SitesBLAST

SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing 3609273 FitnessBrowser__Dino:3609273 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1ffvB Carbon monoxide dehydrogenase from hydrogenophaga pseudoflava (see paper)
38% identity, 99% coverage: 6:788/791 of query aligns to 11:790/797 of 1ffvB

query
sites
1ffvB

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active site: Q231 (= Q225), V266 (≠ I261), P343 (= P337), I349 (≠ L344), R378 (= R372), C379 (≠ G373), E751 (= E746), S752 (≠ A747)
binding (molybdopterin-cytosine dinucleotide-s,s)-dioxo-aqua-molybdenum(v): G260 (= G255), G261 (= G256), F262 (= F257), G263 (= G258), A376 (= A370), R378 (= R372), C379 (≠ G373), Q516 (≠ H508), G517 (= G509), Q518 (= Q510), H520 (= H512), T523 (≠ A515), Y556 (= Y548), G557 (= G549), S558 (= S550), S560 (= S552), T561 (≠ I553), C674 (≠ F668), I678 (= I672), I683 (≠ V677), Q686 (= Q680), K747 (= K742), G748 (= G743), V749 (≠ C744), A750 (≠ G745), E751 (= E746)

1ffuB Carbon monoxide dehydrogenase from hydrogenophaga pseudoflava which lacks the mo-pyranopterin moiety of the molybdenum cofactor (see paper)
38% identity, 99% coverage: 6:788/791 of query aligns to 11:790/797 of 1ffuB

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1ffuB

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P19913 Carbon monoxide dehydrogenase large chain; CO dehydrogenase subunit L; CO-DH L; EC 1.2.5.3 from Hydrogenophaga pseudoflava (Pseudomonas carboxydoflava) (see paper)
38% identity, 99% coverage: 6:788/791 of query aligns to 17:796/803 of P19913

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P19913

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1n60B

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1n62B Crystal structure of the mo,cu-co dehydrogenase (codh), n- butylisocyanide-bound state (see paper)
37% identity, 99% coverage: 6:785/791 of query aligns to 15:794/804 of 1n62B

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1n5wB Crystal structure of the cu,mo-co dehydrogenase (codh); oxidized form (see paper)
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1zxiB Reconstituted co dehydrogenase from oligotropha carboxidovorans (see paper)
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binding pterin cytosine dinucleotide: G265 (= G256), F266 (= F257), R382 (= R372), Q523 (≠ H508), G524 (= G509), Q525 (= Q510), H527 (= H512), T530 (≠ A515), T562 (= T547), Y563 (= Y548), S565 (= S550), S567 (= S552), T568 (≠ I553), C681 (≠ F668), I685 (= I672), I689 (= I676), I690 (≠ V677), Q693 (= Q680), K754 (= K742), G755 (= G743), V756 (≠ C744), E758 (= E746)

1n63B Crystal structure of the cu,mo-co dehydrogenase (codh); carbon monoxide reduced state (see paper)
37% identity, 99% coverage: 6:785/791 of query aligns to 16:795/805 of 1n63B

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1n63B

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binding pterin cytosine dinucleotide: G266 (= G256), F267 (= F257), R383 (= R372), Q524 (≠ H508), G525 (= G509), Q526 (= Q510), H528 (= H512), T531 (≠ A515), T563 (= T547), Y564 (= Y548), S566 (= S550), S568 (= S552), T569 (≠ I553), C682 (≠ F668), I686 (= I672), I690 (= I676), I691 (≠ V677), Q694 (= Q680), K755 (= K742), G756 (= G743), V757 (≠ C744), E759 (= E746)

P19919 Carbon monoxide dehydrogenase large chain; CO dehydrogenase subunit L; CO-DH L; EC 1.2.5.3 from Afipia carboxidovorans (strain ATCC 49405 / DSM 1227 / KCTC 32145 / OM5) (Oligotropha carboxidovorans) (see 2 papers)
37% identity, 99% coverage: 6:785/791 of query aligns to 20:799/809 of P19919

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P19919

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C388 (≠ G373) binding
E763 (= E746) binding

1t3qB Crystal structure of quinoline 2-oxidoreductase from pseudomonas putida 86 (see paper)
37% identity, 100% coverage: 3:791/791 of query aligns to 10:785/786 of 1t3qB

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1t3qB

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binding pterin cytosine dinucleotide: G254 (= G256), F255 (= F257), R371 (= R372), S506 (≠ H508), G507 (= G509), Q508 (= Q510), H510 (= H512), T513 (≠ A515), Y545 (= Y548), S547 (= S550), G549 (≠ S552), A550 (≠ I553), C666 (≠ F668), I670 (= I672), I674 (= I676), V675 (= V677), Q678 (= Q680), K739 (= K742), G740 (= G743), M741 (≠ C744), G742 (= G745)

7dqxD Crystal structure of xanthine dehydrogenase family protein
34% identity, 94% coverage: 3:746/791 of query aligns to 2:728/770 of 7dqxD

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7dqxD

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4zohA Crystal structure of glyceraldehyde oxidoreductase (see paper)
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1rm6A Structure of 4-hydroxybenzoyl-coa reductase from thauera aromatica (see paper)
31% identity, 99% coverage: 5:791/791 of query aligns to 1:757/761 of 1rm6A

query
sites
1rm6A

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K

active site: Q206 (= Q225), T241 (≠ I261), Y318 (≠ H341), L322 (= L344), R350 (= R372), E718 (= E746), G719 (≠ A747)
binding (molybdopterin-cytosine dinucleotide-s,s)-dioxo-aqua-molybdenum(v): G235 (= G255), G236 (= G256), F237 (= F257), G238 (= G258), R350 (= R372), I473 (≠ H508), G474 (= G509), Q475 (= Q510), G476 (= G511), Y513 (= Y548), S514 (≠ G549), S515 (= S550), V517 (≠ S552), T518 (≠ I553), L646 (≠ I672), N647 (= N673), V651 (= V677), Q654 (= Q680), K714 (= K742), E715 (≠ G743), A716 (≠ C744), S717 (≠ G745), E718 (= E746)

1dgjA Crystal structure of the aldehyde oxidoreductase from desulfovibrio desulfuricans atcc 27774 (see paper)
28% identity, 100% coverage: 1:788/791 of query aligns to 169:905/906 of 1dgjA

query
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1dgjA

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Sites not aligning to the query:

binding fe2/s2 (inorganic) cluster: 38, 39, 40, 41, 43, 44, 45, 46, 48, 58, 60, 100, 101, 103, 137, 139
binding pterin cytosine dinucleotide: 99, 139

4usaA Aldehyde oxidoreductase from desulfovibrio gigas (mop), soaked with trans-cinnamaldehyde (see paper)
28% identity, 100% coverage: 1:788/791 of query aligns to 169:905/907 of 4usaA

query
sites
4usaA

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binding hydrocinnamic acid: I255 (≠ H89), F425 (≠ Y262), F494 (= F332), L497 (≠ I336), Y535 (≠ A374), L626 (= L475)
binding magnesium ion: E899 (≠ S782), E903 (≠ A786)
binding (molybdopterin-cytosine dinucleotide-s,s)-dioxo-aqua-molybdenum(v): T420 (≠ G256), F421 (= F257), G422 (= G258), R533 (= R372), W650 (≠ S505), H653 (= H508), G654 (= G509), Q655 (= Q510), G656 (= G511), S695 (≠ T547), G696 (≠ Y548), G697 (= G549), Q700 (≠ S552), Q701 (≠ I553), C799 (≠ I672), N800 (= N673), T804 (≠ V677), Q807 (= Q680), S865 (≠ K742), G866 (= G743), V867 (≠ C744), G868 (= G745), E869 (= E746)

Sites not aligning to the query:

binding fe2/s2 (inorganic) cluster: 38, 40, 41, 43, 45, 46, 48, 58, 60, 100, 101, 103, 137, 139
binding (molybdopterin-cytosine dinucleotide-s,s)-dioxo-aqua-molybdenum(v): 99, 139

4us9A Aldehyde oxidoreductase from desulfovibrio gigas (mop), soaked with 3- phenylpropionaldehyde (see paper)
28% identity, 100% coverage: 1:788/791 of query aligns to 169:905/907 of 4us9A

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4us9A

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4us8A Aldehyde oxidoreductase from desulfovibrio gigas (mop), soaked with benzaldehyde (see paper)
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Sites not aligning to the query:

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4c7yA Aldehyde oxidoreductase from desulfovibrio gigas (mop), soaked with sodium dithionite and sodium sulfide (see paper)
28% identity, 100% coverage: 1:788/791 of query aligns to 169:905/907 of 4c7yA

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binding bicarbonate ion: R460 (≠ G297), L498 (≠ P337), A531 (= A370), Y535 (≠ A374), Q539 (≠ E378)
binding magnesium ion: E899 (≠ S782), E903 (≠ A786)
binding (molybdopterin-cytosine dinucleotide-s,s)-dioxo-aqua-molybdenum(v): T420 (≠ G256), F421 (= F257), G422 (= G258), R533 (= R372), W650 (≠ S505), H653 (= H508), G654 (= G509), Q655 (= Q510), G656 (= G511), S695 (≠ T547), G696 (≠ Y548), Q700 (≠ S552), Q701 (≠ I553), C799 (≠ I672), N800 (= N673), T804 (≠ V677), Q807 (= Q680), S865 (≠ K742), G866 (= G743), V867 (≠ C744), G868 (= G745), E869 (= E746)
binding hydrogen peroxide: G696 (≠ Y548), G697 (= G549), E869 (= E746)

Sites not aligning to the query:

binding fe2/s2 (inorganic) cluster: 40, 41, 43, 45, 46, 48, 58, 60, 100, 101, 103, 137, 139
binding (molybdopterin-cytosine dinucleotide-s,s)-dioxo-aqua-molybdenum(v): 99, 139

3fc4A Ethylene glycol inhibited form of aldehyde oxidoreductase from desulfovibrio gigas (see paper)
28% identity, 100% coverage: 1:788/791 of query aligns to 169:905/907 of 3fc4A

query
sites
3fc4A

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active site: I390 (≠ P227), F425 (≠ Y262), R501 (≠ L340), F505 (≠ L344), R533 (= R372), E869 (= E746), L870 (≠ A747)
binding 1,2-ethanediol: Y535 (≠ A374), Y622 (≠ A471), G696 (≠ Y548), G697 (= G549), E869 (= E746)
binding magnesium ion: E899 (≠ S782), E903 (≠ A786)
binding (molybdopterin-cytosine dinucleotide-s,s)-dioxo-aqua-molybdenum(v): G419 (= G255), T420 (≠ G256), F421 (= F257), G422 (= G258), R533 (= R372), W650 (≠ S505), H653 (= H508), G654 (= G509), Q655 (= Q510), G656 (= G511), S695 (≠ T547), G696 (≠ Y548), Q700 (≠ S552), Q701 (≠ I553), C799 (≠ I672), N800 (= N673), T804 (≠ V677), Q807 (= Q680), S865 (≠ K742), G866 (= G743), V867 (≠ C744), G868 (= G745), E869 (= E746)

Sites not aligning to the query:

binding fe2/s2 (inorganic) cluster: 38, 40, 41, 43, 45, 46, 48, 58, 60, 100, 101, 103, 137, 139
binding (molybdopterin-cytosine dinucleotide-s,s)-dioxo-aqua-molybdenum(v): 99, 139

Query Sequence

>3609273 FitnessBrowser__Dino:3609273
MPKDGGIGASSKRREDVRFLTGRGRYTDDINLNNQTYAYFLRSEVAHGKINGIDTAAAEG
MDGVIRVFTAKDFEGVGGVPCGWQVTDIHGQPMKEPKHPVLAEGKVRHVGDPIAVVVAES
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LPMFEVDHSCITPCTHNPLGVKGCGEAGAIGSPPAVVNAVIDALHRAGQTHVTHIDMPLT
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SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory