SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 209024 MicrobesOnline__882:209024 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1poy1 Spermidine/putrescine-binding protein complexed with spermidine (dimer form) (see paper)
50% identity, 93% coverage: 25:344/345 of query aligns to 3:322/323 of 1poy1

query
sites
1poy1
V
 
T
L
 
L
N
 
Y
V
 
F
F
 
Y
N
 
N
W
|
W
S
x
T
E
|
E
Y
|
Y
V
 
V
P
 
P
Q
 
P
T
 
G
V
 
L
L
 
L
D
 
E
R
 
Q
F
 
F
T
 
T
K
 
K
E
 
E
T
 
T
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
I
Y
 
Y
T
 
S
T
 
T
Y
 
Y
E
 
E
S
 
S
N
 
N
E
 
E
A
 
T
M
 
M
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
I
 
L
K
 
K
L
 
T
L
 
Y
R
 
K
G
 
D
K
 
G
G
 
A
Y
 
Y
D
 
D
I
 
L
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
|
S
T
 
T
Y
|
Y
F
 
Y
I
 
V
D
 
D
M
 
K
M
 
M
R
 
R
K
 
K
D
 
E
G
 
G
L
 
M
L
 
I
A
 
Q
K
 
K
I
 
I
D
 
D
R
 
K
A
 
S
K
 
K
L
 
L
T
 
T
N
 
N
Y
 
F
A
 
S
N
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
P
R
 
D
V
 
M
L
 
L
H
 
N
Q
 
K
P
 
P
F
 
F
D
 
D
P
 
P
Q
 
N
N
 
N
E
 
D
F
 
Y
S
 
S
V
 
I
P
 
P
Y
 
Y
M
 
I
W
 
W
G
 
G
N
 
A
T
 
T
G
 
A
L
 
I
M
 
G
V
 
V
N
 
N
R
 
G
K
 
D
V
 
A
V
 
V
D
 
D
P
 
P
A
 
K
T
 
S
I
 
V
S
 
T
S
 
S
W
 
W
N
 
A
D
 
D
L
 
L
F
 
W
R
 
K
P
 
P
E
 
E
F
 
Y
K
 
K
G
 
G
G
 
S
V
 
L
I
 
L
L
 
L
S
 
T
D
 
D
D
|
D
L
 
A
R
 
R
D
x
E
T
 
V
F
 
F
G
 
Q
I
 
M
A
 
A
L
 
L
K
 
R
A
 
K
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
V
 
G
N
 
N
S
 
T
T
 
T
S
 
D
E
 
P
A
 
K
E
 
E
I
 
I
K
 
E
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
E
 
N
W
 
E
L
 
L
L
 
K
K
 
K
L
 
L
K
 
M
P
 
P
S
 
N
V
 
V
R
 
A
V
 
A
F
 
F
D
 
N
V
 
S
T
 
D
A
 
N
T
 
P
K
 
A
Q
 
N
A
 
P
F
 
Y
I
 
M
A
 
E
E
 
G
E
 
E
V
 
V
K
 
N
G
 
L
G
 
G
M
 
M
S
 
I
W
|
W
N
 
N
G
 
G
D
 
S
A
 
A
F
 
F
I
 
V
A
 
A
M
 
R
N
 
Q
E
 
A
N
 
G
P
 
T
D
 
P
L
 
I
A
 
D
F
 
V
V
 
V
Y
 
W
P
 
P
K
 
K
E
 
E
G
 
G
L
 
G
P
 
I
L
 
F
W
|
W
V
 
M
D
|
D
S
 
S
L
 
L
A
 
A
I
 
I
P
 
P
I
 
A
G
 
N
A
 
A
E
 
K
H
 
N
K
 
K
D
 
E
N
 
G
A
 
A
H
 
L
K
 
K
F
 
L
I
 
I
D
 
N
F
 
F
L
 
L
L
 
L
R
 
R
P
 
P
D
 
D
I
 
V
A
 
A
K
 
K
L
 
Q
C
 
V
V
 
A
E
 
E
E
 
T
Y
 
I
N
 
G
Y
|
Y
S
 
P
T
 
T
P
 
P
N
 
N
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
R
K
 
K
I
 
L
L
 
L
D
 
S
A
 
P
R
 
E
H
 
V
A
 
A
Q
 
N
S
 
D
R
 
K
A
 
T
T
 
L
S
 
Y
P
 
P
T
 
D
D
 
A
A
 
E
D
 
T
L
 
I
K
 
K
N
 
N
S
 
G
E
 
E
F
 
W
T
x
Q
N
 
N
G
 
D
V
 
V
G
 
G
K
 
A
A
 
A
L
 
S
D
 
S
V
 
I
Y
 
Y
E
 
E
K
 
E
Y
 
Y
W
 
Y
E
 
Q
M
 
K
L
 
L
K
 
K
T
 
A
A
 
G

P0AFK9 Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein; SPBP from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
50% identity, 93% coverage: 25:344/345 of query aligns to 28:347/348 of P0AFK9

query
sites
P0AFK9
V
 
T
L
 
L
N
 
Y
V
 
F
F
 
Y
N
 
N
W
 
W
S
 
T
E
|
E
Y
 
Y
V
 
V
P
 
P
Q
 
P
T
 
G
V
 
L
L
 
L
D
 
E
R
 
Q
F
 
F
T
 
T
K
 
K
E
 
E
T
 
T
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
I
Y
 
Y
T
 
S
T
 
T
Y
 
Y
E
 
E
S
 
S
N
 
N
E
 
E
A
 
T
M
 
M
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
I
 
L
K
 
K
L
 
T
L
 
Y
R
 
K
G
 
D
K
 
G
G
 
A
Y
 
Y
D
 
D
I
 
L
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
T
 
T
Y
|
Y
F
 
Y
I
 
V
D
 
D
M
 
K
M
 
M
R
 
R
K
 
K
D
 
E
G
 
G
L
 
M
L
 
I
A
 
Q
K
 
K
I
 
I
D
 
D
R
 
K
A
 
S
K
 
K
L
 
L
T
 
T
N
 
N
Y
 
F
A
 
S
N
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
P
R
 
D
V
 
M
L
 
L
H
 
N
Q
 
K
P
 
P
F
 
F
D
 
D
P
 
P
Q
 
N
N
 
N
E
 
D
F
 
Y
S
 
S
V
 
I
P
 
P
Y
 
Y
M
 
I
W
 
W
G
 
G
N
 
A
T
 
T
G
 
A
L
 
I
M
 
G
V
 
V
N
 
N
R
 
G
K
 
D
V
 
A
V
 
V
D
 
D
P
 
P
A
 
K
T
 
S
I
 
V
S
 
T
S
 
S
W
 
W
N
 
A
D
 
D
L
 
L
F
 
W
R
 
K
P
 
P
E
 
E
F
 
Y
K
 
K
G
 
G
G
 
S
V
 
L
I
 
L
L
 
L
S
 
T
D
 
D
D
|
D
L
x
A
R
|
R
D
x
E
T
 
V
F
 
F
G
 
Q
I
 
M
A
 
A
L
 
L
K
 
R
A
 
K
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
V
 
G
N
 
N
S
 
T
T
 
T
S
 
D
E
 
P
A
 
K
E
 
E
I
 
I
K
 
E
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
E
 
N
W
 
E
L
 
L
L
 
K
K
 
K
L
 
L
K
 
M
P
 
P
S
 
N
V
 
V
R
 
A
V
 
A
F
 
F
D
 
N
V
 
S
T
 
D
A
 
N
T
 
P
K
 
A
Q
 
N
A
 
P
F
 
Y
I
 
M
A
 
E
E
 
G
E
 
E
V
 
V
K
 
N
G
 
L
G
 
G
M
 
M
S
 
I
W
 
W
N
 
N
G
 
G
D
 
S
A
 
A
F
 
F
I
 
V
A
 
A
M
 
R
N
 
Q
E
 
A
N
 
G
P
 
T
D
 
P
L
 
I
A
 
D
F
 
V
V
 
V
Y
 
W
P
 
P
K
 
K
E
 
E
G
 
G
L
 
G
P
 
I
L
 
F
W
 
W
V
 
M
D
 
D
S
 
S
L
 
L
A
 
A
I
 
I
P
 
P
I
 
A
G
 
N
A
 
A
E
 
K
H
 
N
K
 
K
D
 
E
N
 
G
A
 
A
H
 
L
K
 
K
F
 
L
I
 
I
D
 
N
F
 
F
L
 
L
L
 
L
R
 
R
P
 
P
D
 
D
I
 
V
A
 
A
K
 
K
L
 
Q
C
 
V
V
 
A
E
 
E
E
 
T
Y
 
I
N
 
G
Y
 
Y
S
 
P
T
 
T
P
 
P
N
 
N
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
R
K
 
K
I
 
L
L
 
L
D
 
S
A
 
P
R
 
E
H
 
V
A
 
A
Q
 
N
S
 
D
R
 
K
A
 
T
T
 
L
S
 
Y
P
 
P
T
 
D
D
 
A
A
 
E
D
 
T
L
 
I
K
 
K
N
 
N
S
 
G
E
 
E
F
 
W
T
x
Q
N
 
N
G
 
D
V
 
V
G
 
G
K
 
A
A
 
A
L
 
S
D
 
S
V
 
I
Y
 
Y
E
 
E
K
 
E
Y
 
Y
W
 
Y
E
 
Q
M
 
K
L
 
L
K
 
K
T
 
A
A
 
G

Sites not aligning to the query:

7xjnA Structure of vcpotd1 in complex with norspermidine
47% identity, 92% coverage: 26:342/345 of query aligns to 5:320/322 of 7xjnA

query
sites
7xjnA
L
 
L
N
 
Y
V
 
F
F
 
Y
N
 
N
W
|
W
S
|
S
E
|
E
Y
|
Y
V
 
I
P
 
P
Q
 
S
T
 
E
V
 
V
L
 
L
D
 
E
R
 
D
F
 
F
T
 
T
K
 
K
E
 
E
T
 
T
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
I
Y
 
Y
T
 
S
T
 
T
Y
 
Y
E
 
E
S
 
S
N
 
N
E
 
E
A
 
S
M
 
M
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
I
 
L
K
 
K
L
 
T
L
 
-
R
 
Q
G
 
G
K
 
A
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
I
 
L
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
|
S
T
 
T
Y
|
Y
F
 
F
I
 
V
D
 
S
M
 
K
M
 
M
R
 
R
K
 
K
D
 
E
G
 
G
L
 
M
L
 
L
A
 
Q
K
 
E
I
 
I
D
 
D
R
 
H
A
 
S
K
 
K
L
 
L
T
 
S
N
 
H
Y
 
F
A
 
K
N
 
D
L
 
L
D
 
D
P
 
P
R
 
N
V
 
Y
L
 
L
H
 
N
Q
 
K
P
 
P
F
 
F
D
 
D
P
 
P
Q
 
G
N
 
N
E
 
K
F
 
F
S
 
S
V
 
I
P
 
P
Y
 
Y
M
 
I
W
 
W
G
 
G
N
 
A
T
 
T
G
 
G
L
 
I
M
 
G
V
 
I
N
 
N
R
 
T
K
 
D
V
 
M
V
 
L
D
 
D
P
 
K
A
 
K
T
 
S
I
 
L
S
 
K
S
 
N
W
 
W
N
 
G
D
 
D
L
 
L
F
 
W
R
 
D
P
 
A
E
 
K
F
 
W
K
 
A
G
 
G
G
 
Q
V
 
L
I
 
M
L
 
L
S
 
M
D
 
D
D
|
D
L
 
A
R
 
R
D
x
E
T
 
V
F
 
F
G
 
H
I
 
I
A
 
A
L
 
L
K
 
S
A
 
K
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
V
 
P
N
 
N
S
 
T
T
 
T
S
 
N
E
 
P
A
 
K
E
 
E
I
 
I
K
 
K
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
E
 
R
W
 
E
L
 
L
L
 
K
K
 
K
L
 
L
K
 
M
P
 
P
S
 
N
V
 
V
R
 
L
V
 
V
F
 
F
D
 
N
V
 
S
T
 
D
A
 
F
T
 
P
K
 
A
Q
 
N
A
 
P
F
 
Y
I
 
L
A
 
A
E
 
G
E
 
E
V
 
V
K
 
S
G
 
L
G
 
G
M
 
M
S
 
L
W
|
W
N
 
N
G
 
G
D
 
S
A
 
A
F
 
Y
I
 
M
A
 
A
M
 
R
N
 
Q
E
 
E
N
 
G
P
 
A
D
 
P
L
 
I
A
 
Q
F
 
I
V
 
I
Y
 
W
P
 
P
K
 
E
E
 
K
G
 
G
L
 
T
P
 
I
L
 
F
W
|
W
V
 
M
D
|
D
S
 
S
L
 
I
A
 
S
I
 
I
P
 
P
I
 
A
G
 
G
A
 
A
E
 
K
H
 
N
K
 
I
D
 
E
N
 
A
A
 
A
H
 
H
K
 
K
F
 
M
I
 
I
D
 
D
F
 
F
L
 
L
L
 
L
R
 
R
P
 
P
D
 
E
I
 
N
A
 
A
K
 
A
L
 
K
C
 
I
V
 
A
E
 
L
E
 
E
Y
 
I
N
 
G
Y
|
Y
S
 
P
T
 
T
P
 
P
N
 
V
L
 
K
A
 
T
A
 
A
Q
 
H
K
 
D
I
 
L
L
 
L
D
 
P
A
 
K
R
 
E
H
 
F
A
 
A
Q
 
N
S
 
D
R
 
P
A
 
S
T
 
I
S
 
Y
P
 
P
T
 
P
D
 
Q
A
 
S
D
 
V
L
 
I
K
 
D
N
 
N
S
 
G
E
 
E
F
 
W
T
x
Q
N
 
D
G
 
E
V
 
V
G
 
G
K
 
E
A
 
A
L
 
S
D
 
V
V
 
L
Y
 
Y
E
 
D
K
 
E
Y
 
Y
W
 
F
E
 
Q
M
 
K
L
 
L
K
 
K

4eqbA 1.5 angstrom crystal structure of spermidine/putrescine abc transporter substrate-binding protein potd from streptococcus pneumoniae strain canada mdr_19a in complex with calcium and hepes
37% identity, 90% coverage: 26:337/345 of query aligns to 4:303/323 of 4eqbA

query
sites
4eqbA
L
 
L
N
 
V
V
 
I
F
 
Y
N
 
N
W
 
W
S
 
G
E
 
D
Y
 
Y
V
 
I
P
 
D
Q
 
P
T
 
E
V
 
L
L
 
L
D
 
T
R
x
Q
F
 
F
T
 
T
K
 
E
E
 
E
T
 
T
G
 
G
I
 
I
K
 
Q
V
 
V
V
 
Q
Y
 
Y
T
 
E
T
 
T
Y
 
F
E
 
D
S
 
S
N
 
N
E
 
E
A
 
A
M
 
M
Y
 
Y
A
 
T
K
 
K
I
 
I
K
 
K
L
 
Q
L
 
-
R
 
G
G
 
G
K
 
T
G
 
T
Y
 
Y
D
 
D
I
 
I
V
 
A
V
 
I
P
 
P
S
 
S
T
 
E
Y
 
Y
F
 
M
I
 
I
D
 
N
M
 
K
M
 
M
R
 
K
K
 
D
D
 
E
G
 
D
L
 
L
L
 
L
A
 
V
K
 
P
I
 
L
D
 
D
R
 
Y
A
 
S
K
 
K
L
 
I
T
 
E
N
 
G
Y
 
I
A
 
E
N
 
N
L
 
I
D
 
G
P
 
P
R
 
E
V
 
F
L
 
L
H
 
N
Q
 
Q
P
 
S
F
 
F
D
 
D
P
 
P
Q
 
G
N
 
N
E
 
K
F
 
F
S
 
S
V
 
I
P
 
P
Y
 
Y
M
 
F
W
 
W
G
 
G
N
 
T
T
 
L
G
 
G
L
 
I
M
 
V
V
 
Y
N
 
N
R
 
E
K
 
T
V
 
M
V
 
V
D
 
D
P
 
E
A
 
A
T
 
P
I
 
-
S
 
E
S
 
H
W
 
W
N
 
D
D
 
D
L
 
L
F
 
W
R
 
K
P
 
L
E
 
E
F
 
Y
K
 
K
G
 
N
G
 
S
V
 
I
I
 
M
L
 
L
S
 
F
D
 
D
D
 
G
L
 
A
R
 
R
D
 
E
T
 
V
F
 
L
G
 
G
I
 
L
A
 
G
L
 
L
K
 
N
A
 
S
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
V
 
L
N
 
N
S
 
S
T
 
K
S
 
D
E
 
P
A
 
Q
E
 
Q
I
 
L
K
 
E
A
 
E
A
 
T
Y
 
V
E
 
D
W
 
K
L
 
L
L
 
Y
K
 
K
L
 
L
K
 
T
P
 
P
S
 
N
V
 
I
R
 
K
V
 
A
F
 
I
D
 
V
V
 
A
T
 
D
A
 
E
T
 
M
K
 
K
Q
 
G
A
 
Y
F
 
M
I
 
I
A
 
Q
E
 
N
E
 
N
V
 
V
K
 
A
G
 
I
G
 
G
M
 
V
S
 
T
W
 
F
N
 
S
G
 
G
D
 
E
A
 
A
F
 
S
I
 
Q
A
 
M
M
 
L
N
 
E
E
 
K
N
 
N
P
 
E
D
 
N
L
 
L
A
 
R
F
 
Y
V
 
V
Y
 
V
P
 
P
K
 
T
E
 
E
G
 
A
L
 
S
P
 
N
L
 
L
W
 
W
V
 
F
D
 
D
S
 
N
L
 
M
A
 
V
I
 
I
P
 
P
I
 
K
G
 
T
A
 
V
E
 
K
H
 
N
K
 
Q
D
 
D
N
 
S
A
 
A
H
 
Y
K
 
A
F
 
F
I
 
I
D
 
N
F
 
F
L
 
M
L
 
L
R
 
K
P
 
P
D
 
E
I
x
N
A
 
A
K
 
L
L
 
Q
C
 
N
V
 
A
E
 
E
E
 
Y
Y
 
V
N
 
G
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
P
 
P
N
 
N
L
 
L
A
 
P
A
 
A
Q
 
K
K
 
E
I
 
L
L
 
L
D
 
P
A
 
E
R
 
E
H
 
T
A
 
K
Q
 
E
S
 
D
R
 
K
A
 
A
T
 
F
S
 
Y
P
 
P
T
 
D
D
 
V
A
 
E
D
 
T
L
 
M
K
 
K
N
 
H
S
 
-
E
 
-
F
 
-
T
 
-
N
 
-
G
 
-
V
 
-
G
 
-
K
 
-
A
 
-
L
 
L
D
 
E
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
K
 
K
Y
 
F

Sites not aligning to the query:

Q9I6J0 Spermidine-binding periplasmic protein SpuE from Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (see paper)
34% identity, 100% coverage: 1:344/345 of query aligns to 1:364/365 of Q9I6J0

query
sites
Q9I6J0
M
 
M
Q
 
Q
R
 
H
L
 
S
L
 
I
A
 
G
-
 
K
T
 
T
V
 
L
V
 
L
M
 
V
L
 
A
L
 
A
L
 
L
W
 
A
T
 
T
G
 
A
V
 
I
A
 
A
-
 
G
-
 
P
V
 
V
S
 
Q
A
 
A
E
 
E
P
 
K
K
 
K
V
 
S
L
 
L
N
 
H
V
 
I
F
 
Y
N
 
N
W
 
W
S
x
T
E
 
D
Y
 
Y
V
 
I
P
 
A
Q
 
P
T
 
T
V
 
T
L
 
L
D
 
K
R
 
D
F
 
F
T
 
T
K
 
K
E
 
E
T
 
S
G
 
G
I
 
I
K
 
D
V
 
V
V
 
S
Y
 
Y
T
 
D
T
 
V
Y
 
F
E
 
D
S
 
S
N
 
N
E
 
E
A
 
T
M
 
L
Y
 
E
A
 
G
K
 
K
I
 
-
K
 
-
L
 
L
L
 
V
R
 
S
G
 
G
-
 
H
K
 
S
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
I
 
I
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
T
 
N
Y
 
N
F
 
F
I
 
L
D
 
G
M
 
K
M
 
Q
R
 
I
K
 
Q
D
 
A
G
 
G
L
 
A
L
 
F
A
 
Q
K
 
K
I
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
S
K
 
K
L
 
L
T
 
P
N
 
N
Y
 
W
A
 
K
N
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
P
R
 
A
V
 
L
L
 
L
H
 
K
Q
 
Q
-
 
L
-
 
E
P
 
V
F
 
S
D
 
D
P
 
P
Q
 
G
N
 
N
E
 
Q
F
 
Y
S
 
A
V
 
V
P
 
P
Y
 
Y
M
 
L
W
 
W
G
 
G
N
 
T
T
 
N
G
 
G
L
 
I
M
 
G
V
 
Y
N
 
N
-
 
V
-
 
A
-
 
K
-
 
V
R
 
K
K
 
E
V
 
V
V
 
L
D
 
G
P
 
D
A
 
Q
T
 
P
I
 
I
S
 
D
S
 
S
W
 
W
N
 
A
D
 
I
L
 
L
F
 
F
R
 
E
P
 
P
E
 
E
-
 
N
-
 
M
-
 
K
-
 
K
-
 
L
F
 
A
K
 
K
G
 
C
G
 
G
V
 
V
I
 
A
L
 
F
S
 
M
D
 
D
D
 
S
L
 
G
R
 
D
D
x
E
T
 
M
F
 
L
G
 
P
I
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
N
A
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
L
S
 
D
V
 
P
N
 
N
S
 
T
T
 
H
S
 
D
E
 
P
A
 
K
E
 
D
I
 
Y
K
 
K
A
 
K
A
 
A
Y
 
E
E
 
E
W
 
V
L
 
L
L
 
T
K
 
K
L
 
V
K
 
R
P
 
P
S
 
Y
V
 
V
R
 
S
V
 
Y
F
 
F
D
 
H
V
 
S
T
 
S
A
 
K
T
 
Y
K
 
I
Q
 
S
A
 
D
F
 
L
I
 
A
A
 
N
E
 
G
E
 
N
V
 
I
K
 
C
G
 
V
G
 
A
M
 
F
S
 
G
W
 
Y
N
 
S
G
 
G
D
|
D
A
 
V
F
 
F
I
 
Q
A
 
A
M
 
A
-
 
A
-
 
R
-
 
A
-
 
E
-
 
E
-
 
A
N
 
G
E
 
K
N
 
G
P
 
I
D
 
D
L
 
I
A
 
Q
F
 
Y
V
 
V
Y
 
I
P
 
P
K
 
K
E
 
E
G
 
G
L
 
A
P
x
N
L
 
L
W
|
W
V
 
F
D
 
D
S
 
L
L
 
M
A
 
A
I
 
I
P
 
P
I
 
A
G
 
D
A
 
A
E
 
K
H
 
A
K
 
A
D
 
D
N
 
N
A
 
A
H
 
Y
K
 
A
F
 
F
I
 
I
D
 
D
F
 
Y
L
 
L
L
 
L
R
 
R
P
 
P
D
 
E
I
 
V
A
 
I
K
 
A
L
 
K
C
 
V
V
 
S
E
 
D
E
 
Y
Y
 
V
N
 
G
Y
 
Y
S
 
A
T
 
N
P
 
A
N
 
I
L
 
P
A
 
G
A
 
A
Q
 
R
K
 
P
I
 
L
L
 
M
D
 
D
A
 
K
R
 
S
H
 
V
A
 
S
Q
 
D
S
 
S
R
 
E
A
 
E
T
 
V
S
 
Y
P
 
P
T
 
P
D
 
Q
A
 
A
D
 
V
L
 
L
K
 
-
N
 
D
S
 
K
E
 
L
F
 
Y
T
 
V
N
 
S
G
 
A
V
 
V
-
 
L
-
 
P
G
 
A
K
 
K
A
 
V
L
 
L
D
 
R
V
 
L
Y
 
Q
E
 
T
K
 
R
Y
 
T
W
 
W
E
 
T
M
 
R
L
 
I
K
 
K
T
 
T
A
 
G

Q9I6J1 Putrescine-binding periplasmic protein SpuD from Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (see paper)
34% identity, 92% coverage: 1:319/345 of query aligns to 2:340/367 of Q9I6J1

query
sites
Q9I6J1
M
 
M
Q
 
K
R
 
R
L
 
F
L
 
G
A
 
K
T
 
T
V
 
L
V
 
L
M
 
A
L
 
L
L
 
T
L
 
L
W
 
A
-
 
G
-
 
S
-
 
V
T
 
A
G
 
G
V
 
M
A
 
A
V
 
Q
S
 
A
A
 
A
E
 
D
P
 
N
K
 
K
V
 
V
L
 
L
N
 
H
V
 
V
F
 
Y
N
 
N
W
 
W
S
|
S
E
x
D
Y
 
Y
V
 
I
P
 
A
Q
 
P
T
 
D
V
 
T
L
 
L
D
 
E
R
 
K
F
 
F
T
 
T
K
 
K
E
 
E
T
 
T
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
T
 
D
T
 
V
Y
 
Y
E
 
D
S
 
S
N
 
N
E
 
E
A
 
V
M
 
L
Y
 
E
A
 
A
K
 
-
I
 
-
K
 
K
L
 
L
L
 
L
R
 
A
G
 
G
K
 
K
-
 
S
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
I
 
V
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
T
 
N
Y
 
S
F
 
F
I
 
L
D
 
A
M
 
K
M
 
Q
R
 
I
K
 
K
D
 
A
G
 
G
L
 
V
L
 
Y
A
 
Q
K
 
K
I
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
S
K
 
K
L
 
L
T
 
P
N
 
N
Y
 
W
A
 
K
N
 
N
L
 
L
D
 
N
P
 
K
R
 
D
V
 
L
L
 
M
H
 
H
-
 
T
-
 
L
Q
 
E
P
 
V
F
 
S
D
 
D
P
 
P
Q
 
G
N
 
N
E
 
E
F
 
H
S
 
A
V
 
I
P
 
P
Y
 
Y
M
 
M
W
 
W
G
 
G
N
 
T
T
 
I
G
 
G
L
 
I
M
 
G
V
 
Y
N
 
N
R
 
P
K
 
D
V
 
K
V
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
F
-
 
G
D
 
D
P
 
N
A
 
A
T
 
P
I
 
V
S
 
D
S
 
S
W
 
W
N
 
D
D
 
L
L
 
V
F
 
F
R
 
K
P
 
P
E
 
E
F
 
N
-
 
I
-
 
Q
-
 
K
-
 
L
-
 
K
K
 
Q
G
x
C
G
 
G
V
 
V
I
 
S
L
 
F
S
 
L
D
 
D
D
 
S
L
 
P
R
 
T
D
 
E
T
 
I
F
 
L
G
 
P
I
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
H
A
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
S
 
K
V
 
P
N
 
D
S
 
T
T
 
D
S
 
N
E
 
P
A
 
K
E
 
E
I
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
Y
 
E
E
 
E
W
 
L
L
 
F
L
 
L
K
 
K
L
 
I
K
 
R
P
 
P
S
 
Y
V
 
V
R
 
T
V
 
Y
F
 
F
D
 
H
V
 
S
T
 
S
A
 
K
T
 
Y
K
 
I
Q
 
S
A
 
D
F
 
L
I
 
A
A
 
N
E
 
G
E
 
N
V
 
I
K
x
C
G
 
V
G
 
A
M
 
I
S
 
G
W
 
Y
N
 
S
G
 
G
D
|
D
A
 
I
F
 
Y
I
 
Q
A
 
A
M
 
K
N
 
S
E
 
R
N
 
A
P
 
E
D
 
E
-
 
A
-
 
K
-
 
N
-
 
K
-
 
V
-
 
T
L
 
V
A
 
K
F
 
Y
V
 
N
Y
 
I
P
 
P
K
 
K
E
 
E
G
 
G
L
 
A
P
 
G
L
 
S
W
x
F
V
 
F
D
|
D
S
 
M
L
 
V
A
 
A
I
 
I
P
 
P
I
 
K
G
 
D
A
 
A
E
 
E
H
 
N
K
 
T
D
 
E
N
 
G
A
 
A
H
 
L
K
 
A
F
 
F
I
 
V
D
 
N
F
 
F
L
 
L
L
 
M
R
 
K
P
 
P
D
 
E
I
 
I
A
 
M
K
 
A
L
 
E
C
 
I
V
 
T
E
 
D
E
 
V
Y
 
V
N
 
Q
Y
 
F
S
 
P
T
 
N
P
 
G
N
 
N
L
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
T
K
 
P
I
 
L
L
 
V
D
 
S
A
 
E
R
 
A
H
 
I
A
 
R
Q
 
N
S
 
D
R
 
P
A
 
G
T
 
I
S
 
Y
P
 
P
T
 
S
D
 
E
A
 
E
D
 
V
L
 
M
K
 
K

3ttnA Crystal structures of polyamine receptors spud and spue from pseudomonas aeruginosa (see paper)
34% identity, 92% coverage: 26:342/345 of query aligns to 2:335/335 of 3ttnA

query
sites
3ttnA
L
 
L
N
 
H
V
 
I
F
 
Y
N
 
N
W
|
W
S
x
T
E
 
D
Y
|
Y
V
 
I
P
 
A
Q
 
P
T
 
T
V
 
T
L
 
L
D
 
K
R
 
D
F
 
F
T
 
T
K
 
K
E
 
E
T
 
S
G
 
G
I
 
I
K
 
D
V
 
V
V
 
S
Y
 
Y
T
 
D
T
 
V
Y
 
F
E
 
D
S
 
S
N
 
N
E
 
E
A
 
T
M
 
L
Y
 
E
A
 
G
K
 
K
I
 
-
K
 
-
L
 
L
L
 
V
R
 
S
G
 
G
-
 
H
K
 
S
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
I
 
I
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
|
S
T
 
N
Y
 
N
F
 
F
I
 
L
D
 
G
M
 
K
M
 
Q
R
 
I
K
 
Q
D
 
A
G
 
G
L
 
A
L
 
F
A
 
Q
K
 
K
I
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
S
K
 
K
L
 
L
T
 
P
N
 
N
Y
 
W
A
 
K
N
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
P
R
 
A
V
 
L
L
 
L
H
 
K
Q
 
Q
-
 
L
-
 
E
P
 
V
F
 
S
D
 
D
P
 
P
Q
 
G
N
 
N
E
 
Q
F
 
Y
S
 
A
V
 
V
P
 
P
Y
 
Y
M
 
L
W
 
W
G
 
G
N
 
T
T
 
N
G
 
G
L
 
I
M
 
G
V
 
Y
N
 
N
-
 
V
-
 
A
-
 
K
-
 
V
R
 
K
K
 
E
V
 
V
V
 
L
D
 
G
P
 
D
A
 
Q
T
 
P
I
 
I
S
 
D
S
 
S
W
 
W
N
 
A
D
 
I
L
 
L
F
 
F
R
 
E
P
 
P
E
 
E
-
 
N
-
 
M
-
 
K
-
 
K
-
 
L
F
 
A
K
 
K
G
 
C
G
 
G
V
 
V
I
 
A
L
 
F
S
 
M
D
 
D
D
 
S
L
 
G
R
 
D
D
x
E
T
 
M
F
 
L
G
 
P
I
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
N
A
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
L
S
 
D
V
 
P
N
 
N
S
 
T
T
 
H
S
 
D
E
 
P
A
 
K
E
 
D
I
 
Y
K
 
K
A
 
K
A
 
A
Y
 
E
E
 
E
W
 
V
L
 
L
L
 
T
K
 
K
L
 
V
K
 
R
P
 
P
S
 
Y
V
 
V
R
 
S
V
 
Y
F
 
F
D
 
H
V
 
S
T
 
S
A
 
K
T
 
Y
K
 
I
Q
 
S
A
 
D
F
 
L
I
 
A
A
 
N
E
 
G
E
 
N
V
 
I
K
 
C
G
 
V
G
 
A
M
 
F
S
 
G
W
x
Y
N
 
S
G
 
G
D
|
D
A
 
V
F
 
F
I
 
Q
A
 
A
M
 
A
-
 
A
-
 
R
-
 
A
-
 
E
-
 
E
-
 
A
N
 
G
E
 
K
N
 
G
P
 
I
D
 
D
L
 
I
A
 
Q
F
 
Y
V
 
V
Y
 
I
P
 
P
K
 
K
E
 
E
G
 
G
L
 
A
P
x
N
L
 
L
W
|
W
V
 
F
D
|
D
S
 
L
L
 
M
A
 
A
I
 
I
P
 
P
I
 
A
G
 
D
A
 
A
E
 
K
H
 
A
K
 
A
D
 
D
N
 
N
A
 
A
H
 
Y
K
 
A
F
 
F
I
 
I
D
 
D
F
 
Y
L
 
L
L
 
L
R
 
R
P
 
P
D
 
E
I
 
V
A
 
I
K
 
A
L
 
K
C
 
V
V
 
S
E
 
D
E
 
Y
Y
 
V
N
 
G
Y
|
Y
S
 
A
T
 
N
P
 
A
N
 
I
L
 
P
A
 
G
A
 
A
Q
 
R
K
 
P
I
 
L
L
 
M
D
 
D
A
 
K
R
 
S
H
 
V
A
 
S
Q
 
D
S
 
S
R
 
E
A
 
E
T
 
V
S
 
Y
P
 
P
T
 
P
D
 
Q
A
 
A
D
 
V
L
 
L
K
 
-
N
 
D
S
 
K
E
 
L
F
 
Y
T
 
V
N
 
S
G
 
A
V
 
V
-
 
L
-
 
P
G
 
A
K
 
K
A
 
V
L
 
L
D
 
R
V
 
L
Y
 
Q
E
 
T
K
 
R
Y
 
T
W
 
W
E
 
T
M
 
R
L
 
I
K
 
K

7oywA E.Coli's putrescine receptor variant potf/d (4jdf) with mutations e39d f88l s247d in complex with spermidine (see paper)
32% identity, 93% coverage: 24:344/345 of query aligns to 2:341/348 of 7oywA

query
sites
7oywA
K
 
K
V
 
T
L
 
L
N
 
H
V
 
I
F
 
Y
N
 
N
W
|
W
S
x
T
E
x
D
Y
|
Y
V
 
I
P
 
A
Q
 
P
T
 
D
V
 
T
L
 
V
D
 
A
R
 
N
F
 
F
T
 
E
K
 
K
E
 
E
T
 
T
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
T
 
D
T
 
V
Y
 
F
E
 
D
S
 
S
N
|
N
E
 
E
A
 
V
M
 
L
Y
 
E
A
 
G
K
 
K
I
x
L
K
 
-
L
x
M
L
 
A
R
x
G
G
 
S
K
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
L
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
|
S
T
 
A
Y
 
Y
F
 
L
I
 
L
D
 
E
M
 
R
M
 
Q
R
 
L
K
 
T
D
x
A
G
|
G
L
x
V
L
 
F
A
 
Q
K
 
P
I
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
S
K
 
K
L
 
L
T
 
P
N
 
E
Y
 
W
A
 
K
N
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
P
R
 
E
V
x
L
L
 
L
H
 
K
-
 
L
-
 
V
Q
 
A
P
 
K
F
 
H
D
 
D
P
 
P
Q
 
D
N
 
N
E
 
K
F
 
F
S
 
A
V
 
M
P
 
P
Y
 
Y
M
 
M
W
|
W
G
 
A
N
 
T
T
 
T
G
 
G
L
 
I
M
 
G
V
 
Y
N
 
N
R
 
V
K
 
D
V
 
K
V
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
G
D
 
E
P
 
N
A
 
A
T
 
P
I
 
V
S
 
D
S
 
S
W
 
W
N
 
D
D
 
L
L
 
I
F
 
L
R
 
K
P
 
P
E
 
E
F
 
N
-
 
L
-
 
E
-
 
K
-
 
L
-
 
K
K
 
S
G
 
C
G
 
G
V
 
V
I
 
S
L
 
F
S
 
L
D
 
D
D
 
D
L
 
P
R
 
E
D
x
E
T
 
V
F
 
F
G
 
A
I
 
T
A
 
V
L
 
L
K
 
N
A
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
K
S
 
D
V
 
P
N
 
N
S
 
S
T
 
T
S
 
K
E
 
A
A
 
D
E
 
D
I
 
Y
K
 
T
A
 
G
-
 
P
A
 
A
Y
 
T
E
 
D
W
 
L
L
 
L
L
 
L
K
 
K
L
 
L
K
 
R
P
 
P
S
 
N
V
 
I
R
 
R
V
 
Y
F
 
F
D
 
H
V
 
S
T
 
S
A
 
Q
T
 
Y
K
 
I
Q
 
N
A
 
D
F
 
L
I
 
A
A
 
N
E
 
G
E
 
D
V
 
I
K
 
C
G
 
V
G
 
A
M
 
I
S
 
G
W
|
W
N
 
A
G
 
G
D
|
D
A
 
V
F
 
W
I
 
Q
A
 
A
M
 
S
N
 
N
E
 
R
N
 
A
P
 
K
D
 
E
-
 
A
-
 
K
-
 
N
-
 
G
-
 
V
-
 
N
L
 
V
A
 
S
F
 
F
V
 
S
Y
 
I
P
 
P
K
 
K
E
 
E
G
 
G
L
 
A
P
 
M
L
 
A
W
|
W
V
 
F
D
|
D
S
 
V
L
 
F
A
 
A
I
 
M
P
 
P
I
 
A
G
 
D
A
 
A
E
 
K
H
 
N
K
 
K
D
 
D
N
 
E
A
 
A
H
 
Y
K
 
Q
F
 
F
I
 
L
D
 
N
F
 
Y
L
 
L
L
 
L
R
 
R
P
 
P
D
 
D
I
 
V
A
 
V
K
 
A
L
 
H
C
 
I
V
 
S
E
 
D
E
 
H
Y
 
V
N
 
F
Y
|
Y
S
x
A
T
x
N
P
 
A
N
|
N
L
x
K
A
 
A
A
 
A
Q
x
T
K
 
P
I
 
L
L
 
V
D
 
S
A
 
A
R
 
E
H
 
V
A
 
R
Q
 
E
S
 
N
R
 
P
A
 
G
T
 
I
S
x
Y
P
 
P
T
x
P
D
 
-
A
|
A
D
|
D
L
 
V
K
x
R
N
 
A
S
 
K
E
 
L
F
 
F
T
 
T
N
 
Q
G
 
K
V
 
V
G
 
Q
-
 
D
-
 
P
K
 
K
A
 
I
L
 
D
D
 
R
V
 
V
Y
 
R
E
 
T
K
 
R
Y
 
A
W
 
W
E
 
T
M
 
K
L
 
V
K
 
K
T
 
S
A
 
G

7oyvA E.Coli's putrescine receptor variant potf/d (4jdf) with mutations e39d f88a s247d in complex with spermidine (see paper)
32% identity, 93% coverage: 24:344/345 of query aligns to 2:341/341 of 7oyvA

query
sites
7oyvA
K
|
K
V
x
T
L
 
L
N
 
H
V
 
I
F
 
Y
N
 
N
W
|
W
S
x
T
E
x
D
Y
|
Y
V
 
I
P
 
A
Q
 
P
T
 
D
V
 
T
L
 
V
D
 
A
R
 
N
F
 
F
T
x
E
K
|
K
E
 
E
T
 
T
G
|
G
I
|
I
K
|
K
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
T
 
D
T
 
V
Y
 
F
E
 
D
S
 
S
N
|
N
E
 
E
A
 
V
M
 
L
Y
 
E
A
 
G
K
 
K
I
 
L
K
 
-
L
 
M
L
 
A
R
 
G
G
 
S
K
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
L
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
|
S
T
 
A
Y
|
Y
F
 
A
I
 
L
D
 
E
M
 
R
M
 
Q
R
 
L
K
 
T
D
 
A
G
 
G
L
 
V
L
 
F
A
 
Q
K
 
P
I
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
S
K
 
K
L
 
L
T
 
P
N
 
E
Y
 
W
A
 
K
N
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
P
R
 
E
V
 
L
L
 
L
H
 
K
-
x
L
-
 
V
Q
 
A
P
 
K
F
 
H
D
 
D
P
 
P
Q
 
D
N
 
N
E
 
K
F
 
F
S
 
A
V
 
M
P
 
P
Y
 
Y
M
 
M
W
|
W
G
 
A
N
 
T
T
 
T
G
 
G
L
 
I
M
 
G
V
 
Y
N
 
N
R
 
V
K
 
D
V
 
K
V
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
G
D
 
E
P
 
N
A
 
A
T
 
P
I
 
V
S
 
D
S
 
S
W
 
W
N
 
D
D
 
L
L
 
I
F
 
L
R
 
K
P
 
P
E
 
E
F
 
N
-
 
L
-
 
E
-
 
K
-
 
L
-
 
K
K
 
S
G
 
C
G
 
G
V
 
V
I
 
S
L
 
F
S
 
L
D
 
D
D
 
D
L
 
P
R
 
E
D
x
E
T
 
V
F
 
F
G
 
A
I
 
T
A
 
V
L
 
L
K
 
N
A
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
K
S
 
D
V
 
P
N
 
N
S
 
S
T
 
T
S
 
K
E
 
A
A
 
D
E
 
D
I
 
Y
K
 
T
A
 
G
-
 
P
A
 
A
Y
 
T
E
 
D
W
 
L
L
 
L
L
 
L
K
 
K
L
 
L
K
 
R
P
 
P
S
 
N
V
 
I
R
 
R
V
 
Y
F
 
F
D
 
H
V
 
S
T
 
S
A
 
Q
T
 
Y
K
 
I
Q
 
N
A
 
D
F
 
L
I
 
A
A
 
N
E
 
G
E
 
D
V
 
I
K
 
C
G
 
V
G
 
A
M
 
I
S
 
G
W
|
W
N
 
A
G
 
G
D
|
D
A
 
V
F
 
W
I
 
Q
A
 
A
M
 
S
N
 
N
E
 
R
N
 
A
P
 
K
D
 
E
-
 
A
-
 
K
-
 
N
-
 
G
-
 
V
-
 
N
L
 
V
A
 
S
F
 
F
V
 
S
Y
 
I
P
 
P
K
 
K
E
 
E
G
 
G
L
 
A
P
 
M
L
 
A
W
|
W
V
 
F
D
|
D
S
 
V
L
 
F
A
 
A
I
 
M
P
 
P
I
 
A
G
 
D
A
 
A
E
x
K
H
x
N
K
 
K
D
 
D
N
 
E
A
 
A
H
 
Y
K
 
Q
F
 
F
I
 
L
D
 
N
F
 
Y
L
 
L
L
 
L
R
 
R
P
 
P
D
 
D
I
 
V
A
 
V
K
 
A
L
 
H
C
 
I
V
 
S
E
 
D
E
 
H
Y
 
V
N
 
F
Y
|
Y
S
 
A
T
 
N
P
 
A
N
 
N
L
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
T
K
 
P
I
 
L
L
 
V
D
 
S
A
 
A
R
 
E
H
 
V
A
 
R
Q
 
E
S
 
N
R
 
P
A
 
G
T
 
I
S
 
Y
P
 
P
T
x
P
D
 
-
A
|
A
D
 
D
L
 
V
K
x
R
N
 
A
S
 
K
E
 
L
F
 
F
T
 
T
N
 
Q
G
 
K
V
 
V
G
 
Q
-
 
D
-
 
P
K
 
K
A
 
I
L
 
D
D
 
R
V
 
V
Y
 
R
E
 
T
K
 
R
Y
 
A
W
 
W
E
 
T
M
 
K
L
 
V
K
 
K
T
 
S
A
 
G

Sites not aligning to the query:

7oyxB E.Coli's putrescine receptor variant potf/d (4jdf) with mutations e39d y87s f88y s247d in complex with spermidine (see paper)
32% identity, 93% coverage: 24:344/345 of query aligns to 2:341/347 of 7oyxB

query
sites
7oyxB
K
|
K
V
x
T
L
 
L
N
 
H
V
 
I
F
 
Y
N
 
N
W
|
W
S
x
T
E
x
D
Y
|
Y
V
 
I
P
 
A
Q
 
P
T
 
D
V
 
T
L
 
V
D
 
A
R
 
N
F
 
F
T
 
E
K
 
K
E
 
E
T
 
T
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
T
 
D
T
x
V
Y
 
F
E
 
D
S
 
S
N
|
N
E
 
E
A
 
V
M
 
L
Y
 
E
A
 
G
K
 
K
I
 
L
K
 
-
L
x
M
L
 
A
R
 
G
G
 
S
K
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
L
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
|
S
T
 
A
Y
 
S
F
 
Y
I
 
L
D
x
E
M
x
R
M
 
Q
R
 
L
K
x
T
D
x
A
G
|
G
L
 
V
L
 
F
A
 
Q
K
 
P
I
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
S
K
 
K
L
 
L
T
 
P
N
 
E
Y
 
W
A
 
K
N
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
P
R
 
E
V
 
L
L
 
L
H
 
K
-
x
L
-
 
V
Q
 
A
P
x
K
F
x
H
D
 
D
P
|
P
Q
 
D
N
 
N
E
 
K
F
 
F
S
 
A
V
 
M
P
 
P
Y
 
Y
M
 
M
W
|
W
G
 
A
N
 
T
T
 
T
G
 
G
L
 
I
M
 
G
V
 
Y
N
 
N
R
 
V
K
 
D
V
 
K
V
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
G
D
 
E
P
 
N
A
 
A
T
 
P
I
 
V
S
 
D
S
 
S
W
 
W
N
 
D
D
 
L
L
 
I
F
 
L
R
 
K
P
 
P
E
 
E
F
 
N
-
 
L
-
 
E
-
 
K
-
 
L
-
 
K
K
 
S
G
 
C
G
 
G
V
 
V
I
 
S
L
 
F
S
 
L
D
 
D
D
 
D
L
 
P
R
 
E
D
x
E
T
 
V
F
 
F
G
 
A
I
 
T
A
 
V
L
 
L
K
 
N
A
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
K
S
 
D
V
 
P
N
 
N
S
 
S
T
 
T
S
 
K
E
 
A
A
 
D
E
 
D
I
 
Y
K
 
T
A
 
G
-
 
P
A
 
A
Y
 
T
E
 
D
W
 
L
L
 
L
L
 
L
K
 
K
L
 
L
K
 
R
P
 
P
S
 
N
V
 
I
R
 
R
V
 
Y
F
 
F
D
 
H
V
 
S
T
 
S
A
 
Q
T
 
Y
K
 
I
Q
 
N
A
 
D
F
 
L
I
 
A
A
 
N
E
 
G
E
 
D
V
 
I
K
 
C
G
 
V
G
 
A
M
 
I
S
 
G
W
|
W
N
 
A
G
 
G
D
|
D
A
 
V
F
 
W
I
 
Q
A
 
A
M
 
S
N
 
N
E
 
R
N
 
A
P
 
K
D
 
E
-
 
A
-
 
K
-
 
N
-
 
G
-
 
V
-
 
N
L
 
V
A
 
S
F
 
F
V
 
S
Y
 
I
P
 
P
K
 
K
E
 
E
G
 
G
L
 
A
P
 
M
L
 
A
W
|
W
V
 
F
D
|
D
S
 
V
L
 
F
A
 
A
I
 
M
P
 
P
I
 
A
G
 
D
A
 
A
E
x
K
H
x
N
K
 
K
D
 
D
N
 
E
A
 
A
H
 
Y
K
 
Q
F
 
F
I
 
L
D
 
N
F
 
Y
L
 
L
L
 
L
R
 
R
P
 
P
D
 
D
I
 
V
A
 
V
K
 
A
L
 
H
C
 
I
V
 
S
E
 
D
E
 
H
Y
 
V
N
 
F
Y
|
Y
S
 
A
T
 
N
P
 
A
N
 
N
L
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
T
K
 
P
I
 
L
L
 
V
D
x
S
A
|
A
R
x
E
H
 
V
A
 
R
Q
 
E
S
 
N
R
 
P
A
 
G
T
 
I
S
 
Y
P
 
P
T
 
P
D
 
-
A
 
A
D
 
D
L
 
V
K
x
R
N
 
A
S
 
K
E
 
L
F
 
F
T
 
T
N
 
Q
G
 
K
V
|
V
G
 
Q
-
 
D
-
 
P
K
 
K
A
 
I
L
 
D
D
 
R
V
 
V
Y
 
R
E
 
T
K
 
R
Y
 
A
W
 
W
E
 
T
M
 
K
L
 
V
K
 
K
T
 
S
A
 
G

7oyxA E.Coli's putrescine receptor variant potf/d (4jdf) with mutations e39d y87s f88y s247d in complex with spermidine (see paper)
32% identity, 93% coverage: 24:344/345 of query aligns to 2:341/347 of 7oyxA

query
sites
7oyxA
K
|
K
V
x
T
L
 
L
N
 
H
V
 
I
F
 
Y
N
 
N
W
|
W
S
x
T
E
x
D
Y
|
Y
V
 
I
P
 
A
Q
 
P
T
 
D
V
 
T
L
 
V
D
 
A
R
 
N
F
 
F
T
 
E
K
 
K
E
 
E
T
 
T
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
T
 
D
T
 
V
Y
 
F
E
 
D
S
 
S
N
|
N
E
 
E
A
 
V
M
 
L
Y
 
E
A
 
G
K
 
K
I
 
L
K
 
-
L
x
M
L
 
A
R
x
G
G
 
S
K
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
L
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
|
S
T
 
A
Y
 
S
F
 
Y
I
 
L
D
 
E
M
 
R
M
 
Q
R
 
L
K
 
T
D
x
A
G
|
G
L
x
V
L
 
F
A
 
Q
K
 
P
I
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
S
K
 
K
L
 
L
T
 
P
N
 
E
Y
 
W
A
 
K
N
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
P
R
 
E
V
x
L
L
 
L
H
 
K
-
x
L
-
 
V
Q
 
A
P
 
K
F
 
H
D
 
D
P
 
P
Q
 
D
N
 
N
E
 
K
F
 
F
S
 
A
V
 
M
P
 
P
Y
 
Y
M
 
M
W
|
W
G
 
A
N
 
T
T
 
T
G
 
G
L
 
I
M
 
G
V
 
Y
N
 
N
R
 
V
K
 
D
V
 
K
V
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
G
D
 
E
P
 
N
A
 
A
T
 
P
I
 
V
S
 
D
S
 
S
W
 
W
N
 
D
D
 
L
L
 
I
F
 
L
R
 
K
P
 
P
E
 
E
F
 
N
-
 
L
-
 
E
-
 
K
-
 
L
-
 
K
K
 
S
G
 
C
G
 
G
V
 
V
I
 
S
L
 
F
S
 
L
D
 
D
D
 
D
L
 
P
R
 
E
D
x
E
T
 
V
F
 
F
G
 
A
I
 
T
A
 
V
L
 
L
K
 
N
A
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
K
S
 
D
V
 
P
N
 
N
S
 
S
T
 
T
S
 
K
E
 
A
A
 
D
E
 
D
I
 
Y
K
 
T
A
 
G
-
 
P
A
 
A
Y
 
T
E
 
D
W
 
L
L
 
L
L
 
L
K
 
K
L
 
L
K
 
R
P
 
P
S
 
N
V
 
I
R
 
R
V
 
Y
F
 
F
D
 
H
V
 
S
T
 
S
A
 
Q
T
 
Y
K
 
I
Q
 
N
A
 
D
F
 
L
I
 
A
A
 
N
E
 
G
E
 
D
V
 
I
K
 
C
G
 
V
G
 
A
M
 
I
S
 
G
W
|
W
N
 
A
G
 
G
D
|
D
A
 
V
F
 
W
I
 
Q
A
 
A
M
 
S
N
 
N
E
 
R
N
 
A
P
 
K
D
 
E
-
 
A
-
 
K
-
 
N
-
 
G
-
 
V
-
 
N
L
 
V
A
 
S
F
 
F
V
 
S
Y
 
I
P
 
P
K
 
K
E
 
E
G
 
G
L
 
A
P
 
M
L
 
A
W
|
W
V
 
F
D
|
D
S
 
V
L
 
F
A
 
A
I
 
M
P
 
P
I
 
A
G
 
D
A
 
A
E
x
K
H
x
N
K
 
K
D
 
D
N
 
E
A
 
A
H
 
Y
K
 
Q
F
 
F
I
 
L
D
 
N
F
 
Y
L
 
L
L
 
L
R
 
R
P
 
P
D
 
D
I
 
V
A
 
V
K
 
A
L
 
H
C
 
I
V
 
S
E
 
D
E
 
H
Y
 
V
N
 
F
Y
|
Y
S
 
A
T
x
N
P
 
A
N
 
N
L
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
T
K
 
P
I
 
L
L
 
V
D
 
S
A
 
A
R
 
E
H
 
V
A
 
R
Q
 
E
S
 
N
R
 
P
A
 
G
T
 
I
S
x
Y
P
 
P
T
 
P
D
 
-
A
 
A
D
 
D
L
 
V
K
x
R
N
 
A
S
 
K
E
 
L
F
 
F
T
 
T
N
 
Q
G
 
K
V
 
V
G
 
Q
-
 
D
-
 
P
K
 
K
A
 
I
L
 
D
D
 
R
V
 
V
Y
 
R
E
 
T
K
 
R
Y
 
A
W
 
W
E
 
T
M
 
K
L
 
V
K
 
K
T
 
S
A
 
G

3ttmA Crystal structure of spud in complex with putrescine (see paper)
35% identity, 86% coverage: 24:319/345 of query aligns to 3:315/341 of 3ttmA

query
sites
3ttmA
K
 
K
V
 
V
L
 
L
N
 
H
V
 
V
F
 
Y
N
 
N
W
|
W
S
|
S
E
x
D
Y
|
Y
V
 
I
P
 
A
Q
 
P
T
 
D
V
 
T
L
 
L
D
 
E
R
 
K
F
 
F
T
 
T
K
 
K
E
 
E
T
 
T
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
T
 
D
T
 
V
Y
 
Y
E
 
D
S
 
S
N
 
N
E
 
E
A
 
V
M
 
L
Y
 
E
A
 
A
K
 
-
I
 
-
K
 
K
L
 
L
L
 
L
R
 
A
G
 
G
K
 
K
-
 
S
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
I
 
V
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
T
 
N
Y
 
S
F
 
F
I
 
L
D
 
A
M
 
K
M
 
Q
R
 
I
K
 
K
D
 
A
G
 
G
L
 
V
L
 
Y
A
 
Q
K
 
K
I
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
S
K
 
K
L
 
L
T
 
P
N
 
N
Y
 
W
A
 
K
N
 
N
L
 
L
D
 
N
P
 
K
R
 
D
V
 
L
L
 
M
H
 
H
-
 
T
-
 
L
Q
 
E
P
 
V
F
 
S
D
 
D
P
 
P
Q
 
G
N
 
N
E
 
E
F
 
H
S
 
A
V
 
I
P
 
P
Y
 
Y
M
 
M
W
 
W
G
 
G
N
 
T
T
 
I
G
 
G
L
 
I
M
 
G
V
 
Y
N
 
N
R
 
P
K
 
D
V
 
K
V
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
F
-
 
G
D
 
D
P
 
N
A
 
A
T
 
P
I
 
V
S
 
D
S
 
S
W
 
W
N
 
D
D
 
L
L
 
V
F
 
F
R
 
K
P
 
P
E
 
E
F
 
N
-
 
I
-
 
Q
-
 
K
-
 
L
-
 
K
K
 
Q
G
 
C
G
 
G
V
 
V
I
 
S
L
 
F
S
 
L
D
 
D
D
 
S
L
 
P
R
 
T
D
 
E
T
 
I
F
 
L
G
 
P
I
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
H
A
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
S
 
K
V
 
P
N
 
D
S
 
T
T
 
D
S
 
N
E
 
P
A
 
K
E
 
E
I
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
Y
 
E
E
 
E
W
 
L
L
 
F
L
 
L
K
 
K
L
 
I
K
 
R
P
 
P
S
 
Y
V
 
V
R
 
T
V
 
Y
F
 
F
D
 
H
V
 
S
T
 
S
A
 
K
T
 
Y
K
 
I
Q
 
S
A
 
D
F
 
L
I
 
A
A
 
N
E
 
G
E
 
N
V
 
I
K
 
C
G
 
V
G
 
A
M
 
I
S
 
G
W
x
Y
N
 
S
G
 
G
D
|
D
A
 
I
F
 
Y
I
 
Q
A
 
A
M
 
K
N
 
S
E
 
R
N
 
A
P
 
E
D
 
E
-
 
A
-
 
K
-
 
N
-
 
K
-
 
V
-
 
T
L
 
V
A
 
K
F
 
Y
V
 
N
Y
 
I
P
 
P
K
 
K
E
 
E
G
 
G
L
 
A
P
 
G
L
 
S
W
x
F
V
 
F
D
|
D
S
 
M
L
 
V
A
 
A
I
 
I
P
 
P
I
 
K
G
 
D
A
 
A
E
 
E
H
 
N
K
 
T
D
 
E
N
 
G
A
 
A
H
 
L
K
 
A
F
 
F
I
 
V
D
 
N
F
 
F
L
 
L
L
 
M
R
 
K
P
 
P
D
 
E
I
 
I
A
 
M
K
 
A
L
 
E
C
 
I
V
 
T
E
 
D
E
 
V
Y
 
V
N
 
Q
Y
x
F
S
 
P
T
 
N
P
 
G
N
 
N
L
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
T
K
 
P
I
 
L
L
 
V
D
 
S
A
 
E
R
 
A
H
 
I
A
 
R
Q
 
N
S
 
D
R
 
P
A
 
G
T
 
I
S
 
Y
P
 
P
T
 
S
D
 
E
A
 
E
D
 
V
L
 
M
K
 
K

P31133 Putrescine-binding periplasmic protein PotF from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
33% identity, 89% coverage: 19:324/345 of query aligns to 25:347/370 of P31133

query
sites
P31133
V
x
L
S
x
A
A
 
A
E
 
E
P
 
Q
K
 
K
V
 
T
L
 
L
N
 
H
V
 
I
F
 
Y
N
 
N
W
 
W
S
|
S
E
 
D
Y
 
Y
V
 
I
P
 
A
Q
 
P
T
 
D
V
 
T
L
 
V
D
 
A
R
 
N
F
 
F
T
 
E
K
 
K
E
 
E
T
 
T
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
T
 
D
T
 
V
Y
 
F
E
 
D
S
 
S
N
 
N
E
 
E
A
 
V
M
 
L
Y
 
E
A
 
G
K
 
K
I
 
L
K
 
-
L
 
M
L
 
A
R
 
G
G
 
S
K
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
L
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
T
 
A
Y
 
S
F
 
F
I
 
L
D
 
E
M
 
R
M
 
Q
R
 
L
K
 
T
D
 
A
G
 
G
L
 
V
L
 
F
A
 
Q
K
 
P
I
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
S
K
 
K
L
 
L
T
 
P
N
 
E
Y
 
W
A
 
K
N
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
P
R
 
E
V
 
L
L
 
L
H
 
K
-
 
L
-
 
V
Q
 
A
P
 
K
F
 
H
D
 
D
P
 
P
Q
 
D
N
 
N
E
 
K
F
 
F
S
 
A
V
 
M
P
 
P
Y
 
Y
M
 
M
W
 
W
G
 
A
N
 
T
T
 
T
G
 
G
L
 
I
M
 
G
V
 
Y
N
 
N
R
 
V
K
 
D
V
 
K
V
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
G
D
 
E
P
 
N
A
 
A
T
 
P
I
 
V
S
 
D
S
 
S
W
 
W
N
 
D
D
 
L
L
 
I
F
 
L
R
 
K
P
 
P
E
 
E
F
 
N
-
 
L
-
 
E
-
 
K
-
 
L
-
 
K
K
 
S
G
x
C
G
 
G
V
 
V
I
 
S
L
 
F
S
 
L
D
 
D
D
 
A
L
 
P
R
 
E
D
 
E
T
 
V
F
 
F
G
 
A
I
 
T
A
 
V
L
 
L
K
 
N
A
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
K
S
 
D
V
 
P
N
 
N
S
 
S
T
 
T
S
 
K
E
 
A
A
 
D
E
 
D
I
 
Y
K
 
T
A
 
G
-
 
P
A
 
A
Y
 
T
E
 
D
W
 
L
L
 
L
L
 
L
K
 
K
L
 
L
K
 
R
P
 
P
S
 
N
V
 
I
R
 
R
V
 
Y
F
 
F
D
 
H
V
 
S
T
 
S
A
 
Q
T
 
Y
K
 
I
Q
 
N
A
 
D
F
 
L
I
 
A
A
 
N
E
 
G
E
 
D
V
 
I
K
x
C
G
 
V
G
 
A
M
 
I
S
 
G
W
 
W
N
 
A
G
 
G
D
|
D
A
 
V
F
 
W
I
 
Q
A
 
A
M
 
S
N
 
N
E
 
R
-
 
A
-
 
K
-
 
E
-
 
A
-
 
K
-
 
N
N
 
G
P
 
V
D
 
N
L
 
V
A
 
S
F
 
F
V
 
S
Y
 
I
P
 
P
K
 
K
E
 
E
G
 
G
L
 
A
P
 
M
L
 
A
W
 
F
V
 
F
D
|
D
S
 
V
L
 
F
A
 
A
I
 
M
P
 
P
I
 
A
G
 
D
A
 
A
E
 
K
H
 
N
K
 
K
D
 
D
N
 
E
A
 
A
H
 
Y
K
 
Q
F
 
F
I
 
L
D
 
N
F
 
Y
L
 
L
L
 
L
R
 
R
P
 
P
D
 
D
I
 
V
A
 
V
K
 
A
L
 
H
C
 
I
V
 
S
E
 
D
E
 
H
Y
 
V
N
 
F
Y
 
Y
S
 
A
T
 
N
P
 
A
N
 
N
L
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
T
K
 
P
I
 
L
L
 
V
D
 
S
A
 
A
R
 
E
H
 
V
A
 
R
Q
 
E
S
 
N
R
 
P
A
 
G
T
 
I
S
 
Y
P
 
P
T
 
P
D
 
-
A
 
A
D
 
D
L
 
V
K
 
R
N
 
A
S
 
K
E
 
L
F
 
F
T
 
T

Sites not aligning to the query:

6ye7A E.Coli's putrescine receptor potf complexed with cadaverine (see paper)
33% identity, 87% coverage: 24:324/345 of query aligns to 2:319/341 of 6ye7A

query
sites
6ye7A
K
 
K
V
 
T
L
 
L
N
 
H
V
 
I
F
 
Y
N
 
N
W
|
W
S
|
S
E
x
D
Y
|
Y
V
 
I
P
 
A
Q
 
P
T
 
D
V
 
T
L
 
V
D
 
A
R
 
N
F
 
F
T
 
E
K
 
K
E
 
E
T
 
T
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
T
 
D
T
 
V
Y
 
F
E
 
D
S
 
S
N
 
N
E
 
E
A
 
V
M
 
L
Y
 
E
A
 
G
K
 
K
I
 
L
K
 
-
L
 
M
L
 
A
R
 
G
G
 
S
K
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
L
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
T
 
A
Y
 
S
F
 
F
I
 
L
D
 
E
M
 
R
M
 
Q
R
 
L
K
 
T
D
 
A
G
 
G
L
 
V
L
 
F
A
 
Q
K