SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 17498 FitnessBrowser__Keio:17498 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

1ko8A Crystal structure of gluconate kinase (see paper)
100% identity, 98% coverage: 3:174/175 of query aligns to 1:172/172 of 1ko8A

query
sites
1ko8A
T
 
T
T
 
T
N
 
N
H
 
H
D
 
D
H
 
H
H
 
H
I
 
I
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
M
 
M
G
 
G
V
 
V
S
|
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
A
 
A
V
 
V
A
 
A
S
 
S
E
 
E
V
 
V
A
 
A
H
 
H
Q
 
Q
L
 
L
H
 
H
A
 
A
A
 
A
F
 
F
L
 
L
D
 
D
G
 
G
D
 
D
F
 
F
L
 
L
H
 
H
P
 
P
R
 
R
R
 
R
N
 
N
I
 
I
E
 
E
K
 
K
M
 
M
A
 
A
S
 
S
G
 
G
E
 
E
P
 
P
L
 
L
N
 
N
D
 
D
D
 
D
D
 
D
R
 
R
K
 
K
P
 
P
W
 
W
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
N
 
N
D
 
D
A
 
A
A
 
A
F
 
F
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
R
 
R
T
 
T
N
 
N
K
 
K
V
 
V
S
 
S
L
 
L
I
 
I
V
 
V
C
 
C
S
 
S
A
 
A
L
 
L
K
 
K
K
 
K
H
 
H
Y
 
Y
R
 
R
D
 
D
L
 
L
L
 
L
R
 
R
E
 
E
G
 
G
N
 
N
P
 
P
N
 
N
L
 
L
S
 
S
F
 
F
I
 
I
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
G
 
G
D
 
D
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
I
E
 
E
S
 
S
R
 
R
L
|
L
K
 
K
A
 
A
R
 
R
K
 
K
G
 
G
H
 
H
F
 
F
F
 
F
K
 
K
T
 
T
Q
 
Q
M
 
M
L
 
L
V
 
V
T
 
T
Q
 
Q
F
 
F
E
 
E
T
 
T
L
 
L
Q
 
Q
E
 
E
P
 
P
G
 
G
A
 
A
D
 
D
E
 
E
T
 
T
D
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
V
V
 
V
D
 
D
I
 
I
D
 
D
Q
 
Q
P
 
P
L
 
L
E
 
E
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
A
S
 
S
T
 
T
I
 
I
E
 
E
V
 
V
I
 
I
K
 
K
K
 
K
G
 
G

1ko5A Crystal structure of gluconate kinase (see paper)
100% identity, 98% coverage: 3:174/175 of query aligns to 1:172/172 of 1ko5A

query
sites
1ko5A
T
 
T
T
 
T
N
 
N
H
 
H
D
 
D
H
 
H
H
 
H
I
 
I
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
M
 
M
G
 
G
V
 
V
S
|
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
A
 
A
V
 
V
A
 
A
S
 
S
E
 
E
V
 
V
A
 
A
H
 
H
Q
 
Q
L
 
L
H
 
H
A
 
A
A
 
A
F
 
F
L
 
L
D
 
D
G
 
G
D
 
D
F
 
F
L
 
L
H
 
H
P
 
P
R
 
R
R
 
R
N
 
N
I
 
I
E
 
E
K
 
K
M
 
M
A
 
A
S
 
S
G
 
G
E
 
E
P
 
P
L
 
L
N
 
N
D
 
D
D
 
D
D
 
D
R
 
R
K
 
K
P
 
P
W
 
W
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
N
 
N
D
 
D
A
 
A
A
 
A
F
 
F
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
R
 
R
T
 
T
N
 
N
K
 
K
V
 
V
S
 
S
L
 
L
I
 
I
V
 
V
C
 
C
S
 
S
A
 
A
L
 
L
K
 
K
K
 
K
H
 
H
Y
 
Y
R
 
R
D
 
D
L
 
L
L
 
L
R
 
R
E
 
E
G
 
G
N
 
N
P
 
P
N
 
N
L
 
L
S
 
S
F
 
F
I
 
I
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
G
 
G
D
 
D
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
I
E
 
E
S
 
S
R
|
R
L
 
L
K
 
K
A
 
A
R
|
R
K
 
K
G
 
G
H
 
H
F
 
F
F
 
F
K
 
K
T
 
T
Q
 
Q
M
 
M
L
 
L
V
 
V
T
 
T
Q
 
Q
F
 
F
E
 
E
T
 
T
L
 
L
Q
 
Q
E
 
E
P
 
P
G
 
G
A
 
A
D
 
D
E
 
E
T
 
T
D
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
V
V
 
V
D
 
D
I
 
I
D
 
D
Q
 
Q
P
 
P
L
|
L
E
 
E
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
A
S
 
S
T
 
T
I
 
I
E
 
E
V
 
V
I
 
I
K
 
K
K
 
K
G
 
G

1kofA Crystal structure of gluconate kinase (see paper)
100% identity, 98% coverage: 3:173/175 of query aligns to 1:171/171 of 1kofA

query
sites
1kofA
T
 
T
T
 
T
N
 
N
H
 
H
D
 
D
H
 
H
H
 
H
I
 
I
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
M
 
M
G
 
G
V
 
V
S
|
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
A
|
A
V
 
V
A
 
A
S
 
S
E
 
E
V
 
V
A
 
A
H
 
H
Q
 
Q
L
 
L
H
 
H
A
 
A
A
 
A
F
 
F
L
 
L
D
 
D
G
 
G
D
 
D
F
 
F
L
 
L
H
 
H
P
 
P
R
 
R
R
 
R
N
 
N
I
 
I
E
 
E
K
 
K
M
 
M
A
 
A
S
 
S
G
 
G
E
 
E
P
 
P
L
 
L
N
 
N
D
 
D
D
 
D
D
 
D
R
 
R
K
 
K
P
 
P
W
 
W
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
N
 
N
D
 
D
A
 
A
A
 
A
F
 
F
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
R
 
R
T
 
T
N
 
N
K
 
K
V
 
V
S
 
S
L
 
L
I
 
I
V
 
V
C
 
C
S
 
S
A
 
A
L
 
L
K
 
K
K
 
K
H
 
H
Y
 
Y
R
 
R
D
 
D
L
 
L
L
 
L
R
 
R
E
 
E
G
 
G
N
 
N
P
 
P
N
 
N
L
 
L
S
 
S
F
 
F
I
 
I
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
G
 
G
D
 
D
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
I
E
 
E
S
 
S
R
|
R
L
 
L
K
 
K
A
 
A
R
 
R
K
 
K
G
 
G
H
 
H
F
 
F
F
 
F
K
 
K
T
 
T
Q
 
Q
M
 
M
L
 
L
V
 
V
T
 
T
Q
 
Q
F
 
F
E
 
E
T
 
T
L
 
L
Q
 
Q
E
 
E
P
 
P
G
 
G
A
 
A
D
 
D
E
 
E
T
 
T
D
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
V
V
 
V
D
 
D
I
 
I
D
 
D
Q
 
Q
P
 
P
L
|
L
E
 
E
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
A
S
 
S
T
 
T
I
 
I
E
 
E
V
 
V
I
 
I
K
 
K
K
 
K

Query Sequence

>17498 FitnessBrowser__Keio:17498
MSTTNHDHHIYVLMGVSGSGKSAVASEVAHQLHAAFLDGDFLHPRRNIEKMASGEPLNDD
DRKPWLQALNDAAFAMQRTNKVSLIVCSALKKHYRDLLREGNPNLSFIYLKGDFDVIESR
LKARKGHFFKTQMLVTQFETLQEPGADETDVLVVDIDQPLEGVVASTIEVIKKGK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory