SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 3607477 FitnessBrowser__Dino:3607477 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6rqaB Crystal structure of the iminosuccinate reductase of paracoccus denitrificans in complex with NAD+ (see paper)
61% identity, 97% coverage: 10:330/330 of query aligns to 3:322/322 of 6rqaB

query
sites
6rqaB
L
 
M
V
 
L
I
 
V
V
 
V
T
 
A
E
 
E
E
 
K
I
 
E
C
 
I
Q
 
A
K
 
G
V
 
L
I
 
M
D
 
T
R
 
P
D
 
E
L
 
A
A
 
A
F
 
F
A
 
E
A
 
A
V
 
I
R
 
E
D
 
A
V
 
V
F
 
F
G
 
A
A
 
S
M
 
M
A
 
A
R
 
R
G
 
R
D
 
K
A
 
A
Y
 
Y
N
 
N
F
 
F
P
 
P
V
 
V
I
 
V
R
 
R
E
 
E
A
 
A
I
 
I
G
 
G
H
 
H
E
|
E
D
|
D
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
F
 
F
K
 
K
S
 
G
G
 
G
F
 
F
D
 
D
K
 
A
A
 
S
G
 
A
M
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
A
 
A
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
W
 
W
P
 
P
N
|
N
N
 
N
M
 
Q
A
 
K
K
 
H
G
 
N
I
 
L
I
 
I
N
 
N
H
 
H
Q
 
Q
S
 
S
T
 
T
V
 
V
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
D
P
 
P
D
 
D
T
 
T
G
 
G
K
 
R
L
 
V
K
 
S
A
 
A
L
 
A
V
 
V
G
 
G
G
 
G
N
 
N
Y
 
L
L
 
L
T
 
T
A
 
A
I
 
L
R
 
R
T
|
T
A
 
A
A
 
A
S
 
A
S
 
S
A
 
A
V
 
V
S
 
S
I
 
I
D
 
K
Q
 
Y
L
 
L
A
 
A
R
 
P
K
 
K
D
 
G
A
 
A
K
 
K
V
 
V
L
 
L
G
 
G
M
 
M
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
H
 
H
Q
|
Q
S
 
S
T
 
A
F
 
F
Q
 
Q
L
 
M
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
A
E
 
N
Q
 
V
R
 
H
D
 
R
F
 
F
E
 
E
K
 
K
V
 
V
V
 
I
C
 
G
W
 
W
N
 
N
P
|
P
H
|
H
P
 
P
D
 
E
M
 
M
I
 
L
P
 
S
N
 
R
L
 
L
G
 
A
K
 
D
V
 
T
A
 
A
A
 
A
E
 
E
I
 
L
G
 
G
I
 
L
P
 
P
F
 
F
E
 
E
A
 
A
V
 
V
S
 
E
R
 
L
E
 
D
E
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
Q
 
E
S
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
I
I
 
V
T
 
S
I
|
I
T
|
T
S
|
S
A
x
S
F
 
F
E
 
S
P
 
P
L
 
L
I
 
L
E
 
M
A
 
N
G
 
E
Y
 
H
I
 
V
K
 
K
P
 
G
G
 
P
T
 
T
H
 
H
L
 
I
A
 
A
C
 
A
M
|
M
G
|
G
T
 
T
D
|
D
T
 
T
K
 
K
G
 
G
K
|
K
Q
 
Q
E
 
E
V
 
L
A
 
D
A
 
P
E
 
A
L
 
L
V
 
V
A
 
A
K
 
R
A
 
A
T
 
R
L
 
I
F
 
F
T
 
T
D
 
D
E
 
E
V
 
V
A
 
A
Q
 
Q
S
 
S
T
 
V
T
 
S
I
 
I
G
 
G
E
 
E
T
 
C
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
I
 
I
A
 
A
S
 
A
G
 
G
A
 
L
I
 
I
T
 
R
Q
 
E
D
 
D
D
 
Q
V
 
V
T
 
G
P
 
E
I
 
L
G
 
G
K
 
A
V
 
V
I
 
V
N
 
A
G
 
G
D
 
D
H
 
D
P
 
P
G
 
G
R
 
R
T
 
-
S
 
G
D
 
D
D
 
A
E
 
E
I
 
V
T
 
T
L
 
I
F
 
F
D
 
D
G
|
G
T
|
T
G
|
G
V
 
V
G
 
G
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
L
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
Q
V
 
A
A
 
V
A
 
V
E
 
E
Q
 
L
A
 
A
V
 
K
A
 
H
T
 
K
G
 
G
A
 
V
A
 
A
T
 
Q
R
 
E
V
 
V
S
 
E
L
 
I

6rqaA Crystal structure of the iminosuccinate reductase of paracoccus denitrificans in complex with NAD+ (see paper)
61% identity, 97% coverage: 10:330/330 of query aligns to 3:322/322 of 6rqaA

query
sites
6rqaA
L
 
M
V
 
L
I
 
V
V
 
V
T
 
A
E
 
E
E
 
K
I
 
E
C
 
I
Q
 
A
K
 
G
V
 
L
I
 
M
D
 
T
R
 
P
D
 
E
L
 
A
A
 
A
F
 
F
A
 
E
A
 
A
V
 
I
R
 
E
D
 
A
V
 
V
F
 
F
G
 
A
A
 
S
M
 
M
A
 
A
R
 
R
G
 
R
D
 
K
A
 
A
Y
 
Y
N
 
N
F
 
F
P
 
P
V
 
V
I
 
V
R
 
R
E
 
E
A
 
A
I
 
I
G
 
G
H
 
H
E
 
E
D
 
D
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
F
 
F
K
 
K
S
 
G
G
 
G
F
 
F
D
 
D
K
 
A
A
 
S
G
 
A
M
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
A
 
A
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
W
 
W
P
 
P
N
 
N
N
 
N
M
 
Q
A
 
K
K
 
H
G
 
N
I
 
L
I
 
I
N
 
N
H
|
H
Q
 
Q
S
 
S
T
 
T
V
 
V
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
D
P
 
P
D
 
D
T
 
T
G
 
G
K
 
R
L
 
V
K
 
S
A
 
A
L
 
A
V
 
V
G
 
G
G
 
G
N
 
N
Y
 
L
L
 
L
T
 
T
A
 
A
I
 
L
R
 
R
T
|
T
A
 
A
A
 
A
S
 
A
S
 
S
A
 
A
V
 
V
S
 
S
I
 
I
D
 
K
Q
 
Y
L
 
L
A
 
A
R
 
P
K
 
K
D
 
G
A
 
A
K
 
K
V
 
V
L
 
L
G
 
G
M
 
M
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
H
|
H
Q
|
Q
S
 
S
T
 
A
F
 
F
Q
 
Q
L
 
M
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
A
E
 
N
Q
 
V
R
 
H
D
 
R
F
 
F
E
 
E
K
 
K
V
 
V
V
 
I
C
 
G
W
 
W
N
|
N
P
|
P
H
|
H
P
 
P
D
 
E
M
|
M
I
 
L
P
 
S
N
 
R
L
 
L
G
 
A
K
 
D
V
 
T
A
 
A
A
 
A
E
 
E
I
 
L
G
 
G
I
 
L
P
 
P
F
 
F
E
 
E
A
 
A
V
 
V
S
 
E
R
 
L
E
 
D
E
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
Q
 
E
S
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
I
I
 
V
T
 
S
I
|
I
T
|
T
S
|
S
A
x
S
F
 
F
E
 
S
P
 
P
L
 
L
I
 
L
E
 
M
A
 
N
G
 
E
Y
 
H
I
 
V
K
 
K
P
 
G
G
 
P
T
 
T
H
 
H
L
 
I
A
 
A
C
 
A
M
|
M
G
|
G
T
 
T
D
|
D
T
 
T
K
 
K
G
 
G
K
|
K
Q
 
Q
E
 
E
V
 
L
A
 
D
A
 
P
E
 
A
L
 
L
V
 
V
A
 
A
K
 
R
A
 
A
T
 
R
L
 
I
F
 
F
T
 
T
D
 
D
E
 
E
V
 
V
A
 
A
Q
 
Q
S
 
S
T
 
V
T
 
S
I
 
I
G
 
G
E
 
E
T
 
C
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
I
 
I
A
 
A
S
 
A
G
 
G
A
 
L
I
 
I
T
 
R
Q
 
E
D
 
D
D
 
Q
V
 
V
T
 
G
P
 
E
I
 
L
G
 
G
K
 
A
V
 
V
I
 
V
N
 
A
G
 
G
D
 
D
H
 
D
P
 
P
G
 
G
R
 
R
T
 
-
S
 
G
D
 
D
D
 
A
E
 
E
I
 
V
T
 
T
L
 
I
F
 
F
D
 
D
G
|
G
T
 
T
G
 
G
V
 
V
G
 
G
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
L
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
Q
V
 
A
A
 
V
A
 
V
E
 
E
Q
 
L
A
 
A
V
 
K
A
 
H
T
 
K
G
 
G
A
 
V
A
 
A
T
 
Q
R
 
E
V
 
V
S
 
E
L
 
I

A1B8Z0 Iminosuccinate reductase; EC 1.4.1.- from Paracoccus denitrificans (strain Pd 1222) (see paper)
61% identity, 97% coverage: 10:330/330 of query aligns to 1:320/320 of A1B8Z0

query
sites
A1B8Z0
L
 
M
V
 
L
I
 
V
V
 
V
T
 
A
E
 
E
E
 
K
I
 
E
C
 
I
Q
 
A
K
 
G
V
 
L
I
 
M
D
 
T
R
 
P
D
 
E
L
 
A
A
 
A
F
 
F
A
 
E
A
 
A
V
 
I
R
 
E
D
 
A
V
 
V
F
 
F
G
 
A
A
 
S
M
 
M
A
 
A
R
 
R
G
 
R
D
 
K
A
 
A
Y
 
Y
N
 
N
F
 
F
P
 
P
V
 
V
I
 
V
R
 
R
E
 
E
A
 
A
I
 
I
G
 
G
H
 
H
E
 
E
D
 
D
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
F
 
F
K
 
K
S
 
G
G
 
G
F
 
F
D
 
D
K
 
A
A
 
S
G
 
A
M
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
A
 
A
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
W
 
W
P
 
P
N
 
N
N
 
N
M
 
Q
A
 
K
K
 
H
G
 
N
I
 
L
I
 
I
N
 
N
H
 
H
Q
 
Q
S
 
S
T
 
T
V
 
V
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
D
P
 
P
D
 
D
T
 
T
G
 
G
K
 
R
L
 
V
K
 
S
A
 
A
L
 
A
V
 
V
G
 
G
G
 
G
N
 
N
Y
 
L
L
 
L
T
 
T
A
 
A
I
 
L
R
|
R
T
 
T
A
 
A
A
 
A
S
 
A
S
 
S
A
 
A
V
 
V
S
 
S
I
 
I
D
 
K
Q
 
Y
L
 
L
A
 
A
R
 
P
K
 
K
D
 
G
A
 
A
K
 
K
V
 
V
L
 
L
G
 
G
M
 
M
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
H
|
H
Q
|
Q
S
 
S
T
 
A
F
 
F
Q
 
Q
L
 
M
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
A
E
 
N
Q
 
V
R
 
H
D
 
R
F
 
F
E
 
E
K
 
K
V
 
V
V
 
I
C
 
G
W
 
W
N
|
N
P
 
P
H
 
H
P
 
P
D
 
E
M
 
M
I
 
L
P
 
S
N
 
R
L
 
L
G
 
A
K
 
D
V
 
T
A
 
A
A
 
A
E
 
E
I
 
L
G
 
G
I
 
L
P
 
P
F
 
F
E
 
E
A
 
A
V
 
V
S
 
E
R
 
L
E
 
D
E
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
Q
 
E
S
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
I
I
 
V
T
 
S
I
 
I
T
 
T
S
|
S
A
 
S
F
 
F
E
 
S
P
 
P
L
 
L
I
 
L
E
 
M
A
 
N
G
 
E
Y
 
H
I
 
V
K
 
K
P
 
G
G
 
P
T
 
T
H
 
H
L
 
I
A
 
A
C
 
A
M
|
M
G
|
G
T
|
T
D
|
D
T
 
T
K
 
K
G
 
G
K
|
K
Q
 
Q
E
 
E
V
 
L
A
 
D
A
 
P
E
 
A
L
 
L
V
 
V
A
 
A
K
 
R
A
 
A
T
 
R
L
 
I
F
 
F
T
 
T
D
 
D
E
 
E
V
 
V
A
 
A
Q
 
Q
S
 
S
T
 
V
T
 
S
I
 
I
G
 
G
E
 
E
T
 
C
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
I
 
I
A
 
A
S
 
A
G
 
G
A
 
L
I
 
I
T
 
R
Q
 
E
D
 
D
D
 
Q
V
 
V
T
 
G
P
 
E
I
 
L
G
 
G
K
 
A
V
 
V
I
 
V
N
 
A
G
 
G
D
 
D
H
 
D
P
 
P
G
 
G
R
 
R
T
 
-
S
 
G
D
 
D
D
 
A
E
 
E
I
 
V
T
 
T
L
 
I
F
 
F
D
 
D
G
|
G
T
 
T
G
 
G
V
 
V
G
 
G
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
L
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
Q
V
 
A
A
 
V
A
 
V
E
 
E
Q
 
L
A
 
A
V
 
K
A
 
H
T
 
K
G
 
G
A
 
V
A
 
A
T
 
Q
R
 
E
V
 
V
S
 
E
L
 
I

1omoA Alanine dehydrogenase dimer w/bound NAD (archaeal) (see paper)
32% identity, 97% coverage: 11:330/330 of query aligns to 4:319/320 of 1omoA

query
sites
1omoA
V
 
L
I
 
I
V
 
L
T
 
T
E
 
Q
E
 
E
I
 
E
C
 
V
Q
 
E
K
 
S
V
 
L
I
 
I
D
 
S
R
 
M
D
 
D
L
 
E
A
 
A
F
 
M
A
 
N
A
 
A
V
 
V
R
 
E
D
 
E
V
 
A
F
 
F
G
 
R
A
 
L
M
 
Y
A
 
A
R
 
L
G
 
G
D
 
K
A
 
A
Y
 
Q
N
 
M
F
 
P
P
 
P
V
 
K
I
 
V
R
 
Y
E
 
L
A
 
E
I
 
F
G
 
E
H
 
K
E
 
G
D
 
D
-
 
L
-
x
R
A
 
A
L
 
M
Y
 
P
G
 
A
F
 
H
K
 
L
S
 
M
G
 
G
F
 
Y
D
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
-
M
 
-
V
 
-
L
 
A
G
 
G
V
 
L
K
 
K
A
 
W
G
 
V
G
 
N
Y
 
S
W
 
H
P
 
P
N
 
G
N
 
N
M
 
P
A
 
D
K
 
K
G
 
G
I
 
L
I
 
P
N
 
T
H
 
V
Q
 
M
S
 
A
T
 
L
V
 
M
F
 
I
L
 
L
F
 
N
D
 
S
P
 
P
D
 
E
T
 
T
G
 
G
K
 
F
L
 
P
K
 
L
A
 
A
L
 
V
V
 
M
G
 
D
G
 
A
N
 
T
Y
 
Y
L
 
T
T
 
T
A
 
S
I
 
L
R
 
R
T
|
T
A
 
G
A
 
A
S
 
A
S
 
G
A
 
G
V
 
I
S
 
A
I
 
A
D
 
K
Q
 
Y
L
 
L
A
 
A
R
 
R
K
 
K
D
 
N
A
 
S
K
 
S
V
 
V
L
 
F
G
 
G
M
 
F
V
 
I
G
 
G
A
 
C
G
|
G
H
x
T
Q
|
Q
S
 
A
T
 
Y
F
 
F
Q
 
Q
L
 
L
R
 
E
A
 
A
A
 
L
V
 
R
E
 
R
Q
 
V
R
 
F
D
 
D
F
 
I
E
 
G
K
 
E
V
 
V
V
 
K
C
 
A
W
x
Y
N
x
D
P
x
V
H
x
R
P
 
E
D
 
K
M
 
A
I
 
A
P
 
K
N
 
K
L
 
F
G
 
V
K
 
S
V
 
Y
A
 
C
A
 
E
E
 
D
I
 
R
G
 
G
I
 
I
P
 
S
F
 
-
E
 
A
A
 
S
V
 
V
S
 
Q
R
 
P
E
 
A
E
 
E
L
 
E
G
 
A
A
 
S
Q
 
R
S
 
C
D
 
D
V
 
V
I
 
L
I
 
V
T
 
T
I
 
T
T
|
T
S
x
P
A
 
S
F
 
R
E
 
K
P
 
P
L
 
V
I
 
V
E
 
K
A
 
A
G
 
E
Y
 
W
I
 
V
K
 
E
P
 
E
G
 
G
T
 
T
H
 
H
L
 
I
A
 
N
C
 
A
M
 
I
G
|
G
T
 
A
D
|
D
T
 
G
K
 
P
G
 
G
K
|
K
Q
 
Q
E
 
E
V
 
L
A
 
D
A
 
V
E
 
E
L
 
I
V
 
L
A
 
K
K
 
K
A
 
A
T
 
K
L
 
I
F
 
V
T
 
V
D
 
D
E
 
D
V
 
L
A
 
E
Q
 
Q
S
 
A
T
 
K
T
 
H
I
 
G
G
 
G
E
 
E
T
 
I
Q
 
N
H
 
V
A
 
A
I
 
V
A
 
S
S
 
K
G
 
G
A
 
V
I
 
I
T
 
G
Q
 
V
D
 
E
D
 
D
V
 
V
-
 
H
T
 
A
P
 
T
I
 
I
G
 
G
K
 
E
V
 
V
I
 
I
N
 
A
G
 
G
D
 
L
H
 
K
P
 
D
G
 
G
R
 
R
T
 
E
S
 
S
D
 
D
D
 
E
E
 
E
I
 
I
T
 
T
L
 
I
F
 
F
D
 
D
G
x
S
T
|
T
G
|
G
V
 
L
G
 
A
L
 
I
Q
 
Q
D
 
D
L
 
V
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
K
V
 
V
A
 
V
A
 
Y
E
 
E
Q
 
N
A
 
A
V
 
L
A
 
S
T
 
K
G
 
N
A
 
V
A
 
G
T
 
S
R
 
K
V
 
I
S
 
K
L
 
F

O28608 Alanine dehydrogenase; AlaDH; EC 1.4.1.1 from Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / VC-16) (see paper)
32% identity, 97% coverage: 11:330/330 of query aligns to 4:319/322 of O28608

query
sites
O28608
V
 
L
I
 
I
V
 
L
T
 
T
E
 
Q
E
 
E
I
 
E
C
 
V
Q
 
E
K
 
S
V
 
L
I
 
I
D
 
S
R
 
M
D
 
D
L
 
E
A
 
A
F
 
M
A
 
N
A
 
A
V
 
V
R
 
E
D
 
E
V
 
A
F
 
F
G
 
R
A
 
L
M
 
Y
A
 
A
R
 
L
G
 
G
D
 
K
A
 
A
Y
 
Q
N
 
M
F
 
P
P
 
P
V
 
K
I
 
V
R
 
Y
E
 
L
A
 
E
I
 
F
G
 
E
H
 
K
E
 
G
D
 
D
-
 
L
-
 
R
A
 
A
L
 
M
Y
 
P
G
 
A
F
 
H
K
 
L
S
 
M
G
 
G
F
 
Y
D
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
-
M
 
-
V
 
-
L
 
A
G
 
G
V
 
L
K
 
K
A
 
W
G
 
V
G
 
N
Y
 
S
W
 
H
P
 
P
N
 
G
N
 
N
M
 
P
A
 
D
K
 
K
G
 
G
I
 
L
I
 
P
N
 
T
H
 
V
Q
 
M
S
 
A
T
 
L
V
 
M
F
 
I
L
 
L
F
 
N
D
 
S
P
 
P
D
 
E
T
 
T
G
 
G
K
 
F
L
 
P
K
 
L
A
 
A
L
 
V
V
 
M
G
 
D
G
 
A
N
 
T
Y
 
Y
L
 
T
T
 
T
A
 
S
I
 
L
R
|
R
T
 
T
A
 
G
A
 
A
S
 
A
S
 
G
A
 
G
V
 
I
S
 
A
I
 
A
D
 
K
Q
 
Y
L
 
L
A
 
A
R
 
R
K
 
K
D
 
N
A
 
S
K
 
S
V
 
V
L
 
F
G
 
G
M
 
F
V
 
I
G
 
G
A
 
C
G
 
G
H
x
T
Q
|
Q
S
 
A
T
 
Y
F
 
F
Q
 
Q
L
 
L
R
 
E
A
 
A
A
 
L
V
 
R
E
 
R
Q
 
V
R
 
F
D
 
D
F
 
I
E
 
G
K
 
E
V
 
V
V
 
K
C
 
A
W
 
Y
N
x
D
P
x
V
H
x
R
P
 
E
D
 
K
M
 
A
I
 
A
P
 
K
N
 
K
L
 
F
G
 
V
K
 
S
V
 
Y
A
 
C
A
 
E
E
 
D
I
 
R
G
 
G
I
 
I
P
 
S
F
 
-
E
 
A
A
 
S
V
 
V
S
 
Q
R
 
P
E
 
A
E
 
E
L
 
E
G
 
A
A
 
S
Q
 
R
S
 
C
D
 
D
V
 
V
I
 
L
I
 
V
T
 
T
I
 
T
T
 
T
S
 
P
A
 
S
F
 
R
E
 
K
P
 
P
L
 
V
I
 
V
E
 
K
A
 
A
G
 
E
Y
 
W
I
 
V
K
 
E
P
 
E
G
 
G
T
 
T
H
 
H
L
 
I
A
 
N
C
 
A
M
 
I
G
|
G
T
x
A
D
|
D
T
 
G
K
 
P
G
 
G
K
|
K
Q
 
Q
E
 
E
V
 
L
A
 
D
A
 
V
E
 
E
L
 
I
V
 
L
A
 
K
K
 
K
A
 
A
T
 
K
L
 
I
F
 
V
T
 
V
D
 
D
E
 
D
V
 
L
A
 
E
Q
 
Q
S
 
A
T
 
K
T
 
H
I
 
G
G
 
G
E
 
E
T
 
I
Q
 
N
H
 
V
A
 
A
I
 
V
A
 
S
S
 
K
G
 
G
A
 
V
I
 
I
T
 
G
Q
 
V
D
 
E
D
 
D
V
 
V
-
 
H
T
 
A
P
 
T
I
 
I
G
 
G
K
 
E
V
 
V
I
 
I
N
 
A
G
 
G
D
 
L
H
 
K
P
 
D
G
 
G
R
 
R
T
 
E
S
 
S
D
 
D
D
 
E
E
 
E
I
 
I
T
 
T
L
 
I
F
 
F
D
 
D
G
x
S
T
 
T
G
 
G
V
 
L
G
 
A
L
 
I
Q
 
Q
D
 
D
L
 
V
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
K
V
 
V
A
 
V
A
 
Y
E
 
E
Q
 
N
A
 
A
V
 
L
A
 
S
T
 
K
G
 
N
A
 
V
A
 
G
T
 
S
R
 
K
V
 
I
S
 
K
L
 
F

6t3eB Structure of thermococcus litoralis delta(1)-pyrroline-2-carboxylate reductase in complex with nadh and l-proline (see paper)
34% identity, 78% coverage: 73:330/330 of query aligns to 64:325/325 of 6t3eB

query
sites
6t3eB
L
 
L
G
 
A
V
 
V
K
|
K
A
 
V
G
 
V
G
 
S
Y
 
L
W
 
Y
P
 
P
N
 
E
N
 
N
M
 
T
A
 
K
K
 
K
G
 
G
I
 
L
I
 
P
N
x
S
H
 
V
Q
 
L
S
 
A
T
 
S
V
 
I
F
 
L
L
 
L
F
 
N
D
 
D
P
 
P
D
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
A
L
 
P
K
 
L
A
 
A
L
 
L
V
 
M
G
 
E
G
 
G
N
 
T
Y
 
F
L
 
I
T
 
T
A
 
A
I
 
M
R
|
R
T
|
T
A
 
G
A
 
A
S
 
A
S
 
S
A
 
G
V
 
V
S
 
A
I
 
T
D
 
K
Q
 
Y
L
 
L
A
 
A
R
 
R
K
 
K
D
 
D
A
 
S
K
 
K
V
 
I
L
 
A
G
 
G
M
 
I
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
H
x
V
Q
|
Q
S
 
A
T
 
R
F
 
T
Q
 
Q
L
 
L
R
 
W
A
 
A
A
 
V
V
 
C
E
 
E
Q
 
V
R
 
R
D
 
N
F
 
I
E
 
E
K
 
K
V
 
A
V
 
L
C
 
V
W
 
Y
N
x
D
P
x
I
H
 
N
P
 
P
D
 
K
M
 
-
I
 
-
P
 
-
N
 
N
L
 
A
G
 
K
K
 
K
V
 
F
A
 
A
A
 
E
E
 
E
-
 
M
-
 
S
-
 
K
-
 
K
I
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
E
F
 
I
E
 
K
A
 
T
V
 
V
-
 
E
S
 
S
R
 
A
E
 
R
E
 
E
L
 
A
G
 
T
A
 
E
Q
 
K
S
 
S
D
 
D
V
 
I
I
 
L
I
 
I
T
 
V
I
x
A
T
|
T
S
x
T
A
|
A
F
 
R
E
 
E
P
 
P
L
x
V
I
 
V
E
 
K
A
 
G
G
 
G
Y
 
W
I
 
I
K
 
R
P
 
E
G
 
G
T
 
T
H
 
H
L
 
I
A
 
N
C
 
S
M
x
V
G
|
G
T
x
W
D
 
V
T
 
G
K
 
R
G
 
D
K
 
A
Q
 
R
E
 
E
V
 
L
A
 
D
A
 
S
E
 
E
L
 
T
V
 
V
A
 
R
K
 
K
A
 
S
T
 
K
L
 
L
F
 
V
T
 
V
D
 
D
E
 
-
V
 
-
A
 
S
Q
 
K
S
 
E
T
 
G
T
 
V
I
 
L
G
 
N
E
 
E
T
 
S
Q
 
G
H
 
D
A
 
I
I
 
I
-
 
I
-
 
P
-
 
M
A
 
K
S
 
E
G
 
G
A
 
V
I
 
I
T
 
D
Q
 
E
D
 
G
D
 
H
V
 
I
-
 
H
T
 
A
P
 
E
I
 
L
G
 
A
K
 
E
V
 
I
I
 
V
N
 
A
G
 
G
D
 
V
H
 
K
P
 
K
G
 
G
R
 
R
T
 
E
S
 
N
D
 
N
D
 
R
E
 
E
I
 
I
T
 
T
L
 
L
F
 
F
D
 
K
G
x
S
T
x
V
G
|
G
V
 
L
G
 
A
L
 
I
Q
 
E
D
 
D
L
 
A
A
 
I
V
 
T
A
 
A
A
 
K
V
 
L
A
 
A
A
 
Y
E
 
E
Q
 
K
A
 
A
V
 
L
A
 
E
T
 
H
G
 
G
A
 
V
A
 
G
T
 
T
R
 
N
V
 
V
S
 
E
L
 
L

Sites not aligning to the query:

4bvaA Crystal structure of the NADPH-t3 form of mouse mu-crystallin. (see paper)
34% identity, 67% coverage: 91:312/330 of query aligns to 81:293/303 of 4bvaA

query
sites
4bvaA
N
 
S
H
 
H
Q
 
Q
S
 
A
T
 
S
V
 
V
F
 
L
L
 
L
F
 
F
D
 
D
P
 
P
D
 
S
T
 
N
G
 
G
K
 
S
L
 
L
K
 
L
A
 
A
L
 
V
V
 
M
G
 
D
G
 
G
N
 
N
Y
 
V
L
 
I
T
|
T
A
 
A
I
 
K
R
|
R
T
|
T
A
 
A
A
 
A
S
 
V
S
 
S
A
 
A
V
 
I
S
 
A
I
 
T
D
 
K
Q
 
L
L
 
L
A
 
K
R
 
P
K
 
P
D
 
G
A
 
S
K
 
D
V
 
V
L
 
L
G
 
C
M
 
I
V
 
L
G
 
G
A
 
A
G
|
G
H
x
V
Q
|
Q
S
 
A
T
 
Y
F
 
S
Q
 
H
L
 
Y
R
 
E
A
 
I
A
 
F
V
 
T
E
 
E
Q
 
Q
R
 
F
D
 
S
F
 
F
E
 
K
K
 
E
V
 
V
V
 
R
C
 
M
W
 
W
N
|
N
P
x
R
H
x
T
P
 
R
D
 
E
M
 
-
I
 
-
P
 
-
N
|
N
L
 
A
G
 
E
K
 
K
V
 
F
A
 
A
A
 
S
E
 
T
I
 
V
-
 
Q
G
 
G
I
 
D
P
 
V
F
 
R
E
 
V
A
 
C
V
 
S
S
 
S
R
 
V
E
 
Q
E
 
E
L
 
A
G
 
V
A
 
T
Q
 
G
S
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
I
I
 
I
T
 
T
I
x
V
T
|
T
S
x
M
A
|
A
F
 
T
E
 
E
P
 
P
L
 
I
I
 
L
E
 
F
A
 
G
G
 
E
Y
 
W
I
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
T
 
A
H
 
H
L
 
I
A
 
N
C
 
A
M
x
V
G
 
G
T
 
A
D
x
S
T
x
R
K
 
P
G
 
D
K
x
W
Q
 
R
E
 
E
V
 
L
A
 
D
A
 
D
E
 
E
L
 
L
V
 
M
A
 
R
K
 
Q
A
 
A
T
 
V
L
 
L
F
 
Y
T
 
V
D
 
D
E
 
-
V
 
-
A
 
S
Q
 
R
S
 
E
T
 
A
T
 
A
I
 
L
G
 
K
E
|
E
T
 
S
Q
 
G
H
 
D
A
 
V
I
 
L
A
 
L
S
 
S
G
 
G
A
 
A
I
 
-
T
 
-
Q
 
-
D
 
D
D
 
I
V
 
F
T
 
A
P
 
E
I
 
L
G
 
G
K
 
E
V
 
V
I
 
I
N
 
S
G
 
G
D
 
A
H
 
K
P
 
P
G
 
A
R
 
H
T
 
C
S
 
-
D
 
-
D
 
E
E
 
K
I
 
T
T
 
T
L
 
V
F
 
F
D
 
K
G
x
S
T
x
L
G
|
G
V
 
M
G
 
A
L
 
V
Q
 
E
D
 
D
L
 
L
A
 
V
V
 
A
A
 
A

Sites not aligning to the query:

4bv9A Crystal structure of the NADPH form of mouse mu-crystallin. (see paper)
33% identity, 68% coverage: 89:312/330 of query aligns to 80:294/303 of 4bv9A

query
sites
4bv9A
I
 
V
I
 
P
N
x
S
H
|
H
Q
 
Q
S
 
A
T
 
S
V
 
V
F
 
L
L
 
L
F
 
F
D
 
D
P
 
P
D
 
S
T
 
N
G
 
G
K
 
S
L
 
L
K
 
L
A
 
A
L
 
V
V
 
M
G
 
D
G
 
G
N
 
N
Y
 
V
L
 
I
T
 
T
A
 
A
I
 
K
R
|
R
T
|
T
A
 
A
A
 
A
S
 
V
S
 
S
A
 
A
V
 
I
S
 
A
I
 
T
D
 
K
Q
 
L
L
 
L
A
 
K
R
 
P
K
 
P
D
 
G
A
 
S
K
 
D
V
 
V
L
 
L
G
 
C
M
 
I
V
 
L
G
|
G
A
 
A
G
|
G
H
x
V
Q
|
Q
S
 
A
T
 
Y
F
 
S
Q
 
H
L
 
Y
R
 
E
A
 
I
A
 
F
V
 
T
E
 
E
Q
 
Q
R
 
F
D
 
S
F
 
F
E
 
K
K
 
E
V
 
V
V
 
R
C
 
M
W
 
W
N
|
N
P
x
R
H
x
T
P
 
R
D
 
E
M
 
-
I
 
-
P
 
-
N
 
N
L
 
A
G
 
E
K
 
K
V
 
F
A
 
A
A
 
S
E
 
T
I
 
V
-
 
Q
G
 
G
I
 
D
P
 
V
F
 
R
E
 
V
A
 
C
V
 
S
S
 
S
R
 
V
E
 
Q
E
 
E
L
 
A
G
 
V
A
 
T
Q
 
G
S
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
I
I
 
I
T
 
T
I
x
V
T
|
T
S
x
M
A
|
A
F
 
T
E
 
E
P
 
P
L
 
I
I
 
L
E
 
F
A
 
G
G
 
E
Y
 
W
I
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
T
 
A
H
 
H
L
 
I
A
 
N
C
 
A
M
x
V
G
|
G
T
 
A
D
x
S
T
 
R
K
 
P
G
 
D
K
 
W
Q
 
R
E
 
E
V
 
L
A
 
D
A
 
D
E
 
E
L
 
L
V
 
M
A
 
R
K
 
Q
A
 
A
T
 
V
L
 
L
F
 
Y
T
 
V
D
 
D
E
 
-
V
 
-
A
 
S
Q
 
R
S
 
E
T
 
A
T
 
A
I
 
L
G
 
K
E
 
E
T
 
S
Q
 
G
H
 
D
A
 
V
I
 
L
A
 
L
S
 
S
G
 
G
A
 
A
I
 
-
T
 
-
Q
 
-
D
 
D
D
 
I
V
 
F
T
 
A
P
 
E
I
 
L
G
 
G
K
 
E
V
 
V
I
 
I
N
 
S
G
 
G
D
 
A
H
 
K
P
 
P
G
 
A
R
 
H
T
 
C
S
 
-
D
 
-
D
 
E
E
 
K
I
 
T
T
 
T
L
 
V
F
 
F
D
 
K
G
x
S
T
x
L
G
|
G
V
 
M
G
 
A
L
 
V
Q
 
E
D
 
D
L
 
L
A
 
V
V
 
A
A
 
A

Sites not aligning to the query:

Q14894 Ketimine reductase mu-crystallin; NADP-regulated thyroid-hormone-binding protein; EC 1.5.1.25 from Homo sapiens (Human) (see paper)
33% identity, 67% coverage: 91:312/330 of query aligns to 91:303/314 of Q14894

query
sites
Q14894
N
 
S
H
 
H
Q
 
Q
S
 
A
T
 
T
V
 
V
F
 
L
L
 
L
F
 
F
D
 
E
P
 
P
D
 
S
T
 
N
G
 
G
K
 
T
L
 
L
K
 
L
A
 
A
L
 
V
V
 
M
G
 
D
G
 
G
N
 
N
Y
 
V
L
 
I
T
 
T
A
 
A
I
 
K
R
 
R
T
 
T
A
 
A
A
 
A
S
 
V
S
 
S
A
 
A
V
 
I
S
 
A
I
 
T
D
 
K
Q
 
F
L
 
L
A
 
K
R
 
P
K
 
P
D
 
S
A
 
S
K
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
C
M
 
I
V
 
L
G
|
G
A
|
A
G
|
G
H
x
V
Q
|
Q
S
x
A
T
 
Y
F
 
S
Q
 
H
L
 
Y
R
 
E
A
 
I
A
 
F
V
 
T
E
 
E
Q
 
Q
R
 
F
D
 
S
F
 
F
E
 
K
K
 
E
V
 
V
V
 
R
C
 
I
W
 
W
N
|
N
P
x
R
H
 
T
P
 
K
D
 
E
M
 
N
I
 
A
P
 
E
N
 
K
L
 
F
G
 
A
-
 
D
K
 
T
V
 
V
A
 
Q
A
 
G
E
 
E
I
 
V
G
 
R
I
 
V
P
 
-
F
 
-
E
 
-
A
 
C
V
 
S
S
 
S
R
 
V
E
 
Q
E
 
E
L
 
A
G
 
V
A
 
A
Q
 
G
S
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
I
I
 
I
T
 
T
I
 
V
T
 
T
S
 
L
A
 
A
F
 
T
E
 
E
P
 
P
L
 
I
I
 
L
E
 
F
A
 
G
G
 
E
Y
 
W
I
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
T
 
A
H
 
H
L
 
I
A
 
N
C
 
A
M
 
V
G
 
G
T
 
A
D
 
S
T
 
R
K
 
P
G
 
D
K
 
W
Q
 
R
E
 
E
V
 
L
A
 
D
A
 
D
E
 
E
L
 
L
V
 
M
A
 
K
K
 
E
A
 
A
T
 
V
L
 
L
F
 
Y
T
 
V
D
 
D
E
 
-
V
 
-
A
 
S
Q
 
Q
S
 
E
T
 
A
T
 
A
I
 
L
G
 
K
E
 
E
T
 
S
Q
 
G
H
 
D
A
 
V
I
 
L
A
 
L
S
 
S
G
 
G
A
 
A
I
 
-
T
 
-
Q
 
-
D
 
E
D
 
I
V
 
F
T
 
A
P
 
E
I
 
L
G
 
G
K
 
E
V
 
V
I
 
I
N
 
K
G
 
G
D
 
V
H
 
K
P
 
P
G
 
A
R
 
H
T
 
C
S
 
-
D
 
-
D
 
E
E
 
K
I
 
T
T
 
T
L
 
V
F
 
F
D
 
K
G
 
S
T
 
L
G
 
G
V
 
M
G
 
A
L
 
V
Q
 
E
D
 
D
L
 
T
A
 
V
V
 
A
A
 
A

2i99A Crystal structure of human mu_crystallin at 2.6 angstrom (see paper)
33% identity, 67% coverage: 91:312/330 of query aligns to 90:302/312 of 2i99A

query
sites
2i99A
N
x
S
H
|
H
Q
 
Q
S
 
A
T
 
T
V
 
V
F
 
L
L
 
L
F
 
F
D
 
E
P
 
P
D
 
S
T
 
N
G
 
G
K
 
T
L
 
L
K
 
L
A
 
A
L
 
V
V
 
M
G
 
D
G
 
G
N
 
N
Y
 
V
L
 
I
T
 
T
A
 
A
I
 
K
R
|
R
T
|
T
A
 
A
A
 
A
S
 
V
S
 
S
A
 
A
V
 
I
S
 
A
I
 
T
D
 
K
Q
 
F
L
 
L
A
 
K
R
 
P
K
 
P
D
 
S
A
 
S
K
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
C
M
 
I
V
 
L
G
|
G
A
|
A
G
|
G
H
x
V
Q
|
Q
S
 
A
T
 
Y
F
 
S
Q
 
H
L
 
Y
R
 
E
A
 
I
A
 
F
V
 
T
E
 
E
Q
 
Q
R
 
F
D
 
S
F
 
F
E
 
K
K
 
E
V
 
V
V
 
R
C
 
I
W
 
W
N
|
N
P
x
R
H
x
T
P
 
K
D
 
E
M
 
N
I
 
A
P
 
E
N
 
K
L
 
F
G
 
A
-
 
D
K
 
T
V
 
V
A
 
Q
A
 
G
E
 
E
I
 
V
G
 
R
I
 
V
P
 
-
F
 
-
E
 
-
A
 
C
V
 
S
S
 
S
R
 
V
E
 
Q
E
 
E
L
 
A
G
 
V
A
 
A
Q
 
G
S
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
I
I
 
I
T
 
T
I
x
V
T
|
T
S
x
L
A
|
A
F
 
T
E
 
E
P
 
P
L
 
I
I
 
L
E
 
F
A
 
G
G
 
E
Y
 
W
I
 
V
K
 
K
P
 
P
G
 
G
T
 
A
H
 
H
L
 
I
A
 
N
C
 
A
M
x
V
G
|
G
T
 
A
D
x
S
T
 
R
K
 
P
G
 
D
K
 
W
Q
 
R
E
 
E
V
 
L
A
 
D
A
 
D
E
 
E
L
 
L
V
 
M
A
 
K
K
 
E
A
 
A
T
 
V
L
 
L
F
 
Y
T
 
V
D
 
D
E
 
-
V
 
-
A
 
S
Q
 
Q
S
 
E
T
 
A
T
 
A
I
 
L
G
 
K
E
 
E
T
 
S
Q
 
G
H
 
D
A
 
V
I
 
L
A
 
L
S
 
S
G
 
G
A
 
A
I
 
-
T
 
-
Q
 
-
D
 
E
D
 
I
V
 
F
T
 
A
P
 
E
I
 
L
G
 
G
K
 
E
V
 
V
I
 
I
N
 
K
G
 
G
D
 
V
H
 
K
P
 
P
G
 
A
R
 
H
T
 
C
S
 
-
D
 
-
D
 
E
E
 
K
I
 
T
T
 
T
L
 
V
F
 
F
D
 
K
G
x
S
T
x
L
G
|
G
V
 
M
G
 
A
L
 
V
Q
 
E
D
 
D
L
 
T
A
 
V
V
 
A
A
 
A

Sites not aligning to the query:

Q9FLY0 Protein SAR DEFICIENT 4; Ornithine cyclodeaminase-like protein; AtOCD from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see paper)
28% identity, 75% coverage: 73:321/330 of query aligns to 68:323/325 of Q9FLY0

query
sites
Q9FLY0
L
 
M
G
 
G
V
 
V
K
 
K
A
 
L
G
 
V
G
 
T
Y
 
Y
W
 
F
P
 
P
N
 
H
N
 
N
M
 
S
A
 
S
K
 
Q
G
 
N
I
 
L
I
 
P
N
 
G
H
 
I
Q
 
H
S
x
G
T
 
S
V
 
Y
F
 
T
L
 
L
F
 
F
D
 
S
P
 
S
D
 
T
T
 
T
G
 
G
K
 
Q
L
 
T
K
 
L
A
 
A
L
 
T
V
 
M
G
 
D
G
 
G
N
 
T
Y
 
V
L
 
L
T
 
T
A
 
L
I
 
Y
R
 
R
T
 
T
A
 
S
A
 
S
S
 
V
S
 
S
A
 
G
V
 
L
S
 
G
I
 
S
D
 
K
Q
 
I
L
 
L
A
 
A
R
 
R
K
 
D
D
 
D
A
 
S
K
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
I
M
 
M
V
 
V
G
|
G
A
 
S
G
 
G
H
 
A
Q
 
L
S
 
A
T
 
P
F
 
H
Q
 
L
L
 
I
R
 
K
A
 
S
A
 
H
V
 
L
E
 
A
Q
 
A
R
 
K
-
 
P
D
 
S
F
 
L
E
 
R
K
 
R
V
 
V
V
 
I
C
 
I
W
 
W
N
 
N
P
 
R
H
 
T
P
 
P
-
 
Q
-
 
R
-
 
A
-
 
Q
D
 
E
M
 
L
I
 
A
P
 
E
N
 
T
L
 
L
G
 
S
K
 
K
V
 
D
A
 
P
A
 
Q
E
 
H
I
 
K
G
 
E
I
 
I
P
 
S
F
 
F
E
 
D
A
 
S
V
 
H
-
 
D
S
 
S
R
 
L
E
 
D
E
 
Q
L
 
I
G
 
I
A
 
P
Q
 
L
S
 
G
D
 
D
V
 
I
I
 
I
I
x
S
T
 
C
I
 
A
T
 
T
S
 
N
A
 
S
F
 
T
E
 
V
P
 
P
L
 
L
I
 
V
E
 
K
A
 
G
G
 
E
Y
 
F
I
 
L
K
 
K
P
 
P
G
 
G
T
 
T
H
 
H
L
 
L
A
 
D
C
 
L
M
 
V
G
 
G
T
 
S
D
 
F
T
 
S
K
 
H
G
 
E
K
 
M
Q
 
K
E
 
E
V
 
C
A
 
D
A
 
D
E
 
N
L
 
A
V
 
I
A
 
Q
K
 
R
A
 
G
T
 
S
L
 
V
F
 
F
T
 
V
D
 
D
E
 
N
V
 
D
A
 
T
Q
 
A
S
 
M
T
 
I
T
 
E
I
 
A
G
 
G
E
 
E
T
 
L
Q
 
A
H
 
G
A
 
A
I
 
F
A
 
E
S
 
R
G
 
G
A
 
V
I
 
I
T
 
K
Q
 
R
D
 
E
D
 
D
V
 
I
T
 
C
-
 
G
P
 
N
I
 
L
G
 
V
K
 
E
V
 
L
I
 
I
N
 
K
G
 
G
D
 
D
H
 
K
P
 
E
G
 
G
R
 
R
T
 
K
S
 
S
D
 
S
D
 
T
E
 
D
I
 
I
T
 
T
L
 
V
F
 
F
D
 
K
G
 
S
T
 
V
G
 
G
V
 
S
G
 
G
L
 
T
Q
 
V
D
 
D
L
 
L
A
 
L
V
 
T
A
 
A
A
 
Q
V
 
L
A
 
V
A
 
H
E
 
E
Q
 
T
A
 
Y
V
 
L
A
 
S

1u7hA Structure and a proposed mechanism for ornithine cyclodeaminase from pseudomonas putida (see paper)
30% identity, 75% coverage: 82:330/330 of query aligns to 74:321/341 of 1u7hA

query
sites
1u7hA
P
 
P
N
 
A
N
 
N
M
 
T
A
 
A
K
 
R
G
 
N
I
 
L
I
 
H
N
x
T
H
 
V
Q
 
M
S
 
A
T
 
F
V
 
G
F
 
V
L
 
L
F
 
A
D
 
D
P
 
V
D
 
D
T
 
S
G
 
G
K
 
Y
L
 
P
K
 
V
A
 
L
L
 
L
V
 
S
G
 
E
G
 
L
N
 
T
Y
 
I
L
 
A
T
 
T
A
 
A
I
 
L
R
|
R
T
|
T
A
 
A
A
 
A
S
 
T
S
 
S
A
 
L
V
 
M
S
 
A
I
 
A
D
 
Q
Q
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
K
 
P
D
 
N
A
 
A
K
 
R
V
 
K
L
 
M
G
 
A
M
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
N
G
|
G
H
x
A
Q
|
Q
S
 
S
T
 
E
F
 
F
Q
 
Q
L
 
A
R
 
L
A
 
A
A
 
F
V
 
H
E
 
K
Q
 
H
R
 
L
D
 
G
F
 
I
E
 
E
K
 
E
V
 
I
V
 
V
C
 
A
W
 
Y
N
x
D
P
x
T
H
 
D
P
 
P
-
 
L
-
 
A
-
 
T
-
 
A
D
 
K
M
 
L
I
 
I
P
 
A
N
 
N
L
 
L
G
 
K
K
 
E
V
 
Y
A
 
S
A
 
-
E
 
-
I
 
-
G
 
G
I
 
L
P
 
T
F
 
I
-
 
R
E
 
R
A
 
A
V
 
S
S
 
S
R
 
V
E
 
A
E
 
E
L
 
A
G
 
V
A
 
K
Q
 
G
S
 
V
D
 
D
V
 
I
I
 
I
I
 
T
T
 
T
I
x
V
T
|
T
S
x
A
-
 
D
-
 
K
A
 
A
F
 
Y
E
 
A
P
 
T
L
x
I
I
 
I
E
 
T
A
 
P
G
 
D
Y
 
M
I
 
L
K
 
E
P
 
P
G
 
G
T
 
M
H
 
H
L
 
L
A
 
N
C
 
A
M
x
V
G
|
G
T
 
G
D
|
D
T
 
C
K
 
P
G
 
G
K
|
K
Q
 
T
E
 
E
V
 
L
A
 
H
A
 
A
E
 
D
L
 
V
V
 
L
A
 
R
K
 
N
A
 
A
T
 
R
L
 
V
F
 
F
T
 
V
D
 
E
E
 
Y
V
 
E
A
 
P
Q
 
Q
S
 
T
T
 
R
T
 
I
I
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
I
Q
 
Q
H
 
Q
A
 
L
I
 
P
A
 
A
S
 
D
G
 
F
A
 
P
I
 
V
T
 
V
Q
 
D
D
 
-
D
 
-
V
 
-
T
 
-
P
 
-
I
 
L
G
 
W
K
 
R
V
 
V
I
 
L
N
 
R
G
 
G
D
 
E
H
 
T
P
 
E
G
 
G
R
 
R
T
 
Q
S
 
S
D
 
D
D
 
S
E
 
Q
I
 
V
T
 
T
L
 
V
F
 
F
D
 
D
G
x
S
T
x
V
G
|
G
V
 
F
G
 
A
L
 
L
Q
 
E
D
 
D
L
 
Y
A
 
T
V
 
V
A
 
L
A
 
R
V
 
Y
A
 
V
A
 
L
E
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
V
 
E
A
 
K
T
 
R
G
 
G
A
 
M
A
 
G
T
 
T
R
 
K
V
 
I
S
 
D
L
 
L

Sites not aligning to the query:

Q88H32 Ornithine cyclodeaminase; OCD; EC 4.3.1.12 from Pseudomonas putida (strain ATCC 47054 / DSM 6125 / CFBP 8728 / NCIMB 11950 / KT2440) (see paper)
30% identity, 75% coverage: 82:330/330 of query aligns to 75:322/350 of Q88H32

query
sites
Q88H32
P
 
P
N
 
A
N
 
N
M
 
T
A
 
A
K
 
R
G
 
N
I
 
L
I
 
H
N
x
T
H
 
V
Q
 
M
S
 
A
T
 
F
V
 
G
F
 
V
L
 
L
F
 
A
D
 
D
P
 
V
D
 
D
T
 
S
G
 
G
K
 
Y
L
 
P
K
 
V
A
 
L
L
 
L
V
 
S
G
 
E
G
 
L
N
 
T
Y
 
I
L
 
A
T
 
T
A
 
A
I
 
L
R
|
R
T
 
T
A
 
A
A
 
A
S
 
T
S
 
S
A
 
L
V
 
M
S
 
A
I
 
A
D
 
Q
Q
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
K
 
P
D
 
N
A
 
A
K
 
R
V
 
K
L
 
M
G
 
A
M
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
N
G
 
G
H
x
A
Q
|
Q
S
 
S
T
 
E
F
 
F
Q
 
Q
L
 
A
R
 
L
A
 
A
A
 
F
V
 
H
E
 
K
Q
 
H
R
 
L
D
 
G
F
 
I
E
 
E
K
 
E
V
 
I
V
 
V
C
 
A
W
 
Y
N
x
D
P
 
T
H
 
D
P
 
P
-
 
L
-
 
A
-
 
T
-
 
A
D
 
K
M
 
L
I
 
I
P
 
A
N
 
N
L
 
L
G
 
K
K
 
E
V
 
Y
A
 
S
A
 
-
E
 
-
I
 
-
G
 
G
I
 
L
P
 
T
F
 
I
-
 
R
E
 
R
A
 
A
V
 
S
S
 
S
R
 
V
E
 
A
E
 
E
L
 
A
G
 
V
A
 
K
Q
 
G
S
 
V
D
 
D
V
 
I
I
 
I
I
 
T
T
 
T
I
 
V
T
|
T
S
 
A
-
 
D
-
 
K
A
 
A
F
 
Y
E
 
A
P
 
T
L
 
I
I
 
I
E
 
T
A
 
P
G
 
D
Y
 
M
I
 
L
K
 
E
P
 
P
G
 
G
T
 
M
H
 
H
L
 
L
A
 
N
C
 
A
M
x
V
G
|
G
T
x
G
D
|
D
T
 
C
K
 
P
G
 
G
K
|
K
Q
 
T
E
 
E
V
 
L
A
 
H
A
 
A
E
 
D
L
 
V
V
 
L
A
 
R
K
 
N
A
 
A
T
 
R
L
 
V
F
 
F
T
 
V
D
 
E
E
 
Y
V
 
E
A
 
P
Q
 
Q
S
 
T
T
 
R
T
 
I
I
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
I
Q
 
Q
H
 
Q
A
 
L
I
 
P
A
 
A
S
 
D
G
 
F
A
 
P
I
 
V
T
 
V
Q
 
D
D
 
-
D
 
-
V
 
-
T
 
-
P
 
-
I
 
L
G
 
W
K
 
R
V
 
V
I
 
L
N
 
R
G
 
G
D
 
E
H
 
T
P
 
E
G
 
G
R
 
R
T
 
Q
S
 
S
D
 
D
D
 
S
E
 
Q
I
 
V
T
 
T
L
 
V
F
 
F
D
 
D
G
x
S
T
x
V
G
 
G
V
 
F
G
 
A
L
 
L
Q
 
E
D
 
D
L
 
Y
A
 
T
V
 
V
A
 
L
A
 
R
V
 
Y
A
 
V
A
 
L
E
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
V
 
E
A
 
K
T
 
R
G
 
G
A
 
M
A
 
G
T
 
T
R
 
K
V
 
I
S
 
D
L
 
L

Sites not aligning to the query:

1x7dA Crystal structure analysis of ornithine cyclodeaminase complexed with NAD and ornithine to 1.6 angstroms (see paper)
30% identity, 75% coverage: 82:330/330 of query aligns to 74:321/340 of 1x7dA

query
sites
1x7dA
P
 
P
N
 
A
N
 
N
M
 
T
A
 
A
K
 
R
G
 
N
I
 
L
I
 
H
N
x
T
H
 
V
Q
 
M
S
 
A
T
 
F
V
 
G
F
 
V
L
 
L
F
 
A
D
 
D
P
 
V
D
 
D
T
 
S
G
 
G
K
 
Y
L
 
P
K
 
V
A
 
L
L
 
L
V
 
S
G
 
E
G
 
L
N
 
T
Y
 
I
L
 
A
T
 
T
A
 
A
I
 
L
R
|
R
T
|
T
A
 
A
A
 
A
S
 
T
S
 
S
A
 
L
V
 
M
S
 
A
I
 
A
D
 
Q
Q
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
K
 
P
D
 
N
A
 
A
K
 
R
V
 
K
L
 
M
G
 
A
M
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
N
G
|
G
H
x
A
Q
|
Q
S
 
S
T
 
E
F
 
F
Q
 
Q
L
 
A
R
 
L
A
 
A
A
 
F
V
 
H
E
 
K
Q
 
H
R
 
L
D
 
G
F
 
I
E
 
E
K
 
E
V
 
I
V
 
V
C
 
A
W
 
Y
N
x
D
P
x
T
H
 
D
P
 
P
-
 
L
-
 
A
-
 
T
-
 
A
D
 
K
M
 
L
I
 
I
P
 
A
N
 
N
L
 
L
G
 
K
K
 
E
V
 
Y
A
 
S
A
 
-
E
 
-
I
 
-
G
 
G
I
 
L
P
 
T
F
 
I
-
 
R
E
 
R
A
 
A
V
 
S
S
 
S
R
 
V
E
 
A
E
 
E
L
 
A
G
 
V
A
 
K
Q
 
G
S
 
V
D
 
D
V
 
I
I
 
I
I
 
T
T
 
T
I
x
V
T
|
T
S
x
A
-
 
D
-
 
K
A
 
A
F
 
Y
E
 
A
P
 
T
L
x
I
I
 
I
E
 
T
A
 
P
G
 
D
Y
 
M
I
 
L
K
 
E
P
 
P
G
 
G
T
 
M
H
 
H
L
 
L
A
 
N
C
 
A
M
x
V
G
|
G
T
 
G
D
|
D
T
 
C
K
 
P
G
 
G
K
|
K
Q
 
T
E
 
E
V
 
L
A
 
H
A
 
A
E
 
D
L
 
V
V
 
L
A
 
R
K
 
N
A
 
A
T
 
R
L
 
V
F
 
F
T
 
V
D
 
E
E
 
Y
V
 
E
A
 
P
Q
 
Q
S
 
T
T
 
R
T
 
I
I
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
I
Q
 
Q
H
 
Q
A
 
L
I
 
P
A
 
A
S
 
D
G
 
F
A
 
P
I
 
V
T
 
V
Q
 
D
D
 
-
D
 
-
V
 
-
T
 
-
P
 
-
I
 
L
G
 
W
K
 
R
V
 
V
I
 
L
N
 
R
G
 
G
D
 
E
H
 
T
P
 
E
G
 
G
R
 
R
T
 
Q
S
 
S
D
 
D
D
 
S
E
 
Q
I
 
V
T
 
T
L
 
V
F
 
F
D
 
D
G
x
S
T
x
V
G
|
G
V
 
F
G
 
A
L
 
L
Q
 
E
D
 
D
L
 
Y
A
 
T
V
 
V
A
 
L
A
 
R
V
 
Y
A
 
V
A
 
L
E
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
V
 
E
A
 
K
T
 
R
G
 
G
A
 
M
A
 
G
T
 
T
R
 
K
V
 
I
S
 
D
L
 
L

Sites not aligning to the query:

5gziA Cyclodeaminase_pa
27% identity, 96% coverage: 15:330/330 of query aligns to 25:334/354 of 5gziA

query
sites
5gziA
E
 
D
E
 
E
I
 
L
C
 
M
Q
 
R
K
 
R
V
 
I
I
 
I
D
 
D
R
 
R
D
 
-
L
 
-
A
 
-
F
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
L
R
 
T
D
 
G
V
 
G
F
 
L
G
 
A
A
 
E
M
 
I
A
 
G
R
 
R
G
 
G
D
 
E
A
 
R
Y
 
H
N
 
L
F
 
S
P
 
P
V
 
-
I
 
L
R
|
R
E
 
G
A
 
G
I
 
L
G
 
E
H
 
R
E
 
S
D
 
E
A
 
P
L
 
V
Y
 
P
G
 
G
F
 
I
K
 
W
S
 
E
G
 
W
F
 
M
D
 
P
-
 
H
-
 
R
K
 
E
A
 
P
G
 
G
M
 
D
V
 
H
L
 
I
G
 
T
V
 
L
K
|
K
A
 
T
G
 
V
G
 
G
Y
|
Y
W
 
S
P
 
P
N
 
A
N
 
N
M
 
P
A
 
A
K
 
R
-
 
F
G
 
G
I
 
L
I
 
P
N
x
T
H
 
I
Q
 
L
S
 
G
T
 
T
V
 
V
F
 
A
L
 
R
F
 
Y
D
 
D
P
 
D
D
 
T
T
 
T
G
 
G
K
 
A
L
 
L
K
 
T
A
 
A
L
 
L
V
 
M
G
 
D
G
 
G
N
 
V
Y
 
L
L
 
L
T
 
T
A
 
A
I
 
L
R
|
R
T
|
T
A
 
G
A
 
A
S
 
A
S
 
S
A
 
A
V
 
V
S
 
A
I
 
S
D
 
R
Q
 
L
L
 
L
A
 
A
R
 
R
K
 
P
D
 
D
A
 
S
K
 
H
V
 
T
L
 
L
G
 
G
M
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
T
G
|
G
H
x
A
Q
|
Q
S
 
A
T
 
V
F
 
T
Q
 
Q
L
 
L
R
 
H
A
 
A
A
 
L
V
 
S
E
 
L
Q
 
V
R
 
L
D
 
P
F
 
L
E
 
Q
K
 
R
V
 
A
V
 
L
C
 
V
W
 
W
N
x
D
P
x
T
H
 
D
P
 
P
D
 
A
M
x
H
I
 
R
P
 
E
N
 
S
L
 
F
G
 
A
K
 
R
V
 
R
A
 
A
A
 
A
E
 
F
I
 
T
G
 
G
I
 
V
P
 
S
F
 
V
E
 
E
A
 
I
V
 
A
S
 
E
R
 
P
E
 
A
E
 
R
L
 
I
G
 
A
A
 
A
Q
 
E
S
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
I
I
 
S
T
 
T
I
x
A
T
|
T
S
|
S
A
x
V
F
 
A
-
 
V
-
 
G
-
 
Q
E
 
G
P
 
P
L
 
V
I
 
L
E
 
P
A
 
D
G
 
T
Y
 
G
I
 
V
K
 
R
P
 
E
G
 
H
T
 
L
H
 
H
L
 
I
A
 
N
C
 
A
M
x
V
G
|
G
T
x
A
D
 
D
T
 
L
K
 
V
G
 
G
K
 
K
Q
 
T
E
 
E
V
 
L
A
 
P
A
 
L
E
 
G
L
 
L
V
 
L
A
 
E
K
 
R
A
 
A
T
 
F
L
 
V
F
 
T
T
 
A
D
 
D
E
 
H
V
 
P
A
 
E
Q
 
Q
S
 
A
T
 
L
T
 
R
I
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
C
Q
 
Q
H
 
Q
A
 
-
I
 
-
A
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
-
I
 
L
T
 
S
Q
 
A
D
 
D
D
 
R
V
 
L
T
 
G
P
 
P
-
 
Q
I
 
L
G
 
A
K
 
H
V
 
L
I
 
C
N
 
A
G
 
D
D
 
P
H
 
A
P
 
A
G
 
A
R
 
A
T
 
G
S
 
R
D
 
Q
D
 
D
E
 
T
I
 
L
T
 
S
L
 
V
F
 
F
D
 
D
G
x
S
T
|
T
G
|
G
V
 
F
G
 
A
L
 
F
Q
 
E
D
 
D
L
 
A
A
 
L
V
 
A
A
 
M
A
 
E
V
 
V
A
 
F
A
 
L
E
 
E
Q
 
A
A
 
A
V
 
A
A
 
E
T
 
R
G
 
D
A
 
L
A
 
G
T
 
I
R
 
R
V
 
V
S
 
G
L
 
I

5gzlA Cyclodeaminase_pa
27% identity, 96% coverage: 15:330/330 of query aligns to 25:334/357 of 5gzlA

query
sites
5gzlA
E
 
D
E
 
E
I
 
L
C
 
M
Q
 
R
K
 
R
V
 
I
I
 
I
D
 
D
R
 
R
D
 
-
L
 
-
A
 
-
F
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
L
R
 
T
D
 
G
V
 
G
F
 
L
G
 
A
A
 
E
M
 
I
A
 
G
R
 
R
G
 
G
D
 
E
A
 
R
Y
 
H
N
 
L
F
 
S
P
 
P
V
 
-
I
 
L
R
 
R
E
 
G
A
x
G
I
 
L
G
x
E
H
 
R
E
 
S
D
 
E
A
 
P
L
 
V
Y
 
P
G
 
G
F
x
I
K
 
W
S
x
E
G
 
W
F
 
M
D
 
P
-
 
H
-
 
R
K
 
E
A
 
P
G
 
G
M
 
D
V
 
H
L
 
I
G
 
T
V
 
L
K
 
K
A
 
T
G
 
V
G
 
G
Y
|
Y
W
 
S
P
 
P
N
 
A
N
 
N
M
 
P
A
 
A
K
 
R
-
 
F
G
 
G
I
 
L
I
 
P
N
x
T
H
x
I
Q
 
L
S
 
G
T
 
T
V
 
V
F
 
A
L
 
R
F
 
Y
D
 
D
P
 
D
D
 
T
T
 
T
G
 
G
K
 
A
L
 
L
K
 
T
A
 
A
L
 
L
V
 
M
G
 
D
G
 
G
N
 
V
Y
 
L
L
 
L
T
 
T
A
 
A
I
 
L
R
 
R
T
|
T
A
 
G
A
 
A
S
 
A
S
 
S
A
 
A
V
 
V
S
 
A
I
 
S
D
 
R
Q
 
L
L
 
L
A
 
A
R
 
R
K
 
P
D
 
D
A
 
S
K
 
H
V
 
T
L
 
L
G
 
G
M
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
T
G
|
G
H
x
A
Q
|
Q
S
 
A
T
 
V
F
 
T
Q
 
Q
L
 
L
R
 
H
A
 
A
A
 
L
V
 
S
E
 
L
Q
 
V
R
 
L
D
 
P
F
 
L
E
 
Q
K
 
R
V
 
A
V
 
L
C
 
V
W
 
W
N
x
D
P
x
T
H
 
D
P
 
P
D
 
A
M
x
H
I
 
R
P
 
E
N
 
S
L
 
F
G
 
A
K
 
R
V
 
R
A
 
A
A
 
A
E
 
F
I
 
T
G
 
G
I
 
V
P
 
S
F
 
V
E
 
E
A
 
I
V
 
A
S
 
E
R
 
P
E
 
A
E
 
R
L
 
I
G
 
A
A
 
A
Q
 
E
S
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
I
I
 
S
T
 
T
I
x
A
T
|
T
S
|
S
A
 
V
F
 
A
-
 
V
-
 
G
-
 
Q
E
 
G
P
 
P
L
x
V
I
 
L
E
 
P
A
 
D
G
 
T
Y
 
G
I
 
V
K
 
R
P
 
E
G
 
H
T
 
L
H
 
H
L
 
I
A
 
N
C
 
A
M
x
V
G
|
G
T
x
A
D
|
D
T
 
L
K
 
V
G
 
G
K
|
K
Q
 
T
E
 
E
V
 
L
A
 
P
A
 
L
E
 
G
L
 
L
V
 
L
A
 
E
K
 
R
A
 
A
T
 
F
L
 
V
F
 
T
T
 
A
D
 
D
E
 
H
V
 
P
A
 
E
Q
 
Q
S
 
A
T
 
L
T
x
R
I
x
E
G
 
G
E
 
E
T
 
C
Q
 
Q
H
 
Q
A
 
-
I
 
-
A
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
-
I
 
L
T
 
S
Q
 
A
D
 
D
D
 
R
V
 
L
T
 
G
P
 
P
-
 
Q
I
 
L
G
 
A
K
 
H
V
 
L
I
 
C
N
 
A
G
 
D
D
 
P
H
 
A
P
 
A
G
 
A
R
 
A
T
 
G
S
 
R
D
 
Q
D
 
D
E
 
T
I
 
L
T
 
S
L
 
V
F
 
F
D
 
D
G
x
S
T
|
T
G
|
G
V
 
F
G
 
A
L
 
F
Q
 
E
D
 
D
L
 
A
A
 
L
V
 
A
A
 
M
A
 
E
V
 
V
A
 
F
A
 
L
E
 
E
Q
 
A
A
 
A
V
 
A
A
 
E
T
 
R
G
 
D
A
 
L
A
 
G
T
 
I
R
 
R
V
 
V
S
 
G
L
 
I

5yu4A Structural basis for recognition of l-lysine, l-ornithine, and l-2,4- diamino butyric acid by lysine cyclodeaminase (see paper)
27% identity, 96% coverage: 15:330/330 of query aligns to 21:330/344 of 5yu4A

query
sites
5yu4A
E
 
D
E
 
E
I
 
L
C
 
M
Q
 
R
K
 
R
V
 
I
I
 
I
D
 
D
R
 
R
D
 
-
L
 
-
A
 
-
F
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
L
R
 
T
D
 
G
V
 
G
F
 
L
G
 
A
A
 
E
M
 
I
A
 
G
R
 
R
G
 
G
D
 
E
A
 
R
Y
 
H
N
 
L
F
 
S
P
 
P
V
 
-
I
 
L
R
 
R
E
 
G
A
 
G
I
 
L
G
 
E
H
 
R
E
 
S
D
 
E
A
 
P
L
 
V
Y
 
P
G
 
G
F
 
I
K
 
W
S
x
E
G
 
W
F
 
M
D
 
P
-
 
H
-
 
R
K
 
E
A
 
P
G
 
G
M
 
D
V
 
H
L
 
I
G
 
T
V
 
L
K
|
K
A
 
T
G
 
V
G
 
G
Y
|
Y
W
 
S
P
 
P
N
 
A
N
 
N
M
 
P
A
 
A
K
 
R
-
 
F
G
 
G
I
 
L
I
 
P
N
x
T
H
x
I
Q
 
L
S
 
G
T
 
T
V
 
V
F
 
A
L
 
R
F
 
Y
D
 
D
P
 
D
D
 
T
T
 
T
G
 
G
K
 
A
L
 
L
K
 
T
A
 
A
L
 
L
V
 
M
G
 
D
G
 
G
N
 
V
Y
 
L
L
 
L
T
 
T
A
 
A
I
 
L
R
|
R
T
|
T
A
 
G
A
 
A
S
 
A
S
 
S
A
 
A
V
 
V
S
 
A
I
 
S
D
 
R
Q
 
L
L
 
L
A
 
A
R
 
R
K
 
P
D
 
D
A
 
S
K
 
H
V
 
T
L
 
L
G
 
G
M
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
T
G
|
G
H
x
A
Q
|
Q
S
 
A
T
 
V
F
 
T
Q
 
Q
L
 
L
R
 
H
A
 
A
A
 
L
V
 
S
E
 
L
Q
 
V
R
 
L
D
 
P
F
 
L
E
 
Q
K
 
R
V
 
A
V
 
L
C
 
V
W
 
W
N
x
D
P
x
T
H
 
D
P
 
P
D
 
A
M
x
H
I
 
R
P
 
E
N
 
S
L
 
F
G
 
A
K
 
R
V
 
R
A
 
A
A
 
A
E
 
F
I
 
T
G
 
G
I
 
V
P
 
S
F
 
V
E
 
E
A
 
I
V
 
A
S
 
E
R
 
P
E
 
A
E
 
R
L
 
I
G
 
A
A
 
A
Q
 
E
S
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
I
I
 
S
T
 
T
I
x
A
T
|
T
S
|
S
A
x
V
F
 
A
-
 
V
-
 
G
-
 
Q
E
 
G
P
 
P
L
x
V
I
 
L
E
 
P
A
 
D
G
 
T
Y
 
G
I
 
V
K
 
R
P
 
E
G
 
H
T
 
L
H
 
H
L
 
I
A
 
N
C
 
A
M
x
V
G
 
G
T
x
A
D
 
D
T
 
L
K
 
V
G
 
G
K
 
K
Q
 
T
E
 
E
V
 
L
A
 
P
A
 
L
E
 
G
L
 
L
V
 
L
A
 
E
K
 
R
A
 
A
T
 
F
L
 
V
F
 
T
T
 
A
D
 
D
E
 
H
V
 
P
A
 
E
Q
 
Q
S
 
A
T
 
L
T
 
R
I
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
C
Q
 
Q
H
 
Q
A
 
-
I
 
-
A
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
-
I
 
L
T
 
S
Q
 
A
D
 
D
D
 
R
V
 
L
T
 
G
P
 
P
-
 
Q
I
 
L
G
 
A
K
 
H
V
 
L
I
 
C
N
 
A
G
 
D
D
 
P
H
 
A
P
 
A
G
 
A
R
 
A
T
 
G
S
 
R
D
 
Q
D
 
D
E
 
T
I
 
L
T
 
S
L
 
V
F
 
F
D
 
D
G
x
S
T
|
T
G
|
G
V
 
F
G
 
A
L
 
F
Q
 
E
D
 
D
L
 
A
A
 
L
V
 
A
A
 
M
A
 
E
V
 
V
A
 
F
A
 
L
E
 
E
Q
 
A
A
 
A
V
 
A
A
 
E
T
 
R
G
 
D
A
 
L
A
 
G
T
 
I
R
 
R
V
 
V
S
 
G
L
 
I

5yu3A Structural basis for recognition of l-lysine, l-ornithine, and l-2,4- diamino butyric acid by lysine cyclodeaminase (see paper)
27% identity, 96% coverage: 15:330/330 of query aligns to 21:330/344 of 5yu3A

query
sites
5yu3A
E
 
D
E
 
E
I
 
L
C
 
M
Q
 
R
K
 
R
V
 
I
I
 
I
D
 
D
R
 
R
D
 
-
L
 
-
A
 
-
F
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
L
R
 
T
D
 
G
V
 
G
F
 
L
G
 
A
A
 
E
M
 
I
A
 
G
R
 
R
G
 
G
D
 
E
A
 
R
Y
 
H
N
 
L
F
 
S
P
 
P
V
 
-
I
 
L
R
 
R
E
 
G
A
 
G
I
 
L
G
 
E
H
 
R
E
 
S
D
 
E
A
 
P
L
 
V
Y
 
P
G
 
G
F
 
I
K
 
W
S
 
E
G
 
W
F
x
M
D
 
P
-
 
H
-
 
R
K
 
E
A
 
P
G
 
G
M
 
D
V
 
H
L
 
I
G
 
T
V
 
L
K
|
K
A
 
T
G
 
V
G
 
G
Y
|
Y
W
 
S
P
 
P
N
 
A
N
 
N
M
 
P
A
 
A
K
 
R
-
 
F
G
 
G
I
 
L
I
 
P
N
x
T
H
x
I
Q
 
L
S
 
G
T
 
T
V
 
V
F
 
A
L
 
R
F
 
Y
D
 
D
P
 
D
D
 
T
T
 
T
G
 
G
K
 
A
L
 
L
K
 
T
A
 
A
L
 
L
V
 
M
G
 
D
G
 
G
N
 
V
Y
 
L
L
 
L
T
 
T
A
 
A
I
 
L
R
|
R
T
|
T
A
 
G
A
 
A
S
 
A
S
 
S
A
 
A
V
 
V
S
 
A
I
 
S
D
 
R
Q
 
L
L
 
L
A
 
A
R
 
R
K
 
P
D
 
D
A
 
S
K
 
H
V
 
T
L
 
L
G
 
G
M
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
T
G
|
G
H
x
A
Q
|
Q
S
 
A
T
 
V
F
 
T
Q
 
Q
L
 
L
R
 
H
A
 
A
A
 
L
V
 
S
E
 
L
Q
 
V
R
 
L
D
 
P
F
 
L
E
 
Q
K
 
R
V
 
A
V
 
L
C
 
V
W
 
W
N
x
D
P
x
T
H
 
D
P
 
P
D
 
A
M
 
H
I
 
R
P
 
E
N
 
S
L
 
F
G
 
A
K
 
R
V
 
R
A
 
A
A
 
A
E
 
F
I
 
T
G
 
G
I
 
V
P
 
S
F
 
V
E
 
E
A
 
I
V
 
A
S
 
E
R
 
P
E
 
A
E
 
R
L
 
I
G
 
A
A
 
A
Q
 
E
S
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
I
I
 
S
T
 
T
I
x
A
T
|
T
S
|
S
A
x
V
F
 
A
-
 
V
-
 
G
-
 
Q
E
 
G
P
 
P
L
 
V
I
 
L
E
 
P
A
 
D
G
 
T
Y
 
G
I
 
V
K
 
R
P
 
E
G
 
H
T
 
L
H
 
H
L
 
I
A
 
N
C
 
A
M
x
V
G
 
G
T
x
A
D
 
D
T
 
L
K
 
V
G
 
G
K
 
K
Q
 
T
E
 
E
V
 
L
A
 
P
A
 
L
E
 
G
L
 
L
V
 
L
A
 
E
K
 
R
A
 
A
T
 
F
L
 
V
F
 
T
T
 
A
D
 
D
E
 
H
V
 
P
A
 
E
Q
 
Q
S
 
A
T
 
L
T
 
R
I
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
C
Q
 
Q
H
 
Q
A
 
-
I
 
-
A
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
-
I
 
L
T
 
S
Q
 
A
D
 
D
D
 
R
V
 
L
T
 
G
P
 
P
-
 
Q
I
 
L
G
 
A
K
 
H
V
 
L
I
 
C
N
 
A
G
 
D
D
 
P
H
 
A
P
 
A
G
 
A
R
 
A
T
 
G
S
 
R
D
 
Q
D
 
D
E
 
T
I
 
L
T
 
S
L
 
V
F
 
F
D
 
D
G
x
S
T
|
T
G
|
G
V
 
F
G
 
A
L
 
F
Q
 
E
D
 
D
L
 
A
A
 
L
V
 
A
A
 
M
A
 
E
V
 
V
A
 
F
A
 
L
E
 
E
Q
 
A
A
 
A
V
 
A
A
 
E
T
 
R
G
 
D
A
 
L
A
 
G
T
 
I
R
 
R
V
 
V
S
 
G
L
 
I

4mpdA Staphyloferrin b precursor biosynthetic enzyme sbnb bound a- ketoglutarate and NAD+ (see paper)
25% identity, 79% coverage: 69:330/330 of query aligns to 57:317/318 of 4mpdA

query
sites
4mpdA
A
 
S
G
 
H
M
 
I
V
 
I
L
 
S
G
 
G
V
 
I
K
|
K
A
 
W
G
x
I
G
 
G
Y
 
S
W
 
K
P
 
H
N
 
D
N
 
N
M
 
P
A
 
S
K
 
K
G
 
R
I
 
N
I
 
M
N
 
E
H
x
R
Q
 
A
S
 
S
-
 
G
T
 
V
V
 
I
F
 
I
L
 
L
F
 
N
D
 
D
P
 
P
D
 
E
T
 
T
G
 
N
K
 
Y
L
 
P
K
 
I
A
 
A
L
 
V
V
 
M
G
 
E
G
 
A
N
 
S
Y
 
L
L
 
I
T
 
S
A
 
S
I
 
M
R
|
R
T
|
T
A
 
A
A
 
A
S
 
V
S
 
S
A
 
V
V
 
I
S
 
A
I
 
A
D
 
K
Q
 
H
L
 
L
A
 
A
R
 
K
K
 
K
D
 
G
A
 
F
K
 
K
V
 
D
L
 
L
G
 
T
M
 
I
V
 
I
G
 
G
A
 
C
G
|
G
H
 
L
Q
x
I
S
 
G
T
 
D
F
 
K
Q
 
Q
L
 
L
R
 
Q
A
 
S
A
 
M
V
 
L
E
 
E
Q
 
Q
R
 
F
D
 
D
-
 
H
F
 
I
E
 
E
K
 
R
V
 
V
V
 
F
C
 
V
W
 
Y
N
x
D
P
x
Q
H
x
F
P
 
S
D
 
E
-
 
A
-
 
C
-
 
A
-
 
R
M
 
F
I
 
V
P
 
D
N
 
R
L
 
W
G
 
Q
K
 
Q
V
 
Q
A
 
R
A
 
P
E
 
E
I
 
I
G
 
N
I
 
F
P
 
I
F
 
A
E
 
T
A
 
E
V
 
N
S
 
A
R
 
K
E
 
E
E
 
A
L
 
V
G
 
-
A
 
S
Q
 
N
S
 
G
D
 
E
V
 
V
I
 
V
I
 
I
T
 
T
I
 
C
T
|
T
S
x
V
A
 
T
F
 
D
E
 
Q
P
 
P
L
 
Y
I
 
I
E
 
E
A
 
Y
G
 
D
Y
 
W
I
 
L
K
 
Q
P
 
K
G
 
G
T
 
A
H
 
F
L
 
I
A
 
S
C
 
N
M
x
I
G
 
S
T
 
I
D
 
-
T
 
-
K
 
-
G
 
-
K
 
-
Q
x
M
E
 
D
V
 
V
A
 
H
A
 
K
E
 
E
L
 
V
V
 
F
A
 
I
K
 
K
A
 
A
-
 
D
T
 
K
L
 
V
F
 
V
T
 
V
D
 
D
E
 
D
V
 
W
A
 
S
Q
 
Q
S
 
C
T
 
N
T
 
T
I
 
I
G
 
N
E
 
Q
T
 
L
Q
 
-
H
 
-
A
 
-
I
 
V
A
 
L
S
 
E
G
 
G
A
 
K
I
 
F
T
 
S
Q
 
K
D
 
E
D
 
A
V
 
L
-
 
H
T
 
A
P
 
E
I
 
L
G
 
G
K
 
Q
V
 
L
I
 
V
N
 
T
G
 
G
D
 
D
H
 
I
P
 
P
G
 
G
R
 
R
T
 
E
S
 
D
D
 
D
D
 
D
E
 
E
I
 
I
T
 
I
L
 
L
F
 
L
D
 
N
G
 
P
T
x
M
G
 
G
V
 
M
G
 
A
L
 
I
Q
 
E
D
 
D
L
 
I
A
 
S
V
 
S
A
 
A
A
 
Y
V
 
F
A
 
I
A
 
Y
E
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
V
 
Q
A
 
Q
T
 
Q
G
 
N
A
 
I
A
 
G
T
 
T
R
 
T
V
 
L
S
 
N
L
 
L

Sites not aligning to the query:

4mp6A Staphyloferrin b precursor biosynthetic enzyme sbnb bound to citrate and NAD+ (see paper)
25% identity, 78% coverage: 72:330/330 of query aligns to 72:333/334 of 4mp6A

query
sites
4mp6A
V
 
I
L
 
S
G
 
G
V
 
I
K
 
K
A
 
W
G
 
I
G
 
G
Y
 
S
W
 
K
P
 
H
N
 
D
N
 
N
M
 
P
A
 
S
K
 
K
G
 
R
I
 
N
I
 
M
N
 
E
H
x
R
Q
 
A
S
 
S
-
 
G
T
 
V
V
 
I
F
 
I
L
 
L
F
 
N
D
 
D
P
 
P
D
 
E
T
 
T
G
 
N
K
 
Y
L
 
P
K
 
I
A
 
A
L
 
V
V
 
M
G
 
E
G
 
A
N
 
S
Y
 
L
L
 
I
T
 
S
A
 
S
I
 
M
R
|
R
T
|
T
A
 
A
A
 
A
S
 
V
S
 
S
A
 
V
V
 
I
S
 
A
I
 
A
D
 
K
Q
 
H
L
 
L
A
 
A
R
 
K
K
 
K
D
 
G
A
 
F
K
 
K
V
 
D
L
 
L
G
 
T
M
 
I
V
 
I
G
 
G
A
 
C
G
|
G
H
x
L
Q
x
I
S
 
G
T
 
D
F
 
K
Q
 
Q
L
 
L
R
 
Q
A
 
S
A
 
M
V
 
L
E
 
E
Q
 
Q
R
 
F
D
 
D
-
 
H
F
 
I
E
 
E
K
 
R
V
 
V
V
 
F
C
 
V
W
 
Y
N
x
D
P
x
Q
H
 
F
P
 
S
D
 
E
-
 
A
-
 
C
-
 
A
-
 
R
M
 
F
I
 
V
P
 
D
N
 
R
L
 
W
G
 
Q
K
 
Q
V
 
Q
A
 
R
A
 
P
E
 
E
I
 
I
G
 
N
I
 
F
P
 
I
F
 
A
E
 
T
A
 
E
V
 
N
S
 
A
R
 
K
E
 
E
E
 
A
L
 
V
G
 
-
A
 
S
Q
 
N
S
 
G
D
 
E
V
 
V
I
 
V
I
 
I
T
 
T
I
x
C
T
|
T
S
x
V
A
 
T
F
 
D
E
 
Q
P
 
P
L
 
Y
I
 
I
E
 
E
A
 
Y
G
 
D
Y
 
W
I
 
L
K
 
Q
P
 
K
G
 
G
T
 
A
H
 
F
L
 
I
A
 
S
C
 
N
M
x
I
G
 
S
T
 
I
D
 
-
T
 
-
K
 
-
G
 
-
K
 
-
Q
x
M
E
 
D
V
 
V
A
 
H
A
 
K
E
 
E
L
 
V
V
 
F
A
 
I
K
 
K
A
 
A
-
 
D
T
 
K
L
 
V
F
 
V
T
 
V
D
 
D
E
 
D
V
 
W
A
 
S
Q
 
Q
S
 
C
T
 
N
T
 
R
I
 
E
G
 
K
E
 
K
T
 
T
-
 
I
Q
 
N
H
 
Q
A
 
L
I
 
V
A
 
L
S
 
E
G
 
G
A
 
K
I
 
F
T
 
S
Q
 
K
D
 
E
D
 
A
V
 
L
-
 
H
T
 
A
P
 
E
I
 
L
G
 
G
K
 
Q
V
 
L
I
 
V
N
 
T
G
 
G
D
 
D
H
 
I
P
 
P
G
 
G
R
 
R
T
 
E
S
 
D
D
 
D
D
 
D
E
 
E
I
 
I
T
 
I
L
 
L
F
 
L
D
 
N
G
 
P
T
 
M
G
|
G
V
 
M
G
 
A
L
 
I
Q
 
E
D
 
D
L
 
I
A
 
S
V
 
S
A
 
A
A
 
Y
V
 
F
A
 
I
A
 
Y
E
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
V
 
Q
A
 
Q
T
 
Q
G
 
N
A
 
I
A
 
G
T
 
T
R
 
T
V
 
L
S
 
N
L
 
L

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>3607477 FitnessBrowser__Dino:3607477
MLQKPDTDGLVIVTEEICQKVIDRDLAFAAVRDVFGAMARGDAYNFPVIREAIGHEDALY
GFKSGFDKAGMVLGVKAGGYWPNNMAKGIINHQSTVFLFDPDTGKLKALVGGNYLTAIRT
AASSAVSIDQLARKDAKVLGMVGAGHQSTFQLRAAVEQRDFEKVVCWNPHPDMIPNLGKV
AAEIGIPFEAVSREELGAQSDVIITITSAFEPLIEAGYIKPGTHLACMGTDTKGKQEVAA
ELVAKATLFTDEVAQSTTIGETQHAIASGAITQDDVTPIGKVINGDHPGRTSDDEITLFD
GTGVGLQDLAVAAVAAEQAVATGAATRVSL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory