SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 3609744 FitnessBrowser__Dino:3609744 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

5iaiA Crystal structure of abc transporter solute binding protein arad_9887 from agrobacterium radiobacter k84, target efi-510945 in complex with ribitol
20% identity, 78% coverage: 58:508/579 of query aligns to 1:390/399 of 5iaiA

query
sites
5iaiA
E
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
D
G
 
G
M
 
V
E
 
T
I
 
L
N
 
T
V
 
L
L
 
A
S
 
S
E
 
Q
G
 
N
I
x
D
P
 
P
T
 
F
H
 
G
S
 
A
Y
 
V
E
 
L
S
 
T
E
 
K
V
 
-
L
 
L
T
 
A
R
 
A
A
 
E
F
 
F
E
 
K
E
 
Q
I
 
D
T
 
T
G
 
G
I
 
A
K
 
D
V
 
L
N
 
K
H
 
V
Q
 
E
I
 
V
L
 
M
G
 
D
E
 
Y
G
 
G
E
 
T
V
 
L
V
 
L
Q
 
T
A
 
K
V
 
T
Q
 
T
T
 
A
Q
 
D
M
 
F
Q
 
V
T
 
G
G
 
K
R
 
T
N
 
K
L
 
G
Y
 
Y
D
 
D
G
 
L
Y
 
V
V
 
T
N
 
M
D
|
D
S
 
I
D
 
V
L
 
W
I
 
A
G
 
G
T
 
A
H
 
Y
S
 
Q
R
 
A
L
 
N
Q
 
G
L
 
Y
A
 
S
Y
 
V
N
 
D
L
 
L
T
 
T
E
 
-
Q
 
-
M
 
-
A
 
-
G
 
-
D
 
D
W
 
W
A
 
V
A
 
K
T
 
R
T
 
D
S
 
A
P
 
A
T
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
D
D
 
D
F
 
I
-
 
Y
-
 
P
M
 
V
G
 
I
I
 
L
Q
 
Q
F
 
S
T
 
L
T
 
G
G
 
Q
P
 
Y
D
 
K
G
 
G
N
 
H
L
 
Y
Y
 
V
Q
 
A
L
 
F
P
 
P
D
 
F
Q
 
A
Q
 
A
F
 
Y
A
 
A
N
 
N
L
 
V
Y
 
L
W
 
A
F
 
Y
R
 
R
K
 
K
D
 
D
W
 
L
F
 
F
D
 
-
D
 
-
E
 
-
A
 
-
N
 
-
K
 
Q
A
 
A
A
 
A
F
 
-
K
 
-
E
 
-
K
 
-
Y
 
-
G
 
-
Y
 
-
E
 
-
L
 
-
G
 
G
V
 
L
P
 
P
V
 
V
N
 
P
W
 
T
S
 
T
A
 
V
Y
 
E
E
 
E
D
 
-
I
 
-
A
 
-
E
 
-
F
 
-
F
 
L
T
 
V
N
 
S
D
 
D
V
 
A
Q
 
K
E
 
K
I
 
L
D
 
T
-
 
D
-
 
P
G
 
S
V
 
K
R
 
K
I
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
H
 
F
M
 
V
D
 
A
Y
 
N
G
 
G
K
 
Q
R
 
K
A
 
G
P
 
P
D
 
A
L
 
V
G
 
A
-
x
Q
-
 
D
W
 
W
R
 
M
M
 
Q
T
 
Y
D
 
N
A
 
N
W
 
Q
L
 
M
S
 
-
M
 
-
A
 
-
G
 
-
A
 
G
G
 
G
D
 
S
V
 
I
G
 
L
E
 
D
P
 
N
N
 
D
G
 
G
V
 
K
P
 
P
V
 
-
D
 
-
E
 
-
W
 
-
G
 
-
I
 
-
R
 
-
M
 
-
E
 
-
A
 
-
G
 
-
T
 
-
C
 
-
N
 
-
P
 
-
V
 
-
G
 
-
A
 
-
S
 
-
V
 
-
T
 
-
R
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
A
A
 
L
N
 
N
G
 
S
P
 
P
A
 
E
A
 
N
V
 
V
Y
 
K
A
 
S
I
 
L
R
 
T
K
 
V
W
 
Y
D
 
K
E
 
Q
W
 
L
L
 
F
R
 
V
N
 
E
Y
 
T
A
 
A
P
 
P
P
 
P
G
 
G
A
 
A
A
 
I
S
 
E
Y
 
Y
D
 
D
F
x
W
Y
 
G
Q
 
G
S
 
R
L
 
E
P
 
E
A
 
S
L
 
F
S
 
R
Q
 
Q
G
 
G
N
 
A
V
 
A
A
 
A
Q
 
M
Q
 
M
I
 
Q
F
 
T
W
|
W
Y
 
S
T
 
V
A
 
G
F
 
A
T
 
P
A
 
G
D
 
Y
M
 
S
V
 
D
K
 
P
P
 
A
K
 
S
S
 
S
E
 
N
G
 
V
N
 
V
N
 
G
T
 
K
V
 
V
D
 
G
D
 
I
D
 
T
G
 
T
N
 
A
P
 
P
L
 
V
W
 
G
R
 
K
M
 
G
A
 
V
P
 
P
S
 
P
P
 
Q
H
 
Y
G
 
G
P
 
-
Y
 
-
W
 
-
T
 
-
E
 
-
G
 
-
Q
 
-
K
 
-
V
 
-
G
 
-
Y
 
-
Q
 
-
D
 
-
V
 
V
G
 
G
S
x
G
W
|
W
T
 
G
F
 
M
L
 
A
K
 
I
S
 
N
T
 
A
P
 
D
S
 
I
D
 
D
R
 
P
A
 
K
Q
 
Q
-
 
K
-
 
E
A
 
A
A
 
A
W
 
W
L
 
T
Y
 
F
A
 
I
Q
 
K
F
 
W
V
 
L
T
 
V
S
 
S
K
 
K
T
 
K
V
 
I
D
 
H
V
 
K
K
 
E
K
 
F
S
 
N
H
 
M
V
 
D
G
 
G
L
 
A
-
 
G
T
 
S
F
 
F
I
 
M
R
 
R
D
 
K
S
 
S
S
 
Q
V
 
M
R
 
T
H
 
D
E
 
P
S
 
D
F
 
L
T
 
T
E
 
A
R
 
K
A
 
F
P
 
D
K
 
F
L
 
L
G
 
P
G
 
V
L
 
V
V
 
A
E
 
K
F
 
T
Y
 
Y
R
 
E
S
 
N
P
 
-
D
 
G
R
 
N
T
 
G
A
 
E
W
 
Y
S
x
R
P
 
P
T
 
-
G
 
-
I
 
-
N
 
R
V
 
I
P
 
P
D
 
E
Y
 
Y
P
 
P
K
 
E
L
 
I
A
 
Q
Q
 
D
I
 
I
W
 
L
W
 
G
Q
 
S
Q
 
A
I
 
V
G
 
N
D
 
S
V
 
V
N
 
L
S
 
A
G
 
G
A
 
A
F
 
A
T
 
E
P
 
P
Q
 
Q
E
 
A
A
 
A
M
 
L
D
 
D
R
 
E

Q7LYW7 Trehalose/maltose-binding protein MalE; TMBP from Thermococcus litoralis (strain ATCC 51850 / DSM 5473 / JCM 8560 / NS-C) (see paper)
24% identity, 59% coverage: 173:514/579 of query aligns to 153:443/450 of Q7LYW7

query
sites
Q7LYW7
G
 
G
N
 
K
L
 
L
Y
 
Y
Q
 
A
L
 
L
P
 
P
D
 
V
Q
x
Y
Q
 
I
F
x
D
A
 
A
N
 
G
L
 
L
Y
 
L
W
 
Y
F
 
Y
R
 
R
K
 
K
D
 
D
W
 
L
F
 
L
D
 
-
D
 
-
E
 
-
A
 
-
N
 
-
K
 
-
A
 
-
A
 
-
F
 
-
K
 
-
E
 
E
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
E
 
S
L
 
-
G
 
K
V
 
P
P
 
P
V
 
E
N
 
T
W
 
W
S
 
Q
A
 
E
Y
 
L
E
 
V
D
 
E
I
 
M
A
 
A
E
 
Q
F
 
K
F
 
I
T
 
Q
N
 
S
D
 
G
V
 
E
Q
 
R
E
 
E
I
 
T
D
 
N
G
 
P
V
 
-
R
 
N
I
 
F
Y
 
W
G
 
G
H
 
F
M
 
V
D
 
W
Y
 
Q
G
 
G
K
 
K
R
 
Q
A
x
Y
P
 
E
D
 
S
L
 
L
G
 
V
W
 
C
R
 
D
M
 
F
T
 
V
D
 
E
A
 
Y
W
 
V
L
 
Y
S
 
S
M
 
N
A
 
G
G
 
G
A
 
S
-
 
L
G
 
G
D
 
E
V
 
F
G
 
K
E
 
D
P
 
G
N
 
K
G
 
W
V
 
V
P
 
P
V
 
-
D
 
-
E
 
-
W
 
-
G
 
-
I
 
-
R
 
-
M
 
-
E
 
-
A
 
-
G
 
-
T
 
-
C
 
-
N
 
-
P
 
-
V
 
-
G
 
-
A
 
-
S
 
-
V
 
-
T
 
-
R
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
T
A
 
L
N
 
N
G
 
K
P
 
P
A
 
E
A
 
N
V
 
V
Y
 
E
A
 
A
I
 
L
R
 
Q
K
 
F
W
 
M
D
 
V
E
 
D
W
 
L
L
 
I
R
 
H
N
 
K
Y
 
Y
A
 
K
P
 
I
P
 
S
G
 
P
A
 
P
A
 
N
S
 
T
Y
 
Y
D
 
T
F
 
E
Y
 
M
Q
 
T
S
x
E
L
 
E
P
 
P
A
 
V
-
 
R
-
 
L
-
 
M
L
 
F
S
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
N
 
N
V
 
A
A
 
A
Q
 
F
Q
 
E
I
 
R
F
 
N
W
|
W
Y
 
-
T
 
-
A
 
-
F
 
-
T
 
-
A
 
-
D
 
-
M
 
-
V
 
-
K
 
-
P
 
P
K
x
Y
S
 
A
E
 
W
G
 
G
N
 
L
N
 
H
T
 
N
V
 
A
D
 
D
D
 
D
D
 
-
G
 
-
N
 
S
P
 
P
L
 
V
-
 
K
-
 
G
-
 
K
W
 
V
R
 
G
M
 
V
A
 
A
P
 
P
S
 
L
P
 
P
H
 
H
G
 
F
P
 
P
Y
 
-
W
 
-
T
 
-
E
 
-
G
 
G
Q
 
H
K
 
K
V
 
S
G
 
A
Y
 
-
Q
 
A
D
 
T
V
 
L
G
 
G
S
x
G
W
|
W
T
 
H
F
 
I
L
 
G
K
 
I
S
 
S
T
 
K
P
 
Y
S
 
S
D
 
D
R
 
N
A
 
K
Q
 
A
A
 
L
A
 
A
W
 
W
L
 
E
Y
 
F
A
 
V
Q
 
K
F
 
F
V
 
V
T
 
E
S
 
S
K
 
Y
T
 
S
V
 
V
D
 
Q
V
 
K
K
 
G
K
 
F
S
 
A
-
 
M
H
 
N
V
 
L
G
 
G
L
x
W
T
 
N
F
 
P
I
 
G
R
 
R
D
 
V
S
 
D
S
 
V
V
 
Y
R
 
D
H
 
D
E
 
P
S
 
A
F
 
V
T
 
V
E
 
S
R
 
K
A
 
S
P
 
P
K
 
H
L
 
L
G
 
K
G
 
E
L
 
L
V
 
R
E
 
A
F
 
V
Y
 
F
R
 
E
S
 
N
P
 
A
D
 
-
R
 
-
T
 
-
A
 
-
W
 
-
S
 
V
P
 
P
T
x
R
G
 
P
I
 
I
N
 
-
V
 
V
P
 
P
D
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
K
 
Q
L
 
L
A
 
S
Q
 
E
I
 
I
W
 
I
W
 
Q
Q
 
K
Q
 
Y
I
 
V
G
 
N
D
 
S
V
 
A
N
 
L
S
 
A
G
 
G
A
 
K
F
 
I
T
 
S
P
 
P
Q
 
Q
E
 
E
A
 
A
M
 
L
D
 
D
R
 
K
L
 
A
A
 
Q
E
 
K
E
 
E
M
 
A
D
 
E

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>3609744 FitnessBrowser__Dino:3609744
MRKYLLSAVAAGAVIAGQSGAMADEAAAQRWIDEEFQPSTLSKEEQLEEMRWFIQAAEPF
AGMEINVLSEGIPTHSYESEVLTRAFEEITGIKVNHQILGEGEVVQAVQTQMQTGRNLYD
GYVNDSDLIGTHSRLQLAYNLTEQMAGDWAATTSPTLDLEDFMGIQFTTGPDGNLYQLPD
QQFANLYWFRKDWFDDEANKAAFKEKYGYELGVPVNWSAYEDIAEFFTNDVQEIDGVRIY
GHMDYGKRAPDLGWRMTDAWLSMAGAGDVGEPNGVPVDEWGIRMEAGTCNPVGASVTRGG
AANGPAAVYAIRKWDEWLRNYAPPGAASYDFYQSLPALSQGNVAQQIFWYTAFTADMVKP
KSEGNNTVDDDGNPLWRMAPSPHGPYWTEGQKVGYQDVGSWTFLKSTPSDRAQAAWLYAQ
FVTSKTVDVKKSHVGLTFIRDSSVRHESFTERAPKLGGLVEFYRSPDRTAWSPTGINVPD
YPKLAQIWWQQIGDVNSGAFTPQEAMDRLAEEMDITMARMQQADEAAGVYGGCGPRLNEE
RDAEYWFSQPGSPKPKLANEKPQGETVNYDELVARWQAQ

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory