SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 206398 MicrobesOnline__882:206398 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3k4uE Crystal structure of putative binding component of abc transporter from wolinella succinogenes dsm 1740 complexed with lysine
60% identity, 84% coverage: 39:267/272 of query aligns to 3:231/234 of 3k4uE

query
sites
3k4uE
R
 
R
G
 
G
E
 
E
L
 
L
R
 
R
V
 
V
G
 
G
F
 
L
D
x
E
A
 
P
G
 
G
Y
|
Y
L
 
L
P
 
P
F
 
F
E
 
E
M
 
M
T
 
K
D
 
D
K
 
K
N
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
V
V
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
I
 
L
A
 
A
K
 
R
E
 
E
M
 
M
A
 
A
R
 
K
A
 
A
M
 
M
G
 
G
V
 
V
K
 
K
F
 
L
V
 
K
P
 
L
V
 
V
N
 
P
T
 
T
D
 
S
F
x
W
D
 
D
G
 
G
M
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
G
L
 
L
L
 
V
S
 
T
D
 
E
K
 
K
F
 
F
D
 
D
I
 
I
I
 
I
I
 
I
S
 
S
G
|
G
M
 
M
T
|
T
V
 
I
T
 
S
Q
 
Q
E
 
E
R
|
R
N
 
N
L
 
L
K
 
R
I
 
V
N
 
N
F
 
F
A
 
V
D
 
E
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
Q
 
Q
T
 
S
V
 
L
L
 
L
L
 
V
S
 
K
K
 
K
K
 
G
L
 
L
E
 
E
G
 
K
K
 
G
V
 
V
K
 
K
S
 
S
W
 
Y
K
 
K
D
 
D
L
 
L
N
 
D
S
 
K
P
 
P
E
 
E
Y
 
L
T
 
T
V
 
L
V
 
V
S
 
T
R
x
K
L
 
F
G
 
G
T
x
V
T
x
S
G
 
A
E
 
E
E
 
Y
A
 
A
A
 
A
K
 
K
R
 
R
M
 
L
L
 
F
P
 
K
K
 
N
A
 
A
K
 
K
F
 
L
K
 
K
S
 
T
F
 
Y
D
 
D
K
 
T
E
|
E
A
 
A
D
 
E
G
 
A
A
 
V
L
 
Q
E
 
E
V
 
V
V
 
L
N
 
N
G
 
G
R
 
K
A
 
A
D
 
D
A
 
M
W
 
F
V
 
I
Y
 
F
D
|
D
M
 
L
P
 
P
F
 
F
N
 
N
V
 
V
V
 
A
F
 
F
M
 
M
A
 
A
E
 
Q
Q
 
K
G
 
G
K
 
Q
D
 
G
K
 
Y
V
 
L
V
 
V
H
 
H
L
 
L
D
 
D
K
 
T
P
 
S
F
 
L
T
 
T
Y
 
Y
E
 
E
P
 
P
L
 
L
G
 
G
F
 
W
G
 
A
I
 
I
K
 
K
K
 
K
G
 
G
D
 
D
P
 
P
D
 
D
F
 
F
L
 
L
N
 
N
F
 
W
L
 
L
N
 
N
N
 
H
F
 
F
M
 
L
R
 
A
Q
 
Q
I
 
I
K
 
K
N
 
H
D
 
D
G
 
G
R
 
S
Y
 
Y
D
 
D
R
 
E
I
 
L
Y
 
Y
D
 
E
K
 
R
W
 
W
M
 
F
R
 
V
S
 
D
T
 
T
E
 
K
W
 
W

5t0wA Crystal structure of the ancestral amino acid-binding protein anccdt- 1, a precursor of cyclohexadienyl dehydratase
54% identity, 86% coverage: 31:263/272 of query aligns to 1:229/229 of 5t0wA

query
sites
5t0wA
S
 
S
T
 
T
L
 
L
N
 
D
E
 
E
I
 
I
M
 
M
A
 
K
R
 
R
G
 
G
E
 
T
L
 
L
R
 
R
V
 
V
G
 
G
F
 
T
D
|
D
A
 
A
G
 
D
Y
|
Y
L
 
K
P
 
P
F
 
F
E
 
S
M
 
F
T
 
K
D
 
D
K
 
K
N
 
N
G
 
G
N
 
Q
Y
 
Y
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
I
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
A
M
 
L
A
 
A
R
 
K
A
 
E
M
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
F
 
V
V
 
E
P
 
F
V
 
V
N
 
P
T
 
T
D
 
T
F
x
W
D
 
D
G
 
G
M
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
L
 
Q
S
 
T
D
 
G
K
 
K
F
 
F
D
 
D
I
 
I
I
 
V
I
 
M
S
|
S
G
|
G
M
|
M
T
|
T
V
 
I
T
 
T
Q
 
P
E
 
E
R
|
R
N
 
K
L
 
K
K
 
K
I
 
V
N
 
D
F
 
F
A
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
I
 
M
V
 
T
V
 
A
G
 
G
Q
 
Q
T
 
T
V
 
I
L
 
L
L
 
V
S
 
K
K
 
K
K
 
D
L
 
N
E
 
A
G
 
D
K
 
K
V
 
I
K
 
K
S
 
S
W
 
F
K
 
E
D
 
D
L
 
L
N
 
N
S
 
K
P
 
P
E
 
D
Y
 
V
T
 
K
V
 
V
V
 
A
S
 
V
R
x
Q
L
 
L
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
 
S
E
 
E
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
K
 
K
R
 
E
M
 
F
L
 
L
P
 
P
K
 
K
A
 
A
K
 
K
F
 
I
K
 
R
S
 
T
F
 
F
D
 
E
K
 
N
E
 
N
A
 
A
D
 
E
G
 
A
A
 
F
L
 
Q
E
 
E
V
 
V
V
 
V
N
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
A
D
 
D
A
 
A
W
 
M
V
 
V
Y
 
T
D
|
D
M
 
S
P
 
P
F
 
V
N
 
A
V
 
A
V
 
Y
F
 
Y
M
 
-
A
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
A
K
 
K
D
 
L
K
 
A
V
 
V
V
 
V
H
 
V
L
 
V
D
 
D
K
 
E
P
 
P
F
 
F
T
 
T
Y
 
H
E
 
E
P
 
P
L
 
L
G
 
G
F
 
F
G
 
A
I
 
I
K
 
R
K
 
K
G
 
G
D
 
D
P
 
P
D
 
E
F
 
L
L
 
L
N
 
N
F
 
W
L
 
V
N
 
N
N
 
N
F
 
W
M
 
L
R
 
K
Q
 
Q
I
 
M
K
 
K
N
 
K
D
 
D
G
 
G
R
 
T
Y
 
Y
D
 
D
R
 
K
I
 
L
Y
 
Y
D
 
E
K
 
K
W
 
W
M
 
F
R
 
K

6svfA Crystal structure of the p235gk mutant of argbp from t. Maritima (see paper)
42% identity, 84% coverage: 33:261/272 of query aligns to 3:226/229 of 6svfA

query
sites
6svfA
L
 
I
N
 
D
E
 
E
I
 
I
M
 
K
A
 
S
R
 
R
G
 
G
E
 
Y
L
 
L
R
 
L
V
 
V
G
 
G
F
 
L
D
 
S
A
 
A
G
 
D
Y
x
F
L
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
E
M
 
F
T
 
V
D
 
D
K
 
E
N
 
N
G
 
G
N
 
N
Y
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
I
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
E
M
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
R
M
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
E
F
 
L
V
 
K
P
 
I
V
 
V
N
 
D
T
 
M
D
 
T
F
|
F
D
 
D
G
 
G
M
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
L
 
L
S
 
T
D
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
I
 
V
I
 
I
I
 
I
S
|
S
G
|
G
M
|
M
T
|
T
V
 
I
T
 
T
Q
 
E
E
 
E
R
|
R
N
 
K
L
 
K
K
 
V
I
 
V
N
 
A
F
 
F
A
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
I
 
F
V
 
D
V
 
A
G
 
G
Q
 
Q
T
 
V
V
 
I
L
 
V
L
 
V
S
 
R
K
 
K
K
 
D
L
 
S
E
 
D
G
 
F
K
 
R
V
 
P
K
 
K
S
 
T
W
 
Y
K
 
E
D
 
D
L
 
L
N
 
V
S
 
G
P
 
K
E
 
-
Y
 
-
T
 
T
V
 
V
V
 
A
S
 
V
R
x
Q
L
 
I
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
 
G
E
 
D
-
 
I
E
 
E
A
 
V
A
 
S
K
 
K
R
 
-
M
 
-
L
 
Y
P
 
D
K
 
G
A
 
I
K
 
K
F
 
V
K
 
V
S
 
R
F
 
F
D
 
D
K
 
K
E
 
F
A
 
T
D
 
D
G
 
A
A
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
L
V
 
K
N
 
R
G
 
G
R
 
R
A
 
A
D
 
D
A
 
A
W
 
V
V
 
V
Y
 
L
D
|
D
M
 
S
P
 
A
F
 
T
N
 
A
V
 
R
V
 
A
F
 
F
M
 
V
A
 
A
E
 
-
Q
 
K
G
 
N
K
 
P
D
 
D
K
 
L
V
 
V
V
 
I
H
 
S
L
 
-
D
 
S
K
 
G
P
 
V
F
 
L
T
 
S
Y
 
S
E
 
E
P
 
Q
L
 
Y
G
 
G
F
 
I
G
 
A
I
 
V
K
 
R
K
 
K
G
 
E
D
 
D
P
 
T
D
 
D
F
 
L
L
 
L
N
 
E
F
 
F
L
 
I
N
 
N
N
 
S
F
 
V
M
 
L
R
 
R
Q
 
E
I
 
L
K
 
K
N
 
K
D
 
S
G
 
G
R
 
K
Y
 
Y
D
 
D
R
 
V
I
 
L
Y
 
I
D
 
E
K
 
K
W
 
W

4zv2A An ancestral arginine-binding protein bound to glutamine (see paper)
40% identity, 82% coverage: 39:261/272 of query aligns to 3:222/225 of 4zv2A

query
sites
4zv2A
R
 
R
G
 
G
E
 
T
L
 
L
R
 
R
V
 
V
G
 
G
F
 
T
D
x
E
A
 
A
G
 
T
Y
x
F
L
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
G
M
 
F
T
 
K
D
 
D
K
 
E
N
 
N
G
 
G
N
 
K
Y
 
L
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
I
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
A
M
 
I
A
 
A
R
 
K
A
 
K
M
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
F
 
V
V
 
E
P
 
F
V
 
K
N
 
P
T
 
M
D
 
D
F
|
F
D
 
D
G
 
G
M
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
L
 
Q
S
 
S
D
 
G
K
 
K
F
 
I
D
 
D
I
 
V
I
 
V
I
 
I
S
 
A
G
|
G
M
|
M
T
|
T
V
 
I
T
 
T
Q
 
E
E
 
E
R
|
R
N
 
K
L
 
K
K
 
Q
I
 
V
N
 
D
F
 
F
A
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
I
 
F
V
 
E
V
 
A
G
 
G
Q
 
Q
T
 
A
V
 
I
L
 
V
L
 
V
S
 
-
K
 
K
K
 
K
L
 
G
E
 
N
G
 
D
K
 
S
V
 
I
K
 
K
S
 
S
W
 
L
K
 
E
D
 
D
L
 
L
N
 
K
S
 
G
P
 
K
E
 
K
Y
 
V
T
 
G
V
 
V
V
 
-
S
 
-
R
 
Q
L
 
L
G
 
G
T
x
S
T
|
T
G
 
S
E
 
E
E
 
Q
A
 
H
A
 
V
K
 
K
R
 
K
M
 
V
L
 
A
P
 
A
K
 
G
A
 
V
K
 
K
F
 
V
K
 
K
S
 
K
F
 
F
D
 
D
K
 
N
E
 
F
A
 
S
D
 
E
G
 
A
A
 
F
L
 
Q
E
 
E
V
 
L
V
 
K
N
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
V
D
 
D
A
 
A
W
 
V
V
 
V
Y
 
T
D
|
D
M
 
N
P
 
A
F
 
V
N
 
A
V
 
L
V
 
A
F
 
Y
M
 
V
A
 
K
E
 
Q
Q
 
N
G
 
P
K
 
N
D
 
A
K
 
G
V
 
V
V
 
K
H
 
I
L
 
V
D
 
G
K
 
E
P
 
T
F
 
F
T
 
S
Y
 
G
E
 
E
P
 
P
L
 
Y
G
 
G
F
 
I
G
 
A
I
 
V
K
 
R
K
 
K
G
 
G
D
 
N
P
 
S
D
 
E
F
 
L
L
 
L
N
 
E
F
 
K
L
 
I
N
 
N
N
 
K
F
 
A
M
 
L
R
 
E
Q
 
E
I
 
M
K
 
K
N
 
K
D
 
D
G
 
G
R
 
T
Y
 
Y
D
 
D
R
 
K
I
 
I
Y
 
Y
D
 
E
K
 
K
W
 
W

4zv1A An ancestral arginine-binding protein bound to arginine (see paper)
40% identity, 82% coverage: 39:261/272 of query aligns to 3:224/226 of 4zv1A

query
sites
4zv1A
R
 
R
G
 
G
E
 
T
L
 
L
R
 
R
V
 
V
G
 
G
F
 
T
D
x
E
A
 
A
G
 
T
Y
x
F
L
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
G
M
 
F
T
 
K
D
 
D
K
 
E
N
 
N
G
 
G
N
 
K
Y
 
L
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
I
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
A
M
 
I
A
 
A
R
 
K
A
 
K
M
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
F
 
V
V
 
E
P
 
F
V
 
K
N
 
P
T
 
M
D
 
D
F
|
F
D
 
D
G
 
G
M
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
L
 
Q
S
 
S
D
 
G
K
 
K
F
 
I
D
 
D
I
 
V
I
 
V
I
 
I
S
x
A
G
|
G
M
|
M
T
|
T
V
 
I
T
 
T
Q
 
E
E
 
E
R
|
R
N
 
K
L
 
K
K
 
Q
I
 
V
N
 
D
F
 
F
A
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
I
 
F
V
 
E
V
 
A
G
 
G
Q
 
Q
T
 
A
V
 
I
L
 
V
L
 
V
S
 
-
K
 
K
K
 
K
L
 
G
E
 
N
G
 
D
K
 
S
V
 
I
K
 
K
S
 
S
W
 
L
K
 
E
D
 
D
L
 
L
N
 
K
S
 
G
P
 
K
E
 
K
Y
 
V
T
 
G
V
 
V
V
 
-
S
 
-
R
x
Q
L
 
L
G
 
G
T
x
S
T
|
T
G
 
S
E
 
E
E
 
Q
A
 
H
A
 
V
K
 
K
R
 
K
M
 
V
L
 
A
P
 
K
K
 
D
A
 
A
-
 
G
-
 
V
K
 
K
F
 
V
K
 
K
S
 
K
F
 
F
D
 
D
K
 
N
E
 
F
A
 
S
D
 
E
G
 
A
A
 
F
L
 
Q
E
 
E
V
 
L
V
 
K
N
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
V
D
 
D
A
 
A
W
 
V
V
 
V
Y
 
T
D
|
D
M
 
N
P
 
A
F
 
V
N
 
A
V
 
L
V
 
A
F
 
Y
M
 
V
A
 
K
E
 
Q
Q
 
N
G
 
P
K
 
N
D
 
A
K
 
G
V
 
V
V
 
K
H
 
I
L
 
V
D
 
G
K
 
E
P
 
T
F
 
F
T
 
S
Y
 
G
E
 
E
P
 
P
L
 
Y
G
 
G
F
 
I
G
 
A
I
 
V
K
 
R
K
 
K
G
 
G
D
 
N
P
 
S
D
 
E
F
 
L
L
 
L
N
 
E
F
 
K
L
 
I
N
 
N
N
 
K
F
 
A
M
 
L
R
 
E
Q
 
E
I
 
M
K
 
K
N
 
K
D
 
D
G
 
G
R
 
T
Y
 
Y
D
 
D
R
 
K
I
 
I
Y
 
Y
D
 
E
K
 
K
W
 
W

4ymxA Crystal structure of the substrate binding protein of an amino acid abc transporter (see paper)
33% identity, 83% coverage: 40:264/272 of query aligns to 1:224/224 of 4ymxA

query
sites
4ymxA
G
 
G
E
 
V
L
 
I
R
 
V
V
 
M
G
 
G
F
 
T
D
x
S
A
 
A
G
x
D
Y
x
F
L
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
E
M
 
F
T
 
H
D
 
K
K
 
V
N
 
E
G
 
G
-
 
G
-
 
K
-
 
D
N
 
E
Y
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
I
 
I
A
 
A
K
 
N
E
 
A
M
 
I
A
 
A
R
 
K
A
 
K
M
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
F
 
L
V
 
E
P
 
I
V
 
K
N
 
D
T
 
M
D
 
D
F
|
F
D
 
K
G
 
G
M
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
L
 
Q
S
 
A
D
 
G
K
 
R
F
 
V
D
 
D
I
 
M
I
 
V
I
 
I
S
x
A
G
|
G
M
|
M
T
|
T
V
 
P
T
 
T
Q
 
A
E
 
E
R
|
R
N
 
K
L
 
K
K
 
S
I
 
V
N
 
D
F
 
F
A
 
S
D
 
D
P
 
L
Y
 
Y
I
 
Y
V
 
D
V
 
S
G
 
R
Q
 
Q
T
 
V
V
 
V
L
 
V
L
 
V
S
 
-
K
 
-
K
 
K
L
 
N
E
 
D
G
 
S
K
 
P
V
 
I
K
 
S
S
 
K
W
 
F
K
 
D
D
 
D
L
 
L
N
 
K
S
 
V
P
 
K
E
 
-
Y
 
-
T
 
T
V
 
I
V
 
A
S
 
V
R
x
Q
L
 
I
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
 
S
E
 
E
E
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
K
R
 
K
M
 
-
L
 
I
P
 
P
K
 
N
A
 
V
K
 
K
F
 
L
K
 
K
S
 
Q
F
 
L
D
 
N
K
 
R
E
 
V
A
 
S
D
 
D
G
 
E
A
 
F
L
 
M
E
 
D
V
 
L
V
 
Q
N
 
N
G
 
G
R
 
R
A
 
C
D
 
D
A
 
A
W
 
I
V
 
V
Y
 
V
D
x
E
M
 
D
P
 
T
F
 
V
N
 
A
V
 
K
V
 
A
F
 
Y
M
 
L
A
 
K
E
 
E
Q
 
Y
G
 
K
K
 
D
D
 
M
K
 
K
V
 
I
V
 
L
H
 
Y
L
 
M
D
 
D
K
 
E
P
 
I
F
 
N
T
 
N
Y
 
V
E
 
E
P
 
N
-
 
G
L
 
S
G
 
A
F
 
V
G
 
A
I
 
V
K
 
A
K
 
K
G
 
G
D
 
N
P
 
K
D
 
S
F
 
L
L
 
L
N
 
D
F
 
V
L
 
V
N
 
N
N
 
E
F
 
V
M
 
I
R
 
K
Q
 
E
I
 
L
K
 
K
N
 
Q
D
 
S
G
 
G
R
 
E
Y
 
Y
D
 
D
R
 
K
I
 
L
Y
 
V
D
 
D
K
 
K
W
 
W
M
 
F
R
 
K
S
 
Q

7a99B Crystal structure of the phe57trp mutant of the arginine-bound form of domain 1 from tmargbp (see paper)
54% identity, 33% coverage: 33:123/272 of query aligns to 2:92/130 of 7a99B

query
sites
7a99B
L
 
I
N
 
D
E
 
E
I
 
I
M
 
K
A
 
S
R
 
R
G
 
G
E
 
Y
L
 
L
R
 
L
V
 
V
G
 
G
F
 
L
D
 
S
A
 
A
G
x
D
Y
x
F
L
 
P
P
 
P
F
 
F
E
|
E
M
 
F
T
 
V
D
 
D
K
 
E
N
 
N
G
 
G
N
 
N
Y
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
I
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
E
M
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
R
M
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
E
F
 
L
V
 
K
P
 
I
V
 
V
N
 
D
T
 
M
D
 
T
F
x
W
D
 
D
G
 
G
M
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
L
 
L
S
 
T
D
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
I
 
V
I
 
I
I
 
I
S
|
S
G
|
G
M
|
M
T
|
T
V
 
I
T
 
T
Q
 
E
E
 
E
R
|
R
N
 
K
L
 
K
K
 
V
I
 
V
N
 
A
F
 
F
A
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

3vv5A Crystal structure of ttc0807 complexed with (s)-2-aminoethyl-l- cysteine (aec) (see paper)
27% identity, 85% coverage: 32:261/272 of query aligns to 5:229/237 of 3vv5A

query
sites
3vv5A
T
 
S
L
 
F
N
 
E
E
 
E
I
 
I
M
 
K
A
 
R
R
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
R
 
R
V
 
I
G
 
G
F
 
T
D
x
E
A
 
G
G
 
A
Y
x
F
L
 
P
P
 
P
F
 
F
E
x
N
M
 
Y
T
 
F
D
 
D
K
 
E
N
 
R
G
 
N
N
 
Q
Y
 
L
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
E
I
 
V
D
 
D
I
 
L
A
 
G
K
 
N
E
 
A
M
 
I
A
 
A
R
 
E
A
 
R
M
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
F
 
P
V
 
R
P
 
W
V
 
I
N
 
A
T
 
Q
D
 
S
F
|
F
D
 
D
G
 
T
M
 
L
I
 
L
P
 
I
A
 
Q
L
 
L
L
 
N
S
 
Q
D
 
G
K
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
F
I
 
V
I
 
I
S
x
A
G
x
S
M
 
H
T
x
G
V
 
I
T
 
T
Q
 
E
E
 
E
R
|
R
N
 
A
L
 
R
K
 
A
I
 
V
N
 
D
F
 
F
A
 
T
D
 
N
P
 
P
Y
 
H
I
 
Y
V
 
C
V
 
T
G
 
G
Q
 
-
T
 
G
V
 
V
L
 
I
L
 
V
S
 
S
K
 
R
K
 
K
L
 
-
E
 
-
G
 
G
K
 
G
V
 
P
K
 
R
S
 
T
W
 
A
K
 
K
D
 
D
L
 
L
N
 
Q
S
 
G
P
 
K
E
 
-
Y
 
-
T
 
V
V
 
V
V
 
G
S
 
V
R
 
Q
L
 
V
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
x
Y
E
 
M
E
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
Q
R
 
K
M
 
I
L
 
P
P
 
G
K
 
I
A
 
K
K
 
E
F
 
V
K
 
R
S
 
T
F
 
Y
D
 
Q
K
 
R
E
 
D
A
 
P
D
 
D
G
 
A
A
 
L
L
 
Q
E
 
D
V
 
L
V
 
L
N
 
A
G
 
G
R
 
R
A
 
I
D
 
D
A
 
T
W
 
W
V
 
I
Y
 
T
D
 
D
M
 
R
P
 
F
F
 
V
N
 
A
V
 
K
V
 
E
F
 
A
M
 
I
A
 
K
E
 
E
Q
 
R
G
 
K
K
 
L
D
 
E
K
 
N
V
 
T
V
 
L
H
 
Q
L
 
V
D
 
G
K
 
E
P
 
L
F
 
V
T
 
F
Y
 
Q
E
 
E
P
 
R
L
 
V
G
 
A
F
 
M
G
 
A
I
 
V
K
 
A
K
 
K
G
 
G
D
 
N
P
 
K
D
 
S
F
 
L
L
 
L
N
 
D
F
 
A
L
 
L
N
 
N
N
 
R
F
 
A
M
 
L
R
 
A
Q
 
E
I
 
L
K
 
M
N
 
Q
D
 
D
G
 
G
R
 
T
Y
 
Y
D
 
A
R
 
R
I
 
I
Y
 
S
D
 
Q
K
 
K
W
 
W

3vvfA Crystal structure of ttc0807 complexed with arginine (see paper)
27% identity, 85% coverage: 32:261/272 of query aligns to 9:233/241 of 3vvfA

query
sites
3vvfA
T
 
S
L
 
F
N
 
E
E
 
E
I
 
I
M
 
K
A
 
R
R
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
R
 
R
V
 
I
G
 
G
F
 
T
D
x
E
A
 
G
G
 
A
Y
x
F
L
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
N
M
 
Y
T
 
F
D
 
D
K
 
E
N
 
R
G
 
N
N
 
Q
Y
 
L
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
E
I
 
V
D
 
D
I
 
L
A
 
G
K
 
N
E
 
A
M
 
I
A
 
A
R
 
E
A
 
R
M
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
F
 
P
V
 
R
P
 
W
V
 
I
N
 
A
T
 
Q
D
 
S
F
|
F
D
 
D
G
 
T
M
 
L
I
 
L
P
 
I
A
 
Q
L
 
L
L
 
N
S
 
Q
D
 
G
K
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
F
I
 
V
I
 
I
S
x
A
G
x
S
M
x
H
T
x
G
V
 
I
T
 
T
Q
 
E
E
 
E
R
|
R
N
 
A
L
 
R
K
 
A
I
 
V
N
 
D
F
 
F
A
 
T
D
 
N
P
 
P
Y
 
H
I
 
Y
V
 
C
V
 
T
G
 
G
Q
 
-
T
 
G
V
 
V
L
 
I
L
 
V
S
 
S
K
 
R
K
 
K
L
 
-
E
 
-
G
 
G
K
 
G
V
 
P
K
 
R
S
 
T
W
 
A
K
 
K
D
 
D
L
 
L
N
 
Q
S
 
G
P
 
K
E
 
-
Y
 
-
T
 
V
V
 
V
V
 
G
S
 
V
R
x
Q
L
 
V
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
x
Y
E
 
M
E
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
Q
R
 
K
M
 
I
L
 
P
P
 
G
K
 
I
A
 
K
K
 
E
F
 
V
K
 
R
S
 
T
F
 
Y
D
 
Q
K
 
R
E
 
D
A
 
P
D
 
D
G
 
A
A
 
L
L
 
Q
E
 
D
V
 
L
V
 
L
N
 
A
G
 
G
R
 
R
A
 
I
D
 
D
A
 
T
W
 
W
V
 
I
Y
 
T
D
 
D
M
 
R
P
 
F
F
 
V
N
 
A
V
 
K
V
 
E
F
 
A
M
 
I
A
 
K
E
 
E
Q
 
R
G
 
K
K
 
L
D
 
E
K
 
N
V
 
T
V
 
L
H
 
Q
L
 
V
D
 
G
K
 
E
P
 
L
F
 
V
T
 
F
Y
 
Q
E
|
E
P
 
R
L
 
V
G
 
A
F
 
M
G
 
A
I
 
V
K
 
A
K
 
K
G
 
G
D
 
N
P
 
K
D
 
S
F
 
L
L
 
L
N
 
D
F
 
A
L
 
L
N
 
N
N
 
R
F
 
A
M
 
L
R
 
A
Q
 
E
I
 
L
K
 
M
N
 
Q
D
 
D
G
 
G
R
 
T
Y
 
Y
D
 
A
R
 
R
I
 
I
Y
 
S
D
 
Q
K
 
K
W
 
W

3vveA Crystal structure of ttc0807 complexed with lysine (see paper)
27% identity, 85% coverage: 32:261/272 of query aligns to 9:233/241 of 3vveA

query
sites
3vveA
T
 
S
L
 
F
N
 
E
E
 
E
I
 
I
M
 
K
A
 
R
R
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
R
 
R
V
 
I
G
 
G
F
 
T
D
x
E
A
 
G
G
 
A
Y
x
F
L
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
N
M
 
Y
T
 
F
D
 
D
K
 
E
N
 
R
G
 
N
N
 
Q
Y
 
L
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
E
I
 
V
D
 
D
I
 
L
A
 
G
K
 
N
E
 
A
M
 
I
A
 
A
R
 
E
A
 
R
M
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
F
 
P
V
 
R
P
 
W
V
 
I
N
 
A
T
 
Q
D
 
S
F
|
F
D
 
D
G
 
T
M
 
L
I
 
L
P
 
I
A
 
Q
L
 
L
L
 
N
S
 
Q
D
 
G
K
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
F
I
 
V
I
 
I
S
 
A
G
x
S
M
x
H
T
 
G
V
 
I
T
 
T
Q
 
E
E
 
E
R
|
R
N
 
A
L
 
R
K
 
A
I
 
V
N
 
D
F
 
F
A
 
T
D
 
N
P
 
P
Y
 
H
I
 
Y
V
 
C
V
 
T
G
 
G
Q
 
-
T
 
G
V
 
V
L
 
I
L
 
V
S
 
S
K
 
R
K
 
K
L
 
-
E
 
-
G
 
G
K
 
G
V
 
P
K
 
R
S
 
T
W
 
A
K
 
K
D
 
D
L
 
L
N
 
Q
S
 
G
P
 
K
E
 
-
Y
 
-
T
 
V
V
 
V
V
 
G
S
 
V
R
x
Q
L
 
V
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
x
Y
E
 
M
E
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
Q
R
 
K
M
 
I
L
 
P
P
 
G
K
 
I
A
 
K
K
 
E
F
 
V
K
 
R
S
 
T
F
 
Y
D
 
Q
K
 
R
E
 
D
A
 
P
D
 
D
G
 
A
A
 
L
L
 
Q
E
 
D
V
 
L
V
 
L
N
 
A
G
 
G
R
 
R
A
 
I
D
 
D
A
 
T
W
 
W
V
 
I
Y
 
T
D
 
D
M
 
R
P
 
F
F
 
V
N
 
A
V
 
K
V
 
E
F
 
A
M
 
I
A
 
K
E
 
E
Q
 
R
G
 
K
K
 
L
D
 
E
K
 
N
V
 
T
V
 
L
H
 
Q
L
 
V
D
 
G
K
 
E
P
 
L
F
 
V
T
 
F
Y
 
Q
E
|
E
P
 
R
L
 
V
G
 
A
F
 
M
G
 
A
I
 
V
K
 
A
K
 
K
G
 
G
D
 
N
P
 
K
D
 
S
F
 
L
L
 
L
N
 
D
F
 
A
L
 
L
N
 
N
N
 
R
F
 
A
M
 
L
R
 
A
Q
 
E
I
 
L
K
 
M
N
 
Q
D
 
D
G
 
G
R
 
T
Y
 
Y
D
 
A
R
 
R
I
 
I
Y
 
S
D
 
Q
K
 
K
W
 
W

3vvdA Crystal structure of ttc0807 complexed with ornithine (see paper)
27% identity, 85% coverage: 32:261/272 of query aligns to 9:233/241 of 3vvdA

query
sites
3vvdA
T
 
S
L
 
F
N
 
E
E
 
E
I
 
I
M
 
K
A
 
R
R
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
R
 
R
V
 
I
G
 
G
F
 
T
D
x
E
A
 
G
G
 
A
Y
 
F
L
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
N
M
 
Y
T
 
F
D
 
D
K
 
E
N
 
R
G
 
N
N
 
Q
Y
 
L
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
E
I
 
V
D
 
D
I
 
L
A
 
G
K
 
N
E
 
A
M
 
I
A
 
A
R
 
E
A
 
R
M
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
F
 
P
V
 
R
P
 
W
V
 
I
N
 
A
T
 
Q
D
 
S
F
|
F
D
 
D
G
 
T
M
 
L
I
 
L
P
 
I
A
 
Q
L
 
L
L
 
N
S
 
Q
D
 
G
K
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
F
I
 
V
I
 
I
S
 
A
G
x
S
M
x
H
T
x
G
V
 
I
T
 
T
Q
 
E
E
 
E
R
|
R
N
 
A
L
 
R
K
 
A
I
 
V
N
 
D
F
 
F
A
 
T
D
 
N
P
 
P
Y
 
H
I
 
Y
V
 
C
V
 
T
G
 
G
Q
 
-
T
 
G
V
 
V
L
 
I
L
 
V
S
 
S
K
 
R
K
 
K
L
 
-
E
 
-
G
 
G
K
 
G
V
 
P
K
 
R
S
 
T
W
 
A
K
 
K
D
 
D
L
 
L
N
 
Q
S
 
G
P
 
K
E
 
-
Y
 
-
T
 
V
V
 
V
V
 
G
S
 
V
R
x
Q
L
 
V
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
x
Y
E
 
M
E
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
Q
R
 
K
M
 
I
L
 
P
P
 
G
K
 
I
A
 
K
K
 
E
F
 
V
K
 
R
S
 
T
F
 
Y
D
 
Q
K
 
R
E
 
D
A
 
P
D
 
D
G
 
A
A
 
L
L
 
Q
E
 
D
V
 
L
V
 
L
N
 
A
G
 
G
R
 
R
A
 
I
D
 
D
A
 
T
W
 
W
V
 
I
Y
 
T
D
 
D
M
 
R
P
 
F
F
 
V
N
 
A
V
 
K
V
 
E
F
 
A
M
 
I
A
 
K
E
 
E
Q
 
R
G
 
K
K
 
L
D
 
E
K
 
N
V
 
T
V
 
L
H
 
Q
L
 
V
D
 
G
K
 
E
P
 
L
F
 
V
T
 
F
Y
 
Q
E
|
E
P
 
R
L
 
V
G
 
A
F
 
M
G
 
A
I
 
V
K
 
A
K
 
K
G
 
G
D
 
N
P
 
K
D
 
S
F
 
L
L
 
L
N
 
D
F
 
A
L
 
L
N
 
N
N
 
R
F
 
A
M
 
L
R
 
A
Q
 
E
I
 
L
K
 
M
N
 
Q
D
 
D
G
 
G
R
 
T
Y
 
Y
D
 
A
R
 
R
I
 
I
Y
 
S
D
 
Q
K
 
K
W
 
W

5kkwA Crystal structure of sar11_1068 bound to a sulfobetaine (3-(1- methylpiperidinium-1-yl)propane-1-sulfonate)
31% identity, 85% coverage: 30:261/272 of query aligns to 1:231/237 of 5kkwA

query
sites
5kkwA
K
 
E
S
 
S
T
 
K
L
 
L
N
 
D
E
 
Q
I
 
I
M
 
L
A
 
S
R
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
L
R
 
K
V
 
V
G
 
G
F
 
T
D
 
T
A
 
G
G
 
D
Y
x
W
L
 
D
P
 
P
F
 
M
E
 
A
M
 
M
T
 
K
D
 
D
K
 
P
N
 
A
G
 
T
N
 
N
-
 
K
Y
 
Y
V
 
K
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
I
 
V
A
 
M
K
 
Q
E
 
E
M
 
L
A
 
A
R
 
K
A
 
D
M
 
M
G
 
G
V
 
V
K
 
K
F
 
I
V
 
T
P
 
F
V
 
V
N
 
P
T
 
T
D
 
E
F
x
W
D
 
K
G
 
T
M
 
I
I
 
V
P
 
S
A
 
G
L
 
I
L
 
T
S
 
A
D
 
G
K
 
R
F
 
Y
D
 
D
I
 
I
I
 
S
I
 
T
S
 
S
G
 
-
M
x
V
T
|
T
V
 
K
T
 
T
Q
 
P
E
 
K
R
|
R
N
 
A
L
 
E
K
 
V
I
 
A
N
 
G
F
 
F
A
 
T
D
 
D
P
 
S
Y
 
Y
I
 
Y
V
 
K
V
 
Y
G
 
G
Q
 
T
T
 
V
V
 
P
L
 
L
L
 
V
S
 
L
K
 
K
K
 
K
L
 
N
E
 
L
G
 
K
K
 
K
V
 
Y
K
 
S
S
 
T
W
 
W
K
 
K
D
 
S
L
 
L
N
 
N
S
 
N
P
 
K
E
 
D
Y
 
V
T
 
T
V
 
I
V
 
A
S
 
T
R
 
T
L
 
L
G
 
G
T
 
T
T
 
S
G
 
Q
E
 
E
E
 
E
A
 
K
A
 
A
K
 
K
R
 
E
M
 
F
L
 
F
P
 
P
K
 
L
A
 
S
K
 
K
F
 
L
K
 
Q
S
 
S
F
 
V
D
 
E
K
 
S
E
 
P
A
 
A
D
 
R
G
 
D
A
 
F
L
 
Q
E
 
E
V
 
V
V
 
L
N
 
A
G
 
G
R
 
R
A
 
A
D
 
D
A
 
G
W
 
-
V
 
-
Y
 
-
D
 
-
M
 
-
P
 
-
F
 
-
N
 
N
V
 
I
V
 
T
F
 
S
M
 
S
A
 
T
E
 
E
Q
 
A
G
 
N
K
 
K
D
 
L
K
 
V
V
 
V
V
 
K
H
 
Y
L
 
P
D
 
Q
K
 
L
P
 
A
F
 
I
T
 
V
Y
 
P
E
 
D
P
 
G
-
 
E
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
A
-
 
F
L
 
L
G
 
A
F
 
M
G
 
M
I
 
V
K
 
S
K
 
K
G
 
N
D
 
D
P
 
Q
D
 
V
F
 
W
L
 
N
N
 
D
F
 
Y
L
 
V
N
 
N
N
 
E
F
 
W
M
 
I
R
 
K
Q
 
S
I
 
K
K
 
K
N
 
S
D
 
S
G
 
G
R
 
F
Y
 
F
D
 
N
R
 
K
I
 
L
Y
 
L
D
 
A
K
 
K
W
 
Y

8eyzA Engineered glutamine binding protein bound to gln and a cobaloxime ligand (see paper)
29% identity, 83% coverage: 38:262/272 of query aligns to 1:221/226 of 8eyzA

query
sites
8eyzA
A
 
A
R
 
D
G
 
K
E
 
K
L
 
L
R
 
V
V
 
V
G
 
A
F
 
T
D
|
D
A
 
T
G
 
A
Y
x
F
L
 
V
P
 
P
F
 
F
E
 
E
M
 
F
T
 
-
D
 
-
K
 
K
N
 
Q
G
 
G
N
 
D
-
 
I
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
I
 
L
A
 
W
K
 
A
E
 
A
M
 
I
A
 
A
R
 
K
A
 
E
M
 
L
G
 
K
V
 
L
K
 
D
F
 
Y
V
 
E
P
 
L
V
 
K
N
 
P
T
 
M
D
 
D
F
|
F
D
 
S
G
 
G
M
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
L
 
Q
S
 
T
D
 
K
K
 
N
F
 
V
D
 
D
I
 
L
I
 
A
I
 
L
S
x
A
G
|
G
M
 
I
T
|
T
V
 
I
T
x
C
Q
 
D
E
 
E
R
|
R
N
 
K
L
 
K
K
 
A
I
 
I
N
 
D
F
 
F
A
 
S
D
 
D
P
 
G
Y
 
Y
I
 
Y
V
 
K
V
 
S
G
 
G
Q
 
L
T
 
L
V
 
V
L
 
M
L
 
V
S
 
-
K
 
K
K
 
A
L
 
N
E
 
N
G
 
N
K
 
D
V
 
V
K
 
K
S
 
S
W
 
V
K
 
K
D
 
D
L
 
L
N
 
D
S
 
G
P
 
K
E
 
-
Y
 
-
T
 
V
V
 
V
V
 
A
S
 
V
R
 
K
L
 
S
G
 
G
T
 
T
T
x
G
G
 
S
E
 
V
E
x
D
A
 
Y
A
 
A
K
 
K
R
 
A
M
 
N
L
 
I
P
 
K
K
 
T
A
 
K
K
 
D
F
 
L
K
 
R
S
 
Q
F
 
F
D
 
P
K
 
N
E
 
I
A
 
D
D
 
N
G
 
A
A
 
Y
L
 
M
E
 
E
V
 
L
V
 
G
N
 
T
G
 
N
R
 
R
A
 
A
D
 
D
A
 
A
W
 
V
V
 
L
Y
 
H
D
|
D
M
 
T
P
 
P
F
 
N
N
 
I
V
 
L
V
 
Y
F
 
F
M
 
I
A
 
K
E
 
T
Q
 
A
G
 
G
K
 
N
D
 
G
K
 
Q
V
 
F
V
 
K
H
 
A
L
 
V
D
 
G
K
 
D
P
 
S
F
 
L
T
 
E
Y
 
A
E
 
Q
P
 
Q
L
 
Y
G
 
G
F
 
I
G
 
A
I
 
F
K
 
P
K
 
K
G
 
G
D
 
S
P
 
D
D
 
E
F
 
L
L
 
R
N
 
D
F
 
K
L
 
V
N
 
N
N
 
G
F
 
A
M
 
L
R
 
K
Q
 
T
I
 
L
K
 
R
N
 
E
D
 
N
G
 
G
R
 
T
Y
 
Y
D
 
N
R
 
E
I
 
I
Y
 
Y
D
 
K
K
 
K
W
 
W
M
 
F

5eyfB Crystal structure of solute-binding protein from enterococcus faecium with bound glutamate
33% identity, 73% coverage: 64:261/272 of query aligns to 38:233/243 of 5eyfB

query
sites
5eyfB
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
I
 
I
A
 
A
K
 
K
E
 
A
M
 
I
A
 
T
R
 
K
A
 
K
M
 
I
-
 
L
-
 
G
-
 
D
-
 
N
-
 
G
G
 
K
V
 
T
K
 
E
F
 
F
V
 
V
P
 
E
V
 
V
N
 
T
T
x
S
D
 
K
F
 
T
D
 
-
G
 
-
M
x
R
I
 
I
P
 
P
A
 
L
L
 
L
L
 
K
S
 
N
D
 
G
K
 
N
F
 
I
D
 
D
I
 
A
I
 
I
I
 
I
S
 
A
G
x
T
M
|
M
T
|
T
V
 
I
T
 
T
Q
 
D
E
 
E
R
|
R
N
 
K
L
 
K
K
 
Q
I
 
V
N
 
D
F
 
F
A
 
S
D
 
D
P
 
V
Y
 
Y
I
 
F
V
 
D
V
 
A
G
 
G
Q
 
Q
T
 
A
V
 
L
L
 
L
L
 
V
S
 
K
K
 
K
K
 
G
L
 
-
E
 
-
G
 
S
K
 
Q
V
 
I
K
 
K
S
 
S
W
 
V
K
 
D
D
 
D
L
 
L
N
 
N
S
 
A
P
 
S
E
 
-
Y
 
T
T
 
T
V
 
V
V
 
L
S
 
A
R
 
V
L
 
K
G
 
G
T
x
S
T
|
T
G
 
S
E
 
A
E
 
A
A
 
N
A
 
I
K
 
R
R
 
Q
M
 
H
L
 
A
P
 
P
K
 
D
A
 
A
K
 
K
F
 
I
K
 
L
S
 
E
F
 
L
D
 
E
K
 
N
E
x
Y
A
 
A
D
 
E
G
 
A
A
 
F
L
 
T
E
 
A
V
 
L
V
 
Q
N
 
S
G
 
G
R
 
Q
A
 
G
D
 
D
A
 
A
W
 
M
V
 
T
Y
 
T
D
|
D
M
 
N
P
 
A
F
 
I
N
 
L
V
 
L
V
 
G
F
 
I
M
 
A
A
 
D
E
 
E
Q
 
N
G
 
P
K
 
E
D
 
Y
K
 
E
V
 
L
V
 
V
H
 
G
L
 
-
D
 
-
K
 
G
P
 
T
F
 
F
T
 
T
Y
 
N
E
 
E
P
 
P
L
 
Y
G
 
G
F
 
I
G
 
A
I
 
I
K
 
N
K
 
K
G
 
G
D
 
Q
P
 
E
D
 
N
F
 
F
L
 
L
N
 
K
F
 
A
L
 
V
N
 
N
N
 
Q
F
 
A
M
 
L
R
 
E
Q
 
E
I
 
M
K
 
H
N
 
A
D
 
D
G
 
G
R
 
T
Y
 
Y
D
 
D
R
 
K
I
 
I
Y
 
Y
D
 
Q
K
 
K
W
 
W

4g4pA Crystal structure of glutamine-binding protein from enterococcus faecalis at 1.5 a (see paper)
32% identity, 81% coverage: 44:262/272 of query aligns to 18:234/235 of 4g4pA

query
sites
4g4pA
V
 
I
G
 
G
F
 
T
D
 
D
A
 
L
G
 
T
Y
x
F
L
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
M
 
F
T
 
Q
D
 
D
K
 
S
N
 
K
G
 
G
N
 
K
Y
 
Y
V
 
I
G
 
G
F
 
I
D
 
D
I
 
V
D
 
D
I
 
L
A
 
L
K
 
D
E
 
A
M
 
I
A
 
A
R
 
K
A
 
D
M
 
Q
G
 
D
-
 
F
-
 
E
V
 
V
K
 
D
F
 
L
V
 
K
P
 
P
V
 
L
N
 
G
T
 
-
D
 
-
F
|
F
D
 
D
G
 
S
M
 
A
I
 
V
P
 
Q
A
 
A
L
 
I
L
 
Q
S
 
S
D
 
K
K
 
Q
F
 
I
D
 
D
I
 
G
I
 
M
I
 
I
S
x
A
G
|
G
M
|
M
T
x
S
V
 
I
T
 
T
Q
 
D
E
 
E
R
|
R
N
 
K
L
 
K
K
 
S
I
 
F
N
 
D
F
 
F
A
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
I
 
F
V
 
D
V
 
S
G
 
G
Q
 
-
T
 
L
V
 
Q
L
 
L
L
 
A
S
 
V
K
 
K
K
 
K
L
 
G
E
 
N
G
 
D
K
 
K
V
 
I
K
 
K
S
 
S
W
 
Y
K
 
D
D
 
D
L
 
L
N
 
K
S
 
G
P
 
K
E
 
-
Y
 
-
T
 
T
V
 
V
V
 
A
S
 
A
R
x
K
L
 
V
G
 
G
T
|
T
T
x
E
G
 
S
E
 
A
E
 
N
A
 
F
A
 
L
K
 
E
R
 
K
M
 
N
L
 
K
P
 
E
K
 
K
A
 
Y
K
 
D
F
 
Y
-
 
T
-
 
I
K
 
K
S
 
N
F
 
F
D
 
D
K
 
-
E
 
D
A
 
A
D
 
T
G
 
G
A
 
L
L
 
Y
E
 
K
V
 
A
V
 
L
-
 
E
N
 
N
G
 
G
R
 
E
A
 
A
D
 
D
A
 
A
W
 
I
V
 
V
Y
 
D
D
|
D
M
 
Y
P
 
P
F
 
-
N
 
-
V
 
V
V
 
L
F
 
G
M
 
Y
A
 
A
E
 
V
Q
 
K
G
 
N
K
 
G
D
 
Q
K
 
K
V
 
L
V
 
Q
H
 
L
L
 
V
D
 
G
K
 
D
P
 
K
F
 
E
T
 
T
Y
 
G
E
 
S
P
 
S
L
 
Y
G
 
G
F
 
F
G
 
A
I
 
V
K
 
K
K
 
K
G
 
G
-
 
Q
D
 
N
P
 
P
D
 
E
F
 
L
L
 
I
N
 
K
F
 
K
L
 
F
N
 
N
N
 
A
F
 
G
M
 
L
R
 
K
Q
 
N
I
 
L
K
 
K
N
 
D
D
 
N
G
 
G
R
 
T
Y
 
Y
D
 
D
R
 
K
I
 
I
Y
 
L
D
 
N
K
 
N
W
 
Y
M
 
L

2pvuA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
30% identity, 80% coverage: 44:261/272 of query aligns to 9:223/235 of 2pvuA

query
sites
2pvuA
V
 
V
G
 
G
F
 
T
D
 
D
A
 
A
G
 
A
Y
x
F
L
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
M
 
Y
T
 
M
D
 
Q
K
 
K
N
 
-
G
 
G
N
 
K
Y
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
I
 
L
A
 
L
K
 
D
E
 
A
M
 
V
A
 
M
R
 
K
A
 
A
M
 
A
G
 
G
V
 
L
K
 
D
F
 
Y
V
 
E
P
 
L
V
 
K
N
 
N
T
 
I
D
 
G
F
x
W
D
 
D
G
 
P
M
 
L
I
 
F
P
 
A
A
 
S
L
 
L
L
 
Q
S
 
S
D
 
K
K
 
E
F
 
V
D
 
D
I
 
M
I
 
G
I
 
I
S
 
S
G
|
G
M
x
I
T
|
T
V
 
I
T
 
T
Q
 
D
E
 
E
R
|
R
N
 
K
L
 
Q
K
 
S
I
 
Y
N
 
D
F
 
F
A
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
I
 
F
V
 
E
V
 
A
G
 
T
Q
 
Q
T
 
V
V
 
I
L
 
L
L
 
V
S
 
-
K
 
-
K
 
K
L
 
Q
E
 
G
G
 
S
K
 
P
V
 
V
K
 
K
S
 
N
W
 
A
K
 
L
D
 
D
L
 
L
N
 
K
S
 
G
P
 
K
E
 
-
Y
 
-
T
 
T
V
 
I
V
 
G
S
 
V
R
x
Q
L
 
N
G
 
A
T
|
T
T
|
T
G
 
G
E
 
Q
E
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
E
R
 
K
M
 
L
L
 
F
P
 
G
K
 
K
A
 
G
-
 
P
K
 
H
F
 
I
K
 
K
S
 
K
F
 
F
D
 
E
K
 
T
E
 
T
A
 
V
D
 
V
G
 
A
A
 
I
L
 
M
E
 
E
V
 
L
V
 
L
N
 
N
G
 
G
R
 
G
A
 
V
D
 
D
A
 
A
W
 
V
V
 
I
Y
 
T
D
|
D
M
 
N
P
 
A
F
 
V
N
 
A
V
 
N
V
 
E
F
 
Y
M
 
V
A
 
K
E
 
N
Q
 
N
G
 
P
K
 
N
D
 
K
K
 
K
V
 
L
V
 
Q
H
 
V
L
 
I
D
 
E
K
 
D
P
 
P
F
 
K
T
 
N
Y
 
F
E
 
A
P
 
S
L
 
E
G
 
Y
F
 
Y
G
 
G
-
 
M
I
 
I
K
 
F
K
 
P
G
 
K
D
 
N
P
 
S
D
 
E
F
 
L
L
 
K
N
 
A
F
 
K
L
 
V
N
 
D
N
 
E
F
 
A
M
 
L
R
 
K
Q
 
N
I
 
V
K
 
I
N
 
N
D
 
S
G
 
G
R
 
K
Y
 
Y
D
 
T
R
 
E
I
 
I
Y
 
Y
D
 
K
K
 
K
W
 
W

2q2cA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
30% identity, 80% coverage: 44:261/272 of query aligns to 5:219/231 of 2q2cA

query
sites
2q2cA
V
 
V
G
 
G
F
 
T
D
 
D
A
 
A
G
 
A
Y
x
F
L
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
M
 
Y
T
 
M
D
 
Q
K
 
K
N
 
-
G
 
G
N
 
K
Y
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
I
 
L
A
 
L
K
 
D
E
 
A
M
 
V
A
 
M
R
 
K
A
 
A
M
 
A
G
 
G
V
 
L
K
 
D
F
 
Y
V
 
E
P
 
L
V
 
K
N
 
N
T
 
I
D
 
G
F
x
W
D
 
D
G
 
P
M
 
L
I
 
F
P
 
A
A
 
S
L
 
L
L
 
Q
S
 
S
D
 
K
K
 
E
F
 
V
D
 
D
I
 
M
I
 
G
I
 
I
S
|
S
G
|
G
M
x
I
T
|
T
V
 
I
T
 
T
Q
 
D
E
 
E
R
|
R
N
 
K
L
 
Q
K
 
S
I
 
Y
N
 
D
F
 
F
A
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
I
 
F
V
 
E
V
 
A
G
 
T
Q
 
Q
T
 
V
V
 
I
L
 
L
L
 
V
S
 
-
K
 
-
K
 
K
L
 
Q
E
 
G
G
 
S
K
 
P
V
 
V
K
 
K
S
 
N
W
 
A
K
 
L
D
 
D
L
 
L
N
 
K
S
 
G
P
 
K
E
 
-
Y
 
-
T
 
T
V
 
I
V
 
G
S
 
V
R
x
Q
L
 
N
G
 
A
T
|
T
T
|
T
G
 
G
E
 
Q
E
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
E
R
 
K
M
 
L
L
 
F
P
 
G
K
 
K
A
 
G
-
 
P
K
 
H
F
 
I
K
 
K
S
 
K
F
 
F
D
 
E
K
 
T
E
 
T
A
 
V
D
 
V
G
 
A
A
 
I
L
 
M
E
 
E
V
 
L
V
 
L
N
 
N
G
 
G
R
 
G
A
 
V
D
 
D
A
 
A
W
 
V
V
 
I
Y
 
T
D
|
D
M
 
N
P
 
A
F
 
V
N
 
A
V
 
N
V
 
E
F
 
Y
M
 
V
A
 
K
E
 
N
Q
 
N
G
 
P
K
 
N
D
 
K
K
 
K
V
 
L
V
 
Q
H
 
V
L
 
I
D
 
E
K
 
D
P
 
P
F
 
K
T
 
N
Y
 
F
E
 
A
P
 
S
L
 
E
G
 
Y
F
 
Y
G
 
G
-
 
M
I
 
I
K
 
F
K
 
P
G
 
K
D
 
N
P
 
S
D
 
E
F
 
L
L
 
K
N
 
A
F
 
K
L
 
V
N
 
D
N
 
E
F
 
A
M
 
L
R
 
K
Q
 
N
I
 
V
K
 
I
N
 
N
D
 
S
G
 
G
R
 
K
Y
 
Y
D
 
T
R
 
E
I
 
I
Y
 
Y
D
 
K
K
 
K
W
 
W

2q2aA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
30% identity, 80% coverage: 44:261/272 of query aligns to 15:229/241 of 2q2aA

query
sites
2q2aA
V
 
V
G
 
G
F
 
T
D
|
D
A
 
A
G
 
A
Y
x
F
L
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
M
 
Y
T
 
M
D
 
Q
K
 
K
N
 
-
G
 
G
N
 
K
Y
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
I
 
L
A
 
L
K
 
D
E
 
A
M
 
V
A
 
M
R
 
K
A
 
A
M
 
A
G
 
G
V
 
L
K
 
D
F
 
Y
V
 
E
P
 
L
V
 
K
N
 
N
T
 
I
D
 
G
F
x
W
D
 
D
G
 
P
M
 
L
I
 
F
P
 
A
A
 
S
L
 
L
L
 
Q
S
 
S
D
 
K
K
 
E
F
 
V
D
 
D
I
 
M
I
 
G
I
 
I
S
|
S
G
|
G
M
x
I
T
|
T
V
 
I
T
 
T
Q
 
D
E
 
E
R
|
R
N
 
K
L
 
Q
K
 
S
I
 
Y
N
 
D
F
 
F
A
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
I
 
F
V
 
E
V
 
A
G
 
T
Q
 
Q
T
 
V
V
 
I
L
 
L
L
 
V
S
 
-
K
 
-
K
 
K
L
 
Q
E
 
G
G
 
S
K
 
P
V
 
V
K
 
K
S
 
N
W
 
A
K
 
L
D
 
D
L
 
L
N
 
K
S
 
G
P
 
K
E
 
-
Y
 
-
T
 
T
V
 
I
V
 
G
S
 
V
R
x
Q
L
 
N
G
 
A
T
|
T
T
|
T
G
 
G
E
 
Q
E
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
E
R
 
K
M
 
L
L
 
F
P
 
G
K
 
K
A
 
G
-
 
P
K
 
H
F
 
I
K
 
K
S
 
K
F
 
F
D
 
E
K
 
T
E
 
T
A
 
V
D
 
V
G
 
A
A
 
I
L
 
M
E
 
E
V
 
L
V
 
L
N
 
N
G
 
G
R
 
G
A
 
V
D
 
D
A
 
A
W
 
V
V
 
I
Y
 
T
D
|
D
M
 
N
P
 
A
F
 
V
N
 
A
V
 
N
V
 
E
F
 
Y
M
 
V
A
 
K
E
 
N
Q
 
N
G
 
P
K
 
N
D
 
K
K
 
K
V
 
L
V
 
Q
H
 
V
L
 
I
D
 
E
K
 
D
P
 
P
F
 
K
T
 
N
Y
 
F
E
 
A
P
 
S
L
 
E
G
 
Y
F
 
Y
G
 
G
-
 
M
I
 
I
K
 
F
K
 
P
G
 
K
D
 
N
P
 
S
D
 
E
F
 
L
L
 
K
N
 
A
F
 
K
L
 
V
N
 
D
N
 
E
F
 
A
M
 
L
R
 
K
Q
 
N
I
 
V
K
 
I
N
 
N
D
 
S
G
 
G
R
 
K
Y
 
Y
D
 
T
R
 
E
I
 
I
Y
 
Y
D
 
K
K
 
K
W
 
W

4h5fA Crystal structure of an amino acid abc transporter substrate-binding protein from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a bound to l- arginine, form 1
27% identity, 87% coverage: 30:266/272 of query aligns to 1:239/240 of 4h5fA

query
sites
4h5fA
K
 
Q
S
 
S
T
 
A
L
 
V
N
 
E
E
 
A
I
 
I
M
 
K
A
 
Q
R
 
K
G
 
G
E
 
K
L
 
L
R
 
V
V
 
V
G
 
A
F
 
T
D
x
S
A
 
P
G
x
D
Y
|
Y
L
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
-
 
F
-
 
Q
-
 
S
M
 
L
T
 
V
D
 
D
K
 
G
N
 
K
G
 
N
N
 
Q
Y
 
V
V
 
V
G
 
G
F
 
A
D
 
D
I
 
I
D
 
D
I
 
M
A
 
A
K
 
Q
E
 
A
M
 
I
A
 
A
R
 
D
A
 
E
M
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
F
 
L
V
 
E
P
 
I
V
 
L
N
 
S
T
 
M
D
 
S
F
|
F
D
 
D
G
 
N
M
 
V
I
 
L
P
 
T
A
 
S
L
 
L
L
 
Q
S
 
T
D
 
G
K
 
K
F
 
A
D
 
D
I
 
L
I
 
A
I
 
V
S
x
A
G
|
G
M
x
I
T
x
S
V
 
A
T
 
T
Q
 
D
E
 
E
R
|
R
N
 
K
L
 
E
K
 
V
I
 
F
N
 
D
F
 
F
A
 
S
D
 
I
P
 
P
Y
 
Y
I
 
Y
V
 
E
V
 
N
G
 
K
Q
 
I
T
 
S
V
 
F
L
 
L
L
 
V
S
 
H
K
 
K
K
 
-
L
 
-
E
 
-
G
 
A
K
 
D
V
 
V
K
 
E
S
 
K
W
 
Y
K
 
K
D
 
D
L
 
L
N
 
T
S
 
S
P
 
L
E
 
E
Y
 
S
T
 
A
-
 
N
V
 
I
V
 
A
S
 
A
R
x
Q
L
 
K
G
 
G
T
|
T
T
 
V
G
 
P
E
 
E
E
 
S
A
 
M
A
 
V
K
 
K
R
 
E
M
 
Q
L
 
L
P
 
P
K
 
K
A
 
A
K
 
Q
F
 
L
K
 
T
S
 
S
F
 
L
D
 
T
K
 
N
E
 
M
A
 
G
D
 
E
G
 
A
A
 
V
L
 
N
E
 
E
V
 
L
V
 
Q
N
 
A
G
 
G
R
 
K
A
 
I
D
 
D
A
 
A
W
 
V
V
 
H
Y
 
M
D
|
D
M
 
E
P
 
P
F
 
V
N
 
A
V
 
L
V
 
S
F
 
Y
M
 
A
A
 
A
E
 
K
Q
 
N
G
 
A
K
 
G
D
 
L
K
 
A
V
 
V
V
 
A
H
 
T
L
 
V
D
 
S
-
 
L
K
 
K
P
 
M
F
 
K
T
 
D
Y
 
G
E
 
D
P
 
A
L
 
N
G
 
A
F
 
V
G
 
A
I
 
L
K
 
R
K
 
K
G
 
N
D
 
S
P
 
D
D
 
D
F
 
L
L
 
K
N
 
E
F
 
V
L
 
V
N
 
D
N
 
K
F
 
V
M
 
I
R
 
Q
Q
 
K
I
 
L
K
 
K
N
 
D
D
 
E
G
 
G
R
 
T
Y
 
Y
D
 
Q
R
 
S
I
 
Y
Y
 
L
D
 
E
K
 
K
W
 
A
M
 
A
R
 
S
S
 
L
T
 
T
E
 
E

6h20A Glnh bound to asn, mycobacterium tuberculosis (see paper)
27% identity, 85% coverage: 31:262/272 of query aligns to 42:271/287 of 6h20A

query
sites
6h20A
S
 
A
T
 
A
L
 
V
N
 
A
E
 
D
I
 
I
M
 
R
A
 
A
R
 
R
G
 
G
E
 
R
L
 
L
R
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
L
D
 
D
A
 
I
G
 
G
Y
 
S
L
 
N
P
 
L
F
 
F
E
 
S
M
 
F
T
 
R
D
 
D
K
 
P
-
 
I
N
 
T
G
 
G
N
 
E
Y
 
I
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
I
 
I
A
 
A
K
 
G
E
 
E
M
 
V
A
 
A
R
 
R
A
 
-
M
 
-
G
 
D
V
 
I
K
 
F
F
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
S
N
 
H
T
 
V
D
 
E
F
 
Y
D
 
R
G
 
I
M
 
L
-
 
S
-
 
A
-
 
A
-
 
E
-
x
R
I
 
V
P
 
T
A
 
A
L
 
L
L
 
Q
S
 
K
D
 
S
K
 
Q
F
 
V
D
 
D
I
 
I
I
 
V
I
 
V
S
 
K
G
x
T
M
 
M
T
x
S
V
 
I
T
 
T
Q
 
C
E
 
E
R
|
R
N
 
R
L
 
K
K
 
L
I
 
V
N
 
N
F
 
F
A
 
S
D
 
T
P
 
V
Y
 
Y
I
 
L
V
 
D
V
 
A
G
 
N
Q
 
Q
T
 
R
V
 
I
L
 
L
L
 
A
S
 
P
K
 
R
K
 
-
L
 
-
E
 
D
G
 
S
K
 
P
V
 
I
K
 
T
S
 
K
W
 
V
K
 
S
D
 
D
L
 
L
N
 
S
S
 
G
P
 
K
E
 
R
Y
 
V
T
 
C
V
 
V
V
 
A
S
 
R
R
 
-
L
 
-
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
 
S
E
 
L
E
 
R
A
 
R
A
 
I
K
 
R
R
 
E
M
 
I
L
 
A
P
 
P
K
 
P
A
 
P
K
 
V
F
 
I
K
 
V
S
 
S
F
 
V
D
 
V
K
 
N
E
x
W
A
 
A
D
 
D
G
 
C
A
 
L
L
 
V
E
 
A
V
 
L
V
 
Q
N
 
Q
G
 
R
R
 
E
A
 
I
D
 
D
A
 
A
W
 
V
V
 
S
Y
 
T
D
|
D
M
 
-
P
 
-
F
 
-
N
 
D
V
 
T
V
 
I
F
 
L
M
 
A
A
 
G
E
 
L
Q
 
V
G
 
E
K
 
E
D
 
D
K
 
P
V
 
Y
V
 
L
H
 
H
L
 
I
D
 
V
K
 
G
P
 
P
-
 
D
F
 
M
T
 
A
Y
 
D
E
 
Q
P
 
P
L
 
Y
G
 
G
F
 
V
G
 
G
I
 
I
K
 
N
K
 
L
G
 
D
D
 
N
P
 
T
D
 
G
F
 
L
L
 
V
N
 
R
F
 
F
L
 
V
N
 
N
N
 
G
F
 
T
M
 
L
R
 
E
Q
 
R
I
 
I
K
 
R
N
 
N
D
 
D
G
 
G
R
 
T
Y
 
W
D
 
N
R
 
T
I
 
L
Y
 
Y
D
 
R
K
 
K
W
 
W
M
 
L

Query Sequence

>206398 MicrobesOnline__882:206398
MKLFRLLAAMMMAALLAAPAMAADIELAKKSTLNEIMARGELRVGFDAGYLPFEMTDKNG
NYVGFDIDIAKEMARAMGVKFVPVNTDFDGMIPALLSDKFDIIISGMTVTQERNLKINFA
DPYIVVGQTVLLSKKLEGKVKSWKDLNSPEYTVVSRLGTTGEEAAKRMLPKAKFKSFDKE
ADGALEVVNGRADAWVYDMPFNVVFMAEQGKDKVVHLDKPFTYEPLGFGIKKGDPDFLNF
LNNFMRQIKNDGRYDRIYDKWMRSTEWRSQTN

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory