SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 208331 MicrobesOnline__882:208331 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4pakA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from verminephrobacter eiseniae ef01-2 (veis_3954, target efi-510324) a nephridial symbiont of the earthworm eisenia foetida, bound to (r)- pantoic acid (see paper)
33% identity, 80% coverage: 28:297/336 of query aligns to 2:268/304 of 4pakA

query
sites
4pakA
A
 
A
K
 
A
R
 
Q
I
 
T
T
 
T
I
 
M
R
 
R
L
 
I
A
 
N
H
 
I
P
 
S
M
 
T
A
 
A
P
 
Q
G
 
N
N
 
S
N
 
H
V
x
Q
T
 
G
L
 
V
G
 
A
Y
 
I
E
 
D
K
 
T
F
 
F
K
 
A
E
 
K
I
 
E
V
 
V
E
 
E
A
 
K
K
 
R
S
 
T
N
 
G
G
 
G
K
 
R
V
 
Y
R
 
K
I
 
V
Q
 
Q
L
 
T
F
 
F
G
 
Y
N
 
N
C
 
A
M
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
A
D
x
E
R
 
R
V
 
E
T
 
S
M
 
V
E
 
E
A
 
A
T
 
V
Q
 
Q
R
 
L
G
 
G
T
 
T
L
 
H
E
 
E
M
 
L
A
 
T
S
 
F
S
 
S
S
 
S
S
 
S
P
 
G
N
 
P
M
 
I
T
 
P
N
 
N
F
 
F
S
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
T
M
 
K
V
 
I
F
 
L
D
 
D
L
 
V
P
 
P
Y
 
F
I
 
L
T
 
-
S
 
-
P
 
-
E
 
-
H
 
F
Q
 
R
E
 
D
K
 
K
L
 
A
Y
 
H
-
 
A
K
 
R
A
 
A
L
 
V
D
 
L
E
 
D
G
 
G
A
 
P
L
 
I
G
 
G
E
 
Q
R
 
E
L
 
L
D
 
L
A
 
T
I
 
R
A
 
F
A
 
D
G
 
G
I
 
K
G
 
G
L
 
F
K
 
K
P
 
A
I
 
L
M
 
A
Y
 
W
S
 
A
E
 
E
Y
x
N
G
 
G
Y
 
F
R
|
R
N
 
H
F
 
M
A
 
S
T
 
N
T
 
S
K
 
K
K
 
R
P
 
A
I
 
V
K
 
K
T
 
E
A
 
P
D
 
G
D
 
D
L
 
L
K
 
K
N
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
M
R
|
R
T
 
T
T
x
M
D
 
E
S
 
N
P
 
P
I
 
V
E
 
H
V
 
I
A
 
A
V
 
A
A
 
Y
S
 
K
A
 
G
L
 
F
G
 
G
M
 
I
N
 
V
P
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
M
S
 
A
W
x
F
G
 
S
E
 
E
T
 
V
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
E
 
Q
G
 
E
N
|
N
T
 
P
F
 
L
G
 
S
L
x
V
L
 
I
N
 
I
D
 
S
A
 
A
K
 
K
H
 
F
T
 
D
E
 
Q
V
 
V
L
 
Q
R
 
K
H
 
H
A
 
L
M
 
T
D
 
L
S
 
T
A
 
G
H
 
H
N
 
V
Y
 
Y
S
 
S
M
 
P
H
 
A
L
 
L
L
 
F
M
 
L
I
 
M
N
 
N
K
 
K
A
 
A
Y
 
L
F
 
F
D
 
D
K
 
K
L
 
L
P
 
P
A
 
A
D
 
A
V
 
D
Q
 
Q
Q
 
Q
I
 
A
L
 
F
V
 
I
D
 
D
S
 
A
G
 
A
K
 
R
E
 
Q
A
 
G
L
 
A
A
 
K
Y
 
L
Q
 
N
R
 
R
A
 
A
I
 
R
S
 
V
N
 
D
D
 
E
L
 
D
E
 
D
K
 
A
K
 
K
A
 
G
E
 
V
Q
 
A
A
 
D
F
 
L
V
 
R
E
 
A
R
 
K
G
 
G
I
 
M
V
 
T
I
 
V

4p9kA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from verminephrobacter eiseniae ef01-2 (veis_3954, target efi-510324) a nephridial symbiont of the earthworm eisenia foetida, bound to d- erythronate with residual density suggestive of superposition with copurified alternative ligand. (see paper)
33% identity, 80% coverage: 28:297/336 of query aligns to 1:267/303 of 4p9kA

query
sites
4p9kA
A
 
A
K
 
A
R
 
Q
I
 
T
T
 
T
I
 
M
R
 
R
L
 
I
A
 
N
H
 
I
P
 
S
M
 
T
A
 
A
P
 
Q
G
 
N
N
 
S
N
 
H
V
x
Q
T
 
G
L
 
V
G
 
A
Y
 
I
E
 
D
K
 
T
F
 
F
K
 
A
E
 
K
I
 
E
V
 
V
E
 
E
A
 
K
K
 
R
S
 
T
N
 
G
G
 
G
K
 
R
V
 
Y
R
 
K
I
 
V
Q
 
Q
L
 
T
F
 
F
G
 
Y
N
 
N
C
 
A
M
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
A
D
x
E
R
 
R
V
 
E
T
 
S
M
 
V
E
 
E
A
 
A
T
 
V
Q
 
Q
R
 
L
G
 
G
T
 
T
L
 
H
E
 
E
M
 
L
A
 
T
S
 
F
S
 
S
S
 
S
S
 
S
P
 
G
N
 
P
M
 
I
T
 
P
N
 
N
F
 
F
S
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
T
M
 
K
V
 
I
F
 
L
D
 
D
L
 
V
P
 
P
Y
 
F
I
 
L
T
 
-
S
 
-
P
 
-
E
 
-
H
 
F
Q
 
R
E
 
D
K
 
K
L
 
A
Y
 
H
-
 
A
K
 
R
A
 
A
L
 
V
D
 
L
E
 
D
G
 
G
A
 
P
L
 
I
G
 
G
E
 
Q
R
 
E
L
 
L
D
 
L
A
 
T
I
 
R
A
 
F
A
 
D
G
 
G
I
 
K
G
 
G
L
 
F
K
 
K
P
 
A
I
 
L
M
 
A
Y
 
W
S
 
A
E
 
E
Y
x
N
G
 
G
Y
 
F
R
|
R
N
 
H
F
 
M
A
 
S
T
 
N
T
 
S
K
 
K
K
 
R
P
 
A
I
 
V
K
 
K
T
 
E
A
 
P
D
 
G
D
 
D
L
 
L
K
 
K
N
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
M
R
|
R
T
 
T
T
x
M
D
 
E
S
 
N
P
 
P
I
 
V
E
 
H
V
 
I
A
 
A
V
 
A
A
 
Y
S
 
K
A
 
G
L
 
F
G
 
G
M
 
I
N
 
V
P
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
M
S
 
A
W
x
F
G
 
S
E
 
E
T
 
V
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
E
 
Q
G
 
E
N
|
N
T
 
P
F
 
L
G
 
S
L
 
V
L
 
I
N
 
I
D
 
S
A
 
A
K
 
K
H
 
F
T
 
D
E
 
Q
V
 
V
L
 
Q
R
 
K
H
 
H
A
 
L
M
 
T
D
 
L
S
 
T
A
 
G
H
 
H
N
 
V
Y
 
Y
S
 
S
M
 
P
H
 
A
L
 
L
L
 
F
M
 
L
I
 
M
N
 
N
K
 
K
A
 
A
Y
 
L
F
 
F
D
 
D
K
 
K
L
 
L
P
 
P
A
 
A
D
 
A
V
 
D
Q
 
Q
Q
 
Q
I
 
A
L
 
F
V
 
I
D
 
D
S
 
A
G
 
A
K
 
R
E
 
Q
A
 
G
L
 
A
A
 
K
Y
 
L
Q
 
N
R
 
R
A
 
A
I
 
R
S
 
V
N
 
D
D
 
E
L
 
D
E
 
D
K
 
A
K
 
K
A
 
G
E
 
V
Q
 
A
A
 
D
F
 
L
V
 
R
E
 
A
R
 
K
G
 
G
I
 
M
V
 
T
I
 
V

4pdhA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp js666 (bpro_1871, target efi-510164) bound to d- erythronate (see paper)
30% identity, 80% coverage: 30:297/336 of query aligns to 1:265/301 of 4pdhA

query
sites
4pdhA
R
 
Q
I
 
T
T
 
T
I
 
M
R
 
K
L
 
I
A
 
S
H
 
I
P
 
S
M
 
T
A
 
S
P
 
Q
G
 
N
N
 
S
N
 
H
V
x
Q
T
 
G
L
 
V
G
 
A
Y
 
I
E
 
D
K
 
T
F
 
F
K
 
A
E
 
K
I
 
E
V
 
V
E
 
E
A
 
K
K
 
R
S
 
T
N
 
G
G
 
G
K
 
R
V
 
Y
R
 
K
I
 
V
Q
 
Q
L
 
T
F
 
F
G
 
Y
N
 
S
C
 
G
M
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
G
D
x
E
R
 
R
V
 
E
T
 
S
M
 
I
E
 
E
A
 
A
T
 
V
Q
 
Q
R
 
L
G
 
G
T
 
T
L
 
Q
E
 
E
M
 
L
A
 
A
S
 
F
S
 
S
S
 
S
S
 
T
P
 
G
N
 
P
M
 
V
T
 
P
N
 
N
F
 
F
S
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
T
M
 
K
V
 
I
F
 
L
D
 
D
L
 
V
P
 
P
Y
 
F
I
 
L
T
 
-
S
 
-
P
 
-
E
 
-
H
 
F
Q
 
R
E
 
D
K
 
K
L
 
A
Y
 
H
-
 
A
K
 
R
A
 
A
L
 
V
D
 
L
E
 
D
G
 
G
A
 
P
L
 
I
G
 
G
E
 
Q
R
 
D
L
 
L
D
 
L
A
 
G
I
 
K
A
 
F
A
 
D
G
 
A
I
 
K
G
 
G
L
 
F
K
 
K
P
 
A
I
 
L
M
 
A
Y
 
W
S
 
G
E
 
E
Y
x
N
G
 
G
Y
 
F
R
|
R
N
 
H
F
 
M
A
 
T
T
 
N
T
 
S
K
 
K
K
 
R
P
 
D
I
 
V
K
 
K
T
 
G
A
 
P
D
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
K
N
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
M
R
|
R
T
 
T
T
x
M
D
 
E
S
 
N
P
 
P
I
 
V
E
 
H
V
 
I
A
 
A
V
 
A
A
 
Y
S
 
K
A
 
G
L
 
F
G
 
G
M
 
I
N
 
I
P
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
M
S
 
A
W
x
F
G
 
P
E
 
E
T
 
V
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
E
 
Q
G
 
E
N
|
N
T
 
P
F
 
L
G
 
S
L
 
V
L
 
I
N
 
I
D
 
A
A
 
S
K
 
K
H
 
F
T
 
D
E
 
Q
V
 
V
L
 
Q
R
 
K
H
 
H
A
 
L
M
 
S
D
 
L
S
 
T
A
 
G
H
 
H
N
 
V
Y
 
Y
S
 
S
M
 
P
H
 
C
L
 
I
L
 
W
M
 
V
I
 
M
N
 
N
K
 
K
A
 
A
Y
 
V
F
 
F
D
 
D
K
 
K
L
 
L
P
 
S
A
 
A
D
 
A
V
 
D
Q
 
K
Q
 
Q
I
 
A
L
 
F
V
 
L
D
 
D
S
 
A
G
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
G
L
 
T
A
 
K
Y
 
A
Q
 
N
R
 
R
A
 
A
I
 
R
S
 
V
N
 
D
D
 
E
L
 
D
E
 
D
K
 
A
K
 
K
A
 
G
E
 
V
Q
 
A
A
 
D
F
 
L
V
 
R
E
 
A
R
 
K
G
 
G
I
 
M
V
 
T
I
 
V

4nq8B Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from bordetella bronchispeptica (bb3421), target efi-510039, with density modeled as pantoate (see paper)
26% identity, 91% coverage: 30:335/336 of query aligns to 1:300/301 of 4nq8B

query
sites
4nq8B
R
 
Q
I
 
T
T
 
T
I
 
L
R
 
K
L
 
M
A
 
A
H
 
Y
P
 
A
M
 
L
A
 
S
P
 
T
G
 
S
N
 
S
N
 
H
V
x
Y
T
 
G
L
 
A
G
 
G
Y
 
A
E
 
E
K
 
A
F
 
F
K
 
A
E
 
K
I
 
S
V
 
I
E
 
E
A
 
G
K
 
A
S
 
S
N
 
G
G
 
G
K
 
K
V
 
Y
R
 
K
I
 
V
Q
 
Q
L
 
Q
F
 
F
G
 
A
N
 
N
C
 
S
M
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
G
D
x
E
R
 
R
V
 
E
T
 
V
M
 
I
E
 
E
A
 
G
T
 
L
Q
 
Q
R
 
I
G
 
G
T
 
T
L
 
I
E
 
D
M
 
L
A
 
A
S
 
I
S
 
V
S
|
S
S
 
T
P
 
G
N
 
A
M
 
T
T
 
L
N
 
N
F
 
F
S
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
T
M
 
G
V
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
I
P
 
P
Y
 
F
I
 
L
T
 
L
S
 
R
P
 
D
E
 
L
H
 
P
Q
 
H
E
 
A
K
 
R
L
 
-
Y
 
-
K
 
-
A
 
A
L
 
V
D
 
L
E
 
D
G
 
S
A
 
K
L
 
I
G
 
G
E
 
Q
R
 
D
L
 
M
D
 
L
A
 
A
I
 
K
A
 
F
A
 
P
G
 
D
I
 
R
G
 
G
L
 
I
K
 
I
P
 
A
I
 
L
M
 
A
Y
 
W
S
 
G
E
 
E
Y
x
Q
G
 
G
Y
 
F
R
|
R
N
 
H
F
 
L
A
 
T
T
 
N
T
 
N
K
 
V
K
 
R
P
 
P
I
 
V
K
 
K
T
 
T
A
 
P
D
 
A
D
 
D
L
 
A
K
 
K
N
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
I
R
|
R
T
 
T
T
|
T
D
 
E
S
 
N
P
 
P
I
 
I
E
 
H
V
 
I
A
 
T
V
 
A
A
 
F
S
 
R
A
 
Q
L
 
I
G
 
G
M
 
I
N
 
L
P
 
P
T
 
T
P
 
P
V
 
M
S
 
A
W
|
W
G
 
P
E
 
E
T
 
V
Y
 
A
T
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
I
D
 
D
G
 
G
E
 
Q
G
 
E
N
|
N
T
 
P
F
 
L
G
 
S
L
 
V
L
 
I
N
 
T
D
 
S
A
 
A
K
 
K
H
 
L
T
 
S
E
 
Q
V
 
L
L
 
Q
R
 
K
H
 
Y
A
 
L
M
 
S
D
 
L
S
 
T
A
 
G
H
 
H
N
 
V
Y
 
Y
S
 
G
M
 
P
H
 
A
L
 
L
L
 
V
M
 
L
I
 
M
N
 
S
K
 
A
A
 
N
Y
 
V
F
 
Y
D
 
N
K
 
G
L
 
L
P
 
S
A
 
D
D
 
A
V
 
E
Q
 
K
Q
 
A
I
 
S
L
 
F
V
 
K
D
 
A
S
 
A
G
 
G
K
 
K
E
 
D
A
 
S
L
 
A
A
 
Q
Y
 
A
Q
 
M
R
 
R
A
 
A
I
 
Y
S
 
V
N
 
D
D
 
N
L
 
I
E
 
E
K
 
Q
K
 
T
A
 
G
E
 
V
Q
 
E
A
 
Q
F
 
L
V
 
K
E
 
K
R
 
E
G
 
G
I
 
M
V
 
E
I
 
V
T
 
S
K
 
E
L
 
V
A
 
-
P
 
-
E
 
-
E
 
D
R
 
R
A
 
A
K
 
A
M
 
F
R
 
A
E
 
A
L
 
A
T
 
V
R
 
E
P
 
P
V
 
A
W
 
Y
D
 
A
K
 
E
F
 
Y
S
 
Y
N
 
K
D
 
K
I
 
F
P
 
D
A
 
K
D
 
Q
L
 
L
V
 
I
K
 
Q
L
 
S
V
 
I
Q
 
R
E
 
D
T
 
T
Q
 
K

4x8rA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from rhodobacter sphaeroides (rsph17029_2138, target efi-510205) with bound glucuronate
30% identity, 91% coverage: 31:335/336 of query aligns to 4:304/304 of 4x8rA

query
sites
4x8rA
I
 
V
T
 
T
I
 
L
R
 
R
L
 
S
A
 
S
H
 
D
P
 
T
M
x
H
A
 
P
P
 
D
G
 
G
N
 
Y
N
 
P
V
 
T
T
 
V
L
 
E
G
 
G
Y
 
V
E
 
K
K
 
F
F
 
M
K
 
A
E
 
E
I
 
R
V
 
A
E
 
K
A
 
E
K
 
L
S
 
S
N
 
N
G
 
G
K
 
R
V
 
I
R
 
C
I
 
I
Q
 
E
L
 
V
F
 
F
G
 
P
N
 
S
C
 
S
M
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
E
D
x
E
R
 
K
V
 
D
T
 
T
M
 
I
E
 
E
A
 
Q
T
 
T
Q
 
Q
R
 
F
G
 
G
T
 
V
L
 
I
E
 
D
M
 
M
A
 
V
S
x
R
S
 
A
S
 
S
S
 
F
P
 
G
N
 
S
M
 
F
T
 
N
N
 
D
F
 
I
S
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
A
M
 
Q
V
 
L
F
 
L
D
 
S
L
 
L
P
 
P
Y
 
Y
I
 
L
T
 
F
S
 
R
P
 
S
E
 
E
H
 
-
Q
 
-
E
 
E
K
 
H
L
 
L
Y
 
H
K
x
N
A
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
-
G
 
G
A
 
P
L
 
I
G
|
G
E
 
D
R
 
E
L
 
L
D
 
A
A
 
K
I
 
A
A
 
F
A
x
E
G
 
A
I
 
K
G
 
D
L
 
L
K
 
I
P
 
A
I
 
V
M
 
A
Y
 
Y
S
 
Y
E
 
D
Y
 
G
G
 
G
Y
 
S
R
|
R
N
 
S
F
 
F
A
 
Y
T
 
N
T
 
S
K
 
Q
K
 
K
P
 
P
I
 
I
K
 
T
T
 
K
A
 
V
D
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
K
N
 
G
L
 
M
K
 
K
V
 
F
R
|
R
T
 
V
T
x
M
D
 
Q
S
 
S
P
 
D
I
 
V
E
 
F
V
 
V
A
 
D
V
 
M
A
 
M
S
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
G
M
 
A
N
 
N
P
 
A
T
 
T
P
 
P
V
 
M
S
 
P
W
x
Y
G
 
G
E
 
E
T
 
V
Y
 
Y
T
 
S
A
 
S
L
 
I
Q
 
Q
Q
 
T
G
 
G
T
 
V
V
 
I
D
 
D
G
 
G
E
 
A
G
 
E
N
|
N
T
 
N
F
 
W
G
 
P
L
x
S
L
 
Y
N
 
D
D
 
S
A
 
S
K
 
G
H
 
H
T
 
F
E
 
E
V
 
V
L
 
A
R
 
K
H
 
Y
A
 
Y
M
 
T
D
 
L
S
 
D
A
 
Q
H
 
H
N
 
L
Y
 
M
S
 
V
M
 
P
H
x
E
L
|
L
L
 
V
M
 
A
I
 
I
N
 
S
K
 
K
A
 
I
Y
 
K
F
 
W
D
 
D
K
 
A
L
 
L
P
 
S
A
 
P
D
 
E
V
 
D
Q
 
Q
Q
 
Q
I
 
V
L
 
L
V
 
R
D
 
Q
S
 
A
G
 
A
K
 
E
E
 
E
A
 
S
L
 
E
A
 
P
Y
 
V
Q
 
Q
R
 
R
A
 
K
I
 
L
S
 
W
N
 
A
D
 
E
L
 
Q
E
 
E
K
 
K
K
 
A
A
 
S
E
 
E
Q
 
E
A
 
K
F
 
V
V
 
V
E
 
A
R
 
S
G
 
G
I
 
A
V
 
E
I
 
V
T
 
V
K
 
R
L
 
E
A
 
I
P
 
-
E
 
-
E
 
D
R
 
K
A
 
T
K
 
P
M
 
F
R
 
I
E
 
E
L
 
A
T
 
M
R
 
A
P
 
P
V
 
V
W
 
Y
D
 
E
K
 
K
F
 
Y
-
 
V
S
 
T
N
 
K
D
 
S
I
 
E
P
 
Y
A
 
Q
D
 
D
L
 
L
V
 
V
K
 
K
L
 
R
V
 
I
Q
 
Q
E
 
E
T
 
T
Q
 
Q

4n8yA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from bradyrhizobium sp. Btai1 b (bbta_0128), target efi-510056 (bbta_0128), complex with alpha/beta-d-galacturonate (see paper)
29% identity, 82% coverage: 58:334/336 of query aligns to 28:300/300 of 4n8yA

query
sites
4n8yA
A
 
A
K
 
A
S
 
S
N
 
G
G
 
G
K
 
K
V
 
L
R
 
G
I
 
V
Q
 
K
L
 
V
F
 
F
G
 
P
N
 
N
C
 
G
M
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
S
D
x
E
R
 
K
V
 
D
T
 
T
M
 
I
E
 
E
A
 
Q
T
 
L
Q
 
K
R
 
I
G
 
G
T
 
A
L
 
L
E
 
D
M
 
M
A
 
M
S
x
R
S
 
I
S
 
N
S
 
S
P
 
S
N
 
P
M
 
L
T
 
N
N
 
N
F
 
F
S
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
T
M
 
V
V
 
A
F
 
L
D
 
C
L
 
L
P
 
P
Y
 
F
I
 
V
T
 
F
S
 
-
P
 
-
E
 
R
H
 
D
Q
 
T
E
 
Q
K
 
H
L
 
M
Y
 
R
K
 
N
A
 
V
L
 
L
D
 
D
E
 
-
G
 
G
A
 
P
L
 
I
G
 
G
E
 
D
R
 
E
L
 
I
D
 
L
A
 
A
I
 
A
A
 
M
A
 
E
G
 
P
I
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
V
P
 
G
I
 
L
M
 
A
Y
 
Y
S
 
Y
E
 
D
Y
 
S
G
 
G
Y
 
A
R
|
R
N
 
S
F
 
I
A
 
Y
T
 
T
T
 
V
K
 
K
K
 
A
P
 
P
I
 
V
K
 
K
T
 
S
A
 
L
D
 
A
D
 
D
L
 
L
K
 
K
N
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
I
R
|
R
T
 
V
T
x
Q
D
 
Q
S
 
S
P
 
D
I
 
L
E
 
W
V
 
V
A
 
G
V
 
M
A
 
I
S
 
Q
A
 
S
L
 
L
G
 
G
M
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
T
P
 
P
V
 
M
S
 
P
W
x
Y
G
 
G
E
 
E
T
 
V
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
K
Q
 
T
G
 
G
T
 
L
V
 
V
D
 
D
G
 
A
E
 
A
G
 
E
N
|
N
T
 
N
F
 
W
G
 
P
L
x
S
L
 
Y
N
 
E
D
 
S
A
 
S
K
 
R
H
 
H
T
 
F
E
 
E
V
 
A
L
 
A
R
 
K
H
 
F
A
 
Y
M
 
N
D
 
I
S
 
T
A
 
E
H
 
H
N
 
S
Y
 
L
S
 
A
M
 
P
H
x
E
L
 
V
L
 
L
M
 
V
I
 
M
N
 
S
K
 
K
A
 
K
Y
 
V
F
 
W
D
 
D
K
 
T
L
 
L
P
 
S
A
 
K
D
 
E
V
 
D
Q
 
Q
Q
 
A
I
 
L
L
 
V
V
 
R
D
 
K
S
 
A
G
 
A
K
 
K
E
 
D
A
 
S
L
 
V
A
 
P
Y
 
V
Q
 
M
R
 
R
A
 
K
I
 
L
S
 
W
N
 
D
D
 
E
L
 
R
E
 
E
K
 
Q
K
 
A
A
 
S
E
 
R
Q
 
K
A
 
A
F
 
V
V
 
E
E
 
A
R
 
A
G
 
G
I
 
V
V
 
Q
I
 
V
T
 
V
K
 
T
L
 
V
A
 
A
P
 
-
E
 
-
E
 
N
R
 
K
A
 
Q
K
 
E
M
 
F
R
 
V
E
 
D
L
 
A
T
 
M
R
 
K
P
 
P
V
 
V
W
 
Y
D
 
Q
K
 
K
F
 
F
S
 
A
N
 
G
D
 
D
I
 
E
P
 
K
-
 
L
A
 
S
D
 
S
L
 
L
V
 
V
K
 
K
L
 
R
V
 
I
Q
 
Q
E
 
D
T
 
T

Sites not aligning to the query:

7bbrA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t (see paper)
27% identity, 89% coverage: 33:331/336 of query aligns to 8:303/310 of 7bbrA

query
sites
7bbrA
I
 
I
R
 
R
L
 
F
A
 
G
H
 
Y
P
x
G
M
x
L
A
 
A
P
 
D
G
 
D
N
 
S
N
 
P
V
 
T
T
 
G
L
 
K
G
 
A
Y
 
S
E
 
A
K
 
H
F
 
F
K
 
A
E
 
E
I
 
V
V
 
V
E
 
S
A
 
K
K
 
L
S
 
S
N
 
D
G
 
G
K
 
K
V
 
M
R
 
K
I
 
V
Q
 
K
L
 
T
F
 
F
G
 
G
N
 
N
C
 
G
M
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
P
D
|
D
R
 
E
V
 
Q
T
 
L
M
 
I
E
 
N
A
 
S
T
 
L
Q
 
I
R
 
S
G
 
G
T
 
S
L
 
G
E
 
E
M
 
I
A
 
T
S
 
F
S
 
V
S
|
S
S
 
T
P
 
A
N
 
P
M
 
I
T
 
A
N
 
S
F
 
L
S
 
I
K
 
P
E
 
E
M
 
F
M
 
G
V
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
L
P
 
P
Y
 
F
I
 
L
T
 
F
S
 
D
P
 
-
E
 
-
H
 
-
Q
 
N
E
 
E
K
 
K
L
 
V
Y
 
A
K
 
D
A
 
T
L
 
V
D
 
L
E
 
D
G
 
G
A
 
P
L
 
E
G
 
G
E
 
K
R
 
K
L
 
L
D
 
L
A
 
D
I
 
K
A
 
L
A
 
P
G
 
A
I
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
I
P
 
G
I
 
L
M
 
N
Y
 
Y
S
 
W
E
 
E
Y
x
N
G
 
G
Y
 
F
R
|
R
N
 
N
F
 
I
A
 
T
T
 
N
T
 
S
K
 
R
K
 
H
P
 
E
I
 
I
K
 
S
T
 
K
A
 
L
D
 
D
D
 
D
L
 
I
K
 
G
N
 
G
L
 
I
K
 
K
V
 
L
R
|
R
T
 
V
T
x
M
D
 
Q
S
 
N
P
 
Q
I
 
V
E
 
A
V
 
L
A
 
S
V
 
V
A
 
F
S
 
K
A
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
A
N
 
N
P
 
A
T
 
I
P
 
P
V
 
M
S
 
P
W
x
F
G
 
T
E
 
E
T
 
L
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
E
Q
 
T
G
 
K
T
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
E
 
Q
G
 
E
N
|
N
T
 
P
F
 
L
G
 
S
L
 
T
L
 
I
N
 
Q
D
 
T
A
 
S
K
 
K
H
 
F
T
 
Y
E
 
E
V
 
V
L
 
Q
R
 
P
H
 
Y
A
 
L
M
 
T
D
 
L
S
 
S
A
 
N
H
 
H
N
 
V
Y
 
Y
S
 
T
M
 
P
H
 
F
L
 
V
L
 
F
M
 
L
I
 
A
N
 
S
K
 
K
A
 
K
Y
 
W
F
 
F
D
 
D
K
 
Q
L
 
L
P
 
S
A
 
Q
D
 
D
V
 
E
Q
 
K
Q
 
D
I
 
V
L
 
I
V
 
T
D
 
Q
S
 
A
G
 
A
K
 
A
E
 
D
A
 
S
L
 
Q
A
 
A
Y
 
F
Q
 
Q
R
 
R
A
 
K
I
 
A
S
 
S
N
 
R
D
 
Q
L
 
G
E
 
N
K
 
E
K
 
D
A
 
A
E
 
L
Q
 
K
A
 
Y
F
 
L
V
 
K
E
 
E
R
 
H
G
 
N
I
 
V
V
 
K
I
 
V
T
 
A
K
 
E
L
 
F
A
 
S
P
 
T
E
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
E
K
 
K
M
 
I
R
 
R
E
 
E
L
 
K
T
 
V
R
 
A
P
 
P
V
 
I
W
 
V
D
 
E
K
 
S
F
 
L
S
 
K
N
 
A
D
 
K
I
 
I
P
 
G
A
 
K
D
 
E
L
 
T
V
 
V
K
 
E
L
 
G
V
 
V

7bcrA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with galactonate (see paper)
27% identity, 89% coverage: 33:331/336 of query aligns to 7:302/310 of 7bcrA

query
sites
7bcrA
I
 
I
R
 
R
L
 
F
A
 
G
H
 
Y
P
x
G
M
x
L
A
 
A
P
 
D
G
 
D
N
 
S
N
 
P
V
 
T
T
 
G
L
 
K
G
 
A
Y
 
S
E
 
A
K
 
H
F
 
F
K
 
A
E
 
E
I
 
V
V
 
V
E
 
S
A
 
K
K
 
L
S
 
S
N
 
D
G
 
G
K
 
K
V
 
M
R
 
K
I
 
V
Q
 
K
L
 
T
F
 
F
G
 
G
N
 
N
C
 
G
M
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
P
D
|
D
R
 
E
V
 
Q
T
 
L
M
 
I
E
 
N
A
 
S
T
 
L
Q
 
I
R
 
S
G
 
G
T
 
S
L
 
G
E
 
E
M
 
I
A
 
T
S
 
F
S
 
V
S
|
S
S
 
T
P
 
A
N
 
P
M
 
I
T
 
A
N
 
S
F
 
L
S
 
I
K
 
P
E
 
E
M
 
F
M
 
G
V
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
L
P
 
P
Y
 
F
I
 
L
T
 
F
S
 
D
P
 
-
E
 
-
H
 
-
Q
 
N
E
 
E
K
 
K
L
 
V
Y
 
A
K
 
D
A
 
T
L
 
V
D
 
L
E
 
D
G
 
G
A
 
P
L
 
E
G
 
G
E
 
K
R
 
K
L
 
L
D
 
L
A
 
D
I
 
K
A
 
L
A
 
P
G
 
A
I
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
I
P
 
G
I
 
L
M
 
N
Y
 
Y
S
 
W
E
 
E
Y
x
N
G
 
G
Y
 
F
R
|
R
N
 
N
F
 
I
A
 
T
T
 
N
T
 
S
K
 
R
K
 
H
P
 
E
I
 
I
K
 
S
T
 
K
A
 
L
D
 
D
D
 
D
L
 
I
K
 
G
N
 
G
L
 
I
K
 
K
V
 
L
R
|
R
T
 
V
T
x
M
D
 
Q
S
 
N
P
 
Q
I
 
V
E
 
A
V
 
L
A
 
S
V
 
V
A
 
F
S
 
K
A
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
A
N
 
N
P
 
A
T
 
I
P
 
P
V
 
M
S
 
P
W
x
F
G
 
T
E
 
E
T
 
L
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
E
Q
 
T
G
 
K
T
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
E
 
Q
G
 
E
N
|
N
T
 
P
F
 
L
G
 
S
L
 
T
L
 
I
N
 
Q
D
 
T
A
 
S
K
 
K
H
 
F
T
 
Y
E
 
E
V
 
V
L
 
Q
R
 
P
H
 
Y
A
 
L
M
 
T
D
 
L
S
 
S
A
 
N
H
 
H
N
 
V
Y
 
Y
S
 
T
M
 
P
H
x
F
L
 
V
L
 
F
M
 
L
I
 
A
N
 
S
K
 
K
A
 
K
Y
 
W
F
 
F
D
 
D
K
 
Q
L
 
L
P
 
S
A
 
Q
D
 
D
V
 
E
Q
 
K
Q
 
D
I
 
V
L
 
I
V
 
T
D
 
Q
S
 
A
G
 
A
K
 
A
E
 
D
A
 
S
L
 
Q
A
 
A
Y
 
F
Q
 
Q
R
 
R
A
 
K
I
 
A
S
 
S
N
 
R
D
 
Q
L
 
G
E
 
N
K
 
E
K
 
D
A
 
A
E
 
L
Q
 
K
A
 
Y
F
 
L
V
 
K
E
 
E
R
 
H
G
 
N
I
 
V
V
 
K
I
 
V
T
 
A
K
 
E
L
 
F
A
 
S
P
 
T
E
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
E
K
 
K
M
 
I
R
 
R
E
 
E
L
 
K
T
 
V
R
 
A
P
 
P
V
 
I
W
 
V
D
 
E
K
 
S
F
 
L
S
 
K
N
 
A
D
 
K
I
 
I
P
 
G
A
 
K
D
 
E
L
 
T
V
 
V
K
 
E
L
 
G
V
 
V

7bcpA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with gluconate (see paper)
27% identity, 89% coverage: 33:331/336 of query aligns to 7:302/310 of 7bcpA

query
sites
7bcpA
I
 
I
R
 
R
L
 
F
A
 
G
H
 
Y
P
x
G
M
x
L
A
 
A
P
 
D
G
 
D
N
 
S
N
 
P
V
 
T
T
 
G
L
 
K
G
 
A
Y
 
S
E
 
A
K
 
H
F
 
F
K
 
A
E
 
E
I
 
V
V
 
V
E
 
S
A
 
K
K
 
L
S
 
S
N
 
D
G
 
G
K
 
K
V
 
M
R
 
K
I
 
V
Q
 
K
L
 
T
F
 
F
G
 
G
N
 
N
C
 
G
M
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
P
D
|
D
R
 
E
V
 
Q
T
 
L
M
 
I
E
 
N
A
 
S
T
 
L
Q
 
I
R
 
S
G
 
G
T
 
S
L
 
G
E
 
E
M
 
I
A
 
T
S
x
F
S
 
V
S
|
S
S
 
T
P
 
A
N
 
P
M
 
I
T
 
A
N
 
S
F
 
L
S
 
I
K
 
P
E
 
E
M
 
F
M
 
G
V
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
L
P
 
P
Y
 
F
I
 
L
T
 
F
S
 
D
P
 
-
E
 
-
H
 
-
Q
 
N
E
 
E
K
 
K
L
 
V
Y
 
A
K
 
D
A
 
T
L
 
V
D
 
L
E
 
D
G
 
G
A
 
P
L
 
E
G
 
G
E
 
K
R
 
K
L
 
L
D
 
L
A
 
D
I
 
K
A
 
L
A
 
P
G
 
A
I
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
I
P
 
G
I
 
L
M
 
N
Y
 
Y
S
 
W
E
 
E
Y
x
N
G
 
G
Y
 
F
R
|
R
N
 
N
F
 
I
A
 
T
T
 
N
T
 
S
K
 
R
K
 
H
P
 
E
I
 
I
K
 
S
T
 
K
A
 
L
D
 
D
D
 
D
L
 
I
K
 
G
N
 
G
L
 
I
K
 
K
V
 
L
R
|
R
T
 
V
T
x
M
D
 
Q
S
 
N
P
 
Q
I
 
V
E
 
A
V
 
L
A
 
S
V
 
V
A
 
F
S
 
K
A
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
A
N
 
N
P
 
A
T
 
I
P
 
P
V
 
M
S
 
P
W
x
F
G
 
T
E
 
E
T
 
L
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
E
Q
 
T
G
 
K
T
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
E
 
Q
G
 
E
N
|
N
T
 
P
F
 
L
G
 
S
L
 
T
L
 
I
N
 
Q
D
 
T
A
 
S
K
 
K
H
 
F
T
 
Y
E
 
E
V
 
V
L
 
Q
R
 
P
H
 
Y
A
 
L
M
 
T
D
 
L
S
 
S
A
 
N
H
 
H
N
 
V
Y
 
Y
S
 
T
M
 
P
H
x
F
L
 
V
L
 
F
M
 
L
I
 
A
N
 
S
K
 
K
A
 
K
Y
 
W
F
 
F
D
 
D
K
 
Q
L
 
L
P
 
S
A
 
Q
D
 
D
V
 
E
Q
 
K
Q
 
D
I
 
V
L
 
I
V
 
T
D
 
Q
S
 
A
G
 
A
K
 
A
E
 
D
A
 
S
L
 
Q
A
 
A
Y
 
F
Q
 
Q
R
 
R
A
 
K
I
 
A
S
 
S
N
 
R
D
 
Q
L
 
G
E
 
N
K
 
E
K
 
D
A
 
A
E
 
L
Q
 
K
A
 
Y
F
 
L
V
 
K
E
 
E
R
 
H
G
 
N
I
 
V
V
 
K
I
 
V
T
 
A
K
 
E
L
 
F
A
 
S
P
 
T
E
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
E
K
 
K
M
 
I
R
 
R
E
 
E
L
 
K
T
 
V
R
 
A
P
 
P
V
 
I
W
 
V
D
 
E
K
 
S
F
 
L
S
 
K
N
 
A
D
 
K
I
 
I
P
 
G
A
 
K
D
 
E
L
 
T
V
 
V
K
 
E
L
 
G
V
 
V

7bcoA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with d-foconate (see paper)
27% identity, 89% coverage: 33:331/336 of query aligns to 7:302/310 of 7bcoA

query
sites
7bcoA
I
 
I
R
 
R
L
 
F
A
 
G
H
 
Y
P
 
G
M
x
L
A
 
A
P
 
D
G
 
D
N
 
S
N
 
P
V
 
T
T
 
G
L
 
K
G
 
A
Y
 
S
E
 
A
K
 
H
F
 
F
K
 
A
E
 
E
I
 
V
V
 
V
E
 
S
A
 
K
K
 
L
S
 
S
N
 
D
G
 
G
K
 
K
V
 
M
R
 
K
I
 
V
Q
 
K
L
 
T
F
 
F
G
 
G
N
 
N
C
 
G
M
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
P
D
|
D
R
 
E
V
 
Q
T
 
L
M
 
I
E
 
N
A
 
S
T
 
L
Q
 
I
R
 
S
G
 
G
T
 
S
L
 
G
E
 
E
M
 
I
A
 
T
S
 
F
S
 
V
S
|
S
S
 
T
P
 
A
N
 
P
M
 
I
T
 
A
N
 
S
F
 
L
S
 
I
K
 
P
E
 
E
M
 
F
M
 
G
V
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
L
P
 
P
Y
 
F
I
 
L
T
 
F
S
 
D
P
 
-
E
 
-
H
 
-
Q
 
N
E
 
E
K
 
K
L
 
V
Y
 
A
K
 
D
A
 
T
L
 
V
D
 
L
E
 
D
G
 
G
A
 
P
L
 
E
G
 
G
E
 
K
R
 
K
L
 
L
D
 
L
A
 
D
I
 
K
A
 
L
A
 
P
G
 
A
I
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
I
P
 
G
I
 
L
M
 
N
Y
 
Y
S
 
W
E
 
E
Y
x
N
G
 
G
Y
 
F
R
|
R
N
 
N
F
 
I
A
 
T
T
 
N
T
 
S
K
 
R
K
 
H
P
 
E
I
 
I
K
 
S
T
 
K
A
 
L
D
 
D
D
 
D
L
 
I
K
 
G
N
 
G
L
 
I
K
 
K
V
 
L
R
|
R
T
 
V
T
x
M
D
 
Q
S
 
N
P
 
Q
I
 
V
E
 
A
V
 
L
A
 
S
V
 
V
A
 
F
S
 
K
A
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
A
N
 
N
P
 
A
T
 
I
P
 
P
V
 
M
S
 
P
W
x
F
G
 
T
E
 
E
T
 
L
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
E
Q
 
T
G
 
K
T
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
E
 
Q
G
 
E
N
|
N
T
 
P
F
 
L
G
 
S
L
 
T
L
 
I
N
 
Q
D
 
T
A
 
S
K
 
K
H
 
F
T
 
Y
E
 
E
V
 
V
L
 
Q
R
 
P
H
 
Y
A
 
L
M
 
T
D
 
L
S
 
S
A
 
N
H
 
H
N
 
V
Y
 
Y
S
 
T
M
 
P
H
 
F
L
 
V
L
 
F
M
 
L
I
 
A
N
 
S
K
 
K
A
 
K
Y
 
W
F
 
F
D
 
D
K
 
Q
L
 
L
P
 
S
A
 
Q
D
 
D
V
 
E
Q
 
K
Q
 
D
I
 
V
L
 
I
V
 
T
D
 
Q
S
 
A
G
 
A
K
 
A
E
 
D
A
 
S
L
 
Q
A
 
A
Y
 
F
Q
 
Q
R
 
R
A
 
K
I
 
A
S
 
S
N
 
R
D
 
Q
L
 
G
E
 
N
K
 
E
K
 
D
A
 
A
E
 
L
Q
 
K
A
 
Y
F
 
L
V
 
K
E
 
E
R
 
H
G
 
N
I
 
V
V
 
K
I
 
V
T
 
A
K
 
E
L
 
F
A
 
S
P
 
T
E
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
E
K
 
K
M
 
I
R
 
R
E
 
E
L
 
K
T
 
V
R
 
A
P
 
P
V
 
I
W
 
V
D
 
E
K
 
S
F
 
L
S
 
K
N
 
A
D
 
K
I
 
I
P
 
G
A
 
K
D
 
E
L
 
T
V
 
V
K
 
E
L
 
G
V
 
V

7bcnA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with xylonic acid (see paper)
27% identity, 89% coverage: 33:331/336 of query aligns to 7:302/310 of 7bcnA

query
sites
7bcnA
I
 
I
R
 
R
L
 
F
A
 
G
H
 
Y
P
 
G
M
 
L
A
 
A
P
 
D
G
 
D
N
 
S
N
 
P
V
 
T
T
 
G
L
 
K
G
 
A
Y
 
S
E
 
A
K
 
H
F
 
F
K
 
A
E
 
E
I
 
V
V
 
V
E
 
S
A
 
K
K
 
L
S
 
S
N
 
D
G
 
G
K
 
K
V
 
M
R
 
K
I
 
V
Q
 
K
L
 
T
F
 
F
G
 
G
N
 
N
C
 
G
M
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
P
D
|
D
R
 
E
V
 
Q
T
 
L
M
 
I
E
 
N
A
 
S
T
 
L
Q
 
I
R
 
S
G
 
G
T
 
S
L
 
G
E
 
E
M
 
I
A
 
T
S
 
F
S
 
V
S
|
S
S
 
T
P
 
A
N
 
P
M
 
I
T
 
A
N
 
S
F
 
L
S
 
I
K
 
P
E
 
E
M
 
F
M
 
G
V
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
L
P
 
P
Y
 
F
I
 
L
T
 
F
S
 
D
P
 
-
E
 
-
H
 
-
Q
 
N
E
 
E
K
 
K
L
 
V
Y
 
A
K
 
D
A
 
T
L
 
V
D
 
L
E
 
D
G
 
G
A
 
P
L
 
E
G
 
G
E
 
K
R
 
K
L
 
L
D
 
L
A
 
D
I
 
K
A
 
L
A
 
P
G
 
A
I
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
I
P
 
G
I
 
L
M
 
N
Y
 
Y
S
 
W
E
 
E
Y
x
N
G
 
G
Y
 
F
R
|
R
N
 
N
F
 
I
A
 
T
T
 
N
T
 
S
K
 
R
K
 
H
P
 
E
I
 
I
K
 
S
T
 
K
A
 
L
D
 
D
D
 
D
L
 
I
K
 
G
N
 
G
L
 
I
K
 
K
V
 
L
R
|
R
T
 
V
T
x
M
D
 
Q
S
 
N
P
 
Q
I
 
V
E
 
A
V
 
L
A
 
S
V
 
V
A
 
F
S
 
K
A
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
A
N
 
N
P
 
A
T
 
I
P
 
P
V
 
M
S
 
P
W
x
F
G
 
T
E
 
E
T
 
L
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
E
Q
 
T
G
 
K
T
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
E
 
Q
G
 
E
N
|
N
T
 
P
F
 
L
G
 
S
L
 
T
L
 
I
N
 
Q
D
 
T
A
 
S
K
 
K
H
 
F
T
 
Y
E
 
E
V
 
V
L
 
Q
R
 
P
H
 
Y
A
 
L
M
 
T
D
 
L
S
 
S
A
 
N
H
 
H
N
 
V
Y
 
Y
S
 
T
M
 
P
H
x
F
L
 
V
L
 
F
M
 
L
I
 
A
N
 
S
K
 
K
A
 
K
Y
 
W
F
 
F
D
 
D
K
 
Q
L
 
L
P
 
S
A
 
Q
D
 
D
V
 
E
Q
 
K
Q
 
D
I
 
V
L
 
I
V
 
T
D
 
Q
S
 
A
G
 
A
K
 
A
E
 
D
A
 
S
L
 
Q
A
 
A
Y
 
F
Q
 
Q
R
 
R
A
 
K
I
 
A
S
 
S
N
 
R
D
 
Q
L
 
G
E
 
N
K
 
E
K
 
D
A
 
A
E
 
L
Q
 
K
A
 
Y
F
 
L
V
 
K
E
 
E
R
 
H
G
 
N
I
 
V
V
 
K
I
 
V
T
 
A
K
 
E
L
 
F
A
 
S
P
 
T
E
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
E
K
 
K
M
 
I
R
 
R
E
 
E
L
 
K
T
 
V
R
 
A
P
 
P
V
 
I
W
 
V
D
 
E
K
 
S
F
 
L
S
 
K
N
 
A
D
 
K
I
 
I
P
 
G
A
 
K
D
 
E
L
 
T
V
 
V
K
 
E
L
 
G
V
 
V

4p8bA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from ralstonia eutropha h16 (h16_a1328), target efi-510189, with bound (s)-2-hydroxy-2-methyl-3-oxobutanoate ((s)-2-acetolactate) (see paper)
30% identity, 84% coverage: 48:328/336 of query aligns to 20:304/314 of 4p8bA

query
sites
4p8bA
G
 
G
Y
 
G
E
 
E
K
 
I
F
 
W
K
 
A
E
 
D
I
 
L
V
 
V
E
 
K
A
 
Q
K
 
R
S
 
T
N
 
N
G
 
G
K
 
R
V
 
I
R
 
N
I
 
I
Q
 
K
L
 
L
F
 
Y
-
 
P
G
 
G
N
 
T
C
 
S
M
 
L
L
 
V
G
 
A
S
 
G
D
 
D
R
x
Q
V
 
T
-
 
R
T
 
E
M
 
F
E
 
S
A
 
A
T
 
I
Q
 
R
R
 
Q
G
 
G
T
 
V
L
 
I
E
 
D
M
 
M
A
 
A
S
 
V
S
 
G
S
 
S
S
 
T
P
 
I
N
 
N
M
 
W
T
 
S
N
 
P
F
 
Q
S
 
V
K
 
R
E
 
E
M
 
L
M
 
N
V
 
L
F
 
F
D
 
S
L
 
L
P
 
P
Y
 
F
I
 
L
T
 
M
S
 
-
P
 
P
E
 
D
H
 
Y
Q
 
-
E
 
-
K
 
K
L
 
A
Y
 
L
K
 
D
A
 
A
L
 
L
D
 
T
E
 
Q
G
 
G
A
 
E
L
 
V
G
 
G
E
 
K
R
 
S
L
 
I
D
 
F
A
 
A
I
 
T
A
 
L
A
 
E
G
 
K
I
 
A
G
 
G
L
 
V
K
 
V
P
 
P
I
 
L
M
 
A
Y
 
W
S
 
G
E
 
E
Y
 
N
G
 
G
Y
 
F
R
|
R
N
 
E
F
 
V
A
 
S
T
 
N
T
 
S
K
 
K
K
 
R
P
 
E
I
 
I
K
 
R
T
 
K
A
 
P
D
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
K
N
 
G
L
 
M
K
 
K
V
 
L
R
|
R
T
 
V
T
 
V
D
 
G
S
 
S
P
 
P
I
 
L
E
 
Y
V
 
I
A
 
E
V
 
T
A
 
F
S
 
N
A
 
A
L
 
L
G
 
G
M
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
T
P
 
Q
V
 
M
S
 
S
W
 
W
G
 
A
E
 
D
T
 
A
Y
 
Q
T
 
P
A
 
A
L
 
M
Q
 
A
Q
 
S
G
 
G
T
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
G
E
 
Q
G
 
E
N
|
N
T
 
P
F
 
Q
G
 
S
L
 
V
L
 
F
N
 
A
D
 
A
A
 
A
K
 
K
-
 
L
H
 
Y
T
 
T
E
 
V
V
 
G
L
 
Q
R
 
K
H
 
F
A
 
V
M
 
T
D
 
T
S
 
W
A
 
G
H
 
Y
N
 
V
Y
 
A
S
 
D
M
 
P
H
 
L
L
 
I
L
 
F
M
 
V
I
 
V
N
 
N
K
 
K
A
 
Q
Y
 
I
F
 
W
D
 
E
K
 
S
L
 
W
-
 
T
P
 
P
A
 
A
D
 
D
-
 
R
-
 
E
-
 
I
V
 
V
Q
 
K
Q
 
Q
I
 
A
L
 
A
V
 
V
D
 
D
S
 
A
G
 
G
K
 
K
E
 
Q
A
 
E
L
 
I
A
 
A
Y
 
L
Q
 
A
R
 
R
A
 
K
I
 
G
S
 
L
N
 
A
D
 
E
L
 
P
E
 
G
K
 
A
K
 
P
A
 
A
E
 
W
Q
 
K
A
 
D
F
 
M
V
 
E
E
 
A
R
 
H
G
 
G
I
 
V
V
 
K
I
 
V
T
 
T
K
 
H
L
 
L
A
 
T
P
 
P
E
 
A
E
 
E
R
 
H
A
 
D
K
 
A
M
 
F
R
 
R
E
 
K
L
 
A
T
 
T
R
 
A
P
 
K
V
 
V
W
 
Y
D
 
D
K
 
K
F
 
W
S
 
K
N
 
K
D
 
Q
I
 
I
P
 
G
A
 
T
D
 
D
L
 
L
V
 
V

Sites not aligning to the query:

4pddA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp js666 (bpro_0088, target efi-510167) bound to d- erythronate (see paper)
29% identity, 85% coverage: 47:332/336 of query aligns to 18:298/303 of 4pddA

query
sites
4pddA
L
 
V
G
 
G
Y
 
A
E
 
T
K
 
T
F
 
F
K
 
C
E
 
D
I
 
E
V
 
V
E
 
E
A
 
K
K
 
G
S
 
T
N
 
Q
G
 
E
K
 
R
V
 
Y
R
 
K
I
 
C
Q
 
Q
L
 
H
F
 
F
G
 
P
N
 
S
C
 
S
M
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
G
D
x
E
R
 
R
V
 
E
T
 
M
M
 
I
E
 
E
A
 
S
T
 
V
Q
 
Q
R
 
L
G
 
G
T
 
T
L
 
Q
E
 
D
M
 
L
A
 
V
S
 
N
S
 
T
S
 
S
S
 
T
P
 
G
N
 
P
M
 
L
T
 
G
N
 
N
F
 
F
S
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
T
M
 
R
V
 
I
F
 
V
D
 
D
L
 
I
P
 
P
Y
 
F
I
 
L
T
 
F
S
 
R
P
 
D
-
 
Y
E
 
E
H
 
H
Q
 
A
E
 
R
K
 
K
L
 
V
Y
 
M
K
 
-
A
 
-
L
 
-
D
 
-
E
 
D
G
 
G
A
 
A
L
 
I
G
 
G
E
 
Q
R
 
D
L
 
L
D
 
L
A
 
K
I
 
K
A
 
M
A
 
Q
G
 
A
I
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
I
P
 
G
I
 
L
M
 
A
Y
 
W
S
 
T
E
 
E
Y
x
N
G
 
G
Y
 
F
R
|
R
N
 
H
F
 
M
A
 
T
T
 
N
T
 
S
K
 
K
K
 
R
P
 
P
I
 
I
K
 
L
T
 
Q
A
 
A
D
 
S
D
 
D
L
 
A
K
 
A
N
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
V
R
|
R
T
 
T
T
x
M
D
 
E
S
 
N
P
 
K
I
 
V
E
 
H
V
 
M
A
 
D
V
 
G
A
 
Y
S
 
K
A
 
T
L
 
F
G
 
G
M
 
L
N
 
L
P
 
P
T
 
T
P
 
P
V
 
M
S
 
A
W
x
F
G
 
P
E
 
E
T
 
L
Y
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
E
 
Q
G
 
E
N
|
N
T
 
P
F
 
I
G
 
P
L
 
V
L
 
I
N
 
L
D
 
S
A
 
S
K
 
K
H
 
F
T
 
S
E
 
Q
V
 
V
L
 
Q
R
 
K
H
 
H
A
 
L
M
 
S
D
 
L
S
 
T
A
 
G
H
 
H
N
 
V
Y
 
Y
S
 
S
M
 
P
H
 
A
L
 
V
L
 
L
M
 
I
I
 
L
N
 
S
K
 
S
A
 
R
Y
 
V
F
 
W
D
 
D
K
 
K
L
 
L
P
 
S
A
 
E
D
 
A
V
 
D
Q
 
K
Q
 
K
I
 
V
L
 
F
V
 
V
D
 
A
S
 
A
G
 
A
K
 
Q
E
 
K
A
 
A
L
 
T
A
 
V
Y
 
A
Q
 
Q
R
 
R
A
 
K
I
 
R
S
 
V
N
 
N
D
 
D
L
 
D
E
 
E
K
 
A
K
 
N
A
 
G
E
 
I
Q
 
T
A
 
Q
F
 
L
V
 
K
E
 
K
R
 
D
G
 
G
I
 
M
-
 
Q
V
 
V
I
 
V
T
 
E
K
 
K
L
 
V
A
 
D
P
 
G
E
 
E
E
 
S
R
 
-
A
 
-
K
 
-
M
 
F
R
 
R
E
 
K
L
 
A
T
 
V
R
 
A
P
 
P
V
 
A
W
 
Y
D
 
A
K
 
G
F
 
F
S
 
A
N
 
K
D
 
E
I
 
F
P
 
G
A
 
A
D
 
E
L
 
R
V
 
I
K
 
A
L
 
A
V
 
I
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

4xeqB Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from desulfovibrio vulgaris (deval_0042, target efi-510114) bound to copurified (r)-pantoic acid
29% identity, 78% coverage: 33:293/336 of query aligns to 4:256/304 of 4xeqB

query
sites
4xeqB
I
 
I
R
 
T
L
 
L
A
 
A
H
 
V
P
 
V
M
 
T
A
 
K
P
 
P
G
 
G
N
 
S
N
 
A
V
x
Q
T
 
Y
L
 
V
G
 
C
Y
 
A
E
 
E
K
 
R
F
 
F
K
 
A
E
 
Q
I
 
L
V
 
L
E
 
A
A
 
E
K
 
R
S
 
S
N
 
D
G
 
K
K
 
R
V
 
F
R
 
N
I
 
V
Q
 
V
L
 
L
F
 
H
G
 
H
N
 
S
C
 
A
M
 
S
L
 
L
G
 
G
S
 
T
D
 
E
R
 
T
V
 
D
T
 
I
M
 
L
E
 
Q
A
 
Q
T
 
V
Q
 
Q
R
 
L
G
 
G
T
 
A
L
 
V
E
 
Q
M
 
M
A
 
A
S
 
I
S
 
V
S
x
T
S
 
T
P
 
G
N
 
T
M
 
L
T
 
D
N
 
A
F
 
F
S
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
M
M
 
A
V
 
A
F
 
L
D
 
D
L
 
F
P
 
P
Y
 
F
I
 
L
T
 
F
S
 
T
P
 
D
E
 
T
H
 
T
Q
 
T
E
 
A
K
 
D
L
 
-
Y
 
-
K
 
R
A
 
V
L
 
L
D
 
D
E
 
-
G
 
G
A
 
P
L
 
V
G
 
G
E
 
R
R
 
G
L
 
L
D
 
L
A
 
D
I
 
R
A
 
L
A
 
S
G
 
T
I
 
A
G
 
G
L
 
F
K
 
K
P
 
G
I
 
L
M
 
H
Y
 
F
S
 
S
E
 
E
Y
 
N
G
 
G
Y
 
F
R
|
R
N
 
H
F
 
L
A
 
T
T
 
N
T
 
S
K
 
I
K
 
R
P
 
P
I
 
V
K
 
M
T
 
T
A
 
P
D
 
D
D
 
D
L
 
V
K
 
R
N
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
I
R
|
R
T
 
V
T
x
M
D
 
E
S
 
S
P
 
Q
I
 
V
E
 
H
V
 
R
A
 
E
V
 
L
A
 
W
S
 
R
A
 
T
L
 
L
G
 
G
M
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
T
P
 
P
V
 
M
S
 
G
W
|
W
G
 
-
E
 
P
T
 
I
Y
 
Y
T
 
A
A
 
E
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
L
D
 
D
G
 
G
E
 
Q
G
 
E
N
|
N
T
 
P
F
 
L
G
 
W
L
 
V
L
 
I
N
 
A
D
 
E
A
 
Y
K
 
R
H
 
L
T
 
N
E
 
E
V
 
V
L
 
Q
R
 
K
H
 
H
A
 
L
M
 
S
D
 
L
S
 
T
A
 
G
H
 
H
N
 
V
Y
 
Y
S
 
S
M
 
T
H
 
H
L
 
T
L
 
D
M
 
L
I
 
A
N
 
N
K
 
L
A
 
A
Y
 
W
F
 
F
D
 
E
K
 
A
L
 
L
P
 
P
A
 
A
D
 
N
V
 
D
Q
 
R
Q
 
R
I
 
L
L
 
L
V
 
A
D
 
S
S
 
C
G
 
M
K
 
Q
E
 
D
A
 
A
L
 
A
A
 
L
Y
 
W
Q
 
Q
R
 
R
A
 
T
I
 
W
S
 
S
N
 
-
D
 
-
L
 
-
E
 
-
K
 
R
K
 
Q
A
 
R
E
 
D
Q
 
A
A
 
A
F
 
Y
V
 
L
E
 
E
R
 
Q

Q128M1 Solute-binding protein Bpro_3107 from Polaromonas sp. (strain JS666 / ATCC BAA-500) (see paper)
30% identity, 84% coverage: 54:335/336 of query aligns to 55:330/330 of Q128M1

query
sites
Q128M1
E
 
E
I
 
L
V
 
L
E
 
E
A
 
K
K
 
K
S
 
S
N
 
G
G
 
G
K
 
K
V
 
H
R
 
K
I
 
I
Q
 
K
L
 
V
F
 
F
G
 
N
N
 
K
C
 
Q
M
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
S
D
x
E
R
 
K
V
 
E
T
 
T
M
 
I
E
 
D
A
 
Q
T
 
V
Q
 
K
R
 
I
G
 
G
T
 
A
L
 
L
E
 
D
M
 
F
A
 
T
S
x
R
S
 
V
S
 
N
S
 
V
P
 
G
N
 
P
M
 
M
T
 
N
N
 
A
F
 
I
S
 
C
K
 
P
E
 
L
M
 
T
M
 
Q
V
 
V
F
 
P
D
 
T
L
 
M
P
 
P
Y
 
F
I
 
L
-
 
F
T
 
S
S
 
S
P
 
I
E
 
A
H
 
H
Q
 
-
E
 
-
K
 
-
L
 
M
Y
 
R
K
 
K
A
 
S
L
 
L
D
 
D
E
 
-
G
 
G
A
 
P
L
 
V
G
 
G
E
 
D
R
 
E
L
 
I
D
 
L
A
 
K
I
 
S
A
 
C
A
 
E
G
 
S
I
 
A
G
 
G
L
 
F
K
 
I
P
 
G
I
 
L
M
 
A
Y
 
F
S
 
Y
E
 
D
Y
 
S
G
 
G
Y
 
A
R
|
R
N
 
S
F
 
I
A
 
-
T
 
Y
T
 
A
K
 
K
K
 
K
P
 
P
I
 
I
K
 
R
T
 
T
A
 
V
D
 
A
D
 
D
L
 
A
K
 
K
N
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
I
R
|
R
T
x
V
T
x
Q
D
 
Q
S
 
S
P
 
D
I
 
L
E
 
W
V
 
V
A
 
A
V
 
L
A
 
V
S
 
S
A
 
A
L
 
M
G
 
G
M
 
A
N
 
N
P
 
A
T
 
T
P
 
P
V
 
M
S
 
P
W
x
Y
G
 
G
E
 
E
T
 
V
Y
 
Y
T
 
T
A
 
G
L
 
L
Q
 
K
Q
 
T
G
 
G
T
 
L
V
 
I
D
 
D
G
 
A
E
 
A
G
 
E
N
|
N
T
 
N
F
 
I
G
 
P
L
x
S
L
 
F
N
 
D
D
 
T
A
 
A
K
 
K
H
 
H
T
 
V
E
 
E
V
 
A
L
 
V
R
 
K
H
 
V
A
 
Y
M
 
S
D
 
K
S
 
T
A
 
E
H
 
H
N
 
S
Y
 
M
S
 
A
M
 
P
H
x
E
L
 
I
L
 
L
M
 
V
I
 
M
N
 
S
K
 
K
A
 
I
Y
 
I
F
 
Y
D
 
D
K
 
K
L
 
L
P
 
P
A
 
K
D
 
A
V
 
E
Q
 
Q
Q
 
D
I
 
M
L
 
I
V
 
R
D
 
A
S
 
A
G
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
S
L
 
V
A
 
A
Y
 
F
Q
 
E
R
 
R
A
 
Q
I
 
K
S
 
W
N
 
D
D
 
E
L
 
Q
E
 
E
K
 
A
K
 
K
A
 
S
E
 
L
Q
 
A
A
 
N
F
 
V
V
 
K
E
 
A
R
 
A
G
 
G
I
 
A
V
 
E
I
 
I
T
 
V
K
 
E
L
 
V
A
 
-
P
 
-
E
 
-
E
 
D
R
 
K
A
 
K
K
 
S
M
 
F
R
 
Q
E
 
A
L
 
V
T
 
M
R
 
G
P
 
P
V
 
V
W
 
Y
D
 
D
K
 
K
F
 
F
-
 
M
-
 
T
S
 
T
N
 
P
D
 
D
I
 
M
P
 
-
A
 
K
D
 
R
L
 
L
V
 
V
K
 
K
L
 
A
V
 
V
Q
 
Q
E
 
D
T
 
T
Q
 
K

Sites not aligning to the query:

4mhfA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp. Js666 (bpro_3107), target efi-510173, with bound alpha/beta d-glucuronate, space group p21 (see paper)
30% identity, 84% coverage: 54:335/336 of query aligns to 25:300/301 of 4mhfA

query
sites
4mhfA
E
 
E
I
 
L
V
 
L
E
 
E
A
 
K
K
 
K
S
 
S
N
 
G
G
 
G
K
 
K
V
 
H
R
 
K
I
 
I
Q
 
K
L
 
V
F
 
F
G
 
N
N
 
K
C
 
Q
M
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
S
D
x
E
R
 
K
V
 
E
T
 
T
M
 
I
E
 
D
A
 
Q
T
 
V
Q
 
K
R
 
I
G
 
G
T
 
A
L
 
L
E
 
D
M
 
F
A
 
T
S
x
R
S
 
V
S
 
N
S
 
V
P
 
G
N
 
P
M
 
M
T
 
N
N
 
A
F
 
I
S
 
C
K
 
P
E
 
L
M
 
T
M
 
Q
V
 
V
F
 
P
D
 
T
L
 
M
P
 
P
Y
 
F
I
 
L
-
 
F
T
 
S
S
 
S
P
 
I
E
 
A
H
 
H
Q
 
-
E
 
-
K
 
-
L
 
M
Y
 
R
K
 
K
A
 
S
L
 
L
D
 
D
E
 
-
G
 
G
A
 
P
L
 
V
G
 
G
E
 
D
R
 
E
L
 
I
D
 
L
A
 
K
I
 
S
A
 
C
A
 
E
G
 
S
I
 
A
G
 
G
L
 
F
K
 
I
P
 
G
I
 
L
M
 
A
Y
 
F
S
 
Y
E
 
D
Y
 
S
G
 
G
Y
 
A
R
|
R
N
 
S
F
 
I
A
 
-
T
 
Y
T
 
A
K
 
K
K
 
K
P
 
P
I
 
I
K
 
R
T
 
T
A
 
V
D
 
A
D
 
D
L
 
A
K
 
K
N
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
I
R
|
R
T
 
V
T
x
Q
D
 
Q
S
 
S
P
 
D
I
 
L
E
 
W
V
 
V
A
 
A
V
 
L
A
 
V
S
 
S
A
 
A
L
 
M
G
 
G
M
 
A
N
 
N
P
 
A
T
 
T
P
 
P
V
 
M
S
 
P
W
x
Y
G
 
G
E
 
E
T
 
V
Y
 
Y
T
 
T
A
 
G
L
 
L
Q
 
K
Q
 
T
G
 
G
T
 
L
V
 
I
D
 
D
G
 
A
E
 
A
G
 
E
N
|
N
T
 
N
F
 
I
G
 
P
L
x
S
L
 
F
N
 
D
D
 
T
A
 
A
K
 
K
H
 
H
T
 
V
E
 
E
V
 
A
L
 
V
R
 
K
H
 
V
A
 
Y
M
 
S
D
 
K
S
 
T
A
 
E
H
 
H
N
 
S
Y
 
M
S
 
A
M
 
P
H
x
E
L
 
I
L
 
L
M
 
V
I
 
M
N
 
S
K
 
K
A
 
I
Y
 
I
F
 
Y
D
 
D
K
 
K
L
 
L
P
 
P
A
 
K
D
 
A
V
 
E
Q
 
Q
Q
 
D
I
 
M
L
 
I
V
 
R
D
 
A
S
 
A
G
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
S
L
 
V
A
 
A
Y
 
F
Q
 
E
R
 
R
A
 
Q
I
 
K
S
 
W
N
 
D
D
 
E
L
 
Q
E
 
E
K
 
A
K
 
K
A
 
S
E
 
L
Q
 
A
A
 
N
F
 
V
V
 
K
E
 
A
R
 
A
G
 
G
I
 
A
V
 
E
I
 
I
T
 
V
K
 
E
L
 
V
A
 
-
P
 
-
E
 
-
E
 
D
R
 
K
A
 
K
K
 
S
M
 
F
R
 
Q
E
 
A
L
 
V
T
 
M
R
 
G
P
 
P
V
 
V
W
 
Y
D
 
D
K
 
K
F
 
F
-
 
M
-
 
T
S
 
T
N
 
P
D
 
D
I
 
M
P
 
-
A
 
K
D
 
R
L
 
L
V
 
V
K
 
K
L
 
A
V
 
V
Q
 
Q
E
 
D
T
 
T
Q
 
K

Sites not aligning to the query:

4mijA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp. Js666 (bpro_3107), target efi-510173, with bound alpha/beta d-galacturonate, space group p21 (see paper)
30% identity, 84% coverage: 54:335/336 of query aligns to 25:300/302 of 4mijA

query
sites
4mijA
E
 
E
I
 
L
V
 
L
E
 
E
A
 
K
K
 
K
S
 
S
N
 
G
G
 
G
K
 
K
V
 
H
R
 
K
I
 
I
Q
 
K
L
 
V
F
 
F
G
 
N
N
 
K
C
 
Q
M
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
S
D
x
E
R
 
K
V
 
E
T
 
T
M
 
I
E
 
D
A
 
Q
T
 
V
Q
 
K
R
 
I
G
 
G
T
 
A
L
 
L
E
 
D
M
 
F
A
 
T
S
x
R
S
 
V
S
 
N
S
 
V
P
 
G
N
 
P
M
 
M
T
 
N
N
 
A
F
 
I
S
 
C
K
 
P
E
 
L
M
 
T
M
 
Q
V
 
V
F
 
P
D
 
T
L
 
M
P
 
P
Y
 
F
I
 
L
-
 
F
T
 
S
S
 
S
P
 
I
E
 
A
H
 
H
Q
 
-
E
 
-
K
 
-
L
 
M
Y
 
R
K
 
K
A
 
S
L
 
L
D
 
D
E
 
-
G
 
G
A
 
P
L
 
V
G
 
G
E
 
D
R
 
E
L
 
I
D
 
L
A
 
K
I
 
S
A
 
C
A
 
E
G
 
S
I
 
A
G
 
G
L
 
F
K
 
I
P
 
G
I
 
L
M
 
A
Y
 
F
S
 
Y
E
 
D
Y
 
S
G
 
G
Y
 
A
R
|
R
N
 
S
F
 
I
A
 
-
T
 
Y
T
 
A
K
 
K
K
 
K
P
 
P
I
 
I
K
 
R
T
 
T
A
 
V
D
 
A
D
 
D
L
 
A
K
 
K
N
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
I
R
|
R
T
 
V
T
x
Q
D
 
Q
S
 
S
P
 
D
I
 
L
E
 
W
V
 
V
A
 
A
V
 
L
A
 
V
S
 
S
A
 
A
L
 
M
G
 
G
M
 
A
N
 
N
P
 
A
T
 
T
P
 
P
V
 
M
S
 
P
W
x
Y
G
 
G
E
 
E
T
 
V
Y
 
Y
T
 
T
A
 
G
L
 
L
Q
 
K
Q
 
T
G
 
G
T
 
L
V
 
I
D
 
D
G
 
A
E
 
A
G
 
E
N
|
N
T
 
N
F
 
I
G
 
P
L
x
S
L
 
F
N
 
D
D
 
T
A
 
A
K
 
K
H
 
H
T
 
V
E
 
E
V
 
A
L
 
V
R
 
K
H
 
V
A
 
Y
M
 
S
D
 
K
S
 
T
A
 
E
H
 
H
N
 
S
Y
 
M
S
 
A
M
 
P
H
x
E
L
 
I
L
 
L
M
 
V
I
 
M
N
 
S
K
 
K
A
 
I
Y
 
I
F
 
Y
D
 
D
K
 
K
L
 
L
P
 
P
A
 
K
D
 
A
V
 
E
Q
 
Q
Q
 
D
I
 
M
L
 
I
V
 
R
D
 
A
S
 
A
G
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
S
L
 
V
A
 
A
Y
 
F
Q
 
E
R
 
R
A
 
Q
I
 
K
S
 
W
N
 
D
D
 
E
L
 
Q
E
 
E
K
 
A
K
 
K
A
 
S
E
 
L
Q
 
A
A
 
N
F
 
V
V
 
K
E
 
A
R
 
A
G
 
G
I
 
A
V
 
E
I
 
I
T
 
V
K
 
E
L
 
V
A
 
-
P
 
-
E
 
-
E
 
D
R
 
K
A
 
K
K
 
S
M
 
F
R
 
Q
E
 
A
L
 
V
T
 
M
R
 
G
P
 
P
V
 
V
W
 
Y
D
 
D
K
 
K
F
 
F
-
 
M
-
 
T
S
 
T
N
 
P
D
 
D
I
 
M
P
 
-
A
 
K
D
 
R
L
 
L
V
 
V
K
 
K
L
 
A
V
 
V
Q
 
Q
E
 
D
T
 
T
Q
 
K

Sites not aligning to the query:

Q16BC9 Solute-binding protein RD1_1052 from Roseobacter denitrificans (strain ATCC 33942 / OCh 114) (Erythrobacter sp. (strain OCh 114)) (Roseobacter denitrificans) (see paper)
31% identity, 89% coverage: 1:299/336 of query aligns to 1:287/325 of Q16BC9

query
sites
Q16BC9
M
 
M
R
 
R
N
 
L
F
 
F
F
 
T
K
 
K
A
 
I
N
 
K
A
 
G
I
 
L
A
 
A
A
 
A
I
 
V
A
 
T
C
 
C
I
 
V
A
 
A
M
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
-
G
 
-
S
 
S
Y
 
S
A
 
A
E
 
A
A
 
F
A
 
A
K
 
Q
R
 
E
I
 
M
T
 
T
I
 
L
R
 
K
L
 
L
A
 
G
H
 
H
P
 
L
M
 
A
A
 
N
P
 
E
G
 
Q
N
 
N
N
 
A
V
 
W
T
 
H
L
 
L
G
 
A
Y
 
A
E
 
V
K
 
K
F
 
F
K
 
G
E
 
E
I
 
E
V
 
L
E
 
S
A
 
T
K
 
L
S
 
T
N
 
D
G
 
G
K
 
R
V
 
I
R
 
A
I
 
V
Q
 
E
L
 
V
F
 
F
G
 
P
N
 
N
C
 
E
M
 
S
L
 
L
G
 
G
S
 
K
D
x
E
R
 
I
V
 
D
T
 
L
M
 
I
E
 
N
A
 
G
T
 
M
Q
 
Q
R
 
L
G
 
G
T
 
T
L
 
V
E
 
D
M
 
M
A
 
-
S
 
T
S
 
I
S
 
T
S
x
G
P
x
E
N
x
S
M
 
L
T
 
Q
N
 
N
F
 
W
S
 
A
K
 
P
E
 
M
M
 
A
M
 
A
V
 
L
F
 
L
D
 
A
L
 
V
P
 
P
Y
 
Y
-
 
A
I
 
Y
T
 
K
S
 
S
P
 
L
E
 
E
H
 
H
Q
 
M
E
 
D
K
 
E
L
 
V
Y
 
A
K
 
S
A
 
-
L
 
-
D
 
-
E
 
-
G
 
G
A
 
E
L
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
Q
L
 
I
-
 
K
D
 
Q
A
 
Q
I
 
I
A
 
I
A
 
E
G
 
K
I
 
A
G
 
Q
L
 
V
K
 
R
P
 
P
I
 
I
M
 
A
Y
 
F
S
 
F
E
 
A
Y
x
R
G
|
G
Y
x
P
R
|
R
N
 
N
F
 
L
A
 
-
T
 
T
T
 
S
K
 
Q
K
 
R
P
 
P
I
 
I
K
 
T
T
 
S
A
 
P
D
 
A
D
 
D
L
 
L
K
 
D
N
 
G
L
 
M
K
 
K
V
 
M
R
|
R
T
 
V
T
 
P
D
 
N
S
 
V
P
 
P
I
 
L
E
 
F
V
 
V
A
 
D
V
 
V
A
 
W
S
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
G
M
 
A
N
 
S
P
 
P
T
 
T
P
 
P
V
 
M
S
 
A
W
 
F
G
 
S
E
 
E
T
 
V
Y
 
F
T
 
T
A
 
S
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
N
G
 
G
T
 
V
V
 
I
D
 
D
G
 
G
E
 
Q
G
 
E
N
|
N
T
 
P
F
 
L
G
 
A
L
 
L
L
 
I
N
 
R
D
 
S
A
 
A
K
 
N
H
 
F
T
 
N
E
 
E
V
 
V
L
 
Q
R
 
G
H
 
Y
A
 
V
M
 
N
D
 
Q
S
 
T
A
 
E
H
 
H
N
 
V
Y
 
R
S
 
S
M
 
W
H
 
I
L
 
Y
L
 
L
M
 
T
I
 
I
N
 
A
K
 
E
A
 
S
Y
 
T
F
 
W
D
 
A
K
 
K
L
 
L
P
 
S
A
 
E
D
 
D
V
 
D
Q
 
Q
Q
 
N
I
 
A
L
 
V
V
 
M
D
 
Q
S
 
A
G
 
A
K
 
A
E
 
T
A
 
A
L
 
Q
A
 
E
Y
 
Y
Q
 
E
R
 
R
A
 
G
I
 
L
S
 
L
N
 
-
D
 
-
L
 
L
E
 
E
K
 
S
K
 
L
A
 
A
E
 
E
Q
 
-
A
 
-
F
 
-
V
 
-
E
 
D
R
 
R
G
 
G
I
 
Y
V
 
L
I
 
E
T
 
S
K
 
K

4ovrA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from xanthobacter autotrophicus py2, target efi-510329, with bound beta-d- galacturonate (see paper)
28% identity, 79% coverage: 59:322/336 of query aligns to 29:285/298 of 4ovrA

query
sites
4ovrA
K
 
E
S
 
T
N
 
N
G
 
G
K
 
K
V
 
I
R
 
S
I
 
I
Q
 
K
L
 
V
F
 
F
G
 
P
N
 
N
C
 
S
M
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
S
D
x
E
R
 
K
V
 
D
T
 
T
M
 
I
E
 
E
A
 
Q
T
 
V
Q
 
K
R
 
L
G
 
G
T
 
A
L
 
L
E
 
D
M
 
F
A
 
I
S
x
R
S
 
I
S
 
N
S
 
S
P
 
G
N
 
T
M
 
L
T
 
N
N
 
T
F
 
V
S
 
C
K
 
P
E
 
A
M
 
M
M
 
T
V
 
V
F
 
P
D
 
V
L
 
L
P
 
P
Y
 
F
I
 
L
T
 
-
S
 
-
P
 
-
E
 
-
H
 
F
Q
 
R
E
 
D
K
 
K
L
 
A
Y
 
H
-
 
M
K
 
R
A
 
A
L
 
V
D
 
L
E
 
D
G
 
G
A
 
P
L
 
I
G
 
G
E
 
D
R
 
E
L
 
I
D
 
L
A
 
A
I
 
D
A
 
C
A
 
A
G
 
S
I
 
H
G
 
G
L
 
L
K
 
V
P
 
G
I
 
L
M
 
A
Y
 
F
S
 
Y
E
 
D
Y
 
S
G
 
G
Y
 
A
R
|
R
N
 
S
F
 
F
A
 
Y
T
 
A
T
 
T
K
 
T
K
 
-
P
 
P
I
 
I
K
 
R
T
 
K
A
 
L
D
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
K
N
 
G
L
 
K
K
 
K
V
 
I
R
|
R
T
 
V
T
x
Q
D
 
Q
S
 
S
P
 
D
I
 
I
E
 
W
V
 
V
A
 
S
V
 
M
A
 
M
S
 
K
A
 
L
L
 
L
G
 
G
M
 
A
N
 
N
P
 
A
T
 
T
P
 
P
V
 
M
S
 
P
W
 
A
G
 
G
E
 
E
T
 
V
Y
 
F
T
 
T
A
 
G
L
 
L
Q
 
K
Q
 
S
G
 
G
T
 
L
V
 
I
D
 
D
G
 
G
E
 
A
G
 
E
N
|
N
T
 
N
F
 
W
G
 
P
L
x
S
L
 
Y
N
 
D
D
 
N
A
 
F
K
 
H
H
 
H
T
 
Y
E
 
E
V
 
A
L
 
A
R
 
K
H
 
N
A
 
Y
M
 
S
D
 
L
S
 
S
A
 
E
H
 
H
N
 
S
Y
 
M
S
 
A
M
 
P
H
x
E
L
 
V
L
 
L
M
 
L
I
 
I
N
 
S
K
 
K
A
 
R
Y
 
V
F
 
F
D
 
D
K
 
S
L
 
F
P
 
T
A
 
P
D
 
E
V
 
E
Q
 
Q
Q
 
V
I
 
Q
L
 
V
V
 
R
D
 
K
S
 
A
G
 
A
K
 
K
E
 
N
A
 
S
L
 
V
A
 
G
Y
 
Y
Q
 
M
R
 
R
A
 
Q
I
 
L
S
 
W
N
 
D
D
 
A
L
 
M
E
 
E
K
 
I
K
 
S
A
 
S
E
 
R
Q
 
E
A
 
K
F
 
V
V
 
E
E
 
K
R
 
A
G
 
G
I
 
V
V
 
E
I
 
V
T
 
I
K
 
T
L
 
I
A
 
-
P
 
-
E
 
-
E
 
D
R
 
K
A
 
A
K
 
P
M
 
F
R
 
Q
E
 
A
L
 
A
T
 
V
R
 
Q
P
 
P
V
 
L
W
 
Y
D
 
D
K
 
Q
F
 
F
S
 
V
N
 
T
D
 
D

Sites not aligning to the query:

4p3lA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from chromohalobacter salexigens dsm 3043 (csal_2479), target efi-510085, with bound glucuronate, spg p6122 (see paper)
27% identity, 89% coverage: 37:335/336 of query aligns to 9:302/303 of 4p3lA

query
sites
4p3lA
H
|
H
P
 
P
M
 
P
A
 
S
P
 
Y
G
 
P
N
 
N
N
 
G
V
 
K
T
 
A
L
 
L
G
 
-
Y
 
-
E
 
E
K
 
S
F
 
F
K
 
A
E
 
K
I
 
E
V
 
V
E
 
A
A
 
E
K
 
K
S
 
T
N
 
E
G
 
G
K
 
R
V
 
V
R
 
E
I
 
P
Q
 
K
L
 
V
F
 
Y
G
 
H
N
 
N
C
 
A
M
 
V
L
 
L
G
 
G
S
 
D
D
x
Q
R
 
P
V
 
D
T
 
A
M
 
I
E
 
E
A
 
Q
T
 
T
Q
 
R
R
 
S
G
 
G
T
 
A
L
 
L
E
 
D
M
 
F
A
 
A
S
 
N
S
 
F
S
x
N
S
 
M
P
 
G
N
 
P
M
 
M
T
 
G
N
 
P
F
 
I
S
 
V
K
 
P
E
 
A
M
 
A
M
 
N
V
 
V
F
 
L
D
 
S
L
 
L
P
 
P
Y
 
F
I
 
I
-
 
F
T
 
K
S
 
S
P
 
P
E
 
D
H
 
-
Q
 
-
E
 
-
K
 
D
L
 
M
Y
 
Y
K
 
R
A
 
I
L
 
M
D
 
D
E
 
-
G
 
G
A
 
E
L
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
L
 
F
D
 
A
A
 
D
I
 
A
A
 
L
A
 
A
G
 
E
I
 
K
G
 
N
L
 
L
K
 
I
P
 
V
I
 
L
M
 
S
Y
 
W
S
 
F
E
 
G
Y
 
S
G
 
G
Y
 
A
R
|
R
N
 
S
F
 
L
A
 
Y
T
 
N
T
 
T
K
 
D
K
 
H
P
 
P
I
 
V
K
 
E
T
 
T
A
 
P
D
 
D
D
 
D
L
 
V
K
 
E
N
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
V
R
|
R
T
 
V
T
x
M
D
 
N
S
 
N
P
 
D
I
 
L
E
 
Y
V
 
V
A
 
Q
V
 
M
A
 
I
S
 
D
A
 
E
L
 
M
G
 
G
M
 
G
N
 
N
P
 
A
T
 
T
P
 
P
V
 
M
S
 
A
W
x
Y
G
 
G
E
 
E
T
 
V
Y
 
Y
T
 
Q
A
 
S
L
 
L
Q
 
K
Q
 
T
G
 
G
T
 
V
V
 
I
D
 
D
G
 
G
E
 
A
G
 
E
N
|
N
T
 
N
F
 
Y
G
 
P
L
x
S
L
 
Y
N
 
E
D
 
S
A
 
S
K
 
G
H
 
H
T
 
Y
E
 
E
V
 
V
L
 
A
R
 
N
H
 
Y
A
 
Y
M
 
S
D
 
L
S
 
T
A
 
E
H
 
H
N
 
L
Y
 
I
S
 
L
M
 
P
H
x
E
L
 
C
L
 
L
M
 
C
I
 
V
N
 
A
K
 
K
A
 
A
Y
 
S
F
 
W
D
 
E
K
 
E
L
 
L
P
 
S
A
 
E
D
 
K
V
 
D
Q
 
R
Q
 
Q
I
 
A
L
 
I
V
 
R
D
 
E
S
 
A
G
 
A
K
 
E
E
 
D
A
 
A
L
 
A
A
 
K
Y
 
E
Q
 
Q
R
 
R
A
 
A
I
 
L
S
 
W
N
 
E
D
 
E
L
 
G
E
 
V
K
 
Q
K
 
A
A
 
S
E
 
K
Q
 
Q
A
 
K
F
 
I
V
 
L
E
 
D
R
 
A
G
 
G
I
 
V
V
 
K
I
 
I
T
 
N
K
 
E
L
 
V
A
 
-
P
 
-
E
 
D
E
 
D
R
 
K
A
 
S
K
 
A
M
 
F
R
 
Q
E
 
A
L
 
K
T
 
M
R
 
Q
P
 
P
V
 
I
W
 
Y
D
 
D
K
 
Q
F
 
F
S
 
V
N
 
Q
D
 
E
I
 
H
P
 
P
-
 
E
-
 
L
A
 
E
D
 
S
L
 
L
V
 
V
K
 
T
L
 
D
V
 
I
Q
 
Q
E
 
D
T
 
A
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>208331 MicrobesOnline__882:208331
MRNFFKANAIAAIACIAMLAAGSYAEAAKRITIRLAHPMAPGNNVTLGYEKFKEIVEAKS
NGKVRIQLFGNCMLGSDRVTMEATQRGTLEMASSSSPNMTNFSKEMMVFDLPYITSPEHQ
EKLYKALDEGALGERLDAIAAGIGLKPIMYSEYGYRNFATTKKPIKTADDLKNLKVRTTD
SPIEVAVASALGMNPTPVSWGETYTALQQGTVDGEGNTFGLLNDAKHTEVLRHAMDSAHN
YSMHLLMINKAYFDKLPADVQQILVDSGKEALAYQRAISNDLEKKAEQAFVERGIVITKL
APEERAKMRELTRPVWDKFSNDIPADLVKLVQETQQ

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory