SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 17213 b3140 N-acetylgalactosamine-specific enzyme IID component of PTS (NCBI) to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

7dyrZ Cryoem structure of mannose transporter manyz and microcin e492 (mcea) complex (see paper)
35% identity, 99% coverage: 3:263/263 of query aligns to 2:272/274 of 7dyrZ

query
sites
7dyrZ
S
 
K
E
 
K
I
 
L
S
 
T
K
 
Q
K
 
S
D
 
D
I
 
I
T
 
R
R
 
G
L
 
V
G
 
F
F
 
L
R
 
R
S
 
S
S
 
N
L
 
L
L
 
F
Q
|
Q
A
 
G
S
 
S
F
x
W
N
 
N
Y
 
F
E
 
E
R
 
R
M
 
M
Q
|
Q
A
 
A
G
 
L
G
 
G
F
 
F
T
 
C
W
 
F
A
 
S
M
 
M
L
 
V
P
 
P
I
 
A
L
 
I
K
 
R
K
 
R
I
 
L
Y
 
Y
K
 
P
D
 
E
D
 
N
K
 
N
P
 
E
G
 
A
L
 
R
S
 
K
A
 
Q
A
 
A
M
 
I
K
 
R
D
 
R
N
 
H
L
 
L
E
 
E
F
 
F
I
 
F
N
|
N
T
|
T
H
 
Q
P
 
P
N
 
F
L
 
V
V
 
A
G
 
A
F
 
P
L
 
I
M
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
T
I
 
L
S
 
A
M
 
L
E
 
E
E
 
E
K
 
Q
G
 
R
E
 
A
N
 
N
-
 
G
-
 
A
-
 
E
-
 
I
-
 
D
R
 
D
D
 
G
T
 
A
I
 
I
K
 
N
G
 
G
L
 
I
K
 
K
V
 
V
A
 
G
L
 
L
F
 
M
G
 
G
P
 
P
I
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
V
G
 
G
D
|
D
A
 
P
I
 
I
F
 
F
W
|
W
F
 
G
T
 
T
L
 
V
L
 
R
P
 
P
I
 
V
M
 
F
A
 
A
G
 
A
I
 
L
C
 
G
S
 
A
S
 
G
F
 
I
A
 
A
S
 
M
Q
 
S
G
 
G
N
 
S
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
I
 
L
L
 
L
F
 
F
F
 
F
A
 
I
V
 
L
Y
 
F
L
 
N
L
 
L
I
 
V
F
 
-
F
 
-
L
 
-
R
 
R
V
 
L
G
 
A
W
 
T
T
 
R
H
 
Y
V
 
Y
G
 
G
Y
 
V
S
 
A
V
 
Y
G
 
G
V
 
Y
-
 
S
K
 
K
A
 
G
I
 
I
D
 
D
K
 
I
V
 
V
R
 
K
E
 
D
N
 
M
S
 
G
-
 
G
-
 
G
-
 
F
-
 
L
Q
 
Q
M
 
K
I
 
L
A
 
T
R
 
E
S
 
G
A
 
A
T
 
S
I
 
I
L
 
L
G
 
G
I
 
L
T
 
F
V
 
V
I
 
M
G
 
G
G
 
A
L
 
L
I
 
V
A
 
N
S
 
K
Y
 
W
V
 
T
H
 
H
I
 
V
N
 
N
V
 
I
-
 
P
-
 
L
V
 
V
T
 
V
S
 
S
F
 
R
A
 
I
I
 
T
D
 
D
N
 
Q
T
 
T
-
 
G
-
 
K
H
 
E
S
 
H
V
 
V
A
 
T
L
 
T
Q
 
V
Q
 
Q
D
 
T
F
 
I
F
 
L
D
 
D
K
 
Q
V
 
L
F
 
M
P
 
P
N
 
G
I
 
L
L
 
V
P
 
P
M
 
L
A
 
L
Y
 
L
T
 
T
L
 
F
L
 
A
M
 
C
Y
 
M
Y
 
W
F
 
L
L
 
L
R
 
R
V
 
-
K
 
K
K
 
K
A
 
V
H
 
N
P
 
P
V
 
L
L
 
W
L
 
I
I
 
I
G
 
V
V
 
G
T
 
F
F
 
F
V
 
V
L
 
I
S
 
G
I
 
I
V
 
A
C
 
G
S
 
Y
A
 
A
F
 
C
G
 
G
I
 
L
L
 
L

7xnoZ Cryo-em structure of the bacteriocin-receptor-immunity ternary complex from lactobacillus sakei (see paper)
33% identity, 96% coverage: 4:256/263 of query aligns to 4:294/301 of 7xnoZ

query
sites
7xnoZ
E
 
K
I
 
L
S
 
T
K
 
K
K
 
K
D
 
D
I
 
R
T
 
I
R
 
S
L
 
V
G
 
W
F
 
L
R
 
R
S
 
S
S
 
T
L
 
F
L
 
L
Q
|
Q
A
 
G
S
 
S
F
x
W
N
 
N
Y
 
Y
E
 
E
R
 
R
M
 
M
Q
|
Q
A
 
N
G
 
G
G
 
G
F
 
W
T
 
A
W
 
Y
A
 
T
M
 
L
L
 
I
P
 
P
I
 
A
L
 
L
K
 
K
K
 
K
I
 
L
Y
 
Y
K
 
K
D
 
T
D
 
-
K
 
K
P
 
E
G
 
D
L
 
R
S
 
S
A
 
A
A
 
A
M
 
L
K
 
V
D
 
R
N
 
H
L
 
M
E
 
E
F
 
F
I
 
F
N
|
N
T
|
T
H
|
H
P
 
P
N
 
Y
L
 
V
V
 
A
G
 
A
F
 
P
L
 
I
M
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
T
I
 
L
S
 
A
M
 
L
E
 
E
E
 
E
K
 
E
G
 
R
E
 
A
N
 
N
R
 
G
D
 
A
-
 
P
-
 
I
-
 
D
-
 
D
-
 
V
T
 
T
I
 
I
K
 
Q
G
 
G
L
 
V
K
 
K
V
 
V
A
 
G
L
 
M
F
 
M
G
 
G
P
 
P
I
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
G
 
G
D
|
D
A
 
P
I
 
V
F
 
F
W
|
W
F
 
F
T
 
T
L
 
V
L
 
K
P
 
P
I
 
I
M
 
I
A
 
G
G
 
A
I
 
L
C
 
A
S
 
A
S
 
S
F
 
L
A
 
A
S
 
M
Q
 
S
G
 
G
N
 
N
L
 
I
L
 
L
G
 
G
P
 
P
I
 
I
L
 
I
F
 
Y
F
 
F
A
 
V
V
 
A
Y
 
W
L
 
N
L
 
A
I
 
I
F
 
-
F
 
-
L
 
-
R
 
R
V
 
M
G
 
A
W
 
F
T
 
T
H
 
W
V
 
Y
G
 
T
Y
 
Q
S
 
E
V
 
F
G
 
G
V
 
Y
K
 
R
A
 
A
I
 
G
D
 
S
K
 
K
V
 
I
R
 
T
E
 
E
N
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
G
-
 
G
-
 
I
S
 
L
Q
 
Q
M
 
D
I
 
I
A
 
T
R
 
K
S
 
G
A
 
A
T
 
S
I
 
I
L
 
L
G
 
G
I
 
M
T
 
F
V
 
I
I
 
L
G
 
G
G
 
S
L
 
L
I
 
V
A
 
N
S
 
R
Y
 
W
V
 
V
H
 
S
I
 
V
N
 
K
-
 
F
-
 
T
-
 
P
V
 
T
V
 
V
T
 
S
S
 
S
F
 
V
A
 
K
I
 
L
D
 
D
N
 
K
-
 
G
-
 
A
-
 
F
-
 
I
-
 
D
-
 
W
-
 
D
-
 
K
-
 
L
-
 
P
-
 
S
-
 
G
-
 
A
-
 
K
-
 
G
-
 
I
-
 
Q
-
 
S
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
Q
-
 
Q
-
 
A
-
 
Q
-
 
G
-
 
L
-
 
S
-
 
L
-
 
T
T
 
D
H
 
H
S
 
K
V
 
I
A
 
T
L
 
T
Q
 
L
Q
 
Q
D
 
D
F
 
N
F
 
L
D
 
D
K
 
S
V
 
L
F
 
I
P
 
P
N
 
G
I
 
L
L
 
A
P
 
A
M
 
L
A
 
G
Y
 
L
T
 
T
L
 
L
L
 
F
M
 
C
Y
 
M
Y
 
W
F
 
L
L
 
L
R
 
K
V
 
-
K
 
K
K
 
K
A
 
V
H
 
S
P
 
P
V
 
I
L
 
V
L
 
I
I
 
I
G
 
L
V
 
G
T
 
L
F
 
F
V
 
V
L
 
V
S
 
G
I
 
I
V
 
V

7vlxZ Cryo-em structures of listeria monocytogenes man-pts (see paper)
34% identity, 99% coverage: 4:263/263 of query aligns to 1:298/298 of 7vlxZ

query
sites
7vlxZ
E
 
E
I
 
L
S
 
S
K
 
K
K
 
R
D
 
D
I
 
R
T
 
L
R
 
R
L
 
V
G
 
A
F
 
W
R
 
R
S
 
S
S
 
T
L
 
F
L
 
I
Q
|
Q
A
 
G
S
 
S
F
x
W
N
 
N
Y
 
Y
E
 
E
R
 
R
M
 
M
Q
|
Q
A
 
N
G
 
G
G
 
G
F
 
W
T
 
A
W
 
F
A
 
S
M
 
M
L
 
I
P
 
P
I
 
A
L
 
I
K
 
K
K
 
K
I
 
L
Y
 
Y
K
 
K
D
 
T
D
 
-
K
 
K
P
 
E
G
 
D
L
 
R
S
 
S
A
 
S
A
 
A
M
 
L
K
 
K
D
 
R
N
 
H
L
 
L
E
 
E
F
 
F
I
 
F
N
|
N
T
|
T
H
|
H
P
 
P
N
 
Y
L
 
I
V
 
A
G
 
S
F
 
P
L
 
I
M
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
T
I
 
L
S
 
A
M
 
L
E
 
E
E
 
E
K
 
E
G
 
R
E
 
A
N
 
N
R
 
G
D
 
A
-
 
E
-
 
V
-
 
D
-
 
D
-
 
V
T
 
A
I
 
I
K
 
Q
G
 
G
L
 
V
K
 
K
V
 
V
A
 
G
L
 
M
F
 
M
G
 
G
P
 
P
I
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
V
G
 
G
D
|
D
A
 
P
I
 
V
F
 
F
W
 
W
F
 
F
T
 
T
L
 
I
L
 
R
P
 
P
I
 
M
M
 
L
A
 
G
G
 
A
I
 
L
C
 
G
S
 
A
S
 
S
F
 
L
A
 
A
S
 
L
Q
 
S
G
 
G
N
 
N
L
 
I
L
 
L
G
 
G
P
 
P
I
 
I
L
 
L
F
 
F
F
 
F
A
 
V
V
 
A
Y
 
W
L
 
N
L
 
V
I
 
I
F
 
R
F
 
W
L
 
G
R
 
F
V
 
M
G
 
W
W
 
Y
T
 
T
H
 
Q
-
 
E
V
 
F
G
 
G
Y
 
Y
S
 
K
V
 
A
G
 
G
V
 
S
K
 
K
A
 
I
I
 
T
D
 
D
K
 
D
V
 
L
R
 
S
E
 
G
N
 
G
-
 
L
S
 
L
Q
 
Q
M
 
D
I
 
I
A
 
T
R
 
K
S
 
G
A
 
A
T
 
S
I
 
I
L
 
L
G
 
G
I
 
M
T
 
F
V
 
V
I
 
L
G
 
A
G
 
A
L
 
L
I
 
V
A
 
Q
S
 
R
Y
 
W
V
 
V
H
 
N
I
 
I
N
 
Q
V
 
F
V
 
A
T
 
P
S
 
I
F
 
I
A
 
S
-
 
K
-
 
V
-
 
K
-
 
L
-
 
D
-
 
E
-
 
G
-
 
A
-
 
Y
I
 
I
D
 
D
N
 
W
T
 
S
H
 
H
-
 
L
-
 
P
-
 
Q
-
 
G
-
 
A
-
 
Q
-
 
G
-
 
I
S
 
K
V
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
-
 
Q
-
 
Q
-
 
Q
-
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
A
-
 
L
-
 
S
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
V
-
 
T
-
 
T
-
 
L
Q
 
Q
D
 
N
F
 
N
F
 
L
D
 
D
K
 
N
V
 
L
F
 
I
P
 
P
N
 
G
I
 
L
L
 
A
P
 
A
M
 
V
A
 
A
Y
 
L
T
 
T
L
 
F
L
 
L
M
 
C
Y
 
M
Y
 
W
F
 
L
L
 
L
R
 
K
V
 
K
K
 
K
K
 
I
A
 
S
H
 
P
P
 
I
V
 
I
L
 
I
L
 
I
I
 
L
G
 
G
V
 
L
T
 
-
F
 
F
V
 
V
L
 
V
S
 
G
I
 
I
V
 
V
C
 
G
S
 
H
A
 
L
F
 
I
G
 
G
I
 
L
L
 
L

8hfsZ The structure of lcna, lcia, and the man-pts of lactococcus lactis (see paper)
32% identity, 96% coverage: 5:256/263 of query aligns to 4:296/303 of 8hfsZ

query
sites
8hfsZ
I
 
L
S
 
D
K
 
K
K
 
K
D
 
I
I
 
R
T
 
R
R
 
S
L
 
V
G
 
M
F
 
W
R
 
R
S
 
S
S
 
M
L
 
F
L
 
L
Q
 
Q
A
 
G
S
 
S
F
x
W
N
 
N
Y
 
Y
E
 
E
R
 
R
M
 
M
Q
 
Q
A
 
N
G
 
G
G
 
G
F
 
W
T
 
A
W
 
Y
A
 
S
M
 
L
L
 
I
P
 
P
I
 
A
L
 
L
K
 
K
K
 
K
I
 
L
Y
 
Y
K
 
P
D
 
S
D
 
G
K
 
E
P
 
E
G
 
A
L
 
-
S
 
K
A
 
E
A
 
A
M
 
L
K
 
K
D
 
R
N
 
H
L
 
L
E
 
E
F
 
F
I
 
F
N
|
N
T
 
T
H
 
H
P
 
P
N
 
Y
L
 
V
V
 
A
G
 
A
F
 
P
L
 
I
M
 
I
G
 
G
L
 
V
L
 
T
I
 
L
S
 
A
M
 
L
E
 
E
E
 
E
K
 
E
G
 
R
E
 
A
N
 
N
-
 
G
-
 
A
-
 
D
-
 
I
-
 
D
R
 
D
D
 
A
T
 
A
I
 
I
K
 
Q
G
 
G
L
 
V
K
 
K
V
 
V
A
 
G
L
 
M
F
 
M
G
 
G
P
 
P
I
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
G
 
G
D
|
D
A
 
P
I
 
V
F
 
F
W
|
W
F
 
F
T
 
T
L
 
V
L
 
R
P
 
P
I
 
I
M
 
V
A
 
G
G
 
A
I
 
I
C
 
A
S
 
A
S
 
S
F
 
L
A
 
A
S
 
T
Q
 
G
G
 
G
N
 
S
L
 
I
L
 
I
G
 
A
P
 
P
I
 
L
L
 
F
F
 
F
F
 
F
A
 
I
V
 
V
Y
 
W
L
 
N
L
 
A
I
 
I
F
 
R
F
 
I
L
 
A
R
 
F
V
 
L
G
 
W
W
 
Y
T
 
T
H
 
Q
-
 
E
V
 
F
G
 
G
Y
 
Y
S
 
K
V
 
S
G
 
G
V
 
-
K
 
S
A
 
A
I
 
I
D
 
T
K
 
K
V
 
D
R
 
L
E
 
G
N
 
G
S
 
G
-
 
L
-
 
L
Q
 
Q
M
 
T
I
 
V
A
 
T
R
 
K
S
 
G
A
 
A
T
 
S
I
 
I
L
 
L
G
 
G
I
 
M
T
 
F
V
 
V
I
 
L
G
 
G
G
 
V
L
 
L
I
 
I
A
 
Q
S
 
R
Y
 
W
V
 
V
H
 
T
I
 
I
N
 
N
-
 
F
-
 
N
-
 
G
-
 
P
-
 
N
-
 
A
-
 
V
-
 
V
-
 
S
-
 
K
-
 
I
-
 
P
-
 
L
-
 
Q
-
 
K
-
 
G
-
 
A
-
 
Y
-
 
V
-
 
E
-
 
F
-
 
P
-
 
K
-
 
G
-
 
S
-
 
V
-
 
S
-
 
G
-
 
T
-
 
Q
-
 
L
-
 
H
-
 
D
-
 
I
-
 
L
-
 
G
-
 
Q
V
 
V
V
 
G
T
 
N
S
 
K
F
 
L
A
 
S
I
 
L
D
 
D
N
 
P
T
 
T
H
 
K
S
 
-
V
 
V
A
 
T
L
 
Y
Q
 
L
Q
 
Q
D
 
D
F
 
N
F
 
L
D
 
N
K
 
Q
V
 
L
F
 
I
P
 
P
N
 
G
I
 
L
L
 
A
P
 
G
M
 
L
A
 
L
Y
 
I
T
 
T
L
 
L
L
 
L
M
 
C
Y
 
M
Y
 
W
F
 
L
L
 
L
R
 
K
V
 
-
K
 
K
K
 
K
A
 
V
H
 
S
P
 
P
V
 
I
L
 
V
L
 
I
I
 
I
G
 
F
V
 
G
T
 
L
F
 
F
V
 
V
L
 
V
S
 
G
I
 
I
V
 
L

Query Sequence

>17213 b3140 N-acetylgalactosamine-specific enzyme IID component of PTS (NCBI)
MGSEISKKDITRLGFRSSLLQASFNYERMQAGGFTWAMLPILKKIYKDDKPGLSAAMKDN
LEFINTHPNLVGFLMGLLISMEEKGENRDTIKGLKVALFGPIAGIGDAIFWFTLLPIMAG
ICSSFASQGNLLGPILFFAVYLLIFFLRVGWTHVGYSVGVKAIDKVRENSQMIARSATIL
GITVIGGLIASYVHINVVTSFAIDNTHSVALQQDFFDKVFPNILPMAYTLLMYYFLRVKK
AHPVLLIGVTFVLSIVCSAFGIL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory