SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 206697 FitnessBrowser__DvH:206697 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3o6xA Crystal structure of the type iii glutamine synthetase from bacteroides fragilis (see paper)
37% identity, 99% coverage: 5:724/726 of query aligns to 1:637/638 of 3o6xA

query
sites
3o6xA
Q
 
K
A
 
M
R
 
R
L
 
F
N
 
F
A
 
A
I
 
L
S
 
Q
A
 
E
V
 
L
T
 
S
N
 
N
Y
 
R
K
 
K
P
 
P
-
 
L
-
 
E
S
 
I
T
 
T
A
 
T
P
 
P
M
 
S
N
 
N
F
 
-
S
 
-
E
 
-
T
 
-
K
 
K
L
 
L
T
 
S
E
 
D
F
 
Y
F
 
Y
G
 
A
C
 
S
N
 
H
V
 
V
F
 
F
N
 
D
E
 
R
K
 
K
V
 
K
M
 
M
R
 
Q
E
 
E
R
 
Y
L
 
L
P
 
P
K
 
K
D
 
E
V
 
A
F
 
Y
K
 
K
S
 
A
L
 
V
Q
 
V
K
 
D
T
 
A
I
 
T
E
 
E
L
 
K
G
 
G
E
 
T
K
 
P
L
 
I
D
 
S
P
 
R
S
 
E
I
 
M
A
 
A
D
 
D
I
 
L
V
 
I
A
 
A
N
 
N
T
 
G
M
 
M
K
 
K
D
 
S
W
 
W
A
 
A
I
 
K
E
 
S
K
 
L
G
 
N
A
 
V
T
 
T
H
 
H
F
 
Y
T
 
T
H
 
H
V
 
W
F
 
F
Y
 
Q
P
 
P
L
 
L
T
 
T
G
 
-
L
 
-
T
 
-
A
 
-
E
 
-
K
 
K
H
 
H
D
 
D
S
 
G
F
 
F
L
 
I
T
 
E
P
 
F
D
 
G
G
 
E
K
 
D
G
 
G
G
 
E
A
 
V
L
 
I
A
 
E
E
 
R
F
 
F
S
 
S
G
 
G
K
 
K
M
 
L
L
 
L
I
 
-
Q
 
-
G
 
-
E
 
-
P
 
-
D
 
-
A
 
-
S
 
-
S
 
-
F
 
-
P
 
-
S
 
-
G
 
-
G
 
-
L
 
-
R
 
-
S
 
-
T
 
-
F
 
-
E
 
-
A
 
-
R
 
-
G
 
-
Y
 
-
T
 
T
A
 
A
W
 
W
D
 
D
V
 
G
T
 
S
S
 
S
P
 
P
A
 
A
Y
 
F
I
 
V
L
 
V
E
 
D
N
 
-
P
 
-
N
 
-
G
 
-
T
 
T
F
 
T
L
 
L
C
 
C
I
 
I
P
 
P
T
 
T
A
 
I
F
 
F
L
 
I
S
 
-
W
 
-
T
 
-
G
 
-
E
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
D
K
 
Y
K
 
K
T
 
T
P
 
P
L
 
L
L
 
L
R
 
K
S
 
A
M
 
L
Q
 
A
A
 
A
L
 
V
N
 
D
T
 
K
Q
 
A
A
 
A
K
 
T
R
 
E
V
 
V
L
 
C
K
 
Q
L
 
L
F
 
F
G
 
D
I
 
-
E
 
K
T
 
N
K
 
I
L
 
T
P
 
R
V
 
V
I
 
F
A
 
T
F
 
N
A
 
L
G
 
G
P
 
W
E
|
E
Q
 
Q
E
|
E
Y
 
Y
F
 
F
L
 
L
I
 
V
D
 
D
R
 
T
N
 
S
F
 
L
A
 
Y
F
 
N
S
 
A
R
 
R
P
 
P
D
 
D
L
 
L
L
 
R
I
 
L
A
 
T
G
 
G
R
 
R
S
 
T
L
 
L
F
 
M
G
 
G
A
 
H
R
 
S
P
 
-
P
 
-
K
 
-
G
 
-
Q
 
-
E
 
-
F
 
-
E
 
-
D
 
-
Q
 
-
Y
 
-
F
 
-
G
 
-
V
 
-
I
 
I
P
 
P
R
 
P
R
 
R
V
 
V
L
 
T
A
 
A
F
 
F
M
 
M
M
 
K
E
 
E
V
 
L
E
 
E
R
 
I
E
 
E
L
 
C
Y
 
H
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
I
P
 
P
V
 
V
K
 
K
T
 
T
R
 
R
H
 
H
N
 
N
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
S
 
N
Q
 
Q
Y
 
F
E
|
E
I
 
L
A
 
A
P
 
P
I
 
I
Y
x
F
E
 
E
T
 
N
G
 
C
N
 
N
L
 
L
A
 
A
T
 
N
D
 
D
H
 
H
N
 
N
Q
 
Q
I
 
L
I
 
V
M
 
M
T
 
D
T
 
L
L
 
M
R
 
K
S
 
R
V
 
I
A
 
A
K
 
R
R
 
K
Y
 
H
G
 
H
M
 
F
L
 
A
C
 
V
L
 
L
L
 
F
H
 
H
E
 
E
K
 
K
P
 
P
F
 
Y
A
 
N
G
 
G
I
 
V
N
 
N
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
 
K
H
|
H
L
 
N
N
|
N
Y
 
W
S
|
S
I
 
L
G
 
C
N
 
T
A
 
D
E
 
T
L
 
G
G
 
I
S
 
N
L
 
L
F
 
F
D
 
A
P
 
P
G
 
G
D
 
K
T
 
N
P
 
P
H
 
K
E
 
G
N
 
N
A
 
M
K
 
L
F
 
F
L
 
L
V
 
T
F
 
F
C
 
L
A
 
V
A
 
N
A
 
V
I
 
L
R
 
M
A
 
M
L
 
V
H
 
H
K
 
K
F
 
N
G
 
Q
P
 
D
M
 
L
L
 
L
R
 
R
A
 
A
T
 
S
V
 
I
A
 
M
S
 
S
A
 
A
S
 
G
N
 
N
D
 
S
H
 
H
R
|
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
E
|
E
A
 
A
P
 
P
P
 
P
A
 
A
I
 
I
M
 
L
S
 
S
M
 
I
Y
 
F
L
 
L
G
 
G
E
 
S
Q
 
Q
L
 
L
T
 
S
D
 
A
V
 
T
F
 
L
E
 
D
Q
 
E
F
 
I
K
 
-
Q
 
-
G
 
-
K
 
-
V
 
-
N
 
-
G
 
-
C
 
-
K
 
-
Q
 
-
K
 
-
C
 
-
V
 
-
M
 
-
N
 
-
V
 
-
G
 
-
V
 
-
D
 
-
T
 
-
L
 
-
P
 
-
P
 
-
L
 
-
P
 
-
R
 
-
D
 
-
P
 
-
G
 
-
D
 
-
R
 
R
N
 
N
R
|
R
T
 
T
S
 
S
P
 
P
F
 
F
A
 
A
F
 
F
T
 
T
G
 
G
N
 
N
R
|
R
F
 
F
E
|
E
F
 
F
R
 
R
A
 
A
V
 
A
G
 
G
S
 
S
S
 
S
M
 
A
S
 
N
I
 
C
A
 
A
G
 
A
S
 
A
Q
 
M
V
 
I
A
 
A
L
 
I
N
 
N
T
 
A
M
 
A
M
 
M
A
 
A
D
 
N
S
 
Q
L
 
L
D
 
N
Y
 
E
I
 
F
A
 
K
S
 
A
E
 
S
L
 
V
E
 
D
K
 
K
A
 
-
I
 
-
G
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
-
S
 
-
K
 
-
L
 
-
N
 
D
E
 
E
A
 
A
V
 
I
Q
 
F
S
 
R
L
 
I
L
 
L
Q
 
K
K
 
E
I
 
N
M
 
I
V
 
I
E
 
A
H
 
S
E
 
E
A
 
L
I
 
I
I
 
R
F
 
F
N
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
E
 
E
A
 
E
W
 
W
H
 
K
K
 
Q
E
 
E
A
 
A
E
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
L
P
 
T
N
 
N
L
 
I
R
 
C
T
 
H
T
 
V
P
 
P
D
 
E
A
 
A
L
 
L
P
 
M
M
 
H
L
 
Y
T
 
M
K
 
D
P
 
N
E
 
Q
V
 
S
I
 
R
E
 
A
L
 
V
F
 
L
T
 
I
K
 
G
Y
 
E
G
 
R
V
 
I
F
 
F
S
 
N
E
 
E
A
 
T
E
 
E
L
 
L
R
 
A
S
 
C
R
 
R
E
 
L
E
 
E
I
 
V
Y
 
E
L
 
L
E
 
E
Q
 
K
Y
 
Y
C
 
T
K
 
M
T
 
K
V
 
V
K
 
Q
T
 
I
E
 
E
A
 
S
N
 
R
L
 
V
V
 
L
I
 
G
R
 
D
M
 
L
A
 
A
R
 
I
T
 
N
I
 
H
I
 
I
F
 
V
P
 
P
A
 
I
A
 
A
M
 
V
R
 
S
Y
 
Y
Q
 
Q
G
 
N
E
 
R
L
 
L
A
 
L
T
 
E
T
 
N
C
 
L
A
 
C
N
 
R
L
 
M
K
 
K
A
 
E
-
 
I
-
 
F
A
 
S
G
 
E
H
 
E
D
 
E
Y
 
Y
Q
 
E
M
 
V
V
 
M
T
 
S
-
 
A
-
 
D
-
 
R
-
 
K
-
 
E
-
 
L
L
 
I
E
 
K
D
 
E
V
 
I
T
 
S
A
 
H
K
 
R
L
 
V
R
 
S
S
 
A
M
 
I
Q
 
K
-
 
V
-
 
L
-
 
V
K
 
R
A
 
D
A
 
M
N
 
T
E
 
E
L
 
A
E
 
R
K
 
K
L
 
V
L
 
A
D
 
N
H
 
H
E
 
K
A
 
-
A
 
E
S
 
N
V
 
F
L
 
K
E
 
E
E
 
K
A
 
A
R
 
F
H
 
A
M
 
Y
C
 
E
D
 
E
A
 
T
I
 
V
L
 
R
P
 
P
A
 
Y
M
 
L
N
 
E
D
 
S
V
 
I
R
 
R
K
 
D
W
 
H
A
 
I
D
 
D
S
 
H
L
 
L
E
 
E
T
 
M
I
 
E
V
 
I
A
 
D
D
 
D
D
 
E
L
 
I
W
 
W
S
 
P
L
 
L
P
 
P
S
 
K
Y
 
Y
Q
 
R
E
 
E
M
 
L
L
 
L
F
 
F

7tf9S L. Monocytogenes gs(14)-q-glnr peptide (see paper)
31% identity, 20% coverage: 222:366/726 of query aligns to 129:259/443 of 7tf9S

query
sites
7tf9S
G
 
G
P
 
P
E
|
E
Q
 
P
E
|
E
Y
 
F
F
 
F
L
 
L
-
 
F
-
 
K
I
 
L
D
 
D
R
 
E
N
 
N
F
 
-
A
 
-
F
 
-
S
 
R
R
 
R
P
 
P
D
 
T
L
 
L
L
 
E
I
 
L
A
 
N
G
 
D
R
 
S
S
 
G
L
 
G
F
x
Y
G
 
F
A
 
D
R
 
L
P
 
A
P
 
P
K
 
T
G
 
D
Q
 
-
E
 
-
F
 
-
E
 
-
D
 
-
Q
 
-
Y
 
-
F
 
L
G
 
G
V
 
E
I
 
N
P
 
C
R
 
R
R
 
R
V
 
D
L
 
I
A
 
V
F
 
L
M
 
-
M
 
-
E
 
-
V
 
-
E
 
-
R
 
-
E
 
E
L
 
L
Y
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
V
 
F
P
 
E
V
 
I
K
 
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
S
 
G
Q
 
Q
Y
 
H
E
|
E
I
 
I
A
 
D
P
 
F
I
 
K
Y
 
Y
E
 
E
T
 
D
G
 
A
N
 
I
L
 
T
A
 
A
T
 
C
D
 
D
H
 
S
N
 
I
Q
 
Q
I
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
L
T
 
V
L
 
V
R
 
K
S
 
T
V
 
I
A
 
A
K
 
R
R
 
K
Y
 
H
G
 
G
M
 
L
L
 
H
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
I
 
V
N
 
N
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
 
M
H
|
H
L
 
F
N
 
N
Y
 
M
S
 
S
I
 
L
G
 
F
N
 
N
A
 
E
E
 
K
L
 
G
G
 
N
S
 
A
L
 
F
F
 
F
D
 
D

Sites not aligning to the query:

7tenA Glutamine synthetase (see paper)
31% identity, 20% coverage: 222:366/726 of query aligns to 128:258/442 of 7tenA

query
sites
7tenA
G
|
G
P
 
P
E
|
E
Q
 
P
E
|
E
Y
 
F
F
 
F
L
 
L
-
 
F
-
 
K
I
 
L
D
 
D
R
 
E
N
 
N
F
 
-
A
 
-
F
 
-
S
 
R
R
 
R
P
 
P
D
 
T
L
 
L
L
 
E
I
 
L
A
 
N
G
 
D
R
 
S
S
 
G
L
 
G
F
 
Y
G
 
F
A
 
D
R
 
L
P
 
A
P
 
P
K
 
T
G
 
D
Q
 
-
E
 
-
F
 
-
E
 
-
D
 
-
Q
 
-
Y
 
-
F
 
L
G
 
G
V
 
E
I
 
N
P
 
C
R
 
R
R
 
R
V
 
D
L
 
I
A
 
V
F
 
L
M
 
-
M
 
-
E
 
-
V
 
-
E
 
-
R
 
-
E
 
E
L
 
L
Y
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
V
 
F
P
 
E
V
 
I
K
x
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
S
 
G
Q
 
Q
Y
 
H
E
|
E
I
 
I
A
x
D
P
x
F
I
x
K
Y
|
Y
E
 
E
T
 
D
G
 
A
N
 
I
L
 
T
A
 
A
T
 
C
D
 
D
H
 
S
N
 
I
Q
 
Q
I
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
L
T
 
V
L
 
V
R
 
K
S
 
T
V
 
I
A
 
A
K
 
R
R
 
K
Y
 
H
G
 
G
M
 
L
L
 
H
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
I
 
V
N
|
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
L
 
F
N
|
N
Y
 
M
S
|
S
I
 
L
G
 
F
N
 
N
A
 
E
E
 
K
L
 
G
G
 
N
S
 
A
L
 
F
F
 
F
D
 
D

Sites not aligning to the query:

4lnkA B. Subtilis glutamine synthetase structures reveal large active site conformational changes and basis for isoenzyme specific regulation: structure of gs-glutamate-amppcp complex (see paper)
25% identity, 32% coverage: 281:511/726 of query aligns to 174:362/443 of 4lnkA

query
sites
4lnkA
E
 
E
L
 
L
Y
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
V
 
F
P
 
E
V
 
I
K
 
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
|
V
A
 
A
P
 
P
S
 
G
Q
 
Q
Y
 
H
E
|
E
I
 
I
A
 
D
P
x
F
I
 
K
Y
|
Y
E
 
A
T
 
G
G
 
A
N
 
V
L
 
R
A
 
S
T
 
C
D
 
D
H
 
D
N
 
I
Q
 
Q
I
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
L
T
 
V
L
 
V
R
 
K
S
 
T
V
 
I
A
 
A
K
 
R
R
 
K
Y
 
H
G
 
G
M
 
L
L
 
H
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
I
 
V
N
|
N
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
 
M
H
|
H
L
 
C
N
|
N
Y
 
L
S
|
S
I
 
L
G
 
F
N
 
K
A
 
N
E
 
G
L
 
V
G
 
N
S
 
A
L
 
F
F
 
F
D
 
D
P
 
-
G
 
-
D
 
-
T
 
-
P
 
-
H
 
-
E
 
E
N
 
N
A
 
A
K
 
D
F
 
L
L
 
Q
V
 
L
-
 
S
-
 
E
-
 
T
-
 
A
-
 
K
-
 
H
F
 
F
C
 
I
A
 
A
A
 
G
A
 
I
I
 
V
R
 
K
A
 
H
L
 
A
H
 
T
K
 
S
F
 
F
G
 
T
P
 
A
M
 
V
L
 
T
R
 
N
A
 
P
T
 
T
V
 
V
A
 
N
S
 
S
A
 
Y
S
 
K
N
 
-
D
 
-
H
 
-
R
 
R
L
 
L
G
 
-
A
 
-
N
 
-
E
 
-
A
 
-
P
 
-
P
 
-
A
 
-
I
 
-
M
 
-
S
 
-
M
 
-
Y
 
-
L
 
-
G
 
-
E
 
-
Q
 
-
L
 
-
T
 
-
D
 
-
V
 
-
F
 
-
E
 
-
Q
 
-
F
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
-
K
 
-
V
 
V
N
 
P
G
 
G
C
 
Y
K
x
E
Q
 
A
K
 
P
C
 
C
V
 
Y
M
 
V
N
 
A
V
 
W
G
 
S
V
 
A
D
 
Q
T
 
N
L
x
R
P
 
S
P
 
P
L
 
L
P
 
I
R
 
R
D
 
I
P
 
P
G
 
A
D
x
S
R
 
R
N
 
G
R
 
I
T
x
S
S
 
T
P
 
-
F
 
-
A
 
-
F
 
-
T
 
-
G
 
-
N
 
-
R
|
R
F
 
V
E
|
E
F
 
V
R
|
R
A
 
S
V
 
V
G
 
D
S
 
P
S
 
A
M
 
-
S
 
-
I
 
-
A
 
A
G
 
N
S
 
P
Q
 
Y
V
 
L
A
 
A
L
 
L
N
 
S
T
 
V
M
 
L
M
 
L
A
 
A
D
 
A
S
 
G
L
 
L
D
 
D
Y
 
G
I
 
I
A
 
K
S
 
N
E
 
K
L
 
L
E
 
E

Sites not aligning to the query:

4lniA B. Subtilis glutamine synthetase structures reveal large active site conformational changes and basis for isoenzyme specific regulation: structure of the transition state complex (see paper)
25% identity, 32% coverage: 281:511/726 of query aligns to 174:362/443 of 4lniA

query
sites
4lniA
E
 
E
L
 
L
Y
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
V
 
F
P
 
E
V
 
I
K
x
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
S
 
G
Q
 
Q
Y
 
H
E
|
E
I
 
I
A
x
D
P
 
F
I
 
K
Y
|
Y
E
 
A
T
 
G
G
 
A
N
 
V
L
 
R
A
 
S
T
 
C
D
 
D
H
 
D
N
 
I
Q
 
Q
I
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
L
T
 
V
L
 
V
R
 
K
S
 
T
V
 
I
A
 
A
K
 
R
R
 
K
Y
 
H
G
 
G
M
 
L
L
 
H
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
I
 
V
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
L
 
C
N
|
N
Y
 
L
S
|
S
I
 
L
G
 
F
N
 
K
A
 
N
E
 
G
L
 
V
G
 
N
S
 
A
L
 
F
F
 
F
D
 
D
P
 
-
G
 
-
D
 
-
T
 
-
P
 
-
H
 
-
E
 
E
N
 
N
A
 
A
K
 
D
F
 
L
L
 
Q
V
 
L
-
 
S
-
 
E
-
 
T
-
 
A
-
 
K
-
 
H
F
 
F
C
 
I
A
 
A
A
 
G
A
 
I
I
 
V
R
 
K
A
 
H
L
 
A
H
 
T
K
 
S
F
 
F
G
 
T
P
 
A
M
 
V
L
 
T
R
 
N
A
 
P
T
 
T
V
 
V
A
 
N
S
 
S
A
 
Y
S
 
K
N
 
-
D
 
-
H
 
-
R
|
R
L
 
L
G
 
-
A
 
-
N
 
-
E
 
-
A
 
-
P
 
-
P
 
-
A
 
-
I
 
-
M
 
-
S
 
-
M
 
-
Y
 
-
L
 
-
G
 
-
E
 
-
Q
 
-
L
 
-
T
 
-
D
 
-
V
 
-
F
 
-
E
 
-
Q
 
-
F
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
-
K
 
-
V
 
V
N
 
P
G
 
G
C
 
Y
K
x
E
Q
 
A
K
 
P
C
 
C
V
 
Y
M
 
V
N
 
A
V
 
W
G
 
S
V
 
A
D
 
Q
T
 
N
L
x
R
P
 
S
P
 
P
L
 
L
P
 
I
R
|
R
D
 
I
P
 
P
G
 
A
D
 
S
R
 
R
N
 
G
R
 
I
T
 
S
S
 
T
P
 
-
F
 
-
A
 
-
F
 
-
T
 
-
G
 
-
N
 
-
R
|
R
F
 
V
E
|
E
F
 
V
R
|
R
A
 
S
V
 
V
G
 
D
S
 
P
S
 
A
M
 
-
S
 
-
I
 
-
A
 
A
G
 
N
S
 
P
Q
 
Y
V
 
L
A
 
A
L
 
L
N
 
S
T
 
V
M
 
L
M
 
L
A
 
A
D
 
A
S
 
G
L
 
L
D
 
D
Y
 
G
I
 
I
A
 
K
S
 
N
E
 
K
L
 
L
E
 
E

Sites not aligning to the query:

P12425 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I alpha; GSI alpha; EC 6.3.1.2 from Bacillus subtilis (strain 168) (see 5 papers)
25% identity, 32% coverage: 281:511/726 of query aligns to 175:363/444 of P12425

query
sites
P12425
E
 
E
L
 
L
Y
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
V
 
F
P
 
E
V
 
I
K
 
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
|
V
A
 
A
P
 
P
S
 
G
Q
 
Q
Y
 
H
E
|
E
I
 
I
A
 
D
P
 
F
I
 
K
Y
 
Y
E
 
A
T
 
G
G
 
A
N
 
V
L
 
R
A
 
S
T
 
C
D
 
D
H
 
D
N
 
I
Q
 
Q
I
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
L
T
 
V
L
 
V
R
 
K
S
 
T
V
 
I
A
 
A
K
 
R
R
 
K
Y
 
H
G
 
G
M
 
L
L
 
H
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
I
 
V
N
 
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
L
 
C
N
 
N
Y
 
L
S
 
S
I
 
L
G
 
F
N
 
K
A
 
N
E
 
G
L
 
V
G
 
N
S
 
A
L
 
F
F
 
F
D
 
D
P
 
-
G
 
-
D
 
-
T
 
-
P
 
-
H
 
-
E
 
E
N
 
N
A
 
A
K
 
D
F
 
L
L
 
Q
V
 
L
-
 
S
-
 
E
-
 
T
-
 
A
-
 
K
-
 
H
F
 
F
C
 
I
A
 
A
A
 
G
A
 
I
I
 
V
R
 
K
A
 
H
L
 
A
H
 
T
K
 
S
F
 
F
G
 
T
P
 
A
M
 
V
L
 
T
R
 
N
A
 
P
T
 
T
V
 
V
A
 
N
S
 
S
A
 
Y
S
 
K
N
 
-
D
 
-
H
 
-
R
 
R
L
 
L
G
 
-
A
 
-
N
 
-
E
 
-
A
 
-
P
 
-
P
 
-
A
 
-
I
 
-
M
 
-
S
 
-
M
 
-
Y
 
-
L
 
-
G
 
-
E
 
-
Q
 
-
L
 
-
T
 
-
D
 
-
V
 
-
F
 
-
E
 
-
Q
 
-
F
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
-
K
 
-
V
 
V
N
 
P
G
|
G
C
 
Y
K
x
E
Q
 
A
K
x
P
C
 
C
V
 
Y
M
 
V
N
 
A
V
 
W
G
 
S
V
 
A
D
 
Q
T
 
N
L
 
R
P
 
S
P
 
P
L
 
L
P
 
I
R
 
R
D
 
I
P
 
P
G
 
A
D
 
S
R
 
R
N
 
G
R
 
I
T
 
S
S
 
T
P
 
-
F
 
-
A
 
-
F
 
-
T
 
-
G
 
-
N
 
-
R
 
R
F
 
V
E
|
E
F
 
V
R
 
R
A
 
S
V
 
V
G
 
D
S
 
P
S
 
A
M
 
-
S
 
-
I
 
-
A
 
A
G
 
N
S
 
P
Q
 
Y
V
 
L
A
 
A
L
 
L
N
 
S
T
 
V
M
 
L
M
 
L
A
 
A
D
 
A
S
 
G
L
 
L
D
 
D
Y
 
G
I
 
I
A
 
K
S
 
N
E
 
K
L
 
L
E
 
E

Sites not aligning to the query:

4s0rD Structure of gs-tnra complex (see paper)
25% identity, 32% coverage: 281:511/726 of query aligns to 178:366/447 of 4s0rD

query
sites
4s0rD
E
 
E
L
 
L
Y
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
V
 
F
P
 
E
V
 
I
K
 
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
S
 
G
Q
 
Q
Y
 
H
E
|
E
I
 
I
A
 
D
P
 
F
I
 
K
Y
 
Y
E
 
A
T
 
G
G
 
A
N
 
V
L
 
R
A
 
S
T
 
C
D
 
D
H
 
D
N
 
I
Q
 
Q
I
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
L
T
 
V
L
 
V
R
 
K
S
 
T
V
 
I
A
 
A
K
 
R
R
 
K
Y
 
H
G
 
G
M
 
L
L
 
H
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
|
G
I
x
V
N
|
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
L
 
C
N
 
N
Y
 
L
S
 
S
I
 
L
G
 
F
N
 
K
A
 
N
E
 
G
L
 
V
G
 
N
S
 
A
L
 
F
F
 
F
D
 
D
P
 
-
G
 
-
D
 
-
T
 
-
P
 
-
H
 
-
E
 
E
N
 
N
A
 
A
K
 
D
F
 
L
L
 
Q
V
 
L
-
 
S
-
 
E
-
 
T
-
 
A
-
 
K
-
 
H
F
 
F
C
 
I
A
 
A
A
 
G
A
 
I
I
 
V
R
 
K
A
 
H
L
 
A
H
 
T
K
 
S
F
 
F
G
 
T
P
 
A
M
 
V
L
 
T
R
 
N
A
 
P
T
 
T
V
 
V
A
 
N
S
 
S
A
 
Y
S
 
K
N
 
-
D
 
-
H
 
-
R
|
R
L
 
L
G
 
-
A
 
-
N
 
-
E
 
-
A
 
-
P
 
-
P
 
-
A
 
-
I
 
-
M
 
-
S
 
-
M
 
-
Y
 
-
L
 
-
G
 
-
E
 
-
Q
 
-
L
 
-
T
 
-
D
 
-
V
 
-
F
 
-
E
 
-
Q
 
-
F
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
-
K
 
-
V
 
V
N
 
P
G
|
G
C
x
Y
K
x
E
Q
 
A
K
 
P
C
 
C
V
 
Y
M
 
V
N
 
A
V
 
W
G
 
S
V
 
A
D
 
Q
T
 
N
L
x
R
P
 
S
P
 
P
L
 
L
P
 
I
R
 
R
D
 
I
P
 
P
G
 
A
D
 
S
R
 
R
N
 
G
R
 
I
T
 
S
S
 
T
P
 
-
F
 
-
A
 
-
F
 
-
T
 
-
G
 
-
N
 
-
R
 
R
F
 
V
E
|
E
F
 
V
R
|
R
A
 
S
V
 
V
G
 
D
S
 
P
S
 
A
M
 
-
S
 
-
I
 
-
A
 
A
G
 
N
S
 
P
Q
 
Y
V
 
L
A
 
A
L
 
L
N
 
S
T
 
V
M
 
L
M
 
L
A
 
A
D
 
A
S
 
G
L
 
L
D
 
D
Y
 
G
I
 
I
A
 
K
S
 
N
E
 
K
L
 
L
E
 
E

Sites not aligning to the query:

7tf6A Glutamine synthetase (see paper)
33% identity, 12% coverage: 281:367/726 of query aligns to 169:255/438 of 7tf6A

query
sites
7tf6A
E
 
E
L
 
L
Y
 
E
K
 
D
L
 
M
G
 
G
V
 
F
P
 
D
V
 
I
K
 
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
S
 
G
Q
 
Q
Y
 
H
E
|
E
I
 
I
A
 
D
P
 
F
I
 
K
Y
 
Y
E
 
A
T
 
D
G
 
A
N
 
V
L
 
T
A
 
A
T
 
C
D
 
D
H
 
N
N
 
I
Q
 
Q
I
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
L
T
 
V
L
 
V
R
 
K
S
 
T
V
 
I
A
 
A
K
 
R
R
 
K
Y
 
H
G
 
N
M
 
L
L
 
H
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
|
G
I
 
V
N
|
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
L
 
F
N
 
N
Y
 
V
S
 
S
I
 
L
G
 
F
N
 
K
A
 
G
E
 
K
L
 
E
G
 
N
S
 
A
L
 
F
F
 
F
D
 
D
P
 
P

Sites not aligning to the query:

7tdvC Glutamine synthetase (see paper)
33% identity, 12% coverage: 281:367/726 of query aligns to 174:260/443 of 7tdvC

query
sites
7tdvC
E
 
E
L
 
L
Y
 
E
K
 
D
L
 
M
G
 
G
V
 
F
P
 
D
V
 
I
K
x
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
S
 
G
Q
 
Q
Y
 
H
E
|
E
I
 
I
A
x
D
P
x
F
I
x
K
Y
|
Y
E
 
A
T
 
D
G
 
A
N
 
V
L
 
T
A
 
A
T
 
C
D
 
D
H
 
N
N
 
I
Q
 
Q
I
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
L
T
 
V
L
 
V
R
 
K
S
 
T
V
 
I
A
 
A
K
 
R
R
 
K
Y
 
H
G
 
N
M
 
L
L
 
H
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
I
 
V
N
 
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
L
 
F
N
|
N
Y
x
V
S
|
S
I
 
L
G
 
F
N
 
K
A
 
G
E
 
K
L
 
E
G
 
N
S
 
A
L
 
F
F
 
F
D
 
D
P
 
P

Sites not aligning to the query:

8oooA Glutamine synthetase from methanothermococcus thermolithotrophicus in complex with 2-oxoglutarate and mgatp at 2.15 a resolution (see paper)
30% identity, 19% coverage: 220:356/726 of query aligns to 132:254/447 of 8oooA

query
sites
8oooA
F
 
F
A
 
V
G
 
G
P
 
P
E
|
E
Q
 
P
E
 
E
Y
 
F
F
 
F
L
 
L
I
 
L
D
 
K
R
 
K
N
 
D
F
 
P
A
 
-
F
 
-
S
 
H
R
 
N
P
 
P
D
 
H
L
 
K
L
 
Y
I
 
I
A
 
P
G
 
A
R
 
D
S
 
D
L
 
-
F
 
-
G
 
-
A
 
-
R
 
-
P
 
-
P
 
-
K
 
-
G
 
G
Q
 
G
E
 
Y
F
 
F
E
 
D
D
 
L
Q
 
E
Y
 
P
F
 
M
G
 
D
V
 
E
I
 
A
P
|
P
-
 
D
-
 
I
R
|
R
R
|
R
V
 
D
L
 
I
A
 
V
F
 
F
M
 
A
M
 
L
E
 
E
V
 
-
E
 
-
R
 
-
E
 
-
L
 
-
Y
 
-
K
 
N
L
 
L
G
 
G
V
 
F
P
 
H
V
 
V
K
x
E
T
 
A
R
x
S
H
 
H
N
 
H
E
 
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
S
 
G
Q
 
Q
Y
 
H
E
 
E
I
 
V
A
 
D
P
x
F
I
x
K
Y
x
F
E
 
D
T
 
D
G
 
A
N
 
L
L
 
K
A
 
T
T
 
A
D
 
D
H
 
S
N
 
V
Q
 
I
I
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
I
R
 
K
S
 
T
V
 
I
A
 
A
K
 
E
R
 
Q
Y
 
H
G
 
G
M
 
L
L
 
K
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
F
A
 
F
G
 
G
I
 
M
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
 
H
L
 
C
N
x
H
Y
 
Q
S
|
S
I
 
I

Sites not aligning to the query:

8ooqB Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus (see paper)
30% identity, 19% coverage: 220:356/726 of query aligns to 131:253/446 of 8ooqB

query
sites
8ooqB
F
 
F
A
 
V
G
 
G
P
 
P
E
 
E
Q
 
P
E
|
E
Y
 
F
F
 
F
L
 
L
I
 
L
D
 
K
R
 
K
N
 
D
F
 
P
A
 
-
F
 
-
S
 
H
R
 
N
P
 
P
D
 
H
L
 
K
L
 
Y
I
 
I
A
 
P
G
 
A
R
 
D
S
 
D
L
 
-
F
 
-
G
 
-
A
 
-
R
 
-
P
 
-
P
 
-
K
 
-
G
 
G
Q
 
G
E
 
Y
F
 
F
E
 
D
D
 
L
Q
 
E
Y
 
P
F
 
M
G
 
D
V
 
E
I
 
A
P
|
P
-
 
D
-
 
I
R
|
R
R
|
R
V
 
D
L
 
I
A
 
V
F
 
F
M
 
A
M
 
L
E
 
E
V
 
-
E
 
-
R
 
-
E
 
-
L
 
-
Y
 
-
K
 
N
L
 
L
G
 
G
V
 
F
P
 
H
V
 
V
K
 
E
T
 
A
R
x
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
S
 
G
Q
 
Q
Y
 
H
E
|
E
I
 
V
A
 
D
P
 
F
I
 
K
Y
 
F
E
 
D
T
 
D
G
 
A
N
 
L
L
 
K
A
 
T
T
 
A
D
 
D
H
 
S
N
 
V
Q
 
I
I
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
I
R
 
K
S
 
T
V
 
I
A
 
A
K
 
E
R
 
Q
Y
 
H
G
 
G
M
 
L
L
 
K
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
F
A
 
F
G
 
G
I
 
M
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
 
H
L
 
C
N
 
H
Y
 
Q
S
 
S
I
 
I

Sites not aligning to the query:

7tfaB Glutamine synthetase (see paper)
31% identity, 13% coverage: 277:369/726 of query aligns to 168:260/441 of 7tfaB

query
sites
7tfaB
E
 
E
V
 
I
E
 
V
R
 
L
E
 
K
L
 
L
Y
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
V
 
F
P
 
E
V
 
I
K
 
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
|
V
A
 
A
P
 
P
S
 
G
Q
 
Q
Y
 
H
E
|
E
I
 
I
A
 
D
P
 
F
I
 
K
Y
 
Y
E
 
A
T
 
D
G
 
A
N
 
V
L
 
K
A
 
A
T
 
A
D
 
D
H
 
Q
N
 
I
Q
 
Q
I
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
L
T
 
V
L
 
V
R
 
K
S
 
T
V
 
I
A
 
A
K
 
R
R
 
Q
Y
 
H
G
 
G
M
 
L
L
 
H
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
I
 
V
N
|
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
L
 
C
N
 
N
Y
 
Q
S
 
S
I
 
L
G
 
F
N
 
K
A
 
D
E
 
N
L
 
E
G
 
N
S
 
V
L
 
F
F
 
Y
D
 
D
P
 
E
G
 
T
D
 
D

Sites not aligning to the query:

7tdpA Structure of paenibacillus polymyxa gs bound to met-sox-p-adp (transition state complex) to 1.98 angstom (see paper)
31% identity, 13% coverage: 277:369/726 of query aligns to 166:258/439 of 7tdpA

query
sites
7tdpA
E
 
E
V
 
I
E
 
V
R
 
L
E
 
K
L
 
L
Y
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
V
 
F
P
 
E
V
 
I
K
x
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
S
 
G
Q
 
Q
Y
 
H
E
|
E
I
 
I
A
x
D
P
 
F
I
 
K
Y
|
Y
E
 
A
T
 
D
G
 
A
N
 
V
L
 
K
A
 
A
T
 
A
D
 
D
H
 
Q
N
 
I
Q
 
Q
I
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
L
T
 
V
L
 
V
R
 
K
S
 
T
V
 
I
A
 
A
K
 
R
R
 
Q
Y
 
H
G
 
G
M
 
L
L
 
H
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
I
 
V
N
 
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
L
 
C
N
|
N
Y
 
Q
S
|
S
I
 
L
G
 
F
N
 
K
A
 
D
E
 
N
L
 
E
G
 
N
S
 
V
L
 
F
F
 
Y
D
 
D
P
 
E
G
 
T
D
 
D

Sites not aligning to the query:

8ooxB Glutamine synthetase (see paper)
29% identity, 24% coverage: 214:385/726 of query aligns to 117:272/438 of 8ooxB

query
sites
8ooxB
K
 
K
L
 
L
P
 
G
V
 
Y
I
 
V
A
 
M
F
 
N
A
 
T
G
 
G
P
 
P
E
 
E
Q
 
M
E
|
E
Y
 
F
F
 
F
L
 
L
I
 
-
D
 
-
R
 
-
N
 
-
F
 
-
A
 
-
F
 
F
S
 
K
R
 
R
P
 
Q
D
 
D
L
 
-
L
 
-
I
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
S
 
-
L
 
-
F
 
-
G
 
-
A
 
G
R
 
M
P
 
P
P
 
T
K
 
N
G
 
I
Q
 
P
E
 
Q
F
 
D
E
 
R
D
 
G
Q
 
G
Y
 
Y
F
 
F
G
 
D
V
 
L
I
 
A
P
 
P
R
 
-
R
 
-
V
 
-
L
 
I
A
 
D
F
 
L
M
 
A
M
 
E
E
 
E
V
 
I
E
 
K
R
 
R
E
 
E
-
 
I
-
 
V
-
 
L
-
 
V
L
 
L
Y
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
V
 
F
P
 
E
V
 
V
K
 
E
T
 
A
R
 
A
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
F
S
 
G
Q
 
Q
Y
 
H
E
|
E
I
 
I
A
 
D
P
 
F
I
 
K
Y
 
Y
E
 
D
T
 
N
G
 
A
N
 
-
L
 
L
A
 
A
T
 
T
D
 
A
H
 
D
N
 
N
Q
 
V
I
 
I
I
 
T
M
 
L
T
 
K
T
 
Y
L
 
V
-
 
A
R
 
K
S
 
T
V
 
L
A
 
A
K
 
L
R
 
Q
Y
 
H
G
 
G
M
 
L
L
 
H
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
I
A
 
F
G
 
G
I
 
V
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
 
H
L
 
T
N
 
N
Y
 
T
S
 
S
I
 
L
G
 
F
N
 
K
A
 
D
E
 
G
L
 
K
G
 
N
S
 
A
L
 
F
F
 
Y
D
 
D
P
 
P
G
 
-
D
 
D
T
 
A
P
 
P
H
 
D
E
 
Q
N
 
I
A
 
S
K
 
D
F
 
T
L
 
L
V
 
R
F
 
Y
C
 
F
A
 
V
A
 
G
A
 
G
I
 
V

8oozA Glutamine synthetase (see paper)
29% identity, 24% coverage: 214:385/726 of query aligns to 109:264/430 of 8oozA

query
sites
8oozA
K
 
K
L
 
L
P
 
G
V
 
Y
I
 
V
A
 
M
F
 
N
A
 
T
G
|
G
P
 
P
E
|
E
Q
 
M
E
 
E
Y
 
F
F
 
F
L
 
L
I
 
-
D
 
-
R
 
-
N
 
-
F
 
-
A
 
-
F
 
F
S
 
K
R
 
R
P
 
Q
D
 
D
L
 
-
L
 
-
I
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
S
 
-
L
 
-
F
 
-
G
 
-
A
 
G
R
 
M
P
 
P
P
 
T
K
 
N
G
 
I
Q
 
P
E
 
Q
F
 
D
E
 
R
D
 
G
Q
 
G
Y
 
Y
F
 
F
G
 
D
V
 
L
I
 
A
P
 
P
R
 
-
R
 
-
V
 
-
L
 
I
A
 
D
F
 
L
M
 
A
M
 
E
E
 
E
V
 
I
E
 
K
R
 
R
E
 
E
-
 
I
-
 
V
-
 
L
-
 
V
L
 
L
Y
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
V
 
F
P
 
E
V
 
V
K
x
E
T
 
A
R
 
A
H
 
H
N
 
H
E
 
E
V
 
V
A
 
A
P
 
F
S
 
G
Q
 
Q
Y
 
H
E
 
E
I
 
I
A
 
D
P
x
F
I
x
K
Y
|
Y
E
 
D
T
 
N
G
 
A
N
 
-
L
 
L
A
 
A
T
 
T
D
 
A
H
 
D
N
 
N
Q
 
V
I
 
I
I
 
T
M
 
L
T
 
K
T
 
Y
L
 
V
-
 
A
R
 
K
S
 
T
V
 
L
A
 
A
K
 
L
R
 
Q
Y
 
H
G
 
G
M
 
L
L
 
H
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
I
A
 
F
G
 
G
I
 
V
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
L
 
T
N
|
N
Y
 
T
S
|
S
I
 
L
G
 
F
N
 
K
A
 
D
E
 
G
L
 
K
G
 
N
S
 
A
L
 
F
F
 
Y
D
 
D
P
 
P
G
 
-
D
 
D
T
 
A
P
 
P
H
 
D
E
 
Q
N
 
I
A
 
S
K
 
D
F
 
T
L
 
L
V
 
R
F
 
Y
C
 
F
A
 
V
A
 
G
A
 
G
I
 
V

Sites not aligning to the query:

8tfkA Glutamine synthetase (see paper)
27% identity, 20% coverage: 258:401/726 of query aligns to 145:291/440 of 8tfkA

query
sites
8tfkA
E
 
E
F
 
L
E
 
T
D
 
D
Q
 
Q
-
 
G
-
 
G
Y
 
Y
F
 
F
G
 
D
V
 
F
I
 
A
P
 
P
-
 
L
R
 
D
R
 
R
V
 
A
L
 
Q
A
 
D
F
 
V
M
 
R
M
 
R
E
 
D
V
 
I
E
 
D
R
 
Y
E
 
A
L
 
L
Y
 
E
K
 
H
L
 
M
G
 
G
V
 
F
P
 
Q
V
 
I
K
 
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
Y
 
H
E
|
E
I
 
I
A
x
D
P
 
-
I
 
-
Y
x
F
E
 
R
T
x
F
G
 
G
N
 
D
L
 
V
A
 
L
T
 
C
D
 
T
H
 
A
N
 
D
Q
 
N
I
 
V
I
 
V
M
 
T
-
 
F
-
 
K
T
 
Y
T
 
V
L
 
V
R
 
K
S
 
S
V
 
I
A
 
A
K
 
Y
R
 
H
Y
 
K
G
 
G
M
 
Y
L
 
Y
C
 
A
L
 
S
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
I
 
V
N
 
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
L
 
S
N
|
N
Y
 
Q
S
 
S
I
 
L
G
 
F
N
 
K
A
 
D
E
 
G
L
 
K
G
 
N
S
 
V
L
 
F
F
 
Y
D
 
D
P
 
P
G
 
-
D
 
D
T
 
T
P
 
P
H
 
T
E
 
K
-
 
L
N
 
S
A
 
Q
K
 
D
F
 
A
L
 
M
V
 
Y
F
 
Y
C
 
I
A
 
G
A
 
G
A
 
L
I
 
L
R
 
K
A
 
H
L
 
I
H
 
R
K
 
E
F
 
F
G
 
T
P
 
A
M
 
V
L
 
T
R
 
N
A
 
P
T
 
V
V
 
V
A
 
N
S
 
S

Sites not aligning to the query:

8ufjB Glutamine synthetase (see paper)
27% identity, 20% coverage: 258:401/726 of query aligns to 149:295/444 of 8ufjB

query
sites
8ufjB
E
 
E
F
 
L
E
 
T
D
 
D
Q
 
Q
-
 
G
-
 
G
Y
 
Y
F
 
F
G
 
D
V
 
F
I
 
A
P
 
P
R
 
-
R
 
-
V
 
-
L
 
L
A
 
D
F
 
L
M
 
G
M
 
Q
E
 
D
V
 
V
E
 
R
R
 
R
E
 
D
-
 
I
-
 
D
-
 
Y
-
 
A
L
 
L
Y
 
E
K
 
H
L
 
M
G
 
G
V
 
F
P
 
Q
V
 
I
K
 
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
Y
 
H
E
|
E
I
 
I
A
 
D
P
 
-
I
 
-
Y
 
F
E
 
R
T
 
F
G
 
G
N
 
D
L
 
V
A
 
L
T
 
C
D
 
T
H
 
A
N
 
D
Q
 
N
I
 
V
I
 
V
M
 
T
-
 
F
-
 
K
T
 
Y
T
 
V
L
 
V
R
 
K
S
 
S
V
 
I
A
 
A
K
 
Y
R
 
H
Y
 
K
G
 
G
M
 
Y
L
 
Y
C
 
A
L
 
S
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
I
 
V
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
L
 
S
N
 
N
Y
 
Q
S
 
S
I
 
L
G
 
F
N
 
K
A
 
D
E
 
G
L
 
K
G
 
N
S
 
V
L
 
F
F
 
Y
D
 
D
P
 
P
G
 
-
D
 
D
T
 
T
P
 
P
H
 
T
E
 
K
-
 
L
N
 
S
A
 
Q
K
 
D
F
 
A
L
 
M
V
 
Y
F
 
Y
C
 
I
A
 
G
A
 
G
A
 
L
I
 
L
R
 
K
A
 
H
L
 
I
H
 
R
K
 
E
F
 
F
G
 
T
P
 
A
M
 
V
L
 
T
R
 
N
A
 
P
T
 
V
V
 
V
A
 
N
S
 
S

Sites not aligning to the query:

3ng0A Crystal structure of glutamine synthetase from synechocystis sp. Pcc 6803
27% identity, 23% coverage: 193:356/726 of query aligns to 103:275/465 of 3ng0A

query
sites
3ng0A
R
 
R
S
 
D
M
 
P
Q
 
R
A
 
T
L
 
I
N
 
A
T
 
A
Q
 
K
A
 
A
K
 
A
R
 
E
V
 
Y
L
 
L
K
 
R
L
 
G
F
 
T
G
 
G
I
 
I
E
 
A
T
 
D
K
 
T
L
 
V
P
 
-
V
 
-
I
 
-
A
 
-
F
x
Y
A
 
F
G
 
G
P
 
P
E
|
E
Q
 
A
E
|
E
Y
 
F
F
 
F
L
 
L
I
 
F
D
 
D
R
 
D
-
 
I
-
 
R
-
 
F
-
 
G
-
 
Q
-
 
T
-
 
E
-
 
N
-
 
S
-
 
S
-
 
Y
N
 
Y
F
 
F
A
 
A
F
 
D
S
 
S
R
 
V
P
 
E
D
 
G
L
 
R
L
 
W
I
 
N
A
 
T
G
 
G
R
 
R
S
 
E
L
 
E
F
 
E
G
 
G
A
 
G
R
 
N
P
 
L
P
 
G
K
 
Y
G
 
K
Q
 
P
E
 
G
F
 
Y
E
 
K
D
 
Q
Q
 
G
Y
 
Y
F
 
F
G
 
P
V
 
V
I
 
A
P
 
P
R
 
T
R
 
D
V
 
T
L
 
A
A
 
Q
-
 
D
F
 
I
M
 
R
M
 
T
E
 
E
V
 
M
E
 
L
R
 
L
E
 
T
L
 
M
Y
 
A
K
 
A
L
 
F
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
I
K
 
E
T
x
K
R
 
H
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
S
S
 
G
-
 
G
Q
 
Q
Y
 
N
E
|
E
I
 
L
A
 
G
P
x
I
I
 
K
Y
x
F
E
 
D
T
 
K
G
 
L
N
 
V
L
 
N
A
 
S
T
 
A
D
 
D
H
 
N
N
 
L
Q
 
M
I
 
I
I
 
Y
M
 
K
T
 
Y
T
 
V
L
 
I
R
 
K
S
 
N
V
 
V
A
 
A
K
 
K
R
 
K
Y
 
Y
G
 
G
M
 
K
L
 
T
C
 
V
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
I
A
 
F
G
 
N
I
 
D
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
L
 
V
N
x
H
Y
 
Q
S
|
S
I
 
L

Sites not aligning to the query:

P0A9C5 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
28% identity, 23% coverage: 193:356/726 of query aligns to 103:275/469 of P0A9C5

query
sites
P0A9C5
R
 
R
S
 
D
M
 
P
Q
 
R
A
 
S
L
 
I
N
 
A
T
 
K
Q
 
R
A
 
A
K
 
E
R
 
D
V
 
Y
L
 
L
K
 
R
L
 
S
F
 
T
G
 
G
I
 
I
E
 
A
T
 
D
K
 
T
L
 
V
P
 
-
V
 
-
I
 
-
A
 
-
F
 
L
A
 
F
G
 
G
P
 
P
E
 
E
Q
 
P
E
 
E
Y
 
F
F
 
F
L
 
L
I
 
F
D
 
D
R
 
D
-
 
I
N
 
R
F
 
F
A
 
G
F
 
S
S
 
S
R
 
I
P
 
S
D
 
G
L
 
S
L
 
H
I
 
V
A
 
A
G
 
I
R
 
D
S
 
D
L
 
I
F
 
E
G
 
G
A
 
A
R
 
W
P
 
N
P
 
S
K
 
S
G
 
T
Q
 
Q
-
 
Y
-
 
E
-
 
G
-
 
G
-
 
N
-
 
K
-
 
G
-
 
H
-
 
R
-
 
P
E
 
A
F
 
V
E
 
K
D
 
G
Q
 
G
Y
 
Y
F
 
F
G
 
P
V
 
V
I
 
P
P
 
P
-
 
V
-
 
D
-
 
S
-
 
A
-
 
Q
-
 
D
-
 
I
R
 
R
R
 
S
V
 
E
L
 
M
A
 
C
F
 
L
M
 
V
M
 
M
E
 
E
V
 
-
E
 
-
R
 
-
E
 
-
L
 
-
Y
 
-
K
 
Q
L
 
M
G
 
G
V
 
L
P
 
V
V
 
V
K
 
E
T
 
A
R
 
H
H
 
H
N
 
H
E
 
E
V
 
V
A
 
A
P
 
T
S
 
A
-
 
G
Q
 
Q
Y
 
N
E
 
E
I
 
V
A
 
A
P
 
T
I
 
R
Y
 
F
E
 
N
T
 
T
G
 
M
N
 
T
L
 
K
A
 
K
T
 
A
D
 
D
H
 
E
N
 
I
Q
 
Q
I
 
I
I
 
Y
M
 
K
T
 
Y
T
 
V
L
 
V
R
 
H
S
 
N
V
 
V
A
 
A
K
 
H
R
 
R
Y
 
F
G
 
G
M
 
K
L
 
T
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
M
A
 
F
G
 
G
I
 
D
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
 
H
L
 
C
N
 
H
Y
 
M
S
 
S
I
 
L

Sites not aligning to the query:

1fpyA Crystal structure of glutamine synthetase from salmonella typhimurium with inhibitor phosphinothricin (see paper)
28% identity, 23% coverage: 193:356/726 of query aligns to 102:274/468 of 1fpyA

query
sites
1fpyA
R
 
R
S
 
D
M
 
P
Q
 
R
A
 
S
L
 
I
N
 
A
T
 
K
Q
 
R
A
 
A
K
 
E
R
 
D
V
 
Y
L
 
L
K
 
R
L
 
A
F
 
T
G
 
G
I
 
I
E
 
A
T
 
D
K
 
T
L
 
V
P
 
-
V
 
-
I
 
-
A
 
-
F
 
L
A
 
F
G
|
G
P
 
P
E
|
E
Q
 
P
E
|
E
Y
 
F
F
 
F
L
 
L
I
 
F
D
 
D
R
 
D
-
 
I
N
 
R
F
 
F
A
 
G
F
 
A
S
 
S
R
 
I
P
 
S
D
 
G
L
 
S
L
 
H
I
 
V
A
 
A
G
 
I
R
 
D
S
 
D
L
 
I
F
 
E
G
 
G
A
 
A
R
 
W
P
 
N
P
 
S
-
 
S
-
 
T
-
 
K
-
 
Y
-
 
E
-
 
G
-
 
G
-
 
N
K
 
K
G
 
G
Q
 
H
E
 
R
-
 
P
-
 
G
F
 
V
E
 
K
D
 
G
Q
 
G
Y
 
Y
F
 
F
G
 
P
V
 
V
I
 
P
P
 
P
-
 
V
-
 
D
-
 
S
-
 
A
-
 
Q
-
 
D
-
 
I
R
 
R
R
 
S
V
 
E
L
 
M
A
 
C
F
 
L
M
 
V
M
 
M
E
 
E
V
 
-
E
 
-
R
 
-
E
 
-
L
 
-
Y
 
-
K
 
Q
L
 
M
G
 
G
V
 
L
P
 
V
V
 
V
K
x
E
T
 
A
R
 
H
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
T
S
 
A
-
 
G
Q
 
Q
Y
 
N
E
|
E
I
 
V
A
 
A
P
x
T
I
 
R
Y
x
F
E
 
N
T
 
T
G
 
M
N
 
T
L
 
K
A
 
K
T
 
A
D
 
D
H
 
E
N
 
I
Q
 
Q
I
 
I
I
 
Y
M
 
K
T
 
Y
T
 
V
L
 
V
R
 
H
S
 
N
V
 
V
A
 
A
K
 
H
R
 
R
Y
 
F
G
 
G
M
 
K
L
 
T
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
M
A
 
F
G
 
G
I
 
D
N
 
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
L
 
C
N
x
H
Y
 
M
S
|
S
I
 
L

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>206697 FitnessBrowser__DvH:206697
MSGIQARLNAISAVTNYKPSTAPMNFSETKLTEFFGCNVFNEKVMRERLPKDVFKSLQKT
IELGEKLDPSIADIVANTMKDWAIEKGATHFTHVFYPLTGLTAEKHDSFLTPDGKGGALA
EFSGKMLIQGEPDASSFPSGGLRSTFEARGYTAWDVTSPAYILENPNGTFLCIPTAFLSW
TGEALDKKTPLLRSMQALNTQAKRVLKLFGIETKLPVIAFAGPEQEYFLIDRNFAFSRPD
LLIAGRSLFGARPPKGQEFEDQYFGVIPRRVLAFMMEVERELYKLGVPVKTRHNEVAPSQ
YEIAPIYETGNLATDHNQIIMTTLRSVAKRYGMLCLLHEKPFAGINGSGKHLNYSIGNAE
LGSLFDPGDTPHENAKFLVFCAAAIRALHKFGPMLRATVASASNDHRLGANEAPPAIMSM
YLGEQLTDVFEQFKQGKVNGCKQKCVMNVGVDTLPPLPRDPGDRNRTSPFAFTGNRFEFR
AVGSSMSIAGSQVALNTMMADSLDYIASELEKAIGGDASKLNEAVQSLLQKIMVEHEAII
FNGDGYSEAWHKEAERRGLPNLRTTPDALPMLTKPEVIELFTKYGVFSEAELRSREEIYL
EQYCKTVKTEANLVIRMARTIIFPAAMRYQGELATTCANLKAAGHDYQMVTLEDVTAKLR
SMQKAANELEKLLDHEAASVLEEARHMCDAILPAMNDVRKWADSLETIVADDLWSLPSYQ
EMLFIK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory