SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 351599 FitnessBrowser__Btheta:351599 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2d4vA Crystal structure of NAD dependent isocitrate dehydrogenase from acidithiobacillus thiooxidans (see paper)
60% identity, 97% coverage: 9:393/396 of query aligns to 16:426/427 of 2d4vA

query
sites
2d4vA
D
 
N
G
 
G
T
 
V
L
 
L
S
 
Q
V
 
V
P
 
P
D
 
D
V
 
Q
P
 
P
V
 
I
V
 
I
P
 
P
Y
 
F
I
 
I
T
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
V
x
I
G
 
G
A
 
C
E
 
D
V
 
V
T
 
T
P
 
P
S
 
A
M
 
M
Q
 
R
S
 
S
V
 
V
V
 
V
N
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
A
K
 
K
A
 
V
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
K
 
Q
R
 
R
R
 
Q
I
 
I
E
 
A
W
 
W
K
 
M
E
 
E
V
 
L
L
 
F
A
 
A
G
 
G
E
 
Q
R
 
K
A
 
A
F
 
V
N
 
Q
-
 
L
-
 
Y
E
 
G
T
 
E
G
 
G
S
 
Q
W
 
Y
L
 
L
P
 
P
D
 
D
E
 
E
T
 
T
M
 
M
K
 
A
A
 
A
F
 
I
Q
 
R
E
 
E
Y
 
Y
L
 
K
I
 
V
G
 
A
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
|
P
L
|
L
T
x
E
T
|
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
A
 
A
L
 
M
R
|
R
Q
 
Q
T
 
D
L
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
V
 
V
C
 
C
L
 
L
R
|
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
W
 
Y
Y
 
F
Q
 
E
G
 
G
V
 
T
H
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
M
K
 
R
A
 
H
P
 
P
E
 
E
K
 
K
V
 
V
N
 
D
M
 
M
C
 
V
V
 
I
F
 
F
R
|
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
E
 
P
A
 
A
G
 
G
T
 
S
P
 
P
E
 
E
A
 
A
E
 
E
K
 
K
F
 
I
Y
 
I
Q
 
R
F
 
F
L
 
L
K
 
R
N
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
T
K
 
K
V
 
I
R
 
R
F
 
F
P
 
P
E
 
D
T
 
S
S
 
S
S
 
A
F
 
I
G
 
G
V
 
I
K
 
K
P
 
P
V
 
V
S
 
S
R
 
T
E
 
E
G
 
G
T
 
S
E
 
E
R
 
R
L
 
L
V
 
I
R
 
R
A
 
R
A
 
T
C
 
I
Q
 
Q
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
D
 
E
H
 
H
H
 
G
L
 
K
P
 
P
S
 
S
V
 
V
T
 
S
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
|
N
I
|
I
M
 
M
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
G
 
G
F
 
F
K
 
R
K
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
E
R
 
R
E
 
E
F
 
F
G
 
A
-
 
G
-
 
R
-
 
V
-
 
F
-
 
T
-
 
W
-
 
R
-
 
Q
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
I
-
 
S
-
 
K
-
 
A
-
 
E
-
 
G
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
Q
-
 
K
-
 
A
-
 
E
-
 
Q
D
 
Q
A
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
D
G
 
G
R
 
K
L
 
L
V
 
I
I
 
I
K
 
K
D
 
D
C
 
V
I
|
I
A
 
A
D
|
D
A
x
N
F
 
F
L
 
L
Q
 
Q
N
 
Q
T
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
R
P
 
P
E
 
E
E
 
D
Y
 
Y
S
 
S
V
 
V
I
 
V
A
 
A
T
 
T
L
 
L
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
V
 
V
S
 
S
D
|
D
Q
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
M
 
E
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
|
I
G
 
G
I
 
M
A
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
I
 
L
N
 
S
Y
 
-
K
 
-
T
 
D
G
 
T
H
 
H
A
 
A
I
 
I
F
 
F
E
|
E
A
 
A
T
|
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
|
A
P
 
P
N
x
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
G
V
 
K
V
x
A
N
|
N
P
 
P
C
 
S
S
 
S
I
 
L
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
V
 
V
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
E
Y
 
H
L
 
L
G
 
G
W
 
W
K
 
G
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
Q
L
 
A
I
 
I
E
 
V
K
 
A
A
 
A
L
 
M
E
 
N
Q
 
A
S
 
T
F
 
I
L
 
A
D
 
A
A
 
G
R
 
E
A
 
V
T
 
T
H
 
G
D
|
D
L
 
L
A
 
A
R
 
A
F
 
L
M
 
R
P
 
G
G
 
D
G
 
V
T
 
P
S
 
A
L
 
L
S
 
S
T
 
T
T
 
T
A
 
E
F
 
F
T
 
T
R
 
A
E
 
A
I
 
L
V
 
I
E
 
R
R
 
R

6c0eA Crystal structure of isocitrate dehydrogenase from legionella pneumophila with bound NADPH with an alpha-ketoglutarate adduct
59% identity, 99% coverage: 4:394/396 of query aligns to 16:419/419 of 6c0eA

query
sites
6c0eA
I
 
I
T
 
T
M
 
V
Q
 
A
K
 
A
D
 
D
G
 
H
T
x
S
L
|
L
S
x
H
V
 
V
P
 
P
D
 
D
V
 
N
P
 
P
V
 
I
V
 
I
P
 
P
Y
 
F
I
 
I
T
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
V
 
I
G
 
G
A
 
V
E
 
D
V
 
V
T
 
T
P
 
P
S
 
P
M
 
M
Q
 
I
S
 
R
V
 
V
V
 
V
N
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
G
 
N
K
 
K
R
 
R
R
 
K
I
 
I
E
 
S
W
 
W
K
 
M
E
 
E
V
 
V
L
 
Y
A
 
A
G
 
G
E
 
E
R
 
K
A
 
A
F
 
T
N
 
K
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
-
 
G
-
 
D
S
 
Q
W
 
W
L
 
L
P
 
P
D
 
K
E
 
E
T
 
T
M
 
L
K
 
D
A
 
A
F
 
M
Q
 
K
E
 
K
Y
 
Y
L
 
V
I
 
V
G
 
S
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
|
P
L
|
L
T
 
T
T
|
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
A
 
A
L
 
I
R
|
R
Q
 
Q
T
 
D
L
 
M
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
V
 
V
C
 
C
L
 
L
R
|
R
P
 
P
V
 
I
R
 
R
W
 
Y
Y
 
F
Q
 
N
G
 
G
V
 
V
H
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
R
A
 
E
P
 
P
E
 
W
K
 
K
V
 
T
N
 
D
M
 
M
C
 
V
V
 
I
F
 
F
R
|
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
E
 
Q
A
 
A
G
 
D
T
 
T
P
 
P
E
 
E
A
 
A
E
 
K
K
 
K
F
 
V
Y
 
I
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
K
 
T
N
 
K
E
 
E
M
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
K
K
 
K
V
 
I
R
 
R
F
 
F
P
 
P
E
 
E
T
 
H
S
 
C
S
 
G
F
 
I
G
 
G
V
 
V
K
 
K
P
 
P
V
 
V
S
 
S
R
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
T
E
 
T
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
K
A
 
A
A
 
A
C
 
I
Q
 
Q
Y
 
Y
A
 
A
L
 
I
D
 
D
H
 
N
H
 
D
L
 
R
P
 
S
S
 
T
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
|
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
G
 
A
F
 
F
K
 
K
K
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
L
 
V
A
 
A
Q
 
R
R
 
D
E
 
S
F
 
F
G
 
G
D
 
A
A
 
K
L
 
E
A
 
Y
D
 
Q
G
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
W
-
 
M
-
 
E
-
 
F
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
K
-
 
T
-
 
G
-
 
K
R
 
Q
L
 
I
V
 
I
I
 
I
K
 
N
D
 
D
C
 
V
I
|
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
F
 
F
L
 
L
Q
 
Q
N
x
Q
T
 
I
L
 
L
L
 
L
I
x
R
P
 
P
E
 
E
E
 
D
Y
 
Y
S
 
S
V
 
V
I
 
I
A
 
A
T
 
T
L
 
L
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
V
 
I
S
 
S
D
 
D
Q
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
M
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
|
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
I
 
I
N
 
S
Y
 
D
K
 
Q
T
 
M
G
 
-
H
 
-
A
 
A
I
 
V
F
 
F
E
|
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
|
A
P
 
P
N
x
K
I
x
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
N
V
 
K
V
|
V
N
|
N
P
 
P
C
 
G
S
 
S
I
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
V
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
Y
 
H
L
 
M
G
 
G
W
 
W
K
 
Y
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
D
L
 
L
I
 
I
E
 
I
K
 
R
A
 
G
L
 
M
E
 
E
Q
 
G
S
 
A
F
 
I
L
 
E
D
 
A
A
 
K
R
 
T
A
 
V
T
 
T
H
x
Y
D
|
D
L
 
F
A
 
E
R
 
R
F
 
G
M
 
M
P
 
Q
G
 
G
G
 
A
T
 
T
S
 
L
L
 
V
S
 
S
T
 
S
T
 
S
A
 
G
F
 
F
T
 
A
R
 
D
E
 
A
I
 
M
V
 
I
E
 
K
R
 
H
I
 
M

Q02NB5 Isocitrate dehydrogenase [NADP]; IDH; IDP; NADP(+)-specific ICDH; Oxalosuccinate decarboxylase; EC 1.1.1.42 from Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (see 2 papers)
59% identity, 99% coverage: 2:394/396 of query aligns to 13:418/418 of Q02NB5

query
sites
Q02NB5
N
 
D
K
 
K
I
 
I
T
 
T
M
 
V
Q
 
N
K
 
A
D
 
D
G
 
M
T
 
S
L
 
L
S
 
S
V
 
V
P
 
P
D
 
K
V
 
N
P
 
P
V
 
I
V
 
I
P
 
P
Y
 
F
I
 
I
T
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
V
 
I
G
 
G
A
 
V
E
 
D
V
 
I
T
 
S
P
 
P
S
 
V
M
 
M
Q
 
I
S
 
K
V
 
V
V
 
V
N
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
K
 
E
R
 
R
R
 
K
I
 
I
E
 
A
W
 
W
K
 
M
E
 
E
V
 
V
L
 
Y
A
 
A
G
 
G
E
 
E
R
 
K
A
 
A
F
 
T
N
 
Q
-
 
V
-
 
Y
E
 
D
T
 
Q
G
 
D
S
 
T
W
 
W
L
 
L
P
 
P
D
 
Q
E
 
E
T
 
T
M
 
L
K
 
D
A
 
A
F
 
V
Q
 
R
E
 
D
Y
 
Y
L
 
V
I
 
V
G
 
S
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
T
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
T
 
Q
L
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
V
 
V
C
 
C
L
 
Q
R
 
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
W
 
W
Y
 
F
Q
 
E
G
 
G
V
 
V
H
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
K
P
 
P
E
 
G
K
 
D
V
 
V
N
 
D
M
 
M
C
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
I
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
V
E
 
E
W
 
W
E
 
K
A
 
A
G
 
G
T
 
S
P
 
P
E
 
E
A
 
A
E
 
E
K
 
K
F
 
V
Y
 
I
Q
 
K
F
 
F
L
 
L
K
 
T
N
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
K
K
 
K
V
 
I
R
 
R
F
 
F
P
x
T
E
 
E
T
 
N
S
 
C
S
 
G
F
 
I
G
 
G
V
 
I
K
 
K
P
 
P
V
 
V
S
 
S
R
 
Q
E
 
E
G
 
G
T
 
T
E
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
A
 
K
A
 
A
C
 
L
Q
 
Q
Y
 
Y
A
 
A
L
 
V
D
 
D
H
 
N
H
 
D
L
 
R
P
 
S
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
G
 
A
F
 
F
K
 
K
K
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
E
L
 
V
A
 
A
Q
 
R
R
 
D
E
 
E
F
 
F
G
 
G
D
 
A
A
 
E
L
 
L
A
 
L
D
 
D
G
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
W
-
 
M
-
 
Q
-
 
F
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
K
-
 
T
-
 
G
-
 
K
R
 
N
L
 
V
V
 
V
I
 
V
K
 
K
D
 
D
C
 
V
I
 
I
A
 
A
D
 
D
A
 
A
F
 
M
L
 
L
Q
 
Q
N
 
Q
T
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
R
P
 
P
E
 
A
E
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
T
 
T
L
 
L
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
 
D
Y
 
Y
V
 
L
S
 
S
D
 
D
Q
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
M
 
E
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
I
 
L
N
 
S
Y
 
D
K
 
S
T
 
V
G
 
-
H
 
-
A
 
A
I
 
M
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
 
H
G
 
G
T
 
T
A
 
A
P
 
P
N
 
K
I
 
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
V
 
K
V
 
V
N
 
N
P
 
P
C
 
G
S
 
S
I
 
L
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
V
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
Y
 
H
L
 
M
G
 
G
W
 
W
K
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
D
L
 
L
I
 
I
E
 
I
K
 
K
A
 
G
L
 
T
E
 
N
Q
 
G
S
 
A
F
 
I
L
 
A
D
 
A
A
 
K
R
 
T
A
 
V
T
 
T
H
 
Y
D
 
D
L
 
F
A
 
E
R
 
R
F
 
L
M
 
M
P
 
D
G
 
G
G
 
A
T
 
T
S
 
L
L
 
L
S
 
S
T
 
C
T
 
S
A
 
E
F
 
F
T
 
G
R
 
D
E
 
A
I
 
M
V
 
I
E
 
A
R
 
K
I
 
M

1isoA Isocitrate dehydrogenase: structure of an engineered NADP+--> NAD+ specificity-reversal mutant (see paper)
59% identity, 99% coverage: 3:394/396 of query aligns to 11:414/414 of 1isoA

query
sites
1isoA
K
 
K
I
 
I
T
 
T
M
 
L
Q
 
Q
K
 
-
D
 
N
G
 
G
T
 
K
L
 
L
S
 
N
V
 
V
P
 
P
D
 
E
V
 
N
P
 
P
V
 
I
V
 
I
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
T
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
V
x
I
G
 
G
A
 
V
E
 
D
V
 
V
T
 
T
P
 
P
S
 
A
M
 
M
Q
 
L
S
 
K
V
 
V
V
 
V
N
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
K
 
E
R
 
R
R
 
K
I
 
I
E
 
S
W
 
W
K
 
M
E
 
E
V
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
R
 
K
A
 
S
F
 
T
N
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
S
 
Q
-
 
D
-
 
V
W
 
W
L
 
L
P
 
P
D
 
A
E
 
E
T
 
T
M
 
L
K
 
D
A
 
L
F
 
I
Q
 
R
E
 
E
Y
 
Y
L
 
R
I
 
V
G
 
A
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
T
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
R
S
 
S
L
 
L
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
T
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
C
 
C
L
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
W
 
Y
Y
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
H
P
 
P
E
 
E
K
 
L
V
 
T
N
 
D
M
 
M
C
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
E
 
K
A
 
A
G
 
D
T
 
S
P
 
A
E
 
D
A
 
A
E
 
E
K
 
K
F
 
V
Y
 
I
Q
 
K
F
 
F
L
 
L
K
 
R
N
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
K
K
 
K
V
 
I
R
 
R
F
 
F
P
 
P
E
 
E
T
 
H
S
 
C
S
 
G
F
 
I
G
 
G
V
 
I
K
 
K
P
 
P
V
 
M
S
 
S
R
 
E
E
 
E
G
 
G
T
 
T
E
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
A
C
 
I
Q
 
E
Y
 
Y
A
 
A
L
 
I
D
 
A
H
 
N
H
 
D
L
 
R
P
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
G
 
A
F
 
F
K
 
K
K
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
Q
 
R
R
 
E
E
 
E
F
 
F
G
 
G
D
 
G
A
 
E
L
 
L
A
 
I
D
 
D
G
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
W
-
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
T
-
 
G
-
 
K
R
 
E
L
 
I
V
 
V
I
 
I
K
 
K
D
 
D
C
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
F
 
F
L
 
L
Q
 
Q
N
 
Q
T
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
R
P
 
P
E
 
A
E
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
T
 
C
L
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
V
 
I
S
 
S
D
|
D
Q
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
M
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
I
 
I
N
 
G
Y
 
D
K
 
E
T
 
-
G
 
-
H
 
Y
A
 
A
I
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
 
T
A
|
A
P
 
P
N
x
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
V
 
K
V
x
A
N
|
N
P
 
P
C
 
G
S
 
S
I
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
V
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
Y
 
H
L
 
M
G
 
G
W
 
W
K
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
D
L
 
L
I
 
I
E
 
V
K
 
K
A
 
G
L
 
M
E
 
E
Q
 
G
S
 
A
F
 
I
L
 
N
D
 
A
A
 
K
R
 
T
A
 
V
T
 
T
H
 
K
D
 
D
L
 
F
A
 
E
R
 
S
F
 
L
M
 
M
P
 
D
G
 
G
G
 
A
T
 
K
S
 
L
L
 
L
S
 
K
T
 
C
T
 
S
A
 
E
F
 
F
T
 
G
R
 
D
E
 
A
I
 
I
V
 
I
E
 
E
R
 
N
I
 
M

1bl5A Isocitrate dehydrogenase from e. Coli single turnover laue structure of rate-limited product complex, 10 msec time resolution (see paper)
59% identity, 99% coverage: 3:394/396 of query aligns to 11:414/414 of 1bl5A

query
sites
1bl5A
K
 
K
I
 
I
T
 
T
M
 
L
Q
 
Q
K
 
-
D
 
N
G
 
G
T
 
K
L
 
L
S
 
N
V
 
V
P
 
P
D
 
E
V
 
N
P
 
P
V
 
I
V
 
I
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
T
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
V
 
I
G
 
G
A
 
V
E
 
D
V
 
V
T
 
T
P
 
P
S
 
A
M
 
M
Q
 
L
S
 
K
V
 
V
V
 
V
N
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
K
 
E
R
 
R
R
 
K
I
 
I
E
 
S
W
 
W
K
 
M
E
 
E
V
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
R
 
K
A
 
S
F
 
T
N
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
S
 
Q
-
 
D
-
 
V
W
 
W
L
 
L
P
 
P
D
 
A
E
 
E
T
 
T
M
 
L
K
 
D
A
 
L
F
 
I
Q
 
R
E
 
E
Y
 
Y
L
 
R
I
 
V
G
 
A
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
T
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
R
|
R
Q
 
Q
T
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
C
 
C
L
 
L
R
|
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
W
 
Y
Y
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
H
P
 
P
E
 
E
K
 
L
V
 
T
N
 
D
M
 
M
C
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
E
 
K
A
 
A
G
 
D
T
 
S
P
 
A
E
 
D
A
 
A
E
 
E
K
 
K
F
 
V
Y
 
I
Q
 
K
F
 
F
L
 
L
K
 
R
N
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
K
K
 
K
V
 
I
R
 
R
F
 
F
P
 
P
E
 
E
T
 
H
S
 
C
S
 
G
F
 
I
G
 
G
V
 
I
K
 
K
P
 
P
V
 
C
S
 
S
R
 
E
E
 
E
G
 
G
T
 
T
E
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
A
C
 
I
Q
 
E
Y
 
Y
A
 
A
L
 
I
D
 
A
H
 
N
H
 
D
L
 
R
P
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
G
 
A
F
 
F
K
 
K
K
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
Q
 
R
R
 
E
E
 
E
F
 
F
G
 
G
D
 
G
A
 
E
L
 
L
A
 
I
D
 
D
G
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
W
-
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
T
-
 
G
-
 
K
R
 
E
L
 
I
V
 
V
I
 
I
K
 
K
D
 
D
C
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
F
 
F
L
 
L
Q
 
Q
N
 
Q
T
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
R
P
 
P
E
 
A
E
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
T
 
C
L
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
V
 
I
S
 
S
D
|
D
Q
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
M
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
I
 
I
N
 
G
Y
 
D
K
 
E
T
 
C
G
 
-
H
 
-
A
 
A
I
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
 
T
A
|
A
P
 
P
N
 
K
I
x
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
V
 
K
V
 
V
N
|
N
P
 
P
C
 
G
S
 
S
I
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
V
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
Y
 
H
L
 
M
G
 
G
W
 
W
K
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
D
L
 
L
I
 
I
E
 
V
K
 
K
A
 
G
L
 
M
E
 
E
Q
 
G
S
 
A
F
 
I
L
 
N
D
 
A
A
 
K
R
 
T
A
 
V
T
 
T
H
x
Y
D
 
D
L
 
F
A
 
E
R
 
R
F
 
L
M
 
M
P
 
D
G
 
G
G
 
A
T
 
K
S
 
L
L
 
L
S
 
K
T
 
C
T
 
S
A
 
E
F
 
F
T
 
G
R
 
D
E
 
A
I
 
I
V
 
I
E
 
E
R
 
N
I
 
M

1ai3A Orbital steering in the catalytic power of enzymes: small structural changes with large catalytic consequences (see paper)
59% identity, 99% coverage: 3:394/396 of query aligns to 11:414/414 of 1ai3A

query
sites
1ai3A
K
 
K
I
 
I
T
 
T
M
 
L
Q
 
Q
K
 
-
D
 
N
G
 
G
T
 
K
L
 
L
S
 
N
V
 
V
P
 
P
D
 
E
V
 
N
P
 
P
V
 
I
V
 
I
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
T
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
V
x
I
G
 
G
A
 
V
E
 
D
V
 
V
T
 
T
P
 
P
S
 
A
M
 
M
Q
 
L
S
 
K
V
 
V
V
 
V
N
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
K
 
E
R
 
R
R
 
K
I
 
I
E
 
S
W
 
W
K
 
M
E
 
E
V
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
R
 
K
A
 
S
F
 
T
N
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
S
 
Q
-
 
D
-
 
V
W
 
W
L
 
L
P
 
P
D
 
A
E
 
E
T
 
T
M
 
L
K
 
D
A
 
L
F
 
I
Q
 
R
E
 
E
Y
 
Y
L
 
R
I
 
V
G
 
A
I
 
I
K
 
K
G
|
G
P
|
P
L
|
L
T
|
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
R
S
 
S
L
 
L
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
T
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
C
 
C
L
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
W
 
Y
Y
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
H
P
 
P
E
 
E
K
 
L
V
 
T
N
 
D
M
 
M
C
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
E
 
K
A
 
A
G
 
D
T
 
S
P
 
A
E
 
D
A
 
A
E
 
E
K
 
K
F
 
V
Y
 
I
Q
 
K
F
 
F
L
 
L
K
 
R
N
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
K
K
 
K
V
 
I
R
 
R
F
 
F
P
 
P
E
 
E
T
 
H
S
 
C
S
 
G
F
 
I
G
 
G
V
 
I
K
 
K
P
 
P
V
 
C
S
 
S
R
 
E
E
 
E
G
 
G
T
 
T
E
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
A
C
 
I
Q
 
E
Y
 
Y
A
 
A
L
 
I
D
 
A
H
 
N
H
 
D
L
 
R
P
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
G
 
A
F
 
F
K
 
K
K
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
Q
 
R
R
 
E
E
 
E
F
 
F
G
 
G
D
 
G
A
 
E
L
 
L
A
 
I
D
 
D
G
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
W
-
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
T
-
 
G
-
 
K
R
 
E
L
 
I
V
 
V
I
 
I
K
 
K
D
 
D
C
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
F
 
F
L
 
L
Q
 
Q
N
 
Q
T
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
R
P
 
P
E
 
A
E
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
T
 
C
L
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
V
 
I
S
 
S
D
|
D
Q
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
M
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
I
 
I
N
 
G
Y
 
D
K
 
E
T
 
C
G
 
-
H
 
-
A
 
A
I
 
L
F
 
F
E
 
E
A
|
A
T
|
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
 
A
P
|
P
N
 
K
I
 
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
V
 
K
V
|
V
N
|
N
P
 
P
C
 
G
S
 
S
I
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
V
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
Y
 
H
L
 
M
G
 
G
W
 
W
K
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
D
L
 
L
I
 
I
E
 
V
K
 
K
A
 
G
L
 
M
E
 
E
Q
 
G
S
 
A
F
 
I
L
 
N
D
 
A
A
 
K
R
 
T
A
 
V
T
 
T
H
x
Y
D
|
D
L
 
F
A
 
E
R
|
R
F
 
L
M
 
M
P
 
D
G
 
G
G
 
A
T
 
K
S
 
L
L
 
L
S
 
K
T
 
C
T
 
S
A
 
E
F
 
F
T
 
G
R
 
D
E
 
A
I
 
I
V
 
I
E
 
E
R
 
N
I
 
M

1ai2A Isocitrate dehydrogenase complexed with isocitrate, NADP+, and calcium (flash-cooled) (see paper)
59% identity, 99% coverage: 3:394/396 of query aligns to 11:414/414 of 1ai2A

query
sites
1ai2A
K
 
K
I
 
I
T
 
T
M
 
L
Q
 
Q
K
 
-
D
 
N
G
 
G
T
 
K
L
 
L
S
 
N
V
 
V
P
 
P
D
 
E
V
 
N
P
 
P
V
 
I
V
 
I
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
T
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
V
x
I
G
 
G
A
 
V
E
 
D
V
 
V
T
 
T
P
 
P
S
 
A
M
 
M
Q
 
L
S
 
K
V
 
V
V
 
V
N
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
K
 
E
R
 
R
R
 
K
I
 
I
E
 
S
W
 
W
K
 
M
E
 
E
V
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
R
 
K
A
 
S
F
 
T
N
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
S
 
Q
-
 
D
-
 
V
W
 
W
L
 
L
P
 
P
D
 
A
E
 
E
T
 
T
M
 
L
K
 
D
A
 
L
F
 
I
Q
 
R
E
 
E
Y
 
Y
L
 
R
I
 
V
G
 
A
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
|
L
T
|
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
R
|
R
Q
 
Q
T
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
C
 
C
L
 
L
R
|
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
W
 
Y
Y
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
H
P
 
P
E
 
E
K
 
L
V
 
T
N
 
D
M
 
M
C
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
E
 
K
A
 
A
G
 
D
T
 
S
P
 
A
E
 
D
A
 
A
E
 
E
K
 
K
F
 
V
Y
 
I
Q
 
K
F
 
F
L
 
L
K
 
R
N
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
K
K
 
K
V
 
I
R
 
R
F
 
F
P
 
P
E
 
E
T
 
H
S
 
C
S
 
G
F
 
I
G
 
G
V
 
I
K
 
K
P
 
P
V
 
C
S
 
S
R
 
E
E
 
E
G
 
G
T
 
T
E
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
A
C
 
I
Q
 
E
Y
 
Y
A
 
A
L
 
I
D
 
A
H
 
N
H
 
D
L
 
R
P
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
G
 
A
F
 
F
K
 
K
K
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
Q
 
R
R
 
E
E
 
E
F
 
F
G
 
G
D
 
G
A
 
E
L
 
L
A
 
I
D
 
D
G
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
W
-
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
T
-
 
G
-
 
K
R
 
E
L
 
I
V
 
V
I
 
I
K
 
K
D
 
D
C
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
F
 
F
L
 
L
Q
 
Q
N
 
Q
T
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
R
P
 
P
E
 
A
E
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
T
 
C
L
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
V
 
I
S
 
S
D
|
D
Q
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
M
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
I
 
I
N
 
G
Y
 
D
K
 
E
T
 
C
G
 
-
H
 
-
A
 
A
I
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
|
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
|
A
P
|
P
N
 
K
I
x
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
V
 
K
V
|
V
N
|
N
P
 
P
C
 
G
S
 
S
I
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
V
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
Y
 
H
L
 
M
G
 
G
W
 
W
K
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
D
L
 
L
I
 
I
E
 
V
K
 
K
A
 
G
L
 
M
E
 
E
Q
 
G
S
 
A
F
 
I
L
 
N
D
 
A
A
 
K
R
 
T
A
 
V
T
 
T
H
x
Y
D
|
D
L
 
F
A
 
E
R
|
R
F
 
L
M
 
M
P
 
D
G
 
G
G
 
A
T
 
K
S
 
L
L
 
L
S
 
K
T
 
C
T
 
S
A
 
E
F
 
F
T
 
G
R
 
D
E
 
A
I
 
I
V
 
I
E
 
E
R
 
N
I
 
M

4aj3A 3d structure of e. Coli isocitrate dehydrogenase in complex with isocitrate, calcium(ii) and NADP - the pseudo-michaelis complex (see paper)
59% identity, 99% coverage: 3:394/396 of query aligns to 13:416/416 of 4aj3A

query
sites
4aj3A
K
 
K
I
 
I
T
 
T
M
 
L
Q
 
Q
K
 
-
D
 
N
G
 
G
T
 
K
L
 
L
S
 
N
V
 
V
P
 
P
D
 
E
V
 
N
P
 
P
V
 
I
V
 
I
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
T
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
V
 
I
G
 
G
A
 
V
E
 
D
V
 
V
T
 
T
P
 
P
S
 
A
M
 
M
Q
 
L
S
 
K
V
 
V
V
 
V
N
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
K
 
E
R
 
R
R
 
K
I
 
I
E
 
S
W
 
W
K
 
M
E
 
E
V
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
R
 
K
A
 
S
F
 
T
N
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
S
 
Q
-
 
D
-
 
V
W
 
W
L
 
L
P
 
P
D
 
A
E
 
E
T
 
T
M
 
L
K
 
D
A
 
L
F
 
I
Q
 
R
E
 
E
Y
 
Y
L
 
R
I
 
V
G
 
A
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
|
P
L
|
L
T
 
T
T
|
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
R
S
 
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
T
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
C
 
C
L
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
W
 
Y
Y
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
H
P
 
P
E
 
E
K
 
L
V
 
T
N
 
D
M
 
M
C
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
E
 
K
A
 
A
G
 
D
T
 
S
P
 
A
E
 
D
A
 
A
E
 
E
K
 
K
F
 
V
Y
 
I
Q
 
K
F
 
F
L
 
L
K
 
R
N
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
K
K
 
K
V
 
I
R
 
R
F
 
F
P
 
P
E
 
E
T
 
H
S
 
C
S
 
G
F
 
I
G
 
G
V
 
I
K
 
K
P
 
P
V
 
C
S
 
S
R
 
E
E
 
E
G
 
G
T
 
T
E
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
A
C
 
I
Q
 
E
Y
 
Y
A
 
A
L
 
I
D
 
A
H
 
N
H
 
D
L
 
R
P
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
G
 
A
F
 
F
K
 
K
K
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
Q
 
R
R
 
E
E
 
E
F
 
F
G
 
G
D
 
G
A
 
E
L
 
L
A
 
I
D
 
D
G
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
W
-
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
T
-
 
G
-
 
K
R
 
E
L
 
I
V
 
V
I
 
I
K
 
K
D
 
D
C
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
F
 
F
L
 
L
Q
 
Q
N
 
Q
T
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
R
P
 
P
E
 
A
E
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
T
 
C
L
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
V
 
I
S
 
S
D
|
D
Q
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
M
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
|
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
I
 
I
N
 
G
Y
 
D
K
 
E
T
 
C
G
 
-
H
 
-
A
 
A
I
 
L
F
 
F
E
|
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
|
A
P
 
P
N
 
K
I
x
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
V
 
K
V
|
V
N
|
N
P
 
P
C
 
G
S
 
S
I
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
V
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
Y
 
H
L
 
M
G
 
G
W
 
W
K
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
D
L
 
L
I
 
I
E
 
V
K
 
K
A
 
G
L
 
M
E
 
E
Q
 
G
S
 
A
F
 
I
L
 
N
D
 
A
A
 
K
R
 
T
A
 
V
T
 
T
H
x
Y
D
|
D
L
 
F
A
 
E
R
 
R
F
 
L
M
 
M
P
 
D
G
 
G
G
 
A
T
 
K
S
 
L
L
 
L
S
 
K
T
 
C
T
 
S
A
 
E
F
 
F
T
 
G
R
 
D
E
 
A
I
 
I
V
 
I
E
 
E
R
 
N
I
 
M

P08200 Isocitrate dehydrogenase [NADP]; IDH; IDP; NADP(+)-specific ICDH; Oxalosuccinate decarboxylase; EC 1.1.1.42 from Escherichia coli (strain K12) (see 9 papers)
59% identity, 99% coverage: 3:394/396 of query aligns to 13:416/416 of P08200

query
sites
P08200
K
 
K
I
 
I
T
 
T
M
 
L
Q
 
Q
K
 
-
D
 
N
G
 
G
T
 
K
L
 
L
S
 
N
V
 
V
P
 
P
D
 
E
V
 
N
P
 
P
V
 
I
V
 
I
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
T
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
V
 
I
G
 
G
A
 
V
E
 
D
V
 
V
T
 
T
P
 
P
S
 
A
M
 
M
Q
 
L
S
 
K
V
 
V
V
 
V
N
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
K
 
E
R
 
R
R
 
K
I
 
I
E
 
S
W
 
W
K
 
M
E
 
E
V
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
R
 
K
A
 
S
F
 
T
N
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
S
 
Q
-
 
D
-
 
V
W
 
W
L
 
L
P
 
P
D
 
A
E
 
E
T
 
T
M
 
L
K
 
D
A
 
L
F
 
I
Q
 
R
E
 
E
Y
 
Y
L
 
R
I
 
V
G
 
A
I
 
I
K
|
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
T
|
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
R
S
|
S
L
 
L
N
|
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
R
|
R
Q
 
Q
T
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
C
 
C
L
 
L
R
|
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
W
 
Y
Y
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
|
K
A
 
H
P
 
P
E
 
E
K
 
L
V
 
T
N
 
D
M
 
M
C
 
V
V
 
I
F
 
F
R
|
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
E
 
K
A
 
A
G
 
D
T
 
S
P
 
A
E
 
D
A
 
A
E
 
E
K
 
K
F
 
V
Y
 
I
Q
 
K
F
 
F
L
 
L
K
 
R
N
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
K
K
 
K
V
 
I
R
 
R
F
 
F
P
 
P
E
 
E
T
 
H
S
 
C
S
 
G
F
 
I
G
 
G
V
 
I
K
 
K
P
 
P
V
 
C
S
 
S
R
 
E
E
 
E
G
 
G
T
 
T
E
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
A
C
 
I
Q
 
E
Y
 
Y
A
 
A
L
 
I
D
 
A
H
 
N
H
 
D
L
 
R
P
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
G
 
A
F
 
F
K
|
K
K
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
Q
 
R
R
 
E
E
 
E
F
 
F
G
 
G
D
 
G
A
 
E
L
 
L
A
 
I
D
 
D
G
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
W
-
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
T
-
 
G
-
 
K
R
 
E
L
 
I
V
 
V
I
 
I
K
 
K
D
 
D
C
 
V
I
 
I
A
 
A
D
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
L
Q
 
Q
N
 
Q
T
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
R
P
 
P
E
 
A
E
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
T
 
C
L
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
V
 
I
S
 
S
D
 
D
Q
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
M
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
I
 
I
N
 
G
Y
 
D
K
 
E
T
 
C
G
 
-
H
 
-
A
 
A
I
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
|
A
P
|
P
N
x
K
I
x
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
V
 
K
V
 
V
N
|
N
P
 
P
C
 
G
S
 
S
I
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
V
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
Y
 
H
L
 
M
G
 
G
W
 
W
K
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
D
L
 
L
I
 
I
E
 
V
K
 
K
A
 
G
L
 
M
E
 
E
Q
 
G
S
 
A
F
 
I
L
 
N
D
 
A
A
 
K
R
 
T
A
 
V
T
 
T
H
x
Y
D
 
D
L
 
F
A
 
E
R
|
R
F
 
L
M
 
M
P
 
D
G
 
G
G
 
A
T
 
K
S
 
L
L
 
L
S
 
K
T
 
C
T
 
S
A
 
E
F
 
F
T
 
G
R
 
D
E
 
A
I
 
I
V
 
I
E
 
E
R
 
N
I
 
M

4ajaA 3d structure of e. Coli isocitrate dehydrogenase in complex with isocitrate, calcium(ii) and thionadp (see paper)
59% identity, 99% coverage: 3:394/396 of query aligns to 12:415/415 of 4ajaA

query
sites
4ajaA
K
 
K
I
 
I
T
 
T
M
 
L
Q
 
Q
K
 
-
D
 
N
G
 
G
T
 
K
L
 
L
S
 
N
V
 
V
P
 
P
D
 
E
V
 
N
P
 
P
V
 
I
V
 
I
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
T
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
V
 
I
G
 
G
A
 
V
E
 
D
V
 
V
T
 
T
P
 
P
S
 
A
M
 
M
Q
 
L
S
 
K
V
 
V
V
 
V
N
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
K
 
E
R
 
R
R
 
K
I
 
I
E
 
S
W
 
W
K
 
M
E
 
E
V
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
R
 
K
A
 
S
F
 
T
N
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
S
 
Q
-
 
D
-
 
V
W
 
W
L
 
L
P
 
P
D
 
A
E
 
E
T
 
T
M
 
L
K
 
D
A
 
L
F
 
I
Q
 
R
E
 
E
Y
 
Y
L
 
R
I
 
V
G
 
A
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
 
P
L
 
L
T
|
T
T
|
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
R
S
 
S
L
 
L
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
T
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
C
 
C
L
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
W
 
Y
Y
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
H
P
 
P
E
 
E
K
 
L
V
 
T
N
 
D
M
 
M
C
 
V
V
 
I
F
 
F
R
 
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
E
 
K
A
 
A
G
 
D
T
 
S
P
 
A
E
 
D
A
 
A
E
 
E
K
 
K
F
 
V
Y
 
I
Q
 
K
F
 
F
L
 
L
K
 
R
N
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
K
K
 
K
V
 
I
R
 
R
F
 
F
P
 
P
E
 
E
T
 
H
S
 
C
S
 
G
F
 
I
G
 
G
V
 
I
K
 
K
P
 
P
V
 
C
S
 
S
R
 
E
E
 
E
G
 
G
T
 
T
E
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
A
C
 
I
Q
 
E
Y
 
Y
A
 
A
L
 
I
D
 
A
H
 
N
H
 
D
L
 
R
P
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
G
 
A
F
 
F
K
 
K
K
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
Q
 
R
R
 
E
E
 
E
F
 
F
G
 
G
D
 
G
A
 
E
L
 
L
A
 
I
D
 
D
G
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
W
-
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
T
-
 
G
-
 
K
R
 
E
L
 
I
V
 
V
I
 
I
K
 
K
D
 
D
C
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
A
 
A
F
 
F
L
 
L
Q
 
Q
N
 
Q
T
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
R
P
 
P
E
 
A
E
 
E
Y
 
Y
S
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
T
 
C
L
 
M
N
 
N
L
 
L
N
 
N
G
 
G
D
|
D
Y
 
Y
V
 
I
S
 
S
D
|
D
Q
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
M
 
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
I
 
I
N
 
G
Y
 
D
K
 
E
T
 
C
G
 
-
H
 
-
A
 
A
I
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
|
H
G
|
G
T
|
T
A
|
A
P
 
P
N
 
K
I
x
Y
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
D
 
D
V
 
K
V
 
V
N
|
N
P
 
P
C
 
G
S
 
S
I
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
S
A
 
A
V
 
E
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
Y
 
H
L
 
M
G
 
G
W
 
W
K
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
D
L
 
L
I
 
I
E
 
V
K
 
K
A
 
G
L
 
M
E
 
E
Q
 
G
S
 
A
F
 
I
L
 
N
D
 
A
A
 
K
R
 
T
A
 
V
T
 
T
H
x
Y
D
|
D
L
 
F
A
 
E
R
|
R
F
 
L
M
 
M
P
 
D
G
 
G
G
 
A
T
 
K
S
 
L
L
 
L
S
 
K
T
 
C
T
 
S
A
 
E
F
 
F
T
 
G
R
 
D
E
 
A
I
 
I
V
 
I
E
 
E
R
 
N
I
 
M

1hj6A Isocitrate dehydrogenase s113e mutant complexed with isopropylmalate, NADP+ and magnesium (flash-cooled) (see paper)
59% identity, 99% coverage: 3:394/396 of query aligns to 11:414/414 of 1hj6A

query
sites
1hj6A
K
 
K
I
 
I
T
 
T
M
 
L
Q
 
Q
K
 
-
D
 
N
G
 
G
T
 
K
L
 
L
S
 
N
V
 
V
P
 
P
D
 
E
V
 
N
P
 
P
V
 
I
V
 
I
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
T
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
V
 
I
G
 
G
A
 
V
E
 
D
V
 
V
T
 
T
P
 
P
S
 
A
M
 
M
Q
 
L
S
 
K
V
 
V
V
 
V
N
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
G
 
G
K
 
E
R
 
R
R
 
K
I
 
I
E
 
S
W
 
W
K
 
M
E
 
E
V
 
I
L
 
Y
A
 
T
G
 
G
E
 
E
R
 
K
A
 
S
F
 
T
N
 
Q
E
 
V
T
 
Y
G
 
G
S
 
Q
-
 
D
-
 
V
W
 
W
L
 
L
P
 
P
D
 
A
E
 
E
T
 
T
M
 
L
K
 
D
A
 
L
F
 
I
Q
 
R
E
 
E
Y
 
Y
L
 
R
I
 
V
G
 
A
I
 
I
K
 
K
G
 
G
P
|
P
L
|
L
T
|
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
R
S
x
E
L
 
L
N
|
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
R
|
R
Q
 
Q
T
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
C
 
C
L
 
L
R
|
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
W
 
Y
Y
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
P
S
 
S
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
H
P
 
P
E
 
E
K
 
L
V
 
T
N
 
D
M
 
M
C
 
V
V
 
I
F
 
F
R
|
R
E
 
E
N
 
N
T
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
I
Y
|
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
E
W
 
W
E
 
K
A
 
A
G
 
D
T
 
S
P
 
A
E
 
D
A
 
A
E
 
E
K
 
K
F
 
V
Y
 
I
Q
 
K
F
 
F
L
 
L
K
 
R
N
 
E
E
 
E
M
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
K
K
 
K
V
 
I
R
 
R
F
 
F
P
 
P
E
 
E
T
 
H
S
 
C
S
 
G
F
 
I
G
 
G
V
 
I
K
 
K
P
 
P
V
 
C
S
 
S
R
 
E
E
 
E
G
 
G
T
 
T
E
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
A
C
 
I
Q
 
E
Y
 
Y
A
 
A
L
 
I
D
 
A
H
 
N
H
 
D
L
 
R
P
 
D
S
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
V
 
V
H
 
H
K
|
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
M
 
M
K
 
K
F
 
F
T
 
T
E
 
E
G
 
G
G
 
A
F
 
F
K
 
K
K
 
D
W
 
W
G
 
G
Y
 
Y
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
Q
 
R
R
 
E
E
 
E
F
 
F
G
 
G
D
 
G
A
 
E
L
 
L
A
 
I
D
 
D
G
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
W
-
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
T
-
 
G
-
 
K
R
 
E
L