SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 201224 FitnessBrowser__MR1:201224 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

6j2lA Crystal structure of bi-functional enzyme (see paper)
63% identity, 94% coverage: 7:204/211 of query aligns to 2:200/200 of 6j2lA

query
sites
6j2lA
T
 
T
K
 
E
S
 
Q
D
 
Q
F
 
R
S
 
R
E
 
E
L
 
L
D
 
D
W
 
W
D
 
E
K
 
K
Q
 
T
D
 
D
G
 
G
L
 
L
I
 
M
P
 
P
A
 
V
V
 
I
I
 
V
Q
 
Q
N
 
H
H
 
A
L
 
V
S
 
S
G
 
G
K
 
E
V
 
V
L
 
L
M
 
M
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
M
 
M
D
 
N
K
 
P
A
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
D
Q
 
K
T
 
T
L
 
I
A
 
E
T
 
S
G
 
G
D
 
K
V
 
V
T
 
T
F
 
F
F
 
F
S
 
S
R
 
R
S
 
T
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
W
 
W
T
 
I
K
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
T
S
 
S
G
 
G
H
 
N
T
 
F
L
 
L
K
 
N
L
 
V
V
 
V
A
 
S
I
 
I
D
 
A
K
 
P
D
|
D
C
 
C
D
|
D
N
 
N
D
|
D
S
 
T
L
 
L
L
 
L
V
 
V
Q
 
L
V
 
A
L
 
N
P
 
P
N
 
I
G
 
G
P
 
P
T
 
T
C
|
C
H
 
H
K
 
K
G
 
G
T
 
T
E
 
S
S
 
S
C
|
C
W
 
F
L
 
-
D
 
-
G
 
G
N
 
N
-
 
T
A
 
A
H
 
H
P
 
Q
-
 
W
-
 
L
F
 
F
L
 
L
N
 
Y
N
 
Q
L
 
L
A
 
E
E
 
Q
L
 
L
I
 
L
A
 
A
S
 
E
R
 
R
K
 
K
G
 
Y
Q
 
A
S
 
D
P
 
P
E
 
E
S
 
T
S
 
S
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
S
 
K
L
 
L
F
 
Y
A
 
A
R
 
S
G
 
G
T
 
T
K
 
K
R
 
R
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
G
 
G
E
 
E
E
|
E
G
 
G
L
 
V
E
 
E
T
 
T
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
T
T
 
V
H
 
H
D
 
D
K
 
R
E
 
F
E
 
E
L
 
L
V
 
T
N
 
N
E
|
E
A
 
A
S
 
S
D
|
D
L
 
L
M
 
M
Y
 
Y
H
 
H
L
 
L
L
 
L
V
 
V
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
D
 
D
Q
 
Q
A
 
D
L
 
L
S
 
D
L
 
L
S
 
T
D
 
T
I
 
V
T
 
I
A
 
E
N
 
N
L
 
L
L
 
H
A
 
K
R
 
R

6j2lB Crystal structure of bi-functional enzyme (see paper)
57% identity, 94% coverage: 7:204/211 of query aligns to 1:185/185 of 6j2lB

query
sites
6j2lB
T
 
T
K
 
E
S
 
Q
D
 
Q
F
 
R
S
 
R
E
 
E
L
 
L
D
 
D
W
 
W
D
 
E
K
 
K
Q
 
T
D
 
D
G
 
G
L
 
L
I
 
M
P
 
P
A
 
V
V
 
I
I
 
V
Q
 
Q
N
 
H
H
 
A
L
 
V
S
 
S
G
 
G
K
 
E
V
 
V
L
 
L
M
 
M
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
M
 
M
D
 
N
K
 
P
A
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
D
Q
 
K
T
 
T
L
 
I
A
 
E
T
 
S
G
 
G
D
 
K
V
 
V
T
 
T
F
 
F
F
 
F
S
 
S
R
 
R
S
 
T
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
W
 
W
T
 
I
K
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
T
S
 
S
G
 
G
H
 
N
T
 
F
L
 
L
K
 
N
L
 
V
V
 
V
A
 
S
I
 
I
D
 
A
K
 
P
D
|
D
C
 
C
D
|
D
N
 
N
D
|
D
S
 
T
L
 
L
L
 
L
V
 
V
Q
 
L
V
 
A
L
 
N
P
 
P
N
 
I
G
 
G
P
 
P
-
 
S
T
 
S
C
 
C
H
 
F
K
 
G
G
 
N
T
 
T
E
 
A
S
 
H
C
 
Q
W
 
W
L
 
L
D
 
-
G
 
-
N
 
-
A
 
-
H
 
-
P
 
-
F
 
F
L
 
L
N
 
Y
N
 
Q
L
 
L
A
 
E
E
 
Q
L
 
L
I
 
L
A
 
A
S
 
E
R
 
R
K
 
K
G
 
-
Q
 
-
S
 
-
P
 
-
E
 
-
S
 
-
S
 
-
Y
 
-
T
 
Y
A
 
A
S
 
D
L
 
L
F
 
Y
A
 
A
R
 
S
G
 
G
T
 
T
K
 
K
R
 
R
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
G
 
G
E
 
E
E
|
E
G
 
G
L
 
V
E
|
E
T
 
T
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
T
T
 
V
H
 
H
D
 
D
K
 
R
E
 
F
E
 
E
L
 
L
V
 
T
N
 
N
E
|
E
A
 
A
S
 
S
D
|
D
L
 
L
M
 
M
Y
 
Y
H
 
H
L
 
L
L
 
L
V
 
V
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
D
 
D
Q
 
Q
A
 
D
L
 
L
S
 
D
L
 
L
S
 
T
D
 
T
I
 
V
T
 
I
A
 
E
N
 
N
L
 
L
L
 
H
A
 
K
R
 
R

7bgnA Crystal structure of mthisn2-amp complex, a bifunctional enzyme from the histidine biosynthetic pathway (see paper)
36% identity, 82% coverage: 16:187/211 of query aligns to 11:186/204 of 7bgnA

query
sites
7bgnA
W
 
W
D
 
D
K
 
N
Q
 
K
D
 
-
G
 
G
L
 
L
I
 
A
P
 
V
A
 
A
V
 
I
I
 
A
Q
 
Q
N
 
N
H
 
V
L
 
D
S
 
T
G
 
G
K
 
A
V
 
I
L
 
L
M
 
M
L
 
Q
G
 
G
Y
 
F
M
 
A
D
 
N
K
 
R
A
 
E
A
 
A
L
 
V
E
 
A
Q
 
T
T
 
T
L
 
I
A
 
S
T
 
S
G
 
R
D
 
K
V
 
A
T
 
T
F
 
F
F
 
Y
S
 
S
R
 
R
S
 
S
K
 
R
Q
 
S
R
 
S
L
 
L
W
|
W
T
 
T
K
|
K
G
|
G
E
 
E
T
|
T
S
|
S
G
 
N
H
 
N
T
 
F
L
 
I
K
 
N
L
 
V
V
 
H
A
 
D
I
 
V
D
 
F
K
 
L
D
|
D
C
 
C
D
|
D
N
 
R
D
|
D
S
 
S
L
 
I
L
 
I
V
 
Y
Q
 
L
V
 
G
L
 
K
P
 
P
N
 
D
G
 
G
P
 
P
T
|
T
C
|
C
H
|
H
K
 
T
G
 
G
T
 
A
E
 
E
S
 
T
C
|
C
W
 
Y
-
 
Y
-
 
T
-
 
P
-
 
V
-
 
F
-
 
D
L
 
L
D
 
N
G
 
K
N
 
L
A
 
A
H
 
L
P
 
T
F
 
S
L
 
L
N
 
Y
N
 
A
L
|
L
A
 
E
E
 
S
L
 
T
I
 
I
A
 
S
S
 
Q
R
|
R
K
 
K
G
 
A
Q
 
E
S
 
V
P
 
V
E
 
-
S
 
P
S
|
S
Y
x
W
T
|
T
A
 
K
S
 
R
L
 
L
F
 
L
A
 
L
R
 
-
G
 
N
T
 
D
K
 
K
R
 
L
I
 
L
A
 
C
Q
 
S
K
 
K
V
 
I
G
 
R
E
 
E
E
|
E
G
 
A
L
 
N
E
 
E
T
 
L
A
 
C
L
 
E
A
 
T
A
 
L
A
 
E
T
 
N
H
 
N
-
 
E
D
 
D
K
 
K
E
 
S
E
 
R
L
 
T
V
 
A
N
 
S
E
|
E
A
 
M
S
 
A
D
|
D
L
 
V
M
 
L
Y
|
Y
H
 
H
L
 
A
L
 
M
V
 
V
L
 
L
L
 
L

Sites not aligning to the query:

7bgmA Crystal structure of mthisn2, a bifunctional enzyme from the histidine biosynthetic pathway (see paper)
35% identity, 82% coverage: 16:187/211 of query aligns to 13:195/213 of 7bgmA

query
sites
7bgmA
W
 
W
D
 
D
K
 
N
Q
 
K
D
 
-
G
 
G
L
 
L
I
 
A
P
 
V
A
 
A
V
 
I
I
 
A
Q
 
Q
N
 
N
H
 
V
L
 
D
S
 
T
G
 
G
K
 
A
V
 
I
L
 
L
M
 
M
L
 
Q
G
 
G
Y
 
F
M
 
A
D
 
N
K
 
R
A
 
E
A
 
A
L
 
V
E
 
A
Q
 
T
T
 
T
L
 
I
A
 
S
T
 
S
G
 
R
D
 
K
V
 
A
T
 
T
F
 
F
F
 
Y
S
 
S
R
 
R
S
 
S
K
 
R
Q
 
S
R
 
S
L
 
L
W
 
W
T
 
T
K
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
T
S
 
S
G
 
N
H
 
N
T
 
F
L
 
I
K
 
N
L
 
V
V
 
H
A
 
D
I
 
V
D
 
F
K
 
L
D
|
D
C
 
C
D
|
D
N
 
R
D
|
D
S
 
S
L
 
I
L
 
I
V
 
Y
Q
 
L
V
 
G
L
 
K
P
 
P
N
 
D
G
 
G
P
 
P
T
 
T
C
|
C
H
 
H
K
 
T
G
 
G
T
 
A
E
 
E
S
 
T
C
|
C
W
 
Y
-
 
Y
-
 
T
-
 
P
-
 
V
-
 
F
-
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
E
-
 
E
-
 
E
L
 
V
D
 
E
G
 
G
N
 
N
-
 
K
-
 
L
A
 
A
H
 
L
P
 
T
F
 
S
L
 
L
N
 
Y
N
 
A
L
 
L
A
 
E
E
 
S
L
 
T
I
 
I
A
 
S
S
 
Q
R
 
R
K
 
K
G
 
A
Q
 
E
S
 
V
P
 
V
E
 
-
S
 
-
S
 
S
Y
 
W
T
 
T
A
 
K
S
 
R
L
 
L
F
 
L
A
 
L
R
 
-
G
 
N
T
 
D
K
 
K
R
 
L
I
 
L
A
 
C
Q
 
S
K
 
K
V
 
I
G
 
R
E
 
E
E
|
E
G
 
A
L
 
N
E
 
E
T
 
L
A
 
C
L
 
E
A
 
T
A
 
L
A
 
E
T
 
N
H
 
N
-
 
E
D
 
D
K
 
K
E
 
S
E
 
R
L
 
T
V
 
A
N
 
S
E
|
E
A
 
M
S
 
A
D
|
D
L
 
V
M
 
L
Y
 
Y
H
 
H
L
 
A
L
 
M
V
 
V
L
 
L
L
 
L

Query Sequence

>201224 FitnessBrowser__MR1:201224
MSTQTNTKSDFSELDWDKQDGLIPAVIQNHLSGKVLMLGYMDKAALEQTLATGDVTFFSR
SKQRLWTKGETSGHTLKLVAIDKDCDNDSLLVQVLPNGPTCHKGTESCWLDGNAHPFLNN
LAELIASRKGQSPESSYTASLFARGTKRIAQKVGEEGLETALAAATHDKEELVNEASDLM
YHLLVLLEDQALSLSDITANLLARHQKAQRK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory