SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 3606947 FitnessBrowser__Dino:3606947 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
32% identity, 91% coverage: 21:269/273 of query aligns to 4:253/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
L
 
I
M
 
L
E
 
R
M
 
T
R
 
E
N
 
N
I
 
I
T
 
V
L
 
K
K
 
Y
F
|
F
G
 
G
G
 
E
V
x
F
T
 
K
A
 
A
I
 
L
K
 
D
D
 
G
I
 
V
S
 
S
F
 
I
D
 
S
I
 
V
R
 
N
E
 
K
G
 
G
E
 
D
I
 
V
R
 
T
A
 
L
I
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
M
 
L
L
 
I
N
 
N
V
 
V
I
 
I
S
 
T
G
 
G
F
 
F
Y
 
L
V
 
K
P
 
A
Q
 
D
E
 
E
G
 
G
Q
 
R
V
 
V
M
 
Y
F
 
F
R
 
E
G
 
N
A
 
K
P
 
D
R
 
I
P
 
T
K
 
N
M
 
K
K
 
E
P
 
P
Y
 
A
Q
 
E
V
 
L
A
 
Y
R
 
H
Q
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
V
R
 
R
T
 
T
F
 
F
Q
 
Q
N
 
T
I
 
P
A
 
Q
L
 
P
F
 
L
E
 
K
G
 
E
M
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
L
D
 
E
N
 
N
I
 
L
M
 
L
T
 
I
G
 
G
R
 
E
L
 
I
T
 
C
H
 
P
M
 
G
K
 
E
S
 
S
N
 
P
M
 
L
L
 
-
D
 
-
Q
 
N
A
 
S
I
 
L
W
 
F
W
 
Y
G
 
K
K
 
K
A
 
W
Q
 
I
K
 
P
E
 
K
E
 
E
T
 
E
E
 
E
N
 
M
R
 
V
E
 
E
K
 
K
V
 
A
E
 
F
K
 
K
I
 
I
I
 
L
D
 
E
F
 
F
L
 
L
E
 
K
I
 
L
Q
 
S
N
 
H
I
 
L
R
 
Y
K
 
D
T
 
R
P
 
K
V
 
A
G
 
G
R
 
E
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
L
 
Q
K
 
M
K
 
K
R
 
L
V
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
A
 
T
E
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
M
 
I
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
A
V
 
P
E
 
G
E
 
L
K
 
A
E
 
H
D
 
D
M
 
I
S
 
F
R
 
N
Y
 
H
I
 
V
L
 
L
D
 
E
T
 
L
N
 
K
D
 
A
E
 
K
F
 
-
G
 
G
T
 
I
T
 
T
I
 
F
A
 
L
L
 
I
I
 
I
E
 
E
H
 
H
D
 
R
M
 
L
G
 
D
V
 
I
V
 
V
M
 
L
D
 
N
L
 
Y
S
 
I
D
 
D
R
 
H
V
 
L
V
 
Y
V
 
V
M
 
M
D
 
F
Y
 
N
G
 
G
K
 
Q
K
 
I
I
 
I
G
 
A
D
 
E
G
 
G
T
 
R
P
 
G
D
 
E
E
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
V
 
V
R
 
L
N
 
S
N
 
D
Q
 
P
D
 
K
V
 
V
I
 
V
D
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
32% identity, 91% coverage: 21:269/273 of query aligns to 4:253/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
L
 
I
M
 
L
E
 
R
M
 
T
R
 
E
N
 
N
I
 
I
T
 
V
L
 
K
K
 
Y
F
|
F
G
 
G
G
 
E
V
x
F
T
 
K
A
 
A
I
 
L
K
 
D
D
 
G
I
 
V
S
 
S
F
 
I
D
 
S
I
 
V
R
 
C
E
 
K
G
 
G
E
 
D
I
 
V
R
 
T
A
 
L
I
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
M
 
L
L
 
I
N
 
N
V
 
V
I
 
I
S
 
T
G
 
G
F
 
F
Y
 
L
V
 
K
P
 
A
Q
 
D
E
 
E
G
 
G
Q
 
R
V
 
V
M
 
Y
F
 
F
R
 
E
G
 
N
A
 
K
P
 
D
R
 
I
P
 
T
K
 
N
M
 
K
K
 
E
P
 
P
Y
 
A
Q
 
E
V
 
L
A
 
Y
R
 
H
Q
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
V
R
 
R
T
 
T
F
 
F
Q
 
Q
N
 
T
I
 
P
A
 
Q
L
 
P
F
 
L
E
 
K
G
 
E
M
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
L
D
 
E
N
 
N
I
 
L
M
 
L
T
 
I
G
 
G
R
 
E
L
 
I
T
 
N
H
 
P
M
 
G
K
 
E
S
 
S
N
 
P
M
 
L
L
 
-
D
 
-
Q
 
N
A
 
S
I
 
L
W
 
F
W
 
Y
G
 
K
K
 
K
A
 
W
Q
 
I
K
 
P
E
 
K
E
 
E
T
 
E
E
 
E
N
 
M
R
 
V
E
 
E
K
 
K
V
 
A
E
 
F
K
 
K
I
 
I
I
 
L
D
 
E
F
 
F
L
 
L
E
 
K
I
 
L
Q
 
S
N
 
H
I
 
L
R
 
Y
K
 
D
T
 
R
P
 
K
V
 
A
G
 
G
R
 
E
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
L
 
Q
K
 
M
K
 
K
R
 
L
V
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
A
 
T
E
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
M
 
I
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
A
V
 
P
E
 
G
E
 
L
K
 
A
E
 
H
D
 
D
M
 
I
S
 
F
R
 
N
Y
 
H
I
 
V
L
 
L
D
 
E
T
 
L
N
 
K
D
 
A
E
 
K
F
 
-
G
 
G
T
 
I
T
 
T
I
 
F
A
 
L
L
 
I
I
 
I
E
 
E
H
 
H
D
 
R
M
 
L
G
 
D
V
 
I
V
 
V
M
 
L
D
 
N
L
 
Y
S
 
I
D
 
D
R
 
H
V
 
L
V
 
Y
V
 
V
M
 
M
D
 
F
Y
 
N
G
 
G
K
 
Q
K
 
I
I
 
I
G
 
A
D
 
E
G
 
G
T
 
R
P
 
G
D
 
E
E
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
V
 
V
R
 
L
N
 
S
N
 
D
Q
 
P
D
 
K
V
 
V
I
 
V
D
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
29% identity, 91% coverage: 21:269/273 of query aligns to 2:235/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
L
 
I
M
 
L
E
 
K
M
 
A
R
 
Q
N
 
H
I
 
L
T
 
A
L
 
K
K
 
S
F
 
Y
G
 
K
G
 
K
V
 
R
T
 
K
A
 
V
I
 
V
K
 
S
D
 
D
I
 
V
S
 
S
F
 
L
D
 
Q
I
 
V
R
 
E
E
 
S
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
R
 
V
A
 
G
I
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
S
 
T
M
 
S
L
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
I
S
 
V
G
 
G
F
 
L
Y
 
V
V
 
A
P
 
R
Q
 
D
E
 
E
G
 
G
Q
 
T
V
 
I
M
 
T
F
 
I
R
 
D
G
 
D
A
 
N
P
 
D
R
 
I
P
 
S
K
 
I
M
 
L
K
 
P
P
 
M
Y
 
H
Q
 
S
V
 
R
A
 
S
R
 
R
Q
 
M
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
 
Q
N
 
E
I
 
A
A
 
S
L
 
I
F
 
F
E
 
R
G
 
K
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
E
D
 
D
N
 
N
I
 
I
M
 
M
T
 
-
G
 
-
R
 
-
L
 
-
T
 
-
H
 
-
M
 
-
K
 
-
S
 
-
N
 
-
M
 
-
L
 
-
D
 
-
Q
 
-
A
 
A
I
 
V
W
 
L
W
 
Q
G
 
T
K
 
R
A
 
E
Q
 
E
K
 
L
E
 
T
E
 
H
T
x
E
E
 
E
N
 
R
R
 
Q
E
x
D
K
 
K
V
 
L
E
 
E
K
 
D
I
 
L
I
 
L
D
 
E
F
 
E
L
 
F
E
 
H
I
 
I
Q
 
Q
N
 
H
I
 
I
R
 
R
K
 
K
T
 
S
P
 
A
V
 
G
G
 
M
R
 
A
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
L
 
E
K
 
R
K
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
K
 
Q
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
M
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
V
 
P
E
 
I
E
 
S
K
 
V
E
 
I
D
 
D
M
 
I
S
 
K
R
 
K
Y
 
I
I
 
I
L
 
E
D
 
H
T
 
L
N
 
R
D
 
D
E
 
R
F
 
-
G
 
G
T
 
L
T
 
G
I
 
V
A
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
G
 
R
V
 
E
V
 
T
M
 
L
D
 
D
L
 
V
S
 
C
D
 
E
R
 
K
V
 
A
V
 
Y
V
 
I
M
 
V
D
 
S
Y
 
Q
G
 
G
K
 
R
K
 
L
I
 
I
G
 
A
D
 
E
G
 
G
T
 
T
P
 
P
D
 
Q
E
 
D
V
 
V
R
 
L
N
 
N
N
 
N
Q
 
E
D
 
Q
V
 
V
I
 
K
D
 
Q
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

P19566 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see paper)
30% identity, 86% coverage: 22:257/273 of query aligns to 4:221/369 of P19566

query
sites
P19566
M
 
V
E
 
Q
M
 
L
R
 
R
N
 
N
I
 
V
T
 
T
L
 
K
K
 
A
F
 
W
G
 
G
G
 
D
V
 
V
T
 
V
A
 
V
I
 
S
K
 
K
D
 
D
I
 
I
S
 
N
F
 
L
D
 
D
I
 
I
R
 
H
E
 
D
G
 
G
E
 
E
I
 
F
R
 
V
A
 
V
I
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
S
S
 
T
M
 
L
L
 
L
N
 
R
V
 
M
I
 
I
S
 
A
G
 
G
F
 
L
Y
 
E
V
 
T
P
 
I
Q
 
T
E
 
S
G
 
G
Q
 
D
V
 
-
M
 
L
F
 
F
R
 
I
G
 
G
A
 
E
P
 
T
R
 
R
P
 
-
K
 
-
M
 
M
K
 
N
P
 
D
Y
 
I
Q
 
P
V
 
P
A
 
A
R
 
E
Q
 
R
G
 
G
I
 
V
A
 
G
R
 
M
T
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
S
I
 
Y
A
 
A
L
|
L
F
 
Y
E
 
P
G
 
H
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
A
D
 
E
N
 
N
I
 
M
M
 
S
T
 
F
G
 
G
-
 
L
R
 
K
L
 
L
T
 
A
H
 
G
M
 
A
K
 
K
S
 
K
N
 
E
M
 
V
L
 
M
D
 
N
Q
 
Q
A
 
-
I
 
-
W
 
-
W
 
-
G
 
-
K
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
E
 
-
E
 
-
T
 
-
E
 
-
N
 
-
R
 
-
E
 
-
K
 
R
V
 
V
E
 
N
K
 
Q
I
 
V
I
 
A
D
 
E
F
 
V
L
 
L
E
 
Q
I
 
L
Q
 
A
N
 
H
I
 
L
R
 
L
K
 
E
T
 
R
P
 
K
V
 
P
G
 
K
R
 
A
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
L
 
Q
K
 
R
K
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
A
 
V
A
 
A
E
 
E
P
 
P
K
 
R
L
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
|
P
M
 
L
A
 
S
G
 
N
M
 
L
N
x
D
V
 
A
E
 
A
E
 
L
K
 
R
E
 
V
D
 
Q
M
 
M
S
 
R
R
 
I
Y
 
E
I
 
I
L
 
S
D
 
R
T
 
L
N
 
H
D
 
K
E
 
R
F
 
L
G
 
G
T
 
R
T
 
T
I
 
M
A
 
I
L
 
Y
I
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
D
M
 
Q
G
 
V
V
 
E
V
 
A
M
 
M
D
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
R
 
K
V
 
I
V
 
V
V
 
V
M
 
L
D
 
D
Y
 
A
G
 
G
K
 
R
K
 
V
I
 
A
G
 
Q
D
 
V
G
 
G
T
 
K
P
 
P
D
 
L
E
 
E
V
 
L

Sites not aligning to the query:

6z5uK Cryo-em structure of the a. Baumannii mlabdef complex bound to appnhp (see paper)
31% identity, 87% coverage: 21:258/273 of query aligns to 2:227/253 of 6z5uK

query
sites
6z5uK
L
 
L
M
 
I
E
 
E
M
 
V
R
 
K
N
 
N
I
 
L
T
 
S
L
 
F
K
 
N
F
x
R
G
 
G
G
 
E
V
 
R
T
 
V
A
 
I
I
 
Y
K
 
D
D
 
N
I
 
I
S
 
S
F
 
L
D
 
N
I
 
I
R
 
R
E
 
R
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
R
 
T
A
 
A
I
 
I
I
 
M
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
T
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
M
 
L
L
 
L
N
 
R
V
 
L
I
 
I
S
 
G
G
 
G
F
 
Q
Y
 
L
V
 
V
P
 
P
Q
 
D
E
 
Q
G
 
G
Q
 
E
V
 
V
M
 
L
F
 
L
R
 
D
G
 
G
A
 
K
P
 
D
R
 
I
P
 
A
K
 
Q
M
 
M
K
 
S
P
 
R
Y
 
Q
Q
 
E
V
 
L
-
 
F
-
 
A
A
 
A
R
 
R
Q
 
A
G
 
R
I
 
M
A
 
G
R
 
M
T
 
L
F
 
F
Q
|
Q
N
 
S
I
 
G
A
 
A
L
 
L
F
 
F
E
 
T
G
 
D
M
 
M
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
D
 
E
N
 
N
I
 
V
M
 
A
T
 
F
G
 
P
R
 
I
L
 
R
T
 
A
H
 
H
M
 
T
K
 
K
-
 
L
-
 
S
S
 
E
N
 
N
M
 
L
L
 
I
D
 
A
Q
 
E
A
 
L
I
 
V
W
 
-
W
 
-
G
 
-
K
 
-
A
 
A
Q
 
L
K
 
K
E
 
L
E
 
E
T
 
S
E
 
V
N
 
G
R
 
L
E
 
R
K
 
G
V
 
T
E
 
E
K
 
Q
I
 
L
I
 
M
D
 
P
F
 
-
L
 
-
E
 
-
I
 
-
Q
 
-
N
 
-
I
 
-
R
 
-
K
 
-
T
 
-
P
 
-
V
 
-
G
 
T
R
 
E
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
L
 
M
K
 
N
K
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
A
A
 
L
E
 
D
P
 
P
K
 
D
L
 
L
L
 
I
L
 
M
L
 
Y
D
 
D
E
|
E
P
 
P
M
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
Q
N
 
D
V
 
P
E
 
I
E
 
V
K
 
K
E
 
G
D
 
V
M
 
L
S
 
T
R
 
R
Y
 
L
I
 
I
L
 
R
D
 
S
T
 
L
N
 
R
D
 
E
E
 
A
F
 
L
G
 
D
T
 
L
T
 
T
I
 
T
A
 
I
L
 
I
I
 
V
E
 
S
H
|
H
D
 
D
M
 
V
G
 
P
V
 
E
V
 
T
M
 
L
D
 
S
L
 
I
S
 
A
D
 
D
R
 
Y
V
 
I
V
 
Y
V
 
V
M
 
V
D
 
A
Y
 
E
G
 
G
K
 
K
K
 
I
I
 
Q
G
 
G
D
 
E
G
 
G
T
 
T
P
 
P
D
 
E
E
 
E
V
 
L
R
 
Q

7d0aB Acinetobacter mlafedb complex in adp-vanadate trapped vclose conformation (see paper)
31% identity, 87% coverage: 21:258/273 of query aligns to 4:229/263 of 7d0aB

query
sites
7d0aB
L
 
L
M
 
I
E
 
E
M
 
V
R
 
K
N
 
N
I
 
L
T
 
S
L
 
F
K
 
N
F
 
R
G
 
G
G
 
E
V
 
R
T
 
V
A
 
I
I
 
Y
K
 
D
D
 
N
I
 
I
S
 
S
F
 
L
D
 
N
I
 
I
R
 
R
E
 
R
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
R
 
T
A
 
A
I
 
I
I
 
M
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
 
G
A
x
T
G
|
G
K
|
K
S
 
T
S
 
T
M
 
L
L
 
L
N
 
R
V
 
L
I
 
I
S
 
G
G
 
G
F
 
Q
Y
 
L
V
 
V
P
 
P
Q
 
D
E
 
Q
G
 
G
Q
 
E
V
 
V
M
 
L
F
 
L
R
 
D
G
 
G
A
 
K
P
 
D
R
 
I
P
 
A
K
 
Q
M
 
M
K
 
S
P
 
R
Y
 
Q
Q
 
E
V
 
L
-
 
F
-
 
A
A
 
A
R
 
R
Q
 
A
G
 
R
I
 
M
A
 
G
R
 
M
T
 
L
F
 
F
Q
 
Q
N
 
S
I
 
G
A
 
A
L
 
L
F
 
F
E
 
T
G
 
D
M
 
M
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
D
 
E
N
 
N
I
 
V
M
 
A
T
 
F
G
 
P
R
 
I
L
 
R
T
 
A
H
 
H
M
 
T
K
 
K
-
 
L
-
 
S
S
 
E
N
 
N
M
 
L
L
 
I
D
 
A
Q
 
E
A
 
L
I
 
V
W
 
-
W
 
-
G
 
-
K
 
-
A
 
A
Q
 
L
K
 
K
E
 
L
E
 
E
T
 
S
E
 
V
N
 
G
R
 
L
E
 
R
K
 
G
V
 
T
E
 
E
K
 
Q
I
 
L
I
 
M
D
 
P
F
 
-
L
 
-
E
 
-
I
 
-
Q
 
-
N
 
-
I
 
-
R
 
-
K
 
-
T
 
-
P
 
-
V
 
-
G
 
T
R
x
E
L
 
L
P
x
S
Y
 
G
G
 
G
L
x
M
K
 
N
K
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
A
A
 
L
E
 
D
P
 
P
K
 
D
L
 
L
L
 
I
L
 
M
L
 
Y
D
 
D
E
 
E
P
 
P
M
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
Q
N
 
D
V
 
P
E
 
I
E
 
V
K
 
K
E
 
G
D
 
V
M
 
L
S
 
T
R
 
R
Y
 
L
I
 
I
L
 
R
D
 
S
T
 
L
N
 
R
D
 
E
E
 
A
F
 
L
G
 
D
T
 
L
T
 
T
I
 
T
A
 
I
L
 
I
I
 
V
E
 
S
H
 
H
D
 
D
M
 
V
G
 
P
V
 
E
V
 
T
M
 
L
D
 
S
L
 
I
S
 
A
D
 
D
R
 
Y
V
 
I
V
 
Y
V
 
V
M
 
V
D
 
A
Y
 
E
G
 
G
K
 
K
K
 
I
I
 
Q
G
 
G
D
 
E
G
 
G
T
 
T
P
 
P
D
 
E
E
 
E
V
 
L
R
 
Q

7d08B Acinetobacter mlafedb complex in atp-bound vtrans1 conformation (see paper)
31% identity, 87% coverage: 21:258/273 of query aligns to 4:229/263 of 7d08B

query
sites
7d08B
L
 
L
M
 
I
E
 
E
M
 
V
R
 
K
N
 
N
I
 
L
T
 
S
L
 
F
K
 
N
F
x
R
G
 
G
G
 
E
V
x
R
T
 
V
A
 
I
I
 
Y
K
 
D
D
 
N
I
 
I
S
 
S
F
 
L
D
 
N
I
 
I
R
 
R
E
 
R
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
R
 
T
A
 
A
I
 
I
I
 
M
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
|
G
A
x
T
G
 
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
M
 
L
L
 
L
N
 
R
V
 
L
I
 
I
S
 
G
G
 
G
F
 
Q
Y
 
L
V
 
V
P
 
P
Q
 
D
E
 
Q
G
 
G
Q
 
E
V
 
V
M
 
L
F
 
L
R
 
D
G
 
G
A
 
K
P
 
D
R
 
I
P
 
A
K
 
Q
M
 
M
K
 
S
P
 
R
Y
 
Q
Q
 
E
V
 
L
-
 
F
-
 
A
A
 
A
R
 
R
Q
 
A
G
 
R
I
 
M
A
 
G
R
 
M
T
 
L
F
 
F
Q
 
Q
N
 
S
I
 
G
A
 
A
L
 
L
F
 
F
E
 
T
G
 
D
M
 
M
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
D
 
E
N
 
N
I
 
V
M
 
A
T
 
F
G
 
P
R
 
I
L
 
R
T
 
A
H
 
H
M
 
T
K
 
K
-
 
L
-
 
S
S
 
E
N
 
N
M
 
L
L
 
I
D
 
A
Q
 
E
A
 
L
I
 
V
W
 
-
W
 
-
G
 
-
K
 
-
A
 
A
Q
 
L
K
 
K
E
 
L
E
 
E
T
 
S
E
 
V
N
 
G
R
 
L
E
 
R
K
 
G
V
 
T
E
 
E
K
 
Q
I
 
L
I
 
M
D
 
P
F
 
-
L
 
-
E
 
-
I
 
-
Q
 
-
N
 
-
I
 
-
R
 
-
K
 
-
T
 
-
P
 
-
V
 
-
G
 
T
R
 
E
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
L
 
M
K
 
N
K
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
A
A
 
L
E
 
D
P
 
P
K
 
D
L
 
L
L
 
I
L
 
M
L
 
Y
D
 
D
E
|
E
P
 
P
M
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
Q
N
 
D
V
 
P
E
 
I
E
 
V
K
 
K
E
 
G
D
 
V
M
 
L
S
 
T
R
 
R
Y
 
L
I
 
I
L
 
R
D
 
S
T
 
L
N
 
R
D
 
E
E
 
A
F
 
L
G
 
D
T
 
L
T
 
T
I
 
T
A
 
I
L
 
I
I
 
V
E
 
S
H
 
H
D
 
D
M
 
V
G
 
P
V
 
E
V
 
T
M
 
L
D
 
S
L
 
I
S
 
A
D
 
D
R
 
Y
V
 
I
V
 
Y
V
 
V
M
 
V
D
 
A
Y
 
E
G
 
G
K
 
K
K
 
I
I
 
Q
G
 
G
D
 
E
G
 
G
T
 
T
P
 
P
D
 
E
E
 
E
V
 
L
R
 
Q

4yerA Crystal structure of an abc transporter atp-binding protein (tm_1403) from thermotoga maritima msb8 at 2.35 a resolution
31% identity, 86% coverage: 24:258/273 of query aligns to 7:224/285 of 4yerA

query
sites
4yerA
M
 
V
R
 
E
N
 
N
I
 
L
T
 
V
L
 
K
K
 
K
F
|
F
G
 
G
G
 
D
V
x
F
T
 
E
A
 
A
I
 
V
K
 
K
D
 
G
I
 
V
S
 
S
F
 
F
D
 
S
I
 
V
R
 
K
E
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
I
R
 
F
A
 
A
I
 
F
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
M
 
T
L
 
I
N
 
H
V
 
M
I
 
L
S
 
T
G
 
T
F
 
L
Y
 
L
V
 
K
P
 
P
Q
 
T
E
 
S
G
 
G
Q
 
K
V
 
A
M
 
W
F
 
V
R
 
A
G
 
G
A
 
H
P
 
D
R
 
V
P
 
L
K
 
K
M
 
-
K
 
E
P
 
P
Y
 
R
Q
 
E
V
 
V
A
 
R
R
 
R
Q
 
K
G
 
-
I
 
I
A
 
G
R
 
I
T
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
D
I
 
Q
A
 
S
L
 
L
F
 
D
E
 
R
G
 
E
M
 
L
S
 
T
V
 
A
L
 
Y
D
 
E
N
 
N
I
 
M
-
 
Y
M
 
I
T
 
H
G
 
G
R
 
K
L
 
I
T
 
Y
H
 
G
M
 
Y
K
 
G
S
 
G
N
 
E
M
 
K
L
 
L
D
 
K
Q
 
K
A
 
R
I
 
I
W
 
L
W
 
E
G
 
L
K
 
L
A
 
E
Q
 
F
K
 
V
E
 
E
E
 
L
T
 
L
E
 
E
N
 
F
R
 
K
E
 
D
K
 
K
V
 
-
E
 
-
K
 
-
I
 
-
I
 
-
D
 
-
F
 
-
L
 
-
E
 
-
I
 
-
Q
 
-
N
 
-
I
 
-
R
 
-
K
 
-
T
 
-
P
 
P
V
 
V
G
 
K
R
x
T
L
x
F
P
x
S
Y
 
G
G
 
G
L
 
M
K
 
A
K
 
R
R
 
R
V
 
L
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
S
L
 
L
A
 
I
A
 
H
E
 
E
P
 
P
K
 
E
L
 
V
L
 
L
L
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
M
 
T
A
 
I
G
 
G
M
 
L
N
 
D
V
 
P
E
 
H
E
 
T
K
 
R
E
 
A
D
 
H
M
 
M
S
 
W
R
 
E
Y
 
Y
I
 
I
L
 
S
D
 
K
T
 
M
N
 
K
D
 
K
E
 
E
F
 
H
G
 
N
T
 
M
T
 
T
I
 
I
A
 
F
L
 
L
I
 
T
E
 
T
H
 
H
D
 
Y
M
 
M
G
 
D
V
 
E
V
 
A
M
 
E
D
 
Q
L
 
L
S
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
V
V
 
A
V
 
I
M
 
I
D
 
D
Y
 
H
G
 
G
K
 
K
K
 
I
I
 
I
G
 
A
D
 
L
G
 
G
T
 
T
P
 
P
D
 
T
E
 
E
V
 
L
R
 
K

2awnB Crystal structure of the adp-mg-bound e. Coli malk (crystallized with atp-mg) (see paper)
30% identity, 86% coverage: 22:257/273 of query aligns to 3:220/374 of 2awnB

query
sites
2awnB
M
 
V
E
 
Q
M
 
L
R
 
Q
N
 
N
I
 
V
T
 
T
L
 
K
K
 
A
F
x
W
G
 
G
G
 
E
V
 
V
T
 
V
A
x
V
I
 
S
K
 
K
D
 
D
I
 
I
S
 
N
F
 
L
D
 
D
I
 
I
R
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
F
R
 
V
A
 
V
I
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
M
 
L
L
 
L
N
 
R
V
 
M
I
 
I
S
 
A
G
 
G
F
 
L
Y
 
E
V
 
T
P
 
I
Q
 
T
E
 
S
G
 
G
Q
 
D
V
 
-
M
 
L
F
 
F
R
 
I
G
 
G
A
 
E
P
 
K
R
 
R
P
 
-
K
 
-
M
 
M
K
 
N
P
 
D
Y
 
T
Q
 
P
V
 
P
A
 
A
R
 
E
Q
 
R
G
 
G
I
 
V
A
 
G
R
 
M
T
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
S
I
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
E
 
P
G
 
H
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
A
D
 
E
N
 
N
I
 
M
M
 
S
T
 
F
G
 
G
-
 
L
R
 
K
L
 
L
T
 
A
H
 
G
M
 
A
K
 
K
S
 
K
N
 
E
M
 
V
L
 
I
D
 
N
Q
 
Q
A
 
-
I
 
-
W
 
-
W
 
-
G
 
-
K
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
E
 
-
E
 
-
T
 
-
E
 
-
N
 
-
R
 
-
E
 
-
K
 
R
V
 
V
E
 
N
K
 
Q
I
 
V
I
 
A
D
 
E
F
 
V
L
 
L
E
 
Q
I
 
L
Q
 
A
N
 
H
I
 
L
R
 
L
K
 
D
T
 
R
P
 
K
V
 
P
G
 
K
R
 
A
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
L
 
Q
K
 
R
K
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
A
 
V
A
 
A
E
 
E
P
 
P
K
 
S
L
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
M
 
L
A
 
S
G
 
N
M
 
L
N
 
D
V
 
A
E
 
A
E
 
L
K
 
R
E
 
V
D
 
Q
M
 
M
S
 
R
R
 
I
Y
 
E
I
 
I
L
 
S
D
 
R
T
 
L
N
 
H
D
 
K
E
 
R
F
 
L
G
 
G
T
 
R
T
 
T
I
 
M
A
 
I
L
 
Y
I
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
D
M
 
Q
G
 
V
V
 
E
V
 
A
M
 
M
D
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
R
 
K
V
 
I
V
 
V
V
 
V
M
 
L
D
 
D
Y
 
A
G
 
G
K
 
R
K
 
V
I
 
A
G
 
Q
D
 
V
G
 
G
T
 
K
P
 
P
D
 
L
E
 
E
V
 
L

P68187 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Escherichia coli (strain K12) (see 5 papers)
30% identity, 86% coverage: 22:257/273 of query aligns to 4:221/371 of P68187

query
sites
P68187
M
 
V
E
 
Q
M
 
L
R
 
Q
N
 
N
I
 
V
T
 
T
L
 
K
K
 
A
F
 
W
G
 
G
G
 
E
V
 
V
T
 
V
A
 
V
I
 
S
K
 
K
D
 
D
I
 
I
S
 
N
F
 
L
D
 
D
I
 
I
R
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
F
R
 
V
A
 
V
I
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
S
S
 
T
M
 
L
L
 
L
N
 
R
V
 
M
I
 
I
S
 
A
G
 
G
F
 
L
Y
 
E
V
 
T
P
 
I
Q
 
T
E
 
S
G
 
G
Q
 
D
V
 
-
M
 
L
F
 
F
R
 
I
G
 
G
A
 
E
P
 
K
R
 
R
P
 
-
K
 
-
M
 
M
K
 
N
P
 
D
Y
 
T
Q
 
P
V
 
P
A
 
A
R
 
E
Q
 
R
G
 
G
I
 
V
A
 
G
R
 
M
T
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
S
I
 
Y
A
|
A
L
 
L
F
 
Y
E
 
P
G
 
H
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
A
D
 
E
N
 
N
I
 
M
M
 
S
T
 
F
G
 
G
-
 
L
R
 
K
L
 
L
T
 
A
H
 
G
M
 
A
K
|
K
S
 
K
N
 
E
M
 
V
L
 
I
D
 
N
Q
 
Q
A
 
-
I
 
-
W
 
-
W
 
-
G
 
-
K
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
E
 
-
E
 
-
T
 
-
E
 
-
N
 
-
R
 
-
E
 
-
K
 
R
V
|
V
E
 
N
K
 
Q
I
x
V
I
 
A
D
x
E
F
 
V
L
 
L
E
 
Q
I
 
L
Q
x
A
N
 
H
I
 
L
R
 
L
K
 
D
T
 
R
P
 
K
V
 
P
G
 
K
R
 
A
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
|
G
L
 
Q
K
 
R
K
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
A
 
V
A
 
A
E
 
E
P
 
P
K
 
S
L
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
P
M
 
L
A
 
S
G
 
N
M
 
L
N
 
D
V
 
A
E
 
A
E
 
L
K
 
R
E
 
V
D
 
Q
M
 
M
S
 
R
R
 
I
Y
 
E
I
 
I
L
 
S
D
 
R
T
 
L
N
 
H
D
 
K
E
 
R
F
 
L
G
 
G
T
 
R
T
 
T
I
 
M
A
 
I
L
 
Y
I
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
D
M
 
Q
G
 
V
V
 
E
V
 
A
M
 
M
D
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
R
 
K
V
 
I
V
 
V
V
 
V
M
 
L
D
 
D
Y
 
A
G
 
G
K
 
R
K
 
V
I
 
A
G
 
Q
D
 
V
G
 
G
T
 
K
P
 
P
D
 
L
E
 
E
V
 
L

Sites not aligning to the query:

2d62A Crystal structure of multiple sugar binding transport atp- binding protein
30% identity, 88% coverage: 17:257/273 of query aligns to 2:230/375 of 2d62A

query
sites
2d62A
I
 
I
G
 
G
G
 
M
V
 
A
L
 
E
M
 
V
E
 
K
M
 
L
R
 
I
N
 
N
I
 
I
T
 
W
L
 
K
K
 
R
F
 
F
G
 
G
G
 
D
V
 
V
T
 
T
A
 
A
I
 
V
K
 
K
D
 
D
I
 
L
S
 
S
F
 
L
D
 
E
I
 
I
R
 
K
E
 
D
G
 
G
E
 
E
I
 
F
R
 
L
A
 
V
I
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
M
 
T
L
 
L
N
 
R
V
 
M
I
 
I
S
 
A
G
 
G
F
 
L
Y
 
E
V
 
E
P
 
P
Q
 
T
E
 
R
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
M
 
Y
F
 
I
R
 
E
G
 
D
-
 
N
-
 
L
A
 
V
P
 
A
R
 
D
P
 
P
K
 
E
M
 
K
K
 
G
P
 
V
Y
 
F
Q
 
V
V
 
P
A
 
P
R
 
K
Q
 
E
-
 
R
G
 
D
I
 
V
A
 
A
R
 
M
T
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
S
I
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
E
 
P
G
 
H
M
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
Y
D
 
D
N
 
N
I
 
I
M
 
A
T
 
F
G
 
-
R
 
-
L
 
-
T
 
-
H
 
-
M
 
-
K
 
-
S
 
-
N
 
-
M
 
-
L
 
-
D
 
-
Q
 
-
A
 
P
I
 
L
W
 
K
W
 
L
G
 
R
K
 
K
A
 
V
Q
 
P
K
 
K
E
 
Q
E
 
E
T
 
I
E
 
D
N
 
K
R
 
R
E
 
-
K
 
-
V
 
V
E
 
R
K
 
E
I
 
V
I
 
A
D
 
E
F
 
M
L
 
L
E
 
G
I
 
L
Q
 
T
N
 
E
I
 
L
R
 
L
K
 
N
T
 
R
P
 
K
V
 
P
G
 
R
R
 
E
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
L
 
Q
K
 
R
K
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
L
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
I
A
 
R
E
 
R
P
 
P
K
 
K
L
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
M
 
L
A
 
S
G
 
N
M
 
L
N
 
D
V
 
A
E
 
K
E
 
L
K
 
R
E
 
V
D
 
K
M
 
M
S
 
R
R
 
A
Y
 
E
I
 
L
L
 
K
D
 
K
T
 
L
N
 
Q
D
 
R
E
 
Q
F
 
L
G
 
G
T
 
V
T
 
T
I
 
T
A
 
I
L
 
Y
I
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
D
M
 
Q
G
 
V
V
 
E
V
 
A
M
 
M
D
 
T
L
 
M
S
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
I
V
 
A
V
 
V
M
 
M
D
 
N
Y
 
K
G
 
G
K
 
E
K
 
L
I
 
Q
G
 
Q
D
 
V
G
 
G
T
 
T
P
 
P
D
 
D
E
 
E
V
 
V

3puyA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to amp-pnp after crystal soaking of the pretranslocation state (see paper)
30% identity, 86% coverage: 22:257/273 of query aligns to 3:220/371 of 3puyA

query
sites
3puyA
M
 
V
E
 
Q
M
 
L
R
 
Q
N
 
N
I
 
V
T
 
T
L
 
K
K
 
A
F
x
W
G
 
G
G
 
E
V
 
V
T
 
V
A
 
V
I
 
S
K
 
K
D
 
D
I
 
I
S
 
N
F
 
L
D
 
D
I
 
I
R
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
F
R
 
V
A
 
V
I
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
M
 
L
L
 
L
N
 
R
V
 
M
I
 
I
S
 
A
G
 
G
F
 
L
Y
 
E
V
 
T
P
 
I
Q
 
T
E
 
S
G
 
G
Q
 
D
V
 
-
M
 
L
F
 
F
R
 
I
G
 
G
A
 
E
P
 
K
R
 
R
P
 
-
K
 
-
M
 
M
K
 
N
P
 
D
Y
 
T
Q
 
P
V
 
P
A
 
A
R
 
E
Q
 
R
G
 
G
I
 
V
A
 
G
R
 
M
T
 
V
F
 
F
Q
|
Q
N
 
S
I
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
E
 
P
G
 
H
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
A
D
 
E
N
 
N
I
 
M
M
 
S
T
 
F
G
 
G
-
 
L
R
 
K
L
 
L
T
 
A
H
 
G
M
 
A
K
 
K
S
 
K
N
 
E
M
 
V
L
 
I
D
 
N
Q
 
Q
A
 
-
I
 
-
W
 
-
W
 
-
G
 
-
K
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
E
 
-
E
 
-
T
 
-
E
 
-
N
 
-
R
 
-
E
 
-
K
 
R
V
 
V
E
 
N
K
 
Q
I
 
V
I
 
A
D
 
E
F
 
V
L
 
L
E
 
Q
I
 
L
Q
 
A
N
 
H
I
 
L
R
 
L
K
 
D
T
x
R
P
 
K
V
 
P
G
 
K
R
x
A
L
 
L
P
x
S
Y
 
G
G
|
G
L
x
Q
K
 
R
K
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
A
 
V
A
 
A
E
 
E
P
 
P
K
 
S
L
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
M
 
L
A
 
S
G
 
N
M
 
L
N
 
D
V
 
A
E
 
A
E
 
L
K
 
R
E
 
V
D
 
Q
M
 
M
S
 
R
R
 
I
Y
 
E
I
 
I
L
 
S
D
 
R
T
 
L
N
 
H
D
 
K
E
 
R
F
 
L
G
 
G
T
 
R
T
 
T
I
 
M
A
 
I
L
 
Y
I
 
V
E
 
T
H
|
H
D
 
D
M
 
Q
G
 
V
V
 
E
V
 
A
M
 
M
D
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
R
 
K
V
 
I
V
 
V
V
 
V
M
 
L
D
 
D
Y
 
A
G
 
G
K
 
R
K
 
V
I
 
A
G
 
Q
D
 
V
G
 
G
T
 
K
P
 
P
D
 
L
E
 
E
V
 
L

3puxA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-bef3 (see paper)
30% identity, 86% coverage: 22:257/273 of query aligns to 3:220/371 of 3puxA

query
sites
3puxA
M
 
V
E
 
Q
M
 
L
R
 
Q
N
 
N
I
 
V
T
 
T
L
 
K
K
 
A
F
x
W
G
 
G
G
 
E
V
 
V
T
 
V
A
 
V
I
 
S
K
 
K
D
 
D
I
 
I
S
 
N
F
 
L
D
 
D
I
 
I
R
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
F
R
 
V
A
 
V
I
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
M
 
L
L
 
L
N
 
R
V
 
M
I
 
I
S
 
A
G
 
G
F
 
L
Y
 
E
V
 
T
P
 
I
Q
 
T
E
 
S
G
 
G
Q
 
D
V
 
-
M
 
L
F
 
F
R
 
I
G
 
G
A
 
E
P
 
K
R
 
R
P
 
-
K
 
-
M
 
M
K
 
N
P
 
D
Y
 
T
Q
 
P
V
 
P
A
 
A
R
 
E
Q
 
R
G
 
G
I
 
V
A
 
G
R
 
M
T
 
V
F
 
F
Q
|
Q
N
 
S
I
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
E
 
P
G
 
H
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
A
D
 
E
N
 
N
I
 
M
M
 
S
T
 
F
G
 
G
-
 
L
R
 
K
L
 
L
T
 
A
H
 
G
M
 
A
K
 
K
S
 
K
N
 
E
M
 
V
L
 
I
D
 
N
Q
 
Q
A
 
-
I
 
-
W
 
-
W
 
-
G
 
-
K
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
E
 
-
E
 
-
T
 
-
E
 
-
N
 
-
R
 
-
E
 
-
K
 
R
V
 
V
E
 
N
K
 
Q
I
 
V
I
 
A
D
 
E
F
 
V
L
 
L
E
 
Q
I
 
L
Q
 
A
N
 
H
I
 
L
R
 
L
K
 
D
T
x
R
P
 
K
V
 
P
G
 
K
R
 
A
L
 
L
P
x
S
Y
 
G
G
|
G
L
x
Q
K
 
R
K
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
A
 
V
A
 
A
E
 
E
P
 
P
K
 
S
L
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
M
 
L
A
 
S
G
 
N
M
 
L
N
 
D
V
 
A
E
 
A
E
 
L
K
 
R
E
 
V
D
 
Q
M
 
M
S
 
R
R
 
I
Y
 
E
I
 
I
L
 
S
D
 
R
T
 
L
N
 
H
D
 
K
E
 
R
F
 
L
G
 
G
T
 
R
T
 
T
I
 
M
A
 
I
L
 
Y
I
 
V
E
 
T
H
|
H
D
 
D
M
 
Q
G
 
V
V
 
E
V
 
A
M
 
M
D
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
R
 
K
V
 
I
V
 
V
V
 
V
M
 
L
D
 
D
Y
 
A
G
 
G
K
 
R
K
 
V
I
 
A
G
 
Q
D
 
V
G
 
G
T
 
K
P
 
P
D
 
L
E
 
E
V
 
L

3puwA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-alf4 (see paper)
30% identity, 86% coverage: 22:257/273 of query aligns to 3:220/371 of 3puwA

query
sites
3puwA
M
 
V
E
 
Q
M
 
L
R
 
Q
N
 
N
I
 
V
T
 
T
L
 
K
K
 
A
F
x
W
G
 
G
G
 
E
V
 
V
T
 
V
A
x
V
I
 
S
K
 
K
D
 
D
I
 
I
S
 
N
F
 
L
D
 
D
I
 
I
R
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
F
R
 
V
A
 
V
I
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
M
 
L
L
 
L
N
 
R
V
 
M
I
 
I
S
 
A
G
 
G
F
 
L
Y
 
E
V
 
T
P
 
I
Q
 
T
E
 
S
G
 
G
Q
 
D
V
 
-
M
 
L
F
 
F
R
 
I
G
 
G
A
 
E
P
 
K
R
 
R
P
 
-
K
 
-
M
 
M
K
 
N
P
 
D
Y
 
T
Q
 
P
V
 
P
A
 
A
R
 
E
Q
 
R
G
 
G
I
 
V
A
 
G
R
 
M
T
 
V
F
 
F
Q
|
Q
N
 
S
I
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
E
 
P
G
 
H
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
A
D
 
E
N
 
N
I
 
M
M
 
S
T
 
F
G
 
G
-
 
L
R
 
K
L
 
L
T
 
A
H
 
G
M
 
A
K
 
K
S
 
K
N
 
E
M
 
V
L
 
I
D
 
N
Q
 
Q
A
 
-
I
 
-
W
 
-
W
 
-
G
 
-
K
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
E
 
-
E
 
-
T
 
-
E
 
-
N
 
-
R
 
-
E
 
-
K
 
R
V
 
V
E
 
N
K
 
Q
I
 
V
I
 
A
D
 
E
F
 
V
L
 
L
E
 
Q
I
 
L
Q
 
A
N
 
H
I
 
L
R
 
L
K
 
D
T
x
R
P
 
K
V
 
P
G
 
K
R
x
A
L
 
L
P
x
S
Y
x
G
G
|
G
L
x
Q
K
 
R
K
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
A
 
V
A
 
A
E
 
E
P
 
P
K
 
S
L
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
M
 
L
A
 
S
G
 
N
M
 
L
N
 
D
V
 
A
E
 
A
E
 
L
K
 
R
E
 
V
D
 
Q
M
 
M
S
 
R
R
 
I
Y
 
E
I
 
I
L
 
S
D
 
R
T
 
L
N
 
H
D
 
K
E
 
R
F
 
L
G
 
G
T
 
R
T
 
T
I
 
M
A
 
I
L
 
Y
I
 
V
E
 
T
H
|
H
D
 
D
M
 
Q
G
 
V
V
 
E
V
 
A
M
 
M
D
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
R
 
K
V
 
I
V
 
V
V
 
V
M
 
L
D
 
D
Y
 
A
G
 
G
K
 
R
K
 
V
I
 
A
G
 
Q
D
 
V
G
 
G
T
 
K
P
 
P
D
 
L
E
 
E
V
 
L

3puvA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-vo4 (see paper)
30% identity, 86% coverage: 22:257/273 of query aligns to 3:220/371 of 3puvA

query
sites
3puvA
M
 
V
E
 
Q
M
 
L
R
 
Q
N
 
N
I
 
V
T
 
T
L
 
K
K
 
A
F
x
W
G
 
G
G
 
E
V
 
V
T
 
V
A
x
V
I
 
S
K
 
K
D
 
D
I
 
I
S
 
N
F
 
L
D
 
D
I
 
I
R
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
F
R
 
V
A
 
V
I
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
M
 
L
L
 
L
N
 
R
V
 
M
I
 
I
S
 
A
G
 
G
F
 
L
Y
 
E
V
 
T
P
 
I
Q
 
T
E
 
S
G
 
G
Q
 
D
V
 
-
M
 
L
F
 
F
R
 
I
G
 
G
A
 
E
P
 
K
R
 
R
P
 
-
K
 
-
M
 
M
K
 
N
P
 
D
Y
 
T
Q
 
P
V
 
P
A
 
A
R
 
E
Q
 
R
G
 
G
I
 
V
A
 
G
R
 
M
T
 
V
F
 
F
Q
|
Q
N
 
S
I
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
E
 
P
G
 
H
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
A
D
 
E
N
 
N
I
 
M
M
 
S
T
 
F
G
 
G
-
 
L
R
 
K
L
 
L
T
 
A
H
 
G
M
 
A
K
 
K
S
 
K
N
 
E
M
 
V
L
 
I
D
 
N
Q
 
Q
A
 
-
I
 
-
W
 
-
W
 
-
G
 
-
K
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
E
 
-
E
 
-
T
 
-
E
 
-
N
 
-
R
 
-
E
 
-
K
 
R
V
 
V
E
 
N
K
 
Q
I
 
V
I
 
A
D
 
E
F
 
V
L
 
L
E
 
Q
I
 
L
Q
 
A
N
 
H
I
 
L
R
 
L
K
 
D
T
x
R
P
 
K
V
 
P
G
 
K
R
x
A
L
 
L
P
x
S
Y
 
G
G
 
G
L
x
Q
K
 
R
K
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
A
 
V
A
 
A
E
 
E
P
 
P
K
 
S
L
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
M
 
L
A
 
S
G
 
N
M
 
L
N
 
D
V
 
A
E
 
A
E
 
L
K
 
R
E
 
V
D
 
Q
M
 
M
S
 
R
R
 
I
Y
 
E
I
 
I
L
 
S
D
 
R
T
 
L
N
 
H
D
 
K
E
 
R
F
 
L
G
 
G
T
 
R
T
 
T
I
 
M
A
 
I
L
 
Y
I
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
D
M
 
Q
G
 
V
V
 
E
V
 
A
M
 
M
D
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
R
 
K
V
 
I
V
 
V
V
 
V
M
 
L
D
 
D
Y
 
A
G
 
G
K
 
R
K
 
V
I
 
A
G
 
Q
D
 
V
G
 
G
T
 
K
P
 
P
D
 
L
E
 
E
V
 
L

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
33% identity, 87% coverage: 21:257/273 of query aligns to 2:223/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
L
 
I
M
 
I
E
 
R
M
 
I
R
 
R
N
 
N
I
 
L
T
 
H
L
 
K
K
 
W
F
|
F
G
 
G
G
 
P
V
 
L
T
 
H
A
x
V
I
 
L
K
 
K
D
 
G
I
 
I
S
 
H
F
 
L
D
 
E
I
 
V
R
 
A
E
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
K
R
 
L
A
 
V
I
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
M
 
L
L
 
I
N
 
R
V
 
T
I
 
I
S
 
N
G
 
R
F
 
L
Y
 
E
V
 
D
P
 
F
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
Q
 
E
V
 
V
M
 
V
F
 
V
R
 
D
G
 
G
A
 
L
P
 
S
R
 
V
P
 
K
K
 
D
M
 
D
K
 
R
P
 
A
Y
 
L
Q
 
R
V
 
E
A
 
I
R
 
R
Q
 
R
G
 
E
I
 
V
A
 
G
R
 
M
T
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
Q
I
 
F
A
 
N
L
 
L
F
 
F
E
 
P
G
 
H
M
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
L
D
 
E
N
 
N
I
 
V
M
 
T
T
 
-
G
 
-
R
 
-
L
 
L
T
 
A
H
 
P
M
 
M
K
 
R
S
 
V
N
 
R
M
 
R
L
 
W
D
 
P
Q
 
R
A
 
E
I
 
-
W
 
-
W
 
-
G
 
-
K
 
K
A
 
A
Q
 
E
K
 
K
E
 
K
E
 
A
T
 
L
E
 
E
N
 
L
R
 
L
E
 
E
K
 
R
V
 
V
E
 
-
K
 
G
I
 
I
I
 
L
D
 
D
F
 
-
L
 
-
E
 
-
I
 
-
Q
 
-
N
 
Q
I
 
A
R
 
R
K
 
K
T
 
Y
P
 
P
V
 
-
G
 
A
R
 
Q
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
L
 
Q
K
 
Q
K
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
M
E
 
E
P
 
P
K
 
K
L
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
M
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
N
 
D
V
 
P
E
 
E
E
 
-
K
 
-
E
 
-
D
 
-
M
 
M
S
 
V
R
 
G
Y
 
E
I
 
V
L
 
L
D
 
D
T
 
V
N
 
M
D
 
R
E
 
D
F
 
L
-
 
A
-
 
Q
-
 
G
G
 
G
T
 
M
T
 
T
I
 
M
A
 
V
L
 
V
I
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
E
M
 
M
G
 
G
V
 
F
V
 
A
M
 
R
D
 
E
L
 
V
S
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
V
V
 
V
V
 
F
M
 
M
D
 
D
Y
 
G
G
 
G
K
 
Q
K
 
I
I
 
V
G
 
E
D
 
E
G
 
G
T
 
R
P
 
P
D
 
E
E
 
E
V
 
I

1q12A Crystal structure of the atp-bound e. Coli malk (see paper)
30% identity, 86% coverage: 22:257/273 of query aligns to 1:218/367 of 1q12A

query
sites
1q12A
M
 
V
E
 
Q
M
 
L
R
 
Q
N
 
N
I
 
V
T
 
T
L
 
K
K
 
A
F
x
W
G
 
G
G
 
E
V
 
V
T
 
V
A
 
V
I
 
S
K
 
K
D
 
D
I
 
I
S
 
N
F
 
L
D
 
D
I
 
I
R
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
F
R
 
V
A
 
V
I
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
M
 
L
L
 
L
N
 
R
V
 
M
I
 
I
S
 
A
G
 
G
F
 
L
Y
 
E
V
 
T
P
 
I
Q
 
T
E
 
S
G
 
G
Q
 
D
V
 
-
M
 
L
F
 
F
R
 
I
G
 
G
A
 
E
P
 
K
R
 
R
P
 
-
K
 
-
M
 
M
K
 
N
P
 
D
Y
 
T
Q
 
P
V
 
P
A
 
A
R
 
E
Q
 
R
G
 
G
I
 
V
A
 
G
R
 
M
T
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
S
I
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
E
 
P
G
 
H
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
A
D
 
E
N
 
N
I
 
M
M
 
S
T
 
F
G
 
G
-
 
L
R
 
K
L
 
L
T
 
A
H
 
G
M
 
A
K
 
K
S
 
K
N
 
E
M
 
V
L
 
I
D
 
N
Q
 
Q
A
 
-
I
 
-
W
 
-
W
 
-
G
 
-
K
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
E
 
-
E
 
-
T
 
-
E
 
-
N
 
-
R
 
-
E
 
-
K
 
R
V
 
V
E
 
N
K
 
Q
I
 
V
I
 
A
D
 
E
F
 
V
L
 
L
E
 
Q
I
 
L
Q
 
A
N
 
H
I
 
L
R
 
L
K
 
D
T
x
R
P
 
K
V
 
P
G
 
K
R
x
A
L
 
L
P
x
S
Y
 
G
G
|
G
L
x
Q
K
 
R
K
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
A
 
V
A
 
A
E
 
E
P
 
P
K
 
S
L
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
M
 
L
A
 
S
G
 
N
M
 
L
N
 
D
V
 
A
E
 
A
E
 
L
K
 
R
E
 
V
D
 
Q
M
 
M
S
 
R
R
 
I
Y
 
E
I
 
I
L
 
S
D
 
R
T
 
L
N
 
H
D
 
K
E
 
R
F
 
L
G
 
G
T
 
R
T
 
T
I
 
M
A
 
I
L
 
Y
I
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
D
M
 
Q
G
 
V
V
 
E
V
 
A
M
 
M
D
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
R
 
K
V
 
I
V
 
V
V
 
V
M
 
L
D
 
D
Y
 
A
G
 
G
K
 
R
K
 
V
I
 
A
G
 
Q
D
 
V
G
 
G
T
 
K
P
 
P
D
 
L
E
 
E
V
 
L

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
28% identity, 91% coverage: 22:269/273 of query aligns to 3:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
M
 
L
E
 
T
M
 
A
R
 
K
N
 
N
I
 
L
T
 
A
L
 
K
K
 
A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
V
 
R
T
 
R
A
 
V
I
 
V
K
 
E
D
 
D
I
 
V
S
 
S
F
 
L
D
 
T
I
 
V
R
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
R
 
V
A
 
G
I
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
M
 
T
L
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
F
 
I
Y
 
-
V
 
V
P
 
P
Q
 
R
E
 
D
G
 
A
Q
 
G
V
 
N
M
 
I
F
 
I
R
 
I
G
 
D
A
 
D
P
 
D
R
 
D
P
 
I
K
 
S
M
 
L
K
 
L
P
 
P
Y
 
L
Q
 
H
V
 
A
-
 
R
A
 
A
R
 
R
Q
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
|
Q
N
 
E
I
 
A
A
 
S
L
 
I
F
 
F
E
 
R
G
 
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
D
 
D
N
 
N
I
 
L
M
 
M
T
 
-
G
 
-
R
 
-
L
 
-
T
 
-
H
 
-
M
 
-
K
 
-
S
 
-
N
 
-
M
 
-
L
 
-
D
 
-
Q
 
-
A
 
A
I
 
V
W
 
L
W
 
Q
G
 
I
K
 
R
A
 
D
Q
 
D
K
 
L
E
 
S
E
 
A
T
 
E
E
 
Q
N
 
R
R
 
E
E
 
D
K
 
R
V
 
A
E
 
N
K
 
E
I
 
L
I
 
M
D
 
E
F
 
E
L
 
F
E
 
H
I
 
I
Q
 
E
N
 
H
I
 
L
R
 
R
K
 
D
T
 
S
P
 
M
V
 
G
G
 
Q
R
x
S
L
 
L
P
x
S
Y
x
G
G
|
G
L
 
E
K
 
R
K
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
M
 
F
A
 
A
G
|
G
M
 
V
N
 
D
V
 
P
E
 
I
E
 
S
K
 
V
E
 
I
D
 
D
M
 
I
S
 
K
R
 
R
Y
 
I
I
 
I
L
 
E
D
 
H
T
 
L
N
 
R
D
 
D
E
 
S
F
 
-
G
 
G
T
 
L
T
 
G
I
 
V
A
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
|
H
D
 
N
M
 
V
G
 
R
V
 
E
V
 
T
M
 
L
D
 
A
L
 
V
S
 
C
D
 
E
R
 
R
V
 
A
V
 
Y
V
 
I
M
 
V
D
 
S
Y
 
Q
G
 
G
K
 
H
K
 
L
I
 
I
G
 
A
D
 
H
G
 
G
T
 
T
P
 
P
D
 
T
E
 
E
V
 
I
R
 
L
N
 
Q
N
 
D
Q
 
E
D
 
H
V
 
V
I
 
K
D
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
28% identity, 91% coverage: 22:269/273 of query aligns to 3:235/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
M
 
L
E
 
T
M
 
A
R
 
K
N
 
N
I
 
L
T
 
A
L
 
K
K
 
A
F
 
Y
G
 
K
G
 
G
V
 
R
T
 
R
A
 
V
I
 
V
K
 
E
D
 
D
I
 
V
S
 
S
F
 
L
D
 
T
I
 
V
R
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
R
 
V
A
 
G
I
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
S
 
T
M
 
T
L
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
F
 
I
Y
 
-
V
 
V
P
 
P
Q
 
R
E
 
D
G
 
A
Q
 
G
V
 
N
M
 
I
F
 
I
R
 
I
G
 
D
A
 
D
P
 
D
R
 
D
P
 
I
K
 
S
M
 
L
K
 
L
P
 
P
Y
 
L
Q
 
H
V
 
A
-
 
R
A
 
A
R
 
R
Q
 
R
G
 
G