SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Other sequence analysis tools:

Find papers: PaperBLAST

Search for conserved domains

Find the best match in UniProt

Compare to protein structures

Predict transmenbrane helices: Phobius

Predict protein localization: PSORTb

Find homologs in fast.genomics

Fitness BLAST: loading...

Comparing 209045 FitnessBrowser__DvH:209045 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2hk9B Crystal structure of shikimate dehydrogenase from aquifex aeolicus in complex with shikimate and NADP+ at 2.2 angstrom resolution (see paper)
38% identity, 86% coverage: 35:293/301 of query aligns to 7:262/267 of 2hk9B

query
sites
2hk9B
R
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
I
 
V
V
 
I
G
 
G
H
 
F
P
 
P
L
 
V
G
 
K
H
 
H
T
x
S
L
 
L
S
|
S
P
 
P
L
 
V
L
 
F
H
 
Q
N
 
N
W
 
A
G
 
L
F
 
I
A
 
R
L
 
Y
H
 
A
S
 
G
L
 
L
P
 
N
A
 
A
V
 
V
Y
 
Y
M
 
L
A
 
A
W
 
F
P
 
E
V
 
I
P
 
N
P
 
P
G
 
E
R
 
E
F
 
L
A
 
K
S
 
K
F
 
A
M
 
F
E
 
E
A
 
G
V
 
F
R
 
K
T
 
A
L
 
L
P
 
K
V
 
V
H
 
K
G
 
G
A
 
I
S
x
N
V
 
V
T
|
T
I
x
V
P
 
P
H
 
F
K
|
K
E
 
E
E
 
E
A
 
I
L
 
I
R
 
P
L
 
L
C
 
L
D
 
D
R
 
Y
V
 
V
T
 
E
D
 
D
R
 
T
A
 
A
R
 
K
A
 
E
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
F
 
K
L
 
F
E
 
E
D
 
N
G
 
G
V
 
K
V
 
A
C
 
Y
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
W
T
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
L
A
 
K
P
 
S
L
 
L
R
 
K
A
 
S
R
 
L
G
 
I
V
 
P
R
 
E
I
 
V
D
 
K
E
 
E
A
 
K
-
 
S
-
 
I
L
 
L
V
 
V
L
 
L
G
|
G
A
 
A
G
 
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
R
 
R
A
 
A
V
 
V
L
 
I
A
 
Y
G
 
A
L
 
L
V
 
V
E
 
K
L
 
E
G
 
G
V
 
A
R
 
-
R
 
K
V
 
V
R
 
F
I
 
L
S
 
W
N
|
N
R
|
R
T
|
T
H
 
K
D
 
E
K
|
K
A
 
A
M
 
I
E
 
K
L
 
L
A
 
A
G
 
Q
A
 
K
F
 
F
G
 
P
A
 
L
D
 
E
V
 
V
V
 
V
P
 
N
W
 
S
D
 
P
E
 
E
R
 
E
G
 
V
S
 
I
A
 
D
A
 
K
A
 
V
G
 
Q
L
 
V
V
 
I
V
 
V
N
 
N
T
 
T
T
|
T
P
x
S
C
x
V
G
 
G
M
 
L
Q
 
K
G
 
-
A
 
-
R
 
-
M
 
-
G
 
D
E
 
E
S
 
D
P
 
P
-
 
E
-
 
I
L
 
F
P
 
N
E
 
Y
G
 
D
A
 
L
F
 
I
S
 
K
G
 
K
R
 
D
G
 
H
M
 
V
A
 
V
Y
 
V
D
 
D
L
x
I
V
 
I
Y
|
Y
N
 
K
P
 
-
L
 
-
T
 
E
T
 
T
R
 
K
F
 
L
L
 
L
A
 
K
D
 
K
A
 
A
R
 
K
A
 
E
A
 
K
G
 
G
W
 
A
E
 
K
T
 
L
Q
 
L
D
 
D
G
 
G
L
 
L
G
 
P
M
|
M
F
x
L
V
 
L
E
 
W
Q
|
Q
G
 
G
R
 
I
E
 
E
Q
 
A
F
 
F
R
 
K
I
 
I
W
 
W
T
 
N
G
 
G
L
 
C
D
 
E
L
 
V
P
 
P
A
 
Y
E
 
S
G
 
V
A
 
A
R
 
E
R
 
R

2hk9A Crystal structure of shikimate dehydrogenase from aquifex aeolicus in complex with shikimate and NADP+ at 2.2 angstrom resolution (see paper)
38% identity, 86% coverage: 35:293/301 of query aligns to 7:262/269 of 2hk9A

query
sites
2hk9A
R
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
I
 
V
V
 
I
G
 
G
H
 
F
P
 
P
L
 
V
G
 
K
H
 
H
T
x
S
L
 
L
S
|
S
P
 
P
L
 
V
L
 
F
H
 
Q
N
 
N
W
 
A
G
 
L
F
 
I
A
 
R
L
 
Y
H
 
A
S
 
G
L
 
L
P
 
N
A
 
A
V
 
V
Y
 
Y
M
 
L
A
 
A
W
 
F
P
 
E
V
 
I
P
 
N
P
 
P
G
 
E
R
 
E
F
 
L
A
 
K
S
 
K
F
 
A
M
 
F
E
 
E
A
 
G
V
 
F
R
 
K
T
 
A
L
 
L
P
 
K
V
 
V
H
 
K
G
 
G
A
 
I
S
x
N
V
 
V
T
 
T
I
x
V
P
 
P
H
 
F
K
|
K
E
 
E
E
 
E
A
 
I
L
 
I
R
 
P
L
 
L
C
 
L
D
 
D
R
 
Y
V
 
V
T
 
E
D
 
D
R
 
T
A
 
A
R
 
K
A
 
E
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
F
 
K
L
 
F
E
 
E
D
 
N
G
 
G
V
 
K
V
 
A
C
 
Y
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
W
T
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
L
A
 
K
P
 
S
L
 
L
R
 
K
A
 
S
R
 
L
G
 
I
V
 
P
R
 
E
I
 
V
D
 
K
E
 
E
A
 
K
-
 
S
-
 
I
L
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
R
 
R
A
 
A
V
 
V
L
 
I
A
 
Y
G
 
A
L
 
L
V
 
V
E
 
K
L
 
E
G
 
G
V
 
A
R
 
-
R
 
K
V
 
V
R
 
F
I
 
L
S
 
W
N
|
N
R
|
R
T
|
T
H
 
K
D
 
E
K
 
K
A
 
A
M
 
I
E
 
K
L
 
L
A
 
A
G
 
Q
A
 
K
F
 
F
G
 
P
A
 
L
D
 
E
V
 
V
V
 
V
P
 
N
W
 
S
D
 
P
E
 
E
R
 
E
G
 
V
S
 
I
A
 
D
A
 
K
A
 
V
G
 
Q
L
 
V
V
 
I
V
 
V
N
 
N
T
 
T
T
|
T
P
x
S
C
x
V
G
 
G
M
 
L
Q
 
K
G
 
-
A
 
-
R
 
-
M
 
-
G
 
D
E
 
E
S
 
D
P
 
P
-
 
E
-
 
I
L
 
F
P
 
N
E
 
Y
G
 
D
A
 
L
F
 
I
S
 
K
G
 
K
R
 
D
G
 
H
M
 
V
A
 
V
Y
 
V
D
 
D
L
 
I
V
 
I
Y
|
Y
N
 
K
P
 
-
L
 
-
T
 
E
T
 
T
R
 
K
F
 
L
L
 
L
A
 
K
D
 
K
A
 
A
R
 
K
A
 
E
A
 
K
G
 
G
W
 
A
E
 
K
T
 
L
Q
 
L
D
 
D
G
 
G
L
 
L
G
 
P
M
 
M
F
x
L
V
 
L
E
 
W
Q
|
Q
G
 
G
R
 
I
E
 
E
Q
 
A
F
 
F
R
 
K
I
 
I
W
 
W
T
 
N
G
 
G
L
 
C
D
 
E
L
 
V
P
 
P
A
 
Y
E
 
S
G
 
V
A
 
A
R
 
E
R
 
R

O67049 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SD; SDH; EC 1.1.1.25 from Aquifex aeolicus (strain VF5) (see paper)
37% identity, 88% coverage: 35:300/301 of query aligns to 7:269/269 of O67049

query
sites
O67049
R
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
I
 
V
V
 
I
G
 
G
H
 
F
P
 
P
L
 
V
G
 
K
H
 
H
T
x
S
L
|
L
S
|
S
P
 
P
L
 
V
L
 
F
H
 
Q
N
 
N
W
 
A
G
 
L
F
 
I
A
 
R
L
 
Y
H
 
A
S
 
G
L
 
L
P
 
N
A
 
A
V
 
V
Y
 
Y
M
 
L
A
 
A
W
 
F
P
 
E
V
 
I
P
 
N
P
 
P
G
 
E
R
 
E
F
 
L
A
 
K
S
 
K
F
 
A
M
 
F
E
 
E
A
 
G
V
 
F
R
 
K
T
 
A
L
 
L
P
 
K
V
 
V
H
 
K
G
 
G
A
 
I
S
 
N
V
 
V
T
 
T
I
 
V
P
 
P
H
 
F
K
 
K
E
 
E
E
 
E
A
 
I
L
 
I
R
 
P
L
 
L
C
 
L
D
 
D
R
 
Y
V
 
V
T
 
E
D
|
D
R
 
T
A
 
A
R
 
K
A
 
E
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
F
 
K
L
 
F
E
 
E
D
 
N
G
 
G
V
 
K
V
 
A
C
 
Y
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
W
T
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
L
A
 
K
P
 
S
L
 
L
R
 
K
A
 
S
R
 
L
G
 
I
V
 
P
R
 
E
I
 
V
D
 
K
E
 
E
A
 
K
-
 
S
-
 
I
L
 
L
V
 
V
L
 
L
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
R
 
R
A
 
A
V
 
V
L
 
I
A
 
Y
G
 
A
L
 
L
V
 
V
E
 
K
L
 
E
G
 
G
V
 
A
R
 
-
R
 
K
V
 
V
R
 
F
I
 
L
S
 
W
N
 
N
R
 
R
T
 
T
H
 
K
D
 
E
K
 
K
A
 
A
M
 
I
E
 
K
L
 
L
A
 
A
G
 
Q
A
 
K
F
 
F
G
 
P
A
 
L
D
 
E
V
 
V
V
 
V
P
 
N
W
 
S
D
 
P
E
 
E
R
 
E
G
 
V
S
 
I
A
 
D
A
 
K
A
 
V
G
 
Q
L
 
V
V
 
I
V
 
V
N
 
N
T
 
T
T
 
T
P
 
S
C
 
V
G
 
G
M
 
L
Q
 
K
G
 
D
A
 
K
R
 
D
M
 
-
G
 
-
E
 
-
S
 
-
P
 
-
L
 
-
P
 
P
E
 
E
-
 
I
-
 
F
-
 
N
-
 
Y
G
 
D
A
 
L
F
 
I
S
 
K
G
 
K
R
 
D
G
 
H
M
 
V
A
 
V
Y
 
V
D
 
D
L
x
I
V
 
I
Y
|
Y
N
 
K
P
 
-
L
 
-
T
 
E
T
 
T
R
 
K
F
 
L
L
 
L
A
 
K
D
 
K
A
 
A
R
 
K
A
 
E
A
 
K
G
 
G
W
 
A
E
 
K
T
 
L
Q
 
F
D
 
D
G
|
G
L
 
L
G
 
P
M
 
M
F
 
L
V
 
L
E
 
W
Q
|
Q
G
 
G
R
 
I
E
 
E
Q
 
A
F
 
F
R
 
K
I
 
I
W
 
W
T
 
N
G
 
G
L
 
C
D
 
E
L
 
V
P
 
P
A
 
Y
E
 
S
G
 
V
A
 
A
R
 
E
R
 
R
L
 
S
I
 
V
A
 
R
E
 
D
A
 
L
L
 
R
G
 
G

Q5HNV1 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Staphylococcus epidermidis (strain ATCC 35984 / DSM 28319 / BCRC 17069 / CCUG 31568 / BM 3577 / RP62A) (see paper)
32% identity, 87% coverage: 37:299/301 of query aligns to 3:265/269 of Q5HNV1

query
sites
Q5HNV1
Y
 
F
G
 
A
I
 
V
V
 
I
G
 
G
H
 
N
P
 
P
L
 
I
G
 
S
H
 
H
T
x
S
L
|
L
S
|
S
P
 
P
L
 
L
L
 
M
H
 
H
N
 
H
W
 
A
G
 
N
F
 
F
A
 
Q
L
 
S
H
 
L
S
 
N
L
 
L
P
 
E
A
 
N
V
 
T
Y
 
Y
M
 
E
A
 
A
W
 
I
P
 
N
V
 
V
P
 
P
P
 
V
G
 
N
R
 
Q
F
 
F
A
 
Q
S
 
D
F
 
I
M
 
K
E
 
K
A
 
I
V
 
I
R
 
S
T
 
E
L
 
K
P
 
S
V
 
I
H
 
D
G
 
G
A
 
F
S
 
N
V
 
V
T
|
T
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
 
K
E
 
E
E
 
R
A
 
I
L
 
I
R
 
P
L
 
Y
C
 
L
D
 
D
R
 
D
V
 
I
T
 
N
D
 
E
R
 
Q
A
 
A
R
 
K
A
 
S
V
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
F
 
L
L
 
V
E
 
K
D
 
D
G
 
G
V
 
K
V
 
W
C
 
I
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
G
T
 
I
G
 
G
F
 
Y
L
 
V
A
 
N
P
 
G
L
 
L
R
 
K
A
 
Q
R
 
I
G
 
Y
V
 
E
R
 
G
I
 
I
D
 
E
E
 
D
A
 
A
-
 
Y
-
 
I
L
 
L
V
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
S
R
 
K
A
 
G
V
 
I
L
 
A
A
 
N
G
 
E
L
 
L
V
 
Y
E
 
K
L
 
I
G
 
V
V
 
R
R
 
P
R
 
T
V
 
L
R
 
T
I
 
V
S
 
A
N
 
N
R
 
R
T
 
T
H
 
M
D
 
S
K
 
R
A
 
F
M
 
N
E
 
N
L
 
W
A
 
S
G
 
L
A
 
N
F
 
I
G
 
N
A
 
K
D
 
I
V
 
N
V
 
L
P
 
S
W
 
H
D
 
A
E
 
E
R
 
S
G
 
H
S
 
L
A
 
D
A
 
E
A
 
F
G
 
D
L
 
I
V
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
T
T
 
T
P
 
P
C
 
A
G
 
G
M
 
M
Q
 
N
G
 
G
A
 
N
R
 
T
M
 
-
G
 
-
E
 
D
S
 
S
P
 
V
L
 
I
P
 
S
E
 
L
G
 
N
A
 
R
F
 
L
S
 
A
G
 
S
R
 
H
G
 
T
M
 
L
A
 
V
Y
 
S
D
 
D
L
 
I
V
 
V
Y
|
Y
N
 
N
P
 
P
L
 
Y
T
 
K
T
 
T
R
 
P
F
 
I
L
 
L
A
 
I
D
 
E
A
 
A
R
 
E
A
 
Q
A
 
R
G
 
G
W
 
N
E
 
P
T
 
I
Q
 
Y
D
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
D
M
 
M
F
 
F
V
 
V
E
 
H
Q
|
Q
G
 
G
R
 
A
E
 
E
Q
 
S
F
 
F
R
 
K
I
 
I
W
 
W
T
 
T
G
 
N
L
 
L
D
 
E
L
 
P
P
 
D
A
 
I
E
 
K
G
 
A
A
 
M
R
 
K
R
 
N
L
 
I
I
 
V
A
 
I
E
 
Q
A
 
K
L
 
L

2o7qA Crystal structure of the a. Thaliana dhq-dehydroshikimate-sdh- shikimate-NADP(h)
38% identity, 85% coverage: 35:289/301 of query aligns to 235:483/501 of 2o7qA

query
sites
2o7qA
R
 
K
L
 
V
Y
 
Y
G
 
G
I
|
I
V
 
I
G
 
G
H
 
K
P
 
P
L
 
V
G
 
S
H
 
H
T
x
S
L
 
K
S
|
S
P
 
P
L
 
I
L
 
V
H
 
H
N
 
N
W
 
Q
G
 
A
F
 
F
A
 
K
L
 
S
H
 
V
S
 
D
L
 
F
P
 
N
A
 
G
V
 
V
Y
 
Y
M
 
V
A
 
H
W
 
L
P
 
L
V
 
V
P
 
-
P
 
-
G
 
D
R
 
N
F
 
L
A
 
V
S
 
S
F
 
F
M
 
L
E
 
Q
A
 
A
V
 
Y
R
 
S
T
 
S
L
 
S
P
 
D
V
 
F
H
 
A
G
 
G
A
 
F
S
 
S
V
 
C
T
|
T
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
|
K
E
 
E
E
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
L
 
C
C
 
C
D
 
D
R
 
E
V
 
V
T
 
D
D
 
P
R
 
L
A
 
A
R
 
K
A
 
S
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
I
F
 
L
-
 
R
-
 
R
L
 
K
E
 
S
D
 
D
G
 
G
V
 
K
V
 
L
C
 
L
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
C
T
 
I
G
 
G
F
 
S
L
 
I
A
 
S
P
 
A
L
 
I
R
 
E
A
 
-
R
 
D
G
 
G
V
 
L
R
 
T
I
 
V
D
 
-
E
 
-
A
 
-
L
 
V
V
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
G
R
 
K
A
 
A
V
 
L
L
 
A
A
 
Y
G
 
G
L
 
A
V
 
K
E
 
E
L
 
K
G
 
A
V
 
-
R
 
-
R
 
K
V
 
V
R
 
V
I
 
I
S
 
A
N
 
N
R
 
R
T
 
T
H
 
Y
D
 
E
K
 
R
A
 
A
M
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
A
G
 
E
A
 
A
F
 
I
G
 
G
A
 
G
D
 
K
V
 
A
V
 
L
P
 
S
W
 
L
D
 
T
E
 
D
R
 
L
G
 
D
S
 
N
A
 
Y
A
 
E
A
 
D
G
 
G
L
 
M
V
 
V
V
 
L
-
 
A
N
 
N
T
 
T
T
 
T
P
 
S
C
 
M
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
G
 
-
A
 
P
R
 
N
M
 
V
G
 
E
E
 
E
S
 
T
P
 
P
L
 
I
P
 
S
E
 
K
G
 
D
A
 
A
F
 
L
S
 
K
G
 
H
R
 
Y
G
 
A
M
 
L
A
 
V
Y
 
F
D
 
D
L
 
A
V
 
V
Y
|
Y
N
 
T
P
 
P
L
 
R
T
 
I
T
 
T
R
 
R
F
 
L
L
 
L
A
 
R
D
 
E
A
 
A
R
 
E
A
 
E
A
 
S
G
 
G
W
 
A
E
 
I
T
 
T
Q
 
V
D
 
S
G
 
G
L
 
S
G
 
E
M
 
M
F
|
F
V
 
V
E
 
R
Q
|
Q
G
 
A
R
 
Y
E
 
E
Q
|
Q
F
 
F
R
 
E
I
 
I
W
 
F
T
 
T
G
 
G
L
 
L
D
 
P
L
 
A
P
 
P
A
 
K
E
 
E

Sites not aligning to the query:

2ev9B Crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase (aroe) from thermus thermophilus hb8 in complex with NADP(h) and shikimate (see paper)
44% identity, 85% coverage: 37:293/301 of query aligns to 4:259/263 of 2ev9B

query
sites
2ev9B
Y
 
F
G
 
A
I
 
V
V
 
L
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
V
G
 
A
H
 
H
T
x
S
L
 
L
S
|
S
P
 
P
L
 
A
L
 
M
H
 
H
N
 
-
W
 
-
G
 
A
F
 
F
A
 
A
L
 
L
H
 
E
S
 
S
L
 
L
-
 
G
-
 
L
P
 
E
A
 
G
V
 
S
Y
 
Y
M
 
E
A
 
A
W
 
W
P
 
D
V
 
T
P
 
P
-
 
L
-
 
E
-
 
A
-
 
L
P
 
P
G
 
G
R
 
R
F
 
L
A
 
K
S
 
E
F
 
V
M
 
R
E
 
R
A
 
A
V
 
F
R
 
R
T
 
-
L
 
-
P
 
-
V
 
-
H
 
-
G
 
G
A
 
V
S
x
N
V
 
L
T
|
T
I
 
L
P
 
P
H
 
L
K
|
K
E
 
E
E
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
A
L
 
H
C
 
L
D
 
D
R
 
W
V
 
V
T
 
S
D
 
P
R
 
E
A
 
A
R
 
Q
A
 
R
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
F
 
L
L
 
Q
E
 
V
D
 
E
G
 
G
V
 
R
V
 
L
C
 
F
G
 
G
E
 
F
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
A
T
 
P
G
 
G
F
 
F
L
 
L
A
 
E
P
 
A
L
 
L
R
 
K
A
 
A
R
 
G
G
 
G
V
 
I
R
 
P
I
 
L
D
 
K
-
 
G
E
 
P
A
 
A
L
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
G
R
 
R
A
 
A
V
 
V
L
 
A
A
 
F
G
 
A
L
 
L
V
 
R
E
 
E
L
 
A
G
 
G
V
 
L
R
 
-
R
 
E
V
 
V
R
 
W
I
 
V
S
 
W
N
 
N
R
 
R
T
 
T
H
 
P
D
 
Q
K
 
R
A
 
A
M
 
L
E
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
E
A
 
E
F
 
F
G
 
G
A
 
L
D
 
R
V
 
A
V
 
V
P
 
P
W
 
L
D
 
E
E
 
K
R
 
-
G
 
-
S
 
A
A
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
R
L
 
L
V
 
L
V
 
V
N
 
N
T
 
A
T
 
T
P
 
R
C
 
V
G
 
G
M
 
L
Q
 
E
G
 
D
A
 
P
R
 
-
M
 
-
G
 
S
E
 
A
S
 
S
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
A
G
 
E
A
 
L
F
 
F
S
 
P
G
 
E
R
 
E
G
 
G
M
 
A
A
 
A
Y
 
V
D
 
D
L
 
L
V
 
V
Y
 
Y
N
 
R
P
 
P
L
 
L
T
 
W
T
 
T
R
 
R
F
 
F
L
 
L
A
 
R
D
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
A
A
 
K
G
 
G
W
 
L
E
 
K
T
 
V
Q
 
Q
D
 
T
G
 
G
L
 
L
G
 
P
M
 
M
F
 
L
V
 
A
E
 
W
Q
|
Q
G
 
G
R
 
A
E
 
L
Q
 
A
F
 
F
R
 
R
I
 
L
W
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
L
D
 
-
L
 
L
P
 
P
-
 
D
-
 
P
-
 
S
-
 
G
-
 
M
A
 
E
E
 
E
G
 
A
A
 
A
R
 
R
R
 
R

Q5SJF8 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (see paper)
44% identity, 85% coverage: 37:293/301 of query aligns to 4:259/263 of Q5SJF8

query
sites
Q5SJF8
Y
 
F
G
 
A
I
 
V
V
 
L
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
V
G
 
A
H
 
H
T
x
S
L
|
L
S
|
S
P
 
P
L
 
A
L
 
M
H
 
H
N
 
-
W
 
-
G
 
A
F
 
F
A
 
A
L
 
L
H
 
E
S
 
S
L
 
L
-
 
G
-
 
L
P
 
E
A
 
G
V
 
S
Y
 
Y
M
 
E
A
 
A
W
 
W
P
 
D
V
 
T
P
 
P
-
 
L
-
 
E
-
 
A
-
 
L
P
 
P
G
 
G
R
 
R
F
 
L
A
 
K
S
 
E
F
 
V
M
 
R
E
 
R
A
 
A
V
 
F
R
 
R
T
 
-
L
 
-
P
 
-
V
 
-
H
 
-
G
 
G
A
 
V
S
 
N
V
 
L
T
|
T
I
 
L
P
 
P
H
 
L
K
|
K
E
 
E
E
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
A
L
 
H
C
 
L
D
 
D
R
 
W
V
 
V
T
 
S
D
 
P
R
 
E
A
 
A
R
 
Q
A
 
R
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
F
 
L
L
 
Q
E
 
V
D
 
E
G
 
G
V
 
R
V
 
L
C
 
F
G
 
G
E
 
F
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
A
T
 
P
G
 
G
F
 
F
L
 
L
A
 
E
P
 
A
L
 
L
R
 
K
A
 
A
R
 
G
G
 
G
V
 
I
R
 
P
I
 
L
D
 
K
-
 
G
E
 
P
A
 
A
L
 
L
V
 
V
L
 
L
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
G
R
 
R
A
 
A
V
 
V
L
 
A
A
 
F
G
 
A
L
 
L
V
 
R
E
 
E
L
 
A
G
 
G
V
 
L
R
 
-
R
 
E
V
 
V
R
 
W
I
 
V
S
 
W
N
|
N
R
|
R
T
|
T
H
x
P
D
x
Q
K
x
R
A
 
A
M
 
L
E
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
E
A
 
E
F
 
F
G
 
G
A
 
L
D
 
R
V
 
A
V
 
V
P
 
P
W
 
L
D
 
E
E
 
K
R
 
-
G
 
-
S
 
A
A
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
R
L
 
L
V
 
L
V
 
V
N
 
N
T
 
A
T
 
T
P
 
R
C
 
V
G
 
G
M
 
L
Q
 
E
G
 
D
A
 
P
R
 
-
M
 
-
G
 
S
E
 
A
S
 
S
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
A
G
 
E
A
 
L
F
 
F
S
 
P
G
 
E
R
 
E
G
 
G
M
 
A
A
 
A
Y
 
V
D
 
D
L
|
L
V
 
V
Y
|
Y
N
 
R
P
 
P
L
 
L
T
 
W
T
 
T
R
 
R
F
 
F
L
 
L
A
 
R
D
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
A
A
 
K
G
 
G
W
 
L
E
 
K
T
 
V
Q
 
Q
D
 
T
G
|
G
L
 
L
G
 
P
M
 
M
F
 
L
V
 
A
E
 
W
Q
|
Q
G
 
G
R
 
A
E
 
L
Q
 
A
F
 
F
R
 
R
I
 
L
W
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
L
D
 
-
L
 
L
P
 
P
-
 
D
-
 
P
-
 
S
-
 
G
-
 
M
A
 
E
E
 
E
G
 
A
A
 
A
R
 
R
R
 
R

2cy0A Crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase (aroe) from thermus thermophilus hb8 in complex with NADP (see paper)
44% identity, 85% coverage: 37:293/301 of query aligns to 4:259/262 of 2cy0A

query
sites
2cy0A
Y
 
F
G
 
A
I
 
V
V
 
L
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
V
G
 
A
H
 
H
T
 
S
L
 
L
S
 
S
P
 
P
L
 
A
L
 
M
H
 
H
N
 
-
W
 
-
G
 
A
F
 
F
A
 
A
L
 
L
H
 
E
S
 
S
L
 
L
-
 
G
-
 
L
P
 
E
A
 
G
V
 
S
Y
 
Y
M
 
E
A
 
A
W
 
W
P
 
D
V
 
T
P
 
P
-
 
L
-
 
E
-
 
A
-
 
L
P
 
P
G
 
G
R
 
R
F
 
L
A
 
K
S
 
E
F
 
V
M
 
R
E
 
R
A
 
A
V
 
F
R
 
R
T
 
-
L
 
-
P
 
-
V
 
-
H
 
-
G
 
G
A
 
V
S
 
N
V
 
L
T
 
T
I
 
L
P
 
P
H
 
L
K
|
K
E
 
E
E
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
A
L
 
H
C
 
L
D
 
D
R
 
W
V
 
V
T
 
S
D
 
P
R
 
E
A
 
A
R
 
Q
A
 
R
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
V
F
 
L
L
 
Q
E
 
V
D
 
E
G
 
G
V
 
R
V
 
L
C
 
F
G
 
G
E
 
F
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
A
T
 
P
G
 
G
F
 
F
L
 
L
A
 
E
P
 
A
L
 
L
R
 
K
A
 
A
R
 
G
G
 
G
V
 
I
R
 
P
I
 
L
D
 
K
-
 
G
E
 
P
A
 
A
L
 
L
V
 
V
L
 
L
G
|
G
A
 
A
G
 
G
G
|
G
A
|
A
A
 
G
R
 
R
A
 
A
V
 
V
L
 
A
A
 
F
G
 
A
L
 
L
V
 
R
E
 
E
L
 
A
G
 
G
V
 
L
R
 
-
R
 
E
V
 
V
R
 
W
I
 
V
S
 
W
N
|
N
R
|
R
T
|
T
H
 
P
D
 
Q
K
x
R
A
 
A
M
 
L
E
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
E
A
 
E
F
 
F
G
 
G
A
 
L
D
 
R
V
 
A
V
 
V
P
 
P
W
 
L
D
 
E
E
 
K
R
 
-
G
 
-
S
 
A
A
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
R
L
 
L
V
 
L
V
 
V
N
 
N
T
 
A
T
|
T
P
x
R
C
x
V
G
 
G
M
 
L
Q
 
E
G
 
D
A
 
P
R
 
-
M
 
-
G
 
S
E
 
A
S
 
S
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
A
G
 
E
A
 
L
F
 
F
S
 
P
G
 
E
R
 
E
G
 
G
M
 
A
A
 
A
Y
 
V
D
 
D
L
|
L
V
 
V
Y
 
Y
N
 
R
P
 
P
L
 
L
T
 
W
T
 
T
R
 
R
F
 
F
L
 
L
A
 
R
D
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
A
A
 
K
G
 
G
W
 
L
E
 
K
T
 
V
Q
 
Q
D
 
T
G
 
G
L
 
L
G
 
P
M
 
M
F
x
L
V
 
A
E
 
W
Q
 
Q
G
 
G
R
 
A
E
 
L
Q
 
A
F
 
F
R
 
R
I
 
L
W
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
L
D
 
-
L
 
L
P
 
P
-
 
D
-
 
P
-
 
S
-
 
G
-
 
M
A
 
E
E
 
E
G
 
A
A
 
A
R
 
R
R
 
R

2o7sA Crystal structure of the a. Thaliana dhq-dehydroshikimate-sdh- shikimate-NADP(h)
39% identity, 85% coverage: 35:289/301 of query aligns to 235:482/500 of 2o7sA

query
sites
2o7sA
R
 
K
L
 
V
Y
 
Y
G
 
G
I
|
I
V
 
I
G
 
G
H
 
K
P
 
P
L
 
V
G
 
S
H
 
H
T
x
S
L
 
K
S
|
S
P
 
P
L
 
I
L
 
V
H
 
H
N
 
N
W
 
Q
G
 
A
F
 
F
A
 
K
L
 
S
H
 
V
S
 
D
L
 
F
P
 
N
A
 
G
V
 
V
Y
 
Y
M
 
V
A
 
H
W
 
L
P
 
L
V
 
V
P
 
-
P
 
-
G
 
D
R
 
N
F
 
L
A
 
V
S
 
S
F
 
F
M
 
L
E
 
Q
A
 
A
V
 
Y
R
 
S
T
 
S
L
 
S
P
 
D
V
 
F
H
 
A
G
 
G
A
 
F
S
 
S
V
 
C
T
|
T
I
|
I
P
|
P
H
 
H
K
|
K
E
 
E
E
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
L
 
C
C
 
C
D
 
D
R
 
E
V
 
V
T
 
D
D
 
P
R
 
L
A
 
A
R
 
K
A
 
S
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
I
F
 
L
-
 
R
-
 
R
L
 
K
E
 
S
D
 
D
G
 
G
V
 
K
V
 
L
C
 
L
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
C
T
 
I
G
 
G
F
 
S
L
 
I
A
 
S
P
 
A
L
 
I
R
 
E
A
 
-
R
 
D
G
 
G
V
 
L
R
 
T
I
 
V
D
 
-
E
 
-
A
 
-
L
 
V
V
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
G
R
 
K
A
 
A
V
 
L
L
 
A
A
 
Y
G
 
G
L
 
A
V
 
K
E
 
E
L
 
K
G
 
G
V
 
A
R
 
-
R
 
-
V
 
V
R
 
V
I
 
I
S
 
A
N
|
N
R
|
R
T
|
T
H
 
Y
D
 
E
K
x
R
A
 
A
M
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
A
G
 
E
A
 
A
F
 
I
G
 
G
A
 
G
D
 
A
V
 
L
V
 
S
P
 
L
W
 
T
D
 
D
E
 
L
R
 
D
G
 
N
S
 
Y
A
 
E
A
 
D
A
 
G
G
 
M
L
 
V
V
 
L
V
 
A
N
 
N
T
 
T
T
|
T
P
x
S
C
x
M
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
G
 
-
A
 
P
R
 
N
M
 
V
G
 
E
E
 
E
S
 
T
P
 
P
L
 
I
P
 
S
E
 
K
G
 
D
A
 
A
F
 
L
S
 
K
G
 
H
R
 
Y
G
 
A
M
 
L
A
 
V
Y
 
F
D
 
D
L
x
A
V
 
V
Y
|
Y
N
 
T
P
 
P
L
 
R
T
 
I
T
 
T
R
 
R
F
 
L
L
 
L
A
 
R
D
 
E
A
 
A
R
 
E
A
 
E
A
 
S
G
 
G
W
 
A
E
 
I
T
 
T
Q
 
V
D
 
S
G
 
G
L
 
S
G
 
E
M
|
M
F
|
F
V
 
V
E
 
R
Q
|
Q
G
 
A
R
 
Y
E
 
E
Q
|
Q
F
 
F
R
 
E
I
 
I
W
 
F
T
 
T
G
 
G
L
 
L
D
 
P
L
 
A
P
 
P
A
 
K
E
 
E

Sites not aligning to the query:

3dooA Crystal structure of shikimate dehydrogenase from staphylococcus epidermidis complexed with shikimate (see paper)
30% identity, 87% coverage: 37:299/301 of query aligns to 3:256/258 of 3dooA

query
sites
3dooA
Y
 
F
G
 
A
I
 
V
V
 
I
G
 
G
H
 
N
P
 
P
L
 
I
G
 
S
H
 
H
T
x
S
L
 
L
S
|
S
P
 
P
L
 
L
L
 
M
H
 
H
N
 
H
W
 
A
G
 
N
F
 
F
A
 
Q
L
 
S
H
 
L
S
 
N
L
 
L
P
 
E
A
 
N
V
 
T
Y
 
Y
M
 
E
A
 
A
W
 
I
P
 
N
V
 
V
P
 
P
P
 
V
G
 
N
R
 
Q
F
 
F
A
 
Q
S
 
D
F
 
I
M
 
K
E
 
K
A
 
I
V
 
I
R
 
S
T
 
E
L
 
K
P
 
S
V
 
I
H
 
D
G
 
G
A
 
F
S
x
N
V
 
V
T
|
T
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
|
K
E
 
E
E
 
R
A
 
I
L
 
I
R
 
P
L
 
Y
C
 
L
D
 
D
R
 
D
V
 
I
T
 
N
D
 
E
R
 
Q
A
 
A
R
 
K
A
 
S
V
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
F
 
L
L
 
V
E
 
K
D
 
D
G
 
G
V
 
K
V
 
W
C
 
I
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
G
T
 
I
G
 
G
F
 
Y
L
 
V
A
 
N
P
 
G
L
 
L
R
 
K
A
 
Q
R
 
I
G
 
Y
V
 
E
R
 
G
I
 
I
D
 
E
E
 
D
A
 
A
-
 
Y
-
 
I
L
 
L
V
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
S
R
 
K
A
 
G
V
 
I
L
 
A
A
 
N
G
 
E
L
 
L
V
 
Y
E
 
K
L
 
I
G
 
V
V
 
R
R
 
P
R
 
T
V
 
L
R
 
T
I
 
V
S
 
A
N
 
N
R
 
R
T
 
T
H
 
M
D
 
S
K
 
R
A
 
F
M
 
N
E
 
N
L
 
W
A
 
S
G
 
L
A
 
N
F
 
I
G
 
N
A
 
K
D
 
I
V
 
N
V
 
L
P
 
S
W
 
H
D
 
A
E
 
E
R
 
S
G
 
H
S
 
L
A
 
D
A
 
E
A
 
F
G
 
D
L
 
I
V
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
T
T
 
T
P
 
P
C
 
V
G
 
-
M
 
-
Q
 
-
G
 
-
A
 
-
R
 
-
M
 
-
G
 
-
E
 
-
S
 
-
P
 
-
L
 
I
P
 
S
E
 
L
G
 
N
A
 
R
F
 
L
S
 
A
G
 
S
R
 
H
G
 
T
M
 
L
A
 
V
Y
 
S
D
 
D
L
 
I
V
 
V
Y
 
Y
N
 
N
P
 
P
L
 
Y
T
 
K
T
 
T
R
 
P
F
 
I
L
 
L
A
 
I
D
 
E
A
 
A
R
 
E
A
 
Q
A
 
R
G
 
G
W
 
N
E
 
P
T
 
I
Q
 
Y
D
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
D
M
 
M
F
|
F
V
 
V
E
 
H
Q
|
Q
G
 
G
R
 
A
E
 
E
Q
 
S
F
 
F
R
 
K
I
 
I
W
 
W
T
 
T
G
 
N
L
 
L
D
 
E
L
 
P
P
 
D
A
 
I
E
 
K
G
 
A
A
 
M
R
 
K
R
 
N
L
 
I
I
 
V
A
 
I
E
 
Q
A
 
K
L
 
L

Q9SQT8 Bifunctional 3-dehydroquinate dehydratase/shikimate dehydrogenase, chloroplastic; DHQ-SDH protein; DHQase-SORase; Protein EMBRYO DEFECTIVE 3004; EC 4.2.1.10; EC 1.1.1.25 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see paper)
36% identity, 85% coverage: 35:289/301 of query aligns to 324:594/603 of Q9SQT8

query
sites
Q9SQT8
R
 
K
L
 
V
Y
 
Y
G
 
G
I
 
I
V
 
I
G
 
G
H
 
K
P
 
P
L
 
V
G
 
S
H
 
H
T
x
S
L
 
K
S
|
S
P
 
P
L
 
I
L
 
V
H
 
H
N
 
N
W
 
Q
G
 
A
F
 
F
A
 
K
L
 
S
H
 
V
S
 
D
L
 
F
P
 
N
A
 
G
V
 
V
Y
 
Y
M
 
V
A
 
H
W
 
L
P
 
L
V
 
V
P
 
-
P
 
-
G
 
D
R
 
N
F
 
L
A
 
V
S
 
S
F
 
F
M
 
L
E
 
Q
A
 
A
V
 
Y
R
 
S
T
 
S
L
 
S
P
 
D
V
 
F
H
 
A
G
 
G
A
 
F
S
 
S
V
 
C
T
|
T
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
|
K
E
 
E
E
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
L
 
C
C
 
C
D
 
D
R
 
E
V
 
V
T
 
D
D
 
P
R
 
L
A
 
A
R
 
K
A
 
S
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
I
F
 
L
-
 
R
-
 
R
L
 
K
E
 
S
D
 
D
G
 
G
V
 
K
V
 
L
C
 
L
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
C
T
 
I
G
 
G
F
 
S
L
 
I
A
 
S
P
 
A
L
 
I
R
 
E
A
 
-
R
 
D
G
 
G
V
 
L
R
 
R
I
 
S
-
 
S
-
 
G
-
 
D
-
 
P
-
 
S
-
 
S
-
 
V
-
 
P
-
 
S
-
 
S
-
 
S
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
A
-
 
S
D
 
K
E
 
T
A
 
V
L
 
V
V
 
V
L
 
I
G
 
G
A
|
A
G
 
G
G
|
G
A
|
A
A
 
G
R
 
K
A
 
A
V
 
L
L
 
A
A
 
Y
G
 
G
L
 
A
V
 
K
E
 
E
L
 
K
G
 
G
V
 
A
R
 
K
R
 
V
V
 
V
R
 
-
I
 
I
S
 
A
N
|
N
R
 
R
T
|
T
H
 
Y
D
 
E
K
x
R
A
 
A
M
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
A
G
 
E
A
 
A
F
 
I
G
 
G
A
 
G
D
 
K
-
 
A
-
 
L
-
 
S
V
 
L
V
 
T
P
 
D
W
 
L
D
 
D
E
 
N
R
 
Y
G
 
H
S
 
P
A
 
E
A
 
D
A
 
G
G
 
M
L
 
V
V
 
L
V
 
A
N
 
N
T
 
T
T
 
T
P
 
S
C
 
M
G
 
G
M
|
M
Q
 
Q
G
 
-
A
 
P
R
 
N
M
 
V
G
 
E
E
 
E
S
 
T
P
 
P
L
 
I
P
 
S
E
 
K
G
 
D
A
 
A
F
 
L
S
 
K
G
 
H
R
 
Y
G
 
A
M
 
L
A
 
V
Y
 
F
D
 
D
L
x
A
V
 
V
Y
|
Y
N
 
T
P
 
P
L
 
R
T
 
I
T
 
T
R
 
R
F
 
L
L
 
L
A
 
R
D
 
E
A
 
A
R
 
E
A
 
E
A
 
S
G
 
G
W
 
A
E
 
I
T
 
T
Q
 
V
D
 
S
G
|
G
L
 
S
G
 
E
M
 
M
F
 
F
V
 
V
E
 
R
Q
|
Q
G
 
A
R
 
Y
E
 
E
Q
|
Q
F
 
F
R
 
E
I
 
I
W
 
F
T
 
T
G
 
G
L
 
L
D
 
P
L
 
A
P
 
P
A
 
K
E
 
E

Sites not aligning to the query:

2gptA Crystal structure of arabidopsis dehydroquinate dehydratase-shikimate dehydrogenase in complex with tartrate and shikimate (see paper)
39% identity, 85% coverage: 35:289/301 of query aligns to 235:480/498 of 2gptA

query
sites
2gptA
R
 
K
L
 
V
Y
 
Y
G
 
G
I
|
I
V
 
I
G
 
G
H
 
K
P
 
P
L
 
V
G
 
S
H
 
H
T
x
S
L
 
K
S
|
S
P
 
P
L
 
I
L
 
V
H
 
H
N
 
N
W
 
Q
G
 
A
F
 
F
A
 
K
L
 
S
H
 
V
S
 
D
L
 
F
P
 
N
A
 
G
V
 
V
Y
 
Y
M
 
V
A
 
H
W
 
L
P
 
L
V
 
V
P
 
-
P
 
-
G
 
D
R
 
N
F
 
L
A
 
V
S
 
S
F
 
F
M
 
L
E
 
Q
A
 
A
V
 
Y
R
 
S
T
 
S
L
 
S
P
 
D
V
 
F
H
 
A
G
 
G
A
 
F
S
 
S
V
 
C
T
|
T
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
|
K
E
 
E
E
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
L
 
C
C
 
C
D
 
D
R
 
E
V
 
V
T
 
D
D
 
P
R
 
L
A
 
A
R
 
K
A
 
S
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
I
F
 
L
-
 
R
-
 
R
L
 
K
E
 
S
D
 
D
G
 
G
V
 
K
V
 
L
C
 
L
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
C
T
 
I
G
 
G
F
 
S
L
 
I
A
 
S
P
 
A
L
 
I
R
 
E
A
 
-
R
 
D
G
 
G
V
 
L
R
 
T
I
 
V
D
 
-
E
 
-
A
 
-
L
 
V
V
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
G
R
 
K
A
 
A
V
 
L
L
 
A
A
 
Y
G
 
G
L
 
A
V
 
K
E
 
E
L
 
K
G
 
G
V
 
A
R
 
K
R
 
V
V
 
V
R
 
-
I
 
I
S
 
A
N
 
N
R
 
R
T
 
T
H
 
Y
D
 
E
K
 
R
A
 
-
M
 
-
E
 
E
L
 
L
A
 
A
G
 
E
A
 
A
F
 
I
G
 
G
A
 
A
D
 
-
V
 
-
V
 
L
P
 
S
W
 
L
D
 
T
E
 
D
R
 
L
G
 
D
S
 
N
A
 
Y
A
 
E
A
 
D
G
 
G
L
 
M
V
 
V
V
 
L
-
 
A
N
 
N
T
 
T
T
 
T
P
 
S
C
 
M
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
G
 
-
A
 
P
R
 
N
M
 
V
G
 
E
E
 
E
S
 
T
P
 
P
L
 
I
P
 
S
E
 
K
G
 
D
A
 
A
F
 
L
S
 
K
G
 
H
R
 
Y
G
 
A
M
 
L
A
 
V
Y
 
F
D
 
D
L
 
A
V
 
V
Y
|
Y
N
 
T
P
 
P
L
 
R
T
 
I
T
 
T
R
 
R
F
 
L
L
 
L
A
 
R
D
 
E
A
 
A
R
 
E
A
 
E
A
 
S
G
 
G
W
 
A
E
 
I
T
 
T
Q
 
V
D
 
S
G
 
G
L
 
S
G
 
E
M
 
M
F
 
F
V
 
V
E
 
R
Q
|
Q
G
 
A
R
 
Y
E
 
E
Q
|
Q
F
 
F
R
 
E
I
 
I
W
 
F
T
 
T
G
 
G
L
 
L
D
 
P
L
 
A
P
 
P
A
 
K
E
 
E

Sites not aligning to the query:

1o9bA Quinate/shikimate dehydrogenase ydib complexed with nadh (see paper)
34% identity, 87% coverage: 35:295/301 of query aligns to 2:278/280 of 1o9bA

query
sites
1o9bA
R
 
E
L
 
L
Y
 
I
G
 
G
I
 
L
V
 
M
G
 
A
H
 
Y
P
 
P
L
 
I
G
 
R
H
 
H
T
 
S
L
 
L
S
 
S
P
 
P
L
 
E
L
 
M
H
 
Q
N
 
N
W
 
K
G
 
A
F
 
L
A
 
E
L
 
K
H
 
A
S
 
G
L
 
L
P
 
P
A
 
F
V
 
T
Y
 
Y
M
 
M
A
 
A
W
 
F
P
 
E
V
 
V
P
 
D
P
 
N
G
 
D
R
 
S
F
 
F
A
 
P
S
 
G
F
 
A
M
 
I
E
 
E
A
 
G
V
 
L
R
 
K
T
 
A
L
 
L
P
 
K
V
 
M
H
 
R
G
 
G
A
 
T
S
 
G
V
 
V
T
 
S
I
 
M
P
 
P
H
 
N
K
 
K
E
 
Q
E
 
L
A
 
A
L
 
C
R
 
E
L
 
Y
C
 
V
D
 
D
R
 
E
V
 
L
T
 
T
D
 
P
R
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
L
V
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
I
N
 
N
T
 
T
L
 
I
F
 
V
L
 
N
E
 
D
D
 
D
G
 
G
V
 
Y
V
 
L
C
 
R
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
 
D
V
 
G
T
 
T
G
 
G
F
 
H
L
 
I
A
 
R
P
 
A
L
 
I
R
 
K
A
 
E
R
 
S
G
 
G
V
 
F
R
 
D
I
 
I
-
 
K
-
 
G
D
 
K
E
 
T
A
 
M
L
 
V
V
 
L
L
 
L
G
 
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
R
 
T
A
 
A
V
 
I
L
 
G
A
 
A
-
 
Q
G
 
G
L
 
A
V
 
I
E
 
E
L
 
-
G
 
G
V
 
L
R
 
K
R
 
E
V
 
I
R
 
K
I
 
L
S
 
F
N
 
N
R
|
R
T
 
R
H
 
D
-
 
E
-
x
F
-
 
F
D
 
D
K
 
K
A
 
A
M
 
L
E
 
A
L
 
F
A
 
A
G
 
Q
A
 
R
F
 
V
G
 
N
-
 
E
-
 
N
-
 
T
-
 
D
-
 
C
-
 
V
-
 
V
-
 
T
-
 
V
-
 
T
-
 
D
-
 
L
A
 
A
D
 
D
V
 
Q
V
 
Q
P
 
A
W
 
F
D
 
A
E
 
E
R
 
-
G
 
A
S
 
L
A
 
A
A
 
S
A
 
A
G
 
D
L
 
I
V
 
L
V
 
T
N
 
N
T
 
G
T
 
T
P
x
K
C
x
V
G
 
G
M
|
M
Q
 
K
G
 
P
A
 
L
R
 
E
M
 
-
G
 
N
E
 
E
S
 
S
P
 
L
L
 
V
P
 
N
E
 
D
G
 
I
A
 
S
F
 
L
S
 
L
G
 
H
R
 
P
G
 
G
-
 
L
M
 
L
A
 
V
Y
 
T
D
 
E
L
x
C
V
 
V
Y
|
Y
N
 
N
P
 
P
L
 
H
T
 
M
T
 
T
R
 
K
F
 
L
L
 
L
A
 
Q
D
 
Q
A
 
A
R
 
Q
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
W
 
C
E
 
K
T
 
T
Q
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
Y
G
 
G
M
|
M
F
x
L
V
 
L
E
 
W
Q
 
Q
G
 
G
R
 
A
E
 
E
Q
 
Q
F
 
F
R
 
T
I
 
L
W
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
K
D
 
D
L
 
F
P
 
P
A
 
L
E
 
E
G
 
Y
A
 
V
R
 
K
R
 
Q
L
 
V
I
 
M

1npdB X-ray structure of shikimate dehydrogenase complexed with NAD+ from e.Coli (ydib) northeast structural genomics research consortium (nesg) target er24 (see paper)
34% identity, 87% coverage: 35:295/301 of query aligns to 8:284/288 of 1npdB

query
sites
1npdB
R
 
E
L
 
L
Y
 
I
G
 
G
I
 
L
V
 
M
G
 
A
H
 
Y
P
 
P
L
 
I
G
 
R
H
 
H
T
 
S
L
 
L
S
 
S
P
 
P
L
 
E
L
 
M
H
 
Q
N
 
N
W
 
K
G
 
A
F
 
L
A
 
E
L
 
K
H
 
A
S
 
G
L
 
L
P
 
P
A
 
F
V
 
T
Y
 
Y
M
 
M
A
 
A
W
 
F
P
 
E
V
 
V
P
 
D
P
 
N
G
 
D
R
 
S
F
 
F
A
 
P
S
 
G
F
 
A
M
 
I
E
 
E
A
 
G
V
 
L
R
 
K
T
 
A
L
 
L
P
 
K
V
 
M
H
 
R
G
 
G
A
 
T
S
 
G
V
 
V
T
 
S
I
 
M
P
 
P
H
 
N
K
 
K
E
 
Q
E
 
L
A
 
A
L
 
C
R
 
E
L
 
Y
C
 
V
D
 
D
R
 
E
V
 
L
T
 
T
D
 
P
R
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
L
V
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
I
N
 
N
T
 
T
L
 
I
F
 
V
L
 
N
E
 
D
D
 
D
G
 
G
V
 
Y
V
 
L
C
 
R
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
 
D
V
 
G
T
 
T
G
 
G
F
 
H
L
 
I
A
 
R
P
 
A
L
 
I
R
 
K
A
 
E
R
 
S
G
 
G
V
 
F
R
 
D
I
 
I
-
 
K
-
 
G
D
 
K
E
 
T
A
 
M
L
 
V
V
 
L
L
 
L
G
 
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
R
 
T
A
 
A
V
 
I
L
 
G
A
 
A
-
 
Q
G
 
G
L
 
A
V
 
I
E
 
E
L
 
-
G
 
G
V
 
L
R
 
K
R
 
E
V
 
I
R
 
K
I
 
L
S
 
F
N
|
N
R
|
R
T
 
R
H
x
D
-
 
E
-
x
F
-
 
F
D
 
D
K
 
K
A
 
A
M
 
L
E
 
A
L
 
F
A
 
A
G
 
Q
A
 
R
F
 
V
G
 
N
-
 
E
-
 
N
-
 
T
-
 
D
-
 
C
-
 
V
-
 
V
-
 
T
-
 
V
-
 
T
-
 
D
-
 
L
A
 
A
D
 
D
V
 
Q
V
 
Q
P
 
A
W
 
F
D
 
A
E
 
E
R
 
-
G
 
A
S
 
L
A
 
A
A
 
S
A
 
A
G
 
D
L
 
I
V
 
L
V
 
T
N
 
N
T
 
G
T
|
T
P
x
K
C
x
V
G
 
G
M
|
M
Q
 
K
G
 
P
A
 
L
R
 
E
M
 
-
G
 
N
E
 
E
S
 
S
P
 
L
L
 
V
P
 
N
E
 
D
G
 
I
A
 
S
F
 
L
S
 
L
G
 
H
R
 
P
G
 
G
-
 
L
M
 
L
A
 
V
Y
 
T
D
 
E
L
x
C
V
 
V
Y
 
Y
N
 
N
P
 
P
L
 
H
T
 
M
T
 
T
R
 
K
F
 
L
L
 
L
A
 
Q
D
 
Q
A
 
A
R
 
Q
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
W
 
C
E
 
K
T
 
T
Q
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
Y
G
 
G
M
|
M
F
x
L
V
 
L
E
 
W
Q
 
Q
G
 
G
R
 
A
E
 
E
Q
 
Q
F
 
F
R
 
T
I
 
L
W
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
K
D
 
D
L
 
F
P
 
P
A
 
L
E
 
E
G
 
Y
A
 
V
R
 
K
R
 
Q
L
 
V
I
 
M

P0A6D5 Quinate/shikimate dehydrogenase; NAD-dependent shikimate 5-dehydrogenase; EC 1.1.1.282 from Escherichia coli (strain K12) (see 4 papers)
34% identity, 87% coverage: 35:295/301 of query aligns to 8:284/288 of P0A6D5

query
sites
P0A6D5
R
 
E
L
 
L
Y
 
I
G
 
G
I
 
L
V
 
M
G
 
A
H
 
Y
P
 
P
L
 
I
G
 
R
H
 
H
T
 
S
L
 
L
S
|
S
P
 
P
L
 
E
L
 
M
H
 
Q
N
 
N
W
 
K
G
 
A
F
 
L
A
 
E
L
 
K
H
 
A
S
 
G
L
 
L
P
 
P
A
 
F
V
 
T
Y
|
Y
M
 
M
A
 
A
W
 
F
P
 
E
V
 
V
P
 
D
P
 
N
G
 
D
R
 
S
F
 
F
A
 
P
S
 
G
F
 
A
M
 
I
E
 
E
A
 
G
V
 
L
R
 
K
T
 
A
L
 
L
P
 
K
V
 
M
H
 
R
G
 
G
A
 
T
S
 
G
V
 
V
T
x
S
I
 
M
P
 
P
H
 
N
K
|
K
E
 
Q
E
 
L
A
 
A
L
 
C
R
 
E
L
 
Y
C
 
V
D
 
D
R
 
E
V
 
L
T
 
T
D
 
P
R
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
L
V
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
I
N
|
N
T
 
T
L
 
I
F
 
V
L
 
N
E
 
D
D
 
D
G
 
G
V
 
Y
V
 
L
C
 
R
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
|
T
D
|
D
V
 
G
T
 
T
G
 
G
F
 
H
L
 
I
A
 
R
P
 
A
L
 
I
R
 
K
A
 
E
R
 
S
G
 
G
V
 
F
R
 
D
I
 
I
-
 
K
-
 
G
D
 
K
E
 
T
A
 
M
L
 
V
V
 
L
L
 
L
G
 
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
R
 
T
A
 
A
V
 
I
L
 
G
A
 
A
-
 
Q
G
 
G
L
 
A
V
 
I
E
 
E
L
 
-
G
 
G
V
 
L
R
 
K
R
 
E
V
 
I
R
 
K
I
 
L
S
 
F
N
|
N
R
|
R
T
x
R
H
x
D
-
 
E
-
 
F
-
 
F
D
 
D
K
 
K
A
 
A
M
 
L
E
 
A
L
 
F
A
 
A
G
 
Q
A
 
R
F
 
V
G
 
N
-
 
E
-
 
N
-
 
T
-
 
D
-
 
C
-
 
V
-
 
V
-
 
T
-
 
V
-
 
T
-
 
D
-
 
L
A
 
A
D
 
D
V
 
Q
V
 
Q
P
 
A
W
 
F
D
 
A
E
 
E
R
 
-
G
 
A
S
 
L
A
 
A
A
 
S
A
 
A
G
 
D
L
 
I
V
 
L
V
 
T
N
 
N
T
 
G
T
 
T
P
x
K
C
 
V
G
 
G
M
 
M
Q
 
K
G
 
P
A
 
L
R
 
E
M
 
-
G
 
N
E
 
E
S
 
S
P
 
L
L
 
V
P
 
N
E
 
D
G
 
I
A
 
S
F
 
L
S
 
L
G
 
H
R
 
P
G
 
G
-
 
L
M
 
L
A
 
V
Y
 
T
D
 
E
L
x
C
V
|
V
Y
|
Y
N
|
N
P
 
P
L
 
H
T
 
M
T
 
T
R
 
K
F
 
L
L
 
L
A
 
Q
D
 
Q
A
 
A
R
 
Q
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
W
 
C
E
 
K
T
 
T
Q
 
I
D
 
D
G
|
G
L
 
Y
G
 
G
M
 
M
F
 
L
V
 
L
E
 
W
Q
|
Q
G
 
G
R
 
A
E
 
E
Q
 
Q
F
 
F
R
 
T
I
 
L
W
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
K
D
 
D
L
 
F
P
 
P
A
 
L
E
 
E
G
 
Y
A
 
V
R
 
K
R
 
Q
L
 
V
I
 
M

Sites not aligning to the query:

3pgjA 2.49 angstrom resolution crystal structure of shikimate 5- dehydrogenase (aroe) from vibrio cholerae o1 biovar eltor str. N16961 in complex with shikimate
36% identity, 82% coverage: 37:284/301 of query aligns to 4:255/272 of 3pgjA

query
sites
3pgjA
Y
 
Y
G
 
A
I
 
V
V
 
F
G
 
G
H
 
N
P
 
P
L
 
I
G
 
N
H
 
H
T
x
S
L
 
K
S
|
S
P
 
P
L
 
F
L
 
I
H
 
H
N
 
T
W
 
L
G
 
F
F
 
A
A
 
R
L
 
Q
H
 
T
S
 
Q
L
 
Q
P
 
S
A
 
M
V
 
I
Y
 
Y
M
 
T
A
 
A
W
 
Q
P
 
C
V
 
V
P
 
P
P
 
V
G
 
D
R
 
G
F
 
F
A
 
T
S
 
E
F
 
A
M
 
A
E
 
K
A
 
H
V
 
F
R
 
F
T
 
A
L
 
Q
P
 
G
V
 
G
H
 
R
G
 
G
A
 
C
S
x
N
V
 
V
T
|
T
I
 
V
P
 
P
H
 
F
K
|
K
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
Y
R
 
R
L
 
F
C
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
L
T
 
T
D
 
E
R
 
R
A
 
A
R
 
R
A
 
L
V
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
L
-
 
K
F
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
G
 
G
V
 
E
V
 
I
C
 
L
G
 
G
E
 
D
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
G
T
 
E
G
 
G
F
 
L
L
 
V
A
 
Q
P
 
D
L
 
L
R
 
L
A
 
A
R
 
Q
G
 
Q
V
 
V
R
 
L
I
 
L
D
 
K
E
 
G
A
 
A
-
 
T
-
 
I
L
 
L
V
 
L
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
G
V
 
V
L
 
L
A
 
K
G
 
P
L
 
L
V
 
L
E
 
D
L
 
Q
G
 
Q
V
 
P
R
 
A
R
 
S
V
 
I
R
 
T
I
 
V
S
 
T
N
 
N
R
 
R
T
 
T
H
 
F
D
 
A
K
 
K
A
 
A
M
 
E
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
V
G
 
A
A
 
A
F
 
Y
G
 
G
A
 
E
D
 
V
V
 
K
V
 
A
P
 
Q
W
 
A
D
 
F
E
 
E
R
 
Q
G
 
L
S
 
K
A
 
Q
A
 
S
A
 
Y
G
 
D
L
 
V
V
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
S
T
 
T
P
 
S
C
 
A
G
 
S
M
 
L
Q
 
D
G
 
G
A
 
E
R
 
L
M
 
P
G
 
A
E
 
I
S
 
D
P
 
P
L
 
V
P
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
I
F
 
F
S
 
S
G
 
S
R
 
R
G
 
S
M
 
V
A
 
C
Y
 
Y
D
 
D
L
 
M
V
 
M
Y
 
Y
N
 
G
P
 
K
L
 
G
T
 
Y
T
 
T
R
 
V
F
 
F
L
 
N
A
 
Q
D
 
W
A
 
A
R
 
R
A
 
Q
A
 
H
G
 
G
W
 
C
-
 
A
E
 
Q
T
 
A
Q
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
M
F
 
L
V
 
V
E
 
G
Q
|
Q
G
 
A
R
 
A
E
 
E
Q
 
S
F
 
F
R
 
M
I
 
L
W
 
W
T
 
R
G
 
G
L
 
L

Q9KVT3 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961)
36% identity, 82% coverage: 37:284/301 of query aligns to 8:259/278 of Q9KVT3

query
sites
Q9KVT3
Y
 
Y
G
 
A
I
 
V
V
 
F
G
 
G
H
 
N
P
 
P
L
 
I
G
 
N
H
 
H
T
x
S
L
x
K
S
|
S
P
 
P
L
 
F
L
 
I
H
 
H
N
 
T
W
 
L
G
 
F
F
 
A
A
 
R
L
 
Q
H
 
T
S
 
Q
L
 
Q
P
 
S
A
 
M
V
 
I
Y
 
Y
M
 
T
A
 
A
W
 
Q
P
 
C
V
 
V
P
 
P
P
 
V
G
 
D
R
 
G
F
 
F
A
 
T
S
 
E
F
 
A
M
 
A
E
 
K
A
 
H
V
 
F
R
 
F
T
 
A
L
 
Q
P
 
G
V
 
G
H
 
R
G
 
G
A
 
C
S
 
N
V
 
V
T
 
T
I
 
V
P
 
P
H
 
F
K
 
K
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
Y
R
 
R
L
 
F
C
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
L
T
 
T
D
 
E
R
 
R
A
 
A
R
 
R
A
 
L
V
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
L
-
 
K
F
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
G
 
G
V
 
E
V
 
I
C
 
L
G
 
G
E
 
D
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
G
T
 
E
G
 
G
F
 
L
L
 
V
A
 
Q
P
 
D
L
 
L
R
 
L
A
 
A
R
 
Q
G
 
Q
V
 
V
R
 
L
I
 
L
D
 
K
E
 
G
A
 
A
-
 
T
-
 
I
L
 
L
V
 
L
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
G
V
 
V
L
 
L
A
 
K
G
 
P
L
 
L
V
 
L
E
 
D
L
 
Q
G
 
Q
V
 
P
R
 
A
R
 
S
V
 
I
R
 
T
I
 
V
S
 
T
N
|
N
R
|
R
T
|
T
H
x
F
D
x
A
K
|
K
A
 
A
M
 
E
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
V
G
 
A
A
 
A
F
 
Y
G
 
G
A
 
E
D
 
V
V
 
K
V
 
A
P
 
Q
W
 
A
D
 
F
E
 
E
R
 
Q
G
 
L
S
 
K
A
 
Q
A
 
S
A
 
Y
G
 
D
L
 
V
V
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
S
T
 
T
P
 
S
C
 
A
G
 
S
M
 
L
Q
 
D
G
 
G
A
 
E
R
 
L
M
 
P
G
 
A
E
 
I
S
 
D
P
 
P
L
 
V
P
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
I
F
 
F
S
 
S
G
 
S
R
 
R
G
 
S
M
 
V
A
 
C
Y
 
Y
D
 
D
L
 
M
V
 
M
Y
 
Y
N
 
G
P
 
K
L
 
G
T
 
Y
T
 
T
R
 
V
F
 
F
L
 
N
A
 
Q
D
 
W
A
 
A
R
 
R
A
 
Q
A
 
H
G
 
G
W
 
C
-
 
A
E
 
Q
T
 
A
Q
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
M
F
 
L
V
 
V
E
 
G
Q
|
Q
G
 
A
R
 
A
E
 
E
Q
 
S
F
 
F
R
 
M
I
 
L
W
 
W
T
 
R
G
 
G
L
 
L

6bmqA Crystal structure of arabidopsis dehydroquinate dehydratase-shikimate dehydrogenase (t381g mutant) in complex with tartrate and shikimate (see paper)
38% identity, 85% coverage: 35:289/301 of query aligns to 235:480/498 of 6bmqA

query
sites
6bmqA
R
 
K
L
 
V
Y
 
Y
G
 
G
I
 
I
V
 
I
G
 
G
H
 
K
P
 
P
L
 
V
G
 
S
H
 
H
T
x
S
L
 
K
S
|
S
P
 
P
L
 
I
L
 
V
H
 
H
N
 
N
W
 
Q
G
 
A
F
 
F
A
 
K
L
 
S
H
 
V
S
 
D
L
 
F
P
 
N
A
 
G
V
 
V
Y
 
Y
M
 
V
A
 
H
W
 
L
P
 
L
V
 
V
P
 
-
P
 
-
G
 
D
R
 
N
F
 
L
A
 
V
S
 
S
F
 
F
M
 
L
E
 
Q
A
 
A
V
 
Y
R
 
S
T
 
S
L
 
S
P
 
D
V
 
F
H
 
A
G
 
G
A
 
F
S
 
S
V
x
C
T
 
G
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
|
K
E
 
E
E
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
L
 
C
C
 
C
D
 
D
R
 
E
V
 
V
T
 
D
D
 
P
R
 
L
A
 
A
R
 
K
A
 
S
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
I
F
 
L
-
 
R
-
 
R
L
 
K
E
 
S
D
 
D
G
 
G
V
 
K
V
 
L
C
 
L
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
C
T
 
I
G
 
G
F
 
S
L
 
I
A
 
S
P
 
A
L
 
I
R
 
E
A
 
-
R
 
D
G
 
G
V
 
L
R
 
T
I
 
V
D
 
-
E
 
-
A
 
-
L
 
V
V
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
G
R
 
K
A
 
A
V
 
L
L
 
A
A
 
Y
G
 
G
L
 
A
V
 
K
E
 
E
L
 
K
G
 
G
V
 
A
R
 
K
R
 
V
V
 
V
R
 
-
I
 
I
S
 
A
N
 
N
R
 
R
T
 
T
H
 
Y
D
 
E
K
 
R
A
 
-
M
 
-
E
 
E
L
 
L
A
 
A
G
 
E
A
 
A
F
 
I
G
 
G
A
 
A
D
 
-
V
 
-
V
 
L
P
 
S
W
 
L
D
 
T
E
 
D
R
 
L
G
 
D
S
 
N
A
 
Y
A
 
E
A
 
D
G
 
G
L
 
M
V
 
V
V
 
L
-
 
A
N
 
N
T
 
T
T
 
T
P
 
S
C
 
M
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
G
 
-
A
 
P
R
 
N
M
 
V
G
 
E
E
 
E
S
 
T
P
 
P
L
 
I
P
 
S
E
 
K
G
 
D
A
 
A
F
 
L
S
 
K
G
 
H
R
 
Y
G
 
A
M
 
L
A
 
V
Y
 
F
D
 
D
L
 
A
V
 
V
Y
|
Y
N
 
T
P
 
P
L
 
R
T
 
I
T
 
T
R
 
R
F
 
L
L
 
L
A
 
R
D
 
E
A
 
A
R
 
E
A
 
E
A
 
S
G
 
G
W
 
A
E
 
I
T
 
T
Q
 
V
D
 
S
G
 
G
L
 
S
G
 
E
M
 
M
F
 
F
V
 
V
E
 
R
Q
|
Q
G
 
A
R
 
Y
E
 
E
Q
 
Q
F
 
F
R
 
E
I
 
I
W
 
F
T
 
T
G
 
G
L
 
L
D
 
P
L
 
A
P
 
P
A
 
K
E
 
E

Sites not aligning to the query:

Q58484 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (Methanococcus jannaschii) (see paper)
31% identity, 88% coverage: 35:299/301 of query aligns to 7:280/282 of Q58484

query
sites
Q58484
R
 
K
L
 
V
Y
 
I
G
 
G
I
 
L
V
 
I
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
V
G
 
E
H
 
H
T
 
S
L
 
F
S
 
S
P
 
P
L
 
I
L
 
M
H
 
H
N
 
N
W
 
A
G
 
A
F
 
F
A
 
K
L
 
D
H
 
K
S
 
G
L
 
L
P
 
N
A
 
Y
V
 
V
Y
 
Y
M
 
V
A
 
A
W
 
F
P
 
D
V
 
V
P
 
L
P
 
P
G
 
E
R
 
N
F
 
L
A
 
K
S
 
Y
F
 
V
M
 
I
E
 
D
A
 
G
V
 
A
R
 
K
T
 
A
L
 
L
P
 
G
V
 
I
H
 
V
G
 
G
A
 
F
S
 
N
V
 
V
T
 
T
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
 
K
E
 
I
E
 
E
A
 
I
L
 
M
R
 
K
L
 
Y
C
 
L
D
 
D
R
 
E
V
 
I
T
 
D
D
 
K
R
 
D
A
 
A
R
 
Q
A
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
I
F
 
K
L
 
I
E
 
E
D
 
D
G
 
G
V
 
K
V
 
A
C
 
I
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
 
D
V
 
G
T
 
I
G
 
G
F
 
A
L
 
R
A
 
M
P
 
A
L
 
L
R
 
E
A
 
E
R
 
E
G
 
I
V
 
G
R
 
R
I
 
V
D
 
K
E
 
D
A
 
K
L
 
N
V
 
I
L
 
V
G
 
I
A
 
Y
G
|
G
G
x
A
A
x
G
A
x
G
R
x
A
A
 
A
V
 
R
L
 
A
A
 
V
G
 
A
L
 
F
V
 
E
E
 
L
L
 
A
G
 
K
V
 
D
R
 
N
R
 
N
V
 
I
R
 
I
I
 
I
S
 
A
N
|
N
R
|
R
T
|
T
H
x
V
D
x
E
K
|
K
A
 
A
M
 
E
E
 
A
L
 
L
A
 
A
-
 
K
-
 
E
-
 
I
-
 
A
-
 
E
-
 
K
-
 
L
-
 
N
G
 
K
A
 
K
F
 
F
G
 
G
A
 
E
D
 
E
V
 
V
-
 
K
-
 
F
-
 
S
-
 
G
V
 
L
P
 
D
W
 
V
D
 
D
E
 
L
R
 
D
G
 
G
S
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
V
G
 
D
L
 
I
V
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
A
T
|
T
P
 
P
C
 
I
G
 
G
M
|
M
Q
 
Y
G
 
P
A
 
N
R
 
I
M
 
D
G
 
V
E
 
E
S
 
P
P
 
I
L
 
V
P
 
K
E
 
A
G
 
E
A
 
K
F
 
L
S
 
R
G
 
E
R
 
D
G
 
M
M
 
V
A
 
V
Y
 
M
D
 
D
L
|
L
V
 
I
Y
 
Y
N
 
N
P
 
P
L
 
L
T
 
E
T
 
T
R
 
V
F
 
L
L
 
L
A
 
K
D
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
K
A
 
V
G
 
N
W
 
A
E
 
K
T
 
T
Q
 
I
D
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
M
F
 
L
V
 
I
E
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
R
 
A
E
 
V
Q
 
A
F
 
F
R
 
K
I
 
I
W
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
V
D
 
E
L
 
P
P
 
N
A
 
I
E
 
E
G
 
V
A
 
M
R
 
K
R
 
N
L
 
A
I
 
I
A
 
I
E
 
D
A
 
K
L
 
I

1nvtB Crystal structure of shikimate dehydrogenase (aroe or mj1084) in complex with NADP+ (see paper)
31% identity, 88% coverage: 35:299/301 of query aligns to 12:285/287 of 1nvtB

query
sites
1nvtB
R
 
K
L
 
V
Y
 
I
G
 
G
I
 
L
V
 
I
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
V
G
x
E
H
|
H
T
 
S
L
 
F
S
 
S
P
 
P
L
 
I
L
 
M
H
 
H
N
 
N
W
 
A
G
 
A
F
 
F
A
 
K
L
 
D
H
 
K
S
 
G
L
 
L
P
 
N
A
 
Y
V
 
V
Y
 
Y
M
 
V
A
 
A
W
 
F
P
 
D
V
 
V
P
 
L
P
 
P
G
 
E
R
 
N
F
 
L
A
 
K
S
 
Y
F
 
V
M
 
I
E
 
D
A
 
G
V
 
A
R
 
K
T
 
A
L
 
L
P
 
G
V
 
I
H
 
V
G
 
G
A
 
F
S
 
N
V
 
V
T
 
T
I
|
I
P
 
P
H
 
H
K
|
K
E
 
I
E
 
E
A
 
I
L
 
M
R
 
K
L
 
Y
C
 
L
D
 
D
R
 
E
V
 
I
T
 
D
D
 
K
R
 
D
A
 
A
R
 
Q
A
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
I
F
 
K
L
 
I
E
 
E
D
 
D
G
 
G
V
 
K
V
 
A
C
 
I
G
 
G
E
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
V
 
G
T
 
I
G
 
G
F
 
A
L
 
R
A
 
M
P
 
A
L
 
L
R
 
E
A
 
E
R
 
E
G
 
I
V
 
G
R
 
R
I
 
V
D
 
K
E
 
D
A
 
K
L
 
N
V
 
I
L
 
V
G
 
I
A
 
Y
G
|
G
G
 
A
A
x
G
A
x
G
R
x
A
A
 
A
V
 
R
L
 
A
A
 
V
G
 
A
L
 
F
V
 
E
E
 
L
L
 
A
G
 
K
V
 
D
R
 
N
R
 
N
V
 
I
R
 
I
I
 
I
S
 
A
N
|
N
R
|
R
T
|
T
H
 
V
D
 
E
K
|
K
A
 
A
M
 
E
E
 
A
L
 
L
A
 
A
-
 
K
-
 
E
-
 
I
-
 
A
-
 
E
-
 
K
-
 
L
-
 
N
G
 
K
A
 
K
F
 
F
G
 
G
A
 
E
D
 
E
V
 
V
-
 
K
-
 
F
-
 
S
-
 
G
V
 
L
P
 
D
W
 
V
D
 
D
E
 
L
R
 
D
G
 
G
S
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
V
G
 
D
L
 
I
V
 
I
V
 
I
N
 
N
T
x
A
T
|
T
P
|
P
C
x
I
G
 
G
M
|
M
Q
 
Y
G
 
P
A
 
N
R
 
I
M
 
D
G
 
V
E
 
E
S
 
P
P
 
I
L
 
V
P
 
K
E
 
A
G
 
E
A
 
K
F
 
L
S
 
R
G
 
E
R
 
D
G
 
M
M
 
V
A
 
V
Y
 
M
D
 
D
L
|
L
V
 
I
Y
|
Y
N
 
N
P
 
P
L
 
L
T
 
E
T
 
T
R
 
V
F
 
L
L
 
L
A
 
K
D
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
K
A
 
V
G
 
N
W
 
A
E
 
K
T
 
T
Q
 
I
D
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
|
M
F
x
L
V
 
I
E
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
R
 
A
E
 
V
Q
 
A
F
 
F
R
 
K
I
 
I
W
 
W
T
 
T
G
 
G
L
 
V
D
 
E
L
 
P
P
 
N
A
 
I
E
 
E
G
 
V
A
 
M
R
 
K
R
 
N
L
 
A
I
 
I
A
 
I
E
 
D
A
 
K
L
 
I

Query Sequence

>209045 FitnessBrowser__DvH:209045
MSAPIPTRSVKLSQSPCAADSSESAHRVPFRIPERLYGIVGHPLGHTLSPLLHNWGFALH
SLPAVYMAWPVPPGRFASFMEAVRTLPVHGASVTIPHKEEALRLCDRVTDRARAVGAVNT
LFLEDGVVCGENTDVTGFLAPLRARGVRIDEALVLGAGGAARAVLAGLVELGVRRVRISN
RTHDKAMELAGAFGADVVPWDERGSAAAGLVVNTTPCGMQGARMGESPLPEGAFSGRGMA
YDLVYNPLTTRFLADARAAGWETQDGLGMFVEQGREQFRIWTGLDLPAEGARRLIAEALG
L

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory