SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 354002 FitnessBrowser__Btheta:354002 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

Q6LX42 Sodium/alanine symporter AgcS; Alanine permease; Alanine/glycine:cation symporter from Methanococcus maripaludis (strain S2 / LL) (see paper)
35% identity, 95% coverage: 1:439/462 of query aligns to 4:447/453 of Q6LX42

query
sites
Q6LX42
M
 
V
N
 
S
F
 
L
I
 
V
N
 
N
E
 
T
I
 
V
N
 
N
D
 
S
I
 
F
L
 
V
W
 
W
T
 
G
Y
 
P
I
 
Y
L
 
M
I
 
L
I
 
V
M
 
L
L
 
L
L
 
L
G
 
G
C
 
T
A
 
G
V
 
I
W
 
F
F
 
L
S
 
T
I
 
L
R
 
R
T
 
L
R
 
G
F
 
F
V
 
M
Q
 
Q
F
 
I
R
 
H
M
 
T
L
 
L
R
 
-
E
 
P
M
 
Y
I
 
A
I
 
L
L
 
K
L
 
L
S
 
A
E
 
F
S
 
S
A
 
K
G
 
H
K
 
Q
G
 
D
K
 
E
Q
 
T
G
 
S
E
 
E
K
 
G
H
 
D
V
 
I
S
 
S
S
 
H
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
F
 
L
A
 
M
I
 
T
T
 
A
I
 
L
A
 
A
S
 
A
R
x
T
V
 
I
G
 
G
T
 
T
G
|
G
N
|
N
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
T
A
 
A
I
 
Y
A
 
V
I
 
L
G
 
G
G
 
G
P
 
P
G
 
G
A
 
A
V
 
I
F
 
F
W
 
W
M
 
M
W
 
W
V
 
V
I
 
T
A
 
A
L
 
F
L
 
F
G
 
G
A
 
M
S
 
A
S
 
T
A
 
K
F
 
Y
I
 
A
E
 
E
S
 
A
T
 
V
L
 
L
A
 
A
Q
 
I
L
 
K
Y
 
Y
K
 
R
-
 
T
I
 
V
R
 
D
G
 
D
K
 
N
D
 
G
S
 
E
F
 
M
V
 
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
A
 
M
Y
 
Y
Y
 
F
M
 
L
K
 
E
K
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
P
Q
 
D
P
 
H
W
 
G
M
 
L
G
 
G
I
 
K
L
 
I
F
 
L
A
 
G
V
 
V
L
 
A
I
 
F
S
 
A
I
 
F
T
 
F
F
 
G
G
 
A
F
 
F
A
 
A
F
 
A
-
 
F
-
 
G
-
x
I
-
 
G
N
 
N
S
 
M
V
 
V
Q
|
Q
S
 
T
N
 
N
T
 
S
I
 
V
C
 
A
A
 
D
A
 
A
A
 
V
E
 
A
H
 
S
A
 
N
F
 
F
G
 
G
F
 
V
N
 
D
H
 
P
T
 
L
V
 
I
L
 
T
G
 
G
G
 
F
V
 
V
L
 
L
T
 
A
A
 
I
L
 
F
T
 
T
L
 
A
V
 
A
I
 
V
I
 
I
F
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
K
R
 
S
I
 
I
A
 
G
H
 
K
V
 
A
S
 
T
S
 
G
I
 
I
I
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
F
M
 
M
A
 
A
L
 
V
G
 
F
Y
 
Y
V
 
I
G
 
L
L
 
A
A
 
G
L
 
L
V
 
V
I
 
I
V
 
L
L
 
A
L
 
M
N
 
N
I
 
I
T
 
G
H
 
Y
L
 
I
P
 
I
E
 
P
V
 
A
I
 
F
S
 
G
L
 
T
I
 
I
I
 
F
S
 
S
H
 
S
A
 
A
F
 
F
G
 
N
W
 
F
E
 
S
Q
 
A
A
 
G
L
 
F
G
 
G
G
 
A
G
 
L
V
 
I
G
 
G
M
 
T
A
 
A
L
 
I
M
 
M
Q
 
W
G
 
G
I
 
V
K
 
K
R
 
R
G
 
G
L
 
V
F
|
F
S
|
S
N
|
N
E
|
E
A
 
A
G
 
G
M
 
L
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
N
 
I
A
 
A
A
 
A
A
 
A
T
 
A
A
 
A
N
 
K
V
 
T
T
 
D
H
 
H
P
 
P
V
 
G
K
 
R
Q
 
Q
G
 
A
L
 
L
I
 
V
Q
 
S
T
 
M
L
 
T
A
 
G
V
 
T
F
 
F
T
 
L
D
|
D
T
 
T
L
 
I
L
 
V
N
 
V
C
 
C
T
 
T
C
 
I
T
 
T
A
 
G
F
 
L
I
 
V
I
 
L
L
 
T
F
 
I
S
 
A
G
 
G
A
 
-
P
 
-
L
 
L
D
 
K
G
 
A
S
 
F
S
 
P
N
 
G
G
 
L
V
 
T
Q
 
D
L
 
L
T
 
T
Q
 
G
Q
 
A
A
 
S
L
 
L
T
 
T
-
 
A
-
 
A
-
 
S
-
 
F
N
 
D
E
 
A
I
 
L
G
 
M
A
 
P
S
 
M
G
 
G
S
 
G
I
 
L
F
 
I
V
 
V
A
 
T
V
 
I
A
 
G
L
 
L
F
 
V
F
 
F
F
 
F
A
 
A
F
 
Y
S
 
S
S
 
T
I
 
V
L
 
L
G
 
G
N
x
W
Y
 
S
Y
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
E
 
E
A
 
K
N
 
C
I
 
F
R
 
E
F
 
Y
I
 
L
T
 
I
A
 
G
K
 
T
K
 
K
W
 
G
V
 
I
L
 
-
H
 
R
T
 
L
Y
 
Y
R
 
R
I
 
I
L
 
A
V
 
F
S
 
V
G
 
L
M
 
V
V
 
A
L
 
F
F
 
W
G
 
G
S
 
A
V
 
T
A
 
A
T
 
S
L
 
L
D
 
P
L
 
L
V
 
V
W
 
W
S
 
N
L
 
I
A
 
A
D
 
D
I
 
T
T
 
L
M
 
N
A
 
G
L
 
A
M
 
M
A
 
A
V
 
I
C
 
P
N
 
N
L
 
L
I
 
I
A
 
G
I
 
L
I
 
L
F
 
L
L
 
L
G
 
S
K
 
G
Y
 
V
A
 
V
I
 
V
R
 
S
L
 
E
L
 
T
S
 
K
D
 
A
Y
 
F
R
 
N
A
 
E
Q
 
I
K
 
R
K
 
K

6csfM Crystal structure of sodium/alanine symporter agcs with d-alanine bound (see paper)
35% identity, 93% coverage: 12:439/462 of query aligns to 1:427/431 of 6csfM

query
sites
6csfM
W
 
W
T
 
G
Y
 
P
I
 
Y
L
 
M
I
 
L
I
 
V
M
 
L
L
 
L
L
 
L
G
 
G
C
 
T
A
 
G
V
 
I
W
 
F
F
 
L
S
 
T
I
 
L
R
 
R
T
 
L
R
 
G
F
 
F
V
 
M
Q
 
Q
F
 
I
R
 
H
M
 
T
L
 
L
R
 
P
E
 
Y
M
 
A
I
 
L
I
 
K
L
 
L
L
 
-
S
 
-
E
 
-
S
 
-
A
 
A
G
 
F
K
 
S
G
 
K
K
 
E
Q
 
T
G
 
S
E
 
E
K
 
G
H
 
D
V
 
I
S
 
S
S
 
H
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
F
 
L
A
 
M
I
 
T
T
 
A
I
 
L
A
 
A
S
 
A
R
x
T
V
x
I
G
|
G
T
 
T
G
|
G
N
|
N
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
T
A
 
A
I
 
Y
A
 
V
I
 
L
G
 
G
G
 
G
P
 
P
G
 
G
A
 
A
V
 
I
F
 
F
W
 
W
M
 
M
W
 
W
V
 
V
I
 
T
A
 
A
L
 
F
L
 
F
G
 
G
A
 
M
S
 
A
S
 
T
A
 
K
F
 
Y
I
 
A
E
 
E
S
 
A
T
 
V
L
 
L
A
 
A
Q
 
I
L
 
K
Y
 
Y
K
 
R
-
 
T
I
 
V
R
 
D
G
 
D
K
 
N
D
 
G
S
 
E
F
 
M
V
 
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
A
 
M
Y
 
Y
Y
 
F
M
 
L
K
 
E
K
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
P
-
 
L
Q
 
G
P
 
K
W
 
I
M
 
L
G
 
G
I
 
V
L
 
A
F
 
F
A
 
A
V
 
F
L
 
F
I
 
G
S
 
A
I
 
F
T
 
A
F
 
A
G
 
F
F
 
G
A
 
I
F
 
G
N
 
N
S
 
M
V
 
V
Q
|
Q
S
 
T
N
 
N
T
 
S
I
 
V
C
 
A
A
 
D
A
 
A
A
 
V
E
 
A
H
 
S
A
 
N
F
 
F
G
 
G
F
 
V
N
 
D
H
 
P
T
 
L
V
 
I
L
 
T
G
 
G
G
 
F
V
 
V
L
 
L
T
 
A
A
 
I
L
 
F
T
 
T
L
 
A
V
 
A
I
 
V
I
 
I
F
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
K
R
 
S
I
 
I
A
 
G
H
 
K
V
 
A
S
 
T
S
 
G
I
 
I
I
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
F
M
 
M
A
 
A
L
 
V
G
 
F
Y
 
Y
V
 
I
G
 
L
L
 
A
A
 
G
L
 
L
V
 
V
I
 
I
V
 
L
L
 
A
L
 
M
N
 
N
I
 
I
T
 
G
H
 
Y
L
 
I
P
 
I
E
 
P
V
 
A
I
 
F
S
 
G
L
 
T
I
 
I
I
 
F
S
 
S
H
 
S
A
 
A
F
 
F
G
 
N
W
 
F
E
 
S
Q
 
A
A
 
G
L
 
F
G
 
G
G
 
A
G
 
L
V
 
I
G
 
G
M
 
T
A
 
A
L
 
I
M
 
M
Q
 
W
G
 
G
I
 
V
K
 
K
R
 
R
G
 
G
L
 
V
F
|
F
S
|
S
N
 
N
E
 
E
A
 
A
G
 
G
M
 
L
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
N
 
I
A
 
A
A
 
A
A
 
A
T
 
A
A
 
A
N
 
K
V
 
T
T
 
D
H
 
H
P
 
P
V
 
G
K
 
R
Q
 
Q
G
 
A
L
 
L
I
 
V
Q
 
S
T
 
M
L
 
T
A
 
G
V
 
T
F
 
F
T
 
L
D
|
D
T
 
T
L
 
I
L
 
V
N
 
V
C
 
C
T
 
T
C
 
I
T
 
T
A
 
G
F
 
L
I
 
V
I
 
L
L
 
T
F
 
I
S
 
A
G
 
G
A
 
-
P
 
-
L
 
L
D
 
K
G
 
A
S
 
F
S
 
P
N
 
G
G
 
L
V
 
T
Q
 
D
L
 
L
T
 
T
Q
 
G
Q
 
A
A
 
S
L
 
L
T
 
T
-
 
A
-
 
A
-
 
S
-
 
F
N
 
D
E
 
A
I
 
L
G
 
M
A
 
P
S
 
M
G
 
G
S
 
G
I
 
L
F
 
I
V
 
V
A
 
T
V
 
I
A
 
G
L
 
L
F
 
V
F
 
F
F
 
F
A
 
A
F
 
Y
S
 
S
S
 
T
I
 
V
L
 
L
G
 
G
N
 
W
Y
 
S
Y
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
E
 
E
A
 
K
N
 
C
I
 
F
R
 
E
F
 
Y
I
 
L
T
 
I
A
 
G
K
 
T
K
 
K
W
 
G
V
 
I
L
 
-
H
 
R
T
 
L
Y
 
Y
R
 
R
I
 
I
L
 
A
V
 
F
S
 
V
G
 
L
M
 
V
V
 
A
L
 
F
F
 
W
G
 
G
S
 
A
V
 
T
A
 
A
T
 
S
L
 
L
D
 
P
L
 
L
V
 
V
W
 
W
S
 
N
L
 
I
A
 
A
D
 
D
I
 
T
T
 
L
M
 
N
A
 
G
L
 
A
M
 
M
A
 
A
V
 
I
C
 
P
N
 
N
L
 
L
I
 
I
A
 
G
I
 
L
I
 
L
F
 
L
L
 
L
G
 
S
K
 
G
Y
 
V
A
 
V
I
 
V
R
 
S
L
 
E
L
 
T
S
 
K
D
 
A
Y
 
F
R
 
N
A
 
E
Q
 
I
K
 
R
K
 
K

6cseM Crystal structure of sodium/alanine symporter agcs with l-alanine bound (see paper)
35% identity, 93% coverage: 12:439/462 of query aligns to 1:427/431 of 6cseM

query
sites
6cseM
W
 
W
T
 
G
Y
 
P
I
 
Y
L
 
M
I
 
L
I
 
V
M
 
L
L
 
L
L
 
L
G
 
G
C
 
T
A
 
G
V
 
I
W
 
F
F
 
L
S
 
T
I
 
L
R
 
R
T
 
L
R
 
G
F
 
F
V
 
M
Q
 
Q
F
 
I
R
 
H
M
 
T
L
 
L
R
 
P
E
 
Y
M
 
A
I
 
L
I
 
K
L
 
L
L
 
-
S
 
-
E
 
-
S
 
-
A
 
A
G
 
F
K
 
S
G
 
K
K
 
E
Q
 
T
G
 
S
E
 
E
K
 
G
H
 
D
V
 
I
S
 
S
S
 
H
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
F
 
L
A
 
M
I
 
T
T
 
A
I
 
L
A
 
A
S
x
A
R
x
T
V
x
I
G
|
G
T
 
T
G
 
G
N
|
N
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
T
A
 
A
I
 
Y
A
 
V
I
 
L
G
 
G
G
 
G
P
 
P
G
 
G
A
 
A
V
 
I
F
 
F
W
 
W
M
 
M
W
 
W
V
 
V
I
 
T
A
 
A
L
 
F
L
 
F
G
 
G
A
 
M
S
 
A
S
 
T
A
 
K
F
 
Y
I
 
A
E
 
E
S
 
A
T
 
V
L
 
L
A
 
A
Q
 
I
L
 
K
Y
 
Y
K
 
R
-
 
T
I
 
V
R
 
D
G
 
D
K
 
N
D
 
G
S
 
E
F
 
M
V
 
A
G
 
G
G
 
G
P
 
P
A
 
M
Y
 
Y
Y
 
F
M
 
L
K
 
E
K
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
P
-
 
L
Q
 
G
P
 
K
W
 
I
M
 
L
G
 
G
I
 
V
L
 
A
F
 
F
A
 
A
V
 
F
L
 
F
I
 
G
S
 
A
I
 
F
T
 
A
F
 
A
G
 
F
F
 
G
A
 
I
F
 
G
N
 
N
S
 
M
V
 
V
Q
|
Q
S
 
T
N
 
N
T
 
S
I
 
V
C
 
A
A
 
D
A
 
A
A
 
V
E
 
A
H
 
S
A
 
N
F
 
F
G
 
G
F
 
V
N
 
D
H
 
P
T
 
L
V
 
I
L
 
T
G
 
G
G
 
F
V
 
V
L
 
L
T
 
A
A
 
I
L
 
F
T
 
T
L
 
A
V
 
A
I
 
V
I
 
I
F
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
K
R
 
S
I
 
I
A
 
G
H
 
K
V
 
A
S
 
T
S
 
G
I
 
I
I
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
F
M
 
M
A
 
A
L
 
V
G
 
F
Y
 
Y
V
 
I
G
 
L
L
 
A
A
 
G
L
 
L
V
 
V
I
 
I
V
 
L
L
 
A
L
 
M
N
 
N
I
 
I
T
 
G
H
 
Y
L
 
I
P
 
I
E
 
P
V
 
A
I
 
F
S
 
G
L
 
T
I
 
I
I
 
F
S
 
S
H
 
S
A
 
A
F
 
F
G
 
N
W
 
F
E
 
S
Q
 
A
A
 
G
L
 
F
G
 
G
G
 
A
G
 
L
V
 
I
G
 
G
M
 
T
A
 
A
L
 
I
M
 
M
Q
 
W
G
 
G
I
 
V
K
 
K
R
 
R
G
 
G
L
 
V
F
|
F
S
|
S
N
 
N
E
|
E
A
 
A
G
 
G
M
 
L
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
N
 
I
A
 
A
A
 
A
A
 
A
T
 
A
A
 
A
N
 
K
V
 
T
T
 
D
H
 
H
P
 
P
V
 
G
K
 
R
Q
 
Q
G
 
A
L
 
L
I
 
V
Q
 
S
T
 
M
L
 
T
A
 
G
V
 
T
F
 
F
T
 
L
D
|
D
T
 
T
L
 
I
L
 
V
N
 
V
C
 
C
T
 
T
C
 
I
T
 
T
A
 
G
F
 
L
I
 
V
I
 
L
L
 
T
F
 
I
S
 
A
G
 
G
A
 
-
P
 
-
L
 
L
D
 
K
G
 
A
S
 
F
S
 
P
N
 
G
G
 
L
V
 
T
Q
 
D
L
 
L
T
 
T
Q
 
G
Q
 
A
A
 
S
L
 
L
T
 
T
-
 
A
-
 
A
-
 
S
-
 
F
N
 
D
E
 
A
I
 
L
G
 
M
A
 
P
S
 
M
G
 
G
S
 
G
I
 
L
F
 
I
V
 
V
A
 
T
V
 
I
A
 
G
L
 
L
F
 
V
F
 
F
F
 
F
A
 
A
F
 
Y
S
 
S
S
 
T
I
 
V
L
 
L
G
 
G
N
 
W
Y
 
S
Y
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
E
 
E
A
 
K
N
 
C
I
 
F
R
 
E
F
 
Y
I
 
L
T
 
I
A
 
G
K
 
T
K
 
K
W
 
G
V
 
I
L
 
-
H
 
R
T
 
L
Y
 
Y
R
 
R
I
 
I
L
 
A
V
 
F
S
 
V
G
 
L
M
 
V
V
 
A
L
 
F
F
 
W
G
 
G
S
 
A
V
 
T
A
 
A
T
 
S
L
 
L
D
 
P
L
 
L
V
 
V
W
 
W
S
 
N
L
 
I
A
 
A
D
 
D
I
 
T
T
 
L
M
 
N
A
 
G
L
 
A
M
 
M
A
 
A
V
 
I
C
 
P
N
 
N
L
 
L
I
 
I
A
 
G
I
 
L
I
 
L
F
 
L
L
 
L
G
 
S
K
 
G
Y
 
V
A
 
V
I
 
V
R
 
S
L
 
E
L
 
T
S
 
K
D
 
A
Y
 
F
R
 
N
A
 
E
Q
 
I
K
 
R
K
 
K

Query Sequence

>354002 FitnessBrowser__Btheta:354002
MNFINEINDILWTYILIIMLLGCAVWFSIRTRFVQFRMLREMIILLSESAGKGKQGEKHV
SSFQAFAITIASRVGTGNLAGVATAIAIGGPGAVFWMWVIALLGASSAFIESTLAQLYKI
RGKDSFVGGPAYYMKKGLKQPWMGILFAVLISITFGFAFNSVQSNTICAAAEHAFGFNHT
VLGGVLTALTLVIIFGGIRRIAHVSSIIVPVMALGYVGLALVIVLLNITHLPEVISLIIS
HAFGWEQALGGGVGMALMQGIKRGLFSNEAGMGSAPNAAATANVTHPVKQGLIQTLAVFT
DTLLNCTCTAFIILFSGAPLDGSSNGVQLTQQALTNEIGASGSIFVAVALFFFAFSSILG
NYYYGEANIRFITAKKWVLHTYRILVSGMVLFGSVATLDLVWSLADITMALMAVCNLIAI
IFLGKYAIRLLSDYRAQKKAGIQSPVFRKETMPDIEKDLECW

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory