SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 209220 MicrobesOnline__882:209220 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1h5yB Hisf protein from pyrobaculum aerophilum (see paper)
47% identity, 99% coverage: 2:257/259 of query aligns to 3:253/253 of 1h5yB

query
sites
1h5yB
L
 
M
S
 
A
K
 
L
R
 
R
I
 
I
I
 
I
P
 
P
C
 
C
L
 
L
D
|
D
V
 
I
R
 
D
A
 
G
G
 
G
R
 
A
-
 
K
-
 
V
L
 
V
T
 
V
K
|
K
G
 
G
V
 
V
K
 
N
F
 
F
E
 
Q
G
 
G
N
 
I
V
 
R
D
 
E
I
 
V
G
 
G
D
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
E
T
 
M
A
 
A
R
 
V
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
E
E
 
E
E
 
E
G
 
G
A
 
A
D
 
D
E
 
E
I
 
I
V
 
A
F
 
I
Y
x
L
D
 
D
I
 
I
T
 
T
A
 
A
S
 
A
H
 
P
E
 
E
D
 
G
R
 
R
G
 
A
I
 
T
F
 
F
L
 
I
D
 
D
V
 
S
V
 
V
E
 
K
R
 
R
V
 
V
A
 
A
S
 
E
E
 
A
I
 
V
F
 
S
I
 
I
P
 
P
F
 
V
S
 
L
V
 
V
G
 
G
G
|
G
G
|
G
I
x
V
N
 
R
T
 
S
V
 
L
D
 
E
D
 
D
M
 
A
R
 
T
A
 
T
V
 
L
L
 
F
M
 
R
A
 
A
G
 
G
A
 
A
E
 
D
K
 
K
V
 
V
S
 
S
V
 
V
N
|
N
S
x
T
G
 
A
A
 
A
V
 
V
K
 
R
T
 
N
P
 
P
D
 
Q
I
 
L
I
 
V
S
 
A
Q
 
L
G
 
L
A
 
A
A
 
R
A
 
E
F
 
F
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
A
 
S
I
 
T
V
 
V
V
 
V
G
x
A
M
 
I
D
|
D
V
 
A
K
 
K
Q
 
W
V
 
N
E
 
G
K
 
E
S
 
Y
A
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
-
S
 
-
G
 
-
Y
 
Y
E
 
E
I
 
V
V
 
Y
I
 
V
H
 
K
G
|
G
G
|
G
R
 
R
K
 
E
Y
 
A
M
 
T
G
 
G
M
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
V
E
 
K
W
 
W
A
 
A
K
 
K
T
 
E
C
 
V
E
 
E
S
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
I
C
 
L
V
 
L
N
x
T
S
 
S
I
|
I
D
 
D
A
 
R
D
|
D
G
|
G
T
 
T
K
 
G
D
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
D
L
 
V
T
 
E
L
 
L
T
 
I
R
 
R
M
 
R
I
 
V
S
 
A
D
 
D
A
 
S
V
 
V
T
 
R
I
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
A
S
 
S
G
|
G
G
|
G
A
 
A
G
 
G
S
 
R
P
 
V
E
 
E
H
 
H
M
 
F
Y
 
Y
D
 
E
A
 
A
L
 
A
T
 
A
R
 
A
G
 
-
G
 
G
A
 
A
S
 
D
A
 
A
A
 
V
L
 
L
I
x
A
A
|
A
S
|
S
I
 
L
V
 
F
H
 
H
Y
 
F
G
 
R
T
 
V
Y
 
L
T
 
S
I
 
I
P
 
A
D
 
Q
L
 
V
K
 
K
R
 
R
R
 
Y
I
 
L
S
 
K
G
 
E
M
 
R
G
 
G
A
 
V
K
 
E
M
 
V
R
 
R
M
 
I

Q9X0C6 Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF; IGP synthase cyclase subunit; IGP synthase subunit HisF; ImGP synthase subunit HisF; IGPS subunit HisF; EC 4.3.2.10 from Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8) (see paper)
44% identity, 99% coverage: 1:257/259 of query aligns to 1:250/253 of Q9X0C6

query
sites
Q9X0C6
M
 
M
L
 
L
S
 
A
K
 
K
R
 
R
I
 
I
I
 
I
P
 
A
C
|
C
L
 
L
D
|
D
V
 
V
R
 
K
A
 
D
G
 
G
R
 
R
L
 
V
T
 
V
K
|
K
G
 
G
V
 
T
K
 
N
F
 
F
E
 
E
G
 
N
N
 
L
V
 
R
D
 
D
I
 
S
G
 
G
D
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
E
T
 
L
A
 
G
R
 
K
R
 
F
Y
 
Y
Y
 
S
E
 
E
E
 
I
G
 
G
A
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
L
V
 
V
F
 
F
Y
 
L
D
|
D
I
 
I
T
 
T
A
 
A
S
 
S
H
 
V
E
 
E
D
 
K
R
 
R
G
 
K
I
 
T
F
 
M
L
 
L
D
 
E
V
 
L
V
 
V
E
 
E
R
 
K
V
 
V
A
 
A
S
 
E
E
 
Q
I
 
I
F
 
D
I
 
I
P
 
P
F
 
F
S
 
T
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
N
 
H
T
 
D
V
 
F
D
 
E
D
 
T
M
 
A
R
 
S
A
 
E
V
 
L
L
 
I
M
 
L
A
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
D
K
 
K
V
 
V
S
 
S
V
 
I
N
|
N
S
 
T
G
 
A
A
 
A
V
 
V
K
 
E
T
 
N
P
 
P
D
 
S
I
 
L
I
 
I
S
 
T
Q
 
Q
G
 
I
A
 
A
A
 
Q
A
 
T
F
 
F
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
A
M
 
I
D
|
D
V
 
A
K
 
K
Q
 
R
V
 
V
E
 
D
K
 
G
S
 
E
A
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
-
S
 
-
G
 
-
Y
 
F
E
 
M
I
 
V
V
 
F
I
 
T
H
 
Y
G
 
S
G
 
G
R
 
K
K
 
K
Y
 
N
M
 
T
G
 
G
M
 
I
D
 
L
A
 
L
I
 
R
E
 
D
W
 
W
A
 
V
K
 
V
T
 
E
C
 
V
E
 
E
S
 
K
L
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
I
C
 
L
V
 
L
N
 
T
S
 
S
I
 
I
D
 
D
A
 
R
D
|
D
G
 
G
T
 
T
K
 
K
D
 
S
G
 
G
Y
 
Y
E
x
D
L
 
T
T
 
E
L
 
M
T
 
I
R
 
R
M
 
F
I
 
V
S
 
R
D
 
P
A
 
L
V
 
T
T
 
T
I
 
L
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
K
P
 
M
E
 
E
H
 
H
M
 
F
Y
 
L
D
 
E
A
 
A
L
 
F
T
 
L
R
 
A
G
 
-
G
 
G
A
 
A
S
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
L
I
 
A
A
 
A
S
 
S
I
 
V
V
 
F
H
 
H
Y
 
F
G
 
R
T
 
E
Y
 
I
T
 
D
I
 
V
P
 
R
D
 
E
L
 
L
K
 
K
R
 
E
R
 
Y
I
 
L
S
 
K
G
 
K
M
 
H
G
 
G
A
 
V
K
 
N
M
 
V
R
 
R
M
 
L

7ac8A Molecular basis for the unique allosteric activation mechanism of the heterodimeric imidazole glycerol phosphate synthase complex. (see paper)
44% identity, 99% coverage: 1:257/259 of query aligns to 1:250/252 of 7ac8A

query
sites
7ac8A
M
 
M
L
 
L
S
 
A
K
 
K
R
 
R
I
 
I
I
 
I
P
 
A
C
 
C
L
 
L
D
|
D
V
 
V
R
 
K
A
 
D
G
 
G
R
 
R
L
 
V
T
 
V
K
 
K
G
 
G
V
 
T
K
 
N
F
 
F
E
 
E
G
 
N
N
 
L
V
 
R
D
 
D
I
 
S
G
 
G
D
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
E
T
 
L
A
 
G
R
 
K
R
 
F
Y
 
Y
Y
 
S
E
 
E
E
 
I
G
 
G
A
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
L
V
 
V
F
 
F
Y
x
L
D
 
D
I
|
I
T
 
T
A
 
A
S
 
S
H
 
V
E
 
E
D
 
K
R
 
R
G
 
K
I
 
T
F
 
M
L
 
L
D
 
E
V
 
L
V
 
V
E
 
E
R
 
K
V
 
V
A
 
A
S
 
E
E
 
Q
I
 
I
F
 
D
I
 
I
P
 
P
F
 
F
S
 
T
V
 
V
G
 
G
G
|
G
G
|
G
I
 
I
N
 
H
T
 
D
V
 
F
D
 
E
D
 
T
M
 
A
R
 
S
A
 
E
V
 
L
L
 
I
M
 
L
A
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
D
K
 
K
V
 
V
S
 
S
V
x
I
N
|
N
S
x
T
G
 
A
A
 
A
V
 
V
K
 
E
T
 
N
P
 
P
D
 
S
I
 
L
I
 
I
S
 
T
Q
 
Q
G
 
I
A
 
A
A
 
Q
A
 
T
F
 
F
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
A
M
 
I
D
|
D
V
 
A
K
 
K
Q
 
R
V
 
V
E
 
D
K
 
G
S
 
E
A
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
-
S
 
-
G
 
-
Y
 
F
E
 
M
I
 
V
V
 
F
I
 
T
H
 
Y
G
x
S
G
 
G
R
 
K
K
 
K
Y
 
N
M
 
T
G
 
G
M
 
I
D
 
L
A
 
L
I
 
R
E
 
D
W
 
W
A
 
V
K
 
V
T
 
E
C
 
V
E
 
E
S
 
K
L
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
I
C
 
L
V
 
L
N
x
T
S
 
S
I
 
I
D
 
D
A
 
R
D
|
D
G
|
G
T
 
T
K
 
K
D
 
S
G
 
G
Y
 
Y
E
 
D
L
 
T
T
 
E
L
 
M
T
 
I
R
 
R
M
 
F
I
 
V
S
 
R
D
 
P
A
 
L
V
 
T
T
 
T
I
 
L
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
S
|
S
G
|
G
G
|
G
A
 
A
G
 
G
S
 
K
P
 
M
E
 
E
H
 
H
M
 
F
Y
 
L
D
 
E
A
 
A
L
 
F
T
 
L
R
 
A
G
 
-
G
 
G
A
 
A
S
 
D
A
 
A
A
 
A
L
|
L
I
x
A
A
|
A
S
|
S
I
 
V
V
 
F
H
 
H
Y
 
F
G
 
R
T
 
E
Y
 
I
T
 
D
I
 
V
P
 
R
D
 
E
L
 
L
K
 
K
R
 
E
R
 
Y
I
 
L
S
 
K
G
 
K
M
 
H
G
 
G
A
 
V
K
 
N
M
 
V
R
 
R
M
 
L

1gpwA Structural evidence for ammonia tunneling across the (beta/alpha)8 barrel of the imidazole glycerol phosphate synthase bienzyme complex. (see paper)
44% identity, 99% coverage: 1:257/259 of query aligns to 1:250/253 of 1gpwA

query
sites
1gpwA
M
 
M
L
 
L
S
 
A
K
 
K
R
 
R
I
 
I
I
 
I
P
 
A
C
 
C
L
 
L
D
x
N
V
 
V
R
 
K
A
 
D
G
 
G
R
 
R
L
 
V
T
 
V
K
 
K
G
 
G
V
 
T
K
 
N
F
 
F
E
 
E
G
 
N
N
 
L
V
 
R
D
 
D
I
 
S
G
 
G
D
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
E
T
 
L
A
 
G
R
 
K
R
 
F
Y
 
Y
Y
 
S
E
 
E
E
 
I
G
 
G
A
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
L
V
 
V
F
 
F
Y
 
L
D
 
D
I
 
I
T
 
T
A
 
A
S
 
S
H
 
V
E
 
E
D
 
K
R
 
R
G
 
K
I
 
T
F
 
M
L
 
L
D
 
E
V
 
L
V
 
V
E
 
E
R
 
K
V
 
V
A
 
A
S
 
E
E
 
Q
I
 
I
F
 
D
I
 
I
P
 
P
F
 
F
S
 
T
V
 
V
G
 
G
G
|
G
G
|
G
I
 
I
N
 
H
T
 
D
V
 
F
D
 
E
D
 
T
M
 
A
R
 
S
A
 
E
V
 
L
L
 
I
M
 
L
A
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
D
K
 
K
V
 
V
S
 
S
V
 
I
N
|
N
S
x
T
G
 
A
A
 
A
V
 
V
K
 
E
T
 
N
P
 
P
D
 
S
I
 
L
I
 
I
S
 
T
Q
 
Q
G
 
I
A
 
A
A
 
Q
A
 
T
F
 
F
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
A
M
 
I
D
|
D
V
 
A
K
 
K
Q
 
R
V
 
V
E
 
D
K
 
G
S
 
E
A
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
-
S
 
-
G
 
-
Y
 
F
E
 
M
I
 
V
V
 
F
I
 
T
H
 
Y
G
 
S
G
 
G
R
 
K
K
 
K
Y
 
N
M
 
T
G
 
G
M
 
I
D
 
L
A
 
L
I
 
R
E
 
D
W
 
W
A
 
V
K
 
V
T
 
E
C
 
V
E
 
E
S
 
K
L
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
I
C
 
L
V
 
L
N
 
T
S
 
S
I
 
I
D
 
D
A
 
R
D
|
D
G
|
G
T
 
T
K
 
K
D
 
S
G
 
G
Y
 
Y
E
 
D
L
 
T
T
 
E
L
 
M
T
 
I
R
 
R
M
 
F
I
 
V
S
 
R
D
 
P
A
 
L
V
 
T
T
 
T
I
 
L
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
S
 
S
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
G
S
 
K
P
 
M
E
 
E
H
 
H
M
 
F
Y
 
L
D
 
E
A
 
A
L
 
F
T
 
L
R
 
A
G
 
-
G
 
G
A
 
A
S
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
L
I
x
A
A
|
A
S
|
S
I
 
V
V
 
F
H
 
H
Y
 
F
G
 
R
T
 
E
Y
 
I
T
 
D
I
 
V
P
 
R
D
 
E
L
 
L
K
 
K
R
 
E
R
 
Y
I
 
L
S
 
K
G
 
K
M
 
H
G
 
G
A
 
V
K
 
N
M
 
V
R
 
R
M
 
L

P60664 Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF; IGP synthase cyclase subunit; IGP synthase subunit HisF; ImGP synthase subunit HisF; IGPS subunit HisF; EC 4.3.2.10 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
40% identity, 99% coverage: 1:257/259 of query aligns to 1:257/258 of P60664

query
sites
P60664
M
 
M
L
 
L
S
 
A
K
 
K
R
|
R
I
 
I
I
 
I
P
 
P
C
 
C
L
 
L
D
 
D
V
 
V
R
 
R
A
 
D
G
 
G
R
 
Q
L
 
V
T
 
V
K
 
K
G
 
G
V
 
V
K
 
Q
F
 
F
E
 
R
G
 
N
N
 
H
V
 
E
D
 
I
I
 
I
G
 
G
D
 
D
P
 
I
V
 
V
A
 
P
T
 
L
A
 
A
R
 
K
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
A
E
 
E
E
 
E
G
 
G
A
 
A
D
 
D
E
|
E
I
 
L
V
 
V
F
 
F
Y
 
Y
D
 
D
I
 
I
T
 
T
A
 
A
S
 
S
H
 
S
E
 
D
D
 
G
R
 
R
G
 
V
I
 
V
F
 
D
L
 
K
D
 
S
V
 
W
V
 
V
E
 
S
R
 
R
V
 
V
A
 
A
S
 
E
E
 
V
I
 
I
F
 
D
I
 
I
P
 
P
F
 
F
S
 
C
V
 
V
G
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
I
N
 
K
T
 
S
V
 
L
D
 
E
D
 
D
M
 
A
R
 
A
A
 
K
V
 
I
L
 
L
M
 
S
A
 
F
G
 
G
A
 
A
E
 
D
K
 
K
V
 
I
S
 
S
V
 
I
N
 
N
S
 
S
G
 
P
A
 
A
V
 
L
K
 
A
T
 
D
P
 
P
D
 
T
I
 
L
I
 
I
S
 
T
Q
 
R
G
 
L
A
 
A
A
 
D
A
 
R
F
 
F
G
 
G
S
 
V
Q
|
Q
A
x
C
I
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
M
 
I
D
 
D
V
 
T
K
 
W
Q
 
Y
V
 
D
E
 
A
K
 
E
S
 
T
A
 
G
T
 
K
I
 
Y
P
 
H
S
 
V
G
 
N
Y
 
Q
E
 
Y
I
 
T
V
 
G
I
 
D
H
 
E
G
 
S
G
 
R
R
 
T
K
 
R
Y
 
V
M
 
T
G
 
Q
M
 
W
D
 
E
A
 
T
I
 
L
E
 
D
W
 
W
A
 
V
K
 
Q
T
 
E
C
 
V
E
 
Q
S
 
K
L
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
I
C
 
V
V
 
L
N
 
N
S
 
M
I
 
M
D
 
N
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
V
K
 
R
D
 
N
G
 
G
Y
 
Y
E
 
D
L
 
L
T
 
E
L
 
Q
T
 
L
R
 
K
M
 
K
I
 
V
S
 
R
D
 
E
A
 
V
V
 
C
T
 
H
I
 
V
P
 
P
V
 
L
I
 
I
A
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
T
P
 
M
E
 
E
H
 
H
M
 
F
Y
 
L
D
 
E
A
 
A
L
 
F
T
 
R
R
 
D
G
 
A
G
 
D
A
 
V
S
 
D
A
 
G
A
 
A
L
 
L
I
 
A
A
 
A
S
 
S
I
 
V
V
 
F
H
 
H
Y
 
K
G
 
Q
T
 
I
Y
 
I
T
 
N
I
 
I
P
 
G
D
 
E
L
 
L
K
 
K
R
 
A
R
 
Y
I
 
L
S
 
A
G
 
T
M
 
Q
G
 
G
A
 
V
K
 
E
M
 
I
R
 
R
M
 
I

7qc8A Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF (see paper)
43% identity, 99% coverage: 2:257/259 of query aligns to 2:250/250 of 7qc8A

query
sites
7qc8A
L
 
L
S
 
A
K
 
K
R
 
R
I
 
I
I
 
I
P
 
A
C
 
A
L
 
L
D
x
E
V
 
V
R
 
K
A
 
D
G
 
G
R
 
R
L
 
V
T
 
V
K
 
K
G
 
G
V
 
T
K
 
N
F
 
F
E
 
E
G
 
N
N
 
L
V
 
R
D
 
D
I
 
S
G
 
G
D
 
D
P
 
P
V
 
A
A
 
E
T
 
L
A
 
G
R
 
K
R
 
F
Y
 
Y
Y
 
S
E
 
E
E
 
I
G
 
G
A
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
L
V
 
V
F
 
F
Y
x
H
D
 
D
I
x
H
T
 
T
A
 
A
S
 
S
H
 
V
E
 
E
D
 
K
R
 
R
G
 
K
I
 
T
F
 
M
L
 
L
D
 
E
V
 
L
V
 
V
E
 
E
R
 
K
V
 
V
A
 
A
S
 
E
E
 
Q
I
 
I
F
 
D
I
 
I
P
 
P
F
 
F
S
 
T
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
N
 
H
T
 
D
V
 
F
D
 
E
D
 
T
M
 
A
R
 
S
A
 
E
V
 
L
L
 
I
M
 
L
A
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
D
K
 
K
V
 
V
S
 
S
V
 
I
N
 
N
S
 
T
G
 
A
A
 
A
V
 
V
K
 
E
T
 
N
P
 
P
D
 
S
I
 
L
I
 
I
S
 
T
Q
 
Q
G
 
I
A
 
A
A
 
Q
A
 
T
F
 
F
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
A
M
 
I
D
 
D
V
 
A
K
 
K
Q
 
R
V
 
V
E
 
D
K
 
G
S
 
E
A
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
-
S
 
-
G
 
-
Y
 
F
E
 
M
I
 
V
V
 
F
I
 
T
H
 
Y
G
 
S
G
 
G
R
 
K
K
 
K
Y
 
N
M
 
T
G
 
G
M
 
I
D
 
L
A
 
L
I
 
R
E
 
D
W
 
W
A
 
V
K
 
V
T
 
E
C
 
V
E
 
E
S
 
K
L
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
I
C
 
L
V
 
L
N
 
T
S
 
S
I
 
I
D
 
D
A
 
R
D
 
D
G
 
G
T
 
T
K
 
K
D
 
S
G
 
G
Y
 
Y
E
 
D
L
 
T
T
 
E
L
 
M
T
 
I
R
 
R
M
 
F
I
 
V
S
 
R
D
 
P
A
 
L
V
 
T
T
 
T
I
 
L
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
K
P
 
M
E
 
E
H
 
H
M
 
F
Y
 
L
D
 
E
A
 
A
L
 
F
T
 
L
R
 
-
G
 
A
G
 
G
A
 
A
S
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
L
I
 
A
A
 
A
S
 
S
I
 
V
V
 
F
H
 
H
Y
 
F
G
 
R
T
 
E
Y
 
I
T
 
D
I
 
V
P
 
R
D
 
E
L
 
L
K
 
K
R
 
E
R
 
Y
I
 
L
S
 
K
G
 
K
M
 
H
G
 
G
A
 
V
K
 
N
M
 
V
R
 
R
M
 
L

3zr4E Structural evidence for ammonia tunneling across the (beta-alpha)8 barrel of the imidazole glycerol phosphate synthase bienzyme complex (see paper)
43% identity, 99% coverage: 1:257/259 of query aligns to 1:241/244 of 3zr4E

query
sites
3zr4E
M
 
M
L
 
L
S
 
A
K
 
K
R
 
R
I
 
I
I
 
I
P
 
A
C
 
C
L
 
L
D
|
D
V
 
V
R
 
K
A
 
D
G
 
G
R
 
R
L
 
V
T
 
V
K
 
K
G
 
S
V
 
-
K
 
-
F
 
-
E
 
-
G
 
-
N
 
-
V
 
-
D
 
-
I
 
-
G
 
G
D
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
E
T
 
L
A
 
G
R
 
K
R
 
F
Y
 
Y
Y
 
S
E
 
E
E
 
I
G
 
G
A
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
L
V
 
V
F
 
F
Y
 
L
D
 
D
I
 
I
T
 
T
A
 
A
S
 
S
H
 
V
E
 
E
D
 
K
R
 
R
G
 
K
I
 
T
F
 
M
L
 
L
D
 
E
V
 
L
V
 
V
E
 
E
R
 
K
V
 
V
A
 
A
S
 
E
E
 
Q
I
 
I
F
 
D
I
 
I
P
 
P
F
 
F
S
 
T
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
N
 
H
T
 
D
V
 
F
D
 
E
D
 
T
M
 
A
R
 
S
A
 
E
V
 
L
L
 
I
M
 
L
A
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
D
K
 
K
V
 
V
S
 
S
V
 
I
N
 
N
S
 
T
G
 
A
A
 
A
V
 
V
K
 
E
T
 
N
P
 
P
D
 
S
I
 
L
I
 
I
S
 
T
Q
 
Q
G
 
I
A
 
A
A
 
Q
A
 
T
F
 
F
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
A
M
 
I
D
|
D
V
 
A
K
 
K
Q
 
R
V
 
V
E
 
D
K
 
G
S
 
E
A
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
-
S
 
-
G
 
-
Y
 
F
E
 
M
I
 
V
V
 
F
I
 
T
H
 
Y
G
 
S
G
 
G
R
 
K
K
 
K
Y
 
N
M
 
T
G
 
G
M
 
I
D
 
L
A
 
L
I
 
R
E
 
D
W
 
W
A
 
V
K
 
V
T
 
E
C
 
V
E
 
E
S
 
K
L
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
I
C
 
L
V
 
L
N
 
T
S
 
S
I
 
I
D
 
D
A
 
R
D
 
D
G
 
G
T
 
T
K
 
K
D
 
S
G
 
G
Y
 
Y
E
 
D
L
 
T
T
 
E
L
 
M
T
 
I
R
|
R
M
 
F
I
 
V
S
 
R
D
 
P
A
 
L
V
 
T
T
 
T
I
 
L
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
K
P
 
M
E
 
E
H
 
H
M
 
F
Y
 
L
D
 
E
A
 
A
L
 
F
T
x
L
R
 
A
G
 
-
G
 
G
A
 
A
S
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
L
I
 
A
A
 
A
S
 
S
I
 
V
V
 
F
H
 
H
Y
 
F
G
 
R
T
 
E
Y
 
I
T
 
D
I
 
V
P
 
R
D
 
E
L
 
L
K
 
K
R
 
E
R
 
Y
I
 
L
S
 
K
G
 
K
M
 
H
G
 
G
A
 
V
K
 
N
M
 
V
R
 
R
M
 
L

5d2tA Directed evolutionary changes in kemp eliminase ke07 - crystal 3 wild type
40% identity, 98% coverage: 3:257/259 of query aligns to 1:248/251 of 5d2tA

query
sites
5d2tA
S
 
A
K
 
K
R
 
R
I
 
I
I
 
I
P
 
A
C
 
A
L
 
L
D
 
I
V
 
V
R
 
K
A
 
D
G
 
G
R
 
R
L
 
V
T
 
V
K
 
K
G
 
G
V
 
S
K
 
N
F
 
F
E
 
E
G
 
N
N
 
L
V
 
R
D
 
D
I
 
S
G
 
G
D
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
E
T
 
L
A
 
G
R
 
K
R
 
F
Y
 
Y
Y
 
S
E
 
E
E
 
I
G
 
G
A
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
L
V
x
S
F
|
F
Y
x
W
D
 
D
I
 
I
T
 
T
A
 
A
S
 
S
H
 
V
E
 
E
D
 
K
R
 
R
G
 
K
I
 
T
F
 
M
L
 
L
D
 
E
V
 
L
V
 
V
E
 
E
R
 
K
V
 
V
A
 
A
S
 
E
E
 
Q
I
 
I
F
 
D
I
 
I
P
 
P
F
 
F
S
 
T
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
N
 
H
T
 
D
V
 
F
D
 
E
D
 
T
M
 
A
R
 
S
A
 
E
V
 
L
L
 
I
M
 
L
A
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
D
K
 
K
V
 
V
S
x
E
V
 
I
N
 
N
S
 
T
G
 
A
A
 
A
V
 
V
K
 
E
T
 
N
P
 
P
D
 
S
I
 
L
I
 
I
S
 
T
Q
 
Q
G
 
I
A
 
A
A
 
Q
A
 
T
F
 
F
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
V
 
V
V
 
V
G
x
Y
M
 
I
D
 
A
V
 
A
K
 
K
Q
 
R
V
 
V
E
 
D
K
 
G
S
 
E
A
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
-
S
 
-
G
 
-
Y
 
F
E
 
M
I
 
V
V
 
F
I
 
T
H
 
Y
G
 
S
G
 
G
R
 
K
K
 
K
Y
 
N
M
 
T
G
 
G
M
 
I
D
 
L
A
 
L
I
 
R
E
 
D
W
 
W
A
 
V
K
 
V
T
 
E
C
 
V
E
 
E
S
 
K
L
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
I
C
 
V
V
 
L
N
 
G
S
 
S
I
 
I
D
 
D
A
 
R
D
 
L
G
 
G
T
 
T
K
 
K
D
 
S
G
 
G
Y
 
Y
E
 
D
L
 
T
T
 
E
L
 
M
T
 
I
R
 
R
M
 
F
I
 
V
S
 
R
D
 
P
A
 
L
V
 
T
T
 
T
I
 
L
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
S
x
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
K
P
 
M
E
 
E
H
 
H
M
 
F
Y
 
L
D
 
E
A
 
A
L
 
F
T
 
L
R
 
-
G
 
A
G
 
G
A
 
A
S
 
D
A
 
A
A
 
A
L
x
K
I
 
A
A
 
N
S
 
S
I
 
V
V
 
L
H
 
H
Y
 
F
G
 
R
T
 
E
Y
 
I
T
 
D
I
 
V
P
 
R
D
 
E
L
 
L
K
 
K
R
 
E
R
 
Y
I
 
L
S
 
K
G
 
K
M
 
H
G
 
G
A
 
V
K
 
N
M
 
V
R
 
R
M
 
L

4ewnD Structure of hisf-d130v+d176v with bound rcdrp (see paper)
42% identity, 99% coverage: 2:257/259 of query aligns to 1:243/243 of 4ewnD

query
sites
4ewnD
L
 
L
S
 
A
K
 
K
R
 
R
I
 
I
I
 
I
P
 
A
C
 
C
L
 
L
D
 
D
V
 
V
R
 
K
A
 
D
G
 
G
R
 
R
L
 
V
T
 
V
K
 
K
G
 
G
V
 
T
K
 
N
F
 
F
E
 
E
G
 
N
N
 
L
V
 
R
D
 
D
I
 
S
G
 
G
D
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
E
T
 
L
A
 
G
R
 
K
R
 
F
Y
 
Y
Y
 
S
E
 
E
E
 
I
G
 
G
A
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
L
V
 
V
F
 
F
Y
x
L
D
 
D
I
 
I
T
 
T
A
 
K
S
 
T
H
 
-
E
 
-
D
 
-
R
 
-
G
 
-
I
 
-
F
 
M
L
 
L
D
 
E
V
 
L
V
 
V
E
 
E
R
 
K
V
 
V
A
 
A
S
 
E
E
 
Q
I
 
I
F
 
D
I
 
I
P
 
P
F
 
F
S
 
T
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
N
 
H
T
 
D
V
 
F
D
 
E
D
 
T
M
 
A
R
 
S
A
 
E
V
 
L
L
 
I
M
 
L
A
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
D
K
 
K
V
 
V
S
 
S
V
 
I
N
 
N
S
 
T
G
 
A
A
 
A
V
 
V
K
 
E
T
 
N
P
 
P
D
 
S
I
 
L
I
 
I
S
 
T
Q
 
Q
G
 
I
A
 
A
A
 
Q
A
 
T
F
 
F
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
A
M
 
I
D
x
V
V
 
A
K
 
K
Q
 
R
V
 
V
E
 
D
K
 
G
S
 
E
A
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
-
S
 
-
G
 
-
Y
 
F
E
 
M
I
 
V
V
 
F
I
 
T
H
 
Y
G
x
S
G
 
G
R
 
K
K
 
K
Y
 
N
M
 
T
G
 
G
M
 
I
D
 
L
A
 
L
I
 
R
E
 
D
W
 
W
A
 
V
K
 
V
T
 
E
C
 
V
E
 
E
S
 
K
L
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
I
C
 
L
V
 
L
N
 
T
S
 
S
I
|
I
D
 
D
A
 
R
D
x
V
G
|
G
T
 
T
K
 
K
D
 
S
G
 
G
Y
 
Y
E
 
D
L
 
T
T
 
E
L
 
M
T
 
I
R
 
R
M
 
F
I
 
V
S
 
R
D
 
P
A
 
L
V
 
T
T
 
T
I
 
L
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
S
|
S
G
|
G
G
|
G
A
 
A
G
 
G
S
 
K
P
 
M
E
 
E
H
 
H
M
 
F
Y
 
L
D
 
E
A
 
A
L
 
F
T
 
L
R
 
A
G
 
-
G
 
G
A
 
A
S
 
D
A
 
A
A
 
A
L
|
L
I
x
A
A
|
A
S
|
S
I
 
V
V
 
F
H
 
H
Y
 
F
G
 
R
T
 
E
Y
 
I
T
 
D
I
 
V
P
 
R
D
 
E
L
 
L
K
 
K
R
 
E
R
 
Y
I
 
L
S
 
K
G
 
K
M
 
H
G
 
G
A
 
V
K
 
N
M
 
V
R
 
R
M
 
L

6dnjA Directed evolutionary changes in kemp eliminase ke07 - crystal 28 round 5 (see paper)
39% identity, 99% coverage: 2:257/259 of query aligns to 1:249/250 of 6dnjA

query
sites
6dnjA
L
 
L
S
 
A
K
 
K
R
 
R
I
 
I
I
 
D
P
 
A
C
 
A
L
 
L
D
 
I
V
 
M
R
 
K
A
 
D
G
 
G
R
 
R
L
 
V
T
 
V
K
 
K
G
 
G
V
 
S
K
 
N
F
 
F
E
 
E
G
 
N
N
 
L
V
 
R
D
 
D
I
 
S
G
 
G
D
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
E
T
 
L
A
 
G
R
 
K
R
 
F
Y
 
Y
Y
 
S
E
 
E
E
 
I
G
 
G
A
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
L
V
 
S
F
 
F
Y
x
W
D
|
D
I
 
I
T
 
T
A
 
A
S
 
S
H
 
V
E
 
E
D
 
K
R
 
R
G
 
K
I
 
T
F
 
M
L
 
L
D
 
E
V
 
L
V
 
V
E
 
E
R
 
K
V
 
V
A
 
A
S
 
E
E
 
Q
I
 
I
F
 
D
I
 
I
P
 
P
F
 
F
S
 
T
V
 
V
G
|
G
G
|
G
G
 
G
I
 
I
N
 
H
T
 
D
V
 
F
D
 
E
D
 
T
M
 
A
R
 
S
A
 
E
V
 
L
L
 
I
M
 
L
A
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
D
K
 
K
V
 
V
S
 
E
V
 
I
N
|
N
S
 
T
G
 
A
A
 
A
V
 
V
K
 
E
T
 
N
P
 
P
D
 
S
I
 
L
I
 
I
S
 
T
Q
 
Q
G
 
I
A
 
A
A
 
Q
A
 
T
F
 
F
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
V
 
V
V
 
V
G
x
Y
M
 
I
D
 
A
V
 
A
K
 
K
Q
 
R
V
 
V
E
 
D
K
 
G
S
 
E
A
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
-
S
 
-
G
 
-
Y
 
F
E
 
M
I
 
V
V
 
F
I
 
T
H
 
Y
G
 
S
G
 
G
R
 
K
K
 
K
Y
 
N
M
 
T
G
 
G
M
 
I
D
 
L
A
 
L
I
 
R
E
 
D
W
 
W
A
 
V
K
 
V
T
 
E
C
 
V
E
 
E
S
 
K
L
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
I
C
 
V
V
 
L
N
 
G
S
 
S
I
 
I
D
 
D
A
 
R
D
 
L
G
 
G
T
 
T
K
 
K
D
 
S
G
 
G
Y
 
Y
E
 
D
L
 
T
T
 
E
L
 
M
T
 
I
R
 
R
M
 
F
I
 
V
S
 
R
D
 
P
A
 
L
V
 
T
T
 
T
I
 
L
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
S
 
H
G
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
K
P
 
M
E
 
E
H
 
H
M
 
F
Y
 
L
D
 
E
A
 
A
L
 
F
T
 
L
R
 
-
G
 
A
G
 
G
A
 
A
S
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
K
I
 
A
A
 
D
S
 
S
I
 
V
V
 
F
H
 
H
Y
 
F
G
 
R
T
 
E
Y
 
I
T
 
D
I
 
V
P
 
R
D
 
E
L
 
L
K
 
K
R
 
E
R
 
Y
I
 
L
S
 
K
G
 
K
M
 
H
G
 
G
A
 
V
K
 
N
M
 
V
R
 
R
M
 
L

2wjzE Crystal structure of (hish) k181a y138a mutant of imidazoleglycerolphosphate synthase (hish hisf) which displays constitutive glutaminase activity (see paper)
42% identity, 99% coverage: 1:257/259 of query aligns to 1:236/237 of 2wjzE

query
sites
2wjzE
M
 
M
L
 
L
S
 
A
K
 
K
R
 
R
I
 
I
I
 
I
P
 
A
C
 
C
L
 
L
D
|
D
V
 
V
R
 
K
A
 
D
G
 
G
R
 
R
L
 
V
T
 
-
K
 
-
G
 
-
V
 
-
K
 
-
F
 
-
E
 
-
G
 
-
N
 
-
V
 
-
D
 
-
I
 
V
G
 
G
D
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
E
T
 
L
A
 
G
R
 
K
R
 
F
Y
 
Y
Y
 
S
E
 
E
E
 
I
G
 
G
A
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
L
V
 
V
F
 
F
Y
 
L
D
 
D
I
 
I
T
 
T
A
 
A
S
 
K
H
 
-
E
 
-
D
 
-
R
 
R
G
 
K
I
 
T
F
 
M
L
 
L
D
 
E
V
 
L
V
 
V
E
 
E
R
 
K
V
 
V
A
 
A
S
 
E
E
 
Q
I
 
I
F
 
D
I
 
I
P
 
P
F
 
F
S
 
T
V
 
V
G
 
G
G
|
G
G
|
G
I
 
I
N
x
H
T
 
D
V
 
F
D
 
E
D
 
T
M
 
A
R
 
S
A
 
E
V
 
L
L
 
I
M
 
L
A
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
D
K
 
K
V
 
V
S
 
S
V
 
I
N
|
N
S
x
T
G
 
A
A
 
A
V
 
V
K
 
E
T
 
N
P
 
P
D
 
S
I
 
L
I
 
I
S
 
T
Q
 
Q
G
 
I
A
 
A
A
 
Q
A
 
T
F
 
F
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
A
M
 
I
D
|
D
V
 
A
K
 
K
Q
 
R
V
 
V
E
 
D
K
 
G
S
 
E
A
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
-
S
 
-
G
 
-
Y
 
F
E
 
M
I
 
V
V
 
F
I
 
T
H
 
Y
G
 
S
G
 
G
R
 
K
K
 
K
Y
 
N
M
 
T
G
 
G
M
 
I
D
 
L
A
 
L
I
 
R
E
 
D
W
 
W
A
 
V
K
 
V
T
 
E
C
 
V
E
 
E
S
 
K
L
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
I
C
 
L
V
 
L
N
 
T
S
 
S
I
 
I
D
 
D
A
 
R
D
 
D
G
 
G
T
 
T
K
 
K
D
 
S
G
 
G
Y
 
Y
E
 
D
L
 
T
T
 
E
L
 
M
T
 
I
R
 
R
M
 
F
I
 
V
S
 
R
D
 
P
A
 
L
V
 
T
T
 
T
I
 
L
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
K
P
 
M
E
 
E
H
 
H
M
 
F
Y
 
L
D
 
E
A
 
A
L
 
F
T
 
L
R
 
A
G
 
-
G
 
G
A
 
A
S
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
L
I
 
A
A
 
A
S
 
S
I
 
V
V
 
F
H
 
H
Y
 
F
G
 
R
T
 
E
Y
 
I
T
 
D
I
 
V
P
 
R
D
 
E
L
 
L
K
 
K
R
 
E
R
 
Y
I
 
L
S
 
K
G
 
K
M
 
H
G
 
G
A
 
V
K
 
N
M
 
V
R
 
R
M
 
L

3iivB Evolutionary optimization of computationally designed enzymes: kemp eliminases of the ke07 series (see paper)
39% identity, 99% coverage: 2:257/259 of query aligns to 2:249/262 of 3iivB

query
sites
3iivB
L
 
L
S
 
A
K
 
K
R
 
R
I
 
I
I
 
D
P
 
A
C
 
A
L
 
L
D
 
I
V
 
L
R
 
K
A
 
D
G
 
G
R
 
R
L
 
V
T
 
V
K
 
K
G
 
G
V
 
S
K
 
N
F
 
F
E
 
E
G
 
N
N
 
L
V
 
R
D
 
D
I
 
S
G
 
G
D
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
E
T
 
L
A
 
G
R
 
K
R
 
F
Y
 
Y
Y
 
S
E
 
E
E
 
I
G
 
G
A
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
L
V
 
S
F
 
F
Y
 
W
D
 
D
I
 
I
T
 
T
A
 
A
S
 
S
H
 
V
E
 
E
D
 
K
R
 
K
G
 
T
I
 
M
F
 
-
L
 
L
D
 
E
V
 
L
V
 
V
E
 
E
R
 
K
V
 
V
A
 
A
S
 
E
E
 
Q
I
 
I
F
 
D
I
 
I
P
 
P
F
 
I
S
 
T
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
N
 
Y
T
 
D
V
 
F
D
 
E
D
 
T
M
 
A
R
 
S
A
 
E
V
 
L
L
 
I
M
 
L
A
 
R
G
 
G
A
 
A
E
 
D
K
 
K
V
 
V
S
x
E
V
 
I
N
 
N
S
 
T
G
 
A
A
 
A
V
 
V
K
 
E
T
 
N
P
 
P
D
 
S
I
 
L
I
 
I
S
 
T
Q
 
Q
G
 
I
A
 
A
A
 
Q
A
 
T
F
 
F
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
Y
M
 
I
D
 
A
V
 
A
K
 
K
Q
 
R
V
 
V
E
 
D
K
 
G
S
 
E
A
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
-
S
 
-
G
 
-
Y
 
F
E
 
M
I
 
V
V
 
F
I
 
T
H
 
Y
G
 
S
G
 
G
R
 
T
K
 
K
Y
 
N
M
 
T
G
 
G
M
 
I
D
 
L
A
 
L
I
 
R
E
 
D
W
 
W
A
 
V
K
 
V
T
 
E
C
 
V
E
 
E
S
 
K
L
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
I
C
 
V
V
 
L
N
 
G
S
 
S
I
 
I
D
 
D
A
 
R
D
 
L
G
 
G
T
 
T
K
 
K
D
 
S
G
 
G
Y
 
Y
E
 
D
L
 
T
T
 
E
L
 
M
T
 
I
R
 
R
M
 
F
I
 
V
S
 
R
D
 
P
A
 
L
V
 
T
T
 
T
I
 
L
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
S
 
H
G
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
K
P
 
T
E
 
E
H
 
H
M
 
F
Y
 
L
D
 
E
A
 
A
L
 
F
T
 
L
R
 
-
G
 
A
G
 
G
A
 
A
S
 
D
A
 
A
A
 
A
L
x
K
I
 
A
A
 
D
S
 
S
I
 
V
V
 
F
H
 
H
Y
 
S
G
 
R
T
 
E
Y
 
I
T
 
D
I
 
V
P
 
R
D
 
E
L
 
L
K
 
K
R
 
E
R
 
Y
I
 
L
S
 
K
G
 
K
M
 
H
G
 
G
A
 
V
K
 
N
M
 
V
R
 
R
M
 
L

1ox4B Towards understanding the mechanism of the complex cyclization reaction catalyzed by imidazole glycerophosphate synthase (see paper)
36% identity, 99% coverage: 2:257/259 of query aligns to 239:537/538 of 1ox4B

query
sites
1ox4B
L
 
L
S
 
T
K
 
R
R
 
R
I
 
I
I
 
I
P
 
A
C
 
C
L
 
L
D
|
D
V
 
V
R
 
R
A
 
T
G
 
N
R
 
D
L
 
Q
T
 
G
K
 
D
G
 
L
V
 
V
K
 
V
F
 
T
E
 
K
G
 
G
N
 
-
V
 
-
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
K
P
 
P
V
 
V
A
 
Q
T
 
L
A
 
A
R
 
Q
R
 
K
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
Q
E
 
Q
G
 
G
A
 
A
D
 
D
E
 
E
I
 
V
V
 
T
F
 
F
Y
 
L
D
 
N
I
 
I
T
 
T
A
 
S
S
 
F
H
 
R
E
 
D
-
 
C
-
 
P
-
 
L
D
 
K
R
 
D
G
 
T
I
 
P
F
 
M
L
 
L
D
 
E
V
 
V
V
 
L
E
 
K
R
 
Q
V
 
A
A
 
A
S
 
K
E
 
T
I
 
V
F
 
F
I
 
V
P
 
P
F
 
L
S
 
T
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
N
 
K
T
 
D
V
 
I
D
 
V
D
 
D
M
 
V
R
 
D
A
 
G
V
 
T
-
 
K
-
 
I
-
 
P
-
 
A
-
 
L
-
 
E
-
 
V
-
 
A
-
 
S
-
 
L
-
 
Y
L
 
F
M
 
R
A
 
S
G
 
G
A
 
A
E
 
D
K
 
K
V
 
V
S
 
S
V
 
I
N
 
G
S
 
T
G
 
D
A
 
A
V
 
V
-
 
Y
-
 
A
-
 
A
-
 
E
K
 
K
T
 
Y
P
 
Y
D
 
E
I
 
L
I
 
G
S
 
N
Q
 
R
G
 
G
-
 
D
-
 
G
-
 
T
-
 
S
-
 
P
-
 
I
-
 
E
-
 
T
-
 
I
A
 
S
A
 
K
A
 
A
F
 
Y
G
 
G
S
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
V
 
V
V
 
I
G
 
S
M
 
V
D
|
D
V
 
P
K
 
K
Q
 
R
V
 
V
-
 
Y
-
 
V
-
 
N
-
 
S
-
 
Q
-
 
A
-
 
D
-
 
T
-
 
K
-
 
N
-
 
K
-
 
V
-
 
F
E
 
E
K
 
T
S
 
E
A
 
Y
T
 
P
I
 
G
P
 
P
S
 
N
G
 
G
-
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
C
-
 
W
Y
 
Y
E
 
Q
I
 
C
V
 
T
I
 
I
H
 
K
G
 
G
G
 
G
R
 
R
K
 
E
Y
 
S
M
 
R
G
 
D
M
 
L
D
 
G
A
 
V
I
 
W
E
 
E
W
 
L
A
 
T
K
 
R
T
 
A
C
 
C
E
 
E
S
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
I
C
 
L
V
 
L
N
 
N
S
 
C
I
 
I
D
 
D
A
 
K
D
|
D
G
|
G
T
 
S
K
x
N
D
 
S
G
 
G
Y
 
Y
E
 
D
L
 
L
T
 
E
L
 
L
T
 
I
R
 
E
M
 
H
I
 
V
S
 
K
D
 
D
A
 
A
V
 
V
T
 
K
I
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
A
S
 
S
G
x
S
G
|
G
A
|
A
G
 
G
S
 
V
P
 
P
E
 
E
H
 
H
M
 
F
Y
 
E
D
 
E
A
 
A
L
 
F
T
 
L
R
 
K
G
 
T
G
 
R
A
 
A
S
 
D
A
 
A
A
 
C
L
 
L
I
 
G
A
|
A
S
x
G
I
 
M
V
 
F
H
 
H
Y
x
R
G
 
G
T
 
E
Y
 
F
T
 
T
I
 
V
P
 
N
D
 
D
L
 
V
K
 
K
R
 
E
R
 
Y
I
 
L
S
 
L
G
 
E
M
 
H
G
 
G
A
 
L
K
 
K
M
 
V
R
 
R
M
 
M

1ox5A Towards understanding the mechanism of the complex cyclization reaction catalyzed by imidazole glycerophosphate synthase (see paper)
35% identity, 99% coverage: 2:257/259 of query aligns to 239:531/532 of 1ox5A

query
sites
1ox5A
L
 
L
S
 
T
K
 
R
R
 
R
I
 
I
I
 
I
P
 
A
C
 
C
L
 
L
D
|
D
V
 
V
R
 
R
A
 
T
G
 
N
R
 
D
L
 
-
T
 
-
K
 
-
G
 
-
V
 
-
K
 
-
F
 
-
E
 
Q
G
 
G
N
 
D
V
 
L
-
 
V
-
 
V
-
 
T
D
 
K
I
 
L
G
 
G
D
 
K
P
 
P
V
 
V
A
 
Q
T
 
L
A
 
A
R
 
Q
R
 
K
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
Q
E
 
Q
G
 
G
A
 
A
D
 
D
E
 
E
I
 
V
V
 
T
F
 
F
Y
x
L
D
 
N
I
|
I
T
 
T
A
 
C
S
 
P
H
 
L
E
 
K
D
 
D
R
 
T
G
 
P
I
 
M
F
 
-
L
 
L
D
 
E
V
 
V
V
 
L
E
 
K
R
 
Q
V
 
A
A
 
A
S
 
K
E
 
T
I
 
V
F
 
F
I
 
V
P
 
P
F
 
L
S
 
T
V
 
V
G
 
G
G
|
G
G
|
G
I
 
I
N
 
K
T
 
D
V
 
I
D
 
V
D
 
D
M
 
V
R
 
D
A
 
G
V
 
T
-
 
K
-
 
I
-
 
P
-
 
A
-
 
L
-
 
E
-
 
V
-
 
A
-
 
S
-
 
L
-
 
Y
L
 
F
M
 
R
A
 
S
G
 
G
A
 
A
E
 
D
K
 
K
V
 
V
S
 
S
V
x
I
N
x
G
S
x
T
G
 
D
A
 
A
V
 
V
-
 
Y
-
 
A
-
 
A
-
 
E
K
 
K
T
 
Y
P
 
Y
D
 
E
I
 
L
I
 
G
S
 
N
Q
 
R
G
 
G
-
 
D
-
 
G
-
 
T
-
 
S
-
 
P
-
 
I
-
 
E
-
 
T
-
 
I
A
 
S
A
 
K
A
 
A
F
 
Y
G
 
G
S
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
V
 
V
V
 
I
G
x
S
M
 
V
D
|
D
V
 
P
K
 
K
Q
 
R
V
 
V
-
 
Y
-
 
V
-
 
N
-
 
S
-
 
Q
-
 
A
-
 
D
-
 
T
-
 
K
-
 
N
-
 
K
-
 
V
-
 
F
E
 
E
K
 
T
S
 
E
A
 
Y
T
 
P
I
 
G
P
 
P
S
 
N
G
 
G
-
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
C
-
 
W
Y
 
Y
E
 
Q
I
 
C
V
 
T
I
 
I
H
 
K
G
|
G
G
 
G
R
 
R
K
 
E
Y
 
S
M
 
R
G
 
D
M
 
L
D
 
G
A
 
V
I
 
W
E
 
E
W
 
L
A
 
T
K
 
R
T
 
A
C
 
C
E
 
E
S
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
I
C
 
L
V
 
L
N
|
N
S
 
C
I
 
I
D
 
D
A
 
K
D
|
D
G
|
G
T
 
S
K
 
N
D
 
S
G
 
G
Y
 
Y
E
 
D
L
 
L
T
 
E
L
 
L
T
 
I
R
 
E
M
 
H
I
 
V
S
 
K
D
 
D
A
 
A
V
 
V
T
 
K
I
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
A
S
|
S
G
x
S
G
|
G
A
 
A
G
 
G
S
 
V
P
 
P
E
 
E
H
 
H
M
 
F
Y
 
E
D
 
E
A
 
A
L
 
F
T
 
L
R
 
K
G
 
T
G
 
R
A
 
A
S
 
D
A
 
A
A
 
C
L
 
L
I
x
G
A
|
A
S
x
G
I
 
M
V
 
F
H
 
H
Y
 
R
G
 
G
T
 
E
Y
 
F
T
 
T
I
 
V
P
 
N
D
 
D
L
 
V
K
 
K
R
 
E
R
 
Y
I
 
L
S
 
L
G
 
E
M
 
H
G
 
G
A
 
L
K
 
K
M
 
V
R
 
R
M
 
M

P33734 Imidazole glycerol phosphate synthase hisHF; IGP synthase; IGPS; ImGP synthase; EC 4.3.2.10; EC 3.5.1.2 from Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (Baker's yeast) (see paper)
34% identity, 99% coverage: 2:257/259 of query aligns to 236:549/552 of P33734

query
sites
P33734
L
 
L
S
 
T
K
 
R
R
|
R
I
 
I
I
 
I
P
 
A
C
 
C
L
 
L
D
 
D
V
 
V
R
 
R
A
 
T
G
 
N
R
 
D
-
 
Q
-
 
G
-
 
D
-
 
L
-
 
V
L
 
V
T
 
T
K
|
K
G
 
G
V
 
D
K
 
Q
F
 
Y
E
 
D
-
 
V
-
 
R
-
 
E
-
 
K
-
 
S
-
 
D
-
 
G
-
 
K
G
 
G
N
 
V
V
 
R
D
 
N
I
 
L
G
 
G
D
 
K
P
 
P
V
 
V
A
 
Q
T
 
L
A
 
A
R
 
Q
R
 
K
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
Q
E
 
Q
G
 
G
A
 
A
D
 
D
E
 
E
I
 
V
V
 
T
F
 
F
Y
 
L
D
 
N
I
 
I
T
 
T
A
 
S
S
 
F
H
 
R
E
 
D
-
 
C
-
 
P
-
 
L
D
 
K
R
 
D
G
 
T
I
 
P
F
 
M
L
 
L
D
 
E
V
 
V
V
 
L
E
 
K
R
 
Q
V
 
A
A
 
A
S
 
K
E
 
T
I
 
V
F
 
F
I
 
V
P
 
P
F
 
L
S
 
T
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
N
 
K
T
 
D
V
 
I
D
 
V
D
 
D
M
 
V
R
 
D
A
 
G
V
 
T
-
 
K
-
 
I
-
 
P
-
 
A
-
 
L
-
 
E
-
 
V
-
 
A
-
 
S
-
 
L
-
 
Y
L
 
F
M
 
R
A
 
S
G
 
G
A
 
A
E
 
D
K
|
K
V
 
V
S
 
S
V
 
I
N
 
G
S
 
T
G
 
D
A
 
A
V
 
V
-
 
Y
-
 
A
-
 
A
-
 
E
K
 
K
T
 
Y
P
 
Y
D
 
E
I
 
L
I
 
G
S
 
N
Q
 
R
G
 
G
-
 
D
-
 
G
-
 
T
-
 
S
-
 
P
-
 
I
-
 
E
-
 
T
-
 
I
A
 
S
A
 
K
A
 
A
F
 
Y
G
 
G
S
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
V
 
V
V
 
I
G
 
S
M
 
V
D
 
D
V
 
P
K
 
K
Q
 
R
V
 
V
-
 
Y
-
 
V
-
 
N
-
 
S
-
 
Q
-
 
A
-
 
D
-
 
T
-
 
K
-
 
N
-
 
K
-
 
V
-
 
F
E
 
E
K
 
T
S
 
E
A
 
Y
T
 
P
I
 
G
P
 
P
S
 
N
G
 
G
-
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
C
-
 
W
Y
 
Y
E
 
Q
I
 
C
V
 
T
I
 
I
H
 
K
G
 
G
G
 
G
R
 
R
K
 
E
Y
 
S
M
 
R
G
 
D
M
 
L
D
 
G
A
 
V
I
 
W
E
 
E
W
 
L
A
 
T
K
 
R
T
 
A
C
 
C
E
 
E
S
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
I
C
 
L
V
 
L
N
 
N
S
 
C
I
 
I
D
 
D
A
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
S
K
 
N
D
 
S
G
 
G
Y
 
Y
E
 
D
L
 
L
T
 
E
L
 
L
T
 
I
R
 
E
M
 
H
I
 
V
S
 
K
D
 
D
A
 
A
V
 
V
T
 
K
I
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
A
S
 
S
G
 
S
G
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
V
P
 
P
E
 
E
H
 
H
M
 
F
Y
 
E
D
 
E
A
 
A
L
 
F
T
 
L
R
 
K
G
 
T
G
 
R
A
 
A
S
 
D
A
 
A
A
 
C
L
 
L
I
 
G
A
 
A
S
 
G
I
 
M
V
 
F
H
 
H
Y
 
R
G
 
G
T
 
E
Y
 
F
T
 
T
I
 
V
P
 
N
D
 
D
L
 
V
K
 
K
R
 
E
R
 
Y
I
 
L
S
 
L
G
 
E
M
 
H
G
 
G
A
 
L
K
 
K
M
 
V
R
 
R
M
 
M

3tdmA Computationally designed tim-barrel protein, halfflr (see paper)
40% identity, 39% coverage: 123:223/259 of query aligns to 1:95/120 of 3tdmA

query
sites
3tdmA
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
A
M
 
I
D
 
D
V
 
A
K
 
K
Q
 
R
V
 
V
E
 
D
K
 
G
S
 
E
A
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
-
S
 
-
G
 
-
Y
 
F
E
 
M
I
 
V
V
 
F
I
 
T
H
 
Y
G
 
S
G
 
G
R
 
K
K
 
K
Y
 
N
M
 
T
G
 
G
M
 
I
D
 
L
A
 
L
I
 
R
E
 
D
W
 
W
A
 
V
K
 
V
T
 
E
C
 
V
E
 
E
S
 
K
L
 
R
G
 
G
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
I
C
 
L
V
 
L
N
 
T
S
 
S
I
 
I
D
 
D
A
 
R
D
|
D
G
|
G
T
 
T
K
 
K
D
 
S
G
 
G
Y
 
Y
E
 
D
L
 
T
T
 
E
L
 
M
T
 
I
R
 
R
M
 
F
I
 
V
S
 
R
D
 
P
A
 
L
V
 
T
T
 
T
I
 
L
P
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
A
S
 
S
G
|
G
G
|
G
A
 
A
G
 
G
S
 
K
P
 
M
E
 
E
H
 
H
M
 
F
Y
 
L
D
 
E
A
 
A
L
 
F
T
 
L
R
 
R
G
 
G

Sites not aligning to the query:

5abtA S.Enterica hisa mutant d7n, g102a, v106m, d176a
26% identity, 92% coverage: 6:243/259 of query aligns to 2:237/246 of 5abtA

query
sites
5abtA
I
 
I
I
 
I
P
 
P
C
 
A
L
 
L
D
x
N
V
 
L
R
 
I
A
 
D
G
 
G
-
 
T
-
 
V
-
 
V
R
 
R
L
|
L
T
 
H
K
 
Q
G
|
G
V
 
-
K
 
D
F
 
Y
E
 
A
G
 
R
N
 
Q
V
 
R
D
 
D
I
 
Y
G
 
G
-
 
N
D
 
D
P
 
P
V
 
L
A
 
P
T
 
R
A
 
L
R
 
Q
R
 
D
Y
 
Y
Y
 
A
E
 
A
E
 
Q
G
 
G
A
 
A
D
 
G
E
 
V
I
 
L
V
x
H
F
 
L
Y
x
V
D
 
D
I
x
L
T
 
T
A
 
G
S
 
A
H
 
K
E
 
D
D
 
P
R
 
A
G
 
K
I
 
R
F
 
Q
L
 
I
D
 
P
V
 
L
V
 
I
E
 
K
R
 
T
V
 
L
A
 
V
S
 
A
E
 
G
I
 
V
F
 
N
I
 
V
P
 
P
F
 
V
S
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
|
G
G
|
G
I
x
V
N
x
R
T
 
T
V
 
E
D
 
E
D
 
D
M
 
V
R
 
A
A
 
A
V
 
L
L
 
L
M
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
V
E
 
A
K
 
R
V
 
V
S
x
V
V
x
I
N
x
A
S
|
S
G
 
T
A
 
A
V
 
M
K
 
K
T
 
S
P
 
P
D
 
D
I
 
V
I
 
V
S
 
K
Q
 
G
G
 
W
A
 
F
A
 
E
A
 
R
F
 
F
G
 
G
S
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
L
V
 
V
V
 
L
G
 
A
M
 
L
D
|
D
V
 
V
K
 
R
Q
 
-
V
 
I
E
 
D
K
 
E
S
 
H
A
 
G
T
 
T
I
 
-
P
 
-
S
 
-
G
 
-
Y
 
K
E
 
Q
I
 
V
V
 
A
I
 
V
H
 
S
G
|
G
G
x
W
R
 
Q
K
 
E
Y
 
N
M
 
S
G
 
G
M
 
V
D
 
S
A
 
L
I
 
E
E
 
Q
W
 
L
A
 
V
K
 
E
T
 
T
C
 
Y
E
 
L
S
 
P
L
 
V
G
 
G
A
 
L
G
 
K
E
 
H
L
 
V
C
 
L
V
 
C
N
 
T
S
 
D
I
 
I
D
 
S
A
 
R
D
x
A
G
|
G
T
 
T
K
 
L
D
 
A
G
 
G
Y
 
S
E
 
N
L
 
V
T
 
S
L
 
L
T
 
Y
R
 
E
M
 
E
I
 
V
S
 
-
D
 
-
A
 
C
V
 
A
T
 
R
I
 
Y
P
 
P
V
 
Q
I
 
I
A
 
A
-
 
F
-
 
Q
-
 
S
S
|
S
G
|
G
G
|
G
A
 
I
G
 
G
S
 
D
P
 
I
E
 
D
H
 
D
M
 
I
Y
 
A
D
 
-
A
 
A
L
 
L
T
 
R
R
 
G
G
 
T
G
 
G
A
 
V
S
 
R
A
 
G
A
 
V
L
x
I
I
x
V
A
x
G
S
x
R
I
 
A
V
 
L
H
 
L
Y
 
E
G
 
G
T
 
K
Y
 
F
T
 
T
I
 
V
P
 
K
D
 
E

5ab3A S.Enterica hisa mutant d7n, d10g, dup13-15, q24l, g102a (see paper)
26% identity, 92% coverage: 6:243/259 of query aligns to 2:234/241 of 5ab3A

query
sites
5ab3A
I
 
I
I
 
I
P
 
P
C
x
A
L
 
L
D
x
N
V
 
L
R
 
I
A
 
G
G
 
G
R
 
T
L
 
V
T
 
V
K
 
R
G
x
V
V
 
V
K
x
R
F
 
L
-
 
H
E
 
Q
G
 
G
N
 
D
V
x
Y
-
 
A
-
 
R
-
 
L
-
 
R
D
 
D
I
 
Y
G
 
G
-
 
N
D
 
D
P
 
P
V
 
L
A
 
P
T
 
R
A
 
L
R
 
Q
R
 
D
Y
 
Y
Y
 
A
E
 
A
E
 
Q
G
 
G
A
 
A
D
 
G