SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 207786 MicrobesOnline__882:207786 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

7ahhC Opua inhibited inward-facing, sbd docked (see paper)
49% identity, 98% coverage: 3:392/397 of query aligns to 2:382/382 of 7ahhC

query
sites
7ahhC
K
 
K
L
 
I
S
 
K
I
 
I
R
 
E
N
 
H
L
 
L
T
 
T
K
 
K
I
 
I
F
|
F
G
 
G
P
 
K
H
 
R
P
 
I
E
 
K
K
 
T
A
 
A
L
 
L
G
 
T
L
 
M
L
 
V
E
 
E
Q
 
K
G
 
G
L
 
E
G
 
P
K
 
K
E
 
N
E
 
E
I
 
I
H
 
L
R
 
K
R
 
K
T
 
T
S
 
G
H
 
A
A
x
T
V
|
V
G
|
G
V
 
V
D
 
Y
R
 
D
A
 
T
S
 
N
F
 
F
D
 
E
V
 
I
E
 
N
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
F
V
 
V
V
 
I
M
 
M
G
 
G
L
 
L
S
 
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
V
 
L
R
 
R
C
 
L
L
 
L
N
 
N
R
 
R
L
 
L
I
 
I
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
S
G
 
G
T
 
K
V
 
I
T
 
F
V
 
I
D
 
D
G
 
N
R
 
Q
D
 
D
V
 
V
T
 
A
S
 
T
M
 
L
P
 
N
V
 
K
D
 
E
E
 
D
L
 
L
R
 
L
R
 
Q
L
 
V
R
 
R
Q
 
R
R
 
K
S
 
T
F
 
M
G
 
S
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
N
F
 
F
A
 
G
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
R
 
R
T
 
T
V
 
I
L
 
L
Q
 
E
N
 
N
A
 
T
A
 
E
F
 
Y
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
V
M
 
Q
G
 
N
V
 
V
P
 
P
R
 
K
A
 
E
E
 
E
R
 
R
E
 
R
R
 
K
Q
 
R
A
 
A
M
 
E
V
 
K
S
 
A
L
 
L
E
 
D
R
 
N
V
 
A
G
 
N
L
 
L
A
 
L
E
 
D
W
 
F
A
 
K
A
 
D
S
 
Q
R
 
Y
P
 
P
A
 
K
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
S
 
A
L
 
N
D
 
D
P
 
P
D
 
E
I
 
I
L
 
L
L
 
L
M
 
M
D
|
D
E
|
E
A
 
A
F
 
F
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
L
 
L
I
 
I
R
 
R
R
 
R
D
 
E
M
 
M
Q
 
Q
D
 
D
E
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
E
L
 
L
Q
 
Q
D
 
A
D
 
K
L
 
F
Q
 
Q
K
 
K
T
 
T
I
 
I
V
 
I
F
 
F
I
 
V
S
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
L
D
 
N
E
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
R
L
 
I
G
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
I
V
 
A
L
 
I
M
 
M
R
 
K
D
 
D
G
 
G
A
 
K
V
 
I
V
 
M
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
T
 
T
P
 
G
E
 
E
D
 
E
I
 
I
L
 
L
T
 
T
N
 
N
P
 
P
A
 
A
D
 
N
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V
A
 
K
R
 
T
F
 
F
V
 
V
G
 
E
E
 
D
A
 
-
D
 
-
V
 
-
T
 
-
K
 
-
V
 
-
L
 
-
T
 
T
A
 
A
G
 
E
S
 
N
V
 
I
M
 
M
K
 
I
R
 
P
S
 
A
E
x
L
A
 
T
V
 
T
A
 
N
V
 
I
L
 
-
G
 
D
I
 
V
D
 
D
G
 
G
P
 
P
R
 
S
T
 
V
A
 
A
L
 
L
R
 
K
K
 
K
M
 
M
R
 
K
R
 
T
N
 
E
A
 
E
I
 
V
A
x
S
T
x
S
L
 
L
F
 
M
V
 
A
L
 
V
D
 
D
E
 
K
R
 
K
H
 
R
R
 
Q
L
 
F
V
 
R
G
 
G
L
 
V
I
 
V
T
 
T
A
 
S
D
 
E
D
 
Q
A
 
A
A
 
I
R
 
A
L
 
-
A
 
A
A
 
R
E
 
K
G
 
N
V
 
N
R
 
Q
E
 
P
L
 
L
G
 
K
S
 
D
I
 
V
V
 
M
R
 
T
R
 
T
D
 
D
I
 
V
A
 
G
T
 
T
V
 
V
P
 
S
P
 
K
E
 
E
A
 
M
P
 
L
A
 
V
T
 
R
E
 
D
L
 
I
I
 
L
S
 
P
L
 
I
M
 
I
A
 
Y
D
 
D
L
 
A
P
 
P
H
 
T
P
 
P
L
 
L
A
 
A
V
 
V
V
 
V
D
 
D
E
 
D
R
 
N
G
 
G
R
 
F
L
 
L
A
 
K
G
 
G
V
 
V
I
 
L
V
 
I
R
 
R
G
 
G
L
 
S
L
 
V
L
 
L
G
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
D

7aheC Opua inhibited inward facing (see paper)
49% identity, 98% coverage: 3:392/397 of query aligns to 2:382/382 of 7aheC

query
sites
7aheC
K
 
K
L
 
I
S
 
K
I
 
I
R
 
E
N
 
H
L
 
L
T
 
T
K
 
K
I
 
I
F
 
F
G
 
G
P
 
K
H
 
R
P
 
I
E
 
K
K
 
T
A
 
A
L
 
L
G
 
T
L
 
M
L
 
V
E
 
E
Q
 
K
G
 
G
L
 
E
G
 
P
K
 
K
E
 
N
E
 
E
I
 
I
H
 
L
R
 
K
R
 
K
T
 
T
S
 
G
H
 
A
A
 
T
V
 
V
G
 
G
V
 
V
D
 
Y
R
 
D
A
 
T
S
 
N
F
 
F
D
 
E
V
 
I
E
 
N
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
F
V
 
V
V
 
I
M
 
M
G
 
G
L
 
L
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
V
 
L
R
 
R
C
 
L
L
 
L
N
 
N
R
 
R
L
 
L
I
 
I
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
S
G
 
G
T
 
K
V
 
I
T
 
F
V
 
I
D
 
D
G
 
N
R
 
Q
D
 
D
V
 
V
T
 
A
S
 
T
M
 
L
P
 
N
V
 
K
D
 
E
E
 
D
L
 
L
R
 
L
R
 
Q
L
 
V
R
 
R
Q
 
R
R
 
K
S
 
T
F
 
M
G
 
S
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
N
F
 
F
A
 
G
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
R
 
R
T
 
T
V
 
I
L
 
L
Q
 
E
N
 
N
A
 
T
A
 
E
F
 
Y
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
V
M
 
Q
G
 
N
V
 
V
P
 
P
R
 
K
A
 
E
E
 
E
R
 
R
E
 
R
R
 
K
Q
 
R
A
 
A
M
 
E
V
 
K
S
 
A
L
 
L
E
 
D
R
 
N
V
 
A
G
 
N
L
 
L
A
 
L
E
 
D
W
 
F
A
 
K
A
 
D
S
 
Q
R
 
Y
P
 
P
A
 
K
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
S
 
A
L
 
N
D
 
D
P
 
P
D
 
E
I
 
I
L
 
L
L
 
L
M
 
M
D
 
D
E
 
E
A
 
A
F
 
F
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
L
 
L
I
 
I
R
 
R
R
 
R
D
 
E
M
 
M
Q
 
Q
D
 
D
E
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
E
L
 
L
Q
 
Q
D
 
A
D
 
K
L
 
F
Q
 
Q
K
 
K
T
 
T
I
 
I
V
 
I
F
 
F
I
 
V
S
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
L
D
 
N
E
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
R
L
 
I
G
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
I
V
 
A
L
 
I
M
 
M
R
 
K
D
 
D
G
 
G
A
 
K
V
 
I
V
 
M
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
T
 
T
P
 
G
E
 
E
D
 
E
I
 
I
L
 
L
T
 
T
N
 
N
P
 
P
A
 
A
D
 
N
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V
A
 
K
R
 
T
F
 
F
V
 
V
G
 
E
E
 
D
A
 
-
D
 
-
V
 
-
T
 
-
K
 
-
V
 
-
L
 
-
T
 
T
A
 
A
G
 
E
S
 
N
V
 
I
M
 
M
K
 
I
R
 
P
S
 
A
E
x
L
A
 
T
V
 
T
A
 
N
V
 
I
L
 
-
G
 
D
I
 
V
D
 
D
G
 
G
P
 
P
R
 
S
T
 
V
A
 
A
L
 
L
R
 
K
K
 
K
M
 
M
R
 
K
R
 
T
N
 
E
A
 
E
I
 
V
A
x
S
T
x
S
L
 
L
F
 
M
V
 
A
L
 
V
D
 
D
E
 
K
R
 
K
H
 
R
R
 
Q
L
 
F
V
 
R
G
 
G
L
 
V
I
 
V
T
 
T
A
 
S
D
 
E
D
 
Q
A
 
A
A
 
I
R
 
A
L
 
-
A
 
A
A
 
R
E
 
K
G
 
N
V
 
N
R
 
Q
E
 
P
L
 
L
G
 
K
S
 
D
I
 
V
V
 
M
R
 
T
R
 
T
D
 
D
I
 
V
A
 
G
T
 
T
V
 
V
P
 
S
P
 
K
E
 
E
A
 
M
P
 
L
A
 
V
T
 
R
E
 
D
L
 
I
I
 
L
S
 
P
L
 
I
M
 
I
A
 
Y
D
 
D
L
 
A
P
 
P
H
 
T
P
 
P
L
 
L
A
 
A
V
 
V
V
 
V
D
 
D
E
 
D
R
 
N
G
 
G
R
 
F
L
 
L
A
 
K
G
 
G
V
 
V
I
 
L
V
 
I
R
 
R
G
 
G
L
 
S
L
 
V
L
 
L
G
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
D

7ahdC Opua (e190q) occluded (see paper)
59% identity, 65% coverage: 3:260/397 of query aligns to 2:259/260 of 7ahdC

query
sites
7ahdC
K
 
K
L
 
I
S
 
K
I
 
I
R
 
E
N
 
H
L
 
L
T
 
T
K
 
K
I
 
I
F
|
F
G
 
G
P
 
K
H
 
R
P
 
I
E
 
K
K
 
T
A
 
A
L
 
L
G
 
T
L
 
M
L
 
V
E
 
E
Q
 
K
G
 
G
L
 
E
G
 
P
K
 
K
E
 
N
E
 
E
I
 
I
H
 
L
R
 
K
R
 
K
T
 
T
S
 
G
H
 
A
A
x
T
V
 
V
G
 
G
V
 
V
D
 
Y
R
 
D
A
 
T
S
 
N
F
 
F
D
 
E
V
 
I
E
 
N
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
F
V
 
V
V
 
I
M
 
M
G
 
G
L
 
L
S
|
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
V
 
L
R
 
R
C
 
L
L
 
L
N
 
N
R
 
R
L
 
L
I
 
I
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
S
G
 
G
T
 
K
V
 
I
T
 
F
V
 
I
D
 
D
G
 
N
R
 
Q
D
 
D
V
 
V
T
 
A
S
 
T
M
 
L
P
 
N
V
 
K
D
 
E
E
 
D
L
 
L
R
 
L
R
 
Q
L
 
V
R
 
R
Q
 
R
R
 
K
S
 
T
F
 
M
G
 
S
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
|
Q
N
 
N
F
 
F
A
 
G
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
R
 
R
T
 
T
V
 
I
L
 
L
Q
 
E
N
 
N
A
 
T
A
 
E
F
 
Y
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
V
M
 
Q
G
 
N
V
 
V
P
 
P
R
 
K
A
 
E
E
 
E
R
 
R
E
 
R
R
 
K
Q
 
R
A
 
A
M
 
E
V
 
K
S
 
A
L
 
L
E
 
D
R
 
N
V
 
A
G
 
N
L
 
L
A
 
L
E
 
D
W
 
F
A
 
K
A
 
D
S
 
Q
R
 
Y
P
 
P
A
x
K
Q
|
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
M
|
M
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
S
 
A
L
 
N
D
 
D
P
 
P
D
 
E
I
 
I
L
 
L
L
 
L
M
 
M
D
 
D
E
x
Q
A
 
A
F
 
F
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
L
 
L
I
 
I
R
 
R
R
 
R
D
 
E
M
 
M
Q
 
Q
D
 
D
E
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
E
L
 
L
Q
 
Q
D
 
A
D
 
K
L
 
F
Q
 
Q
K
 
K
T
 
T
I
 
I
V
 
I
F
 
F
I
 
V
S
 
S
H
|
H
D
 
D
L
 
L
D
 
N
E
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
R
L
 
I
G
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
I
V
 
A
L
 
I
M
 
M
R
 
K
D
 
D
G
 
G
A
 
K
V
 
I
V
 
M
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
T
 
T
P
 
G
E
 
E
D
 
E
I
 
I
L
 
L
T
 
T
N
 
N
P
 
P
A
 
A
D
 
N
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
44% identity, 55% coverage: 50:269/397 of query aligns to 40:253/378 of P69874

query
sites
P69874
V
 
I
E
 
N
E
 
N
G
 
G
E
 
E
I
x
F
V
 
L
V
 
T
V
 
L
M
 
L
G
 
G
L
 
P
S
 
S
G
 
G
S
x
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
V
V
x
L
R
 
R
C
 
L
L
 
I
N
 
A
R
 
G
L
 
L
I
 
E
E
 
T
P
 
V
T
 
D
A
 
S
G
 
G
T
 
R
V
 
I
T
 
M
V
x
L
D
 
D
G
 
N
R
 
E
D
 
D
V
 
I
T
 
T
S
 
H
M
 
V
P
 
P
V
 
A
D
 
E
E
 
-
L
 
-
R
 
-
R
 
-
L
 
-
R
 
-
Q
 
N
R
 
R
S
 
Y
F
 
V
G
 
N
M
 
T
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
S
F
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
R
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
F
Q
 
E
N
 
N
A
 
V
A
 
A
F
 
F
G
 
G
L
 
L
E
 
R
A
 
M
M
 
Q
G
 
K
V
 
T
P
 
P
R
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
I
E
 
T
R
 
P
Q
 
R
A
 
V
M
 
M
V
 
E
S
 
A
L
 
L
E
 
R
R
 
M
V
|
V
G
 
Q
L
 
L
A
 
E
E
 
T
W
 
F
A
 
A
A
 
Q
S
 
R
R
 
K
P
 
P
A
 
H
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
S
 
V
L
 
N
D
 
K
P
 
P
D
 
R
I
 
L
L
 
L
L
 
L
M
 
L
D
|
D
E
 
E
A
 
S
F
 
L
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
Y
L
 
K
I
 
L
R
 
R
R
 
K
D
 
Q
M
 
M
Q
 
Q
D
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
K
R
 
A
L
 
L
Q
 
Q
D
 
R
D
 
K
L
 
L
Q
 
G
K
 
I
T
 
T
I
 
F
V
 
V
F
 
F
I
 
V
S
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
D
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
T
L
 
M
G
 
S
D
 
D
R
 
R
I
 
I
V
 
V
L
 
V
M
 
M
R
 
R
D
 
D
G
 
G
A
 
R
V
 
I
V
 
E
Q
 
Q
I
 
D
G
 
G
T
 
T
P
 
P
E
 
R
D
 
E
I
 
I
L
 
Y
T
 
E
N
 
E
P
 
P
A
 
K
D
 
N
D
 
L
Y
 
F
V
 
V
A
 
A
R
 
G
F
 
F
V
 
I
G
 
G
E
 
E
A
 
I
D
 
N
V
 
M

Sites not aligning to the query:

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
41% identity, 66% coverage: 4:264/397 of query aligns to 3:236/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
L
 
I
S
 
R
I
 
I
R
 
R
N
 
N
L
 
L
T
 
H
K
 
K
I
 
W
F
|
F
G
 
G
P
 
P
-
 
L
H
 
H
P
x
V
E
 
L
K
 
K
A
 
G
L
 
I
G
 
H
L
 
L
L
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
L
 
-
G
 
-
K
 
-
E
 
-
E
 
-
I
 
-
H
 
-
R
 
-
R
 
-
T
 
-
S
 
-
H
 
-
A
 
-
V
 
-
G
 
-
V
 
-
D
 
-
R
 
-
A
 
-
S
 
-
F
 
-
D
 
E
V
 
V
E
 
A
E
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
K
V
 
L
V
 
V
V
 
I
M
 
I
G
 
G
L
 
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
V
 
I
R
 
R
C
 
T
L
 
I
N
 
N
R
 
R
L
 
L
I
 
E
E
 
D
P
 
F
T
 
Q
A
 
E
G
 
G
T
 
E
V
 
V
T
 
V
V
 
V
D
 
D
G
 
G
R
 
L
D
 
S
V
 
V
T
 
K
S
 
D
M
 
-
P
 
-
V
 
-
D
 
D
E
 
R
L
 
A
R
 
L
R
 
R
L
 
E
R
 
I
Q
 
R
R
 
R
S
 
E
F
 
V
G
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
Q
F
 
F
A
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
R
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
L
Q
 
E
N
 
N
A
 
V
A
 
T
F
 
L
G
 
A
-
 
P
L
 
M
E
 
R
A
 
V
M
 
R
G
 
R
V
 
W
P
 
P
R
 
R
A
 
E
E
 
K
R
 
A
E
 
E
R
 
K
Q
 
K
A
 
A
M
 
L
V
 
E
S
 
L
L
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
V
G
 
G
L
 
I
A
 
L
E
 
D
W
 
Q
A
 
A
A
 
R
S
 
K
R
 
Y
P
 
P
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
S
 
A
L
 
M
D
 
E
P
 
P
D
 
K
I
 
I
L
 
M
L
 
L
M
 
F
D
 
D
E
 
E
A
 
P
F
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
L
 
-
I
 
-
R
 
-
R
 
-
D
 
E
M
 
M
Q
 
V
D
 
G
E
 
E
L
 
V
L
 
L
R
 
D
L
 
V
Q
 
M
D
 
R
D
 
D
L
 
L
Q
 
A
K
 
Q
-
 
G
-
 
G
-
 
M
T
 
T
I
 
M
V
 
V
F
 
V
I
 
V
S
 
T
H
 
H
D
 
E
L
 
M
D
 
G
E
 
F
A
 
A
L
 
R
K
 
E
L
 
V
G
 
A
D
 
D
R
 
R
I
 
V
V
 
V
L
 
F
M
 
M
R
 
D
D
 
G
G
 
G
A
 
Q
V
 
I
V
 
V
Q
 
E
I
 
E
G
 
G
T
 
R
P
 
P
E
 
E
D
 
E
I
 
I
L
 
F
T
 
T
N
 
R
P
 
P
A
 
K
D
 
E
D
 
E
Y
 
R
V
 
T
A
 
R
R
 
S
F
 
F
V
 
L

2d62A Crystal structure of multiple sugar binding transport atp- binding protein
38% identity, 59% coverage: 33:265/397 of query aligns to 12:244/375 of 2d62A

query
sites
2d62A
I
 
I
H
 
W
R
 
K
R
 
R
T
 
F
S
 
G
H
 
D
A
 
V
V
 
T
G
 
A
V
 
V
D
 
K
R
 
D
A
 
L
S
 
S
F
 
L
D
 
E
V
 
I
E
 
K
E
 
D
G
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
L
V
 
V
V
 
L
M
 
L
G
 
G
L
 
P
S
 
S
G
|
G
S
x
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
V
 
L
R
 
R
C
 
M
L
 
I
N
 
A
R
 
G
L
 
L
I
 
E
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
R
G
 
G
T
 
Q
V
 
I
T
 
Y
V
 
I
D
 
E
G
 
D
R
 
N
D
 
L
V
 
V
T
 
A
S
 
D
M
 
P
P
 
E
V
 
K
D
 
G
E
 
V
L
 
F
R
 
V
R
 
P
L
 
P
R
 
K
Q
 
E
R
 
R
S
 
D
F
 
V
G
 
A
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
S
F
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
H
 
H
R
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
Y
Q
 
D
N
 
N
A
 
I
A
 
A
F
 
F
G
 
P
L
 
L
E
 
K
A
 
L
M
 
R
G
 
K
V
 
V
P
 
P
R
 
K
A
 
Q
E
 
E
R
 
I
E
 
D
R
 
K
Q
 
R
A
 
V
M
 
R
V
 
E
S
 
V
L
 
A
E
 
E
R
 
M
V
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
T
E
 
E
W
 
L
A
 
L
A
 
N
S
 
R
R
 
K
P
 
P
A
 
R
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
L
 
L
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
S
 
I
L
 
R
D
 
R
P
 
P
D
 
K
I
 
V
L
 
F
L
 
L
M
 
M
D
 
D
E
 
E
A
 
P
F
 
L
S
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
A
L
 
K
I
 
L
R
 
R
R
 
V
D
 
K
M
 
M
Q
 
R
D
 
A
E
 
E
L
 
L
L
 
K
R
 
K
L
 
L
Q
 
Q
D
 
R
D
 
Q
L
 
L
Q
 
G
K
 
V
T
 
T
I
 
T
V
 
I
F
 
Y
I
 
V
S
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
D
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
M
K
 
T
L
 
M
G
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
I
V
 
A
L
 
V
M
 
M
R
 
N
D
 
K
G
 
G
A
 
E
V
 
L
V
 
Q
Q
 
Q
I
 
V
G
 
G
T
 
T
P
 
P
E
 
D
D
 
E
I
 
V
L
 
Y
T
 
Y
N
 
K
P
 
P
A
 
V
D
 
N
D
 
T
Y
 
F
V
 
V
A
 
A
R
 
G
F
 
F
V
 
I
G
 
G

8hplC Lpqy-sugabc in state 1 (see paper)
40% identity, 56% coverage: 43:265/397 of query aligns to 17:233/384 of 8hplC

query
sites
8hplC
V
 
V
D
 
K
R
 
E
A
 
F
S
 
S
F
 
M
D
 
T
V
 
I
E
 
A
E
 
D
G
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
I
V
 
I
V
 
L
M
 
V
G
 
G
L
 
P
S
 
S
G
|
G
S
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
T
V
 
L
R
 
N
C
 
M
L
 
I
N
 
A
R
 
G
L
 
L
I
 
E
E
 
E
P
 
I
T
 
T
A
 
S
G
 
G
T
 
E
V
 
L
T
 
R
V
 
I
D
 
G
G
 
G
R
 
E
D
 
R
V
 
V
T
 
N
S
 
E
M
 
-
P
 
-
V
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
-
R
 
K
R
 
A
L
 
P
R
 
K
Q
 
D
R
 
R
S
 
D
F
 
I
G
 
A
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
S
F
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
H
 
H
R
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
R
Q
 
Q
N
 
N
A
 
I
A
 
A
F
 
F
G
 
P
L
 
L
E
 
T
A
 
L
M
 
A
G
 
K
V
 
V
P
 
P
R
 
K
A
 
A
E
 
E
R
 
I
E
 
A
R
 
A
Q
 
K
A
 
V
M
 
E
V
 
E
S
 
T
L
 
A
E
 
K
R
 
I
V
 
L
G
 
D
L
 
L
A
 
S
E
 
E
W
 
L
A
 
L
A
 
D
S
 
R
R
 
K
P
 
P
A
 
G
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
L
 
M
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
S
 
V
L
 
R
D
 
S
P
 
P
D
 
K
I
 
A
L
 
F
L
 
L
M
 
M
D
 
D
E
 
Q
A
 
P
F
 
L
S
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
A
L
 
K
I
 
L
R
 
R
R
 
V
D
 
Q
M
 
M
Q
 
R
D
 
A
E
 
E
L
 
I
L
 
S
R
 
R
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
D
 
R
L
 
L
Q
 
G
K
 
T
T
 
T
I
 
T
V
 
V
F
 
Y
I
 
V
S
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
D
 
T
E
 
E
A
 
A
L
 
M
K
 
T
L
 
L
G
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
V
V
 
V
L
 
V
M
 
M
R
 
L
D
 
A
G
 
G
A
 
E
V
 
V
V
 
Q
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
T
 
T
P
 
P
E
 
D
D
 
E
I
 
L
L
 
Y
T
 
S
N
 
S
P
 
P
A
 
A
D
 
N
D
 
L
Y
 
F
V
 
V
A
 
A
R
 
G
F
 
F
V
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

8hprC Lpqy-sugabc in state 4 (see paper)
40% identity, 56% coverage: 42:265/397 of query aligns to 18:235/363 of 8hprC

query
sites
8hprC
G
 
A
V
 
V
D
 
K
R
 
E
A
 
F
S
 
S
F
 
M
D
 
T
V
 
I
E
 
A
E
 
D
G
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
I
V
 
I
V
 
L
M
 
V
G
 
G
L
 
P
S
|
S
G
|
G
S
 
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
 
T
L
 
T
V
 
L
R
 
N
C
 
M
L
 
I
N
 
A
R
 
G
L
 
L
I
 
E
E
 
E
P
 
I
T
 
T
A
 
S
G
 
G
T
 
E
V
 
L
T
 
R
V
 
I
D
 
G
G
 
G
R
 
E
D
 
R
V
 
V
T
 
N
S
 
E
M
 
-
P
 
-
V
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
-
R
 
K
R
 
A
L
 
P
R
 
K
Q
 
D
R
 
R
S
 
D
F
 
I
G
 
A
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
|
Q
N
 
S
F
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
H
 
H
R
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
R
Q
 
Q
N
 
N
A
 
I
A
 
A
F
 
F
G
 
P
L
 
L
E
 
T
A
 
L
M
 
A
G
 
K
V
 
V
P
 
P
R
 
K
A
 
A
E
 
E
R
 
I
E
 
A
R
 
A
Q
 
K
A
 
V
M
 
E
V
 
E
S
 
T
L
 
A
E
 
K
R
 
I
V
 
L
G
 
D
L
 
L
A
 
S
E
 
E
W
 
L
A
 
L
A
 
D
S
 
R
R
 
K
P
 
P
A
 
G
Q
|
Q
L
 
L
S
 
S
G
|
G
G
|
G
M
x
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
L
 
M
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
S
 
V
L
 
R
D
 
S
P
 
P
D
 
K
I
 
A
L
 
F
L
 
L
M
 
M
D
 
D
E
 
Q
A
 
P
F
 
L
S
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
A
L
 
K
I
 
L
R
 
R
R
 
V
D
 
Q
M
 
M
Q
 
R
D
 
A
E
 
E
L
 
I
L
 
S
R
 
R
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
D
 
R
L
 
L
Q
 
G
K
 
T
T
 
T
I
 
T
V
 
V
F
 
Y
I
 
V
S
 
T
H
|
H
D
 
D
L
 
Q
D
 
T
E
 
E
A
 
A
L
 
M
K
 
T
L
 
L
G
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
V
V
 
V
L
 
V
M
 
M
R
 
L
D
 
A
G
 
G
A
 
E
V
 
V
V
 
Q
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
T
 
T
P
 
P
E
 
D
D
 
E
I
 
L
L
 
Y
T
 
S
N
 
S
P
 
P
A
 
A
D
 
N
D
 
L
Y
 
F
V
 
V
A
 
A
R
 
G
F
 
F
V
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

8hprD Lpqy-sugabc in state 4 (see paper)
40% identity, 56% coverage: 42:265/397 of query aligns to 18:235/362 of 8hprD

query
sites
8hprD
G
 
A
V
 
V
D
 
K
R
 
E
A
 
F
S
 
S
F
 
M
D
 
T
V
 
I
E
 
A
E
 
D
G
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
I
V
 
I
V
 
L
M
 
V
G
 
G
L
 
P
S
|
S
G
 
G
S
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
T
V
 
L
R
 
N
C
 
M
L
 
I
N
 
A
R
 
G
L
 
L
I
 
E
E
 
E
P
 
I
T
 
T
A
 
S
G
 
G
T
 
E
V
 
L
T
 
R
V
 
I
D
 
G
G
 
G
R
 
E
D
 
R
V
 
V
T
 
N
S
 
E
M
 
-
P
 
-
V
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
-
R
 
K
R
 
A
L
 
P
R
 
K
Q
 
D
R
 
R
S
 
D
F
 
I
G
 
A
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
|
Q
N
 
S
F
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
H
 
H
R
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
R
Q
 
Q
N
 
N
A
 
I
A
 
A
F
 
F
G
 
P
L
 
L
E
 
T
A
 
L
M
 
A
G
 
K
V
 
V
P
 
P
R
 
K
A
 
A
E
 
E
R
 
I
E
 
A
R
 
A
Q
 
K
A
 
V
M
 
E
V
 
E
S
 
T
L
 
A
E
 
K
R
 
I
V
 
L
G
 
D
L
 
L
A
 
S
E
 
E
W
 
L
A
 
L
A
 
D
S
x
R
R
 
K
P
 
P
A
 
G
Q
|
Q
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
M
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
L
 
M
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
S
 
V
L
 
R
D
 
S
P
 
P
D
 
K
I
 
A
L
 
F
L
 
L
M
 
M
D
 
D
E
x
Q
A
 
P
F
 
L
S
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
A
L
 
K
I
 
L
R
 
R
R
 
V
D
 
Q
M
 
M
Q
 
R
D
 
A
E
 
E
L
 
I
L
 
S
R
 
R
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
D
 
R
L
 
L
Q
 
G
K
 
T
T
 
T
I
 
T
V
 
V
F
 
Y
I
 
V
S
 
T
H
|
H
D
 
D
L
 
Q
D
 
T
E
 
E
A
 
A
L
 
M
K
 
T
L
 
L
G
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
V
V
 
V
L
 
V
M
 
M
R
 
L
D
 
A
G
 
G
A
 
E
V
 
V
V
 
Q
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
T
 
T
P
 
P
E
 
D
D
 
E
I
 
L
L
 
Y
T
 
S
N
 
S
P
 
P
A
 
A
D
 
N
D
 
L
Y
 
F
V
 
V
A
 
A
R
 
G
F
 
F
V
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
39% identity, 56% coverage: 46:266/397 of query aligns to 20:238/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
A
 
V
S
 
T
F
 
L
D
 
K
V
 
V
E
 
N
E
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
V
V
 
V
V
 
V
V
 
I
M
 
I
G
 
G
L
 
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
V
 
L
R
 
R
C
 
C
L
 
I
N
 
N
R
 
L
L
 
L
I
 
E
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
K
G
 
G
T
 
E
V
 
V
T
 
F
V
 
I
D
 
D
G
 
G
R
 
V
D
 
K
V
 
I
T
 
N
S
 
N
M
 
G
P
 
K
V
 
V
D
 
N
E
 
-
L
 
I
R
 
N
R
 
K
L
 
V
R
 
R
Q
 
Q
R
 
K
S
 
-
F
 
V
G
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
H
F
 
F
A
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
R
 
L
T
 
T
V
 
A
L
 
I
Q
 
E
N
 
N
A
 
I
A
 
T
F
 
L
G
 
A
-
 
P
L
 
V
E
 
K
A
 
V
M
 
K
G
 
K
V
 
M
P
 
N
R
 
K
A
 
K
E
 
E
R
 
A
E
 
E
R
 
E
Q
 
L
A
 
A
M
 
V
V
 
D
S
 
L
L
 
L
E
 
A
R
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
L
E
 
D
W
 
K
A
 
K
A
 
D
S
 
Q
R
 
Y
P
 
P
A
 
I
Q
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
L
G
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
S
 
A
L
 
M
D
 
Q
P
 
P
D
 
E
I
 
V
L
 
M
L
 
L
M
 
F
D
 
D
E
|
E
A
 
P
F
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
L
 
-
I
 
-
R
 
-
R
 
-
D
 
E
M
 
M
Q
 
V
D
 
K
E
 
E
L
 
V
L
 
L
R
 
N
L
 
V
Q
 
M
D
 
K
D
 
Q
L
 
L
Q
 
A
K
 
N
-
 
E
-
 
G
-
 
M
T
 
T
I
 
M
V
 
V
F
 
V
I
 
V
S
 
T
H
|
H
D
 
E
L
 
M
D
 
G
E
 
F
A
 
A
L
 
R
K
 
E
L
 
V
G
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
V
V
 
I
L
 
F
M
 
M
R
 
D
D
 
D
G
 
G
A
 
V
V
 
I
V
 
V
Q
 
E
I
 
E
G
 
G
T
 
T
P
 
P
E
 
E
D
 
E
I
 
I
L
 
F
T
 
Y
N
 
R
P
 
A
A
 
K
D
 
N
D
 
E
Y
 
R
V
 
T
A
 
R
R
 
E
F
 
F
V
 
L
G
 
S
E
 
K

Sites not aligning to the query:

1vciA Crystal structure of the atp-binding cassette of multisugar transporter from pyrococcus horikoshii ot3 complexed with atp (see paper)
37% identity, 60% coverage: 31:270/397 of query aligns to 10:235/353 of 1vciA

query
sites
1vciA
E
 
E
E
 
N
I
 
L
H
 
T
R
 
K
R
 
R
T
x
F
S
 
G
H
 
N
A
x
F
V
 
T
G
 
A
V
 
V
D
 
N
R
 
K
A
 
L
S
 
N
F
 
L
D
 
T
V
 
I
E
 
K
E
 
D
G
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
L
V
 
V
V
 
L
M
 
L
G
 
G
L
 
P
S
|
S
G
|
G
S
 
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
V
 
L
R
 
R
C
 
M
L
 
I
N
 
A
R
 
G
L
 
L
I
 
E
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
E
G
 
G
T
 
R
V
 
I
T
 
Y
V
 
F
D
 
G
G
 
D
R
 
R
D
 
D
V
 
V
T
 
T
S
 
Y
M
 
L
P
 
P
V
 
P
D
 
-
E
 
-
L
 
-
R
 
-
R
 
-
L
 
-
R
 
K
Q
 
D
R
 
R
S
 
N
F
 
I
G
 
S
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
-
F
 
-
A
 
-
L
 
-
F
 
-
P
 
-
H
 
H
R
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
Y
Q
 
E
N
 
N
A
 
I
A
 
A
F
 
F
G
 
P
L
 
L
E
 
K
A
 
K
M
 
F
G
 
-
V
 
-
P
 
P
R
 
K
A
 
D
E
 
E
R
 
I
E
 
D
R
 
K
Q
 
R
A
 
V
M
 
R
V
 
W
S
 
A
L
 
A
E
 
E
R
 
L
V
 
L
G
 
Q
L
 
I
A
 
E
E
 
E
W
 
L
A
 
L
A
 
N
S
 
R
R
 
Y
P
 
P
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
L
 
V
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
S
 
V
L
 
V
D
 
E
P
 
P
D
 
D
I
 
V
L
 
L
L
 
L
M
 
M
D
 
D
E
 
E
A
 
P
F
 
L
S
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
A
L
 
K
I
 
L
R
 
R
R
 
V
D
 
A
M
 
M
Q
 
R
D
 
A
E
 
E
L
 
I
L
 
K
R
 
K
L
 
L
Q
 
Q
D
 
Q
D
 
K
L
 
L
Q
 
K
K
 
V
T
 
T
I
 
T
V
 
I
F
 
Y
I
 
V
S
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
D
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
M
K
 
T
L
 
M
G
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
I
V
 
A
L
 
V
M
 
M
R
 
N
D
 
R
G
 
G
A
 
Q
V
 
L
V
 
L
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
T
 
S
P
 
P
E
 
T
D
 
E
I
 
V
L
 
Y
T
 
L
N
 
R
P
 
P
A
 
N
D
 
S
D
 
V
Y
 
F
V
 
V
A
 
A
R
 
T
F
 
F
V
 
I
G
 
G
E
 
A
A
 
P
D
 
E
V
 
M
T
 
N

1g291 Malk (see paper)
37% identity, 59% coverage: 32:265/397 of query aligns to 8:241/372 of 1g291

query
sites
1g291
E
 
D
I
 
V
H
 
W
R
 
K
R
 
V
T
 
F
S
 
G
H
 
E
A
 
V
V
 
T
G
 
A
V
 
V
D
 
R
R
 
E
A
 
M
S
 
S
F
 
L
D
 
E
V
 
V
E
 
K
E
 
D
G
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
M
V
 
I
V
 
L
M
 
L
G
 
G
L
 
P
S
|
S
G
|
G
S
x
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
V
 
L
R
 
R
C
 
M
L
 
I
N
 
A
R
 
G
L
 
L
I
 
E
E
 
E
P
 
P
T
 
S
A
 
R
G
 
G
T
 
Q
V
 
I
T
 
Y
V
 
I
D
 
G
G
 
D
R
 
K
D
 
L
V
 
V
T
 
A
S
x
D
M
 
P
P
x
E
V
x
K
D
 
G
E
 
I
L
 
F
R
 
V
R
 
P
L
 
P
R
x
K
Q
x
D
R
 
R
S
 
D
F
 
I
G
 
A
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
S
F
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
H
 
H
R
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
Y
Q
 
D
N
 
N
A
 
I
A
 
A
F
 
F
G
 
P
L
 
L
E
 
K
A
 
L
M
 
R
G
 
K
V
 
V
P
 
P
R
 
R
A
 
Q
E
 
E
R
 
I
E
 
D
R
 
Q
Q
 
R
A
 
V
M
 
R
V
 
E
S
 
V
L
 
A
E
 
E
R
 
L
V
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
T
E
 
E
W
 
L
A
 
L
A
 
N
S
 
R
R
 
K
P
 
P
A
 
R
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
L
 
L
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
S
 
V
L
 
R
D
 
K
P
 
P
D
 
Q
I
 
V
L
 
F
L
 
L
M
 
M
D
 
D
E
 
E
A
 
P
F
 
L
S
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
A
L
 
K
I
 
L
R
 
R
R
 
V
D
 
R
M
 
M
Q
 
R
D
 
A
E
 
E
L
 
L
L
 
K
R
 
K
L
 
L
Q
 
Q
D
 
R
D
 
Q
L
 
L
Q
 
G
K
 
V
T
 
T
I
 
T
V
 
I
F
 
Y
I
 
V
S
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
D
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
M
K
 
T
L
 
M
G
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
I
V
 
A
L
 
V
M
 
M
R
 
N
D
 
R
G
 
G
A
 
V
V
 
L
V
 
Q
Q
 
Q
I
 
V
G
 
G
T
 
S
P
 
P
E
 
D
D
 
E
I
 
V
L
 
Y
T
 
D
N
 
K
P
 
P
A
 
A
D
 
N
D
 
T
Y
 
F
V
 
V
A
 
A
R
 
G
F
 
F
V
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
36% identity, 66% coverage: 1:264/397 of query aligns to 1:241/343 of P30750

query
sites
P30750
M
 
M
S
 
I
K
 
K
L
 
L
S
 
S
I
 
-
R
 
-
N
 
N
L
 
I
T
 
T
K
 
K
I
 
V
F
 
F
G
 
-
P
 
-
H
 
-
P
 
-
E
 
-
K
 
-
A
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
L
 
-
G
 
-
K
 
-
E
 
-
E
 
-
I
 
-
H
 
H
R
 
Q
R
 
G
T
 
T
S
 
R
H
 
T
A
 
I
V
 
Q
G
 
A
V
 
L
D
 
N
R
 
N
A
 
V
S
 
S
F
 
L
D
 
H
V
 
V
E
 
P
E
 
A
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
V
 
Y
V
 
G
V
 
V
M
 
I
G
 
G
L
 
A
S
|
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
V
 
I
R
 
R
C
 
C
L
 
V
N
 
N
R
 
L
L
 
L
I
 
E
E
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
E
G
 
G
T
 
S
V
 
V
T
 
L
V
 
V
D
 
D
G
 
G
R
 
Q
D
 
E
V
 
L
T
 
T
S
 
T
M
 
L
P
 
S
V
 
E
D
 
S
E
 
E
L
 
L
R
 
T
R
 
K
L
 
A
R
 
R
Q
 
-
R
 
R
S
 
Q
F
 
I
G
 
G
M
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
H
F
 
F
A
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
S
R
 
R
T
 
T
V
 
V
L
 
F
Q
 
G
N
 
N
A
 
V
A
 
A
F
 
L
G
 
P
L
 
L
E
 
E
A
 
L
M
 
D
G
 
N
V
 
T
P
 
P
R
 
K
A
 
D
E
 
E
R
 
V
E
 
K
R
 
R
Q
 
R
A
 
V
M
 
T
V
 
E
S
 
L
L
 
L
E
 
S
R
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
G
E
 
D
W
 
K
A
 
H
A
 
D
S
 
S
R
 
Y
P
 
P
A
 
S
Q
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
S
 
A
L
 
S
D
 
N
P
 
P
D
 
K
I
 
V
L
 
L
L
 
L
M
 
C
D
 
D
E
|
E
A
 
A
F
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
L
 
A
I
 
T
R
 
T
R
 
R
D
 
S
M
 
I
Q
 
L
D
 
E
E
 
L
L
 
L
L
 
K
R
 
D
L
 
I
Q
 
N
D
 
R
D
 
R
L
 
L
Q
 
G
K
 
L
T
 
T
I
 
I
V
 
L
F
 
L
I
 
I
S
 
T
H
 
H
D
 
E
L
 
M
D
 
D
E
 
V
A
 
V
L
 
K
K
 
R
L
 
I
G
 
C
D
 
D
R
 
C
I
 
V
V
 
A
L
 
V
M
 
I
R
 
S
D
 
N
G
 
G
A
 
E
V
 
L
V
 
I
Q
 
E
I
 
Q
G
 
D
T
 
T
P
 
V
E
 
S
D
 
E
I
 
V
L
 
F
T
 
S
N
 
H
P
 
P
A
 
K
D
 
T
D
 
P
Y
 
L
V
 
A
A
 
Q
R
 
K
F
 
F
V
 
I

Sites not aligning to the query:

6cvlD Crystal structure of the escherichia coli atpgs-bound metni methionine abc transporter in complex with its metq binding protein (see paper)
36% identity, 66% coverage: 1:264/397 of query aligns to 2:242/344 of 6cvlD

query
sites
6cvlD
M
 
M
S
 
I
K
 
K
L
 
L
S
 
S
I
 
-
R
 
-
N
 
N
L
 
I
T
 
T
K
 
K
I
 
V
F
|
F
G
 
-
P
 
-
H
 
-
P
 
-
E
 
-
K
 
-
A
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
L
 
-
G
 
-
K
 
-
E
 
-
E
 
-
I
 
-
H
 
H
R
x
Q
R
 
G
T
 
T
S
 
R
H
 
T
A
x
I
V
 
Q
G
 
A
V
 
L
D
 
N
R
 
N
A
 
V
S
 
S
F
 
L
D
 
H
V
 
V
E
 
P
E
 
A
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
V
 
Y
V
 
G
V
 
V
M
 
I
G
 
G
L
 
A
S
|
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
V
 
I
R
 
R
C
 
C
L
 
V
N
 
N
R
 
L
L
 
L
I
 
E
E
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
E
G
 
G
T
 
S
V
 
V
T
 
L
V
 
V
D
 
D
G
 
G
R
 
Q
D
 
E
V
 
L
T
 
T
S
 
T
M
 
L
P
 
S
V
 
E
D
 
S
E
 
E
L
 
L
R
 
T
R
 
K
L
 
A
R
 
R
Q
 
-
R
 
R
S
 
Q
F
 
I
G
 
G
M
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
H
F
 
F
A
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
S
R
 
R
T
 
T
V
 
V
L
 
F
Q
 
G
N
 
N
A
 
V
A
 
A
F
 
L
G
 
P
L
 
L
E
 
E
A
 
L
M
 
D
G
 
N
V
 
T
P
 
P
R
 
K
A
 
D
E
 
E
R
 
V
E
 
K
R
 
R
Q
 
R
A
 
V
M
 
T
V
 
E
S
 
L
L
 
L
E
 
S
R
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
G
E
 
D
W
 
K
A
 
H
A
 
D
S
 
S
R
 
Y
P
 
P
A
 
S
Q
x
N
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
M
x
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
S
 
A
L
 
S
D
 
N
P
 
P
D
 
K
I
 
V
L
 
L
L
 
L
M
 
C
D
 
D
E
 
Q
A
 
A
F
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
L
 
A
I
 
T
R
 
T
R
 
R
D
 
S
M
 
I
Q
 
L
D
 
E
E
 
L
L
 
L
L
 
K
R
 
D
L
 
I
Q
 
N
D
 
R
D
 
R
L
 
L
Q
 
G
K
 
L
T
 
T
I
 
I
V
 
L
F
 
L
I
 
I
S
 
T
H
|
H
D
 
E
L
 
M
D
 
D
E
 
V
A
 
V
L
 
K
K
 
R
L
 
I
G
 
C
D
 
D
R
 
C
I
 
V
V
 
A
L
 
V
M
 
I
R
 
S
D
 
N
G
 
G
A
 
E
V
 
L
V
 
I
Q
 
E
I
 
Q
G
 
D
T
 
T
P
 
V
E
 
S
D
 
E
I
 
V
L
 
F
T
 
S
N
 
H
P
 
P
A
 
K
D
 
T
D
 
P
Y
 
L
V
 
A
A
 
Q
R
 
K
F
 
F
V
 
I

3tuzC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 semet soak crystal form (see paper)
36% identity, 66% coverage: 1:264/397 of query aligns to 2:242/344 of 3tuzC

query
sites
3tuzC
M
 
M
S
 
I
K
 
K
L
 
L
S
 
S
I
 
-
R
 
-
N
 
N
L
 
I
T
 
T
K
 
K
I
 
V
F
|
F
G
 
-
P
 
-
H
 
-
P
 
-
E
 
-
K
 
-
A
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
L
 
-
G
 
-
K
 
-
E
 
-
E
 
-
I
 
-
H
 
H
R
x
Q
R
 
G
T
 
T
S
 
R
H
 
T
A
 
I
V
 
Q
G
 
A
V
 
L
D
 
N
R
 
N
A
 
V
S
 
S
F
 
L
D
 
H
V
 
V
E
 
P
E
 
A
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
V
 
Y
V
 
G
V
 
V
M
 
I
G
 
G
L
 
A
S
 
S
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
V
 
I
R
 
R
C
 
C
L
 
V
N
 
N
R
 
L
L
 
L
I
 
E
E
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
E
G
 
G
T
 
S
V
 
V
T
 
L
V
 
V
D
 
D
G
 
G
R
 
Q
D
 
E
V
 
L
T
 
T
S
 
T
M
 
L
P
 
S
V
 
E
D
 
S
E
 
E
L
 
L
R
 
T
R
 
K
L
 
A
R
 
R
Q
 
-
R
 
R
S
 
Q
F
 
I
G
 
G
M
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
H
F
 
F
A
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
S
R
 
R
T
 
T
V
 
V
L
 
F
Q
 
G
N
 
N
A
 
V
A
 
A
F
 
L
G
 
P
L
 
L
E
 
E
A
 
L
M
 
D
G
 
N
V
 
T
P
 
P
R
 
K
A
 
D
E
 
E
R
 
V
E
 
K
R
 
R
Q
 
R
A
 
V
M
 
T
V
 
E
S
 
L
L
 
L
E
 
S
R
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
G
E
 
D
W
 
K
A
 
H
A
 
D
S
 
S
R
 
Y
P
 
P
A
 
S
Q
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
S
 
A
L
 
S
D
 
N
P
 
P
D
 
K
I
 
V
L
 
L
L
 
L
M
 
C
D
 
D
E
 
Q
A
 
A
F
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
L
 
A
I
 
T
R
 
T
R
 
R
D
 
S
M
 
I
Q
 
L
D
 
E
E
 
L
L
 
L
L
 
K
R
 
D
L
 
I
Q
 
N
D
 
R
D
 
R
L
 
L
Q
 
G
K
 
L
T
 
T
I
 
I
V
 
L
F
 
L
I
 
I
S
 
T
H
 
H
D
 
E
L
 
M
D
 
D
E
 
V
A
 
V
L
 
K
K
 
R
L
 
I
G
 
C
D
 
D
R
 
C
I
 
V
V
 
A
L
 
V
M
 
I
R
 
S
D
 
N
G
 
G
A
 
E
V
 
L
V
 
I
Q
 
E
I
 
Q
G
 
D
T
 
T
P
 
V
E
 
S
D
 
E
I
 
V
L
 
F
T
 
S
N
 
H
P
 
P
A
 
K
D
 
T
D
 
P
Y
 
L
V
 
A
A
 
Q
R
 
K
F
 
F
V
 
I

Sites not aligning to the query:

3tuiC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 native crystal form (see paper)
36% identity, 66% coverage: 1:264/397 of query aligns to 2:242/344 of 3tuiC

query
sites
3tuiC
M
 
M
S
 
I
K
 
K
L
 
L
S
 
S
I
 
-
R
 
-
N
 
N
L
 
I
T
 
T
K
 
K
I
 
V
F
|
F
G
 
-
P
 
-
H
 
-
P
 
-
E
 
-
K
 
-
A
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
L
 
-
G
 
-
K
 
-
E
 
-
E
 
-
I
 
-
H
 
H
R
 
Q
R
 
G
T
 
T
S
 
R
H
 
T
A
 
I
V
 
Q
G
 
A
V
 
L
D
 
N
R
 
N
A
 
V
S
 
S
F
 
L
D
 
H
V
 
V
E
 
P
E
 
A
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
V
 
Y
V
 
G
V
 
V
M
 
I
G
 
G
L
 
A
S
 
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
V
 
I
R
 
R
C
 
C
L
 
V
N
 
N
R
 
L
L
 
L
I
 
E
E
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
E
G
 
G
T
 
S
V
 
V
T
 
L
V
 
V
D
 
D
G
 
G
R
 
Q
D
 
E
V
 
L
T
 
T
S
 
T
M
 
L
P
 
S
V
 
E
D
 
S
E
 
E
L
 
L
R
 
T
R
 
K
L
 
A
R
 
R
Q
 
-
R
 
R
S
 
Q
F
 
I
G
 
G
M
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
H
F
 
F
A
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
S
R
 
R
T
 
T
V
 
V
L
 
F
Q
 
G
N
 
N
A
 
V
A
 
A
F
 
L
G
 
P
L
 
L
E
 
E
A
 
L
M
 
D
G
 
N
V
 
T
P
 
P
R
 
K
A
 
D
E
 
E
R
 
V
E
 
K
R
 
R
Q
 
R
A
 
V
M
 
T
V
 
E
S
 
L
L
 
L
E
 
S
R
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
G
E
 
D
W
 
K
A
 
H
A
 
D
S
 
S
R
 
Y
P
 
P
A
 
S
Q
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
S
 
A
L
 
S
D
 
N
P
 
P
D
 
K
I
 
V
L
 
L
L
 
L
M
 
C
D
 
D
E
 
Q
A
 
A
F
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
L
 
A
I
 
T
R
 
T
R
 
R
D
 
S
M
 
I
Q
 
L
D
 
E
E
 
L
L
 
L
L
 
K
R
 
D
L
 
I
Q
 
N
D
 
R
D
 
R
L
 
L
Q
 
G
K
 
L
T
 
T
I
 
I
V
 
L
F
 
L
I
 
I
S
 
T
H
 
H
D
 
E
L
 
M
D
 
D
E
 
V
A
 
V
L
 
K
K
 
R
L
 
I
G
 
C
D
 
D
R
 
C
I
 
V
V
 
A
L
 
V
M
 
I
R
 
S
D
 
N
G
 
G
A
 
E
V
 
L
V
 
I
Q
 
E
I
 
Q
G
 
D
T
 
T
P
 
V
E
 
S
D
 
E
I
 
V
L
 
F
T
 
S
N
 
H
P
 
P
A
 
K
D
 
T
D
 
P
Y
 
L
V
 
A
A
 
Q
R
 
K
F
 
F
V
 
I

3c4jA Abc protein artp in complex with atp-gamma-s
40% identity, 55% coverage: 50:266/397 of query aligns to 26:240/242 of 3c4jA

query
sites
3c4jA
V
 
I
E
 
R
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
V
V
 
V
V
 
V
V
 
V
M
 
I
G
 
G
L
 
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
V
 
L
R
 
R
C
 
C
L
 
L
N
 
N
R
 
L
L
 
L
I
 
E
E
 
D
P
 
F
T
 
D
A
 
E
G
 
G
T
 
E
V
 
I
T
 
I
V
 
I
D
 
D
G
 
G
R
 
I
D
 
N
V
 
L
T
 
K
S
 
A
M
 
K
P
 
D
V
 
T
D
 
N
E
 
-
L
 
L
R
 
N
R
 
K
L
 
V
R
 
R
Q
 
E
R
 
-
S
 
E
F
 
V
G
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
R
F
 
F
A
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
R
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
L
Q
 
N
N
 
N
A
 
I
A
 
T
F
 
L
G
 
A
-
 
P
L
 
M
E
 
K
A
 
V
M
 
R
G
 
K
V
 
W
P
 
P
R
 
R
A
 
E
E
 
K
R
 
A
E
 
E
R
 
A
Q
 
K
A
 
A
M
 
M
V
 
E
S
 
L
L
 
L
E
 
D
R
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
K
E
 
D
W
 
K
A
 
A
A
 
H
S
 
A
R
 
Y
P
 
P
A
 
D
Q
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
S
 
A
L
 
M
D
 
E
P
 
P
D
 
K
I
 
I
L
 
M
L
 
L
M
 
F
D
 
D
E
 
E
A
 
P
F
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
L
 
-
I
 
-
R
 
-
R
 
-
D
 
E
M
 
M
Q
 
V
D
 
G
E
 
E
L
 
V
L
 
L
R
 
S
L
 
V
Q
 
M
D
 
K
D
 
Q
L
 
L
Q
 
A
K
 
N
-
 
E
-
 
G
-
 
M
T
 
T
I
 
M
V
 
V
F
 
V
I
 
V
S
 
T
H
 
H
D
 
E
L
 
M
D
 
G
E
 
F
A
 
A
L
 
R
K
 
E
L
 
V
G
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
V
V
 
L
L
 
F
M
 
M
R
 
D
D
 
G
G
 
G
A
 
Y
V
 
I
V
 
I
Q
 
E
I
 
E
G
 
G
T
 
K
P
 
P
E
 
E
D
 
D
I
 
L
L
 
F
T
 
D
N
 
R
P
 
P
A
 
Q
D
 
H
D
 
E
Y
 
R
V
 
T
A
 
K
R
 
A
F
 
F
V
 
L
G
 
S
E
 
K

Sites not aligning to the query:

3c41J Abc protein artp in complex with amp-pnp/mg2+
40% identity, 55% coverage: 50:266/397 of query aligns to 26:240/242 of 3c41J

query
sites
3c41J
V
 
I
E
 
R
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
V
V
 
V
V
 
V
V
 
V
M
 
I
G
 
G
L
 
P
S
|
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
V
 
L
R
 
R
C
 
C
L
 
L
N
 
N
R
 
L
L
 
L
I
 
E
E
 
D
P
 
F
T
 
D
A
 
E
G
 
G
T
 
E
V
 
I
T
 
I
V
 
I
D
 
D
G
 
G
R
 
I
D
 
N
V
 
L
T
 
K
S
 
A
M
 
K
P
 
D
V
 
T
D
 
N
E
 
-
L
 
L
R
 
N
R
 
K
L
 
V
R
 
R
Q
 
E
R
 
-