SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 201482 FitnessBrowser__MR1:201482 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

1yw4A Crystal structure of the succinylglutamate desuccinylase from chromobacterium violaceum, northeast structural genomics target cvr22.
41% identity, 84% coverage: 52:341/344 of query aligns to 43:318/319 of 1yw4A

query
sites
1yw4A
Q
 
R
G
 
G
K
 
A
D
 
D
-
 
S
V
 
V
I
 
L
L
 
L
S
 
S
C
 
C
G
 
G
V
 
V
H
|
H
G
 
G
N
 
N
E
|
E
T
 
T
A
 
A
P
 
P
I
 
I
E
 
E
L
 
V
C
 
V
N
 
D
T
 
G
L
 
M
I
 
L
K
 
T
Q
 
D
L
 
I
L
 
A
Q
 
A
Q
 
G
K
 
Q
I
 
L
I
 
A
A
 
L
K
 
N
Q
 
C
R
 
R
T
 
L
L
 
L
F
 
V
L
 
M
I
 
F
G
 
A
N
 
N
P
 
L
L
 
D
A
 
A
I
 
I
N
 
R
N
 
Q
G
 
G
T
 
V
R
 
R
I
 
Y
I
 
G
D
 
N
E
 
Y
N
 
D
M
 
M
N
 
N
R
 
R
L
 
L
F
 
F
S
 
N
G
 
G
E
 
A
H
 
H
S
 
A
N
 
R
P
 
H
P
 
P
G
 
E
L
 
L
V
 
-
N
 
-
P
 
P
E
 
E
R
 
S
L
 
V
R
 
R
A
 
A
K
 
A
K
 
E
L
 
L
E
 
E
T
 
T
Y
 
L
V
 
A
D
 
A
R
 
E
F
 
F
F
 
F
K
 
A
A
 
G
A
 
A
A
 
R
A
 
A
G
 
-
R
 
-
Q
 
R
R
 
K
I
 
L
H
 
H
Y
 
Y
D
 
D
L
 
L
H
|
H
T
 
T
A
 
A
M
 
I
R
 
R
A
 
G
S
 
S
K
 
V
H
 
F
E
 
E
K
 
K
F
 
F
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
P
 
P
Y
 
F
R
 
L
P
 
-
G
 
H
R
 
R
A
 
T
Y
 
H
S
 
K
A
 
R
E
 
E
Q
 
Q
I
 
L
M
 
A
F
 
W
L
 
L
A
 
Q
A
 
R
S
 
C
G
 
G
V
 
I
D
 
E
T
 
A
V
 
V
L
 
L
F
 
L
H
 
H
H
 
T
E
 
Q
P
 
P
T
 
A
T
 
N
T
 
T
F
 
F
S
 
S
Y
 
Y
F
 
F
S
 
T
S
 
S
E
 
Q
Q
 
Y
Y
 
C
G
 
E
A
 
A
D
 
D
A
 
A
F
 
F
T
 
T
I
 
L
E
 
E
L
 
L
G
 
G
K
 
K
V
 
A
Y
 
R
P
 
P
M
 
F
G
 
G
Q
 
Q
N
 
N
D
 
D
M
 
L
T
 
S
R
 
R
F
 
F
I
 
S
A
 
G
A
 
I
Q
 
D
E
 
G
M
 
A
F
 
L
T
 
R
R
 
G
L
 
L
I
 
L
T
 
S
D
 
N
K
 
P
P
 
Q
L
 
A
Q
 
N
L
 
V
E
 
P
S
 
D
F
 
L
S
 
D
T
 
E
D
 
D
K
 
K
V
 
L
N
 
P
L
 
L
Y
 
F
Q
 
R
V
 
A
C
 
K
R
 
Y
V
 
D
I
 
L
N
 
V
K
 
K
H
 
H
F
 
-
D
 
-
D
 
S
F
 
F
E
 
K
F
 
L
T
 
N
F
 
L
A
 
A
T
 
D
D
 
S
V
 
V
E
 
E
N
 
N
F
 
F
R
 
T
A
 
L
F
 
L
P
 
P
K
 
D
G
 
G
F
 
M
V
 
L
L
 
I
A
 
A
R
 
A
E
 
T
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
E
 
-
I
 
-
K
 
-
V
 
-
E
 
-
Q
 
-
E
 
-
V
 
-
E
 
E
S
 
R
I
 
I
V
 
L
F
 
F
P
 
P
N
 
N
A
 
P
K
 
A
V
 
V
P
 
K
I
 
P
G
 
G
N
 
L
R
 
R
T
 
A
V
 
G
I
 
I
C
 
V
L
 
V
I
 
E
P
 
P
S
 
A
V
 
R
A
 
L
P
 
P

2bcoA X-ray structure of succinylglutamate desuccinalase from vibrio parahaemolyticus (rimd 2210633) at the resolution 2.3 a, northeast structural genomics target vpr14
36% identity, 88% coverage: 30:333/344 of query aligns to 24:321/338 of 2bcoA

query
sites
2bcoA
L
 
L
G
 
S
E
 
N
H
 
G
T
 
V
R
 
Q
V
 
L
N
 
K
V
 
L
W
 
Y
D
 
Q
T
 
R
G
 
G
V
 
V
I
 
L
V
 
E
F
 
V
E
 
I
P
 
P
A
 
E
Q
 
N
P
 
P
-
 
T
-
 
Q
Q
 
E
G
 
T
K
 
K
D
 
N
V
 
I
I
 
I
L
 
I
S
 
S
C
 
C
G
 
G
V
 
I
H
|
H
G
 
G
N
 
D
E
|
E
T
 
T
A
 
A
P
 
P
I
 
M
E
 
E
L
 
L
C
 
V
N
 
D
T
 
S
L
 
I
I
 
I
K
 
K
Q
 
D
L
 
I
L
 
E
Q
 
S
-
 
G
-
 
F
Q
 
Q
K
 
K
I
 
V
I
 
D
A
 
A
K
 
-
Q
 
-
R
 
R
T
 
C
L
 
L
F
 
F
L
 
I
I
 
I
G
 
A
N
 
H
P
 
P
L
 
E
A
 
S
I
 
T
N
 
L
N
 
A
G
 
H
T
 
T
R
 
R
I
 
F
I
 
L
D
 
E
E
 
E
N
 
N
M
 
L
N
 
N
R
 
R
L
 
L
F
 
F
S
 
D
G
 
E
E
 
K
H
 
E
S
 
H
N
 
E
P
 
P
P
 
-
G
 
-
L
 
-
V
 
-
N
 
T
P
 
K
E
 
E
R
 
L
L
 
A
R
 
I
A
 
A
K
 
D
K
 
T
L
 
L
E
 
K
T
 
L
Y
 
L
V
 
V
D
 
R
R
 
D
F
 
F
F
 
Y
K
 
Q
A
 
D
A
 
T
A
 
E
A
 
P
G
 
-
R
 
K
Q
 
T
R
 
R
I
 
W
H
 
H
Y
 
L
D
 
D
L
 
L
H
|
H
T
 
C
A
 
A
M
 
I
R
 
R
A
 
G
S
 
S
K
 
K
H
 
H
E
 
Y
K
 
T
F
 
F
A
 
A
I
 
V
Y
 
S
P
 
P
Y
 
K
R
 
T
P
 
R
G
 
H
R
 
P
A
 
V
Y
 
R
S
 
S
A
 
K
E
 
A
Q
 
L
I
 
V
M
 
D
F
 
F
L
 
L
A
 
D
A
 
S
S
 
A
G
 
H
V
 
I
D
 
E
T
 
A
V
 
V
L
 
L
F
 
L
H
 
S
H
 
N
E
 
S
P
 
P
T
 
S
T
 
S
T
 
T
F
 
F
S
 
S
Y
 
W
F
 
Y
S
 
S
S
 
A
E
 
E
Q
 
N
Y
 
Y
G
 
S
A
 
A
D
 
Q
A
 
A
F
 
L
T
 
T
I
 
M
E
 
E
L
 
L
G
 
G
K
 
R
V
 
V
Y
 
A
P
 
R
M
 
I
G
 
G
Q
 
E
N
 
N
D
 
A
M
 
L
T
 
D
R
 
R
F
 
L
I
 
T
A
 
A
A
 
F
Q
 
D
E
 
L
M
 
A
F
 
L
T
 
R
R
 
N
L
 
L
I
 
I
T
 
A
D
 
E
K
 
A
P
 
-
L
 
-
Q
 
Q
L
 
P
E
 
E
S
 
H
F
 
L
S
 
S
T
 
K
D
 
P
K
 
C
V
 
I
N
 
K
L
 
-
Y
 
Y
Q
 
R
V
 
V
C
 
S
R
 
R
V
 
T
I
 
I
N
 
V
K
 
R
H
 
L
F
 
H
D
 
D
D
 
D
F
 
F
E
 
D
F
 
F
T
 
M
F
 
F
A
 
D
T
 
D
D
 
N
V
 
V
E
 
E
N
 
N
F
 
F
R
 
T
A
 
S
F
 
F
P
 
V
K
 
H
G
 
G
F
 
E
V
 
V
L
 
F
A
 
G
R
 
H
E
 
D
G
 
G
G
 
D
Q
 
K
E
 
P
I
 
L
K
 
M
V
 
A
E
 
K
Q
 
N
E
 
D
V
 
N
E
 
E
S
 
A
I
 
I
V
 
V
F
 
F
P
 
P
N
 
N
A
 
R
K
 
H
V
 
V
P
 
A
I
 
I
G
 
G
N
 
Q
R
 
R
T
 
A
V
 
A
I
 
L

Query Sequence

>201482 FitnessBrowser__MR1:201482
MLQALLDSKDFLALTLANPQTLGDEFSFTLGEHTRVNVWDTGVIVFEPAQPQGKDVILSC
GVHGNETAPIELCNTLIKQLLQQKIIAKQRTLFLIGNPLAINNGTRIIDENMNRLFSGEH
SNPPGLVNPERLRAKKLETYVDRFFKAAAAGRQRIHYDLHTAMRASKHEKFAIYPYRPGR
AYSAEQIMFLAASGVDTVLFHHEPTTTFSYFSSEQYGADAFTIELGKVYPMGQNDMTRFI
AAQEMFTRLITDKPLQLESFSTDKVNLYQVCRVINKHFDDFEFTFATDVENFRAFPKGFV
LAREGGQEIKVEQEVESIVFPNAKVPIGNRTVICLIPSVAPDVR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory