SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 201539 FitnessBrowser__MR1:201539 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6kseA Crystal structure of e447a acyl-coa dehydrogenase fade5 mutant from mycobacteria tuberculosisin complex with c18coa (see paper)
32% identity, 96% coverage: 1:561/585 of query aligns to 1:583/607 of 6kseA

query
sites
6kseA
M
 
M
N
 
S
P
 
H
Y
 
Y
Q
 
R
A
 
S
P
 
N
L
 
V
A
 
R
D
 
D
M
 
Q
R
 
V
F
 
F
L
 
N
L
 
L
E
 
F
Q
 
E
V
 
V
F
 
L
-
 
G
-
 
V
D
 
D
A
 
K
P
 
A
N
 
L
T
 
G
W
 
H
S
 
G
Q
 
E
L
 
F
P
 
S
D
 
D
I
 
-
A
 
-
E
 
-
M
 
-
V
 
V
D
 
D
M
 
V
D
 
D
T
 
T
A
 
A
N
 
R
A
 
D
I
 
M
L
 
L
E
 
A
E
 
E
A
 
V
A
 
S
K
 
R
I
 
L
S
 
A
A
 
E
Q
 
G
L
 
P
I
 
V
H
 
A
P
 
E
L
 
S
N
 
F
R
 
V
A
 
E
G
 
G
D
 
D
E
 
R
Q
 
N
G
 
P
V
 
P
L
 
V
H
 
F
-
 
D
-
 
P
Q
 
K
D
 
T
N
 
H
C
 
S
V
 
V
I
 
M
T
 
L
P
 
P
E
 
E
G
 
S
Y
 
F
K
 
K
A
 
K
V
 
S
Y
 
V
D
 
N
Q
 
A
Y
 
M
S
 
L
Q
 
E
G
 
A
G
 
G
W
 
W
V
x
D
G
 
K
L
 
V
C
 
G
G
 
I
E
 
D
P
 
E
E
 
A
F
 
L
G
 
G
G
 
G
M
 
M
G
 
P
M
 
M
P
 
P
K
 
K
M
 
A
L
 
V
G
 
V
V
 
W
L
 
A
V
 
L
D
x
H
E
 
E
M
 
H
A
 
I
Y
 
L
S
 
G
A
 
A
C
 
N
N
 
P
A
 
A
F
 
V
T
x
W
L
 
M
Y
 
Y
G
 
A
S
x
G
L
 
-
T
 
G
A
 
A
G
|
G
A
x
F
A
 
A
L
 
Q
C
 
I
I
 
L
N
 
Y
A
 
H
H
 
L
G
 
G
S
 
T
E
 
E
V
 
E
L
 
Q
K
 
K
Q
 
K
A
 
W
Y
 
A
L
 
V
P
 
L
K
 
A
L
 
A
Y
 
E
S
 
R
G
 
G
E
 
-
W
 
W
A
 
G
G
 
S
A
 
T
M
|
M
D
 
V
M
x
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
Q
 
D
A
 
A
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
 
V
R
 
G
N
 
A
I
 
A
R
 
R
T
 
T
R
 
K
A
 
A
V
 
V
P
 
Q
Q
 
Q
E
 
A
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Y
 
W
A
 
H
I
 
I
S
 
D
G
 
G
S
 
V
K
 
K
I
 
R
F
|
F
I
 
I
T
|
T
G
 
S
G
 
G
D
 
D
H
 
S
-
 
G
D
 
D
L
 
L
T
 
F
E
 
E
N
 
N
V
 
I
I
 
F
H
 
H
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
K
 
R
L
 
P
-
 
E
-
 
G
-
 
A
-
 
G
P
 
P
E
 
G
S
x
T
K
|
K
G
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
Y
L
 
F
V
 
V
P
 
P
K
 
K
I
 
F
T
 
L
V
 
F
N
 
D
-
 
V
K
 
E
D
 
T
G
 
G
C
 
E
L
 
P
G
 
G
G
 
E
T
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
V
S
 
F
V
 
V
G
 
T
S
 
N
I
 
V
E
 
E
H
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
L
 
L
K
 
K
G
 
V
S
 
S
A
 
A
T
 
T
C
 
C
V
 
E
M
 
L
N
 
A
F
 
F
D
 
G
E
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
V
-
 
P
A
 
A
K
 
K
G
 
G
Y
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
V
N
 
H
R
 
N
G
 
G
L
x
I
V
 
A
C
 
Q
M
 
M
F
|
F
T
 
E
M
 
V
M
 
I
N
 
E
Y
 
Q
E
x
A
R
|
R
L
 
M
A
 
M
I
 
V
G
 
G
I
 
T
Q
 
K
G
 
A
L
 
I
G
 
A
S
 
T
A
 
L
Q
 
S
A
 
T
A
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
M
 
N
A
 
A
T
 
L
D
 
Q
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
E
 
S
R
|
R
S
 
V
Q
|
Q
G
 
G
V
 
-
A
 
-
A
 
A
G
 
D
G
 
L
S
 
T
P
 
Q
T
 
M
G
 
T
S
 
D
D
 
K
S
 
T
D
 
A
P
 
P
-
 
R
-
 
V
-
 
T
I
|
I
I
 
T
V
 
H
H
|
H
G
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
S
L
 
L
L
 
M
T
 
T
I
 
Q
R
 
K
A
 
A
M
 
Y
T
 
A
E
 
E
A
 
G
G
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
L
S
 
Y
V
 
L
F
 
Y
T
 
T
G
 
A
K
 
T
Q
 
F
L
 
Q
D
 
D
L
 
A
A
 
A
-
 
V
K
 
A
Y
 
E
A
 
V
Q
 
V
D
 
H
D
 
G
V
 
V
K
 
D
A
 
A
K
 
K
A
 
L
A
 
A
R
 
V
Y
 
K
V
 
V
G
 
N
-
 
D
L
 
L
L
 
M
T
 
L
P
 
P
V
 
V
A
 
V
K
 
K
A
 
G
F
 
V
L
 
G
T
 
S
D
 
E
R
 
Q
G
 
A
L
 
Y
D
 
A
A
 
K
T
 
L
I
 
T
M
 
E
A
 
S
Q
 
L
Q
|
Q
V
x
T
F
 
L
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
R
 
Q
E
 
D
T
 
Y
G
 
P
V
 
I
E
 
E
Q
 
Q
L
 
Y
V
 
I
R
 
R
D
 
D
T
 
A
R
 
K
I
|
I
A
 
D
Q
 
S
I
 
L
Y
|
Y
E
x
A
G
 
G
T
|
T
N
 
T
G
 
A
I
|
I
Q
 
Q
A
 
A
I
 
Q
D
|
D
F
 
F
L
 
F
G
 
F
R
|
R
K
|
K
V
 
I
T
 
V
G
 
R
D
 
D
N
 
K
L
 
G
A
 
V
T
 
A
L
 
L
K
 
-
E
 
-
F
 
-
V
 
-
A
 
A
E
 
H
L
 
V
K
 
S
A
 
G
Q
 
Q
M
 
I
R
 
Q
E
 
E
F
 
F
T
 
V
Q
 
D
V
 
S
D
 
G
G
 
R
V
 
L
K
 
K
I
 
T
-
 
E
-
 
R
A
 
A
A
 
L
V
 
L
C
 
A
A
 
K
R
 
A
L
 
L
D
 
T
A
 
D
L
 
V
V
 
Q
N
 
G
V
 
M
A
 
A
E
 
A
S
 
A
V
 
L
N
 
T
-
 
G
-
 
Y
-
 
L
-
 
M
-
 
A
-
 
A
E
 
Q
Q
 
Q
K
 
D
L
 
V
T
 
T
Q
 
S
P
 
L
A
 
Y
L
 
K
I
 
V
N
 
G
A
 
L
C
 
G
A
 
S
V
 
V
D
 
R
F
 
F
L
 
L
D
 
M
A
 
S
F
 
V
G
 
G
Y
 
D
S
 
L
V
 
I
Y
 
I
G
 
G
F
 
-
Y
 
-
W
 
W
L
 
L
-
 
L
-
 
Q
-
 
R
-
 
Q
-
 
A
-
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
V
A
 
A
M
 
A
L
 
L
D
 
D
K
 
A
V
 
G
P
 
A
S
 
T
A
 
G
E
 
D
D
 
E
Q
 
R
N
 
S
F
 
F
A
 
Y
E
 
E
Q
 
G
K
 
K
A
 
V
Y
 
A
L
 
V
A
 
A
K
 
S
F
 
F
Y
 
F
F
 
A
D
 
K
K
 
N
L
 
F
L
 
L
P
 
P

O53666 Broad-specificity linear acyl-CoA dehydrogenase FadE5; Long-chain-acyl-CoA dehydrogenase; Medium-chain-acyl-CoA dehydrogenase; Short-chain-acyl-CoA dehydrogenase; EC 1.3.8.8; EC 1.3.8.7; EC 1.3.8.1 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
32% identity, 96% coverage: 1:561/585 of query aligns to 1:587/611 of O53666

query
sites
O53666
M
 
M
N
 
S
P
 
H
Y
 
Y
Q
 
R
A
 
S
P
 
N
L
 
V
A
 
R
D
 
D
M
 
Q
R
 
V
F
 
F
L
 
N
L
 
L
E
 
F
Q
 
E
V
 
V
F
 
L
-
 
G
-
 
V
D
 
D
A
 
K
P
 
A
N
 
L
T
 
G
W
 
H
S
 
G
Q
 
E
L
 
F
P
 
S
D
 
D
I
 
-
A
 
-
E
 
-
M
 
-
V
 
V
D
 
D
M
 
V
D
 
D
T
 
T
A
 
A
N
 
R
A
 
D
I
 
M
L
 
L
E
 
A
E
 
E
A
 
V
A
 
S
K
 
R
I
 
L
S
 
A
A
 
E
Q
 
G
L
 
P
I
 
V
H
 
A
P
 
E
L
 
S
N
 
F
R
 
V
A
 
E
G
 
G
D
 
D
E
 
R
Q
 
N
G
 
P
V
 
P
L
 
V
H
 
F
-
 
D
-
 
P
Q
 
K
D
 
T
N
 
H
C
 
S
V
 
V
I
 
M
T
 
L
P
 
P
E
 
E
G
 
S
Y
 
F
K
 
K
A
 
K
V
 
S
Y
 
V
D
 
N
Q
 
A
Y
 
M
S
 
L
Q
 
E
G
 
A
G
 
G
W
 
W
V
 
D
G
 
K
L
 
V
C
 
G
G
 
I
E
 
D
P
 
E
E
 
A
F
 
L
G
 
G
G
 
G
M
 
M
G
 
P
M
 
M
P
 
P
K
 
K
M
 
A
L
 
V
G
 
V
V
 
W
L
 
A
V
 
L
D
 
H
E
 
E
M
 
H
A
 
I
Y
 
L
S
 
G
A
 
A
C
 
N
N
 
P
A
 
A
F
 
V
T
 
W
L
 
M
Y
 
Y
G
 
A
S
 
G
L
 
-
T
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
F
A
 
A
L
 
Q
C
 
I
I
 
L
N
 
Y
A
 
H
H
 
L
G
 
G
S
 
T
E
 
E
V
 
E
L
 
Q
K
 
K
Q
 
K
A
 
W
Y
 
A
L
 
V
P
 
L
K
 
A
L
 
A
Y
 
E
S
 
R
G
 
G
E
 
-
W
 
W
A
 
G
G
 
S
A
 
T
M
|
M
D
x
V
M
x
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
Q
 
D
A
 
A
G
 
G
S
|
S
D
 
D
L
 
V
R
 
G
N
 
A
I
 
A
R
 
R
T
 
T
R
 
K
A
 
A
V
 
V
P
 
Q
Q
 
Q
E
 
A
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Y
 
W
A
 
H
I
 
I
S
 
D
G
 
G
S
 
V
K
 
K
I
 
R
F
 
F
I
 
I
T
|
T
G
 
S
G
 
G
D
 
D
H
 
S
-
 
G
D
 
D
L
 
L
T
 
F
E
 
E
N
 
N
V
 
I
I
 
F
H
 
H
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
K
 
R
L
 
P
-
 
E
-
 
G
-
 
A
-
 
G
P
 
P
E
 
G
S
x
T
K
|
K
G
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
Y
L
 
F
V
 
V
P
 
P
K
 
K
I
 
F
T
 
L
V
 
F
N
 
D
-
 
V
K
 
E
D
 
T
G
 
G
C
 
E
L
 
P
G
 
G
G
 
E
T
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
V
S
 
F
V
 
V
G
 
T
S
 
N
I
 
V
E
 
E
H
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
L
 
L
K
 
K
G
 
V
S
 
S
A
 
A
T
 
T
C
 
C
V
 
E
M
 
L
N
 
A
F
 
F
D
 
G
E
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
V
-
 
P
A
 
A
K
 
K
G
 
G
Y
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
V
N
 
H
R
 
N
G
 
G
L
 
I
V
 
A
C
 
Q
M
 
M
F
|
F
T
 
E
M
 
V
M
 
I
N
 
E
Y
 
Q
E
 
A
R
|
R
L
 
M
A
 
M
I
 
V
G
 
G
I
 
T
Q
 
K
G
 
A
L
 
I
G
 
A
S
 
T
A
 
L
Q
 
S
A
 
T
A
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
M
 
N
A
 
A
T
 
L
D
 
Q
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
E
 
S
R
|
R
S
 
V
Q
 
Q
G
 
G
V
 
-
A
 
-
A
 
A
G
 
D
G
 
L
S
 
T
P
 
Q
T
 
M
G
 
T
S
 
D
D
x
K
S
 
T
D
 
A
P
 
P
-
 
R
-
 
V
-
 
T
I
 
I
I
 
T
V
 
H
H
 
H
G
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
S
L
 
L
L
 
M
T
 
T
I
 
Q
R
 
K
A
 
A
M
 
Y
T
 
A
E
 
E
A
 
G
G
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
L
S
 
Y
V
 
L
F
 
Y
T
 
T
G
 
A
K
 
T
Q
 
F
L
 
Q
D
 
D
L
 
A
A
 
A
-
 
V
K
 
A
Y
 
E
A
 
V
Q
 
V
D
 
H
D
 
G
V
 
V
K
 
D
A
 
A
K
 
K
A
 
L
A
 
A
R
 
V
Y
 
K
V
 
V
G
 
N
-
 
D
L
 
L
L
 
M
T
 
L
P
 
P
V
 
V
A
 
V
K
 
K
A
 
G
F
 
V
L
 
G
T
 
S
D
 
E
R
 
Q
G
 
A
L
 
Y
D
 
A
A
 
K
T
 
L
I
 
T
M
 
E
A
 
S
Q
 
L
Q
|
Q
V
x
T
F
x
L
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
R
 
Q
E
 
D
T
 
Y
G
 
P
V
 
I
E
 
E
Q
 
Q
L
 
Y
V
 
I
R
 
R
D
 
D
T
 
A
R
 
K
I
 
I
A
 
D
Q
 
S
I
 
L
Y
 
Y
E
|
E
G
 
G
T
|
T
N
 
T
G
 
A
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
I
 
Q
D
|
D
F
 
F
L
 
F
G
 
F
R
|
R
K
|
K
V
 
I
T
 
V
G
 
R
D
 
D
N
 
K
L
 
G
A
 
V
T
 
A
L
 
L
K
 
-
E
 
-
F
 
-
V
 
-
A
 
A
E
 
H
L
 
V
K
 
S
A
 
G
Q
 
Q
M
 
I
R
 
Q
E
 
E
F
 
F
T
 
V
Q
 
D
V
 
S
D
 
G
G
 
A
-
 
G
-
 
N
-
 
G
-
 
R
-
 
L
-
 
K
V
 
T
K
 
E
I
 
R
A
 
A
A
 
L
V
 
L
C
 
A
A
 
K
R
 
A
L
 
L
D
 
T
A
 
D
L
 
V
V
 
Q
N
 
G
V
 
M
A
 
A
E
 
A
S
 
A
V
 
L
N
 
T
-
 
G
-
 
Y
-
 
L
-
 
M
-
 
A
-
 
A
E
 
Q
Q
 
Q
K
 
D
L
 
V
T
 
T
Q
 
S
P
 
L
A
 
Y
L
 
K
I
 
V
N
 
G
A
 
L
C
 
G
A
 
S
V
 
V
D
 
R
F
 
F
L
 
L
D
 
M
A
 
S
F
 
V
G
 
G
Y
 
D
S
 
L
V
 
I
Y
 
I
G
 
G
F
 
-
Y
 
-
W
 
W
L
 
L
-
 
L
-
 
Q
-
 
R
-
 
Q
-
 
A
-
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
V
A
 
A
M
 
A
L
 
L
D
 
D
K
 
A
V
 
G
P
 
A
S
 
T
A
 
G
E
 
D
D
 
E
Q
 
R
N
 
S
F
 
F
A
 
Y
E
 
E
Q
 
G
K
 
K
A
 
V
Y
 
A
L
 
V
A
 
A
K
 
S
F
 
F
Y
 
F
F
 
A
D
 
K
K
 
N
L
 
F
L
 
L
P
 
P

Q3L887 Broad-specificity linear acyl-CoA dehydrogenase FadE5; Long-chain-acyl-CoA dehydrogenase; Medium-chain-acyl-CoA dehydrogenase; Short-chain-acyl-CoA dehydrogenase; EC 1.3.8.8; EC 1.3.8.7; EC 1.3.8.1 from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
31% identity, 96% coverage: 1:561/585 of query aligns to 1:587/611 of Q3L887

query
sites
Q3L887
M
 
M
N
 
S
P
 
H
Y
 
Y
Q
 
K
A
 
S
P
 
N
L
 
V
A
 
R
D
 
D
M
 
Q
R
 
V
F
 
F
L
 
N
L
 
L
E
 
F
Q
 
E
V
 
V
F
 
F
D
 
G
A
 
V
P
 
D
N
 
K
T
 
V
W
 
L
S
 
G
Q
 
-
L
 
-
P
 
A
D
 
D
I
 
K
A
 
F
E
 
S
M
 
D
V
 
L
D
 
D
M
 
A
D
 
D
T
 
T
A
 
A
N
 
R
A
 
E
I
 
M
L
 
L
E
 
T
E
 
E
A
 
I
A
 
A
K
 
R
I
 
L
S
 
A
A
 
E
Q
 
G
L
 
P
I
 
I
H
 
A
P
 
E
L
 
S
N
 
F
R
 
V
A
 
E
G
 
G
D
 
D
E
 
R
Q
 
N
G
 
P
V
 
P
L
 
V
H
 
F
-
 
D
-
 
P
Q
 
E
D
 
T
N
 
H
C
 
T
V
 
V
I
 
T
T
 
L
P
 
P
E
 
E
G
 
G
Y
 
F
K
 
K
A
 
K
V
 
S
Y
 
M
D
 
R
Q
 
A
Y
 
L
S
 
F
Q
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
-
 
D
-
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
C
 
A
G
 
-
E
 
-
P
 
E
E
 
H
F
 
L
G
 
G
G
 
G
M
 
I
G
 
P
M
 
M
P
 
P
K
 
R
M
 
A
L
 
L
G
 
Q
V
 
W
L
 
A
V
 
L
D
 
I
E
 
E
M
 
H
A
 
I
Y
 
L
S
 
G
A
 
A
C
 
N
N
 
P
A
 
A
F
 
A
T
 
Y
L
 
M
Y
 
Y
G
 
-
S
 
A
L
 
M
T
 
G
A
 
P
G
 
G
A
 
M
A
 
S
L
 
E
C
 
I
I
 
F
N
 
Y
A
 
N
H
 
N
G
 
G
S
 
T
E
 
D
V
 
E
L
 
Q
K
 
K
Q
 
K
A
 
W
Y
 
A
L
 
T
P
 
I
K
 
A
L
 
A
Y
 
E
S
 
R
G
 
G
E
 
-
W
 
W
A
 
G
G
 
A
A
 
T
M
|
M
D
x
V
M
x
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
Q
 
D
A
 
A
G
 
G
S
|
S
D
 
D
L
 
V
R
 
G
N
 
A
I
 
G
R
 
R
T
 
T
R
 
K
A
 
A
V
 
V
P
 
Q
Q
 
Q
E
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
W
A
 
H
I
 
I
S
 
E
G
 
G
S
 
V
K
 
K
I
 
R
F
 
F
I
 
I
T
|
T
G
 
S
G
 
A
D
 
D
H
 
S
D
 
D
-
 
D
L
 
L
T
 
F
E
 
E
N
 
N
V
 
I
I
 
M
H
 
H
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
K
 
R
L
 
P
-
 
E
-
 
G
-
 
A
-
 
G
P
 
P
E
 
G
S
x
T
K
|
K
G
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
F
L
 
F
V
 
V
P
 
P
K
 
K
I
 
F
T
 
H
V
 
F
N
 
D
K
 
H
D
 
E
-
 
T
G
 
G
C
 
E
L
 
I
G
 
G
G
 
E
T
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
V
S
 
F
V
 
V
G
 
T
S
 
N
I
 
V
E
 
E
H
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
L
 
L
K
 
K
G
 
V
S
 
S
A
 
A
T
 
T
C
 
C
V
 
E
M
 
L
N
 
S
F
 
L
D
 
G
E
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
I
-
 
P
A
 
A
K
 
V
G
 
G
Y
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
V
N
 
H
R
 
N
G
 
G
L
 
I
V
 
A
C
 
Q
M
 
M
F
 
F
T
 
D
M
 
V
M
 
I
N
 
E
Y
 
Q
E
 
A
R
|
R
L
 
M
A
 
M
I
 
V
G
 
G
I
 
T
Q
 
K
G
 
A
L
 
I
G
 
A
S
 
T
A
 
L
Q
 
S
A
 
T
A
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
M
 
N
A
 
A
T
 
L
D
 
E
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
E
 
E
R
|
R
S
 
V
Q
 
Q
G
 
G
V
 
-
A
 
-
A
 
A
G
 
D
G
 
M
S
 
T
P
 
Q
T
 
M
G
 
T
S
 
D
D
x
K
S
 
T
D
 
A
P
 
P
-
 
R
-
 
V
-
 
T
I
 
I
I
 
T
V
 
H
H
 
H
G
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
S
L
 
L
L
 
M
T
 
T
I
 
Q
R
 
K
A
 
A
M
 
Y
T
 
A
E
 
E
A
 
G
G
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
I
S
 
Y
V
 
L
F
 
Y
T
 
T
G
 
A
-
 
T
-
 
F
K
 
Q
Q
 
D
L
 
A
D
 
E
L
 
V
A
 
A
K
 
Q
Y
 
A
A
 
V
Q
 
H
D
 
G
D
 
V
V
 
D
K
 
G
A
 
D
K
 
L
A
 
A
A
 
A
R
 
R
Y
 
V
V
 
N
G
 
D
L
 
L
L
 
L
T
 
L
P
 
P
V
 
I
A
 
V
K
 
K
A
 
G
F
 
F
L
 
G
T
 
S
D
 
E
R
 
T
G
 
A
L
 
Y
D
 
A
A
 
K
T
 
L
I
 
T
M
 
E
A
 
S
Q
 
L
Q
|
Q
V
x
T
F
x
L
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
R
 
Q
E
 
D
T
 
Y
G
 
P
V
 
I
E
 
E
Q
 
Q
L
 
Y
V
 
I
R
 
R
D
 
D
T
 
S
R
 
K
I
 
I
A
 
D
Q
 
S
I
 
L
Y
 
Y
E
|
E
G
 
G
T
|
T
N
 
T
G
 
A
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
I
 
Q
D
|
D
F
 
F
L
 
F
G
 
F
R
|
R
K
|
K
V
 
I
T
 
I
G
 
R
D
 
D
N
 
K
L
 
G
A
 
Q
T
 
A
L
 
L
K
 
A
E
 
Y
F
 
V
V
 
A
A
 
G
E
 
E
L
 
I
K
 
E
A
 
Q
Q
 
F
M
 
I
-
 
K
-
 
N
-
 
E
-
 
N
-
 
G
-
 
N
-
 
G
-
 
R
-
 
L
-
 
K
-
 
T
-
 
E
R
 
R
E
 
E
F
 
L
T
 
L
Q
 
A
V
 
T
D
 
A
G
 
L
V
 
A
K
 
D
I
 
V
A
 
Q
A
 
G
V
 
M
C
 
A
A
 
A
R
 
S
L
 
L
D
 
T
A
 
G
L
 
Y
V
 
L
N
 
M
V
 
A
A
 
A
E
 
-
S
 
-
V
 
-
N
 
-
E
 
Q
Q
 
E
K
 
D
L
 
A
T
 
A
Q
 
S
P
 
I
A
 
Y
L
 
K
I
 
V
N
 
G
A
 
L
C
 
G
A
 
S
V
 
V
D
 
R
F
 
F
L
 
L
D
 
M
A
 
A
F
 
V
G
 
G
Y
 
D
S
 
L
V
 
L
Y
 
S
G
 
G
F
 
-
Y
 
-
W
 
W
L
 
L
-
 
L
-
 
A
-
 
R
-
 
Q
-
 
A
-
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
I
A
 
E
M
 
K
L
 
L
D
 
D
K
 
A
V
 
G
P
 
A
S
 
T
A
 
G
E
 
A
D
 
D
Q
 
K
N
 
S
F
 
F
A
 
Y
E
 
E
Q
 
G
K
 
K
A
 
I
Y
 
A
L
 
A
A
 
A
K
 
S
F
 
F
Y
 
F
F
 
A
D
 
K
K
 
N
L
 
M
L
 
L
P
 
P

6lq8A Crystal structure of e447a acyl-coa dehydrogenase fade5 mutant from mycobacteria smegmatis in complex with c22coa (see paper)
31% identity, 96% coverage: 1:561/585 of query aligns to 1:583/607 of 6lq8A

query
sites
6lq8A
M
 
M
N
 
S
P
 
H
Y
 
Y
Q
 
K
A
 
S
P
 
N
L
 
V
A
 
R
D
 
D
M
 
Q
R
 
V
F
 
F
L
 
N
L
 
L
E
 
F
Q
 
E
V
 
V
F
 
F
D
 
G
A
 
V
P
 
D
N
 
K
T
 
V
W
 
L
S
 
G
Q
 
-
L
 
-
P
 
A
D
 
D
I
 
K
A
 
F
E
 
S
M
 
D
V
 
L
D
 
D
M
 
A
D
 
D
T
 
T
A
 
A
N
 
R
A
 
E
I
 
M
L
 
L
E
 
T
E
 
E
A
 
I
A
 
A
K
 
R
I
 
L
S
 
A
A
 
E
Q
 
G
L
 
P
I
 
I
H
 
A
P
 
E
L
 
S
N
 
F
R
 
V
A
 
E
G
 
G
D
 
D
E
 
R
Q
 
N
G
 
P
V
 
P
L
 
V
H
 
F
-
 
D
-
 
P
Q
 
E
D
 
T
N
 
H
C
 
T
V
 
V
I
 
T
T
 
L
P
 
P
E
 
E
G
 
G
Y
 
F
K
 
K
A
 
K
V
 
S
Y
 
M
D
 
R
Q
 
A
Y
 
L
S
 
F
Q
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
-
 
D
-
 
K
V
 
V
G
|
G
L
|
L
C
 
A
G
 
-
E
 
-
P
 
E
E
 
H
F
 
L
G
 
G
G
 
G
M
 
I
G
 
P
M
 
M
P
 
P
K
 
R
M
 
A
L
 
L
G
x
Q
V
 
W
L
 
A
V
 
L
D
 
I
E
 
E
M
 
H
A
 
I
Y
 
L
S
 
G
A
 
A
C
 
N
N
 
P
A
 
A
F
 
A
T
 
Y
L
 
M
Y
 
Y
G
 
-
S
 
A
L
x
M
T
 
G
A
 
P
G
|
G
A
x
M
A
 
S
L
x
E
C
x
I
I
 
F
N
 
Y
A
 
N
H
 
N
G
 
G
S
 
T
E
 
D
V
 
E
L
 
Q
K
 
K
Q
 
K
A
 
W
Y
 
A
L
 
T
P
 
I
K
 
A
L
 
A
Y
 
E
S
 
R
G
 
G
E
 
-
W
 
W
A
 
G
G
 
A
A
 
T
M
|
M
D
 
V
M
x
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
Q
 
D
A
 
A
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
x
V
R
 
G
N
 
A
I
 
G
R
 
R
T
 
T
R
 
K
A
 
A
V
 
V
P
 
Q
Q
 
Q
E
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
W
A
 
H
I
 
I
S
 
E
G
 
G
S
 
V
K
 
K
I
 
R
F
|
F
I
|
I
T
|
T
G
 
S
G
 
A
D
 
D
H
 
S
D
 
D
-
 
D
L
 
L
T
 
F
E
 
E
N
 
N
V
 
I
I
 
M
H
 
H
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
K
 
R
L
 
P
-
 
E
-
 
G
-
 
A
-
 
G
P
 
P
E
 
G
S
x
T
K
|
K
G
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
F
L
 
F
V
 
V
P
 
P
K
 
K
I
 
F
T
 
H
V
 
F
N
 
D
K
 
H
D
 
E
-
 
T
G
 
G
C
 
E
L
 
I
G
 
G
G
 
E
T
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
V
S
 
F
V
 
V
G
 
T
S
 
N
I
 
V
E
 
E
H
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
L
 
L
K
 
K
G
 
V
S
 
S
A
 
A
T
 
T
C
 
C
V
 
E
M
 
L
N
 
S
F
 
L
D
 
G
E
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
I
-
 
P
A
 
A
K
 
V
G
 
G
Y
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
V
N
 
H
R
 
N
G
 
G
L
x
I
V
 
A
C
 
Q
M
 
M
F
|
F
T
 
D
M
 
V
M
 
I
N
 
E
Y
x
Q
E
x
A
R
|
R
L
 
M
A
 
M
I
 
V
G
 
G
I
 
T
Q
 
K
G
 
A
L
 
I
G
 
A
S
 
T
A
 
L
Q
 
S
A
 
T
A
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
M
 
N
A
 
A
T
 
L
D
 
E
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
E
 
E
R
|
R
S
 
V
Q
 
Q
G
 
G
V
 
-
A
 
-
A
 
A
G
 
D
G
 
M
S
 
T
P
 
Q
T
 
M
G
 
T
S
 
D
D
 
K
S
 
T
D
 
A
P
 
P
-
 
R
-
 
V
-
 
T
I
|
I
I
 
T
V
 
H
H
|
H
G
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
S
L
 
L
L
 
M
T
 
T
I
 
Q
R
 
K
A
 
A
M
 
Y
T
 
A
E
 
E
A
 
G
G
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
I
S
 
Y
V
 
L
F
 
Y
T
 
T
G
 
A
-
 
T
-
 
F
K
 
Q
Q
 
D
L
 
A
D
 
E
L
 
V
A
 
A
K
 
Q
Y
 
A
A
 
V
Q
 
H
D
 
G
D
 
V
V
 
D
K
 
G
A
 
D
K
 
L
A
 
A
A
 
A
R
 
R
Y
 
V
V
 
N
G
 
D
L
 
L
L
 
L
T
 
L
P
 
P
V
 
I
A
 
V
K
 
K
A
 
G
F
 
F
L
 
G
T
 
S
D
 
E
R
 
T
G
 
A
L
 
Y
D
 
A
A
 
K
T
 
L
I
 
T
M
 
E
A
 
S
Q
 
L
Q
|
Q
V
x
T
F
 
L
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
R
 
Q
E
 
D
T
 
Y
G
 
P
V
 
I
E
 
E
Q
 
Q
L
 
Y
V
 
I
R
 
R
D
 
D
T
 
S
R
 
K
I
|
I
A
 
D
Q
 
S
I
 
L
Y
|
Y
E
x
A
G
|
G
T
|
T
N
 
T
G
 
A
I
|
I
Q
 
Q
A
 
A
I
 
Q
D
|
D
F
 
F
L
 
F
G
 
F
R
|
R
K
|
K
V
 
I
T
 
I
G
 
R
D
 
D
N
 
K
L
 
G
A
 
Q
T
 
A
L
 
L
K
 
A
E
 
Y
F
 
V
V
 
A
A
 
G
E
 
E
L
 
I
K
 
E
A
 
Q
Q
 
F
M
 
I
-
 
K
-
 
N
-
 
G
-
 
R
-
 
L
-
 
K
-
 
T
-
 
E
R
 
R
E
 
E
F
 
L
T
 
L
Q
 
A
V
 
T
D
 
A
G
 
L
V
 
A
K
 
D
I
 
V
A
 
Q
A
 
G
V
 
M
C
 
A
A
 
A
R
 
S
L
 
L
D
 
T
A
 
G
L
 
Y
V
 
L
N
 
M
V
 
A
A
 
A
E
 
-
S
 
-
V
 
-
N
 
-
E
 
Q
Q
 
E
K
 
D
L
 
A
T
 
A
Q
 
S
P
 
I
A
 
Y
L
 
K
I
 
V
N
 
G
A
 
L
C
 
G
A
 
S
V
 
V
D
 
R
F
 
F
L
 
L
D
 
M
A
 
A
F
 
V
G
 
G
Y
 
D
S
 
L
V
 
L
Y
 
S
G
 
G
F
 
-
Y
 
-
W
 
W
L
 
L
-
 
L
-
 
A
-
 
R
-
 
Q
-
 
A
-
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
I
A
 
E
M
 
K
L
 
L
D
 
D
K
 
A
V
 
G
P
 
A
S
 
T
A
 
G
E
 
A
D
 
D
Q
 
K
N
 
S
F
 
F
A
 
Y
E
 
E
Q
 
G
K
 
K
A
 
I
Y
 
A
L
 
A
A
 
A
K
 
S
F
 
F
Y
 
F
F
 
A
D
 
K
K
 
N
L
 
M
L
 
L
P
 
P

6lq7A Crystal structure of e447a acyl-coa dehydrogenase fade5 mutant from mycobacteria smegmatis in complex with c17coa (see paper)
31% identity, 96% coverage: 1:561/585 of query aligns to 1:583/607 of 6lq7A

query
sites
6lq7A
M
 
M
N
 
S
P
 
H
Y
 
Y
Q
 
K
A
 
S
P
 
N
L
 
V
A
 
R
D
 
D
M
 
Q
R
 
V
F
 
F
L
 
N
L
 
L
E
 
F
Q
 
E
V
 
V
F
 
F
D
 
G
A
 
V
P
 
D
N
 
K
T
 
V
W
 
L
S
 
G
Q
 
-
L
 
-
P
 
A
D
 
D
I
 
K
A
 
F
E
 
S
M
 
D
V
 
L
D
 
D
M
 
A
D
 
D
T
 
T
A
 
A
N
 
R
A
 
E
I
 
M
L
 
L
E
 
T
E
 
E
A
 
I
A
 
A
K
 
R
I
 
L
S
 
A
A
 
E
Q
 
G
L
 
P
I
 
I
H
 
A
P
 
E
L
 
S
N
 
F
R
 
V
A
 
E
G
 
G
D
 
D
E
 
R
Q
 
N
G
 
P
V
 
P
L
 
V
H
 
F
-
 
D
-
 
P
Q
 
E
D
 
T
N
 
H
C
 
T
V
 
V
I
 
T
T
 
L
P
 
P
E
 
E
G
 
G
Y
 
F
K
 
K
A
 
K
V
 
S
Y
 
M
D
 
R
Q
 
A
Y
 
L
S
 
F
Q
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
-
 
D
-
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
C
 
A
G
 
-
E
 
-
P
 
E
E
 
H
F
 
L
G
 
G
G
 
G
M
 
I
G
 
P
M
 
M
P
 
P
K
 
R
M
 
A
L
 
L
G
 
Q
V
 
W
L
 
A
V
 
L
D
 
I
E
 
E
M
 
H
A
 
I
Y
 
L
S
 
G
A
 
A
C
 
N
N
 
P
A
 
A
F
 
A
T
 
Y
L
 
M
Y
 
Y
G
 
-
S
 
A
L
x
M
T
 
G
A
 
P
G
 
G
A
 
M
A
 
S
L
 
E
C
 
I
I
 
F
N
 
Y
A
 
N
H
 
N
G
 
G
S
 
T
E
 
D
V
 
E
L
 
Q
K
 
K
Q
 
K
A
 
W
Y
 
A
L
 
T
P
 
I
K
 
A
L
 
A
Y
 
E
S
 
R
G
 
G
E
 
-
W
 
W
A
 
G
G
x
A
A
 
T
M
|
M
D
 
V
M
x
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
Q
 
D
A
 
A
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
x
V
R
 
G
N
 
A
I
 
G
R
 
R
T
 
T
R
 
K
A
 
A
V
 
V
P
 
Q
Q
 
Q
E
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
W
A
 
H
I
 
I
S
 
E
G
 
G
S
 
V
K
 
K
I
 
R
F
|
F
I
|
I
T
|
T
G
 
S
G
 
A
D
 
D
H
 
S
D
 
D
-
 
D
L
 
L
T
 
F
E
 
E
N
 
N
V
 
I
I
 
M
H
 
H
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
K
 
R
L
 
P
-
 
E
-
 
G
-
 
A
-
 
G
P
 
P
E
 
G
S
x
T
K
|
K
G
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
F
L
 
F
V
 
V
P
 
P
K
 
K
I
 
F
T
 
H
V
 
F
N
 
D
K
 
H
D
 
E
-
 
T
G
 
G
C
 
E
L
 
I
G
 
G
G
 
E
T
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
V
S
 
F
V
 
V
G
 
T
S
 
N
I
 
V
E
 
E
H
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
L
 
L
K
 
K
G
 
V
S
 
S
A
 
A
T
 
T
C
 
C
V
 
E
M
 
L
N
 
S
F
 
L
D
 
G
E
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
I
-
 
P
A
 
A
K
 
V
G
 
G
Y
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
V
N
 
H
R
 
N
G
 
G
L
x
I
V
 
A
C
 
Q
M
 
M
F
|
F
T
 
D
M
 
V
M
 
I
N
 
E
Y
x
Q
E
 
A
R
|
R
L
 
M
A
 
M
I
 
V
G
 
G
I
 
T
Q
 
K
G
 
A
L
 
I
G
 
A
S
 
T
A
 
L
Q
 
S
A
 
T
A
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
M
 
N
A
 
A
T
 
L
D
 
E
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
E
 
E
R
|
R
S
 
V
Q
 
Q
G
 
G
V
 
-
A
 
-
A
 
A
G
 
D
G
 
M
S
 
T
P
 
Q
T
 
M
G
 
T
S
 
D
D
 
K
S
 
T
D
 
A
P
 
P
-
 
R
-
 
V
-
 
T
I
|
I
I
 
T
V
 
H
H
|
H
G
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
S
L
 
L
L
 
M
T
 
T
I
 
Q
R
 
K
A
 
A
M
 
Y
T
 
A
E
 
E
A
 
G
G
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
I
S
 
Y
V
 
L
F
 
Y
T
 
T
G
 
A
-
 
T
-
 
F
K
 
Q
Q
 
D
L
 
A
D
 
E
L
 
V
A
 
A
K
 
Q
Y
 
A
A
 
V
Q
 
H
D
 
G
D
 
V
V
 
D
K
 
G
A
 
D
K
 
L
A
 
A
A
 
A
R
 
R
Y
 
V
V
 
N
G
 
D
L
 
L
L
 
L
T
 
L
P
 
P
V
 
I
A
 
V
K
 
K
A
 
G
F
 
F
L
 
G
T
 
S
D
 
E
R
 
T
G
 
A
L
 
Y
D
 
A
A
 
K
T
 
L
I
 
T
M
 
E
A
 
S
Q
 
L
Q
|
Q
V
x
T
F
 
L
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
R
 
Q
E
 
D
T
 
Y
G
 
P
V
 
I
E
 
E
Q
 
Q
L
 
Y
V
 
I
R
 
R
D
 
D
T
 
S
R
 
K
I
|
I
A
 
D
Q
 
S
I
 
L
Y
|
Y
E
x
A
G
|
G
T
|
T
N
 
T
G
 
A
I
|
I
Q
 
Q
A
 
A
I
 
Q
D
|
D
F
 
F
L
 
F
G
 
F
R
|
R
K
|
K
V
 
I
T
 
I
G
 
R
D
 
D
N
 
K
L
 
G
A
 
Q
T
 
A
L
 
L
K
 
A
E
 
Y
F
 
V
V
 
A
A
 
G
E
 
E
L
 
I
K
 
E
A
 
Q
Q
 
F
M
 
I
-
 
K
-
 
N
-
 
G
-
 
R
-
 
L
-
 
K
-
 
T
-
 
E
R
 
R
E
 
E
F
 
L
T
 
L
Q
 
A
V
 
T
D
 
A
G
 
L
V
 
A
K
 
D
I
 
V
A
 
Q
A
 
G
V
 
M
C
 
A
A
 
A
R
 
S
L
 
L
D
 
T
A
 
G
L
 
Y
V
 
L
N
 
M
V
 
A
A
 
A
E
 
-
S
 
-
V
 
-
N
 
-
E
 
Q
Q
 
E
K
 
D
L
 
A
T
 
A
Q
 
S
P
 
I
A
 
Y
L
 
K
I
 
V
N
 
G
A
 
L
C
 
G
A
 
S
V
 
V
D
 
R
F
 
F
L
 
L
D
 
M
A
 
A
F
 
V
G
 
G
Y
 
D
S
 
L
V
 
L
Y
 
S
G
 
G
F
 
-
Y
 
-
W
 
W
L
 
L
-
 
L
-
 
A
-
 
R
-
 
Q
-
 
A
-
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
I
A
 
E
M
 
K
L
 
L
D
 
D
K
 
A
V
 
G
P
 
A
S
 
T
A
 
G
E
 
A
D
 
D
Q
 
K
N
 
S
F
 
F
A
 
Y
E
 
E
Q
 
G
K
 
K
A
 
I
Y
 
A
L
 
A
A
 
A
K
 
S
F
 
F
Y
 
F
F
 
A
D
 
K
K
 
N
L
 
M
L
 
L
P
 
P

6lq6A Crystal structure of e447a acyl-coa dehydrogenase fade5 mutant from mycobacteria smegmatis in complex with c20coa (see paper)
31% identity, 96% coverage: 1:561/585 of query aligns to 1:583/607 of 6lq6A

query
sites
6lq6A
M
 
M
N
 
S
P
 
H
Y
 
Y
Q
 
K
A
 
S
P
 
N
L
 
V
A
 
R
D
 
D
M
 
Q
R
 
V
F
 
F
L
 
N
L
 
L
E
 
F
Q
 
E
V
 
V
F
 
F
D
 
G
A
 
V
P
 
D
N
 
K
T
 
V
W
 
L
S
 
G
Q
 
-
L
 
-
P
 
A
D
 
D
I
 
K
A
 
F
E
 
S
M
 
D
V
 
L
D
 
D
M
 
A
D
 
D
T
 
T
A
 
A
N
 
R
A
 
E
I
 
M
L
 
L
E
 
T
E
 
E
A
 
I
A
 
A
K
 
R
I
 
L
S
 
A
A
 
E
Q
 
G
L
 
P
I
 
I
H
 
A
P
 
E
L
 
S
N
 
F
R
 
V
A
 
E
G
 
G
D
 
D
E
 
R
Q
 
N
G
 
P
V
 
P
L
 
V
H
 
F
-
 
D
-
 
P
Q
 
E
D
 
T
N
 
H
C
 
T
V
 
V
I
 
T
T
 
L
P
 
P
E
 
E
G
 
G
Y
 
F
K
 
K
A
 
K
V
 
S
Y
 
M
D
 
R
Q
 
A
Y
 
L
S
 
F
Q
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
-
 
D
-
 
K
V
 
V
G
|
G
L
 
L
C
 
A
G
 
-
E
 
-
P
 
E
E
 
H
F
 
L
G
 
G
G
 
G
M
 
I
G
 
P
M
 
M
P
 
P
K
 
R
M
 
A
L
 
L
G
 
Q
V
 
W
L
 
A
V
 
L
D
 
I
E
 
E
M
 
H
A
 
I
Y
 
L
S
 
G
A
 
A
C
 
N
N
 
P
A
 
A
F
 
A
T
 
Y
L
 
M
Y
 
Y
G
 
-
S
 
A
L
x
M
T
 
G
A
 
P
G
|
G
A
x
M
A
 
S
L
x
E
C
 
I
I
 
F
N
 
Y
A
 
N
H
 
N
G
 
G
S
 
T
E
 
D
V
 
E
L
 
Q
K
 
K
Q
 
K
A
 
W
Y
 
A
L
 
T
P
 
I
K
 
A
L
 
A
Y
 
E
S
 
R
G
 
G
E
 
-
W
 
W
A
 
G
G
x
A
A
 
T
M
|
M
D
 
V
M
x
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
Q
 
D
A
 
A
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
x
V
R
 
G
N
 
A
I
 
G
R
 
R
T
 
T
R
 
K
A
 
A
V
 
V
P
 
Q
Q
 
Q
E
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
W
A
 
H
I
 
I
S
 
E
G
 
G
S
 
V
K
 
K
I
 
R
F
|
F
I
|
I
T
|
T
G
 
S
G
 
A
D
 
D
H
 
S
D
 
D
-
 
D
L
 
L
T
 
F
E
 
E
N
 
N
V
 
I
I
 
M
H
 
H
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
K
 
R
L
 
P
-
 
E
-
 
G
-
 
A
-
 
G
P
 
P
E
 
G
S
x
T
K
|
K
G
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
F
L
 
F
V
 
V
P
 
P
K
 
K
I
 
F
T
 
H
V
 
F
N
 
D
K
 
H
D
 
E
-
 
T
G
 
G
C
 
E
L
 
I
G
 
G
G
 
E
T
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
V
S
 
F
V
 
V
G
 
T
S
 
N
I
 
V
E
 
E
H
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
L
 
L
K
 
K
G
 
V
S
 
S
A
 
A
T
|
T
C
 
C
V
 
E
M
 
L
N
 
S
F
 
L
D
 
G
E
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
I
-
 
P
A
 
A
K
 
V
G
 
G
Y
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
V
N
 
H
R
 
N
G
 
G
L
x
I
V
 
A
C
 
Q
M
 
M
F
|
F
T
 
D
M
 
V
M
 
I
N
 
E
Y
x
Q
E
 
A
R
|
R
L
 
M
A
x
M
I
 
V
G
 
G
I
 
T
Q
 
K
G
 
A
L
 
I
G
 
A
S
 
T
A
 
L
Q
 
S
A
 
T
A
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
M
 
N
A
 
A
T
 
L
D
 
E
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
E
 
E
R
|
R
S
 
V
Q
 
Q
G
 
G
V
 
-
A
 
-
A
 
A
G
 
D
G
 
M
S
 
T
P
 
Q
T
 
M
G
 
T
S
 
D
D
 
K
S
 
T
D
 
A
P
 
P
-
 
R
-
 
V
-
 
T
I
 
I
I
 
T
V
 
H
H
|
H
G
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
S
L
 
L
L
 
M
T
 
T
I
 
Q
R
 
K
A
 
A
M
 
Y
T
 
A
E
 
E
A
 
G
G
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
I
S
 
Y
V
 
L
F
 
Y
T
 
T
G
 
A
-
 
T
-
 
F
K
 
Q
Q
 
D
L
 
A
D
 
E
L
 
V
A
 
A
K
 
Q
Y
 
A
A
 
V
Q
 
H
D
 
G
D
 
V
V
 
D
K
 
G
A
 
D
K
 
L
A
 
A
A
 
A
R
 
R
Y
 
V
V
 
N
G
 
D
L
 
L
L
 
L
T
 
L
P
 
P
V
 
I
A
 
V
K
 
K
A
 
G
F
 
F
L
 
G
T
 
S
D
 
E
R
 
T
G
 
A
L
 
Y
D
 
A
A
 
K
T
 
L
I
 
T
M
 
E
A
 
S
Q
 
L
Q
|
Q
V
x
T
F
 
L
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
R
 
Q
E
 
D
T
 
Y
G
 
P
V
 
I
E
 
E
Q
 
Q
L
 
Y
V
 
I
R
 
R
D
 
D
T
 
S
R
 
K
I
|
I
A
 
D
Q
 
S
I
 
L
Y
|
Y
E
x
A
G
|
G
T
|
T
N
 
T
G
 
A
I
|
I
Q
 
Q
A
 
A
I
 
Q
D
|
D
F
 
F
L
 
F
G
 
F
R
|
R
K
|
K
V
 
I
T
 
I
G
 
R
D
 
D
N
 
K
L
 
G
A
 
Q
T
 
A
L
 
L
K
 
A
E
 
Y
F
 
V
V
 
A
A
 
G
E
 
E
L
 
I
K
 
E
A
 
Q
Q
 
F
M
 
I
-
 
K
-
 
N
-
 
G
-
 
R
-
 
L
-
 
K
-
 
T
-
 
E
R
 
R
E
 
E
F
 
L
T
 
L
Q
 
A
V
 
T
D
 
A
G
 
L
V
 
A
K
 
D
I
 
V
A
 
Q
A
 
G
V
 
M
C
 
A
A
 
A
R
 
S
L
 
L
D
 
T
A
 
G
L
 
Y
V
 
L
N
 
M
V
 
A
A
 
A
E
 
-
S
 
-
V
 
-
N
 
-
E
 
Q
Q
 
E
K
 
D
L
 
A
T
 
A
Q
 
S
P
 
I
A
 
Y
L
 
K
I
 
V
N
 
G
A
 
L
C
 
G
A
 
S
V
 
V
D
 
R
F
 
F
L
 
L
D
 
M
A
 
A
F
 
V
G
 
G
Y
 
D
S
 
L
V
 
L
Y
 
S
G
 
G
F
 
-
Y
 
-
W
 
W
L
 
L
-
 
L
-
 
A
-
 
R
-
 
Q
-
 
A
-
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
I
A
 
E
M
 
K
L
 
L
D
 
D
K
 
A
V
 
G
P
 
A
S
 
T
A
 
G
E
 
A
D
 
D
Q
 
K
N
 
S
F
 
F
A
 
Y
E
 
E
Q
 
G
K
 
K
A
 
I
Y
 
A
L
 
A
A
 
A
K
 
S
F
 
F
Y
 
F
F
 
A
D
 
K
K
 
N
L
 
M
L
 
L
P
 
P

6lq1A Crystal structure of e447a acyl-coa dehydrogenase fade5 mutant from mycobacteria smegmatis in complex with c8coa (see paper)
31% identity, 96% coverage: 1:561/585 of query aligns to 1:583/607 of 6lq1A

query
sites
6lq1A
M
 
M
N
 
S
P
 
H
Y
 
Y
Q
 
K
A
 
S
P
 
N
L
 
V
A
 
R
D
 
D
M
 
Q
R
 
V
F
 
F
L
 
N
L
 
L
E
 
F
Q
 
E
V
 
V
F
 
F
D
 
G
A
 
V
P
 
D
N
 
K
T
 
V
W
 
L
S
 
G
Q
 
-
L
 
-
P
 
A
D
 
D
I
 
K
A
 
F
E
 
S
M
 
D
V
 
L
D
 
D
M
 
A
D
 
D
T
 
T
A
 
A
N
 
R
A
 
E
I
 
M
L
 
L
E
 
T
E
 
E
A
 
I
A
 
A
K
 
R
I
 
L
S
 
A
A
 
E
Q
 
G
L
 
P
I
 
I
H
 
A
P
 
E
L
 
S
N
 
F
R
 
V
A
 
E
G
 
G
D
 
D
E
 
R
Q
 
N
G
 
P
V
 
P
L
 
V
H
 
F
-
 
D
-
 
P
Q
 
E
D
 
T
N
 
H
C
 
T
V
 
V
I
 
T
T
 
L
P
 
P
E
 
E
G
 
G
Y
 
F
K
 
K
A
 
K
V
 
S
Y
 
M
D
 
R
Q
 
A
Y
 
L
S
 
F
Q
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
-
 
D
-
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
C
 
A
G
 
-
E
 
-
P
 
E
E
 
H
F
 
L
G
 
G
G
 
G
M
 
I
G
 
P
M
 
M
P
 
P
K
 
R
M
 
A
L
 
L
G
 
Q
V
 
W
L
 
A
V
 
L
D
 
I
E
 
E
M
 
H
A
 
I
Y
 
L
S
 
G
A
 
A
C
 
N
N
 
P
A
 
A
F
 
A
T
 
Y
L
 
M
Y
 
Y
G
 
-
S
 
A
L
x
M
T
 
G
A
 
P
G
 
G
A
 
M
A
 
S
L
 
E
C
 
I
I
 
F
N
 
Y
A
 
N
H
 
N
G
 
G
S
 
T
E
 
D
V
 
E
L
 
Q
K
 
K
Q
 
K
A
 
W
Y
 
A
L
 
T
P
 
I
K
 
A
L
 
A
Y
 
E
S
 
R
G
 
G
E
 
-
W
 
W
A
 
G
G
 
A
A
 
T
M
|
M
D
 
V
M
x
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
Q
 
D
A
 
A
G
|
G
S
|
S
D
 
D
L
x
V
R
 
G
N
 
A
I
 
G
R
 
R
T
 
T
R
 
K
A
 
A
V
 
V
P
 
Q
Q
 
Q
E
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
W
A
 
H
I
 
I
S
 
E
G
 
G
S
 
V
K
 
K
I
 
R
F
|
F
I
|
I
T
|
T
G
 
S
G
 
A
D
 
D
H
 
S
D
 
D
-
 
D
L
 
L
T
 
F
E
 
E
N
 
N
V
 
I
I
 
M
H
 
H
L
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
K
 
R
L
 
P
-
 
E
-
 
G
-
 
A
-
 
G
P
 
P
E
 
G
S
x
T
K
 
K
G
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
F
L
 
F
V
 
V
P
 
P
K
 
K
I
 
F
T
 
H
V
 
F
N
 
D
K
 
H
D
 
E
-
 
T
G
 
G
C
 
E
L
 
I
G
 
G
G
 
E
T
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
V
S
 
F
V
 
V
G
 
T
S
 
N
I
 
V
E
 
E
H
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
L
 
L
K
 
K
G
 
V
S
 
S
A
 
A
T
|
T
C
 
C
V
 
E
M
 
L
N
 
S
F
 
L
D
 
G
E
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
I
-
 
P
A
 
A
K
 
V
G
 
G
Y
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
V
N
 
H
R
 
N
G
 
G
L
x
I
V
 
A
C
 
Q
M
 
M
F
|
F
T
 
D
M
 
V
M
 
I
N
 
E
Y
 
Q
E
 
A
R
|
R
L
 
M
A
 
M
I
 
V
G
 
G
I
 
T
Q
 
K
G
 
A
L
 
I
G
 
A
S
 
T
A
 
L
Q
 
S
A
 
T
A
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
M
 
N
A
 
A
T
 
L
D
 
E
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
E
 
E
R
|
R
S
 
V
Q
 
Q
G
 
G
V
 
-
A
 
-
A
 
A
G
 
D
G
 
M
S
 
T
P
 
Q
T
 
M
G
 
T
S
 
D
D
 
K
S
 
T
D
 
A
P
 
P
-
 
R
-
 
V
-
 
T
I
 
I
I
 
T
V
 
H
H
|
H
G
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
S
L
 
L
L
 
M
T
 
T
I
 
Q
R
 
K
A
 
A
M
 
Y
T
 
A
E
 
E
A
 
G
G
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
I
S
 
Y
V
 
L
F
 
Y
T
 
T
G
 
A
-
 
T
-
 
F
K
 
Q
Q
 
D
L
 
A
D
 
E
L
 
V
A
 
A
K
 
Q
Y
 
A
A
 
V
Q
 
H
D
 
G
D
 
V
V
 
D
K
 
G
A
 
D
K
 
L
A
 
A
A
 
A
R
 
R
Y
 
V
V
 
N
G
 
D
L
 
L
L
 
L
T
 
L
P
 
P
V
 
I
A
 
V
K
 
K
A
 
G
F
 
F
L
 
G
T
 
S
D
 
E
R
 
T
G
 
A
L
 
Y
D
 
A
A
 
K
T
 
L
I
 
T
M
 
E
A
 
S
Q
 
L
Q
|
Q
V
x
T
F
 
L
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
R
 
Q
E
 
D
T
 
Y
G
 
P
V
 
I
E
 
E
Q
 
Q
L
 
Y
V
 
I
R
 
R
D
 
D
T
 
S
R
 
K
I
|
I
A
 
D
Q
 
S
I
 
L
Y
|
Y
E
x
A
G
 
G
T
|
T
N
 
T
G
 
A
I
|
I
Q
 
Q
A
 
A
I
 
Q
D
|
D
F
 
F
L
 
F
G
 
F
R
|
R
K
|
K
V
 
I
T
 
I
G
 
R
D
 
D
N
 
K
L
 
G
A
 
Q
T
 
A
L
 
L
K
 
A
E
 
Y
F
 
V
V
 
A
A
 
G
E
 
E
L
 
I
K
 
E
A
 
Q
Q
 
F
M
 
I
-
 
K
-
 
N
-
 
G
-
 
R
-
 
L
-
 
K
-
 
T
-
 
E
R
 
R
E
 
E
F
 
L
T
 
L
Q
 
A
V
 
T
D
 
A
G
 
L
V
 
A
K
 
D
I
 
V
A
 
Q
A
 
G
V
 
M
C
 
A
A
 
A
R
 
S
L
 
L
D
 
T
A
 
G
L
 
Y
V
 
L
N
 
M
V
 
A
A
 
A
E
 
-
S
 
-
V
 
-
N
 
-
E
 
Q
Q
 
E
K
 
D
L
 
A
T
 
A
Q
 
S
P
 
I
A
 
Y
L
 
K
I
 
V
N
 
G
A
 
L
C
 
G
A
 
S
V
 
V
D
 
R
F
 
F
L
 
L
D
 
M
A
 
A
F
 
V
G
 
G
Y
 
D
S
 
L
V
 
L
Y
 
S
G
 
G
F
 
-
Y
 
-
W
 
W
L
 
L
-
 
L
-
 
A
-
 
R
-
 
Q
-
 
A
-
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
I
A
 
E
M
 
K
L
 
L
D
 
D
K
 
A
V
 
G
P
 
A
S
 
T
A
 
G
E
 
A
D
 
D
Q
 
K
N
 
S
F
 
F
A
 
Y
E
 
E
Q
 
G
K
 
K
A
 
I
Y
 
A
L
 
A
A
 
A
K
 
S
F
 
F
Y
 
F
F
 
A
D
 
K
K
 
N
L
 
M
L
 
L
P
 
P

6lq0A Crystal structure of e447a acyl-coa dehydrogenase fade5 mutant from mycobacteria smegmatis in complex with c6coa (see paper)
31% identity, 96% coverage: 1:561/585 of query aligns to 1:583/607 of 6lq0A

query
sites
6lq0A
M
 
M
N
 
S
P
 
H
Y
 
Y
Q
 
K
A
 
S
P
 
N
L
 
V
A
 
R
D
 
D
M
 
Q
R
 
V
F
 
F
L
 
N
L
 
L
E
 
F
Q
 
E
V
 
V
F
 
F
D
 
G
A
 
V
P
 
D
N
 
K
T
 
V
W
 
L
S
 
G
Q
 
-
L
 
-
P
 
A
D
 
D
I
 
K
A
 
F
E
 
S
M
 
D
V
 
L
D
 
D
M
 
A
D
 
D
T
 
T
A
 
A
N
 
R
A
 
E
I
 
M
L
 
L
E
 
T
E
 
E
A
 
I
A
 
A
K
 
R
I
 
L
S
 
A
A
 
E
Q
 
G
L
 
P
I
 
I
H
 
A
P
 
E
L
 
S
N
 
F
R
 
V
A
 
E
G
 
G
D
 
D
E
 
R
Q
 
N
G
 
P
V
 
P
L
 
V
H
 
F
-
 
D
-
 
P
Q
 
E
D
 
T
N
 
H
C
 
T
V
 
V
I
 
T
T
 
L
P
 
P
E
 
E
G
 
G
Y
 
F
K
 
K
A
 
K
V
 
S
Y
 
M
D
 
R
Q
 
A
Y
 
L
S
 
F
Q
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
-
 
D
-
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
C
 
A
G
 
-
E
 
-
P
 
E
E
 
H
F
 
L
G
 
G
G
 
G
M
 
I
G
 
P
M
 
M
P
 
P
K
 
R
M
 
A
L
 
L
G
 
Q
V
 
W
L
 
A
V
 
L
D
 
I
E
 
E
M
 
H
A
 
I
Y
 
L
S
 
G
A
 
A
C
 
N
N
 
P
A
 
A
F
 
A
T
 
Y
L
 
M
Y
 
Y
G
 
-
S
 
A
L
 
M
T
 
G
A
 
P
G
 
G
A
 
M
A
 
S
L
 
E
C
 
I
I
 
F
N
 
Y
A
 
N
H
 
N
G
 
G
S
 
T
E
 
D
V
 
E
L
 
Q
K
 
K
Q
 
K
A
 
W
Y
 
A
L
 
T
P
 
I
K
 
A
L
 
A
Y
 
E
S
 
R
G
 
G
E
 
-
W
 
W
A
 
G
G
 
A
A
 
T
M
|
M
D
 
V
M
x
L
T
|
T
E
 
E
P