SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 17804 FitnessBrowser__Keio:17804 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

12asA Asparagine synthetase mutant c51a, c315a complexed with l-asparagine and amp (see paper)
99% identity, 99% coverage: 4:330/330 of query aligns to 1:327/327 of 12asA

query
sites
12asA
A
 
A
Y
 
Y
I
 
I
A
 
A
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
F
 
F
V
 
V
K
 
K
S
 
S
H
 
H
F
 
F
S
 
S
R
 
R
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
E
 
E
R
 
R
L
 
L
G
 
G
L
 
L
I
 
I
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
A
 
A
P
 
P
I
 
I
L
 
L
S
 
S
R
 
R
V
 
V
G
 
G
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Q
 
Q
D
|
D
N
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
C
 
A
E
 
E
K
 
K
A
 
A
V
 
V
Q
 
Q
V
 
V
K
 
K
V
 
V
K
 
K
A
 
A
L
 
L
P
 
P
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
F
 
F
E
 
E
V
 
V
V
 
V
H
 
H
S
|
S
L
 
L
A
|
A
K
 
K
W
 
W
K
|
K
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
H
 
H
D
 
D
F
 
F
S
 
S
A
 
A
G
 
G
E
 
E
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
T
 
T
H
 
H
M
 
M
K
 
K
A
 
A
L
 
L
R
|
R
P
 
P
D
 
D
E
 
E
D
 
D
R
 
R
L
 
L
S
 
S
P
 
P
L
|
L
H
 
H
S
|
S
V
 
V
Y
 
Y
V
|
V
D
 
D
Q
|
Q
W
 
W
D
|
D
W
 
W
E
 
E
R
 
R
V
 
V
M
 
M
G
 
G
D
 
D
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
F
 
F
S
 
S
T
 
T
L
 
L
K
 
K
S
 
S
T
 
T
V
 
V
E
 
E
A
 
A
I
 
I
W
 
W
A
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
K
A
 
A
T
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
V
 
V
S
 
S
E
 
E
E
 
E
F
 
F
G
 
G
L
 
L
A
 
A
P
 
P
F
 
F
L
 
L
P
 
P
D
 
D
Q
 
Q
I
 
I
H
 
H
F
 
F
V
 
V
H
 
H
S
 
S
Q
 
Q
E
 
E
L
 
L
L
 
L
S
 
S
R
 
R
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
L
 
L
D
 
D
A
 
A
K
 
K
G
 
G
R
 
R
E
 
E
R
 
R
A
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
K
D
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
V
F
 
F
L
 
L
V
 
V
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
G
H
 
H
R
 
R
H
 
H
D
 
D
V
 
V
R
 
R
A
 
A
P
 
P
D
 
D
Y
|
Y
D
 
D
D
 
D
W
 
W
S
 
S
T
 
T
P
 
P
S
 
S
E
 
E
L
 
L
G
 
G
H
 
H
A
 
A
G
 
G
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
V
 
V
W
 
W
N
 
N
P
 
P
V
 
V
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
 
A
F
 
F
E
|
E
L
|
L
S
|
S
S
|
S
M
 
M
G
 
G
I
 
I
R
|
R
V
 
V
D
 
D
A
 
A
D
 
D
T
 
T
L
 
L
K
 
K
H
 
H
Q
 
Q
L
 
L
A
 
A
L
 
L
T
 
T
G
 
G
D
 
D
E
 
E
D
 
D
R
 
R
L
 
L
E
 
E
L
 
L
E
 
E
W
 
W
H
 
H
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
R
 
R
G
 
G
E
 
E
M
 
M
P
 
P
Q
 
Q
T
 
T
I
 
I
G
 
G
G
 
G
G
|
G
I
 
I
G
|
G
Q
 
Q
S
 
S
R
|
R
L
 
L
T
 
T
M
 
M
L
 
L
L
 
L
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
P
 
P
H
 
H
I
 
I
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
C
 
A
G
 
G
V
 
V
W
 
W
P
 
P
A
 
A
A
 
A
V
 
V
R
 
R
E
 
E
S
 
S
V
 
V
P
 
P
S
 
S
L
 
L
L
 
L

11asA Asparagine synthetase mutant c51a, c315a complexed with l-asparagine (see paper)
99% identity, 99% coverage: 4:330/330 of query aligns to 1:327/327 of 11asA

query
sites
11asA
A
 
A
Y
 
Y
I
 
I
A
 
A
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
F
 
F
V
 
V
K
 
K
S
 
S
H
 
H
F
 
F
S
 
S
R
 
R
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
E
 
E
R
 
R
L
 
L
G
 
G
L
 
L
I
 
I
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
A
 
A
P
 
P
I
 
I
L
 
L
S
 
S
R
 
R
V
 
V
G
 
G
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Q
 
Q
D
|
D
N
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
C
 
A
E
 
E
K
 
K
A
 
A
V
 
V
Q
 
Q
V
 
V
K
 
K
V
 
V
K
 
K
A
 
A
L
 
L
P
 
P
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
F
 
F
E
 
E
V
 
V
V
 
V
H
 
H
S
 
S
L
 
L
A
|
A
K
 
K
W
 
W
K
 
K
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
H
 
H
D
 
D
F
 
F
S
 
S
A
 
A
G
 
G
E
 
E
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
T
 
T
H
 
H
M
 
M
K
 
K
A
 
A
L
 
L
R
|
R
P
 
P
D
 
D
E
 
E
D
 
D
R
 
R
L
 
L
S
 
S
P
 
P
L
 
L
H
 
H
S
 
S
V
 
V
Y
 
Y
V
 
V
D
 
D
Q
|
Q
W
 
W
D
 
D
W
 
W
E
 
E
R
 
R
V
 
V
M
 
M
G
 
G
D
 
D
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
F
 
F
S
 
S
T
 
T
L
 
L
K
 
K
S
 
S
T
 
T
V
 
V
E
 
E
A
 
A
I
 
I
W
 
W
A
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
K
A
 
A
T
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
V
 
V
S
 
S
E
 
E
E
 
E
F
 
F
G
 
G
L
 
L
A
 
A
P
 
P
F
 
F
L
 
L
P
 
P
D
 
D
Q
 
Q
I
 
I
H
 
H
F
 
F
V
 
V
H
 
H
S
 
S
Q
 
Q
E
 
E
L
 
L
L
 
L
S
 
S
R
 
R
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
L
 
L
D
 
D
A
 
A
K
 
K
G
 
G
R
 
R
E
 
E
R
 
R
A
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
K
D
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
V
F
 
F
L
 
L
V
 
V
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
G
H
 
H
R
 
R
H
 
H
D
 
D
V
 
V
R
 
R
A
 
A
P
 
P
D
 
D
Y
|
Y
D
 
D
D
 
D
W
 
W
S
 
S
T
 
T
P
 
P
S
 
S
E
 
E
L
 
L
G
 
G
H
 
H
A
 
A
G
 
G
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
V
 
V
W
 
W
N
 
N
P
 
P
V
 
V
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
 
A
F
 
F
E
|
E
L
 
L
S
 
S
S
|
S
M
 
M
G
 
G
I
 
I
R
|
R
V
 
V
D
 
D
A
 
A
D
 
D
T
 
T
L
 
L
K
 
K
H
 
H
Q
 
Q
L
 
L
A
 
A
L
 
L
T
 
T
G
 
G
D
 
D
E
 
E
D
 
D
R
 
R
L
 
L
E
 
E
L
 
L
E
 
E
W
 
W
H
 
H
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
R
 
R
G
 
G
E
 
E
M
 
M
P
 
P
Q
 
Q
T
 
T
I
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
R
 
R
L
 
L
T
 
T
M
 
M
L
 
L
L
 
L
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
P
 
P
H
 
H
I
 
I
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
C
 
A
G
 
G
V
 
V
W
 
W
P
 
P
A
 
A
A
 
A
V
 
V
R
 
R
E
 
E
S
 
S
V
 
V
P
 
P
S
 
S
L
 
L
L
 
L

Query Sequence

>17804 FitnessBrowser__Keio:17804
MKTAYIAKQRQISFVKSHFSRQLEERLGLIEVQAPILSRVGDGTQDNLSGCEKAVQVKVK
ALPDAQFEVVHSLAKWKRQTLGQHDFSAGEGLYTHMKALRPDEDRLSPLHSVYVDQWDWE
RVMGDGERQFSTLKSTVEAIWAGIKATEAAVSEEFGLAPFLPDQIHFVHSQELLSRYPDL
DAKGRERAIAKDLGAVFLVGIGGKLSDGHRHDVRAPDYDDWSTPSELGHAGLNGDILVWN
PVLEDAFELSSMGIRVDADTLKHQLALTGDEDRLELEWHQALLRGEMPQTIGGGIGQSRL
TMLLLQLPHIGQVQCGVWPAAVRESVPSLL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory