SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 207031 FitnessBrowser__DvH:207031 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3ph4A Clostridium thermocellum ribose-5-phosphate isomerase b with d-allose (see paper)
49% identity, 92% coverage: 4:138/147 of query aligns to 2:137/148 of 3ph4A

query
sites
3ph4A
K
 
K
V
 
I
F
 
G
V
 
I
G
 
G
S
 
S
D
|
D
H
 
H
A
 
G
G
 
G
F
 
Y
A
 
N
L
 
L
K
 
K
Q
 
R
S
 
E
I
 
I
V
 
A
D
 
D
S
 
F
L
 
L
R
 
K
N
 
K
A
 
R
G
 
G
H
 
Y
D
 
E
V
 
V
E
 
I
D
 
D
L
 
F
G
 
G
P
 
T
E
 
H
S
 
G
A
 
N
V
 
E
S
 
S
C
 
V
D
 
D
Y
|
Y
P
 
P
H
 
D
Y
 
F
A
 
G
Q
 
L
K
 
K
V
 
V
C
 
A
D
 
E
R
 
A
V
 
V
L
 
K
A
 
S
E
 
G
E
 
E
A
 
C
-
 
D
L
 
R
G
 
G
I
 
I
L
 
V
I
 
I
C
|
C
G
|
G
T
|
T
G
 
G
I
 
L
G
 
G
M
 
I
S
 
S
M
 
I
A
 
A
A
 
A
N
 
N
R
 
K
I
 
V
P
 
P
G
 
G
I
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
V
C
 
C
T
 
T
C
 
N
E
 
S
F
 
Y
H
 
M
A
 
A
R
 
R
A
 
M
T
 
S
R
 
R
Q
 
E
H
|
H
N
 
N
N
 
D
A
 
A
N
 
N
V
 
I
L
 
L
C
 
A
L
 
L
G
 
G
E
 
E
R
|
R
V
 
V
T
 
V
G
 
G
P
 
L
G
 
D
V
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
D
L
 
I
A
 
V
R
 
D
L
 
T
F
 
W
L
 
L
D
 
K
T
 
A
D
 
E
F
 
F
E
 
Q
G
 
G
G
 
G
R
|
R
H
|
H
Q
 
A
R
 
T
R
|
R
I
 
V

3ph3A Clostridium thermocellum ribose-5-phosphate isomerase b with d-ribose (see paper)
49% identity, 92% coverage: 4:138/147 of query aligns to 2:137/148 of 3ph3A

query
sites
3ph3A
K
 
K
V
 
I
F
 
G
V
 
I
G
 
G
S
 
S
D
|
D
H
 
H
A
 
G
G
 
G
F
 
Y
A
 
N
L
 
L
K
 
K
Q
 
R
S
 
E
I
 
I
V
 
A
D
 
D
S
 
F
L
 
L
R
 
K
N
 
K
A
 
R
G
 
G
H
 
Y
D
 
E
V
 
V
E
 
I
D
 
D
L
 
F
G
 
G
P
 
T
E
 
H
S
 
G
A
 
N
V
 
E
S
 
S
C
 
V
D
 
D
Y
|
Y
P
 
P
H
 
D
Y
 
F
A
 
G
Q
 
L
K
 
K
V
 
V
C
 
A
D
 
E
R
 
A
V
 
V
L
 
K
A
 
S
E
 
G
E
 
E
A
 
C
-
 
D
L
 
R
G
 
G
I
 
I
L
 
V
I
 
I
C
|
C
G
|
G
T
|
T
G
 
G
I
 
L
G
|
G
M
 
I
S
 
S
M
 
I
A
 
A
A
 
A
N
 
N
R
 
K
I
 
V
P
 
P
G
 
G
I
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
V
C
 
C
T
 
T
C
 
N
E
 
S
F
 
Y
H
 
M
A
 
A
R
 
R
A
 
M
T
 
S
R
 
R
Q
 
E
H
|
H
N
 
N
N
 
D
A
 
A
N
 
N
V
 
I
L
 
L
C
 
A
L
 
L
G
 
G
E
 
E
R
|
R
V
 
V
T
 
V
G
 
G
P
 
L
G
 
D
V
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
D
L
 
I
A
 
V
R
 
D
L
 
T
F
 
W
L
 
L
D
 
K
T
 
A
D
 
E
F
 
F
E
 
Q
G
 
G
G
 
G
R
 
R
H
|
H
Q
 
A
R
 
T
R
 
R
I
 
V

3heeA Structural study of clostridium thermocellum ribose-5-phosphate isomerase b and ribose-5-phosphate (see paper)
49% identity, 92% coverage: 4:138/147 of query aligns to 2:137/148 of 3heeA

query
sites
3heeA
K
 
K
V
 
I
F
 
G
V
 
I
G
 
G
S
 
S
D
|
D
H
|
H
A
 
G
G
 
G
F
 
Y
A
 
N
L
 
L
K
 
K
Q
 
R
S
 
E
I
 
I
V
 
A
D
 
D
S
 
F
L
 
L
R
 
K
N
 
K
A
 
R
G
 
G
H
 
Y
D
 
E
V
 
V
E
 
I
D
 
D
L
 
F
G
 
G
P
 
T
E
 
H
S
 
G
A
 
N
V
 
E
S
 
S
C
 
V
D
 
D
Y
|
Y
P
 
P
H
 
D
Y
 
F
A
 
G
Q
 
L
K
 
K
V
 
V
C
 
A
D
 
E
R
 
A
V
 
V
L
 
K
A
 
S
E
 
G
E
 
E
A
 
C
-
 
D
L
 
R
G
 
G
I
 
I
L
 
V
I
 
I
C
|
C
G
|
G
T
|
T
G
 
G
I
 
L
G
|
G
M
 
I
S
 
S
M
 
I
A
 
A
A
 
A
N
 
N
R
 
K
I
 
V
P
 
P
G
 
G
I
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
V
C
 
C
T
 
T
C
 
N
E
 
S
F
 
Y
H
 
M
A
 
A
R
 
R
A
 
M
T
 
S
R
 
R
Q
 
E
H
|
H
N
|
N
N
 
D
A
 
A
N
 
N
V
 
I
L
 
L
C
 
A
L
 
L
G
 
G
E
 
E
R
|
R
V
 
V
T
 
V
G
 
G
P
 
L
G
 
D
V
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
D
L
 
I
A
 
V
R
 
D
L
 
T
F
 
W
L
 
L
D
 
K
T
 
A
D
 
E
F
 
F
E
 
Q
G
 
G
G
 
G
R
|
R
H
|
H
Q
 
A
R
 
T
R
|
R
I
 
V

6mu0A Crystal structure of ribose-5-phosphate isomerase b from mycoplasma genitalium with bound ribulose-5-phosphate
46% identity, 95% coverage: 1:139/147 of query aligns to 2:143/152 of 6mu0A

query
sites
6mu0A
M
 
M
A
 
S
R
 
F
K
 
N
V
 
I
F
 
F
V
 
I
G
 
A
S
 
S
D
|
D
H
|
H
A
 
T
G
 
G
F
 
L
A
 
T
L
 
L
K
 
K
Q
 
K
S
 
I
I
 
I
V
 
S
D
 
E
S
 
H
L
 
L
R
 
K
N
 
T
A
 
K
G
 
Q
H
 
F
D
 
N
V
 
V
E
 
V
D
 
D
L
 
L
G
 
G
P
 
P
E
 
N
S
 
Y
-
 
F
A
 
D
V
 
A
S
 
N
C
 
D
D
 
D
Y
|
Y
P
 
P
H
 
D
Y
 
F
A
 
A
Q
 
F
K
 
L
V
 
V
C
 
A
D
 
D
R
 
K
V
 
V
L
 
K
-
 
K
-
 
N
A
 
S
E
 
D
E
 
K
A
 
D
L
 
L
G
 
G
I
 
I
L
 
L
I
 
I
C
|
C
G
|
G
T
|
T
G
 
G
I
 
V
G
|
G
M
 
V
S
 
C
M
 
M
A
 
A
A
 
A
N
 
N
R
 
K
I
 
V
P
 
K
G
 
G
I
 
V
R
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
L
C
 
V
T
 
V
C
 
S
E
 
E
F
 
K
H
 
T
A
 
A
R
 
A
A
 
L
T
 
A
R
 
R
Q
 
Q
H
 
H
N
 
D
N
 
N
A
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
C
 
C
L
 
L
G
 
S
E
 
S
R
|
R
V
 
F
T
 
V
G
 
T
P
 
D
G
 
S
V
 
E
A
 
N
L
 
I
E
 
K
L
 
I
A
 
V
R
 
D
L
 
D
F
 
F
L
 
L
D
 
K
T
 
A
D
 
N
F
 
F
E
 
E
G
 
G
G
 
G
R
 
R
H
 
H
Q
 
Q
R
 
R
R
 
R
I
 
I
D
 
D

3k8cA Complex of trypanosoma cruzi ribose 5-phosphate isomerase type b with 4-deoxy-4-phospho-d-erythronohydroxamic acid (see paper)
45% identity, 95% coverage: 1:139/147 of query aligns to 1:143/152 of 3k8cA

query
sites
3k8cA
M
 
M
A
 
T
R
 
R
K
 
R
V
 
V
F
 
A
V
 
I
G
 
G
S
 
T
D
|
D
H
|
H
A
 
P
G
 
A
F
 
F
A
 
A
L
 
I
K
 
H
Q
 
E
S
 
N
I
 
L
V
 
I
D
 
L
S
 
Y
L
 
V
R
 
K
N
 
E
A
 
A
G
 
G
H
 
D
D
 
E
V
 
F
E
 
V
D
 
P
L
 
V
-
 
Y
-
 
C
G
 
G
P
 
P
E
 
K
S
 
T
A
 
A
V
 
E
S
 
S
C
 
V
D
 
D
Y
 
Y
P
 
P
H
 
D
Y
 
F
A
 
A
Q
 
S
K
 
R
V
 
V
C
 
A
D
 
E
R
 
M
V
 
V
L
 
A
A
 
R
E
 
K
E
 
E
A
 
V
-
 
E
L
 
F
G
 
G
I
 
V
L
 
L
I
 
A
C
|
C
G
|
G
T
x
S
G
 
G
I
 
I
G
|
G
M
 
M
S
 
S
M
 
I
A
 
A
A
 
A
N
 
N
R
 
K
I
 
V
P
 
P
G
 
G
I
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
L
C
 
C
T
 
H
C
 
D
E
 
H
F
 
Y
H
 
T
A
 
A
R
 
A
A
 
M
T
 
S
R
 
R
Q
 
I
H
|
H
N
|
N
N
 
D
A
 
A
N
 
N
V
 
I
L
 
V
C
 
C
L
 
V
G
 
G
E
 
E
R
 
R
V
 
T
T
 
T
G
 
G
P
 
V
G
 
E
V
 
V
A
 
I
L
 
R
E
 
E
L
 
I
A
 
I
R
 
I
L
 
T
F
 
F
L
 
L
D
 
Q
T
 
T
D
 
P
F
 
F
E
 
S
G
 
G
-
 
E
G
 
E
R
|
R
H
|
H
Q
 
V
R
 
R
R
|
R
I
 
I
D
 
E

3k7sA Complex of trypanosoma cruzi ribose 5-phosphate isomerase type b with ribose 5-phosphate (see paper)
45% identity, 95% coverage: 1:139/147 of query aligns to 1:143/152 of 3k7sA

query
sites
3k7sA
M
 
M
A
 
T
R
 
R
K
 
R
V
 
V
F
 
A
V
 
I
G
 
G
S
 
T
D
|
D
H
|
H
A
 
P
G
 
A
F
 
F
A
 
A
L
 
I
K
 
H
Q
 
E
S
 
N
I
 
L
V
 
I
D
 
L
S
 
Y
L
 
V
R
 
K
N
 
E
A
 
A
G
 
G
H
 
D
D
 
E
V
 
F
E
 
V
D
 
P
L
 
V
-
 
Y
-
 
C
G
 
G
P
 
P
E
 
K
S
 
T
A
 
A
V
 
E
S
 
S
C
 
V
D
 
D
Y
|
Y
P
 
P
H
 
D
Y
 
F
A
 
A
Q
 
S
K
 
R
V
 
V
C
 
A
D
 
E
R
 
M
V
 
V
L
 
A
A
 
R
E
 
K
E
 
E
A
 
V
-
 
E
L
 
F
G
 
G
I
 
V
L
 
L
I
 
A
C
|
C
G
|
G
T
x
S
G
 
G
I
 
I
G
|
G
M
 
M
S
 
S
M
 
I
A
 
A
A
 
A
N
 
N
R
 
K
I
 
V
P
 
P
G
 
G
I
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
L
C
 
C
T
 
H
C
 
D
E
 
H
F
 
Y
H
 
T
A
 
A
R
 
A
A
 
M
T
 
S
R
 
R
Q
 
I
H
|
H
N
|
N
N
 
D
A
 
A
N
 
N
V
 
I
L
 
V
C
 
C
L
 
V
G
 
G
E
 
E
R
 
R
V
 
T
T
 
T
G
 
G
P
 
V
G
 
E
V
 
V
A
 
I
L
 
R
E
 
E
L
 
I
A
 
I
R
 
I
L
 
T
F
 
F
L
 
L
D
 
Q
T
 
T
D
 
P
F
 
F
E
 
S
G
 
G
-
 
E
G
 
E
R
|
R
H
|
H
Q
 
V
R
 
R
R
|
R
I
 
I
D
 
E

P37351 Ribose-5-phosphate isomerase B; Phosphoriboisomerase B; EC 5.3.1.6 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
47% identity, 93% coverage: 3:139/147 of query aligns to 2:139/149 of P37351

query
sites
P37351
R
 
K
K
 
K
V
 
I
F
 
A
V
 
F
G
 
G
S
 
C
D
 
D
H
 
H
A
 
V
G
 
G
F
 
F
A
 
I
L
 
L
K
 
K
Q
 
H
S
 
E
I
 
I
V
 
V
D
 
A
S
 
H
L
 
L
R
 
V
N
 
E
A
 
R
G
 
G
H
 
V
D
 
E
V
 
V
E
 
I
D
 
D
L
 
K
G
 
G
P
 
T
E
 
W
S
 
S
A
 
S
V
 
E
S
 
R
C
 
T
D
 
D
Y
 
Y
P
 
P
H
 
H
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
S
K
 
Q
V
 
V
C
 
A
D
 
L
R
 
A
V
 
V
L
 
A
A
 
G
E
 
G
E
 
E
A
 
V
-
 
D
L
 
G
G
 
G
I
 
I
L
 
L
I
 
I
C
 
C
G
 
G
T
 
T
G
 
G
I
 
V
G
 
G
M
 
I
S
 
S
M
 
I
A
 
A
A
 
A
N
 
N
R
 
K
I
 
F
P
 
A
G
 
G
I
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
V
L
 
V
C
 
C
T
 
S
C
 
E
E
 
P
F
 
Y
H
 
S
A
 
A
R
 
Q
A
 
L
T
 
S
R
 
R
Q
 
Q
H
|
H
N
 
N
N
 
D
A
 
T
N
 
N
V
 
V
L
 
L
C
 
A
L
 
F
G
 
G
E
 
S
R
 
R
V
 
V
T
 
V
G
 
G
P
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
L
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
K
L
 
M
F
 
I
L
 
V
D
 
D
-
 
A
-
 
W
-
 
L
-
 
G
T
 
A
D
 
Q
F
 
Y
E
 
E
G
 
G
G
 
G
R
 
R
H
 
H
Q
 
Q
R
 
Q
R
 
R
I
 
V
D
 
E

3k7pA Structure of mutant of ribose 5-phosphate isomerase type b from trypanosoma cruzi. (see paper)
44% identity, 95% coverage: 1:139/147 of query aligns to 1:143/153 of 3k7pA

query
sites
3k7pA
M
 
M
A
 
T
R
 
R
K
 
R
V
 
V
F
 
A
V
 
I
G
 
G
S
 
T
D
|
D
H
 
H
A
 
P
G
 
A
F
 
F
A
 
A
L
 
I
K
 
H
Q
 
E
S
 
N
I
 
L
V
 
I
D
 
L
S
 
Y
L
 
V
R
 
K
N
 
E
A
 
A
G
 
G
H
 
D
D
 
E
V
 
F
E
 
V
D
 
P
L
 
V
-
 
Y
-
 
C
G
 
G
P
 
P
E
 
K
S
 
T
A
 
A
V
 
E
S
 
S
C
 
V
D
 
D
Y
 
Y
P
 
P
H
 
D
Y
 
F
A
 
A
Q
 
S
K
 
R
V
 
V
C
 
A
D
 
E
R
 
M
V
 
V
L
 
A
A
 
R
E
 
K
E
 
E
A
 
V
-
 
E
L
 
F
G
 
G
I
 
V
L
 
L
I
 
A
C
x
A
G
 
G
T
x
S
G
 
G
I
 
I
G
 
G
M
 
M
S
 
S
M
 
I
A
 
A
A
 
A
N
 
N
R
 
K
I
 
V
P
 
P
G
 
G
I
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
L
C
 
C
T
 
H
C
 
D
E
 
H
F
 
Y
H
 
T
A
 
A
R
 
A
A
 
M
T
 
S
R
 
R
Q
 
I
H
|
H
N
 
N
N
 
D
A
 
A
N
 
N
V
 
I
L
 
V
C
 
C
L
 
V
G
 
G
E
 
E
R
 
R
V
 
T
T
 
T
G
 
G
P
 
V
G
 
E
V
 
V
A
 
I
L
 
R
E
 
E
L
 
I
A
 
I
R
 
I
L
 
T
F
 
F
L
 
L
D
 
Q
T
 
T
D
 
P
F
 
F
E
 
S
G
 
G
-
 
E
G
 
E
R
|
R
H
|
H
Q
 
V
R
 
R
R
|
R
I
 
I
D
 
E

2vvqA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis ribose-5-phosphate isomerase b in complex with the inhibitor 5-deoxy-5-phospho-d- ribonate (see paper)
38% identity, 94% coverage: 4:141/147 of query aligns to 3:143/156 of 2vvqA

query
sites
2vvqA
K
 
R
V
 
V
F
 
Y
V
 
L
G
 
G
S
 
A
D
|
D
H
|
H
A
 
A
G
 
G
F
 
Y
A
 
E
L
 
L
K
 
K
Q
 
Q
S
 
R
I
 
I
V
 
I
D
 
E
S
 
H
L
 
L
R
 
K
N
 
Q
A
 
T
G
 
G
H
 
H
D
 
E
V
 
P
E
 
I
D
 
D
L
 
C
G
 
G
P
 
A
-
 
L
E
 
R
S
 
Y
A
 
D
V
 
A
S
 
D
C
 
D
D
 
D
Y
|
Y
P
 
P
H
 
A
Y
 
F
A
 
C
Q
 
I
K
 
A
V
 
A
C
 
A
D
 
T
R
 
R
V
 
T
L
 
V
A
 
A
E
 
D
E
 
P
-
 
G
A
 
S
L
 
L
G
 
G
I
 
I
L
 
V
I
 
L
C
x
G
G
|
G
T
x
S
G
|
G
I
 
N
G
|
G
M
x
E
S
 
Q
M
 
I
A
 
A
A
 
A
N
 
N
R
 
K
I
 
V
P
 
P
G
 
G
I
 
A
R
 
R
A
 
C
A
 
A
L
 
L
C
 
A
T
 
W
C
 
S
E
 
V
F
 
Q
H
 
T
A
 
A
R
 
A
A
 
L
T
 
A
R
 
R
Q
 
E
H
|
H
N
 
N
N
 
N
A
 
A
N
 
Q
V
 
L
L
 
I
C
 
G
L
 
I
G
 
G
E
 
G
R
|
R
V
 
M
T
 
H
G
 
T
P
 
V
G
 
A
V
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
A
L
 
I
A
 
V
R
 
D
L
 
A
F
 
F
L
 
V
D
 
T
T
 
T
D
 
P
F
 
W
-
 
S
E
 
K
G
 
A
G
 
Q
R
|
R
H
|
H
Q
 
Q
R
 
R
R
|
R
I
 
I
D
 
D
L
 
I
F
 
L

2vvoA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis ribose-5-phosphate isomerase b in complex with alpha d-allose 6-phosphate (see paper)
38% identity, 94% coverage: 4:141/147 of query aligns to 3:143/156 of 2vvoA

query
sites
2vvoA
K
 
R
V
 
V
F
 
Y
V
 
L
G
 
G
S
 
A
D
|
D
H
|
H
A
 
A
G
 
G
F
 
Y
A
 
E
L
 
L
K
 
K
Q
 
Q
S
 
R
I
 
I
V
 
I
D
 
E
S
 
H
L
 
L
R
 
K
N
 
Q
A
 
T
G
 
G
H
 
H
D
 
E
V
 
P
E
 
I
D
 
D
L
 
C
G
 
G
P
 
A
-
 
L
E
 
R
S
 
Y
A
 
D
V
 
A
S
 
D
C
 
D
D
 
D
Y
 
Y
P
 
P
H
 
A
Y
 
F
A
 
C
Q
 
I
K
 
A
V
 
A
C
 
A
D
 
T
R
 
R
V
 
T
L
 
V
A
 
A
E
 
D
E
 
P
-
 
G
A
 
S
L
 
L
G
 
G
I
 
I
L
 
V
I
 
L
C
x
G
G
|
G
T
x
S
G
 
G
I
 
N
G
|
G
M
x
E
S
 
Q
M
 
I
A
 
A
A
 
A
N
 
N
R
 
K
I
 
V
P
 
P
G
 
G
I
 
A
R
 
R
A
 
C
A
 
A
L
 
L
C
 
A
T
 
W
C
 
S
E
 
V
F
 
Q
H
 
T
A
 
A
R
 
A
A
 
L
T
 
A
R
 
R
Q
 
E
H
|
H
N
|
N
N
 
N
A
 
A
N
 
Q
V
 
L
L
 
I
C
 
G
L
 
I
G
 
G
E
 
G
R
|
R
V
 
M
T
 
H
G
 
T
P
 
V
G
 
A
V
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
A
L
 
I
A
 
V
R
 
D
L
 
A
F
 
F
L
 
V
D
 
T
T
 
T
D
 
P
F
 
W
-
 
S
E
 
K
G
 
A
G
 
Q
R
|
R
H
|
H
Q
 
Q
R
 
R
R
|
R
I
 
I
D
 
D
L
 
I
F
 
L

1uslA Structure of mycobacterium tuberculosis ribose-5-phosphate isomerase, rpib, rv2465c, complexed with phosphate. (see paper)
38% identity, 94% coverage: 4:141/147 of query aligns to 3:143/156 of 1uslA

query
sites
1uslA
K
 
R
V
 
V
F
 
Y
V
 
L
G
 
G
S
 
A
D
|
D
H
 
H
A
 
A
G
 
G
F
 
Y
A
 
E
L
 
L
K
 
K
Q
 
Q
S
 
R
I
 
I
V
 
I
D
 
E
S
 
H
L
 
L
R
 
K
N
 
Q
A
 
T
G
 
G
H
 
H
D
 
E
V
 
P
E
 
I
D
 
D
L
 
C
G
 
G
P
 
A
-
 
L
E
 
R
S
 
Y
A
 
D
V
 
A
S
 
D
C
 
D
D
 
D
Y
 
Y
P
 
P
H
 
A
Y
 
F
A
 
C
Q
 
I
K
 
A
V
 
A
C
 
A
D
 
T
R
 
R
V
 
T
L
 
V
A
 
A
E
 
D
E
 
P
-
 
G
A
 
S
L
 
L
G
 
G
I
 
I
L
 
V
I
 
L
C
x
G
G
 
G
T
x
S
G
 
G
I
 
N
G
 
G
M
 
E
S
 
Q
M
 
I
A
 
A
A
 
A
N
 
N
R
 
K
I
 
V
P
 
P
G
 
G
I
 
A
R
 
R
A
 
C
A
 
A
L
 
L
C
 
A
T
 
W
C
 
S
E
 
V
F
 
Q
H
 
T
A
 
A
R
 
A
A
 
L
T
 
A
R
 
R
Q
 
E
H
|
H
N
 
N
N
 
N
A
 
A
N
 
Q
V
 
L
L
 
I
C
 
G
L
 
I
G
 
G
E
 
G
R
 
R
V
 
M
T
 
H
G
 
T
P
 
V
G
 
A
V
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
A
L
 
I
A
 
V
R
 
D
L
 
A
F
 
F
L
 
V
D
 
T
T
 
T
D
 
P
F
 
W
-
 
S
E
 
K
G
 
A
G
 
Q
R
|
R
H
|
H
Q
 
Q
R
 
R
R
|
R
I
 
I
D
 
D
L
 
I
F
 
L

P9WKD7 Ribose-5-phosphate isomerase B; Phosphoriboisomerase B; EC 5.3.1.6 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 3 papers)
38% identity, 94% coverage: 4:141/147 of query aligns to 5:145/162 of P9WKD7

query
sites
P9WKD7
K
 
R
V
 
V
F
 
Y
V
 
L
G
 
G
S
 
A
D
|
D
H
|
H
A
 
A
G
 
G
F
 
Y
A
 
E
L
 
L
K
 
K
Q
 
Q
S
 
R
I
 
I
V
 
I
D
 
E
S
 
H
L
 
L
R
 
K
N
 
Q
A
 
T
G
 
G
H
 
H
D
 
E
V
 
P
E
 
I
D
 
D
L
 
C
G
 
G
P
 
A
-
 
L
E
 
R
S
 
Y
A
 
D
V
 
A
S
 
D
C
 
D
D
 
D
Y
 
Y
P
 
P
H
 
A
Y
 
F
A
 
C
Q
 
I
K
 
A
V
 
A
C
 
A
D
 
T
R
 
R
V
 
T
L
 
V
A
 
A
E
 
D
E
 
P
-
 
G
A
 
S
L
 
L
G
 
G
I
 
I
L
 
V
I
 
L
C
 
G
G
|
G
T
x
S
G
|
G
I
x
N
G
|
G
M
 
E
S
 
Q
M
 
I
A
 
A
A
 
A
N
 
N
R
 
K
I
 
V
P
 
P
G
 
G
I
 
A
R
 
R
A
 
C
A
 
A
L
 
L
C
 
A
T
 
W
C
 
S
E
 
V
F
 
Q
H
 
T
A
 
A
R
 
A
A
 
L
T
 
A
R
 
R
Q
 
E
H
 
H
N
|
N
N
 
N
A
 
A
N
 
Q
V
 
L
L
 
I
C
 
G
L
 
I
G
 
G
E
 
G
R
|
R
V
 
M
T
 
H
G
 
T
P
 
V
G
 
A
V
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
A
L
 
I
A
 
V
R
 
D
L
 
A
F
 
F
L
 
V
D
 
T
T
 
T
D
 
P
F
 
W
-
 
S
E
 
K
G
 
A
G
 
Q
R
|
R
H
 
H
Q
 
Q
R
 
R
R
|
R
I
 
I
D
 
D
L
 
I
F
 
L

2besC Structure of mycobacterium tuberculosis ribose-5-phosphate isomerase, rpib, rv2465c, in complex with 4-phospho-d-erythronohydroxamic acid. (see paper)
38% identity, 94% coverage: 4:141/147 of query aligns to 3:143/158 of 2besC

query
sites
2besC
K
 
R
V
 
V
F
 
Y
V
 
L
G
 
G
S
 
A
D
|
D
H
|
H
A
 
A
G
 
G
F
 
Y
A
 
E
L
 
L
K
 
K
Q
 
Q
S
 
R
I
 
I
V
 
I
D
 
E
S
 
H
L
 
L
R
 
K
N
 
Q
A
 
T
G
 
G
H
 
H
D
 
E
V
 
P
E
 
I
D
 
D
L
 
C
G
 
G
P
 
A
-
 
L
E
 
R
S
 
Y
A
 
D
V
 
A
S
 
D
C
 
D
D
 
D
Y
 
Y
P
 
P
H
 
A
Y
 
F
A
 
C
Q
 
I
K
 
A
V
 
A
C
 
A
D
 
T
R
 
R
V
 
T
L
 
V
A
 
A
E
 
D
E
 
P
-
 
G
A
 
S
L
 
L
G
 
G
I
 
I
L
 
V
I
 
L
C
x
G
G
|
G
T
x
S
G
 
G
I
 
N
G
|
G
M
x
E
S
 
Q
M
 
I
A
 
A
A
 
A
N
 
N
R
 
K
I
 
V
P
 
P
G
 
G
I
 
A
R
 
R
A
 
C
A
 
A
L
 
L
C
 
A
T
 
W
C
 
S
E
 
V
F
 
Q
H
 
T
A
 
A
R
 
A
A
 
L
T
 
A
R
 
R
Q
 
E
H
|
H
N
|
N
N
 
N
A
 
A
N
 
Q
V
 
L
L
 
I
C
 
G
L
 
I
G
 
G
E
 
G
R
|
R
V
 
M
T
 
H
G
 
T
P
 
V
G
 
A
V
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
A
L
 
I
A
 
V
R
 
D
L
 
A
F
 
F
L
 
V
D
 
T
T
 
T
D
 
P
F
 
W
-
 
S
E
 
K
G
 
A
G
 
Q
R
|
R
H
|
H
Q
 
Q
R
 
R
R
 
R
I
 
I
D
 
D
L
 
I
F
 
L

2vvpA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis ribose-5-phosphate isomerase b in complex with its substrates ribose 5-phosphate and ribulose 5-phosphate (see paper)
38% identity, 94% coverage: 4:141/147 of query aligns to 3:143/157 of 2vvpA

query
sites
2vvpA
K
 
R
V
 
V
F
 
Y
V
 
L
G
 
G
S
 
A
D
|
D
H
|
H
A
 
A
G
 
G
F
 
Y
A
 
E
L
 
L
K
 
K
Q
 
Q
S
 
R
I
 
I
V
 
I
D
 
E
S
 
H
L
 
L
R
 
K
N
 
Q
A
 
T
G
 
G
H
 
H
D
 
E
V
 
P
E
 
I
D
 
D
L
 
C
G
 
G
P
 
A
-
 
L
E
 
R
S
 
Y
A
 
D
V
 
A
S
 
D
C
 
D
D
 
D
Y
 
Y
P
 
P
H
 
A
Y
 
F
A
 
C
Q
 
I
K
 
A
V
 
A
C
 
A
D
 
T
R
 
R
V
 
T
L
 
V
A
 
A
E
 
D
E
 
P
-
 
G
A
 
S
L
 
L
G
 
G
I
 
I
L
 
V
I
 
L
C
x
G
G
|
G
T
x
S
G
 
G
I
x
N
G
|
G
M
x
E
S
 
Q
M
 
I
A
 
A
A
 
A
N
 
N
R
 
K
I
 
V
P
 
P
G
 
G
I
 
A
R
 
R
A
 
C
A
 
A
L
 
L
C
 
A
T
 
W
C
 
S
E
 
V
F
 
Q
H
 
T
A
 
A
R
 
A
A
 
L
T
 
A
R
 
R
Q
 
E
H
|
H
N
|
N
N
 
N
A
 
A
N
 
Q
V
 
L
L
 
I
C
 
G
L
 
I
G
 
G
E
 
G
R
|
R
V
 
M
T
 
H
G
 
T
P
 
V
G
 
A
V
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
A
L
 
I
A
 
V
R
 
D
L
 
A
F
 
F
L
 
V
D
 
T
T
 
T
D
 
P
F
 
W
-
 
S
E
 
K
G
 
A
G
 
Q
R
|
R
H
|
H
Q
 
Q
R
 
R
R
|
R
I
 
I
D
 
D
L
 
I
F
 
L

2betA Structure of mycobacterium tuberculosis ribose-5-phosphate isomerase, rpib, rv2465c, in complex with 4-phospho-d-erythronate. (see paper)
38% identity, 94% coverage: 4:141/147 of query aligns to 3:143/157 of 2betA

query
sites
2betA
K
 
R
V
 
V
F
 
Y
V
 
L
G
 
G
S
 
A
D
|
D
H
|
H
A
 
A
G
 
G
F
 
Y
A
 
E
L
 
L
K
 
K
Q
 
Q
S
 
R
I
 
I
V
 
I
D
 
E
S
 
H
L
 
L
R
 
K
N
 
Q
A
 
T
G
 
G
H
 
H
D
 
E
V
 
P
E
 
I
D
 
D
L
 
C
G
 
G
P
 
A
-
 
L
E
 
R
S
 
Y
A
 
D
V
 
A
S
 
D
C
 
D
D
 
D
Y
 
Y
P
 
P
H
 
A
Y
 
F
A
 
C
Q
 
I
K
 
A
V
 
A
C
 
A
D
 
T
R
 
R
V
 
T
L
 
V
A
 
A
E
 
D
E
 
P
-
 
G
A
 
S
L
 
L
G
 
G
I
 
I
L
 
V
I
 
L
C
x
G
G
|
G
T
x
S
G
 
G
I
 
N
G
|
G
M
x
E
S
 
Q
M
 
I
A
 
A
A
 
A
N
 
N
R
 
K
I
 
V
P
 
P
G
 
G
I
 
A
R
 
R
A
 
C
A
 
A
L
 
L
C
 
A
T
 
W
C
 
S
E
 
V
F
 
Q
H
 
T
A
 
A
R
 
A
A
 
L
T
 
A
R
 
R
Q
 
E
H
|
H
N
 
N
N
 
N
A
 
A
N
 
Q
V
 
L
L
 
I
C
 
G
L
 
I
G
 
G
E
 
G
R
 
R
V
 
M
T
 
H
G
 
T
P
 
V
G
 
A
V
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
A
L
 
I
A
 
V
R
 
D
L
 
A
F
 
F
L
 
V
D
 
T
T
 
T
D
 
P
F
 
W
-
 
S
E
 
K
G
 
A
G
 
Q
R
|
R
H
|
H
Q
 
Q
R
 
R
R
|
R
I
 
I
D
 
D
L
 
I
F
 
L

4lfnA Crystal structure of d-galactose-6-phosphate isomerase in complex with d-ribulose (see paper)
33% identity, 94% coverage: 5:142/147 of query aligns to 3:139/142 of 4lfnA

query
sites
4lfnA
V
 
V
F
 
I
V
 
I
G
 
G
S
 
A
D
 
D
H
 
K
A
 
D
G
 
G
F
 
F
A
 
A
L
 
M
K
 
K
Q
 
E
S
 
Q
I
 
V
V
 
K
D
 
K
S
 
Y
L
 
L
R
 
E
N
 
E
A
 
H
G
 
Q
H
 
Y
D
 
R
V
 
V
E
 
A
D
 
D
L
 
V
G
 
T
P
 
P
E
 
E
S
 
P
A
 
A
V
 
-
S
 
-
C
 
E
D
 
D
Y
 
F
P
 
V
H
 
E
Y
 
S
A
 
S
Q
 
L
K
 
A
V
 
V
C
 
T
D
 
K
R
 
K
V
 
L
L
 
L
A
 
N
E
 
S
E
 
D
A
 
A
-
 
H
L
 
K
G
 
A
I
 
I
L
 
M
I
 
F
C
 
D
G
 
R
T
 
Y
G
 
G
I
 
V
G
 
G
M
 
S
S
 
A
M
 
M
A
 
A
A
 
S
N
 
N
R
 
K
I
 
V
P
 
K
G
 
G
I
 
M
R
 
V
A
 
T
A
 
A
L
 
V
C
 
V
T
 
E
C
 
E
E
 
E
F
 
N
H
 
T
A
 
A
R
 
H
A
 
M
T
 
T
R
 
A
Q
 
E
H
|
H
N
|
N
N
 
G
A
 
A
N
 
K
V
 
A
L
 
I
C
 
A
L
 
I
G
 
G
E
 
T
R
 
G
V
 
I
T
 
T
G
 
G
P
 
Y
G
 
D
V
 
R
A
 
A
L
 
L
E
 
V
L
 
I
A
 
I
R
 
Q
L
 
R
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
T
 
T
D
 
E
F
 
Y
E
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
R
H
 
H
Q
 
Q
R
 
I
R
 
R
I
 
L
D
 
D
L
 
M
F
 
L
D
 
E

4lfmA Crystal structure of d-galactose-6-phosphate isomerase in complex with d-psicose (see paper)
33% identity, 94% coverage: 5:142/147 of query aligns to 3:139/142 of 4lfmA

query
sites
4lfmA
V
 
V
F
 
I
V
 
I
G
 
G
S
 
A
D
 
D
H
 
K
A
 
D
G
 
G
F
 
F
A
 
A
L
 
M
K
 
K
Q
 
E
S
 
Q
I
 
V
V
 
K
D
 
K
S
 
Y
L
 
L
R
 
E
N
 
E
A
 
H
G
 
Q
H
 
Y
D
 
R
V
 
V
E
 
A
D
 
D
L
 
V
G
 
T
P
 
P
E
 
E
S
 
P
A
 
A
V
 
-
S
 
-
C
 
E
D
 
D
Y
 
F
P
 
V
H
 
E
Y
 
S
A
 
S
Q
 
L
K
 
A
V
 
V
C
 
T
D
 
K
R
 
K
V
 
L
L
 
L
A
 
N
E
 
S
E
 
D
A
 
A
-
 
H
L
 
K
G
 
A
I
 
I
L
 
M
I
 
F
C
 
D
G
 
R
T
 
Y
G
 
G
I
 
V
G
 
G
M
 
S
S
 
A
M
 
M
A
 
A
A
 
S
N
 
N
R
 
K
I
 
V
P
 
K
G
 
G
I
 
M
R
 
V
A
 
T
A
 
A
L
 
V
C
 
V
T
 
E
C
 
E
E
 
E
F
 
N
H
 
T
A
 
A
R
 
H
A
 
M
T
 
T
R
 
A
Q
 
E
H
|
H
N
|
N
N
 
G
A
 
A
N
 
K
V
 
A
L
 
I
C
 
A
L
 
I
G
 
G
E
 
T
R
 
G
V
 
I
T
 
T
G
 
G
P
 
Y
G
 
D
V
 
R
A
 
A
L
 
L
E
 
V
L
 
I
A
 
I
R
 
Q
L
 
R
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
T
 
T
D
 
E
F
 
Y
E
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
R
H
 
H
Q
 
Q
R
 
I
R
|
R
I
 
L
D
 
D
L
 
M
F
 
L
D
 
E

4lflA Crystal structure of d-galactose-6-phosphate isomerase in complex with d-tagatose-6-phosphate (see paper)
33% identity, 94% coverage: 5:142/147 of query aligns to 3:139/142 of 4lflA

query
sites
4lflA
V
 
V
F
 
I
V
 
I
G
 
G
S
 
A
D
 
D
H
 
K
A
 
D
G
 
G
F
 
F
A
 
A
L
 
M
K
 
K
Q
 
E
S
 
Q
I
 
V
V
 
K
D
 
K
S
 
Y
L
 
L
R
 
E
N
 
E
A
 
H
G
 
Q
H
 
Y
D
 
R
V
 
V
E
 
A
D
 
D
L
 
V
G
 
T
P
 
P
E
 
E
S
 
P
A
 
A
V
 
-
S
 
-
C
 
E
D
 
D
Y
 
F
P
 
V
H
 
E
Y
 
S
A
 
S
Q
 
L
K
 
A
V
 
V
C
 
T
D
 
K
R
 
K
V
 
L
L
 
L
A
 
N
E
 
S
E
 
D
A
 
A
-
 
H
L
 
K
G
 
A
I
 
I
L
 
M
I
 
F
C
 
D
G
 
R
T
 
Y
G
 
G
I
 
V
G
 
G
M
 
S
S
 
A
M
 
M
A
 
A
A
 
S
N
 
N
R
 
K
I
 
V
P
 
K
G
 
G
I
 
M
R
 
V
A
 
T
A
 
A
L
 
V
C
 
V
T
 
E
C
 
E
E
 
E
F
 
N
H
 
T
A
 
A
R
 
H
A
 
M
T
 
T
R
 
A
Q
 
E
H
|
H
N
|
N
N
 
G
A
 
A
N
 
K
V
 
A
L
 
I
C
 
A
L
 
I
G
 
G
E
 
T
R
 
G
V
 
I
T
 
T
G
 
G
P
 
Y
G
 
D
V
 
R
A
 
A
L
 
L
E
 
V
L
 
I
A
 
I
R
 
Q
L
 
R
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
T
 
T
D
 
E
F
 
Y
E
 
A
G
 
G
G
 
G
R
|
R
H
 
H
Q
 
Q
R
 
I
R
|
R
I
 
L
D
 
D
L
 
M
F
 
L
D
 
E

4lfnB Crystal structure of d-galactose-6-phosphate isomerase in complex with d-ribulose (see paper)
36% identity, 94% coverage: 5:142/147 of query aligns to 3:142/172 of 4lfnB

query
sites
4lfnB
V
 
I
F
 
A
V
 
I
G
 
G
S
 
N
D
|
D
H
 
H
A
x
I
G
 
V
F
 
T
A
 
M
L
 
Q
K
 
K
Q
 
I
S
 
E
I
 
I
V
 
S
D
 
N
S
 
M
L
 
L
R
 
K
N
 
D
A
 
M
G
 
G
H
 
Y
D
 
T
V
 
V
E
 
I
D
 
D
L
 
E
G
 
G
P
 
T
E
 
Y
S
 
D
A
 
T
V
 
H
S
 
R
C
 
T
D
 
H
Y
|
Y
P
 
P
H
 
I
Y
 
Y
A
 
G
Q
 
K
K
 
K
V
 
V
C
 
A
D
 
E
R
 
D
V
 
V
L
 
A
A
 
D
E
 
G
E
 
R
A
 
A
-
 
D
L
 
L
G
 
G
I
 
I
L
 
V
I
 
M
C
|
C
G
|
G
T
|
T
G
 
G
I
 
I
G
|
G
M
 
I
S
 
S
M
 
T
A
 
A
A
 
A
N
 
D
R
 
K
I
 
N
P
 
E
G
 
G
I
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
M
C
 
C
T
 
D
C
 
D
E
 
V
F
 
T
H
 
S
A
 
A
R
 
V
A
 
Y
T
 
A
R
 
R
Q
 
E
H
 
Q
N
 
L
N
 
N
A
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
C
 
G
L
 
I
G
 
G
E
 
G
R
 
A
V
 
V
T
 
V
G
 
G
P
 
V
G
 
H
V
 
L
A
 
I
L
 
Q
E
 
D
L
 
I
A
 
V
R
 
K
L
 
A
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
T
 
A
D
 
T
F
 
Y
-
 
K
E
 
E
G
 
T
G
 
P
R
 
E
H
 
N
Q
 
K
R
 
K
R
 
L
I
 
I
D
 
D
L
 
K
F
 
I
D
 
D

4lfmB Crystal structure of d-galactose-6-phosphate isomerase in complex with d-psicose (see paper)
36% identity, 94% coverage: 5:142/147 of query aligns to 3:142/172 of 4lfmB

query
sites
4lfmB
V
 
I
F
 
A
V
 
I
G
 
G
S
 
N
D
|
D
H
 
H
A
x
I
G
 
V
F
 
T
A
 
M
L
 
Q
K
 
K
Q
 
I
S
 
E
I
 
I
V
 
S
D
 
N
S
 
M
L
 
L
R
 
K
N
 
D
A
 
M
G
 
G
H
 
Y
D
 
T
V
 
V
E
 
I
D
 
D
L
 
E
G
 
G
P
 
T
E
 
Y
S
 
D
A
 
T
V
 
H
S
 
R
C
 
T
D
 
H
Y
|
Y
P
 
P
H
 
I
Y
 
Y
A
 
G
Q
 
K
K
 
K
V
 
V
C
 
A
D
 
E
R
 
D
V
 
V
L
 
A
A
 
D
E
 
G
E
 
R
A
 
A
-
 
D
L
 
L
G
 
G
I
 
I
L
 
V
I
 
M
C
|
C
G
|
G
T
|
T
G
 
G
I
 
I
G
|
G
M
 
I
S
 
S
M
 
T
A
 
A
A
 
A
N
 
D
R
 
K
I
 
N
P
 
E
G
 
G
I
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
M
C
 
C
T
 
D
C
 
D
E
 
V
F
 
T
H
 
S
A
 
A
R
 
V
A
 
Y
T
 
A
R
 
R
Q
 
E
H
 
Q
N
 
L
N
 
N
A
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
C
 
G
L
 
I
G
 
G
E
 
G
R
 
A
V
 
V
T
 
V
G
 
G
P
 
V
G
 
H
V
 
L
A
 
I
L
 
Q
E
 
D
L
 
I
A
 
V
R
 
K
L
 
A
F
 
Y
L
 
L
D
 
D
T
 
A
D
 
T
F
 
Y
-
 
K
E
 
E
G
 
T
G
 
P
R
 
E
H
 
N
Q
 
K
R
 
K
R
 
L
I
 
I
D
 
D
L
 
K
F
 
I
D
 
D

Query Sequence

>207031 FitnessBrowser__DvH:207031
MARKVFVGSDHAGFALKQSIVDSLRNAGHDVEDLGPESAVSCDYPHYAQKVCDRVLAEEA
LGILICGTGIGMSMAANRIPGIRAALCTCEFHARATRQHNNANVLCLGERVTGPGVALEL
ARLFLDTDFEGGRHQRRIDLFDLNGCR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory