SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 203316 FitnessBrowser__MR1:203316 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3vkzA 3-isopropylmalate dehydrogenase from shewanella oneidensis mr-1 at atmospheric pressure (see paper)
100% identity, 100% coverage: 2:364/364 of query aligns to 2:364/364 of 3vkzA

query
sites
3vkzA
S
 
S
Y
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
V
 
V
L
 
L
A
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
M
 
M
A
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
K
 
K
V
 
V
L
 
L
K
 
K
A
 
A
V
 
V
E
 
E
A
 
A
R
 
R
F
 
F
G
 
G
L
 
L
N
 
N
I
 
I
E
 
E
Y
 
Y
T
 
T
E
 
E
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
 
I
A
 
A
I
 
I
D
 
D
N
 
N
H
 
H
G
 
G
C
 
C
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
E
A
 
A
T
 
T
L
 
L
K
 
K
G
 
G
C
 
C
E
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
L
F
 
F
G
 
G
S
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
G
P
 
P
K
 
K
W
 
W
E
 
E
K
 
K
L
 
L
P
 
P
P
 
P
N
 
N
E
 
E
Q
 
Q
P
 
P
E
 
E
R
 
R
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
L
R
|
R
G
 
G
H
 
H
F
 
F
E
 
E
L
 
L
F
 
F
C
 
C
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
A
K
 
K
L
 
L
H
 
H
D
 
D
G
 
G
L
 
L
E
 
E
H
 
H
M
 
M
S
 
S
P
 
P
L
 
L
R
 
R
S
 
S
D
 
D
I
 
I
S
 
S
A
 
A
R
 
R
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
L
 
L
C
 
C
V
 
V
R
|
R
E
 
E
L
 
L
T
 
T
G
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
K
 
K
P
 
P
K
 
K
G
 
G
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
G
 
G
E
 
E
S
 
S
E
 
E
E
 
E
A
 
A
F
 
F
D
 
D
T
 
T
M
 
M
R
 
R
Y
 
Y
S
 
S
R
 
R
R
 
R
E
 
E
I
 
I
S
 
S
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
R
I
 
I
A
 
A
F
 
F
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
R
G
 
G
R
 
R
R
 
R
K
 
K
K
 
K
V
 
V
T
 
T
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
A
 
A
C
 
C
S
 
S
V
 
V
L
 
L
W
 
W
R
 
R
Q
 
Q
V
 
V
V
 
V
E
 
E
E
 
E
V
 
V
A
 
A
V
 
V
D
 
D
F
 
F
P
 
P
D
 
D
V
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
E
H
 
H
I
 
I
Y
 
Y
I
 
I
D
|
D
N
 
N
A
 
A
T
 
T
M
 
M
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
R
 
R
R
 
R
P
 
P
D
 
D
E
 
E
F
 
F
D
 
D
V
 
V
M
 
M
L
 
L
C
 
C
S
 
S
N
 
N
L
 
L
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
E
 
E
I
 
I
A
 
A
M
 
M
L
 
L
T
 
T
G
 
G
S
 
S
M
 
M
G
 
G
L
 
L
L
 
L
S
 
S
S
 
S
A
 
A
S
 
S
M
 
M
N
 
N
S
 
S
T
 
T
G
 
G
F
 
F
G
 
G
L
 
L
F
 
F
E
 
E
P
 
P
A
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
K
G
 
G
I
 
I
A
 
A
N
 
N
P
 
P
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
L
M
 
M
L
 
L
R
 
R
H
 
H
S
 
S
L
 
L
K
 
K
Q
 
Q
E
 
E
E
 
E
A
 
A
A
 
A
S
 
S
A
 
A
I
 
I
E
 
E
R
 
R
A
 
A
V
 
V
T
 
T
K
 
K
A
 
A
L
 
L
N
 
N
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
T
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
L
S
 
S
S
 
S
D
 
D
Q
 
Q
R
 
R
H
 
H
K
 
K
A
 
A
K
 
K
T
 
T
T
 
T
V
 
V
Q
 
Q
M
 
M
G
 
G
D
 
D
F
 
F
I
 
I
A
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
V
K
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V

3vmkA 3-isopropylmalate dehydrogenase from shewanella benthica db21 mt-2 (see paper)
85% identity, 99% coverage: 2:363/364 of query aligns to 8:369/369 of 3vmkA

query
sites
3vmkA
S
 
S
Y
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
V
 
V
L
 
L
A
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
M
 
M
A
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
K
 
K
V
 
V
L
 
L
K
 
A
A
 
A
V
 
V
E
 
E
A
 
K
R
 
R
F
 
F
G
 
D
L
 
L
N
 
S
I
 
I
E
 
E
Y
 
Y
T
 
S
E
 
E
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
 
A
A
 
A
I
 
I
D
 
D
N
 
N
H
 
H
G
 
G
C
 
C
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
E
A
 
A
T
 
T
L
 
L
K
 
K
G
 
G
C
 
C
E
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
V
L
 
L
F
 
F
G
 
G
S
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
G
P
 
P
K
 
K
W
 
W
E
 
E
K
 
H
L
 
L
P
 
P
P
 
P
N
 
N
E
 
D
Q
 
Q
P
 
P
E
 
E
R
 
R
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
L
R
|
R
G
 
G
H
 
H
F
 
F
E
 
E
L
 
L
F
 
F
C
 
C
N
 
N
L
 
M
R
 
R
P
 
P
A
 
A
K
 
K
L
 
L
H
 
H
D
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
E
H
 
H
M
 
M
S
 
S
P
 
P
L
 
L
R
 
R
S
 
S
D
 
D
I
 
I
S
 
S
A
 
E
R
 
K
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
L
 
L
C
 
C
V
 
V
R
|
R
E
 
E
L
 
L
T
 
T
G
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
K
 
K
P
 
P
K
 
K
G
 
G
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
G
 
G
E
 
E
S
 
N
E
 
E
E
 
E
A
 
A
F
 
F
D
 
D
T
 
T
M
 
M
R
 
R
Y
 
Y
S
 
S
R
 
R
R
 
K
E
 
E
I
 
I
S
 
R
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
K
I
 
I
A
 
A
F
 
F
E
 
E
A
 
S
A
 
A
R
 
Q
G
 
G
R
 
R
R
 
R
K
 
K
K
 
K
V
 
V
T
 
T
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
V
 
V
L
 
L
A
 
A
C
 
C
S
 
S
V
 
V
L
 
L
W
 
W
R
 
R
Q
 
E
V
 
V
V
 
V
E
 
E
E
 
E
V
 
V
A
 
A
V
 
K
D
 
D
F
 
Y
P
 
P
D
 
D
V
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
E
H
 
H
I
 
I
Y
 
Y
I
 
I
D
|
D
N
 
N
A
 
A
T
 
T
M
 
M
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
R
 
R
R
 
R
P
 
P
D
 
N
E
 
E
F
 
F
D
 
D
V
 
V
M
 
M
L
 
L
C
 
C
S
 
S
N
 
N
L
 
L
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
V
S
 
S
D
|
D
E
 
E
I
 
I
A
 
A
M
 
M
L
 
L
T
 
T
G
 
G
S
 
S
M
 
M
G
 
G
L
 
L
L
 
L
S
 
A
S
 
S
A
 
I
S
 
S
M
 
M
N
 
N
S
 
S
T
 
Q
G
 
G
F
 
F
G
 
G
L
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
A
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
G
 
G
I
 
I
A
 
A
N
 
N
P
 
P
I
 
V
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
L
M
 
L
L
 
L
R
 
R
H
 
H
S
 
S
L
 
L
K
 
K
Q
 
L
E
 
E
E
 
D
A
 
A
A
 
A
S
 
L
A
 
A
I
 
I
E
 
E
R
 
A
A
 
A
V
 
V
T
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
L
N
 
S
S
 
D
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
T
 
T
G
 
C
E
 
E
L
 
L
L
 
L
S
 
P
S
 
A
D
 
S
Q
 
E
R
 
R
H
 
S
K
 
Q
A
 
A
K
 
K
T
 
S
T
 
T
V
 
S
Q
 
Q
M
 
M
G
 
G
D
 
D
F
 
Y
I
 
I
A
 
A
D
 
Q
A
 
A
V
 
I
K
 
A
A
 
E
G
 
G

1cnzA 3-isopropylmalate dehydrogenase (ipmdh) from salmonella typhimurium (see paper)
69% identity, 100% coverage: 2:364/364 of query aligns to 4:363/363 of 1cnzA

query
sites
1cnzA
S
 
N
Y
 
Y
Q
 
H
I
 
I
A
 
A
V
 
V
L
 
L
A
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
M
 
M
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
R
 
L
K
 
K
V
 
V
L
 
M
K
 
D
A
 
A
V
 
V
E
 
R
A
 
S
R
 
R
F
 
F
G
 
D
L
 
M
N
 
R
I
 
I
E
 
T
Y
 
T
T
 
S
E
 
H
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
 
I
A
 
A
I
 
I
D
 
D
N
 
N
H
 
H
G
 
G
C
 
H
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
K
A
 
A
T
 
T
L
 
V
K
 
E
G
 
G
C
 
C
E
 
E
A
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
L
F
 
F
G
 
G
S
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
G
P
 
P
K
 
K
W
 
W
E
 
E
K
 
N
L
 
L
P
 
P
P
 
P
N
 
E
E
 
S
Q
 
Q
P
 
P
E
 
E
R
 
R
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
L
R
 
R
G
 
K
H
 
H
F
 
F
E
 
K
L
 
L
F
 
F
C
 
S
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
A
K
 
K
L
 
L
H
 
Y
D
 
Q
G
 
G
L
 
L
E
 
E
H
 
A
M
 
F
S
 
C
P
 
P
L
 
L
R
 
R
S
 
A
D
 
D
I
 
I
S
 
A
A
 
A
R
 
N
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
L
 
L
C
 
C
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
T
 
T
G
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
K
 
Q
P
 
P
K
 
K
G
 
G
R
 
R
Q
 
E
G
 
G
E
 
S
G
 
G
E
 
Q
S
 
Y
E
 
E
E
 
K
A
 
A
F
 
F
D
 
D
T
 
T
M
 
E
R
 
V
Y
 
Y
S
 
H
R
 
R
R
 
F
E
 
E
I
 
I
S
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
R
I
 
I
A
 
A
F
 
F
E
 
E
A
 
S
A
 
A
R
 
R
G
 
K
R
 
R
R
 
R
K
 
R
K
 
K
V
 
V
T
 
T
S
 
S
V
 
I
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
A
 
Q
C
 
S
S
 
S
V
 
I
L
 
L
W
 
W
R
 
R
Q
 
E
V
 
I
V
 
V
E
 
N
E
 
D
V
 
V
A
 
A
V
 
K
D
 
T
F
 
Y
P
 
P
D
 
D
V
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
A
H
 
H
I
 
M
Y
 
Y
I
 
I
D
|
D
N
 
N
A
 
A
T
 
T
M
 
M
Q
 
Q
L
 
L
L
 
I
R
 
K
R
 
D
P
 
P
D
 
S
E
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
M
 
L
L
 
L
C
 
C
S
 
S
N
 
N
L
 
L
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
E
 
E
I
 
C
A
 
A
M
 
M
L
 
I
T
 
T
G
 
G
S
 
S
M
 
M
G
 
G
L
 
M
L
 
L
S
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
M
 
L
N
 
N
S
 
E
T
 
Q
G
 
G
F
 
F
G
 
G
L
 
L
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
A
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
K
G
 
N
I
 
I
A
 
A
N
 
N
P
 
P
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
L
A
 
A
L
 
L
M
 
L
L
 
L
R
 
R
H
 
Y
S
 
S
L
 
L
K
 
D
Q
 
A
E
 
N
E
 
D
A
 
A
A
 
A
S
 
T
A
 
A
I
 
I
E
 
E
R
 
Q
A
 
A
V
 
I
T
 
N
K
 
R
A
 
A
L
 
L
N
 
E
S
 
E
G
 
G
Y
 
V
L
 
R
T
 
T
G
 
G
E
 
D
L
 
L
L
 
A
S
 
R
S
 
G
D
 
-
Q
 
-
R
 
-
H
 
A
K
 
A
A
 
A
K
 
V
T
 
S
T
 
T
V
 
D
Q
 
E
M
 
M
G
 
G
D
 
D
F
 
I
I
 
I
A
 
A
D
 
R
A
 
Y
V
 
V
K
 
A
A
 
E
G
 
G
V
 
V

P37412 3-isopropylmalate dehydrogenase; 3-IPM-DH; Beta-IPM dehydrogenase; IMDH; EC 1.1.1.85 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see paper)
69% identity, 100% coverage: 2:364/364 of query aligns to 4:363/363 of P37412

query
sites
P37412
S
 
N
Y
 
Y
Q
 
H
I
 
I
A
 
A
V
 
V
L
 
L
A
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
M
 
M
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
R
 
L
K
 
K
V
 
V
L
 
M
K
 
D
A
 
A
V
 
V
E
 
R
A
 
S
R
 
R
F
 
F
G
 
D
L
 
M
N
 
R
I
 
I
E
 
T
Y
 
T
T
 
S
E
 
H
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
 
I
A
 
A
I
 
I
D
 
D
N
 
N
H
 
H
G
 
G
C
 
H
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
K
A
 
A
T
 
T
L
 
V
K
 
E
G
 
G
C
 
C
E
 
E
A
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
L
F
 
F
G
 
G
S
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
G
P
 
P
K
 
K
W
 
W
E
 
E
K
 
N
L
 
L
P
 
P
P
 
P
N
 
E
E
 
S
Q
 
Q
P
 
P
E
 
E
R
 
R
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
L
R
 
R
G
 
K
H
 
H
F
 
F
E
 
K
L
 
L
F
 
F
C
 
S
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
A
K
 
K
L
 
L
H
 
Y
D
 
Q
G
 
G
L
 
L
E
 
E
H
 
A
M
 
F
S
 
C
P
 
P
L
 
L
R
 
R
S
 
A
D
 
D
I
 
I
S
 
A
A
 
A
R
 
N
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
L
 
L
C
 
C
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
T
 
T
G
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
K
 
Q
P
 
P
K
 
K
G
 
G
R
 
R
Q
 
E
G
 
G
E
 
S
G
 
G
E
 
Q
S
 
Y
E
 
E
E
 
K
A
 
A
F
 
F
D
 
D
T
 
T
M
 
E
R
 
V
Y
 
Y
S
 
H
R
 
R
R
 
F
E
 
E
I
 
I
S
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
R
I
 
I
A
 
A
F
 
F
E
 
E
A
 
S
A
 
A
R
 
R
G
 
K
R
 
R
R
 
R
K
 
R
K
 
K
V
 
V
T
 
T
S
 
S
V
 
I
D
 
D
K
 
K
A
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
A
 
Q
C
 
S
S
 
S
V
 
I
L
 
L
W
 
W
R
 
R
Q
 
E
V
 
I
V
 
V
E
 
N
E
 
D
V
 
V
A
 
A
V
 
K
D
 
T
F
 
Y
P
 
P
D
 
D
V
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
A
H
 
H
I
 
M
Y
 
Y
I
 
I
D
|
D
N
 
N
A
 
A
T
 
T
M
 
M
Q
 
Q
L
 
L
L
 
I
R
 
K
R
 
D
P
 
P
D
 
S
E
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
M
 
L
L
 
L
C
 
C
S
 
S
N
 
N
L
 
L
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
E
 
E
I
 
C
A
 
A
M
 
M
L
 
I
T
 
T
G
 
G
S
 
S
M
 
M
G
 
G
L
 
M
L
 
L
S
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
M
 
L
N
 
N
S
 
E
T
 
Q
G
 
G
F
 
F
G
 
G
L
 
L
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
A
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
K
G
 
N
I
 
I
A
 
A
N
 
N
P
 
P
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
L
A
 
A
L
 
L
M
 
L
L
 
L
R
 
R
H
 
Y
S
 
S
L
 
L
K
 
D
Q
 
A
E
 
N
E
 
D
A
 
A
A
 
A
S
 
T
A
 
A
I
 
I
E
 
E
R
 
Q
A
 
A
V
 
I
T
 
N
K
 
R
A
 
A
L
 
L
N
 
E
S
 
E
G
 
G
Y
 
V
L
 
R
T
 
T
G
 
G
E
 
D
L
 
L
L
 
A
S
 
R
S
 
G
D
 
-
Q
 
-
R
 
-
H
 
A
K
 
A
A
 
A
K
 
V
T
 
S
T
 
T
V
 
D
Q
 
E
M
 
M
G
 
G
D
 
D
F
 
I
I
 
I
A
 
A
D
 
R
A
 
Y
V
 
V
K
 
A
A
 
E
G
 
G
V
 
V

6xxyA Crystal structure of haemophilus influenzae 3-isopropylmalate dehydrogenase in complex with o-isobutenyl oxalylhydroxamate. (see paper)
67% identity, 99% coverage: 2:360/364 of query aligns to 3:358/358 of 6xxyA

query
sites
6xxyA
S
 
S
Y
 
Y
Q
 
N
I
 
I
A
 
A
V
 
V
L
 
L
A
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
M
 
M
A
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
I
K
 
K
V
 
V
L
 
L
K
 
N
A
 
R
V
 
V
E
 
Q
A
 
E
R
 
K
F
 
F
G
 
G
L
 
F
N
 
K
I
 
L
E
 
N
Y
 
F
T
 
N
E
 
E
Y
 
F
D
 
F
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
 
A
A
 
A
I
 
I
D
 
E
N
 
H
H
 
C
G
 
G
C
 
Y
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
A
A
 
E
T
 
T
L
 
L
K
 
K
G
 
G
C
 
C
E
 
D
A
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
L
F
 
F
G
 
G
S
|
S
V
|
V
G
|
G
G
 
G
P
 
P
K
 
K
W
 
W
E
 
T
K
 
N
L
 
L
P
 
P
P
 
P
N
 
D
E
 
Q
Q
 
Q
P
 
P
E
|
E
R
 
R
G
 
G
A
 
A
L
|
L
L
 
L
P
 
P
L
 
L
R
 
R
G
 
K
H
 
H
F
 
F
E
 
K
L
 
L
F
 
F
C
 
C
N
 
N
L
 
L
R
|
R
P
 
P
A
 
A
K
 
T
L
 
L
H
 
Y
D
 
K
G
 
G
L
 
L
E
 
E
H
 
K
M
 
F
S
 
C
P
 
P
L
 
L
R
 
R
S
 
A
D
 
D
I
 
I
S
 
A
A
 
A
R
 
K
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
M
L
 
V
C
 
V
V
 
V
R
|
R
E
 
E
L
 
L
T
 
T
G
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
K
 
Q
P
 
P
K
 
K
G
 
G
R
 
R
Q
 
E
G
 
G
E
 
D
G
 
G
E
 
V
S
 
Q
E
 
T
E
 
K
A
 
A
F
 
F
D
 
D
T
 
T
M
 
E
R
 
V
Y
 
Y
S
 
Y
R
 
K
R
 
Y
E
 
E
I
 
I
S
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
R
I
 
A
A
 
A
F
 
F
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
M
G
 
K
R
 
R
R
 
N
K
 
K
K
 
K
V
 
V
T
 
T
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
V
|
V
L
 
L
A
 
Q
C
 
S
S
 
S
V
 
I
L
 
L
W
 
W
R
 
R
Q
 
E
V
 
T
V
 
V
E
 
T
E
 
E
V
 
M
A
 
A
V
 
K
D
 
D
F
 
Y
P
 
P
D
 
E
V
 
V
E
 
T
L
 
L
E
 
E
H
 
H
I
 
I
Y
|
Y
I
 
I
D
|
D
N
|
N
A
 
A
T
 
T
M
|
M
Q
 
Q
L
 
L
L
 
I
R
 
K
R
 
S
P
 
P
D
 
E
E
 
S
F
 
F
D
 
D
V
 
V
M
 
L
L
 
L
C
 
C
S
 
S
N
 
N
L
 
I
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
I
S
 
S
D
|
D
E
 
E
I
 
A
A
 
A
M
 
M
L
 
I
T
 
T
G
 
G
S
 
S
M
|
M
G
|
G
L
 
M
L
 
L
S
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
M
 
L
N
 
N
S
 
E
T
 
E
G
 
G
F
 
F
G
 
G
L
 
L
F
 
Y
E
|
E
P
 
P
A
 
A
G
|
G
G
|
G
S
|
S
A
|
A
P
|
P
D
|
D
I
|
I
A
 
A
G
 
G
K
 
K
G
 
G
I
 
I
A
 
A
N
|
N
P
 
P
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
M
M
 
M
L
 
L
R
 
R
H
 
Y
S
 
S
L
 
F
K
 
N
Q
 
L
E
 
N
E
 
E
A
 
A
A
 
A
S
 
D
A
 
A
I
 
I
E
 
E
R
 
S
A
 
A
V
 
V
T
 
Q
K
 
K
A
 
V
L
 
L
N
 
A
S
 
S
G
 
G
Y
 
H
L
 
R
T
 
T
G
 
A
E
x
D
L
 
L
L
 
A
S
 
D
S
 
D
D
 
S
Q
 
-
R
 
-
H
 
-
K
 
T
A
 
P
K
 
V
T
 
S
T
 
T
V
 
A
Q
 
E
M
 
M
G
 
G
D
 
T
F
 
L
I
 
I
A
 
T
D
 
Q
A
 
A
V
 
I

2y42D Structure of isopropylmalate dehydrogenase from thermus thermophilus - complex with nadh and mn (see paper)
57% identity, 90% coverage: 2:328/364 of query aligns to 1:320/355 of 2y42D

query
sites
2y42D
S
 
S
Y
 
M
Q
 
K
I
 
V
A
 
A
V
 
V
L
 
L
A
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
|
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
M
 
T
A
 
E
E
 
A
A
 
A
R
 
L
K
 
K
V
 
V
L
 
L
K
 
R
A
 
A
V
 
L
E
 
D
A
 
E
R
 
A
F
 
E
G
 
G
L
 
L
N
 
G
I
 
L
E
 
A
Y
 
Y
T
 
E
E
 
V
Y
 
F
D
 
P
V
 
F
G
 
G
G
 
G
I
 
A
A
 
A
I
 
I
D
 
D
N
 
A
H
 
F
G
 
G
C
 
E
P
 
P
L
 
F
P
 
P
E
 
E
A
 
P
T
 
T
L
 
R
K
 
K
G
 
G
C
 
V
E
 
E
A
 
E
A
 
A
D
 
E
A
 
A
I
 
V
L
 
L
F
 
L
G
 
G
S
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
G
P
 
P
K
 
K
W
 
W
E
x
D
K
 
G
L
 
L
P
 
P
P
 
R
N
 
K
E
 
I
Q
 
R
P
 
P
E
 
E
R
 
T
G
 
G
A
 
-
L
 
L
L
 
L
P
 
S
L
 
L
R
 
R
G
 
K
H
 
S
F
 
Q
E
 
D
L
 
L
F
 
F
C
 
A
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
A
K
 
K
L
 
V
H
 
F
D
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
E
H
 
R
M
 
L
S
 
S
P
 
P
L
 
L
R
 
K
S
 
E
D
 
E
I
 
I
S
 
-
A
 
A
R
 
R
G
 
G
F
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
L
C
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
T
 
T
G
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
K
 
E
P
 
P
K
 
R
G
 
G
R
 
M
Q
 
S
G
 
-
E
 
-
G
 
-
E
 
-
S
 
E
E
 
A
E
 
E
A
 
A
F
 
W
D
 
N
T
 
T
M
 
E
R
 
R
Y
 
Y
S
 
S
R
 
K
R
 
P
E
 
E
I
 
V
S
 
E
R
 
R
I
 
V
A
 
A
R
 
R
I
 
V
A
 
A
F
 
F
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
R
G
 
K
R
 
R
R
 
R
K
 
K
K
 
H
V
 
V
T
 
V
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
A
 
E
C
 
V
S
 
G
V
 
E
L
 
F
W
 
W
R
 
R
Q
 
K
V
 
T
V
 
V
E
 
E
E
 
E
V
 
V
A
 
G
V
 
R
D
 
G
F
 
Y
P
 
P
D
 
D
V
 
V
E
 
A
L
 
L
E
 
E
H
 
H
I
 
Q
Y
 
Y
I
 
V
D
|
D
N
 
A
A
 
M
T
 
A
M
 
M
Q
 
H
L
 
L
L
 
V
R
 
R
R
 
S
P
 
P
D
 
A
E
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
V
M
 
V
L
 
V
C
 
T
S
 
G
N
 
N
L
 
I
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
E
 
L
I
 
A
A
 
S
M
 
V
L
 
L
T
 
P
G
 
G
S
 
S
M
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
L
S
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
M
 
L
N
 
G
S
 
R
T
 
-
G
 
G
F
 
T
G
 
P
L
 
V
F
 
F
E
 
E
P
 
P
A
 
V
G
x
H
G
|
G
S
 
S
A
|
A
P
 
P
D
|
D
I
|
I
A
 
A
G
 
G
K
 
K
G
 
G
I
 
I
A
 
A
N
|
N
P
 
P
I
 
T
A
 
A
Q
 
A
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
M
M
 
M
L
 
L
R
 
E
H
 
H
S
 
A
L
 
F
K
 
G
Q
 
L
E
 
V
E
 
E
A
 
L
A
 
A
S
 
R
A
 
K
I
 
V
E
 
E
R
 
D
A
 
A
V
 
V
T
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
L

2y41A Structure of isopropylmalate dehydrogenase from thermus thermophilus - complex with ipm and mn (see paper)
57% identity, 90% coverage: 2:328/364 of query aligns to 1:320/346 of 2y41A

query
sites
2y41A
S
 
S
Y
 
M
Q
 
K
I
 
V
A
 
A
V
 
V
L
 
L
A
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
M
 
T
A
 
E
E
 
A
A
 
A
R
 
L
K
 
K
V
 
V
L
 
L
K
 
R
A
 
A
V
 
L
E
 
D
A
 
E
R
 
A
F
 
E
G
 
G
L
 
L
N
 
G
I
 
L
E
 
A
Y
 
Y
T
 
E
E
 
V
Y
 
F
D
 
P
V
 
F
G
 
G
G
 
G
I
 
A
A
 
A
I
 
I
D
 
D
N
 
A
H
 
F
G
 
G
C
 
E
P
 
P
L
 
F
P
 
P
E
 
E
A
 
P
T
 
T
L
 
R
K
 
K
G
 
G
C
 
V
E
 
E
A
 
E
A
 
A
D
 
E
A
 
A
I
 
V
L
 
L
F
 
L
G
 
G
S
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
G
P
 
P
K
 
K
W
 
W
E
 
D
K
 
G
L
 
L
P
 
P
P
 
R
N
 
K
E
 
I
Q
 
R
P
 
P
E
 
E
R
 
T
G
 
G
A
 
-
L
 
L
L
 
L
P
 
S
L
 
L
R
|
R
G
 
K
H
 
S
F
 
Q
E
 
D
L
 
L
F
 
F
C
 
A
N
 
N
L
 
L
R
|
R
P
 
P
A
 
A
K
 
K
L
 
V
H
 
F
D
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
E
H
 
R
M
 
L
S
 
S
P
 
P
L
 
L
R
 
K
S
 
E
D
 
E
I
 
I
S
 
-
A
 
A
R
 
R
G
 
G
F
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
L
C
 
I
V
 
V
R
|
R
E
 
E
L
 
L
T
 
T
G
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
K
 
E
P
 
P
K
 
R
G
 
G
R
 
M
Q
 
S
G
 
-
E
 
-
G
 
-
E
 
-
S
 
E
E
 
A
E
 
E
A
 
A
F
 
W
D
 
N
T
 
T
M
 
E
R
 
R
Y
 
Y
S
 
S
R
 
K
R
 
P
E
 
E
I
 
V
S
 
E
R
 
R
I
 
V
A
 
A
R
 
R
I
 
V
A
 
A
F
 
F
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
R
G
 
K
R
 
R
R
 
R
K
 
K
K
 
H
V
 
V
T
 
V
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
A
 
E
C
 
V
S
 
G
V
 
E
L
 
F
W
 
W
R
 
R
Q
 
K
V
 
T
V
 
V
E
 
E
E
 
E
V
 
V
A
 
G
V
 
R
D
 
G
F
 
Y
P
 
P
D
 
D
V
 
V
E
 
A
L
 
L
E
 
E
H
 
H
I
 
Q
Y
 
Y
I
 
V
D
|
D
N
 
A
A
 
M
T
 
A
M
 
M
Q
 
H
L
 
L
L
 
V
R
 
R
R
 
S
P
 
P
D
 
A
E
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
V
M
 
V
L
 
V
C
 
T
S
 
G
N
 
N
L
 
I
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
E
 
L
I
 
A
A
 
S
M
 
V
L
 
L
T
 
P
G
 
G
S
 
S
M
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
L
S
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
M
 
L
N
 
G
S
 
R
T
 
-
G
 
G
F
 
T
G
 
P
L
 
V
F
 
F
E
 
E
P
 
P
A
 
V
G
 
H
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
K
G
 
G
I
 
I
A
 
A
N
 
N
P
 
P
I
 
T
A
 
A
Q
 
A
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
M
M
 
M
L
 
L
R
 
E
H
 
H
S
 
A
L
 
F
K
 
G
Q
 
L
E
 
V
E
 
E
A
 
L
A
 
A
S
 
R
A
 
K
I
 
V
E
 
E
R
 
D
A
 
A
V
 
V
T
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
L

2ztwA Structure of 3-isopropylmalate dehydrogenase in complex with the inhibitor and NAD+ (see paper)
58% identity, 89% coverage: 4:328/364 of query aligns to 2:319/345 of 2ztwA

query
sites
2ztwA
Q
 
K
I
 
V
A
 
A
V
 
V
L
 
L
A
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
|
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
M
 
T
A
 
E
E
 
A
A
 
A
R
 
L
K
 
K
V
 
V
L
 
L
K
 
R
A
 
A
V
 
L
E
 
D
A
 
E
R
 
A
F
 
E
G
 
G
L
 
L
N
 
G
I
 
L
E
 
A
Y
 
Y
T
 
E
E
 
V
Y
 
F
D
 
P
V
 
F
G
 
G
G
 
G
I
 
A
A
 
A
I
 
I
D
 
D
N
 
A
H
 
F
G
 
G
C
 
E
P
 
P
L
 
F
P
 
P
E
 
E
A
 
P
T
 
T
L
 
R
K
 
K
G
 
G
C
 
V
E
 
E
A
 
E
A
 
A
D
 
E
A
 
A
I
 
V
L
 
L
F
 
L
G
 
G
S
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
G
P
 
P
K
 
K
W
 
W
E
 
D
K
 
G
L
 
L
P
 
P
P
 
R
N
 
K
E
 
I
Q
 
R
P
 
P
E
 
E
R
 
T
G
 
G
A
 
-
L
 
L
L
 
L
P
 
S
L
 
L
R
 
R
G
 
K
H
 
S
F
 
Q
E
 
D
L
 
L
F
 
F
C
 
A
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
A
K
 
K
L
 
V
H
 
F
D
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
E
H
 
R
M
 
L
S
 
S
P
 
P
L
 
L
R
 
K
S
 
E
D
 
E
I
 
I
S
 
-
A
 
A
R
 
R
G
 
G
F
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
L
C
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
T
 
T
G
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
K
 
E
P
 
P
K
 
R
G
 
G
R
 
M
Q
 
S
G
 
-
E
 
-
G
 
-
E
 
-
S
 
E
E
 
A
E
 
E
A
 
A
F
 
W
D
 
N
T
 
T
M
 
E
R
 
R
Y
 
Y
S
 
S
R
 
K
R
 
P
E
 
E
I
 
V
S
 
E
R
 
R
I
 
V
A
 
A
R
 
R
I
 
V
A
 
A
F
 
F
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
R
G
 
K
R
 
R
R
 
R
K
 
K
K
 
H
V
 
V
T
 
V
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
A
 
E
C
 
V
S
 
G
V
 
E
L
 
F
W
 
W
R
 
R
Q
 
K
V
 
T
V
 
V
E
 
E
E
 
E
V
 
V
A
x
G
V
 
R
D
 
G
F
x
Y
P
 
P
D
 
D
V
|
V
E
 
A
L
 
L
E
 
E
H
 
H
I
 
Q
Y
 
Y
I
 
V
D
|
D
N
 
A
A
 
M
T
 
A
M
 
M
Q
 
H
L
 
L
L
 
V
R
 
R
R
 
S
P
 
P
D
 
A
E
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
V
M
 
V
L
 
V
C
 
T
S
 
G
N
 
N
L
 
I
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
E
 
L
I
 
A
A
 
S
M
 
V
L
 
L
T
 
P
G
 
G
S
 
S
M
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
L
S
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
M
 
L
N
 
G
S
 
R
T
 
-
G
 
G
F
 
T
G
 
P
L
 
V
F
 
F
E
 
E
P
 
P
A
 
V
G
x
H
G
|
G
S
 
S
A
|
A
P
 
P
D
|
D
I
|
I
A
 
A
G
 
G
K
 
K
G
 
G
I
 
I
A
|
A
N
|
N
P
 
P
I
 
T
A
 
A
Q
 
A
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
M
M
 
M
L
 
L
R
 
E
H
 
H
S
 
A
L
 
F
K
 
G
Q
 
L
E
 
V
E
 
E
A
 
L
A
 
A
S
 
R
A
 
K
I
 
V
E
 
E
R
 
D
A
 
A
V
 
V
T
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
L

Q5SIY4 3-isopropylmalate dehydrogenase; 3-IPM-DH; Beta-IPM dehydrogenase; IMDH; EC 1.1.1.85 from Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (see 2 papers)
58% identity, 89% coverage: 4:328/364 of query aligns to 2:319/345 of Q5SIY4

query
sites
Q5SIY4
Q
 
K
I
 
V
A
 
A
V
 
V
L
 
L
A
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
M
 
T
A
 
E
E
 
A
A
 
A
R
 
L
K
 
K
V
 
V
L
 
L
K
 
R
A
 
A
V
 
L
E
 
D
A
 
E
R
 
A
F
 
E
G
 
G
L
 
L
N
 
G
I
 
L
E
 
A
Y
 
Y
T
 
E
E
 
V
Y
 
F
D
 
P
V
 
F
G
 
G
G
 
G
I
 
A
A
 
A
I
 
I
D
 
D
N
 
A
H
 
F
G
 
G
C
 
E
P
 
P
L
 
F
P
 
P
E
 
E
A
 
P
T
 
T
L
 
R
K
 
K
G
 
G
C
 
V
E
 
E
A
 
E
A
 
A
D
 
E
A
 
A
I
 
V
L
 
L
F
 
L
G
 
G
S
 
S
V
 
V
G
 
G
G
|
G
P
|
P
K
|
K
W
|
W
E
x
D
K
x
G
L
|
L
P
|
P
P
x
R
N
x
K
E
x
I
Q
x
R
P
|
P
E
|
E
R
 
T
G
 
G
A
 
-
L
 
L
L
 
L
P
 
S
L
 
L
R
 
R
G
 
K
H
 
S
F
 
Q
E
 
D
L
 
L
F
 
F
C
 
A
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
A
K
 
K
L
 
V
H
 
F
D
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
E
H
 
R
M
 
L
S
 
S
P
 
P
L
 
L
R
 
K
S
 
E
D
 
E
I
 
I
S
 
-
A
 
A
R
 
R
G
 
G
F
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
L
C
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
T
 
T
G
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
K
 
E
P
 
P
K
 
R
G
 
G
R
 
M
Q
 
S
G
 
-
E
 
-
G
 
-
E
 
-
S
 
E
E
 
A
E
 
E
A
 
A
F
 
W
D
 
N
T
 
T
M
 
E
R
 
R
Y
 
Y
S
 
S
R
 
K
R
 
P
E
 
E
I
 
V
S
 
E
R
 
R
I
 
V
A
 
A
R
 
R
I
 
V
A
 
A
F
 
F
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
R
G
 
K
R
 
R
R
 
R
K
 
K
K
 
H
V
 
V
T
 
V
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
 
K
A
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
A
 
E
C
 
V
S
 
G
V
 
E
L
 
F
W
 
W
R
 
R
Q
 
K
V
 
T
V
 
V
E
 
E
E
 
E
V
 
V
A
 
G
V
 
R
D
 
G
F
 
Y
P
 
P
D
 
D
V
 
V
E
 
A
L
 
L
E
 
E
H
 
H
I
 
Q
Y
 
Y
I
 
V
D
 
D
N
 
A
A
 
M
T
 
A
M
 
M
Q
 
H
L
 
L
L
 
V
R
 
R
R
 
S
P
 
P
D
 
A
E
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
V
M
 
V
L
 
V
C
 
T
S
 
G
N
 
N
L
 
I
F
 
F
G
 
G
D
 
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
 
D
E
 
L
I
 
A
A
 
S
M
 
V
L
 
L
T
 
P
G
 
G
S
 
S
M
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
L
S
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
M
 
L
N
 
G
S
 
R
T
 
-
G
 
G
F
 
T
G
 
P
L
 
V
F
 
F
E
 
E
P
 
P
A
 
V
G
 
H
G
|
G
S
|
S
A
|
A
P
|
P
D
|
D
I
|
I
A
|
A
G
|
G
K
|
K
G
|
G
I
|
I
A
|
A
N
|
N
P
 
P
I
 
T
A
 
A
Q
 
A
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
M
M
 
M
L
 
L
R
 
E
H
 
H
S
 
A
L
 
F
K
 
G
Q
 
L
E
 
V
E
 
E
A
 
L
A
 
A
S
 
R
A
 
K
I
 
V
E
 
E
R
 
D
A
 
A
V
 
V
T
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
L

1a05A Crystal structure of the complex of 3-isopropylmalate dehydrogenase from thiobacillus ferrooxidans with 3-isopropylmalate (see paper)
53% identity, 92% coverage: 4:337/364 of query aligns to 3:333/357 of 1a05A

query
sites
1a05A
Q
 
K
I
 
I
A
 
A
V
 
I
L
 
F
A
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
I
M
 
V
A
 
A
E
 
A
A
 
A
R
 
R
K
 
Q
V
 
V
L
 
L
K
 
D
A
 
A
V
 
V
E
 
D
A
 
Q
R
 
A
F
 
A
G
 
H
L
 
L
N
 
G
I
 
L
E
 
R
Y
 
C
T
 
T
E
 
E
Y
 
G
D
 
L
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
 
A
A
 
A
I
 
L
D
 
D
N
 
A
H
 
S
G
 
D
C
 
D
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
A
A
 
A
T
 
S
L
 
L
K
 
Q
G
 
L
C
 
A
E
 
M
A
 
A
A
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
V
L
 
I
F
 
L
G
 
G
S
 
A
V
 
V
G
 
G
G
 
G
P
 
P
K
 
R
W
 
W
E
 
D
K
 
A
L
 
Y
P
 
P
P
 
P
N
 
A
E
 
K
Q
 
R
P
 
P
E
 
E
R
 
Q
G
 
G
A
 
-
L
 
L
L
 
L
P
 
R
L
 
L
R
|
R
G
 
K
H
 
G
F
 
L
E
 
D
L
 
L
F
 
Y
C
 
A
N
 
N
L
 
L
R
|
R
P
 
P
A
 
A
K
 
Q
L
 
I
H
 
F
D
 
P
G
 
Q
L
 
L
E
 
L
H
 
D
M
 
A
S
 
S
P
 
P
L
 
L
R
 
R
S
 
P
D
 
E
I
 
L
S
 
-
A
 
V
R
 
R
G
 
D
F
 
V
D
 
D
V
 
I
L
 
L
C
 
V
V
 
V
R
|
R
E
 
E
L
 
L
T
 
T
G
 
G
G
 
D
I
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
K
 
Q
P
 
P
K
 
R
G
 
G
R
 
L
Q
 
E
G
 
V
E
 
I
G
 
D
E
 
G
S
 
K
E
 
R
E
 
R
A
 
G
F
 
F
D
 
N
T
 
T
M
 
M
R
 
V
Y
 
Y
S
 
D
R
 
E
R
 
D
E
 
E
I
 
I
S
 
R
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
H
I
 
V
A
 
A
F
 
F
E
 
R
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
G
 
G
R
 
R
R
 
R
K
 
K
K
 
Q
V
 
L
T
 
C
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
A
 
E
C
 
T
S
 
T
V
 
R
L
 
L
W
 
W
R
 
R
Q
 
E
V
 
V
V
 
V
E
 
T
E
 
E
V
 
V
A
 
A
V
 
R
D
 
D
F
 
Y
P
 
P
D
 
D
V
 
V
E
 
R
L
 
L
E
 
S
H
 
H
I
 
M
Y
 
Y
I
 
V
D
|
D
N
 
N
A
 
A
T
 
A
M
 
M
Q
 
Q
L
 
L
L
 
I
R
 
R
R
 
A
P
 
P
D
 
A
E
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
M
 
L
L
 
L
C
 
T
S
 
G
N
 
N
L
 
M
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
E
 
E
I
 
A
A
 
S
M
 
Q
L
 
L
T
 
T
G
 
G
S
 
S
M
 
I
G
 
G
L
 
M
L
 
L
S
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
M
 
L
N
 
G
S
 
E
T
 
-
G
 
G
F
 
R
G
 
A
L
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
A
 
I
G
 
H
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
G
 
D
I
 
K
A
 
A
N
 
N
P
 
P
I
 
L
A
 
A
Q
 
T
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
V
A
 
A
L
 
M
M
 
M
L
 
L
R
 
R
H
 
H
S
 
S
L
 
L
K
 
N
Q
 
A
E
 
E
E
 
P
A
 
W
A
 
A
S
 
Q
A
 
R
I
 
V
E
 
E
R
 
A
A
 
A
V
 
V
T
 
Q
K
 
R
A
 
V
L
 
L
N
 
D
S
 
Q
G
 
G
Y
 
L
L
 
R
T
 
T
G
 
A
E
 
D
L
 
I

Q56268 3-isopropylmalate dehydrogenase; 3-IPM-DH; Beta-IPM dehydrogenase; IMDH; EC 1.1.1.85 from Acidithiobacillus ferrooxidans (Thiobacillus ferrooxidans) (see paper)
53% identity, 92% coverage: 4:337/364 of query aligns to 3:333/358 of Q56268

query
sites
Q56268
Q
 
K
I
 
I
A
 
A
V
 
I
L
 
F
A
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
I
M
 
V
A
 
A
E
 
A
A
 
A
R
 
R
K
 
Q
V
 
V
L
 
L
K
 
D
A
 
A
V
 
V
E
 
D
A
 
Q
R
 
A
F
 
A
G
 
H
L
 
L
N
 
G
I
 
L
E
 
R
Y
 
C
T
 
T
E
 
E
Y
 
G
D
 
L
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
 
A
A
 
A
I
 
L
D
 
D
N
 
A
H
 
S
G
 
D
C
 
D
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
A
A
 
A
T
 
S
L
 
L
K
 
Q
G
 
L
C
 
A
E
 
M
A
 
A
A
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
V
L
 
I
F
 
L
G
 
G
S
 
A
V
 
V
G
 
G
G
 
G
P
 
P
K
 
R
W
 
W
E
 
D
K
 
A
L
 
Y
P
 
P
P
 
P
N
 
A
E
 
K
Q
 
R
P
 
P
E
 
E
R
 
Q
G
 
G
A
 
-
L
 
L
L
 
L
P
 
R
L
 
L
R
|
R
G
 
K
H
 
G
F
 
L
E
 
D
L
 
L
F
 
Y
C
 
A
N
 
N
L
 
L
R
|
R
P
 
P
A
 
A
K
 
Q
L
 
I
H
 
F
D
 
P
G
 
Q
L
 
L
E
 
L
H
 
D
M
 
A
S
 
S
P
 
P
L
 
L
R
 
R
S
 
P
D
 
E
I
 
L
S
 
-
A
 
V
R
 
R
G
 
D
F
 
V
D
 
D
V
 
I
L
 
L
C
 
V
V
 
V
R
|
R
E
 
E
L
 
L
T
 
T
G
 
G
G
 
D
I
 
I
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
K
 
Q
P
 
P
K
 
R
G
 
G
R
 
L
Q
 
E
G
 
V
E
 
I
G
 
D
E
 
G
S
 
K
E
 
R
E
 
R
A
 
G
F
 
F
D
 
N
T
 
T
M
 
M
R
 
V
Y
 
Y
S
 
D
R
 
E
R
 
D
E
 
E
I
 
I
S
 
R
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
H
I
 
V
A
 
A
F
 
F
E
 
R
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
G
 
G
R
 
R
R
 
R
K
 
K
K
 
Q
V
 
L
T
 
C
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
 
K
A
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
A
 
E
C
 
T
S
 
T
V
 
R
L
 
L
W
 
W
R
 
R
Q
 
E
V
 
V
V
 
V
E
 
T
E
 
E
V
 
V
A
 
A
V
 
R
D
 
D
F
 
Y
P
 
P
D
 
D
V
 
V
E
 
R
L
 
L
E
 
S
H
 
H
I
 
M
Y
 
Y
I
 
V
D
|
D
N
 
N
A
 
A
T
 
A
M
 
M
Q
 
Q
L
 
L
L
 
I
R
 
R
R
 
A
P
 
P
D
 
A
E
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
M
 
L
L
 
L
C
 
T
S
 
G
N
 
N
L
 
M
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
 
D
E
 
E
I
 
A
A
 
S
M
 
Q
L
 
L
T
 
T
G
 
G
S
 
S
M
 
I
G
 
G
L
 
M
L
 
L
S
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
M
 
L
N
 
G
S
 
E
T
 
-
G
 
G
F
 
R
G
 
A
L
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
A
 
I
G
 
H
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
G
 
D
I
 
K
A
 
A
N
 
N
P
 
P
I
 
L
A
 
A
Q
 
T
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
V
A
 
A
L
 
M
M
 
M
L
 
L
R
 
R
H
 
H
S
 
S
L
 
L
K
 
N
Q
 
A
E
 
E
E
 
P
A
 
W
A
 
A
S
 
Q
A
 
R
I
 
V
E
 
E
R
 
A
A
 
A
V
 
V
T
 
Q
K
 
R
A
 
V
L
 
L
N
 
D
S
 
Q
G
 
G
Y
 
L
L
 
R
T
 
T
G
 
A
E
 
D
L
 
I

P93832 3-isopropylmalate dehydrogenase 2, chloroplastic; 3-IPM-DH 2; AtIMDH2; AtIMDH3; IMDH 2; Beta-IPM dehydrogenase 2; Isopropylmalate dehydrogenase 2; AtIMD2; EC 1.1.1.85 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see 2 papers)
50% identity, 94% coverage: 3:343/364 of query aligns to 43:382/405 of P93832

query
sites
P93832
Y
 
Y
Q
 
T
I
 
I
A
 
T
V
 
L
L
 
L
A
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
M
 
V
A
 
S
E
 
I
A
 
A
R
 
K
K
 
N
V
 
V
L
 
L
K
 
Q
A
 
Q
V
 
A
E
 
G
A
 
S
R
 
L
F
 
E
G
 
G
L
 
V
N
 
E
I
 
F
E
 
N
Y
 
F
T
 
R
E
 
E
Y
 
M
D
 
P
V
 
I
G
 
G
G
 
G
I
 
A
A
 
A
I
 
L
D
 
D
N
 
L
H
 
V
G
 
G
C
 
V
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
E
A
 
E
T
 
T
L
 
I
K
 
S
G
 
A
C
 
A
E
 
K
A
 
E
A
 
S
D
 
D
A
 
A
I
 
V
L
 
L
F
 
L
G
 
G
S
 
A
V
x
I
G
|
G
G
|
G
P
x
Y
K
|
K
W
|
W
E
x
D
K
x
N
L
x
N
P
x
E
P
x
K
N
x
H
E
x
L
Q
x
R
P
|
P
E
|
E
R
 
K
G
 
G
A
 
-
L
|
L
L
|
L
P
 
Q
L
 
I
R
|
R
G
 
A
H
 
A
F
 
L
E
 
K
L
 
V
F
 
F
C
 
A
N
 
N
L
 
L
R
|
R
P
 
P
A
 
A
K
 
T
L
 
V
H
 
L
D
 
P
G
 
Q
L
 
L
E
 
V
H
 
D
M
 
A
S
 
S
P
 
T
L
 
L
R
 
K
S
 
R
D
 
E
I
 
V
S
 
-
A
 
A
R
 
E
G
 
G
F
 
V
D
 
D
V
 
L
L
 
M
C
 
V
V
 
V
R
|
R
E
 
E
L
 
L
T
 
T
G
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
K
 
E
P
 
P
K
 
R
G
 
G
-
 
I
R
 
K
Q
 
T
G
 
N
E
 
E
G
 
N
E
 
G
S
 
E
E
 
E
E
 
V
A
 
G
F
 
F
D
 
N
T
 
T
M
 
E
R
 
V
Y
 
Y
S
 
A
R
 
A
R
 
H
E
 
E
I
 
I
S
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
R
I
 
V
A
 
A
F
 
F
E
 
E
A
 
T
A
 
A
R
 
R
G
 
K
R
 
R
R
 
R
K
 
G
K
 
K
V
 
L
T
 
C
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
V
|
V
L
 
L
A
 
E
C
 
A
S
 
S
V
 
I
L
 
L
W
 
W
R
 
R
Q
 
K
V
 
R
V
 
V
E
 
T
E
 
A
V
 
L
A
 
A
V
 
S
D
 
E
F
 
Y
P
 
P
D
 
D
V
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
S
H
 
H
I
 
M
Y
 
Y
I
 
V
D
|
D
N
|
N
A
 
A
T
 
A
M
 
M
Q
 
Q
L
 
L
L
 
V
R
 
R
R
 
D
P
 
P
D
 
K
E
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
T
M
 
I
L
 
V
C
 
T
S
 
N
N
 
N
L
 
I
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
E
 
E
I
 
A
A
 
S
M
 
M
L
 
I
T
 
T
G
 
G
S
 
S
M
 
I
G
 
G
L
 
M
L
 
L
S
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
M
 
L
N
 
S
S
 
D
T
 
S
G
 
G
F
 
P
G
 
G
L
 
L
F
 
F
E
|
E
P
|
P
A
x
I
G
x
H
G
|
G
S
|
S
A
|
A
P
|
P
D
|
D
I
|
I
A
|
A
G
|
G
K
x
Q
G
x
D
I
x
K
A
|
A
N
|
N
P
 
P
I
 
L
A
 
A
Q
 
T
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
M
M
 
L
L
 
L
R
 
K
H
 
Y
S
 
G
L
 
L
K
 
G
Q
 
E
E
 
E
E
 
K
A
 
A
A
 
A
S
 
K
A
 
R
I
 
I
E
 
E
R
 
D
A
 
A
V
 
V
T
 
L
K
 
V
A
 
A
L
 
L
N
 
N
S
 
N
G
 
G
Y
 
F
L
 
R
T
 
T
G
 
G
E
 
D
L
 
I
L
 
Y
S
 
S
S
 
A
D
 
G
Q
 
T
R
 
K

5j33A Isopropylmalate dehydrogenase in complex with NAD+ (see paper)
50% identity, 94% coverage: 3:343/364 of query aligns to 3:342/360 of 5j33A

query
sites
5j33A
Y
 
Y
Q
 
T
I
 
I
A
 
T
V
 
L
L
 
L
A
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
V
 
V
M
 
V
A
 
S
E
 
I
A
 
A
R
 
K
K
 
N
V
 
V
L
 
L
K
 
Q
A
 
Q
V
 
A
E
 
G
A
 
S
R
 
L
F
 
E
G
 
G
L
 
V
N
 
E
I
 
F
E
 
N
Y
 
F
T
 
R
E
 
E
Y
 
M
D
 
P
V
 
I
G
 
G
G
 
G
I
 
A
A
 
A
I
 
L
D
 
D
N
 
L
H
 
V
G
 
G
C
 
V
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
E
A
 
E
T
 
T
L
 
I
K
 
S
G
 
A
C
 
A
E
 
K
A
 
E
A
 
S
D
 
D
A
 
A
I
 
V
L
 
L
F
 
L
G
 
G
S
 
A
V
x
I
G
 
G
G
 
G
P
 
Y
K
 
K
W
 
W
E
 
D
K
 
N
L
 
N
P
 
E
P
 
K
N
 
H
E
 
L
Q
 
R
P
 
P
E
|
E
R
 
K
G
 
G
A
 
-
L
|
L
L
 
L
P
 
Q
L
 
I
R
 
R
G
 
A
H
 
A
F
 
L
E
 
K
L
 
V
F
 
F
C
 
A
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
A
K
 
T
L
 
V
H
 
L
D
 
P
G
 
Q
L
 
L
E
 
V
H
 
D
M
 
A
S
 
S
P
 
T
L
 
L
R
 
K
S
 
R
D
 
E
I
 
V
S
 
-
A
 
A
R
 
E
G
 
G
F
 
V
D
 
D
V
 
L
L
 
M
C
 
V
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
T
 
T
G
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
K
 
E
P
 
P
K
 
R
G
 
G
-
 
I
R
 
K
Q
 
T
G
 
N
E
 
E
G
 
N
E
 
G
S
 
E
E
 
E
E
 
V
A
 
G
F
 
F
D
 
N
T
 
T
M
 
E
R
 
V
Y
 
Y
S
 
A
R
 
A
R
 
H
E
 
E
I
 
I
S
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
R
I
 
V
A
 
A
F
 
F
E
 
E
A
 
T
A
 
A
R
 
R
G
 
K
R
 
R
R
 
R
K
 
G
K
 
K
V
 
L
T
 
C
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
A
 
E
C
 
A
S
 
S
V
 
I
L
 
L
W
 
W
R
 
R
Q
 
K
V
 
R
V
 
V
E
 
T
E
 
A
V
 
L
A
 
A
V
 
S
D
 
E
F
 
Y
P
 
P
D
 
D
V
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
S
H
 
H
I
 
M
Y
 
Y
I
 
V
D
|
D
N
 
N
A
 
A
T
 
A
M
 
M
Q
 
Q
L
 
L
L
 
V
R
 
R
R
 
D
P
 
P
D
 
K
E
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
T
M
 
I
L
 
V
C
 
T
S
 
N
N
 
N
L
 
I
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
E
 
E
I
 
A
A
 
S
M
 
M
L
 
I
T
 
T
G
 
G
S
 
S
M
x
I
G
 
G
L
 
M
L
 
L
S
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
M
 
L
N
 
S
S
 
D
T
 
S
G
 
G
F
 
P
G
 
G
L
 
L
F
 
F
E
|
E
P
 
P
A
 
I
G
x
H
G
|
G