SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 206396 MicrobesOnline__882:206396 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 12 hits to proteins with known functional sites (download)

Q54VI3 Glutamate dehydrogenase 2; NAD-specific glutamate dehydrogenase; NAD-GDH; EC 1.4.1.2 from Dictyostelium discoideum (Social amoeba) (see paper)
33% identity, 55% coverage: 389:934/997 of query aligns to 478:1026/1042 of Q54VI3

query
sites
Q54VI3
V
 
V
A
 
N
D
 
N
E
 
E
S
 
L
E
 
D
R
 
S
T
 
Q
V
 
I
L
 
F
L
 
S
M
 
A
V
 
I
H
 
L
R
 
S
F
 
F
F
 
N
A
 
R
F
 
H
T
 
L
L
 
L
R
 
K
T
 
T
N
 
N
Y
 
F
F
 
Y
L
 
K
E
 
Q
D
 
T
V
 
K
Y
 
T
G
 
A
L
 
L
S
 
S
F
 
F
R
 
R
L
 
L
D
 
D
P
 
P
Q
 
G
F
 
F
L
 
L
P
 
S
A
 
T
P
 
K
C
 
-
R
 
-
I
 
-
E
 
E
G
 
Y
E
 
V
E
 
S
L
 
T
P
 
P
Y
 
Y
G
 
A
I
 
V
F
 
F
F
 
F
F
 
V
H
 
V
G
 
G
P
 
S
Y
 
E
C
 
F
M
 
R
G
 
G
F
 
F
H
 
H
I
 
I
R
 
R
Y
 
F
R
 
R
D
 
D
M
 
I
S
 
S
R
 
R
G
 
G
G
 
G
V
 
I
R
 
R
V
 
I
V
 
I
P
 
R
T
 
S
R
 
G
S
 
N
A
 
S
E
 
T
Q
 
Q
F
 
Y
E
 
D
L
 
H
E
 
N
S
 
S
N
 
S
R
 
S
L
 
L
Y
 
F
D
 
D
E
 
E
V
 
N
K
 
Y
G
 
N
L
 
L
A
 
A
Y
 
N
A
 
T
Q
 
Q
Q
 
Q
V
 
S
K
 
K
N
 
N
K
 
K
D
 
D
I
 
I
P
 
A
E
 
E
G
 
G
G
 
G
S
 
S
K
 
K
A
 
G
V
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
L
G
 
S
P
 
A
L
 
D
G
 
H
D
 
Q
I
 
S
R
 
K
L
 
A
A
 
E
V
 
V
A
 
A
-
 
F
-
 
H
S
 
K
M
 
Y
G
 
I
N
 
D
S
 
G
L
 
L
L
 
L
D
 
D
V
 
L
I
 
L
L
 
L
C
 
P
G
 
N
E
 
H
S
 
E
S
 
-
P
 
-
T
 
-
L
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
I
V
 
V
D
 
D
H
 
H
L
 
F
G
 
A
K
 
K
E
 
P
E
 
E
I
 
I
I
 
L
Y
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
P
D
 
D
E
 
E
N
 
G
I
 
-
T
 
T
P
 
A
E
 
D
H
 
F
I
 
M
T
 
N
W
 
W
I
 
A
V
 
S
E
 
S
R
 
H
A
 
A
R
 
K
Q
 
D
R
 
R
G
 
G
Y
 
A
R
 
H
W
 
F
P
 
W
S
 
K
A
 
A
F
 
F
M
 
T
S
 
T
S
 
G
K
 
K
P
 
S
G
 
L
A
 
S
-
 
R
-
 
G
G
 
G
I
 
I
N
 
P
H
 
H
K
 
D
Q
 
L
Y
 
Y
G
 
G
V
 
M
T
 
T
S
 
T
L
 
R
G
 
S
V
 
I
M
 
H
V
 
Q
F
 
Y
A
 
V
E
 
L
E
 
G
V
 
T
L
 
L
R
 
A
H
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
R
D
 
N
P
 
E
A
 
A
A
 
D
Q
 
-
P
 
-
F
 
C
T
 
T
V
 
K
K
 
F
I
 
Q
T
 
T
G
 
G
G
 
G
P
 
P
K
 
D
G
 
G
D
 
D
V
 
L
A
 
G
G
 
S
N
 
N
L
 
E
M
 
I
R
 
K
I
 
I
M
 
-
F
 
-
R
 
-
D
 
-
Y
 
-
G
 
-
D
 
S
N
 
K
A
 
D
R
 
K
V
 
T
V
 
I
A
 
G
V
 
I
T
 
V
D
 
D
G
 
G
H
 
S
G
 
G
A
 
V
A
 
L
Y
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
Q
G
 
G
L
 
L
D
 
N
R
 
R
A
 
D
E
 
E
L
 
I
M
 
G
R
 
R
L
 
L
V
 
A
D
 
S
G
 
K
Q
x
R
R
 
Q
S
 
M
I
 
A
D
 
R
S
 
Y
F
 
F
D
 
D
A
 
K
A
 
S
L
 
K
L
 
L
R
 
S
G
 
P
E
 
Q
G
 
G
A
 
F
F
 
F
V
 
V
V
 
D
S
 
V
A
 
A
R
 
E
D
 
N
P
 
-
E
 
-
T
 
D
V
 
V
R
 
K
L
 
L
R
 
P
N
 
N
A
 
G
-
 
D
-
 
I
-
 
V
-
 
E
-
 
S
-
 
G
-
 
L
-
 
I
-
 
F
-
 
R
-
 
N
-
 
N
-
 
F
-
 
H
L
 
L
H
 
N
N
 
P
T
 
L
A
 
C
R
 
N
A
 
A
D
 
D
I
 
I
F
 
F
I
 
V
P
 
P
S
 
C
G
 
G
G
 
G
R
 
R
P
 
P
N
 
E
T
 
S
I
 
V
N
 
Q
M
 
L
R
 
T
N
 
N
W
 
V
H
 
D
E
 
K
F
 
M
F
 
F
D
 
T
G
 
A
D
 
T
G
 
G
V
 
E
P
 
S
T
 
R
A
 
F
R
 
P
A
 
I
I
 
I
V
 
V
E
 
E
G
 
G
A
 
A
N
 
N
L
 
L
F
 
F
V
 
F
S
 
T
P
 
Q
D
 
K
A
 
A
R
 
R
K
 
L
R
 
M
L
 
I
A
 
E
E
 
E
R
 
K
G
 
G
V
 
A
L
 
I
V
 
I
V
 
F
H
 
K
G
 
D
S
 
A
S
 
S
A
 
A
N
 
N
K
 
K
T
 
G
G
 
G
V
 
V
I
 
T
C
 
S
S
 
S
S
 
S
Y
 
L
E
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
A
G
 
A
L
 
L
V
 
A
M
 
L
T
 
N
D
 
D
G
 
E
E
 
E
F
 
F
-
 
D
-
 
R
-
 
H
I
 
M
A
 
C
A
 
V
K
 
K
-
 
D
-
 
N
-
 
V
-
 
V
-
 
P
-
 
E
-
 
F
-
 
Y
E
 
E
R
 
N
Y
 
Y
V
 
I
A
 
K
D
 
D
V
 
V
F
 
H
D
 
H
I
 
T
L
 
I
R
 
E
R
 
S
R
 
N
A
 
A
R
 
R
D
 
L
E
 
E
A
 
F
R
 
E
L
 
C
L
 
I
L
 
W
A
 
S
E
 
E
L
 
H
R
 
E
R
 
S
C
 
T
D
 
K
R
 
-
C
 
-
K
 
T
P
 
P
L
 
R
H
 
S
V
 
I
I
 
L
S
 
S
V
 
D
E
 
L
A
 
L
S
 
S
Q
 
N
E
 
K
M
 
I
N
 
N
H
 
S
A
 
L
A
 
N
D
 
D
A
 
S
L
 
I
Y
 
Q
G
 
T
A
 
S
F
 
S
M
 
L
Q
 
W
R
 
-
Q
 
-
L
 
-
D
 
-
I
 
-
A
 
T
E
 
D
D
 
Q
S
 
S
L
 
L
W
 
R
R
 
R
G
 
K
L
 
I
V
 
I
L
 
S
D
 
A
Y
 
A
C
 
C
P
 
P
A
 
K
V
 
V
L
 
L
V
 
L
E
 
N
K
 
L
F
 
L
-
 
G
R
 
V
D
 
D
R
 
K
I
 
I
F
 
M
D
 
E
M
 
R
V
 
V
P
 
P
R
 
E
R
 
P
H
 
Y
L
 
V
Y
 
K
A
 
A
L
 
I
I
 
F
A
 
G
A
 
S
Y
 
Y
A
 
L
A
 
A
S
 
S
A
 
R
I
 
F
V
 
V
Y
 
Y
A
 
K
E
 
Y
G
 
G
M
 
L
G
 
N

1v9lA L-glutamate dehydrogenase from pyrobaculum islandicum complexed with NAD (see paper)
28% identity, 35% coverage: 455:800/997 of query aligns to 53:354/418 of 1v9lA

query
sites
1v9lA
G
 
G
F
 
Y
H
 
R
I
 
V
R
 
Q
Y
 
H
R
 
C
D
 
D
M
 
V
-
 
L
-
 
G
-
 
P
S
 
Y
R
 
K
G
 
G
G
 
G
V
 
V
R
 
R
V
 
F
V
 
H
P
 
P
T
 
E
R
 
V
S
 
T
A
 
-
E
 
-
Q
 
-
F
 
-
E
 
-
L
 
-
E
 
-
S
 
-
N
 
-
R
 
-
L
 
L
Y
 
A
D
 
D
E
 
D
V
 
V
K
 
-
G
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
I
A
 
L
Q
 
M
Q
 
T
V
 
L
K
 
K
N
 
N
K
 
S
-
 
L
-
 
A
D
 
G
I
 
L
P
 
P
E
 
Y
G
 
G
G
 
G
S
 
A
K
|
K
A
 
G
V
 
A
I
 
V
L
 
R
L
 
V
G
 
D
P
 
P
L
 
K
G
 
K
D
 
L
I
 
S
R
 
Q
L
 
R
A
 
E
V
 
L
A
 
E
S
 
E
M
 
L
G
 
S
N
 
R
S
 
G
L
 
Y
L
 
A
D
 
R
V
 
A
I
 
I
L
 
-
C
 
-
G
 
-
E
 
-
S
 
-
S
 
A
P
 
P
T
 
L
L
 
I
P
 
G
G
 
D
V
 
V
V
 
V
D
 
D
H
 
-
L
 
-
G
 
-
K
 
-
E
 
-
E
 
-
I
 
-
I
 
-
Y
 
I
L
 
P
G
 
A
P
 
P
D
|
D
E
 
V
N
 
G
I
 
T
T
 
N
P
 
A
E
 
Q
H
 
I
I
 
M
T
 
A
W
 
W
I
 
M
V
 
V
-
 
D
E
 
E
R
 
Y
A
 
S
R
 
K
Q
 
I
R
 
K
G
 
G
Y
 
Y
R
 
N
W
 
V
P
 
P
S
 
G
A
 
V
F
 
F
M
 
T
S
 
S
S
 
K
K
 
P
P
 
P
G
 
E
A
 
L
G
 
W
I
 
G
N
 
N
H
 
P
K
 
V
Q
 
R
Y
 
E
G
 
Y
V
 
A
T
|
T
S
 
G
L
 
F
G
 
G
V
 
V
M
 
A
V
 
V
F
 
A
A
 
T
E
 
R
E
 
E
V
 
M
L
 
A
R
 
K
H
 
K
L
 
L
-
 
W
-
 
G
G
 
G
I
 
I
D
 
E
P
 
G
A
 
K
A
 
-
Q
 
-
P
 
-
F
 
-
T
 
T
V
 
V
K
 
A
I
 
I
T
x
Q
G
 
G
G
 
-
P
 
-
K
 
M
G
|
G
D
x
N
V
|
V
A
 
-
G
 
G
N
 
R
L
 
W
M
 
T
R
 
A
I
 
Y
M
 
W
F
 
L
R
 
E
D
 
K
Y
 
M
G
 
G
D
 
-
N
 
-
A
 
A
R
 
K
V
 
V
V
 
I
A
 
A
V
 
V
T
 
S
D
|
D
G
x
I
H
 
N
G
 
G
A
 
V
A
 
A
Y
 
Y
D
 
R
P
 
K
E
 
E
G
 
G
L
 
L
D
 
N
R
 
-
A
 
V
E
 
E
L
 
L
M
 
I
R
 
Q
L
 
K
V
 
N
D
 
K
G
 
G
Q
 
L
R
 
T
S
 
G
I
 
P
D
 
A
S
 
L
F
 
V
D
 
E
A
 
L
A
 
F
L
 
T
L
 
T
R
 
K
G
 
D
E
 
N
G
 
A
A
 
E
F
 
F
V
 
V
V
 
-
S
 
-
A
 
-
R
 
K
D
 
N
P
 
P
E
 
D
T
 
A
V
 
I
R
 
F
L
 
K
R
 
L
N
 
D
A
 
V
L
 
-
H
 
-
N
 
-
T
 
-
A
 
-
R
 
-
A
 
-
D
 
D
I
 
I
F
 
F
I
 
V
P
 
P
S
 
A
G
x
A
G
x
I
R
 
E
P
 
-
N
 
N
T
 
V
I
 
I
N
 
R
M
 
G
R
 
-
N
 
-
W
 
-
H
 
-
E
 
-
F
 
-
F
 
-
D
 
D
G
 
N
D
 
A
G
 
G
V
 
L
P
 
V
T
 
K
A
 
A
R
 
R
A
 
L
I
 
V
V
 
V
E
 
E
G
 
G
A
|
A
N
|
N
L
 
G
F
 
P
V
 
T
S
 
T
P
 
P
D
 
E
A
 
A
R
 
E
K
 
R
R
 
I
L
 
L
A
 
Y
E
 
E
R
 
R
G
 
G
V
 
V
L
 
V
V
 
V
V
 
V
H
 
P
G
 
D
S
 
I
S
 
L
A
 
A
N
|
N
K
 
A
T
 
G
G
 
G
V
 
V
I
 
I
C
 
M
S
 
S
S
 
Y
Y
 
L
E
 
E

6yeiA Arabidopsis thaliana glutamate dehydrogenase isoform 1 in complex with NAD (see paper)
25% identity, 33% coverage: 562:888/997 of query aligns to 140:407/409 of 6yeiA

query
sites
6yeiA
P
 
P
D
 
D
E
 
M
N
 
G
I
 
T
T
 
G
P
 
P
E
 
Q
H
 
T
I
 
M
T
 
A
W
 
W
I
 
I
V
 
L
-
 
D
E
 
E
R
 
Y
A
 
S
R
 
K
Q
 
F
R
 
H
G
 
G
Y
 
Y
R
 
S
W
 
-
P
 
-
S
 
P
A
 
A
F
 
V
M
 
V
S
 
T
S
 
G
K
 
K
P
 
P
-
 
I
G
 
D
A
 
L
G
 
G
I
 
G
N
 
S
H
 
L
K
 
G
Q
 
R
Y
 
D
G
 
A
V
 
A
T
|
T
S
 
G
L
 
R
G
 
G
V
 
V
M
 
M
V
 
F
F
 
G
A
 
T
E
 
E
E
 
A
V
 
L
L
 
L
R
 
N
H
 
E
L
 
H
G
 
G
I
 
K
D
 
T
P
 
I
A
 
S
A
 
G
Q
 
Q
P
 
R
F
 
F
T
 
V
V
 
I
K
 
Q
I
 
G
T
x
F
G
|
G
G
x
N
P
 
-
K
 
-
G
 
-
D
 
-
V
 
-
A
x
V
G
 
G
N
 
S
L
 
W
M
 
A
R
 
A
I
 
K
M
 
L
F
 
I
R
 
S
D
 
E
Y
 
K
G
 
G
D
 
-
N
 
-
A
 
G
R
 
K
V
 
I
V
 
V
A
 
A
V
 
V
T
 
S
D
|
D
G
x
I
H
 
T
G
 
G
A
 
A
A
 
I
Y
 
K
D
 
N
P
 
K
E
 
D
G
 
G
L
 
I
D
 
D
R
 
I
A
 
P
E
 
A
L
 
L
M
 
L
R
 
K
L
 
H
V
 
T
D
 
K
G
 
E
Q
 
H
R
 
R
S
 
G
I
 
V
D
 
K
S
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
G
A
 
A
L
 
-
L
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
-
V
 
-
V
 
-
S
 
D
A
 
P
R
 
I
D
 
D
P
 
P
E
 
N
T
 
S
V
 
I
R
 
L
L
 
V
R
 
E
N
 
D
A
 
C
L
 
-
H
 
-
N
 
-
T
 
-
A
 
-
R
 
-
A
 
-
D
 
D
I
 
I
F
 
L
I
 
V
P
 
P
S
 
A
-
x
A
-
x
L
G
 
G
G
 
G
R
 
-
P
 
-
N
 
-
T
 
V
I
 
I
N
 
N
M
 
R
R
 
E
N
 
N
W
 
A
H
 
N
E
 
E
F
 
I
F
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
G
 
-
V
 
-
P
 
-
T
 
K
A
 
A
R
 
K
A
 
F
I
 
I
V
 
I
E
 
E
G
 
A
A
|
A
N
|
N
L
 
H
F
 
P
V
 
T
S
 
D
P
 
P
D
 
D
A
 
A
R
 
D
K
 
E
R
 
I
L
 
L
A
 
S
E
 
K
R
 
K
G
 
G
V
 
V
L
 
V
V
 
I
V
 
L
H
 
P
G
 
D
S
 
I
S
 
Y
A
 
A
N
|
N
K
 
S
T
 
G
G
 
G
V
 
V
I
 
T
C
 
V
S
 
S
S
 
Y
Y
 
F
E
 
E
V
 
-
L
 
-
G
 
-
G
 
-
L
 
W
V
 
V
M
 
Q
T
 
N
D
 
I
G
 
Q
E
 
G
F
 
F
I
 
M
A
 
W
A
 
E
K
 
E
E
 
E
R
 
K
Y
 
V
V
 
N
A
 
D
D
 
E
V
 
L
F
 
K
D
 
T
I
 
Y
L
 
M
R
 
T
R
 
R
R
 
S
A
 
F
R
 
K
D
 
D
E
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
-
L
 
-
L
 
L
A
 
K
E
 
E
L
 
M
R
 
-
R
 
-
C
 
-
D
 
-
R
 
-
C
 
C
K
 
K
P
 
-
L
 
-
H
 
-
V
 
-
I
 
-
S
 
-
V
 
-
E
 
-
A
 
-
S
 
-
Q
 
-
E
 
-
M
 
-
N
 
T
H
 
H
A
 
S
A
 
C
D
 
D
A
 
L
L
 
R
Y
 
M
G
 
G
A
 
A
F
 
F
M
 
T
Q
 
L
R
 
G
Q
 
V
L
 
N
D
 
R
I
 
V
A
 
A
E
 
Q
D
 
A
S
 
T
L
 
I
W
 
L
R
 
R
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6yeiF Arabidopsis thaliana glutamate dehydrogenase isoform 1 in complex with NAD (see paper)
25% identity, 33% coverage: 562:888/997 of query aligns to 141:408/410 of 6yeiF

query
sites
6yeiF
P
 
P
D
|
D
E
x
M
N
 
G
I
 
T
T
 
G
P
 
P
E
 
Q
H
 
T
I
 
M
T
 
A
W
 
W
I
 
I
V
 
L
-
 
D
E
 
E
R
 
Y
A
 
S
R
 
K
Q
 
F
R
 
H
G
 
G
Y
 
Y
R
 
S
W
 
-
P
 
-
S
 
P
A
 
A
F
 
V
M
 
V
S
 
T
S
 
G
K
 
K
P
 
P
-
 
I
G
 
D
A
 
L
G
 
G
I
 
G
N
 
S
H
 
L
K
 
G
Q
 
R
Y
 
D
G
 
A
V
 
A
T
|
T
S
 
G
L
 
R
G
 
G
V
 
V
M
 
M
V
 
F
F
 
G
A
 
T
E
 
E
E
 
A
V
 
L
L
 
L
R
 
N
H
 
E
L
 
H
G
 
G
I
 
K
D
 
T
P
 
I
A
 
S
A
 
G
Q
 
Q
P
 
R
F
 
F
T
 
V
V
 
I
K
 
Q
I
 
G
T
x
F
G
|
G
G
x
N
P
 
-
K
 
-
G
 
-
D
 
-
V
 
-
A
x
V
G
 
G
N
 
S
L
 
W
M
 
A
R
 
A
I
 
K
M
 
L
F
 
I
R
 
S
D
 
E
Y
 
K
G
 
G
D
 
-
N
 
-
A
 
G
R
 
K
V
 
I
V
 
V
A
 
A
V
 
V
T
 
S
D
|
D
G
x
I
H
 
T
G
 
G
A
 
A
A
 
I
Y
 
K
D
 
N
P
 
K
E
 
D
G
 
G
L
 
I
D
 
D
R
 
I
A
 
P
E
 
A
L
 
L
M
 
L
R
 
K
L
 
H
V
 
T
D
 
K
G
 
E
Q
 
H
R
 
R
S
 
G
I
 
V
D
 
K
S
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
G
A
 
A
L
 
-
L
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
-
V
 
-
V
 
-
S
 
D
A
 
P
R
 
I
D
 
D
P
 
P
E
 
N
T
 
S
V
 
I
R
 
L
L
 
V
R
 
E
N
 
D
A
 
C
L
 
-
H
 
-
N
 
-
T
 
-
A
 
-
R
 
-
A
 
-
D
 
D
I
 
I
F
 
L
I
 
V
P
 
P
S
x
A
-
x
A
-
 
L
G
 
G
G
 
G
R
 
-
P
 
-
N
 
-
T
 
V
I
 
I
N
 
N
M
 
R
R
 
E
N
 
N
W
 
A
H
 
N
E
 
E
F
 
I
F
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
G
 
-
V
 
-
P
 
-
T
 
K
A
 
A
R
 
K
A
 
F
I
 
I
V
 
I
E
 
E
G
 
A
A
|
A
N
|
N
L
 
H
F
 
P
V
 
T
S
 
D
P
 
P
D
 
D
A
 
A
R
 
D
K
 
E
R
 
I
L
 
L
A
 
S
E
 
K
R
 
K
G
 
G
V
 
V
L
 
V
V
 
I
V
 
L
H
 
P
G
 
D
S
 
I
S
 
Y
A
 
A
N
|
N
K
 
S
T
 
G
G
 
G
V
|
V
I
 
T
C
 
V
S
|
S
S
 
Y
Y
 
F
E
 
E
V
 
-
L
 
-
G
 
-
G
 
-
L
 
W
V
 
V
M
 
Q
T
 
N
D
 
I
G
 
Q
E
 
G
F
 
F
I
 
M
A
 
W
A
 
E
K
 
E
E
 
E
R
 
K
Y
 
V
V
 
N
A
 
D
D
 
E
V
 
L
F
 
K
D
 
T
I
 
Y
L
 
M
R
 
T
R
 
R
R
 
S
A
 
F
R
 
K
D
 
D
E
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
-
L
 
-
L
 
L
A
 
K
E
 
E
L
 
M
R
 
-
R
 
-
C
 
-
D
 
-
R
 
-
C
 
C
K
 
K
P
 
-
L
 
-
H
 
-
V
 
-
I
 
-
S
 
-
V
 
-
E
 
-
A
 
-
S
 
-
Q
 
-
E
 
-
M
 
-
N
 
T
H
 
H
A
 
S
A
 
C
D
 
D
A
 
L
L
 
R
Y
 
M
G
 
G
A
 
A
F
 
F
M
 
T
Q
 
L
R
 
G
Q
 
V
L
 
N
D
 
R
I
 
V
A
 
A
E
 
Q
D
 
A
S
 
T
L
 
I
W
 
L
R
 
R
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6yehA Arabidopsis thaliana glutamate dehydrogenase isoform 1 in apo form (see paper)
27% identity, 24% coverage: 562:800/997 of query aligns to 140:346/410 of 6yehA

query
sites
6yehA
P
 
P
D
 
D
E
 
M
N
 
G
I
 
T
T
 
G
P
 
P
E
 
Q
H
 
T
I
 
M
T
 
A
W
 
W
I
 
I
V
 
L
-
 
D
E
 
E
R
 
Y
A
 
S
R
 
K
Q
 
F
R
 
H
G
 
G
Y
 
Y
R
 
S
W
 
-
P
 
-
S
 
P
A
 
A
F
 
V
M
 
V
S
 
T
S
 
G
K
 
K
P
 
P
-
 
I
G
 
D
A
 
L
G
 
G
I
 
G
N
 
S
H
 
L
K
 
G
Q
 
R
Y
 
D
G
 
A
V
 
A
T
 
T
S
 
G
L
 
R
G
 
G
V
 
V
M
 
M
V
 
F
F
 
G
A
 
T
E
 
E
E
 
A
V
 
L
L
 
L
R
 
N
H
 
E
L
 
H
G
 
G
I
 
K
D
 
T
P
 
I
A
 
S
A
 
G
Q
 
Q
P
 
R
F
 
F
T
 
V
V
 
I
K
 
Q
I
 
G
T
 
F
G
 
G
G
 
N
P
 
-
K
 
-
G
 
-
D
 
-
V
 
-
A
 
V
G
 
G
N
 
S
L
 
W
M
 
A
R
 
A
I
 
K
M
 
L
F
 
I
R
 
S
D
 
E
Y
 
K
G
 
G
D
 
-
N
 
-
A
 
G
R
 
K
V
 
I
V
 
V
A
 
A
V
 
V
T
 
S
D
 
D
G
 
I
H
 
T
G
 
G
A
 
A
A
 
I
Y
 
K
D
 
N
P
 
K
E
 
D
G
 
G
L
 
I
D
 
D
R
 
I
A
 
P
E
 
A
L
 
L
M
 
L
R
 
K
L
 
H
V
 
T
D
 
K
G
 
E
Q
 
H
R
 
R
S
 
G
I
 
V
D
 
K
S
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
G
A
 
A
L
 
-
L
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
-
V
 
-
V
 
-
S
 
D
A
 
P
R
 
I
D
 
D
P
 
P
E
 
N
T
 
S
V
 
I
R
 
L
L
 
V
R
 
E
N
 
D
A
 
C
L
 
-
H
 
-
N
 
-
T
 
-
A
 
-
R
 
-
A
 
-
D
 
D
I
 
I
F
 
L
I
 
V
P
 
P
S
 
A
-
 
A
-
 
L
G
 
G
G
 
G
R
 
-
P
 
-
N
 
-
T
 
V
I
 
I
N
 
N
M
 
R
R
 
E
N
 
N
W
 
A
H
 
N
E
 
E
F
 
I
F
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
G
 
-
V
 
-
P
 
-
T
 
K
A
 
A
R
 
K
A
 
F
I
 
I
V
 
I
E
 
E
G
 
A
A
 
A
N
 
N
L
 
H
F
 
P
V
 
T
S
 
D
P
 
P
D
 
D
A
 
A
R
 
D
K
 
E
R
 
I
L
 
L
A
 
S
E
 
K
R
 
K
G
 
G
V
 
V
L
 
V
V
 
I
V
 
L
H
 
P
G
 
D
S
 
I
S
 
Y
A
 
A
N
 
N
K
 
S
T
 
G
G
 
G
V
 
V
I
 
T
C
 
V
S
 
S
S
 
Y
Y
 
F
E
 
E

Sites not aligning to the query:

8owmC Crystal structure of glutamate dehydrogenase 2 from arabidopsis thaliana binding ca, NAD and 2,2-dihydroxyglutarate (see paper)
24% identity, 35% coverage: 454:800/997 of query aligns to 54:349/413 of 8owmC

query
sites
8owmC
M
 
I
G
 
G
F
 
F
H
 
R
I
 
V
R
 
Q
Y
 
H
R
 
-
D
 
D
M
 
N
S
 
A
R
 
R
G
 
G
G
 
-
V
 
-
R
 
-
V
 
-
V
 
-
P
 
P
T
 
M
R
x
K
S
 
G
A
x
G
E
 
I
Q
 
R
F
 
Y
E
 
H
L
 
P
E
 
E
S
 
V
N
 
D
R
 
P
L
 
-
Y
 
-
D
 
D
E
 
E
V
 
V
K
 
N
G
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
Q
A
 
L
Q
x
M
Q
 
T
V
 
W
K
|
K
N
 
T
K
 
A
-
 
V
-
 
A
D
 
D
I
 
I
P
 
P
E
 
Y
G
 
G
G
 
G
S
 
A
K
|
K
A
 
G
V
 
G
I
 
I
L
 
G
L
 
C
G
 
S
P
 
P
-
 
R
-
 
D
-
 
L
-
 
S
L
 
L
G
 
S
D
 
E
I
 
L
R
 
E
L
 
R
A
 
L
V
 
T
A
 
R
S
 
V
M
 
F
G
 
T
N
 
Q
S
 
K
L
 
I
L
 
H
D
 
D
V
 
L
I
 
I
L
 
G
C
 
I
G
 
H
E
 
T
S
 
D
S
 
V
P
 
P
T
x
A
L
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
V
 
-
D
 
-
H
 
-
L
 
-
G
 
-
K
 
-
E
 
-
E
 
-
I
 
-
I
 
-
Y
 
-
L
 
-
G
 
-
P
 
P
D
|
D
E
x
M
N
 
G
I
 
T
T
 
N
P
 
A
E
 
Q
H
 
T
I
 
M
T
 
A
W
 
W
I
 
I
V
 
L
E
 
D
R
 
E
A
 
Y
R
 
S
Q
 
K
R
 
F
G
 
H
Y
 
G
R
 
H
W
 
S
P
 
P
S
 
A
A
 
V
F
 
V
M
 
T
S
 
G
S
 
K
K
 
P
P
 
I
G
 
D
A
 
L
G
 
G
I
 
G
N
 
S
H
 
L
K
 
G
Q
x
R
Y
 
E
G
 
A
V
 
A
T
|
T
S
 
G
L
 
R
G
 
G
V
 
V
M
 
V
V
 
F
F
 
A
A
 
T
E
 
E
E
 
A
V
 
L
L
 
L
R
 
A
H
 
E
L
 
Y
G
 
G
I
 
-
D
 
-
P
 
K
A
 
S
A
 
I
Q
 
Q
P
 
G
F
 
L
T
 
T
V
 
F
K
 
V
I
 
I
T
 
Q
G
 
G
-
x
F
G
|
G
P
x
N
K
x
V
G
 
G
D
 
T
V
 
W
A
 
A
G
 
A
N
 
K
L
 
L
M
 
I
R
 
-
I
 
-
M
 
-
F
 
-
R
 
-
D
 
-
Y
 
H
G
 
E
D
 
K
N
 
G
A
 
G
R
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
A
V
 
V
T
 
S
D
|
D
G
x
I
H
 
T
G
 
G
A
 
A
A
 
I
Y
 
R
D
 
N
P
 
P
E
 
E
G
 
G
L
 
I
D
 
D
R
 
I
A
 
N
E
 
A
L
 
L
M
 
I
R
 
K
L
 
H
V
 
K
D
 
D
G
 
A
Q
 
T
R
 
G
S
 
S
I
 
L
D
 
N
S
 
D
F
 
F
D
 
N
A
 
G
A
 
G
L
 
D
L
 
A
R
 
M
G
 
N
E
 
S
G
 
D
A
 
E
F
 
L
V
 
L
V
 
I
S
 
H
A
 
-
R
 
-
D
 
-
P
 
-
E
 
-
T
 
-
V
 
-
R
 
-
L
 
-
R
 
-
N
 
-
A
 
-
L
 
-
H
 
-
N
 
-
T
 
-
A
 
-
R
 
E
A
 
C
D
 
D
I
 
V
F
 
L
I
 
I
P
 
P
S
x
C
-
x
A
-
 
L
G
 
G
G
 
G
R
 
V
P
 
L
N
 
N
T
 
K
I
 
E
N
 
N
M
 
A
R
 
-
N
 
-
W
 
-
H
 
-
E
 
-
F
 
-
F
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
G
 
G
V
 
D
P
 
V
T
 
K
A
 
A
R
 
K
A
 
F
I
 
I
V
 
V
E
 
E
G
 
A
A
|
A
N
|
N
L
 
H
F
 
P
V
 
T
S
 
D
P
 
P
D
 
D
A
 
A
R
 
D
K
 
E
R
 
I
L
 
L
A
 
S
E
 
K
R
 
K
G
 
G
V
 
V
L
 
I
V
 
I
V
 
L
H
 
P
G
 
D
S
 
I
S
 
Y
A
 
A
N
|
N
K
 
A
T
 
G
G
 
G
V
|
V
I
 
T
C
 
V
S
|
S
S
 
Y
Y
 
F
E
 
E

Sites not aligning to the query:

P50735 Cryptic catabolic NAD-specific glutamate dehydrogenase GudB; NAD-GDH; EC 1.4.1.2 from Bacillus subtilis (strain 168) (see paper)
27% identity, 24% coverage: 562:800/997 of query aligns to 158:364/427 of P50735

query
sites
P50735
P
 
P
D
 
D
E
 
V
N
 
F
I
 
T
T
 
N
P
 
S
E
 
Q
H
 
I
I
 
M
T
 
A
W
 
W
I
 
M
V
 
M
-
 
D
E
 
E
R
 
Y
A
 
S
R
 
R
Q
 
I
R
 
D
G
 
E
Y
 
F
R
 
N
W
 
S
P
 
P
S
 
-
A
 
G
F
 
F
M
 
I
S
 
T
S
 
G
K
 
K
P
 
P
G
 
L
A
 
V
-
 
L
G
 
G
I
 
G
N
 
S
H
 
H
K
 
G
Q
 
R
Y
 
E
G
 
S
V
 
A
T
 
T
S
 
A
L
 
K
G
 
G
V
 
V
M
 
T
V
 
I
F
 
C
A
 
I
E
 
K
E
 
E
V
 
A
L
 
A
R
 
K
H
 
K
L
 
R
G
 
G
I
 
I
D
 
D
P
 
I
A
 
K
A
 
G
Q
 
A
P
 
R
F
 
V
T
 
V
V
 
V
K
 
Q
I
 
G
T
 
F
G
 
G
G
 
N
P
 
-
K
 
-
G
 
-
D
 
-
V
 
-
A
 
A
G
 
G
N
 
S
L
 
Y
M
 
L
R
 
A
I
 
K
M
 
F
F
 
M
R
 
H
D
 
D
Y
 
A
G
 
G
D
 
-
N
 
-
A
 
A
R
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
G
V
 
I
T
 
S
D
 
D
G
 
A
H
 
Y
G
 
G
A
 
G
A
 
L
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
E
 
E
G
 
G
L
 
L
D
 
D
R
 
-
A
 
-
E
 
-
L
 
-
M
 
-
R
 
-
L
 
-
V
 
-
D
 
-
G
 
-
Q
 
-
R
 
-
S
 
-
I
 
-
D
 
-
S
 
-
F
 
I
D
 
D
A
 
Y
A
 
L
L
 
L
L
 
D
R
 
R
G
 
R
E
 
D
G
 
S
A
 
F
F
 
G
V
 
T
V
 
V
S
 
T
A
 
K
R
 
L
D
 
F
P
 
N
E
 
D
T
 
T
V
 
I
R
 
T
L
 
N
R
 
Q
N
 
E
A
 
L
L
 
L
H
 
E
N
 
-
T
 
-
A
 
L
R
 
D
A
 
C
D
 
D
I
 
I
F
 
L
I
 
V
P
 
P
S
 
A
G
 
-
G
 
A
R
 
I
P
 
E
N
 
N
T
 
Q
I
 
I
N
 
T
M
 
E
R
 
E
N
 
N
W
 
A
H
 
H
E
 
N
F
 
I
F
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
G
 
-
V
 
-
P
 
-
T
 
R
A
 
A
R
 
K
A
 
I
I
 
V
V
 
V
E
 
E
G
 
A
A
 
A
N
 
N
L
 
G
F
 
P
V
 
T
S
 
T
P
 
L
D
 
E
A
 
G
R
 
T
K
 
K
R
 
I
L
 
L
A
 
S
E
 
D
R
 
R
G
 
D
V
 
I
L
 
L
V
 
L
V
 
V
H
 
P
G
 
D
S
 
V
S
 
L
A
 
A
N
 
S
K
 
A
T
 
G
G
 
G
V
 
V
I
 
T
C
 
V
S
 
S
S
 
Y
Y
 
F
E
 
E

Sites not aligning to the query:

