SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 3606953 Dshi_0381 ABC transporter related (RefSeq) to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
48% identity, 90% coverage: 7:253/274 of query aligns to 2:240/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
T
 
V
E
 
S
E
 
D
T
 
I
L
 
V
L
 
L
E
 
E
V
 
V
N
 
Q
N
 
S
I
 
L
E
 
H
V
 
V
I
 
Y
Y
|
Y
N
 
G
H
 
-
V
 
A
I
|
I
L
 
H
V
x
A
L
 
I
K
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
D
L
 
L
T
 
K
V
 
V
P
 
P
K
 
R
G
 
G
G
 
Q
I
 
I
T
 
V
A
 
T
L
 
L
L
 
I
G
 
G
G
 
A
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
L
K
 
S
S
 
A
I
 
I
S
 
A
N
 
G
L
 
L
L
 
V
H
 
R
S
 
A
E
 
Q
R
 
-
G
 
-
E
 
-
V
 
-
T
 
-
K
 
K
G
 
G
T
 
K
I
 
I
S
 
I
Y
 
F
R
 
N
G
 
G
D
 
Q
R
 
D
V
 
I
Q
 
T
D
 
N
L
 
-
S
 
K
P
 
P
S
 
A
D
 
H
M
 
V
V
 
I
K
 
N
R
 
R
-
 
M
G
 
G
V
 
I
I
 
A
Q
 
L
V
 
V
M
 
P
E
|
E
G
 
G
R
 
R
H
 
R
C
 
I
F
 
F
E
 
P
H
 
E
L
 
L
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
L
L
 
M
T
 
M
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
T
 
N
R
 
R
R
 
K
D
 
D
G
 
K
R
 
E
G
 
G
A
 
-
I
 
I
A
 
K
D
 
R
D
 
D
L
 
L
E
 
E
L
 
W
V
 
I
Y
 
F
T
 
S
Y
 
L
F
 
F
P
 
P
R
 
R
L
 
L
K
 
K
E
 
E
R
 
R
R
 
L
K
 
K
S
 
Q
Q
 
L
A
 
G
G
 
G
Y
 
T
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
C
 
L
A
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
S
 
S
R
 
R
P
 
P
E
 
K
T
 
L
I
 
L
L
 
M
L
 
M
D
|
D
E
|
E
P
 
P
S
 
S
M
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
A
P
 
P
Q
 
I
L
 
L
V
 
V
E
 
S
E
 
E
I
 
V
F
 
F
T
 
E
I
 
V
V
 
I
K
 
Q
N
 
K
L
 
I
N
 
N
E
 
Q
R
 
-
E
 
E
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
I
L
 
L
L
 
L
A
 
V
E
 
E
Q
 
Q
N
 
N
T
 
A
N
 
L
V
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
K
F
 
V
A
 
A
H
 
H
H
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
I
 
V
L
 
L
E
 
E
S
 
T
G
 
G
R
 
Q
V
 
I
V
 
V
M
 
L
E
 
E
G
 
G
P
 
K
A
 
A
A
 
S
E
 
E
L
 
L
R
 
L
E
 
D
N
 
N
P
 
E
D
 
M
V
 
V
K
 
R
E
 
K
F
 
A
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
M
 
V
S
 
A

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
31% identity, 82% coverage: 28:251/274 of query aligns to 20:253/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
L
 
L
K
 
D
G
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
I
T
 
S
V
 
V
P
 
C
K
 
K
G
 
G
G
 
D
I
 
V
T
 
T
A
 
L
L
 
I
L
 
I
G
 
G
G
 
P
N
|
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
L
 
I
K
 
N
S
 
V
I
 
I
S
 
T
N
 
G
L
 
F
L
 
L
H
 
K
S
 
A
E
 
D
R
 
E
G
 
G
E
 
R
V
 
V
T
 
-
K
 
-
G
 
-
T
 
-
I
 
-
S
 
Y
Y
 
F
R
 
E
G
 
N
D
 
K
R
 
D
V
 
I
Q
 
T
D
 
N
L
 
K
S
 
E
P
 
P
S
 
A
D
 
E
M
 
L
V
 
Y
K
 
H
R
 
Y
G
 
G
V
 
I
I
 
V
Q
 
R
V
 
T
M
 
F
E
 
Q
G
 
T
R
 
P
H
 
Q
C
 
P
F
 
L
E
 
K
H
 
E
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
L
 
L
T
 
I
G
 
G
A
 
E
Y
 
I
T
 
N
R
 
P
R
 
G
D
 
E
G
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
R
 
K
G
 
K
A
 
W
I
 
I
A
 
P
D
 
K
D
 
E
L
 
E
E
 
E
L
 
M
V
 
V
Y
 
E
T
 
K
Y
 
A
F
 
F
P
 
K
R
 
I
L
 
L
K
 
E
E
 
F
R
 
L
R
 
K
K
 
L
S
 
S
-
 
H
-
 
L
-
 
Y
-
 
D
-
 
R
Q
 
K
A
 
A
G
 
G
Y
 
E
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
M
 
L
C
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
S
 
T
R
 
N
P
 
P
E
 
K
T
 
M
I
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
I
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
P
 
P
Q
 
G
L
 
L
V
 
A
E
 
H
E
 
D
I
 
I
F
 
F
T
 
N
I
 
H
V
 
V
K
 
L
N
 
E
L
 
L
N
 
K
E
 
A
R
 
K
E
 
-
G
 
G
V
 
I
S
 
T
F
 
F
L
 
L
L
 
I
A
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
T
 
L
N
 
D
V
 
I
A
 
V
L
 
L
R
 
N
F
 
Y
A
 
I
H
 
D
H
 
H
G
 
L
Y
 
Y
I
 
V
L
 
M
E
 
F
S
 
N
G
 
G
R
 
Q
V
 
I
V
 
I
M
 
A
E
 
E
G
 
G
P
 
R
A
 
G
A
 
E
E
 
E
L
 
E
R
 
I
E
 
K
N
 
N
-
 
V
-
 
L
-
 
S
-
 
D
P
 
P
D
 
K
V
 
V
K
 
V
E
 
E
F
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp- binding cassette of an abc transporter (see paper)
31% identity, 82% coverage: 28:251/274 of query aligns to 20:253/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
L
 
L
K
 
D
G
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
I
T
 
S
V
 
V
P
 
N
K
 
K
G
 
G
G
 
D
I
 
V
T
 
T
A
 
L
L
 
I
L
 
I
G
 
G
G
 
P
N
|
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
L
 
I
K
 
N
S
 
V
I
 
I
S
 
T
N
 
G
L
 
F
L
 
L
H
 
K
S
 
A
E
 
D
R
 
E
G
 
G
E
 
R
V
 
V
T
 
-
K
 
-
G
 
-
T
 
-
I
 
-
S
 
Y
Y
 
F
R
 
E
G
 
N
D
 
K
R
 
D
V
 
I
Q
 
T
D
 
N
L
 
K
S
 
E
P
 
P
S
 
A
D
 
E
M
 
L
V
 
Y
K
 
H
R
 
Y
G
 
G
V
 
I
I
 
V
Q
 
R
V
 
T
M
 
F
E
 
Q
G
 
T
R
 
P
H
 
Q
C
 
P
F
 
L
E
 
K
H
 
E
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
L
 
L
T
 
I
G
 
G
A
 
E
Y
 
I
T
 
C
R
 
P
R
 
G
D
 
E
G
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
R
 
K
G
 
K
A
 
W
I
 
I
A
 
P
D
 
K
D
 
E
L
 
E
E
 
E
L
 
M
V
 
V
Y
 
E
T
 
K
Y
 
A
F
 
F
P
 
K
R
 
I
L
 
L
K
 
E
E
 
F
R
 
L
R
 
K
K
 
L
S
 
S
-
 
H
-
 
L
-
 
Y
-
 
D
-
 
R
Q
 
K
A
 
A
G
 
G
Y
 
E
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
M
 
L
C
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
S
 
T
R
 
N
P
 
P
E
 
K
T
 
M
I
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
I
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
P
 
P
Q
 
G
L
 
L
V
 
A
E
 
H
E
 
D
I
 
I
F
 
F
T
 
N
I
 
H
V
 
V
K
 
L
N
 
E
L
 
L
N
 
K
E
 
A
R
 
K
E
 
-
G
 
G
V
 
I
S
 
T
F
 
F
L
 
L
L
 
I
A
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
T
 
L
N
 
D
V
 
I
A
 
V
L
 
L
R
 
N
F
 
Y
A
 
I
H
 
D
H
 
H
G
 
L
Y
 
Y
I
 
V
L
 
M
E
 
F
S
 
N
G
 
G
R
 
Q
V
 
I
V
 
I
M
 
A
E
 
E
G
 
G
P
 
R
A
 
G
A
 
E
E
 
E
L
 
E
R
 
I
E
 
K
N
 
N
-
 
V
-
 
L
-
 
S
-
 
D
P
 
P
D
 
K
V
 
V
K
 
V
E
 
E
F
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6mjpB Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
33% identity, 82% coverage: 27:251/274 of query aligns to 17:235/240 of 6mjpB

query
sites
6mjpB
V
 
V
L
 
V
K
 
S
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
T
 
Q
V
 
V
P
 
E
K
 
S
G
 
G
G
 
Q
I
 
I
T
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
T
 
S
L
 
F
K
 
Y
S
 
M
I
 
I
S
 
V
N
 
G
L
 
L
L
 
V
H
 
A
S
 
R
E
 
D
R
 
-
G
 
-
E
 
-
V
 
-
T
 
-
K
 
E
G
 
G
T
 
T
I
 
I
S
 
T
Y
 
I
R
 
D
G
 
D
D
 
N
R
 
D
V
 
I
Q
 
S
D
 
I
L
 
L
S
 
P
P
 
M
S
 
H
D
 
S
M
 
R
V
 
S
K
 
R
R
 
M
G
 
G
V
 
I
I
 
G
Q
 
Y
V
 
L
M
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
H
 
S
C
 
I
F
 
F
E
x
R
H
x
K
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
E
E
 
D
N
 
N
L
 
I
L
 
M
T
 
A
G
 
V
A
 
L
Y
 
Q
T
 
T
R
 
R
R
 
E
D
 
E
-
 
L
G
 
T
R
 
H
G
 
E
A
 
E
I
 
R
A
 
Q
D
 
D
D
 
K
L
 
L
E
 
E
L
 
D
V
 
L
Y
 
L
T
 
E
Y
 
E
F
 
F
P
 
-
R
 
H
L
 
I
K
 
Q
E
 
H
R
 
I
R
 
R
K
 
K
S
 
S
Q
 
A
A
 
G
G
 
M
Y
 
A
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
C
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
A
R
 
N
P
 
P
E
 
Q
T
 
F
I
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
Q
 
I
L
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
I
 
I
F
 
K
T
 
K
I
 
I
V
 
I
K
 
E
N
 
H
L
 
L
N
 
R
E
 
D
R
 
R
E
 
-
G
 
G
V
 
L
S
 
G
F
 
V
L
 
L
L
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
T
 
V
N
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
D
F
 
V
A
 
C
H
 
E
H
 
K
G
 
A
Y
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
R
V
 
L
V
 
I
M
 
A
E
 
E
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
Q
E
 
D
L
 
V
R
 
L
E
 
N
N
 
N
P
 
E
D
 
Q
V
 
V
K
 
K
E
 
Q
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
33% identity, 82% coverage: 27:251/274 of query aligns to 17:235/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
V
 
V
L
 
V
K
 
S
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
T
 
Q
V
 
V
P
 
E
K
 
S
G
 
G
G
 
Q
I
 
I
T
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
T
 
S
L
 
F
K
 
Y
S
 
M
I
 
I
S
 
V
N
 
G
L
 
L
L
 
V
H
 
A
S
 
R
E
 
D
R
 
-
G
 
-
E
 
-
V
 
-
T
 
-
K
 
E
G
 
G
T
 
T
I
 
I
S
 
T
Y
 
I
R
 
D
G
 
D
D
 
N
R
 
D
V
 
I
Q
 
S
D
 
I
L
 
L
S
 
P
P
 
M
S
 
H
D
 
S
M
 
R
V
 
S
K
 
R
R
 
M
G
 
G
V
 
I
I
 
G
Q
 
Y
V
 
L
M
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
H
 
S
C
 
I
F
 
F
E
 
R
H
 
K
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
E
E
 
D
N
 
N
L
 
I
L
 
M
T
 
A
G
 
V
A
 
L
Y
 
Q
T
 
T
R
 
R
R
 
E
D
 
E
-
 
L
G
 
T
R
 
H
G
x
E
A
 
E
I
 
R
A
 
Q
D
|
D
D
 
K
L
 
L
E
 
E
L
 
D
V
 
L
Y
 
L
T
 
E
Y
 
E
F
 
F
P
 
-
R
 
H
L
 
I
K
 
Q
E
 
H
R
 
I
R
 
R
K
 
K
S
 
S
Q
 
A
A
 
G
G
 
M
Y
 
A
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
C
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
A
R
 
N
P
 
P
E
 
Q
T
 
F
I
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
Q
 
I
L
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
I
 
I
F
 
K
T
 
K
I
 
I
V
 
I
K
 
E
N
 
H
L
 
L
N
 
R
E
 
D
R
 
R
E
 
-
G
 
G
V
 
L
S
 
G
F
 
V
L
 
L
L
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
T
 
V
N
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
D
F
 
V
A
 
C
H
 
E
H
 
K
G
 
A
Y
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
R
V
 
L
V
 
I
M
 
A
E
 
E
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
Q
E
 
D
L
 
V
R
 
L
E
 
N
N
 
N
P
 
E
D
 
Q
V
 
V
K
 
K
E
 
Q
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
29% identity, 78% coverage: 27:239/274 of query aligns to 16:223/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
V
|
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
V
S
 
T
L
 
L
T
 
K
V
 
V
P
 
N
K
 
K
G
 
G
G
 
E
I
 
V
T
 
V
A
 
V
L
 
I
L
 
I
G
 
G
G
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
L
 
L
K
 
R
S
 
C
I
 
I
S
 
N
N
 
L
L
 
L
L
x
E
H
 
E
S
 
P
E
 
T
R
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
V
T
 
F
K
 
I
G
 
D
T
 
G
I
 
V
S
 
K
Y
 
I
R
 
N
G
 
N
D
 
G
R
 
K
V
 
V
Q
 
N
D
 
-
L
 
-
S
 
-
P
 
-
S
 
I
D
 
N
M
 
K
V
 
V
K
 
R
R
 
Q
G
 
K
V
 
V
I
 
G
Q
 
M
V
 
V
M
 
F
E
 
Q
G
 
H
R
 
F
H
 
N
C
 
L
F
 
F
E
 
P
H
 
H
L
 
L
T
 
T
V
 
A
E
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
I
L
 
T
T
 
L
G
 
A
A
 
P
Y
 
V
T
 
K
R
 
V
R
 
K
D
 
K
G
 
M
R
 
N
G
 
K
A
 
K
I
 
E
A
 
A
D
 
E
D
 
E
L
 
L
E
 
A
L
 
V
V
 
D
Y
 
L
T
 
L
Y
 
A
F
 
K
P
 
V
R
 
G
L
 
L
K
 
L
E
 
D
R
 
K
R
 
K
K
 
D
S
 
Q
Q
 
Y
A
 
P
G
 
I
Y
 
K
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
C
 
L
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
M
R
 
Q
P
 
P
E
 
E
T
 
V
I
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
T
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
Q
 
E
L
 
M
V
 
V
E
 
K
E
 
E
I
 
V
F
 
L
T
 
N
I
 
V
V
 
M
K
 
K
N
 
Q
L
 
L
N
 
-
E
 
A
R
 
N
E
 
E
G
 
G
V
 
M
S
 
T
F
 
M
L
 
V
L
 
V
A
 
V
E
 
T
Q
x
H
N
 
E
T
 
M
N
 
G
V
 
F
A
 
A
L
 
R
R
 
E
F
 
V
A
 
G
H
 
D
H
 
R
G
 
V
Y
 
I
I
 
F
L
 
M
E
 
D
S
 
D
G
 
G
R
 
V
V
 
I
V
 
V
M
 
E
E
 
E
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
E
E
 
E
L
 
I

Sites not aligning to the query:

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
31% identity, 82% coverage: 27:251/274 of query aligns to 17:235/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
V
 
V
L
 
V
K
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
V
P
 
N
K
 
S
G
 
G
G
 
E
I
 
I
T
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
T
 
T
L
 
F
K
 
Y
S
 
M
I
 
V
S
 
V
N
 
G
L
 
I
L
 
V
H
 
P
S
 
R
E
 
D
R
 
A
G
 
G
E
 
N
V
 
I
T
 
I
K
 
I
G
 
D
T
 
D
I
 
D
S
 
D
Y
 
-
R
 
-
G
 
-
D
 
-
R
 
-
V
 
-
Q
 
I
D
 
S
L
 
L
S
 
L
P
 
P
S
 
L
D
 
H
M
 
A
-
 
R
V
 
A
K
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
I
I
 
G
Q
 
Y
V
 
L
M
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
H
 
S
C
 
I
F
 
F
E
x
R
H
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
M
T
 
A
G
 
V
A
 
L
Y
 
Q
T
 
I
R
 
R
R
 
D
D
 
D
G
 
L
R
 
S
G
 
A
A
 
E
I
 
Q
A
 
R
D
 
E
D
 
D
L
 
R
-
 
A
-
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
M
Y
 
E
T
 
E
Y
 
F
F
 
-
P
 
-
R
 
H
L
 
I
K
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
K
 
D
S
 
S
Q
x
M
A
x
G
G
x
Q
Y
 
S
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
C
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
A
R
 
N
P
 
P
E
 
K
T
 
F
I
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
Q
 
I
L
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
I
 
I
F
 
K
T
 
R
I
 
I
V
 
I
K
 
E
N
 
H
L
 
L
N
 
R
E
 
D
R
 
-
E
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
F
 
V
L
 
L
L
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
T
 
V
N
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
F
 
V
A
 
C
H
 
E
H
 
R
G
 
A
Y
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
M
 
A
E
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
R
 
L
E
 
Q
N
 
D
P
 
E
D
 
H
V
 
V
K
 
K
E
 
R
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
31% identity, 82% coverage: 27:251/274 of query aligns to 17:235/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
V
|
V
L
 
V
K
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
V
P
 
N
K
 
S
G
 
G
G
 
E
I
 
I
T
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
K
 
Y
S
 
M
I
 
V
S
 
V
N
 
G
L
 
I
L
 
V
H
 
P
S
 
R
E
 
D
R
 
A
G
 
G
E
 
N
V
 
I
T
 
I
K
 
I
G
 
D
T
 
D
I
 
D
S
 
D
Y
 
-
R
 
-
G
 
-
D
 
-
R
 
-
V
 
-
Q
 
I
D
 
S
L
 
L
S
 
L
P
 
P
S
 
L
D
 
H
M
 
A
-
 
R
V
 
A
K
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
I
I
 
G
Q
 
Y
V
 
L
M
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
H
 
S
C
 
I
F
 
F
E
 
R
H
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
M
T
 
A
G
 
V
A
 
L
Y
 
Q
T
 
I
R
 
R
R
 
D
D
 
D
G
 
L
R
 
S
G
 
A
A
 
E
I
 
Q
A
 
R
D
 
E
D
 
D
L
 
R
-
 
A
-
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
M
Y
 
E
T
 
E
Y
 
F
F
 
-
P
 
-
R
 
H
L
 
I
K
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
K
 
D
S
 
S
Q
 
M
A
 
G
G
 
Q
Y
x
S
T
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
C
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
A
R
 
N
P
 
P
E
 
K
T
 
F
I
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
Q
 
I
L
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
I
 
I
F
 
K
T
 
R
I
 
I
V
 
I
K
 
E
N
 
H
L
 
L
N
 
R
E
 
D
R
 
-
E
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
F
 
V
L
 
L
L
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
T
 
V
N
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
F
 
V
A
 
C
H
 
E
H
 
R
G
 
A
Y
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
M
 
A
E
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
R
 
L
E
 
Q
N
 
D
P
 
E
D
 
H
V
 
V
K
 
K
E
 
R
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
31% identity, 82% coverage: 27:251/274 of query aligns to 17:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
V
 
V
L
 
V
K
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
V
P
 
N
K
 
S
G
 
G
G
 
E
I
 
I
T
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
x
P
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
K
 
Y
S
 
M
I
 
V
S
 
V
N
 
G
L
 
I
L
 
V
H
 
P
S
 
R
E
 
D
R
 
A
G
 
G
E
 
N
V
 
I
T
 
I
K
 
I
G
 
D
T
 
D
I
 
D
S
 
D
Y
 
-
R
 
-
G
 
-
D
 
-
R
 
-
V
 
-
Q
 
I
D
 
S
L
 
L
S
 
L
P
 
P
-
 
L
S
 
H
D
 
A
M
 
R
V
 
A
K
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
I
I
 
G
Q
 
Y
V
 
L
M
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
H
 
S
C
 
I
F
 
F
E
 
R
H
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
M
T
 
A
G
 
V
A
 
L
Y
 
Q
T
 
I
R
 
R
R
 
D
D
 
D
G
 
L
R
 
S
G
 
A
A
 
E
I
 
Q
A
 
R
D
 
E
D
 
D
L
 
R
-
 
A
-
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
M
Y
 
E
T
 
E
Y
 
F
F
 
-
P
 
-
R
 
H
L
 
I
K
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
K
 
D
S
 
S
Q
 
M
A
 
G
G
 
Q
Y
x
S
T
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
|
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
C
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
A
R
 
N
P
 
P
E
 
K
T
 
F
I
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
|
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
Q
 
I
L
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
I
 
I
F
 
K
T
 
R
I
 
I
V
 
I
K
 
E
N
 
H
L
 
L
N
 
R
E
 
D
R
 
-
E
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
F
 
V
L
 
L
L
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
T
 
V
N
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
F
 
V
A
 
C
H
 
E
H
 
R
G
 
A
Y
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
M
 
A
E
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
R
 
L
E
 
Q
N
 
D
P
 
E
D
 
H
V
 
V
K
 
K
E
 
R
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
31% identity, 82% coverage: 27:251/274 of query aligns to 18:236/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
V
|
V
L
 
V
K
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
V
P
 
N
K
 
S
G
 
G
G
 
E
I
 
I
T
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
x
P
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
K
 
Y
S
 
M
I
 
V
S
 
V
N
 
G
L
 
I
L
 
V
H
 
P
S
 
R
E
 
D
R
 
A
G
 
G
E
 
N
V
 
I
T
 
I
K
 
I
G
 
D
T
 
D
I
 
D
S
 
D
Y
 
-
R
 
-
G
 
-
D
 
-
R
 
-
V
 
-
Q
 
I
D
 
S
L
 
L
S
 
L
P
 
P
S
 
L
D
 
H
M
 
A
-
 
R
V
 
A
K
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
I
I
 
G
Q
 
Y
V
 
L
M
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
H
 
S
C
 
I
F
 
F
E
 
R
H
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
M
T
 
A
G
 
V
A
 
L
Y
 
Q
T
 
I
R
 
R
R
 
D
D
 
D
G
 
L
R
 
S
G
 
A
A
 
E
I
 
Q
A
 
R
D
 
E
D
 
D
L
 
R
-
 
A
-
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
M
Y
 
E
T
 
E
Y
 
F
F
 
-
P
 
-
R
 
H
L
 
I
K
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
K
 
D
S
 
S
Q
 
M
A
 
G
G
 
Q
Y
 
S
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
C
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
A
R
 
N
P
 
P
E
 
K
T
 
F
I
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
Q
 
I
L
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
I
 
I
F
 
K
T
 
R
I
 
I
V
 
I
K
 
E
N
 
H
L
 
L
N
 
R
E
 
D
R
 
-
E
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
F
 
V
L
 
L
L
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
T
 
V
N
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
F
 
V
A
 
C
H
 
E
H
 
R
G
 
A
Y
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
M
 
A
E
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
R
 
L
E
 
Q
N
 
D
P
 
E
D
 
H
V
 
V
K
 
K
E
 
R
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
32% identity, 79% coverage: 27:243/274 of query aligns to 17:227/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
V
|
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
H
L
 
L
T
 
E
V
 
V
P
 
A
K
 
P
G
 
G
G
 
E
I
 
K
T
 
L
A
 
V
L
 
I
L
 
I
G
 
G
G
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
L
 
I
K
 
R
S
 
T
I
 
I
S
 
N
N
 
R
L
 
L
L
 
E
H
 
D
S
 
F
E
 
Q
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
T
 
V
K
 
V
G
 
D
T
 
G
I
 
L
S
 
S
Y
 
V
R
 
K
G
 
D
D
 
D
R
 
R
V
 
A
Q
 
-
D
 
-
L
 
-
S
 
-
P
 
-
S
 
L
D
 
R
M
 
E
V
 
I
K
 
R
R
 
R
G
 
E
V
 
V
I
 
G
Q
 
M
V
 
V
M
 
F
E
 
Q
G
 
Q
R
 
F
H
 
N
C
 
L
F
 
F
E
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
-
 
T
L
 
L
T
 
A
G
 
P
A
 
M
Y
 
R
T
 
V
R
 
R
R
 
R
D
 
W
G
 
P
R
 
R
-
 
E
G
 
K
A
 
A
I
 
E
A
 
K
D
 
K
D
 
A
L
 
L
E
 
E
L
 
L
V
 
L
Y
 
-
T
 
E
Y
 
R
F
 
V
P
 
G
R
 
I
L
 
L
K
 
D
E
 
Q
R
 
A
R
 
R
K
 
K
S
 
Y
Q
 
P
A
 
A
G
 
-
Y
 
Q
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
C
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
M
R
 
E
P
 
P
E
 
K
T
 
I
I
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
Q
 
E
L
 
M
V
 
V
E
 
G
E
 
E
I
 
V
F
 
L
T
 
D
I
 
V
V
 
M
K
 
R
N
 
D
L
 
L
N
 
A
E
 
Q
R
 
-
E
 
G
G
 
G
V
 
M
S
 
T
F
 
M
L
 
V
L
 
V
A
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
T
 
M
N
 
G
V
 
F
A
 
A
L
 
R
R
 
E
F
 
V
A
 
A
H
 
D
H
 
R
G
 
V
Y
 
V
I
 
F
L
 
M
E
 
D
S
 
G
G
 
G
R
 
Q
V
 
I
V
 
V
M
 
E
E
 
E
G
 
G
P
 
R
A
 
P
A
 
E
E
 
E
L
 
I
R
 
F
E
 
T
N
 
R
P
 
P

Sites not aligning to the query:

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
31% identity, 82% coverage: 27:250/274 of query aligns to 17:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
V
|
V
L
 
V
K
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
V
P
 
N
K
 
S
G
 
G
G
 
E
I
 
I
T
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
P
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
K
 
Y
S
 
M
I
 
V
S
 
V
N
 
G
L
 
I
L
 
V
H
 
P
S
 
R
E
 
D
R
 
A
G
 
G
E
 
N
V
 
I
T
 
I
K
 
I
G
 
D
T
 
D
I
 
D
S
 
D
Y
 
-
R
 
-
G
 
-
D
 
-
R
 
-
V
 
-
Q
 
I
D
 
S
L
 
L
S
 
L
P
 
P
-
x
L
S
x
H
D
 
A
M
 
R
V
 
A
K
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
I
I
 
G
Q
x
Y
V
 
L
M
x
P
E
x
Q
G
x
E
R
x
A
H
x
S
C
 
I
F
|
F
E
x
R
H
x
R
L
|
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
M
T
 
A
G
x
V
A
 
L
Y
 
Q
T
 
I
R
 
R
R
 
D
D
 
D
G
 
L
R
 
S
G
 
A
A
 
E
I
 
Q
A
 
R
D
 
E
D
 
D
L
 
R
-
 
A
-
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
M
Y
 
E
T
 
E
Y
 
F
F
 
-
P
 
-
R
 
H
L
 
I
K
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
K
 
D
S
 
S
Q
 
M
A
 
G
G
x
Q
Y
 
S
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
C
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
A
R
 
N
P
 
P
E
 
K
T
 
F
I
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
Q
 
I
L
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
I
 
I
F
 
K
T
 
R
I
 
I
V
 
I
K
 
E
N
 
H
L
 
L
N
 
R
E
 
D
R
 
-
E
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
F
 
V
L
 
L
L
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
T
 
V
N
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
F
 
V
A
 
C
H
 
E
H
 
R
G
 
A
Y
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
M
 
A
E
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
R
 
L
E
 
Q
N
 
D
P
 
E
D
 
H
V
 
V
K
 
K
E
 
R
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
31% identity, 82% coverage: 27:250/274 of query aligns to 17:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
V
|
V
L
 
V
K
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
V
P
 
N
K
 
S
G
 
G
G
 
E
I
 
I
T
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
P
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
K
 
Y
S
 
M
I
 
V
S
 
V
N
 
G
L
 
I
L
 
V
H
 
P
S
 
R
E
 
D
R
 
A
G
 
G
E
 
N
V
 
I
T
 
I
K
 
I
G
 
D
T
 
D
I
 
D
S
 
D
Y
 
-
R
 
-
G
 
-
D
 
-
R
 
-
V
 
-
Q
 
I
D
 
S
L
 
L
S
 
L
P
 
P
-
 
L
S
 
H
D
 
A
M
 
R
V
 
A
K
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
I
I
 
G
Q
 
Y
V
 
L
M
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
H
 
S
C
 
I
F
 
F
E
 
R
H
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
M
T
 
A
G
 
V
A
 
L
Y
 
Q
T
 
I
R
 
R
R
 
D
D
 
D
G
 
L
R
 
S
G
 
A
A
 
E
I
 
Q
A
 
R
D
 
E
D
 
D
L
 
R
-
 
A
-
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
M
Y
 
E
T
 
E
Y
 
F
F
 
-
P
 
-
R
 
H
L
 
I
K
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
K
 
D
S
 
S
Q
 
M
A
 
G
G
 
Q
Y
 
S
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
C
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
A
R
 
N
P
 
P
E
 
K
T
 
F
I
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
Q
 
I
L
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
I
 
I
F
 
K
T
 
R
I
 
I
V
 
I
K
 
E
N
 
H
L
 
L
N
 
R
E
 
D
R
 
-
E
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
F
 
V
L
 
L
L
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
T
 
V
N
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
F
 
V
A
 
C
H
 
E
H
 
R
G
 
A
Y
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
M
 
A
E
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
R
 
L
E
 
Q
N
 
D
P
 
E
D
 
H
V
 
V
K
 
K
E
 
R
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

6z4wA Ftse structure from streptococcus pneumoniae in complex with adp (space group p 1) (see paper)
29% identity, 84% coverage: 10:238/274 of query aligns to 2:225/230 of 6z4wA

query
sites
6z4wA
T
 
S
L
 
I
L
 
I
E
 
E
V
 
M
N
 
R
N
 
D
I
 
V
E
 
V
V
 
K
I
 
K
Y
|
Y
N
 
D
H
x
N
V
 
G
I
x
T
L
 
T
V
x
A
L
 
L
K
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
V
T
 
S
V
 
V
P
 
Q
K
 
P
G
 
G
G
 
E
I
 
F
T
 
A
A
 
Y
L
 
I
L
 
V
G
 
G
G
 
P
N
x
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
F
L
 
I
K
 
R
S
 
S
I
 
-
S
 
-
N
 
-
L
 
-
L
 
L
H
 
Y
S
 
R
E
 
E
R
 
V
G
 
-
E
 
K
V
 
I
T
 
D
K
 
K
G
 
G
T
 
S
I
 
L
S
 
S
Y
 
V
R
 
A
G
 
G
D
 
F
R
 
N
V
 
L
Q
 
V
D
 
K
L
 
I
S
 
K
P
 
K
S
 
K
D
 
D
-
 
V
-
 
P
M
 
L
V
 
L
K
 
R
R
 
R
G
 
S
V
 
V
I
 
G
Q
 
V
V
 
V
M
 
F
E
 
Q
G
 
D
R
 
Y
H
 
K
C
 
L
F
 
L
E
 
P
H
 
K
L
 
K
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
I
L
 
-
T
 
-
G
 
-
A
 
A
Y
 
Y
T
 
A
-
 
M
-
 
E
-
 
V
-
 
I
-
 
G
-
 
E
-
 
N
R
 
R
R
 
R
D
 
N
G
 
I
R
 
K
G
 
R
A
 
R
I
 
V
A
 
M
D
 
E
D
 
V
L
 
L
E
 
D
L
 
L
V
 
V
Y
 
-
T
 
-
Y
 
-
F
 
-
P
 
-
R
 
G
L
 
L
K
 
K
E
 
H
R
 
K
R
 
V
K
 
R
S
 
S
Q
 
F
A
 
P
G
 
N
Y
 
E
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
C
 
I
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
M
 
V
S
 
N
R
 
N
P
 
P
E
 
K
T
 
V
I
 
L
L
 
I
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
M
 
G
G
 
N
L
 
L
A
 
D
P
 
P
Q
 
D
L
 
N
V
 
S
E
 
W
E
 
E
I
 
I
F
 
M
T
 
N
I
 
L
V
 
L
K
 
E
N
 
R
L
 
I
N
 
N
E
 
-
R
 
L
E
 
Q
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
I
L
 
L
L
 
M
A
 
A
E
 
T
Q
 
H
N
 
N
T
 
S
N
 
Q
V
 
I
A
 
V
L
 
N
R
 
T
F
 
L
A
 
R
H
 
H
H
 
R
G
 
V
Y
 
I
I
 
A
L
 
I
E
 
E
S
 
N
G
 
G
R
 
R
V
 
V
V
 
V
M
 
R
E
 
D
G
 
E
P
 
S
A
 
K
A
 
G
E
 
E

6z67B Ftse structure of streptococcus pneumoniae in complex with amppnp at 2.4 a resolution (see paper)
29% identity, 84% coverage: 10:238/274 of query aligns to 2:225/229 of 6z67B

query
sites
6z67B
T
 
S
L
 
I
L
 
I
E
 
E
V
 
M
N
 
R
N
 
D
I
 
V
E
 
V
V
 
K
I
 
K
Y
|
Y
N
 
D
H
 
N
V
x
G
I
x
T
L
 
T
V
x
A
L
 
L
K
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
V
T
 
S
V
 
V
P
 
Q
K
 
P
G
 
G
G
 
E
I
 
F
T
 
A
A
 
Y
L
 
I
L
 
V
G
 
G
G
 
P
N
x
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
F
L
 
I
K
 
R
S
 
S
I
 
-
S
 
-
N
 
-
L
 
-
L
 
L
H
 
Y
S
 
R
E
 
E
R
 
V
G
 
-
E
 
K
V
 
I
T
 
D
K
 
K
G
 
G
T
 
S
I
 
L
S
 
S
Y
 
V
R
 
A
G
 
G
D
 
F
R
 
N
V
 
L
Q
 
V
D
 
K
L
 
I
S
 
K
P
 
K
S
 
K
D
 
D
-
 
V
-
 
P
M
 
L
V
 
L
K
 
R
R
 
R
G
 
S
V
 
V
I
 
G
Q
 
V
V
 
V
M
 
F
E
 
Q
G
 
D
R
 
Y
H
 
K
C
 
L
F
 
L
E
 
P
H
 
K
L
 
K
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
I
L
 
-
T
 
-
G
 
-
A
 
A
Y
 
Y
T
 
A
-
 
M
-
 
E
-
 
V
-
 
I
-
 
G
-
 
E
-
 
N
R
 
R
R
 
R
D
 
N
G
 
I
R
 
K
G
 
R
A
 
R
I
 
V
A
 
M
D
 
E
D
 
V
L
 
L
E
 
D
L
 
L
V
 
V
Y
 
-
T
 
-
Y
 
-
F
 
-
P
 
-
R
 
G
L
 
L
K
 
K
E
 
H
R
 
K
R
 
V
K
 
R
S
 
S
Q
 
F
A
 
P
G
 
N
Y
 
E
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
C
 
I
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
M
 
V
S
 
N
R
 
N
P
 
P
E
 
K
T
 
V
I
 
L
L
 
I
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
M
 
G
G
 
N
L
 
L
A
 
D
P
 
P
Q
 
D
L
 
N
V
 
S
E
 
W
E
 
E
I
 
I
F
 
M
T
 
N
I
 
L
V
 
L
K
 
E
N
 
R
L
 
I
N
 
N
E
 
-
R
 
L
E
 
Q
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
I
L
 
L
L
 
M
A
 
A
E
 
T
Q
x
H
N
 
N
T
 
S
N
 
Q
V
 
I
A
 
V
L
 
N
R
 
T
F
 
L
A
 
R
H
 
H
H
 
R
G
 
V
Y
 
I
I
 
A
L
 
I
E
 
E
S
 
N
G
 
G
R
 
R
V
 
V
V
 
V
M
 
R
E
 
D
G
 
E
P
 
S
A
 
K
A
 
G
E
 
E

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
31% identity, 81% coverage: 27:249/274 of query aligns to 17:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
V
|
V
L
 
V
K
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
V
P
 
N
K
 
S
G
 
G
G
 
E
I
 
I
T
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
P
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
K
 
Y
S
 
M
I
 
V
S
 
V
N
 
G
L
 
I
L
 
V
H
 
P
S
 
R
E
 
D
R
 
A
G
 
G
E
 
N
V
 
I
T
 
I
K
 
I
G
 
D
T
 
D
I
 
D
S
 
D
Y
 
-
R
 
-
G
 
-
D
 
-
R
 
-
V
 
-
Q
 
I
D
 
S
L
 
L
S
 
L
P
 
P
S
 
L
D
 
H
M
 
A
-
 
R
V
 
A
K
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
I
I
 
G
Q
 
Y
V
 
L
M
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
H
 
S
C
 
I
F
|
F
E
x
R
H
x
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
M
T
 
A
G
 
V
A
 
L
Y
 
Q
T
 
I
R
 
R
R
 
D
D
 
D
G
 
L
R
 
S
G
 
A
A
 
E
I
 
Q
A
 
R
D
 
E
D
 
D
L
 
R
-
 
A
-
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
M
Y
 
E
T
 
E
Y
 
F
F
 
-
P
 
-
R
 
H
L
 
I
K
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
K
 
D
S
 
S
Q
 
M
A
 
G
G
 
Q
Y
 
S
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
C
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
A
R
 
N
P
 
P
E
 
K
T
 
F
I
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
Q
 
I
L
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
I
 
I
F
 
K
T
 
R
I
 
I
V
 
I
K
 
E
N
 
H
L
 
L
N
 
R
E
 
D
R
 
-
E
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
F
 
V
L
 
L
L
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
T
 
V
N
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
F
 
V
A
 
C
H
 
E
H
 
R
G
 
A
Y
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
M
 
A
E
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
R
 
L
E
 
Q
N
 
D
P
 
E
D
 
H
V
 
V
K
 
K
E
 
R
F
 
V
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
29% identity, 85% coverage: 11:243/274 of query aligns to 1:232/343 of P30750

query
sites
P30750
L
 
M
L
 
I
E
 
K
V
 
L
N
 
S
N
 
N
I
 
I
E
 
T
V
 
K
I
 
V
Y
 
F
N
 
H
H
 
Q
-
 
G
-
 
T
-
 
R
V
 
T
I
 
I
L
 
Q
V
 
A
L
 
L
K
 
N
G
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
T
 
H
V
 
V
P
 
P
K
 
A
G
 
G
G
 
Q
I
 
I
T
 
Y
A
 
G
L
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
A
N
x
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
L
 
I
K
 
R
S
 
C
I
 
V
S
 
-
N
 
N
L
 
L
L
 
L
H
 
-
S
 
-
E
 
E
R
 
R
G
 
P
E
 
-
V
 
-
T
 
T
K
 
E
G
 
G
T
 
S
I
 
V
S
 
L
Y
 
V
R
 
D
G
 
G
D
 
Q
R
 
E
V
 
L
Q
 
T
D
 
T
L
 
L
S
 
S
P
 
E
S
 
S
D
 
E
M
 
L
V
 
T
K
 
K
R
 
A
-
 
R
-
 
R
-
 
Q
-
 
I
G
 
G
V
 
M
I
 
I
Q
 
-
V
 
-
M
 
-
E
 
-
G
 
-
R
 
-
H
 
-
C
 
-
F
 
F
E
 
Q
H
 
H
L
 
F
T
 
-
V
 
-
E
 
-
E
 
-
N
 
N
L
 
L
L
 
L
T
 
S
G
 
S
A
 
-
Y
 
-
T
 
-
R
 
-
R
 
R
D
 
T
G
 
V
R
 
F
G
 
G
A
 
N
I
 
V
A
 
A
D
 
L
D
 
P
L
 
L
E
 
E
L
 
L
V
 
D
Y
 
N
T
 
T
Y
 
P
F
 
K
P
 
D
R
 
E
L
 
V
K
 
K
E
 
R
R
 
R
-
 
V
-
 
T
-
 
E
-
 
L
-
 
L
-
 
S
-
 
L
-
 
V
-
 
G
-
 
L
-
 
G
-
 
D
-
 
K
R
 
H
K
 
D
S
 
S
Q
 
Y
A
 
P
G
 
S
Y
 
N
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
C
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
S
R
 
N
P
 
P
E
 
K
T
 
V
I
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
|
E
P
 
A
S
 
T
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
Q
 
A
L
 
T
V
 
T
E
 
R
E
 
S
I
 
I
F
 
L
T
 
E
I
 
L
V
 
L
K
 
K
N
 
D
L
 
I
N
 
N
E
 
R
R
 
R
E
 
L
G
 
G
V
 
L
S
 
T
F
 
I
L
 
L
L
 
L
A
 
I
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
T
 
M
N
 
D
V
 
V
A
 
V
L
 
K
R
 
R
F
 
I
A
 
C
H
 
D
H
 
C
G
 
V
Y
 
A
I
 
V
L
 
I
E
 
S
S
 
N
G
 
G
R
 
E
V
 
L
V
 
I
M
 
E
E
 
Q
G
 
D
P
 
T
A
 
V
A
 
S
E
 
E
L
 
V
R
 
F
E
 
S
N
 
H
P
 
P

Sites not aligning to the query:

3tuzC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 semet soak crystal form (see paper)
29% identity, 85% coverage: 11:243/274 of query aligns to 2:233/344 of 3tuzC

query
sites
3tuzC
L
 
M
L
 
I
E
 
K
V
 
L
N
 
S
N
 
N
I
 
I
E
 
T
V
 
K
I
 
V
Y
x
F
N
 
H
H
x
Q
-
 
G
-
 
T
-
 
R
V
 
T
I
 
I
L
 
Q
V
x
A
L
 
L
K
 
N
G
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
T
 
H
V
 
V
P
 
P
K
 
A
G
 
G
G
 
Q
I
 
I
T
 
Y
A
 
G
L
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
A
N
 
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
L
 
I
K
 
R
S
 
C
I
 
V
S
 
-
N
 
N
L
 
L
L
 
L
H
 
-
S
 
-
E
 
E
R
 
R
G
 
P
E
 
-
V
 
-
T
 
T
K
 
E
G
 
G
T
 
S
I
 
V
S
 
L
Y
 
V
R
 
D
G
 
G
D
 
Q
R
 
E
V
 
L
Q
 
T
D
 
T
L
 
L
S
 
S
P
 
E
S
 
S
D
 
E
M
 
L
V
 
T
K
 
K
R
 
A
-
 
R
-
 
R
-
 
Q
-
 
I
G
 
G
V
 
M
I
 
I
Q
 
-
V
 
-
M
 
-
E
 
-
G
 
-
R
 
-
H
 
-
C
 
-
F
 
F
E
 
Q
H
 
H
L
 
F
T
 
-
V
 
-
E
 
-
E
 
-
N
 
N
L
 
L
L
 
L
T
 
S
G
 
S
A
 
-
Y
 
-
T
 
-
R
 
-
R
 
R
D
 
T
G
 
V
R
 
F
G
 
G
A
 
N
I
 
V
A
 
A
D
 
L
D
 
P
L
 
L
E
 
E
L
 
L
V
 
D
Y
 
N
T
 
T
Y
 
P
F
 
K
P
 
D
R
 
E
L
 
V
K
 
K
E
 
R
R
 
R
-
 
V
-
 
T
-
 
E
-
 
L
-
 
L
-
 
S
-
 
L
-
 
V
-
 
G
-
 
L
-
 
G
-
 
D
-
 
K
R
 
H
K
 
D
S
 
S
Q
 
Y
A
 
P
G
 
S
Y
 
N
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
C
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
S
R
 
N
P
 
P
E
 
K
T
 
V
I
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
S
 
T
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
Q
 
A
L
 
T
V
 
T
E
 
R
E
 
S
I
 
I
F
 
L
T
 
E
I
 
L
V
 
L
K
 
K
N
 
D
L
 
I
N
 
N
E
 
R
R
 
R
E
 
L
G
 
G
V
 
L
S
 
T
F
 
I
L
 
L
L
 
L
A
 
I
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
T
 
M
N
 
D
V
 
V
A
 
V
L
 
K
R
 
R
F
 
I
A
 
C
H
 
D
H
 
C
G
 
V
Y
 
A
I
 
V
L
 
I
E
 
S
S
 
N
G
 
G
R
 
E
V
 
L
V
 
I
M
 
E
E
 
Q
G
 
D
P
 
T
A
 
V
A
 
S
E
 
E
L
 
V
R
 
F
E
 
S
N
 
H
P
 
P

Sites not aligning to the query:

3tuiC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 native crystal form (see paper)
29% identity, 85% coverage: 11:243/274 of query aligns to 2:233/344 of 3tuiC

query
sites
3tuiC
L
 
M
L
 
I
E
 
K
V
 
L
N
 
S
N
 
N
I
 
I
E
 
T
V
 
K
I
 
V
Y
x
F
N
 
H
H
x
Q
-
 
G
-
 
T
-
 
R
V
 
T
I
 
I
L
 
Q
V
 
A
L
 
L
K
 
N
G
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
T
 
H
V
 
V
P
 
P
K
 
A
G
 
G
G
 
Q
I
 
I
T
 
Y
A
 
G
L
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
A
N
x
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
L
 
I
K
 
R
S
 
C
I
 
V
S
 
-
N
 
N
L
 
L
L
 
L
H
 
-
S
 
-
E
 
E
R
 
R
G
 
P
E
 
-
V
 
-
T
 
T
K
 
E
G
 
G
T
 
S
I
 
V
S
 
L
Y
 
V
R
 
D
G
 
G
D
 
Q
R
 
E
V
 
L
Q
 
T
D
 
T
L
 
L
S
 
S
P
 
E
S
 
S
D
 
E
M
 
L
V
 
T
K
 
K
R
 
A
-
 
R
-
 
R
-
 
Q
-
 
I
G
 
G
V
 
M
I
 
I
Q
 
-
V
 
-
M
 
-
E
 
-
G
 
-
R
 
-
H
 
-
C
 
-
F
 
F
E
 
Q
H
 
H
L
 
F
T
 
-
V
 
-
E
 
-
E
 
-
N
 
N
L
 
L
L
 
L
T
 
S
G
 
S
A
 
-
Y
 
-
T
 
-
R
 
-
R
 
R
D
 
T
G
 
V
R
 
F
G
 
G
A
 
N
I
 
V
A
 
A
D
 
L
D
 
P
L
 
L
E
 
E
L
 
L
V
 
D
Y
 
N
T
 
T
Y
 
P
F
 
K
P
 
D
R
 
E
L
 
V
K
 
K
E
 
R
R
 
R
-
 
V
-
 
T
-
 
E
-
 
L
-
 
L
-
 
S
-
 
L
-
 
V
-
 
G
-
 
L
-
 
G
-
 
D
-
 
K
R
 
H
K
 
D
S
 
S
Q
 
Y
A
 
P
G
 
S
Y
 
N
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
C
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
S
R
 
N
P
 
P
E
 
K
T
 
V
I
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
S
 
T
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
Q
 
A
L
 
T
V
 
T
E
 
R
E
 
S
I
 
I
F
 
L
T
 
E
I
 
L
V
 
L
K
 
K
N
 
D
L
 
I
N
 
N
E
 
R
R
 
R
E
 
L
G
 
G
V
 
L
S
 
T
F
 
I
L
 
L
L
 
L
A
 
I
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
T
 
M
N
 
D
V
 
V
A
 
V
L
 
K
R
 
R
F
 
I
A
 
C
H
 
D
H
 
C
G
 
V
Y
 
A
I
 
V
L
 
I
E
 
S
S
 
N
G
 
G
R
 
E
V
 
L
V
 
I
M
 
E
E
 
Q
G
 
D
P
 
T
A
 
V
A
 
S
E
 
E
L
 
V
R
 
F
E