SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 207987 MicrobesOnline__882:207987 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 5 hits to proteins with known functional sites (download)

2yxoB Histidinol phosphate phosphatase complexed with sulfate (see paper)
31% identity, 99% coverage: 4:274/274 of query aligns to 2:263/265 of 2yxoB

query
sites
2yxoB
I
 
V
D
 
D
L
 
S
H
|
H
T
 
V
H
|
H
T
 
T
S
 
P
H
 
L
-
 
C
S
 
G
H
|
H
G
 
A
Q
 
E
A
 
G
T
 
H
V
 
P
Q
 
E
E
 
A
M
 
Y
F
 
L
E
 
E
A
 
E
G
 
A
C
 
R
A
 
A
R
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
K
V
 
G
H
 
V
G
 
V
F
 
F
S
 
T
E
 
D
H
|
H
S
 
S
P
 
P
R
 
M
P
 
P
S
 
P
G
 
W
Y
 
Y
D
 
D
Y
 
P
P
 
E
K
 
S
D
 
R
Y
 
M
R
 
R
D
 
L
K
 
E
L
 
A
T
 
L
R
 
P
S
 
F
F
 
Y
P
 
L
D
 
L
Y
 
A
V
 
L
E
 
E
Q
 
R
V
 
V
R
 
R
T
 
E
L
 
R
A
 
A
A
 
Q
T
 
-
Y
 
-
A
 
-
P
 
-
E
 
D
R
 
L
T
 
Y
V
 
V
L
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
M
 
A
D
 
D
W
 
F
L
 
H
P
 
P
G
 
G
Q
 
T
E
 
E
P
 
G
F
 
F
I
 
L
D
 
A
A
 
Q
T
 
L
I
 
L
H
 
R
R
 
R
Y
 
Y
D
 
P
Y
 
F
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V
I
 
I
G
 
G
G
 
S
I
 
V
H
|
H
F
 
Y
L
 
L
G
 
G
T
 
A
W
 
W
G
 
P
F
 
L
D
 
D
Y
 
H
T
 
-
P
 
P
D
 
D
D
 
H
W
 
Q
Q
 
E
G
 
E
F
 
Y
S
 
A
P
 
W
E
 
R
Q
 
D
T
 
L
A
 
K
D
 
E
I
 
V
Y
 
F
V
 
R
R
 
A
Y
 
Y
F
 
F
E
 
Q
S
 
E
L
 
V
R
 
E
R
 
K
M
 
A
A
 
A
A
 
R
S
 
S
G
 
G
M
 
L
F
 
F
D
 
H
I
 
A
A
 
I
A
 
G
H
|
H
P
 
L
D
 
D
I
 
L
I
 
P
K
 
K
I
 
K
F
 
F
S
 
G
A
 
-
A
 
-
A
 
-
F
 
-
H
 
-
D
 
H
W
 
R
L
 
L
A
 
P
T
 
E
D
 
E
K
 
A
A
 
L
K
 
L
A
 
E
V
 
L
V
 
A
R
 
E
D
 
P
A
 
A
L
 
L
E
 
R
T
 
A
M
 
V
H
 
A
T
 
E
A
 
A
G
 
G
M
 
L
A
 
F
M
 
L
E
 
D
I
 
V
S
 
N
S
 
T
A
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
R
K
 
R
P
 
P
C
 
A
K
 
K
E
 
E
I
 
V
Y
 
Y
P
 
P
C
 
A
P
 
P
D
 
A
I
 
L
M
 
L
R
 
R
M
 
R
A
 
A
A
 
R
D
 
E
I
 
L
G
 
G
L
 
I
P
 
G
V
 
L
T
 
V
F
 
L
G
 
G
S
 
S
D
|
D
A
 
A
H
|
H
C
 
R
V
 
P
N
 
E
T
 
E
I
 
V
G
 
G
W
 
F
G
 
A
F
 
F
D
 
P
T
 
E
L
 
V
A
 
Q
D
 
A
Y
 
L
A
 
L
R
 
A
G
 
G
F
 
L
G
 
G
Y
 
F
T
 
R
R
 
E
S
 
A
V
 
Y
W
 
Y
M
 
F
R
 
V
R
 
E
G
 
G
E
 
S
R
 
P
F
 
V
E
 
A
R
 
Y
P
 
P
F
 
L

2yz5A Histidinol phosphate phosphatase complexed with phosphate (see paper)
31% identity, 99% coverage: 4:274/274 of query aligns to 2:263/263 of 2yz5A

query
sites
2yz5A
I
 
V
D
 
D
L
 
S
H
|
H
T
 
V
H
|
H
T
 
T
S
 
P
H
 
L
-
 
C
S
 
G
H
|
H
G
 
A
Q
 
E
A
 
G
T
 
H
V
 
P
Q
 
E
E
 
A
M
 
Y
F
 
L
E
 
E
A
 
E
G
 
A
C
 
R
A
 
A
R
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
K
V
 
G
H
 
V
G
 
V
F
 
F
S
 
T
E
 
D
H
|
H
S
 
S
P
 
P
R
 
M
P
 
P
S
 
P
G
 
W
Y
 
Y
D
 
D
Y
 
P
P
 
E
K
 
S
D
 
R
Y
 
M
R
 
R
D
 
L
K
 
E
L
 
A
T
 
L
R
 
P
S
 
F
F
 
Y
P
 
L
D
 
L
Y
 
A
V
 
L
E
 
E
Q
 
R
V
 
V
R
 
R
T
 
E
L
 
R
A
 
A
A
 
Q
T
 
-
Y
 
-
A
 
-
P
 
-
E
 
D
R
 
L
T
 
Y
V
 
V
L
 
G
L
 
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
M
 
A
D
 
D
W
 
F
L
 
H
P
 
P
G
 
G
Q
 
T
E
 
E
P
 
G
F
 
F
I
 
L
D
 
A
A
 
Q
T
 
L
I
 
L
H
 
R
R
 
R
Y
 
Y
D
 
P
Y
 
F
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V
I
 
I
G
 
G
G
 
S
I
 
V
H
|
H
F
 
Y
L
 
L
G
 
G
T
 
A
W
 
W
G
 
P
F
 
L
D
 
D
Y
 
H
T
 
-
P
 
P
D
 
D
D
 
H
W
 
Q
Q
 
E
G
 
E
F
 
Y
S
 
A
P
 
W
E
 
R
Q
 
D
T
 
L
A
 
K
D
 
E
I
 
V
Y
 
F
V
 
R
R
 
A
Y
 
Y
F
 
F
E
 
Q
S
 
E
L
 
V
R
 
E
R
 
K
M
 
A
A
 
A
A
 
R
S
 
S
G
 
G
M
 
L
F
 
F
D
 
H
I
 
A
A
 
I
A
 
G
H
|
H
P
 
L
D
 
D
I
 
L
I
 
P
K
 
K
I
 
K
F
 
F
S
 
G
A
 
-
A
 
-
A
 
-
F
 
-
H
 
-
D
 
H
W
 
R
L
 
L
A
 
P
T
 
E
D
 
E
K
 
A
A
 
L
K
 
L
A
 
E
V
 
L
V
 
A
R
 
E
D
 
P
A
 
A
L
 
L
E
 
R
T
 
A
M
 
V
H
 
A
T
 
E
A
 
A
G
 
G
M
 
L
A
 
F
M
 
L
E
 
D
I
 
V
S
 
N
S
 
T
A
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
R
K
 
R
P
 
P
C
 
A
K
 
K
E
 
E
I
 
V
Y
 
Y
P
 
P
C
 
A
P
 
P
D
 
A
I
 
L
M
 
L
R
 
R
M
 
R
A
 
A
A
 
R
D
 
E
I
 
L
G
 
G
L
 
I
P
 
G
V
 
L
T
 
V
F
 
L
G
 
G
S
 
S
D
|
D
A
 
A
H
|
H
C
 
R
V
 
P
N
 
E
T
 
E
I
 
V
G
 
G
W
 
F
G
 
A
F
 
F
D
 
P
T
 
E
L
 
V
A
 
Q
D
 
A
Y
 
L
A
 
L
R
 
A
G
 
G
F
 
L
G
 
G
Y
 
F
T
 
R
R
 
E
S
 
A
V
 
Y
W
 
Y
M
 
F
R
 
V
R
 
E
G
 
G
E
 
S
R
 
P
F
 
V
E
 
A
R
 
Y
P
 
P
F
 
L

6nlrB Crystal structure of the putative histidinol phosphatase hisk from listeria monocytogenes with trinuclear metals determined by pixe revealing sulphate ion in active site. Based on pixe analysis and original date from 3dcp (see paper)
27% identity, 89% coverage: 5:248/274 of query aligns to 4:271/273 of 6nlrB

query
sites
6nlrB
D
 
D
L
 
G
H
|
H
T
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
E
H
 
F
S
 
C
-
 
P
H
|
H
G
 
G
-
 
T
Q
 
H
A
 
D
T
 
D
V
 
V
Q
 
E
E
 
E
M
 
M
F
 
V
E
 
L
A
 
K
G
 
A
C
 
I
A
 
E
R
 
L
G
 
D
L
 
F
L
 
D
V
 
E
H
 
Y
G
 
S
F
 
I
S
 
V
E
 
E
H
|
H
S
 
A
P
 
P
R
 
L
P
 
S
S
 
S
G
 
E
Y
 
F
-
 
M
-
 
K
D
 
N
Y
 
T
P
 
A
K
 
G
D
 
D
Y
 
K
R
 
E
D
 
A
K
 
V
L
 
T
T
 
T
R
 
A
S
 
S
-
 
M
-
 
A
-
 
M
-
 
S
-
 
D
F
 
L
P
 
P
D
 
Y
Y
 
Y
V
 
F
E
 
K
Q
 
K
V
 
M
R
 
N
T
 
H
L
 
I
A
 
K
A
 
K
T
 
K
Y
 
Y
A
 
A
P
 
S
E
 
D
R
 
L
T
 
L
V
 
I
L
 
H
L
 
I
G
 
G
L
 
F
E
|
E
M
 
V
D
 
D
W
 
Y
L
 
L
P
 
I
G
 
G
Q
 
Y
E
 
E
P
 
D
F
 
F
I
 
T
D
 
R
A
 
D
T
 
F
I
 
L
H
 
N
R
 
E
Y
 
Y
-
 
G
-
 
P
D
 
Q
Y
 
T
D
 
D
Y
 
D
V
 
G
I
 
V
G
 
L
G
 
S
I
 
L
H
|
H
F
 
F
L
 
L
-
 
E
G
 
G
T
 
Q
W
 
G
G
 
G
F
 
F
-
 
R
-
 
S
-
 
I
D
 
D
Y
 
F
T
 
S
P
 
A
D
 
E
D
 
D
W
x
Y
Q
 
N
-
 
E
-
 
G
-
 
I
-
 
V
-
 
Q
-
 
F
-
 
Y
-
 
G
G
 
G
F
|
F
S
 
E
P
 
Q
E
x
A
Q
|
Q
T
 
L
A
 
A
D
 
-
I
 
-
Y
 
-
V
 
-
R
 
-
Y
 
Y
F
 
L
E
 
E
S
 
G
L
 
V
R
 
K
R
 
Q
M
 
S
-
 
I
-
 
E
A
 
A
A
 
D
S
 
L
G
 
G
M
 
L
F
 
F
D
 
K
-
 
P
-
 
R
I
 
R
A
 
M
A
 
G
H
|
H
P
 
I
D
 
S
I
 
L
I
x
C
K
 
Q
I
 
K
F
 
F
S
 
Q
A
 
Q
A
 
-
A
 
-
F
 
F
H
 
F
D
 
G
W
 
E
L
 
D
A
 
T
T
 
S
D
 
D
K
 
F
A
 
S
K
 
E
A
 
E
V
 
V
V
 
M
-
 
E
-
 
K
-
 
F
R
 
R
D
 
V
A
 
I
L
 
L
E
 
A
T
 
L
M
 
V
H
 
K
T
 
K
A
 
R
G
 
D
M
 
Y
A
 
E
M
 
L
E
 
D
I
 
F
S
 
N
S
 
T
A
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
F
K
 
K
P
 
P
-
 
L
C
 
C
K
 
G
E
 
E
I
 
T
Y
 
Y
P
 
P
C
 
P
P
 
K
D
 
K
I
 
I
M
 
V
R
 
T
M
 
L
A
 
A
A
 
S
D
 
E
I
 
L
G
 
Q
L
 
I
P
 
P
V
 
F
T
 
V
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
D
|
D
A
 
S
H
|
H
C
 
G
V
 
V
N
 
Q
T
 
D
I
 
I
G
 
G
W
 
R
G
 
G
F
 
Y
D
 
S
T
 
T

6nlrA Crystal structure of the putative histidinol phosphatase hisk from listeria monocytogenes with trinuclear metals determined by pixe revealing sulphate ion in active site. Based on pixe analysis and original date from 3dcp (see paper)
27% identity, 89% coverage: 5:248/274 of query aligns to 4:271/277 of 6nlrA

query
sites
6nlrA
D
 
D
L
 
G
H
|
H
T
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
E
H
 
F
S
 
C
-
 
P
H
|
H
G
 
G
-
 
T
Q
 
H
A
 
D
T
 
D
V
 
V
Q
 
E
E
 
E
M
 
M
F
 
V
E
 
L
A
 
K
G
 
A
C
 
I
A
 
E
R
 
L
G
 
D
L
 
F
L
 
D
V
 
E
H
 
Y
G
 
S
F
 
I
S
 
V
E
 
E
H
|
H
S
 
A
P
 
P
R
 
L
P
 
S
S
 
S
G
 
E
Y
 
F
-
 
M
-
 
K
D
 
N
Y
 
T
P
 
A
K
 
G
D
 
D
Y
 
K
R
 
E
D
 
A
K
 
V
L
 
T
T
 
T
R
 
A
S
 
S
-
 
M
-
 
A
-
 
M
-
 
S
-
 
D
F
 
L
P
 
P
D
 
Y
Y
 
Y
V
 
F
E
 
K
Q
 
K
V
 
M
R
 
N
T
 
H
L
 
I
A
 
K
A
 
K
T
 
K
Y
 
Y
A
 
A
P
 
S
E
 
D
R
 
L
T
 
L
V
 
I
L
 
H
L
 
I
G
 
G
L
 
F
E
|
E
M
 
V
D
 
D
W
 
Y
L
 
L
P
 
I
G
 
G
Q
 
Y
E
 
E
P
 
D
F
 
F
I
 
T
D
 
R
A
 
D
T
 
F
I
 
L
H
 
N
R
 
E
Y
 
Y
-
 
G
-
 
P
D
 
Q
Y
 
T
D
 
D
Y
 
D
V
 
G
I
 
V
G
 
L
G
 
S
I
 
L
H
|
H
F
 
F
L
 
L
-
 
E
G
 
G
T
 
Q
W
 
G
G
 
G
F
 
F
-
 
R
-
 
S
-
 
I
D
 
D
Y
 
F
T
 
S
P
 
A
D
 
E
D
 
D
W
 
Y
Q
 
N
-
 
E
-
 
G
-
 
I
-
 
V
-
 
Q
-
 
F
-
 
Y
-
 
G
G
 
G
F
 
F
S
 
E
P
 
Q
E
 
A
Q
 
Q
T
 
L
A
 
A
D
 
-
I
 
-
Y
 
-
V
 
-
R
 
-
Y
 
Y
F
 
L
E
 
E
S
 
G
L
 
V
R
 
K
R
 
Q
M
 
S
-
 
I
-
 
E
A
 
A
A
 
D
S
 
L
G
 
G
M
 
L
F
 
F
D
 
K
-
 
P
-
 
R
I
 
R
A
 
M
A
 
G
H
|
H
P
 
I
D
 
S
I
 
L
I
 
C
K
 
Q
I
 
K
F
 
F
S
 
Q
A
 
Q
A
 
-
A
 
-
F
 
F
H
 
F
D
 
G
W
 
E
L
 
D
A
 
T
T
 
S
D
 
D
K
 
F
A
 
S
K
 
E
A
 
E
V
 
V
V
 
M
-
 
E
-
 
K
-
 
F
R
 
R
D
 
V
A
 
I
L
 
L
E
 
A
T
 
L
M
 
V
H
 
K
T
 
K
A
 
R
G
 
D
M
 
Y
A
 
E
M
 
L
E
 
D
I
 
F
S
 
N
S
 
T
A
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
F
K
 
K
P
 
P
-
 
L
C
 
C
K
 
G
E
 
E
I
 
T
Y
 
Y
P
 
P
C
 
P
P
 
K
D
 
K
I
 
I
M
 
V
R
 
T
M
 
L
A
 
A
A
 
S
D
 
E
I
 
L
G
 
Q
L
 
I
P
 
P
V
 
F
T
 
V
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
D
|
D
A
 
S
H
|
H
C
 
G
V
 
V
N
 
Q
T
 
D
I
 
I
G
 
G
W
 
R
G
 
G
F
 
Y
D
 
S
T
 
T

3dcpA Crystal structure of the putative histidinol phosphatase hisk from listeria monocytogenes. Northeast structural genomics consortium target lmr141.
27% identity, 89% coverage: 5:248/274 of query aligns to 4:271/277 of 3dcpA

query
sites
3dcpA
D
 
D
L
 
G
H
|
H
T
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
E
H
 
F
S
 
C
-
 
P
H
|
H
G
 
G
-
 
T
Q
 
H
A
 
D
T
 
D
V
 
V
Q
 
E
E
 
E
M
 
M
F
 
V
E
 
L
A
 
K
G
 
A
C
 
I
A
 
E
R
 
L
G
 
D
L
 
F
L
 
D
V
 
E
H
 
Y
G
 
S
F
 
I
S
 
V
E
 
E
H
|
H
S
 
A
P
 
P
R
 
L
P
 
S
S
 
S
G
 
E
Y
 
F
-
 
M
-
 
K
D
 
N
Y
 
T
P
 
A
K
 
G
D
 
D
Y
 
K
R
 
E
D
 
A
K
 
V
L
 
T
T
 
T
R
 
A
S
 
S
-
 
M
-
 
A
-
 
M
-
 
S
-
 
D
F
 
L
P
 
P
D
 
Y
Y
 
Y
V
 
F
E
 
K
Q
 
K
V
 
M
R
 
N
T
 
H
L
 
I
A
 
K
A
 
K
T
 
K
Y
 
Y
A
 
A
P
 
S
E
 
D
R
 
L
T
 
L
V
 
I
L
 
H
L
 
I
G
 
G
L
 
F
E
|
E
M
 
V
D
 
D
W
 
Y
L
 
L
P
 
I
G
 
G
Q
 
Y
E
 
E
P
 
D
F
 
F
I
 
T
D
 
R
A
 
D
T
 
F
I
 
L
H
 
N
R
 
E
Y
 
Y
-
 
G
-
 
P
D
 
Q
Y
 
T
D
 
D
Y
 
D
V
 
G
I
 
V
G
 
L
G
 
S
I
 
L
H
|
H
F
 
F
L
 
L
-
 
E
G
 
G
T
 
Q
W
 
G
G
 
G
F
 
F
-
 
R
-
 
S
-
 
I
D
 
D
Y
 
F
T
 
S
P
 
A
D
 
E
D
 
D
W
 
Y
Q
 
N
-
 
E
-
 
G
-
 
I
-
 
V
-
 
Q
-
 
F
-
 
Y
-
 
G
G
 
G
F
 
F
S
 
E
P
 
Q
E
 
A
Q
 
Q
T
 
L
A
 
A
D
 
-
I
 
-
Y
 
-
V
 
-
R
 
-
Y
 
Y
F
 
L
E
 
E
S
 
G
L
 
V
R
 
K
R
 
Q
M
 
S
-
 
I
-
 
E
A
 
A
A
 
D
S
 
L
G
 
G
M
 
L
F
 
F
D
 
K
-
 
P
-
 
R
I
 
R
A
 
M
A
 
G
H
|
H
P
 
I
D
 
S
I
 
L
I
 
C
K
 
Q
I
 
K
F
 
F
S
 
Q
A
 
Q
A
 
-
A
 
-
F
 
F
H
 
F
D
 
G
W
 
E
L
 
D
A
 
T
T
 
S
D
 
D
K
 
F
A
 
S
K
 
E
A
 
E
V
 
V
V
 
M
-
 
E
-
 
K
-
 
F
R
 
R
D
 
V
A
 
I
L
 
L
E
 
A
T
 
L
M
 
V
H
 
K
T
 
K
A
 
R
G
 
D
M
 
Y
A
 
E
M
 
L
E
 
D
I
 
F
S
 
N
S
 
T
A
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
F
K
 
K
P
 
P
-
 
L
C
 
C
K
 
G
E
 
E
I
 
T
Y
 
Y
P
 
P
C
 
P
P
 
K
D
 
K
I
 
I
M
 
V
R
 
T
M
 
L
A
 
A
A
 
S
D
 
E
I
 
L
G
 
Q
L
 
I
P
 
P
V
 
F
T
 
V
F
 
Y
G
 
G
S
 
S
D
|
D
A
 
S
H
|
H
C
 
G
V
 
V
N
 
Q
T
 
D
I
 
I
G
 
G
W
 
R
G
 
G
F
 
Y
D
 
S
T
 
T

Query Sequence

>207987 MicrobesOnline__882:207987
MITIDLHTHTSHSHGQATVQEMFEAGCARGLLVHGFSEHSPRPSGYDYPKDYRDKLTRSF
PDYVEQVRTLAATYAPERTVLLGLEMDWLPGQEPFIDATIHRYDYDYVIGGIHFLGTWGF
DYTPDDWQGFSPEQTADIYVRYFESLRRMAASGMFDIAAHPDIIKIFSAAAFHDWLATDK
AKAVVRDALETMHTAGMAMEISSAGLRKPCKEIYPCPDIMRMAADIGLPVTFGSDAHCVN
TIGWGFDTLADYARGFGYTRSVWMRRGERFERPF

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory