SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 17769 FitnessBrowser__Keio:17769 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 1 hits to proteins with known functional sites (download)

Q02DS7 Tryptophan-specific transport protein; Tryptophan permease from Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (see paper)
49% identity, 99% coverage: 3:414/415 of query aligns to 7:416/417 of Q02DS7

query
sites
Q02DS7
D
 
Q
Q
x
T
A
 
P
E
 
S
K
 
R
K
 
R
H
 
P
S
 
S
A
 
L
F
 
L
W
 
G
G
 
G
V
 
S
M
 
M
V
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
T
V
 
A
I
 
V
G
 
G
G
 
A
G
 
G
M
 
M
F
 
F
A
 
S
L
 
L
P
 
P
V
 
I
D
 
A
L
 
M
A
 
S
G
 
G
A
 
I
W
 
W
F
 
F
F
 
G
W
 
W
G
 
S
A
 
V
F
 
A
I
 
V
L
 
F
I
 
L
I
 
L
A
 
T
W
 
W
F
 
F
S
 
C
M
 
M
L
 
L
H
 
L
S
 
S
G
 
G
L
 
M
L
 
M
L
 
I
L
 
L
E
 
E
A
 
A
N
 
N
L
 
L
N
 
N
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
G
 
G
S
 
S
S
 
S
F
 
F
N
 
S
T
 
T
I
 
I
T
 
T
K
 
R
D
 
D
L
 
L
I
 
L
G
 
G
N
 
Q
T
 
G
W
 
W
N
 
N
I
 
V
I
 
V
S
 
N
G
 
G
I
 
L
T
 
S
V
 
I
A
 
A
F
 
F
V
 
V
L
 
L
Y
 
Y
I
 
I
L
 
L
T
 
T
Y
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
A
 
G
N
 
G
G
 
G
A
 
S
I
 
I
I
 
I
S
 
G
E
 
Y
T
 
T
I
 
L
S
 
S
M
 
S
N
 
G
L
 
L
G
 
G
Y
 
V
H
 
T
A
 
L
N
 
P
P
 
E
R
 
K
I
 
L
V
 
A
G
 
G
I
 
L
C
 
L
T
 
F
A
 
A
I
 
L
F
 
A
V
 
V
A
 
A
S
 
L
V
 
V
L
 
V
W
 
W
L
 
W
S
 
S
S
 
T
L
 
R
A
 
A
A
 
V
S
 
D
R
 
R
I
 
I
T
 
T
S
 
T
L
 
L
F
 
M
L
 
L
G
 
G
L
 
G
K
 
M
I
 
I
I
 
I
S
 
T
F
 
F
V
 
G
I
 
L
V
 
S
F
 
I
G
 
S
S
 
G
F
 
L
F
 
L
F
 
G
Q
 
R
V
 
I
D
 
Q
Y
 
P
S
 
A
I
 
I
L
 
L
R
 
F
D
 
N
A
 
S
T
 
G
S
 
E
S
 
P
T
 
D
A
 
A
G
 
-
T
 
-
S
 
V
Y
 
Y
F
 
W
P
 
P
Y
 
Y
I
 
L
F
 
L
M
 
A
A
 
T
L
 
L
P
 
P
V
 
F
C
 
C
L
 
L
A
 
T
S
 
S
F
 
F
G
 
G
F
 
Y
H
 
H
G
 
G
N
 
N
I
 
V
P
 
P
S
 
S
L
 
L
I
 
M
I
 
K
C
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
K
 
K
R
 
D
K
 
P
D
 
Q
K
 
R
L
 
I
I
 
S
K
 
R
S
 
S
V
 
L
V
 
W
F
 
I
G
 
G
S
 
T
L
 
L
L
 
I
A
 
A
L
 
L
V
 
A
I
 
I
Y
 
Y
L
 
L
F
 
L
W
 
W
L
 
Q
Y
 
A
C
 
S
T
 
T
M
 
L
G
 
G
N
 
T
I
 
I
P
 
P
R
 
R
E
 
E
S
 
Q
F
 
F
K
 
K
A
 
G
I
 
I
I
 
I
S
 
A
S
 
G
G
 
G
G
 
S
N
 
N
V
 
V
D
 
G
S
 
T
L
 
L
V
 
V
K
 
E
S
 
Y
F
 
L
L
 
H
G
 
R
T
 
I
K
 
T
Q
 
A
H
 
S
G
 
D
I
 
S
I
 
L
E
 
N
F
 
A
C
 
L
L
 
L
L
 
T
V
 
T
F
 
F
S
 
S
N
 
N
L
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
S
 
S
S
 
S
F
 
F
F
 
L
G
 
G
V
 
V
T
 
T
L
 
L
G
 
G
L
 
L
F
 
F
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
L
F
 
C
K
 
R
I
 
F
D
 
D
N
 
D
S
 
S
H
 
H
G
 
F
G
 
G
R
 
R
F
 
F
K
 
K
T
 
T
V
 
A
L
 
L
L
 
L
T
 
T
F
 
F
L
 
V
P
 
P
P
 
P
A
 
T
L
 
I
L
 
G
Y
 
G
L
 
L
I
 
L
F
 
F
P
 
P
N
 
N
G
 
G
F
 
F
I
 
I
Y
 
Y
G
 
A
I
 
I
G
 
G
G
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
L
C
 
A
A
 
A
T
 
A
I
 
F
W
 
W
A
 
A
V
 
V
I
 
I
I
 
V
P
 
P
A
 
A
V
 
L
L
 
M
A
 
A
I
 
R
K
 
A
A
 
S
R
 
R
K
 
K
K
 
R
F
 
F
P
 
G
N
 
S
Q
 
P
M
 
L
F
 
F
T
 
R
V
 
A
W
 
W
G
 
G
G
 
G
N
 
T
L
 
P
I
 
A
P
 
I
A
 
V
I
 
L
V
 
V
I
 
L
L
 
L
F
 
F
G
 
G
I
 
V
T
 
A
V
 
N
I
 
A
L
 
V
C
 
A
W
 
H
F
 
I
G
 
L
N
 
A
V
 
S
F
 
L
N
 
H
V
 
W
L
 
L
P
 
P
K
 
E
F
 
Y

Query Sequence

>17769 FitnessBrowser__Keio:17769
MTDQAEKKHSAFWGVMVIAGTVIGGGMFALPVDLAGAWFFWGAFILIIAWFSMLHSGLLL
LEANLNYPVGSSFNTITKDLIGNTWNIISGITVAFVLYILTYAYISANGAIISETISMNL
GYHANPRIVGICTAIFVASVLWLSSLAASRITSLFLGLKIISFVIVFGSFFFQVDYSILR
DATSSTAGTSYFPYIFMALPVCLASFGFHGNIPSLIICYGKRKDKLIKSVVFGSLLALVI
YLFWLYCTMGNIPRESFKAIISSGGNVDSLVKSFLGTKQHGIIEFCLLVFSNLAVASSFF
GVTLGLFDYLADLFKIDNSHGGRFKTVLLTFLPPALLYLIFPNGFIYGIGGAGLCATIWA
VIIPAVLAIKARKKFPNQMFTVWGGNLIPAIVILFGITVILCWFGNVFNVLPKFG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory