SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 350055 FitnessBrowser__Btheta:350055 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5ey5A Lbcats
37% identity, 100% coverage: 1:256/256 of query aligns to 1:250/261 of 5ey5A

query
sites
5ey5A
M
 
M
N
 
N
R
 
R
I
 
I
N
 
A
Q
 
E
L
 
A
F
 
F
N
 
E
S
 
E
N
 
L
K
 
K
K
 
K
D
 
K
-
 
G
-
 
E
-
 
K
I
 
A
L
 
L
S
 
I
I
 
P
Y
 
F
F
 
I
C
 
T
A
 
A
G
 
G
N
 
D
P
 
P
T
 
D
L
 
L
D
 
E
G
 
T
T
 
T
V
 
L
N
 
E
V
 
L
I
 
V
R
 
R
T
 
A
L
 
L
E
 
V
K
 
E
H
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
D
M
 
I
I
 
I
E
|
E
V
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
M
 
L
A
 
A
D
 
D
G
 
G
I
 
P
V
 
T
I
|
I
Q
 
Q
N
 
R
A
 
A
A
 
S
T
 
Q
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
R
 
A
N
 
S
G
 
G
M
 
T
S
 
T
L
 
L
K
 
D
I
 
K
L
 
V
F
 
F
E
 
E
Q
 
M
L
 
V
R
 
R
N
 
E
I
 
L
R
 
R
Q
 
E
E
 
K
-
 
N
V
 
T
S
 
D
I
 
V
P
 
P
L
 
I
V
 
V
F
 
F
M
 
L
G
 
T
Y
 
Y
L
 
Y
N
 
N
P
 
P
I
 
I
M
 
F
Q
 
R
F
 
Y
G
 
G
F
 
I
E
 
E
N
 
R
F
 
F
C
 
V
R
 
K
K
 
E
C
 
C
V
 
A
E
 
E
C
 
A
G
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
G
V
 
L
I
 
I
I
 
V
P
 
P
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
 
-
R
 
P
D
 
E
Y
 
E
Q
 
A
D
 
A
H
 
D
Y
 
L
R
 
A
I
 
A
I
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
K
Y
 
Y
G
 
G
I
 
V
K
 
D
V
 
L
I
 
I
M
 
F
L
 
L
I
 
V
T
 
A
P
 
P
E
 
T
T
 
S
S
 
T
E
 
D
E
 
E
R
 
R
V
 
I
R
 
K
E
 
M
I
 
I
D
 
A
A
 
K
H
 
H
T
 
A
D
 
S
G
 
G
F
 
F
I
 
V
Y
|
Y
M
 
C
V
 
V
S
 
S
S
 
V
A
 
T
A
 
G
T
 
V
T
 
T
G
|
G
A
 
A
Q
 
R
Q
 
S
D
 
E
F
 
I
N
 
S
E
 
R
Q
 
-
K
 
-
R
 
-
A
 
-
Y
 
-
F
 
I
K
 
R
K
 
K
I
 
H
E
 
T
D
 
D
M
 
L
N
 
-
L
 
-
R
 
-
N
 
-
P
 
P
L
 
I
M
 
A
V
 
V
G
 
G
F
|
F
G
|
G
I
 
I
S
 
S
N
 
T
K
 
P
A
 
E
T
 
Q
F
 
A
Q
 
A
A
 
E
A
 
V
C
 
A
E
 
Q
H
 
V
A
 
A
S
 
D
G
 
G
A
 
V
I
 
I
I
 
V
G
|
G
S
|
S
R
 
A
F
 
I
V
 
V
T
 
K
L
 
R
L
 
I
E
 
E
E
 
E
E
 
N
K
 
Q
D
 
D
P
 
E
E
 
E
K
 
D
A
 
I
I
 
V
L
 
E
K
 
E
L
 
V
K
 
R
D
 
E
A
 
F
L
 
V
K
 
R

8b08A Tryptophan synthase - cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger after 30 sec (see paper)
28% identity, 98% coverage: 1:252/256 of query aligns to 2:257/269 of 8b08A

query
sites
8b08A
M
 
M
N
 
E
R
 
R
I
 
Y
N
 
E
Q
 
N
L
 
L
F
 
F
-
 
A
-
 
Q
-
 
L
N
 
N
S
 
D
N
 
R
K
 
R
K
 
E
D
 
G
I
 
A
L
 
F
S
 
V
I
 
P
Y
x
F
F
 
V
C
 
T
A
 
L
G
 
G
N
 
D
P
 
P
T
 
G
L
 
I
D
 
E
G
 
Q
T
 
S
V
 
L
N
 
K
V
 
I
I
 
I
R
 
D
T
 
T
L
 
L
E
 
I
K
 
D
H
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
D
M
 
A
I
 
L
E
 
E
V
 
L
G
 
G
I
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
M
 
L
A
 
A
D
 
D
G
 
G
I
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
Q
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
N
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
T
L
 
P
K
 
A
I
 
Q
L
 
C
F
 
F
E
 
E
Q
 
M
L
 
L
R
 
A
N
 
L
I
 
I
R
 
R
Q
 
E
E
 
K
-
 
H
V
 
P
S
 
T
I
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
G
F
 
L
M
 
L
G
 
M
Y
 
Y
L
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
M
 
F
Q
 
N
F
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
N
 
A
F
 
F
C
 
Y
R
 
A
K
 
R
C
 
C
V
 
E
E
 
Q
C
 
V
G
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
S
V
 
V
I
 
L
I
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
F
 
V
R
 
E
D
 
E
Y
 
S
Q
 
A
D
 
P
H
 
-
Y
 
F
R
 
R
I
 
Q
I
 
A
A
 
A
E
 
L
R
 
R
Y
 
H
G
 
N
I
 
I
K
 
A
V
 
P
I
 
I
M
 
F
L
 
I
I
 
C
T
 
P
P
 
P
E
 
N
T
 
A
S
 
D
E
 
D
E
 
D
R
 
L
V
 
L
R
 
R
E
 
Q
I
 
V
D
 
A
A
 
S
H
 
Y
T
 
G
D
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
M
 
L
V
 
L
S
 
S
S
 
R
A
 
S
A
 
G
T
 
V
T
|
T
G
|
G
A
 
A
Q
 
E
Q
 
N
D
 
R
F
 
G
N
 
A
E
 
L
Q
 
P
K
 
L
R
 
H
A
 
H
Y
 
L
F
 
I
K
 
E
K
 
K
I
 
L
E
 
K
D
 
E
M
 
Y
N
 
H
L
 
-
R
 
A
N
 
A
P
 
P
L
 
A
M
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
 
G
I
 
I
S
 
S
N
 
S
K
 
P
A
 
E
T
 
Q
F
 
V
Q
 
S
A
 
A
A
 
A
C
 
V
E
 
R
H
 
A
A
 
G
S
 
A
G
 
A
A
 
G
I
 
A
I
 
I
-
x
S
G
|
G
S
|
S
R
 
A
F
 
I
V
 
V
T
 
K
L
 
I
L
 
I
E
 
E
E
 
K
E
 
N
-
 
L
K
 
A
D
 
S
P
 
P
E
 
K
K
 
Q
A
 
M
I
 
L
L
 
A
K
 
E
L
 
L
K
 
R

1k3uA Crystal structure of wild-type tryptophan synthase complexed with n- [1h-indol-3-yl-acetyl]aspartic acid (see paper)
28% identity, 98% coverage: 1:252/256 of query aligns to 1:256/268 of 1k3uA

query
sites
1k3uA
M
 
M
N
 
E
R
 
R
I
 
Y
N
 
E
Q
 
N
L
 
L
F
 
F
-
 
A
-
 
Q
-
 
L
N
 
N
S
 
D
N
 
R
K
 
R
K
 
E
D
 
G
I
 
A
L
 
F
S
 
V
I
 
P
Y
x
F
F
 
V
C
 
T
A
 
L
G
 
G
N
 
D
P
 
P
T
 
G
L
 
I
D
 
E
G
 
Q
T
 
S
V
 
L
N
 
K
V
 
I
I
 
I
R
 
D
T
 
T
L
 
L
E
 
I
K
 
D
H
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
D
M
 
A
I
 
L
E
|
E
V
 
L
G
 
G
I
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
M
 
L
A
 
A
D
|
D
G
 
G
I
 
P
V
 
T
I
|
I
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
Q
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
N
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
T
L
 
P
K
 
A
I
 
Q
L
 
C
F
 
F
E
 
E
Q
 
M
L
 
L
R
 
A
N
 
L
I
 
I
R
 
R
Q
 
E
E
 
K
-
 
H
V
 
P
S
 
T
I
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
G
F
 
L
M
x
L
G
 
M
Y
 
Y
L
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
M
 
F
Q
 
N
F
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
N
 
A
F
 
F
C
 
Y
R
 
A
K
 
R
C
 
C
V
 
E
E
 
Q
C
 
V
G
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
S
V
 
V
I
 
L
I
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
F
 
V
R
 
E
D
 
E
Y
 
S
Q
 
A
D
 
P
H
 
-
Y
 
F
R
 
R
I
 
Q
I
 
A
A
 
A
E
 
L
R
 
R
Y
 
H
G
 
N
I
 
I
K
 
A
V
 
P
I
 
I
M
 
F
L
 
I
I
 
C
T
 
P
P
 
P
E
 
N
T
 
A
S
 
D
E
 
D
E
 
D
R
 
L
V
 
L
R
 
R
E
 
Q
I
 
V
D
 
A
A
 
S
H
 
Y
T
 
G
D
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
M
 
L
V
 
L
S
 
S
S
 
R
A
 
S
A
 
G
T
 
V
T
|
T
G
|
G
A
 
A
Q
 
E
Q
 
N
D
 
R
F
 
G
N
 
A
E
 
L
Q
 
P
K
 
L
R
 
H
A
 
H
Y
 
L
F
 
I
K
 
E
K
 
K
I
 
L
E
 
K
D
 
E
M
 
Y
N
 
H
L
 
-
R
 
A
N
 
A
P
 
P
L
 
A
M
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
|
G
I
|
I
S
 
S
N
 
S
K
 
P
A
 
E
T
 
Q
F
 
V
Q
 
S
A
 
A
A
 
A
C
 
V
E
 
R
H
 
A
A
 
G
S
 
A
G
 
A
A
 
G
I
 
A
I
|
I
-
x
S
G
|
G
S
|
S
R
 
A
F
 
I
V
 
V
T
 
K
L
 
I
L
 
I
E
 
E
E
 
K
E
 
N
-
 
L
K
 
A
D
 
S
P
 
P
E
 
K
K
 
Q
A
 
M
I
 
L
L
 
A
K
 
E
L
 
L
K
 
R

1tjpA Crystal structure of wild-type tryptophan synthase complexed with 1- [(2-hydroxylphenyl)amino]3-glycerolphosphate (see paper)
28% identity, 98% coverage: 1:252/256 of query aligns to 1:256/267 of 1tjpA

query
sites
1tjpA
M
 
M
N
 
E
R
 
R
I
 
Y
N
 
E
Q
 
N
L
 
L
F
 
F
-
 
A
-
 
Q
-
 
L
N
 
N
S
 
D
N
 
R
K
 
R
K
 
E
D
 
G
I
 
A
L
 
F
S
 
V
I
 
P
Y
 
F
F
 
V
C
 
T
A
 
L
G
 
G
N
 
D
P
 
P
T
 
G
L
 
I
D
 
E
G
 
Q
T
 
S
V
 
L
N
 
K
V
 
I
I
 
I
R
 
D
T
 
T
L
 
L
E
 
I
K
 
D
H
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
D
M
 
A
I
 
L
E
|
E
V
 
L
G
 
G
I
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
M
 
L
A
 
A
D
|
D
G
 
G
I
 
P
V
 
T
I
|
I
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
Q
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
N
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
T
L
 
P
K
 
A
I
 
Q
L
 
C
F
 
F
E
 
E
Q
 
M
L
 
L
R
 
A
N
 
L
I
 
I
R
 
R
Q
 
E
E
 
K
-
 
H
V
 
P
S
 
T
I
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
G
F
 
L
M
x
L
G
 
M
Y
 
Y
L
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
M
 
F
Q
 
N
F
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
N
 
A
F
 
F
C
 
Y
R
 
A
K
 
R
C
 
C
V
 
E
E
 
Q
C
 
V
G
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
S
V
 
V
I
 
L
I
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
F
 
V
R
 
E
D
 
E
Y
 
S
Q
 
A
D
 
P
H
 
-
Y
 
F
R
 
R
I
 
Q
I
 
A
A
 
A
E
 
L
R
 
R
Y
 
H
G
 
N
I
 
I
K
 
A
V
 
P
I
 
I
M
 
F
L
 
I
I
 
C
T
 
P
P
 
P
E
 
N
T
 
A
S
 
D
E
 
D
E
 
D
R
 
L
V
 
L
R
 
R
E
 
Q
I
 
V
D
 
A
A
 
S
H
 
Y
T
 
G
D
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
M
 
L
V
 
L
S
 
S
S
 
R
A
 
S
A
 
G
T
 
V
T
|
T
G
|
G
A
 
A
Q
 
E
Q
 
N
D
 
R
F
 
G
N
 
A
E
 
L
Q
 
P
K
 
L
R
 
H
A
 
H
Y
 
L
F
 
I
K
 
E
K
 
K
I
 
L
E
 
K
D
 
E
M
 
Y
N
 
H
L
 
-
R
 
A
N
 
A
P
 
P
L
 
A
M
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
|
G
I
 
I
S
 
S
N
 
S
K
 
P
A
 
E
T
 
Q
F
 
V
Q
 
S
A
 
A
A
 
A
C
 
V
E
 
R
H
 
A
A
 
G
S
 
A
G
 
A
A
 
G
I
 
A
I
 
I
-
 
S
G
|
G
S
|
S
R
 
A
F
 
I
V
 
V
T
 
K
L
 
I
L
 
I
E
 
E
E
 
K
E
 
N
-
 
L
K
 
A
D
 
S
P
 
P
E
 
K
K
 
Q
A
 
M
I
 
L
L
 
A
K
 
E
L
 
L
K
 
R

2clkA Tryptophan synthase in complex with d-glyceraldehyde 3- phosphate (g3p) (see paper)
28% identity, 98% coverage: 1:252/256 of query aligns to 1:256/267 of 2clkA

query
sites
2clkA
M
 
M
N
 
E
R
 
R
I
 
Y
N
 
E
Q
 
N
L
 
L
F
 
F
-
 
A
-
 
Q
-
 
L
N
 
N
S
 
D
N
 
R
K
 
R
K
 
E
D
 
G
I
 
A
L
 
F
S
 
V
I
 
P
Y
x
F
F
 
V
C
 
T
A
 
L
G
 
G
N
 
D
P
 
P
T
 
G
L
 
I
D
 
E
G
 
Q
T
 
S
V
 
L
N
 
K
V
 
I
I
 
I
R
 
D
T
 
T
L
 
L
E
 
I
K
 
D
H
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
D
M
 
A
I
 
L
E
|
E
V
 
L
G
 
G
I
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
M
 
L
A
 
A
D
|
D
G
 
G
I
 
P
V
 
T
I
|
I
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
Q
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
N
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
T
L
 
P
K
 
A
I
 
Q
L
 
C
F
 
F
E
 
E
Q
 
M
L
 
L
R
 
A
N
 
I
I
 
I
R
 
R
Q
 
E
E
 
K
-
 
H
V
 
P
S
 
T
I
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
G
F
 
L
M
x
L
G
 
M
Y
 
Y
L
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
M
 
F
Q
 
N
F
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
N
 
A
F
 
F
C
 
Y
R
 
A
K
 
R
C
 
C
V
 
E
E
 
Q
C
 
V
G
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
S
V
 
V
I
 
L
I
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
F
 
V
R
 
E
D
 
E
Y
 
S
Q
 
A
D
 
P
H
 
-
Y
 
F
R
 
R
I
 
Q
I
 
A
A
 
A
E
 
L
R
 
R
Y
 
H
G
 
N
I
 
I
K
 
A
V
 
P
I
 
I
M
 
F
L
 
I
I
 
C
T
 
P
P
 
P
E
 
N
T
 
A
S
 
D
E
 
D
E
 
D
R
 
L
V
 
L
R
 
R
E
 
Q
I
 
V
D
 
A
A
 
S
H
 
Y
T
 
G
D
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
M
 
L
V
 
L
S
 
S
S
 
R
A
 
S
A
 
G
T
 
V
T
|
T
G
|
G
A
 
A
Q
 
E
Q
 
N
D
 
R
F
 
G
N
 
A
E
 
L
Q
 
P
K
 
L
R
 
H
A
 
H
Y
 
L
F
 
I
K
 
E
K
 
K
I
 
L
E
 
K
D
 
E
M
 
Y
N
 
H
L
 
-
R
 
A
N
 
A
P
 
P
L
 
A
M
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
|
G
I
 
I
S
 
S
N
 
S
K
 
P
A
 
E
T
 
Q
F
 
V
Q
 
S
A
 
A
A
 
A
C
 
V
E
 
R
H
 
A
A
 
G
S
 
A
G
 
A
A
 
G
I
 
A
I
 
I
-
 
S
G
|
G
S
|
S
R
 
A
F
 
I
V
 
V
T
 
K
L
 
I
L
 
I
E
 
E
E
 
K
E
 
N
-
 
L
K
 
A
D
 
S
P
 
P
E
 
K
K
 
Q
A
 
M
I
 
L
L
 
A
K
 
E
L
 
L
K
 
R

1k7eA Crystal structure of wild-type tryptophan synthase complexed with n- [1h-indol-3-yl-acetyl]glycine acid (see paper)
28% identity, 98% coverage: 1:252/256 of query aligns to 1:249/261 of 1k7eA

query
sites
1k7eA
M
 
M
N
 
E
R
 
R
I
 
Y
N
 
E
Q
 
N
L
 
L
F
 
F
-
 
A
-
 
Q
-
 
L
N
 
N
S
 
D
N
 
R
K
 
R
K
 
E
D
 
G
I
 
A
L
 
F
S
 
V
I
 
P
Y
x
F
F
 
V
C
 
T
A
 
L
G
 
G
N
 
D
P
 
P
T
 
G
L
 
I
D
 
E
G
 
Q
T
 
S
V
 
L
N
 
K
V
 
I
I
 
I
R
 
D
T
 
T
L
 
L
E
 
I
K
 
D
H
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
D
M
 
A
I
 
L
E
|
E
V
 
L
G
 
G
I
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
M
 
L
A
 
A
D
|
D
G
 
G
I
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
Q
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
N
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
T
L
 
P
K
 
A
I
 
Q
L
 
C
F
 
F
E
 
E
Q
 
M
L
 
L
R
 
A
N
 
L
I
 
I
R
 
R
Q
 
E
E
 
K
-
 
H
V
 
P
S
 
T
I
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
G
F
 
L
M
x
L
G
 
M
Y
 
Y
L
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
M
 
F
Q
 
N
F
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
N
 
A
F
 
F
C
 
Y
R
 
A
K
 
R
C
 
C
V
 
E
E
 
Q
C
 
V
G
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
S
V
 
V
I
 
L
I
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
F
 
V
R
 
E
D
 
E
Y
 
S
Q
 
A
D
 
P
H
 
-
Y
 
F
R
 
R
I
 
Q
I
 
A
A
 
A
E
 
L
R
 
R
Y
 
H
G
 
N
I
 
I
K
 
A
V
 
P
I
 
I
M
 
F
L
 
I
I
 
C
T
 
P
P
 
P
E
 
N
T
 
A
S
 
D
E
 
D
E
 
D
R
 
L
V
 
L
R
 
R
E
 
Q
I
 
V
D
 
A
A
 
S
H
 
Y
T
 
G
D
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
M
 
L
V
 
L
S
 
S
S
 
R
A
 
S
A
 
G
T
 
V
T
|
T
G
 
G
A
 
P
Q
 
L
Q
 
H
D
 
H
F
 
L
N
 
I
E
 
E
Q
 
K
K
 
L
R
 
K
A
 
E
Y
 
Y
F
 
H
K
 
A
K
 
A
I
 
-
E
 
-
D
 
-
M
 
-
N
 
-
L
 
-
R
 
-
N
 
-
P
 
P
L
 
A
M
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
 
G
I
 
I
S
 
S
N
 
S
K
 
P
A
 
E
T
 
Q
F
 
V
Q
 
S
A
 
A
A
 
A
C
 
V
E
 
R
H
 
A
A
 
G
S
 
A
G
 
A
A
 
G
I
 
A
I
 
I
-
 
S
G
|
G
S
|
S
R
 
A
F
 
I
V
 
V
T
 
K
L
 
I
L
 
I
E
 
E
E
 
K
E
 
N
-
 
L
K
 
A
D
 
S
P
 
P
E
 
K
K
 
Q
A
 
M
I
 
L
L
 
A
K
 
E
L
 
L
K
 
R

2trsA Crystal structures of mutant (betak87t) tryptophan synthase alpha2 beta2 complex with ligands bound to the active sites of the alpha and beta subunits reveal ligand-induced conformational changes (see paper)
29% identity, 98% coverage: 1:252/256 of query aligns to 1:250/262 of 2trsA

query
sites
2trsA
M
 
M
N
 
E
R
 
R
I
 
Y
N
 
E
Q
 
N
L
 
L
F
 
F
-
 
A
-
 
Q
-
 
L
N
 
N
S
 
D
N
 
R
K
 
R
K
 
E
D
 
G
I
 
A
L
 
F
S
 
V
I
 
P
Y
x
F
F
 
V
C
 
T
A
 
L
G
 
G
N
 
D
P
 
P
T
 
G
L
 
I
D
 
E
G
 
Q
T
 
S
V
 
L
N
 
K
V
 
I
I
 
I
R
 
D
T
 
T
L
 
L
E
 
I
K
 
D
H
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
D
M
 
A
I
 
L
E
|
E
V
 
L
G
 
G
I
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
M
 
L
A
|
A
D
|
D
G
 
G
I
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
Q
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
N
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
T
L
 
P
K
 
A
I
 
Q
L
 
C
F
 
F
E
 
E
Q
 
M
L
 
L
R
 
A
N
 
L
I
 
I
R
 
R
Q
 
E
E
 
K
-
 
H
V
 
P
S
 
T
I
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
G
F
 
L
M
 
L
G
 
M
Y
 
Y
L
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
M
 
F
Q
 
N
F
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
N
 
A
F
 
F
C
 
Y
R
 
A
K
 
R
C
 
C
V
 
E
E
 
Q
C
 
V
G
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
S
V
 
V
I
 
L
I
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
F
 
V
R
 
E
D
 
E
Y
 
S
Q
 
A
D
 
P
H
 
-
Y
 
F
R
 
R
I
 
Q
I
 
A
A
 
A
E
 
L
R
 
R
Y
 
H
G
 
N
I
 
I
K
 
A
V
 
P
I
 
I
M
 
F
L
 
I
I
 
C
T
 
P
P
 
P
E
 
N
T
 
A
S
 
D
E
 
D
E
 
D
R
 
L
V
 
L
R
 
R
E
 
Q
I
 
V
D
 
A
A
 
S
H
 
Y
T
 
G
D
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
M
 
L
V
 
L
S
 
S
S
 
R
A
 
S
A
 
G
T
 
V
T
|
T
G
 
G
A
 
A
Q
 
E
-
 
N
Q
 
H
D
 
H
F
 
L
N
 
I
E
 
E
Q
 
K
K
 
L
R
 
K
A
 
E
Y
 
Y
F
 
H
K
 
A
K
 
A
I
 
-
E
 
-
D
 
-
M
 
-
N
 
-
L
 
-
R
 
-
N
 
-
P
 
P
L
 
A
M
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
 
G
I
 
I
S
 
S
N
 
S
K
 
P
A
 
E
T
 
Q
F
 
V
Q
 
S
A
 
A
A
 
A
C
 
V
E
 
R
H
 
A
A
 
G
S
 
A
G
 
A
A
 
G
I
 
A
I
 
I
-
 
S
G
 
G
S
|
S
R
 
A
F
 
I
V
 
V
T
 
K
L
 
I
L
 
I
E
 
E
E
 
K
E
 
N
-
 
L
K
 
A
D
 
S
P
 
P
E
 
K
K
 
Q
A
 
M
I
 
L
L
 
A
K
 
E
L
 
L
K
 
R

7jllA The internal aldimine crystal structure of salmonella typhimurium tryptophan synthase mutant beta-s377a in complex with inhibitor 2- ({[4-(trifluoromethoxy)phenyl]sulfonyl}amino)ethyl dihydrogen phosphate (f9f) at the alpha-site, cesium ion at the metal coordination site and l-tryptophan at the enzyme beta-site
28% identity, 96% coverage: 8:252/256 of query aligns to 10:255/267 of 7jllA

query
sites
7jllA
F
 
L
N
 
N
S
 
D
N
 
R
K
 
R
K
 
E
D
 
G
I
 
A
L
 
F
S
 
V
I
 
P
Y
x
F
F
 
V
C
 
T
A
 
L
G
 
G
N
 
D
P
 
P
T
 
G
L
 
I
D
 
E
G
 
Q
T
 
S
V
 
L
N
 
K
V
 
I
I
 
I
R
 
D
T
 
T
L
 
L
E
 
I
K
 
D
H
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
D
M
 
A
I
 
L
E
 
E
V
 
L
G
 
G
I
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
M
 
L
A
 
A
D
 
D
G
 
G
I
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
Q
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
N
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
T
L
 
P
K
 
A
I
 
Q
L
 
C
F
 
F
E
 
E
Q
 
M
L
 
L
R
 
A
N
 
L
I
 
I
R
 
R
Q
 
E
E
 
K
-
 
H
V
 
P
S
 
T
I
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
G
F
 
L
M
x
L
G
 
M
Y
 
Y
L
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
M
 
F
Q
 
N
F
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
N
 
A
F
 
F
C
 
Y
R
 
A
K
 
R
C
 
C
V
 
E
E
 
Q
C
 
V
G
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
S
V
 
V
I
x
L
I
 
V
P
x
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
F
 
V
R
 
E
D
 
E
Y
 
S
Q
 
A
D
 
P
H
 
-
Y
 
F
R
 
R
I
 
Q
I
 
A
A
 
A
E
 
L
R
 
R
Y
 
H
G
 
N
I
 
I
K
 
A
V
 
P
I
 
I
M
 
F
L
x
I
I
 
C
T
 
P
P
|
P
E
x
N
T
 
A
S
 
D
E
 
D
E
 
D
R
 
L
V
 
L
R
 
R
E
 
Q
I
 
V
D
 
A
A
 
S
H
 
Y
T
 
G
D
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
M
 
L
V
 
L
S
 
S
S
x
R
A
x
S
A
 
G
T
 
V
T
|
T
G
|
G
A
 
A
Q
 
E
Q
 
N
D
 
R
F
 
G
N
 
A
E
x
L
Q
 
P
K
 
L
R
 
H
A
 
H
Y
 
L
F
 
I
K
 
E
K
 
K
I
 
L
E
 
K
D
 
E
M
 
Y
N
 
H
L
 
-
R
 
A
N
 
A
P
 
P
L
 
A
M
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
|
G
I
 
I
S
 
S
N
 
S
K
 
P
A
 
E
T
 
Q
F
 
V
Q
 
S
A
 
A
A
 
A
C
 
V
E
 
R
H
 
A
A
 
G
S
 
A
G
 
A
A
 
G
I
 
A
I
 
I
-
 
S
G
|
G
S
|
S
R
 
A
F
 
I
V
 
V
T
 
K
L
 
I
L
 
I
E
 
E
E
 
K
E
 
N
-
 
L
K
 
A
D
 
S
P
 
P
E
 
K
K
 
Q
A
 
M
I
 
L
L
 
A
K
 
E
L
 
L
K
 
R

6xncA Salmonella typhimurium tryptophan synthase complexed with l-tryptophan and d-glycerol-3-phosphate (see paper)
28% identity, 96% coverage: 8:252/256 of query aligns to 10:255/267 of 6xncA

query
sites
6xncA
F
 
L
N
 
N
S
 
D
N
 
R
K
 
R
K
 
E
D
 
G
I
 
A
L
 
F
S
 
V
I
 
P
Y
x
F
F
 
V
C
 
T
A
 
L
G
 
G
N
 
D
P
 
P
T
 
G
L
 
I
D
 
E
G
 
Q
T
 
S
V
 
L
N
 
K
V
 
I
I
 
I
R
 
D
T
 
T
L
 
L
E
 
I
K
 
D
H
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
D
M
 
A
I
 
L
E
 
E
V
 
L
G
 
G
I
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
M
 
L
A
 
A
D
 
D
G
 
G
I
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
Q
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
N
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
T
L
 
P
K
 
A
I
 
Q
L
 
C
F
 
F
E
 
E
Q
 
M
L
 
L
R
 
A
N
 
L
I
 
I
R
 
R
Q
 
E
E
 
K
-
 
H
V
 
P
S
 
T
I
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
G
F
 
L
M
x
L
G
 
M
Y
 
Y
L
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
M
 
F
Q
 
N
F
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
N
 
A
F
 
F
C
 
Y
R
 
A
K
 
R
C
 
C
V
 
E
E
 
Q
C
 
V
G
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
S
V
 
V
I
 
L
I
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
F
 
V
R
 
E
D
 
E
Y
 
S
Q
 
A
D
 
P
H
 
-
Y
 
F
R
 
R
I
 
Q
I
 
A
A
 
A
E
 
L
R
 
R
Y
 
H
G
 
N
I
 
I
K
 
A
V
 
P
I
 
I
M
 
F
L
 
I
I
 
C
T
 
P
P
 
P
E
 
N
T
 
A
S
 
D
E
 
D
E
 
D
R
 
L
V
 
L
R
 
R
E
 
Q
I
 
V
D
 
A
A
 
S
H
 
Y
T
 
G
D
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
M
 
L
V
 
L
S
 
S
S
 
R
A
 
S
A
 
G
T
 
V
T
|
T
G
|
G
A
 
A
Q
 
E
Q
 
N
D
 
R
F
 
G
N
 
A
E
 
L
Q
 
P
K
 
L
R
 
H
A
 
H
Y
 
L
F
 
I
K
 
E
K
 
K
I
 
L
E
 
K
D
 
E
M
 
Y
N
 
H
L
 
-
R
 
A
N
 
A
P
 
P
L
 
A
M
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
|
G
I
 
I
S
 
S
N
 
S
K
 
P
A
 
E
T
 
Q
F
 
V
Q
 
S
A
 
A
A
 
A
C
 
V
E
 
R
H
 
A
A
 
G
S
 
A
G
 
A
A
 
G
I
 
A
I
 
I
-
 
S
G
|
G
S
|
S
R
 
A
F
 
I
V
 
V
T
 
K
L
 
I
L
 
I
E
 
E
E
 
K
E
 
N
-
 
L
K
 
A
D
 
S
P
 
P
E
 
K
K
 
Q
A
 
M
I
 
L
L
 
A
K
 
E
L
 
L
K
 
R

3cepA Structure of a tryptophan synthase quinonoid intermediate (see paper)
28% identity, 96% coverage: 8:252/256 of query aligns to 10:255/266 of 3cepA

query
sites
3cepA
F
 
L
N
 
N
S
 
D
N
 
R
K
 
R
K
 
E
D
 
G
I
 
A
L
 
F
S
 
V
I
 
P
Y
x
F
F
 
V
C
 
T
A
 
L
G
 
G
N
 
D
P
 
P
T
 
G
L
 
I
D
 
E
G
 
Q
T
 
S
V
 
L
N
 
K
V
 
I
I
 
I
R
 
D
T
 
T
L
 
L
E
 
I
K
 
D
H
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
D
M
 
A
I
 
L
E
|
E
V
 
L
G
 
G
I
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
M
 
L
A
 
A
D
|
D
G
 
G
I
 
P
V
 
T
I
|
I
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
Q
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
N
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
T
L
 
P
K
 
A
I
 
Q
L
 
C
F
 
F
E
 
E
Q
 
M
L
 
L
R
 
A
N
 
I
I
 
I
R
 
R
Q
 
E
E
 
K
-
 
H
V
 
P
S
 
T
I
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
G
F
 
L
M
x
L
G
 
M
Y
 
Y
L
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
M
 
F
Q
 
N
F
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
N
 
A
F
 
F
C
 
Y
R
 
A
K
 
R
C
 
C
V
 
E
E
 
Q
C
 
V
G
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
S
V
 
V
I
 
L
I
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
F
 
V
R
 
E
D
 
E
Y
 
S
Q
 
A
D
 
P
H
 
-
Y
 
F
R
 
R
I
 
Q
I
 
A
A
 
A
E
 
L
R
 
R
Y
 
H
G
 
N
I
 
I
K
 
A
V
 
P
I
 
I
M
 
F
L
 
I
I
 
C
T
 
P
P
 
P
E
 
N
T
 
A
S
 
D
E
 
D
E
 
D
R
 
L
V
 
L
R
 
R
E
 
Q
I
 
V
D
 
A
A
 
S
H
 
Y
T
 
G
D
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
M
 
L
V
 
L
S
 
S
S
 
R
A
 
S
A
 
G
T
 
V
T
|
T
G
 
G
A
 
A
Q
 
E
Q
 
N
D
 
R
F
 
G
N
 
A
E
 
L
Q
 
P
K
 
L
R
 
H
A
 
H
Y
 
L
F
 
I
K
 
E
K
 
K
I
 
L
E
 
K
D
 
E
M
 
Y
N
 
H
L
 
-
R
 
A
N
 
A
P
 
P
L
 
A
M
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
|
G
I
 
I
S
 
S
N
 
S
K
 
P
A
 
E
T
 
Q
F
 
V
Q
 
S
A
 
A
A
 
A
C
 
V
E
 
R
H
 
A
A
 
G
S
 
A
G
 
A
A
 
G
I
 
A
I
 
I
-
 
S
G
|
G
S
|
S
R
 
A
F
 
I
V
 
V
T
 
K
L
 
I
L
 
I
E
 
E
E
 
K
E
 
N
-
 
L
K
 
A
D
 
S
P
 
P
E
 
K
K
 
Q
A
 
M
I
 
L
L
 
A
K
 
E
L
 
L
K
 
R

1a50A Crystal structure of wild-type tryptophan synthase complexed with 5- fluoroindole propanol phosphate (see paper)
28% identity, 96% coverage: 8:252/256 of query aligns to 10:249/260 of 1a50A

query
sites
1a50A
F
 
L
N
 
N
S
 
D
N
 
R
K
 
R
K
 
E
D
 
G
I
 
A
L
 
F
S
 
V
I
 
P
Y
x
F
F
 
V
C
 
T
A
 
L
G
 
G
N
 
D
P
 
P
T
 
G
L
 
I
D
 
E
G
 
Q
T
 
S
V
 
L
N
 
K
V
 
I
I
 
I
R
 
D
T
 
T
L
 
L
E
 
I
K
 
D
H
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
D
M
 
A
I
 
L
E
|
E
V
 
L
G
 
G
I
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
M
 
L
A
 
A
D
|
D
G
 
G
I
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
Q
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
N
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
T
L
 
P
K
 
A
I
 
Q
L
 
C
F
 
F
E
 
E
Q
 
M
L
 
L
R
 
A
N
 
L
I
 
I
R
 
R
Q
 
E
E
 
K
-
 
H
V
 
P
S
 
T
I
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
G
F
 
L
M
x
L
G
 
M
Y
|
Y
L
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
M
 
F
Q
 
N
F
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
N
 
A
F
 
F
C
 
Y
R
 
A
K
 
R
C
 
C
V
 
E
E
 
Q
C
 
V
G
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
S
V
 
V
I
 
L
I
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
F
 
V
R
 
E
D
 
E
Y
 
S
Q
 
A
D
 
P
H
 
-
Y
 
F
R
 
R
I
 
Q
I
 
A
A
 
A
E
 
L
R
 
R
Y
 
H
G
 
N
I
 
I
K
 
A
V
 
P
I
 
I
M
 
F
L
 
I
I
 
C
T
 
P
P
 
P
E
 
N
T
 
A
S
 
D
E
 
D
E
 
D
R
 
L
V
 
L
R
 
R
E
 
Q
I
 
V
D
 
A
A
 
S
H
 
Y
T
 
G
D
 
R
G
 
G
F
x
Y
I
 
T
Y
|
Y
M
 
L
V
 
L
S
 
S
S
 
R
A
 
S
A
 
G
T
 
V
T
|
T
G
 
G
A
 
A
Q
 
E
-
 
N
Q
 
H
D
 
H
F
 
L
N
 
I
E
 
E
Q
 
K
K
 
L
R
 
K
A
 
E
Y
 
Y
F
 
H
K
 
A
K
 
A
I
 
-
E
 
-
D
 
-
M
 
-
N
 
-
L
 
-
R
 
-
N
 
-
P
 
P
L
 
A
M
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
|
G
I
 
I
S
 
S
N
 
S
K
 
P
A
 
E
T
 
Q
F
 
V
Q
 
S
A
 
A
A
 
A
C
 
V
E
 
R
H
 
A
A
 
G
S
 
A
G
 
A
A
 
G
I
 
A
I
 
I
-
x
S
G
|
G
S
|
S
R
 
A
F
 
I
V
 
V
T
 
K
L
 
I
L
 
I
E
 
E
E
 
K
E
 
N
-
 
L
K
 
A
D
 
S
P
 
P
E
 
K
K
 
Q
A
 
M
I
 
L
L
 
A
K
 
E
L
 
L
K
 
R

1cx9A Crystal structure of the complex of bacterial tryptophan synthase with the transition state analogue inhibitor 4-(2-aminophenylthio)- butylphosphonic acid (see paper)
28% identity, 96% coverage: 8:252/256 of query aligns to 10:253/264 of 1cx9A

query
sites
1cx9A
F
 
L
N
 
N
S
 
D
N
 
R
K
 
R
K
 
E
D
 
G
I
 
A
L
 
F
S
 
V
I
 
P
Y
 
F
F
 
V
C
 
T
A
 
L
G
 
G
N
 
D
P
 
P
T
 
G
L
 
I
D
 
E
G
 
Q
T
 
S
V
 
L
N
 
K
V
 
I
I
 
I
R
 
D
T
 
T
L
 
L
E
 
I
K
 
D
H
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
D
M
 
A
I
 
L
E
|
E
V
 
L
G
 
G
I
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
M
 
L
A
 
A
D
|
D
G
 
G
I
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
Q
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
N
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
T
L
 
P
K
 
A
I
 
Q
L
 
C
F
 
F
E
 
E
Q
 
M
L
 
L
R
 
A
N
 
L
I
 
I
R
 
R
Q
 
E
E
 
K
-
 
H
V
 
P
S
 
T
I
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
G
F
 
L
M
x
L
G
 
M
Y
 
Y
L
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
M
 
F
Q
 
N
F
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
N
 
A
F
 
F
C
 
Y
R
 
A
K
 
R
C
 
C
V
 
E
E
 
Q
C
 
V
G
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
S
V
 
V
I
 
L
I
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
F
 
V
R
 
E
D
 
E
Y
 
S
Q
 
A
D
 
P
H
 
-
Y
 
F
R
 
R
I
 
Q
I
 
A
A
 
A
E
 
L
R
 
R
Y
 
H
G
 
N
I
 
I
K
 
A
V
 
P
I
 
I
M
 
F
L
 
I
I
 
C
T
 
P
P
 
P
E
 
N
T
 
A
S
 
D
E
 
D
E
 
D
R
 
L
V
 
L
R
 
R
E
 
Q
I
 
V
D
 
A
A
 
S
H
 
Y
T
 
G
D
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
M
 
L
V
 
L
S
 
S
S
 
R
A
 
S
A
 
G
T
 
V
T
|
T
G
|
G
A
 
A
Q
 
-
Q
 
-
D
 
-
F
 
-
N
 
-
E
 
E
Q
 
N
K
 
R
R
 
G
A
 
P
Y
 
L
F
 
H
K
 
H
K
 
L
I
 
I
E
 
E
D
 
K
M
 
L
N
 
K
L
 
E
R
 
Y
N
 
H
-
 
A
-
 
A
P
 
P
L
 
A
M
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
 
G
I
 
I
S
 
S
N
 
S
K
 
P
A
 
E
T
 
Q
F
 
V
Q
 
S
A
 
A
A
 
A
C
 
V
E
 
R
H
 
A
A
 
G
S
 
A
G
 
A
A
 
G
I
 
A
I
 
I
-
 
S
G
|
G
S
|
S
R
 
A
F
 
I
V
 
V
T
 
K
L
 
I
L
 
I
E
 
E
E
 
K
E
 
N
-
 
L
K
 
A
D
 
S
P
 
P
E
 
K
K
 
Q
A
 
M
I
 
L
L
 
A
K
 
E
L
 
L
K
 
R

1cw2A Crystal structure of the complex of bacterial tryptophan synthase with the transition state analogue inhibitor 4-(2-hydroxyphenylsulfinyl)- butylphosphonic acid (see paper)
28% identity, 96% coverage: 8:252/256 of query aligns to 10:253/264 of 1cw2A

query
sites
1cw2A
F
 
L
N
 
N
S
 
D
N
 
R
K
 
R
K
 
E
D
 
G
I
 
A
L
 
F
S
 
V
I
 
P
Y
x
F
F
 
V
C
 
T
A
 
L
G
 
G
N
 
D
P
 
P
T
 
G
L
 
I
D
 
E
G
 
Q
T
 
S
V
 
L
N
 
K
V
 
I
I
 
I
R
 
D
T
 
T
L
 
L
E
 
I
K
 
D
H
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
D
M
 
A
I
 
L
E
|
E
V
 
L
G
 
G
I
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
M
 
L
A
 
A
D
|
D
G
 
G
I
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
Q
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
N
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
T
L
 
P
K
 
A
I
 
Q
L
 
C
F
 
F
E
 
E
Q
 
M
L
 
L
R
 
A
N
 
L
I
 
I
R
 
R
Q
 
E
E
 
K
-
 
H
V
 
P
S
 
T
I
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
G
F
 
L
M
x
L
G
 
M
Y
 
Y
L
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
M
 
F
Q
 
N
F
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
N
 
A
F
 
F
C
 
Y
R
 
A
K
 
R
C
 
C
V
 
E
E
 
Q
C
 
V
G
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
S
V
 
V
I
 
L
I
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
F
 
V
R
 
E
D
 
E
Y
 
S
Q
 
A
D
 
P
H
 
-
Y
 
F
R
 
R
I
 
Q
I
 
A
A
 
A
E
 
L
R
 
R
Y
 
H
G
 
N
I
 
I
K
 
A
V
 
P
I
 
I
M
 
F
L
 
I
I
 
C
T
 
P
P
 
P
E
 
N
T
 
A
S
 
D
E
 
D
E
 
D
R
 
L
V
 
L
R
 
R
E
 
Q
I
 
V
D
 
A
A
 
S
H
 
Y
T
 
G
D
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
M
 
L
V
 
L
S
 
S
S
 
R
A
 
S
A
 
G
T
 
V
T
|
T
G
|
G
A
 
A
Q
 
-
Q
 
-
D
 
-
F
 
-
N
 
-
E
 
E
Q
 
N
K
 
R
R
 
G
A
 
P
Y
 
L
F
 
H
K
 
H
K
 
L
I
 
I
E
 
E
D
 
K
M
 
L
N
 
K
L
 
E
R
 
Y
N
 
H
-
 
A
-
 
A
P
 
P
L
 
A
M
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
 
G
I
 
I
S
 
S
N
 
S
K
 
P
A
 
E
T
 
Q
F
 
V
Q
 
S
A
 
A
A
 
A
C
 
V
E
 
R
H
 
A
A
 
G
S
 
A
G
 
A
A
 
G
I
 
A
I
 
I
-
 
S
G
|
G
S
|
S
R
 
A
F
 
I
V
 
V
T
 
K
L
 
I
L
 
I
E
 
E
E
 
K
E
 
N
-
 
L
K
 
A
D
 
S
P
 
P
E
 
K
K
 
Q
A
 
M
I
 
L
L
 
A
K
 
E
L
 
L
K
 
R

1c9dA Crystal structure of the complex of bacterial tryptophan synthase with the transition state analogue inhibitor 4-(2-hydroxy-4- fluorophenylthio)-butylphosphonic acid (see paper)
28% identity, 96% coverage: 8:252/256 of query aligns to 10:253/264 of 1c9dA

query
sites
1c9dA
F
 
L
N
 
N
S
 
D
N
 
R
K
 
R
K
 
E
D
 
G
I
 
A
L
 
F
S
 
V
I
 
P
Y
 
F
F
 
V
C
 
T
A
 
L
G
 
G
N
 
D
P
 
P
T
 
G
L
 
I
D
 
E
G
 
Q
T
 
S
V
 
L
N
 
K
V
 
I
I
 
I
R
 
D
T
 
T
L
 
L
E
 
I
K
 
D
H
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
D
M
 
A
I
 
L
E
|
E
V
 
L
G
 
G
I
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
M
 
L
A
 
A
D
|
D
G
 
G
I
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
Q
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
N
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
T
L
 
P
K
 
A
I
 
Q
L
 
C
F
 
F
E
 
E
Q
 
M
L
 
L
R
 
A
N
 
L
I
 
I
R
 
R
Q
 
E
E
 
K
-
 
H
V
 
P
S
 
T
I
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
G
F
 
L
M
x
L
G
 
M
Y
 
Y
L
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
M
 
F
Q
 
N
F
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
N
 
A
F
 
F
C
 
Y
R
 
A
K
 
R
C
 
C
V
 
E
E
 
Q
C
 
V
G
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
S
V
 
V
I
 
L
I
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
F
 
V
R
 
E
D
 
E
Y
 
S
Q
 
A
D
 
P
H
 
-
Y
 
F
R
 
R
I
 
Q
I
 
A
A
 
A
E
 
L
R
 
R
Y
 
H
G
 
N
I
 
I
K
 
A
V
 
P
I
 
I
M
 
F
L
 
I
I
 
C
T
 
P
P
 
P
E
 
N
T
 
A
S
 
D
E
 
D
E
 
D
R
 
L
V
 
L
R
 
R
E
 
Q
I
 
V
D
 
A
A
 
S
H
 
Y
T
 
G
D
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
M
 
L
V
 
L
S
 
S
S
 
R
A
 
S
A
 
G
T
 
V
T
|
T
G
|
G
A
 
A
Q
 
-
Q
 
-
D
 
-
F
 
-
N
 
-
E
 
E
Q
 
N
K
 
R
R
 
G
A
 
P
Y
 
L
F
 
H
K
 
H
K
 
L
I
 
I
E
 
E
D
 
K
M
 
L
N
 
K
L
 
E
R
 
Y
N
 
H
-
 
A
-
 
A
P
 
P
L
 
A
M
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
 
G
I
 
I
S
 
S
N
 
S
K
 
P
A
 
E
T
 
Q
F
 
V
Q
 
S
A
 
A
A
 
A
C
 
V
E
 
R
H
 
A
A
 
G
S
 
A
G
 
A
A
 
G
I
 
A
I
 
I
-
 
S
G
|
G
S
|
S
R
 
A
F
 
I
V
 
V
T
 
K
L
 
I
L
 
I
E
 
E
E
 
K
E
 
N
-
 
L
K
 
A
D
 
S
P
 
P
E
 
K
K
 
Q
A
 
M
I
 
L
L
 
A
K
 
E
L
 
L
K
 
R

1c29A Crystal structure of the complex of bacterial tryptophan synthase with the transition state analogue inhibitor 4-(2-hydroxyphenylthio)-1- butenylphosphonic acid (see paper)
28% identity, 96% coverage: 8:252/256 of query aligns to 10:253/264 of 1c29A

query
sites
1c29A
F
 
L
N
 
N
S
 
D
N
 
R
K
 
R
K
 
E
D
 
G
I
 
A
L
 
F
S
 
V
I
 
P
Y
x
F
F
 
V
C
 
T
A
 
L
G
 
G
N
 
D
P
 
P
T
 
G
L
 
I
D
 
E
G
 
Q
T
 
S
V
 
L
N
 
K
V
 
I
I
 
I
R
 
D
T
 
T
L
 
L
E
 
I
K
 
D
H
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
D
M
 
A
I
 
L
E
|
E
V
 
L
G
 
G
I
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
M
 
L
A
 
A
D
|
D
G
 
G
I
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
Q
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
N
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
T
L
 
P
K
 
A
I
 
Q
L
 
C
F
 
F
E
 
E
Q
 
M
L
 
L
R
 
A
N
 
L
I
 
I
R
 
R
Q
 
E
E
 
K
-
 
H
V
 
P
S
 
T
I
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
G
F
 
L
M
x
L
G
 
M
Y
 
Y
L
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
M
 
F
Q
 
N
F
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
N
 
A
F
 
F
C
 
Y
R
 
A
K
 
R
C
 
C
V
 
E
E
 
Q
C
 
V
G
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
S
V
 
V
I
 
L
I
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
F
 
V
R
 
E
D
 
E
Y
 
S
Q
 
A
D
 
P
H
 
-
Y
 
F
R
 
R
I
 
Q
I
 
A
A
 
A
E
 
L
R
 
R
Y
 
H
G
 
N
I
 
I
K
 
A
V
 
P
I
 
I
M
 
F
L
 
I
I
 
C
T
 
P
P
 
P
E
 
N
T
 
A
S
 
D
E
 
D
E
 
D
R
 
L
V
 
L
R
 
R
E
 
Q
I
 
V
D
 
A
A
 
S
H
 
Y
T
 
G
D
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
M
 
L
V
 
L
S
 
S
S
 
R
A
 
S
A
 
G
T
 
V
T
|
T
G
|
G
A
 
A
Q
 
-
Q
 
-
D
 
-
F
 
-
N
 
-
E
 
E
Q
 
N
K
 
R
R
 
G
A
 
P
Y
 
L
F
 
H
K
 
H
K
 
L
I
 
I
E
 
E
D
 
K
M
 
L
N
 
K
L
 
E
R
 
Y
N
 
H
-
 
A
-
 
A
P
 
P
L
 
A
M
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
|
G
I
 
I
S
 
S
N
 
S
K
 
P
A
 
E
T
 
Q
F
 
V
Q
 
S
A
 
A
A
 
A
C
 
V
E
 
R
H
 
A
A
 
G
S
 
A
G
 
A
A
 
G
I
 
A
I
 
I
-
 
S
G
|
G
S
|
S
R
 
A
F
 
I
V
 
V
T
 
K
L
 
I
L
 
I
E
 
E
E
 
K
E
 
N
-
 
L
K
 
A
D
 
S
P
 
P
E
 
K
K
 
Q
A
 
M
I
 
L
L
 
A
K
 
E
L
 
L
K
 
R

2clhA Tryptophan synthase in complex with (naphthalene-2'-sulfonyl)-2-amino- 1-ethylphosphate (f19) (see paper)
28% identity, 98% coverage: 1:252/256 of query aligns to 1:247/258 of 2clhA

query
sites
2clhA
M
 
M
N
 
E
R
 
R
I
 
Y
N
 
E
Q
 
N
L
 
L
F
 
F
-
 
A
-
 
Q
-
 
L
N
 
N
S
 
D
N
 
R
K
 
R
K
 
E
D
 
G
I
 
A
L
 
F
S
 
V
I
 
P
Y
x
F
F
 
V
C
 
T
A
 
L
G
 
G
N
 
D
P
 
P
T
 
G
L
 
I
D
 
E
G
 
Q
T
 
S
V
 
L
N
 
K
V
 
I
I
 
I
R
 
D
T
 
T
L
 
L
E
 
I
K
 
D
H
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
D
M
 
A
I
 
L
E
|
E
V
 
L
G
 
G
I
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
M
 
L
A
 
A
D
|
D
G
 
G
I
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
Q
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
N
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
T
L
 
P
K
 
A
I
 
Q
L
 
C
F
 
F
E
 
E
Q
 
M
L
 
L
R
 
A
N
 
L
I
 
I
R
 
R
Q
 
E
E
 
K
-
 
H
V
 
P
S
 
T
I
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
G
F
 
L
M
x
L
G
 
M
Y
 
Y
L
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
M
 
F
Q
 
N
F
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
N
 
A
F
 
F
C
 
Y
R
 
A
K
 
R
C
 
C
V
 
E
E
 
Q
C
 
V
G
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
S
V
 
V
I
x
L
I
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
F
 
V
R
 
E
D
 
E
Y
 
S
Q
 
A
D
 
P
H
 
-
Y
 
F
R
 
R
I
 
Q
I
 
A
A
 
A
E
 
L
R
 
R
Y
 
H
G
 
N
I
 
I
K
 
A
V
 
P
I
 
I
M
 
F
L
x
I
I
 
C
T
 
P
P
 
P
E
 
N
T
 
A
S
 
D
E
 
D
E
 
D
R
 
L
V
 
L
R
 
R
E
 
Q
I
 
V
D
 
A
A
 
S
H
 
Y
T
 
G
D
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
M
 
L
V
 
L
S
 
S
S
 
R
A
 
S
A
 
G
T
 
V
T
|
T
G
|
G
A
 
-
Q
 
-
Q
 
H
D
 
H
F
 
L
N
 
I
E
 
E
Q
 
K
K
 
L
R
 
K
A
 
E
Y
 
Y
F
 
H
K
 
A
K
 
A
I
 
-
E
 
-
D
 
-
M
 
-
N
 
-
L
 
-
R
 
-
N
 
-
P
 
P
L
 
A
M
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
|
G
I
 
I
S
 
S
N
 
S
K
 
P
A
 
E
T
 
Q
F
 
V
Q
 
S
A
 
A
A
 
A
C
 
V
E
 
R
H
 
A
A
 
G
S
 
A
G
 
A
A
 
G
I
 
A
I
 
I
-
 
S
G
|
G
S
|
S
R
 
A
F
 
I
V
 
V
T
 
K
L
 
I
L
 
I
E
 
E
E
 
K
E
 
N
-
 
L
K
 
A
D
 
S
P
 
P
E
 
K
K
 
Q
A
 
M
I
 
L
L
 
A
K
 
E
L
 
L
K
 
R

2cliA Tryptophan synthase in complex with n-(4'- trifluoromethoxybenzenesulfonyl)-2-amino-1-ethylphosphate (f9) (see paper)
28% identity, 98% coverage: 1:252/256 of query aligns to 1:246/258 of 2cliA

query
sites
2cliA
M
 
M
N
 
E
R
 
R
I
 
Y
N
 
E
Q
 
N
L
 
L
F
 
F
-
 
A
-
 
Q
-
 
L
N
 
N
S
 
D
N
 
R
K
 
R
K
 
E
D
 
G
I
 
A
L
 
F
S
 
V
I
 
P
Y
x
F
F
 
V
C
 
T
A
 
L
G
 
G
N
 
D
P
 
P
T
 
G
L
 
I
D
 
E
G
 
Q
T
 
S
V
 
L
N
 
K
V
 
I
I
 
I
R
 
D
T
 
T
L
 
L
E
 
I
K
 
D
H
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
D
M
 
A
I
 
L
E
|
E
V
 
L
G
 
G
I
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
M
 
L
A
 
A
D
|
D
G
 
G
I
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
Q
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
N
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
T
L
 
P
K
 
A
I
 
Q
L
 
C
F
 
F
E
 
E
Q
 
M
L
 
L
R
 
A
N
 
L
I
 
I
R
 
R
Q
 
E
E
 
K
-
 
H
V
 
P
S
 
T
I
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
G
F
 
L
M
x
L
G
 
M
Y
 
Y
L
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
M
 
F
Q
 
N
F
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
N
 
A
F
 
F
C
 
Y
R
 
A
K
 
R
C
 
C
V
 
E
E
 
Q
C
 
V
G
 
G
I
 
V
D
 
D
G
 
S
V
 
V
I
x
L
I
 
V
P
x
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
F
 
V
R
 
E
D
 
E
Y
 
-
Q
 
S
D
 
A
H
 
P
Y
 
F
R
 
R
I
 
Q
I
 
A
A
 
A
E
 
L
R
 
R
Y
 
H
G
 
N
I
 
I
K
 
A
V
 
P
I
 
I
M
 
F
L
x
I
I
 
C
T
 
P
P
 
P
E
 
N
T
 
A
S
 
D
E
 
D
E
 
D
R
 
L
V
 
L
R
 
R
E
 
Q
I
 
V
D
 
A
A
 
S
H
 
Y
T
 
G
D
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
M
 
L
V
 
L
S
 
S
S
 
R
A
 
S
A
 
G
T
 
V
T
|
T
G
|
G
A
 
-
Q
 
-
Q
 
-
D
 
H
F
 
L
N
 
I
E
 
E
Q
 
K
K
 
L
R
 
K
A
 
E
Y
 
Y
F
 
H
K
 
A
K
 
A
I
 
-
E
 
-
D
 
-
M
 
-
N
 
-
L
 
-
R
 
-
N
 
-
P
 
P
L
 
A
M
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
 
G
I
 
I
S
 
S
N
 
S
K
 
P
A
 
E
T
 
Q
F
 
V
Q
 
S
A
 
A
A
 
A
C
 
V
E
 
R
H
 
A
A
 
G
S
 
A
G
 
A
A
 
G
I
 
A
I
 
I
-
 
S
G
|
G
S
|
S
R
 
A
F
 
I
V
 
V
T
 
K
L
 
I
L
 
I
E
 
E
E
 
K
E
 
N
-
 
L
K
 
A
D
 
S
P
 
P
E
 
K
K
 
Q
A
 
M
I
 
L
L
 
A
K
 
E
L
 
L
K
 
R

6usaA Crystal structure of tryptophan synthase from m. Tuberculosis - aminoacrylate- and gsk1-bound form (see paper)
29% identity, 93% coverage: 2:240/256 of query aligns to 3:230/249 of 6usaA

query
sites
6usaA
N
 
S
R
 
R
I
 
L
N
 
G
Q
 
P
L
 
V
F
 
F
N
 
D
S
 
S
-
 
C
-
 
R
-
 
A
N
 
N
K
 
N
K
 
R
D
 
A
I
 
A
L
 
L
S
 
I
I
 
G
Y
 
Y
F
 
L
C
 
P
A
 
T
G
 
G
N
 
Y
P
 
P
T
 
D
L
 
V
D
 
P
G
 
A
T
 
S
V
 
V
N
 
A
V
 
A
I
 
M
R
 
T
T