SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 208498 MicrobesOnline__882:208498 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1a05A Crystal structure of the complex of 3-isopropylmalate dehydrogenase from thiobacillus ferrooxidans with 3-isopropylmalate (see paper)
63% identity, 97% coverage: 4:350/357 of query aligns to 3:347/357 of 1a05A

query
sites
1a05A
N
 
K
I
 
I
C
 
A
L
 
I
L
 
F
P
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
A
Q
 
A
G
 
A
T
 
R
K
 
Q
V
 
V
L
 
L
D
 
D
A
 
A
V
 
V
A
 
D
R
 
Q
R
 
A
F
 
A
G
 
H
H
 
L
T
 
G
V
 
L
S
 
R
T
 
C
S
 
T
S
 
E
A
 
G
L
 
L
I
 
V
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
I
 
L
D
 
D
A
 
A
T
 
S
G
 
D
S
 
D
P
 
P
L
 
L
P
 
P
D
 
A
A
 
A
T
 
S
V
 
L
E
 
Q
A
 
L
C
 
A
R
 
M
T
 
A
S
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
V
G
 
G
G
 
G
P
 
P
K
 
R
W
 
W
D
 
D
D
 
A
L
 
Y
P
 
P
S
 
P
E
 
A
K
 
K
R
 
R
P
 
P
E
 
E
K
 
Q
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
R
I
 
L
R
|
R
K
 
K
A
 
G
L
 
L
G
 
D
L
 
L
F
 
Y
A
 
A
N
 
N
L
 
L
R
|
R
P
 
P
A
 
A
A
 
Q
L
 
I
F
 
F
P
 
P
E
 
Q
L
 
L
A
 
L
G
 
D
A
 
A
C
 
S
L
 
P
L
 
L
R
 
R
A
 
P
D
 
E
I
 
L
A
 
V
A
 
R
A
 
-
G
 
D
L
 
V
D
 
D
L
 
I
V
 
L
V
 
V
V
 
V
R
|
R
E
 
E
L
 
L
T
 
T
G
 
G
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
Q
 
Q
P
 
P
A
 
R
G
 
G
I
 
L
E
 
E
T
 
V
R
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
K
R
 
R
T
 
R
G
 
G
F
 
F
N
 
N
T
 
T
M
 
M
I
 
V
Y
 
Y
D
 
D
E
 
E
D
 
D
E
 
E
V
 
I
R
 
R
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
H
V
 
V
A
 
A
F
 
F
D
 
R
T
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
G
R
 
R
K
 
R
R
 
K
R
 
Q
V
 
L
C
 
C
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
A
 
E
T
 
T
S
 
T
R
 
R
L
 
L
W
 
W
R
 
R
E
 
E
V
 
V
V
 
V
E
 
T
E
 
E
V
 
V
A
 
A
R
 
R
D
 
D
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
V
 
V
E
 
R
L
 
L
S
 
S
H
 
H
M
 
M
Y
 
Y
V
 
V
D
|
D
N
 
N
A
 
A
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
L
 
L
V
 
I
R
 
R
W
 
A
P
 
P
A
 
A
Q
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
L
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
M
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
E
 
E
A
 
A
A
 
S
V
 
Q
I
 
L
T
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
I
G
 
G
M
 
M
L
 
L
P
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
M
 
L
G
 
G
S
 
E
G
 
G
G
 
R
P
 
-
A
 
A
L
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
I
 
I
H
 
H
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
K
 
K
A
 
A
N
 
N
P
 
P
I
 
L
A
 
A
T
 
T
I
 
I
L
 
L
S
 
S
V
 
V
G
 
A
M
 
M
M
 
M
L
 
L
R
 
R
L
 
H
G
 
S
F
 
L
G
 
N
L
 
A
A
 
E
A
 
P
E
 
W
A
 
A
D
 
Q
A
 
R
I
 
V
D
 
E
A
 
A
A
 
A
V
 
V
R
 
Q
R
 
R
V
 
V
L
 
L
A
 
D
E
 
Q
G
 
G
Y
 
L
R
 
R
T
 
T
G
 
A
D
 
D
I
 
I
M
 
A
E
 
A
N
 
P
G
 
G
R
 
T
T
 
P
L
 
V
V
 
I
G
 
G
T
 
T
V
 
K
S
 
A
M
 
M
G
 
G

Q56268 3-isopropylmalate dehydrogenase; 3-IPM-DH; Beta-IPM dehydrogenase; IMDH; EC 1.1.1.85 from Acidithiobacillus ferrooxidans (Thiobacillus ferrooxidans) (see paper)
63% identity, 97% coverage: 4:350/357 of query aligns to 3:347/358 of Q56268

query
sites
Q56268
N
 
K
I
 
I
C
 
A
L
 
I
L
 
F
P
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
A
Q
 
A
G
 
A
T
 
R
K
 
Q
V
 
V
L
 
L
D
 
D
A
 
A
V
 
V
A
 
D
R
 
Q
R
 
A
F
 
A
G
 
H
H
 
L
T
 
G
V
 
L
S
 
R
T
 
C
S
 
T
S
 
E
A
 
G
L
 
L
I
 
V
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
I
 
L
D
 
D
A
 
A
T
 
S
G
 
D
S
 
D
P
 
P
L
 
L
P
 
P
D
 
A
A
 
A
T
 
S
V
 
L
E
 
Q
A
 
L
C
 
A
R
 
M
T
 
A
S
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
V
G
 
G
G
 
G
P
 
P
K
 
R
W
 
W
D
 
D
D
 
A
L
 
Y
P
 
P
S
 
P
E
 
A
K
 
K
R
 
R
P
 
P
E
 
E
K
 
Q
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
R
I
 
L
R
|
R
K
 
K
A
 
G
L
 
L
G
 
D
L
 
L
F
 
Y
A
 
A
N
 
N
L
 
L
R
|
R
P
 
P
A
 
A
A
 
Q
L
 
I
F
 
F
P
 
P
E
 
Q
L
 
L
A
 
L
G
 
D
A
 
A
C
 
S
L
 
P
L
 
L
R
 
R
A
 
P
D
 
E
I
 
L
A
 
V
A
 
R
A
 
-
G
 
D
L
 
V
D
 
D
L
 
I
V
 
L
V
 
V
V
 
V
R
|
R
E
 
E
L
 
L
T
 
T
G
 
G
D
 
D
V
 
I
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
Q
 
Q
P
 
P
A
 
R
G
 
G
I
 
L
E
 
E
T
 
V
R
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
K
R
 
R
T
 
R
G
 
G
F
 
F
N
 
N
T
 
T
M
 
M
I
 
V
Y
 
Y
D
 
D
E
 
E
D
 
D
E
 
E
V
 
I
R
 
R
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
H
V
 
V
A
 
A
F
 
F
D
 
R
T
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
G
R
 
R
K
 
R
R
 
K
R
 
Q
V
 
L
C
 
C
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
 
K
A
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
A
 
E
T
 
T
S
 
T
R
 
R
L
 
L
W
 
W
R
 
R
E
 
E
V
 
V
V
 
V
E
 
T
E
 
E
V
 
V
A
 
A
R
 
R
D
 
D
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
V
 
V
E
 
R
L
 
L
S
 
S
H
 
H
M
 
M
Y
 
Y
V
 
V
D
|
D
N
 
N
A
 
A
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
L
 
L
V
 
I
R
 
R
W
 
A
P
 
P
A
 
A
Q
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
L
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
M
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
 
D
E
 
E
A
 
A
A
 
S
V
 
Q
I
 
L
T
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
I
G
 
G
M
 
M
L
 
L
P
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
M
 
L
G
 
G
S
 
E
G
 
G
G
 
R
P
 
-
A
 
A
L
 
M
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
I
 
I
H
 
H
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
K
 
K
A
 
A
N
 
N
P
 
P
I
 
L
A
 
A
T
 
T
I
 
I
L
 
L
S
 
S
V
 
V
G
 
A
M
 
M
M
 
M
L
 
L
R
 
R
L
 
H
G
 
S
F
 
L
G
 
N
L
 
A
A
 
E
A
 
P
E
 
W
A
 
A
D
 
Q
A
 
R
I
 
V
D
 
E
A
 
A
A
 
A
V
 
V
R
 
Q
R
 
R
V
 
V
L
 
L
A
 
D
E
 
Q
G
 
G
Y
 
L
R
 
R
T
 
T
G
 
A
D
 
D
I
 
I
M
 
A
E
 
A
N
 
P
G
 
G
R
 
T
T
 
P
L
 
V
V
 
I
G
 
G
T
 
T
V
 
K
S
 
A
M
 
M
G
 
G

P93832 3-isopropylmalate dehydrogenase 2, chloroplastic; 3-IPM-DH 2; AtIMDH2; AtIMDH3; IMDH 2; Beta-IPM dehydrogenase 2; Isopropylmalate dehydrogenase 2; AtIMD2; EC 1.1.1.85 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see 2 papers)
59% identity, 99% coverage: 5:357/357 of query aligns to 45:397/405 of P93832

query
sites
P93832
I
 
I
C
 
T
L
 
L
L
 
L
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
I
 
V
V
 
V
A
 
S
Q
 
I
G
 
A
T
 
K
K
 
N
V
 
V
L
 
L
D
 
Q
A
 
Q
V
 
A
A
 
G
R
 
S
R
 
L
F
 
E
G
 
G
H
 
V
T
 
E
V
 
F
S
 
N
T
 
F
S
 
R
S
 
E
A
 
M
L
 
P
I
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
I
 
L
D
 
D
A
 
L
T
 
V
G
 
G
S
 
V
P
 
P
L
 
L
P
 
P
D
 
E
A
 
E
T
 
T
V
 
I
E
 
S
A
 
A
C
 
A
R
 
K
T
 
E
S
 
S
D
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
x
I
G
|
G
G
|
G
P
x
Y
K
|
K
W
|
W
D
|
D
D
x
N
L
x
N
P
x
E
S
x
K
E
x
H
K
x
L
R
|
R
P
|
P
E
|
E
K
 
K
G
 
G
L
|
L
L
|
L
G
 
Q
I
 
I
R
|
R
K
 
A
A
 
A
L
 
L
G
 
K
L
 
V
F
 
F
A
 
A
N
 
N
L
 
L
R
|
R
P
 
P
A
 
A
A
 
T
L
 
V
F
 
L
P
 
P
E
 
Q
L
 
L
A
 
V
G
 
D
A
 
A
C
 
S
L
 
T
L
 
L
R
 
K
A
 
R
D
 
E
I
 
V
A
 
A
A
 
E
A
 
-
G
 
G
L
 
V
D
 
D
L
 
L
V
 
M
V
 
V
V
 
V
R
|
R
E
 
E
L
 
L
T
 
T
G
 
G
D
 
G
V
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
Q
 
E
P
 
P
A
 
R
G
 
G
I
 
I
E
 
K
T
 
T
-
 
N
R
 
E
D
 
N
G
 
G
L
 
E
R
 
E
T
 
V
G
 
G
F
 
F
N
 
N
T
 
T
M
 
E
I
 
V
Y
 
Y
D
 
A
E
 
A
D
 
H
E
 
E
V
 
I
R
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
V
A
 
A
F
 
F
D
 
E
T
 
T
A
 
A
R
 
R
A
 
K
R
 
R
K
 
R
R
 
G
R
 
K
V
 
L
C
 
C
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
V
|
V
L
 
L
A
 
E
T
 
A
S
 
S
R
 
I
L
 
L
W
 
W
R
 
R
E
 
K
V
 
R
V
 
V
E
 
T
E
 
A
V
 
L
A
 
A
R
 
S
D
 
E
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
V
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
S
H
 
H
M
 
M
Y
 
Y
V
 
V
D
|
D
N
|
N
A
 
A
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
L
 
L
V
 
V
R
 
R
W
 
D
P
 
P
A
 
K
Q
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
T
I
 
I
V
 
V
T
 
T
G
 
N
N
 
N
L
 
I
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
E
 
E
A
 
A
A
 
S
V
 
M
I
 
I
T
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
I
G
 
G
M
 
M
L
 
L
P
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
M
 
L
G
 
S
S
 
D
G
 
S
G
 
G
P
 
P
A
 
G
L
 
L
F
 
F
E
|
E
P
|
P
I
|
I
H
|
H
G
|
G
S
|
S
A
|
A
P
|
P
D
|
D
I
|
I
A
|
A
G
|
G
Q
|
Q
D
|
D
K
|
K
A
|
A
N
|
N
P
 
P
I
 
L
A
 
A
T
 
T
I
 
I
L
 
L
S
 
S
V
 
A
G
 
A
M
 
M
M
 
L
L
 
L
R
 
K
L
 
Y
G
 
G
F
 
L
G
 
G
L
 
E
A
 
E
A
 
K
E
 
A
A
 
A
D
 
K
A
 
R
I
 
I
D
 
E
A
 
D
A
 
A
V
 
V
R
 
L
R
 
V
V
 
A
L
 
L
A
 
N
E
 
N
G
 
G
Y
 
F
R
 
R
T
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
I
M
 
Y
E
 
S
N
 
A
G
 
G
R
 
T
T
 
K
L
 
L
V
 
V
G
 
G
T
 
C
V
 
K
S
 
E
M
 
M
G
 
G
N
 
E
L
 
E
I
 
V
A
 
L
E
 
K
R
 
S
I
 
V

5j33A Isopropylmalate dehydrogenase in complex with NAD+ (see paper)
59% identity, 99% coverage: 5:357/357 of query aligns to 5:357/360 of 5j33A

query
sites
5j33A
I
 
I
C
 
T
L
 
L
L
 
L
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
I
 
V
V
 
V
A
 
S
Q
 
I
G
 
A
T
 
K
K
 
N
V
 
V
L
 
L
D
 
Q
A
 
Q
V
 
A
A
 
G
R
 
S
R
 
L
F
 
E
G
 
G
H
 
V
T
 
E
V
 
F
S
 
N
T
 
F
S
 
R
S
 
E
A
 
M
L
 
P
I
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
I
 
L
D
 
D
A
 
L
T
 
V
G
 
G
S
 
V
P
 
P
L
 
L
P
 
P
D
 
E
A
 
E
T
 
T
V
 
I
E
 
S
A
 
A
C
 
A
R
 
K
T
 
E
S
 
S
D
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
x
I
G
 
G
G
 
G
P
 
Y
K
 
K
W
 
W
D
 
D
D
 
N
L
 
N
P
 
E
S
 
K
E
 
H
K
 
L
R
 
R
P
 
P
E
|
E
K
 
K
G
 
G
L
|
L
L
 
L
G
 
Q
I
 
I
R
 
R
K
 
A
A
 
A
L
 
L
G
 
K
L
 
V
F
 
F
A
 
A
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
A
A
 
T
L
 
V
F
 
L
P
 
P
E
 
Q
L
 
L
A
 
V
G
 
D
A
 
A
C
 
S
L
 
T
L
 
L
R
 
K
A
 
R
D
 
E
I
 
V
A
 
A
A
 
E
A
 
-
G
 
G
L
 
V
D
 
D
L
 
L
V
 
M
V
 
V
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
T
 
T
G
 
G
D
 
G
V
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
Q
 
E
P
 
P
A
 
R
G
 
G
I
 
I
E
 
K
T
 
T
-
 
N
R
 
E
D
 
N
G
 
G
L
 
E
R
 
E
T
 
V
G
 
G
F
 
F
N
 
N
T
 
T
M
 
E
I
 
V
Y
 
Y
D
 
A
E
 
A
D
 
H
E
 
E
V
 
I
R
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
V
A
 
A
F
 
F
D
 
E
T
 
T
A
 
A
R
 
R
A
 
K
R
 
R
K
 
R
R
 
G
R
 
K
V
 
L
C
 
C
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
A
 
E
T
 
A
S
 
S
R
 
I
L
 
L
W
 
W
R
 
R
E
 
K
V
 
R
V
 
V
E
 
T
E
 
A
V
 
L
A
 
A
R
 
S
D
 
E
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
V
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
S
H
 
H
M
 
M
Y
 
Y
V
 
V
D
|
D
N
 
N
A
 
A
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
L
 
L
V
 
V
R
 
R
W
 
D
P
 
P
A
 
K
Q
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
T
I
 
I
V
 
V
T
 
T
G
 
N
N
 
N
L
 
I
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
E
 
E
A
 
A
A
 
S
V
 
M
I
 
I
T
 
T
G
 
G
S
 
S
I
|
I
G
 
G
M
 
M
L
 
L
P
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
M
 
L
G
 
S
S
 
D
G
 
S
G
 
G
P
 
P
A
 
G
L
 
L
F
 
F
E
|
E
P
 
P
I
 
I
H
|
H
G
|
G
S
|
S
A
|
A
P
 
P
D
 
D
I
|
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
K
 
K
A
 
A
N
|
N
P
 
P
I
 
L
A
 
A
T
 
T
I
 
I
L
 
L
S
 
S
V
 
A
G
 
A
M
 
M
M
 
L
L
 
L
R
 
K
L
 
Y
G
 
G
F
 
L
G
 
G
L
 
E
A
 
E
A
 
K
E
 
A
A
 
A
D
 
K
A
 
R
I
 
I
D
 
E
A
 
D
A
 
A
V
 
V
R
 
L
R
 
V
V
 
A
L
 
L
A
 
N
E
 
N
G
 
G
Y
 
F
R
 
R
T
 
T
G
 
G
D
|
D
I
 
I
M
 
Y
E
 
S
N
 
A
G
 
G
R
 
T
T
 
K
L
 
L
V
 
V
G
 
G
T
 
C
V
 
K
S
 
E
M
 
M
G
 
G
N
 
E
L
 
E
I
 
V
A
 
L
E
 
K
R
 
S
I
 
V

5j32A Isopropylmalate dehydrogenase in complex with isopropylmalate (see paper)
59% identity, 99% coverage: 5:357/357 of query aligns to 15:367/369 of 5j32A

query
sites
5j32A
I
 
I
C
 
T
L
 
L
L
|
L
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
I
 
V
V
 
V
A
 
S
Q
 
I
G
 
A
T
 
K
K
 
N
V
 
V
L
 
L
D
 
Q
A
 
Q
V
 
A
A
 
G
R
 
S
R
 
L
F
 
E
G
 
G
H
 
V
T
 
E
V
 
F
S
 
N
T
 
F
S
 
R
S
 
E
A
 
M
L
 
P
I
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
I
 
L
D
 
D
A
 
L
T
 
V
G
 
G
S
 
V
P
 
P
L
 
L
P
 
P
D
 
E
A
 
E
T
 
T
V
 
I
E
 
S
A
 
A
C
 
A
R
 
K
T
 
E
S
 
S
D
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
Y
K
 
K
W
 
W
D
 
D
D
 
N
L
 
N
P
 
E
S
 
K
E
 
H
K
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
E
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
Q
I
 
I
R
|
R
K
 
A
A
 
A
L
 
L
G
 
K
L
 
V
F
 
F
A
 
A
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
A
A
 
T
L
 
V
F
 
L
P
 
P
E
 
Q
L
 
L
A
 
V
G
 
D
A
 
A
C
 
S
L
 
T
L
 
L
R
 
K
A
 
R
D
 
E
I
 
V
A
 
A
A
 
E
A
 
-
G
 
G
L
 
V
D
 
D
L
 
L
V
 
M
V
 
V
V
 
V
R
|
R
E
 
E
L
 
L
T
 
T
G
 
G
D
 
G
V
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
Q
 
E
P
 
P
A
 
R
G
 
G
I
 
I
E
 
K
T
 
T
-
 
N
R
 
E
D
 
N
G
 
G
L
 
E
R
 
E
T
 
V
G
 
G
F
 
F
N
 
N
T
 
T
M
 
E
I
 
V
Y
 
Y
D
 
A
E
 
A
D
 
H
E
 
E
V
 
I
R
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
V
A
 
A
F
 
F
D
 
E
T
 
T
A
 
A
R
 
R
A
 
K
R
 
R
K
 
R
R
 
G
R
 
K
V
 
L
C
 
C
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
A
 
E
T
 
A
S
 
S
R
 
I
L
 
L
W
 
W
R
 
R
E
 
K
V
 
R
V
 
V
E
 
T
E
 
A
V
 
L
A
 
A
R
 
S
D
 
E
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
V
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
S
H
 
H
M
 
M
Y
 
Y
V
 
V
D
|
D
N
 
N
A
 
A
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
L
 
L
V
 
V
R
 
R
W
 
D
P
 
P
A
 
K
Q
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
T
I
 
I
V
 
V
T
 
T
G
 
N
N
 
N
L
 
I
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
E
 
E
A
 
A
A
 
S
V
 
M
I
 
I
T
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
I
G
 
G
M
 
M
L
 
L
P
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
M
 
L
G
 
S
S
 
D
G
 
S
G
 
G
P
 
P
A
 
G
L
 
L
F
 
F
E
 
E
P
 
P
I
 
I
H
 
H
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
K
 
K
A
 
A
N
 
N
P
 
P
I
 
L
A
 
A
T
 
T
I
 
I
L
 
L
S
 
S
V
 
A
G
 
A
M
 
M
M
 
L
L
 
L
R
 
K
L
 
Y
G
 
G
F
 
L
G
 
G
L
 
E
A
 
E
A
 
K
E
 
A
A
 
A
D
 
K
A
 
R
I
 
I
D
 
E
A
 
D
A
 
A
V
 
V
R
 
L
R
 
V
V
 
A
L
 
L
A
 
N
E
 
N
G
 
G
Y
 
F
R
 
R
T
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
I
M
 
Y
E
 
S
N
 
A
G
 
G
R
 
T
T
 
K
L
 
L
V
 
V
G
 
G
T
 
C
V
 
K
S
 
E
M
 
M
G
 
G
N
 
E
L
 
E
I
 
V
A
 
L
E
 
K
R
 
S
I
 
V

1cnzA 3-isopropylmalate dehydrogenase (ipmdh) from salmonella typhimurium (see paper)
56% identity, 100% coverage: 2:357/357 of query aligns to 4:359/363 of 1cnzA

query
sites
1cnzA
H
 
N
M
 
Y
N
 
H
I
 
I
C
 
A
L
 
V
L
 
L
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
I
 
V
V
 
M
A
 
A
Q
 
Q
G
 
A
T
 
L
K
 
K
V
 
V
L
 
M
D
 
D
A
 
A
V
 
V
A
 
R
R
 
S
R
 
R
F
 
F
G
 
D
H
 
M
T
 
R
V
 
I
S
 
T
T
 
T
S
 
S
S
 
H
A
 
Y
L
 
D
I
 
V
G
 
G
G
 
G
A
 
I
A
 
A
I
 
I
D
 
D
A
 
N
T
 
H
G
 
G
S
 
H
P
 
P
L
 
L
P
 
P
D
 
K
A
 
A
T
 
T
V
 
V
E
 
E
A
 
G
C
 
C
R
 
E
T
 
Q
S
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
I
L
 
L
L
 
F
G
 
G
A
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
G
P
 
P
K
 
K
W
 
W
D
 
E
D
 
N
L
 
L
P
 
P
S
 
P
E
 
E
K
 
S
R
 
Q
P
 
P
E
 
E
K
 
R
G
 
G
-
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
P
I
 
L
R
 
R
K
 
K
A
 
H
L
 
F
G
 
K
L
 
L
F
 
F
A
 
S
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
A
A
 
K
L
 
L
F
 
Y
P
 
Q
E
 
G
L
 
L
A
 
E
G
 
A
A
 
F
C
 
C
L
 
P
L
 
L
R
 
R
A
 
A
D
 
D
I
 
I
A
 
A
A
 
A
A
 
N
G
 
G
L
 
F
D
 
D
L
 
I
V
 
L
V
 
C
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
T
 
T
G
 
G
D
 
G
V
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
Q
 
Q
P
 
P
A
 
K
G
 
G
I
 
R
E
 
E
T
 
G
R
 
S
D
 
G
G
 
Q
L
 
Y
R
 
E
T
 
K
G
 
A
F
 
F
N
 
D
T
 
T
M
 
E
I
 
V
Y
 
Y
D
 
H
E
 
R
D
 
F
E
 
E
V
 
I
R
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
I
A
 
A
F
 
F
D
 
E
T
 
S
A
 
A
R
 
R
A
 
K
R
 
R
K
 
R
R
 
R
R
 
K
V
 
V
C
 
T
S
 
S
V
 
I
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
A
 
Q
T
 
S
S
 
S
R
 
I
L
 
L
W
 
W
R
 
R
E
 
E
V
 
I
V
 
V
E
 
N
E
 
D
V
 
V
A
 
A
R
 
K
D
 
T
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
V
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
A
H
 
H
M
 
M
Y
 
Y
V
 
I
D
|
D
N
 
N
A
 
A
A
 
T
M
 
M
Q
 
Q
L
 
L
V
 
I
R
 
K
W
 
D
P
 
P
A
 
S
Q
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
L
T
 
C
G
 
S
N
 
N
L
 
L
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
E
 
E
A
 
C
A
 
A
V
 
M
I
 
I
T
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
M
G
 
G
M
 
M
L
 
L
P
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
M
 
L
G
 
N
S
 
E
G
 
Q
G
 
G
P
 
F
A
 
G
L
 
L
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
I
 
A
H
 
G
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
K
D
 
N
K
 
I
A
 
A
N
 
N
P
 
P
I
 
I
A
 
A
T
 
Q
I
 
I
L
 
L
S
 
S
V
 
L
G
 
A
M
 
L
M
 
L
L
 
L
R
 
R
L
 
Y
G
 
S
F
 
L
G
 
D
L
 
A
A
 
N
A
 
D
E
 
A
A
 
A
D
 
T
A
 
A
I
 
I
D
 
E
A
 
Q
A
 
A
V
 
I
R
 
N
R
 
R
V
 
A
L
 
L
A
 
E
E
 
E
G
 
G
Y
 
V
R
 
R
T
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
-
M
 
L
E
 
A
N
 
R
G
 
G
R
 
A
T
 
A
L
 
A
V
 
V
G
 
S
T
 
T
V
 
D
S
 
E
M
 
M
G
 
G
N
 
D
L
 
I
I
 
I
A
 
A
E
 
R
R
 
Y
I
 
V

P37412 3-isopropylmalate dehydrogenase; 3-IPM-DH; Beta-IPM dehydrogenase; IMDH; EC 1.1.1.85 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see paper)
56% identity, 100% coverage: 2:357/357 of query aligns to 4:359/363 of P37412

query
sites
P37412
H
 
N
M
 
Y
N
 
H
I
 
I
C
 
A
L
 
V
L
 
L
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
I
 
V
V
 
M
A
 
A
Q
 
Q
G
 
A
T
 
L
K
 
K
V
 
V
L
 
M
D
 
D
A
 
A
V
 
V
A
 
R
R
 
S
R
 
R
F
 
F
G
 
D
H
 
M
T
 
R
V
 
I
S
 
T
T
 
T
S
 
S
S
 
H
A
 
Y
L
 
D
I
 
V
G
 
G
G
 
G
A
 
I
A
 
A
I
 
I
D
 
D
A
 
N
T
 
H
G
 
G
S
 
H
P
 
P
L
 
L
P
 
P
D
 
K
A
 
A
T
 
T
V
 
V
E
 
E
A
 
G
C
 
C
R
 
E
T
 
Q
S
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
I
L
 
L
L
 
F
G
 
G
A
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
G
P
 
P
K
 
K
W
 
W
D
 
E
D
 
N
L
 
L
P
 
P
S
 
P
E
 
E
K
 
S
R
 
Q
P
 
P
E
 
E
K
 
R
G
 
G
-
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
P
I
 
L
R
 
R
K
 
K
A
 
H
L
 
F
G
 
K
L
 
L
F
 
F
A
 
S
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
A
A
 
K
L
 
L
F
 
Y
P
 
Q
E
 
G
L
 
L
A
 
E
G
 
A
A
 
F
C
 
C
L
 
P
L
 
L
R
 
R
A
 
A
D
 
D
I
 
I
A
 
A
A
 
A
A
 
N
G
 
G
L
 
F
D
 
D
L
 
I
V
 
L
V
 
C
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
T
 
T
G
 
G
D
 
G
V
 
I
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
Q
 
Q
P
 
P
A
 
K
G
 
G
I
 
R
E
 
E
T
 
G
R
 
S
D
 
G
G
 
Q
L
 
Y
R
 
E
T
 
K
G
 
A
F
 
F
N
 
D
T
 
T
M
 
E
I
 
V
Y
 
Y
D
 
H
E
 
R
D
 
F
E
 
E
V
 
I
R
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
I
A
 
A
F
 
F
D
 
E
T
 
S
A
 
A
R
 
R
A
 
K
R
 
R
K
 
R
R
 
R
R
 
K
V
 
V
C
 
T
S
 
S
V
 
I
D
 
D
K
 
K
A
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
A
 
Q
T
 
S
S
 
S
R
 
I
L
 
L
W
 
W
R
 
R
E
 
E
V
 
I
V
 
V
E
 
N
E
 
D
V
 
V
A
 
A
R
 
K
D
 
T
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
V
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
A
H
 
H
M
 
M
Y
 
Y
V
 
I
D
|
D
N
 
N
A
 
A
A
 
T
M
 
M
Q
 
Q
L
 
L
V
 
I
R
 
K
W
 
D
P
 
P
A
 
S
Q
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
L
T
 
C
G
 
S
N
 
N
L
 
L
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
E
 
E
A
 
C
A
 
A
V
 
M
I
 
I
T
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
M
G
 
G
M
 
M
L
 
L
P
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
M
 
L
G
 
N
S
 
E
G
 
Q
G
 
G
P
 
F
A
 
G
L
 
L
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
I
 
A
H
 
G
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
K
D
 
N
K
 
I
A
 
A
N
 
N
P
 
P
I
 
I
A
 
A
T
 
Q
I
 
I
L
 
L
S
 
S
V
 
L
G
 
A
M
 
L
M
 
L
L
 
L
R
 
R
L
 
Y
G
 
S
F
 
L
G
 
D
L
 
A
A
 
N
A
 
D
E
 
A
A
 
A
D
 
T
A
 
A
I
 
I
D
 
E
A
 
Q
A
 
A
V
 
I
R
 
N
R
 
R
V
 
A
L
 
L
A
 
E
E
 
E
G
 
G
Y
 
V
R
 
R
T
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
-
M
 
L
E
 
A
N
 
R
G
 
G
R
 
A
T
 
A
L
 
A
V
 
V
G
 
S
T
 
T
V
 
D
S
 
E
M
 
M
G
 
G
N
 
D
L
 
I
I
 
I
A
 
A
E
 
R
R
 
Y
I
 
V

Q9SA14 3-isopropylmalate dehydrogenase 3, chloroplastic; 3-IPM-DH 3; AtIMDH2; AtIMDH3; IMDH 3; Beta-IPM dehydrogenase 3; Isopropylmalate dehydrogenase 3; AtIMD3; EC 1.1.1.85 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see paper)
58% identity, 99% coverage: 4:357/357 of query aligns to 45:398/404 of Q9SA14

query
sites
Q9SA14
N
 
N
I
 
I
C
 
T
L
 
L
L
 
L
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
I
 
V
V
 
I
A
 
S
Q
 
V
G
 
A
T
 
K
K
 
N
V
 
V
L
 
L
D
 
Q
A
 
K
V
 
A
A
 
G
R
 
F
R
 
L
F
 
Q
G
 
G
H
 
L
T
 
E
V
 
F
S
 
D
T
 
F
S
 
Q
S
 
E
A
 
M
L
 
P
I
 
F
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
I
 
L
D
 
D
A
 
L
T
 
V
G
 
G
S
 
V
P
 
P
L
 
L
P
 
P
D
 
E
A
 
E
T
 
T
V
 
S
E
 
T
A
 
A
C
 
A
R
 
K
T
 
Q
S
 
S
D
 
D
A
 
A
V
 
I
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
Y
K
 
K
W
 
W
D
 
D
D
 
K
L
 
N
P
 
E
S
 
K
E
 
H
K
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
E
K
 
M
G
 
G
L
 
L
L
|
L
G
 
N
I
 
I
R
 
R
K
 
R
A
 
D
L
 
L
G
 
N
L
 
V
F
 
F
A
 
A
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
A
A
 
T
L
 
V
F
 
L
P
 
P
E
 
Q
L
 
L
A
 
V
G
 
D
A
 
A
C
 
S
L
 
T
L
 
L
R
 
K
A
 
K
D
 
E
I
 
V
A
 
A
A
 
Q
A
 
-
G
 
G
L
 
V
D
 
D
L
 
M
V
 
M
V
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
T
 
T
G
 
G
D
 
G
V
 
I
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
Q
 
E
P
 
P
A
 
R
G
 
G
I
 
I
E
 
T
-
 
I
T
 
N
R
 
E
D
 
N
G
 
G
L
 
E
R
 
E
T
 
V
G
 
G
F
 
F
N
 
N
T
 
T
M
 
E
I
 
I
Y
 
Y
D
 
A
E
 
A
D
 
H
E
 
E
V
 
I
R
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
V
A
 
A
F
 
F
D
 
E
T
 
T
A
 
A
R
 
R
A
 
K
R
 
R
K
 
R
R
 
G
R
 
K
V
 
L
C
 
C
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
 
K
A
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
A
 
D
T
 
A
S
 
S
R
 
I
L
 
L
W
 
W
R
 
R
E
 
K
V
 
R
V
 
V
E
 
T
E
 
A
V
 
L
A
 
A
R
 
S
D
 
E
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
V
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
S
H
 
H
M
 
M
Y
 
Y
V
 
V
D
 
D
N
 
N
A
 
A
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
L
 
L
V
 
V
R
 
R
W
 
D
P
 
P
A
 
K
Q
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
T
I
 
I
V
 
V
T
 
T
G
 
N
N
 
N
L
 
I
F
 
F
G
 
G
D
 
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
 
D
E
 
E
A
 
A
A
 
S
V
 
M
I
 
I
T
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
I
G
 
G
M
 
M
L
 
L
P
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
M
 
L
G
 
G
S
 
E
G
 
S
G
 
G
P
 
P
A
 
G
L
 
L
F
 
F
E
 
E
P
 
P
I
 
I
H
 
H
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
K
 
K
A
 
A
N
 
N
P
 
P
I
 
L
A
 
A
T
 
T
I
 
I
L
 
L
S
 
S
V
 
A
G
 
A
M
 
M
M
 
L
L
 
L
R
 
K
L
 
Y
G
 
G
F
 
L
G
 
G
L
 
E
A
 
E
A
 
K
E
 
A
A
 
A
D
 
K
A
 
M
I
 
I
D
 
E
A
 
D
A
 
A
V
 
V
R
 
V
R
 
D
V
 
A
L
 
L
A
 
N
E
 
K
G
 
G
Y
 
F
R
 
R
T
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
I
M
 
Y
E
 
S
N
 
P
G
 
G
R
 
N
T
 
K
L
 
L
V
 
V
G
 
G
T
 
C
V
 
K
S
 
E
M
 
M
G
 
G
N
 
E
L
 
E
I
 
V
A
 
L
E
 
K
R
 
S
I
 
V

6xxyA Crystal structure of haemophilus influenzae 3-isopropylmalate dehydrogenase in complex with o-isobutenyl oxalylhydroxamate. (see paper)
56% identity, 99% coverage: 4:357/357 of query aligns to 5:358/358 of 6xxyA

query
sites
6xxyA
N
 
N
I
 
I
C
 
A
L
 
V
L
 
L
P
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
I
 
V
V
 
M
A
 
A
Q
 
E
G
 
A
T
 
I
K
 
K
V
 
V
L
 
L
D
 
N
A
 
R
V
 
V
A
 
Q
R
 
E
R
 
K
F
 
F
G
 
G
H
 
F
T
 
K
V
 
L
S
 
N
T
 
F
S
 
N
S
 
E
A
 
F
L
 
F
I
 
V
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
I
 
I
D
 
E
A
 
H
T
 
C
G
 
G
S
 
Y
P
 
P
L
 
L
P
 
P
D
 
A
A
 
E
T
 
T
V
 
L
E
 
K
A
 
G
C
 
C
R
 
D
T
 
Q
S
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
I
L
 
L
L
 
F
G
 
G
A
x
S
V
|
V
G
|
G
G
 
G
P
 
P
K
 
K
W
 
W
D
 
T
D
 
N
L
 
L
P
 
P
S
 
P
E
 
D
K
 
Q
R
 
Q
P
 
P
E
|
E
K
 
R
G
 
G
-
 
A
L
|
L
L
 
L
G
 
P
I
 
L
R
 
R
K
 
K
A
 
H
L
 
F
G
 
K
L
 
L
F
 
F
A
 
C
N
 
N
L
 
L
R
|
R
P
 
P
A
 
A
A
 
T
L
 
L
F
 
Y
P
 
K
E
 
G
L
 
L
A
 
E
G
 
K
A
 
F
C
 
C
L
 
P
L
 
L
R
 
R
A
 
A
D
 
D
I
 
I
A
 
A
A
 
A
A
 
K
G
 
G
L
 
F
D
 
D
L
 
M
V
 
V
V
 
V
V
 
V
R
|
R
E
 
E
L
 
L
T
 
T
G
 
G
D
 
G
V
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
Q
 
Q
P
 
P
A
 
K
G
 
G
I
 
R
E
 
E
T
 
G
R
 
-
D
 
D
G
 
G
L
 
V
R
 
Q
T
 
T
-
 
K
G
 
A
F
 
F
N
 
D
T
 
T
M
 
E
I
 
V
Y
 
Y
D
 
Y
E
 
K
D
 
Y
E
 
E
V
 
I
R
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
A
A
 
A
F
 
F
D
 
E
T
 
A
A
 
A
R
 
M
A
 
K
R
 
R
K
 
N
R
 
K
R
 
K
V
 
V
C
 
T
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
V
|
V
L
 
L
A
 
Q
T
 
S
S
 
S
R
 
I
L
 
L
W
 
W
R
 
R
E
 
E
V
 
T
V
 
V
E
 
T
E
 
E
V
 
M
A
 
A
R
 
K
D
 
D
Y
 
Y
P
 
P
D
 
E
V
 
V
E
 
T
L
 
L
S
 
E
H
 
H
M
 
I
Y
|
Y
V
 
I
D
|
D
N
|
N
A
 
A
A
 
T
M
|
M
Q
 
Q
L
 
L
V
 
I
R
 
K
W
 
S
P
 
P
A
 
E
Q
 
S
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
L
T
 
C
G
 
S
N
 
N
L
 
I
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
I
S
 
S
D
|
D
E
 
E
A
 
A
A
 
A
V
 
M
I
 
I
T
 
T
G
 
G
S
 
S
I
x
M
G
|
G
M
 
M
L
 
L
P
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
M
 
L
G
 
N
S
 
E
G
 
E
G
 
G
P
 
F
A
 
G
L
 
L
F
 
Y
E
|
E
P
 
P
I
 
A
H
x
G
G
|
G
S
|
S
A
|
A
P
|
P
D
|
D
I
|
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
K
D
 
G
K
 
I
A
 
A
N
|
N
P
 
P
I
 
I
A
 
A
T
 
Q
I
 
I
L
 
L
S
 
S
V
 
A
G
 
A
M
 
M
M
 
M
L
 
L
R
 
R
L
 
Y
G
 
S
F
 
F
G
 
N
L
 
L
A
 
N
A
 
E
E
 
A
A
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
I
D
 
E
A
 
S
A
 
A
V
 
V
R
 
Q
R
 
K
V
 
V
L
 
L
A
 
A
E
 
S
G
 
G
Y
 
H
R
 
R
T
 
T
G
 
A
D
|
D
I
 
L
M
 
A
E
 
D
N
 
D
G
 
S
R
 
-
T
 
T
L
 
P
V
 
V
G
 
S
T
 
T
V
 
A
S
 
E
M
 
M
G
 
G
N
 
T
L
 
L
I
 
I
A
 
T
E
 
Q
R
 
A
I
 
I

4iwhA Crystal structure of a 3-isopropylmalate dehydrogenase from burkholderia pseudomallei
56% identity, 99% coverage: 2:353/357 of query aligns to 3:354/358 of 4iwhA

query
sites
4iwhA
H
 
H
M
 
M
N
 
K
I
 
I
C
 
A
L
 
V
L
 
L
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
N
Q
 
E
G
 
A
T
 
V
K
 
K
V
 
V
L
 
L
D
 
N
A
 
A
V
 
L
A
 
D
R
 
E
R
 
K
F
 
F
G
 
-
H
 
-
T
 
-
V
 
-
S
 
E
T
 
L
S
 
E
S
 
H
A
 
A
L
 
P
I
 
V
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
G
I
 
Y
D
 
E
A
 
A
T
 
S
G
 
G
S
 
H
P
 
P
L
 
L
P
 
P
D
 
D
A
 
A
T
 
T
V
 
L
E
 
A
A
 
L
C
 
A
R
 
K
T
 
E
S
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
I
L
 
L
L
 
F
G
 
G
A
 
A
V
 
V
G
 
G
G
 
D
P
 
W
K
 
K
W
 
Y
D
 
D
D
 
S
L
 
L
P
 
E
S
 
R
E
 
A
K
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
E
K
 
Q
G
 
A
L
 
I
L
 
L
G
 
G
I
 
L
R
 
R
K
 
K
A
 
H
L
 
L
G
 
E
L
 
L
F
 
F
A
 
A
N
 
N
L
 
F
R
 
R
P
 
P
A
 
A
A
 
I
L
 
C
F
 
Y
P
 
P
E
 
Q
L
 
L
A
 
V
G
 
D
A
 
A
C
 
S
L
 
P
L
 
L
R
 
K
A
 
P
D
 
E
I
 
L
A
 
V
A
 
A
A
 
-
G
 
G
L
 
L
D
 
D
L
 
I
V
 
L
V
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
T
 
N
G
 
G
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
Q
 
Q
P
 
P
A
 
R
G
 
G
I
 
V
E
 
R
T
 
A
R
 
A
D
 
P
-
 
D
-
 
G
-
 
P
-
 
F
-
 
A
G
 
G
L
 
E
R
 
R
T
 
E
G
 
G
F
 
F
N
 
D
T
 
T
M
 
M
I
 
R
Y
 
Y
D
 
S
E
 
E
D
 
P
E
 
E
V
 
V
R
 
R
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
H
V
 
V
A
 
A
F
 
F
D
 
Q
T
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
K
R
 
R
K
 
A
R
 
K
R
 
K
V
 
L
C
 
L
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
|
K
A
 
S
N
 
N
V
 
V
L
 
L
A
 
E
T
 
T
S
 
S
R
 
Q
L
 
F
W
 
W
R
 
R
E
 
D
V
 
V
V
 
M
E
 
I
E
 
D
V
 
V
A
 
S
R
 
K
D
 
E
Y
 
Y
P
 
A
D
 
D
V
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
S
H
 
H
M
 
M
Y
 
Y
V
 
V
D
|
D
N
 
N
A
 
A
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
L
 
L
V
 
A
R
 
K
W
 
A
P
 
P
A
 
K
Q
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
I
V
 
V
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
M
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
E
 
E
A
 
A
A
 
S
V
 
M
I
 
L
T
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
I
G
 
G
M
 
M
L
 
L
P
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
M
 
L
G
 
D
S
 
K
G
 
N
G
 
N
P
 
K
A
 
G
L
 
L
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
I
 
S
H
 
H
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
K
D
 
G
K
 
I
A
 
A
N
 
N
P
 
P
I
 
L
A
 
A
T
 
T
I
 
I
L
 
L
S
 
S
V
 
A
G
 
A
M
 
M
M
 
L
L
 
L
R
 
R
L
 
Y
G
 
S
F
 
L
G
 
N
L
 
R
A
 
A
A
 
E
E
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
R
I
 
I
D
 
E
A
 
R
A
 
A
V
 
V
R
 
K
R
 
T
V
 
V
L
 
L
A
 
E
E
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
T
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
I
M
 
A
E
 
T
N
 
P
G
 
G
R
 
C
T
 
R
L
 
Q
V
 
V
G
 
G
T
 
T
V
 
A
S
 
A
M
 
M
G
 
G
N
 
D
L
 
A
I
 
V

4xxvA Crystal structure of 3-isopropylmalate dehydrogenase from burkholderia thailandensis in complex with NAD
56% identity, 99% coverage: 2:353/357 of query aligns to 1:352/356 of 4xxvA

query
sites
4xxvA
H
 
H
M
 
M
N
 
K
I
 
I
C
 
A
L
 
V
L
 
L
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
N
Q
 
E
G
 
A
T
 
V
K
 
K
V
 
V
L
 
L
D
 
N
A
 
A
V
 
L
A
 
D
R
 
E
R
 
K
F
 
F
G
 
-
H
 
-
T
 
-
V
 
-
S
 
E
T
 
L
S
 
E
S
 
H
A
 
A
L
 
P
I
 
V
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
G
I
 
Y
D
 
E
A
 
A
T
 
S
G
 
G
S
 
H
P
 
P
L
 
L
P
 
P
D
 
D
A
 
A
T
 
T
V
 
L
E
 
A
A
 
L
C
 
A
R
 
K
T
 
E
S
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
I
L
 
L
L
 
F
G
 
G
A
 
A
V
 
V
G
 
G
G
 
D
P
 
W
K
 
K
W
 
Y
D
 
D
D
 
S
L
 
L
P
 
E
S
 
R
E
 
A
K
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
E
K
 
Q
G
 
A
L
 
I
L
 
L
G
 
G
I
 
L
R
 
R
K
 
K
A
 
H
L
 
L
G
 
E
L
 
L
F
 
F
A
 
A
N
 
N
L
 
F
R
 
R
P
 
P
A
 
A
A
 
I
L
 
C
F
 
Y
P
 
P
E
 
Q
L
 
L
A
 
V
G
 
D
A
 
A
C
 
S
L
 
P
L
 
L
R
 
K
A
 
P
D
 
E
I
 
L
A
 
V
A
 
A
A
 
-
G
 
G
L
 
L
D
 
D
L
 
I
V
 
L
V
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
T
 
N
G
 
G
D
 
D
V
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
Q
 
Q
P
 
P
A
 
R
G
 
G
I
 
V
E
 
R
T
 
A
R
 
A
D
 
P
-
 
D
-
 
G
-
 
P
-
 
F
-
 
A
G
 
G
L
 
E
R
 
R
T
 
E
G
 
G
F
 
F
N
 
D
T
 
T
M
 
M
I
 
R
Y
 
Y
D
 
S
E
 
E
D
 
P
E
 
E
V
 
V
R
 
R
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
H
V
 
V
A
 
A
F
 
F
D
 
Q
T
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
K
R
 
R
K
 
A
R
 
K
R
 
K
V
 
L
C
 
L
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
|
K
A
 
S
N
|
N
V
 
V
L
 
L
A
 
E
T
 
T
S
 
S
R
 
Q
L
 
F
W
 
W
R
 
R
E
 
D
V
 
V
V
 
M
E
 
I
E
 
D
V
 
V
A
 
S
R
 
K
D
 
E
Y
 
Y
P
 
A
D
 
D
V
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
S
H
 
H
M
 
M
Y
|
Y
V
 
V
D
|
D
N
|
N
A
 
A
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
L
 
L
V
 
A
R
 
K
W
 
A
P
 
P
A
 
K
Q
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
I
V
 
V
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
M
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
E
 
E
A
 
A
A
 
S
V
 
M
I
 
L
T
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
I
G
 
G
M
 
M
L
 
L
P
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
M
 
L
G
 
D
S
 
K
G
 
N
G
 
N
P
 
K
A
 
G
L
 
L
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
I
 
S
H
 
H
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
K
D
 
G
K
 
I
A
 
A
N
 
N
P
 
P
I
 
L
A
 
A
T
 
T
I
 
I
L
 
L
S
 
S
V
 
A
G
 
A
M
 
M
M
 
L
L
 
L
R
 
R
L
 
Y
G
 
S
F
 
L
G
 
N
L
 
R
A
 
A
A
 
E
E
 
Q
A
 
A
D
 
D
A
 
R
I
 
I
D
 
E
A
 
R
A
 
A
V
 
V
R
 
K
R
 
T
V
 
V
L
 
L
A
 
E
E
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
T
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
I
M
 
A
E
 
T
N
 
P
G
 
G
R
 
C
T
 
R
L
 
Q
V
 
V
G
 
G
T
 
T
V
 
A
S
 
A
M
 
M
G
 
G
N
 
D
L
 
A
I
 
V

Q9FMT1 3-isopropylmalate dehydrogenase 1, chloroplastic; 3-IPM-DH 1; AtIMDH1; IMDH 1; Beta-IPM dehydrogenase 1; Isopropylmalate dehydrogenase 1; AtIMD1; Methylthioalkylmalate dehydrogenase 1; EC 1.1.1.85 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see 2 papers)
56% identity, 99% coverage: 4:357/357 of query aligns to 48:401/409 of Q9FMT1

query
sites
Q9FMT1
N
 
N
I
 
I
C
 
A
L
 
L
L
 
L
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
I
 
V
V
 
I
A
 
S
Q
 
V
G
 
A
T
 
K
K
 
N
V
 
V
L
 
L
D
 
Q
A
 
K
V
 
A
A
 
G
R
 
S
R
 
L
F
 
E
G
 
G
H
 
L
T
 
E
V
 
F
S
 
D
T
 
F
S
 
K
S
 
E
A
 
M
L
 
P
I
 
V
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
I
 
L
D
 
D
A
 
L
T
 
V
G
 
G
S
 
V
P
 
P
L
 
L
P
 
P
D
 
E
A
 
E
T
 
T
V
 
F
E
 
T
A
 
A
C
 
A
R
 
K
T
 
L
S
 
S
D
 
D
A
 
A
V
 
I
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
Y
K
 
K
W
 
W
D
 
D
D
 
K
L
 
N
P
 
E
S
 
K
E
 
H
K
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
E
K
 
M
G
 
A
L
 
L
L
x
F
G
 
Y
I
 
L
R
 
R
K
 
R
A
 
D
L
 
L
G
 
K
L
 
V
F
 
F
A
 
A
N
 
N
L
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
A
A
 
T
L
 
V
F
 
L
P
 
P
E
 
Q
L
 
L
A
 
V
G
 
D
A
 
A
C
 
S
L
 
T
L
 
L
R
 
K
A
 
K
D
 
E
I
 
V
A
 
A
A
 
E
A
 
-
G
 
G
L
 
V
D
 
D
L
 
M
V
 
M
V
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
T
 
T
G
 
G
D
 
G
V
 
I
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
Q
 
E
P
 
P
A
 
R
G
 
G
I
 
I
E
 
T
-
 
I
T
 
N
R
 
E
D
 
N
G
 
G
L
 
E
R
 
E
T
 
V
G
 
G
F
 
V
N
 
S
T
 
T
M
 
E
I
 
I
Y
 
Y
D
 
A
E
 
A
D
 
H
E
 
E
V
 
I
R
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
R
V
 
V
A
 
A
F
 
F
D
 
E
T
 
T
A
 
A
R
 
R
A
 
K
R
 
R
K
 
R
R
 
G
R
 
K
V
 
L
C
|
C
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
 
K
A
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
A
 
D
T
 
A
S
 
S
R
 
I
L
 
L
W
 
W
R
 
R
E
 
K
V
 
R
V
 
V
E
 
T
E
 
A
V
 
L
A
 
A
R
 
S
D
 
E
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
V
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
S
H
 
H
M
 
M
Y
 
Y
V
 
V
D
 
D
N
 
N
A
 
A
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
L
 
L
V
 
I
R
 
R
W
 
D
P
 
P
A
 
K
Q
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
T
I
 
I
V
 
V
T
 
T
G
 
N
N
 
N
L
 
I
F
 
F
G
 
G
D
 
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
 
D
E
 
E
A
 
A
A
 
S
V
 
M
I
 
I
T
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
I
G
 
G
M
 
M
L
 
L
P
 
P
S
 
S
A
 
A
S
 
S
M
 
L
G
 
G
S
 
E
G
 
S
G
 
G
P
 
P
A
 
G
L
 
L
F
 
F
E
 
E
P
 
P
I
 
I
H
 
H
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
K
 
K
A
 
A
N
 
N
P
 
P
I
 
L
A
 
A
T
 
T
I
 
I
L
 
L
S
 
S
V
 
A
G
 
A
M
 
M
M
 
L
L
 
L
R
 
K
L
 
Y
G
 
G
F
 
L
G
 
G
L
 
E
A
 
E
A
 
K
E
 
A
A
 
A
D
 
K
A
 
R
I
 
I
D
 
E
A
 
D
A
 
A
V
 
V
R
 
V
R
 
D
V
 
A
L
 
L
A
 
N
E
 
K
G
 
G
Y
 
F
R
 
R
T
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
I
M
 
Y
E
 
S
N
 
P
G
 
G
R
 
N
T
 
K
L
 
L
V
 
V
G
 
G
T
x
C
V
 
K
S
 
E
M
 
M
G
 
G
N
 
E
L
 
E
I
 
V
A
 
L
E
 
K
R
 
S
I
 
V

3vmkA 3-isopropylmalate dehydrogenase from shewanella benthica db21 mt-2 (see paper)
53% identity, 99% coverage: 4:357/357 of query aligns to 10:366/369 of 3vmkA

query
sites
3vmkA
N
 
Q
I
 
I
C
 
A
L
 
V
L
 
L
P
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
P
 
P
E
 
E
I
 
V
V
 
M
A
 
A
Q
 
E
G
 
A
T
 
R
K
 
K
V
 
V
L
 
L
D
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
E
R
 
K
R
 
R
F
 
F
G
 
D
H
 
L
T
 
S
V
 
I
S
 
E
T
 
Y
S
 
S
S
 
E
A
 
Y
L
 
D
I
 
V
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
I
 
I
D
 
D
A
 
N
T
 
H
G
 
G
S
 
C
P
 
P
L
 
L
P
 
P
D
 
E
A
 
A
T
 
T
V
 
L
E
 
K
A
 
G
C
 
C
R
 
E
T
 
A
S
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
F
G
 
G
A
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
G
P
 
P
K
 
K
W
 
W
D
 
E
D
 
H
L
 
L
P
 
P
S
 
P
E
 
N
K
 
D
R
 
Q
P
 
P
E
 
E
K
 
R
G
 
G
-
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
P
I
 
L
R
|
R
K
 
G
A
 
H
L
 
F
G
 
E
L
 
L
F
 
F
A
 
C
N
 
N
L
 
M
R
 
R
P
 
P
A
 
A
A
 
K
L
 
L
F
 
H
P
 
P
E
 
G
L
 
L
A
 
E
G
 
H
A
 
M
C
 
S
L
 
P
L
 
L
R
 
R
A
 
S
D
 
D
I
 
I
A
 
S
A
 
E
A
 
K
G
 
G
L
 
F
D
 
D
L
 
I
V
 
L
V
 
C
V
 
V
R
|
R
E
 
E
L
 
L
T
 
T
G
 
G
D
 
G
V
 
I
Y
|
Y
F
 
F
G
 
G
Q
 
K
P
 
P
A
 
K
G
 
G
I
 
R
E
 
Q
T
 
G
R
 
E
D
 
G
G
 
E
L
 
N
R
 
E
T
 
E
G
 
A
F
 
F
N
 
D
T
 
T
M
 
M
I
 
R
Y
 
Y
D
 
S
E
 
R
D
 
K
E
 
E
V
 
I
R
 
R
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
K
V
 
I
A
 
A
F
 
F
D
 
E
T
 
S
A
 
A
R
 
Q
A
 
G
R
 
R
K
 
R
R
 
K
R
 
K
V
 
V
C
 
T
S
 
S
V
 
V
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
V
 
V
L
 
L
A
 
A
T
 
C
S
 
S
R
 
V
L
 
L
W
 
W
R
 
R
E
 
E
V
 
V
V
 
V
E
 
E
E
 
E
V
 
V
A
 
A
R
 
K
D
 
D
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
V
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
E
H