SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 200227 FitnessBrowser__MR1:200227 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6svfA Crystal structure of the p235gk mutant of argbp from t. Maritima (see paper)
46% identity, 89% coverage: 23:239/244 of query aligns to 7:223/229 of 6svfA

query
sites
6svfA
K
 
K
S
 
S
E
 
R
D
 
G
V
 
Y
L
 
L
V
 
L
V
 
V
G
 
G
T
 
L
N
 
S
A
 
A
A
 
D
F
|
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
E
Y
 
F
V
 
V
G
 
D
G
 
-
Q
 
E
S
 
N
G
 
G
D
 
N
E
 
-
I
 
I
K
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
E
 
D
L
 
L
A
 
A
K
 
K
Q
 
E
I
 
I
A
 
A
K
 
R
D
 
R
A
 
L
G
 
G
K
 
V
T
 
E
L
 
L
K
 
K
V
 
I
E
 
V
N
 
D
M
 
M
K
 
T
F
|
F
D
 
D
S
 
G
L
 
L
I
 
I
V
 
P
A
 
S
L
 
L
N
 
L
S
 
T
G
 
K
K
 
K
I
 
I
D
 
D
F
 
V
I
 
I
A
 
I
S
|
S
G
|
G
M
|
M
T
|
T
I
 
I
T
 
T
P
 
E
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
A
 
K
S
 
V
V
 
V
N
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
E
 
D
A
 
A
T
 
G
Q
 
Q
V
 
V
L
 
I
L
 
V
V
 
V
N
 
R
K
 
K
D
 
D
N
 
S
E
 
D
-
 
F
S
 
R
I
 
P
H
 
K
T
 
T
L
 
Y
D
 
E
D
 
D
I
 
L
K
 
V
D
 
G
K
 
K
H
 
T
F
 
V
A
 
A
V
 
V
Q
|
Q
L
 
I
G
 
G
S
x
T
T
|
T
A
 
G
D
 
D
M
 
I
M
 
E
S
 
V
K
 
S
K
 
K
Y
 
Y
T
 
D
Q
 
G
-
 
I
K
 
K
V
 
V
T
 
V
A
 
R
F
 
F
N
 
D
T
 
K
G
 
F
F
 
T
E
 
D
A
 
A
I
 
F
M
 
L
E
 
E
L
 
L
K
 
K
N
 
R
G
 
G
K
 
R
V
 
A
D
 
D
L
 
A
V
 
V
L
 
V
F
 
L
D
|
D
S
 
S
E
 
A
P
 
T
A
 
A
A
 
R
N
 
A
Y
 
F
L
 
V
A
 
A
K
 
K
N
 
N
P
 
P
D
 
D
L
 
L
K
 
V
L
 
I
I
 
S
K
 
S
L
 
G
D
 
V
F
 
L
P
 
S
P
 
S
E
 
E
F
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
F
 
I
A
 
A
V
 
V
S
 
R
K
 
K
Q
 
E
Q
 
D
P
 
T
E
 
D
L
 
L
L
 
L
N
 
E
S
 
F
I
 
I
N
 
N
H
 
S
T
 
V
L
 
L
K
 
R
N
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
K
N
 
S
G
 
G
Q
 
K
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
V
L
 
L
V
 
I

4zv1A An ancestral arginine-binding protein bound to arginine (see paper)
45% identity, 86% coverage: 28:238/244 of query aligns to 6:220/226 of 4zv1A

query
sites
4zv1A
L
 
L
V
 
R
V
 
V
G
 
G
T
 
T
N
x
E
A
 
A
A
 
T
F
|
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
G
Y
 
F
V
 
-
G
 
-
G
 
K
Q
 
D
S
 
E
G
 
N
D
 
G
E
 
K
I
 
L
K
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
D
L
 
L
A
 
A
K
 
K
Q
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
K
D
 
K
A
 
L
G
 
G
K
 
V
T
 
K
L
 
V
K
 
E
V
 
F
E
 
K
N
 
P
M
 
M
K
 
D
F
|
F
D
 
D
S
 
G
L
 
I
I
 
I
V
 
P
A
 
A
L
 
L
N
 
Q
S
 
S
G
 
G
K
 
K
I
 
I
D
 
D
F
 
V
I
 
V
A
 
I
S
x
A
G
|
G
M
|
M
T
|
T
I
 
I
T
 
T
P
 
E
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
A
 
K
S
 
Q
V
 
V
N
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
G
Q
 
Q
V
 
A
L
 
I
L
 
V
V
 
V
N
 
K
K
 
K
D
 
G
N
 
N
E
 
D
S
 
S
I
 
I
H
 
K
T
 
S
L
 
L
D
 
E
D
 
D
I
 
L
K
 
K
D
 
G
K
 
K
H
 
K
F
 
V
A
 
G
V
 
V
Q
|
Q
L
 
L
G
 
G
S
|
S
T
|
T
A
 
S
D
 
E
M
 
Q
M
 
H
S
 
V
K
 
K
K
 
K
Y
 
V
T
 
A
Q
 
K
-
 
D
-
 
A
-
 
G
-
 
V
K
 
K
V
 
V
T
 
K
A
 
K
F
 
F
N
 
D
T
 
N
G
 
F
F
 
S
E
 
E
A
 
A
I
 
F
M
 
Q
E
 
E
L
 
L
K
 
K
N
 
S
G
 
G
K
 
R
V
 
V
D
 
D
L
 
A
V
 
V
L
 
V
F
 
T
D
|
D
S
 
N
E
 
A
P
 
V
A
 
A
A
 
L
N
 
A
Y
 
Y
L
 
V
A
 
K
K
 
Q
N
 
N
P
 
P
D
 
N
-
 
A
-
 
G
L
 
V
K
 
K
L
 
I
I
 
V
K
 
G
L
 
E
D
 
T
F
 
F
P
 
S
P
 
G
E
 
E
F
 
P
Y
 
Y
G
 
G
F
 
I
A
 
A
V
 
V
S
 
R
K
 
K
Q
 
G
Q
 
N
P
 
S
E
 
E
L
 
L
L
 
L
N
 
E
S
 
K
I
 
I
N
 
N
H
 
K
T
 
A
L
 
L
K
 
E
N
 
E
L
 
M
K
 
K
E
 
K
N
 
D
G
 
G
Q
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
K
L
 
I

4zv2A An ancestral arginine-binding protein bound to glutamine (see paper)
45% identity, 86% coverage: 28:238/244 of query aligns to 6:218/225 of 4zv2A

query
sites
4zv2A
L
 
L
V
 
R
V
 
V
G
 
G
T
 
T
N
x
E
A
 
A
A
 
T
F
|
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
G
Y
 
F
V
 
-
G
 
-
G
 
K
Q
 
D
S
 
E
G
 
N
D
 
G
E
 
K
I
 
L
K
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
D
L
 
L
A
 
A
K
 
K
Q
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
K
D
 
K
A
 
L
G
 
G
K
 
V
T
 
K
L
 
V
K
 
E
V
 
F
E
 
K
N
 
P
M
 
M
K
 
D
F
|
F
D
 
D
S
 
G
L
 
I
I
 
I
V
 
P
A
 
A
L
 
L
N
 
Q
S
 
S
G
 
G
K
 
K
I
 
I
D
 
D
F
 
V
I
 
V
A
 
I
S
 
A
G
|
G
M
|
M
T
|
T
I
 
I
T
 
T
P
 
E
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
A
 
K
S
 
Q
V
 
V
N
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
G
Q
 
Q
V
 
A
L
 
I
L
 
V
V
 
V
N
 
K
K
 
K
D
 
G
N
 
N
E
 
D
S
 
S
I
 
I
H
 
K
T
 
S
L
 
L
D
 
E
D
 
D
I
 
L
K
 
K
D
 
G
K
 
K
H
 
K
F
 
V
A
 
G
V
 
V
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
|
S
T
|
T
A
 
S
D
 
E
M
 
Q
M
 
H
S
 
V
K
 
K
K
 
K
Y
 
V
T
 
A
Q
 
A
-
 
G
-
 
V
K
 
K
V
 
V
T
 
K
A
 
K
F
 
F
N
 
D
T
 
N
G
 
F
F
 
S
E
 
E
A
 
A
I
 
F
M
 
Q
E
 
E
L
 
L
K
 
K
N
 
S
G
 
G
K
 
R
V
 
V
D
 
D
L
 
A
V
 
V
L
 
V
F
 
T
D
|
D
S
 
N
E
 
A
P
 
V
A
 
A
A
 
L
N
 
A
Y
 
Y
L
 
V
A
 
K
K
 
Q
N
 
N
P
 
P
D
 
N
-
 
A
-
 
G
L
 
V
K
 
K
L
 
I
I
 
V
K
 
G
L
 
E
D
 
T
F
 
F
P
 
S
P
 
G
E
 
E
F
 
P
Y
 
Y
G
 
G
F
 
I
A
 
A
V
 
V
S
 
R
K
 
K
Q
 
G
Q
 
N
P
 
S
E
 
E
L
 
L
L
 
L
N
 
E
S
 
K
I
 
I
N
 
N
H
 
K
T
 
A
L
 
L
K
 
E
N
 
E
L
 
M
K
 
K
E
 
K
N
 
D
G
 
G
Q
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
K
L
 
I

4ymxA Crystal structure of the substrate binding protein of an amino acid abc transporter (see paper)
39% identity, 89% coverage: 27:244/244 of query aligns to 2:223/224 of 4ymxA

query
sites
4ymxA
V
 
V
L
 
I
V
 
V
V
 
M
G
 
G
T
 
T
N
x
S
A
 
A
A
x
D
F
|
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
E
Y
 
F
V
 
H
G
 
K
G
 
V
Q
 
E
S
 
G
G
 
G
-
 
K
D
 
D
E
 
E
I
 
I
K
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
D
L
 
I
A
 
A
K
 
N
Q
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
K
D
 
K
A
 
L
G
 
G
K
 
V
T
 
K
L
 
L
K
 
E
V
 
I
E
 
K
N
 
D
M
 
M
K
 
D
F
|
F
D
 
K
S
 
G
L
 
L
I
 
I
V
 
P
A
 
A
L
 
L
N
 
Q
S
 
A
G
 
G
K
 
R
I
 
V
D
 
D
F
 
M
I
 
V
A
 
I
S
x
A
G
|
G
M
|
M
T
|
T
I
 
P
T
 
T
P
 
A
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
A
 
K
S
 
S
V
 
V
N
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
L
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
D
A
 
S
T
 
R
Q
 
Q
V
 
V
L
 
V
L
 
V
V
 
V
N
 
-
K
 
K
D
 
N
N
 
D
E
 
S
S
 
P
I
 
I
H
 
S
T
 
K
L
 
F
D
 
D
D
 
D
I
 
L
K
 
K
D
 
V
K
 
K
H
 
T
F
 
I
A
 
A
V
 
V
Q
|
Q
L
 
I
G
 
G
S
x
T
T
|
T
A
 
S
D
 
E
M
 
E
M
 
A
S
 
A
K
 
K
K
 
K
Y
 
I
T
 
P
Q
 
N
-
 
V
K
 
K
V
 
L
T
 
K
A
 
Q
F
 
L
N
 
N
T
 
R
G
 
V
F
 
S
E
 
D
A
 
E
I
 
F
M
 
M
E
 
D
L
 
L
K
 
Q
N
 
N
G
 
G
K
 
R
V
 
C
D
 
D
L
 
A
V
 
I
L
 
V
F
 
V
D
x
E
S
 
D
E
 
T
P
 
V
A
 
A
A
 
K
N
 
A
Y
 
Y
L
 
L
A
 
K
K
 
E
N
 
Y
P
 
K
D
 
D
L
 
M
K
 
K
L
 
I
I
 
L
K
 
Y
L
 
M
D
 
D
F
 
E
P
 
I
P
 
N
E
 
N
F
 
V
-
 
E
-
 
N
-
 
G
Y
 
S
G
 
A
F
 
V
A
 
A
V
 
V
S
 
A
K
 
K
Q
 
G
Q
 
N
P
 
K
E
 
S
L
 
L
L
 
L
N
 
D
S
 
V
I
 
V
N
 
N
H
 
E
T
 
V
L
 
I
K
 
K
N
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
Q
N
 
S
G
 
G
Q
 
E
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
K
L
 
L
V
 
V
S
 
D
A
 
K
H
 
W
I
 
F
K
 
K

5t0wA Crystal structure of the ancestral amino acid-binding protein anccdt- 1, a precursor of cyclohexadienyl dehydratase
40% identity, 89% coverage: 28:244/244 of query aligns to 12:229/229 of 5t0wA

query
sites
5t0wA
L
 
L
V
 
R
V
 
V
G
 
G
T
 
T
N
x
D
A
 
A
A
 
D
F
x
Y
P
 
K
P
 
P
F
 
F
E
 
S
Y
 
F
V
 
-
G
 
-
G
 
K
Q
 
D
S
 
K
G
 
N
D
 
G
E
 
Q
I
 
Y
K
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
D
L
 
L
A
 
A
K
 
K
Q
 
A
I
 
L
A
 
A
K
 
K
D
 
E
A
 
L
G
 
G
K
 
V
T
 
K
L
 
V
K
 
E
V
 
F
E
 
V
N
 
P
M
 
T
K
 
T
F
x
W
D
 
D
S
 
G
L
 
I
I
 
I
V
 
P
A
 
A
L
 
L
N
 
Q
S
 
T
G
 
G
K
 
K
I
 
F
D
 
D
F
 
I
I
 
V
A
 
M
S
|
S
G
|
G
M
|
M
T
|
T
I
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
A
 
K
S
 
K
V
 
V
N
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
M
E
 
T
A
 
A
T
 
G
Q
 
Q
V
 
T
L
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
K
K
 
K
D
 
D
N
 
N
-
 
A
E
 
D
S
 
K
I
 
I
H
 
K
T
 
S
L
 
F
D
 
E
D
 
D
I
 
L
K
 
N
-
 
K
-
 
P
D
 
D
K
 
V
H
 
K
F
 
V
A
 
A
V
 
V
Q
|
Q
L
 
L
G
 
G
S
x
T
T
|
T
A
 
S
D
 
E
M
 
Q
M
 
A
S
 
A
K
 
K
K
 
E
Y
 
F
-
 
L
-
 
P
T
 
K
Q
 
A
K
 
K
V
 
I
T
 
R
A
 
T
F
 
F
N
 
E
T
 
N
G
 
N
F
 
A
E
 
E
A
 
A
I
 
F
M
 
Q
E
 
E
L
 
V
K
 
V
N
 
S
G
 
G
K
 
R
V
 
A
D
 
D
L
 
A
V
 
M
L
 
V
F
 
T
D
|
D
S
 
S
E
 
-
P
 
P
A
 
V
A
 
A
N
 
A
Y
 
Y
L
 
Y
A
 
A
K
 
K
N
 
-
P
 
-
D
 
-
L
 
L
K
 
A
L
 
V
I
 
V
K
 
V
L
 
V
D
 
D
-
 
E
-
 
P
F
 
F
P
 
T
P
 
H
E
 
E
F
 
P
Y
 
L
G
 
G
F
 
F
A
 
A
V
 
I
S
 
R
K
 
K
Q
 
G
Q
 
D
P
 
P
E
 
E
L
 
L
L
 
L
N
 
N
S
 
W
I
 
V
N
 
N
H
 
N
T
 
W
L
 
L
K
 
K
N
 
Q
L
 
M
K
 
K
E
 
K
N
 
D
G
 
G
Q
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
K
L
 
L
V
 
Y
S
 
E
A
 
K
H
 
W
I
 
F
K
 
K

2q2aA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
39% identity, 89% coverage: 22:238/244 of query aligns to 7:225/241 of 2q2aA

query
sites
2q2aA
G
 
G
K
 
A
S
 
T
E
 
K
D
 
K
V
 
K
L
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
G
T
 
T
N
x
D
A
 
A
A
 
A
F
|
F
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
Y
 
Y
V
 
M
G
 
-
G
 
-
Q
 
Q
S
 
K
G
 
G
D
 
-
E
 
K
I
 
I
K
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
E
 
D
L
 
L
A
 
L
K
 
D
Q
 
A
I
 
V
A
 
M
K
 
K
D
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
L
T
 
D
L
 
Y
K
 
E
V
 
L
E
 
K
N
 
N
M
 
I
K
 
G
F
x
W
D
 
D
S
 
P
L
 
L
I
 
F
V
 
A
A
 
S
L
 
L
N
 
Q
S
 
S
G
 
K
K
 
E
I
 
V
D
 
D
F
 
M
I
 
G
A
 
I
S
|
S
G
|
G
M
x
I
T
|
T
I
 
I
T
 
T
P
 
D
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
A
 
Q
S
 
S
V
 
Y
N
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
Q
 
Q
V
 
V
L
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
-
K
 
K
D
 
Q
N
 
G
E
 
S
S
 
P
I
 
V
H
 
K
T
 
N
L
 
A
D
 
L
D
 
D
I
 
L
K
 
K
D
 
G
K
 
K
H
 
T
F
 
I
A
 
G
V
 
V
Q
|
Q
L
 
N
G
 
A
S
x
T
T
|
T
A
 
G
D
 
Q
M
 
E
M
 
A
S
 
A
K
 
E
K
 
K
Y
 
L
T
 
F
Q
 
G
K
 
K
-
 
G
-
 
P
-
 
H
V
 
I
T
 
K
A
 
K
F
 
F
N
 
E
T
 
T
G
 
T
F
 
V
E
 
V
A
 
A
I
 
I
M
 
M
E
 
E
L
 
L
K
 
L
N
 
N
G
 
G
K
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
A
V
 
V
L
 
I
F
 
T
D
|
D
S
 
N
E
 
A
P
 
V
A
 
A
A
 
N
N
 
E
Y
 
Y
L
 
V
A
 
K
K
 
N
N
 
N
P
 
P
D
 
N
L
 
K
K
 
K
L
 
L
I
 
Q
K
 
V
L
 
I
D
 
E
-
 
D
-
 
P
-
 
K
-
 
N
F
 
F
P
 
A
P
 
S
E
 
E
F
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
F
 
M
A
 
I
V
 
F
S
 
P
K
 
K
Q
 
N
Q
 
S
P
 
-
E
 
E
L
 
L
L
 
K
N
 
A
S
 
K
I
 
V
N
 
D
H
 
E
T
 
A
L
 
L
K
 
K
N
 
N
L
 
V
K
 
I
E
 
N
N
 
S
G
 
G
Q
 
K
Y
 
Y
Q
 
T
A
 
E
L
 
I

2pvuA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
39% identity, 88% coverage: 22:235/244 of query aligns to 1:216/235 of 2pvuA

query
sites
2pvuA
G
 
G
K
 
A
S
 
T
E
 
K
D
 
K
V
 
K
L
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
G
T
 
T
N
 
D
A
 
A
A
 
A
F
|
F
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
Y
 
Y
V
 
M
G
 
-
G
 
-
Q
 
Q
S
 
K
G
 
G
D
 
-
E
 
K
I
 
I
K
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
E
 
D
L
 
L
A
 
L
K
 
D
Q
 
A
I
 
V
A
 
M
K
 
K
D
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
L
T
 
D
L
 
Y
K
 
E
V
 
L
E
 
K
N
 
N
M
 
I
K
 
G
F
x
W
D
 
D
S
 
P
L
 
L
I
 
F
V
 
A
A
 
S
L
 
L
N
 
Q
S
 
S
G
 
K
K
 
E
I
 
V
D
 
D
F
 
M
I
 
G
A
 
I
S
 
S
G
|
G
M
x
I
T
|
T
I
 
I
T
 
T
P
 
D
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
A
 
Q
S
 
S
V
 
Y
N
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
Q
 
Q
V
 
V
L
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
-
K
 
K
D
 
Q
N
 
G
E
 
S
S
 
P
I
 
V
H
 
K
T
 
N
L
 
A
D
 
L
D
 
D
I
 
L
K
 
K
D
 
G
K
 
K
H
 
T
F
 
I
A
 
G
V
 
V
Q
|
Q
L
 
N
G
 
A
S
x
T
T
|
T
A
 
G
D
 
Q
M
 
E
M
 
A
S
 
A
K
 
E
K
 
K
Y
 
L
T
 
F
Q
 
G
K
 
K
-
 
G
-
 
P
-
 
H
V
 
I
T
 
K
A
 
K
F
 
F
N
 
E
T
 
T
G
 
T
F
 
V
E
 
V
A
 
A
I
 
I
M
 
M
E
 
E
L
 
L
K
 
L
N
 
N
G
 
G
K
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
A
V
 
V
L
 
I
F
 
T
D
|
D
S
 
N
E
 
A
P
 
V
A
 
A
A
 
N
N
 
E
Y
 
Y
L
 
V
A
 
K
K
 
N
N
 
N
P
 
P
D
 
N
L
 
K
K
 
K
L
 
L
I
 
Q
K
 
V
L
 
I
D
 
E
-
 
D
-
 
P
-
 
K
-
 
N
F
 
F
P
 
A
P
 
S
E
 
E
F
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
F
 
M
A
 
I
V
 
F
S
 
P
K
 
K
Q
 
N
Q
 
S
P
 
-
E
 
E
L
 
L
L
 
K
N
 
A
S
 
K
I
 
V
N
 
D
H
 
E
T
 
A
L
 
L
K
 
K
N
 
N
L
 
V
K
 
I
E
 
N
N
 
S
G
 
G
Q
 
K
Y
 
Y

Q9Z869 Probable ABC transporter arginine-binding protein ArtJ from Chlamydia pneumoniae (Chlamydophila pneumoniae) (see paper)
35% identity, 91% coverage: 16:238/244 of query aligns to 18:247/259 of Q9Z869

query
sites
Q9Z869
L
 
L
L
 
S
L
 
L
A
 
T
G
 
S
C
 
C
G
 
E
K
 
S
S
 
K
E
 
I
D
 
D
-
 
R
-
 
N
-
 
R
V
 
I
L
 
W
V
 
I
V
 
V
G
 
G
T
 
T
N
|
N
A
 
A
A
 
T
F
 
Y
P
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
E
Y
 
Y
V
 
V
G
 
D
G
 
A
Q
 
Q
S
 
G
G
 
-
D
 
-
E
 
E
I
 
V
K
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
D
L
 
L
A
 
A
K
 
K
Q
 
A
I
 
I
A
 
S
K
 
E
D
 
K
A
 
L
G
 
G
K
 
K
T
 
Q
L
 
L
K
 
E
V
 
V
E
 
R
N
 
E
M
 
F
K
 
A
F
 
F
D
 
D
S
 
A
L
 
L
I
 
I
V
 
L
A
 
N
L
 
L
N
 
K
S
 
K
G
 
H
K
 
R
I
 
I
D
 
D
F
 
A
I
 
I
A
 
L
S
 
A
G
 
G
M
 
M
T
 
S
I
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
S
R
|
R
Q
 
Q
A
 
K
S
 
E
V
 
I
N
 
A
F
 
L
S
 
L
E
 
-
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
-
 
G
-
 
D
E
 
E
A
 
V
T
 
Q
Q
 
E
V
 
L
L
 
M
L
 
V
V
 
V
N
 
S
K
 
K
D
 
R
N
 
S
E
 
L
S
 
E
I
 
T
H
 
P
T
 
V
L
 
L
D
 
P
D
 
L
I
 
T
K
 
Q
D
 
Y
K
 
S
H
 
S
F
 
V
A
 
A
V
 
V
Q
 
Q
L
 
T
G
 
G
S
 
T
T
x
F
A
 
Q
D
 
E
-
 
H
-
 
Y
M
 
L
M
 
L
S
 
S
K
 
Q
K
 
P
Y
 
G
T
 
I
Q
 
-
K
 
C
V
 
V
T
 
R
A
 
S
F
 
F
N
 
D
T
 
S
G
 
T
F
 
L
E
 
E
A
 
V
I
 
I
M
 
M
E
 
E
L
 
V
K
 
R
N
 
Y
G
 
G
K
 
K
V
 
S
D
 
P
L
 
V
V
 
A
L
 
V
F
 
L
D
 
E
S
 
P
E
 
S
P
 
V
A
 
G
A
 
R
N
 
V
Y
 
V
L
 
L
A
 
K
K
 
D
N
 
F
P
 
P
D
 
N
L
 
L
K
 
V
L
 
A
I
 
T
K
 
R
L
 
L
D
 
E
F
 
L
P
 
P
P
 
P
E
 
E
F
 
C
Y
 
W
-
 
V
-
 
L
-
 
G
-
 
C
G
 
G
F
 
L
A
 
G
V
 
V
S
 
A
K
 
K
Q
 
D
Q
 
R
P
 
P
E
 
E
L
 
E
L
 
I
N
 
Q
S
 
T
I
 
I
N
 
Q
H
 
Q
T
 
A
L
 
I
K
 
T
N
 
D
L
 
L
K
 
K
E
 
S
N
 
E
G
 
G
Q
 
V
Y
 
I
Q
 
Q
A
 
S
L
 
L

3qaxB Crystal structure analysis of the cpb0502
35% identity, 87% coverage: 27:238/244 of query aligns to 5:220/235 of 3qaxB

query
sites
3qaxB
V
 
I
L
 
W
V
 
I
V
 
V
G
 
G
T
 
T
N
|
N
A
 
A
A
 
T
F
x
Y
P
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
E
Y
 
Y
V
 
V
G
 
D
G
 
A
Q
 
Q
S
 
G
G
 
-
D
 
-
E
 
E
I
 
V
K
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
D
L
 
L
A
 
A
K
 
K
Q
 
A
I
 
I
A
 
S
K
 
E
D
 
K
A
 
L
G
 
G
K
 
K
T
 
Q
L
 
L
K
 
E
V
 
V
E
 
R
N
 
E
M
 
F
K
 
A
F
|
F
D
 
D
S
 
A
L
 
L
I
 
I
V
 
L
A
 
N
L
 
L
N
 
K
S
 
K
G
 
H
K
 
R
I
 
I
D
 
D
F
 
A
I
 
I
A
 
L
S
x
A
G
|
G
M
 
M
T
x
S
I
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
S
R
|
R
Q
 
Q
A
 
K
S
 
E
V
 
I
N
 
A
F
 
L
S
 
L
E
 
-
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
-
 
G
-
 
D
E
 
E
A
 
V
T
 
Q
Q
 
E
V
 
L
L
 
M
L
 
V
V
 
V
N
 
S
K
 
K
D
 
R
N
 
S
E
 
L
S
 
E
I
 
T
H
 
P
T
 
V
L
 
L
D
 
P
D
 
L
I
 
T
K
 
Q
D
 
Y
K
 
S
H
 
S
F
 
V
A
 
A
V
 
V
Q
 
Q
L
 
T
G
 
G
S
x
T
T
x
Y
A
 
Q
D
 
E
-
 
H
-
 
Y
M
 
L
M
 
L
S
 
S
K
 
Q
K
 
P
Y
 
G
T
 
I
Q
 
-
K
 
C
V
 
V
T
 
R
A
 
S
F
 
F
N
 
D
T
 
S
G
 
T
F
 
L
E
 
E
A
 
V
I
 
I
M
 
M
E
 
E
L
 
V
K
 
R
N
 
Y
G
 
G
K
 
K
V
 
S
D
 
P
L
 
V
V
 
A
L
 
V
F
 
L
D
x
E
S
 
P
E
 
S
P
 
V
A
 
G
A
 
R
N
 
V
Y
 
V
L
 
L
A
 
K
K
 
D
N
 
F
P
 
P
D
 
N
L
 
L
K
 
V
L
 
A
I
 
T
K
 
R
L
 
L
D
 
E
F
 
L
P
 
P
P
 
P
E
 
E
F
 
C
Y
 
W
-
 
V
-
 
L
-
 
G
-
 
C
G
 
G
F
 
L
A
 
G
V
 
V
S
 
A
K
 
K
Q
 
D
Q
 
R
P
 
P
E
 
E
L
 
E
L
 
I
N
 
Q
S
 
T
I
 
I
N
 
Q
H
 
Q
T
 
A
L
 
I
K
 
T
N
 
D
L
 
L
K
 
K
E
 
S
N
 
E
G
 
G
Q
 
V
Y
 
I
Q
 
Q
A
 
S
L
 
L

2q2cA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
40% identity, 85% coverage: 28:235/244 of query aligns to 3:212/231 of 2q2cA

query
sites
2q2cA
L
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
G
T
 
T
N
 
D
A
 
A
A
 
A
F
|
F
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
Y
 
Y
V
 
M
G
 
-
G
 
-
Q
 
Q
S
 
K
G
 
G
D
 
-
E
 
K
I
 
I
K
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
E
 
D
L
 
L
A
 
L
K
 
D
Q
 
A
I
 
V
A
 
M
K
 
K
D
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
L
T
 
D
L
 
Y
K
 
E
V
 
L
E
 
K
N
 
N
M
 
I
K
 
G
F
x
W
D
 
D
S
 
P
L
 
L
I
 
F
V
 
A
A
 
S
L
 
L
N
 
Q
S
 
S
G
 
K
K
 
E
I
 
V
D
 
D
F
 
M
I
 
G
A
 
I
S
|
S
G
|
G
M
x
I
T
|
T
I
 
I
T
 
T
P
 
D
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
A
 
Q
S
 
S
V
 
Y
N
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
Q
 
Q
V
 
V
L
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
-
K
 
K
D
 
Q
N
 
G
E
 
S
S
 
P
I
 
V
H
 
K
T
 
N
L
 
A
D
 
L
D
 
D
I
 
L
K
 
K
D
 
G
K
 
K
H
 
T
F
 
I
A
 
G
V
 
V
Q
|
Q
L
 
N
G
 
A
S
x
T
T
|
T
A
 
G
D
 
Q
M
 
E
M
 
A
S
 
A
K
 
E
K
 
K
Y
 
L
T
 
F
Q
 
G
K
 
K
-
 
G
-
 
P
-
 
H
V
 
I
T
 
K
A
 
K
F
 
F
N
 
E
T
 
T
G
 
T
F
 
V
E
 
V
A
 
A
I
 
I
M
 
M
E
 
E
L
 
L
K
 
L
N
 
N
G
 
G
K
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
A
V
 
V
L
 
I
F
 
T
D
|
D
S
 
N
E
 
A
P
 
V
A
 
A
A
 
N
N
 
E
Y
 
Y
L
 
V
A
 
K
K
 
N
N
 
N
P
 
P
D
 
N
L
 
K
K
 
K
L
 
L
I
 
Q
K
 
V
L
 
I
D
 
E
-
 
D
-
 
P
-
 
K
-
 
N
F
 
F
P
 
A
P
 
S
E
 
E
F
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
F
 
M
A
 
I
V
 
F
S
 
P
K
 
K
Q
 
N
Q
 
S
P
 
-
E
 
E
L
 
L
L
 
K
N
 
A
S
 
K
I
 
V
N
 
D
H
 
E
T
 
A
L
 
L
K
 
K
N
 
N
L
 
V
K
 
I
E
 
N
N
 
S
G
 
G
Q
 
K
Y
 
Y

4i62A 1.05 angstrom crystal structure of an amino acid abc transporter substrate-binding protein abpa from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a bound to l-arginine
36% identity, 91% coverage: 23:244/244 of query aligns to 5:232/237 of 4i62A

query
sites
4i62A
K
 
K
S
 
S
E
 
K
D
 
G
V
 
K
L
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
A
T
 
L
N
|
N
A
 
P
A
 
D
F
|
F
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
Y
 
Y
V
 
Q
G
 
K
G
 
V
Q
 
V
S
 
D
G
 
G
-
 
K
D
 
N
E
 
Q
I
 
I
K
 
V
G
 
G
F
 
S
D
 
D
I
 
I
E
 
E
L
 
L
A
 
A
K
 
K
Q
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
T
D
 
E
A
 
L
G
 
G
K
 
V
T
 
E
L
 
L
K
 
E
V
 
L
E
 
S
N
 
P
M
 
M
K
 
S
F
|
F
D
 
D
S
 
N
L
 
V
I
 
L
V
 
A
A
 
S
L
 
V
N
 
Q
S
 
S
G
 
G
K
 
K
I
 
A
D
 
D
F
 
L
I
 
A
A
 
I
S
|
S
G
|
G
M
x
V
T
x
S
I
 
K
T
 
T
P
 
D
E
 
E
R
|
R
Q
 
S
A
 
K
S
 
V
V
 
F
N
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
T
A
 
A
T
 
K
Q
 
N
V
 
K
L
 
L
L
 
I
V
 
V
N
 
K
K
 
K
-
 
S
D
 
D
N
 
L
E
 
A
S
 
T
I
 
Y
H
 
Q
T
 
S
L
 
V
D
 
N
D
 
D
I
 
L
K
 
A
D
 
Q
K
 
K
H
 
K
F
 
V
A
 
G
V
 
A
Q
|
Q
L
 
K
G
 
G
S
|
S
T
x
I
A
x
Q
D
 
E
M
 
T
M
 
M
S
 
A
K
 
K
K
 
D
Y
 
L
T
 
L
Q
 
Q
-
 
N
-
 
S
K
 
S
V
 
L
T
 
V
A
 
S
F
 
L
N
 
P
T
 
K
G
 
N
F
 
G
E
 
N
A
 
L
I
 
I
M
 
T
E
 
D
L
 
L
K
 
K
N
 
S
G
 
G
K
 
Q
V
 
V
D
 
D
L
 
A
V
 
V
L
 
I
F
 
F
D
x
E
S
 
E
E
 
P
P
 
V
A
 
A
A
 
K
N
 
G
Y
 
F
L
 
V
A
 
E
K
 
N
N
 
N
P
 
P
D
 
D
L
 
L
K
 
A
L
 
I
I
 
A
K
 
D
L
 
L
D
 
N
F
 
F
P
 
E
P
 
K
E
 
Q
-
 
D
-
 
D
F
 
S
Y
 
Y
G
 
A
F
 
V
A
 
A
V
 
M
S
 
K
K
 
K
Q
 
D
Q
 
S
P
 
K
E
 
E
L
 
L
L
 
K
N
 
E
S
 
A
I
 
V
N
 
D
H
 
K
T
 
T
L
 
I
K
 
Q
N
 
K
L
 
L
K
 
K
E
 
E
N
 
S
G
 
G
Q
 
E
Y
 
L
Q
 
D
A
 
K
L
 
L
V
 
I
S
 
E
A
 
D
H
 
A
I
 
F
K
 
K

4g4pA Crystal structure of glutamine-binding protein from enterococcus faecalis at 1.5 a (see paper)
35% identity, 88% coverage: 29:243/244 of query aligns to 17:234/235 of 4g4pA

query
sites
4g4pA
V
 
T
V
 
I
G
 
G
T
 
T
N
 
D
A
 
L
A
 
T
F
|
F
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
Y
 
F
V
 
Q
G
 
-
G
 
-
Q
 
D
S
 
S
G
 
K
D
 
G
E
 
K
I
 
Y
K
 
I
G
 
G
F
 
I
D
 
D
I
 
V
E
 
D
L
 
L
A
 
L
K
 
D
Q
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
K
D
 
D
A
 
Q
G
 
D
K
 
F
T
 
E
L
 
V
K
 
D
V
 
L
E
 
K
N
 
P
M
 
L
K
 
G
F
|
F
D
 
D
S
 
S
L
 
A
I
 
V
V
 
Q
A
 
A
L
 
I
N
 
Q
S
 
S
G
 
K
K
 
Q
I
 
I
D
 
D
F
 
G
I
 
M
A
 
I
S
x
A
G
|
G
M
|
M
T
x
S
I
 
I
T
 
T
P
 
D
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
A
 
K
S
 
S
V
 
F
N
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
E
 
D
A
 
S
T
 
G
Q
 
L
V
 
Q
L
 
L
L
 
A
V
 
V
N
 
K
K
 
K
D
 
G
N
 
N
E
 
D
S
 
K
I
 
I
H
 
K
T
 
S
L
 
Y
D
 
D
D
 
D
I
 
L
K
 
K
D
 
G
K
 
K
H
 
T
F
 
V
A
 
A
V
 
A
Q
x
K
L
 
V
G
 
G
S
x
T
-
x
E
T
 
S
A
 
A
D
 
N
M
 
F
M
 
L
S
 
E
K
 
K
-
 
N
-
 
K
-
 
E
K
 
K
Y
 
Y
T
 
D
Q
 
Y
K
 
T
V
 
I
T
 
K
A
 
N
F
 
F
N
 
D
T
 
D
G
 
A
F
 
T
E
 
G
A
 
L
I
 
Y
M
 
K
E
 
A
L
 
L
K
 
E
N
 
N
G
 
G
K
 
E
V
 
A
D
 
D
L
 
A
V
 
I
L
 
V
F
 
-
D
 
D
S
x
D
E
 
Y
P
 
P
A
 
V
A
 
L
N
 
G
Y
 
Y
L
 
A
A
 
V
K
 
K
N
 
N
-
 
G
P
 
Q
D
 
K
L
 
L
K
 
Q
L
 
L
I
 
V
K
 
G
L
 
D
D
 
K
F
 
E
P
 
T
P
 
G
E
 
S
F
 
S
Y
 
Y
G
 
G
F
 
F
A
 
A
V
 
V
S
 
K
K
 
K
-
 
G
Q
 
Q
Q
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
L
L
 
I
N
 
K
S
 
K
I
 
F
N
 
N
H
 
A
T
 
G
L
 
L
K
 
K
N
 
N
L
 
L
K
 
K
E
 
D
N
 
N
G
 
G
Q
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
K
L
 
I
V
 
L
S
 
N
A
 
N
H
 
Y
I
 
L

3k4uE Crystal structure of putative binding component of abc transporter from wolinella succinogenes dsm 1740 complexed with lysine
35% identity, 86% coverage: 28:238/244 of query aligns to 6:221/234 of 3k4uE

query
sites
3k4uE
L
 
L
V
 
R
V
 
V
G
 
G
T
 
L
N
x
E
A
 
P
A
 
G
F
x
Y
P
 
L
P
 
P
F
 
F
E
 
E
Y
 
-
V
 
M
G
 
K
G
 
D
Q
 
K
S
 
K
G
 
G
D
 
N
E
 
V
I
 
I
K
 
-
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
E
 
D
L
 
L
A
 
A
K
 
R
Q
 
E
I
 
M
A
 
A
K
 
K
D
 
A
A
 
M
G
 
G
K
 
V
T
 
K
L
 
L
K
 
K
V
 
L
E
 
V
N
 
P
M
 
T
K
 
S
F
x
W
D
 
D
S
 
G
L
 
L
I
 
I
V
 
P
A
 
G
L
 
L
N
 
V
S
 
T
G
 
E
K
 
K
I
 
F
D
 
D
F
 
I
I
 
I
A
 
I
S
 
S
G
|
G
M
 
M
T
|
T
I
 
I
T
 
S
P
 
Q
E
 
E
R
|
R
Q
 
N
A
 
L
S
 
R
V
 
V
N
 
N
F
 
F
S
 
V
E
 
E
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
I
E
 
V
A
 
V
T
 
G
Q
 
Q
V
 
S
L
 
L
L
 
L
V
 
V
N
 
K
K
 
K
D
 
G
N
 
L
E
 
E
-
 
K
S
 
G
I
 
V
H
 
K
T
 
S
L
 
Y
D
 
K
D
 
D
I
 
L
K
 
D
D
 
K
K
 
P
H
 
E
F
 
L
A
 
T
V
 
L
-
 
V
-
 
T
Q
x
K
L
 
F
G
 
G
S
x
V
T
x
S
A
 
A
D
 
E
M
 
Y
M
 
A
S
 
A
K
 
K
K
 
R
Y
 
L
T
 
F
Q
 
K
-
 
N
-
 
A
K
 
K
V
 
L
T
 
K
A
 
T
F
 
Y
N
 
D
T
 
T
G
x
E
F
 
A
E
 
E
A
 
A
I
 
V
M
 
Q
E
 
E
L
 
V
K
 
L
N
 
N
G
 
G
K
 
K
V
 
A
D
 
D
L
 
M
V
 
F
L
 
I
F
 
F
D
|
D
S
 
L
E
 
P
P
 
F
A
 
N
A
 
V
N
 
A
Y
 
F
L
 
M
A
 
A
K
 
Q
N
 
K
P
 
G
D
 
Q
L
 
G
K
 
Y
L
 
L
I
 
V
K
 
H
L
 
L
D
 
D
-
 
T
-
 
S
F
 
L
P
 
T
P
 
Y
E
 
E
F
 
P
Y
 
L
G
 
G
F
 
W
A
 
A
V
 
I
S
 
K
K
 
K
Q
 
G
Q
 
D
P
 
P
E
 
D
L
 
F
L
 
L
N
 
N
S
 
W
I
 
L
N
 
N
H
 
H
T
 
F
L
 
L
K
 
A
N
 
Q
L
 
I
K
 
K
E
 
H
N
 
D
G
 
G
Q
 
S
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
E
L
 
L

2y7iA Structural basis for high arginine specificity in salmonella typhimurium periplasmic binding protein stm4351. (see paper)
32% identity, 87% coverage: 24:235/244 of query aligns to 4:219/228 of 2y7iA

query
sites
2y7iA
S
 
S
E
 
A
D
 
R
V
 
T
L
 
L
V
x
H
V
 
F
G
 
G
T
 
T
N
 
S
A
 
A
A
 
T
F
x
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
Y
E
|
E
Y
 
F
V
 
V
G
 
-
G
 
-
Q
x
D
S
 
A
G
x
D
D
 
N
E
 
K
I
 
I
K
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
D
L
 
V
A
 
A
K
 
N
Q
 
A
I
 
V
A
 
C
K
 
K
D
 
E
A
 
M
G
 
Q
K
 
A
T
 
E
L
 
C
K
 
S
V
 
F
E
 
T
N
 
N
M
 
Q
K
 
S
F
|
F
D
|
D
S
 
S
L
 
L
I
 
I
V
 
P
A
 
S
L
 
L
N
 
R
S
 
F
G
 
K
K
 
K
I
 
F
D
|
D
F
 
A
I
 
V
A
 
I
S
x
A
G
|
G
M
 
M
T
x
D
I
 
M
T
 
T
P
 
P
E
 
K
R
|
R
Q
 
E
A
 
Q
S
 
Q
V
 
V
N
 
S
F
 
F
S
 
S
E
 
Q
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
E
A
 
G
T
 
L
Q
 
S
V
 
A
L
 
V
L
 
V
V
 
V
N
 
T
K
 
R
D
 
K
N
 
G
E
 
-
S
 
A
I
 
Y
H
 
H
T
 
T
L
 
F
D
 
A
D
 
D
I
 
L
K
 
K
D
 
G
K
 
K
H
 
K
F
 
V
A
 
G
V
 
L
Q
x
E
L
 
N
G
 
G
S
x
T
T
|
T
A
 
H
D
 
Q
M
 
R
M
 
Y
S
 
L
K
 
Q
K
 
D
Y
 
K
T
 
Q
Q
 
Q
K
 
A
V
 
I
T
 
T
-
 
P
-
 
V
A
 
A
F
 
Y
N
x
D
T
 
S
G
 
Y
F
 
L
E
 
N
A
 
A
I
 
F
M
 
T
E
 
D
L
 
L
K
 
K
N
 
N
G
 
N
K
 
R
V
 
L
D
 
E
L
 
G
V
 
V
L
 
F
F
 
G
D
|
D
S
 
V
E
 
A
P
 
A
A
 
I
A
 
G
N
 
K
Y
 
W
L
 
L
A
 
K
K
 
N
N
 
N
P
 
P
D
 
D
L
 
Y
K
 
A
L
 
I
I
 
M
-
 
D
K
 
E
L
 
R
D
 
A
F
 
S
P
 
D
P
 
P
E
 
D
F
 
Y
Y
 
Y
-
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
L
G
 
G
F
 
I
A
 
A
V
 
V
S
 
R
K
 
K
Q
 
D
Q
 
N
P
 
D
E
 
A
L
 
L
L
 
L
N
 
Q
S
 
E
I
 
I
N
 
N
H
 
A
T
 
A
L
 
L
K
 
D
N
 
K
L
 
V
K
 
K
E
 
A
N
 
S
G
 
P
Q
 
E
Y
 
Y

4zefA Crystal structure of substrate binding domain 2 (sbd2) of abc transporter glnpq from enterococcus faecalis
34% identity, 89% coverage: 29:244/244 of query aligns to 19:237/239 of 4zefA

query
sites
4zefA
V
 
V
V
 
I
G
 
A
T
 
S
N
 
D
A
 
S
A
 
T
F
|
F
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
Y
 
F
V
 
Q
G
 
N
G
 
A
Q
 
Q
S
 
-
G
 
G
D
 
D
E
 
Y
I
 
V
K
 
-
G
 
G
F
 
I
D
 
D
I
 
V
E
 
D
L
 
L
A
 
V
K
 
K
Q
 
R
I
 
A
A
 
A
K
 
E
D
 
L
A
 
Q
G
 
G
K
 
F
T
 
T
L
 
V
K
 
E
V
 
F
E
 
K
N
 
F
M
 
I
K
 
G
F
|
F
D
 
S
S
 
S
L
 
A
I
 
V
V
 
Q
A
 
A
L
 
V
N
 
E
S
 
S
G
 
G
K
 
Q
I
 
A
D
 
D
F
 
G
I
 
M
A
 
V
S
x
A
G
|
G
M
|
M
T
|
T
I
 
I
T
 
T
P
 
D
E
 
D
R
|
R
Q
 
K
A
 
K
S
 
A
V
 
F
N
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
V
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
E
 
D
A
 
S
T
 
G
Q
 
I
V
 
Q
L
 
I
L
 
A
V
 
V
N
 
K
K
 
K
D
 
G
N
 
N
E
 
D
S
 
K
I
 
I
H
 
K
T
 
S
L
 
Y
D
 
D
D
 
D
I
 
L
K
 
K
D
 
G
K
 
K
H
 
K
F
 
V
A
 
G
V
 
V
Q
x
K
L
 
I
G
 
G
S
x
T
-
x
E
T
 
S
A
 
A
D
 
D
M
 
F
M
 
L
S
 
E
-
 
K
-
 
N
-
 
K
K
 
K
K
 
K
Y
 
Y
T
 
D
Q
 
Y
K
 
S
V
 
I
T
 
K
A
 
Y
F
 
L
N
 
D
T
 
T
G
 
T
F
 
D
E
 
A
A
 
L
I
 
Y
M
 
S
E
 
A
L
 
L
K
 
E
N
 
I
G
 
G
K
 
E
V
 
V
D
 
D
L
 
A
V
 
M
L
 
M
F
 
-
D
 
D
S
x
D
E
 
Y
P
 
P
A
 
V
A
 
I
N
 
G
Y
 
Y
-
 
G
L
 
V
A
 
A
K
 
Q
N
 
N
P
 
Q
D
 
P
L
 
L
K
 
-
L
 
-
I
 
-
K
 
A
L
 
T
D
 
P
F
 
I
P
 
P
P
 
R
E
 
E
-
 
K
-
 
G
-
 
G
F
 
S
Y
 
Y
G
 
G
F
 
F
A
 
A
V
 
V
S
 
K
K
 
K
-
 
G
Q
 
Q
Q
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
L
L
 
L
N
 
E
S
 
M
I
 
F
N
 
N
H
 
E
T
 
G
L
 
L
K
 
K
N
 
E
L
 
M
K
 
K
E
 
R
N
 
T
G
 
G
Q
 
E
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
K
L
 
I
V
 
I
S
 
G
A
 
T
H
 
Y
I
 
V
K
 
K

8eyzA Engineered glutamine binding protein bound to gln and a cobaloxime ligand (see paper)
32% identity, 86% coverage: 28:238/244 of query aligns to 5:216/226 of 8eyzA

query
sites
8eyzA
L
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
A
T
 
T
N
x
D
A
 
T
A
 
A
F
|
F
P
 
V
P
 
P
F
 
F
E
 
E
Y
 
F
V
 
-
G
 
-
G
 
-
Q
 
K
S
 
Q
G
 
G
D
 
D
E
 
I
I
 
Y
K
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
E
 
D
L
 
L
A
 
W
K
 
A
Q
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
K
D
 
E
A
 
L
G
 
K
K
 
L
T
 
D
L
 
Y
K
 
E
V
 
L
E
 
K
N
 
P
M
 
M
K
 
D
F
|
F
D
 
S
S
 
G
L
 
I
I
 
I
V
 
P
A
 
A
L
 
L
N
 
Q
S
 
T
G
 
K
K
 
N
I
 
V
D
 
D
F
 
L
I
 
A
A
 
L
S
x
A
G
|
G
M
 
I
T
|
T
I
 
I
T
x
C
P
 
D
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
A
 
K
S
 
A
V
 
I
N
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
G
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
K
A
 
S
T
 
G
Q
 
L
V
 
L
L
 
V
L
 
M
V
 
V
N
 
K
K
 
A
D
 
N
N
 
N
E
 
N
S
 
D
I
 
V
H
 
K
T
 
S
L
 
V
D
 
K
D
 
D
I
 
L
K
 
D
D
 
G
K
 
K
H
 
V
F
 
V
A
 
A
V
 
V
Q
 
K
L
 
S
G
 
G
S
 
T
T
x
G
A
 
S
D
 
V
M
x
D
M
 
Y
S
 
A
K
 
K
K
 
A
-
 
N
-
 
I
Y
 
K
T
 
T
Q
 
K
K
 
D
V
 
L
T
 
R
A
 
Q
F
 
F
N
 
P
T
 
N
G
 
I
F
 
D
E
 
N
A
 
A
I
 
Y
M
 
M
E
 
E
L
 
L
K
 
G
N
 
T
G
 
N
K
 
R
V
 
A
D
 
D
L
 
A
V
 
V
L
 
L
F
 
H
D
|
D
S
 
T
E
 
-
P
 
P
A
 
N
A
 
I
N
 
L
Y
 
Y
L
 
F
A
 
I
K
 
K
-
 
T
-
 
A
-
 
G
N
 
N
P
 
G
D
 
Q
L
 
F
K
 
K
L
 
A
I
 
V
K
 
G
L
 
D
D
 
S
F
 
L
P
 
E
P
 
A
E
 
Q
F
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
F
 
I
A
 
A
V
 
F
S
 
P
K
 
K
Q
 
G
Q
 
S
P
 
D
E
 
E
L
 
L
L
 
R
N
 
D
S
 
K
I
 
V
N
 
N
H
 
G
T
 
A
L
 
L
K
 
K
N
 
T
L
 
L
K
 
R
E
 
E
N
 
N
G
 
G
Q
 
T
Y
 
Y
Q
 
N
A
 
E
L
 
I

4h5fA Crystal structure of an amino acid abc transporter substrate-binding protein from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a bound to l- arginine, form 1
32% identity, 86% coverage: 28:237/244 of query aligns to 13:229/240 of 4h5fA

query
sites
4h5fA
L
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
A
T
 
T
N
x
S
A
 
P
A
x
D
F
x
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
Y
 
F
V
 
Q
G
 
S
G
 
L
Q
 
V
S
 
D
G
 
G
-
 
K
D
 
N
E
 
Q
I
 
V
K
 
V
G
 
G
F
 
A
D
 
D
I
 
I
E
 
D
L
 
M
A
 
A
K
 
Q
Q
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
D
D
 
E
A
 
L
G
 
G
K
 
V
T
 
K
L
 
L
K
 
E
V
 
I
E
 
L
N
 
S
M
 
M
K
 
S
F
|
F
D
 
D
S
 
N
L
 
V
I
 
L
V
 
T
A
 
S
L
 
L
N
 
Q
S
 
T
G
 
G
K
 
K
I
 
A
D
 
D
F
 
L
I
 
A
A
 
V
S
x
A
G
|
G
M
x
I
T
x
S
I
 
A
T
 
T
P
 
D
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
A
 
E
S
 
V
V
 
F
N
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
I
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
E
A
 
N
T
 
K
Q
 
I
V
 
S
L
 
F
L
 
L
V
 
V
N
 
H
K
 
K
-
 
A
D
 
D
N
 
V
E
 
E
S
 
K
I
 
Y
H
 
K
T
 
D
L
 
L
D
 
T
D
 
S
I
 
L
K
 
E
D
 
S
K
 
A
H
 
N
F
 
I
A
 
A
V
 
A
Q
|
Q
L
 
K
G
 
G
S
x
T
T
 
V
A
 
P
D
 
E
M
 
S
M
 
M
S
 
V
K
 
K
K
 
E
Y
 
Q
T
 
L
Q
 
P
K
 
K
-
 
A
-
 
Q
V
 
L
T
 
T
A
 
S
F
 
L
N
 
T
T
 
N
G
 
M
F
 
G
E
 
E
A
 
A
I
 
V
M
 
N
E
 
E
L
 
L
K
 
Q
N
 
A
G
 
G
K
 
K
V
 
I
D
 
D
L
 
A
V
 
V
L
 
H
F
 
M
D
|
D
S
 
E
E
 
P
P
 
V
A
 
A
A
 
L
N
 
S
Y
 
Y
L
 
A
A
 
A
K
 
K
N
 
N
P
 
A
D
 
G
L
 
L
K
 
A
L
 
V
I
 
A
K
 
T
L
 
V
D
 
S
F
 
L
P
 
K
-
 
M
-
 
K
-
 
D
P
 
G
E
 
D
F
 
A
Y
 
N
G
 
A
F
 
V
A
 
A
V
 
L
S
 
R
K
 
K
Q
 
N
Q
 
S
P
 
D
E
 
D
L
 
L
L
 
K
N
 
E
S
 
V
I
 
V
N
 
D
H
 
K
T
 
V
L
 
I
K
 
Q
N
 
K
L
 
L
K
 
K
E
 
D
N
 
E
G
 
G
Q
 
T
Y
 
Y
Q
 
Q
A
 
S

4kqpA Crystal structure of lactococcus lactis glnp substrate binding domain 2 (sbd2) in complex with glutamine at 0.95 a resolution (see paper)
29% identity, 90% coverage: 25:244/244 of query aligns to 5:227/230 of 4kqpA

query
sites
4kqpA
E
 
K
D
 
D
V
 
V
L
 
Y
V
 
T
V
 
I
G
 
A
T
 
S
N
 
D
A
 
N
A
 
S
F
|
F
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
Y
 
F
V
 
-
G
 
-
G
 
-
Q
 
Q
S
 
N
G
 
D
D
 
D
-
 
K
E
 
Q
I
 
F
K
 
T
G
 
G
F
 
I
D
 
D
I
 
V
E
 
D
L
 
L
A
 
L
K
 
N
Q
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
K
D
 
N
A
 
Q
G
 
G
K
 
F
T
 
K
L
 
L
K
 
K
V
 
W
E
 
N
N
 
F
M
 
I
K
 
G
F
|
F
D
 
Q
S
 
A
L
 
A
I
 
V
V
 
D
A
 
S
L
 
V
N
 
Q
S
 
S
G
 
G
K
 
H
I
 
A
D
 
D
F
 
G
I
 
M
A
 
M
S
 
S
G
|
G
M
|
M
T
x
S
I
 
I
T
 
T
P
 
D
E
 
A
R
|
R
Q
 
K
A
 
Q
S
 
V
V
 
F
N
 
D
F
 
Y
S
 
G
E
 
S
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
S
A
 
S
T
 
N
Q
 
L
V
 
T
L
 
I
L
 
A
V
 
T
N
 
S
K
 
S
D
 
T
N
 
D
E
 
D
S
 
S
I
 
I
H
 
K
T
 
S
L
 
W
D
 
K
D
 
D
I
 
L
K
 
K
D
 
G
K
 
K
H
 
T
F
 
L
A
 
G
V
 
A
Q
x
K
L
 
N
G
 
G
S
x
T
T
x
A
A
 
S
-
 
F
-
 
D
-
 
Y
-
 
L
D
 
N
M
 
A
M
 
H
S
 
A
K
 
K
K
 
E
Y
 
Y
T
 
G
Q
 
Y
K
 
T
V
 
V
T
 
K
A
 
T
F
 
F
N
 
T
T
 
D
G
 
A
F
 
T
E
 
T
A
 
M
I
 
Y
M
 
S
E
 
S
L
 
L
K
 
N
N
 
N
G
 
G
K
 
S
V
 
I
D
 
N
L
 
-
V
 
A
L
 
L
F
 
M
D
 
D
S
x
D
E
 
E
P
 
P
A
 
V
A
 
I
N
 
K
Y
 
Y
L
 
A
A
 
I
K
 
K
N
 
Q
P
 
G
D
 
Q
L
 
K
K
 
F
L
 
A
I
 
T
K
 
P
L
 
I
D
 
K
-
 
P
F
 
I
P
 
P
P
 
D
E
 
G
F
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
F
 
F
A
 
A
V
 
V
S
 
K
K
 
K
-
 
G
Q
 
S
Q
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
L
L
 
I
N
 
E
S
 
M
I
 
F
N
 
N
H
 
N
T
 
G
L
 
L
K
 
A
N
 
N
L
 
L
K
 
R
E
 
A
N
 
N
G
 
G
Q
 
E
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
K
L
 
I
V
 
I
S
 
D
A
 
K
H
 
Y
I
 
L
K
 
E

3tqlA Structure of the amino acid abc transporter, periplasmic amino acid- binding protein from coxiella burnetii. (see paper)
30% identity, 89% coverage: 26:242/244 of query aligns to 2:224/225 of 3tqlA

query
sites
3tqlA
D
 
D
V
 
T
L
 
I
V
 
K
V
 
F
G
 
A
T
 
T
N
x
E
A
 
A
A
 
T
F
x
Y
P
 
P
P
 
P
F
 
Y
E
 
V
Y
 
Y
V
 
M
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
S
 
-
G
 
-
D
 
-
E
 
-
I
 
V
K
 
E
G
 
G
F
 
F
D
 
G
I
 
A
E
 
D
L
 
I
A
 
V
K
 
K
Q
 
A
I
 
V
A
 
C
K
 
K
D
 
Q
A
 
M
G
 
Q
K
 
A
T
 
V
L
 
C
K
 
T
V
 
I
E
 
S
N
 
N
M
 
Q
K
 
P
F
x
W
D
 
D
S
 
S
L
 
L
I
 
I
V
 
P
A
 
S
L
 
L
N
 
K
S
 
L
G
 
G
K
 
K
I
 
F
D
 
D
F
 
A
I
 
L
A
 
F
S
x
G
G
|
G
M
 
M
T
x
N
I
 
I
T
 
T
P
 
T
E
 
A
R
|
R
Q
 
Q
A
 
K
S
 
E
V
 
V
N
 
D
F
 
F
S
 
T
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
T
A
 
N
T
 
S
Q
 
V
V
x
S
L
 
F
L
 
I
V
 
A
N
 
D
K
 
K
D
 
N
N
 
T
E
 
P
S
 
L
I
 
T
H
 
L
T
 
S
L
 
K
D
 
Q
D
 
G
I
 
L
K
 
K
D
 
G
K
 
K
H
 
I
F
 
I
A
 
G
V
 
V
Q
 
Q
L
 
G
G
 
G
S
 
T
T
 
T
A
 
F
D
 
D
-
 
S
M
 
Y
M
 
L
S
 
Q
K
 
D
K
 
S
Y
 
F
T
 
G
Q
 
N
K
 
S
V
 
I
T
 
T
-
 
I
-
 
Q
A
 
R
F
 
Y
N
 
P
T
 
S
G
 
E
F
 
E
E
 
D
A
 
A
I
 
L
M
 
M
E
 
D
L
 
L
K
 
T
N
 
S
G
 
G
K
 
R
V
 
V
D
 
D
L
 
A
V
 
V
L
 
V
F
 
G
D
 
D
S
 
T
E
 
P
P
 
L
A
 
I
A
 
K
N
 
Q
Y
 
W
L
 
L
A
 
K
K
 
Q
N
 
N
P
 
G
D
 
R
L
 
R
K
 
E
L
 
Y
I
 
V
K
 
L
L
 
I
D
 
G
F
 
K
P
 
P
-
 
V
-
 
N
-
 
D
P
 
P
E
 
N
F
 
Y
Y
 
F
-
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
V
G
 
G
F
 
I
A
 
A
V
 
V
S
 
K
K
 
K
Q
 
G
Q
 
N
P
 
Q
E
 
A
L
 
L
L
 
L
N
 
L
S
 
K
I
 
L
N
 
N
H
 
K
T
 
A
L
 
L
K
 
A
N
 
A
L
 
I
K
 
K
E
 
A
N
 
N
G
 
G
Q
 
V
Y
 
Y
Q
 
A
A
 
A
L
 
I
V
 
V
S
 
Q
A
 
K
H
 
Y

6fxgB Crystal structure of substrate binding domain 1 (sbd1) of abc transporter glnpq in complex with asparagine
27% identity, 89% coverage: 25:242/244 of query aligns to 2:222/226 of 6fxgB

query
sites
6fxgB
E
 
E
D
 
T
V
 
T
L
 
V
V
 
K
V
 
I
G
 
A
T
 
S
N
 
D
A
 
S
A
 
S
F
x
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
Y
 
F
V
 
Q
G
 
N
G
 
G
Q
 
Q
S
 
K
G
 
-
D
 
-
E
 
K
I
 
W
K
 
V
G
 
G
F
 
I
D
 
D
I
 
V
E
 
D
L
 
I
A
 
M
K
 
Q
Q
 
E
I
 
V
A
 
A
K
 
K
D
 
I
A
 
N
G
 
D
K
 
W
T
 
K
L
 
L
K
 
E
V
 
M
E
 
S
N
 
Y
M
 
P
K
 
G
F
|
F
D
 
D
S
 
A
L
 
A
I
 
L
V
 
Q
A
 
N
L
 
L
N
 
K
S
 
A
G
 
G
K
 
Q
I
 
V
D
 
D
F
 
G
I
 
I
A
 
I
S
x
A
G
|
G
M
|
M
T
|
T
I
 
I
T
 
T
P
 
D
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
A
 
E
S
 
T
V
 
F
N
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
N
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
T
A
 
S
T
 
A
Q
 
L
V
 
T
L
 
I
L
 
A
V
 
T
N
 
T
K
 
K
D
 
D
N
 
S
E
 
K
S
 
-
I
 
L
H
 
S
T
 
D
L
 
Y
D
 
S
D
 
D
I
 
L
K
 
K
D
 
G
K
 
K
H
 
A
F
 
V
A
 
G
V
 
A
Q
x
K
L
 
N
G
 
G
S
 
T
T
 
A
A
 
A
D
 
Q
M
 
T
M
 
W
-
 
L
-
 
Q
-
 
E
-
 
N
S
 
Q
K
 
K
K
 
K
Y
 
Y
T
 
G
Q
 
Y
K
 
T
V
 
I
T
 
K
A
 
T
F
 
Y
N
 
S
T
 
D
G
 
G
F
 
V
E
 
H
A
 
M
I
 
F
M
 
A
E
 
A
L
 
L
K
 
S
N
 
S
G
 
G
K
 
N
V
 
I
D
 
A
L
 
G
V
 
A
L
 
M
F
 
-
D
 
D
S
 
E
E
 
V
P
 
P
A
 
V
A
 
I
N
 
S
Y
 
Y
L
 
A
A
 
M
K
 
K
N
 
Q
P
 
G
D
 
-
L
 
-
K
 
Q
L
 
D
I
 
L
K
 
A
L
 
M
D
 
N
F
 
F
P
 
P
-
 
S
-
 
I
-
 
S
-
 
L
P
 
P
E
 
G
F
 
G
Y
 
Y
G
 
G
F
 
F
A
 
A
V
 
V
S
 
M
K
 
K
-
 
G
Q
 
K
Q
 
N
P
 
S
E
 
T
L
 
L
L
 
V
N
 
D
S
 
G
I
 
F
N
 
N
H
 
K
T
 
A
L
 
L
K
 
A
N
 
E
L
 
M
K
 
K
E
 
S
N
 
N
G
 
G
Q
 
D
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
K
L
 
I
V
 
L
S
 
K
A
 
K
H
 
Y

Query Sequence

>200227 FitnessBrowser__MR1:200227
MKKSMLLGGLTLTATLLLAGCGKSEDVLVVGTNAAFPPFEYVGGQSGDEIKGFDIELAKQ
IAKDAGKTLKVENMKFDSLIVALNSGKIDFIASGMTITPERQASVNFSEPYYEATQVLLV
NKDNESIHTLDDIKDKHFAVQLGSTADMMSKKYTQKVTAFNTGFEAIMELKNGKVDLVLF
DSEPAANYLAKNPDLKLIKLDFPPEFYGFAVSKQQPELLNSINHTLKNLKENGQYQALVS
AHIK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory