-
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
P
V
 
I
W
 
S
L
 
I
R
 
R
V
 
I
N
 
N
P
 
P
G
 
-
F
 
-
G
 
-
H
 
-
G
 
-
H
 
-
S
 
-
Q
 
-
K
 
-
T
 
-
N
 
-
T
 
-
G
 
-
G
 
-
E
 
-
N
 
-
S
 
N
K
 
K
H
 
F
G
 
G
I
 
I
W
 
-
Y
 
-
T
 
-
D
 
E
L
 
I
P
 
E
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
V
I
 
Y
Q
 
K
-
 
I
-
 
A
-
 
S
-
 
D
R
 
L
H
 
E
H
 
F
L
 
L
Q
 
E
L
 
I
V
 
K
G
 
G
I
 
V
H
 
D
M
 
C
H
|
H
I
 
I
G
 
G
S
|
S
G
 
Q
V
 
L
D
 
T
Y
 
I
A
 
A
H
 
P
L
 
F
E
 
I
Q
 
E
V
 
L
C
 
D
G
 
K
A
 
L
M
 
L
V
 
I
R
 
L
Q
 
I
V
 
D
I
 
L
-
 
L
-
 
A
E
 
E
F
 
K
G
 
G
Q
 
I
D
 
T
L
 
I
Q
 
S
A
 
H
I
 
L
S
 
D
A
 
L
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
L
S
 
G
V
 
V
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
D
Q
 
D
G
 
-
E
 
E
E
 
P
A
 
P
V
 
E
D
 
P
T
 
A
E
 
E
H
 
Y
Y
 
M
Y
 
T
G
 
A
L
 
I
W
 
I
N
 
N
A
 
R
A
 
M
R
 
R
E
 
-
Q
 
-
I
 
-
A
 
-
R
 
-
H
 
-
L
 
-
G
 
-
H
 
-
P
 
-
V
 
L
K
 
K
L
 
L
E
 
I
I
 
F
E
|
E
P
 
P
G
|
G
R
|
R
F
 
A
L
 
I
V
 
M
A
 
A
Q
 
N
S
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
L
I
 
V
T
 
T
Q
 
K
V
 
V
R
 
E
S
 
F
V
 
L
K
 
K
Q
 
L
M
 
N
G
 
D
S
 
Y
R
 
K
H
 
N
F
 
F
V
 
A
L
 
I
V
 
V
D
 
D
A
 
A
G
 
A
F
 
M
N
 
N
D
 
D
L
 
L
M
 
I
R
|
R
P
 
P
A
 
A
M
 
L
Y
|
Y
G
 
S
S
 
A
Y
 
W
H
 
Q
H
 
N
I
 
I
S
 
I
A
 
P
L
 
L
A
 
N
A
 
T
D
 
D
G
 
Y
R
 
Q
S
 
D
L
 
G
E
 
Q
H
 
D
A
 
R
P
 
P
T
 
V
V
 
R
E
 
S
T
 
Y
V
 
D
V
 
I
A
 
V
G
 
G
P
 
P
L
 
I
C
|
C
E
|
E
S
 
T
G
 
G
D
 
D
V
 
F
F
 
L
T
 
-
Q
 
-
Q
 
-
E
 
-
G
 
-
G
 
G
N
 
K
V
 
E
E
 
R
T
 
Q
R
 
L
A
 
A
L
 
L
P
 
A
E
 
E
V
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
G
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
L
 
I
H
 
R
D
 
S
T
 
T
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
A
 
S
S
 
T
M
 
M
S
 
S
S
 
S
N
 
N
Y
 
Y
N
 
N
S
 
S
R
 
R
P
 
C
L
 
R
L
 
A
P
 
A
E
 
E
V
 
I
L
 
L
F
 
V
D
 
D
N
 
G
G
 
E
Q
 
K
A
 
A
R
 
F
L
 
I
I
 
V
R
 
R
R
 
E
R
 
R
Q
 
E
T
 
E
I
 
L
E
 
K
E
 
D
L
 
L

1twiA Crystal structure of diaminopimelate decarboxylase from m. Jannaschii in co-complex with l-lysine (see paper)
31% identity, 96% coverage: 18:420/420 of query aligns to 22:429/434 of 1twiA

query
sites
1twiA
L
 
I
R
 
E
L
 
L
P
 
A
A
 
E
E
 
K
F
 
F
G
 
G
C
 
T
P
 
P
V
 
L
W
 
Y
V
 
V
Y
 
M
D
 
S
A
 
E
Q
 
E
I
 
Q
I
 
I
R
 
K
-
 
I
-
 
N
-
 
Y
-
 
N
R
 
R
Q
 
Y
I
 
I
A
 
E
A
 
A
L
 
F
K
 
K
Q
 
R
F
 
W
D
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
T
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
F
V
 
I
V
 
V
R
 
A
F
 
Y
A
|
A
Q
 
Y
K
|
K
A
 
A
C
 
N
S
 
A
N
 
N
I
 
L
H
 
A
I
 
I
L
 
T
R
 
R
L
 
L
M
 
L
R
 
A
E
 
K
Q
 
L
G
 
G
V
 
C
K
 
G
V
 
A
D
|
D
S
 
V
V
 
V
S
 
S
L
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
L
-
 
Y
-
 
I
-
 
A
-
 
K
-
 
L
-
 
S
-
 
N
-
 
V
-
 
P
E
 
S
R
 
K
A
 
K
L
 
I
A
 
V
A
 
F
G
x
N
Y
 
G
N
 
N
P
 
C
Q
 
K
T
 
T
H
 
K
P
 
E
D
 
E
D
 
I
I
 
I
V
 
M
F
 
G
T
 
I
A
 
E
D
 
A
V
 
N
I
 
I
D
 
R
Q
 
A
A
 
F
T
 
N
L
 
V
E
 
D
R
 
S
V
 
I
S
 
S
E
 
E
L
 
L
Q
 
-
I
 
I
P
 
L
V
 
I
N
 
N
A
 
-
G
 
-
S
 
-
V
 
-
D
 
E
M
 
T
L
 
A
D
 
K
Q
 
E
L
 
L
G
 
G
Q
 
E
V
 
T
S
 
A
P
 
-
G
 
-
H
 
-
R
 
N
V
 
V
W
 
A
L
 
F
R
 
R
V
 
I
N
 
N
P
 
P
G
 
N
F
 
V
G
 
N
H
 
P
G
 
K
H
 
T
S
 
H
Q
 
P
K
 
K
T
 
I
N
 
S
T
 
T
G
 
G
G
 
L
E
 
K
N
 
K
S
 
N
K
 
K
H
 
F
G
 
G
I
 
L
W
 
D
Y
 
V
T
 
E
D
 
S
-
 
G
-
 
I
-
 
A
L
 
M
P
 
K
A
 
A
A
 
I
L
 
K
D
 
M
V
 
A
I
 
L
Q
 
E
R
 
M
H
 
E
H
 
Y
L
 
V
Q
 
N
L
 
V
V
 
V
G
 
G
I
 
V
H
 
H
M
 
C
H
|
H
I
 
I
G
 
G
S
|
S
G
 
Q
V
 
L
D
 
T
-
 
D
-
 
I
Y
 
S
A
 
P
H
 
F
L
 
I
E
 
E
Q
 
E
V
 
T
C
 
R
G
 
K
A
 
V
M
 
M
-
 
D
-
 
F
V
 
V
R
 
V
Q
 
E
V
 
L
I
 
K
E
 
E
F
 
E
G
 
G
Q
 
I
D
 
E
L
 
I
Q
 
E
A
 
D
I
 
V
S
 
N
A
 
L
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
L
S
 
G
V
 
I
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
Y
Q
 
K
G
 
-
E
 
D
E
 
K
A
 
Q
V
 
I
D
 
P
T
 
T
E
 
Q
H
 
K
Y
 
-
Y
 
-
G
 
-
L
 
-
W
 
-
N
 
D
A
 
L
A
 
A
R
 
D
E
 
A
Q
 
I
I
 
I
A
 
N
R
 
T
H
 
M
L
 
L
G
 
K
H
 
Y
P
 
K
V
 
D
K
 
K
L
 
V
E
 
E
-
 
M
-
 
P
-
 
N
-
 
L
-
 
I
I
 
L
E
|
E
P
 
P
G
|
G
R
|
R
F
 
S
L
 
L
V
 
V
A
 
A
Q
 
T
S
 
A
G
 
G
V
 
Y
L
 
L
I
 
L
T
 
G
Q
 
K
V
 
V
R
 
H
S
 
H
V
 
I
K
 
K
Q
 
E
M
 
T
G
 
P
S
 
V
R
 
T
H
 
K
F
 
W
V
 
V
L
 
M
V
 
I
D
 
D
A
 
A
G
 
G
F
 
M
N
 
N
D
 
D
L
 
M
M
 
M
R
|
R
P
 
P
A
 
A
M
 
M
Y
|
Y
G
 
E
S
 
A
Y
 
Y
H
 
H
H
 
H
I
 
I
S
 
I
A
 
N
L
 
C
A
 
K
A
 
V
D
 
K
G
 
N
R
 
E
S
 
K
L
 
-
E
 
-
H
 
-
A
 
-
P
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
E
T
 
V
V
 
V
-
 
S
V
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
G
L
 
L
C
 
C
E
 
E
S
 
S
G
 
S
D
 
D
V
 
V
F
 
F
T
 
G
Q
 
R
Q
 
D
E
 
-
G
 
-
G
 
-
N
 
-
V
 
-
E
 
-
T
 
-
R
 
R
A
 
E
L
 
L
P
 
D
E
 
K
V
 
V
K
 
E
A
 
V
G
 
G
D
 
D
Y
 
V
L
 
L
V
 
A
L
 
I
H
 
F
D
 
D
T
 
V
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
A
 
I
S
 
S
M
 
M
S
 
A
S
 
N
N
 
N
Y
 
Y
N
 
N
S
 
A
R
 
R
P
 
G
L
 
R
L
 
P
P
 
R
E
 
M
V
 
V
L
 
L
F
 
T
D
 
S
N
 
K
G
 
K
Q
 
G
A
 
V
R
 
F
L
 
L
I
 
I
R
 
R
R
 
E
R
 
R
Q
 
E
T
 
T
I
 
Y
E
 
A
E
 
D
L
 
L
L
 
I
A
 
A
L
 
K
E
 
D
L
 
I
L
 
V

Q58497 Diaminopimelate decarboxylase; DAP decarboxylase; DAPDC; EC 4.1.1.20 from Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (Methanococcus jannaschii) (see paper)
31% identity, 96% coverage: 18:420/420 of query aligns to 26:433/438 of Q58497

query
sites
Q58497
L
 
I
R
 
E
L
 
L
P
 
A
A
 
E
E
 
K
F
 
F
G
 
G
C
 
T
P
 
P
V
 
L
W
 
Y
V
 
V
Y
 
M
D
 
S
A
 
E
Q
 
E
I
 
Q
I
 
I
R
 
K
-
 
I
-
 
N
-
 
Y
-
 
N
R
 
R
Q
 
Y
I
 
I
A
 
E
A
 
A
L
 
F
K
 
K
Q
 
R
F
 
W
D
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
T
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
F
V
 
I
V
 
V
R
 
A
F
 
Y
A
 
A
Q
 
Y
K
|
K
A
 
A
C
 
N
S
 
A
N
 
N
I
 
L
H
 
A
I
 
I
L
 
T
R
 
R
L
 
L
M
 
L
R
 
A
E
 
K
Q
 
L
G
 
G
V
 
C
K
 
G
V
 
A
D
 
D
S
 
V
V
 
V
S
 
S
L
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
L
-
 
Y
-
 
I
-
 
A
-
 
K
-
 
L
-
 
S
-
 
N
-
 
V
-
 
P
E
 
S
R
 
K
A
 
K
L
 
I
A
 
V
A
 
F
G
 
N
Y
 
G
N
 
N
P
 
C
Q
 
K
T
 
T
H
 
K
P
 
E
D
 
E
D
 
I
I
 
I
V
 
M
F
 
G
T
 
I
A
 
E
D
 
A
V
 
N
I
 
I
D
 
R
Q
 
A
A
 
F
T
 
N
L
 
V
E
 
D
R
 
S
V
 
I
S
 
S
E
 
E
L
 
L
Q
 
-
I
 
I
P
 
L
V
 
I
N
 
N
A
 
-
G
 
-
S
 
-
V
 
-
D
 
E
M
 
T
L
 
A
D
 
K
Q
 
E
L
 
L
G
 
G
Q
 
E
V
 
T
S
 
A
P
 
-
G
 
-
H
 
-
R
 
N
V
 
V
W
 
A
L
 
F
R
 
R
V
 
I
N
 
N
P
 
P
G
 
N
F
 
V
G
 
N
H
 
P
G
 
K
H
 
T
S
 
H
Q
 
P
K
 
K
T
 
I
N
 
S
T
 
T
G
 
G
G
 
L
E
 
K
N
 
K
S
 
N
K
 
K
H
 
F
G
 
G
I
 
L
W
 
D
Y
 
V
T
 
E
D
 
S
-
 
G
-
 
I
-
 
A
L
 
M
P
 
K
A
 
A
A
 
I
L
 
K
D
 
M
V
 
A
I
 
L
Q
 
E
R
 
M
H
 
E
H
 
Y
L
 
V
Q
 
N
L
 
V
V
 
V
G
 
G
I
 
V
H
 
H
M
 
C
H
 
H
I
 
I
G
 
G
S
|
S
G
 
Q
V
 
L
D
 
T
-
 
D
-
 
I
Y
 
S
A
 
P
H
 
F
L
 
I
E
 
E
Q
 
E
V
 
T
C
 
R
G
 
K
A
 
V
M
 
M
-
 
D
-
 
F
V
 
V
R
 
V
Q
 
E
V
 
L
I
 
K
E
 
E
F
 
E
G
 
G
Q
 
I
D
 
E
L
 
I
Q
 
E
A
 
D
I
 
V
S
 
N
A
 
L
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
L
S
 
G
V
 
I
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
Y
Q
 
K
G
 
-
E
 
D
E
 
K
A
 
Q
V
 
I
D
 
P
T
 
T
E
 
Q
H
 
K
Y
 
-
Y
 
-
G
 
-
L
 
-
W
 
-
N
 
D
A
 
L
A
 
A
R
 
D
E
 
A
Q
 
I
I
 
I
A
 
N
R
 
T
H
 
M
L
 
L
G
 
K
H
 
Y
P
 
K
V
 
D
K
 
K
L
 
V
E
 
E
-
 
M
-
 
P
-
 
N
-
 
L
-
 
I
I
 
L
E
|
E
P
|
P
G
|
G
R
|
R
F
 
S
L
 
L
V
 
V
A
 
A
Q
 
T
S
 
A
G
 
G
V
 
Y
L
 
L
I
 
L
T
 
G
Q
 
K
V
 
V
R
 
H
S
 
H
V
 
I
K
 
K
Q
 
E
M
 
T
G
 
P
S
 
V
R
 
T
H
 
K
F
 
W
V
 
V
L
 
M
V
 
I
D
 
D
A
 
A
G
 
G
F
 
M
N
 
N
D
 
D
L
 
M
M
 
M
R
 
R
P
 
P
A
 
A
M
 
M
Y
 
Y
G
 
E
S
 
A
Y
 
Y
H
 
H
H
 
H
I
 
I
S
 
I
A
 
N
L
 
C
A
 
K
A
 
V
D
 
K
G
 
N
R
 
E
S
 
K
L
 
-
E
 
-
H
 
-
A
 
-
P
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
E
T
 
V
V
 
V
-
 
S
V
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
G
L
 
L
C
 
C
E
 
E
S
 
S
G
 
S
D
 
D
V
 
V
F
 
F
T
 
G
Q
 
R
Q
 
D
E
 
-
G
 
-
G
 
-
N
 
-
V
 
-
E
 
-
T
 
-
R
 
R
A
 
E
L
 
L
P
 
D
E
 
K
V
 
V
K
 
E
A
 
V
G
 
G
D
 
D
Y
 
V
L
 
L
V
 
A
L
 
I
H
 
F
D
 
D
T
 
V
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
A
 
I
S
 
S
M
 
M
S
 
A
S
 
N
N
 
N
Y
 
Y
N
 
N
S
 
A
R
 
R
P
 
G
L
 
R
L
 
P
P
 
R
E
 
M
V
 
V
L
 
L
F
 
T
D
 
S
N
 
K
G
 
K
Q
 
G
A
 
V
R
 
F
L
 
L
I
 
I
R
 
R
R
 
E
R
 
R
Q
 
E
T
 
T
I
 
Y
E
 
A
E
 
D
L
 
L
L
 
I
A
 
A
L
 
K
E
 
D
L
 
I
L
 
V

1tufA Crystal structure of diaminopimelate decarboxylase from m. Jannaschi (see paper)
31% identity, 96% coverage: 18:420/420 of query aligns to 22:429/434 of 1tufA

query
sites
1tufA
L
 
I
R
 
E
L
 
L
P
 
A
A
 
E
E
 
K
F
 
F
G
 
G
C
 
T
P
 
P
V
 
L
W
 
Y
V