SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 208732 MicrobesOnline__882:208732 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2c2bA Crystallographic structure of arabidopsis thaliana threonine synthase complexed with pyridoxal phosphate and s-adenosylmethionine (see paper)
34% identity, 86% coverage: 19:434/482 of query aligns to 16:416/444 of 2c2bA

query
sites
2c2bA
G
 
G
C
 
S
G
 
T
A
 
E
R
 
S
H
 
Y
S
 
S
I
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
I
L
 
V
Y
 
Y
T
 
R
C
 
S
P
 
R
S
 
S
C
 
G
G
 
G
G
 
-
V
 
-
F
 
-
L
 
-
L
 
L
E
 
L
D
 
D
L
 
V
D
 
E
F
 
H
D
 
D
H
 
M
L
 
E
A
 
A
D
 
L
H
 
K
R
 
R
-
 
F
S
 
D
G
 
G
D
 
A
D
 
Y
W
 
W
R
 
R
T
 
D
L
 
L
F
 
F
D
 
D
S
 
S
R
 
R
A
 
V
S
 
G
T
 
K
R
x
S
C
x
T
R
x
W
S
x
P
L
 
Y
-
x
G
R
 
S
G
 
G
I
 
V
F
 
W
R
 
S
F
 
K
Y
 
K
E
 
E
L
 
W
M
 
V
A
 
L
P
 
P
V
 
E
L
 
I
E
 
D
E
 
D
D
 
D
D
 
D
I
 
I
I
 
V
Y
x
S
L
 
A
G
x
F
E
 
E
G
 
G
N
 
N
T
 
S
P
x
N
V
x
L
V
 
F
D
x
W
A
 
A
S
 
-
P
 
-
A
 
-
L
 
-
E
 
E
R
 
R
S
 
-
V
 
F
G
 
G
Q
 
K
R
 
Q
F
 
F
A
 
L
Y
 
G
K
 
M
N
 
N
D
 
D
-
 
L
-
x
W
-
 
V
-
 
K
-
 
H
-
 
C
G
 
G
Q
 
I
N
 
S
P
 
H
S
 
T
A
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
D
 
D
R
 
L
G
 
G
M
 
M
A
 
T
C
 
V
A
 
L
F
 
V
S
 
S
Y
 
Q
L
 
V
R
 
N
A
 
R
L
 
L
V
 
-
R
 
R
K
 
K
H
 
M
G
 
K
W
 
R
D
 
P
E
 
V
V
 
V
L
 
G
T
 
V
I
 
G
C
 
C
A
 
A
S
 
S
T
 
T
G
 
G
D
|
D
T
 
T
S
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
S
L
 
A
Y
 
Y
A
 
C
S
 
A
Y
 
S
V
 
A
G
 
G
S
 
I
P
 
P
I
 
-
K
 
-
S
 
S
A
 
I
V
 
V
I
 
F
L
 
L
P
 
P
H
 
A
G
 
N
K
 
K
V
 
I
T
 
S
P
 
M
Q
 
A
Q
 
Q
L
 
L
S
 
V
Q
 
Q
P
 
P
L
 
I
G
 
A
S
 
N
G
 
G
A
 
A
T
 
F
V
 
V
L
 
L
E
 
S
I
 
I
P
 
D
G
 
T
V
 
D
F
 
F
D
 
D
D
 
G
C
 
C
M
 
M
K
 
K
V
 
L
V
 
I
E
 
R
H
 
E
L
 
I
A
 
T
E
 
A
N
 
E
Y
 
L
R
 
P
V
 
I
A
 
Y
L
 
L
L
 
A
N
 
N
S
 
S
K
 
L
N
 
N
S
 
S
W
 
L
R
 
R
I
 
L
L
 
E
G
 
G
Q
 
Q
E
 
K
S
 
T
Y
 
A
A
 
A
F
 
I
E
 
E
V
 
I
A
 
L
Q
 
Q
W
x
Q
Y
x
F
G
 
D
W
 
W
D
 
Q
M
 
V
A
 
P
G
 
-
K
 
D
C
 
W
V
 
V
F
 
I
V
 
V
P
 
P
I
x
G
G
|
G
N
|
N
A
x
L
G
|
G
N
|
N
I
 
I
T
 
Y
A
 
A
V
 
F
M
 
Y
S
 
K
G
 
G
F
 
F
L
 
K
K
 
M
M
 
C
H
 
Q
R
 
E
L
 
L
G
 
G
I
 
L
I
 
V
D
 
D
A
 
R
L
 
I
P
 
P
R
 
R
V
 
M
F
 
V
G
 
C
V
 
A
Q
 
Q
S
 
A
H
 
A
H
 
N
A
 
A
D
 
N
P
 
P
V
 
L
Y
 
Y
R
 
L
Y
 
H
Y
 
Y
S
 
K
V
 
-
E
 
-
D
 
-
P
 
S
R
 
G
Q
 
W
R
 
K
H
 
D
Y
 
F
E
 
K
P
 
P
V
 
M
T
 
T
V
 
A
Q
 
S
P
 
T
S
 
T
V
 
F
A
 
A
Q
 
S
A
|
A
A
 
I
M
 
Q
I
 
I
G
 
G
N
 
D
P
 
P
V
 
V
S
 
S
F
 
I
P
 
D
R
 
R
V
 
A
R
 
V
H
 
Y
L
 
A
A
 
L
E
 
K
R
 
K
F
 
C
E
 
N
A
 
G
L
 
I
G
 
-
G
 
-
P
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
-
Q
 
-
V
 
V
V
 
E
Q
 
E
V
 
A
T
 
T
E
 
E
Q
 
E
A
 
E
I
 
L
M
 
M
D
 
D
S
 
A
M
 
M
I
 
A
R
 
Q
A
 
A
N
 
D
R
 
S
H
 
T
G
 
G
H
 
M
I
 
F
A
 
I
C
 
C
T
 
P
Q
x
H
G
 
T
G
 
G
E
 
V
C
 
A
L
 
L
A
 
T
G
 
A
L
 
L
L
 
F
R
 
K
A
 
L
K
 
R
E
 
N
L
 
Q
G
 
G
L
 
V
V
 
I
D
 
A
K
 
P
D
 
T
E
 
D
T
 
R
A
 
T
V
 
V
L
 
V
D
 
V
A
 
S
T
|
T
A
 
A
H
 
H
S
 
G
L
 
L
K
 
K
F
 
F
S
 
T
G
 
Q
F
 
S
Q
 
K
D
 
I
M
 
D
Y
 
Y
F
 
H
T
 
S
N
 
N
G
 
A
F
 
I
P
 
P

Q9S7B5 Threonine synthase 1, chloroplastic; Protein METHIONINE OVER-ACCUMULATOR 2; EC 4.2.3.1 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see 2 papers)
34% identity, 86% coverage: 19:434/482 of query aligns to 91:491/526 of Q9S7B5

query
sites
Q9S7B5
G
 
G
C
 
S
G
 
T
A
 
E
R
 
S
H
 
Y
S
 
S
I
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
I
L
 
V
Y
 
Y
T
 
R
C
 
S
P
 
R
S
 
S
C
 
G
G
 
G
G
 
-
V
 
-
F
 
-
L
 
-
L
 
L
E
 
L
D
 
D
L
 
V
D
 
E
F
 
H
D
 
D
H
 
M
L
 
E
A
 
A
D
 
L
H
 
K
R
 
R
-
 
F
S
 
D
G
 
G
D
 
A
D
 
Y
W
 
W
R
 
R
T
 
D
L
 
L
F
 
F
D
 
D
S
 
S
R
 
R
A
 
V
S
 
G
T
 
K
R
 
S
C
 
T
R
 
W
S
 
P
L
 
Y
-
 
G
R
 
S
G
 
G
I
 
V
F
 
W
R
 
S
F
 
K
Y
 
K
E
 
E
L
 
W
M
 
V
A
 
L
P
 
P
V
 
E
L
 
I
E
 
D
E
 
D
D
 
D
D
 
D
I
 
I
I
 
V
Y
 
S
L
 
A
G
 
F
E
 
E
G
 
G
N
 
N
T
 
S
P
x
N
V
x
L
V
 
F
D
 
W
A
 
A
S
 
-
P
 
-
A
 
-
L
 
-
E
 
E
R
 
R
S
 
-
V
 
F
G
 
G
Q
x
K
R
 
Q
F
 
F
A
 
L
Y
 
G
K
 
M
N
|
N
D
 
D
-
 
L
-
 
W
-
 
V
-
 
K
-
 
H
-
 
C
G
 
G
Q
 
I
N
 
S
P
 
H
S
 
T
A
 
G
S
 
S
F
 
F
K
 
K
D
 
D
R
x
L
G
 
G
M
 
M
A
 
T
C
 
V
A
 
L
F
 
V
S
 
S
Y
 
Q
L
 
V
R
 
N
A
 
R
L
 
L
V
 
-
R
 
R
K
 
K
H
 
M
G
 
K
W
 
R
D
 
P
E
 
V
V
 
V
L
 
G
T
 
V
I
 
G
C
 
C
A
 
A
S
 
S
T
 
T
G
 
G
D
 
D
T
 
T
S
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
S
L
 
A
Y
 
Y
A
 
C
S
 
A
Y
 
S
V
 
A
G
 
G
S
 
I
P
 
P
I
 
-
K
 
-
S
 
S
A
 
I
V
 
V
I
 
F
L
 
L
P
 
P
H
 
A
G
 
N
K
 
K
V
 
I
T
 
S
P
 
M
Q
 
A
Q
 
Q
L
 
L
S
 
V
Q
 
Q
P
 
P
L
 
I
G
 
A
S
 
N
G
 
G
A
 
A
T
 
F
V
 
V
L
 
L
E
 
S
I
 
I
P
 
D
G
 
T
V
 
D
F
 
F
D
 
D
D
 
G
C
 
C
M
 
M
K
 
K
V
 
L
V
 
I
E
 
R
H
 
E
L
 
I
A
 
T
E
 
A
N
 
E
Y
 
L
R
 
P
V
 
I
A
 
Y
L
 
L
L
 
A
N
 
N
S
 
S
K
 
L
N
 
N
S
 
S
W
 
L
R
 
R
I
 
L
L
 
E
G
 
G
Q
 
Q
E
 
K
S
 
T
Y
 
A
A
 
A
F
 
I
E
 
E
V
 
I
A
 
L
Q
 
Q
W
 
Q
Y
 
F
G
 
D
W
 
W
D
 
Q
M
 
V
A
 
P
G
 
-
K
 
D
C
 
W
V
 
V
F
 
I
V
 
V
P
 
P
I
 
G
G
 
G
N
 
N
A
 
L
G
 
G
N
 
N
I
 
I
T
 
Y
A
 
A
V
 
F
M
 
Y
S
 
K
G
 
G
F
 
F
L
 
K
K
 
M
M
 
C
H
 
Q
R
 
E
L
 
L
G
 
G
I
 
L
I
 
V
D
 
D
A
 
R
L
 
I
P
 
P
R
 
R
V
 
M
F
 
V
G
 
C
V
 
A
Q
 
Q
S
 
A
H
 
A
H
 
N
A
 
A
D
 
N
P
 
P
V
 
L
Y
 
Y
R
 
L
Y
 
H
Y
 
Y
S
 
K
V
 
-
E
 
-
D
 
-
P
 
S
R
 
G
Q
 
W
R
 
K
H
 
D
Y
 
F
E
 
K
P
 
P
V
 
M
T
 
T
V
 
A
Q
 
S
P
 
T
S
 
T
V
 
F
A
 
A
Q
 
S
A
 
A
A
 
I
M
 
Q
I
 
I
G
 
G
N
 
D
P
 
P
V
 
V
S
 
S
F
 
I
P
 
D
R
 
R
V
 
A
R
 
V
H
 
Y
L
 
A
A
 
L
E
 
K
R
 
K
F
 
C
E
 
N
A
 
G
L
 
I
G
 
-
G
 
-
P
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
-
Q
 
-
V
 
V
V
 
E
Q
 
E
V
 
A
T
 
T
E
 
E
Q
 
E
A
 
E
I
 
L
M
 
M
D
 
D
S
 
A
M
 
M
I
 
A
R
 
Q
A
 
A
N
 
D
R
 
S
H
 
T
G
 
G
H
 
M
I
 
F
A
 
I
C
 
C
T
 
P
Q
 
H
G
 
T
G
 
G
E
 
V
C
 
A
L
 
L
A
 
T
G
 
A
L
 
L
L
 
F
R
 
K
A
 
L
K
 
R
E
 
N
L
 
Q
G
 
G
L
 
V
V
 
I
D
 
A
K
 
P
D
 
T
E
 
D
T
 
R
A
 
T
V
 
V
L
 
V
D
 
V
A
 
S
T
 
T
A
 
A
H
 
H
S
 
G
L
 
L
K
 
K
F
 
F
S
 
T
G
 
Q
F
 
S
Q
 
K
D
 
I
M
 
D
Y
 
Y
F
 
H
T
 
S
N
 
N
G
 
A
F
 
I
P
 
P

2c2gA Crystal structure of threonine synthase from arabidopsis thaliana in complex with its cofactor pyridoxal phosphate (see paper)
33% identity, 86% coverage: 19:434/482 of query aligns to 34:418/448 of 2c2gA

query
sites
2c2gA
G
 
G
C
 
S
G
 
T
A
 
E
R
 
S
H
 
Y
S
 
S
I
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
I
L
 
V
Y
 
Y
T
 
R
C
 
S
P
 
R
S
 
S
C
 
G
G
 
G
G
 
-
V
 
-
F
 
-
L
 
-
L
 
L
E
 
L
D
 
D
L
 
V
D
 
E
F
 
H
D
 
D
H
 
M
L
 
E
A
 
A
D
 
L
H
 
K
R
 
R
-
 
F
S
 
D
G
 
G
D
 
A
D
 
Y
W
 
W
R
 
R
T
 
D
L
 
L
F
 
F
D
 
D
S
 
S
R
 
R
A
 
V
S
 
G
T
 
K
R
 
S
C
 
T
R
 
W
S
 
P
L
 
Y
-
 
G
R
 
S
G
 
G
I
 
V
F
 
W
R
 
S
F
 
K
Y
 
K
E
 
E
L
 
W
M
 
V
A
 
L
P
 
P
V
 
E
L
 
I
E
 
D
E
 
D
D
 
D
D
 
D
I
 
I
I
 
V
Y
 
S
L
 
A
G
 
F
E
 
E
G
 
G
N
 
N
T
 
S
P
 
N
V
 
L
V
 
F
D
 
W
A
 
A
S
 
-
P
 
-
A
 
-
L
 
-
E
 
E
R
 
R
S
 
-
V
 
F
G
 
G
Q
 
K
R
 
Q
F
 
F
A
 
L
Y
 
G
K
 
M
N
 
N
D
 
D
-
 
L
-
 
W
-
 
V
-
 
K
-
 
H
-
 
C
G
 
G
Q
 
I
N
 
S
P
 
H
S
 
T
A
 
G
S
 
S
F
 
F
K
|
K
D
 
D
R
 
L
G
 
G
M
 
M
A
 
T
C
 
V
A
 
L
F
 
V
S
 
S
Y
 
Q
L
 
V
R
 
N
A
 
R
L
 
L
V
 
-
R
 
R
K
 
K
H
 
M
G
 
K
W
 
R
D
 
P
E
 
V
V
 
V
L
 
G
T
 
V
I
 
G
C
 
C
A
 
A
S
|
S
T
 
T
G
 
G
D
 
D
T
|
T
S
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
S
L
 
A
Y
 
Y
A
 
C
S
 
A
Y
 
S
V
 
A
G
 
G
S
 
I
P
 
P
I
 
-
K
 
-
S
 
S
A
 
I
V
 
V
I
 
F
L
 
L
P
 
P
H
 
A
G
 
N
K
 
K
V
 
I
T
 
S
P
 
M
Q
 
A
Q
 
Q
L
 
L
S
 
V
Q
 
Q
P
 
P
L
 
I
G
 
A
S
 
N
G
 
G
A
 
A
T
 
F
V
 
V
L
 
L
E
 
S
I
 
I
P
 
D
G
 
T
V
 
D
F
 
F
D
 
D
D
 
G
C
 
C
M
 
M
K
 
K
V
 
L
V
 
I
E
 
R
H
 
E
L
 
I
A
 
T
E
 
A
N
 
E
Y
 
L
R
 
P
V
 
I
A
 
Y
L
 
L
L
 
A
N
 
N
S
|
S
K
 
L
N
 
N
S
 
S
W
 
L
R
|
R
I
 
L
L
 
E
G
 
G
Q
 
Q
E
 
K
S
 
T
Y
 
A
A
 
A
F
 
I
E
 
E
V
 
I
A
 
L
Q
 
Q
W
 
Q
Y
 
F
G
 
D
W
 
W
D
 
Q
M
 
V
A
 
P
G
 
-
K
 
D
C
 
W
V
 
V
F
 
I
V
 
V
P
 
P
I
 
G
G
 
G
N
|
N
A
 
L
G
 
G
N
 
N
I
 
I
T
 
Y
A
 
A
V
 
F
M
 
Y
S
 
K
G
 
G
F
 
F
L
 
K
K
 
M
M
 
C
H
 
Q
R
 
E
L
 
L
G
 
G
I
 
L
I
 
V
D
 
D
A
 
R
L
 
I
P
 
P
R
 
R
V
 
M
F
 
V
G
 
C
V
 
A
Q
 
Q
S
 
A
H
 
A
H
 
N
A
 
A
D
 
N
P
 
P
V
 
L
Y
 
Y
R
 
L
Y
 
H
Y
 
Y
S
 
K
V
 
-
E
 
-
D
 
-
P
 
S
R
 
G
Q
 
W
R
 
K
H
 
D
Y
 
F
E
 
K
P
 
P
V
 
V
T
 
S
V
 
I
Q
 
D
P
 
R
S
 
A
V
 
V
A
 
-
Q
 
-
A
 
-
A
 
-
M
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
P
 
-
V
 
Y
S
 
A
F
 
L
P
 
K
R
 
K
V
 
C
R
 
N
H
 
G
L
 
I
A
 
V
E
 
E
R
 
-
F
 
-
E
 
-
A
 
-
L
 
-
G
 
-
G
 
-
P
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
-
Q
 
-
V
 
-
V
 
-
Q
 
E
V
 
A
T
 
T
E
 
E
Q
 
E
A
 
E
I
 
L
M
 
M
D
 
D
S
 
A
M
 
M
I
 
A
R
 
Q
A
 
A
N
 
D
R
 
S
H
 
T
G
 
G
H
 
M
I
 
F
A
 
I
C
 
C
T
 
P
Q
 
H
G
 
T
G
 
G
E
 
V
C
 
A
L
 
L
A
 
T
G
 
A
L
 
L
L
 
F
R
 
K
A
 
L
K
 
R
E
 
N
L
 
Q
G
 
G
L
 
V
V
 
I
D
 
A
K
 
P
D
 
T
E
 
D
T
 
R
A
 
T
V
 
V
L
 
V
D
 
V
A
 
S
T
 
T
A
 
A
H
 
H
S
 
G
L
 
L
K
 
K
F
 
F
S
 
T
G
 
Q
F
 
S
Q
 
K
D
 
I
M
 
D
Y
 
Y
F
 
H
T
 
S
N
 
N
G
 
A
F
 
I
P
 
P

2zsjA Crystal structure of threonine synthase from aquifex aeolicus vf5
35% identity, 72% coverage: 75:420/482 of query aligns to 3:322/350 of 2zsjA

query
sites
2zsjA
R
 
Q
G
 
G
I
 
I
F
 
I
R
 
K
F
 
Q
Y
 
Y
E
 
K
L
 
K
M
 
Y
A
 
L
P
 
P
V
 
V
L
 
D
E
 
E
E
 
N
D
 
T
D
 
P
I
 
I
I
 
V
Y
 
T
L
 
L
G
 
Y
E
 
E
G
 
G
N
 
N
T
 
T
P
 
P
V
 
L
V
 
I
D
 
E
A
 
A
S
 
D
P
 
-
A
 
N
L
 
L
E
 
A
R
 
R
S
 
A
V
 
I
G
 
G
-
 
F
-
 
K
Q
 
G
R
 
K
F
 
I
A
 
Y
Y
 
L
K
 
K
N
 
Y
D
 
E
G
 
G
Q
 
L
N
 
N
P
 
P
S
 
T
A
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
D
 
D
R
 
R
G
 
G
M
 
M
A
 
T
C
 
L
A
 
A
F
 
I
S
 
S
Y
 
K
L
 
A
R
 
V
A
 
E
L
 
A
V
 
G
R
 
K
K
 
R
H
 
A
G
 
-
W
 
-
D
 
-
E
 
-
V
 
-
L
 
-
T
 
V
I
 
I
C
 
C
A
 
A
S
 
S
T
|
T
G
 
G
D
x
N
T
 
T
S
 
S
A
 
A
A
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
A
Y
 
Y
A
 
A
S
 
A
Y
 
R
V
 
A
G
 
G
S
 
L
P
 
-
I
 
-
K
 
R
S
 
A
A
 
Y
V
 
V
I
 
L
L
 
L
P
 
P
H
 
K
G
 
G
K
 
A
V
 
V
T
 
A
P
 
I
Q
 
G
Q
 
K
L
 
L
S
 
S
Q
 
Q
P
 
A
L
 
M
G
 
I
S
 
Y
G
 
G
A
 
A
T
 
K
V
 
V
L
 
L
E
 
A
I
 
I
P
 
Q
G
 
G
V
 
T
F
 
F
D
 
D
D
 
D
C
 
A
M
 
L
K
 
N
V
 
I
V
 
V
E
 
R
H
 
K
L
 
I
A
 
G
E
 
E
N
 
N
Y
 
F
R
 
P
V
 
V
A
 
E
L
 
I
L
 
V
N
 
N
S
 
S
K
 
V
N
 
N
S
 
P
W
 
Y
R
 
R
I
 
I
L
 
E
G
 
G
Q
 
Q
E
 
K
S
 
T
Y
 
A
A
 
A
F
 
F
E
 
E
V
 
I
A
 
C
Q
 
D
W
 
T
Y
 
L
G
 
G
W
 
-
D
 
-
M
 
E
A
 
A
G
 
P
K
 
D
C
 
Y
V
 
H
F
 
F
V
 
I
P
 
P
I
x
V
G
|
G
N
|
N
A
|
A
G
|
G
N
|
N
I
 
I
T
 
T
A
 
A
V
 
Y
M
 
W
S
 
K
G
 
G
F
 
F
L
 
K
K
 
I
M
 
Y
H
 
Y
R
 
E
L
 
E
G
 
G
I
 
K
I
 
I
D
 
T
A
 
K
L
 
L
P
 
P
R
 
R
V
 
M
F
 
M
G
 
G
V
 
W
Q
|
Q
S
 
A
H
 
E
H
 
G
A
|
A
D
 
A
P
 
P
V
 
I
Y
 
V
R
 
K
Y
 
G
Y
 
Y
S
 
P
V
 
I
E
 
K
D
 
N
P
 
P
R
 
Q
Q
 
-
R
 
-
H
 
-
Y
 
-
E
 
-
P
 
-
V
 
-
T
 
-
V
 
-
Q
 
-
P
 
-
S
 
T
V
 
I
A
 
A
Q
 
T
A
|
A
A
 
I
M
 
K
I
 
I
G
 
G
N
 
N
P
 
P
V
 
Y
S
 
S
F
 
W
P
 
K
R
 
S
V
 
A
R
 
L
H
 
K
L
 
A
A
 
A
E
 
Q
R
 
E
F
 
S
E
 
-
A
 
-
L
 
-
G
 
G
G
 
G
P
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
-
Q
 
K
V
 
I
V
 
D
Q
 
A
V
 
V
T
 
S
E
 
D
Q
 
S
A
 
E
I
 
I
M
 
L
D
 
Y
S
 
A
M
 
-
I
 
-
R
 
-
A
 
-
N
 
-
R
 
-
H
 
Y
G
 
K
H
 
L
I
 
I
A
 
A
C
 
S
T
 
T
Q
 
E
G
 
G
G
 
V
E
 
F
C
 
C
-
 
E
-
 
P
-
 
A
-
 
S
-
 
A
-
 
A
-
 
S
L
 
V
A
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
I
R
 
K
A
 
L
K
 
V
E
 
R
L
 
E
G
 
G
L
 
F
V
 
F
D
 
K
K
 
G
D
 
G
E
 
E
T
 
V
A
 
V
V
 
T
L
 
C
D
 
T
A
 
L
T
|
T
A
x
G
H
 
N
S
 
G
L
 
L
K
 
K

6nmxA Threonine synthase from bacillus subtilis atcc 6633 with plp and appa (see paper)
33% identity, 72% coverage: 73:420/482 of query aligns to 2:320/350 of 6nmxA

query
sites
6nmxA
S
 
S
L
 
W
R
 
K
G
 
G
I
 
L
F
 
I
R
 
H
F
 
Q
Y
 
Y
E
 
K
L
 
E
M
 
F
A
 
L
P
 
P
V
 
V
L
 
T
E
 
D
E
 
Q
D
 
T
D
 
P
I
 
A
I
 
L
Y
 
T
L
 
L
G
 
H
E
 
E
G
 
G
N
 
N
T
 
T
P
 
P
V
 
L
V
 
I
D
 
H
A
 
L
S
 
-
P
 
P
A
 
K
L
 
L
E
 
S
R
 
E
S
 
Q
V
 
L
G
 
G
Q
 
I
R
 
E
F
 
L
A
 
H
Y
 
V
K
 
K
N
 
T
D
 
E
G
 
G
Q
 
V
N
 
N
P
 
P
S
 
T
A
 
G
S
 
S
F
 
F
K
|
K
D
 
D
R
 
R
G
 
G
M
 
M
A
 
V
C
 
M
A
 
A
F
 
V
S
 
-
Y
 
-
L
 
-
R
 
-
A
 
A
L
 
K
V
 
A
R
 
K
K
 
E
H
 
E
G
 
G
W
 
N
D
 
D
E
 
T
V
 
I
L
 
M
T
 
-
I
 
-
C
 
C
A
 
A
S
|
S
T
|
T
G
 
G
D
x
N
T
|
T
S
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
A
Y
 
Y
A
 
A
S
 
A
Y
 
R
V
 
A
G
 
N
S
 
-
P
 
-
I
 
M
K
 
K
S
 
C
A
 
I
V
 
V
I
 
I
L
 
I
P
 
P
H
 
N
G
 
G
K
 
K
V
 
I
T
 
A
P
 
F
Q
 
G
Q
 
K
L
 
L
S
 
A
Q
 
Q
P
 
A
L
 
V
G
 
M
S
 
Y
G
 
G
A
 
A
T
 
E
V
 
I
L
 
I
E
 
A
I
 
I
P
 
D
G
 
G
V
 
N
F
|
F
D
 
D
D
 
D
C
 
A
M
 
L
K
 
K
V
 
I
V
 
V
E
 
R
H
 
S
L
 
I
A
 
C
E
 
E
N
 
K
Y
 
S
R
 
P
V
 
I
A
 
A
L
 
L
L
 
V
N
|
N
S
|
S
K
 
V
N
 
N
S
 
P
W
 
Y
R
|
R
I
 
L
L
 
E
G
 
G
Q
 
Q
E
 
K
S
 
T
Y
 
A
A
 
A
F
 
F
E
 
E
V
 
V
A
 
C
Q
 
E
W
 
Q
Y
 
L
G
 
G
W
 
-
D
 
-
M
 
E
A
 
A
G
 
P
K
 
D
C
 
V
V
 
L
F
 
A
V
 
I
P
 
P
I
x
V
G
|
G
N
|
N
A
|
A
G
|
G
N
|
N
I
 
I
T
 
S
A
 
A
V
 
Y
M
 
W
S
 
K
G
 
G
F
 
F
L
 
K
K
 
E
M
 
Y
H
 
H
R
 
E
L
 
K
G
 
N
I
 
G
I
 
T
D
 
-
A
 
S
L
 
L
P
 
P
R
 
K
V
 
M
F
 
R
G
 
G
V
 
F
Q
x
E
S
 
A
H
 
E
H
 
G
A
x
S
D
 
A
P
 
A
V
 
I
Y
 
V
R
 
R
Y
 
N
Y
 
E
S
 
V
V
 
I
E
 
E
D
 
N
P
 
P
R
 
E
Q
 
-
R
 
-
H
 
-
Y
 
-
E
 
-
P
 
-
V
 
-
T
 
-
V
 
-
Q
 
-
P
 
-
S
 
T
V
 
I
A
 
A
Q
 
T
A
|
A
A
x
I
M
 
R
I
 
I
G
 
G
N
 
N
P
 
P
V
 
A
S
 
S
F
 
W
P
 
D
R
 
K
V
 
A
R
 
V
H
 
K
L
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
E
F
 
S
E
 
N
A
 
G
L
 
-
G
 
-
G
 
-
P
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
-
Q
 
K
V
 
I
V
 
D
Q
 
E
V
 
V
T
 
T
E
 
D
Q
 
D
A
 
E
I
 
I
M
 
L
D
 
H
S
 
A
-
 
Y
M
 
Q
I
 
L
R
 
I
A
 
A
N
 
R
R
 
E
H
 
E
G
 
G
H
 
V
I
 
F
A
 
A
C
 
-
T
 
-
Q
x
E
G
 
P
G
 
G
E
 
S
C
 
C
-
 
A
-
 
S
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
V
L
 
L
R
 
K
A
 
Q
K
 
V
E
 
K
L
 
S
G
 
G
L
 
E
V
 
I
D
 
P
K
 
K
D
 
G
E
 
S
T
 
K
A
 
V
V
 
V
L
 
A
D
 
V
A
 
L
T
|
T
A
 
G
H
 
N
S
 
G
L
 
L
K
 
K

2d1fA Structure of mycobacterium tuberculosis threonine synthase (see paper)
34% identity, 73% coverage: 76:427/482 of query aligns to 5:331/349 of 2d1fA

query
sites
2d1fA
G
 
G
I
 
V
F
 
I
R
 
A
F
 
A
Y
 
Y
E
 
R
L
 
D
M
 
R
A
 
L
P
 
P
V
 
V
L
 
G
E
 
D
E
 
D
D
 
W
D
 
T
I
 
P
I
 
V
Y
 
T
L
 
L
G
 
L
E
 
E
G
 
G
N
 
G
T
 
T
P
 
P
V
 
L
V
 
I
D
 
A
A
 
A
S
 
T
P
 
-
A
 
N
L
 
L
E
 
S
R
 
K
S
 
Q
V
 
T
G
 
G
Q
 
C
R
 
T
F
 
I
A
 
H
Y
 
L
K
 
K
N
 
V
D
 
E
G
 
G
Q
 
L
N
 
N
P
 
P
S
 
T
A
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
D
 
D
R
 
R
G
 
G
M
 
M
A
 
T
C
 
M
A
 
A
F
 
V
S
 
T
Y
 
D
L
 
A
R
 
L
A
 
A
L
 
-
V
 
-
R
 
-
K
 
-
H
 
H
G
 
G
W
 
Q
D
 
R
E
 
A
V
 
V
L
 
L
T
 
-
I
 
-
C
 
C
A
 
A
S
 
S
T
|
T
G
 
G
D
x
N
T
 
T
S
 
S
A
 
A
A
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
A
Y
 
Y
A
 
A
S
 
A
Y
 
R
V
 
A
G
 
G
S
 
-
P
 
-
I
 
I
K
 
T
S
 
C
A
 
A
V
 
V
I
 
L
L
 
I
P
 
P
H
 
Q
G
 
G
K
 
K
V
 
I
T
 
A
P
 
M
Q
 
G
Q
 
K
L
 
L
S
 
A
Q
 
Q
P
 
A
L
 
V
G
 
M
S
 
H
G
 
G
A
 
A
T
 
K
V
 
I
L
 
I
E
 
Q
I
 
I
P
 
D
G
 
G
V
 
N
F
 
F
D
 
D
D
 
D
C
 
C
M
 
L
K
 
E
V
 
L
V
 
A
E
 
R
H
 
K
L
 
M
A
 
A
E
 
A
N
 
D
Y
 
F
-
 
P
R
 
T
V
 
I
A
 
S
L
 
L
L
 
V
N
 
N
S
 
S
K
 
V
N
 
N
S
 
P
W
 
V
R
 
R
I
 
I
L
 
E
G
 
G
Q
 
Q
E
 
K
S
 
T
Y
 
A
A
 
A
F
 
F
E
 
E
V
 
I
A
 
V
Q
 
D
W
 
V
Y
 
L
G
 
G
W
 
-
D
 
-
M
 
T
A
 
A
G
 
P
K
 
D
C
 
V
V
 
H
F
 
A
V
 
L
P
 
P
I
x
V
G
|
G
N
|
N
A
|
A
G
|
G
N
|
N
I
 
I
T
 
T
A
 
A
V
 
Y
M
 
W
S
 
K
G
 
G
F
 
Y
L
 
T
K
 
E
M
 
Y
H
 
H
R
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
L
I
 
I
D
|
D
A
 
K
L
 
L
P
 
P
R
|
R
V
 
M
F
x
L
G
 
G
V
 
T
Q
 
Q
S
 
A
H
 
A
H
 
G
A
 
A
D
 
A
P
 
P
V
 
L
Y
 
V
R
 
L
Y
 
-
Y
 
-
S
 
-
V
 
-
E
 
-
D
 
-
P
 
-
R
 
-
Q
 
-
R
 
-
H
 
-
Y
 
G
E
 
E
P
 
P
V
 
V
T
 
S
V
 
H
Q
 
P
P
 
E
S
 
T
V
 
I
A
 
A
Q
 
T
A
|
A
A
 
I
M
 
R
I
 
I
G
 
G
N
 
S
P
 
P
V
 
A
S
 
S
F
 
W
P
 
T
R
 
S
V
 
A
R
 
V
H
 
E
L
 
A
A
 
Q
E
 
Q
R
 
Q
F
 
S
E
 
K
A
 
-
L
 
-
G
 
-
G
 
-
P
 
-
G
 
G
A
 
R
F
 
F
Q
 
-
V
 
L
V
 
A
Q
 
A
V
 
S
T
 
D
E
 
E
Q
 
E
A
 
I
I
 
L
M
 
A
D
 
A
S
 
Y
M
 
H
I
 
L
R
 
V
A
 
A
N
 
R
R
 
V
H
 
E
G
 
G
H
 
V
I
 
F
A
 
V
C
 
E
T
 
P
Q
 
A
G
 
S
G
 
A
E
 
A
C
 
S
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
L
R
 
K
A
 
A
K
 
I
E
 
D
L
 
D
G
 
G
L
 
W
V
 
V
D
 
A
K
 
R
D
 
G
E
 
S
T
 
T
A
 
V
V
 
V
L
 
C
D
 
T
A
 
V
T
|
T
A
 
G
H
 
N
S
 
G
L
 
L
K
 
K
-
 
D
-
 
P
F
 
D
S
 
T
G
 
A
F
 
L
Q
 
K
D
 
D
M
 
M

P9WG59 Threonine synthase; TS; EC 4.2.3.1 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 2 papers)
34% identity, 73% coverage: 76:427/482 of query aligns to 14:340/360 of P9WG59

query
sites
P9WG59
G
 
G
I
 
V
F
 
I
R
 
A
F
 
A
Y
 
Y
E
 
R
L
 
D
M
 
R
A
 
L
P
 
P
V
 
V
L
 
G
E
 
D
E
 
D
D
 
W
D
 
T
I
 
P
I
 
V
Y
 
T
L
 
L
G
 
L
E
 
E
G
 
G
N
 
G
T
 
T
P
 
P
V
 
L
V
 
I
D
 
A
A
 
A
S
 
T
P
 
-
A
 
N
L
 
L
E
 
S
R
 
K
S
 
Q
V
 
T
G
 
G
Q
 
C
R
 
T
F
 
I
A
 
H
Y
 
L
K
 
K
N
 
V
D
 
E
G
 
G
Q
 
L
N
 
N
P
 
P
S
 
T
A
 
G
S
 
S
F
 
F
K
|
K
D
 
D
R
 
R
G
 
G
M
 
M
A
 
T
C
 
M
A
 
A
F
 
V
S
 
T
Y
 
D
L
 
A
R
 
L
A
 
A
L
 
-
V
 
-
R
 
-
K
 
-
H
 
H
G
 
G
W
 
Q
D
 
R
E
 
A
V
 
V
L
 
L
T
 
-
I
 
-
C
 
C
A
 
A
S
 
S
T
 
T
G
 
G
D
x
N
T
 
T
S
 
S
A
 
A
A
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
A
Y
 
Y
A
 
A
S
 
A
Y
 
R
V
 
A
G
 
G
S
 
-
P
 
-
I
 
I
K
 
T
S
 
C
A
 
A
V
 
V
I
 
L
L
 
I
P
 
P
H
 
Q
G
 
G
K
 
K
V
 
I
T
 
A
P
 
M
Q
 
G
Q
 
K
L
 
L
S
 
A
Q
 
Q
P
 
A
L
 
V
G
 
M
S
 
H
G
 
G
A
 
A
T
 
K
V
 
I
L
 
I
E
 
Q
I
 
I
P
 
D
G
 
G
V
 
N
F
 
F
D
 
D
D
 
D
C
 
C
M
 
L
K
 
E
V
 
L
V
 
A
E
 
R
H
x
K
L
 
M
A
 
A
E
 
A
N
 
D
Y
 
F
-
 
P
R
 
T
V
 
I
A
 
S
L
 
L
L
 
V
N
 
N
S
 
S
K
 
V
N
 
N
S
 
P
W
 
V
R
 
R
I
 
I
L
 
E
G
 
G
Q
 
Q
E
 
K
S
 
T
Y
 
A
A
 
A
F
 
F
E
 
E
V
 
I
A
 
V
Q
 
D
W
 
V
Y
 
L
G
 
G
W
 
-
D
 
-
M
 
T
A
 
A
G
 
P
K
 
D
C
 
V
V
 
H
F
 
A
V
 
L
P
 
P
I
 
V
G
|
G
N
|
N
A
|
A
G
|
G
N
|
N
I
 
I
T
 
T
A
 
A
V
 
Y
M
 
W
S
 
K
G
 
G
F
 
Y
L
 
T
K
 
E
M
 
Y
H
 
H
R
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
L
I
 
I
D
 
D
A
 
K
L
 
L
P
 
P
R
 
R
V
 
M
F
 
L
G
 
G
V
 
T
Q
 
Q
S
 
A
H
 
A
H
 
G
A
 
A
D
 
A
P
 
P
V
 
L
Y
 
V
R
 
L
Y
 
-
Y
 
-
S
 
-
V
 
-
E
 
-
D
 
-
P
 
-
R
 
-
Q
 
-
R
 
-
H
 
-
Y
 
G
E
 
E
P
 
P
V
 
V
T
 
S
V
 
H
Q
 
P
P
 
E
S
 
T
V
 
I
A
 
A
Q
 
T
A
 
A
A
 
I
M
 
R
I
 
I
G
 
G
N
 
S
P
 
P
V
 
A
S
 
S
F
 
W
P
 
T
R
 
S
V
 
A
R
 
V
H
 
E
L
 
A
A
 
Q
E
 
Q
R
 
Q
F
 
S
E
 
K
A
 
-
L
 
-
G
 
-
G
 
-
P
 
-
G
 
G
A
 
R
F
 
F
Q
 
-
V
 
L
V
 
A
Q
 
A
V
 
S
T
 
D
E
 
E
Q
 
E
A
 
I
I
 
L
M
 
A
D
 
A
S
 
Y
M
 
H
I
 
L
R
 
V
A
 
A
N
 
R
R
 
V
H
 
E
G
 
G
H
 
V
I
 
F
A
 
V
C
 
E
T
 
P
Q
 
A
G
 
S
G
 
A
E
 
A
C
 
S
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
L
R
 
K
A
 
A
K
 
I
E
 
D
L
 
D
G
 
G
L
 
W
V
 
V
D
 
A
K
 
R
D
 
G
E
 
S
T
 
T
A
 
V
V
 
V
L
 
C
D
 
T
A
 
V
T
|
T
A
 
G
H
 
N
S
 
G
L
 
L
K
 
K
-
 
D
-
 
P
F
 
D
S
 
T
G
 
A
F
 
L
Q
 
K
D
 
D
M
 
M

6cgqB Threonine synthase from bacillus subtilis atcc 6633 with plp and plp- ala (see paper)
33% identity, 72% coverage: 75:420/482 of query aligns to 2:318/345 of 6cgqB

query
sites
6cgqB
R
 
K
G
 
G
I
 
L
F
 
I
R
 
H
F
 
Q
Y
 
Y
E
 
K
L
 
E
M
 
F
A
 
L
P
 
P
V
 
V
L
 
T
E
 
D
E
 
Q
D
 
T
D
 
P
I
 
A
I
 
L
Y
 
T
L
 
L
G
 
H
E
 
E
G
 
G
N
 
N
T
 
T
P
 
P
V
 
L
V
 
I
D
 
H
A
 
L
S
 
-
P
 
P
A
 
K
L
 
L
E
 
S
R
 
E
S
 
Q
V
 
L
G
 
G
Q
 
I
R
 
E
F
 
L
A
 
H
Y
 
V
K
 
K
N
 
T
D
 
E
G
 
G
Q
 
V
N
 
N
P
 
P
S
 
T
A
 
G
S
 
S
F
 
F
K
|
K
D
 
D
R
 
R
G
 
G
M
 
M
A
 
V
C
 
M
A
 
A
F
 
V
S
 
-
Y
 
-
L
 
-
R
 
-
A
 
A
L
 
K
V
 
A
R
 
K
K
 
E
H
 
E
G
 
G
W
 
N
D
 
D
E
 
T
V
 
I
L
 
M
T
 
-
I
 
-
C
 
C
A
 
A
S
|
S
T
|
T
G
 
G
D
x
N
T
|
T
S
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
A
Y
 
Y
A
 
A
S
 
A
Y
 
R
V
 
A
G
 
N
S
 
-
P
 
-
I
 
M
K
 
K
S
 
C
A
 
I
V
 
V
I
 
I
L
 
I
P
 
P
H
 
N
G
 
G
K
 
K
V
 
I
T
 
A
P
 
F
Q
 
G
Q
 
K
L
 
L
S
 
A
Q
 
Q
P
 
A
L
 
V
G
 
M
S
 
Y
G
 
G
A
 
A
T
 
E
V
 
I
L
 
I
E
 
A
I
 
I
P
 
D
G
 
G
V
 
N
F
 
F
D
 
D
D
 
D
C
 
A
M
 
L
K
 
K
V
 
I
V
 
V
E
 
R
H
 
S
L
 
I
A
 
C
E
 
E
N
 
K
Y
 
S
R
 
P
V
 
I
A
 
A
L
 
L
L
 
V
N
|
N
S
|
S
K
 
V
N
 
N
S
 
P
W
 
Y
R
|
R
I
 
L
L
 
E
G
 
G
Q
 
Q
E
 
K
S
 
T
Y
 
A
A
 
A
F
 
F
E
 
E
V
 
V
A
 
C
Q
 
E
W
 
Q
Y
 
L
G
 
G
W
 
-
D
 
-
M
 
E
A
 
A
G
 
P
K
 
D
C
 
V
V
 
L
F
 
A
V
 
I
P
 
P
I
x
V
G
|
G
N
|
N
A
|
A
G
 
G
N
|
N
I
 
I
T
 
S
A
 
A
V
 
Y
M
 
W
S
 
K
G
 
G
F
 
F
L
 
K
K
 
E
M
 
Y
H
 
H
R
 
E
L
 
K
G
 
N
I
 
G
I
 
T
D
 
-
A
 
S
L
 
L
P
 
P
R
 
K
V
 
M
F
 
R
G
 
G
V
 
F
Q
x
E
S
 
A
H
 
E
H
 
G
A
x
S
D
 
A
P
 
A
V
 
I
Y
 
V
R
 
R
Y
 
N
Y
 
E
S
 
V
V
 
I
E
 
E
D
 
N
P
 
P
R
 
E
Q
 
-
R
 
-
H
 
-
Y
 
-
E
 
-
P
 
-
V
 
-
T
 
-
V
 
-
Q
 
-
P
 
-
S
 
T
V
 
I
A
 
A
Q
 
T
A
|
A
A
x
I
M
 
R
I
 
I
G
 
G
N
 
N
P
 
P
V
 
A
S
 
S
F
 
W
P
 
D
R
 
K
V
 
A
R
 
V
H
 
K
L
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
E
F
 
S
E
 
N
A
 
G
L
 
-
G
 
-
G
 
-
P
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
-
Q
 
K
V
 
I
V
 
D
Q
 
E
V
 
V
T
 
T
E
 
D
Q
 
D
A
 
E
I
 
I
M
 
L
D
 
H
S
 
A
-
 
Y
M
 
Q
I
 
L
R
 
I
A
 
A
N
 
R
R
 
E
H
 
E
G
 
G
H
 
V
I
 
F
A
 
A
C
 
-
T
 
-
Q
x
E
G
 
P
G
 
G
E
 
S
C
 
C
-
 
A
-
 
S
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
V
L
 
L
R
 
K
A
 
Q
K
 
V
E
 
K
L
 
S
G
 
G
L
 
E
V
 
I
D
 
P
K
 
K
D
 
G
E
 
S
T
 
K
A
 
V
V
 
V
L
 
A
D
 
V
A
 
L
T
|
T
A
 
G
H
 
N
S
 
G
L
 
L
K
 
K

A0R220 Threonine synthase; TS; EC 4.2.3.1 from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
34% identity, 72% coverage: 76:420/482 of query aligns to 14:331/360 of A0R220

query
sites
A0R220
G
 
G
I
 
L
F
 
I
R
 
E
F
 
A
Y
 
Y
E
 
R
L
 
D
M
 
R
A
 
L
P
 
P
V
 
I
L
 
G
E
 
D
E
 
D
D
 
W
D
 
T
I
 
T
I
 
V
Y
 
T
L
 
L
G
 
L
E
 
E
G
 
G
N
 
G
T
 
T
P
 
P
V
 
L
V
 
I
D
 
H
A
 
A
S
 
K
P
 
R
A
 
I
L
 
S
E
 
E
R
 
L
S
 
T
V
 
-
G
 
G
Q
 
C
R
 
T
F
 
V
A
 
H
Y
 
L
K
 
K
N
 
V
D
 
E
G
 
G
Q
 
L
N
 
N
P
 
P
S
 
T
A
 
G
S
 
S
F
 
F
K
 
K
D
 
D
R
 
R
G
 
G
M
 
M
A
 
T
C
 
V
A
 
A
F
 
V
S
 
T
Y
 
-
L
 
-
R
 
E
A
 
S
L
 
L
V
 
A
R
 
R
K
 
-
H
 
-
G
 
G
W
 
Q
D
 
Q
E
 
A
V
 
V
L
 
L
T
 
-
I
 
-
C
 
C
A
 
A
S
 
S
T
 
T
G
 
G
D
 
N
T
 
T
S
 
S
A
 
A
A
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
A
Y
 
Y
A
 
A
S
 
A
Y
 
R
V
 
A
G
 
G
S
 
-
P
 
-
I
 
I
K
 
T
S
 
C
A
 
A
V
 
V
I
 
L
L
 
I
P
 
P
H
 
Q
G
 
G
K
 
K
V
 
I
T
 
A
P
 
M
Q
 
G
Q
 
K
L
 
L
S
 
A
Q
 
Q
P
 
A
L
 
V
G
 
M
S
 
H
G
 
G
A
 
A
T
 
K
V
 
I
L
 
I
E
 
Q
I
 
V
P
 
D
G
 
G
V
 
N
F
 
F
D
 
D
D
 
D
C
 
C
M
 
L
K
 
E
V
 
L
V
 
A
E
 
R
H
x
K
L
 
L
A
 
T
E
 
A
N
 
D
Y
 
F
-
 
P
R
 
T
V
 
I
A
 
A
L
 
L
L
 
V
N
 
N
S
 
S
K
 
V
N
 
N
S
 
P
W
 
Y
R
 
R
I
 
I
L
 
E
G
 
G
Q
 
Q
E
 
K
S
 
T
Y
 
A
A
 
A
F
 
F
E
 
E
V
 
I
A
 
V
Q
 
D
W
 
A
Y
 
L
G
 
G
W
 
-
D
 
-
M
 
T
A
 
A
G
 
P
K
 
D
C
 
V
V
 
H
F
 
A
V
 
L
P
 
P
I
 
V
G
 
G
N
 
N
A
 
A
G
 
G
N
 
N
I
 
I
T
 
T
A
 
A
V
 
Y
M
 
W
S
 
K
G
 
G
F
 
Y
L
 
S
K
 
E
M
 
Y
H
 
H
R
 
R
L
 
D
G
 
G
I
 
V
I
 
S
D
 
D
A
 
R
L
 
L
P
 
P
R
 
R
V
 
M
F
 
L
G
 
G
V
 
T
Q
 
Q
S
 
A
H
 
A
H
 
G
A
 
A
D
 
A
P
 
P
V
 
L
Y
 
V
R
 
T
Y
 
G
Y
 
A
S
 
P
V
 
V
E
 
K
D
 
D
P
 
P
R
 
E
Q
 
-
R
 
-
H
 
-
Y
 
-
E
 
-
P
 
-
V
 
-
T
 
-
V
 
-
Q
 
-
P
 
-
S
 
T
V
 
I
A
 
A
Q
 
T
A
 
A
A
 
I
M
 
R
I
 
I
G
 
G
N
 
S
P
 
P
V
 
A
S
 
S
F
 
W
P
 
N
R
 
S
V
 
A
R
 
V
H
 
E
L
 
A
A
 
Q
E
 
Q
R
 
Q
F
 
S
E
 
D
A
 
-
L
 
-
G
 
-
G
 
-
P
 
-
G
 
G
A
 
R
F
 
F
Q
 
-
V
 
L
V
 
A
Q
 
A
V
 
T
T
 
D
E
 
E
Q
 
E
A
 
I
I
 
L
M
 
A
D
 
A
S
 
Y
M
 
H
I
 
L
R
 
V
A
 
A
N
 
R
R
 
T
H
 
E
G
 
G
H
 
V
I
 
F
A
 
V
C
 
E
T
 
P
Q
 
A
G
 
S
G
 
A
E
 
A
C
 
S
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
L
R
 
K
A
 
S
K
 
V
E
 
E
L
 
D
G
 
G
L
 
W
V
 
V
D
 
K
K
 
R
D
 
G
E
 
S
T
 
T
A
 
V
V
 
V
L
 
C
D
 
T
A
 
V
T
 
T
A
 
G
H
 
N
S
 
G
L
 
L
K
 
K

3aeyA Apo form of threonine synthase from thermus thermophilus hb8 (see paper)
36% identity, 71% coverage: 77:420/482 of query aligns to 5:321/350 of 3aeyA

query
sites
3aeyA
I
 
I
F
 
E
R
 
R
F
 
Y
Y
 
R
E
 
N
L
 
L
M
 
L
A
 
-
P
 
P
V
 
V
L
 
S
E
 
E
E
 
K
D
 
T
D
 
P
I
 
V
I
 
I
Y
 
S
L
 
L
G
 
L
E
 
E
G
 
G
N
 
S
T
 
T
P
 
P
V
 
L
V
 
I
D
 
P
-
 
L
A
 
K
S
 
G
P
 
P
A
 
E
L
 
E
E
 
A
R
 
R
S
 
K
V
 
K
G
 
G
Q
 
I
R
 
R
F
 
L
A
 
Y
Y
 
A
K
 
K
N
 
Y
D
 
E
G
 
G
Q
 
L
N
 
N
P
 
P
S
 
T
A
 
G
S
 
S
F
 
F
K
|
K
D
 
D
R
 
R
G
 
G
M
 
M
A
 
T
C
 
L
A
 
A
F
 
V
S
 
S
Y
 
-
L
 
-
R
 
K
A
 
A
L
 
V
V
 
-
R
 
-
K
 
-
H
 
E
G
 
G
W
 
G
D
 
A
E
 
Q
V
 
A
L
 
V
T
 
A
I
 
-
C
 
C
A
 
A
S
 
S
T
|
T
G
|
G
D
x
N
T
|
T
S
 
A
A
 
A
A
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
A
Y
 
Y
A
 
A
S
 
A
Y
 
R
V
 
A
G
 
G
S
 
-
P
 
-
I
 
I
K
 
L
S
 
A
A
 
I
V
 
V
I
 
V
L
 
L
P
 
P
H
 
A
G
 
G
K
 
Y
V
 
V
T
 
A
P
 
L
Q
 
G
Q
 
K
L
 
V
S
 
A
Q
 
Q
P
 
S
L
 
L
G
 
V
S
 
H
G
 
G
A
 
A
T
 
R
V
 
I
L
 
V
E
 
Q
I
 
V
P
 
E
G
 
G
V
 
N
F
 
F
D
 
D
D
 
D
C
 
A
M
 
L
K
 
R
V
 
L
V
 
T
E
 
Q
H
 
K
L
 
L
A
 
T
E
 
E
N
 
A
Y
 
F
R
 
P
V
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
V
N
 
N
S
|
S
K
 
V
N
 
N
S
 
P
W
 
H
R
|
R
I
 
L
L
 
E
G
 
G
Q
 
Q
E
 
K
S
 
T
Y
 
L
A
 
A
F
 
F
E
 
E
V
 
V
A
 
V
Q
 
D
W
 
E
Y
 
L
G
 
G
W
 
-
D
 
-
M
 
D
A
 
A
G
 
P
K
 
H
C
 
Y
V
 
H
F
 
A
V
 
L
P
 
P
I
 
V
G
 
G
N
|
N
A
 
A
G
 
G
N
 
N
I
 
I
T
 
T
A
 
A
V
 
H
M
 
W
S
 
M
G
 
G
F
 
Y
L
 
K
K
 
A
M
 
Y
H
 
H
R
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
K
I
 
A
D
 
K
A
 
R
L
 
L
P
|
P
R
 
R
V
 
M
F
 
L
G
|
G
V
 
F
Q
|
Q
S
 
A
H
 
A
H
 
G
A
 
A
D
 
A
P
 
P
V
 
L
Y
 
V
R
 
L
Y
 
G
Y
x
R
S
 
P
V
|
V
E
|
E
D
x
R
P
 
P
R
 
E
Q
 
-
R
 
-
H
 
-
Y
 
-
E
 
-
P
 
-
V
 
-
T
 
-
V
 
-
Q
 
-
P
 
-
S
 
T
V
 
L
A
 
A
Q
 
T
A
|
A
A
 
I
M
 
R
I
 
I
G
 
G
N
 
N
P
 
P
V
 
A
S
 
S
F
 
W
P
 
-
R
 
-
V
 
-
R
 
Q
H
 
G
L
 
A
A
 
V
E
 
R
R
 
A
F
 
K
E
 
E
A
 
E
L
 
S
G
 
G
G
 
G
P
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
-
Q
 
V
V
 
I
V
 
E
Q
 
A
V
 
V
T
 
T
E
 
D
Q
 
E
A
 
E
I
 
I
M
 
L
D
 
F
S
 
A
M
 
Y
I
 
R
R
 
Y
A
 
L
N
 
A
R
 
R
H
 
E
G
 
E
H
 
G
I
 
I
A
 
F
C
 
C
T
 
E
Q
 
P
G
 
A
-
 
S
G
 
A
E
 
A
C
 
A
L
 
M
A
 
A
G
 
G
L
 
V
L
 
F
R
 
K
A
 
L
K
 
L
E
 
R
L
 
E
G
 
G
L
 
R
V
 
L
D
 
E
K
 
P
D
 
E
E
 
S
T
 
T
A
 
V
V
 
V
L
 
L
D
 
T
A
 
L
T
|
T
A
 
G
H
 
H
S
 
G
L
 
L
K
 
K

1uimA Crystal structure of threonine synthase from thermus thermophilus hb8, orthorhombic crystal form (see paper)
36% identity, 71% coverage: 77:420/482 of query aligns to 6:322/350 of 1uimA

query
sites
1uimA
I
 
I
F
 
E
R
 
R
F
 
Y
Y
 
R
E
 
N
L
 
L
M
 
L
A
 
-
P
 
P
V
 
V
L
 
S
E
 
E
E
 
K
D
 
T
D
 
P
I
 
V
I
 
I
Y
 
S
L
 
L
G
 
L
E
 
E
G
 
G
N
 
S
T
 
T
P
 
P
V
 
L
V
 
I
D
 
P
-
 
L
A
 
K
S
 
G
P
 
P
A
 
E
L
 
E
E
 
A
R
 
R
S
 
K
V
 
K
G
 
G
Q
 
I
R
 
R
F
 
L
A
 
Y
Y
 
A
K
 
K
N
 
Y
D
 
E
G
 
G
Q
 
L
N
 
N
P
 
P
S
 
T
A
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
D
 
D
R
 
R
G
 
G
M
 
M
A
 
T
C
 
L
A
 
A
F
 
V
S
 
S
Y
 
-
L
 
-
R
 
K
A
 
A
L
 
V
V
 
-
R
 
-
K
 
-
H
 
E
G
 
G
W
 
G
D
 
A
E
 
Q
V
 
A
L
 
V
T
 
A
I
 
-
C
 
C
A
 
A
S
 
S
T
|
T
G
 
G
D
x
N
T
 
T
S
 
A
A
 
A
A
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
A
Y
 
Y
A
 
A
S
 
A
Y
 
R
V
 
A
G
 
G
S
 
-
P
 
-
I
 
I
K
 
L
S
 
A
A
 
I
V
 
V
I
 
V
L
 
L
P
 
P
H
 
A
G
 
G
K
 
Y
V
 
V
T
 
A
P
 
L
Q
 
G
Q
 
K
L
 
V
S
 
A
Q
 
Q
P
 
S
L
 
L
G
 
V
S
 
H
G
 
G
A
 
A
T
 
R
V
 
I
L
 
V
E
 
Q
I
 
V
P
 
E
G
 
G
V
 
N
F
 
F
D
 
D
D
 
D
C
 
A
M
 
L
K
 
R
V
 
L
V
 
T
E
 
Q
H
 
K
L
 
L
A
 
T
E
 
E
N
 
A
Y
 
F
R
 
P
V
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
V
N
 
N
S
 
S
K
 
V
N
 
N
S
 
P
W
 
H
R
 
R
I
 
L
L
 
E
G
 
G
Q
 
Q
E
 
K
S
 
T
Y
 
L
A
 
A
F
 
F
E
 
E
V
 
V
A
 
V
Q
 
D
W
 
E
Y
 
L
G
 
G
W
 
-
D
 
-
M
 
D
A
 
A
G
 
P
K
 
H
C
 
Y
V
 
H
F
 
A
V
 
L
P
 
P
I
 
V
G
|
G
N
|
N
A
|
A
G
|
G
N
|
N
I
 
I
T
 
T
A
 
A
V
 
H
M
 
W
S
 
M
G
 
G
F
 
Y
L
 
K
K
 
A
M
 
Y
H
 
H
R
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
K
I
 
A
D
 
K
A
 
R
L
 
L
P
|
P
R
 
R
V
 
M
F
 
L
G
|
G
V
 
F
Q
|
Q
S
 
A
H
 
A
H
 
G
A
 
A
D
 
A
P
 
P
V
 
L
Y
 
V
R
 
L
Y
 
G
Y
 
R
S
 
P
V
 
V
E
 
E
D
 
R
P
 
P
R
 
E
Q
 
-
R
 
-
H
 
-
Y
 
-
E
 
-
P
 
-
V
 
-
T
 
-
V
 
-
Q
 
-
P
 
-
S
 
T
V
 
L
A
 
A
Q
 
T
A
|
A
A
 
I
M
 
R
I
 
I
G
 
G
N
 
N
P
 
P
V
 
A
S
 
S
F
 
W
P
 
-
R
 
-
V
 
-
R
 
Q
H
 
G
L
 
A
A
 
V
E
 
R
R
 
A
F
 
K
E
 
E
A
 
E
L
 
S
G
 
G
G
 
G
P
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
-
Q
 
V
V
 
I
V
 
E
Q
 
A
V
 
V
T
 
T
E
 
D
Q
 
E
A
 
E
I
 
I
M
 
L
D
 
F
S
 
A
M
 
Y
I
 
R
R
 
Y
A
 
L
N
 
A
R
 
R
H
 
E
G
 
E
H
 
G
I
 
I
A
 
F
C
 
C
T
x
E
Q
 
P
G
 
A
-
 
S
G
 
A
E
 
A
C
 
A
L
 
M
A
 
A
G
 
G
L
 
V
L
 
F
R
 
K
A
 
L
K
 
L
E
 
R
L
 
E
G
 
G
L
 
R
V
 
L
D
 
E
K
 
P
D
 
E
E
 
S
T
 
T
A
 
V
V
 
V
L
 
L
D
 
T
A
 
L
T
|
T
A
x
G
H
 
H
S
 
G
L
 
L
K
 
K

3aexA Catalytic intermediate analogue of threonine synthase from thermus thermophilus hb8 (see paper)
36% identity, 71% coverage: 77:420/482 of query aligns to 6:322/351 of 3aexA

query
sites
3aexA
I
 
I
F
 
E
R
 
R
F
 
Y
Y
 
R
E
 
N
L
 
L
M
 
L
A
 
-
P
 
P
V
 
V
L
 
S
E
 
E
E
 
K
D
 
T
D
 
P
I
 
V
I
 
I
Y
 
S
L
 
L
G
 
L
E
 
E
G
 
G
N
 
S
T
 
T
P
 
P
V
 
L
V
 
I
D
 
P
-
 
L
A
 
K
S
 
G
P
 
P
A
 
E
L
 
E
E
 
A
R
 
R
S
 
K
V
 
K
G
 
G
Q
 
I
R
 
R
F
 
L
A
 
Y
Y
 
A
K
 
K
N
 
Y
D
 
E
G
 
G
Q
 
L
N
 
N
P
 
P
S
 
T
A
 
G
S
 
S
F
 
F
K
|
K
D
 
D
R
 
R
G
 
G
M
 
M
A
 
T
C
 
L
A
 
A
F
 
V
S
 
S
Y
 
-
L
 
-
R
 
K
A
 
A
L
 
V
V
 
-
R
 
-
K
 
-
H
 
E
G
 
G
W
 
G
D
 
A
E
 
Q
V
 
A
L
 
V
T
 
A
I
 
-
C
 
C
A
 
A
S
|
S
T
|
T
G
 
G
D
x
N
T
|
T
S
 
A
A
 
A
A
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
A
Y
 
Y
A
 
A
S
 
A
Y
 
R
V
 
A
G
 
G
S
 
-
P
 
-
I
 
I
K
 
L
S
 
A
A
 
I
V
 
V
I
 
V
L
 
L
P
 
P
H
 
A
G
 
G
K
 
Y
V
 
V
T
 
A
P
 
L
Q
 
G
Q
 
K
L
 
V
S
 
A
Q
 
Q
P
 
S
L
 
L
G
 
V
S
 
H
G
 
G
A
 
A
T
 
R
V
 
I
L
 
V
E
 
Q
I
 
V
P
 
E
G
 
G
V
 
N
F
 
F
D
 
D
D
 
D
C
 
A
M
 
L
K
 
R
V
 
L
V
 
T
E
 
Q
H
 
K
L
 
L
A
 
T
E
 
E
N
 
A
Y
 
F
R
 
P
V
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
V
N
|
N
S
|
S
K
 
V
N
 
N
S
 
P
W
 
H
R
|
R
I
 
L
L
 
E
G
 
G
Q
 
Q
E
 
K
S
 
T
Y
 
L
A
 
A
F
 
F
E
 
E
V
 
V
A
 
V
Q
 
D
W
 
E
Y
 
L
G
 
G
W
 
-
D
 
-
M
 
D
A
 
A
G
 
P
K
 
H
C
 
Y
V
 
H
F
 
A
V
 
L
P
 
P
I
x
V
G
|
G
N
|
N
A
|
A
G
|
G
N
|
N
I
 
I
T
 
T
A
 
A
V
 
H
M
 
W
S
 
M
G
 
G
F
 
Y
L
 
K
K
 
A
M
 
Y
H
 
H
R
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
K
I
 
A
D
 
K
A
 
R
L
 
L
P
|
P
R
 
R
V
 
M
F
 
L
G
|
G
V
 
F
Q
|
Q
S
 
A
H
 
A
H
 
G
A
 
A
D
 
A
P
 
P
V
 
L
Y
 
V
R
 
L
Y
 
G
Y
 
R
S
 
P
V
 
V
E
 
E
D
 
R
P
 
P
R
 
E
Q
 
-
R
 
-
H
 
-
Y
 
-
E
 
-
P
 
-
V
 
-
T
 
-
V
 
-
Q
 
-
P
 
-
S
 
T
V
 
L
A
 
A
Q
 
T
A
|
A
A
x
I
M
 
R
I
 
I
G
 
G
N
 
N
P
 
P
V
 
A
S
 
S
F
 
W
P
 
-
R
 
-
V
 
-
R
 
Q
H
 
G
L
 
A
A
 
V
E
 
R
R
 
A
F
 
K
E
 
E
A
 
E
L
 
S
G
 
G
G
 
G
P
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
-
Q
 
V
V
 
I
V
 
E
Q
 
A
V
 
V
T
 
T
E
 
D
Q
 
E
A
 
E
I
 
I
M
 
L
D
 
F
S
 
A
M
 
Y
I
 
R
R
 
Y
A
 
L
N
 
A
R
 
R
H
 
E
G
 
E
H
 
G
I
 
I
A
 
F
C
 
C
T
x
E
Q
 
P
G
 
A
-
 
S
G
 
A
E
 
A
C
 
A
L
 
M
A
 
A
G
 
G
L
 
V
L
 
F
R
 
K
A
 
L
K
 
L
E
 
R
L
 
E
G
 
G
L
 
R
V
 
L
D
 
E
K
 
P
D
 
E
E
 
S
T
 
T
A
 
V
V
 
V
L
 
L
D
 
T
A
 
L
T
|
T
A
 
G
H
 
H
S
 
G
L
 
L
K
 
K

1v7cA Crystal structure of threonine synthase from thermus thermophilus hb8 in complex with a substrate analogue (see paper)
36% identity, 71% coverage: 77:420/482 of query aligns to 6:322/351 of 1v7cA

query
sites
1v7cA
I
 
I
F
 
E
R
 
R
F
 
Y
Y
 
R
E
 
N
L
 
L
M
 
L
A
 
-
P
 
P
V
 
V
L
 
S
E
 
E
E
 
K
D
 
T
D
 
P
I
 
V
I
 
I
Y
 
S
L
 
L
G
 
L
E
 
E
G
 
G
N
 
S
T
 
T
P
 
P
V
 
L
V
 
I
D
 
P
-
 
L
A
 
K
S
 
G
P
 
P
A
 
E
L
 
E
E
 
A
R
 
R
S
 
K
V
 
K
G
 
G
Q
 
I
R
 
R
F
 
L
A
 
Y
Y
 
A
K
 
K
N
 
Y
D
 
E
G
 
G
Q
 
L
N
 
N
P
 
P
S
 
T
A
 
G
S
 
S
F
 
F
K
|
K
D
 
D
R
 
R
G
 
G
M
 
M
A
 
T
C
 
L
A
 
A
F
 
V
S
 
S
Y
 
-
L
 
-
R
 
K
A
 
A
L
 
V
V
 
-
R
 
-
K
 
-
H
 
E
G
 
G
W
 
G
D
 
A
E
 
Q
V
 
A
L
 
V
T
 
A
I
 
-
C
 
C
A
 
A
S
|
S
T
|
T
G
 
G
D
x
N
T
|
T
S
 
A
A
 
A
A
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
A
Y
 
Y
A
 
A
S
 
A
Y
 
R
V
 
A
G
 
G
S
 
-
P
 
-
I
 
I
K
 
L
S
 
A
A
 
I
V
 
V
I
 
V
L
 
L
P
 
P
H
 
A
G
 
G
K
 
Y
V
 
V
T
 
A
P
 
L
Q
 
G
Q
 
K
L
 
V
S
 
A
Q
 
Q
P
 
S
L
 
L
G
 
V
S
 
H
G
 
G
A
 
A
T
 
R
V
 
I
L
 
V
E
 
Q
I
 
V
P
 
E
G
 
G
V
 
N
F
|
F
D
 
D
D
 
D
C
 
A
M
 
L
K
 
R
V
 
L
V
 
T
E
 
Q
H
 
K
L
 
L
A
 
T
E
 
E
N
 
A
Y
 
F
R
 
P
V
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
V
N
|
N
S
|
S
K
 
V
N
 
N
S
 
P
W
 
H
R
|
R
I
 
L
L
 
E
G
 
G
Q
 
Q
E
 
K
S
 
T
Y
 
L
A
 
A
F
 
F
E
 
E
V
 
V
A
 
V
Q
 
D
W
 
E
Y
 
L
G
 
G
W
 
-
D
 
-
M
 
D
A
 
A
G
 
P
K
 
H
C
 
Y
V
 
H
F
 
A
V
 
L
P
 
P
I
x
V
G
|
G
N
|
N
A
|
A
G
|
G
N
|
N
I
 
I
T
 
T
A
 
A
V
 
H
M
 
W
S
 
M
G
 
G
F
 
Y
L
 
K
K
 
A
M
 
Y
H
 
H
R
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
K
I
 
A
D
 
K
A
 
R
L
 
L
P
|
P
R
 
R
V
 
M
F
 
L
G
|
G
V
 
F
Q
|
Q
S
 
A
H
 
A
H
 
G
A
 
A
D
 
A
P
 
P
V
 
L
Y
 
V
R
 
L
Y
 
G
Y
 
R
S
 
P
V
 
V
E
 
E
D
 
R
P
 
P
R
 
E
Q
 
-
R
 
-
H
 
-
Y
 
-
E
 
-
P
 
-
V
 
-
T
 
-
V
 
-
Q
 
-
P
 
-
S
 
T
V
 
L
A
 
A
Q
 
T
A
|
A
A
x
I
M
 
R
I
 
I
G
 
G
N
 
N
P
 
P
V
 
A
S
 
S
F
 
W
P
 
-
R
 
-
V
 
-
R
 
Q
H
 
G
L
 
A
A
 
V
E
 
R
R
 
A
F
 
K
E
 
E
A
 
E
L
 
S
G
 
G
G
 
G
P
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
-
Q
 
V
V
 
I
V
 
E
Q
 
A
V
 
V
T
 
T
E
 
D
Q
 
E
A
 
E
I
 
I
M
 
L
D
 
F
S
 
A
M
 
Y
I
 
R
R
 
Y
A
 
L
N
 
A
R
 
R
H
 
E
G
 
E
H
 
G
I
 
I
A
 
F
C
 
C
T
x
E
Q
 
P
G
 
A
-
 
S
G
 
A
E
 
A
C
 
A
L
 
M
A
 
A
G
 
G
L
 
V
L
 
F
R
 
K
A
 
L
K
 
L
E
 
R
L
 
E
G
 
G
L
 
R
V
 
L
D
 
E
K
 
P
D
 
E
E
 
S
T
 
T
A
 
V
V
 
V
L
 
L
D
 
T
A
 
L
T
|
T
A
 
G
H
 
H
S
 
G
L
 
L
K
 
K

6cgqA Threonine synthase from bacillus subtilis atcc 6633 with plp and plp- ala (see paper)
33% identity, 72% coverage: 76:420/482 of query aligns to 1:310/339 of 6cgqA

query
sites
6cgqA
G
 
G
I
 
L
F
 
I
R
 
H
F
 
Q
Y
 
Y
E
 
K
L
 
E
M
 
F
A
 
L
P
 
P
V
 
V
L
 
T
E
 
D
E
 
Q
D
 
T
D
 
P
I
 
A
I
 
L
Y
 
T
L
 
L
G
 
H
E
 
E
G
 
G
N
 
N
T
 
T
P
 
P
V
 
L
V
 
I
D
 
H
A
 
L
S
 
-
P
 
P
A
 
K
L
 
L
E
 
S
R
 
E
S
 
Q
V
 
L
G
 
G
Q
 
I
R
 
E
F
 
L
A
 
H
Y
 
V
K
 
K
N
 
T
D
 
E
G
 
G
Q
 
V
N
 
N
P
 
P
S
 
T
A
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
D
 
D
R
 
R
G
 
G
M
 
M
A
 
V
C
 
M
A
 
A
F
 
V
S
 
-
Y
 
-
L
 
-
R
 
-
A
 
A
L
 
K
V
 
A
R
 
K
K
 
E
H
 
E
G
 
G
W
 
N
D
 
D
E
 
T
V
 
I
L
 
M
T
 
-
I
 
-
C
 
C
A
 
A
S
 
S
T
|
T
G
 
G
D
x
N
T
 
T
S
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
A
Y
 
Y
A
 
A
S
 
A
Y
 
R
V
 
A
G
 
N
S
 
-
P
 
-
I
 
M
K
 
K
S
 
C
A
 
I
V
 
V
I
 
I
L
 
I
P
 
P
H
 
N
G
 
-
K
 
-
V
 
-
T
 
-
P
 
-
Q
 
-
Q
 
K
L
 
L
S
 
A
Q
 
Q
P
 
A
L
 
V
G
 
M
S
 
Y
G
 
G
A
 
A
T
 
E
V
 
I
L
 
I
E
 
A
I
 
I
P
 
D
G
 
G
V
 
N
F
 
F
D
 
D
D
 
D
C
 
A
M
 
L
K
 
K
V
 
I
V
 
V
E
 
R
H
 
S
L
 
I
A
 
C
E
 
E
N
 
K
Y
 
S
R
 
P
V
 
I
A
 
A
L
 
L
L
 
V
N
 
N
S
 
S
K
 
V
N
 
N
S
 
P
W
 
Y
R
 
R
I
 
L
L
 
E
G
 
G
Q
 
Q
E
 
K
S
 
T
Y
 
A
A
 
A
F
 
F
E
 
E
V
 
V
A
 
C
Q
 
E
W
 
Q
Y
 
L
G
 
G
W
 
E
D
 
-
M
 
-
A
 
A
G
 
P
K
 
D
C
 
V
V
 
L
F
 
A
V
 
I
P
 
P
I
x
V
G
|
G
N
|
N
A
|
A
G
|
G
N
|
N
I
 
I
T
 
S
A
 
A
V
 
Y
M
 
W
S
 
K
G
 
G
F
 
F
L
 
K
K
 
E
M
 
Y
H
 
H
R
 
E
L
 
K
G
 
N
I
 
G
I
 
T
D
 
-
A
 
S
L
 
L
P
 
P
R
 
K
V
 
M
F
 
R
G
 
G
V
 
F
Q
x
E
S
 
A
H
 
E
H
 
G
A
x
S
D
 
A
P
 
A
V
 
I
Y
 
V
R
 
R
Y
 
N
Y
 
E
S
 
V
V
 
I
E
 
E
D
 
N
P
 
P
R
 
E
Q
 
-
R
 
-
H
 
-
Y
 
-
E
 
-
P
 
-
V
 
-
T
 
-
V
 
-
Q
 
-
P
 
-
S
 
T
V
 
I
A
 
A
Q
 
T
A
|
A
A
 
I
M
 
R
I
 
I
G
 
G
N
 
N
P
 
P
V
 
A
S
 
S
F
 
W
P
 
D
R
 
K
V
 
A
R
 
V
H
 
K
L
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
E
F
 
S
E
 
N
A
 
G
L
 
-
G
 
-
G
 
-
P
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
-
Q
 
K
V
 
I
V
 
D
Q
 
E
V
 
V
T
 
T
E
 
D
Q
 
D
A
 
E
I
 
I
M
 
L
D
 
H
S
 
A
-
 
Y
M
 
Q
I
 
L
R
 
I
A
 
A
N
 
R
R
 
E
H
 
E
G
 
G
H
 
V
I
 
F
A
 
A
C
 
-
T
 
-
Q
x
E
G
 
P
G
 
G
E
 
S
C
 
C
-
 
A
-
 
S
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
V
L
 
L
R
 
K
A
 
Q
K
 
V
E
 
K
L
 
S
G
 
G
L
 
E
V
 
I
D
 
P
K
 
K
D
 
G
E
 
S
T
 
K
A
 
V
V
 
V
L
 
A
D
 
V
A
 
L
T
|
T
A
x
G
H
 
N
S
 
G
L
 
L
K
 
K

1vb3A Crystal structure of threonine synthase from escherichia coli
31% identity, 46% coverage: 127:350/482 of query aligns to 102:318/428 of 1vb3A

query
sites
1vb3A
P
 
P
S
 
T
A
 
L
S
 
A
F
 
F
K
|
K
D
 
D
R
 
F
G
 
G
-
 
G
-
 
R
-
 
F
M
 
M
A
 
A
C
 
Q
A
 
M
F
 
L
S
 
T
Y
 
H
L
 
I
R
 
A
A
 
-
L
 
-
V
 
-
R
 
-
K
 
-
H
 
-
G
 
G
W
 
D
D
 
K
E
 
P
V
 
V
L
 
T
T
 
I
I
 
L
C
 
T
A
 
A
S
x
T
T
x
S
G
 
G
D
|
D
T
|
T
S
 
G
A
 
A
A
 
A
A
 
V
A
 
A
L
 
-
Y
 
H
A
 
A
S
 
F
Y
 
Y
V
 
G
G
 
L
S
 
P
P
 
N
I
 
V
K
 
K
S
 
V
A
 
V
V
 
I
I
 
L
L
 
Y
P
 
P
H
 
R
G
 
G
K
 
K
V
 
I
T
 
S
P
 
P
-
 
L
-
 
Q
Q
 
E
Q
 
K
L
 
L
S
 
F
Q
 
C
P
 
T
L
 
L
G
 
G
S
 
G
G
 
N
A
 
I
T
 
E
V
 
T
L
 
V
E
 
A
I
 
I
P
 
D
G
 
G
V
 
D
F
 
F
D
 
D
D
 
A
C
 
C
M
 
Q
K
 
A
V
 
L
V
 
V
E
 
K
H
 
Q
L
 
A
-
 
F
-
 
D
A
 
D
E
 
E
N
 
E
Y
 
L
R
 
K
V
 
V
A
 
A
L
 
L
-
 
G
L
 
L
N
 
N
S
 
S
K
 
A
N
|
N
S
|
S
W
 
I
-
 
N
-
 
I
-
 
S
R
|
R
I
 
L
L
 
L
G
 
A
Q
 
Q
E
 
I
S
 
C
Y
 
Y
A
 
Y
F
 
F
E
 
E
-
 
A
V
 
V
A
 
A
Q
 
Q
W
 
L
Y
 
P
G
 
Q
W
 
E
D
 
T
M
 
R
A
 
N
G
 
Q
K
 
L
C
 
V
V
 
V
F
 
S
V
 
V
P
 
P
I
 
S
G
 
G
N
|
N
A
 
F
G
 
G
N
 
D
I
 
L
T
 
T
A
 
A
V
 
G
M
 
L
S
 
-
G
 
-
F
 
-
L
 
-
K
 
-
M
 
-
H
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
-
I
 
-
D
 
-
A
 
-
L
 
L
P
 
A
R
 
K
V
 
S
F
 
L
G
 
G
V
 
L
Q
 
-
S
 
-
H
 
-
H
 
-
A
 
-
D
 
-
P
 
P
V
 
V
Y
 
K
R
 
R
Y
 
F
Y
 
I
S
 
A
V
 
A
E
 
T
D
 
N
-
 
V
-
 
N
-
 
D
-
 
T
-
 
V
P
 
P
R
 
R
Q
 
F
R
 
L
H
 
H
-
 
D
-
 
G
-
 
Q
Y
 
W
E
 
S
P
 
P
V
 
K
T
 
A
V
 
T
Q
 
Q
P
 
A
S
 
T
V
 
L
A
 
S
Q
 
N
A
 
A
A
 
M
M
 
D
I
 
V
G
 
S
N
 
Q
P
 
P
V
 
N
S
 
N
F
 
W
P
 
P
R
 
R
V
 
V
R
 
E
H
 
E
L
 
L
A
 
F
E
 
R
R
 
R

4f4fA X-ray crystal structure of plp bound threonine synthase from brucella melitensis
30% identity, 31% coverage: 127:275/482 of query aligns to 108:263/464 of 4f4fA

query
sites
4f4fA
P
 
P
S
 
T
A
 
L
S
 
A
F
|
F
K
|
K
D
 
D
R
 
V
G
 
A
M
 
M
A
 
Q
C
 
L
A
 
L
F
 
A
S
 
R
Y
 
M
L
 
M
R
 
D
A
 
Y
L
 
V
V
 
L
R
 
A
K
 
Q
H
 
R
G
 
G
W
 
-
D
 
E
E
 
R
V
 
A
L
 
T
T
 
I
I
 
V
C
 
G
A
 
A
S
 
T
T
 
S
G
 
G
D
 
D
T
 
T
S
 
G
A
 
G
A
 
A
A
 
A
A
 
-
L
 
-
Y
 
I
A
 
E
S
 
A
Y
 
F
V
 
G
G
 
G
S
 
R
P
 
D
I
 
N
K
 
T
S
 
D
A
 
I
V
 
F
I
 
I
L
 
L
-
 
F
P
 
P
H
 
N
G
 
G
K
 
R
V
 
V
T
 
S
P
 
P
Q
 
V
Q
 
Q
L
 
Q
S
 
R
Q
 
Q
P
 
M
L
 
T
G
 
S
S
 
S
G
 
G
A
 
F
T
 
S
-
 
N
-
 
V
-
 
H
V
 
A
L
 
L
E
 
S
I
 
I
P
 
E
G
 
G
V
 
N
F
 
F
D
 
D
D
 
D
C
 
C
M
 
Q
K
 
N
V
 
L
V
 
V
E
 
K
H
 
G
L
 
M
A
 
F
E
 
N
N
 
D
Y
 
L
R
 
E
-
 
F
-
 
C
-
 
D
-
 
A
-
 
L
-
 
S
V
 
L
A
 
S
L
 
G
L
 
V
N
 
N
S
 
S
K
 
I
N
 
N
S
 
W
W
 
A
R
 
R
I
 
I
L
 
M
G
 
P
Q
 
Q
E
 
V
S
 
V
Y
 
Y
A
 
Y
F
 
F
E
 
T
V
 
A
A
 
A
Q
 
L
W
 
S
Y
 
L
G
 
G
W
 
A
D
 
P
M
 
D
A
 
R
G
 
A
K
 
V
C
 
S
V
 
F
F
 
T
V
 
V
P
 
P
I
x
T
G
|
G
N
|
N
A
x
F
G
 
G
N
x
D
I
 
I
T
 
F
A
 
A

Sites not aligning to the query:

1kl7A Crystal structure of threonine synthase from yeast (see paper)
24% identity, 31% coverage: 127:275/482 of query aligns to 118:281/509 of 1kl7A

query
sites
1kl7A
P
 
P
S
 
T
A
 
Y
S
 
A
F
|
F
K
|
K
D
 
D
R
 
V
G
 
A
M
 
L
A
 
Q
C
 
F
A
 
V
F
 
G
S
 
N
Y
 
L
L
 
F
R
 
E
A
 
Y
L
 
F
V
 
L
R
 
Q
K
 
R
-
 
T
-
 
N
-
 
A
-
 
N
-
 
L
-
 
P
H
 
E
G
 
G
W
 
E
D
 
K
E
 
K
V
 
Q
L
 
I
T
 
T
I
 
V
C
 
V
A
 
G
S
 
A
T
 
T
G
 
S
D
 
G
T
 
D
S
 
T
A
 
G
A
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
I
Y
 
Y
A
 
G
S
 
L
Y
 
R
V
 
G
G
 
K
S
 
K
P
 
D
I
 
V
K
 
S
S
 
V
A
 
F
V
 
I
I
 
L
L
 
Y
P
 
P
H
 
T
G
 
G
K
 
R
V
 
I
T
 
S
P
 
P
-
 
I
-
 
Q
-
 
E
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
M
S
 
T
Q
 
T
P
 
V
L
 
P
G
 
D
S
 
E
G
 
N
A
 
V
T
 
Q
V
 
T
L
 
L
E
 
S
I
 
V
P
 
T
G
 
G
V
 
T
F
 
F
D
 
D
D
 
N
C
 
C
M
 
Q
K
 
D
V
 
I
V
 
V
E
 
K
H
 
A
L
 
I
-
 
F
-
 
G
-
 
D
-
 
K
A
 
E
E
 
F
N
 
N
Y
 
H
R
 
N
V
 
V
A
 
G
L
 
A
L
 
V
N
 
N
S
 
S
K
 
I
N
 
N
S
 
W
W
 
A
R
 
R
I
 
I
L
 
L
G
 
A
Q
 
Q
E
 
M
S
 
T
Y
 
Y
A
 
Y
F
 
F
E
 
Y
-
 
S
-
 
F
V
 
F
A
 
Q
Q
 
A
W
 
T
Y
 
N
G
 
G
W
 
K
D
 
D
M
 
S
A
 
K
G
 
K
K
 
V
C
 
K
V
 
F
F
 
V
V
 
V
P
 
P
I
x
S
G
|
G
N
|
N
A
 
F
G
 
G
N
x
D
I
 
I
T
 
L
A
 
A

Sites not aligning to the query:

8g1yA Crystal structure of the threonine synthase from streptococcus pneumoniae in complex with pyridoxal 5-phosphate.
29% identity, 31% coverage: 128:275/482 of query aligns to 110:276/496 of 8g1yA

query
sites
8g1yA
S
 
T
A
 
I
S
 
A
F
|
F
K
|
K
D
 
D
R
 
M
G
 
A
M
 
L
A
 
S
C
 
I
A
 
L
F
 
P
S
 
Y
Y
 
F
L
 
M
R
 
T
A
 
T
L
 
A
V
 
A
R
 
K
K
 
K
H
 
H
G
 
G
W
 
L
D
 
E
-
 
N
E
 
K
V
 
I
L
 
V
T
 
I
I
 
L
C
 
T
A
 
A
S
 
T
T
 
S
G
 
G
D
|
D
T
 
T
-
 
G
S
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
M
A
 
A
L
 
G
Y
 
F
A
 
A
S
 
N
Y
 
V
V
 
P
G
 
G
S
 
T
P
 
E
I
 
I
K
 
-
S
 
-
A
 
I
V
 
V
I
 
F
L
 
Y
P
 
P
H
 
K
-
 
D
-
 
G
-
 
V
G
 
S
K
 
K
V
 
I
T
 
Q
P
 
E
Q
 
L
Q
 
Q
L
 
M
S
 
T
Q
 
T
P
 
Q
L
 
T
G
 
G
S
 
D
G
 
N
A
 
T
T
 
H
V
 
V
L
 
I
E
 
A
I
 
I
P
 
D
G
 
G
V
 
N
F
 
F
D
 
D
D
 
D
C
 
A
M
 
Q
K
 
T
V
 
N
V
 
V
E
 
K
H
 
H
L
 
M
-
 
F
-
 
N
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
R
-
 
E
-
 
K
-
 
L
-
 
T
A
 
T
E
 
N
N
 
K
Y
 
L
R
 
Q
V
 
F
A
 
S
L
 
S
L
 
A
N
 
N
S
 
S
K
 
M
N
 
N
S
 
I
W
 
G
R
 
R
I
 
L
L
 
V
G
 
P
Q
 
Q
-
 
I
E
 
V
S
 
Y
Y
 
Y
A
 
V
F
 
Y
E
 
A
V
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
W
 
L
Y
 
V
-
 
K
-
 
T
G
 
G
W
 
E
D
 
I
M
 
V
A
 
A
G
 
G
K
 
E
C
 
K
V
 
V
-
 
N
-
 
F
F
 
T
V
 
V
P
 
P
I
x
T
G
|
G
N
|
N
A
x
F
G
 
G
N
|
N
I
 
I
T
 
L
A
 
A

Sites not aligning to the query:

Q42598 Threonine synthase; TS; EC 4.2.3.1 from Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (Fission yeast) (see paper)
27% identity, 31% coverage: 127:275/482 of query aligns to 112:277/514 of Q42598

query
sites
Q42598
P
 
P
S
 
T
A
 
F
S
 
A
F
 
F
K
 
K
D
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
L
R
 
Q
G
 
F
M
 
L
A
 
G
C
 
N
A
 
L
F
 
F
S
 
E
Y
 
F
L
 
F
R
 
-
A
 
-
L
 
L
V
 
T
R
 
R
K
 
K
H
 
N
G
 
G
-
 
N
-
 
K
-
 
P
-
 
E
-
 
D
-
 
E
W
 
R
D
 
D
E
 
H
V
 
L
L
 
T
T
 
V
I
 
V
C
 
G
A
 
A
S
 
T
T
 
S
G
 
G
D
 
D
T
 
T
S
 
-
A
 
G
A
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
I
Y
 
Y
A
 
G
S
 
L
Y
 
R
V
 
G
G
 
K
S
 
K
P
 
D
I
 
V
K
 
S
S
 
V
A
 
F
V
 
I
I
 
L
L
 
F
P
 
P
H
 
N
G
 
G
K
 
R
V
 
V
T
 
S
P
 
P
-
 
I
-
 
Q
-
 
E
Q
 
A
Q
 
Q
L
 
M
S
 
T
Q
 
T
P
 
V
L
 
T
G
 
D
S
 
P
G
 
N
A
 
V
T
 
H
V
 
C
L
 
I
E
 
T
I
 
V
P
 
N
G
 
G
V
 
V
F
 
F
D
 
D
D
 
D
C
 
C
M
 
Q
K
 
D
V
 
L
V
 
V
E
 
K
H
 
Q
L
 
I
-
 
F
-
 
G
-
 
D
-
 
V
-
 
E
-
 
F
A
 
N
E
 
K
N
 
K
Y
 
H
R
 
H
V
 
I
A
 
G
L
 
A
L
 
V
N
 
N
S
 
S
K
 
I
N
 
N
S
 
W
W
 
A
R
 
R
I
 
I
L
 
L
G
 
S
Q
 
Q
E
 
I
S
 
T
Y
 
Y
A
 
Y
F
 
L
E
 
Y
V
 
S
A
 
Y
Q
 
L
W
 
S
Y
 
V
G
 
Y
W
 
K
D
 
Q
M
 
G
A
 
K
G
 
A
K
 
D
C
 
D
V
 
V
-
 
R
-
 
F
F
 
I
V
 
V
P
 
P
I
 
T
G
 
G
N
 
N
A
 
F
G
 
G
N
 
D
I
 
I
T
 
L
A
 
A

Sites not aligning to the query:

Q8VBT2 L-serine dehydratase/L-threonine deaminase; SDH; L-serine deaminase; L-threonine dehydratase; TDH; EC 4.3.1.17; EC 4.3.1.19 from Mus musculus (Mouse)
30% identity, 26% coverage: 100:226/482 of query aligns to 10:126/327 of Q8VBT2

query
sites
Q8VBT2
N
 
K
T
 
T
P
 
P
V
 
L
V
 
R
D
 
D
A
 
-
S
 
S
P
 
M
A
 
A
L
 
L
E
 
S
R
 
K
S
 
L
V
 
A
G
 
G
Q
 
T
R
 
S
F
 
V
A
 
F
Y
 
L
K
 
K
N
 
M
D
 
D
G
 
S
Q
 
S
N
 
Q
P
 
P
S
 
S
A
 
G
S
 
S
F
 
F
K
 
K
D
 
I
R
 
R
G
 
G
M
 
I
A
 
G
C
 
-
A
 
-
F
 
-
S
 
-
Y
 
H
L
 
L
R
 
C
A
 
K
L
 
M
V
 
K
R
 
A
K
 
K
H
 
Q
G
 
G
W
 
C
D
 
R
E
 
H
V
 
F
L
 
-
T
 
-
I
 
V
C
 
C
A
 
S
S
 
S
T
 
A
G
 
G
D
 
N
T
 
A
S
 
G
A
 
M
A
 
A
A
 
T
A
 
A
L
 
Y
Y
 
A
A
 
A
S
 
R
Y
 
R
V
 
L
G
 
G
S
 
I
P
 
P
I
 
-
K
 
-
S
 
A
A
 
T
V
 
I
I
 
V
L
 
V
P
 
P
H
 
N
G
 
-
K
 
-
V
 
T
T
 
T
P
 
P
Q
 
A
Q
 
L
L
 
T
S
 
I
Q
 
E
P
 
R
L
 
L
-
 
K
G
 
N
S
 
E
G
 
G
A
 
A
T
 
T
V
 
V
L
 
E
E
 
V
I
 
V
P
 
G
G
 
E
V
 
M
F
 
L
D
 
D
D
 
E
C
 
A
M
 
I
K
 
Q
V
 
V
V
 
A
E
 
K
H
 
A
L
 
L
A
 
E
E
 
K
N
 
N

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>208732 MicrobesOnline__882:208732
MPSCDFPGWRSRMEYVCLGCGARHSIDELLYTCPSCGGVFLLEDLDFDHLADHRSGDDWR
TLFDSRASTRCRSLRGIFRFYELMAPVLEEDDIIYLGEGNTPVVDASPALERSVGQRFAY
KNDGQNPSASFKDRGMACAFSYLRALVRKHGWDEVLTICASTGDTSAAAALYASYVGSPI
KSAVILPHGKVTPQQLSQPLGSGATVLEIPGVFDDCMKVVEHLAENYRVALLNSKNSWRI
LGQESYAFEVAQWYGWDMAGKCVFVPIGNAGNITAVMSGFLKMHRLGIIDALPRVFGVQS
HHADPVYRYYSVEDPRQRHYEPVTVQPSVAQAAMIGNPVSFPRVRHLAERFEALGGPGAF
QVVQVTEQAIMDSMIRANRHGHIACTQGGECLAGLLRAKELGLVDKDETAVLDATAHSLK
FSGFQDMYFTNGFPPAYGVTPDATLGNAPSLVLHDEDKVALAEKYTVEAAQRIAAKLGLA
GK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory