SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 199217 FitnessBrowser__MR1:199217 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2d3tC Fatty acid beta-oxidation multienzyme complex from pseudomonas fragi, form v (see paper)
67% identity, 100% coverage: 2:387/387 of query aligns to 5:390/390 of 2d3tC

query
sites
2d3tC
K
 
R
Q
 
D
A
 
V
V
 
V
I
 
I
V
 
V
D
 
D
C
 
F
I
 
G
R
 
R
T
 
T
P
 
P
M
 
M
G
 
G
R
 
R
S
 
S
K
 
K
A
 
G
G
 
G
V
 
M
F
 
H
R
 
R
N
 
N
V
 
T
R
 
R
A
 
A
E
 
E
T
 
D
L
 
M
S
 
S
A
 
A
E
 
H
L
 
L
M
 
I
K
 
S
G
 
K
L
 
V
L
 
L
L
 
E
R
 
R
N
 
N
P
 
S
Q
 
K
L
 
V
D
 
D
P
 
P
N
 
G
T
 
E
I
 
V
E
 
E
D
 
D
V
 
V
I
 
I
W
 
W
G
 
G
C
 
C
V
 
V
Q
 
N
Q
 
Q
T
 
T
L
 
L
E
 
E
Q
 
Q
G
 
G
F
 
W
N
 
N
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
M
A
 
A
S
 
S
L
 
L
L
 
M
A
 
T
G
 
Q
I
 
I
P
 
P
K
 
H
T
 
T
A
 
S
G
 
A
A
 
A
V
 
Q
T
 
T
V
 
V
N
 
S
R
 
R
L
 
L
C
|
C
G
 
G
S
 
S
S
 
S
M
 
M
E
 
S
A
 
A
I
 
L
H
 
H
Q
 
T
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
A
I
 
I
M
 
M
T
 
T
G
 
G
M
 
N
G
 
G
D
 
D
T
 
V
F
 
F
I
 
V
I
 
V
G
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
H
M
 
M
G
 
G
H
 
H
V
 
V
P
 
S
M
 
M
N
 
M
H
 
H
G
 
G
V
 
V
D
 
D
F
 
P
H
 
N
P
 
P
G
 
H
L
 
M
A
 
S
N
 
L
N
 
Y
V
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
A
S
 
S
G
 
G
M
 
M
M
 
M
G
 
G
L
 
L
T
 
T
A
 
A
E
 
E
M
 
M
L
 
L
G
 
G
K
 
K
L
 
M
H
 
H
G
 
G
I
 
I
T
 
S
R
 
R
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
F
 
F
A
 
A
V
 
V
R
 
R
S
 
S
H
 
H
Q
 
Q
R
 
L
A
 
A
Y
 
H
A
 
K
A
 
A
T
 
T
I
 
V
E
 
E
G
 
G
R
 
K
F
 
F
A
 
K
K
 
D
E
 
E
I
 
I
Y
 
I
G
 
P
I
 
M
E
 
Q
G
 
G
H
 
Y
D
 
D
A
 
E
T
 
N
G
 
G
A
 
F
L
 
L
I
 
K
K
 
I
V
 
F
L
 
D
Q
 
Y
D
 
D
E
 
E
V
 
T
I
 
I
R
|
R
P
 
P
E
 
D
T
 
T
T
 
T
M
 
L
E
 
E
S
 
S
L
|
L
A
 
A
V
 
A
L
|
L
R
 
K
P
 
P
V
 
A
F
 
F
D
 
N
P
 
P
V
 
K
N
 
G
G
 
G
T
 
T
V
 
V
T
 
T
A
|
A
G
|
G
T
 
T
S
 
S
S
|
S
A
 
Q
L
x
I
S
 
T
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
S
A
 
C
M
 
M
L
 
I
I
 
V
M
 
M
E
 
S
E
 
A
S
 
Q
K
 
R
A
 
A
R
 
K
A
 
D
L
 
L
G
 
G
L
 
L
P
 
E
I
 
P
R
 
L
A
 
A
R
 
V
I
 
I
R
 
R
S
 
S
M
 
M
A
 
A
V
 
V
A
 
A
G
 
G
C
 
V
D
 
D
A
 
P
A
 
A
I
 
I
M
 
M
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
P
 
P
V
 
V
P
 
P
A
 
A
T
 
T
Q
 
Q
K
 
K
A
 
A
L
 
L
A
 
K
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
L
T
 
N
V
 
M
N
 
A
D
 
D
L
 
I
D
 
D
V
 
F
I
 
I
E
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
E
A
|
A
F
|
F
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
S
 
A
L
 
L
P
 
P
C
 
V
V
 
L
K
 
K
D
 
D
L
 
L
G
 
K
L
 
V
L
 
L
D
 
D
V
 
K
V
 
M
D
 
N
E
 
E
K
 
K
I
 
V
N
 
N
L
 
L
N
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
G
H
|
H
P
 
P
L
 
F
G
 
G
C
 
C
S
 
S
G
 
G
A
 
A
R
 
R
I
 
I
S
 
S
T
 
G
T
 
T
L
 
L
I
 
L
N
 
N
L
 
V
M
 
M
E
 
K
H
 
Q
K
 
N
D
 
G
A
 
G
T
 
T
L
 
F
G
 
G
L
 
L
A
 
S
T
 
T
M
 
M
C
|
C
I
 
I
G
|
G
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
I
 
I
A
 
A
T
 
T
V
 
V
F
 
F
E
 
E
R
 
R
V
 
V

8gqmA Crystal structure of thiolase complexed with acetyl coenzyme a
44% identity, 99% coverage: 5:387/387 of query aligns to 4:375/377 of 8gqmA