P80053 Glutamate dehydrogenase 2; GDH-2; EC 1.4.1.3 from Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (Sulfolobus solfataricus) (see paper)
25% identity, 34% coverage: 465:800/997 of query aligns to 73:355/420 of P80053

query
sites
P80053
R
 
K
G
 
G
G
 
G
V
 
V
R
 
R
V
 
Y
V
 
H
P
 
P
T
 
-
R
 
-
S
 
-
A
 
-
E
 
-
Q
 
-
F
 
-
E
 
-
L
 
-
E
 
-
S
 
-
N
 
N
R
 
V
L
 
T
Y
 
Q
D
 
D
E
 
E
V
 
V
K
 
E
G
 
A
L
 
L
A
 
S
Y
 
M
A
 
I
Q
 
M
Q
 
T
V
 
W
K
 
K
N
 
N
K
 
S
D
 
L
I
 
L
-
 
L
-
 
L
P
 
P
E
 
Y
G
 
G
G
 
G
S
 
G
K
 
K
A
 
G
V
 
G
I
 
V
L
 
R
L
 
V
G
 
D
P
 
P
L
 
K
G
 
K
D
 
L
I
 
T
R
 
R
L
 
E
A
 
E
V
 
L
A
 
E
S
 
Q
M
 
L
G
 
-
N
 
-
S
 
-
L
 
-
L
 
-
D
 
-
V
 
-
I
 
-
L
 
-
C
 
-
G
 
-
E
 
-
S
 
S
S
 
R
P
 
K
T
 
Y
L
 
I
P
 
Q
G
 
A
V
 
I
V
 
Y
D
 
K
H
 
Y
L
 
L
G
 
G
K
 
S
E
 
E
E
 
L
I
 
D
I
 
I
Y
 
-
L
 
P
G
 
A
P
 
P
D
 
D
E
 
V
N
 
N
I
 
T
T
 
D
P
 
S
E
 
Q
H
 
T
I
 
M
T
 
A
W
 
W
I
 
F
V
 
L
E
 
D
R
 
E
A
 
Y
R
 
I
Q
 
K
R
 
I
G
 
T
Y
 
G
R
 
K
W
 
V
P
 
D
S
 
F
A
 
A
F
 
V
M
 
F
S
 
T
S
 
G
K
 
K
P
 
P
G
 
V
-
 
E
-
 
L
A
 
G
G
 
G
I
 
I
N
 
G
H
 
V
K
 
R
Q
 
L
Y
 
Y
G
 
S
V
 
-
T
 
T
S
 
G
L
 
L
G
 
G
V
 
V
M
 
A
V
 
T
F
 
I
A
 
A
E
 
K
E
 
E
V
 
A
L
 
A
R
 
N
H
 
K
L
 
F
-
 
I
-
 
G
G
 
G
I
 
V
D
 
E
P
 
E
A
 
A
A
 
-
Q
 
-
P
 
-
F
 
-
T
 
R
V
 
V
K
 
I
I
 
I
T
 
Q
G
 
G
-
 
F
G
 
G
P
 
N
K
 
V
G
 
G
D
 
Y
V
 
Y
A
 
A
G
 
G
N
 
K
L
 
F
M
 
L
R
 
S
I
 
E
M
 
M
F
 
-
R
 
-
D
 
-
Y
 
-
G
 
-
D
 
-
N
 
G
A
 
A
R
 
K
V
 
I
V
 
V
A
 
G
V
 
V
T
 
S
D
 
D
G
 
S
H
 
K
G
 
G
A
 
G
A
 
V
Y
 
I
D
 
N
P
 
E
E
x
K
G
 
G
L
 
I
D
 
D
R
 
V
A
 
G
E
x
K
L
 
A
M
 
I
R
 
E
L
 
I
V
 
K
D
 
E
G
 
K
Q
 
T
R
 
G
S
 
S
I
 
V
D
 
I
S
 
N
F
 
Y
D
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
-
V
 
-
V
 
-
S
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
P
 
P
E
 
E
T
 
G
V
 
R
R
 
K
L
 
V
R
 
T
N
 
N
A
 
E
L
 
E
H
 
L
N
 
L
T
 
I
A
 
S
R
 
D
A
 
C
D
 
D
I
 
I
F
 
L
I
 
I
P
 
P
S
 
A
G
 
A
G
 
-
R
 
L
P
 
E
N
 
N
T
 
V
I
 
I
N
 
N
M
 
K
R
 
F
N
 
N
W
 
A
H
 
P
E
 
K
F
 
V
F
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
G
 
-
V
 
-
P
 
-
T
 
K
A
 
A
R
 
K
A
 
L
I
 
I
V
 
V
E
 
E
G
 
G
A
 
A
N
 
N
L
 
G
F
 
P
V
 
L
S
 
T
P
 
A
D
 
D
A
 
A
R
 
D
K
 
E
R
 
I
L
 
M
A
 
R
E
 
Q
R
 
R
G
 
G
V
 
I
L
 
A
V
 
V
V
 
V
H
 
P
G
 
D
S
 
I
S
 
L
A
 
A
N
 
N
K
 
A
T
 
G
G
 
G
V
 
V
I
 
V
C
 
G
S
 
S
S
 
Y
Y
 
V
E
 
E

Sites not aligning to the query:

4xgiA Crystal structure of glutamate dehydrogenase from burkholderia thailandensis
25% identity, 24% coverage: 562:800/997 of query aligns to 151:358/416 of 4xgiA

query
sites
4xgiA
P
 
P
D
|
D
E
x
V
N
 
N
I
 
T
T
 
N
P
 
E
E
 
Q
H
 
I
I
 
M
T
 
A
W
 
W
I
 
M
V
 
M
E
 
D
R
 
T
A
 
Y
R
 
S
Q
 
M
R
 
N
G
 
Q
Y
 
G
R
 
Q
W
 
T
P
 
A
S
 
T
A
 
G
F
 
V
M
 
V
S
 
T
S
 
G
K
 
K
P
 
P
-
 
I
-
 
S
-
 
L
G
 
G
A
 
G
G
 
S
I
 
L
N
 
G
H
x
R
K
 
K
Q
 
E
Y
 
-
G
 
-
V
 
A
T
|
T
S
 
G
L
 
R
G
 
G
V
 
V
M
 
F
V
 
V
F
 
V
A
 
G
E
 
C
E
 
E
V
 
A
L
 
A
R
 
K
H
 
K
L
 
K
G
 
G
I
 
V
D
 
E
P
 
I
A
 
E
A
 
G
Q
 
A
P
 
R
F
 
I
T
 
A
V
 
V
K
 
Q
I
x
G
T
 
F
G
|
G
G
x
N
P
 
-
K
 
-
G
 
-
D
 
-
V
 
-
A
x
V
G
 
G
N
 
G
L
 
I
M
 
A
R
 
A
I
 
K
M
 
L
F
 
F
R
 
Q
D
 
E
Y
 
A
G
 
G
D
 
-
N
 
-
A
 
A
R
 
K
V
 
V
V
 
I
A
 
A
V
 
V
T
 
Q
D
|
D
G
x
H
H
 
T
G
 
G
A
 
T
A
 
I
Y
 
H
D
 
Q
P
 
P
E
 
A
G
 
G
L
 
V
D
 
D
R
 
T
A
 
A
E
 
K
L
 
L
M
 
L
R
 
D
L
 
H
V
 
V
D
 
G
G
 
R
Q
 
T
R
 
G
S
 
G
I
 
V
D
 
A
S
 
G
F
 
F
D
 
E
A
 
G
A
 
A
L
 
-
L
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
-
V
 
-
V
 
-
S
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
E
P
 
P
E
 
-
T
 
-
V
 
-
R
 
-
L
 
M
R
 
P
N
 
N
A
 
D
L
 
E
H
 
F
N
 
W
T
 
T
A
 
V
R
 
E
A
 
T
D
 
E
I
 
I
F
 
L
I
 
I
P
 
P
S
x
A
G
 
-
G
x
A
R
 
L
P
 
E
N
 
N
T
 
Q
I
 
I
N
 
T
M
 
E
R
 
K
N
 
N
W
 
A
H
 
S
E
 
K
F
 
I
F
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
G
 
-
V
 
-
P
 
-
T
 
R
A
 
T
R
 
K
A
 
I
I
 
I
V
 
V
E
 
E
G
 
G
A
|
A
N
|
N
L
 
G
F
 
P
V
 
T
S
 
T
P
 
T
D
 
A
A
 
A
R
 
D
K
 
D
R
 
I
L
 
L
A
 
S
E
 
A
R
 
N
G
 
G
V
 
V
L
 
L
V
 
V
V
 
I
H
 
P
G
 
D
S
 
V
S
 
I
A
 
A
N
|
N
K
 
A
T
 
G
G
 
G
V
 
V
I
 
T
C
 
V
S
|
S
S
 
Y
Y
 
F
E
 
E

Sites not aligning to the query:

3aogA Crystal structure of glutamate dehydrogenase (gdhb) from thermus thermophilus (glu bound form)
26% identity, 27% coverage: 562:834/997 of query aligns to 150:394/421 of 3aogA

query
sites
3aogA
P
|
P
D
|
D
E
 
V
N
 
N
I
 
T
T
 
G
P
 
E
E
 
R
H
 
E
I
 
M
T
 
A
W
 
W
I
 
M
V
 
M
E
x
D
R
 
T
A
 
Y
R
 
S
Q
x
M
R
 
N
G
 
V
Y
 
G
R
 
R
W
 
T
P
 
V
S
 
P
A
 
G
F
 
V
M
 
V
S
 
T
S
 
G
K
 
K
P
 
P
G
 
I
A
 
A
-
 
L
G
 
G
I
 
G
N
 
S
H
 
L
K
 
G
Q
 
R
Y
 
R
G
 
D
V
 
A
T
 
T
S
 
G
L
 
R
G
 
G
V
 
V
M
 
F
V
 
I
F
 
T
A
 
A
E
 
A
E
 
A
V
 
A
L
 
A
R
 
E
H
 
K
L
 
I
G
 
G
I
 
L
D
 
Q
P
 
-
A
 
-
A
 
V
Q
 
E
P
 
G
F
 
A
T
 
R
V
 
V
K
 
A
I
 
I
T
 
Q
G
 
G
G
 
-
P
 
-
K
 
F
G
 
G
D
 
N
V
 
V
A
 
-
G
 
G
N
 
N
L
 
A
M
 
A
R
 
A
I
 
R
M
 
A
F
 
F
R
 
H
D
 
D
Y
 
H
G
 
G
D
 
-
N
 
-
A
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
V
A
 
A
V
 
V
T
 
Q
D
 
D
G
 
H
H
 
T
G
 
G
A
 
T
A
 
V
Y
 
Y
D
 
N
P
 
E
E
 
A
G
 
G
L
 
I
D
 
D
R
 
P
A
 
Y
E
 
D
L
 
L
M
 
L
R
 
R
L
 
H
V
 
V
D
 
Q
G
 
E
Q
 
F
R
 
G
S
 
G
I
 
V
D
 
R
S
 
G
F
 
Y
D
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
-
V
 
-
V
 
-
S
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
P
 
P
E
 
K
T
 
A
V
 
E
R
 
P
L
 
L
R
 
P
N
 
A
A
 
A
L
 
D
H
 
F
N
 
W
T
 
G
A
 
L
R
 
P
A
 
V
D
 
E
I
 
F
F
 
L
I
 
V
P
 
P
S
 
A
G
 
A
G
 
L
R
 
E
P
 
K
N
 
Q
T
 
I
I
 
T
N
 
E
M
 
Q
R
 
N
N
 
A
W
 
W
H
 
R
E
 
I
F
 
-
F
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
G
 
-
V
 
-
P
 
-
T
 
R
A
 
A
R
 
R
A
 
I
I
 
V
V
 
A
E
 
E
G
 
G
A
 
A
N
 
N
L
 
G
F
 
P
V
 
T
S
 
T
P
 
P
D
 
A
A
 
A
R
 
D
K
 
D
R
 
I
L
 
L
A
 
L
E
 
E
R
 
K
G
 
G
V
 
V
L
 
L
V
 
V
V
 
V
H
 
P
G
 
D
S
 
V
S
 
I
A
 
A
N
 
N
K
 
A
T
 
G
G
 
G
V
 
V
I
 
T
C
 
V
S
|
S
S
 
Y
Y
 
F
E
 
E
V
 
W
L
 
V
-
 
Q
-
 
D
-
 
F
G
 
N
G
 
S
L
 
Y
V
 
F
M
 
W
T
 
T
D
 
E
G
 
E
E
 
E
F
 
I
I
 
N
A
 
A
A
 
R
K
 
L
E
 
E
R
 
R
Y
 
V
V
 
L
A
 
R
D
 
N
V
 
A
F
 
F
D
 
E
I
 
A
L
 
V
R
 
W
R
 
Q
R
 
V
A
 
A
R
 
Q
D
 
E
E
 
K

Sites not aligning to the query:

3aoeB Crystal structure of hetero-hexameric glutamate dehydrogenase from thermus thermophilus (leu bound form)
26% identity, 27% coverage: 562:834/997 of query aligns to 153:397/424 of 3aoeB

query
sites
3aoeB
P
 
P
D
|
D
E
 
V
N
 
N
I
 
T
T
 
G
P
 
E
E
 
R
H
 
E
I
 
M
T
 
A
W
 
W
I
 
M
V
 
M
E
 
D
R
 
T
A
 
Y
R
 
S
Q
 
M
R
 
N
G
 
V
Y
 
G
R
 
R
W
 
T
P
 
V
S
 
P
A
 
G
F
 
V
M
 
V
S
 
T
S
 
G
K
 
K
P
 
P
G
 
I
A
 
A
-
 
L
G
 
G
I
 
G
N
 
S
H
 
L
K
 
G
Q
 
R
Y
 
R
G
 
D
V
 
A
T
 
T
S
 
G
L
 
R
G
 
G
V
 
V
M
 
F
V
 
I
F
 
T
A
 
A
E
 
A
E
 
A
V
 
A
L
 
A
R
 
E
H
 
K
L
 
I
G
 
G
I
 
L
D
 
Q
P
 
-
A
 
-
A
 
V
Q
 
E
P
 
G
F
 
A
T
 
R
V
 
V
K
 
A
I
 
I
T
 
Q
G
 
G
G
 
-
P
 
-
K
 
F
G
 
G
D
 
N
V
 
V
A
 
-
G
 
G
N
 
N
L
 
A
M
 
A
R
 
A
I
 
R
M
 
A
F
 
F
R
 
H
D
 
D
Y
 
H
G
 
G
D
 
-
N
 
-
A
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
V
A
 
A
V
 
V
T
 
Q
D
 
D
G
 
H
H
 
T
G
 
G
A
 
T
A
 
V
Y
 
Y
D
 
N
P
 
E
E
 
A
G
 
G
L
 
I
D
 
D
R
 
P
A
 
Y
E
 
D
L
 
L
M
 
L
R
 
R
L
 
H
V
 
V
D
 
Q
G
 
E
Q
 
F
R
 
G
S
 
G
I
 
V
D
 
R
S
 
G
F
 
Y
D
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
-
V
 
-
V
 
-
S
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
P
 
P
E
 
K
T
 
A
V
 
E
R
 
P
L
 
L
R
 
P
N
 
A
A
 
A
L
 
D
H
 
F
N
 
W
T
 
G
A
 
L
R
 
P
A
 
V
D
 
E
I
 
F
F
 
L
I
 
V
P
 
P
S
 
A
G
 
A
G
 
L
R
 
E
P
 
K
N
 
Q
T
 
I
I
 
T
N
 
E
M
 
Q
R
 
N
N
 
A
W
 
W
H
 
R
E
 
I
F
 
-
F
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
G
 
-
V
 
-
P
 
-
T
 
R
A
 
A
R
 
R
A
 
I
I
 
V
V
 
A
E
 
E
G
 
G
A
 
A
N
 
N
L
 
G
F
 
P
V
 
T
S
 
T
P
 
P
D
 
A
A
 
A
R
 
D
K
 
D
R
 
I
L
 
L
A
 
L
E
 
E
R
 
K
G
 
G
V
 
V
L
 
L
V
 
V
V
 
V
H
 
P
G
 
D
S
 
V
S
 
I
A
 
A
N
 
N
K
 
A
T
 
G
G
 
G
V
 
V
I
 
T
C
 
V
S
 
S
S
 
Y
Y
 
F
E
 
E
V
 
W
L
 
V
-
 
Q
-
 
D
-
 
F
G
 
N
G
 
S
L
 
Y
V
 
F
M
 
W
T
 
T
D
 
E
G
 
E
E
 
E
F
 
I
I
 
N
A
 
A
A
 
R
K
 
L
E
 
E
R
 
R
Y
 
V
V
 
L
A
 
R
D
 
N
V
 
A
F
 
F
D
 
E
I
 
A
L
 
V
R
 
W
R
 
Q
R
 
V
A
 
A
R
 
Q
D
 
E
E
 
K

Sites not aligning to the query:

P00370 NADP-specific glutamate dehydrogenase; NADP-GDH; EC 1.4.1.4 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
26% identity, 20% coverage: 606:801/997 of query aligns to 211:384/447 of P00370

query
sites
P00370
T
 
T
S
 
G
L
 
Y
G
 
G
V
 
L
M
 
V
V
 
Y
F
 
F
A
 
T
E
 
E
E
 
A
V
 
M
L
 
L
R
 
K
H
 
R
L
 
H
G
 
G
I
 
M
D
 
-
P
 
-
A
 
G
A
 
F
Q
 
E
P
 
G
F
 
M
T
 
R
V
 
V
K
 
S
I
 
V
T
 
S
G
 
G
G
 
-
P
 
-
K
 
S
G
 
G
D
 
N
V
 
V
A
 
A
G
 
Q
N
 
Y
L
 
A
M
 
I
R
 
E
I
 
K
M
 
A
F
 
M
R
 
-
D
 
E
Y
 
F
G
 
G
D
 
-
N
 
-
A
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
I
A
 
T
V
 
A
T
 
S
D
 
D
G
 
S
H
 
S
G
 
G
A
 
T
A
 
V
Y
 
V
D
 
D
P
 
E
E
 
S
G
 
G
L
 
F
D
 
T
R
 
K
A
 
E
E
 
K
L
 
L
M
 
A
R
 
R
L
 
L
V
 
I
D
 
E
G
 
I
Q
 
K
R
 
A
S
 
S
I
 
R
D
 
D
S
 
G
F
 
R
D
 
V
A
 
A
A
 
D
L
 
Y
L
 
A
R
 
K
G
 
E
E
 
F
G
 
G
A
 
L
F
 
V
V
 
Y
V
 
L
S
 
E
A
 
G
R
 
Q
D
 
Q
P
 
P
E
 
W
T
 
S
V
 
L
R
 
P
L
 
V
R
 
-
N
 
-
A
 
-
L
 
-
H
 
-
N
 
-
T
 
-
A
 
-
R
 
-
A
 
-
D
 
D
I
 
I
F
 
A
I
 
L
P
 
P
S
 
C
G
 
A
G
 
T
R
 
Q
P
 
-
N
 
N
T
 
E
I
 
L
N
 
D
M
 
V
R
 
D
N
 
A
W
 
A
H
 
H
E
 
Q
F
 
L
F
 
I
D
 
-
G
 
A
D
 
N
G
 
G
V
 
V
P
 
-
T
 
-
A
 
-
R
 
K
A
 
A
I
 
V
V
 
A
E
 
E
G
 
G
A
 
A
N
 
N
L
 
M
F
 
P
V
 
T
S
 
T
P
 
I
D
 
E
A
 
A
R
 
T
K
 
E
R
 
L
L
 
F
A
 
Q
E
 
Q
R
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
L
V
 
F
V
 
A
H
 
P
G
 
G
S
 
K
S
 
A
A
 
A
N
 
N
K
 
A
T
 
G
G
 
G
V
 
V
I
 
A
C
 
T
S
 
S
S
 
G
Y
 
L
E
 
E
V
 
M

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>206396 MicrobesOnline__882:206396
MTDASRSGTATALHEDAVSGSAAAEALDLVRRGLDDMAGQVVPWFFGNMPEYYLRTHSVT
EKVHHLQAIISGRAVTGSQTVRLMAPDGRKATYLVPGGGTKELLTILEAHVAQEIETARL
YTTQDGQLHLVEFLFGEQPRAEVAGDLFAEAVSAMRGEGVSGDRIDLFERMLRGANAEYL
EKFDPQRALRHLHMLESVGRSEDTAILLEQCTPGSETRLVMAMRHPPATGLLLQTAKILA
RTGVTVNRCYGDSFNLDDGDSVAILSFYVNVGGDILHEDSELWQRLRRKLQLVKWFAPNP
FESYADREGWSLKRVMLLAAAAEFAHAFLVQENQWAYSTNNVTRILQERRGEVARLVAWF
EARFDPTLGGREAKARELDEAALAAVGDVADESERTVLLMVHRFFAFTLRTNYFLEDVYG
LSFRLDPQFLPAPCRIEGEELPYGIFFFHGPYCMGFHIRYRDMSRGGVRVVPTRSAEQFE
LESNRLYDEVKGLAYAQQVKNKDIPEGGSKAVILLGPLGDIRLAVASMGNSLLDVILCGE
SSPTLPGVVDHLGKEEIIYLGPDENITPEHITWIVERARQRGYRWPSAFMSSKPGAGINH
KQYGVTSLGVMVFAEEVLRHLGIDPAAQPFTVKITGGPKGDVAGNLMRIMFRDYGDNARV
VAVTDGHGAAYDPEGLDRAELMRLVDGQRSIDSFDAALLRGEGAFVVSARDPETVRLRNA
LHNTARADIFIPSGGRPNTINMRNWHEFFDGDGVPTARAIVEGANLFVSPDARKRLAERG
VLVVHGSSANKTGVICSSYEVLGGLVMTDGEFIAAKERYVADVFDILRRRARDEARLLLA
ELRRCDRCKPLHVISVEASQEMNHAADALYGAFMQRQLDIAEDSLWRGLVLDYCPAVLVE
KFRDRIFDMVPRRHLYALIAAYAASAIVYAEGMGWLAGVGTQRDIVDVVRNWHEARALML
RLATAVESTDMEQSAQVAHLLRHGGVRRFTEERLGLA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory