SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 209045 FitnessBrowser__DvH:209045 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2hk9B Crystal structure of shikimate dehydrogenase from aquifex aeolicus in complex with shikimate and NADP+ at 2.2 angstrom resolution (see paper)
38% identity, 86% coverage: 35:293/301 of query aligns to 7:262/267 of 2hk9B

query
sites
2hk9B
R
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
I
 
V
V
 
I
G
 
G
H
 
F
P
 
P
L
 
V
G
 
K
H
 
H
T
x
S
L
 
L
S
|
S
P
 
P
L
 
V
L
 
F
H
 
Q
N
 
N
W
 
A
G
 
L
F
 
I
A
 
R
L
 
Y
H
 
A
S
 
G
L
 
L
P
 
N
A
 
A
V
 
V
Y
 
Y
M
 
L
A
 
A
W
 
F
P
 
E
V
 
I
P
 
N
P
 
P
G
 
E
R
 
E
F
 
L
A
 
K
S
 
K
F
 
A
M
 
F
E
 
E
A
 
G
V
 
F
R
 
K
T
 
A
L
 
L
P
 
K
V
 
V
H
 
K
G
 
G
A
 
I
S
x
N
V
 
V
T
|
T
I
x
V
P
 
P
H
 
F
K
|
K
E
 
E
E
 
E
A
 
I
L
 
I
R
 
P
L
 
L
C
 
L
D
 
D
R
 
Y
V
 
V
T
 
E
D
 
D
R
 
T
A
 
A
R
 
K
A
 
E
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
F
 
K
L
 
F
E
 
E
D
 
N
G
 
G
V
 
K
V
 
A
C
 
Y
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
W
T
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
L
A
 
K
P
 
S
L
 
L
R
 
K
A
 
S
R
 
L
G
 
I
V
 
P
R
 
E
I
 
V
D
 
K
E
 
E
A
 
K
-
 
S
-
 
I
L
 
L
V
 
V
L
 
L
G
|
G
A
 
A
G
 
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
R
 
R
A
 
A
V
 
V
L
 
I
A
 
Y
G
 
A
L
 
L
V
 
V
E
 
K
L
 
E
G
 
G
V
 
A
R
 
-
R
 
K
V
 
V
R
 
F
I
 
L
S
 
W
N
|
N
R
|
R
T
|
T
H
 
K
D
 
E
K
|
K
A
 
A
M
 
I
E
 
K
L
 
L
A
 
A
G
 
Q
A
 
K
F
 
F
G
 
P
A
 
L
D
 
E
V
 
V
V
 
V
P
 
N
W
 
S
D
 
P
E
 
E
R
 
E
G
 
V
S
 
I
A
 
D
A
 
K
A
 
V
G
 
Q
L
 
V
V
 
I
V
 
V
N
 
N
T
 
T
T
|
T
P
x
S
C
x
V
G
 
G
M
 
L
Q
 
K
G
 
-
A
 
-
R
 
-
M
 
-
G
 
D
E
 
E
S
 
D
P
 
P
-
 
E
-
 
I
L
 
F
P
 
N
E
 
Y
G
 
D
A
 
L
F
 
I
S
 
K
G
 
K
R
 
D
G
 
H
M
 
V
A
 
V
Y
 
V
D
 
D
L
x
I
V
 
I
Y
|
Y
N
 
K
P
 
-
L
 
-
T
 
E
T
 
T
R
 
K
F
 
L
L
 
L
A
 
K
D
 
K
A
 
A
R
 
K
A
 
E
A
 
K
G
 
G
W
 
A
E
 
K
T
 
L
Q
 
L
D
 
D
G
 
G
L
 
L
G
 
P
M
|
M
F
x
L
V
 
L
E
 
W
Q
|
Q
G
 
G
R
 
I
E
 
E
Q
 
A
F
 
F
R
 
K
I
 
I
W
 
W
T
 
N
G
 
G
L
 
C
D
 
E
L
 
V
P
 
P
A
 
Y
E
 
S
G
 
V
A
 
A
R
 
E
R
 
R

2hk9A Crystal structure of shikimate dehydrogenase from aquifex aeolicus in complex with shikimate and NADP+ at 2.2 angstrom resolution (see paper)
38% identity, 86% coverage: 35:293/301 of query aligns to 7:262/269 of 2hk9A

query
sites
2hk9A
R
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
I
 
V
V
 
I
G
 
G
H
 
F
P
 
P
L
 
V
G
 
K
H
 
H
T
x
S
L
 
L
S
|
S
P
 
P
L
 
V
L
 
F
H
 
Q
N
 
N
W
 
A
G
 
L
F
 
I
A
 
R
L
 
Y
H
 
A
S
 
G
L
 
L
P
 
N
A
 
A
V
 
V
Y
 
Y
M
 
L
A
 
A
W
 
F
P
 
E
V
 
I
P
 
N
P
 
P
G
 
E
R
 
E
F
 
L
A
 
K
S
 
K
F
 
A
M
 
F
E
 
E
A
 
G
V
 
F
R
 
K
T
 
A
L
 
L
P
 
K
V
 
V
H
 
K
G
 
G
A
 
I
S
x
N
V
 
V
T
 
T
I
x
V
P
 
P
H
 
F
K
|
K
E
 
E
E
 
E
A
 
I
L
 
I
R
 
P
L
 
L
C
 
L
D
 
D
R
 
Y
V
 
V
T
 
E
D
 
D
R
 
T
A
 
A
R
 
K
A
 
E
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
F
 
K
L
 
F
E
 
E
D
 
N
G
 
G
V
 
K
V
 
A
C
 
Y
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
W
T
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
L
A
 
K
P
 
S
L
 
L
R
 
K
A
 
S
R
 
L
G
 
I
V
 
P
R
 
E
I
 
V
D
 
K
E
 
E
A
 
K
-
 
S
-
 
I
L
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
R
 
R
A
 
A
V
 
V
L
 
I
A
 
Y
G
 
A
L
 
L
V
 
V
E
 
K
L
 
E
G
 
G
V
 
A
R
 
-
R
 
K
V
 
V
R
 
F
I
 
L
S
 
W
N
|
N
R
|
R
T
|
T
H
 
K
D
 
E
K
 
K
A
 
A
M
 
I
E
 
K
L
 
L
A
 
A
G
 
Q
A
 
K
F
 
F
G
 
P
A
 
L
D
 
E
V
 
V
V
 
V
P
 
N
W
 
S
D
 
P
E
 
E
R
 
E
G
 
V
S
 
I
A
 
D
A
 
K
A
 
V
G
 
Q
L
 
V
V
 
I
V
 
V
N
 
N
T
 
T
T
|
T
P
x
S
C
x
V
G
 
G
M
 
L
Q
 
K
G
 
-
A
 
-
R
 
-
M
 
-
G
 
D
E
 
E
S
 
D
P
 
P
-
 
E
-
 
I
L
 
F
P
 
N
E
 
Y
G
 
D
A
 
L
F
 
I
S
 
K
G
 
K
R
 
D
G
 
H
M
 
V
A
 
V
Y
 
V
D
 
D
L
 
I
V
 
I
Y
|
Y
N
 
K
P
 
-
L
 
-
T
 
E
T
 
T
R
 
K
F
 
L
L
 
L
A
 
K
D
 
K
A
 
A
R
 
K
A
 
E
A
 
K
G
 
G
W
 
A
E
 
K
T
 
L
Q
 
L
D
 
D
G
 
G
L
 
L
G
 
P
M
 
M
F
x
L
V
 
L
E
 
W
Q
|
Q
G
 
G
R
 
I
E
 
E
Q
 
A
F
 
F
R
 
K
I
 
I
W
 
W
T
 
N
G
 
G
L
 
C
D
 
E
L
 
V
P
 
P
A
 
Y
E
 
S
G
 
V
A
 
A
R
 
E
R
 
R

O67049 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SD; SDH; EC 1.1.1.25 from Aquifex aeolicus (strain VF5) (see paper)
37% identity, 88% coverage: 35:300/301 of query aligns to 7:269/269 of O67049

query
sites
O67049
R
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
I
 
V
V
 
I
G
 
G
H
 
F
P
 
P
L
 
V
G
 
K
H
 
H
T
x
S
L
|
L
S
|
S
P
 
P
L
 
V
L
 
F
H
 
Q
N
 
N
W
 
A
G
 
L
F
 
I
A
 
R
L
 
Y
H
 
A
S
 
G
L
 
L
P
 
N
A
 
A
V
 
V
Y
 
Y
M
 
L
A
 
A
W
 
F
P
 
E
V
 
I
P
 
N
P
 
P
G
 
E
R
 
E
F
 
L
A
 
K
S
 
K
F
 
A
M
 
F
E
 
E
A
 
G
V
 
F
R
 
K
T
 
A
L
 
L
P
 
K
V
 
V
H
 
K
G
 
G
A
 
I
S
 
N
V
 
V
T
 
T
I
 
V
P
 
P
H
 
F
K
 
K
E
 
E
E
 
E
A
 
I
L
 
I
R
 
P
L
 
L
C
 
L
D
 
D
R
 
Y
V
 
V
T
 
E
D
|
D
R
 
T
A
 
A
R
 
K
A
 
E
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
F
 
K
L
 
F
E
 
E
D
 
N
G
 
G
V
 
K
V
 
A
C
 
Y
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
W
T
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
L
A
 
K
P
 
S
L
 
L
R
 
K
A
 
S
R
 
L
G
 
I
V
 
P
R
 
E
I
 
V
D
 
K
E
 
E
A
 
K
-
 
S
-
 
I
L
 
L
V
 
V
L
 
L
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
R
 
R
A
 
A
V
 
V
L
 
I
A
 
Y
G
 
A
L
 
L
V
 
V
E
 
K
L
 
E
G
 
G
V
 
A
R
 
-
R
 
K
V
 
V
R
 
F
I
 
L
S
 
W
N
 
N
R
 
R
T
 
T
H
 
K
D
 
E
K
 
K
A
 
A
M
 
I
E
 
K
L
 
L
A
 
A
G
 
Q
A
 
K
F
 
F
G
 
P
A
 
L
D
 
E
V
 
V
V
 
V
P
 
N
W
 
S
D
 
P
E
 
E
R
 
E
G
 
V
S
 
I
A
 
D
A
 
K
A
 
V
G
 
Q
L
 
V
V
 
I
V
 
V
N
 
N
T
 
T
T
 
T
P
 
S
C
 
V
G
 
G
M
 
L
Q
 
K
G
 
D
A
 
K
R
 
D
M
 
-
G
 
-
E
 
-
S
 
-
P
 
-
L
 
-
P
 
P
E
 
E
-
 
I
-
 
F
-
 
N
-
 
Y
G
 
D
A
 
L
F
 
I
S
 
K
G
 
K
R
 
D
G
 
H
M
 
V
A
 
V
Y
 
V
D
 
D
L
x
I
V
 
I
Y
|
Y
N
 
K
P
 
-
L
 
-
T
 
E
T
 
T
R
 
K
F
 
L
L
 
L
A
 
K
D
 
K
A
 
A
R
 
K
A
 
E
A
 
K
G
 
G
W
 
A
E
 
K
T
 
L
Q
 
F
D
 
D
G
|
G
L
 
L
G
 
P
M
 
M
F
 
L
V
 
L
E
 
W
Q
|
Q
G
 
G
R
 
I
E
 
E
Q
 
A
F
 
F
R
 
K
I
 
I
W
 
W
T
 
N
G
 
G
L
 
C
D
 
E
L
 
V
P
 
P
A
 
Y
E
 
S
G
 
V
A
 
A
R
 
E
R
 
R
L
 
S
I
 
V
A
 
R
E
 
D
A
 
L
L
 
R
G
 
G

Q5HNV1 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Staphylococcus epidermidis (strain ATCC 35984 / RP62A) (see paper)
32% identity, 87% coverage: 37:299/301 of query aligns to 3:265/269 of Q5HNV1

query
sites
Q5HNV1
Y
 
F
G
 
A
I
 
V
V
 
I
G
 
G
H
 
N
P
 
P
L
 
I
G
 
S
H
 
H
T
x
S
L
|
L
S
|
S
P
 
P
L
 
L
L
 
M
H
 
H
N
 
H
W
 
A
G
 
N
F
 
F
A
 
Q
L
 
S
H
 
L
S
 
N
L
 
L
P
 
E
A
 
N
V
 
T
Y
 
Y
M
 
E
A
 
A
W
 
I
P
 
N
V
 
V
P
 
P
P
 
V
G
 
N
R
 
Q
F
 
F
A
 
Q
S
 
D
F
 
I
M
 
K
E
 
K
A
 
I
V
 
I
R
 
S
T
 
E
L
 
K
P
 
S
V
 
I
H
 
D
G
 
G
A
 
F
S
 
N
V
 
V
T
|
T
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
 
K
E
 
E
E
 
R
A
 
I
L
 
I
R
 
P
L
 
Y
C
 
L
D
 
D
R
 
D
V
 
I
T
 
N
D
 
E
R
 
Q
A
 
A
R
 
K
A
 
S
V
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
F
 
L
L
 
V
E
 
K
D
 
D
G
 
G
V
 
K
V
 
W
C
 
I
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
G
T
 
I
G
 
G
F
 
Y
L
 
V
A
 
N
P
 
G
L
 
L
R
 
K
A
 
Q
R
 
I
G
 
Y
V
 
E
R
 
G
I
 
I
D
 
E
E
 
D
A
 
A
-
 
Y
-
 
I
L
 
L
V
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
S
R
 
K
A
 
G
V
 
I
L
 
A
A
 
N
G
 
E
L
 
L
V
 
Y
E
 
K
L
 
I
G
 
V
V
 
R
R
 
P
R
 
T
V
 
L
R
 
T
I
 
V
S
 
A
N
 
N
R
 
R
T
 
T
H
 
M
D
 
S
K
 
R
A
 
F
M
 
N
E
 
N
L
 
W
A
 
S
G
 
L
A
 
N
F
 
I
G
 
N
A
 
K
D
 
I
V
 
N
V
 
L
P
 
S
W
 
H
D
 
A
E
 
E
R
 
S
G
 
H
S
 
L
A
 
D
A
 
E
A
 
F
G
 
D
L
 
I
V
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
T
T
 
T
P
 
P
C
 
A
G
 
G
M
 
M
Q
 
N
G
 
G
A
 
N
R
 
T
M
 
-
G
 
-
E
 
D
S
 
S
P
 
V
L
 
I
P
 
S
E
 
L
G
 
N
A
 
R
F
 
L
S
 
A
G
 
S
R
 
H
G
 
T
M
 
L
A
 
V
Y
 
S
D
 
D
L
 
I
V
 
V
Y
|
Y
N
 
N
P
 
P
L
 
Y
T
 
K
T
 
T
R
 
P
F
 
I
L
 
L
A
 
I
D
 
E
A
 
A
R
 
E
A
 
Q
A
 
R
G
 
G
W
 
N
E
 
P
T
 
I
Q
 
Y
D
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
D
M
 
M
F
 
F
V
 
V
E
 
H
Q
|
Q
G
 
G
R
 
A
E
 
E
Q
 
S
F
 
F
R
 
K
I
 
I
W
 
W
T
 
T
G
 
N
L
 
L
D
 
E
L
 
P
P
 
D
A
 
I
E
 
K
G
 
A
A
 
M
R
 
K
R
 
N
L
 
I
I
 
V
A
 
I
E
 
Q
A
 
K
L
 
L

2o7qA Crystal structure of the a. Thaliana dhq-dehydroshikimate-sdh- shikimate-NADP(h)
38% identity, 85% coverage: 35:289/301 of query aligns to 235:483/501 of 2o7qA

query
sites
2o7qA
R
 
K
L
 
V
Y
 
Y
G
 
G
I
|
I
V
 
I
G
 
G
H
 
K
P
 
P
L
 
V
G
 
S
H
 
H
T
x
S
L
 
K
S
|
S
P
 
P
L
 
I
L
 
V
H
 
H
N
 
N
W
 
Q
G
 
A
F
 
F
A
 
K
L
 
S
H
 
V
S
 
D
L
 
F
P
 
N
A
 
G
V
 
V
Y
 
Y
M
 
V
A
 
H
W
 
L
P
 
L
V
 
V
P
 
-
P
 
-
G
 
D
R
 
N
F
 
L
A
 
V
S
 
S
F
 
F
M
 
L
E
 
Q
A
 
A
V
 
Y
R
 
S
T
 
S
L
 
S
P
 
D
V
 
F
H
 
A
G
 
G
A
 
F
S
 
S
V
 
C
T
|
T
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
|
K
E
 
E
E
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
L
 
C
C
 
C
D
 
D
R
 
E
V
 
V
T
 
D
D
 
P
R
 
L
A
 
A
R
 
K
A
 
S
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
I
F
 
L
-
 
R
-
 
R
L
 
K
E
 
S
D
 
D
G
 
G
V
 
K
V
 
L
C
 
L
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
C
T
 
I
G
 
G
F
 
S
L
 
I
A
 
S
P
 
A
L
 
I
R
 
E
A
 
-
R
 
D
G
 
G
V
 
L
R
 
T
I
 
V
D
 
-
E
 
-
A
 
-
L
 
V
V
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
G
R
 
K
A
 
A
V
 
L
L
 
A
A
 
Y
G
 
G
L
 
A
V
 
K
E
 
E
L
 
K
G
 
A
V
 
-
R
 
-
R
 
K
V
 
V
R
 
V
I
 
I
S
 
A
N
 
N
R
 
R
T
 
T
H
 
Y
D
 
E
K
 
R
A
 
A
M
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
A
G
 
E
A
 
A
F
 
I
G
 
G
A
 
G
D
 
K
V
 
A
V
 
L
P
 
S
W
 
L
D
 
T
E
 
D
R
 
L
G
 
D
S
 
N
A
 
Y
A
 
E
A
 
D
G
 
G
L
 
M
V
 
V
V
 
L
-
 
A
N
 
N
T
 
T
T
 
T
P
 
S
C
 
M
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
G
 
-
A
 
P
R
 
N
M
 
V
G
 
E
E
 
E
S
 
T
P
 
P
L
 
I
P
 
S
E
 
K
G
 
D
A
 
A
F
 
L
S
 
K
G
 
H
R
 
Y
G
 
A
M
 
L
A
 
V
Y
 
F
D
 
D
L
 
A
V
 
V
Y
|
Y
N
 
T
P
 
P
L
 
R
T
 
I
T
 
T
R
 
R
F
 
L
L
 
L
A
 
R
D
 
E
A
 
A
R
 
E
A
 
E
A
 
S
G
 
G
W
 
A
E
 
I
T
 
T
Q
 
V
D
 
S
G
 
G
L
 
S
G
 
E
M
 
M
F
|
F
V
 
V
E
 
R
Q
|
Q
G
 
A
R
 
Y
E
 
E
Q
|
Q
F
 
F
R
 
E
I
 
I
W
 
F
T
 
T
G
 
G
L
 
L
D
 
P
L
 
A
P
 
P
A
 
K
E
 
E

Sites not aligning to the query:

2ev9B Crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase (aroe) from thermus thermophilus hb8 in complex with NADP(h) and shikimate (see paper)
44% identity, 85% coverage: 37:293/301 of query aligns to 4:259/263 of 2ev9B

query
sites
2ev9B
Y
 
F
G
 
A
I
 
V
V
 
L
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
V
G
 
A
H
 
H
T
x
S
L
 
L
S
|
S
P
 
P
L
 
A
L
 
M
H
 
H
N
 
-
W
 
-
G
 
A
F
 
F
A
 
A
L
 
L
H
 
E
S
 
S
L
 
L
-
 
G
-
 
L
P
 
E
A
 
G
V
 
S
Y
 
Y
M
 
E
A
 
A
W
 
W
P
 
D
V
 
T
P
 
P
-
 
L
-
 
E
-
 
A
-
 
L
P
 
P
G
 
G
R
 
R
F
 
L
A
 
K
S
 
E
F
 
V
M
 
R
E
 
R
A
 
A
V
 
F
R
 
R
T
 
-
L
 
-
P
 
-
V
 
-
H
 
-
G
 
G
A
 
V
S
x
N
V
 
L
T
|
T
I
 
L
P
 
P
H
 
L
K
|
K
E
 
E
E
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
A
L
 
H
C
 
L
D
 
D
R
 
W
V
 
V
T
 
S
D
 
P
R
 
E
A
 
A
R
 
Q
A
 
R
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
F
 
L
L
 
Q
E
 
V
D
 
E
G
 
G
V
 
R
V
 
L
C
 
F
G
 
G
E
 
F
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
A
T
 
P
G
 
G
F
 
F
L
 
L
A
 
E
P
 
A
L
 
L
R
 
K
A
 
A
R
 
G
G
 
G
V
 
I
R
 
P
I
 
L
D
 
K
-
 
G
E
 
P
A
 
A
L
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
G
R
 
R
A
 
A
V
 
V
L
 
A
A
 
F
G
 
A
L
 
L
V
 
R
E
 
E
L
 
A
G
 
G
V
 
L
R
 
-
R
 
E
V
 
V
R
 
W
I
 
V
S
 
W
N
 
N
R
 
R
T
 
T
H
 
P
D
 
Q
K
 
R
A
 
A
M
 
L
E
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
E
A
 
E
F
 
F
G
 
G
A
 
L
D
 
R
V
 
A
V
 
V
P
 
P
W
 
L
D
 
E
E
 
K
R
 
-
G
 
-
S
 
A
A
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
R
L
 
L
V
 
L
V
 
V
N
 
N
T
 
A
T
 
T
P
 
R
C
 
V
G
 
G
M
 
L
Q
 
E
G
 
D
A
 
P
R
 
-
M
 
-
G
 
S
E
 
A
S
 
S
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
A
G
 
E
A
 
L
F
 
F
S
 
P
G
 
E
R
 
E
G
 
G
M
 
A
A
 
A
Y
 
V
D
 
D
L
 
L
V
 
V
Y
 
Y
N
 
R
P
 
P
L
 
L
T
 
W
T
 
T
R
 
R
F
 
F
L
 
L
A
 
R
D
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
A
A
 
K
G
 
G
W
 
L
E
 
K
T
 
V
Q
 
Q
D
 
T
G
 
G
L
 
L
G
 
P
M
 
M
F
 
L
V
 
A
E
 
W
Q
|
Q
G
 
G
R
 
A
E
 
L
Q
 
A
F
 
F
R
 
R
I
 
L
W
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
L
D
 
-
L
 
L
P
 
P
-
 
D
-
 
P
-
 
S
-
 
G
-
 
M
A
 
E
E
 
E
G
 
A
A
 
A
R
 
R
R
 
R

Q5SJF8 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (see paper)
44% identity, 85% coverage: 37:293/301 of query aligns to 4:259/263 of Q5SJF8

query
sites
Q5SJF8
Y
 
F
G
 
A
I
 
V
V
 
L
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
V
G
 
A
H
 
H
T
x
S
L
|
L
S
|
S
P
 
P
L
 
A
L
 
M
H
 
H
N
 
-
W
 
-
G
 
A
F
 
F
A
 
A
L
 
L
H
 
E
S
 
S
L
 
L
-
 
G
-
 
L
P
 
E
A
 
G
V
 
S
Y
 
Y
M
 
E
A
 
A
W
 
W
P
 
D
V
 
T
P
 
P
-
 
L
-
 
E
-
 
A
-
 
L
P
 
P
G
 
G
R
 
R
F
 
L
A
 
K
S
 
E
F
 
V
M
 
R
E
 
R
A
 
A
V
 
F
R
 
R
T
 
-
L
 
-
P
 
-
V
 
-
H
 
-
G
 
G
A
 
V
S
 
N
V
 
L
T
|
T
I
 
L
P
 
P
H
 
L
K
|
K
E
 
E
E
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
A
L
 
H
C
 
L
D
 
D
R
 
W
V
 
V
T
 
S
D
 
P
R
 
E
A
 
A
R
 
Q
A
 
R
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
F
 
L
L
 
Q
E
 
V
D
 
E
G
 
G
V
 
R
V
 
L
C
 
F
G
 
G
E
 
F
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
A
T
 
P
G
 
G
F
 
F
L
 
L
A
 
E
P
 
A
L
 
L
R
 
K
A
 
A
R
 
G
G
 
G
V
 
I
R
 
P
I
 
L
D
 
K
-
 
G
E
 
P
A
 
A
L
 
L
V
 
V
L
 
L
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
G
R
 
R
A
 
A
V
 
V
L
 
A
A
 
F
G
 
A
L
 
L
V
 
R
E
 
E
L
 
A
G
 
G
V
 
L
R
 
-
R
 
E
V
 
V
R
 
W
I
 
V
S
 
W
N
|
N
R
|
R
T
|
T
H
x
P
D
x
Q
K
x
R
A
 
A
M
 
L
E
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
E
A
 
E
F
 
F
G
 
G
A
 
L
D
 
R
V
 
A
V
 
V
P
 
P
W
 
L
D
 
E
E
 
K
R
 
-
G
 
-
S
 
A
A
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
R
L
 
L
V
 
L
V
 
V
N
 
N
T
 
A
T
 
T
P
 
R
C
 
V
G
 
G
M
 
L
Q
 
E
G
 
D
A
 
P
R
 
-
M
 
-
G
 
S
E
 
A
S
 
S
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
A
G
 
E
A
 
L
F
 
F
S
 
P
G
 
E
R
 
E
G
 
G
M
 
A
A
 
A
Y
 
V
D
 
D
L
|
L
V
 
V
Y
|
Y
N
 
R
P
 
P
L
 
L
T
 
W
T
 
T
R
 
R
F
 
F
L
 
L
A
 
R
D
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
A
A
 
K
G
 
G
W
 
L
E
 
K
T
 
V
Q
 
Q
D
 
T
G
|
G
L
 
L
G
 
P
M
 
M
F
 
L
V
 
A
E
 
W
Q
|
Q
G
 
G
R
 
A
E
 
L
Q
 
A
F
 
F
R
 
R
I
 
L
W
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
L
D
 
-
L
 
L
P
 
P
-
 
D
-
 
P
-
 
S
-
 
G
-
 
M
A
 
E
E
 
E
G
 
A
A
 
A
R
 
R
R
 
R

2cy0A Crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase (aroe) from thermus thermophilus hb8 in complex with NADP (see paper)
44% identity, 85% coverage: 37:293/301 of query aligns to 4:259/262 of 2cy0A

query
sites
2cy0A
Y
 
F
G
 
A
I
 
V
V
 
L
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
V
G
 
A
H
 
H
T
 
S
L
 
L
S
 
S
P
 
P
L
 
A
L
 
M
H
 
H
N
 
-
W
 
-
G
 
A
F
 
F
A
 
A
L
 
L
H
 
E
S
 
S
L
 
L
-
 
G
-
 
L
P
 
E
A
 
G
V
 
S
Y
 
Y
M
 
E
A
 
A
W
 
W
P
 
D
V
 
T
P
 
P
-
 
L
-
 
E
-
 
A
-
 
L
P
 
P
G
 
G
R
 
R
F
 
L
A
 
K
S
 
E
F
 
V
M
 
R
E
 
R
A
 
A
V
 
F
R
 
R
T
 
-
L
 
-
P
 
-
V
 
-
H
 
-
G
 
G
A
 
V
S
 
N
V
 
L
T
 
T
I
 
L
P
 
P
H
 
L
K
|
K
E
 
E
E
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
A
L
 
H
C
 
L
D
 
D
R
 
W
V
 
V
T
 
S
D
 
P
R
 
E
A
 
A
R
 
Q
A
 
R
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
V
F
 
L
L
 
Q
E
 
V
D
 
E
G
 
G
V
 
R
V
 
L
C
 
F
G
 
G
E
 
F
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
A
T
 
P
G
 
G
F
 
F
L
 
L
A
 
E
P
 
A
L
 
L
R
 
K
A
 
A
R
 
G
G
 
G
V
 
I
R
 
P
I
 
L
D
 
K
-
 
G
E
 
P
A
 
A
L
 
L
V
 
V
L
 
L
G
|
G
A
 
A
G
 
G
G
|
G
A
|
A
A
 
G
R
 
R
A
 
A
V
 
V
L
 
A
A
 
F
G
 
A
L
 
L
V
 
R
E
 
E
L
 
A
G
 
G
V
 
L
R
 
-
R
 
E
V
 
V
R
 
W
I
 
V
S
 
W
N
|
N
R
|
R
T
|
T
H
 
P
D
 
Q
K
x
R
A
 
A
M
 
L
E
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
E
A
 
E
F
 
F
G
 
G
A
 
L
D
 
R
V
 
A
V
 
V
P
 
P
W
 
L
D
 
E
E
 
K
R
 
-
G
 
-
S
 
A
A
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
R
L
 
L
V
 
L
V
 
V
N
 
N
T
 
A
T
|
T
P
x
R
C
x
V
G
 
G
M
 
L
Q
 
E
G
 
D
A
 
P
R
 
-
M
 
-
G
 
S
E
 
A
S
 
S
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
A
G
 
E
A
 
L
F
 
F
S
 
P
G
 
E
R
 
E
G
 
G
M
 
A
A
 
A
Y
 
V
D
 
D
L
|
L
V
 
V
Y
 
Y
N
 
R
P
 
P
L
 
L
T
 
W
T
 
T
R
 
R
F
 
F
L
 
L
A
 
R
D
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
A
A
 
K
G
 
G
W
 
L
E
 
K
T
 
V
Q
 
Q
D
 
T
G
 
G
L
 
L
G
 
P
M
 
M
F
x
L
V
 
A
E
 
W
Q
 
Q
G
 
G
R
 
A
E
 
L
Q
 
A
F
 
F
R
 
R
I
 
L
W
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
L
D
 
-
L
 
L
P
 
P
-
 
D
-
 
P
-
 
S
-
 
G
-
 
M
A
 
E
E
 
E
G
 
A
A
 
A
R
 
R
R
 
R

2o7sA Crystal structure of the a. Thaliana dhq-dehydroshikimate-sdh- shikimate-NADP(h)
39% identity, 85% coverage: 35:289/301 of query aligns to 235:482/500 of 2o7sA

query
sites
2o7sA
R
 
K
L
 
V
Y
 
Y
G
 
G
I
|
I
V
 
I
G
 
G
H
 
K
P
 
P
L
 
V
G
 
S
H
 
H
T
x
S
L
 
K
S
|
S
P
 
P
L
 
I
L
 
V
H
 
H
N
 
N
W
 
Q
G
 
A
F
 
F
A
 
K
L
 
S
H
 
V
S
 
D
L
 
F
P
 
N
A
 
G
V
 
V
Y
 
Y
M
 
V
A
 
H
W
 
L
P
 
L
V
 
V
P
 
-
P
 
-
G
 
D
R
 
N
F
 
L
A
 
V
S
 
S
F
 
F
M
 
L
E
 
Q
A
 
A
V
 
Y
R
 
S
T
 
S
L
 
S
P
 
D
V
 
F
H
 
A
G
 
G
A
 
F
S
 
S
V
 
C
T
|
T
I
|
I
P
|
P
H
 
H
K
|
K
E
 
E
E
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
L
 
C
C
 
C
D
 
D
R
 
E
V
 
V
T
 
D
D
 
P
R
 
L
A
 
A
R
 
K
A
 
S
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
I
F
 
L
-
 
R
-
 
R
L
 
K
E
 
S
D
 
D
G
 
G
V
 
K
V
 
L
C
 
L
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
C
T
 
I
G
 
G
F
 
S
L
 
I
A
 
S
P
 
A
L
 
I
R
 
E
A
 
-
R
 
D
G
 
G
V
 
L
R
 
T
I
 
V
D
 
-
E
 
-
A
 
-
L
 
V
V
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
G
R
 
K
A
 
A
V
 
L
L
 
A
A
 
Y
G
 
G
L
 
A
V
 
K
E
 
E
L
 
K
G
 
G
V
 
A
R
 
-
R
 
-
V
 
V
R
 
V
I
 
I
S
 
A
N
|
N
R
|
R
T
|
T
H
 
Y
D
 
E
K
x
R
A
 
A
M
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
A
G
 
E
A
 
A
F
 
I
G
 
G
A
 
G
D
 
A
V
 
L
V
 
S
P
 
L
W
 
T
D
 
D
E
 
L
R
 
D
G
 
N
S
 
Y
A
 
E
A
 
D
A
 
G
G
 
M
L
 
V
V
 
L
V
 
A
N
 
N
T
 
T
T
|
T
P
x
S
C
x
M
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
G
 
-
A
 
P
R
 
N
M
 
V
G
 
E
E
 
E
S
 
T
P
 
P
L
 
I
P
 
S
E
 
K
G
 
D
A
 
A
F
 
L
S
 
K
G
 
H
R
 
Y
G
 
A
M
 
L
A
 
V
Y
 
F
D
 
D
L
x
A
V
 
V
Y
|
Y
N
 
T
P
 
P
L
 
R
T
 
I
T
 
T
R
 
R
F
 
L
L
 
L
A
 
R
D
 
E
A
 
A
R
 
E
A
 
E
A
 
S
G
 
G
W
 
A
E
 
I
T
 
T
Q
 
V
D
 
S
G
 
G
L
 
S
G
 
E
M
|
M
F
|
F
V
 
V
E
 
R
Q
|
Q
G
 
A
R
 
Y
E
 
E
Q
|
Q
F
 
F
R
 
E
I
 
I
W
 
F
T
 
T
G
 
G
L
 
L
D
 
P
L
 
A
P
 
P
A
 
K
E
 
E

Sites not aligning to the query:

3dooA Crystal structure of shikimate dehydrogenase from staphylococcus epidermidis complexed with shikimate (see paper)
30% identity, 87% coverage: 37:299/301 of query aligns to 3:256/258 of 3dooA

query
sites
3dooA
Y
 
F
G
 
A
I
 
V
V
 
I
G
 
G
H
 
N
P
 
P
L
 
I
G
 
S
H
 
H
T
x
S
L
 
L
S
|
S
P
 
P
L
 
L
L
 
M
H
 
H
N
 
H
W
 
A
G
 
N
F
 
F
A
 
Q
L
 
S
H
 
L
S
 
N
L
 
L
P
 
E
A
 
N
V
 
T
Y
 
Y
M
 
E
A
 
A
W
 
I
P
 
N
V
 
V
P
 
P
P
 
V
G
 
N
R
 
Q
F
 
F
A
 
Q
S
 
D
F
 
I
M
 
K
E
 
K
A
 
I
V
 
I
R
 
S
T
 
E
L
 
K
P
 
S
V
 
I
H
 
D
G
 
G
A
 
F
S
x
N
V
 
V
T
|
T
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
|
K
E
 
E
E
 
R
A
 
I
L
 
I
R
 
P
L
 
Y
C
 
L
D
 
D
R
 
D
V
 
I
T
 
N
D
 
E
R
 
Q
A
 
A
R
 
K
A
 
S
V
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
F
 
L
L
 
V
E
 
K
D
 
D
G
 
G
V
 
K
V
 
W
C
 
I
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
G
T
 
I
G
 
G
F
 
Y
L
 
V
A
 
N
P
 
G
L
 
L
R
 
K
A
 
Q
R
 
I
G
 
Y
V
 
E
R
 
G
I
 
I
D
 
E
E
 
D
A
 
A
-
 
Y
-
 
I
L
 
L
V
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
S
R
 
K
A
 
G
V
 
I
L
 
A
A
 
N
G
 
E
L
 
L
V
 
Y
E
 
K
L
 
I
G
 
V
V
 
R
R
 
P
R
 
T
V
 
L
R
 
T
I
 
V
S
 
A
N
 
N
R
 
R
T
 
T
H
 
M
D
 
S
K
 
R
A
 
F
M
 
N
E
 
N
L
 
W
A
 
S
G
 
L
A
 
N
F
 
I
G
 
N
A
 
K
D
 
I
V
 
N
V
 
L
P
 
S
W
 
H
D
 
A
E
 
E
R
 
S
G
 
H
S
 
L
A
 
D
A
 
E
A
 
F
G
 
D
L
 
I
V
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
T
T
 
T
P
 
P
C
 
V
G
 
-
M
 
-
Q
 
-
G
 
-
A
 
-
R
 
-
M
 
-
G
 
-
E
 
-
S
 
-
P
 
-
L
 
I
P
 
S
E
 
L
G
 
N
A
 
R
F
 
L
S
 
A
G
 
S
R
 
H
G
 
T
M
 
L
A
 
V
Y
 
S
D
 
D
L
 
I
V
 
V
Y
 
Y
N
 
N
P
 
P
L
 
Y
T
 
K
T
 
T
R
 
P
F
 
I
L
 
L
A
 
I
D
 
E
A
 
A
R
 
E
A
 
Q
A
 
R
G
 
G
W
 
N
E
 
P
T
 
I
Q
 
Y
D
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
D
M
 
M
F
|
F
V
 
V
E
 
H
Q
|
Q
G
 
G
R
 
A
E
 
E
Q
 
S
F
 
F
R
 
K
I
 
I
W
 
W
T
 
T
G
 
N
L
 
L
D
 
E
L
 
P
P
 
D
A
 
I
E
 
K
G
 
A
A
 
M
R
 
K
R
 
N
L
 
I
I
 
V
A
 
I
E
 
Q
A
 
K
L
 
L

Q9SQT8 Bifunctional 3-dehydroquinate dehydratase/shikimate dehydrogenase, chloroplastic; DHQ-SDH protein; DHQase-SORase; Protein EMBRYO DEFECTIVE 3004; EC 4.2.1.10; EC 1.1.1.25 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see paper)
36% identity, 85% coverage: 35:289/301 of query aligns to 324:594/603 of Q9SQT8

query
sites
Q9SQT8
R
 
K
L
 
V
Y
 
Y
G
 
G
I
 
I
V
 
I
G
 
G
H
 
K
P
 
P
L
 
V
G
 
S
H
 
H
T
x
S
L
 
K
S
|
S
P
 
P
L
 
I
L
 
V
H
 
H
N
 
N
W
 
Q
G
 
A
F
 
F
A
 
K
L
 
S
H
 
V
S
 
D
L
 
F
P
 
N
A
 
G
V
 
V
Y
 
Y
M
 
V
A
 
H
W
 
L
P
 
L
V
 
V
P
 
-
P
 
-
G
 
D
R
 
N
F
 
L
A
 
V
S
 
S
F
 
F
M
 
L
E
 
Q
A
 
A
V
 
Y
R
 
S
T
 
S
L
 
S
P
 
D
V
 
F
H
 
A
G
 
G
A
 
F
S
 
S
V
 
C
T
|
T
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
|
K
E
 
E
E
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
L
 
C
C
 
C
D
 
D
R
 
E
V
 
V
T
 
D
D
 
P
R
 
L
A
 
A
R
 
K
A
 
S
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
I
F
 
L
-
 
R
-
 
R
L
 
K
E
 
S
D
 
D
G
 
G
V
 
K
V
 
L
C
 
L
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
C
T
 
I
G
 
G
F
 
S
L
 
I
A
 
S
P
 
A
L
 
I
R
 
E
A
 
-
R
 
D
G
 
G
V
 
L
R
 
R
I
 
S
-
 
S
-
 
G
-
 
D
-
 
P
-
 
S
-
 
S
-
 
V
-
 
P
-
 
S
-
 
S
-
 
S
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
A
-
 
S
D
 
K
E
 
T
A
 
V
L
 
V
V
 
V
L
 
I
G
 
G
A
|
A
G
 
G
G
|
G
A
|
A
A
 
G
R
 
K
A
 
A
V
 
L
L
 
A
A
 
Y
G
 
G
L
 
A
V
 
K
E
 
E
L
 
K
G
 
G
V
 
A
R
 
K
R
 
V
V
 
V
R
 
-
I
 
I
S
 
A
N
|
N
R
 
R
T
|
T
H
 
Y
D
 
E
K
x
R
A
 
A
M
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
A
G
 
E
A
 
A
F
 
I
G
 
G
A
 
G
D
 
K
-
 
A
-
 
L
-
 
S
V
 
L
V
 
T
P
 
D
W
 
L
D
 
D
E
 
N
R
 
Y
G
 
H
S
 
P
A
 
E
A
 
D
A
 
G
G
 
M
L
 
V
V
 
L
V
 
A
N
 
N
T
 
T
T
 
T
P
 
S
C
 
M
G
 
G
M
|
M
Q
 
Q
G
 
-
A
 
P
R
 
N
M
 
V
G
 
E
E
 
E
S
 
T
P
 
P
L
 
I
P
 
S
E
 
K
G
 
D
A
 
A
F
 
L
S
 
K
G
 
H
R
 
Y
G
 
A
M
 
L
A
 
V
Y
 
F
D
 
D
L
x
A
V
 
V
Y
|
Y
N
 
T
P
 
P
L
 
R
T
 
I
T
 
T
R
 
R
F
 
L
L
 
L
A
 
R
D
 
E
A
 
A
R
 
E
A
 
E
A
 
S
G
 
G
W
 
A
E
 
I
T
 
T
Q
 
V
D
 
S
G
|
G
L
 
S
G
 
E
M
 
M
F
 
F
V
 
V
E
 
R
Q
|
Q
G
 
A
R
 
Y
E
 
E
Q
|
Q
F
 
F
R
 
E
I
 
I
W
 
F
T
 
T
G
 
G
L
 
L
D
 
P
L
 
A
P
 
P
A
 
K
E
 
E

Sites not aligning to the query:

2gptA Crystal structure of arabidopsis dehydroquinate dehydratase-shikimate dehydrogenase in complex with tartrate and shikimate (see paper)
39% identity, 85% coverage: 35:289/301 of query aligns to 235:480/498 of 2gptA

query
sites
2gptA
R
 
K
L
 
V
Y
 
Y
G
 
G
I
|
I
V
 
I
G
 
G
H
 
K
P
 
P
L
 
V
G
 
S
H
 
H
T
x
S
L
 
K
S
|
S
P
 
P
L
 
I
L
 
V
H
 
H
N
 
N
W
 
Q
G
 
A
F
 
F
A
 
K
L
 
S
H
 
V
S
 
D
L
 
F
P
 
N
A
 
G
V
 
V
Y
 
Y
M
 
V
A
 
H
W
 
L
P
 
L
V
 
V
P
 
-
P
 
-
G
 
D
R
 
N
F
 
L
A
 
V
S
 
S
F
 
F
M
 
L
E
 
Q
A
 
A
V
 
Y
R
 
S
T
 
S
L
 
S
P
 
D
V
 
F
H
 
A
G
 
G
A
 
F
S
 
S
V
 
C
T
|
T
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
|
K
E
 
E
E
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
L
 
C
C
 
C
D
 
D
R
 
E
V
 
V
T
 
D
D
 
P
R
 
L
A
 
A
R
 
K
A
 
S
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
I
F
 
L
-
 
R
-
 
R
L
 
K
E
 
S
D
 
D
G
 
G
V
 
K
V
 
L
C
 
L
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
C
T
 
I
G
 
G
F
 
S
L
 
I
A
 
S
P
 
A
L
 
I
R
 
E
A
 
-
R
 
D
G
 
G
V
 
L
R
 
T
I
 
V
D
 
-
E
 
-
A
 
-
L
 
V
V
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
G
R
 
K
A
 
A
V
 
L
L
 
A
A
 
Y
G
 
G
L
 
A
V
 
K
E
 
E
L
 
K
G
 
G
V
 
A
R
 
K
R
 
V
V
 
V
R
 
-
I
 
I
S
 
A
N
 
N
R
 
R
T
 
T
H
 
Y
D
 
E
K
 
R
A
 
-
M
 
-
E
 
E
L
 
L
A
 
A
G
 
E
A
 
A
F
 
I
G
 
G
A
 
A
D
 
-
V
 
-
V
 
L
P
 
S
W
 
L
D
 
T
E
 
D
R
 
L
G
 
D
S
 
N
A
 
Y
A
 
E
A
 
D
G
 
G
L
 
M
V
 
V
V
 
L
-
 
A
N
 
N
T
 
T
T
 
T
P
 
S
C
 
M
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
G
 
-
A
 
P
R
 
N
M
 
V
G
 
E
E
 
E
S
 
T
P
 
P
L
 
I
P
 
S
E
 
K
G
 
D
A
 
A
F
 
L
S
 
K
G
 
H
R
 
Y
G
 
A
M
 
L
A
 
V
Y
 
F
D
 
D
L
 
A
V
 
V
Y
|
Y
N
 
T
P
 
P
L
 
R
T
 
I
T
 
T
R
 
R
F
 
L
L
 
L
A
 
R
D
 
E
A
 
A
R
 
E
A
 
E
A
 
S
G
 
G
W
 
A
E
 
I
T
 
T
Q
 
V
D
 
S
G
 
G
L
 
S
G
 
E
M
 
M
F
 
F
V
 
V
E
 
R
Q
|
Q
G
 
A
R
 
Y
E
 
E
Q
|
Q
F
 
F
R
 
E
I
 
I
W
 
F
T
 
T
G
 
G
L
 
L
D
 
P
L
 
A
P
 
P
A
 
K
E
 
E

Sites not aligning to the query:

1o9bA Quinate/shikimate dehydrogenase ydib complexed with nadh (see paper)
34% identity, 87% coverage: 35:295/301 of query aligns to 2:278/280 of 1o9bA

query
sites
1o9bA
R
 
E
L
 
L
Y
 
I
G
 
G
I
 
L
V
 
M
G
 
A
H
 
Y
P
 
P
L
 
I
G
 
R
H
 
H
T
 
S
L
 
L
S
 
S
P
 
P
L
 
E
L
 
M
H
 
Q
N
 
N
W
 
K
G
 
A
F
 
L
A
 
E
L
 
K
H
 
A
S
 
G
L
 
L
P
 
P
A
 
F
V
 
T
Y
 
Y
M
 
M
A
 
A
W
 
F
P
 
E
V
 
V
P
 
D
P
 
N
G
 
D
R
 
S
F
 
F
A
 
P
S
 
G
F
 
A
M
 
I
E
 
E
A
 
G
V
 
L
R
 
K
T
 
A
L
 
L
P
 
K
V
 
M
H
 
R
G
 
G
A
 
T
S
 
G
V
 
V
T
 
S
I
 
M
P
 
P
H
 
N
K
 
K
E
 
Q
E
 
L
A
 
A
L
 
C
R
 
E
L
 
Y
C
 
V
D
 
D
R
 
E
V
 
L
T
 
T
D
 
P
R
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
L
V
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
I
N
 
N
T
 
T
L
 
I
F
 
V
L
 
N
E
 
D
D
 
D
G
 
G
V
 
Y
V
 
L
C
 
R
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
 
D
V
 
G
T
 
T
G
 
G
F
 
H
L
 
I
A
 
R
P
 
A
L
 
I
R
 
K
A
 
E
R
 
S
G
 
G
V
 
F
R
 
D
I
 
I
-
 
K
-
 
G
D
 
K
E
 
T
A
 
M
L
 
V
V
 
L
L
 
L
G
 
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
R
 
T
A
 
A
V
 
I
L
 
G
A
 
A
-
 
Q
G
 
G
L
 
A
V
 
I
E
 
E
L
 
-
G
 
G
V
 
L
R
 
K
R
 
E
V
 
I
R
 
K
I
 
L
S
 
F
N
 
N
R
|
R
T
 
R
H
 
D
-
 
E
-
x
F
-
 
F
D
 
D
K
 
K
A
 
A
M
 
L
E
 
A
L
 
F
A
 
A
G
 
Q
A
 
R
F
 
V
G
 
N
-
 
E
-
 
N
-
 
T
-
 
D
-
 
C
-
 
V
-
 
V
-
 
T
-
 
V
-
 
T
-
 
D
-
 
L
A
 
A
D
 
D
V
 
Q
V
 
Q
P
 
A
W
 
F
D
 
A
E
 
E
R
 
-
G
 
A
S
 
L
A
 
A
A
 
S
A
 
A
G
 
D
L
 
I
V
 
L
V
 
T
N
 
N
T
 
G
T
 
T
P
x
K
C
x
V
G
 
G
M
|
M
Q
 
K
G
 
P
A
 
L
R
 
E
M
 
-
G
 
N
E
 
E
S
 
S
P
 
L
L
 
V
P
 
N
E
 
D
G
 
I
A
 
S
F
 
L
S
 
L
G
 
H
R
 
P
G
 
G
-
 
L
M
 
L
A
 
V
Y
 
T
D
 
E
L
x
C
V
 
V
Y
|
Y
N
 
N
P
 
P
L
 
H
T
 
M
T
 
T
R
 
K
F
 
L
L
 
L
A
 
Q
D
 
Q
A
 
A
R
 
Q
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
W
 
C
E
 
K
T
 
T
Q
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
Y
G
 
G
M
|
M
F
x
L
V
 
L
E
 
W
Q
 
Q
G
 
G
R
 
A
E
 
E
Q
 
Q
F
 
F
R
 
T
I
 
L
W
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
K
D
 
D
L
 
F
P
 
P
A
 
L
E
 
E
G
 
Y
A
 
V
R
 
K
R
 
Q
L
 
V
I
 
M

1npdB X-ray structure of shikimate dehydrogenase complexed with NAD+ from e.Coli (ydib) northeast structural genomics research consortium (nesg) target er24 (see paper)
34% identity, 87% coverage: 35:295/301 of query aligns to 8:284/288 of 1npdB

query
sites
1npdB
R
 
E
L
 
L
Y
 
I
G
 
G
I
 
L
V
 
M
G
 
A
H
 
Y
P
 
P
L
 
I
G
 
R
H
 
H
T
 
S
L
 
L
S
 
S
P
 
P
L
 
E
L
 
M
H
 
Q
N
 
N
W
 
K
G
 
A
F
 
L
A
 
E
L
 
K
H
 
A
S
 
G
L
 
L
P
 
P
A
 
F
V
 
T
Y
 
Y
M
 
M
A
 
A
W
 
F
P
 
E
V
 
V
P
 
D
P
 
N
G
 
D
R
 
S
F
 
F
A
 
P
S
 
G
F
 
A
M
 
I
E
 
E
A
 
G
V
 
L
R
 
K
T
 
A
L
 
L
P
 
K
V
 
M
H
 
R
G
 
G
A
 
T
S
 
G
V
 
V
T
 
S
I
 
M
P
 
P
H
 
N
K
 
K
E
 
Q
E
 
L
A
 
A
L
 
C
R
 
E
L
 
Y
C
 
V
D
 
D
R
 
E
V
 
L
T
 
T
D
 
P
R
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
L
V
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
I
N
 
N
T
 
T
L
 
I
F
 
V
L
 
N
E
 
D
D
 
D
G
 
G
V
 
Y
V
 
L
C
 
R
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
 
D
V
 
G
T
 
T
G
 
G
F
 
H
L
 
I
A
 
R
P
 
A
L
 
I
R
 
K
A
 
E
R
 
S
G
 
G
V
 
F
R
 
D
I
 
I
-
 
K
-
 
G
D
 
K
E
 
T
A
 
M
L
 
V
V
 
L
L
 
L
G
 
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
R
 
T
A
 
A
V
 
I
L
 
G
A
 
A
-
 
Q
G
 
G
L
 
A
V
 
I
E
 
E
L
 
-
G
 
G
V
 
L
R
 
K
R
 
E
V
 
I
R
 
K
I
 
L
S
 
F
N
|
N
R
|
R
T
 
R
H
x
D
-
 
E
-
x
F
-
 
F
D
 
D
K
 
K
A
 
A
M
 
L
E
 
A
L
 
F
A
 
A
G
 
Q
A
 
R
F
 
V
G
 
N
-
 
E
-
 
N
-
 
T
-
 
D
-
 
C
-
 
V
-
 
V
-
 
T
-
 
V
-
 
T
-
 
D
-
 
L
A
 
A
D
 
D
V
 
Q
V
 
Q
P
 
A
W
 
F
D
 
A
E
 
E
R
 
-
G
 
A
S
 
L
A
 
A
A
 
S
A
 
A
G
 
D
L
 
I
V
 
L
V
 
T
N
 
N
T
 
G
T
|
T
P
x
K
C
x
V
G
 
G
M
|
M
Q
 
K
G
 
P
A
 
L
R
 
E
M
 
-
G
 
N
E
 
E
S
 
S
P
 
L
L
 
V
P
 
N
E
 
D
G
 
I
A
 
S
F
 
L
S
 
L
G
 
H
R
 
P
G
 
G
-
 
L
M
 
L
A
 
V
Y
 
T
D
 
E
L
x
C
V
 
V
Y
 
Y
N
 
N
P
 
P
L
 
H
T
 
M
T
 
T
R
 
K
F
 
L
L
 
L
A
 
Q
D
 
Q
A
 
A
R
 
Q
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
W
 
C
E
 
K
T
 
T
Q
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
Y
G
 
G
M
|
M
F
x
L
V
 
L
E
 
W
Q
 
Q
G
 
G
R
 
A
E
 
E
Q
 
Q
F
 
F
R
 
T
I
 
L
W
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
K
D
 
D
L
 
F
P
 
P
A
 
L
E
 
E
G
 
Y
A
 
V
R
 
K
R
 
Q
L
 
V
I
 
M

P0A6D5 Quinate/shikimate dehydrogenase; NAD-dependent shikimate 5-dehydrogenase; EC 1.1.1.282 from Escherichia coli (strain K12) (see 4 papers)
34% identity, 87% coverage: 35:295/301 of query aligns to 8:284/288 of P0A6D5

query
sites
P0A6D5
R
 
E
L
 
L
Y
 
I
G
 
G
I
 
L
V
 
M
G
 
A
H
 
Y
P
 
P
L
 
I
G
 
R
H
 
H
T
 
S
L
 
L
S
|
S
P
 
P
L
 
E
L
 
M
H
 
Q
N
 
N
W
 
K
G
 
A
F
 
L
A
 
E
L
 
K
H
 
A
S
 
G
L
 
L
P
 
P
A
 
F
V
 
T
Y
|
Y
M
 
M
A
 
A
W
 
F
P
 
E
V
 
V
P
 
D
P
 
N
G
 
D
R
 
S
F
 
F
A
 
P
S
 
G
F
 
A
M
 
I
E
 
E
A
 
G
V
 
L
R
 
K
T
 
A
L
 
L
P
 
K
V
 
M
H
 
R
G
 
G
A
 
T
S
 
G
V
 
V
T
x
S
I
 
M
P
 
P
H
 
N
K
|
K
E
 
Q
E
 
L
A
 
A
L
 
C
R
 
E
L
 
Y
C
 
V
D
 
D
R
 
E
V
 
L
T
 
T
D
 
P
R
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
L
V
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
I
N
|
N
T
 
T
L
 
I
F
 
V
L
 
N
E
 
D
D
 
D
G
 
G
V
 
Y
V
 
L
C
 
R
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
|
T
D
|
D
V
 
G
T
 
T
G
 
G
F
 
H
L
 
I
A
 
R
P
 
A
L
 
I
R
 
K
A
 
E
R
 
S
G
 
G
V
 
F
R
 
D
I
 
I
-
 
K
-
 
G
D
 
K
E
 
T
A
 
M
L
 
V
V
 
L
L
 
L
G
 
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
R
 
T
A
 
A
V
 
I
L
 
G
A
 
A
-
 
Q
G
 
G
L
 
A
V
 
I
E
 
E
L
 
-
G
 
G
V
 
L
R
 
K
R
 
E
V
 
I
R
 
K
I
 
L
S
 
F
N
|
N
R
|
R
T
x
R
H
x
D
-
 
E
-
 
F
-
 
F
D
 
D
K
 
K
A
 
A
M
 
L
E
 
A
L
 
F
A
 
A
G
 
Q
A
 
R
F
 
V
G
 
N
-
 
E
-
 
N
-
 
T
-
 
D
-
 
C
-
 
V
-
 
V
-
 
T
-
 
V
-
 
T
-
 
D
-
 
L
A
 
A
D
 
D
V
 
Q
V
 
Q
P
 
A
W
 
F
D
 
A
E
 
E
R
 
-
G
 
A
S
 
L
A
 
A
A
 
S
A
 
A
G
 
D
L
 
I
V
 
L
V
 
T
N
 
N
T
 
G
T
 
T
P
x
K
C
 
V
G
 
G
M
 
M
Q
 
K
G
 
P
A
 
L
R
 
E
M
 
-
G
 
N
E
 
E
S
 
S
P
 
L
L
 
V
P
 
N
E
 
D
G
 
I
A
 
S
F
 
L
S
 
L
G
 
H
R
 
P
G
 
G
-
 
L
M
 
L
A
 
V
Y
 
T
D
 
E
L
x
C
V
|
V
Y
|
Y
N
|
N
P
 
P
L
 
H
T
 
M
T
 
T
R
 
K
F
 
L
L
 
L
A
 
Q
D
 
Q
A
 
A
R
 
Q
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
W
 
C
E
 
K
T
 
T
Q
 
I
D
 
D
G
|
G
L
 
Y
G
 
G
M
 
M
F
 
L
V
 
L
E
 
W
Q
|
Q
G
 
G
R
 
A
E
 
E
Q
 
Q
F
 
F
R
 
T
I
 
L
W
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
K
D
 
D
L
 
F
P
 
P
A
 
L
E
 
E
G
 
Y
A
 
V
R
 
K
R
 
Q
L
 
V
I
 
M

Sites not aligning to the query:

3pgjA 2.49 angstrom resolution crystal structure of shikimate 5- dehydrogenase (aroe) from vibrio cholerae o1 biovar eltor str. N16961 in complex with shikimate
36% identity, 82% coverage: 37:284/301 of query aligns to 4:255/272 of 3pgjA

query
sites
3pgjA
Y
 
Y
G
 
A
I
 
V
V
 
F
G
 
G
H
 
N
P
 
P
L
 
I
G
 
N
H
 
H
T
x
S
L
 
K
S
|
S
P
 
P
L
 
F
L
 
I
H
 
H
N
 
T
W
 
L
G
 
F
F
 
A
A
 
R
L
 
Q
H
 
T
S
 
Q
L
 
Q
P
 
S
A
 
M
V
 
I
Y
 
Y
M
 
T
A
 
A
W
 
Q
P
 
C
V
 
V
P
 
P
P
 
V
G
 
D
R
 
G
F
 
F
A
 
T
S
 
E
F
 
A
M
 
A
E
 
K
A
 
H
V
 
F
R
 
F
T
 
A
L
 
Q
P
 
G
V
 
G
H
 
R
G
 
G
A
 
C
S
x
N
V
 
V
T
|
T
I
 
V
P
 
P
H
 
F
K
|
K
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
Y
R
 
R
L
 
F
C
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
L
T
 
T
D
 
E
R
 
R
A
 
A
R
 
R
A
 
L
V
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
L
-
 
K
F
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
G
 
G
V
 
E
V
 
I
C
 
L
G
 
G
E
 
D
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
G
T
 
E
G
 
G
F
 
L
L
 
V
A
 
Q
P
 
D
L
 
L
R
 
L
A
 
A
R
 
Q
G
 
Q
V
 
V
R
 
L
I
 
L
D
 
K
E
 
G
A
 
A
-
 
T
-
 
I
L
 
L
V
 
L
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
G
V
 
V
L
 
L
A
 
K
G
 
P
L
 
L
V
 
L
E
 
D
L
 
Q
G
 
Q
V
 
P
R
 
A
R
 
S
V
 
I
R
 
T
I
 
V
S
 
T
N
 
N
R
 
R
T
 
T
H
 
F
D
 
A
K
 
K
A
 
A
M
 
E
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
V
G
 
A
A
 
A
F
 
Y
G
 
G
A
 
E
D
 
V
V
 
K
V
 
A
P
 
Q
W
 
A
D
 
F
E
 
E
R
 
Q
G
 
L
S
 
K
A
 
Q
A
 
S
A
 
Y
G
 
D
L
 
V
V
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
S
T
 
T
P
 
S
C
 
A
G
 
S
M
 
L
Q
 
D
G
 
G
A
 
E
R
 
L
M
 
P
G
 
A
E
 
I
S
 
D
P
 
P
L
 
V
P
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
I
F
 
F
S
 
S
G
 
S
R
 
R
G
 
S
M
 
V
A
 
C
Y
 
Y
D
 
D
L
 
M
V
 
M
Y
 
Y
N
 
G
P
 
K
L
 
G
T
 
Y
T
 
T
R
 
V
F
 
F
L
 
N
A
 
Q
D
 
W
A
 
A
R
 
R
A
 
Q
A
 
H
G
 
G
W
 
C
-
 
A
E
 
Q
T
 
A
Q
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
M
F
 
L
V
 
V
E
 
G
Q
|
Q
G
 
A
R
 
A
E
 
E
Q
 
S
F
 
F
R
 
M
I
 
L
W
 
W
T
 
R
G
 
G
L
 
L

Q9KVT3 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961)
36% identity, 82% coverage: 37:284/301 of query aligns to 8:259/278 of Q9KVT3

query
sites
Q9KVT3
Y
 
Y
G
 
A
I
 
V
V
 
F
G
 
G
H
 
N
<