query
sites
8gqmA
V
 
V
I
 
I
V
 
A
D
 
G
C
 
Y
I
 
A
R
 
R
T
 
S
P
 
P
M
 
F
G
 
H
R
 
F
S
 
A
K
 
R
A
x
K
G
 
G
V
 
A
F
 
L
R
 
V
N
 
D
V
 
I
R
 
R
A
 
P
E
 
D
T
 
D
L
 
L
S
 
A
A
 
A
E
 
A
L
 
V
M
 
L
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
V
L
 
-
R
 
E
N
 
K
P
 
L
Q
 
D
L
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
A
T
 
L
I
 
L
E
 
E
D
 
D
V
 
V
I
 
V
W
 
M
G
 
G
C
 
C
V
 
A
Q
 
Y
Q
 
P
T
 
E
L
 
A
E
 
E
Q
 
Q
G
 
G
F
 
M
N
 
N
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
I
A
 
A
S
 
S
L
 
F
L
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
F
P
 
P
K
 
Q
T
 
S
A
 
L
G
 
G
A
 
G
V
 
A
T
 
T
V
 
L
N
 
N
R
 
R
L
 
F
C
x
S
G
 
G
S
 
S
S
 
S
M
 
M
E
 
S
A
 
A
I
 
V
H
 
H
Q
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
G
A
 
Q
I
 
V
M
 
L
T
 
L
G
 
G
M
 
A
G
 
G
D
 
E
T
 
A
F
 
F
I
 
I
I
 
A
G
 
A
G
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
S
M
 
M
G
 
T
H
 
R
V
 
V
P
 
P
M
|
M
N
 
G
-
 
G
H
 
F
G
 
N
V
 
L
D
 
S
F
 
P
H
 
N
P
 
P
G
 
A
L
 
L
A
 
L
N
 
Q
N
 
D
V
 
Y
A
 
P
K
 
A
A
 
V
S
 
Y
G
 
M
M
 
S
M
|
M
G
 
G
L
 
Q
T
 
T
A
 
A
E
 
E
M
 
N
L
 
V
G
 
A
K
 
E
L
 
R
H
 
Y
G
 
A
I
 
V
T
 
S
R
 
R
E
 
V
Q
 
E
Q
 
Q
D
 
E
A
 
E
F
 
M
A
 
A
V
 
V
R
 
R
S
 
S
H
 
H
Q
 
A
R
 
K
A
 
A
Y
 
V
A
 
A
A
 
A
T
 
R
I
 
E
E
 
A
G
 
G
R
 
L
F
 
L
A
 
R
K
 
E
E
 
E
I
 
I
Y
 
V
G
 
A
I
 
I
E
 
D
G
 
T
H
 
P
D
 
A
A
 
G
T
 
-
G
 
-
A
 
-
L
 
-
I
 
-
K
 
R
V
 
V
L
 
A
Q
 
E
D
 
D
E
 
G
V
 
C
I
 
I
R
|
R
P
 
P
E
 
G
T
|
T
T
 
N
M
 
L
E
 
E
S
 
S
L
|
L
A
 
A
V
 
Q
L
|
L
R
 
K
P
 
P
V
 
A
F
 
F
D
 
-
P
 
-
V
 
-
N
 
G
G
 
G
T
 
S
V
 
V
T
 
T
A
|
A
G
x
A
T
 
T
S
|
S
S
|
S
A
 
P
L
 
L
S
 
T
D
 
D
G
 
G
A
 
S
S
 
A
A
 
A
M
 
L
L
 
L
I
 
V
M
 
C
E
 
S
E
 
E
S
 
D
K
 
F
A
 
A
R
 
R
A
 
R
L
 
H
G
 
G
L
 
L
P
 
V
I
 
I
R
 
L
A
 
A
R
 
R
I
 
I
R
 
K
S
 
A
M
 
V
A
 
A
V
 
V
A
 
A
G
 
G
C
 
C
D
 
A
A
 
P
A
 
E
I
 
I
M
|
M
G
 
G
Y
 
M
G
 
G
P
 
P
V
 
V
P
 
Q
A
 
A
T
 
T
Q
 
R
K
 
K
A
 
V
L
 
L
A
 
Q
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
L
T
 
G
V
 
I
N
 
A
D
 
D
L
 
I
D
 
D
V
 
L
I
 
V
E
 
E
L
 
I
N
 
N
E
 
E
A
|
A
F
 
F
A
 
A
A
 
S
Q
 
Q
S
 
S
L
 
I
P
 
A
C
 
C
V
 
I
K
 
R
D
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
-
L
 
L
D
 
D
V
 
M
V
 
-
D
 
-
E
 
D
K
 
R
I
 
I
N
 
N
L
 
L
N
 
D
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
L
A
 
A
L
 
I
G
 
G
H
|
H
P
 
P
L
|
L
G
 
G
C
 
A
S
 
T
G
 
G
A
 
A
R
 
R
I
 
I
S
 
T
T
 
G
T
 
K
L
 
A
I
 
A
N
 
A
L
 
L
M
 
L
E
 
R
H
 
R
K
 
T
D
 
G
A
 
G
T
 
R
L
 
Y
G
 
A
L
 
I
A
 
A
T
 
T
M
 
Q
C
 
C
I
 
I
G
 
A
L
 
G
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
I
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
L
F
 
L
E
 
E
R
 
A
V
 
V

8oqlC Structure of mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with fragment-m-1
42% identity, 100% coverage: 2:387/387 of query aligns to 2:397/397 of 8oqlC

query
sites
8oqlC
K
 
E
Q
 
E
A
 
A
V
 
F
I
 
I
V
 
Y
D
x
E
C
 
A
I
 
I
R
 
R
T
 
T
P
 
P
M
 
R
G
 
G
R
 
K
S
 
Q
K
 
K
A
 
N
G
 
G
V
 
S
F
 
L
R
 
H
N
 
E
V
 
V
R
 
K
A
 
P
E
 
L
T
 
S
L
 
L
S
 
V
A
 
V
E
 
G
L
 
L
M
 
I
K
 
D
G
 
E
L
 
L
L
 
R
L
 
K
R
 
R
N
x
H
P
 
P
Q
 
D
L
 
L
D
 
D
P
 
E
N
 
N
T
 
L
I
 
I
E
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
I
W
 
L
G
 
G
C
 
C
V
 
V
Q
 
S
Q
 
P
T
 
V
L
 
G
E
 
D
Q
 
Q
G
 
G
F
 
G
N
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
A
 
A
S
 
V
L
 
L
L
 
A
A
 
S
G
 
G
I
 
M
P
 
P
K
 
V
T
 
T
A
 
S
G
 
G
A
 
G
V
 
V
T
 
Q
V
 
L
N
 
N
R
 
R
L
x
F
C
 
C
G
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
L
E
 
E
A
 
A
I
 
V
H
 
N
Q
 
T
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
K
I
 
V
M
 
R
T
 
S
G
 
G
M
 
W
G
 
D
D
 
D
T
 
L
F
 
V
I
 
L
I
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
S
M
 
M
G
 
S
H
 
R
V
 
V
P
 
P
M
 
M
N
 
G
H
 
S
-
 
D
-
 
G
-
 
G
G
 
A
V
x
M
D
 
G
F
 
L
H
 
D
P
 
P
G
 
A
L
 
T
A
 
N
N
 
Y
N
 
D
V
 
V
A
 
M
K
 
F
A
 
V
S
 
P
G
 
Q
M
 
S
M
 
I
G
 
G
L
 
-
T
 
-
A
 
A
E
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
A
K
 
T
L
 
I
H
 
E
G
 
G
I
 
F
T
 
S
R
 
R
E
 
E
Q
 
D
Q
 
V
D
 
D
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
V
 
L
R
 
R
S
 
S
H
 
Q
Q
 
Q
R
 
K
A
 
A
Y
 
A
A
 
E
A
 
A
T
 
W
I
 
S
E
 
G
G
 
G
R
 
Y
F
 
F
A
 
A
K
 
K
E
 
S
I
 
V
Y
 
V
G
 
P
I
 
V
E
 
-
G
 
-
H
 
R
D
 
D
A
 
Q
T
 
N
G
 
G
A
 
L
L
 
L
I
 
I
K
 
-
V
 
L
L
 
D
Q
 
H
D
 
D
E
 
E
V
 
H
I
 
M
R
 
R
P
 
P
E
 
D
T
 
T
T
 
T
M
 
K
E
 
E
S
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
K
L
 
L
R
 
K
P
 
P
V
 
A
F
 
F
-
 
E
-
 
G
-
 
G
-
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
K
-
 
Y
-
 
H
-
 
W
-
 
V
D
 
E
P
 
K
V
 
I
N
 
N
G
 
H
T
 
V
V
 
H
T
 
T
A
 
G
G
 
G
T
 
N
S
 
S
S
 
S
A
 
G
L
 
I
S
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
A
A
 
L
M
 
V
L
x
M
I
 
I
M
 
G
E
 
S
E
 
A
S
 
A
K
 
A
A
 
G
R
 
K
A
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
|
L
P
 
T
I
 
P
R
 
R
A
 
A
R
 
R
I
 
I
R
 
V
S
 
A
M
 
T
A
 
A
V
 
T
A
 
S
G
 
G
C
 
A
D
 
D
A
 
P
A
 
V
I
 
I
M
 
M
G
 
L
Y
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
T
P
 
P
A
 
A
T
 
T
Q
 
R
K
 
K
A
 
V
L
 
L
A
 
D
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
L
T
 
T
V
 
V
N
 
D
D
 
D
L
 
I
D
 
D
V
 
L
I
 
F
E
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
A
A
 
S
Q
 
V
S
 
V
L
 
L
P
 
K
C
 
F
V
 
Q
K
 
K
D
 
D
L
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
L
D
 
N
V
 
I
V
 
P
D
 
D
E
 
E
K
 
K
I
 
L
N
 
N
L
 
V
N
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
A
L
 
M
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
L
G
 
G
C
 
A
S
 
T
G
 
G
A
 
A
R
 
M
I
 
I
S
 
L
T
 
G
T
 
T
L
 
M
I
 
V
N
 
D
L
 
E
M
 
L
E
 
E
H
 
R
K
 
R
D
 
N
A
 
A
T
 
R
L
 
R
G
 
A
L
 
L
A
 
I
T
 
T
M
 
L
C
 
C
I
 
I
G
 
G
L
 
G
G
 
G
Q
 
M
G
 
G
I
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
I
F
 
I
E
 
E
R
 
R
V
 
V

8oqmD Structure of mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with fragment-m-10
41% identity, 100% coverage: 2:387/387 of query aligns to 3:399/399 of 8oqmD

query
sites
8oqmD
K
 
E
Q
 
E
A
 
A
V
 
F
I
 
I
V
 
Y
D
 
E
C
 
A
I
 
I
R
 
R
T
 
T
P
 
P
M
 
R
G
 
G
R
 
K
S
 
Q
K
 
K
A
 
N
G
 
G
V
 
S
F
 
L
R
 
H
N
 
E
V
 
V
R
 
K
A
 
P
E
 
L
T
 
S
L
 
L
S
 
V
A
 
V
E
 
G
L
 
L
M
 
I
K
 
D
G
 
E
L
 
L
L
 
R
L
 
K
R
 
R
N
 
H
P
 
P
Q
 
D
L
 
L
D
 
D
P
 
E
N
 
N
T
 
L
I
 
I
E
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
I
W
 
L
G
 
G
C
 
C
V
 
V
Q
 
S
Q
 
P
T
 
V
L
 
G
E
 
D
Q
 
Q
G
 
G
F
 
G
N
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
A
 
A
S
 
V
L
 
L
L
 
A
A
 
S
G
 
G
I
 
M
P
 
P
K
 
V
T
 
T
A
 
S
G
 
G
A
 
G
V
 
V
T
 
Q
V
 
L
N
 
N
R
 
R
L
 
F
C
 
C
G
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
L
E
 
E
A
 
A
I
 
V
H
 
N
Q
 
T
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
K
I
 
V
M
 
R
T
 
S
G
 
G
M
 
W
G
 
D
D
 
D
T
 
L
F
 
V
I
 
L
I
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
S
M
 
M
G
 
S
H
 
R
V
 
V
P
 
P
M
 
M
N
 
G
H
 
S
-
 
D
-
 
G
-
 
G
G
 
A
V
 
M
D
 
G
F
 
L
H
 
D
P
 
P
G
 
A
L
 
T
A
 
N
N
 
Y
N
 
D
V
 
V
A
 
M
K
 
F
A
 
V
S
 
P
G
 
Q
M
 
S
M
 
I
G
 
G
L
 
-
T
 
-
A
 
A
E
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
A
K
 
T
L
 
I
H
 
E
G
 
G
I
 
F
T
 
S
R
 
R
E
 
E
Q
 
D
Q
 
V
D
 
D
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
V
 
L
R
 
R
S
 
S
H
 
Q
Q
 
Q
R
 
K
A
 
A
Y
 
A
A
 
E
A
 
A
T
 
W
I
 
S
E
 
G
G
 
G
R
 
Y
F
 
F
A
 
A
K
 
K
E
 
S
I
 
V
Y
 
V
G
 
P
I
 
V
E
 
-
G
 
-
H
 
R
D
 
D
A
 
Q
T
 
N
G
 
G
A
 
L
L
 
L
I
 
I
K
 
-
V
 
L
L
 
D
Q
 
H
D
 
D
E
 
E
V
 
H
I
 
M
R
 
R
P
 
P
E
 
D
T
 
T
T
 
T
M
 
K
E
 
E
S
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
K
L
 
L
R
 
K
P
 
P
V
 
A
F
 
F
-
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
G
-
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
K
-
 
Y
-
 
H
-
 
W
-
 
V
D
 
E
P
 
K
V
 
I
N
 
N
G
 
H
T
 
V
V
 
H
T
 
T
A
 
G
G
 
G
T
 
N
S
 
S
S
 
S
A
 
G
L
 
I
S
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
A
A
 
L
M
 
V
L
 
M
I
 
I
M
 
G
E
 
S
E
 
A
S
 
A
K
 
A
A
 
G
R
 
K
A
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
L
P
 
T
I
 
P
R
 
R
A
 
A
R
 
R
I
 
I
R
 
V
S
 
A
M
 
T
A
 
A
V
 
T
A
 
S
G
 
G
C
 
A
D
 
D
A
 
P
A
 
V
I
 
I
M
 
M
G
 
L
Y
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
T
P
 
P
A
 
A
T
 
T
Q
 
R
K
 
K
A
 
V
L
 
L
A
 
D
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
L
T
 
T
V
 
V
N
 
D
D
 
D
L
 
I
D
 
D
V
 
L
I
 
F
E
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
A
A
 
S
Q
 
V
S
 
V
L
 
L
P
 
K
C
 
F
V
 
Q
K
 
K
D
 
D
L
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
L
D
 
N
V
 
I
V
 
P
D
 
D
E
 
E
K
 
K
I
 
L
N
 
N
L
 
V
N
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
A
L
 
M
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
L
G
 
G
C
 
A
S
 
T
G
 
G
A
 
A
R
 
M
I
 
I
S
 
L
T
 
G
T
 
T
L
 
M
I
 
V
N
 
D
L
 
E
M
 
L
E
 
E
H
 
R
K
 
R
D
 
N
A
|
A
T
x
R
L
 
R
G
 
A
L
 
L
A
 
I
T
 
T
M
 
L
C
 
C
I
 
I
G
 
G
L
 
G
G
 
G
Q
 
M
G
 
G
I
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
I
F
 
I
E
 
E
R
|
R
V
 
V

8oqoC Structure of mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with fragment-m-49
41% identity, 100% coverage: 2:387/387 of query aligns to 2:398/398 of 8oqoC

query
sites
8oqoC
K
 
E
Q
 
E
A
 
A
V
 
F
I
 
I
V
 
Y
D
 
E
C
 
A
I
 
I
R
 
R
T
 
T
P
 
P
M
 
R
G
 
G
R
 
K
S
 
Q
K
 
K
A
 
N
G
 
G
V
 
S
F
 
L
R
 
H
N
 
E
V
 
V
R
 
K
A
 
P
E
 
L
T
 
S
L
 
L
S
 
V
A
 
V
E
 
G
L
 
L
M
 
I
K
 
D
G
 
E
L
 
L
L
 
R
L
 
K
R
 
R
N
 
H
P
 
P
Q
 
D
L
 
L
D
 
D
P
 
E
N
 
N
T
 
L
I
 
I
E
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
I
W
 
L
G
 
G
C
 
C
V
 
V
Q
 
S
Q
 
P
T
 
V
L
 
G
E
 
D
Q
 
Q
G
 
G
F
 
G
N
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
A
 
A
S
 
V
L
 
L
L
 
A
A
 
S
G
 
G
I
 
M
P
 
P
K
 
V
T
 
T
A
 
S
G
 
G
A
 
G
V
 
V
T
 
Q
V
 
L
N
 
N
R
 
R
L
 
F
C
 
C
G
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
L
E
 
E
A
 
A
I
 
V
H
 
N
Q
 
T
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
K
I
 
V
M
 
R
T
 
S
G
 
G
M
 
W
G
 
D
D
 
D
T
 
L
F
 
V
I
 
L
I
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
S
M
 
M
G
 
S
H
 
R
V
 
V
P
 
P
M
 
M
N
 
G
H
 
S
-
 
D
-
 
G
-
 
G
G
 
A
V
 
M
D
 
G
F
 
L
H
 
D
P
 
P
G
 
A
L
 
T
A
 
N
N
 
Y
N
 
D
V
 
V
A
 
M
K
 
F
A
 
V
S
 
P
G
 
Q
M
 
S
M
 
I
G
 
G
L
 
-
T
 
-
A
 
A
E
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
A
K
x
T
L
 
I
H
 
E
G
 
G
I
 
F
T
 
S
R
 
R
E
 
E
Q
 
D
Q
 
V
D
 
D
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
V
 
L
R
 
R
S
 
S
H
 
Q
Q
 
Q
R
 
K
A
 
A
Y
 
A
A
 
E
A
 
A
T
 
W
I
 
S
E
 
G
G
 
G
R
 
Y
F
 
F
A
 
A
K
 
K
E
 
S
I
 
V
Y
 
V
G
 
P
I
 
V
E
 
-
G
 
-
H
 
R
D
 
D
A
 
Q
T
 
N
G
 
G
A
 
L
L
 
L
I
 
I
K
 
-
V
 
L
L
 
D
Q
 
H
D
 
D
E
 
E
V
 
H
I
 
M
R
 
R
P
 
P
E
 
D
T
 
T
T
 
T
M
 
K
E
 
E
S
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
K
L
 
L
R
 
K
P
 
P
V
 
A
F
 
F
-
 
E
-
 
L
-
 
G
-
 
G
-
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
K
-
 
Y
-
 
H
-
 
W
-
x
V
D
x
E
P
x
K
V
 
I
N
 
N
G
 
H
T
 
V
V
 
H
T
 
T
A
 
G
G
 
G
T
 
N
S
 
S
S
 
S
A
 
G
L
 
I
S
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
A
A
 
L
M
 
V
L
 
M
I
 
I
M
 
G
E
 
S
E
 
A
S
 
A
K
 
A
A
 
G
R
 
K
A
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
L
P
 
T
I
 
P
R
 
R
A
 
A
R
 
R
I
 
I
R
 
V
S
 
A
M
 
T
A
 
A
V
 
T
A
 
S
G
 
G
C
 
A
D
 
D
A
 
P
A
 
V
I
 
I
M
 
M
G
 
L
Y
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
T
P
 
P
A
 
A
T
 
T
Q
 
R
K
 
K
A
 
V
L
 
L
A
 
D
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
L
T
 
T
V
 
V
N
 
D
D
 
D
L
 
I
D
 
D
V
 
L
I
 
F
E
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
A
A
 
S
Q
 
V
S
 
V
L
 
L
P
 
K
C
 
F
V
 
Q
K
 
K
D
 
D
L
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
L
D
 
N
V
 
I
V
 
P
D
 
D
E
 
E
K
 
K
I
 
L
N
 
N
L
 
V
N
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
A
L
 
M
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
L
G
 
G
C
 
A
S
 
T
G
 
G
A
 
A
R
 
M
I
 
I
S
 
L
T
 
G
T
 
T
L
 
M
I
 
V
N
 
D
L
 
E
M
 
L
E
 
E
H
 
R
K
 
R
D
 
N
A
 
A
T
 
R
L
 
R
G
 
A
L
 
L
A
 
I
T
 
T
M
 
L
C
 
C
I
 
I
G
 
G
L
 
G
G
 
G
Q
 
M
G
 
G
I
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
I
F
 
I
E
 
E
R
 
R
V
 
V

8opyD Structure of mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with fragment-b-dnq
41% identity, 100% coverage: 2:387/387 of query aligns to 3:401/401 of 8opyD

query
sites
8opyD
K
 
E
Q
 
E
A
 
A
V
 
F
I
 
I
V
 
Y
D
 
E
C
 
A
I
 
I
R
 
R
T
 
T
P
 
P
M
 
R
G
 
G
R
 
K
S
 
Q
K
 
K
A
 
N
G
 
G
V
 
S
F
 
L
R
 
H
N
 
E
V
 
V
R
 
K
A
 
P
E
 
L
T
 
S
L
 
L
S
 
V
A
 
V
E
 
G
L
 
L
M
 
I
K
 
D
G
 
E
L
 
L
L
 
R
L
 
K
R
 
R
N
 
H
P
 
P
Q
 
D
L
 
L
D
 
D
P
 
E
N
 
N
T
 
L
I
 
I
E
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
I
W
 
L
G
 
G
C
 
C
V
 
V
Q
 
S
Q
 
P
T
 
V
L
 
G
E
 
D
Q
 
Q
G
 
G
F
 
G
N
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
A
 
A
S
 
V
L
 
L
L
 
A
A
 
S
G
 
G
I
 
M
P
 
P
K
 
V
T
 
T
A
 
S
G
 
G
A
 
G
V
 
V
T
 
Q
V
 
L
N
 
N
R
 
R
L
 
F
C
 
C
G
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
L
E
 
E
A
 
A
I
 
V
H
 
N
Q
 
T
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
K
I
 
V
M
 
R
T
 
S
G
 
G
M
 
W
G
 
D
D
 
D
T
 
L
F
 
V
I
 
L
I
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
S
M
 
M
G
 
S
H
 
R
V
 
V
P
 
P
M
 
M
N
 
G
H
 
S
-
 
D
-
 
G
-
 
G
G
 
A
V
 
M
D
 
G
F
 
L
H
 
D
P
 
P
G
 
A
L
 
T
A
 
N
N
 
Y
N
 
D
V
 
V
A
 
M
K
 
F
A
 
V
S
 
P
G
 
Q
M
 
S
M
 
I
G
 
G
L
 
-
T
 
-
A
 
A
E
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
A
K
 
T
L
 
I
H
 
E
G
 
G
I
 
F
T
 
S
R
 
R
E
 
E
Q
 
D
Q
 
V
D
 
D
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
V
 
L
R
 
R
S
 
S
H
 
Q
Q
 
Q
R
 
K
A
 
A
Y
 
A
A
 
E
A
 
A
T
 
W
I
 
S
E
 
G
G
 
G
R
 
Y
F
 
F
A
 
A
K
 
K
E
 
S
I
 
V
Y
 
V
G
 
P
I
 
V
E
 
-
G
 
-
H
 
R
D
 
D
A
 
Q
T
 
N
G
 
G
A
 
L
L
 
L
I
 
I
K
 
-
V
 
L
L
 
D
Q
 
H
D
 
D
E
 
E
V
 
H
I
 
M
R
 
R
P
 
P
E
 
D
T
 
T
T
 
T
M
 
K
E
 
E
S
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
K
L
 
L
R
 
K
P
 
P
V
 
A
F
 
F
-
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
G
-
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
K
-
 
Y
-
 
H
-
 
W
-
 
V
D
 
E
P
 
K
V
 
I
N
 
N
G
 
H
T
 
V
V
 
H
T
 
T
A
 
G
G
 
G
T
 
N
S
 
S
S
 
S
A
 
G
L
 
I
S
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
A
A
 
L
M
 
V
L
 
M
I
 
I
M
 
G
E
 
S
E
 
A
S
 
A
K
 
A
A
 
G
R
 
K
A
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
L
P
 
T
I
 
P
R
 
R
A
 
A
R
|
R
I
 
I
R
 
V
S
 
A
M
 
T
A
 
A
V
 
T
A
 
S
G
 
G
C
 
A
D
 
D
A
 
P
A
 
V
I
 
I
M
 
M
G
 
L
Y
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
T
P
 
P
A
 
A
T
 
T
Q
 
R
K
 
K
A
 
V
L
 
L
A
 
D
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
L
T
 
T
V
 
V
N
 
D
D
 
D
L
 
I
D
 
D
V
 
L
I
 
F
E
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
A
A
 
S
Q
 
V
S
 
V
L
 
L
P
 
K
C
 
F
V
 
Q
K
 
K
D
 
D
L
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
L
D
 
N
V
 
I
V
 
P
D
 
D
E
 
E
K
 
K
I
 
L
N
 
N
L
 
V
N
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
A
L
 
M
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
L
G
 
G
C
 
A
S
 
T
G
 
G
A
 
A
R
 
M
I
 
I
S
 
L
T
 
G
T
 
T
L
 
M
I
 
V
N
 
D
L
 
E
M
 
L
E
 
E
H
 
R
K
 
R
D
 
N
A
 
A
T
x
R
L
 
R
G
 
A
L
 
L
A
 
I
T
 
T
M
 
L
C
 
C
I
 
I
G
 
G
L
 
G
G
 
G
Q
 
M
G
 
G
I
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
I
F
 
I
E
|
E
R
 
R
V
 
V

7o4tD Structure of mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme with coenzyme a bound at the hydratase, thiolase active sites and possible additional binding site (coa(ech/had)) (see paper)
41% identity, 100% coverage: 2:387/387 of query aligns to 3:403/403 of 7o4tD

query
sites
7o4tD
K
 
E
Q
 
E
A
 
A
V
 
F
I
 
I
V
 
Y
D
 
E
C
 
A
I
 
I
R
 
R
T
 
T
P
 
P
M
 
R
G
 
G
R
 
K
S
 
Q
K
|
K
A
 
N
G
 
G
V
 
S
F
 
L
R
 
H
N
 
E
V
 
V
R
 
K
A
 
P
E
 
L
T
 
S
L
 
L
S
 
V
A
 
V
E
 
G
L
 
L
M
 
I
K
 
D
G
 
E
L
 
L
L
 
R
L
 
K
R
 
R
N
 
H
P
 
P
Q
 
D
L
 
L
D
 
D
P
 
E
N
 
N
T
 
L
I
 
I
E
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
I
W
 
L
G
 
G
C
 
C
V
 
V
Q
 
S
Q
 
P
T
 
V
L
 
G
E
 
D
Q
 
Q
G
 
G
F
 
G
N
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
A
 
A
S
 
V
L
 
L
L
 
A
A
 
S
G
 
G
I
 
M
P
 
P
K
 
V
T
 
T
A
 
S
G
 
G
A
 
G
V
 
V
T
 
Q
V
 
L
N
 
N
R
 
R
L
 
F
C
 
C
G
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
L
E
 
E
A
 
A
I
 
V
H
 
N
Q
 
T
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
K
I
 
V
M
 
R
T
 
S
G
 
G
M
 
W
G
 
D
D
 
D
T
 
L
F
 
V
I
 
L
I
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
S
M
 
M
G
 
S
H
 
R
V
 
V
P
 
P
M
 
M
N
 
G
H
 
S
-
 
D
-
 
G
-
 
G
G
 
A
V
 
M
D
 
G
F
 
L
H
 
D
P
 
P
G
 
A
L
 
T
A
 
N
N
 
Y
N
 
D
V
 
V
A
 
M
K
 
F
A
 
V
S
 
P
G
x
Q
M
 
S
M
 
I
G
 
G
L
 
-
T
 
-
A
 
A
E
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
A
K
 
T
L
 
I
H
 
E
G
 
G
I
 
F
T
 
S
R
 
R
E
 
E
Q
 
D
Q
 
V
D
 
D
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
V
 
L
R
 
R
S
 
S
H
 
Q
Q
 
Q
R
 
K
A
 
A
Y
 
A
A
 
E
A
 
A
T
 
W
I
 
S
E
 
G
G
 
G
R
 
Y
F
 
F
A
 
A
K
 
K
E
 
S
I
 
V
Y
 
V
G
 
P
I
 
V
E
 
-
G
 
-
H
 
R
D
 
D
A
 
Q
T
 
N
G
 
G
A
 
L
L
 
L
I
 
I
K
 
-
V
 
L
L
 
D
Q
 
H
D
 
D
E
 
E
V
 
H
I
 
M
R
|
R
P
 
P
E
 
D
T
|
T
T
 
T
M
 
K
E
 
E
S
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
K
L
|
L
R
 
K
P
 
P
V
 
A
F
|
F
-
 
E
-
 
G
-
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
G
-
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
K
-
 
Y
-
 
H
-
 
W
-
 
V
D
 
E
P
 
K
V
 
I
N
 
N
G
 
H
T
 
V
V
 
H
T
 
T
A
x
G
G
 
G
T
 
N
S
 
S
S
|
S
A
 
G
L
 
I
S
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
A
A
 
L
M
 
V
L
 
M
I
 
I
M
 
G
E
 
S
E
 
A
S
 
A
K
 
A
A
 
G
R
 
K
A
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
L
P
 
T
I
 
P
R
 
R
A
 
A
R
 
R
I
 
I
R
 
V
S
 
A
M
 
T
A
 
A
V
 
T
A
 
S
G
 
G
C
 
A
D
 
D
A
 
P
A
 
V
I
 
I
M
 
M
G
 
L
Y
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
T
P
 
P
A
 
A
T
 
T
Q
 
R
K
 
K
A
 
V
L
 
L
A
 
D
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
L
T
 
T
V
 
V
N
 
D
D
 
D
L
 
I
D
 
D
V
 
L
I
 
F
E
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
A
A
 
S
Q
 
V
S
 
V
L
 
L
P
 
K
C
 
F
V
 
Q
K
 
K
D
 
D
L
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
L
D
 
N
V
 
I
V
 
P
D
 
D
E
 
E
K
 
K
I
 
L
N
 
N
L
 
V
N
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
A
L
 
M
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
L
G
 
G
C
 
A
S
 
T
G
 
G
A
 
A
R
 
M
I
 
I
S
 
L
T
 
G
T
 
T
L
 
M
I
 
V
N
 
D
L
 
E
M
 
L
E
 
E
H
 
R
K
 
R
D
 
N
A
 
A
T
 
R
L
 
R
G
 
A
L
 
L
A
 
I
T
 
T
M
 
L
C
 
C
I
 
I
G
 
G
L
 
G
G
 
G
Q
 
M
G
 
G
I
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
I
F
 
I
E
 
E
R
 
R
V
 
V

O53871 Putative acyltransferase Rv0859; EC 2.3.1.- from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
41% identity, 100% coverage: 2:387/387 of query aligns to 3:403/403 of O53871

query
sites
O53871
K
 
E
Q
 
E
A
 
A
V
 
F
I
 
I
V
 
Y
D
 
E
C
 
A
I
 
I
R
 
R
T
 
T
P
 
P
M
 
R
G
 
G
R
 
K
S
 
Q
K
 
K
A
 
N
G
 
G
V
 
S
F
 
L
R
 
H
N
 
E
V
 
V
R
 
K
A
 
P
E
 
L
T
 
S
L
 
L
S
 
V
A
 
V
E
 
G
L
 
L
M
 
I
K
 
D
G
 
E
L
 
L
L
 
R
L
 
K
R
 
R
N
 
H
P
 
P
Q
 
D
L
 
L
D
 
D
P
 
E
N
 
N
T
 
L
I
 
I
E
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
I
W
 
L
G
 
G
C
 
C
V
 
V
Q
 
S
Q
 
P
T
 
V
L
 
G
E
 
D
Q
 
Q
G
 
G
F
 
G
N
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
A
 
A
S
 
V
L
 
L
L
 
A
A
 
S
G
 
G
I
 
M
P
 
P
K
 
V
T
 
T
A
 
S
G
 
G
A
 
G
V
 
V
T
 
Q
V
 
L
N
 
N
R
 
R
L
 
F
C
 
C
G
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
L
E
 
E
A
 
A
I
 
V
H
 
N
Q
 
T
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
K
I
 
V
M
 
R
T
 
S
G
 
G
M
 
W
G
 
D
D
 
D
T
 
L
F
 
V
I
 
L
I
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
S
M
 
M
G
 
S
H
 
R
V
 
V
P
 
P
M
 
M
N
 
G
H
 
S
-
 
D
-
 
G
-
 
G
G
 
A
V
 
M
D
 
G
F
 
L
H
 
D
P
 
P
G
 
A
L
 
T
A
 
N
N
 
Y
N
 
D
V
 
V
A
 
M
K
 
F
A
 
V
S
 
P
G
 
Q
M
 
S
M
 
I
G
 
G
L
 
-
T
 
-
A
 
A
E
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
A
K
 
T
L
 
I
H
 
E
G
 
G
I
 
F
T
 
S
R
 
R
E
 
E
Q
 
D
Q
 
V
D
 
D
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
V
 
L
R
 
R
S
 
S
H
 
Q
Q
 
Q
R
 
K
A
 
A
Y
 
A
A
 
E
A
 
A
T
 
W
I
 
S
E
 
G
G
 
G
R
 
Y
F
 
F
A
 
A
K
|
K
E
 
S
I
 
V
Y
 
V
G
 
P
I
 
V
E
 
-
G
 
-
H
 
R
D
 
D
A
 
Q
T
 
N
G
 
G
A
 
L
L
 
L
I
 
I
K
 
-
V
 
L
L
 
D
Q
 
H
D
 
D
E
 
E
V
 
H
I
 
M
R
 
R
P
 
P
E
 
D
T
 
T
T
 
T
M
 
K
E
 
E
S
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
K
L
 
L
R
 
K
P
 
P
V
 
A
F
 
F
-
 
E
-
 
G
-
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
G
-
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
K
-
 
Y
-
 
H
-
 
W
-
 
V
D
 
E
P
 
K
V
 
I
N
 
N
G
 
H
T
 
V
V
 
H
T
 
T
A
 
G
G
 
G
T
 
N
S
 
S
S
 
S
A
 
G
L
 
I
S
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
A
A
 
L
M
 
V
L
 
M
I
 
I
M
 
G
E
 
S
E
 
A
S
 
A
K
 
A
A
 
G
R
 
K
A
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
L
P
 
T
I
 
P
R
 
R
A
 
A
R
 
R
I
 
I
R
 
V
S
 
A
M
 
T
A
 
A
V
 
T
A
 
S
G
 
G
C
 
A
D
 
D
A
 
P
A
 
V
I
 
I
M
 
M
G
 
L
Y
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
T
P
 
P
A
 
A
T
 
T
Q
 
R
K
 
K
A
 
V
L
 
L
A
 
D
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
L
T
 
T
V
 
V
N
 
D
D
 
D
L
 
I
D
 
D
V
 
L
I
 
F
E
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
A
A
 
S
Q
 
V
S
 
V
L
 
L
P
 
K
C
 
F
V
 
Q
K
 
K
D
 
D
L
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
L
D
 
N
V
 
I
V
 
P
D
 
D
E
 
E
K
 
K
I
 
L
N
 
N
L
 
V
N
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
A
L
 
M
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
L
G
 
G
C
 
A
S
 
T
G
 
G
A
 
A
R
 
M
I
 
I
S
 
L
T
 
G
T
 
T
L
 
M
I
 
V
N
 
D
L
 
E
M
 
L
E
 
E
H
 
R
K
 
R
D
 
N
A
 
A
T
 
R
L
 
R
G
 
A
L
 
L
A
 
I
T
 
T
M
 
L
C
 
C
I
 
I
G
 
G
L
 
G
G
 
G
Q
 
M
G
 
G
I
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
I
F
 
I
E
 
E
R
 
R
V
 
V

8pf8C Structure of mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with fragment-m-72
41% identity, 100% coverage: 2:387/387 of query aligns to 2:402/402 of 8pf8C

query
sites
8pf8C
K
 
E
Q
 
E
A
 
A
V
 
F
I
 
I
V
 
Y
D
 
E
C
 
A
I
 
I
R
 
R
T
 
T
P
 
P
M
 
R
G
 
G
R
 
K
S
 
Q
K
 
K
A
 
N
G
 
G
V
 
S
F
 
L
R
 
H
N
 
E
V
 
V
R
 
K
A
 
P
E
 
L
T
 
S
L
 
L
S
 
V
A
 
V
E
 
G
L
 
L
M
 
I
K
 
D
G
 
E
L
 
L
L
 
R
L
 
K
R
 
R
N
 
H
P
 
P
Q
 
D
L
 
L
D
 
D
P
 
E
N
 
N
T
 
L
I
 
I
E
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
I
W
 
L
G
 
G
C
 
C
V
 
V
Q
 
S
Q
 
P
T
 
V
L
 
G
E
 
D
Q
 
Q
G
 
G
F
 
G
N
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
A
 
A
S
 
V
L
 
L
L
 
A
A
 
S
G
 
G
I
 
M
P
 
P
K
 
V
T
 
T
A
 
S
G
 
G
A
 
G
V
 
V
T
 
Q
V
 
L
N
 
N
R
 
R
L
x
F
C
 
C
G
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
L
E
 
E
A
 
A
I
 
V
H
 
N
Q
 
T
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
K
I
 
V
M
 
R
T
 
S
G
 
G
M
 
W
G
 
D
D
 
D
T
 
L
F
 
V
I
 
L
I
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
S
M
 
M
G
 
S
H
 
R
V
 
V
P
 
P
M
 
M
N
 
G
H
 
S
-
 
D
-
 
G
-
 
G
G
 
A
V
x
M
D
 
G
F
 
L
H
 
D
P
 
P
G
 
A
L
 
T
A
 
N
N
 
Y
N
 
D
V
 
V
A
 
M
K
x
F
A
 
V
S
 
P
G
 
Q
M
 
S
M
 
I
G
 
G
L
 
-
T
 
-
A
 
A
E
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
A
K
 
T
L
 
I
H
 
E
G
 
G
I
 
F
T
 
S
R
 
R
E
 
E
Q
 
D
Q
 
V
D
 
D
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
V
 
L
R
 
R
S
 
S
H
 
Q
Q
 
Q
R
 
K
A
 
A
Y
 
A
A
 
E
A
 
A
T
 
W
I
 
S
E
 
G
G
 
G
R
 
Y
F
 
F
A
 
A
K
 
K
E
 
S
I
 
V
Y
 
V
G
 
P
I
 
V
E
 
-
G
 
-
H
 
R
D
 
D
A
 
Q
T
 
N
G
 
G
A
 
L
L
 
L
I
 
I
K
 
-
V
 
L
L
 
D
Q
 
H
D
 
D
E
 
E
V
 
H
I
 
M
R
 
R
P
 
P
E
 
D
T
 
T
T
 
T
M
 
K
E
 
E
S
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
K
L
 
L
R
 
K
P
 
P
V
 
A
F
 
F
-
 
E
-
 
G
-
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
G
-
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
K
-
 
Y
-
 
H
-
 
W
-
 
V
D
 
E
P
 
K
V
 
I
N
 
N
G
 
H
T
 
V
V
 
H
T
 
T
A
 
G
G
 
G
T
 
N
S
 
S
S
 
S
A
 
G
L
 
I
S
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
A
A
 
L
M
 
V
L
 
M
I
 
I
M
 
G
E
 
S
E
 
A
S
 
A
K
 
A
A
 
G
R
 
K
A
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
L
P
 
T
I
 
P
R
 
R
A
 
A
R
 
R
I
 
I
R
 
V
S
 
A
M
 
T
A
 
A
V
 
T
A
 
S
G
 
G
C
 
A
D
 
D
A
 
P
A
 
V
I
 
I
M
 
M
G
 
L
Y
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
T
P
 
P
A
 
A
T
 
T
Q
 
R
K
 
K
A
 
V
L
 
L
A
 
D
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
L
T
 
T
V
 
V
N
 
D
D
 
D
L
 
I
D
 
D
V
 
L
I
 
F
E
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
A
A
 
S
Q
 
V
S
 
V
L
 
L
P
 
K
C
 
F
V
 
Q
K
 
K
D
 
D
L
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
L
D
 
N
V
 
I
V
 
P
D
 
D
E
 
E
K
 
K
I
 
L
N
 
N
L
 
V
N
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
A
L
 
M
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
L
G
 
G
C
 
A
S
 
T
G
 
G
A
 
A
R
 
M
I
 
I
S
 
L
T
 
G
T
 
T
L
 
M
I
 
V
N
 
D
L
 
E
M
 
L
E
 
E
H
 
R
K
 
R
D
 
N
A
 
A
T
 
R
L
 
R
G
 
A
L
 
L
A
 
I
T
 
T
M
 
L
C
 
C
I
 
I
G
 
G
L
 
G
G
 
G
Q
 
M
G
 
G
I
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
I
F
 
I
E
 
E
R
 
R
V
 
V

8oqsC Structure of mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with fragment-m-83
41% identity, 100% coverage: 2:387/387 of query aligns to 2:402/402 of 8oqsC

query
sites
8oqsC
K
 
E
Q
 
E
A
 
A
V
 
F
I
 
I
V
 
Y
D
 
E
C
 
A
I
 
I
R
 
R
T
 
T
P
 
P
M
 
R
G
 
G
R
 
K
S
 
Q
K
 
K
A
 
N
G
 
G
V
 
S
F
 
L
R
 
H
N
 
E
V
 
V
R
 
K
A
 
P
E
 
L
T
 
S
L
 
L
S
 
V
A
 
V
E
 
G
L
 
L
M
 
I
K
 
D
G
 
E
L
 
L
L
 
R
L
 
K
R
 
R
N
 
H
P
 
P
Q
 
D
L
 
L
D
 
D
P
 
E
N
 
N
T
 
L
I
 
I
E
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
I
W
 
L
G
 
G
C
 
C
V
 
V
Q
 
S
Q
 
P
T
 
V
L
 
G
E
 
D
Q
 
Q
G
 
G
F
 
G
N
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
A
 
A
S
 
V
L
 
L
L
 
A
A
 
S
G
 
G
I
 
M
P
 
P
K
 
V
T
 
T
A
 
S
G
 
G
A
 
G
V
 
V
T
 
Q
V
 
L
N
 
N
R
 
R
L
x
F
C
 
C
G
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
L
E
 
E
A
 
A
I
 
V
H
 
N
Q
 
T
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
K
I
 
V
M
 
R
T
 
S
G
 
G
M
 
W
G
 
D
D
 
D
T
 
L
F
 
V
I
 
L
I
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
S
M
 
M
G
 
S
H
 
R
V
 
V
P
 
P
M
|
M
N
 
G
H
 
S
-
 
D
-
 
G
-
 
G
G
 
A
V
 
M
D
 
G
F
 
L
H
 
D
P
 
P
G
 
A
L
 
T
A
 
N
N
 
Y
N
 
D
V
 
V
A
 
M
K
x
F
A
x
V
S
 
P
G
x
Q
M
 
S
M
 
I
G
 
G
L
 
-
T
 
-
A
 
A
E
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
A
K
 
T
L
 
I
H
 
E
G
 
G
I
 
F
T
 
S
R
 
R
E
 
E
Q
 
D
Q
 
V
D
 
D
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
V
 
L
R
 
R
S
 
S
H
 
Q
Q
 
Q
R
 
K
A
 
A
Y
 
A
A
 
E
A
 
A
T
 
W
I
 
S
E
 
G
G
 
G
R
 
Y
F
 
F
A
 
A
K
 
K
E
 
S
I
 
V
Y
 
V
G
 
P
I
 
V
E
 
-
G
 
-
H
 
R
D
 
D
A
 
Q
T
 
N
G
 
G
A
 
L
L
 
L
I
 
I
K
 
-
V
 
L
L
 
D
Q
 
H
D
 
D
E
 
E
V
 
H
I
 
M
R
 
R
P
 
P
E
 
D
T
 
T
T
 
T
M
 
K
E
 
E
S
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
K
L
 
L
R
 
K
P
 
P
V
 
A
F
 
F
-
 
E
-
 
G
-
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
G
-
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
K
-
 
Y
-
 
H
-
 
W
-
 
V
D
 
E
P
 
K
V
 
I
N
 
N
G
 
H
T
 
V
V
 
H
T
 
T
A
 
G
G
 
G
T
 
N
S
 
S
S
 
S
A
 
G
L
 
I
S
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
A
A
 
L
M
 
V
L
 
M
I
 
I
M
 
G
E
 
S
E
 
A
S
 
A
K
 
A
A
 
G
R
 
K
A
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
L
P
 
T
I
 
P
R
 
R
A
 
A
R
 
R
I
 
I
R
 
V
S
 
A
M
 
T
A
 
A
V
 
T
A
 
S
G
 
G
C
 
A
D
 
D
A
 
P
A
 
V
I
 
I
M
|
M
G
 
L
Y
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
T
P
 
P
A
 
A
T
 
T
Q
 
R
K
 
K
A
 
V
L
 
L
A
 
D
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
L
T
 
T
V
 
V
N
 
D
D
 
D
L
 
I
D
 
D
V
 
L
I
 
F
E
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
A
A
 
S
Q
 
V
S
 
V
L
 
L
P
 
K
C
 
F
V
 
Q
K
 
K
D
 
D
L
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
L
D
 
N
V
 
I
V
 
P
D
 
D
E
 
E
K
 
K
I
 
L
N
 
N
L
 
V
N
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
A
L
 
M
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
L
G
 
G
C
 
A
S
 
T
G
 
G
A
 
A
R
 
M
I
 
I
S
 
L
T
 
G
T
 
T
L
 
M
I
 
V
N
 
D
L
 
E
M
 
L
E
 
E
H
 
R
K
 
R
D
 
N
A
 
A
T
 
R
L
 
R
G
 
A
L
 
L
A
 
I
T
 
T
M
 
L
C
 
C
I
 
I
G
|
G
L
x
G
G
 
G
Q
 
M
G
 
G
I
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
I
F
 
I
E
 
E
R
 
R
V
 
V

8oqpC Structure of mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with fragment-m-76
41% identity, 100% coverage: 2:387/387 of query aligns to 2:402/402 of 8oqpC

query
sites
8oqpC
K
 
E
Q
 
E
A
 
A
V
 
F
I
 
I
V
 
Y
D
x
E
C
 
A
I
 
I
R
 
R
T
 
T
P
 
P
M
 
R
G
 
G
R
 
K
S
 
Q
K
 
K
A
 
N
G
 
G
V
 
S
F
 
L
R
 
H
N
 
E
V
 
V
R
 
K
A
 
P
E
 
L
T
 
S
L
 
L
S
 
V
A
 
V
E
 
G
L
 
L
M
 
I
K
 
D
G
 
E
L
 
L
L
 
R
L
 
K
R
 
R
N
 
H
P
 
P
Q
 
D
L
 
L
D
 
D
P
 
E
N
 
N
T
 
L
I
 
I
E
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
I
W
 
L
G
 
G
C
 
C
V
 
V
Q
 
S
Q
 
P
T
 
V
L
 
G
E
 
D
Q
 
Q
G
 
G
F
 
G
N
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
A
 
A
S
 
V
L
 
L
L
 
A
A
 
S
G
 
G
I
 
M
P
 
P
K
 
V
T
 
T
A
 
S
G
 
G
A
 
G
V
 
V
T
 
Q
V
 
L
N
 
N
R
 
R
L
 
F
C
 
C
G
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
L
E
 
E
A
 
A
I
 
V
H
 
N
Q
 
T
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
K
I
 
V
M
 
R
T
 
S
G
 
G
M
 
W
G
 
D
D
 
D
T
 
L
F
 
V
I
 
L
I
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
S
M
 
M
G
 
S
H
 
R
V
 
V
P
 
P
M
 
M
N
 
G
H
 
S
-
 
D
-
 
G
-
 
G
G
 
A
V
 
M
D
 
G
F
 
L
H
 
D
P
 
P
G
 
A
L
 
T
A
 
N
N
 
Y
N
 
D
V
 
V
A
 
M
K
 
F
A
 
V
S
 
P
G
 
Q
M
 
S
M
 
I
G
 
G
L
 
-
T
 
-
A
 
A
E
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
A
K
 
T
L
 
I
H
 
E
G
 
G
I
 
F
T
 
S
R
 
R
E
 
E
Q
 
D
Q
 
V
D
 
D
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
V
 
L
R
 
R
S
 
S
H
 
Q
Q
 
Q
R
 
K
A
 
A
Y
 
A
A
 
E
A
 
A
T
 
W
I
 
S
E
 
G
G
 
G
R
 
Y
F
 
F
A
 
A
K
|
K
E
 
S
I
 
V
Y
 
V
G
 
P
I
 
V
E
 
-
G
 
-
H
 
R
D
 
D
A
 
Q
T
 
N
G
 
G
A
 
L
L
 
L
I
 
I
K
 
-
V
 
L
L
 
D
Q
 
H
D
 
D
E
 
E
V
 
H
I
 
M
R
 
R
P
 
P
E
 
D
T
 
T
T
 
T
M
 
K
E
 
E
S
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
K
L
 
L
R
 
K
P
 
P
V
 
A
F
 
F
-
 
E
-
 
G
-
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
G
-
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
K
-
 
Y
-
 
H
-
 
W
-
 
V
D
 
E
P
 
K
V
 
I
N
 
N
G
 
H
T
 
V
V
 
H
T
 
T
A
 
G
G
 
G
T
 
N
S
 
S
S
 
S
A
 
G
L
 
I
S
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
A
A
 
L
M
 
V
L
 
M
I
 
I
M
 
G
E
 
S
E
 
A
S
 
A
K
 
A
A
 
G
R
 
K
A
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
L
P
x
T
I
 
P
R
|
R
A
 
A
R
 
R
I
 
I
R
 
V
S
 
A
M
 
T
A
 
A
V
 
T
A
 
S
G
 
G
C
 
A
D
 
D
A
 
P
A
 
V
I
 
I
M
 
M
G
 
L
Y
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
T
P
 
P
A
 
A
T
 
T
Q
 
R
K
 
K
A
 
V
L
 
L
A
 
D
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
L
T
 
T
V
 
V
N
 
D
D
 
D
L
 
I
D
 
D
V
 
L
I
 
F
E
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
A
A
 
S
Q
 
V
S
 
V
L
 
L
P
 
K
C
 
F
V
 
Q
K
 
K
D
 
D
L
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
L
D
 
N
V
 
I
V
 
P
D
 
D
E
 
E
K
 
K
I
 
L
N
 
N
L
 
V
N
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
A
L
 
M
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
L
G
 
G
C
 
A
S
 
T
G
 
G
A
 
A
R
 
M
I
 
I
S
 
L
T
 
G
T
 
T
L
 
M
I
 
V
N
 
D
L
 
E
M
 
L
E
 
E
H
x
R
K
x
R
D
 
N
A
 
A
T
 
R
L
 
R
G
 
A
L
 
L
A
 
I
T
 
T
M
 
L
C
 
C
I
 
I
G
 
G
L
 
G
G
 
G
Q
 
M
G
 
G
I
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
I
F
 
I
E
 
E
R
 
R
V
 
V

4b3iC Crystal structure of mycobacterium tuberculosis fatty acid beta-oxidation complex with coenzymea bound at the hydratase active sites (see paper)
41% identity, 100% coverage: 2:387/387 of query aligns to 2:402/402 of 4b3iC

query
sites
4b3iC
K
 
E
Q
 
E
A
 
A
V
 
F
I
 
I
V
 
Y
D
 
E
C
 
A
I
 
I
R
 
R
T
 
T
P
 
P
M
 
R
G
 
G
R
 
K
S
 
Q
K
 
K
A
 
N
G
 
G
V
 
S
F
 
L
R
 
H
N
 
E
V
 
V
R
 
K
A
 
P
E
 
L
T
 
S
L
 
L
S
 
V
A
 
V
E
 
G
L
 
L
M
 
I
K
 
D
G
 
E
L
 
L
L
 
R
L
 
K
R
 
R
N
 
H
P
 
P
Q
 
D
L
 
L
D
 
D
P
 
E
N
 
N
T
 
L
I
 
I
E
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
I
W
 
L
G
 
G
C
 
C
V
 
V
Q
 
S
Q
 
P
T
 
V
L
 
G
E
 
D
Q
 
Q
G
 
G
F
 
G
N
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
A
 
A
S
 
V
L
 
L
L
 
A
A
 
S
G
 
G
I
 
M
P
 
P
K
 
V
T
 
T
A
 
S
G
 
G
A
 
G
V
 
V
T
 
Q
V
 
L
N
 
N
R
 
R
L
 
F
C
|
C
G
 
A
S
 
S
S
 
G
M
 
L
E
 
E
A
 
A
I
 
V
H
 
N
Q
 
T
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
K
I
 
V
M
 
R
T
 
S
G
 
G
M
 
W
G
 
D
D
 
D
T
 
L
F
 
V
I
 
L
I
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
S
M
 
M
G
 
S
H
 
R
V
 
V
P
 
P
M
 
M
N
 
G
H
 
S
-
 
D
-
 
G
-
 
G
G
 
A
V
 
M
D
 
G
F
 
L
H
 
D
P
 
P
G
 
A
L
 
T
A
 
N
N
 
Y
N
 
D
V
 
V
A
 
M
K
 
F
A
 
V
S
 
P
G
 
Q
M
 
S
M
 
I
G
 
G
L
 
-
T
 
-
A
 
A
E
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
A
K
 
T
L
 
I
H
 
E
G
 
G
I
 
F
T
 
S
R
 
R
E
 
E
Q
 
D
Q
 
V
D
 
D
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
V
 
L
R
 
R
S
 
S
H
 
Q
Q
 
Q
R
 
K
A
 
A
Y
 
A
A
 
E
A
 
A
T
 
W
I
 
S
E
 
G
G
 
G
R
 
Y
F
 
F
A
 
A
K
 
K
E
 
S
I
 
V
Y
 
V
G
 
P
I
 
V
E
 
-
G
 
-
H
 
R
D
 
D
A
 
Q
T
 
N
G
 
G
A
 
L
L
 
L
I
 
I
K
 
-
V
 
L
L
 
D
Q
 
H
D
 
D
E
 
E
V
 
H
I
 
M
R
 
R
P
 
P
E
 
D
T
 
T
T
 
T
M
 
K
E
 
E
S
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
K
L
 
L
R
 
K
P
 
P
V
 
A
F
 
F
-
 
E
-
 
G
-
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
G
-
 
G
-
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
K
-
 
Y
-
x
H
-
x
W
-
 
V
D
 
E
P
 
K
V
 
I
N
 
N
G
 
H
T
 
V
V
 
H
T
 
T
A
 
G
G
 
G
T
 
N
S
 
S
S
 
S
A
 
G
L
 
I
S
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
A
A
 
L
M
 
V
L
 
M
I
 
I
M
 
G
E
 
S
E
 
A
S
 
A
K
 
A
A
 
G
R
 
K
A
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
L
P
 
T
I
 
P
R
 
R
A
 
A
R
 
R
I
 
I
R
 
V
S
 
A
M
 
T
A
 
A
V
 
T