SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 349724 FitnessBrowser__Btheta:349724 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 5 hits to proteins with known functional sites (download)

P0AGC0 Hexose-6-phosphate:phosphate antiporter from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
28% identity, 83% coverage: 36:408/448 of query aligns to 30:413/463 of P0AGC0

query
sites
P0AGC0
S
 
Q
T
 
S
F
 
Y
L
 
L
S
 
V
A
 
V
T
 
F
F
 
I
G
 
G
Y
 
Y
G
 
L
M
 
T
Y
 
M
Y
 
Y
V
 
L
C
 
I
R
 
R
L
 
K
S
 
N
L
 
F
N
 
N
V
 
I
V
 
A
K
 
Q
K
 
N
P
 
D
I
 
M
V
 
I
D
 
S
E
 
T
G
 
Y
I
 
G
F
 
L
S
 
S
E
 
M
T
 
T
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
M
I
 
I
G
 
G
S
 
L
V
 
G
L
 
F
F
 
S
F
 
I
T
 
T
Y
 
Y
A
 
G
V
 
V
G
 
G
K
 
K
F
 
T
T
 
L
N
 
V
G
 
S
F
 
Y
L
 
Y
A
 
A
D
 
D
R
 
G
S
 
K
N
 
N
I
 
T
N
 
K
R
 
Q
F
 
F
M
 
L
T
 
P
T
 
F
G
 
M
L
 
L
L
 
I
V
 
L
T
 
S
A
 
A
L
 
I
I
x
C
N
 
-
L
 
-
C
 
M
L
 
L
G
 
G
F
 
F
S
 
S
H
 
A
S
 
S
-
 
M
-
 
G
-
 
S
-
 
G
-
 
S
-
 
V
-
 
S
F
 
L
I
 
F
L
 
L
F
 
M
A
 
I
V
 
A
L
 
F
W
 
Y
G
 
A
V
 
L
S
 
S
G
 
G
W
 
F
F
 
F
Q
 
Q
S
 
S
M
 
T
G
 
G
A
 
G
A
 
S
S
x
C
C
 
S
V
 
Y
V
 
S
G
 
T
L
 
I
S
 
T
R
 
K
W
 
W
F
 
T
T
 
P
D
 
R
K
 
R
E
 
K
R
 
R
G
 
G
S
 
T
Y
 
F
Y
 
L
G
 
G
F
 
F
W
 
W
S
 
N
A
 
I
S
 
S
H
 
H
N
 
N
I
 
L
G
 
G
E
 
G
A
 
A
L
 
G
T
 
A
F
 
A
I
 
G
I
 
V
V
 
A
A
 
L
S
 
F
I
 
G
V
 
A
S
 
N
V
 
Y
C
 
L
-
 
F
-
 
D
G
 
G
W
 
H
R
 
V
Y
 
I
G
 
G
F
 
M
F
 
F
-
 
I
G
 
F
A
 
P
G
 
S
M
 
I
V
 
I
G
 
A
L
 
L
L
 
I
G
 
V
A
 
G
L
 
F
I
 
I
V
 
G
W
 
L
R
 
R
F
 
Y
F
 
G
H
 
S
D
 
D
S
 
S
P
 
P
E
 
E
S
 
S
K
 
Y
G
 
G
F
 
L
P
 
G
P
 
K
V
 
A
-
 
E
-
 
E
-
 
L
-
 
F
-
 
G
-
 
E
N
 
E
V
 
I
P
 
S
K
 
E
E
 
E
K
 
D
K
 
K
T
 
E
M
 
T
S
 
E
A
 
S
S
 
T
E
 
D
T
 
M
T
 
T
D
 
K
F
 
W
N
 
Q
K
 
I
A
 
F
Q
 
V
R
 
E
Q
 
Y
V
 
V
L
 
L
T
 
K
M
 
N
P
 
K
A
 
V
I
 
I
W
 
W
I
 
L
L
 
L
A
x
C
L
 
F
S
 
A
S
 
N
A
 
I
F
 
F
M
 
L
Y
 
Y
I
 
V
S
 
V
R
 
R
Y
 
I
A
 
G
V
 
I
N
 
D
S
 
Q
W
 
W
G
 
S
V
 
T
F
 
V
Y
 
Y
L
 
A
E
 
F
A
 
Q
Q
 
E
K
 
L
G
 
K
Y
 
L
S
 
S
T
 
K
L
 
A
D
 
V
A
 
A
S
 
I
F
 
Q
I
 
G
I
 
F
S
 
T
I
 
L
S
 
F
S
 
E
V
 
A
C
 
G
G
 
A
I
 
L
I
 
V
G
 
G
T
 
T
M
 
L
F
 
L
S
 
W
G
 
G
V
 
W
I
 
L
S
 
S
D
 
D
K
 
-
L
 
L
F
 
A
G
 
N
G
 
G
R
 
R
R
 
R
N
 
-
V
 
-
P
 
-
A
 
-
L
 
-
I
 
-
F
 
-
G
 
G
L
 
L
T
 
V
N
 
A
V
x
C
L
 
I
A
 
A
L
 
L
C
 
A
L
 
L
F
 
I
L
 
I
L
 
A
V
 
T
P
 
L
G
 
G
V
 
V
H
 
Y
F
 
Q
W
 
H
L
 
A
D
 
S
A
 
N
V
 
E
A
 
Y
M
 
I
I
 
Y
L
 
L
F
 
A
G
 
S
L
 
L
-
 
F
G
 
A
I
 
L
G
 
G
V
 
F
L
 
L
I
 
V
-
 
F
-
 
G
-
 
P
C
 
Q
F
 
L
L
 
L
G
 
I
G
 
G
L
 
V
M
 
A
A
 
A
V
 
V
D
 
G
I
 
F
A
 
V
P
 
P
R
 
K
N
 
K
A
 
A
S
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
A
L
 
D
G
 
G
V
 
I
V
 
K
G
 
G
I
 
T
A
 
F
S
 
A
Y
 
Y
-
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
D
G
 
S
L
 
F
Q
 
A
D
 
K
V
 
L
M
 
G
S
 
L
G
 
G
V
 
M
L
 
I
I
 
A
E
 
D
G
 
G

Sites not aligning to the query:

P0AA76 D-galactonate transporter; D-galactonate/H(+) symporter from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
23% identity, 59% coverage: 49:314/448 of query aligns to 29:303/430 of P0AA76

query
sites
P0AA76
Y
|
Y
V
 
V
C
x
D
R
|
R
L
 
A
S
 
N
L
 
L
N
 
A
V
 
V
V
 
A
K
 
S
K
 
A
P
 
H
I
 
I
V
 
Q
D
 
E
E
 
E
G
 
F
I
 
G
F
 
I
S
 
T
E
 
K
T
 
A
E
 
E
L
 
M
G
 
G
I
 
Y
I
 
V
G
 
F
S
 
S
V
 
A
L
 
F
F
 
A
F
 
W
T
 
L
Y
|
Y
A
 
T
V
 
L
G
 
C
K
 
Q
F
 
I
T
 
P
N
 
G
G
 
G
F
 
W
L
 
F
A
 
L
D
 
D
R
 
R
-
 
V
-
 
G
S
 
S
N
 
R
I
 
V
N
 
T
R
 
Y
F
 
F
M
 
I
T
 
-
T
 
-
G
 
A
L
 
I
L
 
F
V
 
G
T
 
W
A
 
S
L
 
V
I
 
A
N
 
T
L
 
L
C
 
F
L
 
Q
G
 
G
F
 
F
S
 
A
H
 
T
S
 
G
F
 
L
I
 
M
L
 
S
F
 
L
A
 
I
V
 
G
L
 
L
W
 
R
G
 
A
V
 
I
S
 
T
G
 
G
W
 
I
F
 
F
Q
x
E
S
 
A
M
 
P
G
 
A
A
 
F
A
 
P
S
 
T
C
 
N
V
 
N
V
 
R
G
 
M
L
 
V
S
 
T
R
 
S
W
 
W
F
 
F
T
 
P
D
 
E
K
 
H
E
 
E
R
 
R
G
 
A
S
 
S
Y
 
A
Y
 
V
G
 
G
F
 
F
W
 
Y
S
 
T
A
 
S
S
 
G
H
 
Q
N
 
F
I
 
V
G
 
G
E
 
L
A
 
A
L
 
F
T
 
L
F
 
T
I
 
P
I
 
L
V
 
L
A
 
I
S
 
W
I
 
I
V
 
Q
S
 
E
V
 
M
C
 
L
G
 
S
W
 
W
R
 
H
Y
 
W
G
 
V
F
 
F
F
 
I
G
 
V
A
 
T
G
 
G
M
 
G
V
 
I
G
 
G
L
 
I
L
 
I
G
 
W
A
 
S
L
 
L
I
 
I
V
 
W
W
 
F
R
 
K
F
 
V
F
 
Y
H
 
Q
D
 
P
S
 
P
P
 
R
E
 
L
S
 
T
K
 
K
G
 
G
F
 
I
P
 
S
P
 
K
V
 
A
N
 
E
V
 
L
P
 
D
K
 
Y
E
 
I
K
 
R
K
 
D
T
 
G
M
 
G
S
 
G
A
 
L
S
 
V
E
 
D
-
 
G
T
 
D
T
 
A
D
 
P
F
 
V
N
 
K
K
 
K
A
 
E
Q
 
A
R
 
R
Q
 
Q
V
 
P
L
 
L
T
 
T
M
 
A
P
 
K
A
 
D
I
 
-
W
 
W
I
 
K
L
 
L
A
 
V
L
 
F
S
 
H
S
 
R
A
 
K
F
 
L
M
 
I
-
 
G
-
 
V
Y
 
Y
I
 
L
S
 
G
R
 
Q
Y
 
F
A
 
A
V
 
V
N
 
A
S
 
S
-
 
T
-
 
L
-
 
W
-
 
F
-
 
F
-
 
L
-
 
T
W
 
W
G
 
F
V
 
P
F
 
N
Y
 
Y
L
 
L
E
 
T
A
 
Q
Q
 
E
K
 
K
G
 
G
Y
 
I
S
 
T
T
 
A
L
 
L
D
 
K
A
 
A
S
 
G
F
 
F
I
 
M
I
 
T
S
 
T
I
 
V
S
 
P
S
 
F
V
 
L
C
 
A
G
 
A
I
 
F
I
 
V
G
 
G
T
 
V
M
 
L
F
 
L
S
 
S
G
 
G
V
 
W
I
 
V
S
 
A
D
 
D
K
 
L
L
 
L

Sites not aligning to the query:

6e9nA E. Coli d-galactonate:proton symporter in the inward open form (see paper)
22% identity, 59% coverage: 49:314/448 of query aligns to 18:284/409 of 6e9nA

query
sites
6e9nA
Y
 
Y
V
 
V
C
 
D
R
 
R
L
 
A
S
 
N
L
 
L
N
 
A
V
 
V
V
 
A
K
 
S
K
 
A
P
 
H
I
 
I
V
 
Q
D
 
E
E
 
E
G
 
F
I
 
G
F
 
I
S
 
T
E
 
K
T
 
A
E
 
E
L
 
M
G
 
G
I
 
Y
I
 
V
G
 
F
S
 
S
V
 
A
L
 
F
F
 
A
F
 
W
T
 
L
Y
 
Y
A
 
T
V
 
L
G
 
C
K
 
Q
F
 
I
T
 
P
N
 
G
G
 
G
F
 
W
L
 
F
A
 
L
D
 
D
R
 
R
-
 
V
-
 
G
S
 
S
N
 
R
I
 
V
N
 
T
R
 
Y
F
 
F
M
 
I
T
 
-
T
 
-
G
 
A
L
 
I
L
 
F
V
 
G
T
 
W
A
 
S
L
 
V
I
 
A
N
 
T
L
 
L
C
 
F
L
 
Q
G
 
G
F
 
F
S
 
A
H
 
T
S
 
G
F
 
L
I
 
M
L
 
S
F
 
L
A
 
I
V
 
G
L
 
L
W
 
R
G
 
A
V
 
I
S
 
T
G
 
G
W
 
I
F
 
F
Q
 
E
S
 
A
M
 
P
G
 
A
A
x
F
A
 
P
S
 
T
C
 
N
V
 
N
V
 
R
G
 
M
L
 
V
S
 
T
R
 
S
W
 
W
F
 
F
T
 
P
D
 
E
K
 
H
E
 
E
R
 
R
G
 
A
S
 
S
Y
 
A
Y
 
V
G
 
G
F
 
F
W
 
Y
S
 
T
A
 
S
S
 
G
H
 
Q
N
 
F
I
 
V
G
 
G
E
 
L
A
 
A
L
 
F
T
 
L
F
 
T
I
 
P
I
 
L
V
 
L
A
 
I
S
 
W
I
 
I
V
 
Q
S
 
E
V
 
M
C
 
L
G
 
S
W
 
W
R
 
H
Y
 
W
G
 
V
F
 
F
F
 
I
G
 
V
A
 
T
G
 
G
M
 
G
V
 
I
G
 
G
L
 
I
L
 
I
G
 
W
A
 
S
L
 
L
I
 
I
V
 
W
W
 
F
R
 
K
F
 
V
F
 
Y
H
 
Q
D
 
P
S
 
P
P
 
R
E
 
L
S
 
T
K
 
K
G
 
G
F
 
I
P
 
S
P
 
K
V
 
A
N
 
E
V
 
L
P
 
D
-
 
Y
-
 
I
K
 
R
E
 
D
K
 
G
K
 
G
T
 
G
M
 
L
S
 
V
A
 
D
S
 
G
E
 
D
T
 
A
T
 
P
D
 
L
F
 
T
N
 
A
K
 
K
A
 
D
Q
 
W
R
 
K
Q
 
L
V
 
V
L
 
F
T
 
H
M
 
R
P
 
K
A
 
L
I
 
I
W
 
G
I
 
V
L
 
-
A
 
-
L
 
-
S
 
-
S
 
-
A
 
-
F
 
-
M
 
-
Y
 
Y
I
 
L
S
 
G
R
 
Q
Y
 
F
A
 
A
V
 
V
N
 
A
S
 
S
-
 
T
-
 
L
-
 
W
-
 
F
-
 
F
-
 
L
-
 
T
W
 
W
G
 
F
V
 
P
F
 
N
Y
 
Y
L
 
L
E
 
T
A
 
Q
Q
 
E
K
 
K
G
 
G
Y
 
I
S
 
T
T
 
A
L
 
L
D
 
K
A
 
A
S
 
G
F
 
F
I
 
M
I
 
T
S
 
T
I
 
V
S
 
P
S
 
F
V
 
L
C
 
A
G
 
A
I
 
F
I
 
V
G
 
G
T
 
V
M
 
L
F
 
L
S
 
S
G
 
G
V
 
W
I
 
V
S
 
A
D
 
D
K
 
L
L
 
L

Sites not aligning to the query:

6e9oA E. Coli d-galactonate:proton symporter mutant e133q in the outward substrate-bound form (see paper)
23% identity, 59% coverage: 49:314/448 of query aligns to 21:268/393 of 6e9oA

query
sites
6e9oA
Y
|
Y
V
 
V
C
 
D
R
 
R
L
 
A
S
 
N
L
 
L
N
 
A
V
 
V
V
 
A
K
 
S
K
 
A
P
 
H
I
 
I
V
 
Q
D
 
E
E
 
E
G
 
F
I
 
G
F
 
I
S
 
T
E
 
K
T
 
A
E
 
E
L
 
M
G
 
G
I
 
Y
I
 
V
G
 
F
S
 
S
V
 
A
L
 
F
F
 
A
F
 
W
T
 
L
Y
 
Y
A
 
T
V
 
L
G
 
C
K
 
Q
F
 
I
T
 
P
N
 
G
G
 
G
F
 
W
L
 
F
A
 
L
D
 
D
R
 
R
-
 
V
-
 
G
S
 
S
N
 
R
I
 
V
N
 
T
R
 
Y
F
 
F
M
 
I
T
 
A
T
 
-
G
 
-
L
 
I
L
 
F
V
 
G
T
 
W
A
 
S
L
 
V
I
 
A
N
 
T
L
 
L
C
 
F
L
 
Q
G
 
G
F
 
F
S
 
A
H
 
T
S
 
G
F
 
L
I
 
M
L
 
S
F
 
L
A
 
I
V
 
G
L
 
L
W
 
R
G
 
A
V
 
I
S
 
T
G
 
G
W
 
I
F
 
F
Q
 
Q
S
 
A
M
 
P
G
 
A
A
x
F
A
 
P
S
 
T
C
 
N
V
 
N
V
 
R
G
 
M
L
 
V
S
 
T
R
 
S
W
 
W
F
 
F
T
 
P
D
 
E
K
 
H
E
 
E
R
 
R
G
 
A
S
 
S
Y
 
A
Y
 
V
G
 
G
F
 
F
W
 
Y
S
 
T
A
 
S
S
 
G
H
x
Q
N
 
F
I
 
V
G
 
G
E
 
L
A
 
A
L
 
F
T
 
L
F
 
T
I
 
P
I
 
L
V
 
L
A
 
I
S
 
W
I
 
I
V
 
Q
S
 
E
V
 
M
C
 
L
G
 
S
W
 
W
R
 
H
Y
 
W
G
 
V
F
 
F
F
 
I
G
 
V
A
 
T
G
 
G
M
 
G
V
 
I
G
 
G
L
 
I
L
 
I
G
 
W
A
 
S
L
 
L
I
 
I
V
 
W
W
 
F
R
 
K
F
 
V
F
 
Y
H
 
Q
D
 
P
S
 
-
P
 
-
E
 
-
S
 
-
K
 
-
G
 
-
F
 
-
P
 
-
P
 
-
V
 
-
N
 
-
V
 
-
P
 
P
K
 
R
E
 
L
K
 
T
K
 
K
T
 
G
M
 
I
S
 
S
A
 
K
S
 
A
E
 
E
T
 
L
T
 
D
D
 
Y
F
 
I
N
 
R
K
 
D
A
 
G
Q
 
G
R
 
G
Q
 
L
V
 
V
L
 
L
T
 
T
M
 
A
P
 
K
A
 
D
I
 
-
W
 
W
I
 
K
L
 
L
A
 
V
L
 
F
S
 
H
S
 
R
A
 
K
F
 
L
M
 
I
-
 
G
-
 
V
Y
 
Y
I
 
L
S
 
G
R
x
Q
Y
 
F
A
 
A
V
 
V
N
 
A
S
 
S
W
 
T
G
 
L
V
 
W
F
 
F
Y
 
F
L
 
L
E
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
G
 
-
Y
 
-
S
 
-
T
 
T
L
 
L
D
 
K
A
 
A
S
 
G
F
 
F
I
 
M
I
 
T
S
 
T
I
 
V
S
 
P
S
 
F
V
 
L
C
 
A
G
 
A
I
 
F
I
 
V
G
 
G
T
 
V
M
 
L
F
 
L
S
 
S
G
 
G
V
 
W
I
 
V
S
 
A
D
 
D
K
 
L
L
 
L

Sites not aligning to the query:

Q9NYB5 Solute carrier organic anion transporter family member 1C1; Organic anion transporter 1C1; OATP1C1; Organic anion transporter F; OATP-F; Organic anion transporter polypeptide-related protein 5; OAT-RP-5; OATP-RP5; Organic anion-transporting polypeptide 14; OATP-14; Solute carrier family 21 member 14; Thyroxine transporter from Homo sapiens (Human) (see paper)
23% identity, 29% coverage: 188:315/448 of query aligns to 273:417/712 of Q9NYB5

query
sites
Q9NYB5
G
 
A
W
 
W
R
 
W
Y
 
L
G
 
G
F
 
Y
F
 
L
G
 
I
A
 
A
G
 
G
M
 
I
V
 
I
G
 
S
L
 
L
L
 
L
G
 
A
A
 
A
L
 
V
I
 
P
V
 
F
W
 
W
R
 
Y
F
 
L
F
 
P
H
 
K
D
 
S
S
 
L
P
 
P
E
 
R
S
 
S
K
 
Q
G
 
S
F
 
R
P
 
E
P
 
D
V
 
S
N
 
N
V
 
S
P
 
S
K
 
S
E
 
E
K
 
K
K
 
S
T
 
K
M
 
F
S
 
I
A
 
I
S
 
D
E
 
D
T
 
H
T
 
T
D
 
D
F
 
Y
N
 
Q
K
 
T
A
 
P
Q
 
Q
-
 
G
-
 
E
-
 
N
-
 
A
-
 
K
-
 
I
-
 
M
-
 
E
-
 
M
-
 
A
-
 
R
-
 
D
-
 
F
-
 
L
-
 
P
-
 
S
-
 
L
R
 
K
Q
 
N
V
 
L
L
 
F
T
 
G
M
 
N
P
 
P
A
 
V
I
 
Y
W
 
F
I
 
L
L
 
Y
A
 
L
L
 
C
S
 
T
S
 
S
A
 
T
F
 
V
M
 
Q
Y
 
F
I
 
N
S
 
S
R
 
L
Y
 
F
A
 
G
V
 
M
N
 
V
S
 
T
W
 
Y
G
 
K
V
 
P
F
 
K
Y
 
Y
L
 
I
E
 
E
A
 
Q
Q
 
Q
K
 
Y
G
 
G
Y
 
Q
S
 
S
T
 
S
L
 
S
D
 
R
A
 
A
S
 
N
F
 
F
I
 
V
I
 
I
S
 
G
I
 
L
S
 
I
S
 
N
V
 
I
C
 
P
G
 
A
I
 
V
I
 
A
G
 
L
T
 
G
M
 
I
F
 
F
S
 
S
G
 
G
V
 
G
I
 
I
S
 
V
D
 
M
K
 
K
L
 
K
F
 
F

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>349724 FitnessBrowser__Btheta:349724
MLKHLINFYKVSSPGPCNGDVMSSSGKRRLKYLQWSTFLSATFGYGMYYVCRLSLNVVKK
PIVDEGIFSETELGIIGSVLFFTYAVGKFTNGFLADRSNINRFMTTGLLVTALINLCLGF
SHSFILFAVLWGVSGWFQSMGAASCVVGLSRWFTDKERGSYYGFWSASHNIGEALTFIIV
ASIVSVCGWRYGFFGAGMVGLLGALIVWRFFHDSPESKGFPPVNVPKEKKTMSASETTDF
NKAQRQVLTMPAIWILALSSAFMYISRYAVNSWGVFYLEAQKGYSTLDASFIISISSVCG
IIGTMFSGVISDKLFGGRRNVPALIFGLTNVLALCLFLLVPGVHFWLDAVAMILFGLGIG
VLICFLGGLMAVDIAPRNASGAALGVVGIASYIGAGLQDVMSGVLIEGHKTIRSGVEVYD
FTYINWFWIGSAILSVFFALWVWNAKQK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory