SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 351187 FitnessBrowser__Btheta:351187 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 6 hits to proteins with known functional sites (download)

P0A991 Fructose-bisphosphate aldolase class 1; Fructose-bisphosphate aldolase class I; FBP aldolase; EC 4.1.2.13 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
66% identity, 100% coverage: 1:350/350 of query aligns to 1:350/350 of P0A991

query
sites
P0A991
M
|
M
S
 
T
K
 
D
V
 
I
V
 
A
D
 
Q
L
 
L
L
 
L
G
 
G
D
 
K
K
 
D
T
 
A
S
 
D
Y
 
N
Y
 
L
L
 
L
D
 
Q
H
 
H
T
 
R
C
 
C
K
 
M
T
 
T
I
 
I
D
 
P
K
 
S
S
 
D
L
 
Q
I
 
L
Y
 
Y
I
 
L
P
 
P
S
 
G
P
 
H
D
 
D
T
 
Y
I
 
V
D
 
D
K
 
R
V
 
V
W
 
M
I
 
I
D
 
D
S
 
N
D
 
N
R
 
R
N
 
P
I
 
P
K
 
A
V
 
V
L
 
L
N
 
R
S
 
N
L
 
M
Q
 
Q
T
 
T
L
 
L
L
 
Y
G
 
N
H
 
T
G
 
G
R
 
R
L
 
L
A
 
A
N
 
G
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
S
 
S
I
 
I
L
 
L
P
 
P
V
 
V
D
 
D
Q
 
Q
D
 
G
I
 
V
E
 
E
H
 
H
T
 
S
A
 
A
G
 
G
A
 
A
S
 
S
F
 
F
A
 
A
P
 
A
N
 
N
P
 
P
I
 
L
Y
 
Y
F
 
F
D
 
D
P
 
P
E
 
K
N
 
N
I
 
I
V
 
V
K
 
E
L
 
L
A
 
A
I
 
I
E
 
E
G
 
A
G
 
G
C
 
C
N
 
N
A
 
C
V
 
V
A
 
A
S
 
S
T
 
T
F
 
Y
G
 
G
I
 
V
L
 
L
G
 
A
S
 
S
V
 
V
A
 
S
R
 
R
K
 
R
Y
 
Y
A
 
A
H
 
H
K
 
R
I
 
I
P
 
P
F
 
F
V
 
L
V
 
V
K
 
K
L
 
L
N
 
N
H
 
H
N
 
N
E
 
E
L
 
T
L
 
L
T
 
S
Y
 
Y
P
 
P
N
 
N
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
Q
 
Q
V
 
T
L
 
L
F
 
Y
G
 
A
T
 
S
V
 
V
K
 
E
E
 
Q
A
 
A
W
 
F
N
 
N
M
 
M
G
 
G
A
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
A
T
 
T
I
 
I
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
S
 
S
E
 
E
Q
 
E
S
 
S
R
 
R
R
 
R
Q
 
Q
L
 
I
V
 
E
E
 
E
I
 
I
A
 
S
E
 
A
A
 
A
F
 
F
E
 
E
Y
 
R
A
 
A
H
 
H
E
 
E
L
 
L
G
 
G
M
 
M
A
 
V
T
 
T
I
 
V
L
 
L
W
 
W
C
 
A
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
N
 
N
S
 
S
D
 
A
F
 
F
K
|
K
K
 
K
G
 
D
A
 
G
I
 
V
D
 
D
Y
 
Y
H
 
H
A
 
V
A
 
S
A
 
A
D
 
D
L
 
L
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
D
 
N
R
 
H
L
 
L
G
 
A
V
 
A
T
 
T
I
 
I
K
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
I
V
 
V
K
|
K
Q
 
Q
K
|
K
L
 
M
P
 
A
T
 
E
N
 
N
N
 
N
G
 
G
G
 
G
F
 
Y
K
 
K
A
 
A
I
 
I
G
 
N
F
 
Y
G
 
G
K
 
Y
T
 
T
D
 
D
E
 
D
R
 
R
M
 
V
Y
 
Y
T
 
S
E
x
K
L
 
L
T
 
T
S
 
S
E
 
E
H
 
N
P
 
P
I
 
I
D
 
D
L
 
L
C
 
V
R
 
R
Y
 
Y
Q
 
Q
V
 
L
A
 
A
N
 
N
G
 
C
Y
 
Y
M
 
M
G
 
G
R
 
R
V
 
A
G
 
G
L
 
L
I
 
I
N
 
N
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
A
S
 
A
H
 
G
G
 
G
A
 
E
S
 
T
D
 
D
L
 
L
R
 
S
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
R
T
 
T
A
 
A
V
 
V
V
 
I
N
 
N
K
 
K
R
 
R
A
 
A
G
 
G
G
 
G
M
 
M
G
 
G
L
 
L
I
 
I
S
 
L
G
 
G
R
 
R
K
 
K
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
K
 
K
P
 
S
M
 
M
N
 
A
K
 
D
G
 
G
V
 
V
E
 
K
L
 
L
L
 
I
N
 
N
A
 
A
I
 
V
Q
 
Q
D
 
D
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
P
 
S
A
 
K
I
 
I
T
 
T
I
 
I
A
 
A

P58315 Fructose-bisphosphate aldolase class 1; Fructose-bisphosphate aldolase class I; FBP aldolase; FBPA; EC 4.1.2.13 from Thermoproteus tenax (strain ATCC 35583 / DSM 2078 / JCM 9277 / NBRC 100435 / Kra 1) (see paper)
32% identity, 51% coverage: 62:239/350 of query aligns to 12:179/263 of P58315

query
sites
P58315
L
 
F
A
 
A
N
 
R
T
 
R
G
 
G
Y
 
K
V
 
S
S
 
I
I
 
I
L
 
L
P
 
A
V
 
Y
D
 
D
Q
 
H
D
 
G
I
 
I
E
 
E
H
 
H
T
 
G
A
 
P
G
 
-
A
 
A
S
 
D
F
 
F
A
 
M
P
 
D
N
 
N
P
 
P
I
 
D
Y
 
S
F
 
A
D
 
D
P
 
P
E
 
E
N
 
Y
I
 
I
V
 
L
K
 
R
L
 
L
A
 
A
I
 
R
E
 
D
G
 
A
G
 
G
C
 
F
N
 
D
A
 
G
V
 
V
A
 
V
S
 
F
T
 
Q
F
 
R
G
 
G
I
 
I
L
 
-
G
 
-
S
 
-
V
 
A
A
 
E
R
 
K
K
 
Y
Y
 
Y
A
 
D
H
 
G
K
 
S
I
 
V
P
 
P
F
 
L
V
 
I
V
 
L
K
 
K
L
 
L
N
 
N
H
 
G
N
 
K
E
 
T
L
 
T
L
 
L
T
 
-
Y
 
Y
P
 
N
N
 
G
T
 
E
Y
 
P
D
 
V
Q
 
S
V
 
V
L
 
A
F
 
N
G
 
C
T
 
S
V
 
V
K
 
E
E
 
E
A
 
A
W
 
V
N
 
S
M
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
S
A
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
Y
T
 
T
I
 
I
Y
 
Y
F
 
P
G
 
G
S
 
S
E
 
G
Q
 
F
S
 
E
R
 
W
R
 
K
Q
 
M
L
 
F
V
 
E
E
 
E
I
 
L
A
 
A
E
 
R
A
 
I
F
 
K
E
 
R
Y
 
D
A
 
A
H
 
V
E
 
K
L
 
F
G
 
D
M
 
L
A
 
P
T
 
L
I
 
V
L
 
V
W
|
W
C
 
S
Y
|
Y
L
 
P
R
 
R
N
 
G
S
 
-
D
 
-
F
 
-
K
 
-
K
 
-
G
 
G
A
 
K
I
 
V
D
 
V
Y
 
N
H
 
E
A
 
T
A
 
A
A
 
P
D
 
E
L
 
I
T
 
V
G
 
A
Q
 
Y
A
 
A
D
 
A
R
 
R
L
 
I
G
 
A
V
 
L
T
 
E
I
 
L
K
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
A
V
 
M
K
 
K
Q
 
I
K
 
K

2yceE Structure of an archaeal fructose-1,6-bisphosphate aldolase with the catalytic lys covalently bound to the carbinolamine intermediate of the substrate. (see paper)
31% identity, 51% coverage: 62:239/350 of query aligns to 10:177/255 of 2yceE

query
sites
2yceE
L
 
F
A
 
A
N
 
R
T
 
R
G
 
G
Y
 
K
V
 
S
S
 
I
I
 
I
L
 
L
P
 
A
V
 
Y
D
|
D
Q
x
H
D
 
G
I
 
I
E
 
E
H
|
H
T
 
G
A
 
P
G
 
-
A
 
A
S
 
D
F
 
F
A
 
M
P
 
D
N
 
N
P
 
P
I
 
D
Y
 
S
F
 
A
D
 
D
P
 
P
E
 
E
N
 
Y
I
 
I
V
 
L
K
 
R
L
 
L
A
 
A
I
 
R
E
 
D
G
 
A
G
 
G
C
 
F
N
 
D
A
 
G
V
 
V
A
 
V
S
 
F
T
 
Q
F
 
R
G
 
G
I
 
I
L
 
-
G
 
-
S
 
-
V
 
A
A
 
E
R
 
K
K
 
Y
Y
 
Y
A
 
D
H
 
G
K
 
S
I
 
V
P
 
P
F
 
L
V
 
I
V
 
L
K
 
K
L
 
L
N
 
N
H
 
G
N
 
K
E
 
T
L
 
T
L
 
L
T
 
-
Y
 
Y
P
 
N
N
 
G
T
 
E
Y
 
P
D
 
V
Q
 
S
V
 
V
L
 
A
F
 
N
G
 
C
T
 
S
V
 
V
K
 
E
E
 
E
A
 
A
W
 
V
N
 
S
M
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
S
A
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
Y
T
 
T
I
 
I
Y
 
Y
F
 
P
G
 
G
S
 
S
E
 
G
Q
 
F
S
 
E
R
 
W
R
 
K
Q
 
M
L
 
F
V
 
E
E
 
E
I
 
L
A
 
A
E
 
R
A
 
I
F
 
K
E
 
R
Y
 
D
A
 
A
H
 
V
E
 
K
L
 
F
G
 
D
M
 
L
A
 
P
T
 
L
I
 
V
L
 
V
W
|
W
C
 
S
Y
 
F
L
 
P
R
|
R
N
 
G
S
 
-
D
 
-
F
 
-
K
 
-
K
 
-
G
 
G
A
 
K
I
 
V
D
 
V
Y
 
N
H
 
E
A
 
T
A
 
A
A
 
P
D
 
E
L
 
I
T
 
V
G
 
A
Q
 
Y
A
 
A
D
 
A
R
 
R
L
 
I
G
 
A
V
 
L
T
 
E
I
 
L
K
 
G
A
 
S
D
 
D
I
 
A
V
 
M
K
|
K
Q
 
I
K
|
K

Sites not aligning to the query:

1w8sA The mechanism of the schiff base forming fructose-1,6-bisphosphate aldolase: structural analysis of reaction intermediates (see paper)
31% identity, 51% coverage: 62:239/350 of query aligns to 10:177/250 of 1w8sA

query
sites
1w8sA
L
 
F
A
 
A
N
 
R
T
 
R
G
 
G
Y
 
K
V
 
S
S
 
I
I
 
I
L
 
L
P
x
A
V
 
Y
D
|
D
Q
x
H
D
 
G
I
 
I
E
 
E
H
|
H
T
 
G
A
 
P
G
 
-
A
 
A
S
 
D
F
 
F
A
 
M
P
 
D
N
 
N
P
 
P
I
 
D
Y
 
S
F
 
A
D
 
D
P
 
P
E
 
E
N
 
Y
I
 
I
V
 
L
K
 
R
L
 
L
A
 
A
I
 
R
E
 
D
G
 
A
G
 
G
C
 
F
N
 
D
A
 
G
V
 
V
A
 
V
S
 
F
T
 
Q
F
 
R
G
 
G
I
 
I
L
 
-
G
 
-
S
 
-
V
 
A
A
 
E
R
 
K
K
 
Y
Y
 
Y
A
 
D
H
 
G
K
 
S
I
 
V
P
 
P
F
 
L
V
 
I
V
 
L
K
 
K
L
 
L
N
 
N
H
 
G
N
 
K
E
 
T
L
 
T
L
 
L
T
 
-
Y
 
Y
P
 
N
N
 
G
T
 
E
Y
 
P
D
 
V
Q
 
S
V
 
V
L
 
A
F
 
N
G
 
C
T
 
S
V
 
V
K
 
E
E
 
E
A
 
A
W
 
V
N
 
S
M
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
S
A
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
Y
T
 
T
I
 
I
Y
 
Y
F
 
P
G
 
G
S
 
S
E
 
G
Q
 
F
S
 
E
R
 
W
R
 
K
Q
 
M
L
 
F
V
 
E
E
 
E
I
 
L
A
 
A
E
 
R
A
 
I
F
 
K
E
 
R
Y
 
D
A
 
A
H
 
V
E
 
K
L
 
F
G
 
D
M
 
L
A
 
P
T
 
L
I
 
V
L
 
V
W
 
E
C
 
S
Y
 
F
L
 
P
R
|
R
N
 
G
S
 
-
D
 
-
F
 
-
K
 
-
K
 
-
G
 
G
A
 
K
I
 
V
D
 
V
Y
 
N
H
 
E
A
 
T
A
 
A
A
 
P
D
 
E
L
 
I
T
 
V
G
 
A
Q
 
Y
A
 
A
D
 
A
R
 
R
L
 
I
G
 
A
V
 
L
T
 
E
I
 
L
K
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
A
V
 
M
K
|
K
Q
 
I
K
|
K

Sites not aligning to the query:

2qjgA M. Jannaschii adh synthase complexed with f1,6p (see paper)
31% identity, 52% coverage: 70:250/350 of query aligns to 29:197/272 of 2qjgA

query
sites
2qjgA
I
 
I
L
 
V
P
 
P
V
 
M
D
 
D
Q
x
H
D
 
-
I
 
-
E
 
-
H
 
-
T
 
-
A
 
-
G
 
G
A
 
V
S
|
S
F
 
N
A
 
G
P
 
P
N
 
I
P
 
K
I
 
G
Y
 
L
F
 
I
D
 
D
P
 
I
E
 
R
N
 
K
I
 
T
V
 
V
K
 
N
L
 
D
A
 
V
I
 
A
E
 
E
G
 
G
G
 
G
C
 
A
N
 
N
A
 
A
V
 
V
A
 
L
S
 
L
T
 
H
F
 
K
G
 
G
I
 
I
L
 
V
G
 
R
S
 
H
V
 
G
A
 
H
R
 
R
K
 
G
Y
 
Y
A
 
G
H
 
K
K
 
D
I
 
V
P
 
G
F
 
L
V
 
I
V
 
I
K
 
H
L
 
L
N
 
S
H
 
G
N
 
G
E
 
T
L
 
A
L
 
I
T
 
S
Y
 
-
P
 
P
N
 
N
T
 
P
Y
 
L
D
 
K
Q
 
K
V
 
V
L
 
I
F
 
V
G
 
T
T
 
T
V
 
V
K
 
E
E
 
E
A
 
A
W
 
I
N
 
R
M
 
M
G
 
G
A
 
A
V
 
D
A
 
A
V
 
V
G
 
S
A
 
I
T
 
H
I
 
V
Y
 
N
F
 
V
G
 
G
S
 
S
E
 
D
-
 
E
-
 
D
-
 
W
Q
 
E
S
 
A
R
 
Y
R
 
R
Q
 
D
L
 
L
V
 
G
E
 
M
I
 
I
A
 
A
E
 
E
A
 
T
F
 
C
E
 
E
Y
 
Y
A
 
-
H
 
-
E
 
-
L
 
W
G
 
G
M
 
M
A
 
P
T
 
L
I
 
I
L
 
A
W
 
M
C
 
M
Y
|
Y
L
 
P
R
|
R
N
 
G
S
 
K
D
 
H
F
 
-
K
 
-
K
 
-
G
 
-
A
 
-
I
 
I
D
 
Q
Y
 
N
H
 
E
A
 
R
A
 
D
A
 
P
D
 
E
L
 
L
T
 
V
G
 
A
Q
 
H
A
 
A
D
 
A
R
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
A
T
 
E
I
 
L
K
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
I
V
 
V
K
|
K
Q
 
T
K
 
S
L
 
Y
P
 
T
T
 
G
N
 
D
N
 
I
G
 
D
G
 
S
F
 
F
K
 
R
A
 
D
I
 
V

Sites not aligning to the query:

P58314 Fructose-bisphosphate aldolase class 1; Fructose-bisphosphate aldolase class I; FBP aldolase; EC 4.1.2.13 from Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (see paper)
27% identity, 39% coverage: 66:203/350 of query aligns to 21:158/281 of P58314

query
sites
P58314
G
 
G
Y
 
R
V
 
A
S
 
L
I
 
I
L
 
F
P
 
A
V
 
M
D
 
D
Q
 
H
D
 
G
I
 
F
E
 
E
H
 
H
T
 
G
A
 
P
G
 
-
A
 
T
S
 
D
F
 
F
A
 
E
P
 
P
N
 
V
P
 
W
I
 
E
Y
 
H
F
 
V
D
 
N
P
 
P
E
 
R
N
 
V
I
 
I
V
 
I
K
 
R
L
 
K
A
 
V
I
 
V
E
 
R
G
 
A
G
 
G
C
 
I
N
 
D
A
 
G
V
 
V
A
 
M
S
 
M
T
 
L
F
 
P
G
 
G
I
 
L
L
 
A
G
 
R
S
 
I
V
 
A
A
 
G
R
 
D
K
 
E
Y
 
V
A
 
K
H
 
P
K
 
E
I
 
V
P
 
G
F
 
L
V
 
M
V
 
I
K
 
K
L
 
L
-
 
T
N
 
S
H
 
K
N
 
T
E
 
N
L
 
L
L
 
R
T
 
P
Y
 
K
P
 
P
N
 
E
T
 
Q
Y
 
L
D
 
L
Q
 
Q
V
 
S
L
 
Q
F
 
L
G
 
G
T
 
F
V
 
V
K
 
D
E
 
D
A
 
A
W
 
I
N
 
K
M
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
D
A
 
A
V
 
I
G
 
A
A
 
A
T
 
T
I
 
V
Y
 
Y
F
 
W
G
 
G
S
 
S
E
 
P
Q
 
Q
S
 
E
R
 
D
R
 
V
Q
 
M
L
 
M
V
 
R
E
 
Q
I
 
F
A
 
A
E
 
E
A
 
I
F
 
V
E
 
S
Y
 
Y
A
 
A
H
 
H
E
 
D
L
 
L
G
 
G
M
 
Y
A
 
P
T
 
V
I
 
V
L
 
Q
W
 
F
C
 
A
Y
 
Y
L
 
P
R
 
R

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>351187 FitnessBrowser__Btheta:351187
MSKVVDLLGDKTSYYLDHTCKTIDKSLIYIPSPDTIDKVWIDSDRNIKVLNSLQTLLGHG
RLANTGYVSILPVDQDIEHTAGASFAPNPIYFDPENIVKLAIEGGCNAVASTFGILGSVA
RKYAHKIPFVVKLNHNELLTYPNTYDQVLFGTVKEAWNMGAVAVGATIYFGSEQSRRQLV
EIAEAFEYAHELGMATILWCYLRNSDFKKGAIDYHAAADLTGQADRLGVTIKADIVKQKL
PTNNGGFKAIGFGKTDERMYTELTSEHPIDLCRYQVANGYMGRVGLINSGGESHGASDLR
DAVITAVVNKRAGGMGLISGRKAFQKPMNKGVELLNAIQDVYLDPAITIA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory