SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 351930 FitnessBrowser__Btheta:351930 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

2zktB Structure of ph0037 protein from pyrococcus horikoshii
34% identity, 99% coverage: 2:405/407 of query aligns to 5:374/381 of 2zktB

query
sites
2zktB
K
 
K
H
 
G
I
 
L
I
 
L
I
 
I
L
 
I
G
 
L
D
|
D
G
 
G
M
 
L
A
 
G
D
 
D
W
 
R
P
 
P
V
 
I
K
 
K
S
 
E
L
 
L
G
 
N
D
 
G
K
 
L
T
 
T
L
 
P
L
 
L
Q
 
E
Y
 
Y
A
 
A
K
 
N
T
 
T
P
 
P
Y
 
N
M
 
M
D
 
D
K
 
K
L
 
L
A
 
A
R
x
E
M
 
I
G
 
G
R
 
I
N
 
L
G
 
G
R
 
Q
L
 
Q
I
 
D
T
 
P
V
 
I
A
 
K
E
 
P
G
 
G
F
 
Q
H
 
P
P
 
A
G
 
G
S
|
S
E
 
D
V
 
T
A
 
A
N
 
H
M
 
L
S
 
S
V
 
I
L
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
D
L
 
P
P
 
Y
K
 
E
V
 
T
Y
 
Y
E
 
R
G
 
G
R
 
R
G
 
G
P
 
F
L
 
F
E
 
E
A
 
A
A
 
L
S
 
G
I
 
V
G
 
G
V
 
L
D
 
D
L
 
L
K
 
S
P
 
K
G
 
D
E
 
D
M
 
L
A
 
A
M
 
F
R
 
R
C
 
V
N
 
N
L
 
F
I
 
A
C
 
T
V
 
L
E
 
E
G
 
-
E
 
-
I
 
-
L
 
-
K
 
-
N
 
-
H
 
-
S
 
-
S
 
N
G
 
A
H
 
R
I
 
A
S
 
I
T
 
Q
E
 
E
E
 
E
A
 
V
D
 
D
V
 
I
L
 
G
I
 
V
Q
 
D
Y
 
F
L
 
I
Q
 
-
E
 
-
K
 
-
L
 
-
G
 
-
N
 
-
D
 
-
R
 
-
V
 
-
R
 
-
F
 
F
H
 
K
T
 
T
G
 
G
V
 
-
Q
 
-
Y
 
H
R
 
R
H
 
A
L
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
L
K
 
K
G
 
G
G
 
M
N
 
S
K
 
R
-
 
G
-
 
Y
E
 
K
L
 
V
D
 
G
C
 
D
T
 
N
P
 
D
P
 
P
H
 
H
D
 
E
V
 
A
P
 
G
L
 
-
K
 
-
P
 
-
F
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
-
M
 
-
V
 
-
K
 
-
P
 
-
L
 
-
V
 
K
P
 
P
E
 
P
A
 
S
Q
 
K
E
 
K
T
 
V
A
 
A
D
 
E
L
 
I
I
 
L
N
 
E
D
 
E
L
 
F
I
 
V
L
 
K
K
 
K
S
 
A
Q
 
Q
E
 
E
L
 
V
L
 
L
K
 
E
N
 
K
H
 
H
P
 
P
L
 
I
N
 
N
L
 
E
K
 
R
R
 
R
M
 
R
S
 
K
E
 
E
G
 
G
K
 
K
D
 
P
P
 
I
A
 
A
N
 
N
S
 
Y
I
 
L
W
 
L
P
 
I
W
 
R
S
 
G
P
 
A
G
 
G
Y
 
T
R
 
Y
P
 
P
Q
 
N
M
 
I
P
 
P
-
 
M
A
 
K
F
 
F
S
 
T
E
 
E
T
 
Q
F
 
W
P
 
-
Q
 
K
V
 
V
K
 
K
K
 
A
G
 
A
A
 
G
V
 
V
I
 
I
S
 
-
A
 
A
V
 
V
D
 
A
L
 
L
I
 
V
N
 
K
G
 
G
I
 
V
G
 
A
Y
 
R
Y
 
A
A
 
V
G
 
G
L
 
F
R
 
D
R
 
V
I
 
Y
A
 
T
V
 
P
E
 
E
G
 
G
A
 
A
T
 
T
G
 
G
L
 
E
Y
 
Y
N
 
N
T
 
T
N
 
N
Y
 
E
E
 
M
N
 
A
K
 
K
V
 
A
A
 
K
A
 
K
A
 
A
L
 
V
E
 
E
A
 
L
L
 
L
K
 
K
T
 
D
D
 
Y
D
 
D
F
 
F
V
 
V
Y
 
F
L
 
L
H
 
H
I
 
F
E
 
K
A
 
P
S
 
T
D
|
D
E
 
A
A
 
A
G
 
G
H
|
H
E
 
D
G
 
N
D
 
K
I
 
P
D
 
K
L
 
L
K
 
K
L
 
A
L
 
E
T
 
L
I
 
I
E
 
E
N
 
R
L
 
A
D
 
D
K
 
-
R
 
R
A
 
M
V
 
I
G
 
G
P
 
Y
I
 
I
Y
 
L
E
 
D
A
 
H
V
 
V
K
 
-
D
 
D
W
 
L
D
 
E
E
 
E
P
 
-
V
 
V
A
 
V
I
 
I
A
 
A
V
 
I
L
 
T
P
 
G
D
|
D
H
|
H
P
 
S
T
 
T
P
 
P
C
 
C
E
 
E
L
 
V
R
 
M
T
 
N
H
|
H
T
 
S
S
 
G
D
 
D
P
 
P
I
 
V
P
 
P
F
 
L
L
 
L
I
 
I
W
 
A
Y
 
G
P
 
G
G
 
G
I
 
V
E
 
R
P
x
T
D
|
D
E
 
D
V
 
T
Q
 
K
T
 
R
Y
 
F
D
 
G
E
 
E
I
 
R
S
 
E
A
 
A
C
 
M
D
 
K
G
 
G
S
 
G
Y
 
L
G
 
G
V
 
R
L
 
I
K
 
R
E
 
G
D
 
H
E
 
D
F
 
I
I
 
V
K
 
P
E
 
I
F
 
M
M
 
M
N
 
D
Q
 
L
K
 
M
N
 
N

2zktA Structure of ph0037 protein from pyrococcus horikoshii
37% identity, 55% coverage: 182:405/407 of query aligns to 115:323/330 of 2zktA

query
sites
2zktA
Q
 
Q
E
 
E
T
 
E
A
 
V
D
 
D
L
 
I
I
 
G
N
 
V
D
 
D
L
 
F
I
 
I
L
 
F
K
 
K
S
 
G
Q
 
-
E
 
-
L
 
-
L
 
-
K
 
-
N
 
-
H
 
-
P
 
-
L
 
L
N
 
V
L
 
L
K
 
K
R
 
G
M
 
M
S
 
S
E
 
K
G
 
V
K
 
G
D
 
D
P
 
-
A
 
-
N
 
N
S
 
D
I
 
L
W
 
I
P
 
R
W
 
G
S
 
A
P
 
G
G
 
T
Y
 
Y
R
 
-
P
 
P
Q
 
N
M
 
I
P
 
P
-
 
M
A
 
K
F
 
F
S
 
T
E
 
E
T
 
Q
F
 
W
P
 
-
Q
 
K
V
 
V
K
 
K
K
 
A
G
 
A
A
 
G
V
 
V
I
 
I
S
 
-
A
 
A
V
 
V
D
 
A
L
 
L
I
 
V
N
 
K
G
 
G
I
 
V
G
 
A
Y
 
R
Y
 
A
A
 
V
G
 
G
L
 
F
R
 
D
R
 
V
I
 
Y
A
 
T
V
 
P
E
 
E
G
 
G
A
 
A
T
 
T
G
 
G
L
 
E
Y
 
Y
N
 
N
T
 
T
N
 
N
Y
 
E
E
 
M
N
 
A
K
 
K
V
 
A
A
 
K
A
 
K
A
 
A
L
 
V
E
 
E
A
 
L
L
 
L
K
 
K
T
 
D
D
 
Y
D
 
D
F
 
F
V
 
V
Y
 
F
L
 
L
H
 
H
I
 
F
E
 
K
A
 
P
S
 
T
D
|
D
E
 
A
A
 
A
G
 
G
H
|
H
E
 
D
G
 
N
D
 
K
I
 
P
D
 
K
L
 
L
K
 
K
L
 
A
L
 
E
T
 
L
I
 
I
E
 
E
N
 
R
L
 
A
D
 
D
K
 
-
R
 
R
A
 
M
V
 
I
G
 
G
P
 
Y
I
 
I
Y
 
L
E
 
D
A
 
H
V
 
V
K
 
-
D
 
D
W
 
L
D
 
E
E
 
E
P
 
-
V
 
V
A
 
V
I
 
I
A
 
A
V
 
I
L
 
T
P
 
G
D
|
D
H
|
H
P
 
S
T
 
T
P
 
P
C
 
C
E
 
E
L
 
V
R
 
M
T
 
N
H
|
H
T
 
S
S
 
G
D
 
D
P
 
P
I
 
V
P
 
P
F
 
L
L
 
L
I
 
I
W
 
A
Y
 
G
P
 
G
G
 
G
I
 
V
E
 
R
P
x
T
D
|
D
E
 
D
V
 
T
Q
 
K
T
 
R
Y
 
F
D
 
G
E
 
E
I
 
R
S
 
E
A
 
A
C
 
M
D
 
K
G
 
G
S
 
G
Y
 
L
G
 
G
V
 
R
L
 
I
K
 
R
E
 
G
D
 
H
E
 
D
F
 
I
I
 
V
K
 
P
E
 
I
F
 
M
M
 
M
N
 
D
Q
 
L
K
 
M
N
 
N

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>351930 FitnessBrowser__Btheta:351930
MKHIIILGDGMADWPVKSLGDKTLLQYAKTPYMDKLARMGRNGRLITVAEGFHPGSEVAN
MSVLGYNLPKVYEGRGPLEAASIGVDLKPGEMAMRCNLICVEGEILKNHSSGHISTEEAD
VLIQYLQEKLGNDRVRFHTGVQYRHLLVIKGGNKELDCTPPHDVPLKPFRPLMVKPLVPE
AQETADLINDLILKSQELLKNHPLNLKRMSEGKDPANSIWPWSPGYRPQMPAFSETFPQV
KKGAVISAVDLINGIGYYAGLRRIAVEGATGLYNTNYENKVAAALEALKTDDFVYLHIEA
SDEAGHEGDIDLKLLTIENLDKRAVGPIYEAVKDWDEPVAIAVLPDHPTPCELRTHTSDP
IPFLIWYPGIEPDEVQTYDEISACDGSYGVLKEDEFIKEFMNQKNIQ

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory