SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 3607725 Dshi_1134 3-oxoacid CoA-transferase, B subunit (RefSeq) to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 6 hits to proteins with known functional sites (download)

6lp1C Crystal structure of acetate:succinate coa transferase (asct) from trypanosoma brucei. (see paper)
60% identity, 96% coverage: 5:203/208 of query aligns to 254:452/469 of 6lp1C

query
sites
6lp1C
R
 
R
N
 
Q
Q
 
R
M
 
I
A
 
A
A
 
R
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
L
 
F
Q
 
A
D
 
N
G
 
G
M
 
M
Y
 
Y
V
 
V
N
 
N
L
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
P
 
P
T
 
T
L
 
E
V
 
S
S
 
S
N
 
N
Y
 
Y
I
 
I
P
 
P
E
 
A
G
 
G
I
 
V
T
 
N
V
 
V
T
 
V
L
 
L
Q
 
Q
S
 
S
E
 
E
N
 
N
G
 
G
M
 
L
L
 
I
G
 
G
M
 
M
G
 
G
P
 
P
F
 
F
P
 
P
T
 
T
E
 
E
D
 
D
E
 
K
V
 
V
D
 
D
A
 
A
D
 
D
L
 
W
I
 
I
N
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
Q
 
Q
T
 
T
I
 
I
T
 
S
E
 
H
L
 
L
P
 
A
Q
 
G
T
 
S
A
 
A
Y
 
L
F
 
F
D
 
D
S
 
S
A
 
A
Q
 
T
S
 
S
F
 
F
G
 
A
M
 
M
I
 
I
R
 
R
G
 
G
G
 
G
K
 
H
I
 
M
A
 
D
M
 
L
A
 
T
I
 
M
L
 
L
G
 
G
A
 
A
M
 
L
E
 
E
V
 
V
A
 
A
E
 
A
N
 
N
G
 
G
D
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
N
W
 
F
M
 
M
I
 
I
P
 
P
G
 
G
K
 
K
L
 
L
I
 
V
K
 
K
G
 
G
M
 
P
G
 
G
G
 
G
A
 
A
M
 
M
D
 
D
L
 
L
V
 
V
A
 
S
G
 
C
V
 
G
G
 
T
R
 
R
V
 
V
I
 
V
V
 
V
V
 
T
M
 
T
D
 
T
H
 
H
T
 
C
N
 
N
K
 
K
R
 
N
G
 
G
E
 
D
T
 
P
K
 
K
L
 
I
L
 
V
K
 
E
E
 
R
C
 
C
T
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
V
T
 
T
G
 
G
K
 
K
G
 
H
V
 
C
V
 
V
D
 
C
L
 
R
V
 
I
I
 
I
T
 
T
N
 
E
L
 
Y
G
 
A
V
 
V
L
 
F
E
 
D
V
 
V
V
 
V
E
 
D
G
 
G
G
 
R
L
 
L
K
 
V
I
 
L
V
 
K
E
 
E
C
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
D
V
 
T
T
 
T
E
 
V
D
 
D
E
 
Q
I
 
V
R
 
K
A
 
K
A
 
L
T
 
T

Sites not aligning to the query:

Q29551 Succinyl-CoA:3-ketoacid coenzyme A transferase 1, mitochondrial; SCOT; 3-oxoacid CoA-transferase 1; Somatic-type succinyl-CoA:3-oxoacid CoA-transferase; SCOT-s; Succinate-coenzyme A transferase; Succinyl-CoA:3-oxoacid CoA transferase; EC 2.8.3.5 from Sus scrofa (Pig) (see 3 papers)
56% identity, 96% coverage: 5:203/208 of query aligns to 302:502/520 of Q29551

query
sites
Q29551
R
 
R
N
 
E
Q
 
R
M
 
I
A
 
I
A
 
K
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
L
 
F
Q
 
E
D
 
D
G
 
G
M
 
M
Y
 
Y
V
 
A
N
 
N
L
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
P
 
P
T
 
L
L
 
L
V
 
A
S
 
S
N
 
N
Y
 
F
I
 
I
P
 
S
E
 
P
G
 
N
I
 
M
T
 
T
V
 
V
T
 
H
L
 
L
Q
 
Q
S
 
S
E
|
E
N
 
N
G
 
G
M
 
I
L
 
L
G
 
G
M
 
L
G
 
G
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
T
 
L
E
 
Q
D
 
N
E
 
E
V
 
V
D
 
D
A
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
I
N
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
Q
 
E
T
 
T
I
 
V
T
 
T
E
 
V
L
 
L
P
 
P
Q
 
G
T
 
A
A
 
S
Y
 
Y
F
 
F
D
 
S
S
 
S
A
 
D
Q
 
E
S
 
S
F
 
F
G
 
A
M
 
M
I
 
I
R
 
R
G
 
G
G
 
G
K
 
H
I
 
V
A
 
N
M
 
L
A
 
T
I
 
M
L
 
L
G
 
G
A
 
A
M
 
M
E
 
Q
V
 
V
A
 
S
E
 
K
N
 
Y
G
 
G
D
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
N
W
 
W
M
 
M
I
 
I
P
 
P
G
 
G
K
 
K
L
 
L
I
 
V
K
 
K
G
 
G
M
 
M
G
 
G
G
 
G
A
 
A
M
 
M
D
 
D
L
 
L
V
 
V
A
 
S
G
 
S
V
 
A
G
 
K
-
 
T
R
 
K
V
 
V
I
 
V
V
 
V
V
 
T
M
 
M
D
 
E
H
 
H
T
 
S
N
 
A
K
 
K
R
 
G
G
 
N
E
 
A
T
 
H
K
 
K
L
 
I
L
 
M
K
 
E
E
 
K
C
 
C
T
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
T
G
 
G
K
 
K
G
 
Q
V
 
C
V
 
V
D
 
N
L
 
R
V
 
I
I
 
I
T
 
T
N
 
E
L
 
K
G
 
A
V
 
V
L
 
F
E
 
D
V
 
V
-
 
D
V
 
S
E
 
K
G
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
T
I
 
L
V
 
I
E
 
E
C
 
L
A
 
W
E
 
E
G
 
G
V
 
L
T
 
T
E
 
V
D
 
D
E
 
D
I
 
I
R
 
K
A
 
K
A
 
S
T
 
T

Sites not aligning to the query:

3k6mC Dynamic domains of succinyl-coa:3-ketoacid-coenzyme a transferase from pig heart. (see paper)
56% identity, 96% coverage: 5:203/208 of query aligns to 249:449/466 of 3k6mC

query
sites
3k6mC
R
 
R
N
 
E
Q
 
R
M
 
I
A
 
I
A
 
K
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
L
 
F
Q
 
E
D
 
D
G
 
G
M
 
M
Y
 
Y
V
 
A
N
 
N
L
 
L
G
 
G
I
|
I
G
 
G
I
 
I
P
 
P
T
 
L
L
 
L
V
 
A
S
 
S
N
 
N
Y
 
F
I
 
I
P
 
S
E
 
P
G
 
N
I
 
M
T
 
T
V
 
V
T
 
H
L
 
L
Q
 
Q
S
 
S
E
|
E
N
 
N
G
 
G
M
 
I
L
 
L
G
 
G
M
 
L
G
 
G
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
T
 
L
E
 
Q
D
 
N
E
 
E
V
 
V
D
 
D
A
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
I
N
 
N
A
|
A
G
 
G
K
 
K
Q
 
E
T
 
T
I
 
V
T
 
T
E
 
V
L
 
L
P
 
P
Q
 
G
T
 
A
A
 
S
Y
 
Y
F
 
F
D
 
S
S
 
S
A
 
D
Q
 
E
S
 
S
F
 
F
G
 
A
M
 
M
I
 
I
R
 
R
G
 
G
G
 
G
K
 
H
I
 
V
A
 
N
M
 
L
A
 
T
I
 
M
L
 
L
G
 
G
A
 
A
M
 
M
E
 
Q
V
 
V
A
 
S
E
 
K
N
 
Y
G
 
G
D
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
N
W
 
W
M
 
M
I
 
I
P
 
P
G
 
G
K
 
K
L
 
L
I
 
V
K
 
K
G
 
G
M
 
M
G
|
G
G
 
G
A
 
A
M
 
M
D
 
D
L
 
L
V
|
V
A
 
S
G
x
S
V
x
A
G
 
K
-
x
T
R
 
K
V
|
V
I
 
V
V
 
V
V
 
T
M
 
M
D
 
E
H
 
H
T
 
S
N
 
A
K
 
K
R
 
G
G
 
N
E
 
A
T
 
H
K
 
K
L
 
I
L
 
M
K
 
E
E
 
K
C
 
C
T
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
T
G
 
G
K
 
K
G
 
Q
V
x
C
V
 
V
D
x
N
L
 
R
V
 
I
I
 
I
T
 
T
N
 
E
L
 
K
G
 
A
V
 
V
L
 
F
E
 
D
V
 
V
-
 
D
V
 
R
E
 
K
G
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
T
I
 
L
V
 
I
E
 
E
C
 
L
A
 
W
E
 
E
G
 
G
V
 
L
T
 
T
E
 
V
D
 
D
E
 
D
I
 
I
R
 
K
A
 
K
A
 
S
T
 
T

Sites not aligning to the query:

1o9lA Succinate:coenzyme-a transferase (pig heart)
56% identity, 96% coverage: 5:203/208 of query aligns to 250:450/468 of 1o9lA

query
sites
1o9lA
R
 
R
N
 
E
Q
 
R
M
 
I
A
 
I
A
 
K
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
L
 
F
Q
 
E
D
 
D
G
 
G
M
 
M
Y
 
Y
V
 
A
N
 
N
L
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
P
 
P
T
 
L
L
 
L
V
 
A
S
 
S
N
 
N
Y
 
F
I
 
I
P
 
S
E
 
P
G
 
N
I
 
M
T
 
T
V
 
V
T
 
H
L
 
L
Q
 
Q
S
 
S
E
 
E
N
 
N
G
 
G
M
 
I
L
 
L
G
 
G
M
 
L
G
 
G
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
T
 
L
E
 
Q
D
 
N
E
 
E
V
 
V
D
 
D
A
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
I
N
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
Q
 
E
T
 
T
I
 
V
T
 
T
E
 
V
L
 
L
P
 
P
Q
 
G
T
 
A
A
 
S
Y
 
Y
F
 
F
D
 
S
S
 
S
A
 
D
Q
 
E
S
 
S
F
 
F
G
 
A
M
 
M
I
 
I
R
 
R
G
 
G
G
 
G
K
 
H
I
 
V
A
 
N
M
 
L
A
 
T
I
 
M
L
 
L
G
 
G
A
 
A
M
 
M
E
 
Q
V
 
V
A
 
S
E
 
K
N
 
Y
G
 
G
D
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
N
W
 
W
M
 
M
I
 
I
P
 
P
G
 
G
K
 
K
L
 
L
I
 
V
K
 
K
G
 
G
M
 
M
G
 
G
G
 
G
A
 
A
M
 
M
D
 
D
L
 
L
V
 
V
A
 
S
G
 
S
V
 
A
G
 
K
-
 
T
R
 
K
V
 
V
I
 
V
V
 
V
V
 
T
M
 
M
D
 
E
H
 
H
T
 
S
N
 
A
K
 
K
R
 
G
G
 
N
E
 
A
T
 
H
K
 
K
L
 
I
L
 
M
K
 
E
E
 
K
C
 
C
T
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
T
G
 
G
K
 
K
G
 
Q
V
 
C
V
 
V
D
 
N
L
 
R
V
 
I
I
 
I
T
 
T
N
 
E
L
 
K
G
 
A
V
 
V
L
 
F
E
 
D
V
 
V
-
 
D
V
 
R
E
 
K
G
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
T
I
 
L
V
 
I
E
 
E
C
 
L
A
 
W
E
 
E
G
 
G
V
 
L
T
 
T
E
 
V
D
 
D
E
 
D
I
 
I
R
 
K
A
 
K
A
 
S
T
 
T

Sites not aligning to the query:

3oxoE Succinyl-coa:3-ketoacid coa transferase from pig heart covalently bound to coa (see paper)
56% identity, 95% coverage: 6:203/208 of query aligns to 246:445/462 of 3oxoE

query
sites
3oxoE
N
 
R
Q
 
R
M
 
I
A
 
I
A
 
K
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
L
 
F
Q
 
E
D
 
D
G
 
G
M
 
M
Y
 
Y
V
 
A
N
 
N
L
 
L
G
 
G
I
|
I
G
|
G
I
|
I
P
 
P
T
 
L
L
 
L
V
 
A
S
 
S
N
 
N
Y
 
F
I
 
I
P
 
S
E
 
P
G
 
N
I
 
M
T
 
T
V
 
V
T
 
H
L
 
L
Q
 
Q
S
 
S
E
|
E
N
 
N
G
 
G
M
 
I
L
 
L
G
 
G
M
 
L
G
 
G
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
T
 
L
E
 
Q
D
 
N
E
 
E
V
 
V
D
 
D
A
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
I
N
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
Q
 
E
T
 
T
I
 
V
T
 
T
E
 
V
L
 
L
P
 
P
Q
 
G
T
 
A
A
 
S
Y
 
Y
F
 
F
D
 
S
S
 
S
A
 
D
Q
 
E
S
 
S
F
 
F
G
 
A
M
 
M
I
 
I
R
 
R
G
 
G
G
 
G
K
 
H
I
 
V
A
 
N
M
 
L
A
 
T
I
 
M
L
 
L
G
|
G
A
|
A
M
|
M
E
 
Q
V
 
V
A
 
S
E
 
K
N
 
Y
G
 
G
D
 
D
L
 
L
A
 
A
N
|
N
W
 
W
M
 
M
I
|
I
P
 
P
G
 
G
K
 
K
L
|
L
I
 
V
K
|
K
G
|
G
M
|
M
G
 
G
G
|
G
A
|
A
M
 
M
D
 
D
L
 
L
V
 
V
A
 
S
G
 
S
V
 
A
G
 
K
-
 
T
R
 
K
V
 
V
I
 
V
V
 
V
V
 
T
M
 
M
D
x
E
H
 
H
T
 
S
N
x
A
K
|
K
R
 
G
G
 
N
E
 
A
T
 
H
K
|
K
L
 
I
L
 
M
K
 
E
E
 
K
C
 
C
T
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
T
G
 
G
K
 
K
G
 
Q
V
 
C
V
 
V
D
 
N
L
 
R
V
 
I
I
 
I
T
 
T
N
 
E
L
 
K
G
 
A
V
 
V
L
 
F
E
 
D
V
 
V
-
 
D
V
 
R
E
 
K
G
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
T
I
 
L
V
 
I
E
 
E
C
 
L
A
 
W
E
 
E
G
 
G
V
 
L
T
 
T
E
 
V
D
 
D
E
 
D
I
 
I
R
 
K
A
 
K
A
 
S
T
 
T

Sites not aligning to the query:

1o9lB Succinate:coenzyme-a transferase (pig heart)
44% identity, 96% coverage: 5:203/208 of query aligns to 250:407/425 of 1o9lB

query
sites
1o9lB
R
 
R
N
 
E
Q
 
R
M
 
I
A
 
I
A
 
K
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
L
E
 
E
L
 
F
Q
 
E
D
 
D
G
 
G
M
 
M
Y
 
Y
V
 
A
N
 
N
L
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
P
 
P
T
 
L
L
 
L
V
 
A
S
 
S
N
 
N
Y
 
F
I
 
I
P
 
S
E
 
P
G
 
N
I
 
M
T
 
T
V
 
V
T
 
H
L
 
L
Q
 
Q
S
 
S
E
 
E
N
 
N
G
 
G
M
 
I
L
 
L
G
 
G
M
 
L
G
 
G
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
T
 
L
E
 
Q
D
 
N
E
 
E
V
 
V
D
 
D
A
 
A
D
 
D
L
 
L
I
 
I
N
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
Q
 
E
T
 
T
I
 
V
T
 
T
E
 
V
L
 
L
P
 
P
Q
 
G
T
 
A
A
 
S
Y
 
Y
F
 
F
D
 
S
S
 
S
A
 
D
Q
 
E
S
 
S
F
 
F
G
 
A
M
 
M
I
 
I
R
 
R
G
 
G
G
 
G
K
 
H
I
 
V
A
 
N
M
 
L
A
 
T
I
 
M
L
 
L
G
 
G
A
 
-
M
 
-
E
 
-
V
 
-
A
 
-
E
 
-
N
 
-
G
 
-
D
 
-
L
 
-
A
 
-
N
 
-
W
 
-
M
 
-
I
 
-
P
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
-
I
 
V
K
 
K
G
 
G
M
 
M
G
 
G
G
 
G
A
 
A
M
 
M
D
 
D
L
 
L
V
 
V
A
 
S
G
 
S
V
 
-
G
 
-
R
 
-
V
 
-
I
 
-
V
 
-
V
 
-
M
 
-
D
 
-
H
 
-
T
 
-
N
 
-
K
 
-
R
 
-
G
 
A
E
 
K
T
 
T
K
 
K
L
 
V
L
 
V
K
 
V
E
 
T
C
|
C
T
 
-
L
 
-
P
 
-
L
 
-
T
 
-
G
 
-
K
 
-
G
 
-
V
 
-
V
|
V
D
 
N
L
 
R
V
 
I
I
 
I
T
 
T
N
 
E
L
 
K
G
 
A
V
 
V
L
 
F
E
 
D
V
 
V
-
 
D
V
 
R
E
 
K
G
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
T
I
 
L
V
 
I
E
 
E
C
 
L
A
 
W
E
 
E
G
 
G
V
 
L
T
 
T
E
 
V
D
 
D
E
 
D
I
 
I
R
 
K
A
 
K
A
 
S
T
 
T

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>3607725 Dshi_1134 3-oxoacid CoA-transferase, B subunit (RefSeq)
MAWDRNQMAARAAQELQDGMYVNLGIGIPTLVSNYIPEGITVTLQSENGMLGMGPFPTED
EVDADLINAGKQTITELPQTAYFDSAQSFGMIRGGKIAMAILGAMEVAENGDLANWMIPG
KLIKGMGGAMDLVAGVGRVIVVMDHTNKRGETKLLKECTLPLTGKGVVDLVITNLGVLEV
VEGGLKIVECAEGVTEDEIRAATEATIV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory