SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 18322 FitnessBrowser__Keio:18322 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4ptnA Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein in complex with magnesium cation coordinated l-glyceraldehyde (see paper)
59% identity, 94% coverage: 4:286/301 of query aligns to 3:285/298 of 4ptnA

query
sites
4ptnA
F
 
F
S
 
T
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
P
|
P
V
 
V
S
 
S
S
 
T
T
 
I
F
 
F
H
 
T
R
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
Q
L
 
L
D
 
D
K
 
K
K
 
P
A
 
G
M
 
T
R
 
A
E
 
A
V
 
L
A
 
I
D
 
D
F
 
D
L
 
L
I
 
I
N
 
K
K
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
G
 
G
L
 
L
F
 
F
Y
 
F
L
 
L
G
 
G
T
x
S
G
|
G
G
 
G
E
 
E
F
 
F
S
 
S
Q
 
Q
M
 
L
N
 
G
T
 
A
A
 
E
Q
 
E
R
 
R
M
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
A
E
 
R
E
 
F
A
 
A
V
 
I
T
 
D
I
 
H
V
 
V
D
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
T
G
 
G
S
 
G
P
 
T
S
 
N
T
 
A
D
 
R
E
 
E
A
 
T
V
 
I
K
 
E
L
 
L
A
 
S
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
Q
 
Q
A
 
Q
Y
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
G
I
 
I
V
 
V
A
 
V
I
 
I
N
 
N
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
W
 
W
K
 
K
V
 
V
A
 
S
P
 
E
R
 
A
N
 
N
L
 
L
D
 
I
D
 
R
Y
 
Y
Y
 
F
Q
 
E
Q
 
Q
I
 
V
A
 
A
R
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
P
 
P
V
 
V
I
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
F
 
F
P
 
P
D
 
A
L
|
L
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
L
 
L
T
 
T
P
 
P
E
 
A
T
 
L
V
 
V
T
 
K
R
 
T
L
 
L
A
 
A
L
 
D
Q
 
S
N
 
R
E
 
S
N
 
N
I
 
I
V
 
I
G
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
T
 
T
I
 
I
D
 
D
S
 
S
V
 
V
G
 
A
H
 
H
L
 
L
R
 
R
T
 
S
M
 
M
I
 
I
N
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
S
 
G
V
 
A
R
 
H
P
 
P
S
 
H
F
 
F
S
 
T
V
 
V
F
 
L
C
 
C
G
|
G
Y
|
Y
D
 
D
D
 
D
H
 
H
L
 
L
L
 
F
N
 
N
T
 
T
M
 
L
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
G
D
 
D
G
 
G
A
 
A
I
|
I
T
 
S
A
|
A
S
 
S
A
 
G
N
 
N
F
 
F
A
 
A
P
 
P
E
 
Q
L
 
V
S
 
S
V
 
V
G
 
N
I
 
L
Y
 
L
R
 
K
A
 
A
W
 
W
R
 
R
E
 
D
G
 
G
D
 
D
L
 
V
A
 
A
T
 
K
A
 
A
A
 
A
T
 
G
L
 
Y
N
 
H
K
 
Q
K
 
T
L
 
L
L
 
L
Q
 
Q
L
 
I
P
 
P
A
 
Q
I
 
M
Y
 
Y
A
 
Q
L
 
L
E
 
D
T
 
T
P
 
P
F
 
F
V
 
V
S
 
N
L
 
V
I
 
I
K
 
K
Y
 
E
S
 
A
M
 
I
Q
 
V
C
 
L
V
 
C
G
 
G
L
 
R
P
 
P
V
 
V
E
 
S
T
 
T
Y
 
H
C
 
V
L
 
L
P
 
P
P
 
P
I
 
A
L
 
S
E
 
P
A
 
L
S
 
D
E
 
E
E
 
P
A
 
R
K
 
K

4onvA Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein in complex with 2- keto-3-deoxy gluconate
59% identity, 94% coverage: 4:286/301 of query aligns to 3:285/298 of 4onvA

query
sites
4onvA
F
 
F
S
 
T
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
P
|
P
V
 
V
S
 
S
S
 
T
T
 
I
F
 
F
H
 
T
R
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
Q
L
 
L
D
 
D
K
 
K
K
 
P
A
 
G
M
 
T
R
 
A
E
 
A
V
 
L
A
 
I
D
 
D
F
 
D
L
 
L
I
 
I
N
 
K
K
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
G
 
G
L
 
L
F
|
F
Y
 
F
L
 
L
G
|
G
T
x
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
F
 
F
S
 
S
Q
 
Q
M
 
L
N
 
G
T
 
A
A
 
E
Q
 
E
R
 
R
M
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
A
E
 
R
E
 
F
A
 
A
V
 
I
T
 
D
I
 
H
V
 
V
D
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
T
G
 
G
S
 
G
P
 
T
S
 
N
T
 
A
D
 
R
E
 
E
A
 
T
V
 
I
K
 
E
L
 
L
A
 
S
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
Q
 
Q
A
 
Q
Y
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
G
I
 
I
V
 
V
A
 
V
I
 
I
N
 
N
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
W
 
W
K
 
K
V
 
V
A
 
S
P
 
E
R
 
A
N
 
N
L
 
L
D
 
I
D
 
R
Y
 
Y
Y
 
F
Q
 
E
Q
 
Q
I
 
V
A
 
A
R
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
P
 
P
V
 
V
I
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
F
 
F
P
 
P
D
 
A
L
|
L
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
L
 
L
T
 
T
P
 
P
E
 
A
T
 
L
V
 
V
T
 
K
R
 
T
L
 
L
A
 
A
L
 
D
Q
 
S
N
 
R
E
 
S
N
 
N
I
 
I
V
 
I
G
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
T
 
T
I
 
I
D
 
D
S
 
S
V
 
V
G
 
A
H
 
H
L
 
L
R
 
R
T
 
S
M
 
M
I
 
I
N
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
S
 
G
V
 
A
R
 
H
P
 
P
S
 
H
F
 
F
S
 
T
V
 
V
F
 
L
C
 
C
G
|
G
Y
|
Y
D
 
D
D
 
D
H
 
H
L
 
L
L
 
F
N
 
N
T
 
T
M
 
L
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
G
D
 
D
G
 
G
A
 
A
I
|
I
T
x
S
A
 
A
S
 
S
A
 
G
N
 
N
F
 
F
A
 
A
P
 
P
E
 
Q
L
 
V
S
 
S
V
 
V
G
 
N
I
 
L
Y
 
L
R
 
K
A
 
A
W
 
W
R
 
R
E
 
D
G
 
G
D
 
D
L
 
V
A
 
A
T
 
K
A
 
A
A
 
A
T
 
G
L
 
Y
N
 
H
K
 
Q
K
 
T
L
 
L
L
 
L
Q
 
Q
L
 
I
P
 
P
A
 
Q
I
 
M
Y
 
Y
A
 
Q
L
 
L
E
 
D
T
 
T
P
 
P
F
 
F
V
 
V
S
 
N
L
 
V
I
 
I
K
 
K
Y
 
E
S
 
A
M
 
I
Q
 
V
C
 
L
V
 
C
G
 
G
L
 
R
P
 
P
V
 
V
E
 
S
T
 
T
Y
 
H
C
 
V
L
 
L
P
 
P
P
 
P
I
 
A
L
 
S
E
 
P
A
 
L
S
 
D
E
 
E
E
 
P
A
 
R
K
 
K

4oe7D Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
59% identity, 94% coverage: 4:286/301 of query aligns to 3:285/298 of 4oe7D

query
sites
4oe7D
F
 
F
S
 
T
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
P
|
P
V
 
V
S
 
S
S
 
T
T
 
I
F
 
F
H
 
T
R
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
Q
L
 
L
D
 
D
K
 
K
K
 
P
A
 
G
M
 
T
R
 
A
E
 
A
V
 
L
A
 
I
D
 
D
F
 
D
L
 
L
I
 
I
N
 
K
K
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
G
 
G
L
 
L
F
 
F
Y
 
F
L
 
L
G
|
G
T
x
S
G
|
G
G
 
G
E
 
E
F
 
F
S
 
S
Q
 
Q
M
 
L
N
 
G
T
 
A
A
 
E
Q
 
E
R
 
R
M
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
A
E
 
R
E
 
F
A
 
A
V
 
I
T
 
D
I
 
H
V
 
V
D
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
T
G
 
G
S
 
G
P
 
T
S
 
N
T
 
A
D
 
R
E
 
E
A
 
T
V
 
I
K
 
E
L
 
L
A
 
S
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
Q
 
Q
A
 
Q
Y
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
G
I
 
I
V
 
V
A
 
V
I
 
I
N
 
N
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
W
 
W
K
 
K
V
 
V
A
 
S
P
 
E
R
 
A
N
 
N
L
 
L
D
 
I
D
 
R
Y
 
Y
Y
 
F
Q
 
E
Q
 
Q
I
 
V
A
 
A
R
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
P
 
P
V
 
V
I
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
F
|
F
P
 
P
D
 
A
L
|
L
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
L
 
L
T
 
T
P
 
P
E
 
A
T
 
L
V
 
V
T
 
K
R
 
T
L
 
L
A
 
A
L
 
D
Q
 
S
N
 
R
E
 
S
N
 
N
I
 
I
V
 
I
G
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
T
|
T
I
 
I
D
 
D
S
 
S
V
 
V
G
 
A
H
 
H
L
 
L
R
 
R
T
 
S
M
 
M
I
 
I
N
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
S
 
G
V
 
A
R
 
H
P
 
P
S
 
H
F
 
F
S
 
T
V
 
V
F
 
L
C
 
C
G
|
G
Y
 
Y
D
 
D
D
 
D
H
 
H
L
 
L
L
 
F
N
 
N
T
 
T
M
 
L
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
G
D
 
D
G
 
G
A
 
A
I
|
I
T
 
S
A
 
A
S
 
S
A
 
G
N
 
N
F
 
F
A
 
A
P
 
P
E
 
Q
L
 
V
S
 
S
V
 
V
G
 
N
I
 
L
Y
 
L
R
 
K
A
 
A
W
 
W
R
 
R
E
 
D
G
 
G
D
 
D
L
 
V
A
 
A
T
 
K
A
 
A
A
 
A
T
 
G
L
 
Y
N
 
H
K
 
Q
K
 
T
L
 
L
L
 
L
Q
 
Q
L
 
I
P
 
P
A
 
Q
I
 
M
Y
 
Y
A
 
Q
L
 
L
E
 
D
T
 
T
P
 
P
F
 
F
V
 
V
S
 
N
L
 
V
I
 
I
K
 
K
Y
 
E
S
 
A
M
 
I
Q
 
V
C
 
L
V
 
C
G
 
G
L
 
R
P
 
P
V
 
V
E
 
S
T
 
T
Y
 
H
C
 
V
L
 
L
P
 
P
P
 
P
I
 
A
L
 
S
E
 
P
A
 
L
S
 
D
E
 
E
E
 
P
A
 
R
K
 
K

4oe7B Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
59% identity, 94% coverage: 4:286/301 of query aligns to 3:285/298 of 4oe7B

query
sites
4oe7B
F
 
F
S
 
T
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
P
|
P
V
 
V
S
 
S
S
 
T
T
 
I
F
 
F
H
 
T
R
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
Q
L
 
L
D
 
D
K
 
K
K
 
P
A
 
G
M
 
T
R
 
A
E
 
A
V
 
L
A
 
I
D
 
D
F
 
D
L
 
L
I
 
I
N
 
K
K
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
G
 
G
L
 
L
F
 
F
Y
 
F
L
 
L
G
|
G
T
x
S
G
|
G
G
 
G
E
 
E
F
 
F
S
 
S
Q
 
Q
M
 
L
N
 
G
T
 
A
A
 
E
Q
 
E
R
 
R
M
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
A
E
 
R
E
 
F
A
 
A
V
 
I
T
 
D
I
 
H
V
 
V
D
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
T
G
 
G
S
 
G
P
 
T
S
 
N
T
 
A
D
 
R
E
 
E
A
 
T
V
 
I
K
 
E
L
 
L
A
 
S
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
Q
 
Q
A
 
Q
Y
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
G
I
 
I
V
 
V
A
 
V
I
 
I
N
 
N
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
W
 
W
K
 
K
V
 
V
A
 
S
P
 
E
R
 
A
N
 
N
L
 
L
D
 
I
D
 
R
Y
 
Y
Y
 
F
Q
 
E
Q
 
Q
I
 
V
A
 
A
R
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
P
 
P
V
 
V
I
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
F
|
F
P
 
P
D
 
A
L
|
L
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
L
 
L
T
 
T
P
 
P
E
 
A
T
 
L
V
 
V
T
 
K
R
 
T
L
 
L
A
 
A
L
 
D
Q
 
S
N
 
R
E
 
S
N
 
N
I
 
I
V
 
I
G
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
T
|
T
I
 
I
D
 
D
S
 
S
V
 
V
G
 
A
H
 
H
L
 
L
R
 
R
T
 
S
M
 
M
I
 
I
N
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
S
 
G
V
 
A
R
 
H
P
 
P
S
 
H
F
 
F
S
 
T
V
 
V
F
 
L
C
 
C
G
|
G
Y
 
Y
D
 
D
D
 
D
H
 
H
L
 
L
L
 
F
N
 
N
T
 
T
M
 
L
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
G
D
 
D
G
 
G
A
 
A
I
|
I
T
 
S
A
 
A
S
 
S
A
 
G
N
 
N
F
 
F
A
 
A
P
 
P
E
 
Q
L
 
V
S
 
S
V
 
V
G
 
N
I
 
L
Y
 
L
R
 
K
A
 
A
W
 
W
R
 
R
E
 
D
G
 
G
D
 
D
L
 
V
A
 
A
T
 
K
A
 
A
A
 
A
T
 
G
L
 
Y
N
 
H
K
 
Q
K
 
T
L
 
L
L
 
L
Q
 
Q
L
 
I
P
 
P
A
 
Q
I
 
M
Y
 
Y
A
 
Q
L
 
L
E
 
D
T
 
T
P
 
P
F
 
F
V
 
V
S
 
N
L
 
V
I
 
I
K
 
K
Y
 
E
S
 
A
M
 
I
Q
 
V
C
 
L
V
 
C
G
 
G
L
 
R
P
 
P
V
 
V
E
 
S
T
 
T
Y
 
H
C
 
V
L
 
L
P
 
P
P
 
P
I
 
A
L
 
S
E
 
P
A
 
L
S
 
D
E
 
E
E
 
P
A
 
R
K
 
K

4oe7A Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
59% identity, 94% coverage: 4:286/301 of query aligns to 3:285/298 of 4oe7A

query
sites
4oe7A
F
 
F
S
 
T
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
P
|
P
V
 
V
S
 
S
S
 
T
T
 
I
F
 
F
H
 
T
R
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
Q
L
 
L
D
 
D
K
 
K
K
 
P
A
 
G
M
 
T
R
 
A
E
 
A
V
 
L
A
 
I
D
 
D
F
 
D
L
 
L
I
 
I
N
 
K
K
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
G
 
G
L
 
L
F
 
F
Y
 
F
L
 
L
G
|
G
T
x
S
G
|
G
G
 
G
E
 
E
F
 
F
S
 
S
Q
 
Q
M
 
L
N
 
G
T
 
A
A
 
E
Q
 
E
R
 
R
M
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
A
E
 
R
E
 
F
A
 
A
V
 
I
T
 
D
I
 
H
V
 
V
D
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
T
G
 
G
S
 
G
P
 
T
S
 
N
T
 
A
D
 
R
E
 
E
A
 
T
V
 
I
K
 
E
L
 
L
A
 
S
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
Q
 
Q
A
 
Q
Y
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
G
I
 
I
V
 
V
A
 
V
I
 
I
N
 
N
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
W
 
W
K
 
K
V
 
V
A
 
S
P
 
E
R
 
A
N
 
N
L
 
L
D
 
I
D
 
R
Y
 
Y
Y
 
F
Q
 
E
Q
 
Q
I
 
V
A
 
A
R
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
P
 
P
V
 
V
I
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
F
 
F
P
 
P
D
 
A
L
|
L
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
L
 
L
T
 
T
P
 
P
E
 
A
T
 
L
V
 
V
T
 
K
R
 
T
L
 
L
A
 
A
L
 
D
Q
 
S
N
 
R
E
 
S
N
 
N
I
 
I
V
 
I
G
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
T
 
T
I
 
I
D
 
D
S
 
S
V
 
V
G
 
A
H
 
H
L
 
L
R
 
R
T
 
S
M
 
M
I
 
I
N
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
S
 
G
V
 
A
R
 
H
P
 
P
S
 
H
F
 
F
S
 
T
V
 
V
F
 
L
C
 
C
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
D
 
D
H
 
H
L
 
L
L
 
F
N
 
N
T
 
T
M
 
L
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
G
D
 
D
G
 
G
A
 
A
I
|
I
T
 
S
A
 
A
S
 
S
A
 
G
N
 
N
F
 
F
A
 
A
P
 
P
E
 
Q
L
 
V
S
 
S
V
 
V
G
 
N
I
 
L
Y
 
L
R
 
K
A
 
A
W
 
W
R
 
R
E
 
D
G
 
G
D
 
D
L
 
V
A
 
A
T
 
K
A
 
A
A
 
A
T
 
G
L
 
Y
N
 
H
K
 
Q
K
 
T
L
 
L
L
 
L
Q
 
Q
L
 
I
P
 
P
A
 
Q
I
 
M
Y
 
Y
A
 
Q
L
 
L
E
 
D
T
 
T
P
 
P
F
 
F
V
 
V
S
 
N
L
 
V
I
 
I
K
 
K
Y
 
E
S
 
A
M
 
I
Q
 
V
C
 
L
V
 
C
G
 
G
L
 
R
P
 
P
V
 
V
E
 
S
T
 
T
Y
 
H
C
 
V
L
 
L
P
 
P
P
 
P
I
 
A
L
 
S
E
 
P
A
 
L
S
 
D
E
 
E
E
 
P
A
 
R
K
 
K

3nevA Crystal structure of yage, a prophage protein from e. Coli k12 in complex with kdgal (see paper)
59% identity, 94% coverage: 4:286/301 of query aligns to 3:285/298 of 3nevA

query
sites
3nevA
F
 
F
S
 
T
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
P
|
P
V
 
V
S
 
S
S
 
T
T
 
I
F
 
F
H
 
T
R
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
Q
L
 
L
D
 
D
K
 
K
K
 
P
A
 
G
M
 
T
R
 
A
E
 
A
V
 
L
A
 
I
D
 
D
F
 
D
L
 
L
I
 
I
N
 
K
K
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
G
 
G
L
 
L
F
 
F
Y
 
F
L
 
L
G
|
G
T
x
S
G
|
G
G
 
G
E
 
E
F
 
F
S
 
S
Q
 
Q
M
 
L
N
 
G
T
 
A
A
 
E
Q
 
E
R
 
R
M
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
A
E
 
R
E
 
F
A
 
A
V
 
I
T
 
D
I
 
H
V
 
V
D
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
T
G
 
G
S
 
G
P
 
T
S
 
N
T
 
A
D
 
R
E
 
E
A
 
T
V
 
I
K
 
E
L
 
L
A
 
S
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
Q
 
Q
A
 
Q
Y
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
G
I
 
I
V
 
V
A
 
V
I
 
I
N
 
N
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
W
 
W
K
 
K
V
 
V
A
 
S
P
 
E
R
 
A
N
 
N
L
 
L
D
 
I
D
 
R
Y
 
Y
Y
 
F
Q
 
E
Q
 
Q
I
 
V
A
 
A
R
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
P
 
P
V
 
V
I
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
F
|
F
P
 
P
D
 
A
L
|
L
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
L
 
L
T
 
T
P
 
P
E
 
A
T
 
L
V
 
V
T
 
K
R
 
T
L
 
L
A
 
A
L
 
D
Q
 
S
N
 
R
E
 
S
N
 
N
I
 
I
V
 
I
G
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
T
|
T
I
 
I
D
 
D
S
 
S
V
 
V
G
 
A
H
 
H
L
 
L
R
 
R
T
 
S
M
 
M
I
 
I
N
 
H
T
 
T
V
 
V
K
 
K
S
 
G
V
 
A
R
 
H
P
 
P
S
 
H
F
 
F
S
 
T
V
 
V
F
 
L
C
 
C
G
|
G
Y
 
Y
D
 
D
D
 
D
H
 
H
L
 
L
L
 
F
N
 
N
T
 
T
M
 
L
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
G
D
 
D
G
 
G
A
 
A
I
|
I
T
 
S
A
|
A
S
 
S
A
 
G
N
 
N
F
 
F
A
 
A
P
 
P
E
 
Q
L
 
V
S
 
S
V
 
V
G
 
N
I
 
L
Y
 
L
R
 
K
A
 
A
W
 
W
R
 
R
E
 
D
G
 
G
D
 
D
L
 
V
A
 
A
T
 
K
A
 
A
A
 
A
T
 
G
L
 
Y
N
 
H
K
 
Q
K
 
T
L
 
L
L
 
L
Q
 
Q
L
 
I
P
 
P
A
 
Q
I
 
M
Y
 
Y
A
 
Q
L
 
L
E
 
D
T
 
T
P
 
P
F
 
F
V
 
V
S
 
N
L
 
V
I
 
I
K
 
K
Y
 
E
S
 
A
M
 
I
Q
 
V
C
 
L
V
 
C
G
 
G
L
 
R
P
 
P
V
 
V
E
 
S
T
 
T
Y
 
H
C
 
V
L
 
L
P
 
P
P
 
P
I
 
A
L
 
S
E
 
P
A
 
L
S
 
D
E
 
E
E
 
P
A
 
R
K
 
K

1o5kA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase (tm1521) from thermotoga maritima at 1.80 a resolution
30% identity, 98% coverage: 4:299/301 of query aligns to 3:295/295 of 1o5kA

query
sites
1o5kA
F
 
F
S
 
R
G
 
G
I
 
V
I
 
G
P
 
T
P
 
A
V
 
I
S
 
V
S
 
T
T
 
P
F
 
F
H
 
-
R
 
K
D
 
N
G
 
G
T
 
E
L
 
L
D
 
D
K
 
L
K
 
E
A
 
S
M
 
Y
R
 
E
E
 
R
V
 
L
A
 
V
D
 
R
F
 
Y
L
 
Q
I
 
L
N
 
E
K
 
N
G
 
G
V
 
V
D
 
N
G
 
A
L
 
L
F
 
I
Y
 
V
L
 
L
G
 
G
T
|
T
G
 
T
G
 
G
E
 
E
F
 
S
S
 
P
Q
 
T
M
 
V
N
 
N
T
 
E
A
 
D
Q
 
E
R
 
R
M
 
E
A
 
K
L
 
L
A
 
V
E
 
S
E
 
R
A
 
T
V
 
L
T
x
E
I
 
I
V
 
V
D
|
D
G
 
G
R
 
K
V
 
I
P
 
P
V
 
V
L
 
I
I
 
V
G
 
G
V
 
A
G
 
G
S
 
T
P
 
N
S
 
S
T
 
T
D
 
E
E
 
K
A
 
T
V
 
L
K
 
K
L
 
L
A
 
V
Q
 
K
H
 
Q
A
 
A
Q
 
E
A
 
K
Y
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
N
G
 
G
I
 
V
V
 
L
A
 
V
I
 
V
N
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
V
 
P
A
 
T
P
 
Q
R
 
E
N
 
G
L
 
L
D
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
Y
 
Y
Q
 
K
Q
 
Y
I
 
I
A
 
S
R
 
E
S
 
R
V
 
T
T
 
D
L
 
L
P
 
G
V
 
I
I
 
V
L
 
V
Y
|
Y
N
 
N
F
 
V
P
 
P
D
 
G
L
x
R
T
 
T
G
 
G
Q
 
V
D
 
N
L
 
V
T
 
L
P
 
P
E
 
E
T
 
T
V
 
A
T
 
A
R
 
R
L
 
I
A
 
A
L
 
A
Q
 
D
N
 
L
E
 
K
N
 
N
I
 
V
V
 
V
G
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
E
T
 
A
I
 
N
D
 
P
S
 
D
V
 
I
G
 
D
H
 
Q
L
 
I
R
 
D
T
 
R
M
 
T
I
 
V
N
 
S
T
 
L
V
 
T
K
 
K
S
 
Q
V
 
A
R
 
R
P
 
S
S
 
D
F
 
F
S
 
M
V
 
V
F
 
W
C
 
S
G
 
G
Y
 
N
D
 
D
D
 
D
H
 
R
L
 
T
L
 
F
N
 
Y
T
 
L
M
 
L
L
 
C
L
 
A
G
 
G
G
 
G
D
 
D
G
 
G
A
 
V
I
|
I
T
 
S
A
 
V
S
 
V
A
 
S
N
 
N
F
 
V
A
 
A
P
 
P
E
 
K
L
 
Q
S
 
M
V
 
V
G
 
E
I
 
L
Y
 
C
R
 
A
A
 
E
W
 
Y
R
 
F
E
 
S
G
 
G
D
 
N
L
 
L
A
 
E
T
 
K
A
 
S
A
 
R
T
 
E
L
 
V
N
 
H
K
 
R
K
 
K
L
 
L
L
 
R
Q
 
P
L
 
L
P
 
M
A
 
K
I
 
A
Y
 
L
A
 
F
L
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
N
F
 
P
V
 
I
S
 
P
L
 
-
I
 
V
K
 
K
Y
 
A
S
 
A
M
 
L
Q
 
N
C
 
L
V
 
M
G
 
G
L
 
F
P
 
-
V
 
I
E
 
E
T
 
N
Y
 
E
C
 
L
L
 
R
P
 
L
P
 
P
I
 
L
L
 
V
E
 
P
A
 
A
S
 
S
E
 
E
E
 
K
A
 
T
K
 
V
D
 
E
K
 
L
V
 
L
H
 
R
V
 
N
L
 
V
L
 
L
T
 
K
A
 
E
Q
 
S
G
 
G
I
 
L
L
 
L

Q9X1K9 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8) (see paper)
30% identity, 98% coverage: 4:299/301 of query aligns to 2:294/294 of Q9X1K9

query
sites
Q9X1K9
F
 
F
S
 
R
G
 
G
I
 
V
I
 
G
P
 
T
P
 
A
V
 
I
S
 
V
S
 
T
T
 
P
F
 
F
H
 
-
R
 
K
D
 
N
G
 
G
T
 
E
L
 
L
D
 
D
K
 
L
K
 
E
A
 
S
M
 
Y
R
 
E
E
 
R
V
 
L
A
 
V
D
 
R
F
 
Y
L
 
Q
I
 
L
N
 
E
K
 
N
G
 
G
V
 
V
D
 
N
G
 
A
L
 
L
F
 
I
Y
 
V
L
 
L
G
 
G
T
 
T
G
 
T
G
 
G
E
 
E
F
 
S
S
 
P
Q
 
T
M
 
V
N
 
N
T
 
E
A
 
D
Q
 
E
R
 
R
M
 
E
A
 
K
L
 
L
A
 
V
E
 
S
E
 
R
A
 
T
V
 
L
T
 
E
I
 
I
V
 
V
D
 
D
G
 
G
R
 
K
V
 
I
P
 
P
V
 
V
L
 
I
I
 
V
G
 
G
V
 
A
G
 
G
S
 
T
P
 
N
S
 
S
T
 
T
D
 
E
E
 
K
A
 
T
V
 
L
K
 
K
L
 
L
A
 
V
Q
 
K
H
 
Q
A
 
A
Q
 
E
A
 
K
Y
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
N
G
 
G
I
 
V
V
 
L
A
 
V
I
 
V
N
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
W
 
N
K
 
K
V
 
P
A
 
T
P
 
Q
R
 
E
N
 
G
L
 
L
D
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
Y
 
Y
Q
 
K
Q
 
Y
I
 
I
A
 
S
R
 
E
S
 
R
V
 
T
T
 
D
L
 
L
P
 
G
V
 
I
I
 
V
L
 
V
Y
 
Y
N
 
N
F
 
V
P
 
P
D
 
G
L
 
R
T
 
T
G
 
G
Q
 
V
D
 
N
L
 
V
T
 
L
P
 
P
E
 
E
T
 
T
V
 
A
T
 
A
R
 
R
L
 
I
A
 
A
L
 
A
Q
 
D
N
 
L
E
 
K
N
 
N
I
 
V
V
 
V
G
 
G
I
 
I
K
 
K
D
 
E
T
 
A
I
 
N
D
 
P
S
x
D
V
x
I
G
x
D
H
 
Q
L
 
I
R
 
D
T
 
R
M
 
T
I
 
V
N
 
S
T
 
L
V
 
T
K
 
K
S
 
Q
V
 
A
R
 
R
P
 
S
S
 
D
F
 
F
S
 
M
V
 
V
F
 
W
C
 
S
G
 
G
Y
 
N
D
 
D
D
 
D
H
 
R
L
 
T
L
 
F
N
 
Y
T
 
L
M
 
L
L
 
C
L
 
A
G
 
G
G
 
G
D
 
D
G
 
G
A
 
V
I
 
I
T
 
S
A
 
V
S
 
V
A
 
S
N
 
N
F
 
V
A
 
A
P
 
P
E
 
K
L
 
Q
S
 
M
V
 
V
G
 
E
I
 
L
Y
 
C
R
 
A
A
 
E
W
 
Y
R
 
F
E
 
S
G
 
G
D
 
N
L
 
L
A
 
E
T
 
K
A
 
S
A
 
R
T
 
E
L
 
V
N
 
H
K
 
R
K
 
K
L
 
L
L
 
R
Q
 
P
L
 
L
P
 
M
A
 
K
I
 
A
Y
 
L
A
 
F
L
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
N
F
 
P
V
 
I
S
 
P
L
 
-
I
 
V
K
 
K
Y
 
A
S
 
A
M
 
L
Q
 
N
C
 
L
V
 
M
G
 
G
L
 
F
P
 
-
V
 
I
E
 
E
T
 
N
Y
 
E
C
 
L
L
 
R
P
 
L
P
 
P
I
 
L
L
 
V
E
 
P
A
 
A
S
 
S
E
 
E
E
 
K
A
 
T
K
 
V
D
 
E
K
 
L
V
 
L
H
 
R
V
 
N
L
 
V
L
 
L
T
 
K
A
 
E
Q
 
S
G
 
G
I
 
L
L
 
L

4dxvA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with mg and cl ions at 1.80 a resolution
31% identity, 98% coverage: 4:299/301 of query aligns to 2:291/291 of 4dxvA

query
sites
4dxvA
F
 
I
S
 
Q
G
 
G
I
 
S
I
 
I
P
 
V
P
 
A
V
 
I
S
 
V
S
 
T
T
 
P
F
 
M
H
 
L
R
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
G
L
 
V
D
 
D
K
 
W
K
 
K
A
 
S
M
 
L
R
 
E
E
 
K
V
 
L
A
 
V
D
 
E
F
 
W
L
 
H
I
 
I
N
 
E
K
 
Q
G
 
G
V
 
T
D
 
N
G
 
S
L
 
I
F
 
V
Y
 
A
L
 
V
G
 
G
T
|
T
G
 
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
S
 
S
Q
 
T
M
 
L
N
 
S
T
 
M
A
 
E
Q
 
E
R
 
H
M
 
T
A
 
Q
L
 
V
A
 
I
E
 
K
E
 
E
A
 
I
V
 
I
T
 
R
I
 
V
V
 
A
D
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
I
I
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
G
S
 
A
P
 
N
S
 
S
T
 
T
D
 
R
E
 
E
A
 
A
V
 
I
K
 
E
L
 
L
A
 
T
Q
 
K
H
 
A
A
 
A
Q
 
K
A
 
D
Y
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
A
I
 
A
V
 
L
A
 
L
I
 
V
N
x
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
V
 
P
A
 
T
P
 
Q
R
 
E
N
 
G
L
 
L
D
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
Y
 
Y
Q
 
K
Q
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
E
S
 
A
V
 
V
T
 
E
L
 
L
P
 
P
V
 
L
I
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
|
N
F
x
V
P
|
P
D
 
G
L
x
R
T
|
T
G
 
G
Q
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
S
P
 
N
E
 
D
T
 
T
V
 
A
T
 
V
R
 
R
L
 
L
A
 
A
L
 
-
Q
 
E
N
 
I
E
 
P
N
 
N
I
 
I
V
 
V
G
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
T
 
A
I
 
T
D
 
G
S
 
D
V
 
V
G
 
P
H
 
R
L
 
G
R
 
K
T
 
A
M
 
L
I
 
I
N
 
D
T
 
A
V
 
L
K
 
N
S
 
G
V
 
-
R
 
-
P
 
-
S
 
K
F
 
M
S
 
A
V
 
V
F
 
Y
C
 
S
G
 
G
Y
 
D
D
 
D
D
 
E
H
 
T
L
 
A
L
 
W
N
 
E
T
 
L
M
 
M
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
D
 
D
G
 
G
A
 
N
I
|
I
T
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
N
 
N
F
 
I
A
 
A
P
 
P
E
 
K
L
 
A
S
 
M
V
 
S
G
 
E
I
 
V
Y
 
C
R
 
A
A
 
V
W
 
A
R
 
I
E
 
A
G
 
K
D
 
D
L
 
E
A
 
Q
T
 
Q
A
 
A
A
 
K
T
 
T
L
 
L
N
 
N
K
 
N
K
 
K
L
 
I
L
 
A
Q
 
N
L
 
L
P
 
H
A
 
N
I
 
I
Y
 
L
A
 
F
L
 
C
E
 
E
T
 
S
P
 
N
F
 
P
V
 
I
S
 
P
L
 
-
I
 
V
K
 
K
Y
 
W
S
 
A
M
 
L
Q
 
H
C
 
E
V
 
M
G
 
G
L
 
L
P
 
-
V
 
I
E
 
D
T
 
T
Y
 
G
C
 
I
L
 
R
P
 
L
P
 
P
I
 
L
L
 
T
E
 
P
A
 
L
S
 
A
E
 
E
E
 
Q
A
 
Y
K
 
R
D
 
E
K
 
P
V
 
L
H
 
R
V
 
N
L
 
A
L
 
L
T
 
K
A
 
D
Q
 
A
G
 
G
I
 
I
L
 
I

3u8gA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with oxalic acid at 1.80 a resolution
31% identity, 98% coverage: 4:299/301 of query aligns to 2:291/291 of 3u8gA

query
sites
3u8gA
F
 
I
S
 
Q
G
 
G
I
 
S
I
 
I
P
 
V
P
x
A
V
 
I
S
 
V
S
 
T
T
 
P
F
 
M
H
 
L
R
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
G
L
 
V
D
 
D
K
 
W
K
 
K
A
 
S
M
 
L
R
 
E
E
 
K
V
 
L
A
 
V
D
 
E
F
 
W
L
 
H
I
 
I
N
 
E
K
 
Q
G
 
G
V
 
T
D
 
N
G
 
S
L
 
I
F
 
V
Y
 
A
L
 
V
G
|
G
T
|
T
G
x
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
S
 
S
Q
 
T
M
 
L
N
 
S
T
 
M
A
 
E
Q
 
E
R
 
H
M
 
T
A
 
Q
L
 
V
A
 
I
E
 
K
E
 
E
A
 
I
V
 
I
T
 
R
I
 
V
V
 
A
D
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
I
I
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
G
S
 
A
P
 
N
S
 
S
T
 
T
D
 
R
E
 
E
A
 
A
V
 
I
K
 
E
L
 
L
A
 
T
Q
 
K
H
 
A
A
 
A
Q
 
K
A
 
D
Y
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
A
I
 
A
V
x
L
A
 
L
I
 
V
N
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
V
 
P
A
 
T
P
 
Q
R
 
E
N
 
G
L
 
L
D
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
Y
 
Y
Q
 
K
Q
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
E
S
 
A
V
 
V
T
 
E
L
 
L
P
 
P
V
 
L
I
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
F
 
V
P
 
P
D
 
G
L
x
R
T
 
T
G
 
G
Q
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
S
P
 
N
E
 
D
T
 
T
V
 
A
T
 
V
R
 
R
L
 
L
A
 
A
L
 
-
Q
 
E
N
 
I
E
 
P
N
 
N
I
 
I
V
 
V
G
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
T
 
A
I
 
T
D
 
G
S
 
D
V
 
V
G
 
P
H
 
R
L
 
G
R
 
K
T
 
A
M
 
L
I
 
I
N
 
D
T
 
A
V
 
L
K
 
N
S
 
G
V
 
-
R
 
-
P
 
-
S
 
K
F
 
M
S
 
A
V
 
V
F
 
Y
C
 
S
G
 
G
Y
 
D
D
 
D
D
 
E
H
 
T
L
 
A
L
 
W
N
 
E
T
 
L
M
 
M
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
D
 
D
G
 
G
A
 
N
I
|
I
T
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
N
 
N
F
 
I
A
 
A
P
 
P
E
 
K
L
 
A
S
 
M
V
 
S
G
 
E
I
 
V
Y
 
C
R
 
A
A
 
V
W
 
A
R
 
I
E
 
A
G
 
K
D
 
D
L
 
E
A
 
Q
T
 
Q
A
 
A
A
 
K
T
 
T
L
 
L
N
 
N
K
 
N
K
 
K
L
 
I
L
 
A
Q
 
N
L
 
L
P
 
H
A
 
N
I
 
I
Y
 
L
A
 
F
L
 
C
E
 
E
T
 
S
P
 
N
F
 
P
V
 
I
S
 
P
L
 
-
I
 
V
K
 
K
Y
 
W
S
 
A
M
 
L
Q
 
H
C
 
E
V
 
M
G
 
G
L
 
L
P
 
-
V
 
I
E
 
D
T
 
T
Y
 
G
C
 
I
L
 
R
P
 
L
P
 
P
I
 
L
L
 
T
E
 
P
A
 
L
S
 
A
E
 
E
E
 
Q
A
 
Y
K
 
R
D
 
E
K
 
P
V
 
L
H
 
R
V
 
N
L
 
A
L
 
L
T
 
K
A
 
D
Q
 
A
G
 
G
I
 
I
L
 
I

3tdfA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 2-ketobutanoic acid at 1.99 a resolution
31% identity, 98% coverage: 4:299/301 of query aligns to 2:291/291 of 3tdfA

query
sites
3tdfA
F
 
I
S
 
Q
G
 
G
I
 
S
I
 
I
P
 
V
P
x
A
V
 
I
S
 
V
S
 
T
T
 
P
F
 
M
H
 
L
R
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
G
L
 
V
D
 
D
K
 
W
K
 
K
A
 
S
M
 
L
R
 
E
E
 
K
V
 
L
A
 
V
D
 
E
F
 
W
L
 
H
I
 
I
N
 
E
K
 
Q
G
 
G
V
 
T
D
 
N
G
 
S
L
 
I
F
 
V
Y
 
A
L
 
V
G
 
G
T
|
T
G
x
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
S
 
S
Q
 
T
M
 
L
N
 
S
T
 
M
A
 
E
Q
 
E
R
 
H
M
 
T
A
 
Q
L
 
V
A
 
I
E
 
K
E
 
E
A
 
I
V
 
I
T
 
R
I
 
V
V
 
A
D
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
I
I
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
G
S
 
A
P
 
N
S
 
S
T
 
T
D
 
R
E
 
E
A
 
A
V
 
I
K
 
E
L
 
L
A
 
T
Q
 
K
H
 
A
A
 
A
Q
 
K
A
 
D
Y
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
A
I
 
A
V
 
L
A
 
L
I
 
V
N
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
V
 
P
A
 
T
P
 
Q
R
 
E
N
 
G
L
 
L
D
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
Y
 
Y
Q
 
K
Q
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
E
S
 
A
V
 
V
T
 
E
L
 
L
P
 
P
V
 
L
I
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
F
 
V
P
 
P
D
 
G
L
x
R
T
 
T
G
 
G
Q
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
S
P
 
N
E
 
D
T
 
T
V
 
A
T
 
V
R
 
R
L
 
L
A
 
A
L
 
-
Q
 
E
N
 
I
E
 
P
N
 
N
I
 
I
V
 
V
G
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
T
 
A
I
 
T
D
 
G
S
 
D
V
 
V
G
 
P
H
 
R
L
 
G
R
 
K
T
 
A
M
 
L
I
 
I
N
 
D
T
 
A
V
 
L
K
 
N
S
 
G
V
 
-
R
 
-
P
 
-
S
 
K
F
 
M
S
 
A
V
 
V
F
 
Y
C
 
S
G
 
G
Y
 
D
D
 
D
D
 
E
H
 
T
L
 
A
L
 
W
N
 
E
T
 
L
M
 
M
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
D
 
D
G
 
G
A
 
N
I
|
I
T
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
N
 
N
F
 
I
A
 
A
P
 
P
E
 
K
L
 
A
S
 
M
V
 
S
G
 
E
I
 
V
Y
 
C
R
 
A
A
 
V
W
 
A
R
 
I
E
 
A
G
 
K
D
 
D
L
 
E
A
 
Q
T
 
Q
A
 
A
A
 
K
T
 
T
L
 
L
N
 
N
K
 
N
K
 
K
L
 
I
L
 
A
Q
 
N
L
 
L
P
 
H
A
 
N
I
 
I
Y
 
L
A
 
F
L
 
C
E
 
E
T
 
S
P
 
N
F
 
P
V
 
I
S
 
P
L
 
-
I
 
V
K
 
K
Y
 
W
S
 
A
M
 
L
Q
 
H
C
 
E
V
 
M
G
 
G
L
 
L
P
 
-
V
 
I
E
 
D
T
 
T
Y
 
G
C
 
I
L
 
R
P
 
L
P
 
P
I
 
L
L
 
T
E
 
P
A
 
L
S
 
A
E
 
E
E
 
Q
A
 
Y
K
 
R
D
 
E
K
 
P
V
 
L
H
 
R
V
 
N
L
 
A
L
 
L
T
 
K
A
 
D
Q
 
A
G
 
G
I
 
I
L
 
I

3tceA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 5-hydroxylysine at 2.6 a resolution
31% identity, 98% coverage: 4:299/301 of query aligns to 2:291/291 of 3tceA

query
sites
3tceA
F
 
I
S
 
Q
G
 
G
I
 
S
I
 
I
P
 
V
P
 
A
V
 
I
S
 
V
S
 
T
T
 
P
F
 
M
H
 
L
R
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
G
L
 
V
D
 
D
K
 
W
K
 
K
A
 
S
M
 
L
R
 
E
E
 
K
V
 
L
A
 
V
D
 
E
F
 
W
L
 
H
I
 
I
N
 
E
K
 
Q
G
 
G
V
 
T
D
 
N
G
 
S
L
 
I
F
 
V
Y
 
A
L
 
V
G
 
G
T
|
T
G
 
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
S
|
S
Q
 
T
M
x
L
N
 
S
T
 
M
A
 
E
Q
 
E
R
x
H
M
 
T
A
 
Q
L
 
V
A
 
I
E
 
K
E
 
E
A
 
I
V
 
I
T
 
R
I
 
V
V
 
A
D
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
I
I
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
G
S
 
A
P
 
N
S
 
S
T
 
T
D
 
R
E
 
E
A
 
A
V
 
I
K
 
E
L
 
L
A
 
T
Q
 
K
H
 
A
A
 
A
Q
 
K
A
 
D
Y
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
A
I
 
A
V
 
L
A
 
L
I
 
V
N
 
T
P
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
V
 
P
A
 
T
P
 
Q
R
 
E
N
 
G
L
 
L
D
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
Y
 
Y
Q
 
K
Q
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
E
S
 
A
V
 
V
T
 
E
L
 
L
P
 
P
V
 
L
I
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
F
 
V
P
 
P
D
 
G
L
x
R
T
 
T
G
 
G
Q
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
S
P
 
N
E
 
D
T
 
T
V
 
A
T
 
V
R
 
R
L
 
L
A
 
A
L
 
-
Q
 
E
N
 
I
E
 
P
N
 
N
I
 
I
V
 
V
G
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
T
 
A
I
 
T
D
 
G
S
 
D
V
 
V
G
 
P
H
 
R
L
 
G
R
 
K
T
 
A
M
 
L
I
 
I
N
 
D
T
 
A
V
 
L
K
 
N
S
 
G
V
 
-
R
 
-
P
 
-
S
 
K
F
 
M
S
 
A
V
 
V
F
 
Y
C
 
S
G
 
G
Y
 
D
D
 
D
D
 
E
H
 
T
L
 
A
L
 
W
N
 
E
T
 
L
M
 
M
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
D
 
D
G
 
G
A
 
N
I
|
I
T
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
N
 
N
F
 
I
A
 
A
P
 
P
E
 
K
L
 
A
S
 
M
V
 
S
G
 
E
I
 
V
Y
 
C
R
 
A
A
 
V
W
 
A
R
 
I
E
 
A
G
 
K
D
 
D
L
 
E
A
 
Q
T
 
Q
A
 
A
A
 
K
T
 
T
L
 
L
N
 
N
K
 
N
K
 
K
L
 
I
L
 
A
Q
 
N
L
 
L
P
 
H
A
 
N
I
 
I
Y
 
L
A
 
F
L
 
C
E
 
E
T
 
S
P
 
N
F
 
P
V
 
I
S
 
P
L
 
-
I
 
V
K
 
K
Y
 
W
S
 
A
M
 
L
Q
 
H
C
 
E
V
 
M
G
 
G
L
 
L
P
 
-
V
 
I
E
 
D
T
 
T
Y
 
G
C
 
I
L
 
R
P
 
L
P
 
P
I
 
L
L
 
T
E
 
P
A
 
L
S
 
A
E
 
E
E
 
Q
A
 
Y
K
 
R
D
 
E
K
 
P
V
 
L
H
 
R
V
 
N
L
 
A
L
 
L
T
 
K
A
 
D
Q
 
A
G
 
G
I
 
I
L
 
I

3rk8A Crystal structure of the chloride inhibited dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with pyruvate at 1.8 a resolution
31% identity, 98% coverage: 4:299/301 of query aligns to 2:291/291 of 3rk8A

query
sites
3rk8A
F
 
I
S
 
Q
G
 
G
I
 
S
I
 
I
P
 
V
P
 
A
V
 
I
S
 
V
S
 
T
T
 
P
F
 
M
H
 
L
R
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
G
L
 
V
D
 
D
K
 
W
K
 
K
A
 
S
M
 
L
R
 
E
E
 
K
V
 
L
A
 
V
D
 
E
F
 
W
L
 
H
I
 
I
N
 
E
K
 
Q
G
 
G
V
 
T
D
 
N
G
 
S
L
 
I
F
 
V
Y
 
A
L
 
V
G
 
G
T
|
T
G
 
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
S
 
S
Q
 
T
M
 
L
N
 
S
T
 
M
A
 
E
Q
 
E
R
 
H
M
 
T
A
 
Q
L
 
V
A
 
I
E
 
K
E
 
E
A
 
I
V
 
I
T
 
R
I
 
V
V
 
A
D
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
I
I
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
G
S
 
A
P
 
N
S
 
S
T
 
T
D
 
R
E
 
E
A
 
A
V
 
I
K
 
E
L
 
L
A
 
T
Q
 
K
H
 
A
A
 
A
Q
 
K
A
 
D
Y
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
A
I
 
A
V
 
L
A
 
L
I
 
V
N
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
V
 
P
A
 
T
P
 
Q
R
 
E
N
 
G
L
 
L
D
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
Y
 
Y
Q
 
K
Q
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
E
S
 
A
V
 
V
T
 
E
L
 
L
P
 
P
V
 
L
I
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
F
 
V
P
 
P
D
 
G
L
x
R
T
 
T
G
 
G
Q
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
S
P
 
N
E
 
D
T
 
T
V
 
A
T
 
V
R
 
R
L
 
L
A
 
A
L
 
-
Q
 
E
N
 
I
E
 
P
N
 
N
I
 
I
V
 
V
G
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
T
 
A
I
 
T
D
 
G
S
 
D
V
 
V
G
 
P
H
 
R
L
 
G
R
 
K
T
 
A
M
 
L
I
 
I
N
 
D
T
 
A
V
 
L
K
 
N
S
 
G
V
 
-
R
 
-
P
 
-
S
 
K
F
 
M
S
 
A
V
 
V
F
 
Y
C
 
S
G
|
G
Y
 
D
D
 
D
D
 
E
H
 
T
L
 
A
L
 
W
N
 
E
T
 
L
M
 
M
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
D
 
D
G
 
G
A
 
N
I
|
I
T
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
N
 
N
F
 
I
A
 
A
P
 
P
E
 
K
L
 
A
S
 
M
V
 
S
G
 
E
I
 
V
Y
 
C
R
 
A
A
 
V
W
 
A
R
 
I
E
 
A
G
 
K
D
 
D
L
 
E
A
 
Q
T
 
Q
A
 
A
A
 
K
T
 
T
L
 
L
N
 
N
K
 
N
K
 
K
L
 
I
L
 
A
Q
 
N
L
 
L
P
 
H
A
 
N
I
 
I
Y
 
L
A
x
F
L
 
C
E
 
E
T
 
S
P
 
N
F
 
P
V
 
I
S
 
P
L
 
-
I
 
V
K
 
K
Y
 
W
S
 
A
M
 
L
Q
 
H
C
 
E
V
 
M
G
 
G
L
 
L
P
 
-
V
 
I
E
 
D
T
 
T
Y
 
G
C
 
I
L
 
R
P
 
L
P
 
P
I
 
L
L
 
T
E
 
P
A
 
L
S
 
A
E
 
E
E
 
Q
A
 
Y
K
 
R
D
 
E
K
 
P
V
 
L
H
 
R
V
 
N
L
 
A
L
 
L
T
 
K
A
 
D
Q
 
A
G
 
G
I
 
I
L
 
I

3pueB Crystal structure of the complex of dhydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with lysine at 2.6a resolution
31% identity, 98% coverage: 4:299/301 of query aligns to 2:291/291 of 3pueB

query
sites
3pueB
F
 
I
S
 
Q
G
 
G
I
 
S
I
 
I
P
 
V
P
 
A
V
 
I
S
 
V
S
 
T
T
 
P
F
 
M
H
 
L
R
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
G
L
 
V
D
 
D
K
 
W
K
 
K
A
 
S
M
 
L
R
 
E
E
 
K
V
 
L
A
 
V
D
 
E
F
 
W
L
 
H
I
 
I
N
 
E
K
 
Q
G
 
G
V
 
T
D
 
N
G
 
S
L
 
I
F
 
V
Y
 
A
L
 
V
G
 
G
T
|
T
G
 
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
S
 
S
Q
 
T
M
 
L
N
 
S
T
 
M
A
 
E
Q
 
E
R
 
H
M
 
T
A
 
Q
L
 
V
A
 
I
E
 
K
E
 
E
A
 
I
V
 
I
T
 
R
I
 
V
V
 
A
D
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
I
I
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
G
S
 
A
P
 
N
S
 
S
T
 
T
D
 
R
E
 
E
A
 
A
V
 
I
K
 
E
L
 
L
A
 
T
Q
 
K
H
 
A
A
 
A
Q
 
K
A
 
D
Y
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
A
I
 
A
V
 
L
A
 
L
I
 
V
N
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
|
Y
W
 
N
K
 
K
V
 
P
A
 
T
P
 
Q
R
 
E
N
 
G
L
 
L
D
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
Y
 
Y
Q
 
K
Q
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
E
S
 
A
V
 
V
T
 
E
L
 
L
P
 
P
V
 
L
I
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
F
 
V
P
 
P
D
 
G
L
x
R
T
 
T
G
 
G
Q
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
S
P
 
N
E
 
D
T
 
T
V
 
A
T
 
V
R
 
R
L
 
L
A
 
A
L
 
-
Q
 
E
N
 
I
E
 
P
N
 
N
I
 
I
V
 
V
G
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
T
 
A
I
 
T
D
 
G
S
 
D
V
 
V
G
 
P
H
 
R
L
 
G
R
 
K
T
 
A
M
 
L
I
 
I
N
 
D
T
 
A
V
 
L
K
 
N
S
 
G
V
 
-
R
 
-
P
 
-
S
 
K
F
 
M
S
 
A
V
 
V
F
 
Y
C
 
S
G
 
G
Y
 
D
D
 
D
D
 
E
H
 
T
L
 
A
L
 
W
N
 
E
T
 
L
M
 
M
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
A
D
 
D
G
 
G
A
 
N
I
|
I
T
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
N
 
N
F
 
I
A
 
A
P
 
P
E
 
K
L
 
A
S
 
M
V
 
S
G
 
E
I
 
V
Y
 
C
R
 
A
A
 
V
W
 
A
R
 
I
E
 
A
G
 
K
D
 
D
L
 
E
A
 
Q
T
 
Q
A
 
A
A
 
K
T
 
T
L
 
L
N
 
N
K
 
N
K
 
K
L
 
I
L
 
A
Q
 
N
L
 
L
P
 
H
A
 
N
I
 
I
Y
 
L
A
x
F
L
 
C
E
 
E
T
 
S
P
x
N
F
 
P
V
 
I
S
 
P
L
 
-
I
 
V
K
 
K
Y
 
W
S
 
A
M
 
L
Q
 
H
C
 
E
V
 
M
G
 
G
L
 
L
P
 
-
V
 
I
E
 
D
T
 
T
Y
 
G
C
 
I
L
 
R
P
 
L
P
 
P
I
 
L
L
 
T
E
 
P
A
 
L
S
 
A
E
 
E
E
 
Q
A
 
Y
K
 
R
D
 
E
K
 
P
V
 
L
H
 
R
V
 
N
L
 
A
L
 
L
T
 
K
A
 
D
Q
 
A
G
 
G
I
 
I
L
 
I

Q8UGL3 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (Agrobacterium tumefaciens (strain C58)) (see paper)
33% identity, 86% coverage: 4:263/301 of query aligns to 2:257/294 of Q8UGL3

query
sites
Q8UGL3
F
 
F
S
 
K
G
 
G
I
 
S
I
 
I
P
 
P
P
 
A
V
 
L
S
 
I
S
 
T
T
 
P
F
 
F
H
 
T
R
 
D
D
 
N
G
 
G
T
 
S
L
 
V
D
 
D
K
 
E
K
 
K
A
 
A
M
 
F
R
 
A
E
 
A
V
 
H
A
 
V
D
 
E
F
 
W
L
 
Q
I
 
I
N
 
A
K
 
E
G
 
G
V
 
S
D
 
N
G
 
G
L
 
L
F
 
V
Y
 
P
L
 
V
G
 
G
T
 
T
G
x
T
G
 
G
E
 
E
F
 
S
S
x
P
Q
 
T
M
 
L
N
 
S
T
 
H
A
 
D
Q
 
E
R
x
H
M
 
K
A
 
R
L
 
V
A
 
V
E
 
E
E
 
L
A
 
C
V
 
I
T
 
E
I
 
V
V
 
A
D
 
A
G
 
K
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
I
I
 
A
G
 
G
V
 
A
G
 
G
S
 
S
P
x
N
S
 
N
T
 
T
D
 
D
E
|
E
A
 
A
V
 
I
K
 
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
L
H
 
H
A
 
A
Q
 
Q
A
 
E
Y
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
A
I
 
L
V
 
L
A
 
V
I
 
V
N
 
T
P
 
P
Y
|
Y
Y
 
Y
W
 
N
K
 
K
V
 
P
A
 
T
P
 
Q
R
 
K
N
 
G
L
 
L
D
 
F
D
 
A
Y
 
H
Y
 
F
Q
 
S
Q
 
A
I
 
V
A
 
A
R
 
E
S
 
A
V
 
V
T
 
K
L
 
L
P
 
P
V
 
I
I
 
V
L
 
I
Y
 
Y
N
 
N
F
 
I
P
 
P
D
 
P
L
 
R
T
 
S
G
 
V
Q
 
V
D
 
D
L
 
M
T
 
S
P
 
P
E
 
E
T
 
T
V
 
M
T
 
G
R
 
A
L
 
L
A
 
V
L
 
K
Q
 
A
N
 
H
E
 
K
N
 
N
I
 
I
V
 
I
G
 
G
I
 
V
K
|
K
D
 
-
T
 
-
I
 
-
D
 
D
S
 
A
V
 
T
G
 
G
H
 
K
L
 
L
R
 
D
T
 
R
M
 
V
I
 
S
N
 
E
T
 
Q
V
 
R
K
 
I
S
 
S
V
 
C
R
 
G
P
 
K
S
 
D
F
 
F
S
 
V
V
 
Q
F
 
L
C
 
S
G
 
G
Y
 
E
D
 
D
D
 
G
H
 
T
L
 
A
L
 
L
N
 
G
T
 
F
M
 
N
L
 
A
L
 
H
G
 
G
G
 
G
D
 
V
G
 
G
A
 
C
I
 
I
T
 
S
A
 
V
S
 
T
A
 
A
N
 
N
F
 
V
A
 
A
P
 
P
E
 
R
L
 
L
S
 
C
V
 
S
G
 
E
I
 
F
Y
 
Q
R
 
A
A
 
A
W
 
M
R
 
L
E
 
A
G
 
G
D
 
D
L
 
Y
A
 
A
T
 
K
A
 
A
A
 
L
T
 
E
L
 
Y
N
 
Q
K
 
D
K
 
R
L
 
L
L
 
M
Q
 
P
L
 
L
P
 
H
A
 
R
I
 
A
Y
 
I
A
 
F
L
 
M
E
 
E
T
 
-
P
 
P
F
 
G
V
 
V
S
 
C
L
 
G
I
 
T
K
 
K
Y
 
Y
S
 
A
M
 
L

4i7wA Agrobacterium tumefaciens dhdps with lysine and pyruvate
34% identity, 86% coverage: 4:263/301 of query aligns to 2:257/294 of 4i7wA

query
sites
4i7wA
F
 
F
S
 
K
G
 
G
I
 
S
I
 
I
P
 
P
P
 
A
V
 
L
S
 
I
S
 
T
T
 
P
F
 
F
H
 
T
R
 
D
D
 
N
G
 
G
T
 
A
L
 
V
D
 
D
K
 
E
K
 
Q
A
 
A
M
 
F
R
 
A
E
 
A
V
 
H
A
 
V
D
 
E
F
 
W
L
 
Q
I
 
I
N
 
A
K
 
E
G
 
G
V
 
S
D
 
N
G
 
G
L
 
L
F
 
V
Y
 
P
L
 
V
G
 
G
T
|
T
G
 
T
G
 
G
E
 
E
F
x
S
S
x
P
Q
 
T
M
x
L
N
 
S
T
 
H
A
 
D
Q
 
E
R
x
H
M
 
K
A
 
R
L
 
V
A
 
V
E
 
E
E
 
L
A
 
C
V
 
I
T
 
E
I
 
V
V
 
A
D
 
A
G
 
K
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
I
I
 
A
G
 
G
V
 
A
G
 
G
S
 
S
P
x
N
S
 
N
T
 
T
D