SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 349878 FitnessBrowser__Btheta:349878 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

2itmA Crystal structure of the e. Coli xylulose kinase complexed with xylulose (see paper)
24% identity, 53% coverage: 16:296/531 of query aligns to 3:270/476 of 2itmA

query
sites
2itmA
L
 
I
G
 
G
I
 
I
E
 
D
L
 
L
G
 
G
S
 
T
T
 
S
R
 
G
I
 
V
K
 
K
A
 
V
V
 
I
L
 
L
I
 
L
D
 
N
Q
 
E
E
 
Q
N
 
G
K
 
E
P
 
V
I
 
V
A
 
A
Q
 
A
G
 
Q
S
 
T
H
 
E
T
 
K
W
 
L
E
 
T
N
 
V
Q
 
S
L
 
R
V
 
P
N
 
H
G
 
P
L
 
L
W
 
W
T
 
S
Y
 
E
S
 
Q
I
 
D
D
 
P
A
 
E
I
 
Q
W
 
W
S
 
W
G
 
Q
L
 
A
Q
 
T
D
 
D
C
 
-
Y
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
-
R
 
-
S
 
R
N
 
A
V
 
M
K
 
K
K
 
A
L
 
L
Y
 
G
D
 
D
T
 
Q
E
 
H
-
 
S
I
 
L
E
 
Q
T
 
D
L
 
V
A
 
K
A
 
A
I
 
L
G
 
G
V
 
I
S
 
A
A
 
G
M
 
Q
M
|
M
H
|
H
G
 
G
Y
 
A
M
 
T
P
 
L
F
 
L
N
 
D
E
 
A
K
 
Q
E
 
Q
E
 
R
I
 
V
L
 
L
V
 
R
P
 
P
F
 
A
R
 
I
T
 
L
W
|
W
R
 
-
N
 
-
T
 
-
N
 
N
T
 
D
G
 
G
R
 
R
A
 
C
A
 
A
A
 
Q
E
 
E
L
 
C
S
 
T
E
 
-
L
 
L
F
 
L
V
 
E
Y
 
A
N
 
R
I
 
V
P
 
P
L
 
Q
R
 
S
W
 
R
S
 
V
I
 
I
S
 
T
-
 
G
-
 
N
-
 
L
-
 
M
-
 
M
-
 
P
-
 
G
H
 
F
L
 
T
Y
 
A
Q
 
P
A
 
K
I
 
L
L
 
L
D
 
W
N
 
V
E
 
Q
A
 
R
H
 
H
-
 
E
-
 
P
-
 
E
-
 
I
V
 
F
K
 
R
D
 
Q
I
 
I
K
 
D
F
 
K
L
 
V
T
 
L
T
 
L
L
 
P
A
 
K
G
 
D
Y
 
Y
V
 
L
H
 
R
W
 
L
Q
 
R
I
 
M
T
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
F
V
 
A
L
 
S
G
 
D
I
 
M
G
 
S
D
 
D
A
 
A
S
 
A
G
 
G
M
 
T
L
 
M
P
 
W
I
 
L
D
 
D
P
 
V
T
 
A
T
 
K
N
 
R
N
 
D
Y
 
W
S
 
S
A
 
D
E
 
V
M
 
M
V
 
L
A
 
Q
K
 
A
F
 
C
N
 
D
N
 
-
L
 
-
I
 
-
A
 
-
S
 
-
K
 
-
E
 
-
Y
 
-
S
 
-
W
 
-
K
 
L
L
 
S
E
 
R
D
 
D
I
 
Q
L
 
M
P
 
P
K
 
A
V
 
L
L
 
Y
S
 
E
A
 
G
G
 
S
E
 
E
N
 
I
A
 
T
G
 
G
V
 
A
L
 
L
T
 
L
P
 
P
E
 
E
G
 
V
C
 
A
K
 
K
K
 
A
L
 
W
D
 
G
A
 
-
S
 
-
G
 
-
H
 
-
L
 
-
K
 
M
A
 
A
G
 
T
I
 
V
P
 
P
V
 
V
C
 
V
P
 
A
P
 
G
E
 
G
G
 
G
D
|
D
A
x
N
G
 
A
T
 
A
G
 
G
M
 
A
V
 
V
A
 
G
T
 
V
N
 
G
A
 
M
V
 
V
K
 
D
Q
 
A
R
 
N
T
 
Q
G
 
A
N
 
M
V
 
L
S
 
S
A
 
L
G
 
G
T
 
T
S
 
S
S
 
G
F
 
V
S
 
Y
M
 
F
I
 
A
V
 
V
L
 
S
E
 
E
K
 
G
E
 
F
L
 
L
S
 
S
K
 
K
P
 
P

Sites not aligning to the query:

P09099 Xylulose kinase; XK; Xylulokinase; 1-deoxy-D-xylulokinase; EC 2.7.1.17; EC 2.7.1.- from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
24% identity, 53% coverage: 16:296/531 of query aligns to 3:270/484 of P09099

query
sites
P09099
L
 
I
G
 
G
I
 
I
E
x
D
L
 
L
G
 
G
S
 
T
T
 
S
R
 
G
I
 
V
K
 
K
A
 
V
V
 
I
L
 
L
I
 
L
D
 
N
Q
 
E
E
 
Q
N
 
G
K
 
E
P
 
V
I
 
V
A
 
A
Q
 
A
G
 
Q
S
 
T
H
 
E
T
 
K
W
 
L
E
 
T
N
 
V
Q
 
S
L
 
R
V
 
P
N
 
H
G
 
P
L
 
L
W
 
W
T
 
S
Y
 
E
S
 
Q
I
 
D
D
 
P
A
 
E
I
 
Q
W
 
W
S
 
W
G
 
Q
L
 
A
Q
 
T
D
 
D
C
 
-
Y
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
-
R
 
-
S
 
R
N
 
A
V
 
M
K
 
K
K
 
A
L
 
L
Y
 
G
D
 
D
T
 
Q
E
 
H
-
 
S
I
 
L
E
 
Q
T
 
D
L
 
V
A
 
K
A
 
A
I
 
L
G
 
G
V
 
I
S
 
A
A
 
G
M
 
Q
M
|
M
H
|
H
G
 
G
Y
 
A
M
 
T
P
 
L
F
 
L
N
 
D
E
 
A
K
 
Q
E
 
Q
E
 
R
I
 
V
L
 
L
V
 
R
P
 
P
F
 
A
R
 
I
T
 
L
W
 
W
R
 
-
N
 
-
T
 
-
N
 
N
T
 
D
G
 
G
R
 
R
A
 
C
A
 
A
A
 
Q
E
 
E
L
 
C
S
 
T
E
 
-
L
 
L
F
 
L
V
 
E
Y
 
A
N
 
R
I
 
V
P
 
P
L
 
Q
R
 
S
W
 
R
S
 
V
I
 
I
S
 
T
-
 
G
-
 
N
-
 
L
-
 
M
-
 
M
-
 
P
-
 
G
H
 
F
L
 
T
Y
 
A
Q
 
P
A
 
K
I
 
L
L
 
L
D
 
W
N
 
V
E
 
Q
A
 
R
H
 
H
-
 
E
-
 
P
-
 
E
-
 
I
V
 
F
K
 
R
D
 
Q
I
 
I
K
 
D
F
 
K
L
 
V
T
 
L
T
 
L
L
 
P
A
 
K
G
 
D
Y
 
Y
V
 
L
H
 
R
W
 
L
Q
 
R
I
 
M
T
 
T
G
 
G
E
 
E
K
 
F
V
 
A
L
 
S
G
 
D
I
 
M
G
 
S
D
 
D
A
 
A
S
 
A
G
 
G
M
 
T
L
 
M
P
 
W
I
 
L
D
 
D
P
 
V
T
 
A
T
 
K
N
 
R
N
 
D
Y
 
W
S
 
S
A
 
D
E
 
V
M
 
M
V
 
L
A
 
Q
K
 
A
F
 
C
N
 
D
N
 
-
L
 
-
I
 
-
A
 
-
S
 
-
K
 
-
E
 
-
Y
 
-
S
 
-
W
 
-
K
 
L
L
 
S
E
 
R
D
 
D
I
 
Q
L
 
M
P
 
P
K
 
A
V
 
L
L
 
Y
S
 
E
A
 
G
G
 
S
E
 
E
N
 
I
A
 
T
G
 
G
V
 
A
L
 
L
T
 
L
P
 
P
E
 
E
G
 
V
C
 
A
K
 
K
K
 
A
L
 
W
D
 
G
A
 
-
S
 
-
G
 
-
H
 
-
L
 
-
K
 
M
A
 
A
G
 
T
I
 
V
P
 
P
V
 
V
C
 
V
P
 
A
P
 
G
E
 
G
G
 
G
D
|
D
A
 
N
G
 
A
T
 
A
G
 
G
M
 
A
V
 
V
A
 
G
T
 
V
N
 
G
A
 
M
V
 
V
K
 
D
Q
 
A
R
 
N
T
 
Q
G
 
A
N
 
M
V
 
L
S
 
S
A
 
L
G
 
G
T
 
T
S
 
S
S
 
G
F
 
V
S
 
Y
M
 
F
I
 
A
V
 
V
L
 
S
E
 
E
K
 
G
E
 
F
L
 
L
S
 
S
K
 
K
P
 
P

Query Sequence

>349878 FitnessBrowser__Btheta:349878
MKLDAKSTIETGKAILGIELGSTRIKAVLIDQENKPIAQGSHTWENQLVNGLWTYSIDAI
WSGLQDCYADLRSNVKKLYDTEIETLAAIGVSAMMHGYMPFNEKEEILVPFRTWRNTNTG
RAAAELSELFVYNIPLRWSISHLYQAILDNEAHVKDIKFLTTLAGYVHWQITGEKVLGIG
DASGMLPIDPTTNNYSAEMVAKFNNLIASKEYSWKLEDILPKVLSAGENAGVLTPEGCKK
LDASGHLKAGIPVCPPEGDAGTGMVATNAVKQRTGNVSAGTSSFSMIVLEKELSKPYEMI
DMVTTPDGSLVAMVHCNNCTSDLNAWVNLFKEYQELLGIPVDMDELYGKLYNIALTGDTD
CGGLLSYNYISGEPVTGLAEGRPLFVRSANDKFNLANFMRAHLYASVGVLKIGNDILFNE
EKIKVDRITGHGGLFRTKGVGQRVLAAAINSPISVMETAGEGGAWGIALLGSYLVNNKKG
QSLADFLDESVFVSDAGVEVSPTPEDVAGFNTYIESYKAGLPIEEAAVKFK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory