SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 3608607 FitnessBrowser__Dino:3608607 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3ma0A Closed liganded crystal structure of xylose binding protein from escherichia coli (see paper)
40% identity, 90% coverage: 22:327/340 of query aligns to 2:305/313 of 3ma0A

query
sites
3ma0A
D
 
E
V
 
V
T
 
K
V
 
I
G
 
G
V
 
M
S
 
A
W
 
I
S
 
D
N
 
D
F
 
L
Q
 
R
E
x
L
E
 
E
R
|
R
W
 
W
K
 
Q
T
 
K
D
 
D
E
 
R
A
 
D
A
 
I
I
 
F
K
 
V
A
 
K
A
 
K
L
 
A
E
 
E
A
 
S
A
 
L
G
 
G
A
 
A
T
 
K
Y
 
V
V
 
F
S
 
V
A
 
Q
D
 
S
A
 
A
Q
 
N
S
 
G
S
 
N
S
 
E
A
 
E
K
 
T
Q
 
Q
L
 
M
S
 
S
D
 
Q
V
 
I
E
 
E
S
 
N
L
 
M
I
 
I
A
 
N
Q
 
R
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
V
L
 
L
I
 
V
I
 
I
L
 
I
A
 
P
Q
 
Y
D
 
N
S
 
G
Q
 
Q
A
 
V
I
 
L
G
 
S
P
 
N
A
 
V
V
 
V
Q
 
K
A
 
E
A
 
A
A
 
K
D
 
Q
E
 
E
G
 
G
I
 
I
P
 
K
V
 
V
V
 
L
G
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
M
I
 
I
E
 
N
D
 
D
P
 
A
R
 
D
A
 
I
-
 
D
F
 
F
Y
 
Y
L
 
I
T
 
S
F
 
F
D
 
D
N
 
N
V
 
E
E
 
K
V
 
V
G
 
G
R
 
E
M
 
L
Q
 
Q
A
 
A
R
 
K
A
 
A
V
 
L
L
 
V
E
 
D
Q
 
I
A
 
V
P
 
P
E
 
Q
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
V
 
F
M
 
L
I
 
M
K
 
G
G
 
G
S
 
S
P
 
P
T
 
V
D
|
D
P
 
N
N
|
N
A
 
A
D
 
K
F
 
L
L
 
F
R
 
R
G
 
A
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
M
E
 
K
I
 
V
L
 
L
Q
 
K
D
 
P
A
 
Y
I
 
V
D
 
D
A
 
S
G
 
G
K
 
K
I
 
I
T
 
K
I
 
V
V
 
V
G
 
G
E
 
D
A
 
Q
Y
 
W
T
 
V
D
 
D
G
 
G
W
|
W
L
 
L
P
 
P
A
 
E
N
 
N
A
 
A
Q
 
L
R
 
K
N
 
I
M
 
M
E
 
E
Q
 
N
I
 
A
L
 
L
T
 
T
A
 
A
Q
 
N
D
 
N
N
 
N
Q
 
K
V
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
V
A
 
A
S
 
S
N
|
N
D
 
D
G
 
A
T
 
T
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
A
V
 
I
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
T
 
S
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
M
 
L
E
 
S
G
 
G
-
 
K
I
 
V
P
 
A
V
 
I
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
G
 
A
D
 
D
H
 
L
A
 
A
A
 
G
L
 
I
N
 
K
R
 
R
V
 
I
A
 
A
K
 
A
G
 
G
T
 
T
Q
 
Q
T
 
T
V
 
M
S
 
T
V
 
V
W
 
Y
K
|
K
D
 
P
A
 
I
R
 
T
D
 
L
L
 
L
G
 
A
R
 
N
A
 
T
A
 
A
G
 
A
E
 
E
I
 
I
A
 
A
V
 
V
A
 
E
M
 
L
A
 
G
N
 
N
G
 
G
T
 
Q
A
 
E
M
 
-
A
 
-
D
 
-
I
 
-
E
 
P
G
 
K
A
 
A
T
 
D
S
 
T
W
 
T
T
 
L
S
 
N
P
 
N
G
 
G
G
 
L
T
 
K
E
 
D
L
 
V
T
 
P
A
 
S
R
 
R
F
 
L
L
 
L
A
 
T
P
 
P
V
 
I
P
 
D
V
 
V
T
 
N
A
 
K
D
 
N
N
 
N
L
 
I
T
 
K
A
 
D
V
 
T
V
 
V
D
 
I
A
 
K
Q
 
D
W
 
G
I
 
F
T
 
H
Q
 
K
E
 
E
T
 
S

4ywhA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z (asuc_0499, target efi-511068) with bound d-xylose
39% identity, 87% coverage: 22:318/340 of query aligns to 3:297/310 of 4ywhA

query
sites
4ywhA
D
 
D
V
 
L
T
 
T
V
 
I
G
 
G
V
 
M
S
 
S
W
 
I
S
 
D
N
 
D
F
 
L
Q
 
R
E
x
L
E
 
E
R
|
R
W
 
W
K
 
Q
T
 
K
D
 
D
E
 
R
A
 
D
A
 
I
I
 
F
K
 
V
A
 
K
A
 
K
L
 
A
E
 
E
A
 
S
A
 
L
G
 
G
A
 
A
T
 
K
Y
 
V
V
 
L
S
 
V
A
 
Q
D
 
S
A
 
A
Q
 
N
S
 
G
S
 
D
S
 
D
A
 
S
K
 
A
Q
 
Q
L
 
I
S
 
S
D
 
Q
V
 
I
E
 
E
S
 
N
L
 
M
I
 
L
A
 
N
Q
 
K
G
 
N
V
 
V
D
 
D
A
 
V
L
 
L
I
 
V
I
 
I
L
 
I
A
 
P
Q
 
H
D
 
N
S
 
G
Q
 
D
A
 
V
I
 
L
G
 
S
P
 
N
A
 
V
V
 
I
Q
 
S
A
 
E
A
 
A
A
 
K
D
 
K
E
 
E
G
 
G
I
 
V
P
 
K
V
 
V
V
 
L
G
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
E
 
N
D
 
N
P
 
A
R
 
D
A
 
L
-
 
D
F
 
F
Y
 
Y
L
 
V
T
 
S
F
 
F
D
 
D
N
 
N
V
 
E
E
 
K
V
 
V
G
 
G
R
 
E
M
 
L
Q
 
Q
A
 
A
R
 
D
A
 
A
V
 
I
L
 
I
E
 
K
Q
 
E
A
 
K
P
 
P
E
 
E
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
V
 
F
M
 
L
I
 
M
K
 
G
G
 
G
S
 
S
P
 
P
T
 
V
D
|
D
P
 
N
N
|
N
A
 
A
D
 
K
F
 
L
L
 
F
R
 
R
G
 
K
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
M
E
 
K
I
 
V
L
 
L
Q
 
Q
D
 
P
A
 
L
I
 
I
D
 
D
A
 
S
G
 
G
K
 
K
I
 
I
T
 
K
I
 
V
V
 
V
G
 
G
E
 
D
A
 
Q
Y
 
W
T
 
V
D
 
D
G
 
S
W
|
W
L
 
L
P
 
A
A
 
E
N
 
K
A
 
A
Q
 
L
R
 
Q
N
 
I
M
 
M
E
 
E
Q
 
N
I
 
A
L
 
L
T
 
T
A
 
A
Q
 
N
D
 
K
N
 
N
Q
 
N
V
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
V
A
 
A
S
 
S
N
|
N
D
 
D
G
 
A
T
 
T
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
A
V
 
I
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
T
 
S
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
M
 
L
E
 
S
G
 
G
-
 
K
I
 
V
P
 
A
V
 
I
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
G
 
A
D
 
D
H
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
I
N
 
K
R
 
R
V
 
I
A
 
V
K
 
E
G
 
G
T
 
T
Q
 
Q
T
 
T
V
 
M
S
 
T
V
 
V
W
 
Y
K
|
K
D
 
P
A
 
I
R
 
T
D
 
N
L
 
L
G
 
A
R
 
D
A
 
K
A
 
A
G
 
A
E
 
E
I
 
L
A
 
S
V
 
V
A
 
A
M
 
L
A
 
G
N
 
K
G
 
E
T
 
E
A
 
K
M
 
L
A
 
E
D
 
-
I
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
P
T
 
N
S
 
A
W
 
K
T
 
L
S
 
N
P
 
N
G
 
G
G
 
L
T
 
K
E
 
E
L
 
V
T
 
D
A
 
A
R
 
Y
F
 
L
L
 
L
A
 
D
P
 
P
V
 
I
P
 
V
V
 
V
T
 
T
A
 
K
D
 
D
N
 
N
L
 
I
T
 
D
A
 
S
V
 
T
V
 
V

3uugA Crystal structure of the periplasmic sugar binding protein chve (see paper)
30% identity, 90% coverage: 24:328/340 of query aligns to 4:328/329 of 3uugA

query
sites
3uugA
T
 
S
V
 
V
G
 
G
V
 
I
S
 
A
W
 
M
S
 
P
N
 
T
F
 
K
Q
 
S
E
 
S
E
 
A
R
|
R
W
 
W
K
 
I
T
 
D
D
 
D
E
 
G
A
 
N
A
 
N
I
 
I
K
 
V
A
 
K
A
 
Q
L
 
L
E
 
Q
A
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
Y
T
 
K
Y
 
T
V
 
D
S
 
L
A
 
Q
D
 
Y
A
 
A
Q
 
D
S
 
D
S
 
D
S
 
I
A
 
P
K
 
N
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
D
 
Q
V
 
I
E
 
E
S
 
N
L
 
M
I
 
V
A
 
T
Q
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
K
A
 
V
L
 
L
I
 
V
I
 
I
L
 
A
A
 
S
Q
 
I
D
 
D
S
 
G
Q
 
T
A
 
T
I
 
L
G
 
S
P
 
D
A
 
V
V
 
L
Q
 
K
A
 
Q
A
 
A
A
 
G
D
 
E
E
 
Q
G
 
G
I
 
I
P
 
K
V
 
V
V
 
I
G
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
E
 
R
D
 
N
P
 
S
-
 
G
-
 
D
R
 
V
A
 
S
F
 
Y
Y
 
Y
L
 
A
T
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
N
V
 
F
E
 
Q
V
 
V
G
 
G
R
 
V
M
 
L
Q
 
Q
A
 
A
R
 
T
A
 
S
V
 
I
L
 
T
E
 
D
Q
 
K
-
 
L
-
 
G
A
 
L
P
 
K
E
 
D
G
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
P
-
 
F
N
 
N
Y
 
I
V
 
E
M
 
L
I
 
F
K
 
G
G
 
G
S
 
S
P
 
P
T
 
D
D
|
D
P
 
N
N
|
N
A
 
A
D
 
F
F
 
F
L
 
F
R
 
Y
G
 
D
G
 
G
Q
 
A
Q
 
M
E
 
S
I
 
V
L
 
L
Q
 
K
D
 
P
A
 
Y
I
 
I
D
 
D
A
 
S
G
 
G
K
 
K
I
 
L
T
 
V
I
 
V
-
 
K
-
 
S
-
 
G
-
 
Q
-
 
M
-
 
G
V
 
M
G
 
D
E
 
K
A
 
V
Y
 
G
T
 
T
D
 
L
G
 
R
W
|
W
L
 
D
P
 
P
A
 
A
N
 
T
A
 
A
Q
 
Q
R
 
A
N
 
R
M
 
M
E
 
D
Q
 
N
I
 
L
L
 
L
T
 
S
A
 
A
Q
 
Y
-
 
Y
-
 
T
D
 
D
N
 
A
Q
 
K
V
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
L
A
 
S
S
 
P
N
x
Y
D
 
D
G
 
G
T
 
L
A
 
S
G
 
I
G
 
G
V
 
I
V
 
I
A
 
S
A
 
S
L
 
L
T
 
K
A
 
G
Q
 
V
G
 
G
M
 
Y
-
 
G
-
 
T
-
 
K
-
 
D
E
 
Q
G
 
P
I
 
L
P
 
P
-
 
V
V
 
V
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
G
 
A
D
 
E
H
 
V
A
 
P
A
 
S
L
 
V
N
 
K
R
 
S
V
 
I
A
 
I
K
 
A
G
 
G
T
 
E
Q
 
Q
T
 
Y
V
 
S
S
 
T
V
 
I
W
 
F
K
|
K
D
 
D
A
 
T
R
 
R
D
 
E
L
 
L
G
 
A
R
 
K
A
 
V
A
 
T
G
 
V
E
 
N
I
 
M
A
 
V
V
 
N
A
 
A
M
 
V
A
 
M
N
 
E
G
 
G
T
 
-
A
 
-
M
 
-
A
 
K
D
 
E
I
 
P
E
 
E
G
 
V
A
 
N
T
 
D
S
 
T
W
 
K
T
 
T
S
 
Y
P
 
E
G
 
N
G
 
G
T
 
V
E
 
K
L
 
V
T
 
V
A
 
P
R
 
S
F
 
Y
-
 
L
L
 
L
A
 
K
P
 
P
V
 
V
P
 
A
V
 
V
T
 
T
A
 
K
D
 
E
N
 
N
L
 
Y
T
 
K
A
 
Q
V
 
V
-
 
L
V
 
V
D
 
D
A
 
G
Q
 
G
W
 
Y
I
 
Y
T
 
K
Q
 
E
E
 
D
T
 
Q
L
 
L

3urmA Crystal structure of the periplasmic sugar binding protein chve (see paper)
30% identity, 90% coverage: 24:328/340 of query aligns to 4:328/329 of 3urmA

query
sites
3urmA
T
 
S
V
 
V
G
 
G
V
 
I
S
 
A
W
 
M
S
 
P
N
 
T
F
 
K
Q
 
S
E
 
S
E
 
A
R
|
R
W
 
W
K
 
I
T
 
D
D
 
D
E
 
G
A
 
N
A
 
N
I
 
I
K
 
V
A
 
K
A
 
Q
L
 
L
E
 
Q
A
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
Y
T
 
K
Y
 
T
V
 
D
S
 
L
A
 
Q
D
 
Y
A
 
A
Q
 
D
S
 
D
S
 
D
S
 
I
A
 
P
K
 
N
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
D
 
Q
V
 
I
E
 
E
S
 
N
L
 
M
I
 
V
A
 
T
Q
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
K
A
 
V
L
 
L
I
 
V
I
 
I
L
 
A
A
 
S
Q
 
I
D
 
D
S
 
G
Q
 
T
A
 
T
I
 
L
G
 
S
P
 
D
A
 
V
V
 
L
Q
 
K
A
 
Q
A
 
A
A
 
G
D
 
E
E
 
Q
G
 
G
I
 
I
P
 
K
V
 
V
V
 
I
G
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
E
 
R
D
 
N
P
 
S
-
 
G
-
 
D
R
 
V
A
 
S
F
 
Y
Y
 
Y
L
 
A
T
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
N
V
 
F
E
 
Q
V
 
V
G
 
G
R
 
V
M
 
L
Q
 
Q
A
 
A
R
 
T
A
 
S
V
 
I
L
 
T
E
 
D
Q
 
K
-
 
L
-
 
G
A
 
L
P
 
K
E
 
D
G
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
P
-
 
F
N
 
N
Y
 
I
V
 
E
M
 
L
I
 
F
K
 
G
G
 
G
S
 
S
P
 
P
T
 
D
D
|
D
P
 
N
N
|
N
A
 
A
D
 
F
F
 
F
L
 
F
R
 
Y
G
 
D
G
 
G
Q
 
A
Q
 
M
E
 
S
I
 
V
L
 
L
Q
 
K
D
 
P
A
 
Y
I
 
I
D
 
D
A
 
S
G
 
G
K
 
K
I
 
L
T
 
V
I
 
V
-
 
K
-
 
S
-
 
G
-
 
Q
-
 
M
-
 
G
V
 
M
G
 
D
E
 
K
A
 
V
Y
 
G
T
 
T
D
 
L
G
 
R
W
|
W
L
 
D
P
 
P
A
 
A
N
 
T
A
 
A
Q
 
Q
R
 
A
N
 
R
M
 
M
E
 
D
Q
 
N
I
 
L
L
 
L
T
 
S
A
 
A
Q
 
Y
-
 
Y
-
 
T
D
 
D
N
 
A
Q
 
K
V
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
L
A
 
S
S
 
P
N
 
Y
D
 
D
G
 
G
T
 
L
A
 
S
G
 
I
G
 
G
V
 
I
V
 
I
A
 
S
A
 
S
L
 
L
T
 
K
A
 
G
Q
 
V
G
 
G
M
 
Y
-
 
G
-
 
T
-
 
K
-
 
D
E
 
Q
G
 
P
I
 
L
P
 
P
-
 
V
V
 
V
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
G
 
A
D
 
E
H
 
V
A
 
P
A
 
S
L
 
V
N
 
K
R
 
S
V
 
I
A
 
I
K
 
A
G
 
G
T
 
E
Q
 
Q
T
 
Y
V
 
S
S
 
T
V
 
I
W
 
F
K
|
K
D
 
D
A
 
T
R
 
R
D
 
E
L
 
L
G
 
A
R
 
K
A
 
V
A
 
T
G
 
V
E
 
N
I
 
M
A
 
V
V
 
N
A
 
A
M
 
V
A
 
M
N
 
E
G
 
G
T
 
-
A
 
-
M
 
-
A
 
K
D
 
E
I
 
P
E
 
E
G
 
V
A
 
N
T
 
D
S
 
T
W
 
K
T
 
T
S
 
Y
P
 
E
G
 
N
G
 
G
T
 
V
E
 
K
L
 
V
T
 
V
A
 
P
R
 
S
F
 
Y
-
 
L
L
 
L
A
 
K
P
 
P
V
 
V
P
 
A
V
 
V
T
 
T
A
 
K
D
 
E
N
 
N
L
 
Y
T
 
K
A
 
Q
V
 
V
-
 
L
V
 
V
D
 
D
A
 
G
Q
 
G
W
 
Y
I
 
Y
T
 
K
Q
 
E
E
 
D
T
 
Q
L
 
L

4ys6A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from clostridium phytofermentans (cphy_1585, target efi- 511156) with bound beta-d-glucose
31% identity, 89% coverage: 25:328/340 of query aligns to 3:323/324 of 4ys6A

query
sites
4ys6A
V
 
V
G
 
G
V
 
V
S
 
A
W
 
M
S
 
P
N
 
T
F
 
K
Q
 
D
E
 
L
E
 
Q
R
|
R
W
|
W
K
 
N
T
 
Q
D
 
D
E
 
G
A
 
S
A
 
N
I
 
M
K
 
E
A
 
K
A
 
Q
L
 
L
E
 
K
A
 
D
A
 
A
G
 
G
A
 
Y
T
 
E
-
 
V
-
 
D
-
 
L
-
 
Q
Y
 
Y
V
 
A
S
 
S
A
 
N
D
 
D
A
 
V
Q
 
Q
S
 
T
S
 
-
S
 
-
A
 
-
K
 
-
Q
 
Q
L
 
V
S
 
S
D
 
Q
V
 
I
E
 
E
S
 
N
L
 
M
I
 
I
A
 
S
Q
 
N
G
 
G
V
 
C
D
 
K
A
 
L
L
 
L
I
 
V
I
 
I
L
 
A
A
 
S
Q
 
I
D
 
E
S
 
G
Q
 
D
A
 
S
I
 
L
G
 
G
P
 
T
A
 
V
V
 
L
Q
 
A
A
 
Q
A
 
A
A
 
K
D
 
K
E
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
S
V
 
V
V
 
I
G
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
-
 
M
-
 
N
E
 
S
D
 
D
P
 
A
R
 
V
A
 
S
F
 
Y
Y
 
Y
L
 
A
T
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
N
V
 
Y
E
 
M
V
 
V
G
 
G
R
 
T
M
 
K
Q
 
Q
A
 
G
R
 
E
A
 
Y
V
 
I
L
 
K
E
 
E
-
 
K
-
 
L
-
 
N
-
 
L
Q
 
E
A
 
T
P
 
A
E
 
K
G
 
G
-
 
P
-
 
F
N
 
N
Y
 
L
V
 
E
M
 
I
I
 
F
K
 
T
G
 
G
S
 
D
P
 
P
T
 
G
D
|
D
P
 
N
N
|
N
A
 
A
D
 
R
F
 
F
L
 
F
R
 
Y
G
 
G
G
 
G
Q
 
A
Q
 
M
E
 
D
I
 
V
L
 
L
Q
 
K
D
 
P
A
 
Y
I
 
V
D
 
D
A
 
G
G
 
G
K
 
V
I
 
L
T
 
V
I
 
V
-
 
K
-
 
S
-
 
G
-
 
S
-
 
V
-
 
A
V
 
F
G
 
E
E
 
K
A
 
V
Y
 
A
T
 
T
D
 
A
G
 
G
W
|
W
L
 
S
P
 
T
A
 
E
N
 
T
A
 
A
Q
 
Q
R
 
N
N
 
R
M
 
M
E
 
D
Q
 
A
I
 
I
L
 
I
-
 
A
-
 
S
-
 
Y
T
 
Y
A
 
A
Q
 
D
D
 
G
N
 
T
Q
 
K
V
 
L
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
L
A
 
C
S
 
S
N
|
N
D
 
D
G
 
S
T
 
T
A
 
A
G
 
L
G
 
G
V
 
V
V
 
T
A
 
N
A
 
A
L
 
L
T
 
T
A
 
A
Q
 
S
G
 
Y
M
 
K
E
 
G
G
 
E
I
 
W
P
 
P
-
 
I
V
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
G
 
C
D
 
D
H
 
I
A
 
A
A
 
N
L
 
V
N
 
K
R
 
N
V
 
M
A
 
L
K
 
D
G
 
G
T
 
K
Q
 
Q
T
 
S
V
 
M
S
 
S
V
 
I
W
 
F
K
|
K
D
 
D
A
 
T
R
 
R
D
 
T
L
 
L
G
 
A
R
 
S
A
 
Q
A
 
V
G
 
V
E
 
K
I
 
M
A
 
V
V
 
D
A
 
A
M
 
I
A
 
M
N
 
K
G
 
G
T
 
-
A
 
G
M
 
E
A
 
A
D
 
P
I
 
V
E
 
N
G
 
D
A
 
T
T
 
K
S
 
S
W
 
Y
T
 
D
S
 
N
P
 
G
G
 
N
G
 
G
T
 
I
E
 
-
L
 
V
T
 
P
A
 
S
R
 
Y
F
 
L
L
 
C
A
 
E
P
 
P
V
 
V
P
 
F
V
 
A
T
 
D
A
 
A
D
 
T
N
 
N
L
 
Y
T
 
K
A
 
E
-
 
L
V
 
L
V
 
I
D
 
D
A
 
S
Q
 
G
W
 
Y
I
 
Y
T
 
T
Q
 
E
E
 
D
T
 
Q
L
 
L

4wwhA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from mycobacterium smegmatis (msmeg_1704, target efi- 510967) with bound d-galactose
32% identity, 89% coverage: 24:325/340 of query aligns to 4:325/329 of 4wwhA

query
sites
4wwhA
T
 
T
V
 
V
G
 
G
V
 
I
S
 
A
W
 
M
S
 
P
N
 
T
F
 
K
Q
 
S
E
 
S
E
 
E
R
|
R
W
 
W
K
 
V
T
 
A
D
 
D
E
 
G
A
 
Q
A
 
N
I
 
M
K
 
V
A
 
D
A
 
Q
L
 
F
E
 
K
A
 
A
A
 
F
G
 
G
A
 
Y
T
 
D
Y
 
T
V
 
D
S
 
L
A
 
Q
D
 
Y
A
 
G
Q
 
D
S
 
D
S
 
V
S
 
V
A
 
Q
K
 
N
Q
 
Q
L
 
V
S
 
S
D
 
Q
V
 
I
E
 
E
S
 
N
L
 
M
I
 
I
A
 
T
Q
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
K
A
 
L
L
 
L
I
 
V
I
 
I
L
 
A
A
 
P
Q
 
I
D
 
D
S
 
G
Q
 
S
A
 
S
I
 
L
G
 
T
P
 
N
A
 
T
V
 
L
Q
 
Q
A
 
H
A
 
A
A
 
A
D
 
D
E
 
L
G
 
K
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
G
 
S
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
E
 
K
-
 
G
D
 
T
P
 
P
R
 
N
A
 
V
-
 
D
F
 
Y
Y
 
Y
L
 
A
T
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
N
V
 
T
E
 
K
V
 
V
G
 
G
R
 
V
M
 
L
Q
 
Q
A
 
A
R
 
N
A
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
D
-
 
T
-
 
L
-
 
G
-
 
V
-
 
A
-
 
D
-
 
G
Q
 
K
A
 
G
P
 
P
E
 
F
G
 
-
N
 
N
Y
 
L
V
 
E
M
 
L
I
 
F
K
 
A
G
 
G
S
 
S
P
 
P
T
 
D
D
|
D
P
 
N
N
|
N
A
 
A
D
 
T
F
 
Y
L
 
F
R
 
F
G
 
Q
G
 
G
Q
 
A
Q
 
M
E
 
S
I
 
V
L
 
L
Q
 
Q
D
 
P
A
 
Y
I
 
I
D
 
D
A
 
S
G
 
G
K
 
K
I
 
L
-
 
V
-
 
V
-
 
K
-
 
S
-
 
G
-
 
Q
T
 
T
I
 
T
V
 
F
G
 
D
E
 
Q
A
 
I
Y
 
A
T
 
T
D
 
L
G
 
R
W
|
W
L
 
D
P
 
G
A
 
G
N
 
L
A
 
A
Q
 
Q
R
 
S
N
 
R
M
 
M
E
 
D
Q
 
N
I
 
L
L
 
L
T
 
S
-
 
Q
-
 
A
A
 
Y
Q
 
T
D
 
S
N
 
G
Q
 
R
V
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
L
A
 
S
S
 
P
N
 
Y
D
 
D
G
 
G
T
 
I
A
 
S
G
 
R
G
 
G
V
 
V
V
 
I
A
 
S
A
 
A
L
 
L
T
 
K
A
 
S
Q
 
A
G
 
G
M
 
Y
-
 
G
-
 
N
-
 
A
-
 
A
E
 
K
G
 
P
I
 
L
P
 
P
-
 
I
V
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
G
 
A
D
 
E
H
 
L
A
 
A
A
 
S
L
 
V
N
 
K
R
 
S
V
 
I
A
 
V
K
 
A
G
 
G
T
 
E
Q
 
Q
T
 
T
V
 
Q
S
 
T
V
 
V
W
 
F
K
|
K
D
 
D
A
 
T
R
 
R
D
 
E
L
 
L
G
 
A
R
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
V
E
 
Q
I
 
E
A
 
A
V
 
D
A
 
A
M
 
V
A
 
L
N
 
T
G
 
G
T
 
G
A
 
T
-
 
P
-
 
Q
M
 
V
A
 
N
D
 
D
I
 
T
E
 
E
G
 
-
A
 
-
T
 
-
S
 
-
W
 
-
T
 
T
S
 
Y
P
 
D
G
 
N
G
 
G
T
 
V
E
 
K
L
 
V
T
 
V
A
 
P
R
 
S
F
 
Y
L
 
L
A
 
L
-
 
D
P
 
P
V
 
V
P
 
S
V
 
V
T
 
D
A
 
K
D
 
S
N
 
N
L
 
Y
T
 
K
A
 
K
V
 
V
-
 
L
V
 
I
D
 
D
A
 
S
Q
 
G
W
 
Y
I
 
Y
T
 
T
Q
 
E

4rxuA Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein caur_1924 from chloroflexus aurantiacus, target efi-511158, in complex with d-glucose
31% identity, 86% coverage: 23:316/340 of query aligns to 4:323/340 of 4rxuA

query
sites
4rxuA
V
 
L
T
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
I
S
 
V
W
 
L
S
 
P
N
 
T
F
 
K
Q
 
D
E
|
E
E
 
P
R
|
R
W
 
W
K
 
I
T
 
Q
D
 
D
E
 
E
A
 
T
A
 
R
I
 
F
K
 
R
A
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
A
 
Y
T
 
Q
Y
 
V
V
 
E
S
 
I
A
 
L
D
 
F
A
 
S
Q
 
Q
S
 
G
S
 
S
S
 
S
A
 
A
K
 
K
Q
 
E
L
 
K
S
 
E
D
 
N
V
 
V
E
 
E
S
 
A
L
 
L
I
 
I
A
 
A
Q
 
K
G
 
G
V
 
I
D
 
K
A
 
V
L
 
L
I
 
I
I
 
I
L
 
C
A
 
P
Q
 
H
D
 
D
S
 
G
Q
 
T
A
 
A
I
 
A
G
 
A
P
 
A
A
 
A
V
 
A
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
R
D
 
A
E
 
A
G
 
G
I
 
V
P
 
K
V
 
V
V
 
I
G
 
S
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
E
 
R
D
 
E
P
 
T
R
 
D
A
 
A
-
 
V
-
 
D
F
 
Y
Y
 
Y
L
 
V
T
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
S
V
 
I
E
 
A
V
 
V
G
 
G
R
 
A
M
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
R
 
Q
A
 
Y
V
 
L
L
 
V
E
 
D
Q
 
H
A
 
A
P
 
S
-
 
G
E
 
T
G
 
G
N
 
N
-
 
P
Y
 
L
V
 
Y
M
 
L
I
 
Y
K
 
A
G
 
G
S
 
A
P
 
A
T
 
S
D
|
D
P
 
N
N
|
N
A
 
A
D
 
F
F
 
L
L
 
F
R
 
F
G
 
E
G
 
G
Q
 
A
Q
 
W
E
 
K
I
 
V
L
 
L
Q
 
Q
D
 
P
A
 
K
I
 
I
D
 
A
A
 
D
G
 
G
K
 
T
I
 
F
T
 
V
-
 
I
-
 
K
-
 
N
-
 
S
-
 
S
-
 
E
-
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
N
-
 
K
-
 
L
-
 
D
-
 
L
-
 
T
-
 
R
-
 
D
-
 
E
-
 
M
-
 
A
-
 
K
I
 
I
V
 
I
G
 
G
E
 
Q
A
 
V
Y
 
T
T
 
T
D
 
N
G
 
-
W
|
W
L
 
D
P
 
F
A
 
N
N
 
T
A
 
A
Q
 
K
R
 
N
N
 
L
M
 
A
E
 
E
Q
 
A
I
 
N
L
 
L
-
 
T
-
 
A
-
 
A
T
 
T
A
 
A
Q
 
A
D
 
D
N
 
K
Q
 
G
V
 
K
D
 
V
A
 
Y
V
 
I
V
 
L
A
 
A
S
 
P
N
|
N
D
 
D
G
 
G
T
 
T
-
 
A
A
 
R
G
 
A
G
 
I
V
 
A
V
 
D
A
 
A
A
 
F
L
 
A
T
 
A
A
 
D
Q
 
K
G
 
D
M
 
V
E
 
T
G
 
E
I
 
Y
P
 
F
V
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
G
 
A
D
 
E
H
 
K
A
 
A
A
 
S
L
 
V
N
 
Q
R
 
Y
V
 
I
A
 
I
K
 
D
G
 
G
T
 
R
Q
 
Q
T
 
S
V
 
M
S
 
T
V
 
V
W
 
F
K
|
K
D
 
D
A
 
V
R
 
R
D
 
T
L
 
L
G
 
V
R
 
Q
A
 
D
A
 
A
G
 
I
E
 
K
I
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
M
 
L
A
 
-
N
 
-
G
 
-
T
 
-
A
 
-
M
 
L
A
 
Q
D
 
D
I
 
Q
E
 
Q
G
 
P
A
 
E
T
 
A
S
 
R
W
 
G
T
 
T
S
 
Y
P
 
N
G
 
N
G
 
G
T
 
K
E
 
K
L
 
D
T
 
V
A
 
P
R
 
A
F
 
I
L
 
Q
A
 
S
P
 
P
-
 
V
V
 
V
P
 
T
V
 
V
T
 
T
A
 
R
D
 
D
N
 
N
L
 
V
T
 
R
A
 
A

P23905 D-galactose/methyl-galactoside binding periplasmic protein MglB; D-galactose-binding periplasmic protein; GBP; D-galactose/D-glucose-binding protein; GGBP from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 2 papers)
29% identity, 86% coverage: 1:291/340 of query aligns to 1:307/332 of P23905

query
sites
P23905
M
 
M
R
 
N
K
 
K
A
 
K
I
 
V
L
 
L
A
 
T
A
 
L
A
 
S
I
 
A
V
 
V
A
 
M
A
 
A
G
 
S
V
 
L
T
 
L
T
 
F
S
 
G
A
 
A
Y
 
H
A
 
A
-
 
H
-
 
A
-
 
A
D
 
D
V
 
T
T
 
R
V
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
W
 
I
S
 
Y
N
 
K
F
 
Y
Q
 
D
E
x
D
E
 
N
R
 
F
W
 
M
K
 
S
T
 
V
D
 
V
E
 
R
A
 
K
A
 
A
I
 
I
-
 
E
K
 
K
A
 
D
A
 
G
L
 
K
E
 
S
A
 
A
A
 
P
G
 
D
A
 
V
T
 
Q
Y
 
L
V
 
L
S
 
M
A
 
N
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
S
 
N
S
 
D
S
 
Q
A
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
N
S
 
D
D
 
Q
V
 
I
E
 
D
S
 
V
L
 
L
I
 
L
A
 
A
Q
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
K
A
 
A
L
 
L
I
 
A
I
 
I
L
 
N
A
 
L
Q
 
V
D
 
D
S
 
P
Q
 
A
A
 
A
I
 
A
G
 
G
P
 
T
A
 
V
V
 
I
Q
 
E
A
 
K
A
 
A
A
 
R
D
 
G
E
 
Q
G
 
N
I
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
V
G
 
F
Y
 
F
D
x
N
R
 
K
-
 
E
-
 
P
-
 
S
-
 
R
-
 
K
-
 
A
L
 
L
I
 
D
E
 
S
D
 
Y
P
 
D
R
 
K
A
 
A
F
 
Y
Y
 
Y
L
 
V
T
 
G
F
 
T
D
 
D
N
 
S
V
 
K
E
 
E
V
 
S
G
 
G
R
 
V
M
 
I
Q
 
Q
A
 
G
R
 
D
A
 
L
V
 
I
L
 
A
E
 
K
-
 
H
-
 
W
Q
 
Q
A
 
A
P
 
N
E
 
Q
G
 
G
-
 
W
-
x
D
-
 
L
-
x
N
-
 
K
-
x
D
-
 
G
-
x
K
-
 
I
N
x
Q
Y
 
Y
V
 
V
M
 
L
I
 
L
K
 
K
G
 
G
S
 
E
P
 
P
T
 
G
D
x
H
P
 
P
N
x
D
A
 
A
D
 
E
F
 
-
L
 
-
R
 
-
G
 
A
G
x
R
Q
 
T
Q
 
T
E
 
Y
I
 
V
L
 
V
Q
 
K
D
 
E
A
 
L
I
 
N
D
 
D
A
 
K
G
 
G
K
 
I
I
 
Q
T
 
T
I
 
E
V
 
Q
G
 
L
E
 
A
A
 
L
Y
 
D
T
 
T
D
 
A
G
 
M
W
 
W
L
 
D
P
 
T
A
 
A
N
 
Q
A
 
A
Q
 
K
R
 
D
N
 
K
M
 
M
E
 
D
Q
 
A
I
 
W
L
 
L
T
 
S
A
 
G
Q
 
P
D
 
N
-
 
A
N
 
N
Q
 
K
V
 
I
D
x
E
A
 
V
V
 
V
V
 
I
A
 
A
S
 
N
N
|
N
D
 
D
G
 
A
T
 
M
A
 
A
G
 
M
G
 
G
V
 
A
V
 
V
A
 
E
A
 
A
L
 
L
T
 
K
A
 
A
Q
 
H
G
 
N
M
 
K
E
 
S
G
 
S
I
 
I
P
 
P
V
 
V
S
 
F
G
 
G
Q
 
V
D
|
D
G
 
A
D
 
L
H
 
P
A
 
E
A
 
A
L
 
L
N
 
A
R
 
L
V
 
V
A
 
K
K
 
S
G
 
G
T
 
A
Q
 
M
T
 
A
V
 
G
S
 
T
V
 
V
W
 
L
K
x
N
D
 
D
A
 
A
R
 
N
D
 
N
L
 
Q
G
 
A
R
 
K
A
 
A
A
 
T
G
 
F
E
 
D
I
 
L
A
 
A
V
 
K
A
 
N
M
 
L
A
 
A
N
 
E
G
 
G
T
 
K
A
 
G
M
 
A
A
 
A
D
 
D
I
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
G
T
 
T
S
 
S
W
 
W

P0AEE5 D-galactose/methyl-galactoside binding periplasmic protein MglB; D-galactose-binding periplasmic protein; GBP; D-galactose/D-glucose-binding protein; GGBP from Escherichia coli (strain K12) (see 4 papers)
27% identity, 86% coverage: 1:291/340 of query aligns to 1:307/332 of P0AEE5

query
sites
P0AEE5
M
|
M
R
x
N
K
|
K
A
x
K
I
x
V
L
|
L
A
x
T
A
x
L
A
x
S
I
x
A
V
|
V
A
x
M
A
|
A
G
x
S
V
x
M
T
x
L
T
x
F
S
x
G
A
|
A
Y
x
A
A
|
A
-
x
H
-
x
A
-
 
A
D
 
D
V
 
T
T
 
R
V
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
W
 
I
S
 
Y
N
 
K
F
 
Y
Q
 
D
E
x
D
E
 
N
R
 
F
W
 
M
K
 
S
T
 
V
D
 
V
E
 
R
A
 
K
A
 
A
I
 
I
K
 
E
A
 
Q
A
 
D
L
 
A
E
 
K
A
 
A
A
 
A
-
 
P
G
 
D
A
 
V
T
 
Q
Y
 
L
V
 
L
S
 
M
A
 
N
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
S
 
N
S
 
D
S
 
Q
A
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
N
S
 
D
D
 
Q
V
 
I
E
 
D
S
 
V
L
 
L
I
 
L
A
 
A
Q
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
K
A
 
A
L
 
L
I
 
A
I
 
I
L
 
N
A
 
L
Q
 
V
D
 
D
S
 
P
Q
 
A
A
 
A
I
 
A
G
 
G
P
 
T
A
 
V
V
 
I
Q
 
E
A
 
K
A
 
A
A
 
R
D
 
G
E
 
Q
G
 
N
I
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
V
G
 
F
Y
 
F
D
x
N
R
 
K
-
 
E
-
 
P
-
 
S
-
 
R
-
 
K
-
 
A
L
 
L
I
 
D
E
 
S
D
 
Y
P
 
D
R
 
K
A
 
A
F
 
Y
Y
 
Y
L
 
V
T
 
G
F
 
T
D
 
D
N
 
S
V
 
K
E
 
E
V
 
S
G
 
G
R
 
I
M
 
I
Q
 
Q
A
 
G
R
 
D
A
 
L
V
 
I
-
 
A
-
 
K
-
 
H
-
 
W
-
 
A
-
 
A
-
 
N
-
 
Q
-
 
G
-
 
W
-
x
D
L
 
L
E
x
N
Q
 
K
A
x
D
P
 
G
E
x
Q
G
 
I
N
x
Q
Y
 
F
V
 
V
M
 
L
I
 
L
K
 
K
G
 
G
S
 
E
P
 
P
T
 
G
D
x
H
P
 
P
N
x
D
A
 
A
D
 
E
F
 
-
L
 
-
R
 
-
G
 
A
G
x
R
Q
 
T
Q
 
T
E
 
Y
I
 
V
L
 
I
Q
 
K
D
 
E
A
 
L
I
 
N
D
 
D
A
 
K
G
 
G
K
 
I
I
 
K
T
 
T
I
 
E
V
 
Q
G
 
L
E
 
Q
A
 
L
Y
 
D
T
 
T
D
 
A
G
 
M
W
 
W
L
 
D
P
 
T
A
 
A
N
 
Q
A
 
A
Q
 
K
R
 
D
N
 
K
M
 
M
E
 
D
Q
 
A
I
 
W
L
 
L
T
 
S
A
 
G
Q
 
P
D
 
N
-
 
A
N
 
N
Q
 
K
V
 
I
D
x
E
A
 
V
V
 
V
V
 
I
A
 
A
S
 
N
N
|
N
D
 
D
G
 
A
T
 
M
A
 
A
G
 
M
G
 
G
V
 
A
V
 
V
A
 
E
A
 
A
L
 
L
T
 
K
A
 
A
Q
 
H
G
 
N
M
 
K
E
 
S
G
 
S
I
 
I
P
 
P
V
 
V
S
 
F
G
 
G
Q
 
V
D
|
D
G
 
A
D
 
L
H
 
P
A
 
E
A
 
A
L
 
L
N
 
A
R
 
L
V
 
V
A
 
K
K
 
S
G
 
G
T
 
A
Q
 
L
T
 
A
V
 
G
S
 
T
V
 
V
W
 
L
K
x
N
D
 
D
A
 
A
R
 
N
D
 
N
L
 
Q
G
 
A
R
 
K
A
 
A
A
 
T
G
 
F
E
 
D
I
 
L
A
 
A
V
 
K
A
 
N
M
 
L
A
 
A
N
 
D
G
 
G
T
 
K
A
 
G
M
 
A
A
 
A
D
 
D
I
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
G
T
 
T
S
 
N
W
 
W

1gcaA The 1.7 angstroms refined x-ray structure of the periplasmic glucose(slash)galactose receptor from salmonella typhimurium (see paper)
29% identity, 80% coverage: 21:291/340 of query aligns to 1:284/309 of 1gcaA

query
sites
1gcaA
A
 
A
D
 
D
V
 
T
T
 
R
V
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
W
 
I
S
 
Y
N
 
K
F
 
Y
Q
 
D
E
x
D
E
 
N
R
x
F
W
 
M
K
 
S
T
 
V
D
 
V
E
 
R
A
 
K
A
 
A
I
 
I
-
 
E
K
 
K
A
 
D
A
 
G
L
 
K
E
 
S
A
 
A
A
 
P
G
 
D
A
 
V
T
 
Q
Y
 
L
V
 
L
S
 
M
A
 
N
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
S
 
N
S
 
D
S
 
Q
A
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
N
S
 
D
D
 
Q
V
 
I
E
 
D
S
 
V
L
 
L
I
 
L
A
 
A
Q
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
K
A
 
A
L
 
L
I
 
A
I
 
I
L
 
N
A
 
L
Q
 
V
D
 
D
S
 
P
Q
 
A
A
 
A
I
 
A
G
 
G
P
 
T
A
 
V
V
 
I
Q
 
E
A
 
K
A
 
A
A
 
R
D
 
G
E
 
Q
G
 
N
I
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
V
G
 
F
Y
 
F
D
x
N
R
x
K
-
 
E
-
 
P
-
 
S
-
 
R
-
 
K
-
 
A
L
 
L
I
 
D
E
 
S
D
 
Y
P
 
D
R
 
K
A
 
A
F
 
Y
Y
 
Y
L
 
V
T
 
G
F
 
T
D
 
D
N
 
S
V
 
K
E
 
E
V
 
S
G
 
G
R
 
V
M
 
I
Q
 
Q
A
 
G
R
 
D
A
 
L
V
 
I
L
 
A
E
 
K
-
 
H
-
 
W
Q
 
Q
A
 
A
P
 
N
E
 
Q
G
 
G
-
 
W
-
x
D
-
 
L
-
x
N
-
 
K
-
x
D
-
 
G
-
x
K
-
 
I
N
x
Q
Y
 
Y
V
 
V
M
 
L
I
 
L
K
 
K
G
 
G
S
 
E
P
 
P
T
 
G
D
x
H
P
 
P
N
x
D
A
 
A
D
 
E
F
 
-
L
 
-
R
 
-
G
 
A
G
x
R
Q
 
T
Q
 
T
E
 
Y
I
 
V
L
 
V
Q
 
K
D
 
E
A
 
L
I
 
N
D
 
D
A
 
K
G
 
G
K
 
I
I
 
Q
T
 
T
I
 
E
V
 
Q
G
 
L
E
 
A
A
 
L
Y
 
D
T
 
T
D
 
A
G
 
M
W
 
W
L
 
D
P
 
T
A
 
A
N
 
Q
A
 
A
Q
 
K
R
 
D
N
 
K
M
 
M
E
 
D
Q
 
A
I
 
W
L
 
L
T
 
S
A
 
G
Q
 
P
D
 
N
-
 
A
N
 
N
Q
 
K
V
 
I
D
x
E
A
 
V
V
 
V
V
 
I
A
 
A
S
 
N
N
|
N
D
 
D
G
 
A
T
 
M
A
 
A
G
 
M
G
 
G
V
 
A
V
 
V
A
 
E
A
 
A
L
 
L
T
 
K
A
 
A
Q
 
H
G
 
N
M
 
K
E
 
S
G
 
S
I
 
I
P
 
P
V
 
V
S
 
F
G
 
G
Q
 
V
D
|
D
G
 
A
D
 
L
H
 
P
A
 
E
A
 
A
L
 
L
N
 
A
R
 
L
V
 
V
A
 
K
K
 
S
G
 
G
T
 
A
Q
 
M
T
 
A
V
 
G
S
 
T
V
 
V
W
 
L
K
x
N
D
 
D
A
 
A
R
 
N
D
 
N
L
 
Q
G
 
A
R
 
K
A
 
A
A
 
T
G
 
F
E
 
D
I
 
L
A
 
A
V
 
K
A
 
N
M
 
L
A
 
A
N
 
E
G
 
G
T
 
K
A
 
G
M
 
A
A
 
A
D
 
D
I
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
G
T
 
T
S
 
S
W
 
W

4yo7A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from bacillus halodurans c-125 (bh2323, target efi- 511484) with bound myo-inositol
29% identity, 81% coverage: 25:298/340 of query aligns to 9:281/287 of 4yo7A

query
sites
4yo7A
V
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
S
W
 
I
S
 
S
N
 
N
F
 
L
Q
x
D
E
 
E
E
 
F
R
 
L
W
 
T
K
 
Y
T
 
M
D
 
Q
E
 
D
A
 
A
A
 
M
I
 
K
K
 
E
A
 
E
A
 
A
L
 
A
E
 
N
A
 
Y
A
 
P
G
 
D
A
 
F
T
 
E
Y
 
F
V
 
I
S
 
F
A
 
S
D
 
D
A
 
A
Q
 
Q
S
 
N
S
 
D
S
 
S
A
 
T
K
 
Q
Q
 
Q
L
 
M
S
 
A
D
 
Q
V
 
V
E
 
E
S
 
N
L
 
F
I
 
I
A
 
S
Q
 
R
G
 
N
V
 
V
D
 
D
A
 
A
L
 
I
I
 
I
I
 
V
L
 
N
A
 
P
Q
 
V
D
 
D
S
 
T
Q
 
T
A
 
S
I
 
A
G
 
V
P
 
D
A
 
I
V
 
V
Q
 
N
A
 
M
A
 
V
A
 
N
D
 
D
E
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
I
V
 
I
G
 
I
Y
 
A
D
x
N
R
|
R
L
 
T
I
 
F
E
 
D
-
 
G
-
 
V
D
 
D
P
 
Q
R
 
A
A
 
T
F
 
A
Y
 
F
L
 
V
T
 
G
F
 
S
D
 
E
N
 
S
V
 
I
E
 
Q
V
 
S
G
 
G
R
 
L
M
 
L
Q
 
Q
A
 
M
R
 
E
A
 
E
V
 
V
L
 
A
E
 
K
Q
 
L
A
 
L
-
 
N
P
 
N
E
 
E
G
 
G
N
 
N
Y
 
I
V
 
A
M
 
I
I
 
M
K
 
D
G
 
G
S
 
E
P
 
-
T
 
L
D
 
G
P
 
H
N
 
E
A
 
A
D
 
Q
F
 
I
L
 
M
R
|
R
G
 
T
-
 
E
G
 
G
Q
 
N
Q
 
K
E
 
Q
I
 
I
L
 
I
Q
 
E
D
 
E
A
 
H
I
 
-
D
 
D
A
 
G
G
 
L
K
 
E
I
 
V
T
 
V
I
 
L
V
 
Q
G
 
G
E
 
T
A
 
A
Y
 
K
T
 
F
D
 
D
G
 
-
W
 
-
L
 
-
P
 
R
A
 
S
N
 
E
A
 
G
Q
 
M
R
 
R
N
 
L
M
 
M
E
 
E
Q
 
N
I
 
W
L
 
L
T
 
N
A
 
S
Q
 
-
D
 
G
N
 
T
Q
 
E
V
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
V
A
 
A
S
 
N
N
|
N
D
 
D
G
 
E
T
 
M
A
 
A
G
 
L
G
 
G
V
 
A
V
 
I
A
 
L
A
 
A
L
 
L
T
 
E
A
 
A
Q
 
V
G
 
G
-
 
K
M
x
L
E
 
D
G
 
D
I
x
V
P
 
I
V
 
V
S
 
A
G
 
G
Q
 
I
D
|
D
G
 
A
D
 
T
H
 
P
A
 
A
A
 
A
L
 
L
N
 
E
R
 
A
V
 
M
A
 
K
K
 
E
G
 
G
T
 
K
Q
 
L
T
 
D
V
 
V
S
 
T
V
 
V
W
 
F
K
x
Q
D
 
D
A
 
A
R
 
K
D
 
G
L
 
Q
G
 
G
R
 
A
A
 
T
A
 
S
G
 
V
E
 
K
I
 
V
A
 
A
V
 
V
A
 
Q
M
 
A
A
 
A
N
 
N
G
 
G
T
 
E
A
 
D
M
 
V
A
 
E
D
 
D
I
 
A
E
 
M
G
 
I
A
 
P
T
 
Y
S
 
E
W
 
L
T
 
V
S
 
T
P
 
P
G
 
E
G
 
N
T
 
V
E
 
E

3ga5A X-ray structure of glucose/galactose receptor from salmonella typhimurium in complex with (2r)-glyceryl-beta-d-galactopyranoside (see paper)
29% identity, 74% coverage: 42:291/340 of query aligns to 16:282/305 of 3ga5A

query
sites
3ga5A
A
 
S
A
 
V
I
 
V
K
 
R
A
 
K
A
 
A
L
 
I
E
 
E
A
 
K
A
 
D
G
 
G
A
 
K
T
 
S
-
 
A
-
 
P
-
 
D
-
 
V
-
 
Q
Y
 
L
V
 
L
S
 
M
A
 
N
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
S
 
N
S
 
D
S
 
Q
A
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
N
S
 
D
D
 
Q
V
 
I
E
 
D
S
 
V
L
 
L
I
 
L
A
 
A
Q
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
K
A
 
A
L
 
L
I
 
A
I
 
I
L
 
N
A
 
L
Q
 
V
D
 
D
S
 
P
Q
 
A
A
 
A
I
 
A
G
 
G
P
 
T
A
 
V
V
 
I
Q
 
E
A
 
K
A
 
A
A
 
R
D
 
G
E
 
Q
G
 
N
I
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
V
G
 
F
Y
 
F
D
x
N
R
x
K
-
 
E
-
 
P
-
 
S
-
 
R
-
 
K
-
 
A
L
 
L
I
 
D
E
 
S
D
 
Y
P
 
D
R
 
K
A
 
A
F
 
Y
Y
 
Y
L
 
V
T
 
G
F
x
T
D
 
D
N
 
S
V
 
K
E
 
E
V
 
S
G
 
G
R
 
V
M
 
I
Q
 
Q
A
 
G
R
 
D
A
 
L
V
 
I
L
 
A
E
 
K
-
 
H
-
 
W
Q
 
Q
A
 
A
P
 
N
E
 
Q
G
 
G
-
 
W
-
x
D
-
 
L
-
x
N
-
 
K
-
x
D
-
 
G
-
x
K
-
 
I
N
x
Q
Y
 
Y
V
 
V
M
 
L
I
 
L
K
 
K
G
 
G
S
 
E
P
 
P
T
 
G
D
x
H
P
 
P
N
x
D
A
 
A
D
 
E
F
 
-
L
 
-
R
 
-
G
 
A
G
x
R
Q
 
T
Q
 
T
E
 
Y
I
 
V
L
 
V
Q
 
K
D
 
E
A
 
L
I
 
N
D
 
D
A
 
K
G
 
G
K
 
I
I
 
Q
T
 
T
I
 
E
V
 
Q
G
 
L
E
 
A
A
 
L
Y
 
D
T
 
T
D
 
A
G
 
M
W
|
W
L
 
D
P
 
T
A
 
A
N
 
Q
A
 
A
Q
 
K
R
 
D
N
 
K
M
 
M
E
 
D
Q
 
A
I
 
W
L
 
L
T
 
S
A
 
G
Q
 
P
D
 
N
-
 
A
N
 
N
Q
 
K
V
 
I
D
x
E
A
 
V
V
 
V
V
 
I
A
 
A
S
 
N
N
|
N
D
 
D
G
 
A
T
 
M
A
 
A
G
 
M
G
 
G
V
 
A
V
 
V
A
 
E
A
 
A
L
 
L
T
 
K
A
 
A
Q
 
H
G
 
N
M
 
K
E
 
S
G
 
S
I
 
I
P
 
P
V
 
V
S
 
F
G
 
G
Q
 
V
D
|
D
G
 
A
D
 
L
H
 
P
A
 
E
A
 
A
L
 
L
N
 
A
R
 
L
V
 
V
A
 
K
K
 
S
G
 
G
T
 
A
Q
 
M
T
 
A
V
 
G
S
 
T
V
 
V
W
 
L
K
x
N
D
 
D
A
 
A
R
 
N
D
 
N
L
x
Q
G
 
A
R
 
K
A
 
A
A
 
T
G
 
F
E
 
D
I
 
L
A
 
A
V
 
K
A
 
N
M
 
L
A
 
A
N
 
E
G
 
G
T
 
K
A
 
G
M
 
A
A
 
A
D
 
D
I
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
G
T
 
T
S
 
S
W
 
W

Sites not aligning to the query:

2gbpA Sugar and signal-transducer binding sites of the escherichia coli galactose chemoreceptor protein (see paper)
28% identity, 80% coverage: 21:291/340 of query aligns to 1:284/309 of 2gbpA

query
sites
2gbpA
A
 
A
D
 
D
V
 
T
T
 
R
V
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
W
 
I
S
 
Y
N
 
K
F
 
Y
Q
 
D
E
x
D
E
 
N
R
 
F
W
 
M
K
 
S
T
 
V
D
 
V
E
 
R
A
 
K
A
 
A
I
 
I
K
 
E
A
 
Q
A
 
D
L
 
A
E
 
K
A
 
A
A
 
A
-
 
P
G
 
D
A
 
V
T
 
Q
Y
 
L
V
 
L
S
 
M
A
 
N
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
S
 
N
S
 
D
S
 
Q
A
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
N
S
 
D
D
 
Q
V
 
I
E
 
D
S
 
V
L
 
L
I
 
L
A
 
A
Q
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
K
A
 
A
L
 
L
I
 
A
I
 
I
L
 
N
A
 
L
Q
 
V
D
 
D
S
 
P
Q
 
A
A
 
A
I
 
A
G
 
G
P
 
T
A
 
V
V
 
I
Q
 
E
A
 
K
A
 
A
A
 
R
D
 
G
E
 
Q
G
 
N
I
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
V
G
 
F
Y
 
F
D
x
N
R
x
K
-
 
E
-
 
P
-
 
S
-
 
R
-
 
K
-
 
A
L
 
L
I
 
D
E
 
S
D
 
Y
P
 
D
R
 
K
A
 
A
F
 
Y
Y
 
Y
L
 
V
T
 
G
F
 
T
D
 
D
N
 
S
V
 
K
E
 
E
V
 
S
G
 
G
R
 
I
M
 
I
Q
 
Q
A
 
G
R
 
D
A
 
L
V
 
I
-
 
A
-
 
K
-
 
H
-
 
W
-
 
A
-
 
A
-
 
N
-
 
Q
-
 
G
-
 
W
-
x
D
L
 
L
E
x
N
Q
 
K
A
x
D
P
 
G
E
x
Q
G
 
I
N
x
Q
Y
 
F
V
 
V
M
 
L
I
 
L
K
 
K
G
 
G
S
 
E
P
 
P
T
 
G
D
x
H
P
 
P
N
x
D
A
 
A
D
 
E
F
 
-
L
 
-
R
 
-
G
 
A
G
x
R
Q
 
T
Q
 
T
E
 
Y
I
 
V
L
 
I
Q
 
K
D
 
E
A
 
L
I
 
N
D
 
D
A
 
K
G
 
G
K
 
I
I
 
K
T
 
T
I
 
E
V
 
Q
G
 
L
E
 
Q
A
 
L
Y
 
D
T
 
T
D
 
A
G
 
M
W
|
W
L
 
D
P
 
T
A
 
A
N
 
Q
A
 
A
Q
 
K
R
 
D
N
 
K
M
 
M
E
 
D
Q
 
A
I
 
W
L
 
L
T
 
S
A
 
G
Q
 
P
D
 
N
-
 
A
N
 
N
Q
 
K
V
 
I
D
x
E
A
 
V
V
 
V
V
 
I
A
 
A
S
 
N
N
|
N
D
 
D
G
 
A
T
 
M
A
 
A
G
 
M
G
 
G
V
 
A
V
 
V
A
 
E
A
 
A
L
 
L
T
 
K
A
 
A
Q
 
H
G
 
N
M
 
K
E
 
S
G
 
S
I
 
I
P
 
P
V
 
V
S
 
F
G
 
G
Q
 
V
D
|
D
G
 
A
D
 
L
H
 
P
A
 
E
A
 
A
L
 
L
N
 
A
R
 
L
V
 
V
A
 
K
K
 
S
G
 
G
T
 
A
Q
 
L
T
 
A
V
 
G
S
 
T
V
 
V
W
 
L
K
x
N
D
 
D
A
 
A
R
 
N
D
 
N
L
 
Q
G
 
A
R
 
K
A
 
A
A
 
T
G
 
F
E
 
D
I
 
L
A
 
A
V
 
K
A
 
N
M
 
L
A
 
A
N
 
D
G
 
G
T
 
K
A
 
G
M
 
A
A
 
A
D
 
D
I
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
G
T
 
T
S
 
N
W
 
W

2qw1A Glucose/galactose binding protein bound to 3-o-methyl d-glucose (see paper)
27% identity, 79% coverage: 22:291/340 of query aligns to 1:283/305 of 2qw1A

query
sites
2qw1A
D
 
D
V
 
T
T
 
R
V
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
W
 
I
S
 
Y
N
 
K
F
 
Y
Q
 
D
E
 
D
E
 
N
R
 
F
W
 
M
K
 
S
T
 
V
D
 
V
E
 
R
A
 
K
A
 
A
I
 
I
K
 
E
A
 
Q
A
 
D
L
 
A
E
 
K
A
 
A
A
 
A
-
 
P
G
 
D
A
 
V
T
 
Q
Y
 
L
V
 
L
S
 
M
A
 
N
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
S
 
N
S
 
D
S
 
Q
A
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
N
S
 
D
D
 
Q
V
 
I
E
 
D
S
 
V
L
 
L
I
 
L
A
 
A
Q
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
K
A
 
A
L
 
L
I
 
A
I
 
I
L
 
N
A
 
L
Q
 
V
D
 
D
S
 
P
Q
 
A
A
 
A
I
 
A
G
 
G
P
 
T
A
 
V
V
 
I
Q
 
E
A
 
K
A
 
A
A
 
R
D
 
G
E
 
Q
G
 
N
I
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
V
G
 
F
Y
 
F
D
 
N
R
 
K
-
 
E
-
 
P
-
 
S
-
 
R
-
 
K
-
 
A
L
 
L
I
 
D
E
 
S
D
 
Y
P
 
D
R
 
K
A
 
A
F
 
Y
Y
 
Y
L
 
V
T
 
G
F
 
T
D
 
D
N
 
S
V
 
K
E
 
E
V
 
S
G
 
G
R
 
I
M
 
I
Q
 
Q
A
 
G
R
 
D
A
 
L
V
 
I
-
 
A
-
 
K
-
 
H
-
 
W
-
 
A
-
 
A
-
 
N
-
 
Q
-
 
G
-
 
W
-
x
D
L
 
L
E
x
N
Q
 
K
A
x
D
P
 
G
E
x
Q
G
 
I
N
x
Q
Y
 
F
V
 
V
M
 
L
I
 
L
K
 
K
G
 
G
S
 
E
P
 
P
T
 
G
D
x
H
P
 
P
N
 
D
A
 
A
D
 
E
F
 
-
L
 
-
R
 
-
G
 
A
G
 
R
Q
 
T
Q
 
T
E
 
Y
I
 
V
L
 
I
Q
 
K
D
 
E
A
 
L
I
 
N
D
 
D
A
 
K
G
 
G
K
 
I
I
 
K
T
 
T
I
 
E
V
 
Q
G
 
L
E
 
Q
A
 
L
Y
 
D
T
 
T
D
 
A
G
 
M
W
|
W
L
 
D
P
 
T
A
 
A
N
 
Q
A
 
A
Q
 
K
R
 
D
N
 
K
M
 
M
E
 
D
Q
 
A
I
 
W
L
 
L
T
 
S
A
 
G
Q
 
P
D
 
N
-
 
A
N
 
N
Q
 
K
V
 
I
D
x
E
A
 
V
V
 
V
V
 
I
A
 
A
S
 
N
N
|
N
D
 
D
G
 
A
T
 
M
A
 
A
G
 
M
G
 
G
V
 
A
V
 
V
A
 
E
A
 
A
L
 
L
T
 
K
A
 
A
Q
 
H
G
 
N
M
 
K
E
 
S
G
 
S
I
 
I
P
 
P
V
 
V
S
 
F
G
 
G
Q
 
V
D
|
D
G
 
A
D
 
L
H
 
P
A
 
E
A
 
A
L
 
L
N
 
A
R
 
L
V
 
V
A
 
K
K
 
S
G
 
G
T
 
A
Q
 
L
T
 
A
V
 
G
S
 
T
V
 
V
W
 
L
K
 
N
D
 
D
A
 
A
R
 
N
D
 
N
L
 
Q
G
 
A
R
 
K
A
 
A
A
 
T
G
 
F
E
 
D
I
 
L
A
 
A
V
 
K
A
 
N
M
 
L
A
 
A
N
 
D
G
 
G
T
 
K
A
 
G
M
 
A
A
 
A
D
 
D
I
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
G
T
 
T
S
 
N
W
 
W

6ruxA P46, an immunodominant surface protein from mycoplasma hyopneumoniae (see paper)
25% identity, 69% coverage: 82:314/340 of query aligns to 70:369/373 of 6ruxA

query
sites
6ruxA
L
 
F
I
 
I
I
 
I
L
 
A
A
 
P
Q
 
E
D
 
N
S
 
G
Q
 
S
A
 
G
I
 
V
G
 
G
P
 
T
A
 
A
V
 
V
Q
 
N
A
 
T
A
 
I
A
 
A
D
 
D
E
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
I
V
 
V
G
 
A
Y
 
Y
D
 
D
R
 
R
L
 
L
I
 
I
-
 
T
-
 
G
E
 
S
D
 
D
P
 
K
R
 
Y
A
 
D
F
 
W
Y
 
Y
L
 
V
T
 
S
F
 
F
D
 
D
N
 
N
V
 
E
E
 
K
V
 
V
G
 
G
R
 
E
M
 
L
Q
 
Q
A
 
G
R
 
L
A
 
S
V
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
L
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
D
-
 
G
-
 
A
-
 
F
-
 
D
-
 
S
L
 
I
E
 
D
Q
 
Q
A
 
M
P
 
N
E
 
E
G
 
Y
-
 
L
-
 
K
-
 
S
-
 
H
-
 
M
-
 
P
-
 
Q
-
 
E
-
 
T
-
 
I
N
 
S
Y
 
F
V
 
Y
M
 
T
I
 
I
K
 
A
G
 
G
S
 
S
P
 
Q
T
 
D
D
|
D
P
 
N
N
 
N
A
 
S
D
 
Q
F
 
Y
L
 
F
R
 
Y
G
 
N
G
 
G
Q
 
A
Q
 
M
E
 
K
I
 
V
L
 
L
Q
 
K
D
 
E
A
 
L
I
 
M
D
 
K
A
 
N
G
 
S
K
 
Q
I
 
N
T
 
K
I
 
I
V
 
I
-
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
P
-
 
E
G
 
G
E
 
E
-
 
N
-
 
A
A
 
V
Y
 
Y
T
 
V
D
 
P
G
 
G
W
|
W
L
 
N
P
 
Y
A
 
G
N
 
T
A
 
A
Q
 
G
R
 
Q
N
 
R
M
 
I
E
 
Q
Q
 
S
I
 
F
L
 
L
T
 
T
-
 
I
-
 
N
-
 
K
-
 
D
-
 
P
A
 
A
Q
 
G
D
 
G
N
 
N
Q
 
K
V
 
I
D
 
K
A
 
A
V
 
V
-
 
G
-
 
S
-
 
K
-
 
P
-
 
A
-
 
S
-
 
I
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
F
V
 
L
A
 
A
S
 
P
N
|
N
D
 
D
G
 
G
T
 
M
A
 
A
G
 
E
G
 
Q
V
 
A
V
 
I
A
 
T
A
 
K
L
 
L
T
 
K
A
 
L
Q
 
E
G
 
G
M
 
F
-
 
D
-
 
T
E
 
Q
G
 
K
I
 
I
P
 
F
V
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
G
 
Y
D
 
N
H
 
D
A
 
K
A
 
A
L
 
K
N
 
T
R
 
F
V
 
I
A
 
K
K
 
D
G
 
G
T
 
D
Q
 
Q
T
 
N
V
 
M
S
 
T
V
 
I
W
 
Y
K
 
K
D
 
P
A
 
D
R
 
K
D
 
V
L
 
L
G
 
G
R
 
K
A
 
V
A
 
A
G
 
V
E
 
E
-
 
V
-
 
L
-
 
R
I
 
V
A
 
L
V
 
I
A
 
A
M
 
K
A
 
K
N
 
N
G
 
K
T
 
A
A
 
S
M
 
R
A
 
S
D
 
E
I
 
V
E
 
E
G
 
N
A
 
E
T
 
L
S
 
K
W
 
A
T
 
K
S
 
L
P
 
P
G
 
N
-
 
I
-
 
S
-
 
F
-
 
K
-
 
Y
-
 
D
-
 
N
-
 
Q
-
 
T
-
 
Y
-
 
K
-
 
V
-
 
Q
G
 
G
T
 
K
E
 
N
L
 
I
T
 
N
A
 
T
R
 
I
F
 
L
L
 
V
A
 
S
P
 
P
V
 
V
P
 
I
V
 
V
T
 
T
A
 
K
D
 
A
N
 
N
L
 
V

6s3tA P46, an immunodominant surface protein from mycoplasma hyopneumoniae (see paper)
25% identity, 69% coverage: 82:314/340 of query aligns to 72:371/374 of 6s3tA

query
sites
6s3tA
L
 
F
I
 
I
I
 
I
L
 
A
A
 
P
Q
 
E
D
 
N
S
 
G
Q
 
S
A
 
G
I
 
V
G
 
G
P
 
T
A
 
A
V
 
V
Q
 
N
A
 
T
A
 
I
A
 
A
D
 
D
E
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
I
V
 
V
G
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
-
 
T
-
 
G
E
 
S
D
 
D
P
 
K
R
 
Y
A
 
D
F
 
W
Y
 
Y
L
 
V
T
 
S
F
 
F
D
 
D
N
 
N
V
 
E
E
 
K
V
 
V
G
 
G
R
 
E
M
 
L
Q
 
Q
A
 
G
R
 
L
A
 
S
V
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
L
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
D
-
 
G
-
 
A
-
 
F
-
 
D
-
 
S
L
 
I
E
 
D
Q
 
Q
A
 
M
P
 
N
E
 
E
G
 
Y
-
 
L
-
 
K
-
 
S
-
 
H
-
 
M
-
 
P
-
 
Q
-
 
E
-
 
T
-
 
I
N
 
S
Y
 
F
V
 
Y
M
 
T
I
 
I
K
 
A
G
 
G
S
 
S
P
 
Q
T
 
D
D
|
D
P
 
N
N
 
N
A
 
S
D
 
Q
F
 
Y
L
 
F
R
 
Y
G
 
N
G
 
G
Q
 
A
Q
 
M
E
 
K
I
 
V
L
 
L
Q
 
K
D
 
E
A
 
L
I
 
M
D
 
K
A
 
N
G
 
S
K
 
Q
I
 
N
T
 
K
I
 
I
V
 
I
-
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
P
-
 
E
G
 
G
E
 
E
-
 
N
-
 
A
A
 
V
Y
 
Y
T
 
V
D
 
P
G
 
G
W
 
W
L
 
N
P
 
Y
A
 
G
N
 
T
A
 
A
Q
 
G
R
 
Q
N
 
R
M
 
I
E
 
Q
Q
 
S
I
 
F
L
 
L
T
 
T
-
 
I
-
 
N
-
 
K
-
 
D
-
 
P
A
 
A
Q
 
G
D
 
G
N
 
N
Q
 
K
V
 
I
D
 
K
A
 
A
V
 
V
-
 
G
-
 
S
-
 
K
-
 
P
-
 
A
-
 
S
-
 
I
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
F
V
 
L
A
 
A
S
 
P
N
 
N
D
 
D
G
 
G
T
 
M
A
 
A
G
 
E
G
 
Q
V
 
A
V
 
I
A
 
T
A
 
K
L
 
L
T
 
K
A
 
L
Q
 
E
G
 
G
M
 
F
-
 
D
-
 
T
E
 
Q
G
 
K
I
 
I
P
 
F
V
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
G
 
Y
D
 
N
H
 
D
A
 
K
A
 
A
L
 
K
N
 
T
R
 
F
V
 
I
A
 
K
K
 
D
G
 
G
T
 
D
Q
 
Q
T
 
N
V
 
M
S
 
T
V
 
I
W
 
Y
K
|
K
D
 
P
A
 
D
R
 
K
D
 
V
L
 
L
G
 
G
R
 
K
A
 
V
A
 
A
G
 
V
E
 
E
-
 
V
-
 
L
-
 
R
I
 
V
A
 
L
V
 
I
A
 
A
M
 
K
A
 
K
N
 
N
G
 
K
T
 
A
A
 
S
M
 
R
A
 
S
D
 
E
I
 
V
E
 
E
G
 
N
A
 
E
T
 
L
S
 
K
W
 
A
T
 
K
S
 
L
P
 
P
G
 
N
-
 
I
-
 
S
-
 
F
-
 
K
-
 
Y
-
 
D
-
 
N
-
 
Q
-
 
T
-
 
Y
-
 
K
-
 
V
-
 
Q
G
 
G
T
 
K
E
 
N
L
 
I
T
 
N
A
 
T
R
 
I
F
 
L
L
 
V
A
 
S
P
 
P
V
 
V
P
 
I
V
 
V
T
 
T
A
 
K
D
 
A
N
 
N
L
 
V

Sites not aligning to the query:

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
31% identity, 74% coverage: 24:273/340 of query aligns to 2:248/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
T
 
T
V
 
I
G
 
G
V
 
L
S
 
V
W
 
I
S
 
S
N
 
T
F
 
L
Q
 
N
E
x
N
E
 
P
R
x
F
W
x
F
K
 
V
T
 
T
D
 
L
E
 
K
A
 
N
A
 
G
I
 
A
K
 
E
A
 
E
A
 
K
L
 
A
E
 
K
A
 
E
A
 
L
G
 
G
A
 
Y
T
 
K
Y
 
I
V
 
I
S
 
V
A
 
E
D
 
D
A
 
S
Q
 
Q
S
 
N
S
 
D
S
 
S
A
 
S
K
 
K
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
D
 
N
V
 
V
E
 
E
S
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
Q
Q
 
Q
G
 
K
V
 
V
D
 
D
A
 
V
L
 
L
I
 
L
I
 
I
L
 
N
A
 
P
Q
 
V
D
 
D
S
 
S
Q
 
D
A
 
A
I
 
V
G
 
V
P
 
T
A
 
A
V
 
I
Q
 
K
A
 
E
A
 
A
A
 
N
D
 
S
E
 
K
G
 
N
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
G
 
T
Y
 
I
D
|
D
R
|
R
L
 
S
I
 
A
E
 
N
D
 
G
P
 
G
R
 
D
A
 
V
F
 
V
-
 
C
Y
 
H
L
 
I
T
 
A
F
 
S
D
 
D
N
 
N
V
 
V
E
 
K
V
 
G
G
 
G
R
 
E
M
 
M
Q
 
A
A
 
A
R
 
E
A
 
F
V
 
I
L
 
A
E
 
K
Q
 
A
A
 
L
P
 
K
-
 
G
E
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
V
V
 
V
M
 
E
I
 
L
K
 
E
G
 
G
S
 
I
P
 
P
T
 
G
D
 
A
P
 
S
N
x
A
A
 
A
D
 
R
F
 
D
L
x
R
R
 
G
G
 
K
G
 
G
Q
 
F
Q
 
D
E
 
E
I
 
A
L
 
I
Q
 
A
D
 
K
A
 
Y
I
 
P
D
 
D
A
 
-
G
 
-
K
 
-
I
 
I
T
 
K
I
 
I
V
 
V
G
 
A
E
 
K
A
 
Q
Y
 
A
T
 
A
D
 
D
G
 
-
W
x
F
L
 
D
P
 
R
A
 
S
N
 
K
A
 
G
Q
 
L
R
 
S
N
 
V
M
 
M
E
 
E
Q
 
N
I
 
I
L
 
L
T
 
Q
A
 
A
Q
 
Q
D
 
P
N
 
-
Q
 
K
V
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
F
A
 
A
S
 
Q
N
|
N
D
 
D
G
 
E
T
 
M
A
 
A
G
 
L
G
 
G
V
 
A
V
 
I
A
 
K
A
 
A
L
 
I
T
 
E
A
 
A
Q
 
A
G
 
N
M
 
R
E
 
Q
G
 
G
I
 
I
P
 
I
V
 
V
S
 
V
G
 
G
Q
 
F
D
|
D
G
 
G
D
 
T
H
 
E
A
 
D
A
 
A
L
 
L
N
 
K
R
 
A
V
 
I
A
 
K
K
 
E
G
 
G
T
 
K
Q
 
M
T
 
A
V
 
A
S
 
T
V
 
I
W
 
A
K
x
Q
D
 
Q
A
 
P
R
 
A
D
 
L
L
 
M
G
 
G
R
 
S
A
 
L
A
 
G
G
 
V
E
 
E
I
 
M
A
 
A

4rxmA Crystal structure of periplasmic abc transporter solute binding protein a7jw62 from mannheimia haemolytica phl213, target efi-511105, in complex with myo-inositol
32% identity, 57% coverage: 59:252/340 of query aligns to 41:235/291 of 4rxmA

query
sites
4rxmA
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
S
 
S
S
 
S
S
 
S
A
 
T
K
 
K
Q
 
Q
L
 
A
S
 
S
D
 
D
V
 
L
E
 
E
S
 
N
L
 
A
I
 
I
A
 
T
Q
 
R
G
 
G
V
 
A
D
 
K
A
 
G
L
 
I
I
 
I
I
 
I
L
 
S
A
 
P
Q
 
N
D
 
D
S
 
V
Q
 
N
A
 
A
I
 
I
G
 
S
P
 
G
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
A
 
E
A
 
I
A
 
I
D
 
K
E
 
E
G
 
K
I
 
I
P
 
P
V
 
A
V
 
A
G
 
T
Y
 
L
D
|
D
R
|
R
L
 
K
I
 
V
E
 
E
D
 
S
P
 
S
R
 
K
A
 
P
F
 
V
-
 
P
Y
 
H
L
 
F
T
 
G
F
 
A
D
 
N
N
 
N
V
 
Y
E
 
T
V
 
G
G
 
G
R
 
Q
M
 
E
Q
 
V
A
 
A
R
 
K
A
 
A
V
 
V
L
 
K
E
 
A
Q
 
K
A
 
Y
P
 
P
E
 
N
G
 
G
-
 
A
N
 
K
Y
 
I
V
 
I
M
 
L
I
 
L
K
 
T
G
 
G
S
 
Q
P
 
P
-
 
G
T
 
S
D
 
T
P
x
S
N
 
N
A
 
I
D
 
E
F
x
R
L
 
T
R
 
K
G
 
G
G
 
-
Q
 
-
Q
 
-
E
 
-
I
 
-
L
 
I
Q
 
R
D
 
D
A
 
E
I
 
L
D
 
A
A
 
A
G
 
G
-
 
G
-
 
D
K
 
K
I
 
Y
T
 
K
I
 
I
V
 
V
G
 
V
E
 
D
A
 
Q
Y
 
-
T
 
T
D
 
G
G
 
N
W
|
W
L
 
L
P
 
R
A
 
S
N
 
E
A
 
G
Q
 
L
R
 
R
N
 
I
M
 
I
E
 
E
Q
 
S
I
 
V
L
 
L
T
 
P
A
 
T
Q
 
L
D
 
K
N
 
E
Q
 
K
V
 
P
D
 
E
A
 
V
V
 
I
V
 
I
A
 
S
S
 
A
N
|
N
D
 
D
G
 
D
T
 
M
A
 
A
G
 
L
G
 
G
V
 
A
V
 
I
A
 
E
A
 
A
L
 
L
T
 
R
A
 
S
Q
 
Q
G
 
G
M
 
L
E
 
K
G
 
A
-
 
G
-
 
D
I
 
I
P
 
L
V
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
F
D
|
D
G
 
S
D
 
T
H
 
P
A
 
E
A
 
A
L
 
L
N
 
A
R
 
R
V
 
V
A
 
K
K
 
D
G
 
G

Sites not aligning to the query:

8fxtA Escherichia coli periplasmic glucose-binding protein glucose complex: acrylodan conjugate attached at w183c (see paper)
28% identity, 82% coverage: 14:291/340 of query aligns to 5:283/305 of 8fxtA

query
sites
8fxtA
G
 
G
V
 
V
T
 
T
T
 
I
S
x
Y
A
 
K
Y
 
Y
A
x
D
D
|
D
V
 
-
T
 
-
V
 
-
G
 
-
V
 
-
S
 
-
W
 
-
S
 
-
N
|
N
F
 
F
Q
 
M
E
 
S
E
 
V
R
 
V
W
 
R
K
 
K
T
 
A
D
 
I
E
 
E
A
 
Q
A
 
D
I
 
A
K
 
K
A
 
A
A
 
A
L
 
P
E
 
D
A
 
V
A
 
-
G
 
-
A
 
-
T
 
Q
Y
 
L
V
 
L
S
 
M
A
 
N
D
|
D
A
 
S
Q
|
Q
S
x
N
S
 
D
S
 
Q
A
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
N
S
 
D
D
 
Q
V
 
I
E
 
D
S
 
V
L
 
L
I
 
L
A
 
A
Q
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
K
A
 
A
L
 
L
I
 
A
I
 
I
L
 
N
A
 
L
Q
 
V
D
 
D
S
 
P
Q
 
A
A
 
A
I
 
A
G
 
G
P
 
T
A
 
V
V
 
I
Q
 
E
A
 
K
A
 
A
A
 
R
D
 
G
E
 
Q
G
 
N
I
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
V
G
 
F
Y
 
F
D
x
N
R
 
K
-
 
E
-
 
P
-
 
S
-
 
R
-
 
K
-
 
A
L
 
L
I
 
D
E
 
S
D
 
Y
P
 
D
R
 
K
A
 
A
F
 
Y
Y
 
Y
L
 
V
T
 
G
F
 
T
D
 
D
N
 
S
V
 
K
E
 
E
V
 
S
G
 
G
R
 
I
M
 
I
Q
 
Q
A
 
G
R
x
D
A
 
L
V
 
I
-
 
A
-
x
K
-
 
H
-
 
W
-
 
A
-
 
A
-
 
N
-
 
Q
-
 
G
-
 
W
-
x
D
L
 
L
E
x
N
Q
 
K
A
x
D
P
 
G
E
x
Q
G
 
I
N
x
Q
Y
 
F
V
 
V
M
 
L
I
 
L
K
 
K
G
 
G
S
x
E
P
 
P
T
 
G
D
x
H
P
 
P
N
x
D
A
 
A
D
 
E
F
 
-
L
 
-
R
 
-
G
 
A
G
x
R
Q
 
T
Q
 
T
E
 
Y
I
 
V
L
 
I
Q
 
K
D
 
E
A
 
L
I
 
N
D
 
D
A
 
K
G
 
G
K
 
I
I
 
K
T
 
T
I
 
E
V
 
Q
G
 
L
E
 
Q
A
 
L
Y
 
D
T
 
T
D
 
A
G
x
M
W
x
C
L
x
D
P
x
T
A
 
A
N
 
Q
A
 
A
Q
x
K
R
x
D
N
 
K
M
 
M
E
 
D
Q
 
A
I
 
W
L
 
L
T
 
S
A
 
G
Q
 
P
D
 
N
-
 
A
N
 
N
Q
 
K
V
 
I
D
x
E
A
 
V
V
 
V
V
 
I
A
 
A
S
 
N
N
|
N
D
 
D
G
 
A
T
 
M
A
 
A
G
 
M
G
 
G
V
 
A
V
 
V
A
 
E
A
 
A
L
 
L
T
 
K
A
 
A
Q
 
H
G
 
N
M
 
K
E
 
S
G
 
S
I
 
I
P
 
P
V
 
V
S
 
F
G
 
G
Q
 
V
D
|
D
G
 
A
D
 
L
H
 
P
A
 
E
A
 
A
L
 
L
N
 
A
R
 
L
V
 
V
A
 
K
K
 
S
G
 
G
T
 
A
Q
 
L
T
 
A
V
 
G
S
 
T
V
 
V
W
 
L
K
x
N
D
 
D
A
 
A
R
 
N
D
 
N
L
 
Q
G
 
A
R
 
K
A
 
A
A
 
T
G
 
F
E
 
D
I
 
L
A
 
A
V
 
K
A
 
N
M
 
L
A
 
A
N
 
D
G
 
G
T
 
K
A
 
G
M
 
A
A
 
A
D
 
D
I
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
G
T
 
T
S
 
N
W
 
W

Sites not aligning to the query:

4rxmB Crystal structure of periplasmic abc transporter solute binding protein a7jw62 from mannheimia haemolytica phl213, target efi-511105, in complex with myo-inositol
32% identity, 57% coverage: 59:252/340 of query aligns to 39:233/288 of 4rxmB

query
sites
4rxmB
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
S
 
S
S
 
S
S
 
S
A
 
T
K
 
K
Q
 
Q
L
 
A
S
 
S
D
 
D
V
 
L
E
 
E
S
 
N
L
 
A
I
 
I
A
 
T
Q
 
R
G
 
G
V
 
A
D
 
K
A
 
G
L
 
I
I
 
I
I
 
I
L
 
S
A
 
P
Q
 
N
D
 
D
S
 
V
Q
 
N
A
 
A
I
 
I
G
 
S
P
 
G
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
A
 
E
A
 
I
A
 
I
D
 
K
E
 
E
G
 
K
I
 
I
P
 
P
V
 
A
V
 
A
G
 
T
Y
 
L
D
|
D
R
|
R
L
 
K
I
 
V
E
 
E
D
 
S
P
 
S
R
 
K
A
 
P
F
 
V
-
 
P
Y
 
H
L
 
F
T
 
G
F
 
A
D
 
N
N
 
N
V
 
Y
E
 
T
V
 
G
G
 
G
R
 
Q
M
 
E
Q
 
V
A
 
A
R
 
K
A
 
A
V
 
V
L
 
K
E
 
A
Q
 
K
A
 
Y
P
 
P
E
 
N
G
 
G
-
 
A
N
 
K
Y
 
I
V
 
I
M
 
L
I
 
L
K
 
T
G
 
G
S
 
Q
P
 
P
-
 
G
T
 
S
D
 
T
P
x
S
N
 
N
A
 
I
D
 
E
F
x
R
L
 
T
R
 
K
G
 
G
G
 
-
Q
 
-
Q
 
-
E
 
-
I
 
-
L
 
I
Q
 
R
D
 
D
A
 
E
I
 
L
D
 
A
A
 
A
G
 
G
-
 
G
-
 
D
K
 
K
I
 
Y
T
 
K
I
 
I
V
 
V
G
 
V
E
 
D
A
 
Q
Y
 
-
T
 
T
D
 
G
G
 
N
W
|
W
L
 
L
P
 
R
A
 
S
N
 
E
A
 
G
Q
 
L
R
 
R
N
 
I
M
 
I
E
 
E
Q
 
S
I
 
V
L
 
L
T
 
P
A
 
T
Q
x
L
D
x
K
N
x
E
Q
 
K
V
 
P
D
 
E
A
 
V
V
 
I
V
 
I
A
 
S
S
 
A
N
|
N
D
 
D
G
 
D
T
 
M
A
 
A
G
 
L
G
 
G
V
 
A
V
 
I
A
 
E
A
 
A
L
 
L
T
 
R
A
 
S
Q
 
Q
G
 
G
M
 
L
E
 
K
G
 
A
-
 
G
-
 
D
I
 
I
P
 
L
V
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
F
D
|
D
G
 
S
D
 
T
H
 
P
A
 
E
A
 
A
L
 
L
N
 
A
R
 
R
V
 
V
A
 
K
K
 
D
G
 
G

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>3608607 FitnessBrowser__Dino:3608607
MRKAILAAAIVAAGVTTSAYADVTVGVSWSNFQEERWKTDEAAIKAALEAAGATYVSADA
QSSSAKQLSDVESLIAQGVDALIILAQDSQAIGPAVQAAADEGIPVVGYDRLIEDPRAFY
LTFDNVEVGRMQARAVLEQAPEGNYVMIKGSPTDPNADFLRGGQQEILQDAIDAGKITIV
GEAYTDGWLPANAQRNMEQILTAQDNQVDAVVASNDGTAGGVVAALTAQGMEGIPVSGQD
GDHAALNRVAKGTQTVSVWKDARDLGRAAGEIAVAMANGTAMADIEGATSWTSPGGTELT
ARFLAPVPVTADNLTAVVDAQWITQETLCQGVTDGPAPCN

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory