SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 209322 MicrobesOnline__882:209322 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4zv1A An ancestral arginine-binding protein bound to arginine (see paper)
39% identity, 87% coverage: 31:246/249 of query aligns to 9:225/226 of 4zv1A

query
sites
4zv1A
G
 
G
I
 
T
D
x
E
A
 
A
N
 
T
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
A
 
G
Y
 
F
V
 
K
D
 
D
K
 
E
D
 
N
G
 
G
K
 
K
P
 
L
A
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
S
 
L
M
 
A
N
 
K
W
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
K
K
 
K
M
 
L
G
 
G
F
 
V
K
 
K
V
 
V
V
 
E
H
 
F
K
 
K
P
 
P
M
 
M
D
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
G
I
 
I
V
 
I
P
 
P
S
 
A
L
 
L
L
 
Q
A
 
S
K
 
G
K
 
K
I
 
I
D
 
D
M
 
V
V
 
V
C
 
I
S
x
A
G
|
G
M
|
M
S
x
T
I
 
I
T
 
T
D
 
E
A
 
E
R
|
R
K
 
K
K
 
K
Q
 
Q
I
 
V
T
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
W
 
F
T
 
E
V
 
A
S
 
G
Q
 
Q
V
 
A
F
 
I
V
 
V
A
 
V
K
 
K
K
 
K
-
 
G
-
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
I
L
 
K
S
 
S
V
 
L
D
 
E
D
 
D
V
 
L
Y
 
-
K
 
K
G
 
G
K
 
-
K
 
K
K
 
K
L
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
|
Q
R
 
L
G
 
G
T
x
S
S
x
T
E
 
S
A
 
E
D
 
Q
A
 
H
L
 
V
Q
 
K
K
 
K
Q
 
V
A
 
A
P
 
K
E
 
D
K
 
A
G
 
G
W
 
-
N
 
-
F
 
V
E
 
K
L
 
V
R
 
K
F
 
K
Y
 
F
D
 
D
S
 
N
A
 
F
P
 
S
L
 
E
A
 
A
I
 
F
E
 
Q
D
 
E
V
 
L
L
 
K
N
 
S
G
 
G
R
 
R
I
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
V
G
 
V
M
 
T
D
|
D
I
 
N
L
 
A
P
 
V
A
 
A
E
 
L
D
 
A
A
 
Y
A
 
V
A
 
K
K
 
Q
K
 
N
P
 
P
-
 
N
-
 
A
-
 
G
V
 
V
K
 
K
I
 
I
L
 
V
G
 
G
T
 
E
F
 
T
G
 
F
E
 
S
P
 
G
E
 
E
D
 
P
F
 
Y
G
 
G
V
 
I
A
 
A
T
 
V
R
 
R
N
 
K
E
 
G
D
 
N
T
 
S
E
 
E
L
 
L
R
 
L
G
 
E
K
 
K
I
 
I
N
 
N
E
 
K
G
 
A
Y
 
L
K
 
E
L
 
E
L
 
M
M
 
K
A
 
K
D
 
D
P
 
G
Y
 
T
W
 
Y
Q
 
D
Q
 
K
L
 
I
K
 
Y
D
 
E
K
 
K
Y
 
W
L
 
F

4zv2A An ancestral arginine-binding protein bound to glutamine (see paper)
38% identity, 87% coverage: 31:246/249 of query aligns to 9:223/225 of 4zv2A

query
sites
4zv2A
G
 
G
I
 
T
D
x
E
A
 
A
N
 
T
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
A
 
G
Y
 
F
V
 
K
D
 
D
K
 
E
D
 
N
G
 
G
K
 
K
P
 
L
A
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
S
 
L
M
 
A
N
 
K
W
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
K
K
 
K
M
 
L
G
 
G
F
 
V
K
 
K
V
 
V
V
 
E
H
 
F
K
 
K
P
 
P
M
 
M
D
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
G
I
 
I
V
 
I
P
 
P
S
 
A
L
 
L
L
 
Q
A
 
S
K
 
G
K
 
K
I
 
I
D
 
D
M
 
V
V
 
V
C
 
I
S
 
A
G
|
G
M
|
M
S
x
T
I
 
I
T
 
T
D
 
E
A
 
E
R
|
R
K
 
K
K
 
K
Q
 
Q
I
 
V
T
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
W
 
F
T
 
E
V
 
A
S
 
G
Q
 
Q
V
 
A
F
 
I
V
 
V
A
 
V
K
 
K
K
 
K
-
 
G
-
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
I
L
 
K
S
 
S
V
 
L
D
 
E
D
 
D
V
 
L
Y
 
-
K
 
K
G
 
G
K
 
-
K
 
K
K
 
K
L
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
R
 
L
G
 
G
T
x
S
S
x
T
E
 
S
A
 
E
D
 
Q
A
 
H
L
 
V
Q
 
K
K
 
K
Q
 
V
A
 
A
P
 
A
E
 
-
K
 
-
G
 
-
W
 
-
N
 
G
F
 
V
E
 
K
L
 
V
R
 
K
F
 
K
Y
 
F
D
 
D
S
 
N
A
 
F
P
 
S
L
 
E
A
 
A
I
 
F
E
 
Q
D
 
E
V
 
L
L
 
K
N
 
S
G
 
G
R
 
R
I
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
V
G
 
V
M
 
T
D
|
D
I
 
N
L
 
A
P
 
V
A
 
A
E
 
L
D
 
A
A
 
Y
A
 
V
A
 
K
K
 
Q
K
 
N
P
 
P
-
 
N
-
 
A
-
 
G
V
 
V
K
 
K
I
 
I
L
 
V
G
 
G
T
 
E
F
 
T
G
 
F
E
 
S
P
 
G
E
 
E
D
 
P
F
 
Y
G
 
G
V
 
I
A
 
A
T
 
V
R
 
R
N
 
K
E
 
G
D
 
N
T
 
S
E
 
E
L
 
L
R
 
L
G
 
E
K
 
K
I
 
I
N
 
N
E
 
K
G
 
A
Y
 
L
K
 
E
L
 
E
L
 
M
M
 
K
A
 
K
D
 
D
P
 
G
Y
 
T
W
 
Y
Q
 
D
Q
 
K
L
 
I
K
 
Y
D
 
E
K
 
K
Y
 
W
L
 
F

5t0wA Crystal structure of the ancestral amino acid-binding protein anccdt- 1, a precursor of cyclohexadienyl dehydratase
35% identity, 87% coverage: 31:247/249 of query aligns to 15:229/229 of 5t0wA

query
sites
5t0wA
G
 
G
I
 
T
D
|
D
A
 
A
N
 
D
Y
|
Y
P
 
K
P
 
P
F
 
F
A
 
S
Y
 
F
V
 
K
D
 
D
K
 
K
D
 
N
G
 
G
K
 
Q
P
 
Y
A
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
S
 
L
M
 
A
N
 
K
W
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
K
K
 
E
M
 
L
G
 
G
F
 
V
K
 
K
V
 
V
V
 
E
H
 
F
K
 
V
P
 
P
M
 
T
D
 
T
W
|
W
D
 
D
G
 
G
I
 
I
V
 
I
P
 
P
S
 
A
L
 
L
L
 
Q
A
 
T
K
 
G
K
 
K
I
 
F
D
 
D
M
 
I
V
 
V
C
 
M
S
|
S
G
|
G
M
|
M
S
x
T
I
 
I
T
 
T
D
 
P
A
 
E
R
|
R
K
 
K
K
 
K
Q
 
K
I
 
V
T
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
W
 
M
T
 
T
V
 
A
S
 
G
Q
 
Q
V
 
T
F
 
I
V
 
L
A
 
V
K
 
K
K
 
K
D
 
D
S
 
N
K
 
A
-
 
D
-
 
K
-
 
I
L
 
K
S
 
S
V
 
F
D
 
E
D
 
D
V
 
L
Y
 
N
K
 
K
G
 
P
K
 
D
K
 
V
K
 
K
L
 
V
G
 
A
V
 
V
Q
|
Q
R
 
L
G
 
G
T
|
T
S
x
T
E
 
S
A
 
E
D
 
Q
A
 
A
L
 
A
Q
 
K
K
 
E
Q
 
F
A
 
L
P
 
P
E
 
K
K
 
A
G
 
-
W
 
-
N
 
-
F
 
-
E
 
K
L
 
I
R
 
R
F
 
T
Y
 
F
D
 
E
S
 
N
A
 
N
P
 
A
L
 
E
A
 
A
I
 
F
E
 
Q
D
 
E
V
 
V
L
 
V
N
 
S
G
 
G
R
 
R
I
 
A
D
 
D
A
 
A
A
 
M
G
 
V
M
 
T
D
|
D
I
 
S
L
 
-
P
 
P
A
 
V
E
 
A
D
 
A
A
 
Y
A
 
Y
A
 
A
K
 
K
K
 
L
P
 
A
V
 
V
K
 
V
I
 
V
L
 
V
G
 
D
T
 
E
F
 
P
G
 
F
E
 
T
P
 
H
E
 
E
D
 
P
F
 
L
G
 
G
V
 
F
A
 
A
T
 
I
R
 
R
N
 
K
E
 
G
D
 
D
T
 
P
E
 
E
L
 
L
R
 
L
G
 
N
K
 
W
I
 
V
N
 
N
E
 
N
G
 
W
Y
 
L
K
 
K
L
 
Q
L
 
M
M
 
K
A
 
K
D
 
D
P
 
G
Y
 
T
W
 
Y
Q
 
D
Q
 
K
L
 
L
K
 
Y
D
 
E
K
 
K
Y
 
W
L
 
F
Q
 
K

6svfA Crystal structure of the p235gk mutant of argbp from t. Maritima (see paper)
36% identity, 88% coverage: 31:248/249 of query aligns to 15:229/229 of 6svfA

query
sites
6svfA
G
 
G
I
 
L
D
 
S
A
 
A
N
 
D
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
A
 
E
Y
 
F
V
 
V
D
 
D
K
 
E
D
 
N
G
 
G
K
 
N
P
 
I
A
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
D
S
 
L
M
 
A
N
 
K
W
 
E
I
 
I
A
 
A
A
 
R
K
 
R
M
 
L
G
 
G
F
 
V
K
 
E
V
 
L
V
 
K
H
 
I
K
 
V
P
 
D
M
 
M
D
 
T
W
x
F
D
 
D
G
 
G
I
 
L
V
 
I
P
 
P
S
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
T
K
 
K
K
 
K
I
 
I
D
 
D
M
 
V
V
 
I
C
 
I
S
|
S
G
|
G
M
|
M
S
x
T
I
 
I
T
 
T
D
 
E
A
 
E
R
|
R
K
 
K
K
 
K
Q
 
V
I
 
V
T
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
W
 
F
T
 
D
V
 
A
S
 
G
Q
 
Q
V
 
V
F
 
I
V
 
V
A
 
V
K
 
R
K
 
K
D
 
D
S
 
S
K
 
D
L
 
F
-
 
R
-
 
P
-
 
K
S
 
T
V
 
Y
D
 
E
D
 
D
V
 
L
Y
 
V
K
 
-
G
 
-
K
 
G
K
 
K
K
 
T
L
 
V
G
 
A
V
 
V
Q
|
Q
R
 
I
G
 
G
T
|
T
S
x
T
E
 
G
A
 
D
D
 
I
A
 
E
L
 
V
Q
 
S
K
 
K
Q
 
Y
A
 
D
P
 
G
E
 
I
K
 
K
G
 
V
W
 
V
N
 
R
F
 
F
E
 
D
L
 
-
R
 
K
F
 
F
Y
 
T
D
 
D
S
 
-
A
 
-
P
 
-
L
 
-
A
 
A
I
 
F
E
 
L
D
 
E
V
 
L
L
 
K
N
 
R
G
 
G
R
 
R
I
 
A
D
 
D
A
 
A
A
 
V
G
 
V
M
 
L
D
|
D
I
 
S
L
 
A
P
 
T
A
 
A
E
 
R
D
 
A
A
 
F
A
 
V
A
 
A
K
 
K
K
 
N
P
 
P
V
 
D
K
 
L
I
 
V
L
 
I
G
 
S
T
 
S
-
 
G
F
 
V
G
 
L
E
 
S
P
 
S
E
 
E
D
 
Q
F
 
Y
G
 
G
V
 
I
A
 
A
T
 
V
R
 
R
N
 
K
E
 
E
D
 
D
T
 
T
E
 
D
L
 
L
R
 
L
G
 
E
K
 
F
I
 
I
N
 
N
E
 
S
G
 
V
Y
 
L
K
 
R
L
 
E
L
 
L
M
 
K
A
 
K
D
 
S
P
 
G
Y
 
K
W
 
Y
Q
 
D
Q
 
V
L
 
L
K
 
I
D
 
E
K
 
K
Y
 
W
L
 
F
Q
 
S
K
 
E

2pvuA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
31% identity, 92% coverage: 22:249/249 of query aligns to 1:227/235 of 2pvuA

query
sites
2pvuA
A
 
G
A
 
A
E
 
T
E
 
K
K
 
K
T
 
K
Y
 
V
I
 
V
N
 
V
G
 
G
I
 
T
D
 
D
A
 
A
N
 
A
Y
x
F
P
 
A
P
 
P
F
 
F
A
 
E
Y
 
Y
V
 
M
D
 
Q
K
 
K
D
 
-
G
 
G
K
 
K
P
 
I
A
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
D
S
 
L
M
 
L
N
 
D
W
 
A
I
 
V
A
 
M
A
 
K
K
 
A
M
 
A
G
 
G
F
 
L
K
 
D
V
 
Y
V
 
E
H
 
L
K
 
K
P
 
N
M
 
I
D
 
G
W
|
W
D
 
D
G
 
P
I
 
L
V
 
F
P
 
A
S
 
S
L
 
L
L
 
Q
A
 
S
K
 
K
K
 
E
I
 
V
D
 
D
M
 
M
V
 
G
C
 
I
S
 
S
G
|
G
M
x
I
S
x
T
I
 
I
T
 
T
D
 
D
A
 
E
R
|
R
K
 
K
K
 
Q
Q
 
S
I
 
Y
T
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
W
 
F
T
 
E
V
 
A
S
 
T
Q
 
Q
V
 
V
F
 
I
V
 
L
A
 
V
K
 
K
K
 
Q
D
 
G
S
 
S
K
 
P
L
 
V
S
 
K
V
 
N
D
 
A
D
 
L
V
 
D
Y
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
-
K
 
K
K
 
T
L
 
I
G
 
G
V
 
V
Q
|
Q
R
 
N
G
 
A
T
|
T
S
x
T
E
 
G
A
 
Q
D
 
E
A
 
A
L
 
A
Q
 
E
K
 
K
Q
 
L
A
 
F
P
 
-
E
 
-
K
 
-
G
 
G
W
 
K
N
 
G
F
 
P
E
 
H
L
 
I
R
 
K
F
 
K
Y
 
F
D
 
E
S
 
T
A
 
T
P
 
V
L
 
V
A
 
A
I
 
I
E
 
M
D
 
E
V
 
L
L
 
L
N
 
N
G
 
G
R
 
G
I
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
V
G
 
I
M
 
T
D
|
D
I
 
N
L
 
A
P
 
V
A
 
A
E
 
N
D
 
E
A
 
Y
A
 
V
A
 
K
K
 
N
K
 
N
P
 
P
V
 
N
K
 
K
I
 
K
L
 
L
G
 
Q
T
 
V
F
 
I
G
 
E
E
 
D
P
 
P
E
 
K
D
 
N
F
 
F
G
 
A
V
 
S
A
 
E
T
 
Y
R
 
Y
N
 
G
-
 
M
-
 
I
-
 
F
-
 
P
E
 
K
D
 
N
T
 
S
E
 
E
L
 
L
R
 
K
G
 
A
K
 
K
I
 
V
N
 
D
E
 
E
G
 
A
Y
 
L
K
 
K
L
 
N
L
 
V
M
 
I
A
 
N
D
 
S
P
 
G
Y
 
K
W
 
Y
Q
 
T
Q
 
E
L
 
I
K
 
Y
D
 
K
K
 
K
Y
 
W
L
 
F
Q
 
G
K
 
K
K
 
E

2q2aA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
30% identity, 92% coverage: 21:249/249 of query aligns to 6:233/241 of 2q2aA

query
sites
2q2aA
A
 
G
A
 
G
A
 
A
E
 
T
E
 
K
K
 
K
T
 
K
Y
 
V
I
 
V
N
 
V
G
 
G
I
 
T
D
|
D
A
 
A
N
 
A
Y
x
F
P
 
A
P
 
P
F
 
F
A
 
E
Y
 
Y
V
 
M
D
 
Q
K
 
K
D
 
-
G
 
G
K
 
K
P
 
I
A
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
D
S
 
L
M
 
L
N
 
D
W
 
A
I
 
V
A
 
M
A
 
K
K
 
A
M
 
A
G
 
G
F
 
L
K
 
D
V
 
Y
V
 
E
H
 
L
K
 
K
P
 
N
M
 
I
D
 
G
W
|
W
D
 
D
G
 
P
I
 
L
V
 
F
P
 
A
S
 
S
L
 
L
L
 
Q
A
 
S
K
 
K
K
 
E
I
 
V
D
 
D
M
 
M
V
 
G
C
 
I
S
|
S
G
|
G
M
x
I
S
x
T
I
 
I
T
 
T
D
 
D
A
 
E
R
|
R
K
 
K
K
 
Q
Q
 
S
I
 
Y
T
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
W
 
F
T
 
E
V
 
A
S
 
T
Q
 
Q
V
 
V
F
 
I
V
 
L
A
 
V
K
 
K
K
 
Q
D
 
G
S
 
S
K
 
P
L
 
V
S
 
K
V
 
N
D
 
A
D
 
L
V
 
D
Y
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
-
K
 
K
K
 
T
L
 
I
G
 
G
V
 
V
Q
|
Q
R
 
N
G
 
A
T
|
T
S
x
T
E
 
G
A
 
Q
D
 
E
A
 
A
L
 
A
Q
 
E
K
 
K
Q
 
L
A
 
F
P
 
-
E
 
-
K
 
-
G
 
G
W
 
K
N
 
G
F
 
P
E
 
H
L
 
I
R
 
K
F
 
K
Y
 
F
D
 
E
S
 
T
A
 
T
P
 
V
L
 
V
A
 
A
I
 
I
E
 
M
D
 
E
V
 
L
L
 
L
N
 
N
G
 
G
R
 
G
I
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
V
G
 
I
M
 
T
D
|
D
I
 
N
L
 
A
P
 
V
A
 
A
E
 
N
D
 
E
A
 
Y
A
 
V
A
 
K
K
 
N
K
 
N
P
 
P
V
 
N
K
 
K
I
 
K
L
 
L
G
 
Q
T
 
V
F
 
I
G
 
E
E
 
D
P
 
P
E
 
K
D
 
N
F
 
F
G
 
A
V
 
S
A
 
E
T
 
Y
R
 
Y
N
 
G
-
 
M
-
 
I
-
 
F
-
 
P
E
 
K
D
 
N
T
 
S
E
 
E
L
 
L
R
 
K
G
 
A
K
 
K
I
 
V
N
 
D
E
 
E
G
 
A
Y
 
L
K
 
K
L
 
N
L
 
V
M
 
I
A
 
N
D
 
S
P
 
G
Y
 
K
W
 
Y
Q
 
T
Q
 
E
L
 
I
K
 
Y
D
 
K
K
 
K
Y
 
W
L
 
F
Q
 
G
K
 
K
K
 
E

2q2cA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
31% identity, 90% coverage: 26:249/249 of query aligns to 1:223/231 of 2q2cA

query
sites
2q2cA
K
 
K
T
 
K
Y
 
V
I
 
V
N
 
V
G
 
G
I
 
T
D
 
D
A
 
A
N
 
A
Y
x
F
P
 
A
P
 
P
F
 
F
A
 
E
Y
 
Y
V
 
M
D
 
Q
K
 
K
D
 
-
G
 
G
K
 
K
P
 
I
A
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
D
S
 
L
M
 
L
N
 
D
W
 
A
I
 
V
A
 
M
A
 
K
K
 
A
M
 
A
G
 
G
F
 
L
K
 
D
V
 
Y
V
 
E
H
 
L
K
 
K
P
 
N
M
 
I
D
 
G
W
|
W
D
 
D
G
 
P
I
 
L
V
 
F
P
 
A
S
 
S
L
 
L
L
 
Q
A
 
S
K
 
K
K
 
E
I
 
V
D
 
D
M
 
M
V
 
G
C
 
I
S
|
S
G
|
G
M
x
I
S
x
T
I
 
I
T
 
T
D
 
D
A
 
E
R
|
R
K
 
K
K
 
Q
Q
 
S
I
 
Y
T
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
W
 
F
T
 
E
V
 
A
S
 
T
Q
 
Q
V
 
V
F
 
I
V
 
L
A
 
V
K
 
K
K
 
Q
D
 
G
S
 
S
K
 
P
L
 
V
S
 
K
V
 
N
D
 
A
D
 
L
V
 
D
Y
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
-
K
 
K
K
 
T
L
 
I
G
 
G
V
 
V
Q
|
Q
R
 
N
G
 
A
T
|
T
S
x
T
E
 
G
A
 
Q
D
 
E
A
 
A
L
 
A
Q
 
E
K
 
K
Q
 
L
A
 
F
P
 
-
E
 
-
K
 
-
G
 
G
W
 
K
N
 
G
F
 
P
E
 
H
L
 
I
R
 
K
F
 
K
Y
 
F
D
 
E
S
 
T
A
 
T
P
 
V
L
 
V
A
 
A
I
 
I
E
 
M
D
 
E
V
 
L
L
 
L
N
 
N
G
 
G
R
 
G
I
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
V
G
 
I
M
 
T
D
|
D
I
 
N
L
 
A
P
 
V
A
 
A
E
 
N
D
 
E
A
 
Y
A
 
V
A
 
K
K
 
N
K
 
N
P
 
P
V
 
N
K
 
K
I
 
K
L
 
L
G
 
Q
T
 
V
F
 
I
G
 
E
E
 
D
P
 
P
E
 
K
D
 
N
F
 
F
G
 
A
V
 
S
A
 
E
T
 
Y
R
 
Y
N
 
G
-
 
M
-
 
I
-
 
F
-
 
P
E
 
K
D
 
N
T
 
S
E
 
E
L
 
L
R
 
K
G
 
A
K
 
K
I
 
V
N
 
D
E
 
E
G
 
A
Y
 
L
K
 
K
L
 
N
L
 
V
M
 
I
A
 
N
D
 
S
P
 
G
Y
 
K
W
 
Y
Q
 
T
Q
 
E
L
 
I
K
 
Y
D
 
K
K
 
K
Y
 
W
L
 
F
Q
 
G
K
 
K
K
 
E

4ohnA Crystal structure of an abc uptake transporter substrate binding protein from streptococcus pneumoniae with bound histidine
34% identity, 87% coverage: 31:246/249 of query aligns to 18:239/246 of 4ohnA

query
sites
4ohnA
G
 
G
I
 
F
D
|
D
A
 
S
N
 
T
Y
x
F
P
 
V
P
 
P
F
 
M
A
 
G
Y
 
F
V
 
A
D
 
Q
K
 
K
D
 
D
G
 
G
K
 
S
P
 
Y
A
 
A
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
S
 
L
M
 
A
N
 
T
W
 
A
I
 
V
A
 
F
A
 
E
K
 
K
M
 
Y
G
 
G
F
 
I
K
 
T
V
 
V
V
 
N
H
 
W
K
 
Q
P
 
P
M
 
I
D
 
D
W
|
W
D
 
D
G
 
L
I
 
K
V
 
E
P
 
A
S
 
E
L
 
L
L
 
T
A
 
K
K
 
G
K
 
T
I
 
I
D
 
D
M
 
L
V
 
I
C
 
W
S
x
N
G
|
G
M
 
Y
S
|
S
I
 
A
T
 
T
D
 
D
A
 
E
R
|
R
K
 
R
K
 
E
Q
 
K
I
 
V
T
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
N
P
 
S
Y
 
Y
W
 
M
T
 
K
V
 
N
S
 
E
Q
 
Q
V
 
V
F
 
L
V
 
V
A
 
T
K
 
K
K
 
K
D
 
S
S
 
S
K
 
G
L
 
I
S
 
T
V
 
T
D
 
A
D
 
K
V
 
D
Y
 
M
K
 
T
G
 
G
K
 
-
K
 
K
K
 
T
L
 
L
G
 
G
V
 
A
Q
|
Q
R
 
A
G
 
G
T
x
S
S
|
S
E
 
G
A
 
Y
D
 
A
A
 
D
L
 
F
Q
 
E
K
 
A
Q
 
N
A
 
-
P
 
P
E
 
E
K
 
I
G
 
L
W
 
K
N
 
N
F
 
I
-
 
V
-
 
A
-
 
N
-
 
K
E
 
E
L
 
A
R
 
N
F
 
Q
Y
 
Y
D
 
Q
S
 
T
A
 
F
P
 
N
L
 
E
A
 
A
I
 
L
E
 
I
D
 
D
V
 
L
L
 
K
N
 
N
G
 
D
R
 
R
I
 
I
D
 
D
A
 
G
A
 
L
G
 
L
M
 
I
D
|
D
-
 
R
-
 
V
-
 
Y
-
 
A
-
 
N
-
 
Y
I
 
Y
L
 
L
P
 
E
A
 
A
E
 
E
D
 
G
A
 
V
A
 
L
A
 
N
K
 
D
K
 
Y
P
 
N
V
 
V
K
 
F
I
 
T
L
 
V
G
 
G
T
 
L
F
 
-
G
 
-
E
 
E
P
 
T
E
 
E
D
 
A
F
 
F
G
 
A
V
 
V
A
 
G
T
 
S
R
 
R
N
 
K
E
 
E
D
 
D
T
 
T
E
 
T
L
 
L
R
 
V
G
 
K
K
 
K
I
 
I
N
 
N
E
 
E
G
 
A
Y
 
F
K
 
S
L
 
S
L
 
L
M
 
Y
A
 
K
D
 
D
P
 
G
Y
 
K
W
 
F
Q
 
Q
Q
 
E
L
 
I
K
 
S
D
 
Q
K
 
K
Y
 
W
L
 
F

P02911 Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein; LAO-binding protein from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 4 papers)
30% identity, 99% coverage: 1:246/249 of query aligns to 1:253/260 of P02911

query
sites
P02911
M
 
M
K
 
K
R
 
K
S
 
T
F
 
V
V
 
L
Y
 
A
T
 
L
V
 
S
V
 
L
M
 
L
A
 
I
L
 
G
V
 
L
L
 
G
A
 
A
F
 
T
A
 
A
S
 
A
V
 
S
A
 
Y
A
 
A
A
 
A
E
 
L
E
 
P
K
 
Q
T
 
T
Y
 
V
I
 
R
N
 
I
G
 
G
I
 
T
D
|
D
A
 
T
N
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
A
 
S
Y
 
S
V
 
K
D
 
D
K
 
A
D
 
K
G
 
G
K
 
E
P
 
F
A
 
I
G
 
G
F
 
F
D
|
D
V
 
I
D
 
D
S
 
L
M
 
G
N
 
N
W
 
E
I
 
M
A
x
C
A
 
K
K
 
R
M
 
M
G
 
Q
F
 
V
K
 
K
V
x
C
V
 
T
H
 
W
K
 
V
P
 
A
M
 
S
D
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
A
I
 
L
V
 
I
P
 
P
S
 
S
L
 
L
L
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
K
I
 
I
D
 
D
M
 
A
V
 
I
C
 
I
S
|
S
G
x
S
M
 
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
D
 
D
A
 
K
R
|
R
K
 
Q
K
 
Q
Q
 
E
I
 
I
T
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
K
Y
 
L
W
 
Y
T
 
A
V
 
A
S
 
D
Q
 
S
V
 
R
F
 
L
V
 
I
A
 
A
K
 
A
K
 
K
D
 
G
S
 
S
K
 
P
L
 
I
S
 
Q
-
 
P
V
 
T
D
 
L
D
 
E
V
 
S
Y
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
-
K
 
K
K
 
H
L
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
x
L
R
 
Q
G
 
G
T
 
S
S
x
T
E
 
Q
A
 
E
D
 
A
A
 
Y
L
 
A
Q
 
N
K
 
D
Q
 
N
A
 
W
P
 
R
E
 
T
K
 
K
G
 
G
W
 
-
N
 
-
F
 
V
E
 
D
L
 
V
R
 
V
F
 
A
Y
 
Y
D
 
A
S
 
N
A
 
Q
P
 
D
L
 
L
A
 
I
I
 
Y
E
 
S
D
 
D
V
 
L
L
 
T
N
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
A
G
 
L
M
 
Q
D
|
D
I
 
E
L
 
V
P
 
A
A
 
A
E
 
S
D
 
E
A
 
G
A
 
F
A
 
L
K
 
K
K
 
Q
P
 
P
V
 
A
K
 
G
I
 
K
L
 
E
G
 
Y
T
 
A
F
 
F
G
 
A
E
 
G
P
 
P
-
 
S
-
 
V
-
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
K
-
 
Y
-
 
F
-
 
G
E
 
D
D
 
G
F
 
T
G
 
G
V
 
V
A
 
G
T
 
L
R
 
R
N
 
K
E
 
D
D
 
D
T
 
T
E
 
E
L
 
L
R
 
K
G
 
A
K
 
A
I
 
F
N
 
D
E
 
K
G
 
A
Y
 
L
K
 
T
L
 
E
L
 
L
M
 
R
A
 
Q
D
 
D
P
 
G
Y
 
T
W
 
Y
Q
 
D
Q
 
K
L
 
M
K
 
A
D
 
K
K
 
K
Y
 
Y
L
 
F

1hslA Refined 1.89 angstroms structure of the histidine-binding protein complexed with histidine and its relationship with many other active transport(slash)chemosensory receptors (see paper)
31% identity, 87% coverage: 31:246/249 of query aligns to 9:231/238 of 1hslA

query
sites
1hslA
G
 
G
I
 
T
D
 
D
A
 
P
N
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
A
 
E
Y
 
S
V
 
K
D
 
N
K
 
A
D
 
Q
G
 
G
K
 
E
P
 
L
A
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
S
 
L
M
 
A
N
 
K
W
 
E
I
 
L
A
 
C
A
 
K
K
 
R
M
 
I
G
 
N
F
 
T
K
 
Q
V
 
C
V
 
T
H
 
F
K
 
V
P
 
E
M
 
N
D
 
P
W
x
L
D
 
D
G
 
A
I
 
L
V
 
I
P
 
P
S
 
S
L
 
L
L
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
K
I
 
I
D
 
D
M
 
A
V
 
I
C
 
M
S
|
S
G
x
S
M
x
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
D
 
E
A
 
K
R
|
R
K
 
Q
K
 
Q
Q
 
E
I
 
I
T
 
A
F
 
F
S
 
T
E
 
D
P
 
K
Y
 
L
W
 
Y
T
 
A
V
 
A
S
 
D
Q
 
S
V
 
R
F
 
L
V
 
V
A
 
V
K
 
A
K
 
K
D
 
N
S
 
S
K
 
D
L
 
I
S
 
Q
V
 
P
D
 
T
D
 
V
V
 
A
Y
 
S
K
 
L
G
 
K
K
 
G
K
 
K
K
 
R
L
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
 
L
R
 
Q
G
 
G
T
|
T
S
x
T
E
 
Q
A
 
E
D
 
T
A
 
F
L
 
G
Q
 
N
K
 
E
Q
 
H
A
 
W
P
 
A
E
 
P
K
 
K
G
 
G
W
 
-
N
 
-
F
 
I
E
 
E
L
 
I
R
 
V
F
 
S
Y
 
Y
D
 
Q
S
 
G
A
 
Q
P
 
D
L
 
N
A
 
I
I
 
Y
E
 
S
D
 
D
V
 
L
L
 
T
N
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
A
G
 
F
M
 
Q
D
|
D
I
 
E
L
 
V
P
 
A
A
 
A
E
 
S
D
 
E
A
 
G
A
 
F
A
 
L
K
 
K
K
 
Q
P
 
P
V
 
V
K
 
G
I
 
K
L
 
D
G
 
Y
T
 
K
F
 
F
G
 
G
E
 
G
P
 
P
-
 
A
-
 
V
-
 
K
-
 
D
-
 
E
E
 
K
D
 
L
F
 
F
G
 
G
V
 
V
A
 
G
T
 
T
-
 
G
-
 
M
-
 
G
-
 
L
R
 
R
N
 
K
E
 
E
D
 
D
T
 
N
E
 
E
L
 
L
R
 
R
G
 
E
K
 
A
I
 
L
N
 
N
E
 
K
G
 
A
Y
 
F
K
 
A
L
 
E
L
 
M
M
 
R
A
 
A
D
 
D
P
 
G
Y
 
T
W
 
Y
Q
 
E
Q
 
K
L
 
L
K
 
A
D
 
K
K
 
K
Y
 
Y
L
 
F

P02910 Histidine-binding periplasmic protein; HBP from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 2 papers)
31% identity, 87% coverage: 31:246/249 of query aligns to 31:253/260 of P02910

query
sites
P02910
G
 
G
I
 
T
D
 
D
A
 
P
N
 
T
Y
 
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
A
x
E
Y
 
S
V
x
K
D
 
N
K
 
A
D
 
Q
G
 
G
K
x
E
P
 
L
A
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
S
 
L
M
 
A
N
 
K
W
 
E
I
 
L
A
 
C
A
 
K
K
 
R
M
 
I
G
 
N
F
 
T
K
 
Q
V
 
C
V
 
T
H
 
F
K
 
V
P
 
E
M
 
N
D
 
P
W
 
L
D
 
D
G
 
A
I
 
L
V
 
I
P
 
P
S
 
S
L
 
L
L
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
K
I
 
I
D
 
D
M
 
A
V
 
I
C
 
M
S
 
S
G
 
S
M
 
L
S
 
S
I
 
I
T
 
T
D
 
E
A
 
K
R
 
R
K
 
Q
K
 
Q
Q
 
E
I
 
I
T
 
A
F
 
F
S
 
T
E
 
D
P
 
K
Y
 
L
W
 
Y
T
 
A
V
 
A
S
 
D
Q
 
S
V
 
R
F
 
L
V
 
V
A
 
V
K
 
A
K
 
K
D
 
N
S
 
S
K
 
D
L
 
I
S
 
Q
V
 
P
D
 
T
D
 
V
V
 
A
Y
 
S
K
 
L
G
 
K
K
 
G
K
 
K
K
 
R
L
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
 
L
R
 
Q
G
 
G
T
 
T
S
 
T
E
 
Q
A
 
E
D
 
T
A
 
F
L
 
G
Q
 
N
K
 
E
Q
 
H
A
 
W
P
 
A
E
 
P
K
 
K
G
 
G
W
 
-
N
 
-
F
 
I
E
 
E
L
 
I
R
 
V
F
 
S
Y
 
Y
D
 
Q
S
 
G
A
 
Q
P
 
D
L
 
N
A
 
I
I
 
Y
E
 
S
D
|
D
V
 
L
L
 
T
N
 
A
G
 
G
R
|
R
I
 
I
D
|
D
A
 
A
A
 
A
G
 
F
M
 
Q
D
 
D
I
 
E
L
 
V
P
 
A
A
 
A
E
 
S
D
 
E
A
 
G
A
 
F
A
 
L
K
 
K
K
 
Q
P
 
P
V
 
V
K
 
G
I
 
K
L
 
D
G
 
Y
T
 
K
F
 
F
G
 
G
E
 
G
P
 
P
-
 
A
-
 
V
-
 
K
-
 
D
-
 
E
E
 
K
D
 
L
F
 
F
G
 
G
V
 
V
A
 
G
T
 
T
-
 
G
-
 
M
-
 
G
-
 
L
R
 
R
N
 
K
E
 
E
D
 
D
T
 
N
E
 
E
L
 
L
R
 
R
G
 
E
K
 
A
I
 
L
N
 
N
E
 
K
G
 
A
Y
 
F
K
 
A
L
 
E
L
 
M
M
 
R
A
 
A
D
 
D
P
 
G
Y
 
T
W
 
Y
Q
 
E
Q
 
K
L
 
L
K
 
A
D
 
K
K
 
K
Y
 
Y
L
 
F

Sites not aligning to the query:

P0AEU0 Histidine-binding periplasmic protein; HBP from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
31% identity, 87% coverage: 31:246/249 of query aligns to 31:253/260 of P0AEU0

query
sites
P0AEU0
G
 
G
I
 
T
D
 
D
A
 
P
N
 
T
Y
 
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
A
 
E
Y
 
S
V
 
K
D
 
N
K
 
S
D
 
Q
G
 
G
K
 
E
P
 
L
A
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
S
 
L
M
 
A
N
 
K
W
 
E
I
 
L
A
x
C
A
 
K
K
 
R
M
 
I
G
 
N
F
 
T
K
 
Q
V
x
C
V
 
T
H
 
F
K
 
V
P
 
E
M
 
N
D
 
P
W
 
L
D
 
D
G
 
A
I
 
L
V
 
I
P
 
P
S
 
S
L
 
L
L
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
K
I
 
I
D
 
D
M
 
A
V
 
I
C
 
M
S
|
S
G
x
S
M
 
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
D
 
E
A
 
K
R
|
R
K
 
Q
K
 
Q
Q
 
E
I
 
I
T
 
A
F
 
F
S
 
T
E
 
D
P
 
K
Y
 
L
W
 
Y
T
 
A
V
 
A
S
 
D
Q
 
S
V
 
R
F
 
L
V
 
V
A
 
V
K
 
A
K
 
K
D
 
N
S
 
S
K
 
D
L
 
I
S
 
Q
-
 
P
V
 
T
D
 
V
D
 
E
V
 
S
Y
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
-
K
 
K
K
 
R
L
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
 
L
R
 
Q
G
 
G
T
 
T
S
x
T
E
 
Q
A
 
E
D
 
T
A
 
F
L
 
G
Q
 
N
K
 
E
Q
 
H
A
 
W
P
 
A
E
 
P
K
 
K
G
 
G
W
 
-
N
 
-
F
 
I
E
 
E
L
 
I
R
 
V
F
 
S
Y
 
Y
D
 
Q
S
 
G
A
 
Q
P
 
D
L
 
N
A
 
I
I
 
Y
E
 
S
D
 
D
V
 
L
L
 
T
N
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
A
G
 
F
M
 
Q
D
|
D
I
 
E
L
 
V
P
 
A
A
 
A
E
 
S
D
 
E
A
 
G
A
 
F
A
 
L
K
 
K
K
 
Q
P
 
P
V
 
V
K
 
G
I
 
K
L
 
D
G
 
Y
T
 
K
F
 
F
G
 
G
E
 
G
P
 
P
-
 
S
-
 
V
-
 
K
-
 
D
-
 
E
E
 
K
D
 
L
F
 
F
G
 
G
V
 
V
A
 
G
T
 
T
-
 
G
-
 
M
-
 
G
-
 
L
R
 
R
N
 
K
E
 
E
D
 
D
T
 
N
E
 
E
L
 
L
R
 
R
G
 
E
K
 
A
I
 
L
N
 
N
E
 
K
G
 
A
Y
 
F
K
 
A
L
 
E
L
 
M
M
 
R
A
 
A
D
 
D
P
 
G
Y
 
T
W
 
Y
Q
 
E
Q
 
K
L
 
L
K
 
A
D
 
K
K
 
K
Y
 
Y
L
 
F

Sites not aligning to the query:

5owfA Structure of a lao-binding protein mutant with glutamine (see paper)
31% identity, 87% coverage: 31:246/249 of query aligns to 6:228/235 of 5owfA

query
sites
5owfA
G
 
G
I
 
T
D
 
D
A
 
T
N
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
A
 
S
Y
 
S
V
 
K
D
 
D
K
 
A
D
 
K
G
 
G
K
 
E
P
 
F
A
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
S
 
L
M
 
G
N
 
N
W
 
E
I
 
M
A
 
C
A
 
K
K
 
R
M
 
M
G
 
Q
F
 
V
K
 
K
V
 
C
V
 
T
H
 
W
K
 
V
P
 
A
M
 
S
D
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
A
I
 
L
V
 
I
P
 
P
S
 
S
L
 
L
L
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
K
I
 
I
D
 
D
M
 
A
V
 
I
C
 
I
S
|
S
G
x
S
M
 
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
D
 
D
A
 
K
R
|
R
K
 
Q
K
 
Q
Q
 
E
I
 
I
T
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
K
Y
 
L
W
 
Y
T
 
A
V
 
A
S
 
D
Q
 
S
V
 
R
F
 
L
V
 
I
A
 
A
K
 
A
K
 
K
D
 
G
S
 
S
K
 
P
L
 
I
S
 
Q
-
 
P
V
 
T
D
 
L
D
 
E
V
 
S
Y
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
-
K
 
K
K
 
H
L
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
x
K
R
 
Q
G
 
G
T
x
S
S
x
T
E
 
Q
A
 
E
D
 
A
A
 
Y
L
 
A
Q
 
N
K
 
D
Q
 
N
A
 
W
P
 
R
E
 
T
K
 
K
G
 
G
W
 
-
N
 
-
F
 
V
E
 
D
L
 
V
R
 
V
F
 
A
Y
 
Y
D
 
A
S
 
N
A
 
Q
P
 
D
L
 
L
A
 
I
I
 
Y
E
 
S
D
 
D
V
 
L
L
 
T
N
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
A
G
 
L
M
 
Q
D
|
D
I
 
E
L
 
V
P
 
A
A
 
A
E
 
S
D
 
E
A
 
G
A
 
F
A
 
L
K
 
K
K
 
Q
P
 
P
V
 
A
K
 
G
I
 
K
L
 
E
G
 
Y
T
 
A
F
 
F
G
 
A
E
 
G
P
 
P
-
 
S
-
 
V
-
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
K
-
 
Y
-
 
F
-
 
G
E
 
D
D
 
G
F
 
T
G
 
G
V
 
V
A
 
G
T
 
L
R
 
R
N
 
K
E
 
D
D
 
D
T
 
T
E
 
E
L
 
L
R
 
K
G
 
A
K
 
A
I
 
F
N
 
D
E
 
K
G
 
A
Y
 
L
K
 
T
L
 
E
L
 
L
M
 
R
A
 
Q
D
 
D
P
 
G
Y
 
T
W
 
Y
Q
 
D
Q
 
K
L
 
M
K
 
A
D
 
K
K
 
K
Y
 
Y
L
 
F

1lstA Three-dimensional structures of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein with and without a ligand (see paper)
31% identity, 87% coverage: 31:246/249 of query aligns to 9:231/238 of 1lstA

query
sites
1lstA
G
 
G
I
 
T
D
 
D
A
 
T
N
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
A
 
S
Y
 
S
V
 
K
D
 
D
K
 
A
D
 
K
G
 
G
K
 
E
P
 
F
A
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
S
 
L
M
 
G
N
 
N
W
 
E
I
 
M
A
 
C
A
 
K
K
 
R
M
 
M
G
 
Q
F
 
V
K
 
K
V
 
C
V
 
T
H
 
W
K
 
V
P
 
A
M
 
S
D
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
A
I
 
L
V
 
I
P
 
P
S
 
S
L
 
L
L
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
K
I
 
I
D
 
D
M
 
A
V
 
I
C
 
I
S
 
S
G
x
S
M
 
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
D
 
D
A
 
K
R
|
R
K
 
Q
K
 
Q
Q
 
E
I
 
I
T
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
K
Y
 
L
W
 
Y
T
 
A
V
 
A
S
 
D
Q
 
S
V
 
R
F
 
L
V
 
I
A
 
A
K
 
A
K
 
K
D
 
G
S
 
S
K
 
P
L
 
I
S
 
Q
-
 
P
V
 
T
D
 
L
D
 
E
V
 
S
Y
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
-
K
 
K
K
 
H
L
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
x
L
R
 
Q
G
 
G
T
x
S
S
x
T
E
x
Q
A
 
E
D
 
A
A
 
Y
L
 
A
Q
 
N
K
 
D
Q
 
N
A
 
W
P
 
R
E
 
T
K
 
K
G
 
G
W
 
-
N
 
-
F
 
V
E
 
D
L
 
V
R
 
V
F
 
A
Y
 
Y
D
 
A
S
 
N
A
 
Q
P
 
D
L
 
L
A
 
I
I
 
Y
E
 
S
D
 
D
V
 
L
L
 
T
N
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
A
G
 
L
M
 
Q
D
|
D
I
 
E
L
 
V
P
 
A
A
 
A
E
 
S
D
 
E
A
 
G
A
 
F
A
 
L
K
 
K
K
 
Q
P
 
P
V
 
A
K
 
G
I
 
K
L
 
E
G
 
Y
T
 
A
F
 
F
G
 
A
E
 
G
P
 
P
-
 
S
-
 
V
-
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
K
-
 
Y
-
 
F
-
 
G
E
 
D
D
 
G
F
 
T
G
 
G
V
 
V
A
 
G
T
 
L
R
 
R
N
 
K
E
 
D
D
 
D
T
 
T
E
 
E
L
 
L
R
 
K
G
 
A
K
 
A
I
 
F
N
 
D
E
 
K
G
 
A
Y
 
L
K
 
T
L
 
E
L
 
L
M
 
R
A
 
Q
D
 
D
P
 
G
Y
 
T
W
 
Y
Q
 
D
Q
 
K
L
 
M
K
 
A
D
 
K
K
 
K
Y
 
Y
L
 
F

1lahE Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein (see paper)
31% identity, 87% coverage: 31:246/249 of query aligns to 9:231/238 of 1lahE

query
sites
1lahE
G
 
G
I
 
T
D
 
D
A
 
T
N
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
A
 
S
Y
 
S
V
 
K
D
 
D
K
 
A
D
 
K
G
 
G
K
 
E
P
 
F
A
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
S
 
L
M
 
G
N
 
N
W
 
E
I
 
M
A
 
C
A
 
K
K
 
R
M
 
M
G
 
Q
F
 
V
K
 
K
V
 
C
V
 
T
H
 
W
K
 
V
P
 
A
M
 
S
D
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
A
I
 
L
V
 
I
P
 
P
S
 
S
L
 
L
L
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
K
I
 
I
D
 
D
M
 
A
V
 
I
C
 
I
S
 
S
G
x
S
M
 
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
D
 
D
A
 
K
R
|
R
K
 
Q
K
 
Q
Q
 
E
I
 
I
T
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
K
Y
 
L
W
 
Y
T
 
A
V
 
A
S
 
D
Q
 
S
V
 
R
F
 
L
V
 
I
A
 
A
K
 
A
K
 
K
D
 
G
S
 
S
K
 
P
L
 
I
S
 
Q
-
 
P
V
 
T
D
 
L
D
 
E
V
 
S
Y
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
-
K
 
K
K
 
H
L
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
 
L
R
 
Q
G
 
G
T
x
S
S
 
T
E
x
Q
A
 
E
D
 
A
A
 
Y
L
 
A
Q
 
N
K
 
D
Q
 
N
A
 
W
P
 
R
E
 
T
K
 
K
G
 
G
W
 
-
N
 
-
F
 
V
E
 
D
L
 
V
R
 
V
F
 
A
Y
 
Y
D
 
A
S
 
N
A
 
Q
P
 
D
L
 
L
A
 
I
I
 
Y
E
 
S
D
 
D
V
 
L
L
 
T
N
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
A
G
 
L
M
 
Q
D
|
D
I
 
E
L
 
V
P
 
A
A
 
A
E
 
S
D
 
E
A
 
G
A
 
F
A
 
L
K
 
K
K
 
Q
P
 
P
V
 
A
K
 
G
I
 
K
L
 
E
G
 
Y
T
 
A
F
 
F
G
 
A
E
 
G
P
 
P
-
 
S
-
 
V
-
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
K
-
 
Y
-
 
F
-
 
G
E
 
D
D
 
G
F
 
T
G
 
G
V
 
V
A
 
G
T
 
L
R
 
R
N
 
K
E
 
D
D
 
D
T
 
T
E
 
E
L
 
L
R
 
K
G
 
A
K
 
A
I
 
F
N
 
D
E
 
K
G
 
A
Y
 
L
K
 
T
L
 
E
L
 
L
M
 
R
A
 
Q
D
 
D
P
 
G
Y
 
T
W
 
Y
Q
 
D
Q
 
K
L
 
M
K
 
A
D
 
K
K
 
K
Y
 
Y
L
 
F

1lagE Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein (see paper)
31% identity, 87% coverage: 31:246/249 of query aligns to 9:231/238 of 1lagE

query
sites
1lagE
G
 
G
I
 
T
D
 
D
A
 
T
N
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
A
 
S
Y
 
S
V
 
K
D
 
D
K
 
A
D
 
K
G
 
G
K
 
E
P
 
F
A
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
S
 
L
M
 
G
N
 
N
W
 
E
I
 
M
A
 
C
A
 
K
K
 
R
M
 
M
G
 
Q
F
 
V
K
 
K
V
 
C
V
 
T
H
 
W
K
 
V
P
 
A
M
 
S
D
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
A
I
 
L
V
 
I
P
 
P
S
 
S
L
 
L
L
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
K
I
 
I
D
 
D
M
 
A
V
 
I
C
 
I
S
|
S
G
x
S
M
x
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
D
 
D
A
 
K
R
|
R
K
 
Q
K
 
Q
Q
 
E
I
 
I
T
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
K
Y
 
L
W
 
Y
T
 
A
V
 
A
S
 
D
Q
 
S
V
 
R
F
 
L
V
 
I
A
 
A
K
 
A
K
 
K
D
 
G
S
 
S
K
 
P
L
 
I
S
 
Q
-
 
P
V
 
T
D
 
L
D
 
E
V
 
S
Y
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
-
K
 
K
K
 
H
L
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
x
L
R
 
Q
G
 
G
T
x
S
S
 
T
E
x
Q
A
 
E
D
 
A
A
 
Y
L
 
A
Q
 
N
K
 
D
Q
 
N
A
 
W
P
 
R
E
 
T
K
 
K
G
 
G
W
 
-
N
 
-
F
 
V
E
 
D
L
 
V
R
 
V
F
 
A
Y
 
Y
D
 
A
S
 
N
A
 
Q
P
 
D
L
 
L
A
 
I
I
 
Y
E
 
S
D
 
D
V
 
L
L
 
T
N
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
A
G
 
L
M
 
Q
D
|
D
I
 
E
L
 
V
P
 
A
A
 
A
E
 
S
D
 
E
A
 
G
A
 
F
A
 
L
K
 
K
K
 
Q
P
 
P
V
 
A
K
 
G
I
 
K
L
 
E
G
 
Y
T
 
A
F
 
F
G
 
A
E
 
G
P
 
P
-
 
S
-
 
V
-
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
K
-
 
Y
-
 
F
-
 
G
E
 
D
D
 
G
F
 
T
G
 
G
V
 
V
A
 
G
T
 
L
R
 
R
N
 
K
E
 
D
D
 
D
T
 
T
E
 
E
L
 
L
R
 
K
G
 
A
K
 
A
I
 
F
N
 
D
E
 
K
G
 
A
Y
 
L
K
 
T
L
 
E
L
 
L
M
 
R
A
 
Q
D
 
D
P
 
G
Y
 
T
W
 
Y
Q
 
D
Q
 
K
L
 
M
K
 
A
D
 
K
K
 
K
Y
 
Y
L
 
F

1lafE Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein (see paper)
31% identity, 87% coverage: 31:246/249 of query aligns to 9:231/238 of 1lafE

query
sites
1lafE
G
 
G
I
 
T
D
|
D
A
 
T
N
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
A
 
S
Y
 
S
V
 
K
D
 
D
K
 
A
D
 
K
G
 
G
K
 
E
P
 
F
A
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
S
 
L
M
 
G
N
 
N
W
 
E
I
 
M
A
 
C
A
 
K
K
 
R
M
 
M
G
 
Q
F
 
V
K
 
K
V
 
C
V
 
T
H
 
W
K
 
V
P
 
A
M
 
S
D
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
A
I
 
L
V
 
I
P
 
P
S
 
S
L
 
L
L
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
K
I
 
I
D
 
D
M
 
A
V
 
I
C
 
I
S
|
S
G
x
S
M
 
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
D
 
D
A
 
K
R
|
R
K
 
Q
K
 
Q
Q
 
E
I
 
I
T
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
K
Y
 
L
W
 
Y
T
 
A
V
 
A
S
 
D
Q
 
S
V
 
R
F
 
L
V
 
I
A
 
A
K
 
A
K
 
K
D
 
G
S
 
S
K
 
P
L
 
I
S
 
Q
-
 
P
V
 
T
D
 
L
D
 
E
V
 
S
Y
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
-
K
 
K
K
 
H
L
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
x
L
R
 
Q
G
 
G
T
x
S
S
x
T
E
x
Q
A
 
E
D
 
A
A
 
Y
L
 
A
Q
 
N
K
 
D
Q
 
N
A
 
W
P
 
R
E
 
T
K
 
K
G
 
G
W
 
-
N
 
-
F
 
V
E
 
D
L
 
V
R
 
V
F
 
A
Y
 
Y
D
 
A
S
 
N
A
 
Q
P
 
D
L
 
L
A
 
I
I
 
Y
E
 
S
D
 
D
V
 
L
L
 
T
N
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
A
G
 
L
M
 
Q
D
|
D
I
 
E
L
 
V
P
 
A
A
 
A
E
 
S
D
 
E
A
 
G
A
 
F
A
 
L
K
 
K
K
 
Q
P
 
P
V
 
A
K
 
G
I
 
K
L
 
E
G
 
Y
T
 
A
F
 
F
G
 
A
E
 
G
P
 
P
-
 
S
-
 
V
-
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
K
-
 
Y
-
 
F
-
 
G
E
 
D
D
 
G
F
 
T
G
 
G
V
 
V
A
 
G
T
 
L
R
 
R
N
 
K
E
 
D
D
 
D
T
 
T
E
 
E
L
 
L
R
 
K
G
 
A
K
 
A
I
 
F
N
 
D
E
 
K
G
 
A
Y
 
L
K
 
T
L
 
E
L
 
L
M
 
R
A
 
Q
D
 
D
P
 
G
Y
 
T
W
 
Y
Q
 
D
Q
 
K
L
 
M
K
 
A
D
 
K
K
 
K
Y
 
Y
L
 
F

4g4pA Crystal structure of glutamine-binding protein from enterococcus faecalis at 1.5 a (see paper)
32% identity, 90% coverage: 24:246/249 of query aligns to 12:234/235 of 4g4pA

query
sites
4g4pA
E
 
E
E
 
G
K
 
K
T
 
K
Y
 
Y
I
 
T
N
 
I
G
 
G
I
 
T
D
 
D
A
 
L
N
 
T
Y
x
F
P
 
A
P
 
P
F
 
F
A
 
E
Y
 
F
V
 
Q
D
 
D
K
 
S
D
 
K
G
 
G
K
 
K
P
 
Y
A
 
I
G
 
G
F
 
I
D
 
D
V
 
V
D
 
D
S
 
L
M
 
L
N
 
D
W
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
K
K
 
D
M
 
Q
G
 
D
F
 
F
K
 
E
V
 
V
V
 
D
H
 
L
K
 
K
P
 
P
M
 
L
D
 
G
W
x
F
D
 
D
G
 
S
I
 
A
V
 
V
P
 
Q
S
 
A
L
 
I
L
 
Q
A
 
S
K
 
K
K
 
Q
I
 
I
D
 
D
M
 
G
V
 
M
C
 
I
S
x
A
G
|
G
M
|
M
S
|
S
I
 
I
T
 
T
D
 
D
A
 
E
R
|
R
K
 
K
K
 
K
Q
 
S
I
 
F
T
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
W
 
F
T
 
D
V
 
S
S
 
G
-
 
L
Q
 
Q
V
 
L
F
 
A
V
 
V
A
 
K
K
 
K
K
 
G
D
 
N
S
 
D
K
 
K
L
 
I
S
 
K
V
 
S
D
 
Y
D
 
D
V
 
D
Y
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
-
K
 
K
K
 
T
L
 
V
G
 
A
V
 
A
Q
x
K
R
 
V
G
 
G
T
|
T
S
x
E
E
 
S
A
 
A
D
 
N
A
 
F
L
 
L
Q
 
E
K
 
K
Q
 
N
A
 
K
P
 
E
E
 
K
K
 
-
G
 
-
W
 
Y
N
 
D
F
 
Y
E
 
T
L
 
I
R
 
K
F
 
N
Y
 
F
D
 
D
S
 
D
A
 
A
P
 
T
L
 
G
A
 
L
I
 
Y
E
 
K
D
 
A
V
 
L
L
 
E
N
 
N
G
 
G
R
 
E
I
 
A
D
 
D
A
 
A
A
 
I
G
 
-
M
 
V
D
 
D
I
x
D
L
 
Y
P
 
P
A
 
V
E
 
L
D
 
G
A
 
Y
A
 
A
A
 
V
K
 
K
-
 
N
-
 
G
K
 
Q
P
 
K
V
 
L
K
 
Q
I
 
L
L
 
V
G
 
G
T
 
D
F
 
K
G
 
E
E
 
T
P
 
G
E
 
S
D
 
S
F
 
Y
G
 
G
V
 
F
A
 
A
T
 
V
-
 
K
R
 
K
N
 
G
E
 
Q
D
 
N
T
 
P
E
 
E
L
 
L
R
 
I
G
 
K
K
 
K
I
 
F
N
 
N
E
 
A
G
 
G
Y
 
L
K
 
K
L
 
N
L
 
L
M
 
K
A
 
D
D
 
N
P
 
G
Y
 
T
W
 
Y
Q
 
D
Q
 
K
L
 
I
K
 
L
D
 
N
K
 
N
Y
 
Y
L
 
L

4ymxA Crystal structure of the substrate binding protein of an amino acid abc transporter (see paper)
34% identity, 88% coverage: 29:248/249 of query aligns to 4:224/224 of 4ymxA

query
sites
4ymxA
I
 
V
N
 
M
G
 
G
I
 
T
D
x
S
A
 
A
N
x
D
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
A
 
E
Y
 
F
V
 
H
D
 
K
K
 
V
D
 
E
G
 
G
-
 
G
-
 
K
-
 
D
K
 
E
P
 
I
A
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
S
 
I
M
 
A
N
 
N
W
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
K
K
 
K
M
 
L
G
 
G
F
 
V
K
 
K
V
 
L
V
 
E
H
 
I
K
 
K
P
 
D
M
 
M
D
 
D
W
x
F
D
 
K
G
 
G
I
 
L
V
 
I
P
 
P
S
 
A
L
 
L
L
 
Q
A
 
A
K
 
G
K
 
R
I
 
V
D
 
D
M
 
M
V
 
V
C
 
I
S
x
A
G
|
G
M
|
M
S
x
T
I
 
P
T
 
T
D
 
A
A
 
E
R
|
R
K
 
K
K
 
K
Q
 
S
I
 
V
T
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
L
Y
 
Y
W
 
Y
T
 
D
V
 
S
S
 
R
Q
 
Q
V
 
V
F
 
V
V
 
V
A
 
V
K
 
K
K
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
P
L
 
I
S
 
S
V
 
K
D
 
F
D
 
D
V
 
D
Y
 
L
K
 
K
G
 
-
K
 
V
K
 
K
K
 
T
L
 
I
G
 
A
V
 
V
Q
|
Q
R
 
I
G
 
G
T
|
T
S
x
T
E
 
-
A
 
-
D
 
-
A
 
-
L
 
-
Q
 
S
K
 
E
Q
 
E
A
 
A
P
 
A
E
 
K
K
 
K
G
 
I
W
 
P
N
 
N
F
 
V
E
 
K
L
 
L
R
 
K
F
 
Q
Y
 
L
D
 
N
S
 
R
A
 
V
P
 
S
L
 
D
A
 
E
I
 
F
E
 
M
D
 
D
V
 
L
L
 
Q
N
 
N
G
 
G
R
 
R
I
 
C
D
 
D
A
 
A
A
 
-
G
 
-
M
 
-
D
 
-
I
 
-
L
 
I
P
 
V
A
 
V
E
|
E
D
 
D
A
 
T
A
 
V
A
 
A
K
 
K
-
 
A
-
 
Y
-
 
L
-
 
K
-
 
E
-
 
Y
K
 
K
P
 
D
V
 
M
K
 
K
I
 
I
L
 
L
-
 
Y
-
 
M
G
 
D
T
 
E
F
 
I
G
 
N
E
 
N
P
 
V
E
 
E
D
 
N
-
 
G
F
 
S
G
 
A
V
 
V
A
 
A
T
 
V
R
 
A
N
 
K
E
 
G
D
 
N
T
 
K
E
 
S
L
 
L
R
 
L
G
 
D
K
 
V
I
 
V
N
 
N
E
 
E
G
 
V
Y
 
I
K
 
K
L
 
E
L
 
L
M
 
K
A
 
Q
D
 
S
P
 
G
Y
 
E
W
 
Y
Q
 
D
Q
 
K
L
 
L
K
 
V
D
 
D
K
 
K
Y
 
W
L
 
F
Q
 
K
K
 
Q

2y7iA Structural basis for high arginine specificity in salmonella typhimurium periplasmic binding protein stm4351. (see paper)
30% identity, 91% coverage: 21:246/249 of query aligns to 1:227/228 of 2y7iA

query
sites
2y7iA
A
 
A
A
 
S
A
 
V
E
 
S
E
 
A
K
 
R
T
 
T
Y
 
L
I
x
H
N
 
F
G
 
G
I
 
T
D
 
S
A
 
A
N
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
Y
A
x
E
Y
 
F
V
 
V
D
|
D
K
 
A
D
|
D
G
 
N
K
 
K
P
 
I
A
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
S
 
V
M
 
A
N
 
N
W
 
A
I
 
V
A
 
C
A
 
K
K
 
E