SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 208792 MicrobesOnline__882:208792 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

6lrgB Crystal structure of the ternary complex of agre with ornithine and NAD+ (see paper)
32% identity, 90% coverage: 22:398/420 of query aligns to 363:677/681 of 6lrgB

query
sites
6lrgB
R
 
K
F
 
L
A
 
E
P
 
P
G
 
V
P
 
I
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
V
 
V
A
 
A
P
 
P
G
 
D
G
 
D
Y
 
F
H
 
Y
A
 
V
T
 
S
S
 
T
I
 
I
F
 
Y
P
 
P
E
 
T
Y
 
E
L
 
V
H
 
R
V
 
I
E
 
-
Q
 
N
G
 
G
R
 
Q
W
 
W
V
 
I
L
 
K
L
 
V
E
 
E
R
 
N
S
 
Q
R
 
R
M
 
M
D
 
D
-
 
G
-
 
A
C
 
I
V
 
A
I
 
I
R
 
T
Q
 
Q
N
 
T
P
 
P
D
 
N
G
 
G
T
 
L
L
 
L
E
 
A
V
 
Q
V
 
C
E
 
K
-
 
I
F
 
L
R
 
R
R
 
D
L
 
L
K
 
K
A
 
A
G
 
G
D
 
-
L
 
-
V
 
-
A
 
-
L
 
-
G
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
-
H
 
-
A
 
-
E
 
-
E
 
E
G
 
Q
I
 
V
L
 
I
V
 
V
H
 
D
P
 
V
A
 
L
G
 
G
F
 
I
S
 
R
A
 
T
S
 
I
A
 
R
S
 
K
D
 
T
E
 
E
E
 
-
T
 
-
G
 
-
P
 
-
D
 
-
A
 
-
T
 
-
P
 
-
R
 
-
A
 
-
P
 
-
T
 
-
S
 
-
P
 
-
P
 
-
C
 
-
G
 
-
R
 
-
C
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
-
S
 
-
V
 
-
P
 
-
A
 
-
S
 
-
A
 
-
V
 
-
P
 
-
P
 
-
G
 
-
S
 
-
P
 
-
A
 
-
S
 
-
T
 
S
Q
 
R
E
 
E
Q
 
Q
P
 
-
F
 
-
A
 
-
F
 
-
R
 
R
T
 
V
G
 
S
I
 
S
S
 
E
R
 
R
E
 
R
T
 
V
S
 
E
F
 
L
S
 
V
I
 
V
D
 
E
Y
 
-
D
 
Q
T
 
V
L
 
A
Y
 
W
E
 
E
I
 
L
L
 
R
R
 
K
H
 
I
D
 
R
R
 
D
E
 
A
N
 
G
G
 
G
F
 
K
I
 
V
V
 
V
W
 
V
V
 
T
A
 
A
G
 
G
P
 
P
A
 
V
V
 
V
V
 
I
F
 
H
D
 
T
A
 
G
D
 
G
A
 
G
R
 
E
N
 
H
A
 
-
F
 
L
A
 
S
S
 
R
L
 
L
V
 
I
E
 
R
Q
 
E
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
H
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
G
G
 
G
N
 
N
A
 
A
L
 
I
A
 
A
T
 
V
H
 
H
D
 
D
M
 
I
E
 
E
G
 
Q
A
 
N
L
 
M
Y
 
M
G
 
G
T
 
T
A
 
S
L
 
L
G
 
G
Q
 
V
G
 
D
I
 
M
Y
 
K
H
 
R
K
 
G
R
 
V
Q
 
A
A
 
V
P
 
R
M
 
G
G
 
G
H
 
H
Y
 
R
H
 
H
H
 
H
L
 
L
D
 
K
C
 
V
I
 
I
N
 
N
A
 
T
V
 
I
R
 
R
E
 
R
A
 
H
G
 
G
G
 
S
I
 
I
A
 
A
A
 
K
A
 
G
V
 
V
R
 
E
S
 
S
G
 
G
L
 
I
I
 
I
R
 
R
D
 
S
G
 
G
V
 
V
M
 
M
H
 
Y
A
 
E
V
 
C
V
 
V
K
 
R
Y
 
N
G
 
Q
V
 
I
P
 
P
F
 
F
V
 
V
L
 
L
A
 
A
G
 
G
S
 
S
I
 
I
R
 
R
D
 
D
D
 
D
G
 
G
P
 
P
L
 
L
P
 
P
D
 
D
V
 
T
I
 
Q
P
 
M
D
 
D
V
 
L
Y
 
I
D
 
K
A
 
A
Q
 
Q
D
 
E
A
 
E
M
 
Y
R
 
A
Q
 
K
L
 
H
V
 
L
S
 
E
R
 
G
A
 
A
T
 
E
T
 
M
V
 
I
V
 
L
A
 
M
L
 
L
A
 
S
T
 
S
Q
 
M
L
 
L
H
 
H
T
 
S
I
 
I
A
 
G
T
 
V
G
 
G
N
 
N
M
 
M
T
 
T
P
 
P
S
 
A
Y
 
-
Q
 
-
V
 
-
L
 
-
E
 
-
D
 
-
G
 
-
G
 
G
V
 
V
R
 
K
P
 
M
V
 
V
H
 
-
F
 
-
F
 
-
V
 
C
V
 
V
D
 
D
M
 
I
S
 
N
E
 
P
F
 
A
A
 
V
A
 
V
G
 
T
K
 
K
L
 
L
A
 
S
D
 
D
R
 
R
G
 
G
S
 
S
L
 
I
S
 
E
A
 
S
R
 
V
A
 
G
I
 
V
L
 
V
T
 
T
N
 
D
V
 
V
Q
 
G
D
 
L
F
 
F
V
 
L
V
 
S
N
 
L
V
 
L
T
 
T
R
 
Q
A
 
Q
L
 
L

Sites not aligning to the query:

6lrgA Crystal structure of the ternary complex of agre with ornithine and NAD+ (see paper)
40% identity, 53% coverage: 175:398/420 of query aligns to 459:671/678 of 6lrgA

query
sites
6lrgA
Y
 
W
E
 
E
I
 
L
L
 
R
R
 
K
H
 
I
D
 
R
R
 
D
E
 
A
N
 
G
G
 
G
F
 
K
I
 
V
V
 
V
W
 
V
V
 
T
A
 
A
G
 
G
P
|
P
A
x
V
V
 
V
V
 
I
F
 
H
D
 
T
A
 
G
D
 
G
A
 
G
R
 
E
N
 
H
A
 
-
F
 
L
A
 
S
S
 
R
L
 
L
V
 
I
E
 
R
Q
 
E
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
H
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
G
G
|
G
N
|
N
A
|
A
L
 
I
A
 
A
T
 
V
H
 
H
D
 
D
M
 
I
E
 
E
G
 
Q
A
 
N
L
 
M
Y
 
M
G
 
G
T
 
T
A
 
S
L
 
L
G
 
G
Q
 
V
G
 
D
I
 
M
Y
 
K
H
 
R
K
 
G
R
 
V
Q
 
A
A
 
V
P
 
R
M
 
G
G
 
G
H
 
H
Y
 
R
H
 
H
H
|
H
L
 
L
D
 
K
C
 
V
I
 
I
N
 
N
A
 
T
V
 
I
R
 
R
E
 
R
A
 
H
G
 
G
G
 
S
I
 
I
A
 
A
A
 
K
A
 
G
V
 
V
R
 
E
S
 
S
G
 
G
L
 
I
I
 
I
R
 
R
D
 
S
G
 
G
V
 
V
M
 
M
H
 
Y
A
 
E
V
 
C
V
 
V
K
 
R
Y
 
N
G
 
Q
V
 
I
P
 
P
F
 
F
V
 
V
L
 
L
A
 
A
G
 
G
S
|
S
I
 
I
R
|
R
D
|
D
D
|
D
G
 
G
P
 
P
L
 
L
P
 
P
D
 
D
V
 
T
I
 
Q
P
 
M
D
 
D
V
 
L
Y
 
I
D
 
K
A
 
A
Q
 
Q
D
 
E
A
 
E
M
 
Y
R
 
A
Q
 
K
L
 
H
V
 
L
S
 
E
R
 
G
A
 
A
T
 
E
T
 
M
V
 
I
V
 
L
A
 
M
L
 
L
A
x
S
T
x
S
Q
x
M
L
 
L
H
|
H
T
 
S
I
 
I
A
 
G
T
 
V
G
 
G
N
 
N
M
 
M
T
 
T
P
 
P
S
 
A
Y
 
-
Q
 
-
V
 
-
L
 
-
E
 
-
D
 
-
G
 
-
G
 
G
V
 
V
R
 
K
P
 
M
V
 
V
H
 
-
F
 
-
F
 
-
V
 
C
V
 
V
D
|
D
M
x
I
S
 
N
E
 
P
F
 
A
A
 
V
A
 
V
G
 
T
K
 
K
L
 
L
A
 
S
D
 
D
R
 
R
G
 
G
S
 
S
L
 
I
S
 
E
A
 
S
R
 
V
A
 
G
I
 
V
L
 
V
T
 
T
N
x
D
V
|
V
Q
 
G
D
 
L
F
 
F
V
 
L
V
 
S
N
 
L
V
 
L
T
 
T
R
 
Q
A
 
Q
L
 
L

Sites not aligning to the query:

6lrhA Crystal structure of the binary complex of agre c264a mutant with l- arginine (see paper)
41% identity, 53% coverage: 175:398/420 of query aligns to 459:669/675 of 6lrhA

query
sites
6lrhA
Y
 
W
E
 
E
I
 
L
L
 
R
R
 
K
H
 
I
D
 
R
R
 
D
E
 
A
N
 
G
G
 
G
F
 
K
I
 
V
V
 
V
W
 
V
V
 
T
A
 
A
G
 
G
P
 
P
A
 
V
V
 
V
V
 
I
F
 
H
D
 
T
A
 
G
D
 
G
A
 
G
R
 
E
N
 
H
A
 
-
F
 
L
A
 
S
S
 
R
L
 
L
V
 
I
E
 
R
Q
 
E
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
H
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
G
G
 
G
N
 
N
A
 
A
L
 
I
A
 
A
T
 
V
H
 
H
D
 
D
M
 
I
E
 
E
G
 
Q
A
 
N
L
 
M
Y
 
M
G
 
G
T
 
T
A
 
S
L
 
L
G
 
G
Q
 
V
G
 
D
I
 
M
Y
 
K
H
 
R
K
 
G
R
 
V
Q
 
A
A
 
V
P
 
R
M
 
G
G
 
G
H
 
H
Y
 
R
H
 
H
H
 
H
L
 
L
D
 
K
C
 
V
I
 
I
N
 
N
A
 
T
V
 
I
R
 
R
E
 
R
A
 
H
G
 
G
G
 
S
I
 
I
A
 
A
A
 
K
A
 
G
V
 
V
R
 
E
S
 
S
G
 
G
L
 
I
I
 
I
R
 
R
D
 
S
G
 
G
V
 
V
M
 
M
H
 
Y
A
 
E
V
 
C
V
 
V
K
 
R
Y
 
N
G
 
Q
V
 
I
P
 
P
F
 
F
V
 
V
L
 
L
A
 
A
G
 
G
S
 
S
I
 
I
R
 
R
D
 
D
D
 
D
G
 
G
P
 
P
L
 
L
P
 
P
D
 
D
V
 
T
I
 
Q
P
 
M
D
 
D
V
 
L
Y
 
I
D
 
K
A
 
A
Q
 
Q
D
 
E
A
 
E
M
 
Y
R
 
A
Q
 
K
L
 
H
V
 
L
S
 
E
R
 
G
A
 
A
T
 
E
T
 
M
V
 
I
V
 
L
A
 
M
L
 
L
A
 
S
T
 
S
Q
 
M
L
 
L
H
 
H
T
 
S
I
 
I
A
 
G
T
 
V
G
 
G
N
 
N
M
 
M
T
 
T
P
 
P
S
 
A
Y
 
-
Q
 
-
V
 
-
L
 
-
E
 
-
D
 
-
G
 
-
G
 
G
V
 
V
R
 
K
P
 
M
V
 
V
H
 
-
F
 
-
F
 
-
V
 
C
V
 
V
D
 
D
M
 
I
S
 
N
E
 
-
F
 
-
A
 
P
A
 
A
G
 
T
K
 
K
L
 
L
A
 
S
D
 
D
R
 
R
G
 
G
S
 
S
L
 
I
S
 
E
A
 
S
R
 
V
A
 
G
I
 
V
L
 
V
T
 
T
N
 
D
V
 
V
Q
 
G
D
 
L
F
 
F
V
 
L
V
 
S
N
 
L
V
 
L
T
 
T
R
 
Q
A
 
Q
L
 
L

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>208792 MicrobesOnline__882:208792
MRYTYQHPDFDAPALRAAPLTRFAPGPADGVAPGGYHATSIFPEYLHVEQGRWVLLERSR
MDCVIRQNPDGTLEVVEFRRLKAGDLVALGRGEHAEEGILVHPAGFSASASDEETGPDAT
PRAPTSPPCGRCGDASVPASAVPPGSPASTQEQPFAFRTGISRETSFSIDYDTLYEILRH
DRENGFIVWVAGPAVVFDADARNAFASLVEQGYVHALLAGNALATHDMEGALYGTALGQG
IYHKRQAPMGHYHHLDCINAVREAGGIAAAVRSGLIRDGVMHAVVKYGVPFVLAGSIRDD
GPLPDVIPDVYDAQDAMRQLVSRATTVVALATQLHTIATGNMTPSYQVLEDGGVRPVHFF
VVDMSEFAAGKLADRGSLSARAILTNVQDFVVNVTRALSPSKPLPRTQENACPKGAEPAK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory