SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 3607905 FitnessBrowser__Dino:3607905 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P29914 NADH-quinone oxidoreductase chain 2; NADH dehydrogenase I, chain 2; NDH-1, chain 2; EC 7.1.1.- from Paracoccus denitrificans (see paper)
75% identity, 58% coverage: 1:234/402 of query aligns to 1:233/239 of P29914

query
sites
P29914
M
 
M
L
 
L
R
 
R
R
 
R
L
 
L
H
 
S
A
 
P
E
 
I
Q
 
Q
P
 
P
A
 
D
D
 
S
F
 
F
A
 
E
F
 
F
T
 
T
P
 
P
E
 
A
N
 
N
E
 
L
A
 
E
W
 
W
A
 
A
L
 
R
T
 
A
Q
 
Q
M
 
M
T
 
T
K
 
K
F
 
Y
P
 
P
E
 
E
G
 
G
R
 
R
Q
 
Q
A
 
Q
S
 
S
A
 
A
I
 
I
I
 
I
P
 
P
I
 
V
L
 
L
W
 
W
R
 
R
A
 
A
Q
 
Q
E
 
E
Q
 
Q
E
 
E
G
 
G
W
 
W
L
 
L
S
 
S
K
 
R
P
 
P
A
 
A
I
 
I
E
 
E
Y
 
Y
V
x
C
A
 
A
D
 
D
M
 
L
L
 
L
D
 
G
M
 
M
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
R
 
R
A
 
A
L
 
L
E
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
F
 
F
M
 
M
F
 
F
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
G
 
G
S
 
S
V
 
V
A
 
A
H
|
H
I
 
I
Q
 
Q
I
 
I
C
|
C
G
 
G
T
 
T
T
 
T
S
 
T
C
|
C
M
 
M
I
 
I
C
|
C
G
 
G
A
 
A
E
 
E
D
 
D
L
 
L
V
 
I
A
 
R
V
 
V
C
|
C
K
 
K
E
 
E
K
 
K
I
 
I
A
 
A
P
 
P
R
 
E
A
 
P
H
 
H
Q
 
A
L
 
L
S
 
S
A
 
A
D
 
D
G
 
G
K
 
R
F
 
F
S
 
S
W
 
W
E
 
E
E
 
E
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
 
L
G
 
G
S
 
A
C
|
C
A
 
T
N
 
N
A
 
A
P
 
P
M
 
M
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
K
 
K
D
 
D
Y
 
F
Y
 
Y
E
 
E
D
 
D
L
 
L
T
 
T
V
 
V
E
 
E
S
 
K
F
 
L
S
 
A
A
 
A
L
 
L
L
 
I
D
 
D
R
 
R
M
 
F
A
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
E
V
 
V
P
 
P
V
 
V
P
 
P
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
N
 
N
G
 
G
R
 
R
Y
 
F
T
 
S
S
 
A
E
 
E
P
 
A
A
 
L
G
 
G
G
 
G
L
 
P
T
 
T
S
 
A
L
 
L
T
 
A
E
 
D
Y
 
L
E
 
K
A
 
G
G
 
G
K
 
-
D
 
E
P
 
A
Y
 
H
N
 
N
A
 
A
S
 
S
A
 
V
R
 
A
L
 
R
A
 
A
V
 
L
D
 
R
L
 
L
G
 
G
D
 
D
T
 
S
L
 
I
K
 
K
R
 
R
I
 
I
D
 
D
G
 
G
S
 
T
E
 
E
V
 
V
P
 
P
L
 
I
T
 
T
A
 
T
P
 
P
W
 
W
L
 
L

7dgq9 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial (see paper)
44% identity, 49% coverage: 5:201/402 of query aligns to 1:201/207 of 7dgq9

query
sites
7dgq9
L
 
V
H
 
H
A
 
R
E
 
D
Q
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
N
-
 
N
-
 
P
-
 
E
-
 
T
-
 
P
F
 
F
A
 
D
F
 
F
T
 
T
P
 
P
E
 
E
N
|
N
E
 
Y
A
 
K
W
x
R
A
 
I
L
 
E
T
 
A
Q
 
I
M
 
V
T
x
K
K
 
N
F
 
Y
P
|
P
E
 
E
G
 
G
R
x
H
Q
 
K
A
 
A
S
 
A
A
 
A
I
 
V
I
 
L
P
 
P
I
 
V
L
 
L
W
 
D
R
 
L
A
 
A
Q
 
Q
E
x
R
Q
 
Q
E
 
N
G
 
G
W
 
W
L
 
L
S
 
P
K
 
I
P
 
S
A
 
A
I
 
M
E
 
N
Y
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
M
 
I
L
 
L
D
 
Q
M
 
V
P
 
P
Y
 
P
I
 
M
R
 
R
A
 
V
L
 
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
F
 
T
M
 
M
F
 
Y
Q
 
N
L
 
R
Q
 
K
P
 
P
V
 
V
G
 
G
S
 
K
V
 
Y
A
 
-
H
 
H
I
 
I
Q
 
Q
I
 
V
C
|
C
G
 
T
T
|
T
T
 
T
S
 
P
C
|
C
M
 
M
I
 
L
C
 
R
G
 
N
A
 
S
E
 
D
D
 
S
L
 
I
V
 
L
A
 
E
V
 
A
C
 
I
K
 
Q
E
 
K
K
 
K
I
 
L
A
 
G
P
 
I
R
 
K
A
 
V
H
 
G
Q
 
E
L
 
T
S
 
T
A
 
P
D
 
D
G
 
K
K
 
L
F
 
F
S
 
T
W
 
L
E
 
I
E
 
E
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
|
L
G
 
G
S
x
A
C
|
C
A
 
V
N
 
N
A
 
A
P
 
P
M
 
M
A
 
V
Q
 
Q
I
 
I
G
 
N
K
 
D
D
 
N
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
E
D
 
D
L
 
L
T
 
T
V
 
P
E
 
K
S
 
D
F
 
I
S
 
E
A
 
E
L
 
I
L
 
I
D
 
D
R
 
E
M
 
L
A
 
K
A
 
A
G
 
G
E
 
K
V
 
I
P
 
P
V
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
P
Q
 
R
N
 
S
G
 
G
R
 
R
Y
 
F
T
 
S
S
 
C
E
 
E
P
 
P
A
 
A
G
 
G
G
 
G
L
 
L
T
 
T
S
 
S
L
 
L
T
 
T
E
 
E
Y
 
P
E
 
P
A
 
K
G
 
G

Q9D6J6 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial; NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit; EC 7.1.1.2 from Mus musculus (Mouse) (see paper)
45% identity, 48% coverage: 5:197/402 of query aligns to 39:235/248 of Q9D6J6

query
sites
Q9D6J6
L
 
V
H
 
H
A
 
R
E
 
D
Q
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
N
-
 
N
-
 
P
-
 
D
-
 
T
-
 
P
F
 
F
A
 
D
F
 
F
T
 
T
P
 
P
E
 
E
N
 
N
E
 
Y
A
 
K
W
 
R
A
 
I
L
 
E
T
 
A
Q
 
I
M
 
V
T
 
K
K
 
N
F
 
Y
P
 
P
E
 
E
G
 
G
R
 
H
Q
 
Q
A
 
A
S
 
A
A
 
A
I
 
V
I
 
L
P
 
P
I
 
V
L
 
L
W
 
D
R
 
L
A
 
A
Q
 
Q
E
 
R
Q
 
Q
E
 
N
G
 
G
W
 
W
L
 
L
S
 
P
K
 
I
P
 
S
A
 
A
I
 
M
E
 
N
Y
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
M
 
V
L
 
L
D
 
Q
M
 
V
P
 
P
Y
 
P
I
 
M
R
 
R
A
 
V
L
 
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
F
 
T
M
 
M
F
 
Y
Q
 
N
L
 
R
Q
 
K
P
 
P
V
 
V
G
 
G
S
 
K
V
 
Y
A
 
-
H
 
H
I
 
I
Q
 
Q
I
 
V
C
|
C
G
 
T
T
 
T
T
 
T
S
 
P
C
|
C
M
 
M
I
 
L
C
 
R
G
 
D
A
 
S
E
 
D
D
 
S
L
 
I
V
 
L
A
 
E
V
 
T
C
 
L
K
 
Q
E
 
R
K
 
K
I
 
L
A
 
G
P
 
I
R
 
K
A
 
V
H
 
G
Q
 
E
L
 
T
S
 
T
A
 
P
D
 
D
G
 
K
K
 
L
F
 
F
S
 
T
W
 
L
E
 
I
E
 
E
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
 
L
G
 
G
S
 
A
C
|
C
A
 
V
N
 
N
A
 
A
P
 
P
M
 
M
A
 
V
Q
 
Q
I
 
I
G
 
N
K
 
D
D
 
N
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
E
D
 
D
L
 
L
T
 
T
V
 
P
E
 
K
S
 
D
F
 
I
S
 
E
A
 
E
L
 
I
L
 
I
D
 
D
R
 
E
M
 
L
A
 
K
A
 
A
G
 
G
E
 
K
V
 
V
P
 
P
V
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
P
Q
 
R
N
 
S
G
 
G
R
 
R
Y
 
F
T
 
C
S
 
C
E
 
E
P
 
P
A
 
A
G
 
G
G
 
G
L
 
L
T
 
T
S
 
S
L
 
L
T
 
T
E
 
E

7v2cO Active state complex i from q10 dataset (see paper)
44% identity, 48% coverage: 5:197/402 of query aligns to 8:204/217 of 7v2cO

query
sites
7v2cO
L
 
V
H
 
H
A
 
R
E
 
D
Q
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
N
-
 
N
-
 
P
-
 
D
-
 
T
-
 
P
F
 
F
A
 
D
F
 
F
T
 
T
P
 
P
E
 
E
N
 
N
E
 
Y
A
 
K
W
 
R
A
 
I
L
 
E
T
 
A
Q
 
I
M
 
V
T
 
K
K
 
N
F
 
Y
P
 
P
E
 
E
G
 
G
R
 
H
Q
 
K
A
 
A
S
 
A
A
 
A
I
 
V
I
 
L
P
 
P
I
 
V
L
 
L
W
 
D
R
 
L
A
 
A
Q
 
Q
E
 
R
Q
 
Q
E
 
N
G
 
G
W
 
W
L
 
L
S
 
P
K
 
I
P
 
S
A
 
A
I
 
M
E
 
N
Y
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
M
 
I
L
 
L
D
 
Q
M
 
V
P
 
P
Y
 
P
I
 
M
R
 
R
A
 
V
L
 
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
F
 
T
M
 
M
F
 
Y
Q
 
N
L
 
R
Q
 
K
P
 
P
V
 
V
G
 
G
S
 
K
V
 
Y
A
 
-
H
 
H
I
 
I
Q
 
Q
I
 
V
C
|
C
G
 
T
T
 
T
T
 
T
S
x
P
C
|
C
M
 
M
I
 
L
C
 
R
G
 
N
A
 
S
E
 
D
D
 
S
L
 
I
V
 
L
A
 
E
V
 
A
C
 
I
K
 
Q
E
 
K
K
 
K
I
 
L
A
 
G
P
 
I
R
 
K
A
 
V
H
 
G
Q
 
E
L
 
T
S
 
T
A
 
P
D
 
D
G
 
K
K
 
L
F
 
F
S
 
T
W
 
L
E
 
I
E
 
E
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
|
L
G
|
G
S
x
A
C
|
C
A
 
V
N
 
N
A
 
A
P
 
P
M
 
M
A
 
V
Q
 
Q
I
 
I
G
 
N
K
 
D
D
 
N
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
E
D
 
D
L
 
L
T
 
T
V
 
P
E
 
K
S
 
D
F
 
I
S
 
E
A
 
E
L
 
I
L
 
I
D
 
D
R
 
E
M
 
L
A
 
K
A
 
A
G
 
G
E
 
K
V
 
I
P
 
P
V
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
P
Q
 
R
N
 
S
G
 
G
R
 
R
Y
 
F
T
 
S
S
 
C
E
 
E
P
 
P
A
 
A
G
 
G
G
 
G
L
 
L
T
 
T
S
 
S
L
 
L
T
 
T
E
 
E

P19404 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial; NDUFV2; NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit; EC 7.1.1.2 from Homo sapiens (Human) (see 2 papers)
44% identity, 48% coverage: 5:197/402 of query aligns to 40:236/249 of P19404

query
sites
P19404
L
 
V
H
 
H
A
 
R
E
 
D
Q
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
N
-
 
N
-
 
P
-
 
D
-
 
T
-
 
P
F
 
F
A
 
D
F
 
F
T
 
T
P
 
P
E
 
E
N
 
N
E
 
Y
A
 
K
W
 
R
A
 
I
L
 
E
T
 
A
Q
 
I
M
 
V
T
 
K
K
 
N
F
 
Y
P
 
P
E
 
E
G
 
G
R
 
H
Q
 
K
A
 
A
S
 
A
A
 
A
I
 
V
I
 
L
P
 
P
I
 
V
L
 
L
W
 
D
R
 
L
A
 
A
Q
 
Q
E
 
R
Q
 
Q
E
 
N
G
 
G
W
 
W
L
 
L
S
 
P
K
 
I
P
 
S
A
 
A
I
 
M
E
 
N
Y
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
M
 
V
L
 
L
D
 
Q
M
 
V
P
 
P
Y
 
P
I
 
M
R
 
R
A
 
V
L
 
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
F
 
T
M
 
M
F
 
Y
Q
 
N
L
 
R
Q
 
K
P
 
P
V
 
V
G
 
G
S
 
K
V
 
Y
A
 
-
H
 
H
I
 
I
Q
 
Q
I
 
V
C
 
C
G
 
T
T
 
T
T
 
T
S
 
P
C
 
C
M
 
M
I
 
L
C
 
R
G
 
N
A
 
S
E
 
D
D
 
S
L
 
I
V
 
L
A
 
E
V
 
A
C
 
I
K
 
Q
E
 
K
K
 
K
I
 
L
A
 
G
P
 
I
R
 
K
A
 
V
H
 
G
Q
 
E
L
 
T
S
 
T
A
 
P
D
 
D
G
 
K
K
 
L
F
 
F
S
 
T
W
 
L
E
 
I
E
 
E
V
 
V
E
 
E
C
 
C
L
 
L
G
 
G
S
 
A
C
 
C
A
 
V
N
 
N
A
 
A
P
 
P
M
 
M
A
 
V
Q
 
Q
I
 
I
G
 
N
K
 
D
D
 
N
Y
 
Y
Y
|
Y
E
 
E
D
 
D
L
 
L
T
 
T
V
 
A
E
 
K
S
 
D
F
 
I
S
 
E
A
 
E
L
 
I
L
 
I
D
 
D
R
 
E
M
 
L
A
 
K
A
 
A
G
 
G
E
 
K
V
 
I
P
 
P
V
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
P
Q
 
R
N
 
S
G
 
G
R
 
R
Y
 
F
T
 
S
S
 
C
E
 
E
P
 
P
A
 
A
G
 
G
G
 
G
L
 
L
T
 
T
S
 
S
L
 
L
T
 
T
E
 
E

Sites not aligning to the query:

P04394 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial; NADH dehydrogenase subunit II; NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit; EC 7.1.1.2 from Bos taurus (Bovine) (see 2 papers)
44% identity, 48% coverage: 5:197/402 of query aligns to 40:236/249 of P04394

query
sites
P04394
L
 
V
H
 
H
A
 
R
E
 
D
Q
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
N
-
 
N
-
 
P
-
 
E
-
 
T
-
 
P
F
 
F
A
 
D
F
 
F
T
 
T
P
 
P
E
 
E
N
 
N
E
 
Y
A
 
K
W
 
R
A
 
I
L
 
E
T
 
A
Q
 
I
M
 
V
T
 
K
K
 
N
F
 
Y
P
 
P
E
 
E
G
 
G
R
 
H
Q
 
K
A
 
A
S
 
A
A
 
A
I
 
V
I
 
L
P
 
P
I
 
V
L
 
L
W
 
D
R
 
L
A
 
A
Q
 
Q
E
 
R
Q
 
Q
E
 
N
G
 
G
W
 
W
L
 
L
S
 
P
K
 
I
P
 
S
A
 
A
I
 
M
E
 
N
Y
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
M
 
I
L
 
L
D
 
Q
M
 
V
P
 
P
Y
 
P
I
 
M
R
 
R
A
 
V
L
 
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
F
 
T
M
 
M
F
 
Y
Q
 
N
L
 
R
Q
 
K
P
 
P
V
 
V
G
 
G
S
 
K
V
 
Y
A
 
-
H
 
H
I
 
I
Q
 
Q
I
 
V
C
|
C
G
 
T
T
 
T
T
 
T
S
 
P
C
|
C
M
 
M
I
 
L
C
 
R
G
 
N
A
 
S
E
 
D
D
 
S
L
 
I
V
 
L
A
 
E
V
 
A
C
 
I
K
 
Q
E
 
K
K
 
K
I
 
L
A
 
G
P
 
I
R
 
K
A
 
V
H
 
G
Q
 
E
L
 
T
S
 
T
A
 
P
D
 
D
G
 
K
K
 
L
F
 
F
S
 
T
W
 
L
E
 
I
E
 
E
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
 
L
G
 
G
S
 
A
C
|
C
A
 
V
N
 
N
A
 
A
P
 
P
M
 
M
A
 
V
Q
 
Q
I
 
I
G
 
N
K
 
D
D
 
N
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
E
D
 
D
L
 
L
T
 
T
V
 
P
E
 
K
S
 
D
F
 
I
S
 
E
A
 
E
L
 
I
L
 
I
D
 
D
R
 
E
M
 
L
A
 
K
A
 
A
G
 
G
E
 
K
V
 
I
P
 
P
V
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
P
Q
 
R
N
 
S
G
 
G
R
 
R
Y
 
F
T
 
S
S
 
C
E
 
E
P
 
P
A
 
A
G
 
G
G
 
G
L
 
L
T
 
T
S
 
S
L
 
L
T
 
T
E
 
E

Sites not aligning to the query:

8eswV2 NADH dehydrogenase (Ubiquinone) 24 kDa subunit, isoform A (see paper)
43% identity, 49% coverage: 5:201/402 of query aligns to 5:205/214 of 8eswV2

query
sites
8eswV2
L
 
V
H
 
H
A
 
R
E
 
D
Q
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
D
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
I
-
 
P
F
 
F
A
 
E
F
 
F
T
 
T
P
 
A
E
 
E
N
 
N
E
 
K
A
 
K
W
x
R
A
 
V
L
 
E
T
x
A
Q
 
I
M
 
L
T
 
S
K
 
I
F
 
Y
P
 
P
E
|
E
G
 
G
R
 
H
Q
 
K
A
 
R
S
 
G
A
 
A
I
 
M
I
 
I
P
 
P
I
 
L
L
 
L
W
 
D
R
 
L
A
 
A
Q
 
Q
E
x
R
Q
 
Q
E
 
Y
G
 
G
W
 
W
L
 
L
S
 
P
K
 
I
P
 
S
A
 
A
I
 
M
E
 
H
Y
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
M
 
I
L
 
L
D
 
Q
M
 
L
P
 
P
Y
 
N
I
 
M
R
 
R
A
 
V
L
 
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
F
 
T
M
 
M
F
 
F
Q
 
M
L
 
R
Q
 
K
P
 
P
V
 
T
G
 
G
S
 
K
V
 
Y
A
 
-
H
 
H
I
 
I
Q
 
Q
I
 
V
C
|
C
G
 
T
T
 
T
T
 
T
S
 
P
C
|
C
M
 
W
I
 
L
C
 
R
G
 
G
A
 
S
E
 
D
D
 
D
L
 
I
V
 
L
A
 
E
V
 
T
C
 
C
K
 
K
E
 
K
K
 
Q
I
 
L
A
 
G
P
 
I
R
 
G
A
 
V
H
 
G
Q
 
D
L
 
T
S
 
T
A
 
K
D
 
D
G
 
R
K
 
K
F
 
F
S
 
T
W
 
I
E
 
S
E
 
E
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
|
L
G
|
G
S
 
A
C
|
C
A
 
V
N
 
N
A
 
A
P
 
P
M
 
M
A
 
V
Q
 
A
I
 
I
G
 
N
K
 
D
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
E
D
 
D
L
 
L
T
 
T
V
 
S
E
 
K
S
 
D
F
 
M
S
 
Q
A
 
D
L
 
I
L
 
L
D
 
N
R
 
D
M
 
L
A
 
K
A
 
A
G
 
D
E
 
K
V
 
I
P
 
S
V
 
P
P
 
P
G
 
G
P
 
P
Q
 
R
N
 
N
G
 
G
R
 
R
Y
 
F
T
 
A
S
 
S
E
 
E
P
 
P
A
 
K
G
 
G
G
 
E
L
 
P
T
 
T
S
 
S
L
 
L
T
 
S
E
 
E
Y
 
E
E
 
P
A
 
K
G
 
G

8b9zE Drosophila melanogaster complex i in the active state (dm1) (see paper)
43% identity, 49% coverage: 5:201/402 of query aligns to 5:205/214 of 8b9zE

query
sites
8b9zE
L
 
V
H
 
H
A
 
R
E
 
D
Q
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
D
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
I
-
 
P
F
 
F
A
 
E
F
 
F
T
 
T
P
 
A
E
 
E
N
 
N
E
 
K
A
 
K
W
 
R
A
 
V
L
 
E
T
 
A
Q
 
I
M
 
L
T
 
S
K
 
I
F
 
Y
P
 
P
E
 
E
G
 
G
R
 
H
Q
 
K
A
 
R
S
 
G
A
 
A
I
 
M
I
 
I
P
 
P
I
 
L
L
 
L
W
 
D
R
 
L
A
 
A
Q
 
Q
E
 
R
Q
 
Q
E
 
Y
G
 
G
W
 
W
L
 
L
S
 
P
K
 
I
P
 
S
A
 
A
I
 
M
E
 
H
Y
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
M
 
I
L
 
L
D
 
Q
M
 
L
P
 
P
Y
 
N
I
 
M
R
 
R
A
 
V
L
 
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
F
 
T
M
 
M
F
 
F
Q
 
M
L
 
R
Q
 
K
P
 
P
V
 
T
G
 
G
S
 
K
V
 
Y
A
 
-
H
 
H
I
 
I
Q
 
Q
I
 
V
C
|
C
G
 
T
T
|
T
T
|
T
S
x
P
C
|
C
M
 
W
I
 
L
C
 
R
G
 
G
A
 
S
E
 
D
D
 
D
L
 
I
V
 
L
A
 
E
V
 
T
C
 
C
K
 
K
E
 
K
K
 
Q
I
 
L
A
 
G
P
 
I
R
 
G
A
 
V
H
 
G
Q
 
D
L
 
T
S
 
T
A
 
K
D
 
D
G
 
R
K
 
K
F
 
F
S
 
T
W
 
I
E
 
S
E
 
E
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
|
L
G
|
G
S
x
A
C
|
C
A
 
V
N
 
N
A
 
A
P
 
P
M
 
M
A
 
V
Q
 
A
I
 
I
G
 
N
K
 
D
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
E
D
 
D
L
 
L
T
 
T
V
 
S
E
 
K
S
 
D
F
 
M
S
 
Q
A
 
D
L
 
I
L
 
L
D
 
N
R
 
D
M
 
L
A
 
K
A
 
A
G
 
D
E
 
K
V
 
I
P
 
S
V
 
P
P
 
P
G
 
G
P
 
P
Q
 
R
N
 
N
G
 
G
R
 
R
Y
 
F
T
 
A
S
 
S
E
 
E
P
 
P
A
 
K
G
 
G
G
 
E
L
 
P
T
 
T
S
 
S
L
 
L
T
 
S
E
 
E
Y
 
E
E
 
P
A
 
K
G
 
G

5gupE structure of mammalian respiratory supercomplex I1III2IV1 (see paper)
43% identity, 42% coverage: 13:180/402 of query aligns to 31:197/197 of 5gupE

query
sites
5gupE
F
 
F
A
 
D
F
 
F
T
 
T
P
 
P
E
 
E
N
 
N
E
 
Y
A
 
K
W
 
R
A
 
I
L
 
E
T
 
A
Q
 
I
M
 
V
T
 
K
K
 
N
F
 
Y
P
 
P
E
 
E
G
 
G
R
 
H
Q
 
K
A
 
A
S
 
A
A
 
A
I
 
V
I
 
L
P
 
P
I
 
V
L
 
L
W
 
D
R
 
L
A
 
A
Q
 
Q
E
 
R
Q
 
Q
E
 
N
G
 
G
W
 
W
L
 
L
S
 
P
K
 
I
P
 
S
A
 
A
I
 
M
E
 
N
Y
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
M
 
I
L
 
L
D
 
Q
M
 
V
P
 
P
Y
 
P
I
 
M
R
 
R
A
 
V
L
 
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
F
 
T
M
 
M
F
 
Y
Q
 
N
L
 
R
Q
 
K
P
 
P
V
 
V
G
 
G
S
 
K
V
 
Y
A
 
-
H
 
H
I
 
I
Q
 
Q
I
 
V
C
|
C
G
 
T
T
|
T
T
 
T
S
x
P
C
|
C
M
 
M
I
 
L
C
 
R
G
 
N
A
 
S
E
 
D
D
 
S
L
 
I
V
 
L
A
 
E
V
 
A
C
 
I
K
 
Q
E
 
K
K
 
K
I
 
L
A
 
G
P
 
I
R
 
K
A
 
V
H
 
G
Q
 
E
L
 
T
S
 
T
A
 
P
D
 
D
G
 
K
K
 
L
F
 
F
S
 
T
W
 
L
E
 
I
E
 
E
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
|
L
G
|
G
S
x
A
C
|
C
A
 
V
N
 
N
A
 
A
P
 
P
M
|
M
A
 
V
Q
 
Q
I
 
I
G
 
N
K
 
D
D
 
N
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
E
D
 
D
L
 
L
T
 
T
V
 
P
E
 
K
S
 
D
F
 
I
S
 
E
A
 
E
L
 
I
L
 
I
D
 
D
R
 
E
M
 
L
A
 
K
A
 
A
G
 
G
E
 
K
V
 
I
P
 
P
V
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
P
Q
 
R

7zmbH Cryoem structure of mitochondrial complex i from chaetomium thermophilum (state 2) (see paper)
41% identity, 49% coverage: 1:196/402 of query aligns to 5:208/221 of 7zmbH

query
sites
7zmbH
M
 
M
L
 
V
R
 
H
R
 
R
L
 
N
H
 
T
A
 
P
E
 
E
Q
 
N
P
 
N
A
 
P
D
 
D
-
 
I
-
 
P
F
 
F
A
 
K
F
 
F
T
 
T
P
 
P
E
 
E
N
 
N
E
 
E
A
 
K
W
 
I
A
 
I
L
 
E
T
 
Q
Q
 
I
M
 
L
T
 
K
K
 
R
F
 
Y
P
 
P
E
 
P
G
 
Q
R
 
Y
Q
 
K
A
 
K
S
 
A
A
 
A
I
 
V
I
 
M
P
 
P
I
 
L
L
 
L
W
 
D
R
 
L
A
 
G
Q
 
Q
E
 
R
Q
 
Q
E
 
H
G
 
G
W
 
F
L
 
C
S
 
S
K
 
I
P
 
S
A
 
V
I
 
M
E
 
N
Y
 
E
V
 
V
A
 
A
D
 
R
M
 
I
L
 
L
D
 
E
M
 
M
P
 
P
Y
 
P
I
 
M
R
 
R
A
 
V
L
 
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
S
F
 
F
Y
 
Y
F
 
T
M
 
M
F
 
Y
Q
 
N
L
 
R
Q
 
T
P
 
P
V
 
V
G
 
G
S
 
K
V
 
F
A
 
-
H
 
H
I
 
V
Q
 
Q
I
 
A
C
|
C
G
 
T
T
 
T
T
 
T
S
x
P
C
|
C
M
 
Q
I
 
L
-
 
G
-
 
G
C
 
C
G
 
G
A
 
S
E
 
D
D
 
A
L
 
I
V
 
V
A
 
K
V
 
A
C
 
I
K
 
K
E
 
E
K
 
H
I
 
L
A
 
G
P
 
I
R
 
N
A
 
Q
H
 
G
Q
 
E
L
 
T
S
 
T
A
 
P
D
 
D
G
 
G
K
 
L
F
 
F
S
 
T
W
 
F
E
 
I
E
 
E
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
 
L
G
 
G
S
x
A
C
|
C
A
 
V
N
 
N
A
 
A
P
 
P
M
 
M
A
 
V
Q
 
Q
I
 
I
G
 
N
K
 
D
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
E
D
 
D
L
 
L
T
 
T
V
 
P
E
 
E
S
 
T
F
 
I
S
 
K
A
 
Q
L
 
V
L
 
L
D
 
T
R
 
A
M
 
L
A
 
K
-
 
E
-
 
S
-
 
V
-
 
N
-
 
D
A
 
V
G
 
S
E
 
K
V
 
A
P
 
P
V
 
K
P
 
P
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
N
 
S
G
 
G
R
 
R
Y
 
Q
T
 
S
S
 
C
E
 
E
P
 
N
A
 
S
G
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
T
S
 
S
L
 
L
T
 
T

7b0nE 3.7-angstrom structure of Yarrowia lipolytica complex I with an R121M mutation in NUCM. (see paper)
41% identity, 50% coverage: 13:211/402 of query aligns to 18:212/216 of 7b0nE

query
sites
7b0nE
F
 
F
A
 
E
F
 
F
T
 
S
P
 
P
E
 
E
N
 
N
E
 
M
A
 
K
W
 
R
A
 
A
L
 
E
T
 
E
Q
 
V
M
 
I
T
 
A
K
 
K
F
 
Y
P
 
P
E
 
P
G
 
Q
R
 
Y
Q
 
K
A
 
K
S
 
A
A
 
A
I
 
V
I
 
M
P
 
P
I
 
L
L
 
L
W
 
D
R
 
I
A
 
G
Q
 
Q
E
 
R
Q
 
Q
E
 
L
G
 
G
W
 
Y
L
 
T
S
 
S
K
 
I
P
 
S
A
 
V
I
 
M
E
 
N
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
D
 
K
M
 
L
L
 
L
D
 
E
M
 
M
P
 
P
Y
 
P
I
 
M
R
 
R
A
 
V
L
 
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
F
 
T
M
 
M
F
 
Y
Q
 
N
L
 
R
Q
 
T
P
 
P
V
 
M
G
 
G
S
 
R
V
 
Y
A
 
-
H
 
H
I
 
L
Q
 
Q
I
 
I
C
|
C
G
 
T
T
|
T
T
 
T
S
x
P
C
|
C
M
 
Q
I
 
L
C
 
C
G
 
G
A
 
S
E
 
D
D
 
G
L
 
I
V
 
M
A
 
E
V
 
A
C
 
V
K
 
Q
E
 
N
K
 
T
I
 
L
A
 
N
P
 
I
R
 
K
A
 
P
H
 
G
Q
 
E
L
 
T
S
 
T
A
 
K
D
 
D
G
 
N
K
 
L
F
 
F
S
 
T
W
 
L
E
 
S
E
 
E
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
|
L
G
 
G
S
x
A
C
|
C
A
 
V
N
 
N
A
 
A
P
 
P
M
 
M
A
 
M
Q
 
A
I
 
I
G
 
N
K
 
D
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
E
D
 
D
L
 
L
T
 
T
V
 
P
E
 
E
S
 
G
F
 
T
S
 
V
A
 
K
L
 
L
L
 
L
D
 
E
R
 
D
M
 
C
A
 
K
A
 
A
G
 
G
E
 
K
V
 
M
P
 
P
V
 
T
P
 
P
G
 
G
P
 
P
Q
 
E
N
 
N
G
 
H
-
 
V
R
 
R
Y
 
R
T
 
D
S
 
C
E
 
E
P
 
P
A
 
A
G
 
S
G
 
G
L
 
Q
T
 
K
S
 
V
L
 
L
T
 
-
E
 
-
Y
 
-
E
 
-
A
 
L
G
 
S
K
 
K
D
 
E
P
 
P
Y
 
H
N
 
N
A
 
V
S
 
A
A
 
D
R
 
F
L
 
L

8b6fAI ndutt15 (see paper)
40% identity, 50% coverage: 13:215/402 of query aligns to 18:216/231 of 8b6fAI

query
sites
8b6fAI
F
 
F
A
 
E
F
 
F
T
 
T
P
 
P
E
 
E
N
 
N
E
 
Y
A
 
K
W
 
E
A
 
I
L
 
E
T
 
K
Q
 
I
M
 
L
T
 
A
K
 
K
F
 
Y
P
 
P
E
 
L
G
 
K
R
 
Q
Q
 
K
A
 
R
S
 
S
A
 
A
I
 
V
I
 
M
P
 
P
I
 
L
L
 
L
W
 
Y
R
 
L
A
 
V
Q
 
Q
E
 
E
Q
 
Q
E
 
N
G
 
N
-
 
N
W
 
W
L
 
V
S
 
P
K
 
L
P
 
S
A
 
A
I
 
M
E
 
K
Y
 
K
V
 
I
A
 
A
D
 
K
M
 
L
L
 
L
D
 
E
M
 
M
P
 
P
Y
 
E
I
 
I
R
 
D
A
 
V
L
 
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
F
 
T
M
 
M
F
 
Y
Q
 
N
L
 
R
Q
 
E
P
 
P
V
 
V
G
 
G
S
 
K
V
 
F
A
 
-
H
 
H
I
 
L
Q
 
Q
I
 
I
C
|
C
G
 
G
T
 
T
T
 
T
S
x
P
C
|
C
M
 
Q
I
 
L
C
 
C
G
 
G
A
 
S
E
 
R
D
 
E
L
 
I
V
 
T
A
 
K
V
 
A
C
 
I
K
 
E
E
 
E
K
 
Y
I
 
T
A
 
Q
P
 
T
R
 
K
A
 
L
H
 
G
Q
 
H
L
 
T
S
 
S
A
 
A
D
 
D
G
 
G
K
 
K
F
 
W
S
 
T
W
 
L
E
 
E
E
 
E
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
|
L
G
|
G
S
x
A
C
|
C
A
 
S
N
 
N
A
 
A
P
 
P
M
|
M
A
 
I
Q
 
Q
I
 
V
G
 
N
K
 
N
D
 
K
Y
 
W
-
 
V
Y
 
Y
E
 
E
D
 
D
L
 
L
T
 
T
V
 
T
E
 
E
S
 
N
F
 
V
S
 
V
A
 
K
L
 
L
L
 
L
D
 
K
R
 
D
M
 
L
A
 
E
A
 
S
G
 
G
E
 
-
V
 
T
P
 
D
V
 
K
P
 
K
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
N
 
N
G
 
H
R
 
R
Y
 
N
T
 
Q
S
 
V
E
 
E
P
 
G
A
 
P
G
 
L
G
 
G
L
 
R
T
 
S
S
 
T
L
 
L
T
 
K
E
 
E
Y
 
-
E
 
-
A
 
-
G
 
-
K
 
K
D
 
D
P
 
F
Y
 
L
N
 
S
A
 
G
S
 
E
A
 
I
R
 
R
L
 
F
A
 
S
V
 
R
D
 
D
L
 
F

8e73V2 qcr9 (see paper)
38% identity, 45% coverage: 15:195/402 of query aligns to 19:210/222 of 8e73V2

query
sites
8e73V2
F
 
F
T
 
T
P
 
E
E
 
P
N
 
N
E
 
K
A
 
A
W
 
K
A
 
V
L
 
T
T
 
E
Q
 
I
M
 
L
T
 
S
K
 
H
F
 
Y
P
 
P
E
 
S
G
 
N
R
 
Y
Q
 
K
A
 
Q
S
 
S
A
 
A
I
 
V
I
 
I
P
 
P
I
 
L
L
 
L
W
 
D
R
 
L
A
 
A
Q
 
Q
E
 
Q
Q
 
Q
E
 
H
G
 
G
-
 
G
W
 
W
L
 
L
S
 
P
K
 
V
P
 
S
A
 
A
I
 
M
E
 
N
Y
 
A
V
 
V
A
 
A
D
 
N
M
 
I
L
 
I
D
 
E
M
 
V
P
 
P
Y
 
P
I
 
I
R
 
R
A
 
V
L
 
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
F
 
S
M
 
M
F
 
F
Q
 
N
L
 
R
Q
 
A
P
 
K
V
 
V
G
 
G
S
 
K
V
 
Y
A
 
-
H
 
H
I
 
L
Q
 
L
I
 
V
C
|
C
G
 
G
T
|
T
T
 
T
S
x
P
C
|
C
M
 
M
I
 
I
C
 
R
G
 
G
A
 
S
E
 
R
D
 
G
L
 
I
V
 
E
A
 
E
V
 
A
C
 
L
K
 
L
E
 
K
K
 
H
I
 
L
A
 
G
P
 
V
R
 
K
A
 
R
H
 
N
Q
 
E
L
 
V
S
 
T
A
 
P
D
 
D
G
 
G
K
 
L
F
 
F
S
 
S
W
 
V
E
 
G
E
 
E
V
 
M
E
 
E
C
|
C
L
 
M
G
|
G
S
 
C
C
|
C
A
 
V
N
 
N
A
 
A
P
 
P
M
 
M
A
 
I
Q
 
T
I
 
V
G
 
A
K
 
D
-
 
Y
-
 
S
-
 
N
-
 
G
-
 
S
-
 
E
-
 
G
-
 
Y
-
 
T
-
 
Y
D
 
N
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
E
D
 
D
L
 
V
T
 
T
V
 
P
E
 
E
S
 
K
F
 
V
S
 
V
A
 
E
L
 
I
L
 
V
D
 
E
R
 
K
M
 
L
A
 
R
A
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
K
P
 
P
V
 
P
P
 
H
G
 
G
P
 
T
Q
 
Q
N
 
N
G
 
P
-
 
L
R
 
R
Y
 
I
T
 
R
S
 
S
E
 
G
P
 
P
A
 
E
G
 
G
G
 
G
L
 
N
T
 
T
S
 
T
L
 
L

7arcE Cryo-em structure of polytomella complex-i (peripheral arm) (see paper)
36% identity, 47% coverage: 4:192/402 of query aligns to 8:210/235 of 7arcE

query
sites
7arcE
R
 
N
L
 
V
H
 
H
A
 
H
E
 
D
Q
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
N
-
 
N
-
 
K
-
 
D
-
 
T
-
 
K
F
 
F
A
 
D
F
 
F
T
 
T
P
 
E
E
 
A
N
 
N
E
 
Y
A
 
K
W
 
L
A
 
V
L
 
N
T
 
K
Q
 
I
M
 
M
T
 
S
K
 
N
F
 
Y
P
 
P
E
 
S
G
 
N
R
 
Y
Q
 
K
A
 
A
S
 
S
A
 
A
I
 
M
I
 
I
P
 
P
I
 
L
L
 
L
W
 
D
R
 
L
A
 
A
Q
 
Q
E
 
Q
Q
 
Q
E
 
N
G
 
G
W
 
G
L
 
V
S
 
V
K
 
S
P
 
L
A
 
A
I
 
V
-
 
M
E
 
N
Y
 
R
V
 
V
A
 
A
D
 
Q
M
 
I
L
 
L
D
 
E
M
 
V
P
 
P
Y
 
P
I
 
I
R
 
K
A
 
V
L
 
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
F
F
 
T
M
 
M
F
 
F
Q
 
N
L
 
R
Q
 
S
P
 
K
V
 
M
G
 
G
S
 
K
V
 
Y
A
 
-
H
 
H
I
 
V
Q
 
C
I
 
I
C
|
C
G
 
G
T
 
T
T
 
T
S
x
P
C
|
C
M
 
R
I
 
L
C
 
Q
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
D
 
K
L
 
I
V
 
E
A
 
E
V
 
A
C
 
I
K
 
T
E
 
K
K
 
H
I
 
L
A
 
G
P
 
V
R
 
G
A
 
I
H
 
G
Q
 
Q
L
 
T
S
 
T
A
 
A
D
 
D
G
 
G
K
 
T
F
 
F
S
 
T
W
 
L
E
 
G
E
 
E
V
 
M
E
 
E
C
|
C
L
x
M
G
 
G
S
x
A
C
|
C
A
 
V
N
 
N
A
 
A
P
 
P
M
 
M
A
 
I
Q
 
A
I
 
V
G
 
A
K
 
D
-
 
Y
-
 
R
-
 
N
-
 
G
-
 
V
-
 
E
-
 
G
-
 
F
-
 
S
-
 
Y
D
 
N
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
E
D
 
D
L
 
L
T
 
T
V
 
P
E
 
Q
S
 
D
F
 
A
S
 
V
A
 
N
L
 
I
L
 
L
D
 
E
R
 
K
M
 
L
A
 
K
A
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
K
P
 
P
V
 
K
P
 
L
G
 
G
P
 
S
Q
 
Q
N
 
H
G
 
-
R
 
R
Y
 
Q
T
 
T
S
 
A
E
 
E
P
 
P
A
 
A
G
 
G
G
 
A
L
 
V

7a23B Plant mitochondrial respiratory complex i (see paper)
35% identity, 45% coverage: 15:195/402 of query aligns to 19:210/219 of 7a23B

query
sites
7a23B
F
 
F
T
 
S
P
 
E
E
 
A
N
 
N
E
 
Q
A
 
S
W
 
K
A
 
V
L
 
K
T
 
E
Q
 
I
M
 
L
T
 
S
K
 
Y
F
 
Y
P
 
P
E
 
S
G
 
N
R
 
Y
Q
 
K
A
 
Q
S
 
S
A
 
A
I
 
V
I
 
I
P
 
P
I
 
L
L
 
L
W
 
D
R
 
L
A
 
A
Q
 
Q
E
 
Q
Q
 
Q
E
 
N
G
 
G
-
 
G
W
 
W
L
 
L
S
 
P
K
 
V
P
 
S
A
 
A
I
 
M
E
 
N
Y
 
A
V
 
V
A
 
A
D
 
K
M
 
V
L
 
I
D
 
E
M
 
V
P
 
A
Y
 
P
I
 
I
R
 
R
A
 
V
L
 
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
F
 
S
M
 
M
F
 
F
Q
 
N
L
 
R
Q
 
A
P
 
K
V
 
V
G
 
G
S
 
K
V
 
Y
A
 
-
H
 
H
I
 
L
Q
 
L
I
 
V
C
|
C
G
 
G
T
 
T
T
 
T
S
x
P
C
|
C
M
 
M
I
 
I
C
 
R
G
 
G
A
 
S
E
 
R
D
 
D
L
 
I
V
 
E
A
 
S
V
 
A
C
 
L
K
 
L
E
 
D
K
 
H
I
 
L
A
 
G
P
 
V
R
 
K
A
 
R
H
 
G
Q
 
E
L
 
V
S
 
T
A
 
K
D
 
D
G
 
G
K
 
L
F
 
F
S
 
S
W
 
V
E
 
G
E
 
E
V
 
M
E
 
E
C
|
C
L
x
M
G
|
G
S
x
C
C
|
C
A
 
V
N
 
N
A
 
A
P
 
P
M
 
M
A
 
I
Q
 
T
I
 
V
G
 
A
K
 
D
-
 
Y
-
 
S
-
 
N
-
 
G
-
 
S
-
 
E
-
 
G
-
 
Y
-
 
T
-
 
Y
D
 
N
Y
 
Y
Y
 
F
E
 
E
D
 
D
L
 
V
T
 
T
V
 
P
E
 
E
S
 
K
F
 
V
S
 
V
A
 
E
L
 
I
L
 
V
D
 
E
R
 
K
M
 
L
A
 
R
A
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
K
P
 
P
V
 
P
P
 
H
G
 
G
P
 
T
Q
 
Q
N
 
N
-
 
P
G
 
K
R
 
R
Y
 
I
T
 
K
S
 
C
E
 
G
P
 
P
A
 
E
G
 
G
G
 
G
L
 
N
T
 
K
S
 
T
L
 
L

3iam2 Crystal structure of the hydrophilic domain of respiratory complex i from thermus thermophilus, reduced, 2 mol/asu, with bound nadh (see paper)
38% identity, 39% coverage: 31:187/402 of query aligns to 19:177/179 of 3iam2

query
sites
3iam2
P
 
P
E
 
E
G
 
G
R
 
R
Q
 
R
A
 
A
S
 
-
A
 
A
I
 
I
I
 
M
P
 
P
I
 
L
L
 
L
W
 
R
R
 
R
A
 
V
Q
 
Q
E
 
Q
Q
 
E
E
 
E
G
 
G
W
 
W
L
 
I
S
 
R
K
 
P
P
 
E
A
 
R
I
 
I
E
 
E
Y
 
E
V
 
I
A
 
A
D
 
R
M
 
L
L
 
V
D
 
G
M
 
T
P
 
T
Y
 
P
I
 
T
R
 
E
A
 
V
L
 
M
E
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
S
F
 
F
Y
 
Y
F
 
S
M
 
Y
F
 
Y
Q
 
Q
L
 
F
Q
 
V
P
 
P
V
 
T
G
 
G
S
 
K
V
 
Y
A
 
-
H
 
H
I
 
L
Q
 
Q
I
 
V
C
|
C
G
 
A
T
 
T
T
 
L
S
 
S
C
|
C
M
 
K
I
 
L
C
 
A
G
 
G
A
 
A
E
 
E
D
 
E
L
 
L
V
 
W
A
 
D
V
 
Y
C
 
L
K
 
T
E
 
E
K
 
T
I
 
L
A
 
G
P
 
I
R
 
G
A
 
P
H
 
G
Q
 
E
L
 
V
S
 
T
A
 
P
D
 
D
G
 
G
K
 
L
F
 
F
S
 
S
W
 
V
E
 
Q
E
 
K
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
 
L
G
 
G
S
 
S
C
|
C
A
 
H
N
 
T
A
 
A
P
 
P
M
 
V
A
 
I
Q
 
Q
I
 
V
G
 
N
K
 
D
D
 
E
-
 
P
Y
 
Y
Y
 
V
E
 
E
D
 
C
L
 
V
T
 
T
V
 
R
E
 
A
S
 
R
F
 
L
S
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
L
D
 
A
R
 
G
M
 
L
A
 
R
A
 
A
G
 
G
-
 
K
-
 
R
-
 
L
-
 
E
E
 
E
V
 
I
P
 
E
V
 
L
P
 
P
G
 
G
P
 
-
Q
 
K
N
 
C
G
 
G
R
 
H
Y
 
H
T
 
V
S
 
H
E
 
E

Q56221 NADH-quinone oxidoreductase subunit 2; NADH dehydrogenase I chain 2; NDH-1 subunit 2; EC 7.1.1.- from Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (see 2 papers)
38% identity, 39% coverage: 31:187/402 of query aligns to 20:178/181 of Q56221

query
sites
Q56221
P
 
P
E
 
E
G
 
G
R
 
R
Q
 
R
A
 
A
S
 
-
A
 
A
I
 
I
I
 
M
P
 
P
I
 
L
L
 
L
W
 
R
R
 
R
A
 
V
Q
 
Q
E
 
Q
Q
 
E
E
 
E
G
 
G
W
 
W
L
 
I
S
 
R
K
 
P
P
 
E
A
 
R
I
 
I
E
 
E
Y
 
E
V
 
I
A
 
A
D
 
R
M
 
L
L
 
V
D
 
G
M
 
T
P
 
T
Y
 
P
I
 
T
R
 
E
A
 
V
L
 
M
E
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
S
F
 
F
Y
 
Y
F
 
S
M
 
Y
F
 
Y
Q
 
Q
L
 
F
Q
 
V
P
 
P
V
 
T
G
 
G
S
 
K
V
 
Y
A
 
-
H
 
H
I
 
L
Q
 
Q
I
 
V
C
|
C
G
 
A
T
 
T
T
 
L
S
|
S
C
|
C
M
 
K
I
 
L
C
 
A
G
 
G
A
 
A
E
 
E
D
 
E
L
 
L
V
 
W
A
 
D
V
 
Y
C
 
L
K
 
T
E
 
E
K
 
T
I
 
L
A
 
G
P
 
I
R
 
G
A
 
P
H
 
G
Q
 
E
L
 
V
S
 
T
A
 
P
D
 
D
G
 
G
K
 
L
F
 
F
S
 
S
W
 
V
E
 
Q
E
 
K
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
 
L
G
 
G
S
 
S
C
|
C
A
 
H
N
 
T
A
 
A
P
 
P
M
 
V
A
 
I
Q
 
Q
I
 
V
G
 
N
K
 
D
D
 
E
-
 
P
Y
 
Y
Y
 
V
E
 
E
D
x
C
L
 
V
T
 
T
V
 
R
E
 
A
S
 
R
F
 
L
S
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
L
D
 
A
R
 
G
M
 
L
A
 
R
A
 
A
G
 
G
-
 
K
-
 
R
-
 
L
-
 
E
E
 
E
V
 
I
P
 
E
V
 
L
P
 
P
G
 
G
P
 
-
Q
 
K
N
x
C
G
 
G
R
 
H
Y
 
H
T
 
V
S
 
H
E
 
E

Sites not aligning to the query:

3i9v2 Crystal structure of the hydrophilic domain of respiratory complex i from thermus thermophilus, oxidized, 2 mol/asu (see paper)
38% identity, 39% coverage: 31:187/402 of query aligns to 18:176/178 of 3i9v2

query
sites
3i9v2
P
 
P
E
 
E
G
 
G
R
 
R
Q
 
R
A
 
A
S
 
-
A
 
A
I
 
I
I
 
M
P
 
P
I
 
L
L
 
L
W
 
R
R
 
R
A
 
V
Q
 
Q
E
 
Q
Q
 
E
E
 
E
G
 
G
W
 
W
L
 
I
S
 
R
K
 
P
P
 
E
A
 
R
I
 
I
E
 
E
Y
 
E
V
 
I
A
 
A
D
 
R
M
 
L
L
 
V
D
 
G
M
 
T
P
 
T
Y
 
P
I
 
T
R
 
E
A
 
V
L
 
M
E
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
S
F
 
F
Y
 
Y
F
x
S
M
 
Y
F
 
Y
Q
 
Q
L
 
F
Q
 
V
P
 
P
V
 
T
G
 
G
S
 
K
V
 
Y
A
 
-
H
 
H
I
 
L
Q
 
Q
I
 
V
C
|
C
G
 
A
T
|
T
T
 
L
S
|
S
C
|
C
M
 
K
I
 
L
C
 
A
G
 
G
A
 
A
E
 
E
D
 
E
L
 
L
V
 
W
A
 
D
V
 
Y
C
 
L
K
 
T
E
 
E
K
 
T
I
 
L
A
 
G
P
 
I
R
 
G
A
 
P
H
 
G
Q
 
E
L
 
V
S
 
T
A
 
P
D
 
D
G
 
G
K
 
L
F
 
F
S
 
S
W
 
V
E
 
Q
E
 
K
V
|
V
E
|
E
C
|
C
L
|
L
G
|
G
S
|
S
C
|
C
A
 
H
N
 
T
A
 
A
P
 
P
M
 
V
A
 
I
Q
 
Q
I
 
V
G
 
N
K
 
D
D
 
E
-
 
P
Y
 
Y
Y
 
V
E
 
E
D
 
C
L
 
V
T
 
T
V
 
R
E
 
A
S
 
R
F
 
L
S
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
L
D
 
A
R
 
G
M
 
L
A
 
R
A
 
A
G
 
G
-
 
K
-
 
R
-
 
L
-
 
E
E
 
E
V
 
I
P
 
E
V
 
L
P
 
P
G
 
G
P
 
-
Q
 
K
N
 
C
G
 
G
R
 
H
Y
 
H
T
 
V
S
 
H
E
 
E

8e9gE Mycobacterial respiratory complex i with both quinone positions modelled (see paper)
29% identity, 38% coverage: 27:177/402 of query aligns to 36:183/233 of 8e9gE

query
sites
8e9gE
M
 
I
T
 
A
K
 
R
F
 
Y
P
 
P
E
 
D
G
 
A
R
 
R
Q
 
-
A
 
-
S
 
S
A
 
A
I
 
L
I
 
L
P
 
P
I
 
L
L
 
L
W
 
H
R
 
L
A
 
V
Q
 
Q
E
 
A
Q
 
Q
E
 
D
G
 
G
W
 
Y
L
 
L
S
 
T
K
 
P
P
 
A
A
 
G
I
 
I
E
 
G
Y
 
F
V
 
C
A
 
A
D
 
A
M
 
Q
L
 
L
D
 
G
M
 
L
P
 
T
Y
 
E
I
 
A
R
 
E
A
 
V
L
 
T
E
 
A
V
 
V
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
F
 
S
M
 
M
F
 
Y
Q
 
R
L
 
R
Q
 
T
P
 
P
V
 
T
G
 
G
S
 
D
V
 
Y
A
 
L
H
 
-
I
 
V
Q
 
G
I
 
V
C
|
C
G
 
T
T
 
N
T
 
T
S
 
L
C
|
C
M
 
A
I
 
I
C
 
M
G
 
G
A
 
G
E
 
D
D
 
A
L
 
I
V
 
L
A
 
E
V
 
A
C
 
L
K
 
E
E
 
D
K
 
H
I
 
L
A
 
G
P
 
V
R
 
H
A
 
P
H
 
G
Q
 
Q
L
 
T
S
 
T
A
 
P
D
 
D
G
 
G
K
 
R
F
 
V
S
 
T
W
 
L
E
 
E
E
 
H
V
 
V
E
 
E
C
|
C
L
x
N
G
x
A
S
x
A
C
|
C
A
 
D
N
 
Y
A
 
A
P
 
P
M
x
V
A
 
V
Q
 
M
I
 
V
G
 
N
K
 
W
D
 
E
Y
 
F
Y
 
Y
E
 
D
D
 
N
L
 
Q
T
 
T
V
 
P
E
 
S
S
 
S
F
 
A
S
 
R
A
 
D
L
 
L
L
 
V
D
 
D
R
 
G
M
 
L
A
 
R
A
 
S
G
 
G
E
 
S
V
 
P
P
 
P
V
 
P
P
 
P

8oh5A Cryo-em structure of the electron bifurcating transhydrogenase stnabc complex from sporomusa ovata (state 2) (see paper)
38% identity, 34% coverage: 35:170/402 of query aligns to 16:150/150 of 8oh5A

query
sites
8oh5A
Q
 
K
A
 
A
S
 
G
A
 
S
I
 
I
I
 
I
P
 
G
I
 
I
L
 
L
W
 
Q
R
 
K
A
 
T
Q
 
Q
E
 
E
Q
 
I
E
 
Y
G
 
G
W
 
Y
L
 
L
S
 
P
K
 
L
P
 
A
A
 
A
I
 
L
E
 
Q
Y
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
D
M
 
N
L
 
T
D
 
D
M
 
N
P
 
K
Y
 
R
I
 
A
R
 
K
A
 
I
L
 
Y
E
 
G
V
 
I
A
 
A
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
F
 
S
M
 
Q
F
 
F
Q
 
R
L
 
L
Q
 
N
P
 
P
V
 
V
G
 
G
S
 
K
V
 
Y
A
 
V
H
 
I
I
 
L
Q
 
Q
I
 
-
C
|
C
G
 
Q
T
 
G
T
 
T
S
 
A
C
|
C
M
 
H
I
 
V
C
 
L
G
 
G
A
 
S
E
 
K
D
 
A
L
 
I
-
 
G
V
 
S
A
 
A
V
 
I
C
 
C
K
 
D
E
 
E
-
 
L
K
 
G
I
 
I
A
 
T
P
 
P
R
 
-
A
 
-
H
 
G
Q
 
Q
L
 
T
S
 
T
A
 
A
D
 
D
G
 
G
K
 
L
F
 
F
S
 
T
W
 
L
E
 
E
E
 
D
V
 
V
E
 
A
C
|
C
L
|
L
G
|
G
S
x
C
C
|
C
A
 
S
N
 
L
A
 
A
P
 
P
M
 
V
A
 
I
Q
 
M
I
 
I
G
 
N
K
 
G
D
 
E
Y
 
A
Y
 
Y
E
 
G
D
 
K
L
 
L
T
 
T
V
 
P
E
 
T
S
 
S
F
 
V
S
 
R
A
 
K
L
 
I
L
 
L
D
 
Q
R
 
D
M
 
I
A
 
A

Query Sequence

>3607905 FitnessBrowser__Dino:3607905
MLRRLHAEQPADFAFTPENEAWALTQMTKFPEGRQASAIIPILWRAQEQEGWLSKPAIEY
VADMLDMPYIRALEVATFYFMFQLQPVGSVAHIQICGTTSCMICGAEDLVAVCKEKIAPR
AHQLSADGKFSWEEVECLGSCANAPMAQIGKDYYEDLTVESFSALLDRMAAGEVPVPGPQ
NGRYTSEPAGGLTSLTEYEAGKDPYNASARLAVDLGDTLKRIDGSEVPLTAPWLGKDAAL
PKPANRQDAPVAEAKSVAAEAAPDPAVAPAATPAEAPKVTPTAVLPGQAELATRKGNWKY
GAAAPQQGAKPKMLESARAGGADDLKKIKGVGPKLETLLNSMGIYHFDQIAAWSDAELAW
VDENLEGFKGRASRDEWVAQAKTLASGGETEFSSRVTKGDVY

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory