SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 3607546 FitnessBrowser__Dino:3607546 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4pakA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from verminephrobacter eiseniae ef01-2 (veis_3954, target efi-510324) a nephridial symbiont of the earthworm eisenia foetida, bound to (r)- pantoic acid (see paper)
34% identity, 86% coverage: 22:301/326 of query aligns to 2:284/304 of 4pakA

query
sites
4pakA
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
A
 
T
V
 
T
M
 
M
Q
 
R
I
 
I
N
 
N
S
 
I
S
 
S
L
 
T
P
 
A
E
 
Q
G
 
N
S
 
S
F
 
H
A
x
Q
H
 
G
V
 
V
F
 
A
L
 
I
Q
 
D
E
 
T
Y
 
F
E
 
A
Q
 
K
R
 
E
L
 
V
E
 
E
A
 
K
A
 
R
A
 
T
P
 
G
G
 
G
E
 
R
I
 
Y
D
 
K
V
 
V
Q
 
Q
I
 
T
F
 
F
M
 
Y
S
 
N
N
 
A
T
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
A
E
|
E
E
 
R
D
 
E
V
 
S
L
 
V
Q
 
E
G
 
A
L
 
V
G
 
Q
F
 
L
G
 
G
T
 
T
H
 
H
Q
 
E
A
 
L
S
 
T
L
 
F
S
 
S
A
 
S
S
 
S
A
 
G
-
 
P
V
 
I
A
 
P
Q
 
N
V
 
F
N
 
V
N
 
P
R
 
E
T
 
T
S
 
K
I
 
I
F
 
L
D
 
D
L
 
V
P
 
P
Y
 
F
L
 
L
F
 
F
E
 
R
D
 
D
R
 
K
A
 
A
A
 
H
V
 
A
Q
 
R
T
 
A
F
 
V
I
 
L
D
 
D
S
 
G
P
 
P
A
 
I
G
 
G
E
 
Q
M
 
E
L
 
L
A
 
L
D
 
T
G
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
G
T
 
K
G
 
G
M
 
F
V
 
K
L
 
A
A
 
L
A
 
A
M
 
W
W
 
A
D
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
H
I
 
M
T
 
S
N
 
N
N
 
S
V
 
K
R
 
R
P
 
A
I
 
V
V
 
K
T
 
E
P
 
P
A
 
G
D
 
D
L
 
L
D
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
M
R
|
R
T
 
T
P
x
M
T
 
E
N
 
N
R
 
P
Q
 
V
R
 
H
V
 
I
E
 
A
M
 
A
F
 
Y
N
 
K
T
 
G
L
 
F
G
 
G
A
 
I
N
 
V
A
 
T
T
 
T
P
 
P
L
 
M
S
 
A
F
|
F
G
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
F
S
 
T
A
 
A
L
 
L
D
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
A
 
L
N
 
S
V
|
V
V
 
I
E
 
I
T
 
S
A
 
A
K
 
K
L
 
F
F
 
D
E
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
G
 
K
Y
 
H
M
 
L
S
 
T
L
 
L
T
 
T
N
 
G
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
L
 
S
P
 
P
T
 
A
F
 
L
F
 
F
V
 
L
I
 
M
G
 
N
E
 
K
P
 
A
F
 
L
L
 
F
N
 
D
S
 
K
L
 
L
T
 
P
P
 
A
E
 
A
L
 
D
R
 
Q
E
 
Q
T
 
A
V
 
F
I
 
I
S
 
D
V
 
A
A
 
A
K
 
R
E
 
Q
V
 
G
G
 
A
P
 
K
W
 
L
S
 
N
F
 
R
E
 
A
W
 
R
G
 
V
E
 
D
K
 
E
S
 
D
D
 
D
T
 
A
E
 
K
T
 
G
I
 
V
A
 
A
A
 
D
L
 
L
Q
 
R
E
 
A
K
 
K
-
 
G
-
 
M
L
 
T
E
 
V
V
 
I
N
 
D
E
 
N
I
 
I
D
 
D
F
 
K
A
 
A
A
 
R
F
 
F
Q
 
V
S
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
V

4p9kA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from verminephrobacter eiseniae ef01-2 (veis_3954, target efi-510324) a nephridial symbiont of the earthworm eisenia foetida, bound to d- erythronate with residual density suggestive of superposition with copurified alternative ligand. (see paper)
34% identity, 86% coverage: 22:301/326 of query aligns to 1:283/303 of 4p9kA

query
sites
4p9kA
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
A
 
T
V
 
T
M
 
M
Q
 
R
I
 
I
N
 
N
S
 
I
S
 
S
L
 
T
P
 
A
E
 
Q
G
 
N
S
 
S
F
 
H
A
x
Q
H
 
G
V
 
V
F
 
A
L
 
I
Q
 
D
E
 
T
Y
 
F
E
 
A
Q
 
K
R
 
E
L
 
V
E
 
E
A
 
K
A
 
R
A
 
T
P
 
G
G
 
G
E
 
R
I
 
Y
D
 
K
V
 
V
Q
 
Q
I
 
T
F
 
F
M
 
Y
S
 
N
N
 
A
T
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
A
E
|
E
E
 
R
D
 
E
V
 
S
L
 
V
Q
 
E
G
 
A
L
 
V
G
 
Q
F
 
L
G
 
G
T
 
T
H
 
H
Q
 
E
A
 
L
S
 
T
L
 
F
S
 
S
A
 
S
S
 
S
A
 
G
-
 
P
V
 
I
A
 
P
Q
 
N
V
 
F
N
 
V
N
 
P
R
 
E
T
 
T
S
 
K
I
 
I
F
 
L
D
 
D
L
 
V
P
 
P
Y
 
F
L
 
L
F
 
F
E
 
R
D
 
D
R
 
K
A
 
A
A
 
H
V
 
A
Q
 
R
T
 
A
F
 
V
I
 
L
D
 
D
S
 
G
P
 
P
A
 
I
G
 
G
E
 
Q
M
 
E
L
 
L
A
 
L
D
 
T
G
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
G
T
 
K
G
 
G
M
 
F
V
 
K
L
 
A
A
 
L
A
 
A
M
 
W
W
 
A
D
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
H
I
 
M
T
 
S
N
 
N
N
 
S
V
 
K
R
 
R
P
 
A
I
 
V
V
 
K
T
 
E
P
 
P
A
 
G
D
 
D
L
 
L
D
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
M
R
|
R
T
 
T
P
x
M
T
 
E
N
 
N
R
 
P
Q
 
V
R
 
H
V
 
I
E
 
A
M
 
A
F
 
Y
N
 
K
T
 
G
L
 
F
G
 
G
A
 
I
N
 
V
A
 
T
T
 
T
P
 
P
L
 
M
S
 
A
F
|
F
G
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
F
S
 
T
A
 
A
L
 
L
D
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
A
 
L
N
 
S
V
 
V
V
 
I
E
 
I
T
 
S
A
 
A
K
 
K
L
 
F
F
 
D
E
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
G
 
K
Y
 
H
M
 
L
S
 
T
L
 
L
T
 
T
N
 
G
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
L
 
S
P
 
P
T
 
A
F
 
L
F
 
F
V
 
L
I
 
M
G
 
N
E
 
K
P
 
A
F
 
L
L
 
F
N
 
D
S
 
K
L
 
L
T
 
P
P
 
A
E
 
A
L
 
D
R
 
Q
E
 
Q
T
 
A
V
 
F
I
 
I
S
 
D
V
 
A
A
 
A
K
 
R
E
 
Q
V
 
G
G
 
A
P
 
K
W
 
L
S
 
N
F
 
R
E
 
A
W
 
R
G
 
V
E
 
D
K
 
E
S
 
D
D
 
D
T
 
A
E
 
K
T
 
G
I
 
V
A
 
A
A
 
D
L
 
L
Q
 
R
E
 
A
K
 
K
-
 
G
-
 
M
L
 
T
E
 
V
V
 
I
N
 
D
E
 
N
I
 
I
D
 
D
F
 
K
A
 
A
A
 
R
F
 
F
Q
 
V
S
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
V

4pdhA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp js666 (bpro_1871, target efi-510164) bound to d- erythronate (see paper)
33% identity, 85% coverage: 24:301/326 of query aligns to 1:281/301 of 4pdhA

query
sites
4pdhA
E
 
Q
A
 
T
V
 
T
M
 
M
Q
 
K
I
 
I
N
 
S
S
 
I
S
 
S
L
 
T
P
 
S
E
 
Q
G
 
N
S
 
S
F
 
H
A
x
Q
H
 
G
V
 
V
F
 
A
L
 
I
Q
 
D
E
 
T
Y
 
F
E
 
A
Q
 
K
R
 
E
L
 
V
E
 
E
A
 
K
A
 
R
A
 
T
P
 
G
G
 
G
E
 
R
I
 
Y
D
 
K
V
 
V
Q
 
Q
I
 
T
F
 
F
M
 
Y
S
 
S
N
 
G
T
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
G
E
|
E
E
 
R
D
 
E
V
 
S
L
 
I
Q
 
E
G
 
A
L
 
V
G
 
Q
F
 
L
G
 
G
T
 
T
H
 
Q
Q
 
E
A
 
L
S
 
A
L
 
F
S
 
S
A
 
S
S
 
T
A
 
G
-
 
P
V
 
V
A
 
P
Q
 
N
V
 
F
N
 
V
N
 
P
R
 
E
T
 
T
S
 
K
I
 
I
F
 
L
D
 
D
L
 
V
P
 
P
Y
 
F
L
 
L
F
 
F
E
 
R
D
 
D
R
 
K
A
 
A
A
 
H
V
 
A
Q
 
R
T
 
A
F
 
V
I
 
L
D
 
D
S
 
G
P
 
P
A
 
I
G
 
G
E
 
Q
M
 
D
L
 
L
A
 
L
D
 
G
G
 
K
F
 
F
D
 
D
V
 
A
T
 
K
G
 
G
M
 
F
V
 
K
L
 
A
A
 
L
A
 
A
M
 
W
W
 
G
D
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
H
I
 
M
T
 
T
N
 
N
N
 
S
V
 
K
R
 
R
P
 
D
I
 
V
V
 
K
T
 
G
P
 
P
A
 
E
D
 
D
L
 
L
D
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
M
R
|
R
T
 
T
P
x
M
T
 
E
N
 
N
R
 
P
Q
 
V
R
 
H
V
 
I
E
 
A
M
 
A
F
 
Y
N
 
K
T
 
G
L
 
F
G
 
G
A
 
I
N
 
I
A
 
T
T
 
T
P
 
P
L
 
M
S
 
A
F
|
F
G
 
P
E
 
E
V
 
V
Y
 
F
S
 
T
A
 
A
L
 
L
D
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
A
 
L
N
 
S
V
 
V
V
 
I
E
 
I
T
 
A
A
 
S
K
 
K
L
 
F
F
 
D
E
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
G
 
K
Y
 
H
M
 
L
S
 
S
L
 
L
T
 
T
N
 
G
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
L
 
S
P
 
P
T
 
C
F
 
I
F
 
W
V
 
V
I
 
M
G
 
N
E
 
K
P
 
A
F
 
V
L
 
F
N
 
D
S
 
K
L
 
L
T
 
S
P
 
A
E
 
A
L
 
D
R
 
K
E
 
Q
T
 
A
V
 
F
I
 
L
S
 
D
V
 
A
A
 
A
K
 
K
E
 
E
V
 
G
G
 
T
P
 
K
W
 
A
S
 
N
F
 
R
E
 
A
W
 
R
G
 
V
E
 
D
K
 
E
S
 
D
D
 
D
T
 
A
E
 
K
T
 
G
I
 
V
A
 
A
A
 
D
L
 
L
Q
 
R
E
 
A
K
 
K
-
 
G
-
 
M
L
 
T
E
 
V
V
 
I
N
 
D
E
 
N
I
 
I
D
 
D
F
 
K
A
 
S
A
 
K
F
 
F
Q
 
V
S
 
T
A
 
A
A
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
V

4nq8B Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from bordetella bronchispeptica (bb3421), target efi-510039, with density modeled as pantoate (see paper)
37% identity, 79% coverage: 46:302/326 of query aligns to 23:281/301 of 4nq8B

query
sites
4nq8B
Y
 
F
E
 
A
Q
 
K
R
 
S
L
 
I
E
 
E
A
 
G
A
 
A
A
 
S
P
 
G
G
 
G
E
 
K
I
 
Y
D
 
K
V
 
V
Q
 
Q
I
 
Q
F
 
F
M
 
A
S
 
N
N
 
S
T
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
G
E
|
E
E
 
R
D
 
E
V
 
V
L
 
I
Q
 
E
G
 
G
L
 
L
G
 
Q
F
 
I
G
 
G
T
 
T
-
 
I
H
 
D
Q
 
L
A
 
A
S
 
I
L
 
V
S
|
S
A
 
T
S
 
G
A
 
A
V
 
T
A
 
L
Q
 
N
V
 
F
N
 
V
N
 
P
R
 
E
T
 
T
S
 
G
I
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
I
P
 
P
Y
 
F
L
 
L
F
 
L
E
 
R
D
 
D
R
 
L
A
 
P
A
 
H
V
 
A
Q
 
R
T
 
A
F
 
V
I
 
L
D
 
D
S
 
S
P
 
K
A
 
I
G
 
G
E
 
Q
M
 
D
L
 
M
A
 
L
D
 
A
G
 
K
F
 
F
D
 
P
V
 
D
T
 
R
G
 
G
M
 
I
V
 
I
L
 
A
A
 
L
A
 
A
M
 
W
W
 
G
D
 
E
N
x
Q
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
H
I
 
L
T
 
T
N
 
N
N
 
N
V
 
V
R
 
R
P
 
P
I
 
V
V
 
K
T
 
T
P
 
P
A
 
A
D
 
D
L
 
A
D
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
I
R
|
R
T
 
T
P
x
T
T
 
E
N
 
N
R
 
P
Q
 
I
R
 
H
V
 
I
E
 
T
M
 
A
F
 
F
N
 
R
T
 
Q
L
 
I
G
 
G
A
 
I
N
 
L
A
 
P
T
 
T
P
 
P
L
 
M
S
 
A
F
x
W
G
 
P
E
 
E
V
 
V
Y
 
A
S
 
T
A
 
A
L
 
L
D
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
I
 
I
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
A
 
L
N
 
S
V
 
V
V
 
I
E
 
T
T
 
S
A
 
A
K
 
K
L
 
L
F
 
S
E
 
Q
V
 
L
Q
 
Q
G
 
K
Y
 
Y
M
 
L
S
 
S
L
 
L
T
 
T
N
 
G
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
L
 
G
P
 
P
T
 
A
F
 
L
F
 
V
V
 
L
I
 
M
G
 
S
E
 
A
P
 
N
F
 
V
L
 
Y
N
 
N
S
 
G
L
 
L
T
 
S
P
 
D
E
 
A
L
 
E
R
 
K
E
 
A
T
 
S
V
 
F
I
 
K
S
 
A
V
 
A
A
 
G
K
 
K
E
 
D
V
 
S
G
 
A
P
 
Q
W
 
A
S
 
M
F
 
R
E
 
A
W
 
Y
G
 
V
E
 
D
K
 
N
S
 
I
D
 
E
T
 
Q
E
 
T
T
 
G
I
 
V
A
 
E
A
 
Q
L
 
L
-
 
K
Q
 
K
E
 
E
K
 
G
L
 
M
E
 
E
V
 
V
N
 
S
E
 
E
I
 
V
D
 
D
F
 
R
A
 
A
A
 
A
F
 
F
Q
 
A
S
 
A
A
 
A
A
 
V
A
 
E
P
 
P
L
 
A
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

7bcrA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with galactonate (see paper)
32% identity, 70% coverage: 56:282/326 of query aligns to 36:263/310 of 7bcrA

query
sites
7bcrA
G
 
G
E
 
K
I
 
M
D
 
K
V
 
V
Q
 
K
I
 
T
F
 
F
M
 
G
S
 
N
N
 
G
T
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
P
E
x
D
E
 
E
D
 
Q
V
 
L
L
 
I
Q
 
N
G
 
S
L
 
L
G
 
I
F
 
S
G
 
G
T
 
S
H
 
G
Q
 
E
A
 
I
S
 
T
L
 
F
S
 
V
A
x
S
S
 
T
A
 
A
-
 
P
V
 
I
A
 
A
Q
 
S
V
 
L
N
 
I
N
 
P
R
 
E
T
 
F
S
 
G
I
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
L
P
 
P
Y
 
F
L
 
L
F
 
F
E
 
D
D
 
N
R
 
E
A
 
K
A
 
V
V
 
A
Q
 
D
T
 
T
F
 
V
I
 
L
D
 
D
S
 
G
P
 
P
A
 
E
G
 
G
E
 
K
M
 
K
L
 
L
A
 
L
D
 
D
G
 
K
F
 
L
D
 
P
V
 
A
T
 
K
G
 
G
M
 
L
V
 
I
L
 
G
A
 
L
A
 
N
M
 
Y
W
 
W
D
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
N
I
 
I
T
 
T
N
 
N
N
 
S
V
 
R
R
 
H
P
 
E
I
 
I
V
 
S
T
 
K
P
 
L
A
 
D
D
 
D
L
 
I
D
 
G
G
 
G
L
 
I
K
 
K
I
 
L
R
|
R
T
 
V
P
x
M
T
 
Q
N
 
N
R
 
Q
Q
 
V
R
 
A
V
 
L
E
 
S
M
 
V
F
 
F
N
 
K
T
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
A
T
 
I
P
 
P
L
 
M
S
 
P
F
|
F
G
 
T
E
 
E
V
 
L
Y
 
F
S
 
T
A
 
A
L
 
L
D
 
E
Q
 
T
G
 
K
T
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
A
 
L
N
 
S
V
 
T
V
 
I
E
 
Q
T
 
T
A
 
S
K
 
K
L
 
F
F
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
G
 
P
Y
 
Y
M
 
L
S
 
T
L
 
L
T
 
S
N
 
N
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
L
 
T
P
 
P
T
x
F
F
 
V
F
 
F
V
 
L
I
 
A
G
 
S
E
 
K
P
 
K
F
 
W
L
 
F
N
 
D
S
 
Q
L
 
L
T
 
S
P
 
Q
E
 
D
L
 
E
R
 
K
E
 
D
T
 
V
V
 
I
I
 
T
S
 
Q
V
 
A
A
 
A
K
 
A
E
 
D
V
 
S
G
 
Q
P
 
A
W
 
F
S
 
Q
F
 
R
E
 
K
W
 
A
G
 
S
E
 
R
K
 
Q
S
 
G
D
 
N
T
 
E
E
 
D
T
 
A
I
 
L
A
 
K
A
 
Y
L
 
L
Q
 
K
E
 
E

Sites not aligning to the query:

7bcpA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with gluconate (see paper)
32% identity, 70% coverage: 56:282/326 of query aligns to 36:263/310 of 7bcpA

query
sites
7bcpA
G
 
G
E
 
K
I
 
M
D
 
K
V
 
V
Q
 
K
I
 
T
F
 
F
M
 
G
S
 
N
N
 
G
T
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
P
E
x
D
E
 
E
D
 
Q
V
 
L
L
 
I
Q
 
N
G
 
S
L
 
L
G
 
I
F
 
S
G
 
G
T
 
S
H
 
G
Q
 
E
A
 
I
S
 
T
L
x
F
S
 
V
A
x
S
S
 
T
A
 
A
-
 
P
V
 
I
A
 
A
Q
 
S
V
 
L
N
 
I
N
 
P
R
 
E
T
 
F
S
 
G
I
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
L
P
 
P
Y
 
F
L
 
L
F
 
F
E
 
D
D
 
N
R
 
E
A
 
K
A
 
V
V
 
A
Q
 
D
T
 
T
F
 
V
I
 
L
D
 
D
S
 
G
P
 
P
A
 
E
G
 
G
E
 
K
M
 
K
L
 
L
A
 
L
D
 
D
G
 
K
F
 
L
D
 
P
V
 
A
T
 
K
G
 
G
M
 
L
V
 
I
L
 
G
A
 
L
A
 
N
M
 
Y
W
 
W
D
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
N
I
 
I
T
 
T
N
 
N
N
 
S
V
 
R
R
 
H
P
 
E
I
 
I
V
 
S
T
 
K
P
 
L
A
 
D
D
 
D
L
 
I
D
 
G
G
 
G
L
 
I
K
 
K
I
 
L
R
|
R
T
 
V
P
x
M
T
 
Q
N
 
N
R
 
Q
Q
 
V
R
 
A
V
 
L
E
 
S
M
 
V
F
 
F
N
 
K
T
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
A
T
 
I
P
 
P
L
 
M
S
 
P
F
|
F
G
 
T
E
 
E
V
 
L
Y
 
F
S
 
T
A
 
A
L
 
L
D
 
E
Q
 
T
G
 
K
T
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
A
 
L
N
 
S
V
 
T
V
 
I
E
 
Q
T
 
T
A
 
S
K
 
K
L
 
F
F
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
G
 
P
Y
 
Y
M
 
L
S
 
T
L
 
L
T
 
S
N
 
N
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
L
 
T
P
 
P
T
x
F
F
 
V
F
 
F
V
 
L
I
 
A
G
 
S
E
 
K
P
 
K
F
 
W
L
 
F
N
 
D
S
 
Q
L
 
L
T
 
S
P
 
Q
E
 
D
L
 
E
R
 
K
E
 
D
T
 
V
V
 
I
I
 
T
S
 
Q
V
 
A
A
 
A
K
 
A
E
 
D
V
 
S
G
 
Q
P
 
A
W
 
F
S
 
Q
F
 
R
E
 
K
W
 
A
G
 
S
E
 
R
K
 
Q
S
 
G
D
 
N
T
 
E
E
 
D
T
 
A
I
 
L
A
 
K
A
 
Y
L
 
L
Q
 
K
E
 
E

Sites not aligning to the query:

7bcoA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with d-foconate (see paper)
32% identity, 70% coverage: 56:282/326 of query aligns to 36:263/310 of 7bcoA

query
sites
7bcoA
G
 
G
E
 
K
I
 
M
D
 
K
V
 
V
Q
 
K
I
 
T
F
 
F
M
 
G
S
 
N
N
 
G
T
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
P
E
x
D
E
 
E
D
 
Q
V
 
L
L
 
I
Q
 
N
G
 
S
L
 
L
G
 
I
F
 
S
G
 
G
T
 
S
H
 
G
Q
 
E
A
 
I
S
 
T
L
 
F
S
 
V
A
x
S
S
 
T
A
 
A
-
 
P
V
 
I
A
 
A
Q
 
S
V
 
L
N
 
I
N
 
P
R
 
E
T
 
F
S
 
G
I
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
L
P
 
P
Y
 
F
L
 
L
F
 
F
E
 
D
D
 
N
R
 
E
A
 
K
A
 
V
V
 
A
Q
 
D
T
 
T
F
 
V
I
 
L
D
 
D
S
 
G
P
 
P
A
 
E
G
 
G
E
 
K
M
 
K
L
 
L
A
 
L
D
 
D
G
 
K
F
 
L
D
 
P
V
 
A
T
 
K
G
 
G
M
 
L
V
 
I
L
 
G
A
 
L
A
 
N
M
 
Y
W
 
W
D
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
N
I
 
I
T
 
T
N
 
N
N
 
S
V
 
R
R
 
H
P
 
E
I
 
I
V
 
S
T
 
K
P
 
L
A
 
D
D
 
D
L
 
I
D
 
G
G
 
G
L
 
I
K
 
K
I
 
L
R
|
R
T
 
V
P
x
M
T
 
Q
N
 
N
R
 
Q
Q
 
V
R
 
A
V
 
L
E
 
S
M
 
V
F
 
F
N
 
K
T
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
A
T
 
I
P
 
P
L
 
M
S
 
P
F
|
F
G
 
T
E
 
E
V
 
L
Y
 
F
S
 
T
A
 
A
L
 
L
D
 
E
Q
 
T
G
 
K
T
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
A
 
L
N
 
S
V
 
T
V
 
I
E
 
Q
T
 
T
A
 
S
K
 
K
L
 
F
F
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
G
 
P
Y
 
Y
M
 
L
S
 
T
L
 
L
T
 
S
N
 
N
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
L
 
T
P
 
P
T
 
F
F
 
V
F
 
F
V
 
L
I
 
A
G
 
S
E
 
K
P
 
K
F
 
W
L
 
F
N
 
D
S
 
Q
L
 
L
T
 
S
P
 
Q
E
 
D
L
 
E
R
 
K
E
 
D
T
 
V
V
 
I
I
 
T
S
 
Q
V
 
A
A
 
A
K
 
A
E
 
D
V
 
S
G
 
Q
P
 
A
W
 
F
S
 
Q
F
 
R
E
 
K
W
 
A
G
 
S
E
 
R
K
 
Q
S
 
G
D
 
N
T
 
E
E
 
D
T
 
A
I
 
L
A
 
K
A
 
Y
L
 
L
Q
 
K
E
 
E

Sites not aligning to the query:

7bcnA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with xylonic acid (see paper)
32% identity, 70% coverage: 56:282/326 of query aligns to 36:263/310 of 7bcnA

query
sites
7bcnA
G
 
G
E
 
K
I
 
M
D
 
K
V
 
V
Q
 
K
I
 
T
F
 
F
M
 
G
S
 
N
N
 
G
T
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
P
E
x
D
E
 
E
D
 
Q
V
 
L
L
 
I
Q
 
N
G
 
S
L
 
L
G
 
I
F
 
S
G
 
G
T
 
S
H
 
G
Q
 
E
A
 
I
S
 
T
L
 
F
S
 
V
A
x
S
S
 
T
A
 
A
-
 
P
V
 
I
A
 
A
Q
 
S
V
 
L
N
 
I
N
 
P
R
 
E
T
 
F
S
 
G
I
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
L
P
 
P
Y
 
F
L
 
L
F
 
F
E
 
D
D
 
N
R
 
E
A
 
K
A
 
V
V
 
A
Q
 
D
T
 
T
F
 
V
I
 
L
D
 
D
S
 
G
P
 
P
A
 
E
G
 
G
E
 
K
M
 
K
L
 
L
A
 
L
D
 
D
G
 
K
F
 
L
D
 
P
V
 
A
T
 
K
G
 
G
M
 
L
V
 
I
L
 
G
A
 
L
A
 
N
M
 
Y
W
 
W
D
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
N
I
 
I
T
 
T
N
 
N
N
 
S
V
 
R
R
 
H
P
 
E
I
 
I
V
 
S
T
 
K
P
 
L
A
 
D
D
 
D
L
 
I
D
 
G
G
 
G
L
 
I
K
 
K
I
 
L
R
|
R
T
 
V
P
x
M
T
 
Q
N
 
N
R
 
Q
Q
 
V
R
 
A
V
 
L
E
 
S
M
 
V
F
 
F
N
 
K
T
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
A
T
 
I
P
 
P
L
 
M
S
 
P
F
|
F
G
 
T
E
 
E
V
 
L
Y
 
F
S
 
T
A
 
A
L
 
L
D
 
E
Q
 
T
G
 
K
T
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
A
 
L
N
 
S
V
 
T
V
 
I
E
 
Q
T
 
T
A
 
S
K
 
K
L
 
F
F
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
G
 
P
Y
 
Y
M
 
L
S
 
T
L
 
L
T
 
S
N
 
N
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
L
 
T
P
 
P
T
x
F
F
 
V
F
 
F
V
 
L
I
 
A
G
 
S
E
 
K
P
 
K
F
 
W
L
 
F
N
 
D
S
 
Q
L
 
L
T
 
S
P
 
Q
E
 
D
L
 
E
R
 
K
E
 
D
T
 
V
V
 
I
I
 
T
S
 
Q
V
 
A
A
 
A
K
 
A
E
 
D
V
 
S
G
 
Q
P
 
A
W
 
F
S
 
Q
F
 
R
E
 
K
W
 
A
G
 
S
E
 
R
K
 
Q
S
 
G
D
 
N
T
 
E
E
 
D
T
 
A
I
 
L
A
 
K
A
 
Y
L
 
L
Q
 
K
E
 
E

7bbrA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t (see paper)
32% identity, 70% coverage: 56:282/326 of query aligns to 37:264/310 of 7bbrA

query
sites
7bbrA
G
 
G
E
 
K
I
 
M
D
 
K
V
 
V
Q
 
K
I
 
T
F
 
F
M
 
G
S
 
N
N
 
G
T
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
P
E
x
D
E
 
E
D
 
Q
V
 
L
L
 
I
Q
 
N
G
 
S
L
 
L
G
 
I
F
 
S
G
 
G
T
 
S
H
 
G
Q
 
E
A
 
I
S
 
T
L
 
F
S
 
V
A
x
S
S
 
T
A
 
A
-
 
P
V
 
I
A
 
A
Q
 
S
V
 
L
N
 
I
N
 
P
R
 
E
T
 
F
S
 
G
I
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
L
P
 
P
Y
 
F
L
 
L
F
 
F
E
 
D
D
 
N
R
 
E
A
 
K
A
 
V
V
 
A
Q
 
D
T
 
T
F
 
V
I
 
L
D
 
D
S
 
G
P
 
P
A
 
E
G
 
G
E
 
K
M
 
K
L
 
L
A
 
L
D
 
D
G
 
K
F
 
L
D
 
P
V
 
A
T
 
K
G
 
G
M
 
L
V
 
I
L
 
G
A
 
L
A
 
N
M
 
Y
W
 
W
D
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
N
I
 
I
T
 
T
N
 
N
N
 
S
V
 
R
R
 
H
P
 
E
I
 
I
V
 
S
T
 
K
P
 
L
A
 
D
D
 
D
L
 
I
D
 
G
G
 
G
L
 
I
K
 
K
I
 
L
R
|
R
T
 
V
P
x
M
T
 
Q
N
 
N
R
 
Q
Q
 
V
R
 
A
V
 
L
E
 
S
M
 
V
F
 
F
N
 
K
T
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
A
T
 
I
P
 
P
L
 
M
S
 
P
F
|
F
G
 
T
E
 
E
V
 
L
Y
 
F
S
 
T
A
 
A
L
 
L
D
 
E
Q
 
T
G
 
K
T
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
A
 
L
N
 
S
V
 
T
V
 
I
E
 
Q
T
 
T
A
 
S
K
 
K
L
 
F
F
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
G
 
P
Y
 
Y
M
 
L
S
 
T
L
 
L
T
 
S
N
 
N
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
L
 
T
P
 
P
T
 
F
F
 
V
F
 
F
V
 
L
I
 
A
G
 
S
E
 
K
P
 
K
F
 
W
L
 
F
N
 
D
S
 
Q
L
 
L
T
 
S
P
 
Q
E
 
D
L
 
E
R
 
K
E
 
D
T
 
V
V
 
I
I
 
T
S
 
Q
V
 
A
A
 
A
K
 
A
E
 
D
V
 
S
G
 
Q
P
 
A
W
 
F
S
 
Q
F
 
R
E
 
K
W
 
A
G
 
S
E
 
R
K
 
Q
S
 
G
D
 
N
T
 
E
E
 
D
T
 
A
I
 
L
A
 
K
A
 
Y
L
 
L
Q
 
K
E
 
E

Sites not aligning to the query:

4xeqB Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from desulfovibrio vulgaris (deval_0042, target efi-510114) bound to copurified (r)-pantoic acid
32% identity, 87% coverage: 36:320/326 of query aligns to 13:303/304 of 4xeqB

query
sites
4xeqB
G
 
G
S
 
S
F
 
A
A
x
Q
H
 
Y
V
 
V
F
 
C
L
 
A
Q
 
E
E
 
R
Y
 
F
E
 
A
Q
 
Q
R
 
L
L
 
L
E
 
A
A
 
E
A
 
R
A
 
S
P
 
D
G
 
K
E
 
R
I
 
F
D
 
N
V
 
V
Q
 
V
I
 
L
F
 
H
M
 
H
S
 
S
N
 
A
T
 
S
L
 
L
G
 
G
K
 
T
E
 
E
E
 
T
D
 
D
V
 
I
L
 
L
Q
 
Q
G
 
Q
L
 
V
G
 
Q
F
 
L
G
 
G
T
 
A
H
 
V
Q
 
Q
-
 
M
A
 
A
S
 
I
L
 
V
S
x
T
A
 
T
S
 
G
A
 
T
V
 
L
A
 
D
Q
 
A
V
 
F
N
 
V
N
 
P
R
 
E
T
 
M
S
 
A
I
 
A
F
 
L
D
 
D
L
 
F
P
 
P
Y
 
F
L
 
L
F
 
F
E
 
T
D
 
D
R
 
T
A
 
T
A
 
T
V
 
A
Q
 
D
T
 
R
F
 
V
I
 
L
D
 
D
S
 
G
P
 
P
A
 
V
G
 
G
E
 
R
M
 
G
L
 
L
A
 
L
D
 
D
G
 
R
F
 
L
D
 
S
V
 
T
T
 
A
G
 
G
M
 
F
V
 
K
L
 
G
A
 
L
A
 
H
M
 
F
W
 
S
D
 
E
N
 
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
H
I
 
L
T
 
T
N
 
N
N
 
S
V
 
I
R
 
R
P
 
P
I
 
V
V
 
M
T
 
T
P
 
P
A
 
D
D
 
D
L
 
V
D
 
R
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
I
R
|
R
T
 
V
P
x
M
T
 
E
N
 
S
R
 
Q
Q
 
V
R
 
H
V
 
R
E
 
E
M
 
L
F
 
W
N
 
R
T
 
T
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
P
T
 
T
P
 
P
L
 
M
S
 
G
F
x
W
G
 
-
E
 
P
V
 
I
Y
 
Y
S
 
A
A
 
E
L
 
L
D
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
I
 
L
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
A
 
L
N
 
W
V
 
V
V
 
I
E
 
A
T
 
E
A
 
Y
K
 
R
L
 
L
F
 
N
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
G
 
K
Y
 
H
M
 
L
S
 
S
L
 
L
T
 
T
N
 
G
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
L
 
S
P
 
T
T
 
H
F
 
T
F
 
D
V
 
L
I
 
A
G
 
N
E
 
L
P
 
A
F
 
W
L
 
F
N
 
E
S
 
A
L
 
L
T
 
P
P
 
A
E
 
N
L
 
D
R
 
R
E
 
R
T
 
L
V
 
L
I
 
A
S
 
S
V
 
C
A
 
M
K
 
Q
E
 
D
V
 
A
G
 
A
P
 
L
W
 
W
S
 
Q
F
 
R
E
 
T
W
 
W
G
 
S
E
 
R
K
 
Q
S
 
R
D
 
D
T
 
-
E
 
-
T
 
-
I
 
-
A
 
A
A
 
A
L
 
Y
Q
 
L
E
 
E
K
 
Q
L
 
L
E
 
R
-
 
T
-
 
A
-
 
G
-
 
M
-
 
Q
-
 
V
V
 
I
N
 
E
E
 
R
I
 
P
D
 
D
F
 
I
A
 
A
A
 
T
F
 
F
Q
 
R
S
 
Q
A
 
R
A
 
V
A
 
Q
P
 
P
L
 
L
Y
 
S
D
 
G
S
 
S
P
 
A
T
 
L
F
 
F
-
 
E
-
 
H
-
 
K
-
 
G
V
 
V
D
 
R
V
 
K
I
 
A
G
 
L
A
 
E
D
 
D
M
 
L
I
 
M
A
 
A
A
 
A
T
 
T
K
 
R

4pddA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp js666 (bpro_0088, target efi-510167) bound to d- erythronate (see paper)
29% identity, 90% coverage: 24:318/326 of query aligns to 1:296/303 of 4pddA

query
sites
4pddA
E
 
Q
A
 
T
V
 
I
M
 
L
Q
 
K
I
 
I
N
 
G
S
 
Y
S
x
T
L
 
P
P
 
P
E
 
K
G
 
D
S
 
S
F
 
H
A
x
Y
H
 
G
V
 
V
F
 
G
L
 
A
Q
 
T
E
 
T
Y
 
F
E
 
C
Q
 
D
R
 
E
L
 
V
E
 
E
A
 
K
A
 
G
A
 
T
P
 
Q
G
 
E
E
 
R
I
 
Y
D
 
K
V
 
C
Q
 
Q
I
 
H
F
 
F
M
 
P
S
 
S
N
 
S
T
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
G
E
|
E
E
 
R
D
 
E
V
 
M
L
 
I
Q
 
E
G
 
S
L
 
V
G
 
Q
F
 
L
G
 
G
T
 
T
H
 
Q
Q
 
D
-
 
L
A
 
V
S
 
N
L
 
T
S
 
S
A
 
T
S
 
G
A
 
P
V
 
L
A
 
G
Q
 
N
V
 
F
N
 
V
N
 
P
R
 
E
T
 
T
S
 
R
I
 
I
F
 
V
D
 
D
L
 
I
P
 
P
Y
 
F
L
 
L
F
 
F
E
 
R
D
 
D
R
 
Y
A
 
E
A
 
H
V
 
A
Q
 
R
T
 
K
F
 
V
I
 
M
D
 
D
S
 
G
P
 
A
A
 
I
G
 
G
E
 
Q
M
 
D
L
 
L
A
 
L
D
 
K
G
 
K
F
 
M
D
 
Q
V
 
A
T
 
K
G
 
G
M
 
L
V
 
I
L
 
G
A
 
L
A
 
A
M
 
W
W
 
T
D
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
H
I
 
M
T
 
T
N
 
N
N
 
S
V
 
K
R
 
R
P
 
P
I
 
I
V
 
L
T
 
Q
P
 
A
A
 
S
D
 
D
L
 
A
D
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
V
R
|
R
T
 
T
P
x
M
T
 
E
N
 
N
R
 
K
Q
 
V
R
 
H
V
 
M
E
 
D
M
 
G
F
 
Y
N
 
K
T
 
T
L
 
F
G
 
G
A
 
L
N
 
L
A
 
P
T
 
T
P
 
P
L
 
M
S
 
A
F
|
F
G
 
P
E
 
E
V
 
L
Y
 
F
S
 
T
A
 
A
L
 
L
D
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
A
 
I
N
 
P
V
 
V
V
 
I
E
 
L
T
 
S
A
 
S
K
 
K
L
 
F
F
 
S
E
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
G
 
K
Y
 
H
M
 
L
S
 
S
L
 
L
T
 
T
N
 
G
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
L
 
S
P
 
P
T
 
A
F
 
V
F
 
L
V
 
I
I
 
L
G
 
S
E
 
S
P
 
R
F
 
V
L
 
W
N
 
D
S
 
K
L
 
L
T
 
S
P
 
E
E
 
A
L
 
D
R
 
K
E
 
K
T
 
V
V
 
F
I
 
V
S
 
A
V
 
A
A
 
A
K
 
Q
E
 
K
V
 
A
G
 
T
P
 
V
W
 
A
S
 
Q
F
 
R
E
 
K
W
 
R
G
 
V
E
 
N
K
 
D
S
 
D
D
 
E
T
 
A
E
 
N
T
 
G
I
 
I
A
 
T
A
 
Q
L
 
L
Q
 
K
E
 
K
K
 
D
-
 
G
-
 
M
L
 
Q
E
 
V
V
 
V
N
 
E
E
 
K
I
 
V
D
 
D
F
 
G
A
 
E
A
 
S
F
 
F
Q
 
R
S
 
K
A
 
A
A
 
V
A
 
A
P
 
P
L
 
A
Y
 
Y
D
 
A
S
 
G
P
 
-
T
 
-
F
 
F
V
 
A
D
 
K
V
 
E
I
 
F
G
 
G
A
 
A
D
 
E
M
 
R
I
 
I
A
 
A
A
 
A

4pf8A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from sulfitobacter sp. Nas-14.1 (target efi-510299) with bound beta-d- galacturonate (see paper)
32% identity, 79% coverage: 56:311/326 of query aligns to 31:294/300 of 4pf8A

query
sites
4pf8A
G
 
G
E
 
E
I
 
I
D
 
K
V
 
G
Q
 
K
I
 
V
F
 
F
M
 
H
S
 
A
N
 
G
T
 
V
L
 
L
G
 
G
K
 
S
E
x
Q
E
 
P
D
 
D
V
 
A
L
 
I
Q
 
E
G
 
Q
L
 
L
G
 
R
F
 
L
G
 
G
T
 
I
H
 
M
Q
 
D
-
 
F
A
 
G
S
 
V
L
 
F
S
|
S
A
 
L
S
 
G
A
 
P
V
 
M
A
 
G
Q
 
Q
V
 
A
N
 
V
N
 
P
R
 
A
T
 
T
S
 
N
I
 
V
F
 
V
D
 
S
L
 
L
P
 
P
Y
 
F
L
 
V
F
 
F
E
 
K
D
 
S
R
 
V
A
 
P
A
 
Q
V
 
M
Q
 
Y
T
 
E
F
 
L
I
 
M
D
 
D
S
 
G
P
 
E
A
 
P
G
 
G
E
 
A
M
 
A
L
 
L
A
 
G
D
 
K
G
 
A
F
 
L
D
 
E
V
 
E
T
 
K
G
 
G
M
 
I
V
 
V
L
 
A
A
 
L
A
 
G
M
 
Y
W
 
Y
D
 
D
N
 
A
G
 
G
F
 
A
R
|
R
Q
 
S
I
 
F
T
 
Y
N
 
N
N
 
S
V
 
V
R
 
K
P
 
P
I
 
I
V
 
N
T
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
D
L
 
V
D
 
Q
G
 
G
L
 
M
K
 
K
I
 
V
R
|
R
T
 
V
P
x
M
T
 
N
N
 
N
R
 
D
Q
 
L
R
 
F
V
 
V
E
 
G
M
 
M
F
 
I
N
 
E
T
 
S
L
 
M
G
 
G
A
 
G
N
 
N
A
 
A
T
 
T
P
 
P
L
 
M
S
 
A
F
|
F
G
 
A
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
S
 
Q
A
 
S
L
 
I
D
 
K
Q
 
T
G
 
G
T
 
V
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
A
E
 
E
N
|
N
P
 
N
A
 
P
N
 
P
V
x
S
V
 
Y
E
 
E
T
 
S
A
 
T
K
 
S
L
 
H
F
 
F
E
 
E
V
 
V
Q
 
A
G
 
K
Y
 
Y
M
 
Y
S
 
S
L
 
L
T
 
T
N
 
Q
H
 
H
V
 
L
Y
 
I
L
 
I
P
 
P
T
x
E
F
 
C
F
 
L
V
 
C
I
 
M
G
 
S
E
 
K
P
 
K
F
 
T
L
 
F
N
 
D
S
 
G
L
 
L
T
 
T
P
 
P
E
 
E
L
 
Q
R
 
Q
E
 
E
T
 
I
V
 
V
I
 
K
S
 
T
V
 
A
A
 
G
K
 
K
E
 
N
V
 
S
G
 
T
P
 
D
W
 
L
S
 
Q
F
 
R
E
 
K
-
 
L
W
 
W
G
 
G
E
 
E
K
 
R
S
 
E
D
 
A
T
 
A
E
 
S
T
 
M
I
 
K
A
 
I
A
 
I
L
 
M
Q
 
D
E
 
G
K
 
G
L
 
V
E
 
E
V
 
V
N
 
N
E
 
E
I
 
I
-
 
A
D
 
D
F
 
K
A
 
S
A
 
A
F
 
F
Q
 
Q
S
 
E
A
 
A
A
 
M
A
 
V
P
 
P
L
 
V
Y
 
Y
D
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
L
-
 
A
-
 
A
S
 
N
P
 
P
T
 
E
F
 
M
V
 
T
D
 
D
V
 
L
I
 
V

Sites not aligning to the query:

4x8rA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from rhodobacter sphaeroides (rsph17029_2138, target efi-510205) with bound glucuronate
32% identity, 79% coverage: 48:304/326 of query aligns to 27:286/304 of 4x8rA

query
sites
4x8rA
Q
 
E
R
 
R
L
 
A
E
 
K
A
 
E
A
 
L
A
 
S
P
 
N
G
 
G
E
 
R
I
 
I
D
 
C
V
 
I
Q
 
E
I
 
V
F
 
F
M
 
P
S
 
S
N
 
S
T
 
Q
L
 
L
G
 
G
K
 
E
E
|
E
E
 
K
D
 
D
V
 
T
L
 
I
Q
 
E
G
 
Q
L
 
T
G
 
Q
F
 
F
G
 
G
T
 
V
-
 
I
H
 
D
Q
 
M
A
 
V
S
x
R
L
 
A
S
 
S
A
 
F
S
 
G
A
 
S
V
 
F
A
 
N
Q
 
D
V
 
I
N
 
V
N
 
P
R
 
E
T
 
A
S
 
Q
I
 
L
F
 
L
D
 
S
L
 
L
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
E
 
R
D
 
S
R
 
E
A
 
E
A
 
H
V
 
L
Q
 
H
T
x
N
F
 
V
I
 
M
D
 
D
S
 
G
P
 
P
A
 
I
G
|
G
E
 
D
M
 
E
L
 
L
A
 
A
D
 
K
G
 
A
F
 
F
D
x
E
V
 
A
T
 
K
G
 
D
M
 
L
V
 
I
L
 
A
A
 
V
A
 
A
M
 
Y
W
 
Y
D
 
D
N
 
G
G
 
G
F
 
S
R
|
R
Q
 
S
I
 
F
T
 
Y
N
 
N
N
 
S
V
 
Q
R
 
K
P
 
P
I
 
I
V
 
T
T
 
K
P
 
V
A
 
E
D
 
D
L
 
L
D
 
K
G
 
G
L
 
M
K
 
K
I
 
F
R
|
R
T
 
V
P
x
M
T
 
Q
N
 
S
R
 
D
Q
 
V
R
 
F
V
 
V
E
 
D
M
 
M
F
 
M
N
 
S
T
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
A
T
 
T
P
 
P
L
 
M
S
 
P
F
x
Y
G
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
S
 
S
A
 
S
L
 
I
D
 
Q
Q
 
T
G
 
G
T
 
V
I
 
I
D
 
D
G
 
G
Q
 
A
E
 
E
N
|
N
P
 
N
A
 
W
N
 
P
V
x
S
V
 
Y
E
 
D
T
 
S
A
 
S
K
 
G
L
 
H
F
 
F
E
 
E
V
 
V
Q
 
A
G
 
K
Y
 
Y
M
 
Y
S
 
T
L
 
L
T
 
D
N
 
Q
H
 
H
V
 
L
Y
 
M
L
 
V
P
 
P
T
x
E
F
x
L
F
 
V
V
 
A
I
 
I
G
 
S
E
 
K
P
 
I
F
 
K
L
 
W
N
 
D
S
 
A
L
 
L
T
 
S
P
 
P
E
 
E
L
 
D
R
 
Q
E
 
Q
T
 
V
V
 
L
I
 
R
S
 
Q
V
 
A
A
 
A
K
 
E
E
 
E
V
 
S
G
 
E
P
 
P
W
 
V
S
 
Q
F
 
R
E
 
K
-
 
L
W
 
W
G
 
A
-
 
E
-
 
Q
E
 
E
K
 
K
S
 
A
D
 
S
T
 
E
E
 
E
T
 
K
I
 
V
A
 
V
A
 
A
L
 
S
Q
 
G
E
 
A
K
 
E
L
 
V
E
 
-
V
 
V
N
 
R
E
 
E
I
 
I
D
 
D
F
 
K
A
 
T
A
 
P
F
 
F
Q
 
I
S
 
E
A
 
A
A
 
M
A
 
A
P
 
P
L
 
V
Y
 
Y
D
 
E
S
 
K

Sites not aligning to the query:

4oanA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from rhodopseudomonas palustris haa2 (rpb_2686), target efi-510221, with density modeled as (s)-2-hydroxy-2-methyl-3-oxobutanoate ((s)-2- acetolactate) (see paper)
35% identity, 72% coverage: 21:254/326 of query aligns to 3:238/312 of 4oanA

query
sites
4oanA
A
 
A
A
 
E
A
 
A
E
 
E
A
 
F
V
 
V
M
 
Y
Q
 
K
I
 
Y
N
 
A
S
 
N
S
x
N
L
 
L
P
 
P
E
 
D
G
 
T
S
 
H
F
 
P
A
 
M
H
 
N
V
 
I
F
 
R
L
 
A
Q
 
R
E
 
E
Y
 
M
E
 
A
Q
 
A
R
 
A
L
 
I
E
 
K
A
 
A
A
 
E
A
 
T
P
 
N
G
 
G
E
 
R
I
 
V
D
 
Q
V
 
I
Q
 
D
I
 
I
F
 
F
M
 
P
S
 
S
N
 
N
T
 
Q
L
 
L
G
 
G
K
 
S
E
 
D
E
 
T
D
 
D
V
 
M
L
 
L
-
 
S
Q
 
Q
G
 
I
L
 
R
G
 
S
F
 
G
G
 
G
T
 
V
H
 
E
Q
 
F
A
 
F
S
 
T
L
 
L
S
 
S
A
 
G
S
 
L
A
 
I
V
 
L
A
 
S
Q
 
T
V
 
L
N
 
V
N
 
P
R
 
A
T
 
A
S
 
S
I
 
I
F
 
N
D
 
G
L
 
I
P
 
G
Y
 
F
L
 
A
F
 
F
E
 
P
D
 
D
R
 
Y
A
 
D
A
 
T
V
 
V
Q
 
W
T
 
K
F
 
A
I
 
M
D
 
D
S
 
G
P
 
E
A
 
L
G
 
G
E
 
G
M
 
Y
L
 
V
A
 
R
D
 
G
G
 
E
F
 
I
D
 
G
V
 
K
T
 
A
G
 
G
M
 
L
V
 
V
-
 
V
L
 
M
A
 
D
A
 
K
M
 
I
W
 
W
D
 
D
N
 
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
Q
I
 
T
T
 
T
N
 
T
N
 
S
V
 
T
R
 
R
P
 
P
I
 
I
V
 
T
T
 
G
P
 
P
A
 
D
D
 
D
L
 
F
D
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
I
R
|
R
T
 
V
P
|
P
T
 
V
N
 
S
R
 
P
Q
 
L
R
 
W
V
 
T
E
 
S
M
 
M
F
 
F
N
 
K
T
 
A
L
 
F
G
 
D
A
 
A
N
 
S
A
 
P
T
 
A
P
 
S
L
 
I
S
 
N
F
|
F
G
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
Q
Q
 
T
G
 
K
T
 
V
I
 
V
D
 
E
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
A
 
L
N
 
A
V
 
I
V
 
I
E
 
S
T
 
T
A
 
A
K
 
K
L
 
L
F
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
G
 
K
Y
 
Y
M
 
C
S
 
S
L
 
L
T
 
T
N
 
N
H
 
H
V
 
M
Y
 
W
L
 
D
P
 
G
T
 
F
F
 
W
F
 
F
V
 
L
I
 
A
G
 
N
E
 
R
P
 
R
F
 
A
L
 
W
N
 
E
S
 
R
L
 
L
T
 
P
P
 
A
E
 
D
L
 
L
R
 
R
E
 
D
T
 
I
V
 
V

4ovqA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from roseobacter denitrificans, target efi-510230, with bound beta-d- glucuronate (see paper)
31% identity, 81% coverage: 41:304/326 of query aligns to 17:283/302 of 4ovqA

query
sites
4ovqA
V
 
V
F
 
A
L
 
M
Q
 
D
E
 
K
Y
 
F
E
 
A
Q
 
E
R
 
L
L
 
L
E
 
A
A
 
V
A
 
K
A
 
T
P
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
Y
D
 
T
V
 
L
Q
 
Q
I
 
M
F
 
F
M
 
H
S
 
G
N
 
G
T
 
T
L
 
L
G
 
G
K
 
S
E
x
Q
E
 
P
D
 
D
V
 
A
L
 
I
Q
 
E
G
 
Q
L
 
V
G
 
R
F
 
A
G
 
G
T
 
A
H
 
L
Q
 
E
-
 
I
A
 
G
S
 
N
L
 
F
S
x
N
A
 
L
S
 
G
A
 
P
V
 
I
A
 
G
Q
 
P
V
 
L
N
 
V
N
 
P
R
 
A
T
 
A
S
 
N
I
 
V
F
 
V
D
 
S
L
 
L
P
 
P
Y
 
F
L
 
I
F
 
F
E
 
K
D
 
D
R
 
V
A
 
P
A
 
H
V
 
M
Q
 
F
T
 
R
F
 
V
I
 
L
D
 
D
S
 
G
P
 
E
A
 
A
G
 
G
E
 
K
M
 
I
L
 
I
A
 
A
D
 
A
G
 
G
F
 
M
D
 
A
V
 
E
T
 
K
G
 
G
M
 
I
V
 
Q
L
 
P
A
 
L
A
 
A
M
 
W
W
 
Y
D
 
D
N
 
A
G
 
G
F
 
A
R
|
R
Q
 
S
I
 
F
T
 
Y
N
 
N
N
 
G
V
 
E
R
 
K
P
 
P
I
 
I
V
 
N
T
 
T
P
 
P
A
 
A
D
 
D
L
 
V
D
 
E
G
 
G
L
 
M
K
 
K
I
 
V
R
|
R
T
 
V
P
x
M
T
 
N
N
 
N
R
 
E
Q
 
L
R
 
F
V
 
T
E
 
G
M
 
M
F
 
I
N
 
A
T
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
G
N
 
N
A
 
P
T
 
S
P
 
P
L
 
M
S
 
A
F
|
F
G
 
A
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
S
 
Q
A
 
A
L
 
L
D
 
K
Q
 
T
G
 
G
T
 
V
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
A
E
 
E
N
|
N
P
 
N
A
 
W
N
 
P
V
x
S
V
 
Y
E
 
E
T
 
S
A
 
T
K
 
G
L
 
H
F
 
F
E
 
E
V
 
V
Q
 
A
G
 
G
Y
 
F
M
 
Y
S
 
S
L
 
L
T
 
S
N
 
Q
H
 
H
V
 
L
Y
 
I
L
 
I
P
 
P
T
x
E
F
 
C
F
 
I
V
 
C
I
 
I
G
 
N
E
 
I
P
 
G
F
 
T
L
 
F
N
 
N
S
 
A
L
 
L
T
 
S
P
 
D
E
 
E
L
 
M
R
 
K
E
 
T
T
 
A
V
 
V
I
 
L
S
 
E
V
 
A
A
 
A
K
 
Q
E
 
E
V
 
S
G
 
A
P
 
L
W
 
Y
S
 
Q
F
 
R
E
 
D
-
 
L
W
 
W
G
 
N
E
 
K
K
 
R
S
 
E
D
 
A
T
 
A
E
 
S
T
 
R
I
 
A
A
 
A
A
 
V
L
 
E
Q
 
A
E
 
A
K
 
G
L
 
V
E
 
V
V
 
V
N
 
N
E
 
E
I
 
I
-
 
A
D
 
D
F
 
K
A
 
A
A
 
P
F
 
F
Q
 
Q
S
 
A
A
 
A
A
 
M
A
 
A
P
 
P
L
 
V
Y
 
Y
D
 
E
S
 
A

Sites not aligning to the query:

4p3lA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from chromohalobacter salexigens dsm 3043 (csal_2479), target efi-510085, with bound glucuronate, spg p6122 (see paper)
27% identity, 83% coverage: 32:303/326 of query aligns to 12:282/303 of 4p3lA

query
sites
4p3lA
S
 
S
L
 
Y
P
 
P
E
 
N
G
 
G
S
 
K
F
 
A
A
 
L
H
 
E
V
 
S
F
 
F
L
 
A
Q
 
K
E
 
E
Y
 
V
E
 
A
Q
 
E
R
 
K
L
 
T
E
 
E
A
 
-
A
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
G
E
 
R
I
 
V
D
 
E
V
 
P
Q
 
K
I
 
V
F
 
Y
M
 
H
S
 
N
N
 
A
T
 
V
L
 
L
G
 
G
K
 
D
E
x
Q
E
 
P
D
 
D
V
 
A
L
 
I
Q
 
E
G
 
Q
L
 
T
G
 
R
F
 
S
G
 
G
T
 
A
H
 
L
Q
 
D
-
 
F
A
 
A
S
 
N
L
 
F
S
x
N
A
 
M
S
 
G
A
 
P
V
 
M
A
 
G
Q
 
P
V
 
I
N
 
V
N
 
P
R
 
A
T
 
A
S
 
N
I
 
V
F
 
L
D
 
S
L
 
L
P
 
P
Y
 
F
L
 
I
F
 
F
E
 
K
D
 
S
R
 
P
A
 
D
A
 
D
V
 
M
Q
 
Y
T
 
R
F
 
I
I
 
M
D
 
D
S
 
G
P
 
E
A
 
I
G
 
G
E
 
E
M
 
R
L
 
F
A
 
A
D
 
D
G
 
A
F
 
L
D
 
A
V
 
E
T
 
K
G
 
N
M
 
L
V
 
I
L
 
V
A
 
L
A
 
S
M
 
W
W
 
F
D
 
G
N
 
S
G
 
G
F
 
A
R
|
R
Q
 
S
I
 
L
T
 
Y
N
 
N
N
 
T
V
 
D
R
 
H
P
 
P
I
 
V
V
 
E
T
 
T
P
 
P
A
 
D
D
 
D
L
 
V
D
 
E
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
V
R
|
R
T
 
V
P
x
M
T
 
N
N
 
N
R
 
D
Q
 
L
R
 
Y
V
 
V
E
 
Q
M
 
M
F
 
I
N
 
D
T
 
E
L
 
M
G
 
G
A
 
G
N
 
N
A
 
A
T
 
T
P
 
P
L
 
M
S
 
A
F
x
Y
G
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
S
 
Q
A
 
S
L
 
L
D
 
K
Q
 
T
G
 
G
T
 
V
I
 
I
D
 
D
G
 
G
Q
 
A
E
 
E
N
|
N
P
 
N
A
 
Y
N
 
P
V
x
S
V
 
Y
E
 
E
T
 
S
A
 
S
K
 
G
L
 
H
F
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
A
G
 
N
Y
 
Y
M
 
Y
S
 
S
L
 
L
T
 
T
N
 
E
H
 
H
V
 
L
Y
 
I
L
 
L
P
 
P
T
x
E
F
 
C
F
 
L
V
 
C
I
 
V
G
 
A
E
 
K
P
 
A
F
 
S
L
 
W
N
 
E
S
 
E
L
 
L
T
 
S
P
 
E
E
 
K
L
 
D
R
 
R
E
 
Q
T
 
A
V
 
I
I
 
R
S
 
E
V
 
A
A
 
A
K
 
E
E
 
D
V
 
A
G
 
A
P
 
K
W
 
E
S
 
Q
F
 
R
E
 
A
-
 
L
W
 
W
G
 
E
E
 
E
K
 
G
S
 
V
D
 
Q
T
 
A
E
 
S
T
 
K
I
 
Q
A
 
K
A
 
I
L
 
L
Q
 
D
E
 
A
K
 
G
L
 
V
E
 
K
V
 
I
N
 
N
E
 
E
I
 
V
-
 
D
D
 
D
F
 
K
A
 
S
A
 
A
F
 
F
Q
 
Q
S
 
A
A
 
K
A
 
M
A
 
Q
P
 
P
L
 
I
Y
 
Y
D
 
D

Sites not aligning to the query:

4pbqA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from haemophilus influenzae rdaw (hicg_00826, target efi-510123) with bound l-gulonate (see paper)
30% identity, 65% coverage: 39:249/326 of query aligns to 16:226/304 of 4pbqA

query
sites
4pbqA
A
 
S
H
 
H
V
 
I
F
 
A
L
 
L
Q
 
Q
E
 
E
Y
 
Y
-
 
F
E
 
K
Q
 
K
R
 
T
L
 
I
E
 
E
A
 
N
A
 
E
A
 
T
P
 
N
G
 
H
E
 
K
I
 
Y
D
 
E
V
 
I
Q
 
R
I
 
L
F
 
Y
M
 
P
S
 
N
N
 
N
T
 
Q
L
 
L
G
 
G
K
 
G
E
|
E
E
 
D
D
 
Q
V
 
I
L
 
V
Q
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
R
F
 
N
G
 
G
T
 
T
H
 
I
Q
 
E
A
 
A
S
 
G
L
 
I
S
 
T
A
x
G
S
x
L
A
x
L
V
 
L
A
 
Q
Q
 
N
V
 
V
N
 
D
N
 
P
R
 
I
T
 
F
S
 
G
I
 
V
F
 
W
D
x
E
L
 
W
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
E
 
K
D
 
D
R
 
N
A
 
Q
A
 
E
V
 
A
Q
 
K
T
 
K
F
 
V
I
 
L
D
 
E
S
 
S
P
 
P
A
 
I
G
 
A
E
 
N
M
 
K
L
 
I
A
 
G
D
 
Q
G
 
K
F
 
M
D
 
E
V
 
K
T
 
Y
G
 
G
M
 
I
V
 
K
L
 
L
A
 
L
A
 
A
M
 
Y
W
 
G
D
 
M
N
 
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
V
I
 
I
T
 
S
N
 
S
N
 
N
V
 
-
R
 
K
P
 
K
I
 
L
V
 
E
T
 
K
P
 
F
A
 
D
D
 
D
L
 
F
D
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
R
I
 
L
R
|
R
T
 
V
P
|
P
T
 
L
N
 
N
R
 
S
Q
 
L
R
x
F
V
 
V
E
 
D
M
 
W
F
 
A
N
 
K
T
 
A
L
 
M
G
 
N
A
 
I
N
 
N
A
 
P
T
 
Q
P
 
S
L
 
M
S
 
P
F
 
L
G
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
F
S
 
T
A
 
A
L
 
L
D
 
E
Q
 
Q
G
 
K
T
 
V
I
 
I
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
A
 
Y
N
 
M
V
 
L
V
 
I
E
 
K
T
 
D
A
 
S
K
 
G
L
 
L
F
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
G
 
K
Y
 
Y
M
 
I
S
 
I
L
 
Q
T
 
S
N
 
N
H
 
H
V
 
I
Y
 
F
L
 
S
P
 
P
T
 
G
F
 
L
F
 
L
V
 
Q
I
 
I
G
 
S
E
 
L
P
 
K
F
 
T
L
 
W
N
 
N
S
 
K
L
 
I
T
 
P
P
 
K
E
 
E

Sites not aligning to the query:

4ovrA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from xanthobacter autotrophicus py2, target efi-510329, with bound beta-d- galacturonate (see paper)
33% identity, 86% coverage: 43:322/326 of query aligns to 19:298/298 of 4ovrA

query
sites
4ovrA
L
 
V
Q
 
Q
E
 
S
Y
 
M
E
 
S
Q
 
D
R
 
E
L
 
L
E
 
N
A
 
K
A
 
E
A
 
T
P
 
N
G
 
G
E
 
K
I
 
I
D
 
S
V
 
I
Q
 
K
I
 
V
F
 
F
M
 
P
S
 
N
N
 
S
T
 
Q
L
 
L
G
 
G
K
 
S
E
|
E
E
 
K
D
 
D
V
 
T
L
 
I
Q
 
E
G
 
Q
L
 
V
G
 
K
F
 
L
G
 
G
T
 
A
H
 
L
Q
 
D
-
 
F
A
 
I
S
x
R
L
 
I
S
 
N
A
 
S
S
 
G
A
 
T
V
 
L
A
 
N
Q
 
T
V
 
V
N
 
C
N
 
P
R
 
A
T
 
M
S
 
T
I
 
V
F
 
P
D
 
V
L
 
L
P
 
P
Y
 
F
L
 
L
F
 
F
E
 
R
D
 
D
R
 
K
A
 
A
A
 
H
V
 
M
Q
 
R
T
 
A
F
 
V
I
 
L
D
 
D
S
 
G
P
 
P
A
 
I
G
 
G
-
 
D
E
 
E
M
 
I
L
 
L
A
 
A
D
 
D
G
 
C
F
 
A
D
 
S
V
 
-